04/01/2022 Sans document

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Examen de Catalyse Enzymatique (1h30)

Master 2 Chimie – 1ère session

Exercice 1 : Un article récent décrit de nouveaux inhibiteurs de l’alpha-glucosidase. (Discovery of New α-Glucosidase
Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening and Biological Evaluation, Shan-Kui Liu et al, 2021,
doi.org/10.3389/fchem.2021.639279)

1) Quelle(s) application(s) thérapeutique(s) peuvent avoir ces inhibiteurs ?

Les données de cinétique de l’étude sont reportées ici (pour µm, il faut lire µM) :

FIGURE 5. Kinetic assay on α-glycosidase inhibition by compounds 7, 22, 37, and 44, respectively. Lineweaver-Burk
reciprocal plots of initial velocity and increasing substrate (PNPG) concentration with secondary plot of slopes vs. the
concentration of compounds.

2) Estimer le Km de l’enzyme pour le substrat PNPG. Expliquer votre démarche.

3) De quel type d’inhibition s’agit-il pour les 4 inhibiteurs étudiés ?
4) Sachant que PNPG est la structure ci-dessous, proposez l’équation bilan de la réaction catalysée ici.

5) Sachant que pour 1/[S] nul, y = (1 + [I]/Ki)/Vmax, déterminer approximativement Ki pour l’inhibiteur 37.
 Exercice 2 : L’article « Monoamine Oxidases (MAOs) as Privileged Molecular Targets in Neuroscience: Research
Literature Analysis », de Andy Wai Kan Yeung et al, Front. Mol. Neurosci., 2019,
doi.org/10.3389/fnmol.2019.00143 rappelle le mécanisme d’action de cette enzyme.

1) Expliquer succinctement le schéma présenté (Figure 1A).

2) Qu’est ce que le FAD/FADH2 ?
3) Quelle est la spécificité de MAO-A et MAO-B d’après Figure 1B ? Comment pourrait-on l’expliquer ?

Figure 1. Oxidative deamination of monoamines catalyzed by monoamine oxidases (MAOs) A and B. (A) General
reaction scheme showing the binding of a monoamine (neurotransmitter) to the flavoenzyme (E–FAD) to yield the
respective aldehyde and ammonia via reduction of the flavin adenine dinucleotide (FAD) co-factor toward FADH2 (step
1), followed by conversion of the aldehyde (step 2) either to carboxylic acid via aldehyde dehydrogenase (ALDH) or
into alcohol (glycol) by aldehyde reductase (ALR). (B) Localization of MAOs on the mitochondrial outer membrane and
their specificities in the oxidative deamination of monoamine neurotransmitters (Maggiorani et al., 2017).

4) Sachant que E-FAD et le substrat ont pour structure générale, les structures suivantes, proposer un
mécanisme impliquant une attaque nucléophile pour expliquer la formation de l’iminium. Expliquer
ensuite le passage de cet intermédiaire à l’adéhyde.
Exercice 3 : Une application intéressante de l’action catalytique de la FAP a été publiée dans l’article suivant : Light-
Driven Kinetic Resolution of α-Functionalized Carboxylic Acids Enabled by an Engineered Fatty Acid
Photodecarboxylase, Jian Xu et al, 2019, Angew. Chem. Int. Ed., 10.1002/anie.201903165
Le bilan réactionnel est décrit ci-dessous :

Après des études de mutagénèse dirigée sur l’enzyme sauvage, la variant G462Y a été identifiée avec un E = 211 dans
le cas du racémique 1a.

« The best hit in the present study proved to be variant G462Y, which showed the highest ee value for the
unreacted (R)-1 a (up to 99 %) under ideal conversion (51 %).”

The progress curve of the Kinetic Resolution of 1 a with WT and variant G462Y. Dotted gray lines are for
WT CvFAP and black straight lines for G462Y. • conversion; ▪ ee.

1) Que signifie WT et G462Y ?

2) Rappeler le principe de la résolution cinétique.
3) Qu’est ce que E ? Rappeler la définition de ee.
4) Sur le graphique ci-dessus, l’ee est-il celui du substrat ou du produit ?
5) Expliquer pourquoi, cet article est publié dans un excellent journal en discutant conversion et ee obtenus.

Données : Alanine, A, Ala ; Arginine, R, Arg ; Asparagine, N, Asn ; Aspartate ou acide aspartique, D, Asp ; Cystéine, C,
Cys ; Glutamate ou acide glutamique, E, Glu ; Glutamine, Q, Gln ; Glycine, G, Gly ; Histidine, H,His ; Isoleucine, I,
Ile ; Leucine, L, Leu ; Lysine, K, Lys ; Méthionine, M, Met ; Phénylalanine, F, Phe, Proline, P, Pro ; Sérine, S, Ser ;
Thréonine, T, Thr ; Tryptophane, W, Trp ; Tyrosine, Y, Tyr ; Valine, V, Val.