Polycopié UE1 2017-2018 (Définitif)

ÉDITION 3
UE 1
Atomes ⦁ Biomolécules ⦁ Génomes
Bioénergétique ⦁ Métabolisme
Année universitaire 2017-2018
Tutorat PACES Lyon Est 2
Polycopié UE 1
Polycopié UE 1
Introduction
Informations générales sur les polycopiés

Les polycopiés du Tutorat PACES Lyon Est sont mis à votre disposition comme compléments
possibles à votre méthode de travail. Ils n'ont pas vocation à remplacer votre présence en cours ou le
cours de l'enseignant. Les polycopiés ont été rédigés à partir des cours de l'année précédente, il est
donc possible que certaines parties ne soient plus au programme ou soient devenues inexactes (eh
oui, la science évolue !). Nous vous conseillons de vous approprier au maximum ces polycopiés en les
annotant, en les surlignant, en les corrigeant et en les modifiant en fonction du nouveau cours.
Nous insistons sur le fait que les polycopiés du Tutorat sont des Supports Pédagogiques, et ne
sont absolument pas une manière de remplacer les cours en amphithéâtre, ou une référence pour le
concours PACES.
La parole du professeur au cours de la présente année universitaire fera toujours foi.
La présence de ce signe indique que le cours en question a été relu par le

professeur qui l'assurera pour l'année universitaire 2016-2017 (le cours ayant
cependant été réalisé à partir du cours de l'année 2015-2016).
Dans le sommaire, les cours relus sont indiqués par le signe : .
Informations concernant l'UE1 et son polycopié

L'UE1 est la matière qui a pour but d'enseigner le fonctionnement du vivant à l'échelle
moléculaire. Elle commence par des bases de chimie physique et de chimie organique pour
comprendre le comportement fondamental des atomes composant la matière vivante. Ensuite, la
partie biochimie abordera les familles de molécules importantes pour la vie, telles que les glucides, les
protéines ou encore les lipides... Un cours sera dédié à l'enzymologie puis la transition s'effectuera
vers des cours de métabolisme afin d'introduire le devenir du glucose dans la cellule. Tout cesi sera
ponctué par la biologie moléculaire axée sur l'étude de l'acide désoxyribonucléique (ADN), de sa
synthèse à son implication dans les pathologies moléculaires.
Les deux premières parties contiennent des cours effectués à partir de fichiers audio que vous
retrouverez sur la plateforme Spiral Connect en temps voulu. Ils n'ont pas vocation à être complets,
ainsi l'écoute des fichiers audio est primordiale.
3 Année 2016 - 2017

Sommaire
Polycopié UE 1................................................................................................................................................................... 3
Introduction ...................................................................................................................................................................... 3
Sommaire .......................................................................................................................................................................... 4
Atome ............................................................................................................................................................................. 23
I. Atomistique ............................................................................................................................................................. 23
Atomes, nucléides, isotopes ........................................................................................................................ 23
Niveaux d’énergie et spectres de raies ........................................................................................................ 24
II. Atomes polyélectroniques ...................................................................................................................................... 25
Théorie quantique ........................................................................................................................................ 25
Répartition électronique .............................................................................................................................. 27
Configuration électronique .......................................................................................................................... 28
Énergie des électrons ................................................................................................................................... 30
III. Modèle ondulatoire ............................................................................................................................................... 31
IV. Tableau périodique des éléments ......................................................................................................................... 33
Liaisons chimiques........................................................................................................................................................... 35
I. Modèle de Lewis...................................................................................................................................................... 35
Définition...................................................................................................................................................... 35
Charge formelle ............................................................................................................................................ 35
Insuffisances à la théorie de Lewis ............................................................................................................... 36
II. Modèle VSEPR ........................................................................................................................................................ 37
III. Moment dipolaire .................................................................................................................................................. 38
Orbitales moléculaires ..................................................................................................................................................... 39
I. Modèle des orbitales moléculaires ......................................................................................................................... 39
II. Diagramme des orbitales moléculaires .................................................................................................................. 39
Les différents recouvrements ...................................................................................................................... 39
Ordre de liaison (= OL) ................................................................................................................................. 41
III. Hybrides d’orbitales .............................................................................................................................................. 41
3
Hybridation sp ............................................................................................................................................. 41
2
Hybridation sp ............................................................................................................................................. 42
Hybridation sp .............................................................................................................................................. 42
Le modèle VSEPR +++ ................................................................................................................................... 43
La thermodynamique et les équilibres chimiques ............................................................................................................ 45
I. Système chimique ................................................................................................................................................... 45
II. Transformation d'un système chimique ................................................................................................................. 46
III. Principes de la thermodynamique......................................................................................................................... 46
Premier principe : enthalpie......................................................................................................................... 46
Second principe : entropie ........................................................................................................................... 47
IV. Équilibres chimiques ............................................................................................................................................. 48
Quotient réactionnel .................................................................................................................................... 48

Polycopié UE 1
Déplacement des équilibres ......................................................................................................................... 48

Modes de représentation des molécules ......................................................................................................................... 53
I. Représentations planes (deux dimensions)............................................................................................................. 53
II. Représentations tridimensionnelles ....................................................................................................................... 53
Représentation de CRAM ............................................................................................................................. 53
Représentation de NEWMAN....................................................................................................................... 53
Représentation de FISCHER.......................................................................................................................... 54
Isomérie .......................................................................................................................................................................... 55
I. Relations d’isomérie ......................................................................................................................................... 55
II. Eléments stéréogènes ....................................................................................................................................... 55
Carbone asymétrique (C*) ........................................................................................................................... 55
Double liaison C=C........................................................................................................................................ 56
Descripteurs R/S et E/Z ................................................................................................................................................... 57
I. Descripteurs R/S : carbone asymétrique ................................................................................................................. 57
Cas général des composés à 2 C* ................................................................................................................. 58
Exception à ce cas : composé « méso » ....................................................................................................... 58
II. Descripteurs E/Z : double liaison stéréogène ......................................................................................................... 58
Chiralité .......................................................................................................................................................................... 59
I. Définition ................................................................................................................................................................. 59
II. Chiralité et carbone asymétrique ........................................................................................................................... 59
III. Chiralité et pouvoir rotatoire ................................................................................................................................ 59
Nomenclature des composés organiques ........................................................................................................................ 61
I. Schéma général de la nomenclature................................................................................................................. 61
II. Marche à suivre................................................................................................................................................. 61
Alcools ............................................................................................................................................................................ 63
I. Formation d'esters = estérification ......................................................................................................................... 63
II. Formation d'éthers par réaction de Williamson..................................................................................................... 63
III. Formation d'alcènes par déshydratation d'un alcool ............................................................................................ 64
Amines ............................................................................................................................................................................ 65
I. Formation d’ammonium (réaction acide / base) ..................................................................................................... 65
II. Formation d'imines................................................................................................................................................. 65
III. Formation d'énamines........................................................................................................................................... 66
Aldéhydes et cétones ...................................................................................................................................................... 67
I. Formation de cyanhydrines ..................................................................................................................................... 67
II. Formation d'aldols/cétols = condensation aldolique ............................................................................................. 68
III. Formation d’aldéhydes ou de cétones insaturés .................................................................................................. 68
IV. Formation d'ac. carb. par oxydation des aldéhydes.............................................................................................. 68
Acides carboxyliques et dérivés ....................................................................................................................................... 69
I. Formation de chlorures d’acide ........................................................................................................................ 69
II. Formation d’anhydrides d’acide ....................................................................................................................... 69
III. Formation d’acides carboxyliques ................................................................................................................ 69
5 Année 2016 - 2017

Saponification / Hydrolyse acide .................................................................................................................. 69
Synthèse malonique ..................................................................................................................................... 70
IV. Formation d’esters ....................................................................................................................................... 70
V. Formation d’amides .......................................................................................................................................... 71
VI. Réduction grâce à l’hydrure de lithium – aluminium ................................................................................... 71
aires
Formation d’alcools I ............................................................................................................................... 71
Formation d’amines ..................................................................................................................................... 71
Les acides aminés ............................................................................................................................................................ 75
I. Généralités .............................................................................................................................................................. 75
II. Différents acides aminés ........................................................................................................................................ 76
Les acides aminés courants .......................................................................................................................... 76
Les acides aminés rares ................................................................................................................................ 86
III. Propriétés acido-basiques des acides aminés ....................................................................................................... 87
Ionisation / dissociation des acides aminés ................................................................................................. 87
Courbe de titration des AA à chaîne latérale non ionisable ......................................................................... 87
Courbe de titration des AA à chaîne latérale ionisable ................................................................................ 89
IV. Autres propriétés des acides aminés .................................................................................................................... 90
Propriétés physiques .................................................................................................................................... 90
Réaction à la ninhydrine (en excès) ............................................................................................................. 91
Propriétés biologiques ................................................................................................................................. 91
V. Rôles biologiques des acides aminés ..................................................................................................................... 91
Intermédiaires métaboliques ....................................................................................................................... 92
Précurseurs .................................................................................................................................................. 92
VI. Techniques d’analyse des acides aminés .............................................................................................................. 93
Séparation par électrophorèse .................................................................................................................... 93
Séparation par CCM ..................................................................................................................................... 94
Séparation par chromatographie échangeuse d’ions .................................................................................. 94
Séparation par HPLC..................................................................................................................................... 95
Peptides .......................................................................................................................................................................... 97
I. Liaison peptidique ................................................................................................................................................... 97
Liaison amide ............................................................................................................................................... 97
Chaîne polypeptidique ................................................................................................................................. 97
Nomenclature .............................................................................................................................................. 98
Exercice : calcul de charge peptidique ......................................................................................................... 98
Liaison isopeptidique ................................................................................................................................... 99
Peptides cycliques ...................................................................................................................................... 100
Mise en évidence de la liaison peptidique ................................................................................................. 101
II. Détermination de la séquence peptidique ........................................................................................................... 101
Séquençage ................................................................................................................................................ 101
Coupures spécifiques de peptides ............................................................................................................. 102
Cartes peptidiques ..................................................................................................................................... 104

Polycopié UE 1
III. Rôles biologiques de peptides : exemples ........................................................................................................... 106

Peptides antibiotiques ............................................................................................................................... 106
TRH : hormone hypothalamique ................................................................................................................ 107
Glutathion .................................................................................................................................................. 107
Glucagon .................................................................................................................................................... 108
Insuline ....................................................................................................................................................... 108
Ghréline ...................................................................................................................................................... 109
Aspartame .................................................................................................................................................. 109
IV. Peptidases et maturation des protéines ............................................................................................................. 110
Clivage du peptide signal............................................................................................................................ 110
Maturation de l’insuline ............................................................................................................................. 110
V. Synthèse peptidique............................................................................................................................................. 111
Synthèse in-vivo ......................................................................................................................................... 111
Synthèse d'analogues peptidiques : médicaments .................................................................................... 111
Les protéines et leurs structures .................................................................................................................................... 113
I. Introduction ........................................................................................................................................................... 113
II. Structure primaire ................................................................................................................................................ 113
III. Structure secondaire ........................................................................................................................................... 113
L’hélice a .................................................................................................................................................... 115
Le feuillet b................................................................................................................................................. 116
Les structures super-secondaires ............................................................................................................... 117
IV. Structure tertiaire ............................................................................................................................................... 118
Les liaisons internes ................................................................................................................................... 118
Notion de « domaine »............................................................................................................................... 119
Représentation tridimensionnelle ............................................................................................................. 123
Mise en place de cette structure ............................................................................................................... 123
Notion de « famille de protéines »............................................................................................................. 124
Apparition de protéines nouvelles ............................................................................................................. 125
Intérêt de la recherche d’homologies structurales .................................................................................... 126
V. Structure quaternaire ........................................................................................................................................... 126
Assemblage de sous-unités protéiques ...................................................................................................... 126
Exemple du collagène ................................................................................................................................ 127
Auto-Assemblage ....................................................................................................................................... 128
Structure biologique n’étant pas un auto-assemblage .............................................................................. 129
Les protéines et leurs classifications .............................................................................................................................. 131
I. Classification des protéines selon leur structure................................................................................................... 131
II. Classification des protéines selon leur forme....................................................................................................... 131
III. Classification des protéines selon leur localisation ............................................................................................. 132
IV. Classification des protéines selon leur fonction .................................................................................................. 132
V. Protéines membranaires ...................................................................................................................................... 132
Définition.................................................................................................................................................... 132
7 Année 2016 - 2017

Les protéines transmembranaires ............................................................................................................. 133
Exploration des protéines .............................................................................................................................................. 143
I. Concentration d'une molécule .............................................................................................................................. 143
Définitions .................................................................................................................................................. 143
Concentrations plasmatiques..................................................................................................................... 143
Comment préparer une solution................................................................................................................ 144
Dans les tissus ............................................................................................................................................ 144
II. Purification ........................................................................................................................................................... 144
But de la purification .................................................................................................................................. 144
Sources de la purification ........................................................................................................................... 145
Purification selon la taille ........................................................................................................................... 145
Selon la charge : chromatographie par échange d'ions ............................................................................. 146
Selon la capacité de liaison : chromatographie d'affinité .......................................................................... 147
Exemple : purification d’un coactivateur ................................................................................................ 147
Étapes de la purification ............................................................................................................................. 148
III. Notion de poids moléculaire ............................................................................................................................... 149
IV. Électrophorèse .................................................................................................................................................... 149
Electrophorèse monodimensionnelle (1D) ................................................................................................ 150
Electrophorèse bidimensionnelle (2D) ....................................................................................................... 150
V. Étude d’une protéine spécifique .......................................................................................................................... 151
Dosage radio-immunologique (méthode du sandwich) ............................................................................. 152
Dosage immuno-enzymatique ................................................................................................................... 152
Western Blot ........................................................................................................................................... 153
Immunocytochimie .................................................................................................................................... 154
VI. Étiquetage d’une protéine .................................................................................................................................. 155
But .............................................................................................................................................................. 155
Étiquettes (= TAG) ...................................................................................................................................... 155
Méthode de FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfert) ................................................................. 156
Lipides ........................................................................................................................................................................... 157
I. Introduction ........................................................................................................................................................... 157
Quelques généralités sur les lipides ........................................................................................................... 157
Propriétés et caractéristiques des lipides .................................................................................................. 157
II. Classification des lipides ....................................................................................................................................... 158
Acides gras saturés (AGS) ........................................................................................................................... 159
Les acides insaturés (AGI)........................................................................................................................... 160
Modifications ............................................................................................................................................. 162
III. Les lipides simples = homolipides ........................................................................................................................ 162
Acyl-glycérol ............................................................................................................................................... 162
Les Cérides ................................................................................................................................................. 163
IV. Les lipides complexes = hétérolipides ................................................................................................................. 163
A. Glycérophospholipides .................................................................................................................................... 163

Polycopié UE 1
Sphingolipides ............................................................................................................................................ 165

V. Les molécules lipophiliques .................................................................................................................................. 168
Les icosanoïdes........................................................................................................................................... 168
Les tèrpènes ............................................................................................................................................... 169
Corps à chaîne isoprénique ........................................................................................................................ 170
VI. Propriétés physico-chimiques des lipides ........................................................................................................... 171
Solubilité .................................................................................................................................................... 171
Température de fusion............................................................................................................................... 172
Indice d’iode ............................................................................................................................................... 173
Oxydation ................................................................................................................................................... 173
Indice de saponification ............................................................................................................................. 174
Hydrogénation ........................................................................................................................................... 174
VII. Techniques d’analyse des lipides ....................................................................................................................... 175
Chromatographie sur couche mince (CCM) ............................................................................................... 175
Chromatographie en phase gazeuse .......................................................................................................... 175
Chromatographie HPLC (High Performance liquid chromatography) ........................................................ 177
Analyse lipodomique .................................................................................................................................. 177
VIII. Métabolisme et transport des lipides ............................................................................................................... 178
Les lipases................................................................................................................................................... 178
Les phospholipases .................................................................................................................................... 179
Transport et absorption des lipides ........................................................................................................... 181
Métabolisme cellulaire des lipides ............................................................................................................. 182
IX. Rôle biologique des lipides .................................................................................................................................. 183
Stockage d’énergie ..................................................................................................................................... 183
Les membranes cellulaires ......................................................................................................................... 184
Les lipides dans la signalisation cellulaire .................................................................................................. 191
BILAN : ...................................................................................................................................................................... 194
Les glucides ................................................................................................................................................................... 195
I. Généralités ............................................................................................................................................................ 195
II. Répartitions et fonctions ...................................................................................................................................... 195
Fonctions énergétiques et nutritives ......................................................................................................... 195
Elément de structure des parois cellulaires ............................................................................................... 195
Liaison avec les protéines et les lipides ...................................................................................................... 195
Constituants structures de l’ADN et de l’ARN ............................................................................................ 195
III. Classification ........................................................................................................................................................ 195
A. les oses (glucides simples) ............................................................................................................................... 195
B. les osides ......................................................................................................................................................... 196
IV. Notion d’Isomérie ............................................................................................................................................... 197
V. Structure linéaire des oses ................................................................................................................................... 199
B. Enantiomères : configuration L ou D............................................................................................................... 199
C. Epimères ......................................................................................................................................................... 200
9 Année 2016 - 2017

VI. Structure cyclique des oses ................................................................................................................................. 200
A. Formation d’un hémiacétal intramoléculaire ................................................................................................. 200
B. Formation d’un hémiakétal intramoléculaire ................................................................................................. 201
C. Un centre d’asymétrie supplémentaire .......................................................................................................... 201
D. Nouvelle isomérie ........................................................................................................................................... 201
E. Conformation spatiale .................................................................................................................................... 202
VII. Liaisons osidiques ............................................................................................................................................... 203
A. Liaisons O-glycosidiques ................................................................................................................................. 203
B. Liaisons N-glycosidiques.................................................................................................................................. 204
VIII. Exemple de sucres ............................................................................................................................................. 204
A. Oses simples.................................................................................................................................................... 204
B. Dérivés d’oses simples .................................................................................................................................... 204
C. Les oligosides ............................................................................................................................................. 204
D. Diholosides ................................................................................................................................................. 204
Polyosides homogènes ............................................................................................................................... 206
Polyosides hétérogènes ............................................................................................................................. 207
Hétérosides ................................................................................................................................................ 208
IX. Peptidoglycanes .................................................................................................................................................. 208
X. Protéoglycanes ..................................................................................................................................................... 208
A. Glycosaminoglycanes (GAG) ........................................................................................................................... 209
B. Glycosaminoglycanes : polymères simples ................................................................................................ 209
C. Glycosaminoglycanes : copolymères.......................................................................................................... 210
D. Fonction des protéoglycanes .......................................................................................................................... 212
E. Exemple d’un protéoglycane .......................................................................................................................... 212
F. Classification .............................................................................................................................................. 213
G. Protéoglycanes extracellulaires :................................................................................................................ 213
H. Protéoglycanes membranaires : syndécannes ........................................................................................... 213
I. Protéoglycane intracellulaire ..................................................................................................................... 214
J. Pathologies ................................................................................................................................................. 214
XI. Glycoprotéines .................................................................................................................................................... 214
A. Chaine peptidique ........................................................................................................................................... 214
B. Ramifications glucidiques................................................................................................................................ 214
C. Les liaisons O—osidiques ........................................................................................................................... 215
D. Liaisons N-glycosidiques ............................................................................................................................. 215
E. Formation dans le RE et le complexe de Golgi ................................................................................................ 217
F. Rôles ................................................................................................................................................................ 217
Stéroïdes ....................................................................................................................................................................... 219
I. Introduction : les isoprénoïdes .............................................................................................................................. 219
II. Généralités sur les stéroïdes ................................................................................................................................ 219
La biosynthèse des stéroïdes ..................................................................................................................... 219
Les stéroïdes biologiquement actifs : hormones ....................................................................................... 220

Polycopié UE 1
III. Cholestérol et première étape de la stéroïdogenèse .......................................................................................... 220

La structure du cholestérol ........................................................................................................................ 220
Le devenir du cholestérol ........................................................................................................................... 221
La première étape de la stéroïdogenèse .................................................................................................... 221
IV. Structure des surrénales fœtale et adulte .......................................................................................................... 223
V. Synthèse des stéroïdes ......................................................................................................................................... 224
Synthèse du cortisol (zona fasciculata ou zone fasciculé) .......................................................................... 224
Synthèse de l'aldostérone (zona glomerulosa) .......................................................................................... 225
Synthèse des androgènes inactifs : DHEA et r4-androstènedione .......................................................... 227
Rétrocontrôle et activation de synthèse .................................................................................................... 228
Régulation du cortisol ................................................................................................................................ 228
Régulation de l'aldostérone ....................................................................................................................... 228
Pathologies concernant les enzymes de la stéroïdogenèse ....................................................................... 228
VI. Biosynthèse de la testostérone dans le testicule ................................................................................................ 229
VII. Biosynthèse œstradiol & progestérone dans l'ovaire ........................................................................................ 230
VIII. Conversions périphériques................................................................................................................................ 232
Action de l'aromatase (CYP19) ................................................................................................................... 232
Isoenzymes des hydroxystéroïdes-déshydrogénases (HSD) ...................................................................... 232
Action de la 5-α-réductase ......................................................................................................................... 232
IX. Enzymes de la stéroïdogenèse ............................................................................................................................ 232
X. Antley-Bixler syndrome ......................................................................................................................................... 233
XI. Vue d'ensemble ................................................................................................................................................... 235
Enzymologie .................................................................................................................................................................. 239
I. Définition ............................................................................................................................................................... 239
II. Réaction enzymatique .......................................................................................................................................... 239
Formation du complexe enzyme-substrat (ES) .......................................................................................... 239
Notion de site actif ..................................................................................................................................... 240
III. Cinétique enzymatique : modèle Michaelis-Menten .......................................................................................... 241
IV. Mesures de la Vmax et du Km ................................................................................................................................ 243
Intérêt de la représentation de Lineweaver-Burke .................................................................................... 243
Paramètres de variation de la Vmax et du Km ........................................................................................... 244
Km de certaines enzymes ............................................................................................................................ 244
Occupation du site catalytique par le substrat .......................................................................................... 245
V. Interaction protéines-ligands : récepteurs-ligands .............................................................................................. 245
VI. Inhibition de l’activité enzymatique .................................................................................................................... 246
Inhibiteurs irréversibles ............................................................................................................................. 246
Inhibiteurs réversibles ................................................................................................................................ 247
Inhibiteurs compétitifs ............................................................................................................................... 247
Inhibiteurs non-compétitifs........................................................................................................................ 248
Inhibiteurs incompétitifs ............................................................................................................................ 248
VII. Enzymes allostériques ........................................................................................................................................ 248
11 Année 2016 - 2017

VIII. Régulation de l’activité catalytique des enzymes ............................................................................................. 249
Interactions non-covalentes (très rapides) ................................................................................................ 249
Modification du substrat et du produit ...................................................................................................... 249
Régulation allostérique .............................................................................................................................. 249
Modulation par la disponibilité du substrat ............................................................................................... 250
Modulation de l’interaction due à l’interaction entre différentes enzymes .............................................. 250
Interactions covalentes (rapides) ............................................................................................................... 250
Phosphorylation-déphosphorylation ......................................................................................................... 250
Activité protéolytique ................................................................................................................................ 251
Régulation de la biosynthèse ..................................................................................................................... 251
Notion d’isoenzymes .................................................................................................................................. 251
Exemple de la pyruvate kinase (PK) ........................................................................................................... 252
Régulation hépatique de la pyruvate kinase .............................................................................................. 252
IX. Classification et nomenclature ............................................................................................................................ 252
Principe ...................................................................................................................................................... 252
Nomenclature internationale ..................................................................................................................... 253
Nom systématique ..................................................................................................................................... 254
Nom commun ............................................................................................................................................ 254
Exemple d’emploi de la nomenclature ...................................................................................................... 254
X. Définition d’une unité enzymatique ..................................................................................................................... 254
XI. Enzymes et coenzymes ........................................................................................................................................ 254
Propriétés communes ................................................................................................................................ 255
Caractères spécifiques des groupements prosthétiques ........................................................................... 255
Caractères spécifiques des cofacteurs ....................................................................................................... 255
Métabolisme intermédiaire ........................................................................................................................................... 257
I. Notions de thermodynamique importantes.......................................................................................................... 257
Enthalpie .................................................................................................................................................... 257
Entropie ...................................................................................................................................................... 257
Énergie libre ............................................................................................................................................... 257
II. Principales molécules du métabolisme intermédiaire ......................................................................................... 259
A. L'adénosine triphosphate (ou ATP) ............................................................................................................ 259
B. Autres composés avec haut potentiel de transfert du gr. phosphoryle..................................................... 260
C. NADH et FADH2 .......................................................................................................................................... 261
D. NADPH ........................................................................................................................................................ 261
E. Coenzyme A................................................................................................................................................ 262
F. Vitamine hydrosolubles ............................................................................................................................. 262
G. Voies de biosynthèse et de dégradation .................................................................................................... 263
H. Les différents transporteurs ....................................................................................................................... 264
III. Conclusion ........................................................................................................................................................... 264
Glycolyse ....................................................................................................................................................................... 265
I. Généralités ............................................................................................................................................................ 265

Polycopié UE 1
II. Formation du fructose-1,6-bisphosphate ............................................................................................................. 265

Phosphorylation du glucose en glucose-6-P .............................................................................................. 265
Isomérisation.............................................................................................................................................. 266
Deuxième phosphorylation du fructose-6-P en fructose-1,6-bisP ............................................................. 266
III. Formation du glycéraldéhyde-3-phosphate ........................................................................................................ 266
IV. Conservation de l’énergie ................................................................................................................................... 267
Réaction d’oxydoréduction ........................................................................................................................ 267
Formation d’ATP ........................................................................................................................................ 268
V. Formation d’un pyruvate et de deux autres ATP ................................................................................................. 268
A. Deux étapes réversibles ............................................................................................................................. 268
B. Une étape irréversible ................................................................................................................................ 268
VI. Bilan énergétique de la glycolyse ........................................................................................................................ 269
VII. Entrée du fructose dans la glycolyse .................................................................................................................. 269
A. Transformation par la fructokinase ............................................................................................................ 269
B. Transformation par la glycokinase ............................................................................................................. 270
VIII. Entrée du galactose dans la glycolyse ............................................................................................................... 270
IX. Régulation de la glycolyse ................................................................................................................................... 271
A. Hexokinase ................................................................................................................................................. 271
B. Phosphofructokinase (ou PFK1) ................................................................................................................. 271
C. Pyruvate kinase .......................................................................................................................................... 273
X. Devenir du pyruvate ............................................................................................................................................. 273
A. En éthanol .................................................................................................................................................. 273
B. En lactate.................................................................................................................................................... 273
C. Entrée dans le cycle du citrate = cycle de Krebs ........................................................................................ 274
+
XI. Mécanisme d’action des déshydrogénases à NAD ............................................................................................. 275
+
A. Grande parenté structurale du site de liaison du NAD ............................................................................. 275
B. Mécanisme d’action ................................................................................................................................... 275
Cycle de l’acide citrique : Cycle de Krebs ........................................................................................................................ 277
I. Généralités ............................................................................................................................................................ 277
II. Formation de l’acétyl-coA à partir du pyruvate ................................................................................................... 277
III. Vue d’ensemble du cycle de Krebs ...................................................................................................................... 279
IV. Détail du cycle ..................................................................................................................................................... 279
V. Bilan du cycle de Krebs ......................................................................................................................................... 280
VI. Cycle amphibolique ............................................................................................................................................. 280
VII. Contrôle de la pyruvate-déshydrogénase .......................................................................................................... 282
VIII. Contrôle du cycle du citrate .............................................................................................................................. 282
IX. Sélection du cycle du citrate au cours de l’évolution .......................................................................................... 282
Phosphorylation oxydative ............................................................................................................................................ 283
I. Définition ............................................................................................................................................................... 283
II. Mitochondrie ........................................................................................................................................................ 283
Membrane mitochondriale externe ........................................................................................................... 283
13 Année 2016 - 2017

Espace inter-membranaire ......................................................................................................................... 284
Membrane mitochondriale interne ........................................................................................................... 284
Matrice mitochondriale ............................................................................................................................. 284
III. Potentiel rédox et énergie libre ........................................................................................................................... 284
IV. Composition de la chaîne respiratoire ................................................................................................................ 286
V. Différentes étapes du transfert des électrons ..................................................................................................... 287
A. NADH-Q-réductase (I) ................................................................................................................................ 287
B. Succinate-Q-réductase (II) .......................................................................................................................... 288
C. Cytochrome-réductase (III) ........................................................................................................................ 288
D. Cytochrome c ............................................................................................................................................. 289
Cytochrome-oxydase ................................................................................................................................. 290
VI. Couplage de l’oxydation et de la phosphorylation par une force protomotrice ................................................. 291
A. Comment se fait le couplage ? ................................................................................................................... 291
B. Preuves apportées à cette hypothèse ........................................................................................................ 291
C. Inhibiteurs de la chaîne de transfert .......................................................................................................... 293
VII. ATP synthase ou F1F0ATPase .............................................................................................................................. 293
Récapitulatif de ce qu’il faut savoir sur la phosphorylation oxydative ................................................................ 295
VIII. Transporteurs mitochondriaux et oxydation du NADH cytosolique ................................................................. 296
A. Système glycérol-phosphate dans le muscle ............................................................................................. 296
B. Système malate-aspartate (cœur-foie) ...................................................................................................... 296
IX. Bilan ..................................................................................................................................................................... 297
Néoglucogenèse ............................................................................................................................................................ 299
I. Généralités ............................................................................................................................................................ 299
II. Description ........................................................................................................................................................... 299
Formation du PEP (C3) à partir du pyruvate .............................................................................................. 300
Formation d’oxaloacétate (C4)................................................................................................................... 300
Sortie de l’oxaloacétate par la navette malate-oxaloacétate .................................................................... 301
Formation du phospho-énol-pyruvate ....................................................................................................... 301
Conversion du fructose-1,6-bisphosphate ................................................................................................. 301
Formation du glucose par hydrolyse du glucose-6-phosphate .................................................................. 302
III. Bilan de la néoglucogenèse ................................................................................................................................. 302
IV. Intégration dans l’organisme : le cycle de Cori ................................................................................................... 303
V. Régulation hormonale .......................................................................................................................................... 303
Interactions covalentes .............................................................................................................................. 303
Régulation de la biosynthèse ..................................................................................................................... 304
Régulation transcriptionnelle ..................................................................................................................... 304
Métabolisme du glycogène ............................................................................................................................................ 305
I. Introduction .................................................................................................................................................... 305
II. La glycogénogenèse ........................................................................................................................................ 305
Conversion du Glucose 6-phosphate en glucose 1-phosphate .................................................................. 305
L’activation du Glucose 1-Phosphate ......................................................................................................... 306

Polycopié UE 1
Amorce de la synthèse de glycogène ......................................................................................................... 306

L’élongation de la chaîne de glycogène ..................................................................................................... 306
Bilan de la glycogénogenèse ...................................................................................................................... 307
III. La glycogénolyse ........................................................................................................................................ 307
A. Action de la glycogène phosphorylase sur le glycogène ............................................................................ 307
B. Remodelage du glycogène ......................................................................................................................... 308
C. Conversion du glucose 1-Phosphate en glucose 6-Phosphate ................................................................... 308
IV. Régulation du métabolisme du glycogène ................................................................................................. 308
A. Régulation allostérique de la glycogène phosphorylase ............................................................................ 308
B. Régulation hormonale ................................................................................................................................ 309
C. Une Protéine kinase A au centre de la régulation ...................................................................................... 309
D. Activation de la dégradation du glycogène ................................................................................................ 310
E. Inhibition de la dégradation du glycogène ................................................................................................. 310
Le métabolisme lipidique .............................................................................................................................................. 311
I. Introduction .................................................................................................................................................... 311
II. Catabolisme des acides gras ........................................................................................................................... 311
A. Le devenir des acides gras (AG).................................................................................................................. 311
B. Le devenir du glycérol ................................................................................................................................ 312
Vue d’ensemble des cours du métabolisme ................................................................................................................... 313
I. Les hormones .................................................................................................................................................. 313
Le glucagon ................................................................................................................................................ 313
L’insuline .................................................................................................................................................... 313
II. Les principales voies du métabolisme glucidique ........................................................................................... 314
La réplication de l’acide désoxyribonucléique................................................................................................................ 317
I. Définition ............................................................................................................................................................... 317
II. Réplication chez les procaryotes .......................................................................................................................... 317
Éléments nécessaires ................................................................................................................................. 317
Les nucléotides et les ions magnésium ...................................................................................................... 317
Les enzymes ............................................................................................................................................... 318
Mécanismes de la réplication..................................................................................................................... 320
III. Réplication chez les eucaryotes ........................................................................................................................... 325
Quelques spécificités.................................................................................................................................. 325
Les enzymes et les protéines eucaryotes nécessaires ............................................................................... 326
Schéma général de la réplication ............................................................................................................... 327
Particularités chez les eucaryotes .............................................................................................................. 327
IV. Conclusions ......................................................................................................................................................... 330
V. Résumé (non exhaustif) ....................................................................................................................................... 330
La réparation de l’acide désoxyribonucléique ................................................................................................................ 331
I. Introduction ........................................................................................................................................................... 331
II. Mutations ............................................................................................................................................................. 331
Erreurs commises lors de la réplication ..................................................................................................... 331
15 Année 2016 - 2017

Altérations survenant en dehors de la réplication ..................................................................................... 333
III. Correction des erreurs d'appariements .............................................................................................................. 338
A. Correction immédiate: fonction d'édition de l'ARN polymérase ............................................................... 338
B. Système de réparation guidé par les groupes CH3 (méthyles) ................................................................... 338
IV. Correction des autres altérations de l'ADN ......................................................................................................... 339
A. Réparation directe / retour à l'état antérieur ............................................................................................ 339
B. Réparation par excision-réparation (systèmes constitutifs) ...................................................................... 340
C. Réparation des lésions non réparées par les systèmes précédents ........................................................... 342
La transcription de l'acide désoxyribonucléique ............................................................................................................ 345
I. Définition ............................................................................................................................................................... 345
I. Éléments nécessaires ............................................................................................................................................ 346
Les ribonucléotides .................................................................................................................................... 346
L'ARN polymérase ADN-dépendante ......................................................................................................... 346
Chez les procaryotes .................................................................................................................................. 346
Chez les eucaryotes .................................................................................................................................... 347
Inhibiteurs des ARN polymérases .............................................................................................................. 348
La matrice d'ADN........................................................................................................................................ 348
II. Transcription procaryote ...................................................................................................................................... 349
Initiation ..................................................................................................................................................... 349
Élongation .................................................................................................................................................. 350
Fin de la transcription procaryote .............................................................................................................. 351
Différences fondamentales entre la transcription procaryote et la transcription eucaryote .................... 352
III. Transcription et maturation d'ARNm chez les eucaryotes .................................................................................. 353
Initiation ..................................................................................................................................................... 353
Élongation .................................................................................................................................................. 355
L'élongation des ARNm s’accompagne d’une maturation du transcrit ...................................................... 355
Ajout d'une coiffe (chapeau ou cap) en 5’ de l'ARN ................................................................................... 356
Coupure et polyadénylation en 3’ de l'ARN ............................................................................................... 357
Épissage des pré-ARNm ............................................................................................................................. 358
Maturation différentielle des ARNm eucaryotes ....................................................................................... 359
Exportation sélective des ARN messagers hors du noyau cellulaire .......................................................... 361
Comparaison de la synthèse des ARN messagers chez les eucaryotes et chez les procaryotes ................ 362
IV. Transcription et maturation des ARN ribosomiques ........................................................................................... 363
V. Transcription et maturation des microARN ......................................................................................................... 364
La traduction du code génétique en protéines ............................................................................................................... 365
I. Définition ............................................................................................................................................................... 365
II. Code génétique .................................................................................................................................................... 365
A. Généralités ................................................................................................................................................. 365
B. Absence de ponctuation entre les codons ................................................................................................. 366
C. Absence de chevauchement dans le code génétique ................................................................................ 366
D. Un seul cadre de lecture ............................................................................................................................ 366

Polycopié UE 1
E. Caractéristiques ......................................................................................................................................... 366

