Les Biomolécules

Plan: Lipides et Membranes

1. L’eau et les interactions non covalentes

2. Les acides gras

3. Les lipides

4. Introduction aux biomembranes

1. L’eau et les interactions non covalentes

Caractéristiques de l’eau nécessaires à la vie:

-Les organismes sont composés à 65% d’eau.

-L’eau est un bon tampon calorifique.

-Evacuation d’une faible quantité d’eau permet une forte évacuation de la chaleur.

-L’eau est impliquée dans de nombreuses réactions biochimiques et permet le bon

fonctionnement des enzymes.

-Elle est indispensable aux échanges entre cellules, à la structure et à la fonction des
molécules qui forment le vivant.

La structure de la molécule d’eau:

Configuration électronique:

- Z=1 H: 1s1

- Z=8 O: 1s2 2s2 2p4

L’électronégativité:

Définition:

Capacité d’un atome à attirer les électrons lorsqu’il est impliqué dans une liaison

Symbole χ

Unité Debye (Db) ou unité atomique du moment dipolaire (u.a.m.b.) 1uamb= 2,54 Db.

La polarisation des liaisons covalentes:

Au niveau d’une liaison covalente: H = 2,1 uamb

∆E < 0,4 liaison non polarisée C = 2,5 uamb

∆E > 0,4 liaison polarisée N = 3 uamb

O = 3,5 uamb

La polarisation des molécules:

Au niveau d’une molécule:

Une molécule polaire est caractérisée par son moment dipolaire. Plus celui-ci est élevé
plus la molécule est polaire. Si nul Æ molécule apolaire
Les interactions non covalentes:

Définition: Ce sont des liaisons pour lesquelles les atomes ne mettent pas d’électrons en
commun.

-Elles sont en général de faible énergie

-A température ambiante leur temps de demi-vie est très court.

-Lorsqu’elles sont présentes en grand nombre, il est nécessaire d’apporter une forte
énergie pour séparer deux molécules liées par l’intermédiaire de ce type d’interaction.

-Elles sont impliquées dans la structure et la fonction de la plupart des molécules

biologiques.

Les liaisons hydrogène:

Définition: Liaison de faible énergie de nature électrostatique entre un hydrogène

impliqué dans une liaison polarisée et le doublet non liant d’un atome plus
électronégatif (O ou N).

C’est une liaison dirigée ou directionnelle avec un maximum d’énergie lorsque les 3
atomes sont alignés.
Les molécules polaires intéragissent avec l’eau

Exemple du glucose:

Les interactions ioniques:

Définition: interactions électrostatiques entre deux groupements de charges opposées

(« ponts salins »).

Lorsque ∆E > 1,7 les électrons liants des atomes ne sont jamais mis en commun. Ce sont

des interactions non directionnelles.

Ces interactions sont importantes pour la solubilisation des ions dans le cytoplasme

cellulaire et les liquides interstitiels.

Interaction de très faible énergie.

1. Variations de la distribution d’électrons autour d’un atome induisent la formation

d’un dipôle.

2. Ce dernier peut influencer le nuage électronique d’un autre groupe d’atomes.

3. Il en résulte une attraction entre les 2 dipôles.

Les molécules peuvent être polaires ou apolaires.

Les interactions de van der Waals:

Trois types d’interactions:

1) Entre 2 molécules polaires (dipôles permanents) le pôle positif d’un dipôle attire le

pôle négatif de l’autre (forces de Keesom).

2) Entre 1 molécule polaire (dipôle permanent) et 1 molécule apolaire (dipôle induit).

La molécule polaire crée un champ électrique autour d’elle qui peut influencer une

molécule apolaire dans son voisinage proche (forces de Debye).

3) Entre 2 molécules apolaires. Dans une molécule apolaire les mouvements aléatoires

des électrons peuvent conduire à l’établissement d’un dipôle instantané conduisant à la

création d’un moment induit sur l’autre molécule apolaire (forces de London).

La conséquence de ces interactions est le renforcement des interactions

intermoléculaires.

Les forces de van der Waals résultent de l’attraction entre des dipôles transitoires

générés par le mouvement rapide des électrons au niveau de tous les atomes neutres.

Prises isolément, elles sont beaucoup plus faibles que les liaisons H mais

potentiellement extrêmement nombreuses. Leur effet cumulé est très important pour

des macromolécules (ADN, protéines) ou de nombreux atomes sont en contact étroit.

Elles décroissent en fonction de la distance entre les atomes. La force de l’interaction

augmente lorsque la distance entre les espèces diminue. Elles agissent donc à très faible

distance, en général de l’ordre de 2 à 4 Å (A: distance de contact de van der Waals)

Les interactions hydrophobes:

Les molécules apolaires ne sont pas solubles dans l’eau et déstabilisent son réseau. Les
groupements apolaires se regroupent alors et l’eau se réorganise autour d’eux pour
minimiser la surface d’interaction.

Intéractions hydrophobes: Tendance à l’auto-association de composés non-polaires

dans un environnement aqueux.