FSB-USTHB Année universitaire 2021-2022

L2-SNV Sections (A,B,C,D,E, F,G,I,J,K) Série TD3 Biochimie Structure AA- Peptides-Protéines

Exercice 1 :
A) soit le mélange en acides aminés suivant : Gly, Tyr, Cys, Asp, Lys, Met, Pro. On donne les
valeurs des constantes d’ionisation des groupements fonctionnels de chaque acide aminé, Complétez le
tableau suivant :
Acide pKa-COOH pKb-NH2 pKr pHi Charge globale de l’acide aminé
aminé
pH=2.01 pH=7.36 pH=13.06

Aspartate 1.88 9.60 3.65

Cysteine 1.96 10.28 8.18
Alanine 2.34 9.69 -
Arginine 2.17 9.04 12.48
Methionine 2.28 9.21
et HIS 1.82 9.17 6.00-
Tyrosine 2.20 9.11 10.07
proline 1.99 10.64 -
(fonction
imine)
B) Dnnez l’ionisation de la tyr et de la Cys allant d’un miliei acide à un milieu basique
Positionnez ces acides aminés sur l’électrophorégramme après visualisation à la ninhydrine

pH=2.01

pH=13.06

pH=7.36

C) Quelle valeur de pH doit-on appliquer afin de fixer tous les acides aminés sur une résine
échangeuse d’anions ?
D) Quel type de gradient de pH doit-on utiliser pour éluer tous les acides aminés un à un ?
E) Donnez l’ordre d’élution de ces acides aminés .
Acide aminé Ordre d’élution

Alanine

Aspartate

Cystéine

Arginine

Méthionine

Tyrosine

proline

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Exercice 2 :

1/ Ecrire les réactions d’ionisation des acides aminés : Ala, Arg, Asp lorqu’on passe d’un milieu
très acide vers un milieu très basique. ( Voir les valeurs des pK dans l’exo 1 cette partie est
facultative ( Expliquez la forme protonée du groupement guanidique de l’Arg.)
2/ Soit 4 acides aminés (Ala, Cys, Asp et Arg) qui ont é té soumis à une CCM sur couche de cellulose
utilisant une phase mobile (solvant organique = acétone/butanol et acide acétique).
3/- Donnez le principe de la CCM .Quel est le révélateur spécifique des AA ?Obtient-on le même
aspect avec tous les acides aminés, ? Si non donnez la raison.
4/- Sur quel paramètre physicochimique se base ce type de séparation ?
5/- Donnez sous forme de chromatogramme , l’ordre de migration de ces 4 AA

Exercice 3 :
L'é tude de la structure d'un peptide a donné les ré sultats suivants :
1- Composition en acides aminé s : Ala, Arg, Cys, Lys, Ser.
2- L'hydrolyse par la trypsine donne un dipeptide et un tripeptide.
3- L'hydrolyse acide mé nagé e donne un tripeptide composé de : Ala, Arg, et Cys.
4- L'action du dinitrofluorobenzè ne (DNFB) sur le tripepetide pré cé dent donne un dinitrophé nyl-
Alanine (DNP-Ala).
Parmi les réponses suivantes, choisir la ou les séquence(s) compatible(s) avec les données ci-
dessus :
a- Lys-Ala-Arg-Cys-Ser b- Ala-Arg-Cys-Ser-Lys
c- Ala-Arg-Cys-Lys-Ser d- Ser-Ala-Arg-Cys-Lys
e- Ser-Lys-Ala-Arg-Cys f- Ala-Arg-Ser-Cys-Lys

5-Donner la charge du peptide dans un milieu à pH=7.2,

6-cCe peptide pré sente-t-il un spectre d’absorption à 280 nm
7- Ecrire la structure du peptide.

Exercice 4 :

L'analyse en acides aminé s d'un octapeptide montre la pré sence de : 2 Ala, 1 Asp, 1 Arg, 1 Met, 1
Val, 2 Tyr. Les faits suivants ont é té observé s :
1) Une hydrolyse partielle du peptide donne un dipeptide de structure :

2) Un traitement avec la chymotrypsine donne 2 té trapeptides avec chacun 1 ré sidu alanine.

3) Le traitement avec la trypsine de l'un des deux té trapeptides donne 2 dipeptides.

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4) Le bromure de cyanogè ne avec le mê me té trapeptide utilisé en (3) donne un tripeptide et une
tyrosine.
5) L'analyse de l'autre té trapeptide par la mé thode de Sanger donne le DNP-Asp.
6) L’action de la PITC sur l’octapeptide donne la PTH-Ala
Donner la sé quence et la formule de l'octapeptide.

Exercice 5
Afin d’identifier la composition de 3 protéines différentes, une analyse par SDS-PAGE (
électrophorèse sur gel de polyacrylamide en présence du sodium dodécyl sulfate ) cette
électrophorèses est réalisée en présence et en absence de bêta mercaptoé thanol. Le profil obtenu
est le suivant :

1) Donner la composition structurale des trois proté ines et la relation entre elles.
2) Donner l’ordre d’élution de ces 3 protéines si elles sont soumises à une chromatographie
d’exclusion molé culaire (Gel filtration)