F. Les mutations ponctuelles ......................................................................................................................... 369
III. Éléments nécessaires .......................................................................................................................................... 369
L'ARNm ....................................................................................................................................................... 369
Les acides aminés ....................................................................................................................................... 370
Les ARNt ..................................................................................................................................................... 370
Les ribosomes............................................................................................................................................. 371
Les facteurs d'initiation et d'élongation ..................................................................................................... 372
IV. La synthèse protéique ......................................................................................................................................... 373
Initiation (eucaryote) ................................................................................................................................. 373
Élongation (eucaryote = procaryote) ......................................................................................................... 374
Terminaison ............................................................................................................................................... 375
Maturation des protéines .......................................................................................................................... 375
V. Particularité de la traduction ............................................................................................................................... 375
Traduction simultanée par plusieurs ribosomes ........................................................................................ 375
Chez les procaryotes : couplage traduction-transcription ......................................................................... 375
ARN mono- ou polycistronique ................................................................................................................ 376
ARNm eucaryote monocistronique ............................................................................................................ 376
ARNm procaryote polycistronique ............................................................................................................. 376
Régulation de la traduction ........................................................................................................................ 377
Chez la bactérie .......................................................................................................................................... 377
Chez les eucaryotes .................................................................................................................................... 377
VI. Molécules inhibitrices de la traduction ............................................................................................................... 378
VII. Régulation post-traductionnelle ........................................................................................................................ 378
Régulation de la dégradation des protéines .............................................................................................. 378
Différents niveaux de régulation de l'expression des gènes ...................................................................... 379
Les acides nucléiques .................................................................................................................................................... 381
I. Structure des acides nucléiques ............................................................................................................................ 381
Bases .......................................................................................................................................................... 381
Bases puriques (C9) .................................................................................................................................... 382
Sucres ......................................................................................................................................................... 383
Acide phosphorique ................................................................................................................................... 383
Nucléoside .................................................................................................................................................. 383
Nucléotides ................................................................................................................................................ 384
II. Nomenclature des bases-nucléosides-nucléotides .............................................................................................. 384
III. Fonctions des acides nucléiques ......................................................................................................................... 385
A. Bases moléculaires de l’ADN et de l’ARN ................................................................................................... 385
B. Autres fonctions ......................................................................................................................................... 385
L’acide désoxyribonucléique (ADN) ............................................................................................................................... 387
I. Structure générale de l’ADN .................................................................................................................................. 387
A. Séquence nucléotidique ............................................................................................................................. 387
17 Année 2016 - 2017

B. Caractéristiques des deux brins d’ADN ...................................................................................................... 387
C. Intérêt de la double hélice ......................................................................................................................... 388
D. Différence ADN-ARN .................................................................................................................................. 389
II. ADN : compacté dans le noyau ............................................................................................................................. 389
A. Génome haploïde ....................................................................................................................................... 389
B. Unité de recombinaison : le centimorgan .................................................................................................. 389
C. Moyen de compaction ............................................................................................................................... 390
D. La queue des histones H2A, H2B, H3 et H4 ................................................................................................ 390
E. L’histone H1 ............................................................................................................................................... 390
F. Nucléosome, superstructure en solénoïde et organisation tertiaire ......................................................... 390
G. Le phénomène de recombinaison .............................................................................................................. 391
H. De nombreuses molécules lient l’ADN ....................................................................................................... 392
I. La chromatine ............................................................................................................................................ 392
III. Différents types d’ADN ........................................................................................................................................ 393
IV. ADN hautement répétitifs ................................................................................................................................... 393
A. Polymorphisme multi-allélique .................................................................................................................. 394
V. ADN moyennement répétitifs .............................................................................................................................. 395
ADN moyennement répétés apparemment non codant ........................................................................... 395
B. ADN moyennement répétés correspondant à des séquences codantes ................................................... 396
VI. Séquences uniques .............................................................................................................................................. 396
A. Structure d’un gène codant pour une protéine ......................................................................................... 396
B. Notion de code génétique .......................................................................................................................... 397
C. Portions transcrites .................................................................................................................................... 397
D. Portions régulatrices .................................................................................................................................. 400
E. Régulation de la transcription d’un gène ................................................................................................... 404
F. Modifications post-transcriptionnelles ...................................................................................................... 409
G. Classifications ............................................................................................................................................. 421
VII. ADN mitochondrial ............................................................................................................................................. 423
Les méthodes de biologie moléculaire ........................................................................................................................... 425
I. Préparation de l’ADN et de l’ARN .......................................................................................................................... 425
Dosage ........................................................................................................................................................ 425
Courbe de fusion – Effet Hyperchrome ...................................................................................................... 425
II. Outils enzymatiques ............................................................................................................................................. 426
A. Les enzymes de restrictions ....................................................................................................................... 426
Les polymérases ......................................................................................................................................... 427
Autres enzymes .......................................................................................................................................... 431
Les nucléases .............................................................................................................................................. 431
III. Notion de banque ................................................................................................................................................ 433
A. Banque d’ADNc .......................................................................................................................................... 433
B. Banque génomique .................................................................................................................................... 434
IV. Notion de sondes ................................................................................................................................................ 435

Polycopié UE 1
V. Southern blot ....................................................................................................................................................... 435

VI. Méthode de PCR ................................................................................................................................................. 438
A. Principe général ......................................................................................................................................... 438
B. Constituants de la réaction ........................................................................................................................ 440
C. Exemples d’application .............................................................................................................................. 441
VII. Séquençage ........................................................................................................................................................ 449
A. Méthode classique ..................................................................................................................................... 449
B. Méthode avec la Taq polymérase .............................................................................................................. 451
C. Amélioration du séquençage ..................................................................................................................... 451
ième
D. Séquençage 2 génération : NGS ........................................................................................................... 452
VIII. Mutations .......................................................................................................................................................... 453
A. Mutations exoniques ................................................................................................................................. 453
B. Mutation intronique................................................................................................................................... 455
C. Mutations non transcrites .......................................................................................................................... 458
IX. Etude d’un ARN spécifique .................................................................................................................................. 458
A. Les différents modes d’études ................................................................................................................... 458
X. Conclusion ............................................................................................................................................................ 459
À retenir ..................................................................................................................................................... 459
Conseils ...................................................................................................................................................... 459
Le traitement d'une séquence ....................................................................................................................................... 460
I. Analyse de séquence ............................................................................................................................................. 460
Rappel ........................................................................................................................................................ 460
Première approche du sujet ....................................................................................................................... 461
Analyse approfondie des séquences .......................................................................................................... 463
II. Analyse des méthodes .......................................................................................................................................... 466
Amorces et oligonucléotides ...................................................................................................................... 466
Analyser le résultat d’un séquençage ........................................................................................................ 468
Remerciements et Remarques ....................................................................................................................................... 471
19 Année 2016 - 2017

Polycopié UE 1
Partie 1
CHIMIE PHYSIQUE
Image. – Source :
https://reasonandreflection.wordpress.com/2014/03/
21 Année 2016 - 2017

UE 1
Atome
Résumé rédigé à partir du cours « audio » du Pr TERREUX
I. Atomistique
Atomes, nucléides, isotopes
Un atome est composé :
§ d'un noyau (expérience de Rutherford) constitué de neutrons et de protons qui forment

l’ensemble des nucléons,
§ d'électrons gravitant autour du noyau (expérience des rayons cathodiques et de Millikan)

et présents en nombre égal au nombre de protons sauf dans le cas des ions.
Un élément est une entité qui rassemble des atomes et des ions ayant le même numéro atomique
Z, c’est-à-dire le même nombre de protons.
Nous notons ainsi un élément de la façon suivante avec :
§ E = nom de l’élément,
§ Z = numéro atomique = nombre de protons contenus dans le noyau,
§ A = nombre de masse = Z + N = nombre de nucléons.

N (non écrit en nomenclature) correspond au nombre de neutrons.
Un ion est un atome ayant perdu ou gagné des électrons
Un nucléide correspond à l’ensemble des atomes possédant le même nombre de protons et de

neutrons, donc le même Z et le même N (au final : le même A).
Exemple. – Le chlore 35, le carbone 14 ou encore le chlore 37 sont des nucléides différents.
Des isotopes sont des nucléides d’un même élément qui possèdent donc le même nombre de
protons (même Z) mais un nombre de neutrons différent (A différents).
Exemple. – Le chlore possède trois isotopes différents : le 35 36 37

17Cl, le 17Cl et le 17Cl.
Nous dénombrons ainsi 109 éléments mais 2300 nucléides différents.
La masse atomique se calcule à partir du Z et du A de chaque élément est en moyenne égale à

-26
10 kg.
De plus, il faut savoir qu’il y a un facteur 104 entre la masse d’un électron et celle d’un nucléon,
la masse d’un atome est donc quasiment entièrement répartie dans le noyau (la masse des électrons
est négligeable).
Tutorat PACES Lyon Est 23 Année 2017-2018

Il faut enfin savoir qu’il y a NA atomes dans une mole d’un élément, NA étant le nombre
d’Avogadro qui est égal à 6,022 x 1023 mol-1.
Remarque. – Une mole de carbone 12 (12C) pèse précisément 12 g " NA x m12C = 12 g.
Niveaux d’énergie et spectres de raies

Un atome peut être excité par des champs électriques, magnétiques, par des variations de
température, d’énergie lumineuse, de chocs mécaniques... Tout cela peut bouleverser l’arrangement
électronique de l’atome.
Ces variations de l’organisation du cortège électronique de l’atome vont produire des spectres de
raies lumineuses qui sont spécifiques de chaque atome et qui vont signer spécifiquement la présence
de cet atome si elles sont détectées.
Il existe deux types de spectres de raies :
§ le spectre d’absorption : l’électron reçoit de l’énergie, il passe donc d’un niveau d’énergie
inférieur (près du noyau) vers un niveau d’énergie supérieur (plus lointain). Ces niveaux
d’énergie sont fixes et quantifiés. Le spectre est alors constitué d’un fond lumineux
continu dans lequel apparaissent des raies sombres qui correspondent à la longueur
d’onde des photons absorbés.
§ le spectre d’émission : c’est l’inverse, l’électron passe d’une couche supérieure à une
couche inférieure, il émet donc un rayonnement lumineux sous forme de photons pour
relarguer un surplus d’énergie. Le spectre est alors un ensemble de raies lumineuses
correspondantes aux longueurs d’onde de photons émis sur un fond noir.
Un atome va d’abord absorber un photon d’une énergie bien précise et va passer dans un état
excité, c’est-à-dire à un niveau d’énergie supérieur. Cet état excité est un état instable, l’électron va
donc se désexciter en émettant un autre photon. Les niveaux d’excitations sont quantifiés et
correspondent à des énergies bien précises, un électron ne peut donc absorber et émettre que des
photons d’une énergie précise.
Niveaux d’excitations atomiques.

UE 1
Nous employons la relation de Balmer pour connaître l’énergie d’un photon émis, exemple pour
l’atome d’hydrogène :
Nous avons dans la formule précédente :
§ n1 le niveau de basse énergie et n2 le niveau de haute énergie

1 1 1
§ = RH ( - )
λ n21 n22
§ RH la constante de Rydberg
§ hcRH qui est égal à 13,6

§ c vitesse de la lumière dans le vide
Plus Z augmente et plus il y a de raies dans le spectre d’émission
II. Atomes polyélectroniques

Théorie quantique
La théorie quantique fait le postulat que :
§ chaque atome possède une énergie quantifiée et négative,
§ chaque électron est dans un état caractérisé et unique à un moment précis,
§ cet état est stationnaire : pas de rayonnement d’énergie.
Pour caractériser cet état électronique particulier, nous emploierons les 4 nombres quantiques n,
!, m et s qui représentent, en quelque sorte, le code postal de l’atome :
§ n : nombre quantique principal est un entier positif non nul qui caractérise le numéro de la
couche électronique où se situe l’électron ;
§ ! : nombre quantique secondaire ou orbital (0 ≤ ! ≤ n-1) représente la forme de la sous-

couche, l’état de l’électron ;
§ m : nombre quantique magnétique (-! ≤ m ≤ +!), représente la case quantique dans laquelle
se trouve l’électron ;
1
§ s : nombre quantique de spin est noté ms et vaut ± .
2
Ces quatre nombres sont spécifiques d'un électron du

cortège électronique et par conséquent, 2 électrons
ne peuvent pas être dans le même état et ne peuvent
pas avoir les mêmes nombres quantiques

Il faut essayer de s’imaginer que les électrons sont répartis sur des couches (n) et gravitent autour
des noyaux des atomes. Dans cette couche, nous retrouvons plusieurs sous-couches (!) dont le nombre
est différent selon la couche dans laquelle nous nous trouvons. Ensuite, les électrons sont répartis sur
ces sous-couches dans des cases quantiques (m), qui contiennent au maximum deux électrons
1 1
chacune. Chaque électron présente alors un spin (s) soit de + /2 soit de - /2.
§ Sur la première couche K, n = 1. ! ne peut donc qu’être égal à 0 et il ne peut y avoir qu’une
seule sous-couche : en effet, 0 ne signifie pas qu’il n’y a pas de sous-couche mais
caractérise une sous-couche à part entière. Cette sous-couche ne va contenir qu’une
seule case quantique car m sera aussi forcément égal à 0 et cette case contiendra alors
1 1
deux électrons au maximum avec des spins différents de + . Et - . Cela correspond à la
2 2
sous-couche s
§ Sur la deuxième couche L, n = 2. Nous aurons ici deux sous-couches : la première

correspondra à ! = 0 et ne contiendra qu’une seule case quantique avec deux électrons
au maximum. La deuxième sous-couche correspondra à ! = 1. Nous pourrons avoir alors
trois cases quantiques différentes car m peut être égal à -1, 0 ou +1, et au maximum 6
électrons différents. Cela correspond à la sous-couche p
§ Sur la troisième couche M, n = 3. Nous aurons trois sous-couches car ! peut être égal à
0, 1 ou 2. Les deux premières seront identiques à celles décrites précédemment. La
troisième présentera 5 cases quantiques différentes car m peut être égal à -2, -1, 0, +1,
ou +2 et pourra accueillir dix électrons au maximum. Cela correspond à la sous couche d
Nous pouvons ainsi continuer comme cela en augmentant le nombre de couches !
§ chaque première sous-couche de chaque couche ne contenant qu’une seule case sera
qualifiée d’état s : nous aurons ainsi l’état 1s, 2s, 3s, etc.
§ chaque deuxième sous-couche avec trois cases sera appelée état p et nous aurons alors
l’état 2p, 3p, 4p etc.
§ chaque troisième sous-couche sera appelée état d et nous aurons l'état 3d, 4d, etc.
§ chaque quatrième sous-couche sera enfin appelée état f.

UE 1
Attention. – Nous ne retrouvons pas d'état 1p. De même que les états 1d et 2d n'existent pas !
Dans les exercices, nous ne dépassons jamais l'état de remplissage f (4ème sous-couche).
Il faut essayer ensuite de s’imaginer que plus la couche et la sous-couche sur laquelle sont
disposés les électrons est proche du noyau, plus l’énergie qu’ils possèdent est faible. Nous pouvons
ainsi définir précisément l’énergie de la couche et de la sous-couche de chaque électron. La sous-
couche 1s sera la moins énergétique car elle la plus proche du noyau et ainsi de suite.
L’énergie des sous-couches va être différente selon le type d’atome auquel nous faisons face :
Les niveaux d’énergie des sous-couches sont égaux

car il n’y a pas de phénomène de répulsion entre les
H et hydrogénoïdes
électrons disposés sur la couche.

Les niveaux d’énergies sont dits dégénérés.
Les atomes hydrogénoïdes : atome possédant un

atome et un noyau
Attention. – C’est un modèle théorique dans lequel il
n’y a qu’un seul électron sur la couche 1s. Les niveaux
d’énergie de H sont alors dits dégénérés car E2S = E2p...
Problème de répulsion entre les électrons

appartenant à une même couche mais de sous-couches
Atomes polyélectroniques
différentes : les sous-couches les plus profondes

repoussent les sous-couches les moins profondes ce qui
fait que leur énergie est plus élevée car elles sont moins
proches du noyau au final. La 2s repousse la 2p et la 3s
repousse la 3p qui repousse la 3d. La répulsion fait passer
la 3d à un niveau d’énergie supérieur à la 4s. Les
électrons se disposeront alors préférentiellement sur la
4s (plutôt que la 3d) et cela est très important à prendre
en compte dans le remplissage des couches!
Au final, la hiérarchie des niveaux d’énergie va dépendre beaucoup de n et un peu de !.
Répartition électronique
La configuration électronique est organisée selon le respect de règles précises. En effet, un atome
stable sera un atome avec une énergie la plus basse possible. La configuration électronique veillera à
respecter cela.
Nous devons respecter plusieurs principes de remplissage des sous-couches électroniques :
§ les électrons sont indiscernables, nous ne savons pas sur quelle couche ils sont !
§ l’atome adopte la conformation la plus stable donc les niveaux remplis sont d’abord
ceux de plus basse énergie !
§ le principe de Pauli indique qu’une case quantique (ou bien une orbitale) ne peut contenir
qu’un ou deux électrons si ceux-ci sont de spins opposés. La case quantique peut, bien
évidemment, être vide aussi.

Exemple. – Sur une couche s, il n’y qu’une seule case quantique. Cette case peut contenir au
maximum deux électrons mais avec des spins forcément anti-parallèles ou appariés car les deux
électrons ont déjà leurs trois premiers nombres quantiques en communs, leur nombre de spin est
donc forcément différent.
§ la règle de Hund indique que dans une même sous-couche, les électrons vont chercher à
occuper le plus de cases quantiques possibles avant de se disposer 2 par 2 dans chaque
case quantique afin de minimiser l’énergie atomique.
§ la règle de la multiplicité souligne la tendance qu’ont les électrons célibataires d’une

même sous-couche à se placer avec des spins parallèles.
Exemple. – Si une sous-couche p ne contient que 3 électrons, ceux-ci se placeront dans les 3 cases
quantiques différentes et auront tous la même valeur de spin, soit +1/2 soit -1/2.
Si tous les électrons sont appariés (aucun électron célibataire), nous disons que l’atome est
diamagnétique, c’est-à-dire qu’il sera insensible à un champ magnétique.
En revanche, si un atome possède un ou plusieurs électrons célibataires, nous disons qu'il est
paramagnétique et il sera alors sensible à un champ magnétique.
Configuration électronique
L’écriture du nombre d’électrons dans les cases quantiques s’appelle la configuration
électronique et correspond à l’état fondamental de l’atome.
L’ordre de rangement des électrons dans les différentes sous-couches suit la règle de
Klechkovski, la succession à connaître par cœur est la suivante :
1s 2s 2p 3s 3p 4s 3d 4p 5s 4d 5p
Exemple Ù Atome d'azote (Z = 7). – Sa configuration électronique sera 1s2 2s2 2p3. On peut écrire
la répartition électronique d’un atome sous la forme 1s2, 2s2, … mais on peut aussi la représenter
au moyen de cases, chacune d’elle représentant une sous-couche. La première couche représentera
donc la sous-couche 1s, etc.
Représentation de la configuration électronique de l’azote.

UE 1
Cette règle s’applique aussi aux ions, il faut juste faire attention à ajouter ou à retirer des
électrons au nombre d’électron initial de l’élément en fonction de la charge de l’ion.
Exemple Ù Atome de chlore. – Le chlore possède normalement un numéro atomique Z de 17, il

faut juste rajouter un dernier électron pour l'ion chlore, ce qui donne un total de 18 électrons à
répartir. On a donc une configuration 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6.
Représentation de la configuration électronique de l’ion chlore.
Attention, il existe des exceptions de remplissage pour les éléments possédant une couche d qui
peut soit être à moitié remplie soit totalement remplie. En effet selon, la règle de Klechkovski, il est
préférable de remplir la couche 4s avant la 3d.
Mais dans certaines situations, le fait de laisser seulement un électron sur la couche 4s et de
remplir soit à moitié soit totalement la couche 3d est plus avantageux d’un point de vue énergétique
que de remplir la couche 4s et de laisser 4 ou 9 électrons dans la couche d. Ces situations se retrouvent
pour 4 éléments :
§ Cr finira en [3d5 4s1] au lieu de [3d4 4s2] et Mo finira en [4d5 5s1] au lieu de [4d4 4s2], nous
aurons ainsi des sous-couches d à moitié pleines ce qui stabilisera l’atome ;
§ Pour remplir totalement la couche d, il en sera de même pour Cu et Ag qui finiront

respectivement par [3d10 4s1] et [4d10 5s1] au lieu de [3d9 4s2] et [4d9 5s2].
Comparaison de configuration électronique.
Dans le cas de ces éléments un peu particuliers, les électrons de valence - c’est-à-dire ceux
capables de faire des liaisons ou que l’on peut enlever pour former des ions - ne seront pas seulement
ceux de la couche 3d mais aussi ceux de la couche 4s.
En effet, s’il faut enlever des électrons, on enlèvera préférentiellement les électrons de la
couche 4s car la configuration électronique obtenue sera plus stable.
Exemple Ù Ion manganèse. – L’ion Mn2+ possèdera 23 électrons au lieu de 25. Sa configuration
électronique sera alors 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s0 3d5 au lieu de 1s2 2s2 2p6 3s2 3p6 4s2 3d3.

Configuration électronique de l’ion manganèse à l’état fondamental et à l’état excité.
Énergie des électrons
Définition Ù Ionisation d'un atome (A " A+ + e-). – Énergie nécessaire à l’arrachement de

l’électron de valence le moins lié mais peut concerner d’autres électrons comme les électrons de
coeur par exemple.
La mesure de l’énergie nécessaire à l’arrachement d’un électron permet de calculer l’énergie de

cet électron.
L’ionisation d’un atome A " A+ + e- concerne habituellement des atomes dans l’état fondamental
et surtout les électrons de valence les moins liés.
Pour les hydrogénoïdes (H ou bien les ions ne possédant qu’un seul électron), l’énergie de
l’unique électron se calcule facilement car il n’y a qu’une seule interaction entre le noyau et l’électron
et se fait avec la formule suivante à savoir :
% 2
En = - 13,6 ( ) en eV
&
Mais dans le cas des atomes polyélectroniques, le calcul n’est pas aussi basique car les électrons
produisent des répulsions entre électrons de la même couche mais aussi entre couches différentes.
Il faut s’imaginer qu’un électron subit une attraction électronique égale, en théorie, à la charge
du noyau c’est-à-dire au nombre de protons Z. Ainsi, l’atome d’azote N exercera, en théorie, une
attraction équivalente à 7 eV car il possède 7 protons. Ainsi, en théorie, l’énergie d’ionisation d’un
électron de l’atome d’azote devrait pourvoir être trouvée avec la formule utilisée pour les atomes
hydrogénoïdes.
Mais une autre donnée vient compliquer ce calcul : les électrons à proximité du noyau d’intérêt
produisent un effet écran. Ils cachent une partie de l’attraction exercée par le noyau sur l’électron
d’intérêt et réduisent donc son énergie. Ainsi, les électrons sur des couches plus proches du noyau
cachent fortement cette attraction et les électrons sur une même sous-couche la cachent plus
faiblement. Les électrons sur des couches plus superficielles ne font pas écran. Nous allons alors
attribuer à chaque électron un coefficient d’atténuation selon sa position dans le cortège électronique.

UE 1
Nous ne calculons alors plus la charge réelle du noyau mais la charge effective ressentie par
l’électron ou Charge Nucléaire Effective (CNE) notée Z* selon la formule suivante :
Z* = Z – Σj σ(i,j)
σ étant le coefficient d’écran de l’e-(i) sur l’e-(j)
Les coefficients d’écran sont donnés par les tables de Slater :
Exemple Ù Deuxième électron de la couche 2p de l'azote (Z = 7) de configuration 1s2 2s2 2p3. –

Il y a deux autres électrons sur la couche 2p qui font écran avec un coefficient de 0,35 ; deux
électrons sur la couche 2s qui font écran avec un coefficient de 0,35 et deux électrons sur la couche
1s qui font écran avec un coefficient de 0,85.
Pour trouver la CNE il faut donc poser Z* = Z – 2×0.35 + 2×0.35 + 2×0.85 = 7 - 3,1 = 3,9 eV.
III. Modèle ondulatoire

La lumière possède un caractère corpusculaire, nous parlons de photons, qui transporte de
l’énergie et qui possède un moment cinétique.
*,
( = *+ =
-
Le chercheur français Louis De Broglie a étendu les propriétés des photons pour les appliquer aux
particules : selon sa théorie, toute particule de masse m et de vitesse v est associée à une onde.
Cette onde est stationnaire et est décrite par une fonction appelée fonction d’onde Ψxyz.
Le carré de cette fonction d’onde (Ψxyz)2 est relié non pas à « l’intensité » de la particule ce qui
ne veut rien dire du tout mais à la chance / probabilité de trouver la particule à un endroit considéré
de cordonnées (x,y,z). Ainsi, la probabilité de trouver un électron dans un volume élémentaire dV peut
être notée dP / dV = k.(Ψ)2.
Le carré de la fonction d’onde représente la probabilité par

unité de volume de retrouver l’électron
Cette probabilité est finie et bornée par 0 (absence) et 1 (certitude de présence).

La probabilité de trouver l’électron dans l’ensemble de l’espace est alors forcément égale à 1 :
∫ ∫ ∫ /0123/ 45. 78 = 9
L’équation de Schrödinger correspond à une équation gouvernant le mouvement des particules.

Sa solution est unique pour chaque particule et correspond à une fonction d’onde sauf qu’elle est
impossible à résoudre en coordonnées cartésiennes (plan normé avec 3 axes x, y et z).
Nous utilisons donc des coordonnées sphériques ou polaires avec Ψ(r, θ, φ) = R(r).Y(θ,φ).
L’utilisation de ces cordonnées sphériques permet de séparer la fonction d’une part en une fonction
radiale R(r) et d’autre part en une fonction angulaire Y(θ,φ).
Chaque solution correspond donc à une fonction d’onde décrite en coordonnées sphériques et
décrit le mouvement de l’électron dans l’espace. Cette solution fait apparaitre au final 3 nombres : n,
! ou m qui décrivent ce que l’on appelle l’orbitale de l’électron.
Les solutions de Ψ(x,y,z) sont inconnues

Les solutions de Ψ(r, θ, ϕ) = R(r). Θ(θ).Φ(ϕ) sont connues et
correspondent à un triplet de trois nombres entiers n, ! ou m.
Chaque triplet permet de décrire l’orbitale de l’électron,
c’est-à-dire l’espace dans lequel l’électron peut se trouver.
Il y a autant de fonctions que de combinaisons n, l, m.
Il y a autant d’états possibles que de combinaisons n, l, m
Ce sont des conditions physiques qui imposent des
restrictions sur n, l, m.
Pour l’instant, nous n'avons pas trouvé de solution générale à l’équation de Schrödinger mais
seulement des solutions particulières à certains triplets de nombres.
En fonction des électrons et de leur localisation au sein du cortège électronique, nous employons
trois types d’orbitales atomiques (OA) pour représenter leur probabilité de présence :
§ l'OA de type s avec une sphère centrée sur l’origine, il n’y a pas de plan nodal (plan où la
probabilité de présence de l’électron est nulle).
§ les trois types d'OA de type p : Px, Py et Pz chacune orientée selon un axe différent de
l’espace. Pour chacune, nous observons deux lobes orientés dans les sens opposés du
même axe avec un plan nodal passant par l’origine. Le plan nodal est perpendiculaire à
l’axe de l’orbitale. Les orbitales sont orthogonales entre elles selon leur axe (x, y ou z) et
nous disons donc que chaque orbitale possède sa densité électronique maximale dans le
plan nodal des deux autres.
§ les 5 types d'OA de type d :
- les d(x2-y2) composées de quatre lobes ovoïdes de même signe sur une diagonale
et orientées entre les axes (deux plans nodaux) ;
- les d(xy), d(yz) et d(zx) composées de quatre lobes ovoïdes de même signe sur un
axe (deux plans nodaux) ;
- la d(z2) composée de deux lobes sur un même axe (z) et d’un petit nuage sur le
plan (xOy), elle ne comprend donc pas de plan nodal.

UE 1
Les trois types d’orbitales atomiques.
IV. Tableau périodique des éléments
Classification périodique des éléments.
Nous pouvons subdiviser le tableau périodique des éléments en trois blocs s, p et d :
§ le bloc s est composé de deux colonnes à la gauche du tableau : la colonne des métaux
1 2
alcalins (ns ) et la colonne des alcalino-terreux (ns ) ;
§ le bloc d est composé de dix colonnes et contient uniquement des métaux ;
§ le bloc p est composé de six colonnes : l’avant-dernière (17ème) est celle des halogènes
(ns2 np5) et la dernière est celle des gaz rares avec des couches de valence complètes (ns2
np6).
Plus des ¾ des éléments sont des métaux

Il est important de connaître les évolutions des propriétés en fonction de l’avancée dans le
tableau périodique.
Tout d’abord la charge nucléaire effective (CNE) qui est la charge du noyau ressentie par
l’électron le plus externe, elle augmente vers la droite et vers le bas du tableau. Nous remarquons une
évolution importante sur la ligne et moins prononcée sur la colonne.
Ensuite, le rayon atomique est le rapport du nombre quantique principal au carré par la CNE,
multiplié par la constante a0. Il grandit vers la gauche et vers le bas.
L’énergie d’ionisation est l’énergie nécessaire pour arracher l’électron le plus externe de l’atome,
on l’appelle aussi potentiel d’ionisation. Il grandit vers le haut et vers la droite sauf entre les colonnes
2 et 13 (sous-couche pleine) et les colonnes 15 et 16 (sous-couche à demi pleine). Il est faible pour les
métaux et élevé pour les non-métaux.
En outre, l’affinité électronique est l’énergie nécessaire pour qu’un atome chargé négativement
perde un électron :
§ si elle est nulle, on est face à un anion instable (colonnes 2 et 18).
§ si elle est importante, l’anion est stable (colonnes 16 et 17).
§ elle grandit comme l’électronégativité : vers le haut et la droite.
Enfin, l’électronégativité traduit la tendance à prendre des électrons au sein d’une liaison. On
remarque que l’élément le plus électronégatif est le fluor et que les gaz rares n’ont pas
d’électronégativité. Elle grandit vers le haut et la droite. Elle est moyenne pour les métalloïdes (environ
2), faible pour les métaux (< 2) et importante pour les non métaux (> 2).
§ les métaux : possèdent une électronégativité faible, c’est-à-dire inférieure à 2. Ils

possèdent un potentiel d’ionisation faible, des orbitales atomiques situées à des énergies
peu profondes. Ils sont principalement situés à gauche du tableau et peuvent conduire à
des cations. Ce sont des bons conducteurs de courant et de la chaleur, ils sont malléables,
ductiles, et présentent une tendance à s’oxyder (perte d’électrons). Ils forment des
oxydes à caractère basique.
§ les non-métaux : présentent une électronégativité élevée, c’est à dire supérieure à 2. Ils
possèdent des potentiels d’ionisation élevés, des orbitales atomiques situées à des
énergies profondes. Les non métaux sont situés à droite du tableau (groupe « p ») et
conduisent à des anions oxygénés et forment des oxydent à caractère acide.
§ les éléments intermédiaires dits « métalloïdes » : ils sont situés dans la diagonale du
groupe p. On compte entre autres le Bore, le Silicium, l’Arsenic, La Tellure et le Polonium.
Ils conduisent à des cations et à des anions.

UE 1
Liaisons chimiques
Résumé rédigé à partir du cours « audio » du Pr. TERREUX
S’il n’y avait pas de liaison chimique entre les différents atomes, toute la matière serait sous forme
gazeuse. Souvent, la liaison de plusieurs atomes pour former une molécule rend l’entité finale stable
(exemples du H2 ou N2) mais cela ne marche pas pour les gaz rares qui sont très stables sous forme
d’atomes non liés, ils ne forment donc pas de molécule.
Au sein même d’une molécule, la distance interatomique sera inférieure à la somme des rayons
atomiques. En effet, la différence d’électronégativité entre les deux atomes provoque une attraction
des atomes entre eux. Plus la différence est grande et plus l’attraction sera élevée.
I. Modèle de Lewis
Définition
Il faut savoir que les atomes sont liés en molécules stables. Les atomes des gaz rares ont une
structure à 8 électrons externes très stables et ne forment pas de liaison chimique. (Sauf l’hélium ne
possédant que 2 électrons).
Lewis émet ainsi l’hypothèse d’une structure à 8 électrons qui serait « magique », les atomes
tendent donc à parvenir à cette structure en formant des ions ou bien en partageant des électrons
externes afin de former des liaisons.
Pour représenter une structure de Lewis, trois règles sont à respecter :
§ ne représenter que les électrons externes (= électrons de valence),
§ représenter tous les doublets appariés par un trait ( ̶ ),
§ représenter les électrons non appariés par un point.
Si un atome possède plusieurs électrons célibataires, nous pourrons observer la formation de

liaisons multiples. La représentation de Lewis est un modèle à un atome central.
Charge formelle
Pour chaque atome présent dans une molécule ou bien pour un ion, nous définissons une charge
formelle q.
q=v-e-d
§ v : nombre d’électrons de valence
avec § e : nombre d’électrons de l’atome participant aux liaisons selon Lewis
§ d : nombre d’électrons dans les doublets non liants

Voici la méthode pour calculer cette charge formelle :
Calculer le nombre d'électrons de valence de la molécule globale.

ÉTAPE 1 Attention aux molécules chargées !!
ÉTAPE 2 En déduire le nombre de paires d’électrons (diviser par deux).

Écrire l’atome central (celui avec l’électronégativité la plus faible) et répartir les
autres de façon symétrique autour de celui-ci. Placer un doublet électronique entre
ÉTAPE 3 chaque atome écrit (à partir de l’atome central) et voir le nombre de doublets
restants. Utiliser les doublets restants pour essayer de former la règle de l’octet pour
les atomes terminaux (sauf H) puis dans un deuxième temps pour l’atome central.
Calculer les charges formelles des différents atomes puis leur somme au sein de la
ÉTAPE 4 molécule. La bonne molécule est celle avec la somme la plus faible et si égalité, on
doit voir si les charges formelles respectent les électronégativités.
calculer
Calculer
les Calculer le Choisir la molécule
Répartir les
Électrons nombre présentant la somme la
les paires Charges
de de paires plus faible
partielles
valence
Exceptions et remarques
§ les atomes de période ≥ 3 peuvent s'entourer de 8 à 18 électrons : on parle

d’hypervalence
§ les atomes comme le Be et ceux de la colonne 13 peuvent avoir un déficit en électrons,
§ les halogènes terminaux sont toujours liés à l'atome central par une liaison simple,
§ A l'exception du monoxyde de carbone (CO), les atomes O et S forment soit une liaison
simple et sont porteurs de trois doublets libres, soit une liaison double et sont porteurs de
deux doublets libres.
Insuffisances à la théorie de Lewis

Tout d’abord, la représentation de Lewis ne prend pas en compte les phénomènes de mésomérie
et de résonance. C’est-à-dire qu’avec un même nombre d’atomes et d’électrons, nous aurons des
représentations différentes (hybrides de résonance). Il n’y en a pas une vraie à un moment donné, ce
ne sont que des représentations. La résonance abaisse l’énergie de la molécule, elle est donc plus
stable.
De plus, la règle de l’octet n’est pas toujours respectée. On observe des hyper-valences ainsi que
des déficits en électrons.
Nous notons enfin d’autres problèmes comme des radicaux à nombre impair d’électrons, la
molécule CO polarisée en sens inverse, ou la molécule O2 paramagnétique.

UE 1
Rappel sur la résonnance :
§ Elle correspond à un mélange de structures ayant le même nombre d’atomes

mais des agencements d’électrons différents.
§ La participation de chaque formule de résonnance à la forme globale peut-être
différente.
§ La résonnance abaisse l’énergie de la molécule.
§ La structure prépondérante sera la plus stable
II. Modèle VSEPR

Les doublets sont des ensembles de charges qui se repoussent entre elles. Elles sont réparties
dans l’espace afin de minimiser ces interactions. Ce modèle VSEPR s’appuie sur le modèle de Lewis.
La notation est la suivante : AXnEm (avec n : nombre d’atomes liés à l’atome central et m : nombre
de doublets libres portés par l’atome central).
Pour la représentation, nous allons découper l’espace autour de l’atome central en p zones où
seront distribuées les liaisons : p = n + m.
Nous nous retrouvons ainsi avec les conformations suivantes :

§ p = 2 : linéaire (angles à 180°),
§ p = 3 : trigonal plan (angles à 120°),
§ p = 4 : tétraèdre (angles à 109,5°),
§ p = 5 : biprisme trigonal (angles à 120° et à 90°),
§ p = 6 : octaèdre (angles à 90°).

Répulsions : les doublets ne sont pas équivalents autour de l’atome central. Certains « gros »
doublets vont provoquer une plus grosse répulsion avec les autres que des « petits » doublets. Nous
avons ainsi des répulsions hiérarchisées en fonction du caractère liant du doublet :
Rép (nl-nl) > Rép (nl-l) > Rép (l-l)
Nous aurons aussi des répulsions hiérarchisées en fonction du caractère multiple de la liaison :
Rép ( ≡ ) > Rép ( = ) > Rép ( ̶ )
Remarques
§ en AX5, les doublets non liants sont toujours équatoriaux,
§ dans un octaèdre, deux doublets électroniques libres pointent toujours vers des sommets
opposés.
III. Moment dipolaire

Le moment dipolaire est une grandeur vectorielle qui représente la déformation de la densité
électronique au sein d’une liaison. Le vecteur moment dipolaire est orienté de l’atome le plus
électronégatif vers l’atome le moins électronégatif.
Le moment est exprimé en debye (D). Il faut retenir que :
Deux charges (+e) et (-e) séparées de 0,1 nm forment un

moment dipolaire de 4,8 D.
Le moment dipolaire est défini pour une molécule avec des liaisons entre atomes, il ne peut donc
pas être défini pour un ion. En cas de présence d’un centre de symétrie au sein de la molécule (CH4,
SF6 ou bien BF3), la somme des moments dipolaires de chaque liaison va s’annuler pour la molécule
globale puisque l’on parle de grandeurs vectorielles.
Nous définissons l’ionicité ou pourcentage de caractère ionique :
%ionicité =100 x µréel /µthéorique
Caractérisation de l’ionicité.

