FORMATION D'UNE MOLECULE

Quel que soit le système que l'on

considère dans la nature, il est
d'autant plus stable que son énergie
est basse.

Deux atomes s'associent entre eux, si

l'énergie potentielle résultant de leur
union passe par un minimum
lorsqu'ils se rapprochent l'un de
l'autre.
On dit alors qu'il y a liaison entre les
atomes.
 A l'exception des gaz rares, les atomes isolés ne se
rencontrent pas à l'état naturel : ils sont associés soit
dans des réseaux cristallins soit dans des molécules.

Pourquoi les atomes s'associent-ils ?

Un atome est dans son état le plus stable quand sa

couche de valence est la même que celle du gaz rare
le plus proche ( règle de l'octet ) ; il va donc tenter
d'acquérir cette structure électronique par perte,
gain ou mise en commun d'électrons. Ces différents
processus vont permettre aux atomes de se lier entre
eux et conduire aux différentes liaisons
chimiques.
 LA LIAISON COVALENTE

Selon Lewis (1916), les atomes mettent en commun certains de leurs électrons
périphériques afin d'acquérir la configuration électronique du gaz rare le plus
proche. Une liaison covalente simple est la mise en commun d'une paire
d'électrons entre deux atomes.

molécule de méthane

Le carbone (C) a quatre électrons de valence :

il lui en manque quatre pour avoir la structure
du néon (Ne). Il établit donc quatre liaisons
avec les atomes d'hydrogène (H) pour former
la molécule de méthane.

La théorie de Lewis a des limites: il faut alors recourir aux orbitales moléculaires.
 THEORIE DES ORBITALES MOLECULAIRES

Lorsque deux atomes s'approchent l'un de l'autre, leurs orbitales atomiques (OA)
interagissent entre elles. En se recouvrant, elles forment des orbitales moléculaires
(OM). Le nombre d'OM formées est égal au nombre d'OA entrant en interaction. On
considère alors les OM comme des combinaisons linéaires des OA lorsque elles se
forment.

Il y a trois sortes d'OM :

liantes, elles assurent la liaison entre les
atomes.
non liantes, elles n'interviennent pas dans la
liaison.
antiliantes, elles empêchent la liaison de se
faire.

Les OM sont caractérisées par leur

énergie : plus elle est basse, et plus la
liaison est forte ( c'est dans ce cas
que les orbitales atomiques se
recouvrent le mieux ).
Sur le schéma ci-contre, les flèches
représentent les électrons qui occupent
les orbitales.
 LA LIAISON IONIQUE

Na, peu électronégatif, appartient à la

première colonne du tableau périodique.
Cl, très électronégatif, appartient à l'avant-
dernière colonne du tableau périodique.

Pour acquérir la structure électronique du

gaz rare le plus proche, Na doit perdre un
électron et Cl doit en gagner un : Na cède
donc son électron à Cl.

Na devient le cation stable Na+

Cl devient l'anion stable Cl-

Il apparaît une force électrostatique

importante entre ces deux ions qui restent
donc liés entre eux : c'est la liaison ionique.
Il se forme un cristal ionique : NaCl.
LA LIAISON DE VAN DER WAALS
Ce sont des liaisons, de nature électrostatique, s'exerçant entre des atomes ou molécules
polarisés ( dipôles permanents ou induits ).
Exemple du cristal de diiode:

La molécule I2 est covalente symétrique et bien sûr globalement neutre. Mais, à un instant
donné, le nuage électronique peut se déformer : un "dipôle instantané" apparaît. Chaque
extrêmité de la molécule acquiert une charge partielle éphémère : l'une positive, l'autre
négative. Les dipôles formés s'attirent : ils établissent des laisons de type de Van der Waals.

Les forces de Van der Waals sont d'autant plus intenses que le nuage électronique de l'atome
ou de la molécule est grand. Ceci explique que, dans les conditions normales, le dichlore soit
gazeux, le dibrome liquide et le diiode solide.
La plus forte des forces de Van der Waals est la liaison hydrogène.
 LA LIAISON HYDROGENE

C'est la plus intense des forces intermoléculaires : en effet, l'atome d'hydrogène étant
très petit, il peut s'approcher tout près d'une autre molécule.

Elle résulte d'une interaction entre :

*** un atome d'hydrogène H lié à un atome
électronégatif A

*** un atome électronégatif B porteur d'un

doublet d'électrons libres.

C'est la liaison hydrogène qui est

responsable des propriétés
particulières de l'eau (H2O) :
température d'ébullition élevée, densité
du solide inférieure à celle du liquide.
Exemple 1 : solubilité-micibilité

propriétés solubilité dans l’eau

produit
n- pentane CH3-CH2-CH2-CH2-CH3 apolaire 0.4 g/L
diéthyléther CH3- CH2 - O -CH2-CH3 interaction possible avec 75 g/L
l’eau par l’oxygène
(polarisation possible et
liaison hydrogène possible)
amino-1 propane CH3-CH2-CH2-CH2-NH3 moléculaire polaire et double très soluble
possibilité de former des
liaisons hydrogène

Exemple 2: tension superficielle

tension actif : présente une " tête " polaire => interaction dipôle permanent /dipôle permanent avec
l’eau => orientation du tension actif telle qu’on minimise l’énergie du système.
Un exemple de liaisons de type Van der Waals: la double hélice de l’ADN
A model for the inhibition of amyloid fibril formation. In
the absence of an inhibitor, well-folded molecules
undergo stacking interaction and structural transition. This
leads to the formation of elongated amyloid fibrils. An
inhibitor that contains the aromatic recognition element
together with a fibril breaker (e.g. charge but also steric
interference, ß-breaker, etc.) binds the monomer and
inhibits the formation of large aggregates. The FASEB
Journal. 2002;16:77-83.) A possible role for -stacking in
the self-assembly of amyloid fibrils EHUD GAZIT1

2 exemples de p-stacking en chimie supramoléculaire