UE 1
Orbitales moléculaires
I. Modèle des orbitales moléculaires

Pour voir apparaître la formation d’une liaison, il faut un recouvrement des orbitales atomiques.
Dans ce cas les fonctions d’onde s’ajoutent et la densité électronique augmente. En fait, l’orbitale
moléculaire est la combinaison linéaire de deux orbitales atomiques :
OM = y1 + y2
Deux conditions de recouvrement sont à respecter pour le recouvrement des orbitales atomiques
: la différence d’énergie entre elles doit être inférieure à 10 eV et leur géométrie doit être compatible.
Dans ce cas on aura toujours à faire à deux types de recouvrement :
§ deux fonctions d’onde de même signe (y1 + y2) : orbitale moléculaire liante, les deux
orbitales atomiques s’attirent car E(OM) < E(OA),
§ deux fonctions d’onde de signe opposé (y1 - y2) : orbitale moléculaire anti-liante, les deux
orbitales atomiques se repoussent car E(OM) > E(OA).
À partir de 2 orbitales Atomiques on forme 2 orbitales moléculaires.
II. Diagramme des orbitales moléculaires

4 étapes fondamentales sont à utiliser pour remplir un diagramme d’orbitales moléculaires :
1. Choisir une orbitale atomique avec la plus basse énergie,
2. Regarder si une autre est à moins de 10 eV de différence d’énergie,
3. Vérifier leur compatibilité,
4. Placer les électrons du bas vers le haut sur le diagramme.
Les différents recouvrements

1. Orbitales de type s
C’est simple, il y a seulement deux types de recouvrement entre les 2 sphères qui représentent
les orbitales atomiques : anti-liante avec une énergie supérieure donc au-dessus sur le diagramme
d’orbitales moléculaires, et liante avec une énergie plus faible, donc en-dessous sur le diagramme.
2. Orbitales de type p
L’axe de liaison est celui de Pz : nous avons d’un côté un recouvrement axial qui forme une liaison
σ anti-liante ou liante selon l’orientation des lobes de l’orbitale atomique. L’orbitale Pz peut aussi faire
un recouvrement liant ou anti-liant avec une orbitale s mais il ne peut pas en faire avec les orbitales Px
et Py. De l’autre côté, nous avons un recouvrement latéral entre les Px et les Py.

Ce recouvrement ne sera pas un recouvrement σ mais un recouvrement π. Elles ne peuvent faire
de recouvrements qu’entre elles (pas avec pz). Nous avons aussi des recouvrements liants et anti-liants.
3. Molécules diatomiques type A2 (homoatomique)

§ Sans interaction SP (différence d’énergie entre recouvrement s-s et p-p > à 10 eV) :
concerne les atomes à droite de l’oxygène dans le tableau de la classification (O inclus).
Diagramme d’orbitale moléculaire sans interaction SP.
§ Avec interaction SP (différence cette fois < à 10 eV) concerne les atomes à gauche de l’O.
Nous notons une interaction entre recouvrements p-p et s-s, la Pz liante est donc moins
stable et remonte dans le diagramme = pollution s dans une orbitale Pz.
Diagramme d’orbitale moléculaire avec interaction SP.
Ne pas confondre les interaction SP (correspondant au fameux

« couple a trois » du Pr Terreux et les hybridation SP qui est un
véritable recouvrement entre une orbitale atomique s et une
orbitale atomique p. Ce cas de figure se produit seulement si un
s n’a pas de possibilité de former une orbitale moléculaire avec
un autre s et si la différence d’énergie entre le s et le p est de
moins de 10 eV.

UE 1
4. Molécules diatomiques type AB (hétéroatomique)

Nous voyons apparaître des orbitales atomiques non liantes lorsqu’elles n’ont aucune orbitale
atomique de l’autre atome à moins de 10 eV de différence. Si une orbitale atomique s ne peut se lier
qu’avec une Pz en face, le recouvrement se fait mais l’autre Pz devient non liante.
Ordre de liaison (= OL)

Il quantifie le nombre de liaisons chimiques entre deux atomes (ex, deux pour le dioxygène) :
nb e- OM liantes - nb e- (OM anti-liantes)

OL =
2
Si cet ordre de liaison est de 0, alors nous n'avons pas de liaison chimique qui se crée et nous
observons la formation d’ions. Il est important de souligner que les électrons situés sur les orbitales
moléculaires non liantes ne comptent pas. Si l’indice de liaison augmente, alors l’énergie augmente
elle aussi mais la distance entre les deux atomes diminue.
Cette théorie des orbitales moléculaires explique notamment le fait qu’il existe des molécules
paramagnétiques et diamagnétique en fonction de la présence ou non d’électrons célibataires. Cela
dit de nombreuses critiques sont opposées à cette théorie, nous appréhenderons ainsi le modèle des
hybrides d’orbitales dans une dernière partie du cours.
• Une molécule présentant un électron célibataire est dite paramagnétique

• Une molécule ne présentant pas d’électrons célibataires est dite diamagnétique
Si la différence énergétique entre les niveaux d’énergies est trop grande, on observe une absence
de recouvrement et la formation d’une liaison ionique.
Le potentiel d’ionisation :
• Electron liant : l’ionisation nécessitera plus d’énergie que pour un atome isolé
• Electron anti –liant : l’ionisation nécessitera moins d’énergie
• Electron non liant : l’ionisation nécessitera autant d’énergie
III. Hybrides d’orbitales

Ce sont des modèles théoriques et non physique, utiles pour se représenter les arrangements
électroniques au sein de la molécule.
Hybridation sp3
Elle résulte du recouvrement d’une orbitale s avec trois orbitales p d’un même atome. C’est par
exemple le cas du méthane CH4 tétraédrique. C’est aussi un cas d’hybridation retrouvé pour NH3, ou
bien H2O. Ce modèle d’hybridation explique une formation de quatre orbitales sp3 identiques :

Chacune des cases contient 1 électron. De plus, ce ne sont plus ni des OA 2s ni des OA 2p : ce sont
des OA sp3 présentant les caractères hérités des OA parentes.
Représentation d’une orbitale hybride de type sp3.
Hybridation sp2
Résultat de la combinaison linéaire d’une orbitale s avec 2 orbitales p. Explique la formation d’une
molécule trigonale comme BH3. La dernière orbitale p est inchangée, elle forme une double liaison
notamment dans le C2H4.
Représentation d’une orbitale hybride de type sp2.
Hybridation sp
Combinaison d’une orbitale s avec une p du même atome. Les deux autres p sont inchangées et
expliquent la formation des deux liaisons pi dans la triple-liaison de C2H2 par exemple :
Représentation d’une orbitale hybride de type sp.

UE 1
Le modèle VSEPR
Modèle VSEPR et représentation des orbitales hybrides correspondantes.
Atomes terminaux :
§ Les atomes d’Hydrogènes ne sont jamais hybridés

§ Les autres atomes N, O, S : présentent le même état d’hybridation que l’atome C auquel
il est lié.
Ex : C=O : O est considéré comme sp2, C≡N : N est considéré hybridé sp.
Atomes internes non terminaux :
§ On attribue une hybridation sp2 à l’atome N, O, … porteur d’un doublet libre et lié à un
atome trigonal hybridé sp2 (délocalisation électronique stabilisante)
Ex : résonance de l’amide

UE 1
La thermodynamique et les équilibres chimiques

I. Système chimique
C'est un échantillon de matière soumis à l'observation où se localise la transformation étudiée.
Nous répertorions plusieurs systèmes selon leurs échanges avec l'extérieur :
§ le système isolé où n'est présent ni échange de matière ni échange d'énergie,
§ le système fermé où sont présents des échanges d'énergie mais pas de matière,
§ le système ouvert où sont présents des échanges d'énergie et de matière,
§ le système adiabatique où il n'y a pas d'échange de chaleur (de transfert thermique).
De plus, nous distinguons :

§ les variables d'état intensives indépendantes de la quantité de matière (non additives) :
concentration, pression, température, masse volumique
§ les variables d'état extensives dépendantes de la quantité de matière : masse, volume.
Il faut savoir que les variations des variables d'état, appelées fonctions d'état, ne dépendent pas
du chemin parcouru pour y arriver, les étapes ne sont pas observées :
;< = <=>?2@ – <>?>B>2@

Les variables d'état mises en équation forment donc des équations d'état, comme par exemple
l'équation des gaz parfaits : PV = nRT.
Un mélange de gaz parfaits est un mélange dit idéal car il n'y a pas d'interactions considérées
entre les atomes des gaz. À partir de là, nous pouvons établir la fraction molaire (sans unité) :
&D
CD =
&EFEGH
Nous pouvons aussi définir la pression partielle d'un gaz Pi dans un mélange de gaz à pression P :
c’est à dire la pression qu’aurait le gaz i s’il occupait seul le volume total
I= ID
&D . J. K &D
ID = = . I = CD . I
L M

II. Transformation d'un système chimique
Il existe plusieurs types de transformations affectant un système chimique :
§ la transformation isobare effectuée à pression constante,
§ la transformation isotherme effectuée à température constante,
§ la transformation isochore effectuée à volume constant,
§ la transformation quasi-statique effectuée suffisamment lentement pour qu’à chaque
état de la transformation nous puissions la considérer comme étant à l’équilibre,
§ la transformation réversible où le retour à l’état initial est possible par toutes les étapes.
§ la transformation irréversible qui correspond à une évolution brutale, pas de retour
possible à un stade moins avancé.
III. Principes de la thermodynamique

Premier principe : enthalpie
Ce principe est fondé sur deux affirmations : la conservation de l'énergie et ΔU = Q + W.
Nous notons ainsi qu'à volume constant, ΔV = 0 donc W = 0 donc ΔU = Q V.
Ainsi, à pression constante, W = PΔV donc ΔU = Q P + PΔV or Q P est mesurable, c'est l'enthalpie.
C'est une fonction d'état, nous avons :
H = U + PV donc ΔH = ΔU + PΔV = ΔU + ΔnRT
Capacité calorifique. – Chaleur à fournir à un gramme de matière pour augmenter sa température

de 1 K. Nous distinguons CP et CV, cette valeur s'exprime en J.g-1.K-1.
Chaleur de réaction. – Quantité de chaleur échangée avec l'extérieur lorsque les composés sont en
proportions stœchiométriques. Nous parlons d'enthalpie de réaction ΔHr en J.mol-1.
§ si ΔHr est négatif nous parlons de réaction exothermique,
§ si ΔHr est positif nous parlons de réaction endothermique.
Enthalpie standard de formation. – C'est l'enthalpie de la réaction pour laquelle il s'est formé une
mole d'un corps à partir de corps simples dans leur état standard. On note ΔHf en J.mol-1, donc
pour un corps simple, ΔH0f = 0.
Enthalpie standard de combustion (ΔH0comb). – Enthalpie pour la combustion d'une mole d'un
corps, en J.mol-1. Elle est toujours négative.

UE 1
Énergie de liaison. – Énergie à fournir pour casser la liaison covalente entre deux atomes gazeux
à l'état standard.
∆H0 = El (réactifs) - El (produits)
Deux lois sont également à connaître :
§ la loi de Hess (avec N : coefficient stœchiométrique)
∆Hr = vi H0f (produits) - vi H0f (réactifs)
§ la loi de Kirchhoff qui permet le calcul d'un ΔH à n'importe quelle température à partir
d'un ΔH connu avec une température donnée :
∆H0T2 = ∆H0T1 + ∆Cp (T2 -T1 )
Second principe : entropie

L'entropie S mesure le désordre microscopique dans un système, c'est une variable d'état.
Lors d'une transformation spontanée (irréversible), le ΔS ne peut être que supérieur à 0.
∆S r = vi S 0i (produits) - vj S 0j (réactifs)
L'enthalpie libre sert à mesurer l'évolution spontanée d'une réaction : G = H - TS soit :
∆G = ∆H - T∆S
§ si ΔG est négatif, la réaction est spontanée,
§ si ΔG est positif, la réaction est impossible spontanément,
§ l'équilibre de la réaction est trouvé à G = 0.
Le potentiel chimique d'un constituant correspond à son enthalpie molaire :
μi = μ0i + RTlnai
ai représente l'activité du constituant i.
- pour un gaz parfait, ai = Pi (en bar),
- pour un soluté, ai = Ci (en mol.L-1),
- pour un solide ou un solvant, ai = 1.

IV. Équilibres chimiques
Certaines réactions sont dites réversibles, elles peuvent se produire dans les deux sens. La
réaction peut se dérouler des réactifs vers les produits, ou bien des produits vers les réactifs. On définit
pour ce type de réaction un équilibre vers lequel tend la réaction.
À l'équilibre, les concentrations n'évoluent plus, il y a autant de réactifs qui se transforment en

produits que l'inverse.
Quotient réactionnel
Le quotient réactionnel Q est défini par la relation (où a désigne l'activité, P les produits, R les
réactifs et v les coefficients stœchiométriques de la réaction) :
GI9 PQ9 . GI5 PQ5

O=
GJ9 P9 . GJ9 P9
Le quotient de réaction est lié à l'enthalpie libre de réaction ΔG par la relation :
∆r G = ∆r G0 + RT ln(Q)
§ lorsque ΔrG < 0 la réaction se déplace dans le sens direct, des réactifs vers les produits ;
§ lorsque ΔrG > 0 la réaction se déplace dans le sens indirect, des produits vers les réactifs.
§ À l'équilibre ΔrG = 0, le quotient réactionnel Q est égal à la constante d'équilibre K, et

∆r G0 = -RT ln(K).
∆ G 0
(- r )
Donc K =e RT
- lorsque Q < K, la réaction se déplace dans le sens direct ;

- lorsque Q = K, la réaction est à l'équilibre ;
- lorsque Q > K, la réaction se déplace dans le sens indirect.
Déplacement des équilibres
Dans les déplacements d'équilibre, le système chimique

s'oppose systématiquement à notre action.
1. Influence de la température
Le déplacement de l'équilibre suit la loi de Van't Hoff :
§ si la température augmente, la réaction se déplace dans le sens endothermique (ΔrH > 0)

: la réaction est déplacée dans le sens qui absorbe de la chaleur ;
§ si la température diminue, la réaction se déplace dans le sens exothermique (ΔrH < 0).

UE 1
2. Influence de la pression
L'influence de la pression suit la loi de Le Chatelier.
La variation de pression possède peu d'influence sur les liquides et les solides, nous la
négligererons dans ces cas. Le ΔG de la réaction varie en fait en fonction du volume.
En suivant le raisonnement général, le système tente de faire l'inverse de notre action, si la

pression augmente il cherche à la diminuer.
§ si la pression augmente, la réaction se déplace dans le sens de la diminution du nombre

de moles de gaz (Σvi < 0) ;
§ si la pression diminue, la réaction se déplace dans le sens de l'augmentation du nombre

de moles de gaz (Σvi > 0).
3. Ajout d'une entité chimique
§ si nous ajoutons un solide réactif (activité = 1) l'équilibre chimique n'est pas déplacé ;
§ si nous ajoutons un gaz ou un soluté réactif ou produit, la réaction se déplace dans le

sens de sa consommation :
- sens direct si nous ajoutons un réactif,
- sens indirect si nous ajoutons un produit.
§ si nous ajoutons un gaz qui ne participe pas à la réaction, c'est équivalent à une
augmentation de pression.
4. Exemple
Prenons la réaction suivante :
C(s) + H2O(g) → CO(g) + H2(g) ΔrH0 = 131 kJ.mol-1
§ augmentation de température : la réaction - endothermique - absorbe de la chaleur. La

réaction est déplacée dans le sens direct (le système tente d'absorber l'énergie).
§ augmentation de la pression : la réaction est déplacée dans le sens qui diminue le

nombre de moles de gaz. La réaction est déplacée dans le sens indirect (pour passer de
deux molécules de gaz à une seule).
§ si nous ajoutons du monoxyde de carbone (CO), le système s'oppose à notre action et

cherche à le consommer, la réaction est déplacée dans le sens indirect.
§ si nous ajoutons du carbone (C), il est sous forme solide, il ne déplace pas l'équilibre.

UE 1
Partie 2
CHIMIE ORGANIQUE
Image. – Source : http://www.savoirs.essonne.fr/thematiques/la-

vie/biologie-genetique/des-molecules-a-double-facette/
UE 1
Modes de représentation des molécules

Résumé rédigé à partir du cours « audio » du Pr NEBOIS
I. Représentations planes (deux dimensions)

Une représentation plane donne l'enchaînement des atomes les uns aux autres et ne donne
aucune indication de la structure dans l'espace.
Formule développée Formule semi- Formule de Lewis Formule simplifiée

développée = topologique
Toutes les liaisons Les liaisons C-H ne sont Les liaisons non liantes Les C et les H ne
apparaissent. pas explicitées. sont indiquées. sont pas explicités.
Pour les représentations, tenir compte de la valence des éléments et de la règle de l’octet :
§ Carbone : 4 liaisons covalentes

3 2
§ Azote : 3 liaisons covalentes et un doublet non liant sp sp sp
§ Oxygène : 2 liaisons covalentes et deux doublets non liants
§ Hydrogène : 1 liaison covalente.
II. Représentations tridimensionnelles

Représentation de CRAM
La représentation de Cram permet de visualiser l'agencement de quatre entités autour de
carbones hybridés sp3 ou hybridés sp2.
Elle indique si les liaisons sont dans le plan ( ), en avant ( ) ou en arrière ( ).
Exemples : sp3 sp2 sp2

sp2 sp2
Représentation de NEWMAN
La représentation de Newman permet de visualiser la disposition relative dans l'espace des
atomes liés à deux carbones sp3 adjacents.

Regard
Cram Newman
Passage de la représentation de Cram à celle de Newman.
Le carbone à l’avant est représenté par l’intersection des trois liaisons au centre de la figure,
tandis que le carbone à l’arrière est symbolisé par le cercle. C’est la liaison entre les deux C sp3 qui
n’est pas représentée.
Représentation de Cram Représentation de Newman
Conformation
En « zig-zag »
décalée
Conformation
éclipsée En « U »
Correspondance entre les représentations de Cram et celles de Newman.
Représentation de FISCHER
La représentation de Fischer ne représente pas les deux C sp3 au centre et « aplatit » la structure
sur un plan. Une molécule représentée selon Fischer est toujours en conformation éclipsée.
Regard
Cram en U Æ Vue selon la flèche « regard » Æ Fischer

Passage de la représentation de Cram à celle de Fischer.
Selon Fischer : Liaison horizontale = à l’avant.

Liaison verticale = à l’arrière.
Même s’il n’y parait pas, la représentation de Fischer est bien une
représentation 3D ! On ne peut donc pas la retourner sans changer ses
configurations absolues et donc la molécule elle-même !

UE 1
Isomérie
I. Relations d’isomérie
Isomères
Même formule brute
Stéréoisomères Isomères de constitution

Même formule développée, mais Formules développées
arrangement dans l'espace différent différentes
Isomères de conformation Isomères de configuration

Même composé dont la Composés différents, avec des propriétés
représentation diffère par la rotation différentes. Nécessité de casser au moins une
d'une liaison sigma (=simple) liaison pour arriver à deux mêmes molécules.
Diastéréoisomères
Enantiomères
Molécules non énantiomères, changement de
Molécules chirales, changement de
configuration absolue d'un ou plusieurs C*
configurations absolues de tous les C*
mais pas tous
II. Eléments stéréogènes

Carbone asymétrique (C*)
Carbone relié à 4 groupements tous différents.
Autour d’un C*, il y a seulement deux façons différentes de placer les entités a, b, c, d au bout
des liaisons Æ 2 composés différents isomères de configuration.
Pour un composé contenant n C* correspond donc 2n isomères de configuration.

1. Cas général des composés à 2 C*
2. Exception à ce cas
Si C1 et C2 sont symétriques, on obtient un composé « méso » qui a 2 C* mais pas d’énantiomère.
Composé « méso »
« Méso » : molécule à 2 C* liés aux mêmes entités, mais de

configurations absolues opposés (R,S = S,R).
Il possède 2 diastéréoisomères mais PAS d’énantiomère.
Double liaison C=C

Elle est stéréogène si et seulement si A≠B et D≠E.
diastéréoisomères
Une double liaison stéréogène à 2 diastéréoisomères

(2 isomères de configuration R et Z)
Remarque : Une double liaison n’est pas à libre rotation : ce sont bien deux composés différents
isomères de configuration, et non des isomères de conformation.

UE 1
Descripteurs R/S et E/Z

I. Descripteurs R/S : carbone asymétrique

L'attribution d'une configuration absolue R ou S ne peut se faire que sur une représentation
tridimensionnelle de la molécule (Cram, Newman, Fischer).
§ Affecter un ordre de priorité aux quatre entités autour du carbone asymétrique en fonction
de leur numéro atomique (priorité 1 au plus élevé).
è Règles de Cahn-Ingold et Prélog (CIP) :
1. Classer les atomes directement liés au carbone asymétrique (atomes de niveau 1).
2. Si deux atomes de niveau 1 ont la même priorité, classer par ordre de priorité les groupes
ème er
de 3 atomes (atomes de 2 niveau) directement liés aux atomes de 1 niveau identiques.
3. Répéter la deuxième étape pour les atomes de niveau 3 et plus si besoin.

Remarques : Doublet non liant ð dernière priorité
Atome doublement/triplement lié ð relié à deux/trois atomes de même nature
Si les atomes de 1er niveau permettent déjà de définir les priorités, on n’a pas besoin
de regarder les atomes plus lointains (de 2ème ou 3ème niveau).
§ Réaliser la projection de Newman du carbone asymétrique selon l'axe C* " entité de priorité
4 (pour placer la priorité 4 à l’arrière ð cas le plus simple).
§ Déterminer le sens de cheminement des priorités 1 " 2 " 3
- Sens des aiguilles d’une montre ð configuration absolue R,
- Sens inverse des aiguilles d’une montre ð configuration absolue S.
En pratique, 3 cas pour déterminer la configuration R ou S selon la position de la priorité 4 :
Priorité 4 à l’arrière Priorité 4 à l’avant Priorité 4 dans le plan

(le plus facile ð à privilégier) (on peut se débrouiller avec) (la plus casse gueuleð à éviter)
Echanger les numéros des priorités

Ignorer la priorité 4 Ignorer la priorité 4
4 et de celle qui est à l’arrière.
Suivre le sens 1 " 2 " 3. Suivre le sens 1 " 2 " 3
Suivre le nouveau sens 1 " 2 " 3.
Sens obtenu = sens définitif Sens obtenu à inverser

Sens obtenu à inverser
Rappel : En représentation de Fischer, les liaisons horizontales sont à

l’arrière. Il ne faudra pas oublier d’inverser le sens obtenu si la priorité
4 est à l’horizontal !

Cas général des composés à 2 C*
Exception à ce cas : composé « méso »
II. Descripteurs E/Z : double liaison stéréogène

2
Attribuer les ordres de priorité 1 et 2 aux deux entités portées par chaque carbone sp .
Deux priorités 1 placées du même côté de la double liaison stéréogène ð configuration absolue Z,
Deux priorités 1 situées de part et d'autre de la double liaison stéréogène ð configuration absolue E.

UE 1
Chiralité
I. Définition
Pour être chiral, un composé doit avoir dans sa structure un élément inducteur de chiralité, un
C*.
La chiralité est définie comme la propriété d'être non superposable à son image dans un miroir
même par une quelconque opération de translation ou de rotation, dans le plan ou hors du plan.
Une double liaison, même stéréogène, n’entraine pas de chiralité !
II. Chiralité et carbone asymétrique

La réflexion dans un miroir inverse la configuration (R ou S) du carbone asymétrique. L'image dans
un miroir d'une molécule chirale est donc son énantiomère.
Tous les composés ayant au moins un carbone asymétrique sont chiraux,

sauf les composés méso. En effet, l’image dans un miroir d’un composé
méso est le composé lui-même.
Molécule chirale et son énantiomère. Composé méso
§ une molécule chirale possède obligatoirement un énantiomère,

§ une molécule achirale ne possède pas d’énantiomère.
III. Chiralité et pouvoir rotatoire

Une molécule chirale est caractérisée par le fait qu'elle dévie le trajet d'une lumière polarisée.
§ plan dévié vers la droite, α > 0 " substance dextrogyre,
§ plan dévié vers la gauche, α < 0 " substance lévogyre.
Deux énantiomères possèdent des pouvoirs rotatoires de signes opposés mais sont égaux en
valeur absolue.
Mélange équimolaire de deux énantiomères (α = 0)
ð Mélange racémique.

UE 1
Nomenclature des composés organiques

I. Schéma général de la nomenclature
II. Marche à suivre

1) Chercher le suffixe, et donc la fonction chimique prioritaire, en trouvant dans la structure un
groupe caractéristique (voir tableau 1, à bien connaitre). S’il y a plusieurs groupes caractéristiques, on
choisit le plus prioritaire.
2) Chercher la racine carbonée (= squelette de la molécule) que l’on nomme en fonction du

nombre de carbones la composant (voir tableau 2). Pour la trouver, 5 règles à respecter dans l’ordre :
§ Elle doit être numérotée de bout en bout pour indiquer les positions des groupes.
§ Elle doit impérativement contenir le carbone lié à la fonction chimique prioritaire, avec
le plus petit numéro possible.
§ Elle doit contenir le plus de liaisons multiples, avec les plus petits numéros possibles (voir
tableau 3).
§ Elle doit être la plus longue possible.
§ Elle doit être liée à un maximum de substituants, chacun lié à un carbone avec un numéro
le plus petit possible.
3) Chercher les préfixes. Ce sont tous les autres groupements que l’on n’a pas déjà indiqué : des
ramifications de chaine carbonée, des groupements caractéristiques non prioritaires ou bien des
groupes que l’on place toujours en préfixe (voir tableau 4). On les classe par ordre alphabétique.
4) Rajouter tout devant les configurations éventuelles (R,S, Z et/ou E)
Remarque : S’il y a plusieurs fonctions chimiques ou substituants identiques (en préfixe ou suffixe)
" multiplicateur adéquat (-di, -tri). Attention, on ne prend pas en compte ces multiplicateurs pour
ranger les préfixes par ordre alphabétique.
Exemples :

Suffixe Préfixe
Famille Groupe (=fonction)
(si fonction prioritaire) (si fonction non prioritaire)
C OH
Acide carboxylique -COOH acide -oïque
O
C O R -oate d'alkyle
Ester -COOR (alk = racine carbonée
O du groupement R)
C NH2
Amide -amide
O
Nitrile -nitrile Cyano
C H
Aldéhyde -CHO -al Oxo
O
Cétone -one Oxo

Alcool OH -ol Hydroxy
Thiol SH -thiol Mercapto
Amine NH2 -amine Amino
Tableau 1 : groupes caractéristiques classés du plus prioritaire (en haut), au moins prioritaire (en bas).
nC 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Racine Méth- Eth- Prop- But- Pent- Hex- Hept- Oct- Non- Dec-
Tableau 2 : nom de la racine en fonction du nombre de carbones.
Racine carbonée Indication

Pas de liaison multiple an(e)
Au moins une double liaison èn(e)
Au moins une triple liaison yn(e)
Tableau 3 : nomenclature des liaisons multiples.
Groupe caractéristique ou groupe carboné Nom IUPAC (préfixe)

-F Fluoro-
-Cl Chloro-
-Br Bromo-
-I Iodo-
-NO2 Nitro-
-NO Nitroso-
-OCH3 Méthoxy-
-C6H5 = Phényl-
-CH3 Méthyl-
-CH2-CH3 = -C2H5 Ethyl-
-CH2-CH2-CH3 Propyl-
Tableau 4 : Groupes fonctionnels ou ramifications carbonées apparaissant toujours en préfixe.

UE 1
Alcools
Milieu acide à chaud
(H2SO4, Δ)
I. Formation d'esters = estérification

+
Alcool + Acide carboxylique H catalytique Ester + eau
(réaction réversible donc faible rendement)
Alcool acide carboxylique ester eau
Etapes principales : Protonation de l’oxygène du C=O de l’acide, passage par forme mésomère,
addition nucléophile (AN) de l’oxygène de l’alcool sur le C de l’acide, élimination d’une molécule d’eau.
II. Formation d'éthers par réaction de Williamson

§ Formation d'un alcoolate (R-O-) via une réaction acide/base.
Dérivé halogéné + alcool éther

Base forte
(NaOH ou NaH)
§ Substitution nucléophile (SN) : l’alcoolate (dont l’O est très nucléophile) se fixe au carbone lié
à l’halogéné (donc très électrophile) puis élimination de l’halogéné. 2 types de SN :
SN1 SN2
si dérivé halogéné IIIaire ou stabilisé par si dérivé halogéné Iaire et IIaire
mésomérie (lié à un C sp2)
Mécanisme en 2 temps : Mécanisme en 1 seul temps : concerté (rupture
- Formation d’un carbocation stable. et formation de liaison simultanées)
- L’alcoolate se lie au carbocation (50% de Pas de carbocation (pas assez stable).
chance qu’il se lie par le dessus et 50% par le L’alcoolate se lie au carbocation du côté opposé
dessous). à celui de l’halogéné.
-
-
-
-
-
- ð spécificité : on obtient 1 composé de
ð absence de sélectivité : on obtient un configuration absolue opposée à celle de
mélange racémique de 2 énantiomères départ : inversion géométrique de Walden

III. Formation d'alcènes par déshydratation d'un alcool
Alcool Alcène + eau
Réaction d’élimination (E), car on retranche des atomes (ici H et OH) sans en ajouter aucun.
E1 E2
si alcool IIaire ou IIIaire si alcool Iaire
Mécanisme en 2 temps : Mécanisme concerté.
- Formation d'un carbocation stable : le OH Pas de carbocation (pas assez stable).
capte un H+ puis déshydratation. Le OH capte un H+.
- Élimination d'un proton H+ pour former une Élimination H2O et H+ simultanément pour
double liaison. former une double liaison.
ð Absence de sélectivité : si deux H+ peuvent ð L'unique alcène obtenu ne présente pas de

être éliminés : formation de deux composés stéréochimie (car double liaison non
diastéréoisomères Z et E (car rotation libre de la stéréogène).
liaison C-C avant le 2ème temps).
Attention : pour le mécanisme concerté (SN2), les deux groupements

partants (OH et H) doivent être en anti (dans le même plan mais de
part et d'autre de la liaison carbone-carbone) Cela peut parfois
nécessiter une rotation de la liaison simple.
Attention à la régiochimie : s’il y a deux possibilités d’élimination de proton (H), et si cela peut
former 2 composés différents, l’un sera obtenu majoritairement. On peut prédire lequel grâce à la
Règle de Zaitsev :
Cette règle veut que lorsque plusieurs alcènes isomères se forment lors d'une réaction, celui qui
possède la double liaison la plus substituée sera majoritaire et les autres minoritaires :
Ici, le nombre de substitutions correspond au nombre de C directement liés à la double liaison.
Rappel : classe des alcools
Alcool Iaire Alcool IIaire Alcool IIIaire

Le carbone lié au
Le carbone lié au Le carbone lié au
OH est lui-même lié
OH est lui-même lié OH est lui-même lié
à 1 groupement
à 2 groupements à 3 groupements
carboné.
carbonés. carbonés.

UE 1
Amines
I. Formation d’ammonium (réaction acide / base)
Amine + HCl base Ammonium + Cl-
Processus réversible avec une base : Ammonium + Cl- Amine + HCl
II. Formation d'imines
Amine Iaire + Aldéhyde ou Cétone Imine + eau
H+
H R2 R2
R1 N + O C R1 N C + H2O
H R3 R3
aire
Amine I aldéhyde ou cétone imine eau
§ Formation d'un aminoalcool (groupement amine et alcool) :

- Addition nucléophile du N sur le C électrophile du C=O, ce qui fait apparaitre un O-
- Le O- capte un H lié au N (réaction acide-base très rapide)
§ Déshydratation entre N et C
- Protonation du groupement OH
- Elimination du groupement H2O formé et création double liaison N=C
- Elimination du dernier H du groupement amine
L'imine obtenue peut être réduite par H2, Ni Raney pour donner une amine secondaire (on sature
la liaison N-C en liant un H sur chacun des deux atomes concernés).
Si R1 et R2 sont différents, nous avons formation d'un carbone asymétrique : 50% R et 50% S
65 Année 2016 - 2017

aire
Imine amine II
III. Formation d'énamines
Amine IIaire + Aldéhyde ou Cétone Enamine + eau
R1
R1 R3 R2 N
+ H+
H
H N + O C + H2O
C C
R2 R4 R3
aire
Amine II aldéhyde ou cétone énamine eau
§ Formation d'un aminoalcool (identique au mécanisme de formation des imines) :

- Addition nucléophile du N sur le C électrophile du C=O, ce qui fait apparaitre un O-
- Le O- capte un H lié au N (réaction acide-base très rapide)
§ Déshydratation entre deux C

- Protonation du groupement OH
- Elimination du groupement H2O formé et d’un H lié à un carbone adjacent (= étape de
formation d’alcène par déshydratation d’alcool)
Il faut qu'un des carbones adjacents au carbone portant la fonction

aldéhyde ou cétone soit lié à un hydrogène. S’il n’y en a pas, la
formation de la double liaison C=C est impossible et on s’arrête à
l’aminoalcool.
Rappel : classe des amines
Amine Iaire Amine IIaire Amine IIIaire

L’azote est lié à 1 L’azote est lié L’azote est lié à 3
groupement à 2 groupements groupements
carboné. carbonés. carbonés.

UE 1
Aldéhydes et cétones
Un aldéhyde ou une cétone est dit énolisable dès lors qu'il existe au moins un atome d'hydrogène
sur un carbone directement lié au carbone du carbonyle.
Equilibre céto-énolique :
I. Formation de cyanhydrines
HCl
Aldéhyde ou Cétone + KCN Cyanhydrine + KCl
H20
Aldéhyde ou Cétone Cyanhydrine
§ Réaction avec du cyanure de potassium (K+C-≡N)
Addition nucléophile (AN) de l’anion cyanure (C-≡N) sur le carbone électrophile du carbonyle. On
obtient un alcoolate.
§ Hydrolyse en milieu acide (H2O, H+Cl-)
Réaction acide-base pour transformer le groupement O- en groupement OH. On obtient la

cyanhydrine (où un même carbone est substitué à la fois par un groupement cyano CN et un
groupement hydroxyle OH).
Lors de cette réaction, nous avons la possibilité de créer un carbone asymétrique. Cependant,
l’ion cyanure peut se lier soit par la face supérieure du carbonyle, soit par sa face inférieure, avec des
chances égales. Il y a donc une absence de sélectivité qui entraine à la formation de 50% de composés
S et 50% de composés R.
67 Année 2016 - 2017

II. Formation d'aldols/cétols = condensation aldolique
Aldéhyde ou Cétone énolisables HO- cat. Aldol ou Cétol

R1 R1
C O C O
R2 HO- cat. R2
C C
R1
R4 H R3
R3 C
OH
R4
Aldéhyde ou cétone énolisable Aldol ou cétol
§ Formation de l’énolate
Déprotonation du carbone adjacent au carbonyle, on obtient alors un carbanion. Ce carbanion

devient énolate par mésomérie.
§ Addition de l’énolate sur le C=O
Addition nucléophile (AN) de l’énolate sur le carbonyle d’une autre molécule carbonylé (autre
exemplaire de la cétone ou de l’aldéhyde de départ). Cette étape est une condensation aldolique. On
obtient un alcoolate qui devient aldol/cétol à la suite d’une réaction acide-base.
III. Formation d’aldéhydes ou de cétones insaturés
Aldol ou Cétol NaOH, Δ Aldéhyde ou Cétone insaturés
Si nous réalisons la même réaction que précédemment mais avec un aldéhyde ou une cétone
doublement énolisable et à chaud, nous obtenons un aldéhyde ou une cétone insaturé(e) :
L’aldol ou le cétol précédent est de nouveau déprotoné (d’où le fait d’avoir un composé
doublement énolisable au départ), et le carbanion obtenu perd le groupement OH et forme une double
liaison. R1 R1
C O C O
NaOH, D
R2 CH2 R2 C
C R1
Aldol ou cétol
R2 CH2
Aldéhyde ou cétone insaturé(e)
IV. Formation d'ac. carb. par oxydation des aldéhydes

Les 3 oxydants à connaître sont :
§ KMnO4 (permanganate de potassium)
§ H2O2 (eau oxygénée)
§ K2Cr2O7 (bichromate de potassium)
Aldéhyde Acide carboxylique

UE 1
Acides carboxyliques et dérivés

I. Formation de chlorures d’acide

SOCl2, Δ
Acide carboxylique Chlorure d’acide
-HCl, -SO2
Acide carboxylique Chlorure d’acide
II. Formation d’anhydrides d’acide

1) NaOH
Acide carboxylique 2) RCOCl Anhydride d’acide
Acide carboxylique Anhydride d’acide
§ Réaction acide base formant un carboxylate (-COO-), bon nucléophile.

§ Addition nucléophile (AN) du carboxylate sur le chlorure d’acide, menant à un alcoolate.
§ Réapparition de la double liaison C=O suivie de l’élimination d’un Cl-.
III. Formation d’acides carboxyliques

Saponification / Hydrolyse acide
1) NaOH, Δ
Ester Acide carboxylique + Alcool
2) HCl
Ester Acide carboxylique Alcool
§ Addition nucléophile (AN) de OH- (issu du NaOH) sur le carbone de la fonction ester.
Formation d’un alcoolate qui recrée la double liaison C=O et élimination de -OR. Une
réaction acide-base rapide génère ensuite un carboxylate de sodium (-COO-Na+) et un
alcool (ROH).
§ Le traitement acide (HCl) transforme le carboxylate en acide carboxylique
(neutralisation).
69 Année 2016 - 2017

Synthèse malonique
1) RONa
2) RX
Malonate 3) NaOH, Δ Acide carboxylique
4) HCl
5) Δ
R1 O
C O 1) R2ONa HO
2) R3X
H HC C O
3) NaOH, D
C O 4) HCl R3 CH2
5) D
R1 O
Malonate Acide carboxylique
§ Formation d’un carbanion par réaction acide-base entre RO- et H.

§ Substitution nucléophile (SN1 ou SN2 selon le dérivé halogéné) qui permet d’obtenir
l’analogue alkylé du manolate de départ.
§ Saponification/hydrolyse acide pour passer d’un diester à un diacide.
§ Chauffage pour donner énol + CO2.
§ Equilibre déplacé vers la formation de l’acide carboxylique.
IV. Formation d’esters

Anhydride d’acide acide carboxylique
+ Alcool Ester +
Chlorure d’acide HCl
Acide carboxylique
+ +
Anhydride d’acide alcool ester
Chlorure d’acide
Processus d’addition-élimination :
§ Addition nucléophile (AN) du groupement OH sur le carbone du carboxyle pour former

un alcoolate.
§ Rupture de la liaison C-O (ou C-Cl si notre réactif et un chlorure d’aide). On obtient la
forme protonée d’un ester ainsi qu’un carboxylate (ou Cl-).
§ Elimination (E) du proton pour arriver à l’ester final. Le proton éliminé donne un acide
carboxylique en se liant au carboxylate (ou un HCl en se liant au Cl-).

UE 1
V. Formation d’amides
Anhydride d’acide Ammoniac aire
acide carboxylique
+ Amine Iaire Amide +
Chlorure d’acide Amine II HCl
Acide carboxylique
+ +
Anhydride d’acide
Amide
Chlorure d’acide
Processus d’addition-élimination (le même que pour la réaction précédente) :

§ Addition nucléophile (AN) de l’azote sur le carbone du carboxyle pour former un
alcoolate.
§ Rupture de la liaison C-O (ou C-Cl si notre réactif et un chlorure d’aide). On obtient la
forme protonée d’un amide ainsi qu’un carboxylate (ou Cl-).
§ Elimination (E) du proton pour arriver à l’amide final. Le proton éliminé donne un acide
carboxylique en se liant au carboxylate (ou un HCl en se liant au Cl-).
VI. Réduction grâce à l’hydrure de lithium – aluminium

Formation d’alcools Iaires
1) LiAlH4
Acide carboxylique ou ester 2) H2O, HCl Alcool Iaire
Formation d’amines
Amide 1) LiAlH4 Amine

2) H2O, HCl
Il y a conservation de classe lors de cette réaction (si l’amide qui réagit est de classe IIaire, l’amine
obtenue sera IIaire).
71 Année 2016 - 2017

Rappel : classe des amides
Amide Iaire Amide IIaire Amide IIIaire

L’azote est lié à 1 L’azote est lié L’azote est lié à 3
groupement à 2 groupements groupements
carboné. carbonés. carbonés.
Notion d’entités nucléophiles et électrophiles :
La plupart des réactions entre entités chimiques se réalisent par réaction d’un nucléophile avec
son contraire, c’est-à-dire avec un électrophile.
Electrophile : entité positive ou δ+ (charge partielle positive), jamais négative, pouvant disposer
d’une orbitale vacante pour créer une liaison avec un nucléophile.
Nucléophile : entité négative ou δ- (charge partielle négative), jamais positive, pouvant disposer
d’un doublet d’électrons pour créer une liaison avec un électrophile.
Exemples illustrant la formation ou rupture de liaisons par réaction de nucléophiles avec des électrophiles.

UE 1
Partie 3
BIOCHIMIE
73 Année 2016 - 2017

UE 1
Les acides aminés

Rédigé à partir du cours du Dr MOYRET-LALLE
I. Généralités
Les acides aminés (AA) sont protéinogènes, ce sont les constituants principaux des protéines. Il
en existe 20 courants et 2 rares. Une séquence de 150 AA peut donner 15020 protéines différentes, ce
qui est source de diversité importante.
Structure générale des acides a- aminés.
La plupart de nos protéines contiennent des acides a-aminés. Ces acides α-aminés possèdent :
§ un groupement amine primaire porté par le carbone a (NH2, à gauche)
§ un groupement acide carboxylique porté par le carbone a (COOH, à droite)
§ une chaîne latérale ou radicalaire portée par le carbone a (R, en bas)
La masse moléculaire moyenne d’un AA est de 110 Da. Le plus lourd est le tryptophane avec 186
Da, et le plus léger est la glycine avec 57 Da.
Il existe également, mais ils sont plus rares chez l’être humain, des acides b, g, … aminés qui
diffèrent par la position du NH2 sur la chaine carbonée (le carbone α étant le carbone le plus proche du
groupe carboxylique, le b étant le carbone suivant, etc.).
α et β-alanine.
La chaîne latérale est très variable en : taille, charge, polarité, hydrophobicité, réaction chimique,
aromaticité...
Les AA apolaires sont hydrophobes (non solubles dans l’eau) et lipophiles (solubles dans l’huile par
exemple).
Les AA polaires sont hydrophiles (solubles dans l’eau) et lipophobes. Ces AA polaires peuvent être
chargés ou non.
Les AA polaires chargés sont capables d’échanger des atomes d’hydrogène (protons) avec des
acides ou des bases tandis que les AA polaires non chargés sont uniquement capables d'interagir avec
les molécules d'eau.
75 Année 2016 - 2017

Diagramme de Venn des acides aminés.
Chaque acide aminé possède un nom, un code à 3 lettres et un code à 1 lettre.
Cas particuliers. – Quand les AA ne sont pas identifiés par une analyse, nous leur attribuons des
codes différents, à savoir : Asx = B = Asp ou Asn / Glx = Z = Glu ou Gln / X : AA non identifié.
Certains AA ne sont pas synthétisés par l’organisme et doivent par conséquent être apportés par
l’alimentation, ce sont les acides aminés essentiels : les AA à chaîne latérale neutre Val, Leu, Ile ; les
AA aromatiques Phe et Trp ; ainsi que la Thr, la Met et les trois AA basiques Lys, Arg et His.
AA essentiels = HoT MILK FoR VW
II. Différents acides aminés

Les acides aminés courants
1. Acides aminés à chaîne aliphatique (non cyclique)
§ Glycine, Gly, G
C’est le seul AA qui ne possède pas de carbone asymétrique. Il est très courant (abondant dans
le collagène) et apolaire. Il est plutôt hydrophile mais il est classé dans les AA hydrophobes à cause de
sa chaîne latérale qui est hydrophobe.
Structure de la glycine.
§ Alanine, Ala, A
La chaîne latérale de cet AA est un groupement méthyle. C’est un acide aminé apolaire qui peut
être converti en pyruvate (ou acide pyruvique, qui correspond à la forme non ionisée du pyruvate) par
transamination (réaction réversible).
Structure de l'alanine.

UE 1
2. Acides aminés à chaîne aliphatique ramifiée
§ Valine, Val, V
La chaîne latérale porte un groupement isopropyle. C’est un acide aminé essentiel et apolaire.
Structure de la valine.
§ Leucine, Leu, L
La chaîne latérale porte un groupement isobutyle. C'est un acide aminé essentiel et apolaire.
Structure de la leucine.
§ Isoleucine, Ile, I
La chaîne latérale porte un groupement butyle secondaire. Cet acide aminé possède deux
carbones asymétriques, est essentiel et apolaire.
Structure de l'isoleucine.
3. Acide aminé à azote intra-cylique
§ Proline, Pro, P
La proline contient un noyau pyrrole dans lequel sont intégrés le carbone asymétrique et la
fonction amine qui est secondaire (=liée à deux carbones). C'est le seul AA qui est doté d'une fonction
amine secondaire. La proline est un AA apolaire. Elle ne forme pas de pont hydrogène dans les
protéines, et est plutôt rarement retrouvée dans les chaines protéiques.
77 Année 2016 - 2017

Elle peut subir une hydroxylation (= modification post-traductionnelle) ce qui entraîne une
l'augmentation de sa polarité.
Structure de la proline et de sa forme hydroxylée : l'hydroxyproline.
L’hydroxylation consiste en l’ajout d’un groupement hydroxyle (OH) sur la proline par la prolyl-
hydroxylase avec l’intervention d’un coenzyme réducteur : l’acide ascorbique ou vitamine C. Nous
retrouvons une hydroxylation en position 3 ou en position 4 (3-hydroxyproline ou 4-hydroxyproline).
La proline et l’hydroxyproline sont très présentes dans les collagènes. Les collagènes (dont nous
dénombrons 28 sortes différentes notées de I à XXVIII) sont des protéines majeures des tissus
conjonctifs comme la peau, les os, les tendons, les vaisseaux sanguins, etc. Ils représentent environ
1/3 des tissus conjonctifs, et 25 % de la masse protéique totale du corps et sont organisés en fibrilles
grâce aux hydroxylations.
L’hydroxylation donne de la polarité à la proline et permet de stabiliser les hélices de collagènes

qui contiennent 14% d'hydroxylysine et un taux variable mais important d'hydroxyproline.
Pathologie Ù Scorbut. – Un déficit en vitamine C induit une diminution de l'hydroxylation des

prolines et une déstabilisation des tissus : c'est le scorbut qui se traduit cliniquement par des
hémorragies des muqueuses, un déchaussement des dents, une purulence gingivale et la mort.
4. Acides aminés à noyaux aromatiques
Remarque. – Un noyau aromatique est un noyau dont la saturation est maximale : ou .
§ Phénylalanine, Phe, F
La chaîne latérale porte un noyau benzène. Cet acide aminé est apolaire, essentiel et absorbe
dans l’UV à 257 nm.
Structure de la phénylalanine.

UE 1
§ Tryptophane, Trp, W
La chaîne latérale porte une noyau indole (benzène + pyrrole). Il est apolaire, essentiel et absorbe
dans l’UV à 280 nm.
Structure du tryptophane.
§ Tyrosine, Tyr, Y
La chaîne latérale porte un noyau phénol. C’est un AA polaire à chaîne latérale ionisable qui
absorbe dans l’UV à 275 nm.
Structure de la tyrosine.
La tyrosine peut être sulfatée et phosphorylée (= modifications post-traductionnelles).
La sulfatation consiste en l’ajout d’un groupement SO42- sur le noyau phénol de la tyrosine par
une tyrosine-sulfotransférase. Cette modification augmente la polarité de la molécule, et favorise ainsi
l’agrégation. Nous retrouvons des sulfotyrosines dans certaines protéines de la coagulation comme le
fibrinopeptide B ou dans des protéines extracellulaires comme les collagènes et les protéoglycanes.
Pathologie Ù Carcinome du nasopharynx. – Le virus d'Epstein-Barr (EBV) induit la sulfatation de

tyrosines présentes sur le récepteur des chémokines 4 (récepteur CXCR4) ce qui augmente la
prévalence et le potentiel métastatique des carcinomes du nasopharynx, notamment en Chine.
Sulfatation de la tyrosine.
79 Année 2016 - 2017

5. Les acides aminés hydroxylés
§ Sérine, Ser, S
La chaîne latérale de la sérine est un alcool primaire. Cet AA est polaire, à chaîne latérale non
chargée, et non essentiel. La sérine joue un rôle important dans le site actif des enzymes (famille des
sérines-protéases par exemple).
Structure de la sérine.
La sérine peut être phosphorylée et O-glycosylée.
§ Thréonine, Thr, T
La chaîne latérale de la thréonine contient un alcool secondaire. Cet AA est polaire, à chaîne
latérale non ionisable, et essentiel. Il contient deux carbones asymétriques.
Structure de la thréonine.
Cet AA peut être phosphorylé et O-glycosylé.
Remarque. – La tyrosine est un acide aminé à noyau aromatique mais est également hydroxylé.
La phosphorylation est une modification post-traductionnelle qui consiste en l’ajout d’un

groupement PO42- par une kinase sur les chaînes latérales des 3 AA hydroxylés (Y, S et T). La
phosphorylation a un rôle important dans la transmission de signaux.
Pathologie Ù Maladie d'Alzheimer. – Le marqueur le plus précoce de cette maladie est la

phosphorylation de la protéine Tau (en majorité retrouvée dans le cerveau).Tau s'accumule à
l'extérieur des axones ce qui entraîne leur désagrégation et ainsi une perte de la communication
neuronale. L'implication de la protéine Tau vaut à la maladie d'Alzheimer le nom de tautopathie.
L’O-glycosylation est une modification post-traductionnelle qui consiste en l’ajout d’un ose (N-
acétyl-galactosamine) par une glycosyl-transférase sur l’atome d’oxygène des chaînes latérales de la
sérine et de la thréonine. Cette modification sert « d’étiquetage » dans la signalisation moléculaire de
la cellule.

UE 1
O-glycosylation sur une sérine ou une thréonine.
Pathologie Ù Cas des mucines qui servent de boucliers aux cellules cancéreuses. – Les mucines
sont de grandes protéines glycosylées qui constituent le mucus et jouent un rôle de protection
contre le milieu extérieur.
Les cellules cancéreuses utilisent ces mucines pour leur propre développement. D'une part elles
constituent une protection physique en empêchant l'action du système immunitaire, et d'autre
part, les mucines dites transmembranaires (qui sont accrochées à la membrane plasmique)
interviennent dans des voies de signalisation qui stimulent la croissance cellulaire et la survie. Les
cellules cancéreuses produisent donc des mucines en excès pour stimuler leur prolifération.
Pathologie Ù Cas de la mucoviscidose : – On remarque un surplus de O-glycosylation chez les
patients atteints de mucoviscidose.
6. Les acides aminés contenant du soufre

§ Cystéine, Cys, C
La chaîne latérale porte un groupement thiol primaire. Ce groupement joue un rôle dans les
mécanismes d’oxydo-réduction, la cystéine a ainsi un pouvoir anti-oxydant. C’est un acide aminé
polaire, à chaîne latérale ionisable, et non essentiel.
Structure de la cystéine.
Cet AA peut former des dimères par oxydation, nous avons formation d’un pont disulfure (S-S),
et nous parlons alors de cystine. Ces ponts peuvent être inter ou intra-brins et sont présents dans de
nombreux peptides ou protéines (exemple : dans l'insuline).
Oxydation de cystéines en cystine.
81 Année 2016 - 2017

Pathologies Ù Lithiases urinaires, cancers et VIH. – La cystine est peu soluble dans l'urine qui est
acide et se solubilise donc pour former des calculs. Ainsi, une trop grande quantité de cystine peut
créer une lithiase urinaire par cystinurie. Nous retrouvons une augmentation de la cystine dans les
cachexies dues à des cancers ou dans les infections au VIH.
§ Méthionine, Met, M
La chaîne latérale porte un groupement thiol, substitué par un groupement méthyle. C’est très
souvent le premier AA des chaînes protéiques. C’est un AA apolaire, non chargé, et essentiel.
Structure de la méthionine.
7. Diacides aminés chargés négativement
§ Acide aspartique, Asp, D
Il contient deux fonctions carboxyliques. Il est polaire, à chaîne latérale ionisable et non essentiel.
Il peut être hydroxylé pour donner l'acide 3-hydroxy-aspartique. On le retrouve parfois dans le
collagène.
Structure de l'acide aspartique (ou aspartate).
§ Acide glutamique, Glu, E
Il possède également deux fonctions carboxyliques. C’est un AA polaire, à chaîne latérale

ionisable, et non essentiel.
Structure de l'acide glutamique (ou glutamate).
L’acide glutamique peut être carboxylé et méthylé.

UE 1
La carboxylation est une modification post-traductionnelle qui consiste en l’ajout d’un

groupement carboxylique, par une carboxylase avec comme coenzyme la vitamine K, sur l’acide
glutamique pour former de l’acide g-carboxy-glutamique dont le code à 3 lettres est Gla. Ce
groupement carboxyle en plus favorise l’agrégation.
Carboxylation de l'acide glutamique en Gla.
Ce Gla est présent dans la prothrombine, protéine importante de la coagulation. La warfarine

bloque l’action de la vitamine K et permet d’éviter la formation de thrombose chez les patients
cardiaques ou en post-chirurgie : c’est un anti-vitamine K (AVK).
Pathologie Ù Hémorragie. – En cas de déficit en vitamine K, nous avons un déficit en carboxylation

de l'acide glutamique qui entraîne un déficit en Gla et donc une coagulation fortement diminuée à
l'origine d'une hémorragie.
8. Dérivés amidés des diacides aminés
§ Asparagine, Asn, N
La fixation d’un ammoniac NH3 sur la fonction COOH de la chaîne latérale forme une fonction
amide. C’est un AA polaire, à chaîne latérale non ionisable, et non essentiel.
Structure de l'asparagine.
L’asparagine peut être N-glycosylée.
La N-glycosylation est une modification traductionnelle, qui consiste en l’ajout d’un groupement
N-acétyl-glucosamine sur l’atome d’azote de l’asparagine, par une N-acétyl-glucotransférase. Cette
glycosylation a lieu uniquement sur les séquences consensus : N-X-S/T (sérine ou thréonine) où X est
n’importe quel AA sauf la proline. Cette modification traductionnelle permet l’étiquetage et
l’adressage de molécules dans la cellule, par exemple l’adressage dans le golgi. Elle est inhibée par la
tunicamycine.
83 Année 2016 - 2017

N-glycosylation sur une asparagine.
Pathologie Ù Lymphomes folliculaires. – Excès de N-glycosylation.

Pathologie Ù golgi Congenital Disorders of Glycosylation (CDG). – Déficit de N-glycosylation.
§ Glutamine, Gln, Q
Formé par la fixation d’un ammoniac NH3 sur la fonction COOH de la chaîne latérale de l’acide
glutamique, ce qui donne une fonction amide. C’est un AA polaire, à chaîne latérale non ionisable, et
non essentiel. Il sert de constituant énergétique pour la cellule (comme le glucose).
C’est l’AA le plus abondant dans l’organisme

Il est présent à 60% sous forme libre
Structure de la glutamine.
9. Acides aminés basiques chargés positivement
§ Lysine, Lys, K
La chaîne latérale porte un groupement amine primaire. C’est un AA polaire, à chaîne latérale
ionisable et essentiel. La lysine peut être hydroxylée (en δ5), méthylée et acétylée.
L’hydroxylysine représente 14% des AA dans les collagènes.
Structure de la lysine.

UE 1
La méthylation et l'acétylation sont des modifications post-traductionnelles qui ont lieu au

niveau des histones et des protéines nucléaires basiques. Elles correspondent respectivement à l’ajout
d'un groupement CH3 ou d'un groupement O=C-CH3. Elles sont réalisées par des enzymes nommées
HMT (Histone Methyl-Transferases) et HDAC (Histone De-ACetylases).
- La méthylation verrouille l'expression des gènes (compaction de la chromatine), elle concerne

la lysine (qui doit être désacétylée avec d’être méthylée, ne peut porter les deux
groupements), l'acide glutamique, l'histidine et l'arginine.
Un AA peut être mono, bi ou tri-méthylé. Il y a alors un enzyme spécifique pour chacune de

ces modifications. L’enzume peut également être différent pour les différentes positions de la
lysine dans la chaine peptidique.
- L’acétylation permet l'expression des gènes (décompaction de la chromatine), elle concerne

la lysine et n'importe quel AA situé en N-term (l'acétylation n'a alors pas lieu sur la chaîne
latérale mais sur l'extrémité N-terminale de l'AA).
Pathologie Ù Cancers. – Nous observons fréquemment un verrouillage de l'expression des gènes

suppresseurs de tumeurs dans les cancers. Ce verrouillage est dû aux surexpressions de HDAC (=>
pas assez d’acétylations) et de HMT (=> trop de méthyations). Les HDAC sont des cibles
thérapeutiques en cancérologie (des études sont en cours).
§ Arginine, Arg, R
La chaîne latérale porte un groupement δ-guanidyle HN=C-NH2.
L'arginine peut être méthylée et phosphorylée. Cependant, la phosphorylation de l’arginine se

fait sur l’acide aminé seul (/!\ ce n’est donc pas une modification post-traductionnelle à proprement
parler pour l’arginine). Dans ce cas, l'arginine-phosphate constitue un réservoir d'énergie.
Cet acide aminé est polaire et est le plus hydrophile de tous les acides aminés. Sur sa chaîne
latérale, seul le doublet de l'azote est libre et peut fixer un proton. Comme l'asparagine, l'arginine est
impliquée dans le métabolisme de l'urée (notamment le transport de l'ammoniac).
Structure de l'arginine.
§ Histidine, His, H
La chaîne latérale possède un cycle imidazole. Cet acide aminé est un acide aminé polaire. Il peut
être méthylé.
85 Année 2016 - 2017

Récapitulatif des modifications post-traductionnelles et traductionnelles :
á ! ñ Le professeur Moyret-Lalle ne cite qu’un nombre restreint de modifications
(post)-traductionnelles et ne cite pas tous les AA pouvant les subir.
Acides aminés
Modifications Pathologies impliquées
concernés
Carcinome du
Sulfatation Y
nasopharynx
Y, S, T et R (seulement
Phosphorylation Alzheimer
en AA seul pour R)
Mucines dans les cancers

O-glycosylation S et T
Mucoviscidose
Carboxylation E Hémorragie
Hydroxylation P et K Scorbut
Méthylation K, E, R et H
Cancers (blocage gènes
suppresseurs tumeurs)
Acétylation K et AA en N-term
N-glycosylation Lymphomes folliculaires

N
(traductionnelle) CDG
Les acides aminés rares

§ Sélénocystéine, Sec, U
Cet AA, dérivé de la sérine, possède des propriétés anti-oxydantes. Il est indispensable à l’activité
de la glutathion-peroxydase qui est une sélénoprotéine (possède une sélénocystéine dans on site
actif). A travers l’action de cet enzyme, la sélénocystéine a un pouvoir anti-oxydant (cf cours des
peptides). L'organisme ne possède pas de pool de sélénocystéine car le sélénium est instable.
Structure du sélénium.
Pathologies Ù Cardiomyopathies, cancers, infertilité masculine. – La sélénocystéine peut être en

cause dans des pathologies telles que des cardiomyopathies, des cancers et l'infertilité masculine.

UE 1
§ Pyrrolysine, Pyl, O
Cet acide aminé n’est présent que chez les archéobactéries (et non chez les mammifères). Il est
présent dans les bactéries méthanogènes (= productrices de méthane). Il dérive de la lysine.
Structure de la pyrrolysine.
III. Propriétés acido-basiques des acides aminés

Ionisation / dissociation des acides aminés
§ Le groupement COOH se comporte comme un acide faible " COO- + H+ (libération de H+)
§ Le groupement NH2 se comporte comme une base faible " NH3+ (acceptation de H+)
Nous employons les termes d’ion amphotère ou d’ion dipolaire lorsque chaque partie de l’acide
aminé est ionisée.
Lorsque la somme des charges de l’AA est nulle, l’AA est appelé zwitterion : nous sommes alors
au pHi de l'AA (ou point isoélectrique / isotonique).
Nous pouvons suivre l’état d’ionisation d’un AA en fonction du pH (ici, chaîne latérale non
ionisable).
Courbe de titration des AA à chaîne latérale non ionisable

La titration est réalisée en ajoutant ou en éliminant graduellement des protons. La courbe de
titration est biphasique.
Changement de forme de l’acide aminé en fonction de la titration.
87 Année 2016 - 2017

Courbe de titration d'un acide aminé à chaîne latérale non ionisable.
Sur le schéma précédent :
§ les zones rondes l sont les points d’équivalence, c’est-à-dire les zones où nous
retrouvons 100% d’une seule forme (cationique, zwitterionique ou anionique).
§ l’étoileêmarque l’endroit du pHi, nous retrouvons 100% de forme zwitterionique (A0).
§ les zones grisées n sont les régions tampons quand le pH est proche des pKa.
§ les croix Ó sont les points de demi-équivalence (centre des régions tampons), c’est à ce
pH que nous retrouvons un mélange équimolaire (50% / 50%) de 2 formes de l’AA. À ces
endroits de la courbe, pH = pKa. De gauche à droite, la première croix marque le pK1 (celui
du COOH / COO-) et la deuxième croix marque le pK2 (celui du NH3+ / NH2).
Chaque AA possède un pKa différent pour ses groupements (acide carboxylique et amine) mais il
faut simplement retenir les valeurs approximatives suivantes :
! pK1 = pK COOH / COO- » 2

! pK2 = pK NH2 / NH3+ » 9
! pHi = (pK1 + pK2) / 2 » 5
Quelques explications. – Le pKa d’un groupement représente le pH à partir duquel le groupement

considéré va perdre un proton.
À pH = 0, nous sommes sur un point d’équivalence donc nous retrouvons 100% de la forme
totalement protonée [A+]. Puis, en augmentant progressivement le pH jusqu’à 2, nous allons
atteindre le pK1. À partir de ce pH, l’acide faible COOH va larguer son proton (pour tenter
d’augmenter l’acidité du milieu) et va alors être de la forme COO-. À ce pH, nous sommes sur un
point de demi-équivalence donc nous allons retrouver un mélange équimolaire de [A+] et [A0].
Remarque : la zone tampon s'explique par le fait que la perte de proton s'étale sur une gamme de
pH autour du pKa, elle ne s'effectue pas « brutalement » à l'atteinte de la valeur exacte du pKa.

UE 1
En augmentant encore le pH, nous allons arriver au pHi = point d’équivalence où nous retrouvons
100% de forme zwitterionique [A0].
Toujours en augmentant le pH, nous allons atteindre le pK2, où le groupement NH3+ va relarguer
l’H+ qu’il avait capté en milieu acide, pour devenir NH2. Nous sommes au point de demi-équivalence
où nous avons 50% de [A0] et 50% de [A-].
Puis nous atteignons pH = 14, point d’équivalence où nous avons 100% de forme anionique [A-].
Courbe de titration des AA à chaîne latérale ionisable
Les AA à chaîne latérale ionisable sont : D E R C H K Y
C’est exactement le même principe mais en plus, nous allons devoir tenir compte de l’ionisation
de la chaîne latérale.
Nous aurons donc 3 étapes d’ionisation au niveau des 3 pKa : pK1, pK2 et pKr (chaîne latérale).
Courbe de titration de l'acide glutamique.
État d'ionisation de l'acide glutamique en fonction du pH.
89 Année 2016 - 2017

Courbe de titration de la lysine.
État d'ionisation de la lysine en fonction du pH.
Pour calculer le pHi, il nous faut utiliser la même formule que pour les AA à chaîne non ionisable,
à savoir : pHi = (pK + pK) / 2 mais ici nous avons 3 pKa différents, nous devons ainsi choisir les deux
pKa qui encadrent la zone où l’AA est sous forme zwitterionique.
§ L’acide glutamique est sous forme zwitterionique A0 entre son pK1 et son pKr, nous prendrons
alors ces deux valeurs pour le calcul : pHi = (2.2 + 4.3) / 2 = 3,25.
§ La lysine est sous forme zwitterionique A0 entre ses pK2 et pKr : pHi = (9.2 + 10.5) / 2 = 9,85.
Notez que les groupements des chaînes latérales de la tyrosine et de la cystéine, respectivement
OH et SH, se comportent comme des acides faibles et cèdent leur proton en milieu basique (pH > pKr).
IV. Autres propriétés des acides aminés

Propriétés physiques
1. Polarité et Hydrophilie
Le caractère hydrophobe ou hydrophile des acides aminés repose sur la possibilité pour leurs
atomes d’échanger des liaisons hydrogène avec les molécules d'eau (H2O). On attribue un indice
d'hydrophobie et un indice d’hydrophilie à chaque acide aminé.
L'indice de polarité d'un AA correspond à la différence d'énergie libre lors du passage d'un solvant
apolaire à un solvant polaire. Les AA les plus polaires sont R, K et H.
AA polaires " hydrophiles

AA apolaires " hydrophobes

UE 1
2. Activité optique et absorbance
La glycine est le seul AA à ne pas posséder de carbone asymétrique, elle ne possède donc pas
d’activité optique. L’isoleucine et la thréonine possèdent deux carbones asymétriques.
La présence du carbone asymétrique permet l’existence de 2 énantiomères pour chaque AA (sauf

la glycine). Les deux énantiomères sont de série D ou L. Les AA naturels sont surtout de série L.
Les cycles aromatiques des AA absorbent la lumière. Cette propriété est utilisée dans le dosage
des protéines en solution aqueuse, grâce à la loi de Beer-Lambert.
RAPPEL sur l'absorbance dans l'UV des AA aromatiques

Tryptophane Tyrosine Phénylalanine
280 nm 275 nm 257 nm
Réaction à la ninhydrine (en excès)

La ninhydrine réagit (par réduction, cela libérec un ammoniac et un CO2) avec les fonctions
amines primaires des AA et donne une coloration en pourpre de Ruhemann (violet) détectable dans
le visible à 570 nm. La proline possédant une amine secondaire ne réagit que partiellement avec la
ninhydrine et donne un précipité jaune/orangé.
Propriétés biologiques
Les réactions de transamination / désamination sur les AA consistent en l’échange du
groupement NH3+ par mécanisme « ping-pong ». Ces réactions permettent d’éliminer l’ammoniac
toxique. La transamination (comme la désamination) est une réaction réversible, elle est réalisée par
une transaminase (ou amino-transférase) en présence de phosphate de pyridoxal comme coenzyme
(qui devient alors le phosphate de pyridoxamine). Il n'y a pas de désamination sans transamination.
La réaction de transamination.
La réaction de décarboxylation à l'inverse est irréversible, l’acide aminé peut alors participer à la
formation de sucres ou de corps cétoniques (AA glucoformateurs et/ou cétogènes).
V. Rôles biologiques des acides aminés

Certains AA (glycine et glutamine) possèdent une activité biologique propre sous forme libre,
certains servent de substrats énergétiques, de nombreux AA sont les précurseurs de molécules
indispensables comme :
91 Année 2016 - 2017

§ des intermédiaires métaboliques : créatine, citrulline, ornithine
§ des hormones : catécholamines, GABA (neurotransmetteur), hormones thyroïdiennes
§ des nucléotides puriques ou pyrimidiques (Asp et Gln)

§ des coenzymes : NAD (Nicotinamide-Adénine-Dinucléotide)
Intermédiaires métaboliques
La cystéine s’oxyde en acide cystéique, toxique pour les muscles, qui est donc immédiatement
décarboxylé (irréversible) pour former la taurine. La taurine aide à la digestion, elle est présente dans
les sels biliaires et donne l'acide taurocholique qui va émulsifier les lipides. Elle participe aussi à la
récupération musculaire.
Métabolisme de la cystéine en acide cystéique puis en taurine.
Précurseurs
L’acide glutamique est le précurseur du GABA (acide g-amino-butyrique). Le GABA est le principal
inhibiteur du SNC. Il permet l'ouverture de canaux chlore. La réponse au GABA est modulée par
d’autres molécules : benzodiazépines, barbituriques, alcool, etc. ceux-ci sont des agonistes du GABA.
Formation du GABA à partir de l'acide glutamique.
Pathologie Ù Épilepsie. – Le GABA joue un rôle dans la baisse du stress et de l'anxiété, il est
dégradé par la GABA-transaminase : un surplus de cette enzyme induit un déficit en GABA
entraînant une épilepsie. L'acide valproïque, inhibiteur de la GABA-T, est un antiépileptique.
L’histidine est le précurseur de l’histamine par décarboxylation. L’histamine est une amine
hydrophile vasoactive. Elle est impliquée dans les mécanismes allergiques, anaphylactiques,
urticaires et inflammatoires. Par exemple, il y a beaucoup d’histidine dans le fromage, ce qui peut
induire une suractivité de la L-histidine décarboxylase et ainsi un surplus d’histamine.
Formation de l'histamine à partir de l'histidine.

UE 1
La phénylalanine et la tyrosine sont à l’origine des hormones thyroïdiennes T3 et T4, des

catécholamines et de la mélanine. La phénylalanine est hydroxylée (phénylalanine-hydroxylase) en
tyrosine qui s’hydroxyle (tyrosinase + Cu2+) en DOPA. Ce DOPA va ensuite subir des transformations
pour former la mélanine et les catécholamines (dopamine, adrénaline et noradrénaline).
L'hormone T4 est la forme

di-iodée non active qui se
transforme en l'hormone T3.
Ces hormones interviennent
dans la régulation de la
thermogenèse par action de
découplage respiratoire au
niveau des mitochondries.
Synthèse de la mélanine et des catécholamines à partir de la phénylalanine et de la tyrosine.
Pathologie Ù Phénylcétonurie. – En cas de mutation du gène codant la Phe-hydroxylase, nous

avons accumulation de Phe et diminution de la Tyr, du DOPA, de la mélanine et des catécholamines.
Cette pathologie se caractérise par une destruction progressive du cerveau (cellules nerveuses) par
manque de catécholamines, conduisant à un retard mental sévère. Avant, nous faisions un test de
Guthrie pour le dépistage (la maladie touche 1 / 15 000 naissances).
Test de Guthrie : On place un certain type de bactéries (Bacillus Subtilis) en présence d’une goutte
de sang du patient, si il y a beaucoup de phénylalanine (patient atteint) dans le sang, les bactéries
se multiplient et le test est alors positif.
Pathologie Ù Maladie de Parkinson. – Nous retrouvons une perte de neurones dopaminergiques
qui entraîne ainsi une baisse de l'expression des catécholamines.
VI. Techniques d’analyse des acides aminés

Séparation par électrophorèse
Les acides aminés migrent vers l’électrode de charge opposée. L’électrophorèse se déroule à pH
fixe et la charge de l’acide aminé dépend de son pHi.
§ si pH > pHi, AA négatif donc migration vers électrode + = ANODE (attire les anions)
§ si pH = pHi, AA neutre donc pas de migration
§ si pH < pHi, AA positif donc migration vers électrode - = CATHODE (attire les cations)
Séparation d'acides aminés par électrophorèse à pH = 6.
93 Année 2016 - 2017

Séparation par CCM
Les acides aminés sont séparés selon leur taille et leur polarité. La phase stationnaire est une
feuille de cellulose, le solvant est un mélange de butanol (70 %), d’acide acétique (18 %) et d’eau
(12 %). La révélation se fait à la ninhydrine. Les AA les plus apolaires migrent le plus haut car ils sont
emportés par le solvant organique et n’adhérent pas à la cellulose qui est polaire.
Chromatographie sur couche mince (CCM) de quelques acides aminés.
Séparation par chromatographie échangeuse d’ions

Nous utilisons ici une résine chargée pour retenir les AA, et nous allons faire varier le pH pour
décrocher et séparer progressivement les AA.
§ Résine cationique
Chargée -, elle va retenir les AA chargés positivement
§ Résine anionique
Chargée +, elle va retenir les AA chargés négativement
Quelques explications. – Nous allons ajouter une dose croissante d’ions positifs pour la résine
échangeuse de cations (Na+, H+) et négatifs pour la résine échangeuse d’anions (Cl-,OH-). Il va y
avoir compétition entre les acides aminés chargés accrochés à la résine et les ions que nous
rajoutons. Nous pouvons également jouer sur le pH de la solution pour faire varier les charges des
AA. Moins l’AA a d’affinité pour la résine, plus il va « se détacher » et être élué rapidement et
inversement.
Pour une chromatographie échangeuse de cations (résine négative), nous allons utiliser un
gradient de pH croissant de 1 à 13 par exemple. A pH = 1, tous les AA de notre solution sont chargés
positivement et vont donc être fixés à la résine. Puis, nous augmentons progressivement notre pH
jusqu’à arriver aux pK1 des AA ce qui change leur charge. Les AA, qui sont alors neutres, ne sont
plus retenus par la résine et sont élués, et ainsi de suite… Cela nous permet donc de séparer les AA
en fonctions de leur état d’ionisation.
Pour une chromatographie échangeuse d’anions, nous utiliserons un gradient de pH décroissant.

UE 1
Exemple de profil obtenu avec une résine échangeuse de cations.
Séparation par HPLC

Les acides aminés réagissent avec le phénylisothiocyanate pour former des dérivés carbamylés
PTC-AA (pour être détectés, absorption dans l'UV à 254 nm). Ils sont ensuite séparés dans une colonne
sous haute pression, dans du méthanol (solvant organique), selon leur hydrophobicité. Nous
déterminons un temps de rétention pour chaque acide aminé. Seuls les dérivés carbamylés peuvent
être détectés en UV.
Profil obtenu après HPLC d'acides aminés.
95 Année 2016 - 2017

UE 1
Peptides
Rédigé à partir du cours du Dr MOYRET-LALLE
I. Liaison peptidique
Liaison amide
Les AA sont liés entre eux par des liaisons covalentes stables (jusqu’à 1000 ans) créées par des
réactions de condensation (libère une molécule d’eau) entre la fonction COOH d’un AA et la fonction
NH2 de l'AA suivant.
Formation de la liaison peptidique.
La structure résultante de la liaison amide est un hybride de résonance, une mésomérie se met
ainsi en place :
Mésomérie de la liaison peptidique.
Cette mésomérie induit la rigidification de la molécule. C=O, NH et Ca se trouvent dans le même

plan. La rotation des plans est possible autour des carbones a.
Rotation des plans autour du carbone α (Φ entre l'azote et le Cα et Ψ entre le Cα et le C suivant).
Chaîne polypeptidique
La chaîne polypeptidique est polarisée, les AA situés aux extrémités de la chaîne sont appelés :
§ acide aminé N-terminal pour celui dont la fonction α-aminée est libre
§ acide aminé C-terminal pour celui dont la fonction α-COOH est libre
97 Année 2016 - 2017

Par convention, les AA sont numérotés à partir de l'extrémité N-terminale (de gauche à droite).
L’enchaînement linéaire des AA est appelé structure primaire d’une protéine.
Nomenclature
Les AA pris dans la chaîne sont appelés « résidus » (perte d'une molécule d'eau au cours de la
réaction de condensation), nous ajoutons alors le suffixe « -yl » sauf pour le dernier AA situé à
l'extrémité C-terminale qui garde son nom.
Attention. – Le résidu Glu se nomme glutamyl alors que le résidu Gln se nomme glutaminyl.
Exemple de nomenclature pour le pentapeptide SGYAL.
Pour moins de 20 résidus nous parlons d’oligopeptide ; de 20 à 50 résidus nous parlons de

polypeptide ; et pour plus de 50 résidus nous utilisons le terme de protéine (exemple : lysozyme).
Pour écrire la composition du peptide, nous utilisons les codes à 3 lettres ou à 1 lettre des AA.
Parfois nous utilisons des parenthèses ce qui indique la présence de variants génétiques possibles
entre les individus (attention ce ne sont pas des mutations !).
Exemple de polymorphisme génétique.
Exercice : calcul de charge peptidique

Pour connaître la charge (= état d’ionisation) d’un peptide à n’importe qu’elle valeur de pH, il
faut commencer par identifier les groupements ionisables de ce peptide, et pour chaque groupement
trouver son pKa (les pKa sont donnés dans un tableau dans les exercices).
Prenons l’exemple du peptide suivant : D-R-I-Q-K, et trouvons sa charge globale à pH = 7 :
Identification des groupements ionisables et de leur pKa respectif.

UE 1
Nous pouvons à présent tracer une échelle de pH croissante, nous y plaçons les différents pKa :
Nous pouvons déterminer l’état d’ionisation de chaque groupement dans chaque intervalle :
Ainsi, nous avons la charge globale du peptide pour n’importe quelle valeur de pH.
À pH = 7, ce peptide possède une charge globale de +1
Liaison isopeptidique
Ces liaisons impliquent la fonction amine ou la fonction carboxylique d’une chaîne latérale liée à
un autre peptide (nous avons alors soit 2 C-term et un N-term, soit 2 N-term et 1 C-term). La formation
d'une liaison isopeptidique est un mécanisme post-traductionnel, c'est-à-dire indépendant du code
génétique.
L’ubiquitinylation est un exemple de liaison isopeptidique entre la glycine 76 (qui est en position
C-term) de l'ubiquitine et la fonction e-NH2 d’une lysine. Elle est catalysée par des ubiquitine-ligases.
La polyubiquitinylation est un signal de dégradation des protéines (la monoubiquitinylation étant un
signal pour d'autres processus cellulaires). Les histones, par exemple, peuvent être polyubiquitinylés
car ils doivent être fréquemment renouvelés.
Notez que l’ubiquitinylation des peptides est possible in-vitro (tandis qu’in vivo les peptides courts
ne sont pas ubiquitinylés) et fait varier la taille d'une protéine ce qui la rend visiblec sur une migration
comme une électrophorèse.
Ubiquitinylation d'un résidu lysyl.
Lors d'une blessure ou d'un saignement, nous retrouvons une activation de la thrombine qui
possède deux actions : elle coupe le fibrinogène et active le facteur XIII en facteur XIIIa. Le facteur XIIIa
est une transglutaminase qui établit des liaisons covalentes isopeptidiques entre les molécules de
fibrine soluble pour les rendre insolubles (liaisons e-lysyl-g-glutaminyl).
99 Année 2016 - 2017

Pathologies Ù Coagulation et stérilité. – En cas de déficit en facteur XIII, il peut exister des
problèmes de coagulation et de stérilité chez la femme.
Fabrication de fibrine insoluble par création de liaisons isopeptidiques.
La thrombine coupe après Arg, mais préférentiellement entre Arg et Gly dans le fibrinogène.
Peptides cycliques
Ce type de liaison cyclique est principalement présent chez les bactéries (rare chez l’Homme). La
cyclisation de la chaîne peptidique se fait le plus souvent avec un AA de série D.
§ La gramicidine S est un décapeptide (10 AA) cyclique et un antibiotique naturel produit

pas Bacillus Brevis. Possède un AA particulier : l’Ornithine.
Structure de la gramicidine S.
§ La bacitracine est un dodécapeptide (12 AA) antibiotique qui

inhibe la synthèse des parois bactériennes des bactéries
Gram (+) comme Actinomyces, Hæmophilus influenzae et
Neisseria. Il est utilisé localement dans certaines infections
cutanées.
Structure de la bacitracine.

UE 1
Mise en évidence de la liaison peptidique

1. Absorption dans l'UV des peptides
Les peptides et protéines absorbent dans l’UV. Il existe 2 types de chromophores protéiques :
§ la liaison peptidique en elle-même absorbe à 215-230 nm.
§ la chaîne d’acides aminés absorbe à 280 nm.
Certaines chaînes latérales d’AA comme : D, E, N, Q, R et H absorbent dans la même région que
la liaison peptidique. Les AA aromatiques ont un spectre d’absorption qui ne croise pas celui de la
liaison peptidique.
RAPPEL sur l'absorbance dans l'UV des AA aromatiques

Tryptophane Tyrosine Phénylalanine
280 nm 275 nm 257 nm
2. Réaction du Biuret
Cette réaction permet de détecter les liaisons peptiques (à partir de deux liaisons) par formation
d’un complexe coloré avec le cuivre (Cu2+) avec une coloration proportionnelle au nombre de liaisons.
Le complexe coloré présente un maximum d’absorbance à 650 nm. La mesure par
spectrophotométrie/colorimétrie (c’est la même chose) se fait à 540 nm.
Avec un tripeptide (deux liaisons), il y a réaction, mais elle est instable. On ne voit pas de
coloration a l’œil nu, mais on peut l’observer au colorimètre.
Principe de la réaction du Biuret.
II. Détermination de la séquence peptidique

Séquençage
§ Hydrolyse acide
L’hydrolyse acide (HCl) permet de couper toutes les liaisons peptidiques mais elle détruit le
tryptophane (et transforme l’asparagine en acide aspartique et la glutamine en acide glutamique.)
101 Année 2016 - 2017

Ce qui est précisé ici en italique et entre parenthèse n’a pas été dit l’an dernier en cours, mais je le laisse
quand même au cas où le professeur en reparle.
§ Réaction d’Edman
Cette réaction à l’acide isocyanique forme un dérivé phénylisothiocyanate et permet la libération

de l’AA en N-term du peptide. C’est une hydrolyse douce. La chaîne peptidique reste intacte et peut
être récupérée pour à nouveau être traitée au PITC. Cette réaction permet un séquençage complet.
Principe de la réaction d'Edman.
§ Réaction de Sanger
Cette réaction au DNFB forme un dinitrophényl-AA et permet la libération de l’AA en N-term.

Cependant cette réaction est suivie d’une hydrolyse acide qui détruit toutes les liaisons, détruisant
ainsi le peptide. On ne peut donc pas répéter l’opération. Néanmoins cette méthode a permis le
séquençage complet de l’insuline.
Principe de la réaction de Sanger.
Coupures spécifiques de peptides

1. Outils chimiques
§ Le bromure de cyanogène coupe APRÈS une méthionine (la réaction se fait en excès)
§ L’acide 2-nitro-5-thiocyanobenzoïque coupe AVANT une cystéine
§ L’hydroxylamine coupe ENTRE une asparagine et une glycine

UE 1
2. Outils biologiques
§ Les exopeptidases coupent les AA en N-term (pour les aminopeptidases) ou en C-term

(pour les carboxypeptidases)
Coupures par des exo- ou des endopeptidases.
§ Les endopeptidases peuvent couper à l’intérieur de la chaîne peptidique :

- la trypsine appartient à la famille des sérines-protéases
Elle coupe APRÈS la lysine et l’arginine

SAUF s’il y a une proline derrière
- la chymotrypsine appartient également à la famille des sérines-protéases
Conditions standards : coupe APRÈS W, Y et F

Conditions non standards : coupe APRÈS L, I et M (+ W, Y et F)
SAUF s'il y a une proline derrière
Nom Outil Coupure Conditions

Bromure de cyanogène Chimique Après M
NTCB Chimique Avant C
Hydroxylamine Chimique Entre N et G
Aminopeptidase Biologique AA en N-term
Carboxypeptidase Biologique AA en C-term
Trypsine Biologique Après K et R Sauf si P derrière
CONDITIONS STANDARDS
Après W, Y et F
Chymotrypsine Biologique Sauf si P derrière
CONDITIONS NON STANDARDS
Après W, Y, F et L, I, M
103 Année 2016 - 2017

3. Fonctionnement des sérines-protéases
La trypsine, la chymotrypsine, la thrombine et l'élastase sont des sérines-protéases.
§ Interprétation des données tridimensionnelles des enzymes bovines

Les chaînes polypeptidiques tridimensionnelles de la trypsine, de la chymotrypsine et de l'élastase
sont superposables. La trypsine et la chymotrypsine présentent dans leur site catalytique une triade
d'AA : Ser-His-Asp.
- la poche est large et profonde pour la chymotrypsine ce qui permet l'entrée d'un
acide aminé aromatique : coupure après les acides aminés aromatiques
- la poche est étroite et allongée pour la trypsine. Au fond de la poche, l'acide
aspartique est déprotoné et chargé négativement au pH physiologique, il réagit
donc avec les charges positives de la lysine ou de l'arginine coupure après R et K
§ Mode d'action de la triade catalytique de la chymotrypsine humaine

La triade catalytique de la chymotrypsine humaine est Ser (195) - His (57) - Asp (102).
1) L'approche du groupement COOH de Phe (exemple utilisé) à proximité de Ser entraîne le

transfert du proton du groupement OH de Ser sur le groupement imidazole de His. Ser 195 se retrouve
déprotonée.
2) Ser déprotonée « attaque » le substrat et établit une liaison covalente avec le substrat.
3) Le proton (récupéré par His) permet le clivage de la liaison peptidique en C-term après Phe.
4) L'eau attaque, créant une rupture de la liaison entre Ser et Phe avec relargage du peptide.
Cartes peptidiques
Les cartes peptidiques consistent à digérer une protéine en peptides puis à distinguer des
différences en AA dans cette protéine, en réalisant une électrophorèse bidimensionnelle
(isoélectrofocalisation [IEF] et électrophorèse SDS-PAGE). Elles sont très utilisées en cancérologie.

UE 1
Lors de l’IEF, les peptides migrent en fonction de leur charge, jusqu’à leur pHi :
L'isoélectrofocalisation.
Lors de l’électrophorèse en gel acrylamide bis-acrylamide (SDS-PAGE), les peptides sont rendus
négatifs grâce au SDS puis nous les faisons migrer vers la borne positive en fonction de leur taille et
de leur poids moléculaire. Nous utilisons une très forte concentration d'acrylamide pour les petites-
moyennes protéines et une faible concentration pour les grosses protéines.
L'électrophorèse bidimensionnelle.
Cette technique a permis la mise en évidence de mutations dans la protéine B-Raf. B-raf agit sous
forme d'homodimère pour stimuler la prolifération cellulaire suite à l'activation d'un récepteur de type
tyrosine-kinase (après fixation de facteurs de croissance). Les cellules « normales » présentent un
rétrocontrôle négatif permettant l'arrêt de la division cellulaire en inhibant B-raf.
Pathologie Ù Mélanome (cancer). – Lors de la mutation nommée V600E, B-raf n'est plus capable
de se dimériser et échappe au système de rétrocontrôle par ERK. B-raf muté devient alors
indépendant et stimule en permanence la prolifération cellulaire. Il est muté chez 20 à 30% des
patients atteints de mélanome (cancer mortel développé à partir des mélanocytes). La mutation
V600E est associée à un risque plus élevé de développement de métastases et de décès.
105 Année 2016 - 2017

III. Rôles biologiques de peptides : exemples
Un peptide donné, ayant un rôle biologique précis, possède toujours la même séquence : c’est
ce qui définit sa réactivité biologique. Les précurseurs ne possèdent pas l'activité biologique car cette
dernière est fonction de la séquence du peptide mature. L'intérêt de la synthèse des précurseurs est
d'avoir une sécrétion des peptides actifs beaucoup plus rapide et d'avoir un pool de précurseurs
rapidement activables sous l'action d'enzymes.
Peptides Structures et fonctions

TRH
neuro-hormone
hypothalamique Ù stimule le relargage de la thyrotropine (TSH) et de la prolactine
Ocytocine
hormone Ù stimule la contraction de l’utérus et Ù stimule la lactation
Angiotensine II Ù élève la tension artérielle au niveau des artérioles périphériques

Ù obtenue à partir de l'angiotensine I via l'enzyme de conversion
Somatostatine
Ù inhibe le relargage de la GH et de la TSH (traitement des ulcères)
Vasopressine
(ou ADH ou AVP)
Ù hypothalamus, hypophyse
La vasopressine (9 AA) est proche de l'ocytocine dont elle ne diffère que par deux AA seulement.
Ces deux peptides ont néanmoins des récepteurs différents. La vasopressine est une hormone
antidiurétique (régule l'osmolarité des cellules) et son activation est induite après la prise de certains
neuroleptiques tricycliques ce qui entraîne rétention d'eau et baisse de la tension. A l’inverse, l’alcool
inhibe la vasopressine, c’est ainsi un diurétique.
Peptides antibiotiques
Ils sont produits par des champignons ou des bactéries et sont souvent composés d’AA de la
série D et d’AA modifiés. Il en existe plus de 4000 dans la nature (PM entre 300 et 2000 Da).
§ Les pénicillines contiennent toutes de la D-pénicillamine qui est le dérivé diméthylé de

la D-cystéine
§ La pénicilline est un dipeptide modifié constitué d'une cystéine diméthylée et d'une
glycine substituée par un groupement formyle (CHO)

UE 1
Figure 1 - Structure de la pénicilline.
Rôle Ù Pénicilline. – Ce peptide mime un peptide nommé D-alanyl-D-alanine que nous retrouvons
fréquemment dans les protéoglycanes des parois bactériennes. Les bactéries l'incorporent ce qui
empêche la synthèse de la paroi bactérienne.
TRH : hormone hypothalamique

La TRH (Thyrotropin-Releasing Hormone) est un tripeptide contenant l’acide pyroglutamique en
N-terminal (= acide glutamique qui s'est cyclisé sur lui-même).
La TRH active au niveau de l’hypophyse antérieure les sécrétions de TSH (qui active les hormones
thyroïdiennes ainsi que la captation de l’iode par la thyroïde) et de prolactine (pour la lactation).
Structure de la TRH.
Glutathion
Le glutathion est un tripeptide de 307 Da qui possède le plus gros pouvoir antioxydant de la
cellule. L’acide glutamique est lié au résidu cystéinyl par une liaison isopeptidique (d’où le « g »). Son
précurseur est l'acide L-pyroglutamique (qui s'accumule lors d'un déficit en glutathion-synthétase).
Structure du glutathion.
Le groupement thiol du résidu cystéinyl permet l’oxydation/réduction du glutathion (G-SH :

forme réduite). L’oxydation du glutathion se fait par la glutathion-peroxydase (sélénoprotéine).
Régénération du GSH en présence de NADPH.
Pathologie Ù Maladie de Parkinson. – Nous retrouvons un déficit en glutathion-peroxydase dans

la maladie de Parkinson qui est alors considérée comme une « maladie oxydante ».
107 Année 2016 - 2017

Glucagon
Le glucagon est un peptide de 29 AA. Il s'agit d'une hormone pancréatique hyperglycémiante
fabriquée par les cellules a des îlots de Langerhans. Le gène du glucagon, porté par le chromosome 2,
dirige la synthèse du pré-pro-glucagon (précurseur de 179 AA) qui est ensuite clivé par des enzymes
pour former le glucagon, le glucagon-like peptide-1 (GLP1), le GLP2, et l’exendin-4 (EX4).
Pathologie Ù Glucagonome. – En cas de glucagonome, qui correspond à une hyper-prolifération

des cellules α du pancréas, nous avons un excès de glucagon qui se traduit notamment par une
hyperglycémie et un érythème nécrolytique migrateur (qui se manifeste jusqu’à un an avant le
glucagonome). La tumeur est mise en évidence par PET-scan avec marquage du glucose car les
cellules tumorales en sont grosses consommatrices.
Attention. – GLP1 et GLP2 sont des antagonistes du glucagon.
Insuline
L’insuline est une hormone hypoglycémiante, composée de 2 chaînes de 21 et 30 AA
(respectivement chaînes A et B). L’insuline est produite par les cellules b des îlots de Langerhans. Les
2 chaînes sont codées par le même gène et portent 2 ponts disulfures inter-chaînes et 1 intra-chaîne.
Structure de l'insuline.
Pathologie Ù Diabète de type 1. – Le diabète de type 1 est dit insulino-insuffisant, nous retrouvons
une dégénérescence des cellules β des îlots de Langerhans du pancréas entraînant une diminution
de l'insuline et donc une hyperglycémie chronique. Pour le traitement de ce diabète, des pompes
sont utilisées : les pompes classiques détectent l'hypoglycémie et arrêtent alors l'injection
d'insuline car le patient encoure un risque de coma mais elle ne sont pas encore capables de
détecter l'hyperglycémie (entraînant un risque de cécité). Un pancréas artificiel avec un algorithme
performant est en cours de projet.
Pathologie Ù Diabète de type 2. – Le diabète de type 2 est dit insulino-résistant, les tissus
périphériques sont résistants à l'insuline. Pour l'anecdote, la patient la plus jeune atteinte de ce
type de diabète avait trois ans et vivait aux Etats-Unis d'Amérique.

UE 1
Ghréline
La ghréline augmente la synthèse de la GH (Growth Hormon). Elle est le peptide de la faim et est
un régulateur majeur de la prolifération cellulaire et des fonctions cardiovasculaires. Elle existe sous
deux formes :
§ la forme acylée (acyl gras de 8 carbones fixé sur la sérine 3) agit sur le SNC, notamment
sur la régulation hypophysaire et sur la prise alimentaire. Il s’agit d'un peptide orexigène,
c’est-à-dire qu’il stimule l’appétit. La ghréline est acylée naturellement.
Structure de la ghréline acylée sur sa sérine en position 3.
§ la forme non acylée apparaît après un jeûne prolongé. Elle agit sur le système
cardiovasculaire et sur la différenciation cellulaire (adipogénèse).
Pathologie Ù Syndrome de Prader-Willi. – Il s'agit d'une obésité précoce avec une hyperphagie
liées à un défaut de production de la ghréline non acylée.
Aspartame
L'aspartam est un dipeptide alimentaire modifié (car méthylé) de formule Asp-Phe-Ome et de
nom complet L-aspartyl-L-phénylalanineméthylester.
Structure de l'aspartam.
Il est utilisé comme édulcorant (dans les régimes hypoglucidiques) avec un goût 180 fois plus
sucré que le saccharose. Lors de son métabolisme, nous avons libération de 40% d’acide aspartique,
50% de phénylalanine et 10% de méthanol. Son métabolisme veut de lui qu'il soit :
§ interdit en cas de phénylcétonurie à cause de la libération de phénylalanine

§ interdit pendant la grossesse à cause du méthanol qui augmente le risque
d’accouchements prématurés
§ recommandé pour les diabétiques car l’aspartam ne stimule pas la sécrétion d’insuline
Boissons, aspartam et grossesse. – La consommation d'au moins un verre par jour de boissons
édulcorées augmenterait de 11% le risque d'accouchements prématurés et la consommation d'au
moins un verre par jour de boissons sucrées l'augmenterait de 25%.
109 Année 2016 - 2017

IV. Peptidases et maturation des protéines
Clivage du peptide signal
Le peptide signal est une petite séquence peptidique de 15 à 30 AA qui permet l’adressage dans
un compartiment cellulaire sans entraver la fonction biologique de la protéine. Cette séquence est
clivée par une signal-peptidase une fois la protéine arrivée dans le compartiment voulu.
Peptide signal et adressage dans un compartiment cellulaire.
Maturation de l’insuline
L’insuline est d’abord synthétisée sous forme de pré-pro-insuline. Celle-ci va subir l’action d’une
signal-peptidase pour perdre son peptide signal et devenir la pro-insuline. La pro-insuline va ensuite
être clivée par la proconvertase 1 (une serine protéase qui coupe après R et K) qui va enlever le peptide
C. Nous obtenons alors une insuline immature qui doit subir l’action de la carboxypeptidase E qui va
retirer les deux arginines en bout de chaîne B. Une fois ces deux AA ôtés, l’insuline est mature et
active.
Structure de la pré-pro-insuline.
Maturation de la pré-pro-insuline en pro-insuline puis en insuline.

UE 1
Proconvertase 1 et carboxypeptidase E. – Le défaut de fonctionnement d'une de ces deux enzymes

entraîne une mauvaise maturation des précurseurs de l'insuline en insuline et nous verrons ainsi
l'apparition d'un diabète et d'une obésité. Le diabète est moins virulent dans le cas de la CPE.
V. Synthèse peptidique
Synthèse in-vivo
La synthèse des peptides peut être catalysée de différentes façons, c'est-à-dire soit :
§ comme les protéines : système de synthèse protéique codé au niveau des ribosomes
§ par hydrolyse d’une protéine précurseur découpée en plusieurs morceaux
§ par l’action d’enzymes spéciales (peptidyl-transférases) qui joignent les AA les uns aux
autres pour former de petits peptides (exemple : glutathion)
Lorsque la synthèse peptidique est non-ribosomique, les peptides néoformés sont appelés
peptides NRPS (Non Ribosomal Peptide Synthesis). Ce phénomène est surtout retrouvé chez les
procaryotes et les eucaryotes inférieurs.
Synthèse d'analogues peptidiques : médicaments

Un agoniste est une molécule d’origine naturelle ou synthétique produisant l’effet recherché en
accroissant celui-ci. Lorsqu’il s’agit d’une drogue ou d’un médicament, ce terme se rapporte à un
composé qui stimule ou accroît l’activité des récepteurs cellulaires.
Un antagoniste possède l’effet contraire du composé considéré. L’antagoniste peut se fixer au

récepteur du composé.
§ Le liraglutide est un oligopeptide attaché à un acide gras.
Structure du liraglutide.
Il possède un rôle agoniste des récepteurs au GLP1 (glucagon-like peptide-1, un

antagoniste du glucagon), le GLP1 augmente la sécrétion d’insuline et réduit celle du
glucagon. C’est donc un médicament à action hypoglycémiante.
§ L'analogue de B-Raf est un peptide immunothérapeutique qui permet la stimulation du

système immunitaire (en péritumoral), il possède en effet un score de réaction immune
plus important que B-raf non muté.
111 Année 2016 - 2017

1) Il se lie aux antigènes d'histocompatibilité (HLA A2, très présent en cas de mélanome)
2) Des cellules présentatrices d'antigènes (APC) apparaissent
3) Ces cellules prennent le peptide et le combine au système d'histocompatibilité
4) Elles présentent le peptide aux lymphocytes T (LTC)
5) Les LTC vont alors tuer les cellules tumorales ayant l'antigène
Le peptide va éduquer les LTC pour tuer les cellules ayant B-raf muté
§ L'analogue de la ghréline non acylée (8 AA) est à la fois agoniste de la ghréline non acylée
et antagoniste de la ghréline acylée. Il est utilisé pour le traitement de maladies
métaboliques comme le syndrome de Prader-Willi et le diabète de type 2.

UE 1
Protéines et leurs structures

Rédigé à partir du cours du Pr MOREL
I. Introduction
Les protéines correspondent à des chaînes polypeptidiques de grandes tailles et, contrairement
aux peptides dont la conformation spatiale est rudimentaire, elles adoptent généralement des
structures tridimensionnelles complexes et précises du fait du repliement de leurs chaînes. Les
structures 3D sont en lien étroit avec la fonction qu’elles exercent (relation structure-fonction).
Tout comme les peptides, les protéines sont constituées d’un enchainement d’acides aminés
reliés par liaison amide, plane et rigide.
Nous décrivons quatre niveaux d’organisation, quatre niveaux de structure pour les protéines :
Structure Schéma Définition
Structure primaire Ordre des AA le long de la chaîne polypeptidique
Structure secondaire Repliement local en hélice α, feuillet β ou autres
Agencement stable dans l'espace

Structure tertiaire
des structures secondaire
Structure quaternaire Agencement des sous-unités entre elles
II. Structure primaire

La structure primaire correspond à la succession linéaire des acides aminés et est entièrement
codée par le génome. Les acides aminés sont reliés entre eux par des liaisons dites peptidiques.
III. Structure secondaire

La structure secondaire dépend de la structure primaire et fait référence à des conformations
repliées adoptées par une région de la protéine.
113 Année 2016 - 2017

Ce type de structure résulte d’interactions non covalentes (liaisons faibles de type hydrogène
essentiellement) entre les chaînes latérales d’acides aminés voisins ou proches de la chaîne principale,
ou bien entre les NH et CO de la liaison peptidique. Ce repliement est dicté par l’information contenue
dans la séquence.
Liaison hydrogène entre deux acides aminés.
Nous lisons la liaison peptidique dans le sens C vers N

Nous lisons la séquence de l'AA N-term vers l'AA C-term
Nous passons donc de la forme native non repliée (structure primaire) à la conformation repliée
et active de la protéine (structure secondaire), c’est-à-dire vers un niveau énergétique plus faible. En
effet, la liaison hydrogène est 10 à 15 fois moins énergétique que la liaison covalente. Plus les liaisons
hydrogènes sont nombreuses, plus la stabilité de la protéine augmente.
La structure secondaire est relativement indépendante des facteurs extérieurs, de

l’environnement dans lequel se trouve la protéine (pH, composition chimique, température) car elle se
place à l’intérieur de la protéine, à l’abri du milieu.
Mais il existe des contraintes à ces repliements :
§ La géométrie des liaisons peptidiques qui se trouvent toujours dans le même plan,
chacune de ces liaisons n'est donc mobile qu’autour du Ca. La chaîne principale ne peut
adopter qu’un nombre réduit de conformations liées à la rotation des angles phi (Φ) entre
le Ca et le NH et psi (Ψ) entre le Ca et le COOH. Plusieurs motifs conformationnels
importants (hélice a, feuillet b) correspondent à des états de repliement de portions de
protéines favorables à la stabilité.
Angles Phi (Φ) et Psi (Ψ).
Nous construisons un modèle de la conformation de la protéine et nous vérifions avec la table de

Ramachandran. Nous étudions les angles Φ et Ψ :
- si les deux angles sont négatifs, nous avons une hélice a
- si les deux angles sont positifs, nous avons une hélice a (plus rare)
- si psi (Ψ) (+) et phi (Φ) (-), nous avons un feuillet b parallèle ou antiparallèle
- si psi (Ψ) (-) et phi (Φ) (+), nous avons un problème dans l’analyse

UE 1
Table de Ramachandran simplifiée.
§ L’encombrement stérique des chaines latérales (taille)
§ L’influence du milieu ou du solvant
L’hélice a
C’est une structure formée par l’enroulement régulier d’une chaîne d’acides aminés autour d’un
axe longitudinal. Il s'agit d'une suite de plans presque parallèles à l'axe longitudinal faisant un angle
entre eux de 100 à 110°. Elle tourne à droite car la structure tridimensionnelle décrit une spirale qui
s’enroule par la droite (par opposition à l’hélice du collagène qui s’enroule à gauche).
Schéma d'une hélice α.
Les chaînes latérales des acides aminés sont orientées vers l’extérieur (il y a donc peu de
sélectivité des AA présents dans l’hélice). Le squelette carboné est stabilisé par des interactions faibles
: liaisons hydrogène intra-chaînes entre l’oxygène du groupement CO d’un résidu n et l’hydrogène
du groupement NH d’un résidu n+4. De ce fait, un tour d'hélice correspond à 3,6 AA (pas de l'hélice).
Une hélice comprend au minimum 5 résidus et au maximum 40.
Remarque 1. – Sur l’hélice alpha à gauche du schéma ci-dessus, la partie N-ter de la protéine est
en bas et la partie C-ter est en haut (les sphères rouges représentant des atomes d’oxygènes et les
sphères bleues des atomes d’azotes). On lit la séquence de bas en haut J
115 Année 2016 - 2017

Remarque 2. – La proline n'ayant pas d'atome d'hydrogène sur son groupement aminé, elle ne peut
pas former de liaison hydrogène. Elle déstabilise l'hélice α, il est donc rare de trouver une proline
dans une hélice α.
Il existe différents types d’hélices :
§ l’hélice amphipathique possède des acides aminés hydrophobes d'un côté et des acides
aminés hydrophiles de l'autre. Elle se situe en bordure de la protéine.
§ l’hélice hydrophobe possède des acides aminés non chargés (apolaires), elle est
retrouvée dans les protéines transmembranaires.
§ l’hélice hydrophile possède des AA chargés, elle est retrouvée dans les canaux ioniques.
Les trois types d'hélices α.
Le feuillet b
Un feuillet b est une structure polycaténaire provenant de l’assemblage de plusieurs brins b
(séquence monocaténaire formée de 5 à 10 résidus) non contigus dans la séquence.
Les brins b s’organisent entre eux de manière parallèle (tous les brins dans le même sens) ou
antiparallèle, et sont stabilisés par des liaisons hydrogène formant ainsi un feuillet de forme plissée.
Le pli est au niveau du Ca de l’AA. Les chaînes latérales sont au-dessus ou en-dessous de ce toit.

UE 1
Feuillet β-parallèle ou antiparallèle.
Les structures super-secondaires

Ce sont des structures entre le domaine de la structure secondaire (hélice / feuillet) et celui de la
structure tertiaire. Ce qu’il faut comprendre c’est qu’à l’inverse d’une structure tertiaire, les structures
super-secondaires sont des arrangements de structures secondaires à l’échelle locale. Ces structures
possèdent un arrangement géométrique correspondant ou non à une fonction caractérisée. Il en existe
plusieurs :
Motifs structurels Particularités

motif hélice-boucle-hélice
Structure retrouvée dans des protéines de

liaison du calcium
Connexion entre deux hélices α
motif hélice-tour-hélice
Structure retrouvée dans certaines
protéines de régulation de l'expression des
gènes
Ce motif interagit avec

le grand sillon de l'ADN
Structure retrouvée dans les motifs

consensus d'interaction avec l'ADN dans
motif boucle-hélice d'un homéodomaine certaines protéines facteurs de
transcription
Remarque. – Un homéodomaine est une

région active d’une protéine qui permet
de modifier la transcription d’un gène.
Ces protéines sont codées par des gènes
contenants « boîtes homéotiques » et
sont essentielles au développement
embryonnaire.
117 Année 2016 - 2017

motif en épingle à cheveux
Connexion entre deux brins β
Formation d'un coude

(4-5 AA, souvent la proline et la glycine)
motif β-α-β
Deux brins β sont séparés par une hélice α
IV. Structure tertiaire
La structure tertiaire est la conformation de la protéine qui

est la plus stable thermodynamiquement
Dans la structure tertiaire, l’ensemble des éléments de structure secondaire ainsi que les boucles
de liaison sont maintenus dans une conformation stable par de multiples liaisons.
La taille d’une structure tertiaire stable est limitée (200 AA). Les protéines de masses
moléculaires élevées sont constituées de plusieurs domaines ayant chacun une structure tertiaire et
souvent une fonction différente.
Exemple des récepteurs. – Les récepteurs possèdent plusieurs domaines : un domaine recevant le
message, un domaine qui le localisera dans la cellule et un domaine qui transmettra le signal.
Les liaisons internes

§ Les liaisons de Van Der Waals sont des liaisons faibles entre atomes voisins dues à la
fluctuation de leurs charges électriques. Quand deux noyaux se rapprochent, nous
observons une attraction, puis nous avons une répulsion lorsque la distance est petite.
§ Les liaisons hydrogène des chaînes latérales entre elles.
§ Les liaisons ioniques dépendent du pH de la solution.

UE 1
§ Les liaisons hydrophobes, retrouvées au niveau du site apolaire des protéines, sont
détruites par des détergents comme l’urée (6-8 M) ou le chlorure de guanidium (4 M).
§ Les ponts disulfures sont des liaisons covalentes formées entre deux cystéines. Ils
protègent la protéine de la dénaturation thermique. Ils se retrouvent dans les protéines
sécrétées (protéines gastriques, sanguines) et non pas dans les protéines du cytosol car
c’est un milieu réducteur qui casse les ponts disulfures. Le DTT (DiThioTréitol) et le b-
mercaptoéthanol détruisent les ponts S-S.
La perte de la structure protéique par rupture de liaisons s’associe généralement à une perte de
la fonction de la protéine.
On ne retrouve pas de ponts disulfures dans les protéines

situées dans le cytosol d’une cellule
Notion de « domaine »
La structure tertiaire permet de définir des domaines protéiques, c’est-à-dire des séquences
d’acides aminés qui possèdent une certaine structure et une certaine fonctionnalité.
Exemple. – Les enzymes capables de transférer un groupement phosphate sur un substrat sont
appelées des kinases et possèdent toutes un domaine impliqué dans la liaison à une molécule d'ATP
qui est le donneur de phosphate.
1. Domaine transmembranaire
Il s’agit de segments de protéines qui sont hydrophobes (non chargés), ce qui leur permet de
traverser et de s’insérer dans les membranes cellulaires.
Rappel. – Les membranes cellulaires sont composées de phospholipides et s'organisent en

bicouche dont l'intérieur est très hydrophobe.
Protéine à 7 passages transmembranaires.
119 Année 2016 - 2017

La protéine ci-dessus possède 7 domaines transmembranaires qui sont des hélices a riches en
résidus hydrophobes. Cette structure générale est très conservée parmi une famille de récepteurs
membranaires : les récepteurs couplés aux protéines G.
Le profil d’hydropathie permet de localiser les fragments hydrophobes de la protéine. Plus

l’énergie nécessaire au transfert de l’AA vers l’eau est grande, plus le fragment de la protéine est
hydrophobe.
Profil d'hydropathie d'une protéine à 7 passages transmembranaires.
Exemple. – Le profil d'hydropathie ci-dessus montre sept passages transmembranaires. Il pourrait

par exemple s'agir du récepteur à la LH.
2. Domaine « Leucine-Zipper » (LZ)

Il s’agit de motifs constitués de deux hélices a caractérisés par la présence de leucines répétées
tous les 7 AA. En N-terminal, nous avons beaucoup d’AA à chaîne latérale basique (+) en hélice a.
Ce domaine va interagir avec l’ADN via des liaisons ioniques (ADN négatif / LZ positif) au niveau
du grand sillon de l’ADN. C’est un DBD = DNA Binding Domain = domaine de liaison à l’ADN.
Ce domaine intervient dans la régulation des gènes en modulant la transcription de l’ADN et est
donc présent dans certains facteurs de transcription.
Domaine leucine-zipper.
Ce domaine doit être sous forme de dimère pour agir. Nous avons donc formation de liaisons
hydrophobes entre les deux chaînes (car la leucine est un acide aminé hydrophobe).

UE 1
Les dimères C/EBP-Jun et Fos-CREB forment des motifs LZ. Toutes ces protéines ont un domaine
basique formé d’acides aminés basiques (Lys, Arg, His) et un domaine riche en leucines.
Exemple de leucine-zipper.
3. Domaine de doigts de zinc ou « Zinc-Fingers » (ZF)

C’est un motif où un ion Zn2+ établit des liaisons avec les chaînes latérales de quatre acides aminés
simultanément (quatre cystéines ou deux cystéines / deux histidines), donnant à la protéine une
conformation très stable en forme de doigts de gant.
Un doigt de zinc est constitué de deux brins b antiparallèles et d’une hélice a . Les doigts de zinc
sont codés par des exons différents qui se suivent. Deux doigts de zinc vont devoir former un dimère
pour être actifs. Ce domaine va permettre la liaison à l’ADN : c’est un domaine de liaison à l’ADN (DBD).
C’est l’hélice a, et non pas les doigts de zinc en entier, qui se lie l’ADN.
Remarque. – Un doigt de zinc est une structure super-secondaire et un domaine de doigt de zinc
est une structure tertiaire. En effet, le domaine de doigt de zinc est constitué d’un agencement
stable de structures super-secondaire (doigt de zinc).
Exemple Ù Récepteur aux androgènes. – Le récepteur aux androgènes possède deux doigts de
zinc. Les acides aminés encadrés permettent la liaison à l'ADN. Les acides aminés encerclés
permettent l'interaction et la dimérisation des deux récepteurs entre eux.
Schéma d’un doigt de zinc
Concernant le gène du récepteur aux androgènes (d'une longueur de 90 kpb), l'exon 2 code pour le
premier doigt de zinc et l'exon 3 code pour le deuxième doigt de zinc. L'exon 4 code pour le LBD
(Ligand Binding Domain).
121 Année 2016 - 2017

Les doigts de zinc Ù Schéma simplifié.
Pour résumer, un DBD est composé de deux doigts de zinc. Lors de l'activation d'un récepteur
nucléaire un DBD se dimérise avec un autre DBD formant donc un dimère composé de 4 doigts de
zinc.
4. Domaine de liaison du ligand (LBD)
Ce domaine est formé de 12 hélices a qui capturent le ligand
Exemple. – Le récepteur aux œstrogènes est un exemple de récepteur dont le ligand est connu. La
protéine DAX1 (classification internationale : NR0B1) est un exemple de récepteur nucléaire avec
une région N-term (DBD) qui possède plusieurs cystéines et une région C-term (LBD) dont on ne
connaît pas le ligand. DAX1 appartient à la famille des récepteurs nucléaires orphelins.

UE 1
Un récepteur nucléaire possède un domaine de liaison du ligand (LBD) et un domaine de liaison

à l’ADN (DBD).
Recepteur Nucléaire (RN) = LBD + DBD ♥
Un RN ne possède jamais de domaine

transmembranaire.
Représentation tridimensionnelle
La représentation tridimensionnelle d'une protéine peut être :
§ stéréo-paire (tous les atomes),
§ compacte (VDW : 1 boule = 1 atome),
§ en squelette carboné (que les carbones a),
§ en ruban,
§ en boudin.
Représentations tri-dimensionnelles de différentes structures.
Mise en place de cette structure

La mise en place de cette structure est une suite de niveaux de repliements. Chaque niveau est
construit, de façon hiérarchisée, à partir du niveau précédent et ce dès la sortie du ribosome. Nous
avons formation d’enroulements secondaires et empilements de structures secondaires. Nous passons
alors à un niveau énergétique inférieur : la protéine prend la forme la plus stable.
Nous pouvons observer des dénaturations réversibles ou irréversibles.
Note. – Nous pouvons avoir des modifications régulées de la structure tertiaire, notamment pour
les enzymes allostériques qui changent la conformation pour être plus ou moins efficaces.
123 Année 2016 - 2017

La structure tertiaire d'une protéine :
§ Dépend de la structure primaire
Repliements imposés par l’enchaînement des AA
§ Est sensible à l’environnement
Solvant, pH, force ionique, etc.
§ N’est pas complètement rigide
Flexibilité et modifications conformationnelles
§ Conditionne l’activité biologique...
... de la protéine ou d'un domaine particulier
Notion de « famille de protéines »

Les domaines fonctionnels permettent de définir des familles de protéines.
1. Les récepteurs nucléaires
Un récepteur est une protéine capable de fixer un ligand (porteur d'un message) et d’activer une
réponse cellulaire. Un récepteur nucléaire, après avoir fixé un ligand, interagit avec l’ADN et modifie
l’expression d’un gène (en modulant la transcription de ce gène par exemple).
Il doit donc être constitué :
§ d’un domaine de liaison à l’ADN (DNA Binding Domain = DBD)

Constitué généralement par deux doigts de zinc
§ d’un domaine de liaison du ligand (Ligand Binding Domain = LBD)

Constitué de 12 hélices a
Nous pouvons établir une classification selon l’alignement des séquences :

§ 45 protéines ont 1 DBD + 1 LBD
§ 3 protéines ont seulement 1 LBD (pas de doigt de zinc) : DAX, Rev Erbβ et SHP
Lorsque le ligand du LBD est inconnu, nous employons le terme de récepteur nucléaire orphelin
(exemple : DAX1).
2. Les sérines-protéases
Ce sont des enzymes digestives (exemples : chymotrypsine, élastase) et des enzymes de la

coagulation.
Elles ont seulement 40% d’homologie de structure primaire mais ont une structure tertiaire
quasiment identique, avec un site actif presque similaire contenant toujours une sérine, très
importante pour l’activité catalytique.

UE 1
3. Les récepteurs membranaires
Ils sont situés sur la membrane plasmique et nécessitent donc un domaine transmembranaire
(sept passages transmembranaires le plus souvent) et un domaine de liaison du ligand.
Apparition de protéines nouvelles

Nous pouvons observer l’apparition de nouvelles protéines :
§ par association de protéines, déjà formées dans le cytosol, interagissant entre elles
§ par recombinaison de gènes au niveau de l’ADN obtenant une nouvelle protéine (C) avec
une nouvelle fonction différente des deux fonctions des protéines de départ (A / B)
§ par duplication : nous retrouvons des domaines similaires répétés
Apparition de nouvelles protéines.
Exemple Ù Dystrophine. – La dystrophine est codée par un gène de 2400 kb avec 79 exons et est
une protéine de 427 kDa contenant 24 motifs répétés (domaines spectrine-like). Ces répétitions
font que la protéine est stable et maintient la structure du muscle.
§ En cas de délétion d'un exon d'un motif, la protéine est instable : maladie de Becker
§ En cas de décalage du cadre de lecture lors de la transcription : myopathie de Duchenne
125 Année 2016 - 2017

Intérêt de la recherche d’homologies structurales
C’est une technique qui permet de séquencer le génome entier et de découvrir des gènes mutés
responsables de maladies. Cependant quand nous découvrons ces gènes, nous ne connaissons pas la
fonction de la protéine pour laquelle ils codent.
Nous devons donc rechercher l’endroit où elle est exprimée, sa classe, etc. en comparant sa
séquence protéique avec les séquences déjà décrites.
V. Structure quaternaire
Il s’agit du niveau d’organisation le plus élevé des protéines. Cette structure correspond à
l’association, en un complexe tridimensionnel stable, de deux ou plusieurs chaînes polypeptidiques
(ou sous-unités SU) ayant des structures primaires identiques ou différentes. Cette structure est
stabilisée par de multiples liaisons non covalentes et des ponts disulfures. Toutes les protéines ne
possèdent pas de structure quaternaire mais uniquement celles constituées de plusieurs sous-unités.
Ces protéines ont souvent des fonctions régulatrices.
Assemblage de sous-unités protéiques

§ Formation d’un dimère, la protéine résulte alors de l’assemblage de deux chaînes
polypeptidiques qui peuvent être :
- identiques formant un homodimère : famille des RN
- différentes formant un hétérodimère : récepteur aux hormones thyroïdiennes
§ Assemblage de SU globulaires : exemple de l’actine sous forme d’hélice ou d’anneau
Actine sous forme d'hélice ou d'anneau.
§ Assemblages hélicoïdaux comme les hélices d’actine, le super-enroulement de deux

hélices ou trois hélices du collagène, les protéines fibreuses de la MEC [protéines
structurales (collagène, élastine) et adhérentes (fibronectine, laminine)].

UE 1
Exemple du collagène
1. Structure primaire
Une hélice de collagène est constituée de la répétition d’un motif de trois acides aminés :
Gly-X-Y
X : n’importe quel AA sauf Pro / Y : Pro ou OH-Pro.
Le collagène contient :
§ 35% de glycine,
§ 21% de proline / hydroxyproline,
§ 11% d’alanine.
Le collagène est une des seules protéines à contenir autant d’hydroxyproline. Les chaînes de
collagène ont en moyenne 1050 résidus et constitue 25% de la masse totale des protéines. Il existe au
moins 25 chaînes de structures primaires différentes.
2. Structure secondaire
C’est une hélice. Cette structure est identique pour toutes les chaînes de collagène. L’hélice est
spécifique, différente de l'hélice a, du fait de la présence de prolines. Cette hélice possède 3 acides
aminés par tour, n’est pas stabilisée par des liaisons hydrogène à l’intérieur de l’hélice et possède un
enroulement à gauche. La forme hélicoïdale provient de la répulsion des cycles pyrrolidones des
prolines et hydroxyprolines qui impose les valeurs des angles (Φ = -60° et Ψ = 160°).
3. Structure tertiaire
Il n'existe pas de structure tertiaire.
4. Structure quaternaire
Ces hélices s’associent ensuite par trois afin de former une triple hélice (super-hélice) à
enroulement à droite et stabilisée par des liaisons hydrogène entre les NH d’une chaîne et les CO d’une
autre. Les groupements OH des hydroxyprolines augmente encore la stabilité de la triple hélice en
augmentant la possibilité de liaisons hydrogène. Cette structure n’est stable que pour les répétitions
(Gly-X-Y)n car seule la glycine possède une chaîne latérale assez peu encombrante pour prendre place
au centre de la triple hélice. Les prolines ont leurs chaînes latérales à l’extérieur.
Remarque. – Les prolines sont généralement très rares dans les protéines car elles empêchent des
configurations particulières que ces dernières peuvent prendre, c'est pour cela que nous les
retrouvons très rarement dans les hélices α ou les feuillets β.
Pathologies héréditaires :
Ù Ostéogenèse imperfecta : la glycyl est remplacée par une cystéinyl ou une séryl.
Ù Ehler-Danlos : distension articulaire et hyperlaxité des membres.
127 Année 2016 - 2017

Pathologies acquises :
Ù Scorbut : carence en vitamine C empêchant l'hydroxylation des prolines en position 4.
Ù Rigidité du collagène vieillissant : formation de lysinenorleucine entre deux triples hélices

ce qui rend les os rigides et cassants.
Formule développée de la lysinenorleucine.
Auto-Assemblage
C’est un assemblage spontané de sous-unités protéiques ou d’acides nucléiques comme dans :
§ Les virus
- virus à ARN de la mosaïque de tabac : une hélice d’ARN s’associe à des sous-unités
protéiques qui vont la protéger du milieu extérieur.
Schéma d’un virus à ADN
- virus sphérique de la tomate : constitué par l’association en dimères de nombreux

feuillets b qui interagissent avec l’ARN viral. Ensuite, il y a formation d’une coque de
90 feuillets b qui protège l’ARN viral. Le virus va donc être formé à l’extérieur par les
protéines qui vont protéger l’ARN qui reste à l’intérieur.
Schéma du virus sphérique de la tomate
§ Les ribosomes sont formés de petits ARN associés à des chaînes polypeptidiques.

UE 1
Structure biologique n’étant pas un auto-assemblage

Certaines structures cellulaires associées par des liaisons covalentes ne sont pas capables de
s’auto-assembler à partir d’une solution de macromolécules (exemple : insuline).
Une partie de l’information nécessaire est fournie par des enzymes spécifiques et d’autres
protéines qui remplissent la fonction de bâtis ou de matrices, mais qui n’apparaissent pas dans la
structure finale (exemple : peptide C de l’insuline).
Exemple de l'insuline.
Après avoir acquis leur structure tridimensionnelle, certaines peuvent subir une maturation qui
peut conduire à la phosphorylation, la glycosylation, la sulfatation ou au clivage de la protéine.
L'insuline est une hormone produite par le pancréas endocrine et dont la fonction est de réduire la
glycémie lorsque celle-ci est trop élevée (revu dans les cours de métabolisme). Comme toutes les
hormones, l'insuline est destinée à être sécrétée dans la circulation sanguine afin de pouvoir agir
à distance sur ses tissus-cibles.
Sa synthèse s'effectue en plusieurs étapes :
§ 1) Dans le noyau des cellules, le gène codant l'insuline est transcrit en ARNm.
§ 2) L'ARNm est traduit en pré-protéine (précurseur immature). Cette pré-pro-insuline

possède à son extrémité N-terminale un peptide signal.
§ 3) La chaîne polypeptidique subit un clivage du peptide signal par une signal-peptidase et

il se forme des ponts disulfures : nous obtenons à ce stade la pro-insuline.
§ 4) La pro-insuline est ensuite clivée en deux endroits par l'enzyme proconvertase 1 (PC1),
libérant un fragment central tandis que deux chaînes, nommées A et B restent associées
grâce aux ponts disulfures.
§ 5) L'extrémité C-terminale de la chaîne B est ensuite clivée par l'action de la

carboxypeptidase E (CPE). Nous obtenons alors une insuline mature qui pourra être
sécrétée à travers la membrane cellulaire et être déversée dans le système circulatoire.
Schéma de la synthèse de l’insuline
129 Année 2016 - 2017

Pathologie Ù Obésité. – Une mutation des enzymes PC1 et/ou CPE entraîne une obésité.
Pathologie Ù Diabète. – Il peut avoir pour origine une mauvaise sécrétion d'insuline ou une
résistance à l'action de l'insuline au niveau de son récepteur.

UE 1
Les protéines et leurs classifications

I. Classification des protéines selon leur structure

Les protéines peuvent être :
§ simples et sont alors nommées holoprotéines
§ conjuguées, sont alors nommées hétéroprotéines, et sont constituées :
- d'une partie protéique (apoprotéine)
- d'une partie non protéique (groupement prosthétique)
Groupement prosthétique Nom de la protéine

Glucides Glycoprotéines
Lipides Lipoprotéines
Acides nucléiques Nucléoprotéines
Groupements phosphates Phosphoprotéines
Hème Hémoprotéines (hémoglobine)
Coenzymes Enzymes
Ions métalliques Métalloprotéines
Remarque. – Comme exemples de métalloprotéines, nous retrouvons la ferritine qui lie le fer et la
calmoduline qui lie le calcium.
II. Classification des protéines selon leur forme
Nous retrouvons les protéines fibreuses comme les

collagènes, l'élastine, la fibrine, la kératine ou encore la
myosine.
Pour la kératine, nous avons un enroulement de deux

hélices α qui forme une structure quaternaire. Ensuite, nous
avons une super-structure qui associe de nombreuses fibres
pour former les cheveux.
Nous avons également les protéines globulaires qui

sont plutôt sphéroïdes. Nous retrouvons les enzymes, les
hormones et les immunoglobulines.
131 Année 2016 - 2017

III. Classification des protéines selon leur localisation
Les protéines peuvent être exprimées :
§ au niveau tissulaire : les protéines qui s'expriment dans tous les tissus sont appelées
protéines ubiquitaires et sont codées par les House Keeping Genes (gènes de ménage).
Nous avons aussi des protéines qui ne s'expriment que dans un tissu particulier.
§ au niveau cellulaire : nous avons les protéines nucléaires (possédant une séquence
peptidique spéciale), mitochondriales, cytoplasmiques ou encore membranaires.
IV. Classification des protéines selon leur fonction

Les propriétés fonctionnelles d'une protéine dépendent de sa structure tertiaire ou quaternaire
et souvent des résidus exposés à sa surface. Elles dépendent aussi du ligand et parfois des coenzymes
(structures non protéiques qui permettent de faciliter une activité enzymatique quand la structure de
la protéine ne suffit pas).
Fonction de la protéine Exemples

Protéine enzymatique Sérine-protéases
Protéine de transport Hémoglobine, transferrine
Protéine de transport transmembranaire Pompes, canaux
Protéine de stockage Myoglobine, ferritine
Hormones, R. membranaires ou nucléaires,
Protéine régulatrice protéines G,
protéines régulatrices de la transcription
Anticorps, immunoglobulines,
Protéine défensive
facteurs de coagulation
Protéine contractile Actine, myosine, tubuline
V. Protéines membranaires
Définition
1. Protéines membranaires intrinsèques
Les protéines transmembranaires possèdent au moins un domaine qui passe à travers la

bicouche lipidique d'une cellule.
Protéines transmembranaires.
Les protéines intracellulaires sont rattachées à la membrane par un ancrage qui, la plupart du
temps, est un acide gras. Elles ne possèdent pas de pont disulfure puisque le cytosol est réducteur.

UE 1
L’ancrage de ces protéines se fait par palmitoylation la plupart du temps, c’est-à-dire qu’il y a
création d’une liaison thioester entre un résidu cystéine et un acide palmitique (C:16) de la membrane
cellulaire. L’ancrage peut également se faire par myristolylation, c’est-à-dire qu’il y a création d’une
liaison amide entre la partie C-terminale de la protéine et un acide myristique (C :14) de la membrane
cellulaire.
Protéines intrinsèques ancrées du côté intracellulaire (exemple : protéine Ras).
Les protéines extracellulaires possèdent généralement des ponts disulfures. Elles peuvent être
ancrées à la surface d'une cellule par une ancre GPI (glycosylphosphatidylinositol).
Protéine extracellulaire attachée par une ancre GPI.
2. Protéines membranaires extrinsèques (ou périphériques)
Les protéines membranaires extrinsèques, également nommées périphériques, sont des

protéines rattachées à des protéines transmembranaires.
Protéine membranaire extrinsèque.
Les protéines transmembranaires

Nous pouvons compter le nombre de passages transmembranaires d'une protéine grâce à son
profil d'hydropathie.
Profil d'hydropathie d'une protéine à 7 passages transmembranaires.
133 Année 2016 - 2017

1. Les protéines réceptrices
Un récepteur est une molécule capable de recevoir et de transmettre un message par son
domaine, le plus souvent, intracellulaire.
§ Récepteurs à activité tyrosine-kinase
Il s'agit de récepteurs qui transmettent un message par l'intermédiaire de phosphorylations. Ils

sont capables de phosphoryler les tyrosines (autophosphorylation des tyrosines en intracellulaire).
Exemple Ù Récepteur à l'insuline.
L'insuline est très importante dans le métabolisme intermédiaire pour la régulation. La molécule
d'insuline possède un récepteur à activité tyrosine-kinase. Nous voyons que nous avons une
représentation du récepteur sous forme d'homodimère. L'insuline ne peut se fixer que si le
récepteur est sous forme de dimère.
Dès que l'insuline arrive, elle va permettre de changer la conformation du récepteur et de cette
manière, le récepteur va avoir une activité tyrosine-kinase. Souvent, la tyrosine-kinase va avoir
deux activités :
§ une activité d'autophosphorylation,
§ une activité de transmission du signal.
Des phosphatases (enzymes qui permettent l'enlèvement d'un groupement phosphate) sont
capables de mettre le récepteur au repos.
L'insuline possède deux actions :

§ à faible dose, par une liaison de forte affinité, elle stimule la transcription de gènes.
§ à forte dose, elle possède une action trophique (croissance cellulaire).

UE 1
Exemples Ù Récepteurs des GF (Growth Factors).
L'aspect trophique n'est évidemment pas réservé qu'à l'insuline, d'autres ligands possèdent cette
action, c'est le cas pour :
§ le FGF (Fibroblast Growth Factor),
§ l'EGF (Epidermal Growth Factor),
§ le PDGF (Platelet Derived Growth Factor);
§ le VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor).
Les récepteurs au FGF se nomment FGFR :
Organisation des différents types de récepteur au FGF.
L'effecteur de ces tyrosine-kinases est ras ou raf, il s'agit d'un second messager. Lui-même induit
la stimulation des MAP-kinases qui phosphorylent des enzymes.
Pathologies Ù Crâniosténoses. – Lorsque nous avons des mutations de ces récepteurs FGFR, nous
obtenons des crâniosténoses : pendant quelques mois, les bébés possèdent des fontanelles encore
ouvertes, sans ces récepteurs nous avons soudure très rapide de ces fontanelles causant des
malformations du visage avec une action également sur les os.
Phénotypes issus de mutation du récepteur FGFR.
Les récepteurs au VEGF, comme celui de l'insuline, sont actifs sous forme de dimères :
135 Année 2016 - 2017

Pathologie Ù Mutations des récepteurs au VEGF. – Les mutations des récepteurs au VEGF
possèdent un effet dominant négatif : si un récepteur est touché par la mutation, il peut encore se
dimériser avec un récepteur sain mais ne peut plus transmettre le signal.
Pathologie Ù Leucémies myéloïdes chroniques. – Il y a atteinte d’un gène de fusion qui va rendre
le récepteur tyrosine kinase autonome : il n’a plus besoin de ligand pour réaliser la cascade de
phosphorylation et donc pour produire son action trophique.
§ Récepteurs à activité sérine-thréonine-kinase
Les récepteurs à activité sérine-thréonine-kinase sont transmembranaires et possèdent une

activité de phosphorylation de la thréonine et de la sérine. Ils agissent d'une manière différente des
récepteurs à activité tyrosine-kinase : la transmission du message est effectuée par R-Smad, Co-Smad
(molécule associée à R-Smad) et I-Smad.
Les récepteurs à activité sérine-thréonine-kinase ont comme ligands :

§ l'AMH (hormone antimüllérienne) qui permet la régression de l'utérus pendant la
différenciation sexuelle chez l'homme,
§ l'activine et l'inhibine sécrétées par les cellules de Sertoli et les cellules de la granulosa,
§ les BMP (Bone Morphogenetic Proteins) permettant la formation des os,
§ le TGF-β (Transforming Growth Factor).
Exemple Ù Récepteur au TGF-β.

Le récepteur I possède un domaine particulier (bande) dont les
AA doivent être phosphorylés. Le protéoglycane (sucre présentateur
de ligand à son récepteur) présente le TGF-β à son récepteur. La
formation de l'hétérodimère phosphoryle le monomère II qui permet
une autophosphorylation du monomère I.
Le monomère I phosphoryle
R-Smad qui forme un dimère
s'associant avec Co-Smad pour
plus de stabilité. La protéine rentre
dans le noyau et stimule la
transcription.
Pathologie Ù Maladie de Rendu-Osler. – La maladie de Rendu-Osler peut être due à une mutation
du récepteur TGF-β. Elle atteint les vaisseaux sanguins et donne en particulier des atteintes
pulmonaires et hépatiques.

UE 1
§ Récepteurs aux LDL
Ces récepteurs possèdent 5 domaines : LDB, domaine homologue avec l'EGFR, domaine de liaison
de chaînons glucidiques, domaine transmembranaire et domaine cytoplasmique.
§ Récepteurs aux cytokines
Ces récepteurs ont pour ligands les interférons, l'hormone de croissance (GH) ou encore la
prolactine (Astuce mnémotechnique : PIG J). Ils possèdent un domaine extracellulaire bien particulier
formé de quatre cystéines, 200 AA et ensuite un motif tryptophane-sérine-tryptophane-sérine WSWS.
La transmission du message est là encore différente, c'est JACK qui stimule STAT et qui ensuite stimule
la transcription.
§ Récepteurs couplés à la protéine G
Notre génome est capable de provoquer 760 récepteurs couplés à la protéine G dont 400 sont des
récepteurs sensoriels (olfaction, audition, goût) et 360 dont l'action nous est encore pour beaucoup
d'entre eux inconnue (que l'on appelle alors récepteurs orphelins). Ces récepteurs sont la cible de plus
de 40% des médicaments utilisés en médecine. Le glucagon, les catécholamines et l'ACTH sont des
exemples de ligands de récepteurs couplés à la protéine G.
Avec tous les récepteurs orphelins (dont nous ne connaissons pas le ligand), il y a une grande
possibilité pour de nouveaux développements thérapeutiques. Les premiers récepteurs membranaires
découverts sont les récepteurs β2-adrénergiques. Nous sommes arrivés à cristalliser l'interaction entre
ce récepteur β-adrénergique et la protéine G.
Les récepteurs couplés aux protéines G et leurs ligands.
Le récepteur couplé à la protéine G possède sept passages transmembranaires ♥ et la protéine

G est formée de trois sous-unités assemblées en structure quaternaire. La sous-unité β est
extrinsèque, elle est reliée à la sous-unité γ et à la sous-unité α de la protéine G (indirectement à la
membrane).
Après changement de conformation de la protéine G, l'adénylate-cyclase (protéine

membranaire) va être stimulée et va transférer un second messager.
137 Année 2016 - 2017

Schémas de récepteurs à 7 passages transmenbranaires.
Peu de question probable à l’examen concernant le tableau suivant :
Groupe Schéma Exemples de ligands
Photon-rétinal
Agents olfactifs
Groupe Ia Catécholamines
Adénosine / ATP
Opiacés, enképhaline
Peptides
Cytokines, Interleukine 8
Groupe Ib Thrombine
PAF-acéther
Formyl K-L-F
Hormones glycoprotéiques
Groupe Ic LH, FSH
hCG, TSH
Calcitonine
PACAP
Groupe II Sécrétine
GHRH, PTH
CRH, VIP
Récepteurs métabotropiques du Glu

Groupe III
Récepteurs Ca2+

UE 1
§ Récepteur β-adrénergique
Le récepteur β-adrénergique fait partie du groupe Ia puisque son ligand

est la noradrénaline (il s'agit d'une catécholamine).
Cette molécule dérive de la tyrosine. La tyrosine peut être hydroxylée

pour donner la dopamine par la tyrosine-hydroxylase et nous arrivons ensuite
à la noradrénaline (transmetteur neurologique). Cette noradrénaline peut, au
niveau de la surrénale, être transformée en adrénaline.
Les interactions vont avoir comme conséquence une interaction très forte
avec la sous-unité α et une libération des deux autres sous-unités ce qui va
activer l'adénylate-cyclase qui transforme l'ATP en cyclique-AMP. Le cAMP
Schéma d’un récepteur β-adrénergique.
est un second messager.
Schéma de l’activation d’un recepteur couplé aux protéines G.
Quand l'hormone lie le récepteur, il se lie à la sous-unité α. La sous-unité β est formée par des
répétitions de domaines de feuillets β antiparallèles.
Représentation d’un récepteur couplé aux protéines G avec ses sous-unités α et β.
Deux cAMP vont se lier avec la sous-unité régulatrice d'une protéine-kinase libérant ainsi les sous-
unités catalytiques de cette dernière protéine. La sous-unité catalytique va avoir une activité kinase
qui va être immédiate en phosphorylant des enzymes. Cette phosphorylation va activer ou inhiber
l’enzyme cible.
Conséquences intracellulaires de l’activation du récepteur couplé aux protéines G.
139 Année 2016 - 2017

Hypoglycémie. – Lors d'une hypoglycémie, nous avons au départ des sueurs à cause des récepteurs
β-adrénergiques. En plus, ces récepteurs vont avoir des actions positives puisqu'ils vont permettre
à une kinase de phosphoryler des enzymes qui vont bloquer la glycolyse (utilisation du glucose dans
la cellule) et qui vont au contraire rejeter le glucose à l'extérieur et dégrader le glycogène qui va
aller au cerveau sous forme de glucose (revu en détail dans les cours de métabolisme).
À côté de cela, les kinases vont avoir une autre action qui est une augmentation de la
transcription des enzymes en permettant de phosphoryler une protéine nommée CREB(P) (cAMP
Response Element Binding Protein).
Le récepteur β-adrénergique va donc avoir une action immédiate pour faire sortir le glucose des
cellules pour l'emporter au cerveau et en même temps, il va avoir une action à long terme : action
d'augmentation du nombre d'enzymes grâce à CREB.
Une mutation intervenant sur un récepteur spécifique va entraîner une anomalie sur une voie
bien spécifique. Si elle intervient sur la protéine G, puisque celle-ci est commune à de très nombreuses
voies, il y aura des pathologies multiples et donc pouvant être très grave (une mutation homozygote
entraîne une mort in utero de l’enfant).
Mutations Récepteur Protéine G

Délétère
Pathologie isolée et spécifique Pathologies multiples
Activatrice
Petit point sur les facteurs de transcription : Ce sont des protéines nécessaires à l’initiation et à la
régulation de l’expression de gène en entrainant une variation de la transcription de celui-ci. Ces
protéines sont très finement régulées et interagissent avec des portions de l’ADN qui leurs sont
propres (comme les récepteurs nucléaires, les leucines zipper,…).
Exemple : CREB est un leucine-zipper qui interagit avec CRE (une portion de l’ADN), pour réguler
l’expression de la pyruvate kinase (une enzyme de la glycolyse). CREB est donc un facteur de
transcription. Attention, les molécules ayant servis à l’activation de CREB (glucagon, adénylate
cyclase, PKA…) ne sont pas des facteurs de transcription car ils n’interagissent pas avec l’ADN.
2. Les protéines intervenant dans le transport membranaire
§ Les protéines porteuses
Ce sont les pompes ou les transporteurs. L'action typique est représentée par l'ATPase qui est
une pompe à sodium-potassium.
§ Les canaux ioniques
Nous avons comme exemple le récepteur à l'acétylcholine. Ce récepteur est une hétéroprotéine
formée de 5 domaines : 2 sous-unités α (qui fixeront l'acétylcholine), 1 sous-unité β, 1 sous-unité γ et 1
sous-unité δ. Ce récepteur entraîne une conduction très rapide de l'influx nerveux. La partie interne
du récepteur (hélices α noires) possède des acides aminés hydrophiles pour faire passer les ions. Les
autres hélices α doivent contenir des acides aminés aux chaînes latérales hydrophobes.

UE 1
Schéma d'un canal ionique.
§ Famille de protéines à ABC domaine : ABC1, CFTR
La protéine CFTR est un canal chlore muté dans la mucoviscidose. La famille de protéines ABC,
comme son nom l'indique, contient des protéines qui possèdent des domaines ABC.
Ce domaine est formé de 200 à 250 acides aminés. Il lie l'ATP (qui donne de l'énergie). Ces
protéines ABC possèdent des domaines de 6 passages transmembranaires.
Protéine à ABC domaine.
Nous avons découvert chez CFTR, en plus des domaines transmembranaires et ABC, un grand
domaine nommé R riche en sérine et en tyrosine. Ce domaine pouvant donc être phosphorylé, nous
en avons conclu qu'il s'agissait certainement un domaine très Régulé.
Schéma de CFTR et de son domaine R.
Les canaux MDR (Multi-Drug Resistance) retrouvés chez certains micro-organismes permettent
l’évacuation de toxiques et de médicaments et permettent donc aux micro-organismes de résister aux
médicaments antimicrobiens.
141 Année 2016 - 2017

Schéma de la famille des protéines à ABC domaine.
3. Les protéines intervenant dans l'adhésivité cellulaire
Pour que les cellules soient bien attachées, il faut des interactions hydrophobes entre les
protéines : elles sont donc très riches en répétitions de leucines. Nous retrouvons par exemple les
CAM (Cell Adhesion Molecules).
Le connexon est formée de six sous-unités (= connexines). Les extrémités N-terminale et C-

terminale se trouvent toutes les deux dans le cytosol. Nous avons six sous-unités formant des boucles
liant par des ponts disulfures les boucles des connexines d'une autre cellule. Le cAMP (second
messager) passe à travers les connexons ce qui explique que la fixation d'un ligand sur le récepteur
d'une cellule peut entraîner une réponse dans plusieurs cellules.
Schémas de jonction communicante.
Pathologie Ù Maladie de Charcot-Marie. – Elle est due à une mutation de la connexine 22.

UE 1
Exploration des protéines

I. Concentration d'une molécule

Définitions
1. Solution
Une solution est un mélange de deux molécules dans un liquide dont :

§ l'une est minoritaire, c'est la molécule dissoute (la plupart du temps sous forme solide),
§ l'autre est majoritaire, c'est le solvant polaire (sang) ou hydrophobe (lipides).
2. Concentration pondérale
La concentration pondérale s'exprime en g/L ou en %.
Lorsque nous voulons faire une perfusion, nous passons un sérum isotonique (concentration en
sels équivalente à celle du sang) : une solution de chlorure de sodium (NaCl) de 9 g/L est à 0,9%, cela
signifie que nous avons 0,9 g de NaCl pour 100 ml de solvant. Une solution mère de sodium-dodécyl-
sulfate (SDS) à 20% correspond donc à 20 g de SDS pour 100 ml de solvant.
3. Concentration molaire
La concentration molaire s'exprime en mol/L.
Sur une boîte, la concentration molaire est indiquée en anglais par MW (Molecular Weight).
Quelle est la concentration molaire d'une solution de NaCl à 9 g/L (MM du NaCl = 58,44 g/mol) ?
n o/q
= 0,154 {|}/~
rs,tt o/uvw
Concentrations plasmatiques
Concentration
Solution dissoute Masse molaire
pondérale (g/L) molaire (mmol/L)
Sodium 23 3,27 143
Glucose 180 1,00 5,5
Cholestérol 387 1,93 5
Triglycérides 875 0,87 1
Testostérone 288 5,8.10-6 20.10-6
Œstradiol 272 95.10-9 350.10-9
La concentration molaire de la testostérone est de l'ordre du nM alors que la concentration

molaire de l'œstradiol est de l'ordre du pM. Attention, on ne compare jamais les concentrations
pondérales de deux molécules différentes mais toujours les concentrations molaires.
143 Année 2016 - 2017

Remarque. – Le cortisol lie le récepteur à l'aldostérone de la même manière que l'aldostérone. Le
cortisol a une concentration molaire de 500 nmol/L alors que l'aldostérone possède une
concentration molaire de 30 pmol/L. Ainsi, pour que l'aldostérone ait une action spécifique sur un
tissu, il faut que le cortisol soit métabolisé en cortisone dans ce même tissu, la cortisone n’ayant
pas d’activité sur le récepteur à l’aldostérone.
Comment préparer une solution

1. Préparation d'une solution aqueuse de 10 mM de NaCl et d'1 mM d'EDTA
Masses molaires : 58 g/mol pour le NaCl et 186 g/mol pour l'EDTA.

Pour un litre, nous devons peser 0,58 g de NaCl et 186 mg d'EDTA.
= & ×Ä donc 10ÅÇ ×58 = 0,58 Ñ pour le NaCl (de même pour l'EDTA)
2. En fait, préparation d'une solution mère
Nous préparons une solution mère d'1 mM de NaCl et de 0,5 mM d'EDTA. Nous devons ainsi
réaliser une dilution selon :
§ 1/100 pour la solution de NaCl soit 10 ml pour 1 L d'eau,
§ 1/500 pour la solution d'EDTA soit 2 ml pour 1 L d'eau.
Dans les tissus

Dans les tissus, la plupart du temps, les concentrations des molécules sont inférieures au KM des
réactions enzymatiques. En enzymologie, si nous augmentons une concentration (un peu supérieure
au KM), la réaction va aller dans un sens et si nous diminuons cette concentration, la réaction va aller
dans l'autre sens (revu en détail dans le cours sur l’enzymologie).
II. Purification
But de la purification
La purification d’une protéine se fait en plusieurs étapes, elle a pour but de séparer la protéine
des autres constituants de la cellule, de faire de la cristallographie, de produire des anticorps
monoclonaux, d'utiliser une protéine pure comme standard pour son dosage, d'utiliser une protéine à
des fins thérapeutiques (insuline, GH).
1. Avant la biologie moléculaire
Avant la biologie moléculaire, la démarche était de partir de la protéine pour obtenir le gène.
Nous purifions les protéines à partir de la fonction de la protéine (or il existe un très grand
nombre de protéines dont nous ne connaissions pas la fonction). La purification pouvait être totale
mais malheureusement, la plupart du temps, elle n’était que partielle.

UE 1
À partir de ces purifications, nous fabriquions des anticorps spécifiques de la protéine et qui nous
servaient pour réaliser des études in-vitro. Cependant, à cause de la dégénérescence du code
génétique, nous ne pouvions pas partir de la séquence d’acides aminés pour déterminer la séquence
du gène car un acide aminé est codé par plusieurs codons.
Ainsi, nous réalisions un screening d’une banque d’ADNc en transférant un ADNc différent dans
une multitude de vecteurs d’expression. Cela permettait la formation d’une multitude de protéines
différentes que nous présentions à notre anticorps spécifique qui reconnaissait ou non la protéine. Si
l’anticorps reconnaissait la protéine, nous avions alors découvert l’ADNc de notre protéine d’intérêt et
donc la séquence de son gène.
2. Génie génétique – Génétique inverse
Actuellement, nous partons du gène pour arriver à la protéine.
Nous séquençons le génome de malades pour le comparer au génome de personnes non atteintes
de leur famille (= étude de liaison) et nous arrivons parfois à trouver un gène. Nous isolons ensuite son
ADNc et en déduisons la séquence en acides aminés de la protéine codée puis nous cherchons la
fonction de cette protéine.
Cette production par génie génétique permet la cristallographie, la production d’anticorps, la

formation de standards, et l’utilisation des protéines à des fins thérapeutiques.
Différentes approches pour obtenir le gène de la protéine.
Sources de la purification
Pour purifier une protéine, nous utilisons les tissus qui correspondent au lieu habituel de sa
production. Nous faisons produire cette protéine par des levures (dans un fermentateur) pour l’avoir
en grande quantité.
La première étape de purification est l'extraction de la protéine sans dégradation. Pour cela,
nous devons réaliser un broyât à froid (4°C) pour éviter la protéolyse.
Purification selon la taille

1. Dialyse
La dialyse consiste à séparer des éléments par une membrane. La membrane est dialysante, c’est-
à-dire qu’elle est percée de pores.
Selon la dimension des pores, nous pouvons faire passer différents constituants. En utilisant une
membrane avec des petits pores, nous pouvons séparer les AA des protéines (taille inférieure).
145 Année 2016 - 2017

2. Ultracentrifugation
Cela permet de séparer les protéines des autres constituants de la cellule. Les protéines vont
sédimenter selon leur masse, leur PM. La vitesse de centrifugation nécessaire est proportionnelle à
la masse. Intervient également la densité et la forme (notion de parachute) des protéines.
3. Chromatographie par gel filtration
Le gel présent dans la colonne est formé de billes poreuses insolubles mais très hydratées.
§ Les grosses molécules arrivent les premières car elles ne sont pas retenues par les billes.
§ Les petites molécules arrivent ensuite car elles sont retenues par les billes.
Plusieurs gels sont utilisables : le dextran, l’agarose, le séphadex, le sépharose, le bio-gel, etc.
Schématisation de la chromatographie par gel filtration.
Selon la charge : chromatographie par échange d'ions

Nous utilisons souvent deux types de supports :
§ le carboxyméthyle (CM) chargé négativement retient les molécules positives : on peut

donc réaliser une chromatographie échangeuse de cation avec cette résine.
§ le diéthylaminoéthyle (DEAE) chargé positivement retient les protéines négatives : on

peut donc réaliser une chromatographie échangeuse d’anion avec cette résine.
§ Les molécules de charge opposée à celle du support s'accrochent et sont retenues.

§ Les molécules neutres ou de même charge que le support sont éluées.

UE 1
Selon la capacité de liaison : chromatographie d'affinité

Nous plaçons dans la colonne des ligands qui vont reconnaître une protéine car ils ont une affinité
pour celle-ci. Pour utiliser correctement cette méthode, il nous faut connaître les affinités particulières
des molécules utilisées.
Affinité entre le ligand et la protéine : fixation.
Nous pouvons utiliser différents types de ligands :
§ la concavaline A ayant une affinité pour les glycoprotéines,
§ des anticorps ayant une affinité spécifique pour un antigène (molécule),
§ un ligand ayant une affinité pour un récepteur,
§ des oligonucléotides ayant une affinité pour l'ADN, les protéines,
§ Reconnaissance d’une étiquette comme la TAG, la GFP.
Exemple : purification d’un coactivateur

Un coactivateur est une petite protéine qui se lie avec des récepteurs et le complexe d’initiation
de la transcription. Il se trouve dans le noyau et intervient pour la modulation de la transcription.
Pour purifier un coactivateur, nous utilisons deux vecteurs d’expression :
§ le premier contient un gène codant pour le récepteur nucléaire (ex : rc aux androgènes),
§ le deuxième contient un gène reporter facilement mesurable (GH, CAT, GFP) et un HRE
(Hormone Responsive Element, ex : ARE) élément de l’ADN sur lequel ce fixe le facteur de
transcription codé par le vecteur précédent. Ce vecteur permet la mesure de l'activité de
la transcription induite par le récepteur qui sera augmentée par le coactivateur.
Nous mettons ensuite ces deux vecteurs dans une cellule : c’est ce que l’on appelle une
cotransfection vectorielle. Ces deux vecteurs vont ensuite aller au contact de l’ADN.
Nous ajoutons alors de la testostérone (= androgène). Elle se lie au récepteur qui change de
conformation pour former un dimère et se lier à l'ARE, cela augmente la transcription du reporter.
147 Année 2016 - 2017

Nous déterminons l’activité spécifique de la fraction obtenue à chaque étape pour être sûr que
la purification est efficace (l’activité spécifique doit augmenter). La purification du coactivateur se base
sur l’activité de celui-ci et donc sur l’activité du RN. La fraction contenant le coactivateur augmente la
production de l'hormone de croissance et possède une activité spécifique plus élevée.
Augmentation de la synthèse de GH en présence de la protéine.
Exemple : On fait l’expérience avec notre premier vecteur codant pour le récepteur aux androgènes
et avec un deuxième vecteur contenant ARE et le gène de la luciférase (un gène reporter qui code
pour une enzyme ayant une activité lumineuse). Sans ligand, il y aura assez peu de transcription
du gène et donc assez peu de lumière : c’est ce que l’on appelle la transcription basale. Avec le
ligand (ici la testostérone), il va y avoir une véritable augmentation de la production de lumière.
Maintenant, si on ajoute la fraction étudié et si celle-ci contient un coactivateur (petit losange vert
du schéma ci-dessus), l'activité transcriptionnelle du gène reporter va encore augmenter ! Avec
cette méthode, on a mis en évidence la présence d'un coactivateur dans notre extraction.
Étapes de la purification
Pour faire une purification, nous devons, dans un ordre chronologique :
§ réaliser broyât tissulaire à 4°C pour éviter la protéolyse.
§ effectuer une ultracentrifugation à 800g pour séparer le noyau du reste de la cellule
(attention même si la centrifugation est de plus de 800g, on sépare quand même les
noyaux du reste des constituants).
§ réaliser une dialyse ne laissant passer que les peptides < 1200 Da.
§ faire une chromatographie à résine positive (DEAE) retenant les protéines négatives
L’activité spécifique n’évolue pas, signifiant que notre protéine n’a pas été purifiée
(retenue par la colonne), elle est chargée positivement ou bien non chargée.
§ réaliser une chromatographie à résine négative (CM) retenant les charges positives.
Permet de vérifier la charge de notre protéine.
L'activité spécifique augmente nettement : la protéine est chargée positivement.
§ effectuer une chromatographie par gel filtration pour déterminer son PM.
Notre protéine est ici principalement dans l’éluât 3.
§ faire une chromatographie d’affinité (concavaline A) qui retient les glycoprotéines et
garder la fraction non retenue.
§ réaliser une chromatographie d’affinité au récepteur aux androgènes + stéroïdes.
L' activité spécifique explose : nous avons bien purifié notre coactivateur.

UE 1
Variation de l'activité spécifique au cours de la purification.
III. Notion de poids moléculaire
Le poids moyen d'un acide aminé est de 136,75 Da

Divergence avec le cours du Pr MOYRET-LALLE
Vous devez apprendre les deux versions...
Le nombre moyen d’atomes dans un AA est de 19,2. Dans une chaîne protéique (avec les liaisons
peptidiques), un AA pèse environ 118 Da. Donc un kDa vaut en moyenne 8,42 résidus d’AA.
Nombre d’AA = PM (en kDa) x 8,42
Exemple. – Pour une protéine de 12 kDa : 12 x 8,42 = 101,04. Elle possède environ 101 résidus.
IV. Électrophorèse
C’est méthode qualitative qui consiste en la migration d’une molécule chargée dans un champ
électrique. On utilise des mélanges de protéines, mais leur quantité est limitée. Nous ne pouvons
séparer que quelques µg.
Les protéines migrent sur un gel SDS-polyacrylamide qui est une sorte de maillage d’acrylamide
ou de bis-acrylamide, qui laisse plus ou moins passer les différentes molécules en fonction de leur taille
et de leur PM. Le SDS (Sodium-Dodécyl-Sulfate) permet de rendre toutes les protéines négatives afin
que toutes migrent selon leur PM vers l’anode (chargé positivement). Le SDS dénature cependant les
protéines en coupant les liaisons faibles !
La mobilité est donc inversement proportionnelle au PM.
149 Année 2016 - 2017

Electrophorèse monodimensionnelle (1D)
Dans une électrophorèse 1D, nous distinguons des protéines de PM différents d’1 kDa.
Elle est souvent révélée avec le bleu de Coomassie (sensibilité > 0,1 µm) ou le nitrate d’argent
(sensibilité > 0,2 µm). La méthode la plus sensible est la radioactivité (leucines marquées au tritium
ou méthionines / cystéines marquées au souffre 35) : on révèle alors l’électrophorèse par
autoradiographie.
Révélation au bleu de Coomassie.
Il faut comprendre qu’au niveau d’une bande, nous avons des milliers de protéines. Nous utilisons
toujours une colonne témoin où nous connaissons le PM des molécules utilisées, ce qui nous
permettra d’estimer le PM de nos molécules lors de l’expérimentation.
Electrophorèse bidimensionnelle (2D)

Il s'agit d’une électrofocalisation suivie d’une électrophorèse SDS-polyacrylamide classique.
§ L'électrofocalisation est réalisée avec un gel de polyacrylamide (sans SDS). Les protéines
possèdent ainsi des charges différentes. Nous utilisons une solution d’ampholytes pour
créer un gradient de pH. Les ampholytes soumis au champ électrique migrent et se
distribuent selon leur pHi = pI (point isoélectrique). Leur pouvoir tampon maintient
autour d’eux une zone où le pH est égal au pHi de l’ampholyte. Nous obtenons alors un
gradient continu de pH. Les protéines soumises au champ électrique migrent et s’arrêtent
à leur pHi.
§ L'électrophorèse SDS-polyacrylamide permet de couper les liaisons hydrophobes (grâce

au SDS) : nous séparons alors les protéines en fonction de leur PM.
Nous obtenons, non pas des bandes, mais des spots. Chaque spot correspond à une protéine.
Deux spots proches correspondent souvent à deux protéines semblables qui diffèrent seulement
par une modification post-traductionnelle généralement.
Electrophorèse 2D.

UE 1
Séparation selon la charge puis séparation selon le PM.
Exemple Ù Recherche de la structure d'une protéine par électrophorèse.
Nous réalisons une électrophorèse SDS-PAGE de notre protéine. Nous obtenons deux bandes (30
et 10 kDa). Nous apprenons ainsi que notre protéine possède deux sous-unités liées par des liaisons
faibles (car détruites par le SDS).
Nous réitérons cette électrophorèse mais cette fois, en ajoutant du DTT ou du β-mercaptoéthanol
qui coupent les ponts disulfures. Nous obtenons deux bandes (15 kDa et 10 kDa). Nous pouvons
alors déduire que notre sous-unité de 30 kDa était composée de deux sous-unités de 15 kDa liées
par des ponts disulfures.
Nous réalisons ensuite une électrophorèse 2D où ponts disulfures et liaisons hydrophobes sont
coupés. Nous obtenons bien deux spots à 15 kDa avec des pHi différents et un spot à 10 kDa.
V. Étude d’une protéine spécifique

Ce type d'étude requière des anticorps qui peuvent être monoclonaux (reconnaissance d’un seul
épitope) ou polyclonaux (reconnaissance de plusieurs épitopes).
Remarque : Un antigène est constitué de plusieurs épitopes qui sont les sites de reconnaissances
des anticorps sur l’antigène.
151 Année 2016 - 2017

Dosage radio-immunologique (méthode du sandwich)
Dans un tube, nous plaçons un anticorps monoclonal spécifique d'une protéine. Nous mettons la
protéine qui se fixe sur les anticorps. Nous lavons puis nous ajoutons un autre anticorps marqué
radioactivement qui se fixe également sur la protéine. Nous lavons à nouveau et obtenons un sandwich
avec la protéine fixée à deux anticorps dont l'un - marqué - est mesurable (radioactivité).
Méthode sandwich.
Dosage immuno-enzymatique
1. Méthode ELISA
Nous utilisons un anticorps monoclonal de souris, et nous ajoutons la protéine qui s’y fixe. Nous
lavons puis nous ajoutons un autre anticorps couplé à une enzyme (le plus souvent la peroxydase).
Nous lavons une nouvelle fois et nous rajoutons alors le substrat de l’enzyme qui le transforme en un
produit mesurable (fluorescence).
Méthode ELISA.
2. Méthode par chimiluminescence sur automate
Nous utilisons une microparticule couplée à un anticorps qui reconnaît la protéine. Nous ajoutons
la protéine, nous lavons et ajoutons alors un autre anticorps couplé à une molécule oxydée/excitée et
qui revient à son état fondamental en émettant un rayonnement mesurable.
Exemple Ù Dosage de la T4L sur automate. – La T4 est une hormone thyroïdienne nommée
thyroxine. La forme L est la forme libre dans le sang (c'est-à-dire non liée).

UE 1
Nous mettons dans un tube :

§ la T4L à doser,
§ une T4L compétitive attachée à une molécule de biotine,
§ des billes métalliques attachées à des molécules de streptavidine,
§ des anticorps marqués et une plaque magnétique.
La biotine possède une très grande affinité pour la streptavidine. Elles vont donc se lier et former
un ensemble [T4L-biotine – streptavidine-bille].
L'anticorps marqué va pouvoir lier la T4L que nous voulons doser et la T4L liée à la biotine. Nous
avons une compétition entre les deux car la fixation est possible sur un même anticorps. Le type de
T4L le plus présent se fixe en théorie le plus sur l'anticorps. La chimiluminescence sur automate est
donc une méthode de dosage par compétition.
Nous laissons la compétition s'établir puis nous déclenchons un champ magnétique. Seule la T4L
liée à la biotine se fixera sur la plaque. Nous réalisons un lavage pour éliminer la T4L à doser (non
liée à la biotine).
Interprétation des résultats :
Si nous avons très peu de T4L à doser, l'anticorps fixera principalement la T4L liée à la biotine. Ainsi,
très peu d'anticorps seront éliminés après le lavage et le signal émis sera alors intense.
Si nous avons beaucoup de T4L à doser, l'anticorps fixera principalement la T4L non liée à la biotine
et sera éliminé après lavage, le signal émis sera alors faible.
Le signal est INVERSEMENT PROPORTIONNEL

à la quantité de T4L à doser.
Western Blot ♥
Le WB est une méthode de biologie moléculaire permettant la détection et l'identification de
protéines spécifiques dans un échantillon biologique. Elle comprend plusieurs étapes (à savoir par
cœur):
§ Electrophorèse des protéines,

§ Transfert sur une membrane de nylon ou de nitrocellulose,
§ Incubation avec des anticorps monoclonaux de souris spécifiques de la protéine que
l’on veut étudier,
§ Nouvelle incubation mais cette fois avec des anticorps polyclonaux de lapin marqués
qui reconnaissent les anticorps monoclonaux de souris : ce sont donc des anticorps anti-
immunoglobuline de souris,
§ Lavage pour éliminer les anticorps n’ayant pas reconnus leur cible et ainsi éviter les faux
positifs,
§ Révélation par autoradiographie si les anticorps polyclonaux ont été marqués
radioactivement auparavant (Iode 125).
153 Année 2016 - 2017

Attention, l’anticorps de souris est monoclonal et l’anticorps de lapin est polyclonal en UE1 mais
pas forcément en UE2 !
Pathologie Ù Dystrophine et maladie de Duchenne.
Le gène de la dystrophine est situé sur le chromosome X et est un long gène de 2400 kb avec 79
exons, codant pour une protéine de 427 kDa possédant un domaine fixant l'actine des muscle en
N-terminal, une répétition de domaines spectrine-like et un domaine liant la syntrophine (riche en
cystéines) en C-terminal. La dystrophine est extrêmement importante car elle permet la stabilité
et le maintien de l'architecture cellulaire musculaire.
Des mutations du gène de la dystrophine peuvent être très graves et peuvent entraîner des
myopathies, comme les myopathies de Duchenne et de Becker.
§ Myopathie de Duchenne (DMD)
Elle est généralement due à des délétions (voire des duplications) du gène de la dystrophine
entraînant un déficit complet de la synthèse de celle-ci. Cette myopathie crée au niveau clinique
une faiblesse musculaire extrême pour n'importe quel effort (dont la marche...). La maladie peut
atteindre le diaphragme ou le cœur entraînant la mort par arrêt cardio-respiratoire.
§ Maladie de Becker
Elle est également due à des mutations du gène de la dystrophine entraînant la synthèse d'une
protéine moins fonctionnelle.
Immunocytochimie
L'immunocytochimie permet de révéler et cibler une molécule biologique à l’échelle cellulaire
avec des anticorps spécifiques. Nous réalisons tout d’abord une coupe d’un tissu, puis nous incubons
avec l’anticorps, nous lavons puis nous révélons.

UE 1
VI. Étiquetage d’une protéine

But
Le but de l’étiquetage d’une protéine est de purifier cette protéine, d’étudier son expression, de
faire des études quantitatives et qualitatives mais aussi d'étudier les interactions protéine-protéine ou
protéine-ADN.
Pour cela, on créé un vecteur d’expression comprenant un promoteur suivi du gène d’intérêt et
du gène reporter (la GFP par exemple). En transfectant ce vecteur dans une cellule hôte, celle-ci
exprimera la protéine d’intérêt qui sera fluorescente (puisque étiquetée à la GFP).
Étiquettes (= TAG)
Nous possédons des étiquettes pour faire des études in-vitro, comme :
§ la gluthation S-transférase,
§ la Maltose-Binding-Protein (MBP),
§ la poly-histidine (constituée de six histidines),
§ les protéines HA,
§ cMyc.
Mais nous avons également des étiquettes pour des expériences in-vivo :
§ la GFP (Green Fluorescente Protein) provient d’un organisme aquatique Aequoria

Victoria. Cette protéine devient fluorescente en présence de calcium. Elle a un PM de 27
kDa, avec 11 feuillets β et une hélice α, en forme de « baril », contenant un hexapeptide
(dont S, Y et G) responsable de la fluorescence. Si nous stimulons la GFP à 440 nm (bleu),
cette protéine va émettre à 490 nm (vert).
§ la BFP (Blue Fluorescente Protein) (où la tyrosine est remplacée par une histidine).
§ la CFP (Cyan Fluorescent Protein) (où la tyrosine est remplacée par un tryptophane).
§ la YFP (Yellow Fluorescente Protein).
§ la SFP (Saphir Fluorescent Protein).
Spectre d'émission et d'excitation des différentes Fluorescente Proteins.
155 Année 2016 - 2017

Méthode de FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfert)
Cette méthode utilise les interactions entre les protéines. Nous devons utiliser des protéines
possédant des spectres d’excitation différents. Sur chaque protéine d’intérêt nous fixons une FP avec
un spectre d’absorption différent.
Le spectre d’émission de la première protéine doit

chevaucher le spectre d’absorption de la seconde protéine.
La deuxième protéine doit avoir un spectre d’émission différent de celui de la première.
Nous stimulons la première protéine avec une onde d’excitation. La protéine va alors émettre à
une certaine longueur d’onde. Si les deux protéines interagissent ensemble, la deuxième protéine va
être excitée par ce spectre d’émission et va alors à son tour émettre à sa propre longueur d’onde.
Principe de la méthode du FRET.

UE 1
Lipides
Rédigé à partir du cours du Dr O. MEURETTE
I. Introduction
Quelques généralités sur les lipides
§ Les lipides représentent 20% du poids du corps chez les êtres humains, il existe cependant
une grande variabilité entre les individus.
§ Ils sont synthétisés dans le RE (Réticulum Endoplasmique), et dégradés dans la
mitochondrie.
§ Les triacylglycérols (TAG) sont impliqués dans le stockage de l’énergie. Ils permettent
l’hibernation des animaux, par exemple.
§ Les membranes biologiques sont composées d’une bicouche de lipides et séparent deux
milieux aqueux : elles compartimentent la cellule eucaryote.
§ Les lipides protègent de la déshydratation (cire végétales) et fonctionnent comme un
isolant thermique.
§ De nombreuses vitamines sont des composés liposolubles.
§ Les lipides sont également impliqués dans la régulation du système immunitaire (utilisés
comme messagers).
§ Utilisation dans la vie de tous les jours : fabrication de savons et de bougies se fait à partir
de lipides.
Propriétés et caractéristiques des lipides

L’eau est un solvant polaire, c’est-à-dire que les molécules d’eau établissent des interactions
électroniques avec les molécules solvatées. L’eau va ioniser les molécules solubilisées.
Les lipides vont être incapables d’être solubilisés dans les solvants polaires, ils sont donc non
soluble dans l’eau.
Hydratation de l’ion sodium et de l’ion chlore
Les chaines carbonées sont des enchaînements de méthyles (CH3), elles sont donc composées
uniquement d’hydrogènes et de carbones, d’où leur nom : hydrocarbures.
157 Année 2016 - 2017

Pour la nomenclature : le préfixe permet nommer chaine en relation nombre de carbones
(méthane, éthane…). On nomme également les chaînes selon la saturation : suffixe -ane si la chaîne
est saturée, suffixe -ène si la chaîne possède au moins une insaturation (= double liaison).
Nomenclature des chaines carbonées.
Les fonctions chimiques sont importantes en biochimie, en particulier les fonctions carboxyle,
amine, amide, ester et éther pour les lipides.
II. Classification des lipides

Les lipides ont la caractéristique d’être non soluble dans l’eau mais dans les solvants organiques
peu ou non polaires (éther, chloroforme, acétone, benzène).
La capacité d’être soluble seulement dans les solvants apolaires se nomme l’hydrophobicité
(Hydrophobe = non soluble dans l’eau) qui s’oppose à l’hydrophilie (hydrophile = soluble dans l’eau).
Cette définition est physique et non structurale ce qui est à l’origine de la diversité des lipides. Il
est donc nécessaire d’organiser l’hétérogénéité des lipides à l’aide d’une classification (qui est
arbitraire).

UE 1
Classification des lipides.
Les acides gras sont des acides carboxyliques avec une longue chaine carbonée de 4 à 36 carbones
(nombre toujours pair de carbones). Ce sont des lipides vrais.
Il existe des acides gras saturés, ayant toutes leurs liaisons C-C saturées, et des acide gras
insaturés avec au moins une double liaison entre deux carbones.
Les acides gras saturés (à gauche, l’acide palmitique) et insaturés (à droite, l’acide palmitoléique).
Pour la nomenclature des AG, il existe plusieurs manières de numéroter la chaîne carbonée :
- la numérotation simple/numérique avec le carbone de la fonction carboxylique en position 1.
- la numérotation systématique/grecque, utilisée dans le métabolisme, avec le premier carbone,

appelé carbone α, qui suit celui de la fonction carboxylique.
- la numérotation diététique avec comme premier carbone le dernier de la chaîne carbonée. On

utilise alors le symbole ω dans la nomenclature pour signifier que nous comptons à partir du dernier
carbone.
Acides gras saturés (AGS)
159 Année 2016 - 2017

Les acides gras saturés (AGS) sont majoritaires dans les aliments d’origine animale (ex : beurre).
Le nom commun que l’on donne aux AG a pour origine l’extrait dans lequel a été identifié l’acide
gras la première fois.
3. n
Nom commun Nom systématique Symbole Origine Remarques
C
12 Acide Laurique n-dodécanoïque (12:0) Laurier
14 Acide Myristique n-tétradécanoïque (14:0) Myrte

Huiles, graisses animales et
16 Acide Palmitique n-héxadécanoïque (16:0) Palme
végétales
18 Acide Stéarique n-octadécanoïque (18:0) Suif
20 Acide Arachidique n-icosanoïque (20:0)
Nomenclature systématique des acides gras saturés.
Exemple de nomenclature : l’acide gras saturé à 12 carbones a pour nom systématique acide n-
dodécanoïque, pour symbole (12 :0) et pour nom commun acide laurique.
Les acides insaturés (AGI)

La nomenclature est identique à celle des AGs, néanmoins il faut également préciser la
conformation, le nombre et la position des insaturations. Une insaturation peut être en configuration
trans si les groupements sont de part et d’autre de la double liaison, ou en conformation cis si les
groupements sont du même côté de la double liaison.
Nomenclature systématique des acides gras insaturés.

UE 1
La conformation de la double liaison a des répercussions importantes au niveau de la structure

tridimensionnelle des acides gras. Dans le cas d’une liaison trans la structure tridimensionnelle ne varie
pas. Dans le cas d’un isomère avec une liaison cis, la chaine carbonée s’incline de 30° par rapport à
l’axe d’origine. On peut avoir des liaisons cis et trans dans la même molécule : par exemple, l’acide
ruménique (bovinique), présent dans le rumen des ruminants et les produits laitiers
Influence des conformations cis et trans sur la géométrie d’un lipide, et représentation de l’acide ruménique (bovinique).
De manière générale, les configurations trans sont rares dans les AGi naturels, la grande majorité
des AGi sont en conformation cis. Les AGi de conformation trans sont cependant de plus en plus
retrouvés dans le régime alimentaire, car ils de l’hydrogénation industrielle des huiles en produit.
La température de fusion varie en fonction de la configuration, du nombre de liaisons et du

nombre de liaisons insaturées.
L’acide α-Linolénique est un isomère conformationnel de l’acide ɣ-Linolénique.
Des molécules à caractère lipophile (icosanoïdes) sont dérivées de l’acide arachidonique.
L’acide linoléique et l’acide α-Linolénique sont des acides gras essentiels (EFA = essential fatty
acids) car ils ne sont pas synthétisables par le métabolisme humain. Il est nécessaire de les trouver
dans l’alimentation car elles sont indispensables au fonctionnement de l’organisme.
Les acides gras insaturés sont majoritaires dans les huiles d’origine végétales (ex: huile d’olive).
nC nb C=C Nom commun Nom systématique Symbole Série Remarques

Δ9
16 1 Acide Palmitoléique cis-9-hexadécénoïque (16:1) ω7 Très répandu
Δ9 Abondant
18 1 Acide Oléique cis-9-octadécénoïque (18:1) ω9
Huile d’olive
cis-cis-9,12- Δ9,12
18 2 Acide Linoléique (18:2) ω6 Huile de lin, graines
octadécadiénoïque
tout cis-9,12,15- Δ9,12,15 Graines, huiles de

18 3 Acide α-Linolénique (18:3) ω3
octadécatriénoïque poisson
tout cis-6,9,12- Δ6,9,12

18 3 Acide ɣ -Linolénique (18:3) ω6 isomère de position du α
octadécatriénoïque
tout cis-5,8,11,14- Δ5,8,11,14

20 4 Acide Arachidonique (20:4) ω6 Animaux
icosatétraénoïque
161 Année 2016 - 2017

Modifications
Les AG peuvent faire l’objet de modifications au niveau de leur chaine carbonée :
• Hydroxylation : groupement OH sur la chaine carbonée.
Exemple : sur le carbone α : acide cérébronique = acide 2-hydroxy-tétracosanoïque.
• Méthylation : groupement CH3 sur la chaine carbonée.
III. Les lipides simples = homolipides

Ce sont des esters d’AG qui vont être classés en fonction de l’alcool qui va être impliqué dans la
liaison ester avec l’AG. La formation de cette liaison est une réaction de condensation d’un acide
carboxylique avec un alcool pour former un ester, on l’appelle l’estérification.
Réaction d’estérification.
Si l’alcool impliqué est un glycérol, on parle d’acylglycérol, alors que si l’alcool impliqué est un
alcool gras, on parle de céride.
Acyl-glycérol
Ils sont caractérisés par une ou plusieurs liaisons ester entre une fonction alcool d’un glycérol et
une fonction carboxylique d’un acide gras.
Le glycérol présente trois fonctions alcool. Chacune de ces fonctions alcool peut être engagée
dans une liaison ester avec un acide gras. Lorsqu’une, deux, trois fonctions alcool sont engagées dans
une liaison ester avec des acides gras on parle de mon-, di-, triacylglycérol respectivement.
TAG homogène (à gauche) et hétérogène (à droite).

UE 1
Un triacylglycérol (TAG) est homogène si les trois chaînes carbonées estérifiées au glycérol sont
identiques. Dans le cas d’un triacylglycérol hétérogène possédant un acide gras différent au moins, il
faut donner un ordre aux radicaux en fonction de l’organisation des acides gras sur le glycérol.
Les Cérides
Les cérides sont caractérisées par deux chaînes carbonées (alcool+acide gras) directement reliées
entre elles par une liaison ester (OH + COOH ). Le palmitate de cétyle était isolé à partir des
spermatécies de baleine pour former de la cire (bougie par exemple). Toutes les cires sont des cérides.
Palmitate de cétyle.
IV. Les lipides complexes = hétérolipides

Ce sont des lipides vrais composés d’acides gras (C, O, H) mais aussi d’atomes d’azote, de souffre
et de phosphate (N, S, P).
A. Glycérophospholipides
Ils contiennent du glycérol, du phosphate amené par l’acide phosphorique et des acides gras qui
forment la partie lipidique. La molécule de base est le sn-glycérol-3-phosphate : une molécule de
glycérol où une des fonctions alcool est engagée dans une liaison phosphoester avec l’acide
phosphorique (= P lié à quatre O).
L’acide phosphatidique est un glycérol où les 3 fonctions alcools sont engagées dans des liaisons
dont deux avec des radicaux acyl (=AG) et la troisième avec 1 phosphate dans une liaison
phosphodiester.
163 Année 2016 - 2017

Les fonctions alcool libres liées au phosphate peuvent être engagées dans des liaisons ester avec
un autre radical comme la choline, la sérine, l’éthanolamine et l’inositol qui sont les radicaux les plus
courants. Les glycérophospholipides dont le phosphate est lié à un de ces 4 radicaux sont les
composants principaux des membranes des cellules eucaryotes.
Voici un tableau présentant les différents radicaux pouvant être liés à un acide phosphatidique :
X nom complet symbole nom d’usage
sérine phosphatidylsérine PS céphalines

+
éthanolamine CH2-CH2-NH3 phosphatidyléthanolamine PE céphalines
+
choline CH2-CH2-N (CH3)3 phosphatidylcholine PC lécithines
myoinositol C6H12O6 phosphatidylinosytol PI Inositides
glycérol phosphatidylglycérol PG
phosphatidylglycérol 1,3-diphosphatidylglécérol CL cardiolipides, cardiolipines
Nous allons étudier les cardiolipines, les lysoglycérophopholipides et les plamalogènes qui sont
des glycérophospholipides particuliers
1. Cardiolipines
Les cardiolipines sont formés lorsqu’un sn-glycérol-3-phosphate est lié à un phosphatidylglycérol:
deux acides phosphatidiques sont reliés par un glycérol. Un cardiolipine possède 4 liaisons ester. C’est
un composant des membranes bactériennes et mitochondriales.
Cardiolipine.

UE 1
2. Lysoglycérophospholipides
Les lysoglycérophospholipides sont des intermédiaires du métabolisme suite à une hydrolyse
d’une des liaisons ester avec un acide gras. Ce sont des glycérophospholipides où un seul alcool du
glycérol est engagé dans une liaison ester avec un radical acyl = un acide phosphatidique avec un seul
radical acyl. Le glycérol a une fonction OH libre.
Lysoglycérophospholipide.
3. Plasmalogènes
Les plasmalogènes sont des glycérophospholipides dans lesquels un des radical acyl fait une
liaison éther -et non ester- avec le glycérol (perte d’une double liaison =O).
Plasmalogène.
Sphingolipides
Les sphingolipides sont des dérivés de la sphingosine : La condensation d’un acide palmitique
(16C) et d’une sérine (à la place de la fonction carboxylique) forme une sphinganine qui se transforme
en sphingosine par ajout d’une double liaison.
Sphingolipides.
165 Année 2016 - 2017

La sphingosine possède une double liaison, deux groupements alcool et un groupement amine.
Ces groupements vont être engagés dans des liaisons.
1. Les Céramides
Ils sont dérivés de la sphingosine par acylation de la fonction amine : ce sont des sphingoïdes-N-
acylés. On a alors formation d’une liaison amide avec l’AG.
Squelette des céramides.
La fonction alcool peut être engagée avec différentes molécules qui vont donner leur spécificité
aux membres de la famille de sphingolipides.
2. Les Sphingophospholipides
Ils sont obtenus par une liaison ester d’un phosphate sur l’alcool au bout de la chaine d’une
céramide.
Exemple : les sphingomyélines (= sphingophosphocholine), qui sont composées d’une céramide

liée à une phosphocholine, sont des composantes de la gaine de myéline des axones. Elles servent
d’isolant qui aide la transduction du signal des cellules nerveuses.
Application - La sclérose en plaque est liée à la destruction de la gaine de myéline. On a pu montrer

récemment que des dérivés de la vitamine E (α-tocophérol) peuvent participer à la régénération
de la myéline dans des modèles animaux dans lesquels on a reproduit les symptômes de la sclérose
en plaque.
Molécule de sphingomyéline.

UE 1
3. Les glycosphingolipides
Ils sont obtenus par ajout d’un ou plusieurs glucides sur la dernière fonction alcool de la
sphingosine. Il existe différents glycosphingolipides selon les oses ajoutés :
§ On parle de cérébroside si ajout d’un glucose simple comme le glucose ou le galactose,

§ On parle de globoside si ajout d’oligosides courts,
§ On parle de gangliosides si ajout d’enchaînements glucosidiques ramifiés (plus
complexes).
Les oses peuvent être sulfatées : on obtient un sulfatide.
Les glycosphingolipides
Synthèse sur les lipides vrais :
Les phospholipides et les sphingolipides (dont les glycolipides) sont les éléments majeurs de la
formation des lipides membranaires.
Les triacylglycérols sont utilisés la plupart du temps comme lipides de stockage chez les animaux.
167 Année 2016 - 2017

V. Les molécules lipophiliques
Les molécules à caractère lipophile sont solubles dans des solvants apolaires. Elles ne possèdent
pas d’acide gras dans leur structure.
Il existe différentes manières de les classer, dont l’une les sépare en trois groupes: les icosanoïdes
dérivés de l’acide arachidonique, les terpènes dérivés de l’isoprène et les corps à chaîne isoprénique
dont font partie les vitamines liposolubles. Dans certaines classifications, les corps à chaîne
isoprénique sont intégrés aux terpènes.
Les icosanoïdes
Les icosanoïdes sont des dérivés hydroxylés de l’acide arachidonique, par l’action de différentes
enzymes qui vont oxygéner cette molécule.
Les cyclooxygénases agissent sur l’acide arachidonique pour donner les prostaglandines. On
observe sur celles-ci la présence d’un cycle avec une double liaison oxygène et une fonction alcool +
une autre fonction alcool sur la chaine carbonée.
Les lipoxygénases hydroxylent l’acide arachidonique pour former des leukotriènes. Sur la chaine
AG on retrouve différents groupements hydroxylés –OH.
Les prostaglandines et leukotriènes ont pour rôle biologique d’être des médiateurs cellulaires de
la réponse inflammatoire
c
Formation des différents icosanoïdes.

UE 1
Les tèrpènes
Ce sont tous des polymérisations (réarrangements) de l’isoprène (aussi appelé 2-méthyl-1,3
butadiène).
Les condensations entre deux isoprènes peuvent avoir lieu entre :
§ le carbone 4 du premier isoprène et le carbone 1 l’isoprène suivant à Condensation 4-

1.
§ le carbone 4 du premier isoprène et le carbone 4 l’isoprène suivant à Condensation 4-
4.
Formation des monoterpènes à partir de deux isoprènes.
La position des méthyls est alors modifiée par rapport à l’axe des chaines carbonées.
Cette condensation entre deux isoprènes forme le motif de base d’un terpène : une unité à dix
atomes de carbone qui est le monoterpène. Les terpènes vont être nommés en fonction du nombre
de carbones. Par exemple, 20 carbones = deux motifs = diterpène. On appelle polyterpènes ceux qui
ont un nombre très important de carbone, comme le caoutchouc.
Exemple-. Les tétraterpènes sont à l’origine de la famille de carotènes.
1. Formation des carotènes

Les carotènes sont obtenus par cyclisation du lycopène, qui est un tétraterpène (donc 40
carbones) avec une condensation 4,4 au milieu de la molécule.
Par action enzymatique, il y a cyclisation de la chaine carbonée du lycopène et on obtient de

l’α-carotène, β-carotène ou ɣ-carotène en fonction de la localisation de la cyclisation. Les carotènes
sont à l’origine de la vitamine A.
Formation des carotènes.
169 Année 2016 - 2017

Corps à chaîne isoprénique
La chaîne isoprénique confère le caractère hydrophobe (=lipophile) à la molécule.
Un groupement fonctionnel est ajouté sur la chaîne terpénique. On retrouve des groupement
phénol, quinone (un benzène au niveau duquel deux atomes d’hydrogène sont remplacés par deux
atomes d’oxygène), tocophérol, ou une protéine. On peut en effet isopréniser des protéines pour les
ancrer à la membrane plasmique grâce au caractère lipophile conféré.
Les corps à chaîne isoprénique.
1. L’ubiquinone (coenzyme Q)
Elle possède un cycle quinone (benzène au niveau duquel deux atomes d’hydrogène sont
remplacés par deux atomes d’oxygène) qui est greffé sur une chaine isoprénique.
Schéma de l’ubiquinone.
L’ubiquinone (ou coenzyme Q) est un élément important dans la membrane interne des
mitochondries. En effet, elle fait partie de la chaîne de transporteur d’électrons de la phosphorylation
oxydative. C’est grâce à la chaine isoprénique que le coenzyme Q va pouvoir être ancré dans la
membrane mitochondriale et le groupement fonctionnel quinone va être impliqué dans les transferts
d’électrons.
2. Vitamine K
La chaine isoprénique de la vitamine K est un diterpène. Sur cette chaine s’ajoute une
naphtoquinone qui porte le groupement fonctionnel.

UE 1
3. Vitamine E (α-tocophérol)
Comme pour les molécules précédentes, le groupement fonctionnel de la vitamine E (ou α-
tocophérol) est greffé sur une chaîne isoprénique, ce qui lui confère le caractère liposoluble.
Pour information : une nouvelle classe de lipide a été identifiée en 2014, découverte de nouvelles
molécules en biologie. Deux chaines AG, la liaison ester est formée sur un groupement hydroxyle
de la chaine de carbone. Pour changer la caractéristique de ces lipides, on modifie les AG et on
obtient une multitude de lipides.
VI. Propriétés physico-chimiques des lipides

Solubilité
La caractéristique principale des lipides est d’être insolubles dans l’eau, du fait de leur chaîne
carbonée apolaire (la queue). Mais ils possèdent aussi un groupement carboxyle qui est polaire (la
tête).
Les lipides avec des chaînes carbonées de 4 à 6 carbones sont solubles à faible concentration (ex:
on peut faire des solution à 1% d’acide héxanoïque (6C)).
A partir de douze carbones, les acides gras sont solubles uniquement dans des solvants apolaires
comme le benzène, le chloroforme ou l’acétone.
L’eau est un solvant polaire avec des interactions faibles entre ses molécules. Lorsqu’un acide
gras se retrouve dans l’eau, les interactions faibles entre les molécules d’eau sont rompues : on parle
d’état instable, car l’eau, polaire, ne peut pas faire d’interaction avec les chaines carbonées apolaires.
Les molécules hydrophobes ont tendance à se regrouper entre elles pour minimiser la rupture de ce
réseau.
Formation de micelles.
171 Année 2016 - 2017

Les acides gras se regroupent en micelles. C’est la conformation optimale du point de vue
thermodynamique : les queues hydrophobes se regroupent au centre d’une boule présentant à la
surface les têtes hydrophiles des acides gras. Ils peuvent également créer un film hydrophobe à la
surface de l’eau.
Les phospholipides, qui, par leurs deux chaînes d’acides gras, ont une hydrophobicité plus
importante, ne forment pas de micelles; mais une bicouche au centre de laquelle se font des
interactions hydrophobes. Les têtes polaires de part et d’autre du feuillet réagissent avec les molécules
d’eau. C’est le cas des membranes plasmiques.
Les lipides peuvent ainsi former :
• des films à la surface entre l’air et l’eau

• des micelles d’acides gras
• des vésicules ou liposomes grâce à une bicouche de phospholipides
• des bulles, selon le même principe que les bicouches lipidique, mais avec les chaînes
carbonées en extérieur au contact de l’air (bulles de savon).
La solubilité diminue avec le nombre de carbones,

augmente légèrement avec l'ionisation de la tête COOH
et augmente légèrement en cas d'insaturation cis.
Température de fusion
La température de fusion varie avec le nombre d’insaturations et la longueur de la chaine
carbonée.

UE 1
Elle augmente lorsque le nombre de carbones augmente et

diminue lorsque le nombre d’insaturations augmente.
En outre, Un AGi en conformation cis a une température de fusion plus basse qu’un AGi en
configuration trans.
L’huile de tournesol : 88% d’AGI, qui ont une température de fusion faible, et qui sont donc à l’état
liquide à température ambiante.
Le beurre : 63% d’AGS, qui ont une température de fusion plus élevée, ils sont solides à
température ambiante.
Indice d’iode
L’indice d’iode permet de caractériser l’insaturation d’un corps gras.
Lorsqu’on fait réagir du chlorure d’iode sur un AGi, l’iode et le chlorure se fixent sur les doubles
liaisons pour les rompre. En dosant (souvent par colorimétrie) après la réaction la quantité de chlorure
d’iode en excès qui ne s’est pas fixé, on peut en déduire le nombre d’insaturations à l’aide des masses
molaires des acides gras.
Plus le nombre d’insaturations est grand, plus l’indice d’iode est élevé (il faut plus de chlorure
d’iode pour saturer les doubles liaisons).
Exemple : L’indice d’iode de l’huile de tournesol est quatre fois plus élevé que celui du beurre.
L’indice d’iode correspond ainsi à la masse de diiode (I2) en cg capable de se fixer sur les
insaturations d’un gramme de corps gras. (Ou bien la masse en gramme capable de se fixer sur 100g
d’AG).
Oxydation
L’oxydation spontanée, qui correspond à l’oxydation avec l’oxygène de l’air, au rancissement des
aliments, donne des peroxydes et des aldéhydes.
L’oxydation chimique fait agir des oxydants puissants qui rompent les doubles liaisons pour
obtenir des monoacides et des diacides gras, suite à l’apparition de nouvelles fonctions carboxyliques
de part de d’autre de la liaison.
Oxydation chimique.
173 Année 2016 - 2017

L’oxydation biologique a lieu au cours du métabolisme lors de la β-oxydation des acides gras
(oxydation du carbone β de la chaîne carbonée).
Indice de saponification
C’est l’hydrolyse en milieu alcalin des liaisons ester des lipides pour former des ions carboxylates
et un alcool. On met un composé ester en présence d’un agent alcalin : la soude (NAOH) ou la potasse
(KOH). Il y a donc rupture de la liaison ester pour former ion carboxylate et un alcool à réaction inverse
d’estérification.
Exemple.- après hydrolyse d’un TAG on obtient trois acides gras sous forme carboxylate et un
glycérol.
Les savons sont des sels de potassium et de sodium d’acide gras obtenus par saponification.
L’indice de saponification utilisé dans l’industrie correspond à

la quantité de potasse (KOH) en mg nécessaire pour
saponifier 1g de matière grasse (ester d’AG).
Hydrogénation
C’est le processus au cours duquel les doubles liaisons sont rompues en présence de dihydrogène
et d’un catalyseur (nikel ou platine), pour former des liaisons saturées.
Dans l’industrie alimentaire, l’utilisation de l’hydrogénation a pour but l’augmentation de la

température de fusion afin d’obtenir des graisses solides à température ambiante, comme la
margarine ou l’huile de palme hydrogénée.
Lorsque cette hydrogénation est partielle (saturation incomplète), il y a génération d’acides gras
insaturés trans, qui sont des formes intermédiaires d’acide gras cis (polémique à propos de l’effet
délétère des AG trans pour la santé).

UE 1
VII. Techniques d’analyse des lipides

Chromatographie sur couche mince (CCM)
On part d’une fine plaque recouverte de gel de silice (= phase stationnaire) au niveau de laquelle
on va pouvoir placer le mélange de corps gras à séparer. On plonge la plaque dans un solvant (= phase
mobile), qui est organique, et qui va solubiliser les différents composés. Il y a ensuite migration par
capillarité le long de la couche de silice : le solvant organique emporte les composés à des vitesses
dépendant de la solubilité différentielle entre la plaque et le solvant (les 2 phases) : une molécule
plutôt polaire aura une bonne affinité avec la plaque de silice (polaire) et une faible avec le solvant,
elle sera retenue par la plaque et peu entrainée par le solvant à elle migre peu. C’est l’inverse avec
une molécule apolaire qui migre bien.
Chaque composé est caractérisé par son rapport frontal (Rf), c’est-à-dire le rapport entre la
distance parcourue par le lipide et celle parcourue par le solvant. Les plus apolaires migreront le plus
loin, avec un Rf proche de 1.
Du plus apolaire au plus polaire:

Esters de cholestérol > TAG > Acides gras libres > Cholestérol
> DAG > MAG > Phospholipides
Chromatographie sur couche mince.
Chromatographie en phase gazeuse

Le mélange va être vaporisé = emmené par la phase gazeuse. C’est au niveau de la colonne
analytique que les différents constituants vont migrer à des vitesses qui varient en fonction de leurs
interactions avec la phase stationnaire. A la sortie, un détecteur identifie l’arrivée des éléments (ne
fait pas la différence entre molécules). Ce qui caractérise un composé est son temps de rétention.
175 Année 2016 - 2017

Une alkylation des fonctions carboxyliques est nécessaire pour augmenter la volatilité, la stabilité
et la détectabilité de AG.
Procédé d’alkylation.
On fait donc un traitement alcalin en présence de brome pour former un ester méthylique, cela
réduit la polarité de la molécule.
Le temps de rétention augmente avec le nombre de carbones

ET augmente avec le nombre d’insaturations.
Exemple de résultat de Chromatographie en phase gazeuse.

UE 1
Chromatographie HPLC (High Performance liquid chromatography)

L’HPLC correspond à une chromatographie en phase liquide selon le même principe que la
chromatographie en phase gazeuse. Les composés sont emmenés par un solvant organique le long de
la colonne de séparation.
Le temps de rétention augmente avec le nombre de carbones

mais diminue avec le nombre d’insaturations.
Exemple de résultat de Chromatographie en phase liquide haute performance.
Pour les chromatographies, on a besoin d’un contrôle (témoin) par exemple on va faire migrer un
acide palmitique dont le temps de rétention sur le chromatogramme servira de référence pour
identifier les éléments inconnus.
Analyse lipodomique
Les analyses lipidomiques, apparues récemment (émergence en 2010), permettent de quantifier
de manière précise et exhaustive la composition lipidique d’un mélange. Par exemple, une cellule
eucaryote possède plus de 1000 lipides. On peut comparer de manière quantitative la composition
lipidique de deux échantillons biologiques (tissus, organe..) en fonction d’un stress métabolique ou
d’une mutation, d’une maladie … pour étudier les mécanismes impliqués.
L’analyse lipodomique consiste au couplage d’une chromatographie, qui sépare les composés,
avec une spectrométrie de masse, qui identifie chaque composé.
Exemple : analyse exhaustive de tous les lipides chez des souris obèse et normal : découverte de
nouveaux lipides présents de manière plus importante chez la souris obèse.
177 Année 2016 - 2017

VIII. Métabolisme et transport des lipides
Les lipides sont impliqués dans le fonctionnement des cellules et de l’organisme.
Dans le corps on trouve des lipides alimentaires et des lipides endogènes créés par biosynthèse
à partir d’autres molécules (ce principe s’oppose à celui de la dégradation).
On utilise les lipides dans de nombreuses réactions:
• La dégradation des acides gras permet de produire de l’énergie.

• On peut produire des molécules informationnelles à partir de lipides complexes (icosanoïdes
et seconds messagers).
Les lipases
Les lipides alimentaires sont une source très importante de lipides pour l’organisme, dont 90%
sont des TAG, c’est la principale forme de stockage des organismes. Ce sont des molécules insolubles
dans l’eau. Les lipases, enzymes qui hydrolysent les lipides, sont solubles dans l’eau.
Les lipases sont des enzymes qui hydrolysent les lipides. C’est une sous classe d’estérase, c’est à
dire une enzyme qui va casser les liaisons ester. Elles sont solubles dans l’eau.
Ces enzymes digestives sont sécrétées par l’estomac, le pancréas et l’intestin. Elles sont
hydrosolubles. l’activité catalytique de ces enzymes est appliquée à des lipides hydrophobes ce qui
engendre ainsi la création d’une interface lipide/enzyme.
Les lipides alimentaires vont être émulsionnés grâce aux sels biliaires. On obtient des petites
bulles de lipide dans lesquelles se trouvent les molécules de TAG. A leur surface, la lipase et la colipase
(son coenzyme) vont pouvoir effectuer la catalyse de la réaction pour casser la liaison ester.
Fonctionnement des lipases sir les émulsions de lipides

UE 1
Au niveau du site actif :
Les lipases gastriques et pancréatiques hydrolysent les TAG

en position 1 et 3.
Les lipases intestinales hydrolysent les TAG en position 2.
è On obtient du glycérol et des AG qui eux vont pouvoir être utilisés pour la production d’énergie
ou pour la production de second messager en molécule informationnelles. Les lipides
membranaires sont utilisés pour produire des lipides seconds messagers.
Exemple.- L’acide arachidonique est précurseur des icosanoiques.
Les phospholipases
1. Hydrolyse des phospholipides
Les phospholipases sont des enzymes qui ont pour substrat des phospholipides. Elles sont
classées en fonction des liaisons qu’elles peuvent hydrolyser. On compte 4 catégories (A1, A2, C, et D).
Action des différentes phospholipases.
Exemple : action des phospholipases pour l’hydrolyse d’une phosphatidylcholine.

A1 : hydrolyse de la liaison ester sur le carbone 1.
à Cela donne : AG à chaine carboné présent initialement en R1 + lysophosphatidylcholine avec
un acide gras en C2.
A2 : hydrolyse de la liaison ester sur le carbone 2.
à Cela donne : AG à chaine carboné présent initialement en R2 + lysophosphatidylcholine avec
un acide gras en C1.
C : hydrolyse de la liaison phosphoester entre le glycérol et le phosphate.
à Cela donne : phosphocholine et DAG.
D : hydrolyse de la liaison phosphoester entre le phosphate et la choline (ou autre substituant
pour les autres phospholipides).
à Cela donne : Acide phosphatidique (DAG avec le phosphate) + choline.
Cette action des phospholipases peut servir pour la production de lipides seconds messagers à
partir des lipides structuraux qui constituent les membranes biologiques. Les lipides obtenus peuvent
aussi être utilisés comme source d’énergie.
179 Année 2016 - 2017

Exemple de l’action des phospholipases sur un phosphatidylinositol.
Les phosphatidylinositol kinases phosphorylent le phosphatidylinositol sur ses fonctions alcools

libres sur le carbone 3, 4 et 5 (On a des phosphatidylinositol-3-kinase, -4-kinase, ou -5-kinases = une
enzyme spécifique par liaison). L’inositoltriphosphate libéré après action d’une phospholipase peut
constituer un second messager dans certains mécanismes cellulaires.
2. Hydrolyse des sphingolipides

Exemple.- Hydrolyse d’une shingomyéline (céramide + phosphocholine) : la sphingomyélinase va
cliver ce lipide pour produire la céramide en enlevant le phosphocholine.
3. Métabolisme des icosanoïdes, dérivés hydroxylés de l’acide arachidonique

L’acide arachidonique peut provenir d’un phospholipde après l’action de la phospholipase A1 ou
A2. Cet AG est le précurseur de nombreuses molécules de l’inflamation. Les lipoxygénases
transforment l’ac arachidonique en leukotriène, tandis que des cyclooxygénases servent à produire
de la prostaglandine H2. Cette dernière est le précurseur des prostacyclines, des prostaglandines et
des thromboxanes. Ces molécules ont un rôle en tant que médiateurs cellulaires de la réaction
inflammatoire.
Les AINS (anti inflammatoires non stéroïdiens) inhibent les cyclooxygénases, et ainsi la production
de prostaglandines et de prostacyclines.

UE 1
L’acide arachidonique précurseur des molécules de l’inflammation.
Transport et absorption des lipides

1. Absorption des lipides
Sous l’action des sels biliaires, on a création d’une émulsion (sur le chyme alimentaire) sur
laquelle les lipases exercent leur action et vont produire des MAG et des AG. Ceux-ci vont être
absorbés au niveau des entérocytes qui forment la barrière au niveau de l’épithélium de l’intestin. Les
entérocytes vont reformer des TAG (réestérification des AG) puis ils vont incorporer ces TAG dans des
structures complexes appelées chylomicrons, en les associant à des phospholipides, du cholestérol et
des protéines. Ces chylomicrons sont des complexes appelés lipoprotéines. Ils vont entrer dans la
circulation pour acheminer les TAG dans tout l’organisme.
Formation des chylomicrons dans les entérocytes.
2. Lipoprotéines et transport des lipides

Les lipoprotéines sont des complexes servant au transport des lipides dans le sang. Ces complexes
sont constitués ainsi :
ð Coeur hydrophobe : (composition variante) TAG + ester de cholestérol.

ð Surface hydrophile : protéines + phospholipides (tête polaire en contact du milieu aqueux
dans la circulation dans la plasma). Dans la membrane formée par les phospholipides, on
trouve les apolipoprotéines (A, B, C, D et E) dont la répartition dépend des lipoprotéines.
181 Année 2016 - 2017

ATTENTION : Ne pas confondre lipoprotéine (= tout le
complexe) et apolipoprotéine (= les protéines qui servent à la
sructure de ce complexe)
On trouve plusieurs types de lipoprotéines : Chylomicrons, VLDL, HDL, LDL, IDL. Leur densité est
corrélée à la proportion de protéines et de lipides. Plus on a de protéines et plus la densité est
importante. Les plus denses sont les plus petites.
Les différents types de lipoprotéines.
§ Chylomicrons : formés au niveau des entérocytes (au niveau du système digestif) pour
incorporer les lipides dans la circulation. Ce sont les plus grandes des lipoprotéines donc
les moins denses. 99% de lipides contre 1% de protéines. Ils permettent l’apport de
lipides alimentaires (exogènes) aux tissus par la circulation. Composés de 90% de TAG
alimentaires.
§ VLDL: transportent des TAG et des cholestérols synthétisés par le foie (endogènes) vers
les autres tissus, TAG endogènes 60%.
§ IDL revenants au foie, ce sont des VLDL remnants.
§ LDL: transportent le cholestérol vers les tissus périphériques, ils régulent aussi la synthèse
de novo de cholestérol, et transportent les esters de cholestérol endogènes. Ils dérivent
des IDL.
§ HDL: densité de 1,1 avec 50% de protéines et 50% de lipides. Ils fixent le cholestérol qui
est libéré dans le plasma suite à la mort de cellules qui vont déverser leur contenu
membranaire dans le plasma (turn over des membranes). Ils vont donc ramener au foie
les ester de cholestérol endogènes.
Métabolisme cellulaire des lipides

L’acetyl CoA est le point d’entrée du cycle de Krebs, il permet ainsi la production d’énergie. La β-
oxydation (hydrolyse) des AG est la réaction métabolique à partir de laquelle on crée l’Acétyl CoA.
La β-oxydation des AG est l’étape métabolique à partir de laquelle on va créer de l’acétylCoA à

partir d’AG. Elle comprend deux étapes importantes :
1) Couplage d’un acyl (chaine carbonée) au coenzyme A à acyl-CoA

2) Oxydation progressive du carbone β :

UE 1
§ formation d’une double liaison en retirant de 2 hydrogènes => déshydrogénase,

§ oxydation par ajout d’une fonction alcool avec une molécule d’eau => hydratase,
§ oxydation avec formation d’une fonction cétone => déshydrogénase,
§ puis on coupe ! => un radical acétal s’en va avec le coenzyme A, on a deux carbones en moins
sur notre lipide.
Par exemple, si on part de l’acide palmitique (16C), on repart dans le cycle avec myristoylCoA à
14C.
Fabrication de l’acétylCoA.
IX. Rôle biologique des lipides

Stockage d’énergie
Les TAG ont un rendement énergétique de 9 kcal/g, ce qui est bien plus élevé que le rendement
des glucides ou des protéines (4kcal/g). Pour une même masse, on a 2,5 fois plus d’énergie. Ces TAG
sont stockés dans le tissu adipeux, constitué d’adipocytes : cellules spécialisées dans la synthèse et le
stockage des TAG.
Ces TAG sous l’action de lipases donnent des AG qui sont les substrats des réactions de β-
oxydation permettront la production d’énergie. Ce type d’oxydation a lieu principalement dans le foie,
les muscles et les tissus adipeux bruns. (et NON dans le tissu adipeux blanc)
183 Année 2016 - 2017

Tissus Adipeux blancs:
§ 95% des TA chez l’homme

§ Ne sont pas capables de produire de la beta-oxydation
§ Grosse et unique vacuole de lipides qui sert seulement de stockage
Tissus Adipeux bruns:
§ Rare chez l’homme

§ Plus présent chez les mammifères hibernant
§ Capables de produire de la beta-oxydation
§ Nombreuses mitochondries au sein desquelles se déroule la beta oxydation
§ Nombreuses vacuoles de lipides
Les lipoprotéines lipases peuvent hydrolyser les TAG des lipoprotéines pour produire des AG qui
vont entrer dans les adipocytes pour être stockés. A l’inverse, les adipocytes peuvent relarguer des AG
en cas de besoin. Ces AG relargués par les adipocytes vont être complexés avec l’albumine pour circuler
dans le sang. Ils peuvent être retransportés au niveau du foie, des muscles ou des organes effectuant
la β oxydation.
Le foie peut, en cas de besoin, synthétiser de façon endogène des TAG qui seront transportés par
des VLDL pour être stockés
ð Ces étapes sont finement régulées en fonction des besoins de l’organisme : soit on stock soit
on libère de l’énergie.
Insuline : favorise le stockage sous forme de TAG dans les

adipocytes en inhibant la conversion des TAG en AG. Elle
favorise aussi la biosynthèse des AG dans le foie.
Glucagon : favorise l’hydrolyse des TAG pour former des AG

et rendre disponible les AG pour l’utiliser dans des organes
qui en ont besoin. Il inhibe la biosynthèses d’AG au niveau du
foie.
Les membranes cellulaires

1. Composition
Les membranes cellulaires ont des propriétés physico chimiques déterminantes dans
l’assemblage des organites.
Les bicouches lipidiques des membranes biologiques sont constituées en majorité par des
phospholipides. Ces lipides sont amphipatiques : ils possédent une tête polaire et une queue
hydrophobe. On retrouve en particulier les glycérophospholipides: phosphatidylcholine (PC),
phosphatidyléthanolamine (PE), et phosphatidylinositol (PI); ainsi que des phosphatidylsérines (PS) en
moindre proportion. On trouve aussi dans ces membranes des sphingolipides, comme la
sphingomyeline, et du cholestérol. La tête polaire dans une bicouche lipidique est en contact avec
l’environnement extra-cellulaire ou le cytosol, qui sont tous deux des milieux aqueux.

UE 1
Des protéines sont présentes également dans les membranes biologiques et interagissent avec
la structure lipidique.
2. Rôles
La membrane a un rôle structural : elle crée une barrière hydrophobe entre la cellule et son
environnement. Elle donne une identité à la cellule en la définissant comme un environnement aqueux
entouré par une bicouche lipidique. Chaque membrane biologique possède une composition et des
caractéristiques différentes, ce qui permet la compartimentation et la spécialisation dans la cellule
eucaryote.
En outre, en plus de leur rôle de limitation, les membranes permettent aussi les échanges de
nutriments et d’information.
La notion d’hétérogénéité d’une membrane est très importante :
§ Hétérogénéité de membrane entre cellules :

La membrane donne son identité à une cellule : les membranes diffèrent par leur composition
entre différentes cellules. En effet, une cellule différenciée acquière dans sa membrane des
caractéristiques lui permettant de répondre à sa fonction.
§ Hétérogénéité au sein d’un double feuillet :

Les couches interne et externe d’une bicouche ont des compositions légèrement différentes.
§ Hétérogénéité spatiale au sein d’une même membrane :

Il existe différents domaines membranaires.
§ Hétérogénéité entre les organites d’une même cellule :

Il y a une spécialisation des membranes des organelles.
3. Mobilité
Les bicouches sont des systèmes fluides, non statiques.
Expérience : On marque des lipides membranaire de manière fluorescente, puis on inhibe cette
fluorescente à un endroit précis de la membrane à l’aide d’un laser. On observe un retour de la
fluorescence à cet endroit, car des molécules fluorescentes non inhibées par le laser se sont
déplacées. On peut mesurer la vitesse de réapparition et donc la vitesse de circulation des
molécules au sien de cette membrane.
Le mouvement brownien est une description mathématique du mouvement désordonné et

aléatoire d’une particule immergée dans un fluide et entrant en contact avec d’autres molécules.
Cette mobilité n’est pas uniquement due à des mouvements browniens ou à des mouvements
simples, mais à une diffusion qui va être modifiée par des interactions différentielles. La base est donc
une diffusion libre (c’est-à-dire, le mouvement brownien), mais lorsque deux molécules se rencontrent
elles vont avoir plus ou moins d’affinité ce qui crée un biais de diffusion. En effet, deux molécules du
même type auront une affinité plus grande. Cela permet la création de domaines en fonction des
interactions différentielles des composants, qui auront tendance à se rassembler entre molécules de
même nature.
185 Année 2016 - 2017

La mobilité va dépendre des chaines carbonées qui composent les phospholipides de la
membrane. La longueur de celles-ci joue sur la température de fusion et donc sur la rigidité. Plus la
longueur est importante et plus la rigidité augmente (température de fusion élevée). Pour les
insaturations, c’est le contraire, plus elles sont nombreuses et plus la rigidité diminue (température
de fusion basse).
La longueur de la chaine carbonée augmente la rigidité

Le nombre d’insaturation diminue la rigidité
Les lipides effectuent différents mouvements d’agitation moléculaire :
Rotation : Le lipide peut tourner sur lui-même autour de sa tête hydrophile.
Mouvements de balancier : Les chaînes d’acides gras vont et viennent de part et d’autre et
modifient les interactions hydrophobes : les chaines se bousculent et s’entrechoquent en permanence.
Diffusion latérale : Le lipide peut se déplacer en deux dimensions à droite, à gauche, devant,
derrière… C’est un mouvement brownien rapide : chaque lipide est remplacé par un autre toutes les
10-7 secondes. Un lipide fait le tour d’une bactérie en une seconde, et d’une cellule eucaryote en 20
secondes.
Flip flop : Les lipides passent du feuillet interne au feuillet externe et inversement. C’est un
mouvement plus difficile et rare car il nécessite plus d’énergie : la tête hydrophile doit traverser les
chaînes hydrophobes des phospholipides des deux feuillets. Il a lieu une fois toutes les 105 secondes.
Ces transports sont régulés car ils demandent de l’énergie (par exemple par des transporteurs,
responsables de la répartition asymétrique des phospholipides entre les deux feuillets).
Les protéines sont également entrainées dans les différents mouvements : elles peuvent tourner
sur elles-même et diffuser latéralement dans la membrane.
Mouvements des lipides dans une membrane.
4. Forme
Les molécules composants la membrane ont des encombrements différents : leur
enchevêtrement optimisé donne la forme d’une membrane. En changeant la répartition des lipides de
manière régulée, on change la forme et les tensions des membranes par modification des
encombrements (domaines, épaisseur, longueur, courbe, plan..).

UE 1
Les phosphatidylcholines (PC) ont une structure cylindrique (la tête et la queue ont la même
épaisseur) donnant une forme plane à la membrane.
Les phosphatidyléthanolamines (PE) ont une structure conique (tête plus étroite que la queue)
donnant une forme courbe. Ceci est très important pour la formation de vésicules dans les mécanismes
d’endocytose.
Les sphingomyelines (SM) ont également une structure cylindrique, mais plus large, formant des
bicouches plus épaisses.
Le cholestérol est plus petit, avec une tête beaucoup moins hydrophile. Son ajout dans les
membranes change les conformations des molécules entre elles, mais pas la longueur des bicouches.
Le pourcentage de cholestérol modifie la fluidité des membranes. Lorsqu’il augmente, il augmente la
rigidité sur le plan latéral en empêchant les mouvements de diffusion latérale des phospholipides ;
mais augmente la fluidité sur le plan vertical au sein de la couche hydrophobe des feuillets en
diminuant les interactions entre les chaines d’acides gras.
Forme des bicouches en fonction de leur composition.
5. Température de transition de phase

Les lipides membranaires peuvent exister en différentes phases : gel (« gel-like ») ou
liquide/fluide si on augmente la température.
La température de transition de phase est la température à laquelle on passe d’un état à un

autre. C’est l’équivalent de la température de fusion des lipides (sauf qu’ici on s’intéresse à une
mambrane). Cette température augmente avec le nombre de carbones et diminue fortement avec le
nombre d’insaturations. Elle dépend de la composition membranaire : présence de cholestérol, nature
des phospholipides, longueur des chaînes carbonées…
Exemple.- A 37°C, les membranes biologiques sont à l’état fluide (cela ressemble à la viscosité de
l’huile d’olive).
Aspect des membranes selon leur phase et tableau des températures de transition de phase.
187 Année 2016 - 2017

L’organisation spontanée des lipides forme des micros-domaines différents dans la membrane.
Les sphingomyélines et le cholestérol se regroupent car leur structure est plus proche du gel; et les
phosphatidylcholine ont une structure plus proche du liquide, « liquid-like ». Cette organisation est
régulée de manière active dans la nature pour permettre une coexistence de domaines fluides et moins
fluides.
6. Perméabilité sélective
Les lipides sont hydrophobes ce qui leur permet de délimiter deux milieux aqueux et de contrôler
les échanges. Cette perméabilité sélective entraine une différence de composition entre la cellule et
son environnement.
Les molécules perméables ou non dans la membrane cellulaire.
L’eau peut passer sous l’effet de la force osmotique (homogénéisation de la concentration en

solutés entre la cellule et son environnement).
7. Le modèle de la mosaïque fluide

Les bicouches suivent le modèle de la mosaïque fluide (Singer et Nicholson, 1972). On trouve des
microdomaines avec caractéristiques différents qui coexistent en terme structural et fonctionnel.
Les domaines à phospholipides (comme la phosphatidylcholine) sont plus étroits comparés aux
rafts, domaines contenant du cholestérol (jaune), des sphingomielines, des glycolipides et des
protéines. Ces rafts sont moins fluides que les domaines à phospholipides, mais ont tout de même la
possibilité d’échanger des protéines avec d’autres domaines.. Ils sont importants dans la signalisation
cellulaire.
Schéma représentant les microdomaines différents le long d’une membrane.
Les microdomaines de la mosaïque fluide coexistent, malgré leurs différences structurales et

fonctionnelles.

UE 1
8. Interactions protéines-lipides
Une étude récente a identifié toutes les protéines en interaction avec les lipides, on retrouve :
§ Les enzymes, notamment dans le métabolisme des lipides,

§ Les transporteurs et les canaux pour réguler les échanges à travers la membrane (en
particulier ceux non favorisés par les lipides habituellement),
§ Les récepteurs, importants pour la signalisation cellulaire.
Les protéines interagissent avec les membres de deux façons différentes :
• Les protéines intégrales sont incorporées dans la membrane lipidique. Des structures
permettent des interactions stables avec l’environnement hydrophobe de la bicouche.
• Les protéines périphériques sont en interaction étroite avec la membrane, mais ne la traverse
pas. Cela est possible grâce à des domaines interagissant avec la membrane hydrophobe, ou
un ancrage covalent à un domaine lipidique par modification. Exemple : N-myristoylation, N-
acétylation, N-palmitoylation, prenylation…
Ces modifications permettent le recrutement et la localisation spécifique des protéines sur la

membrane.
NB: myrystoyl (14C), palmitoyl (16C), prénylation: ajout d’une chaîne terpénique.
A gauche : protéines intégrales intégrées dans a membrane, à droite : protéines périphériques à la membrane.
9. Hétérogénéité des membranes au sein d’un double feuillet (retour)

Les feuillets interne et externe ont des compositions différentes. Ils possèdent tous deux 50%
de phospholipides, mais leur répartition diffère.
• Sur le feuillet externe : enrichissement en sphingomyelines (SM) et phosphatidylcholines (PC).
• Sur le feuillet interne : enrichissement en phosphatidyléthanolamines (PE),

phosphatidylsérine (PS) et phosphatidylinositol (PI).
189 Année 2016 - 2017

Asymétrie de répartition des lipides
Cette hétérogénéité est créée par l’existence de transporteurs. Seuls les PE et les PS sont
transportés de manière active du golgi au cytosol, c’est pourquoi ils sont enrichis sur le feuillet interne,
tandis que les SM et les PC ne peuvent pas être transportés au niveau de la bicouche plasmatique, ce
qui crée une disparité.
Au niveau du RE, il y a un transport équivalent pour tous les phospholipides membranaires, il y a

donc une répartition symétrique entre les feuillets.
Transport différentiel des lipides.
Il y a aussi une hétérogénéité dans la composition des membranes des différents organites
cellulaire. Elle est liée à la fonction des organites.
Exemple.- On retrouve un rapport cholestérol/phospholipides de 1 dans la membrane plasmique

et de 0,1 dans les mitochondries.
On retrouve une présence spécifique de cardiolipines dans les membranes mitochondriales.
Il y a un pourcentage élevé de sphingomyeline dans les membranes plasmique et faible dans le
réticulum et les mitochondries.

UE 1
Répartition des lipides dans les différents organites.
Les lipides dans la signalisation cellulaire

Les lipides de structure peuvent générer des lipides de signalisation, qui sont principalement les
dérivés des phospholipides, notamment le phosphatidylinositol, les dérivés sphingolipides, ou l’acide
arachidonique. Les lipides sont ainsi très souvent utilisés comme seconds messagers.
1. Mécanisme
Un signal extérieur active un récepteur qui est une protéine intégrale présente dans la membrane.
Cette protéine active d’autres protéines périphériques (adaptateurs, transducteurs). Cela stimule une
enzyme qui joue le rôle d’effecteur et qui génère un second messager lipidique en catalysant une
réaction sur les lipides membranaires (une hydrolyse, par exemple, poiur libérer une partie du lipide).
La membrane est à la fois une barrière et le support de production de molécules informationnelles.
2. Le phosphatidylinositol-bisphosphate
L’action d’une phospholipase C sur un phosphatidylinositol-bisphosphate donne un second
messager glucidique : l’inositoltriphosphate ; et un second messager lipidique : le diacylglycérol. Ces
derniers activent la protéine kinase C suite à une modulation du calcium intracellulaire (modulation
induite par la fixation de l’inositoltriphosphate sur son récepteur).
Ainsi le phosphatidylinositol-bisphosphate, qui est un lipide structural permettant la formation

de la bicouche, permet aussi la production de second messager pour la transmission d’informations.
La phospholipase C est régulée par un transducteur (la protéine G qui est une protéine
périphérique ancrée à la membrane), elle-même régulée par une protéine intégrale qui est le
récepteur du signal (un récepteur à 7 hélices transmembranaires).
191 Année 2016 - 2017

Transmission du signal par la phospholipase C.
Pour produire le phosphatidylinositol-bisphosphate, des phosphatidylinositol kinases

phosphorylent un phosphatidylinositol sur le carbone 3 et 4. Ces enzymes : les phosphatidylinositol-3-
kinase et -4-kinase sont codées par le gène le plus muté dans les cancers du sein. Ces phosphorylations
peuvent être enlevées par une phosphatase PTEN qui est également très perdue dans de nombreux
autres cancers.
Exemple. - Concernant le phosphatidylinositol-bisphosphate, le recrutement des protéines

périphériques à la membrane peut être modulé. La protéine kinase B (PKB) va être périphérique
uniquement si son domaine TH reconnait un phosphate sur le carbone 3 de l’inositol. Elle est
considérée comme une protéine périphérique conditionnelle, puisque son recrutement à la
membrane dépend de signaux qui vont phosphoryler le carbone 3. Une fois présente, elle peut être
phosphorylée à son tour par la protéine kinase PDK1 et être ainsi complétement activée dans
l’environnement périphérique de la membrane. Il y a donc un recrutement régulé de cette protéine
à la périphérie des membranes.
Recrutement de la PKB.

UE 1
3. Les céramides
Les céramides peuvent être obtenus après hydrolyse de la sphingomyéline par la
sphingomyelinase. La céramide possède un rôle de second messager : elle est produite suite à un signal
de mort cellulaire (biologique, chimiothérapie) et régule différentes voies de signalisation de
prolifération et de dégradation cellulaire. La voie de la céramide est souvent déréglée dans les cancers.
La signalisation cellulaire par les céramides.
4. L’acide arachidonique
L’action d’une phospholipase A2 sur un radical arachidonoyl en C2 d’un phospholipide donne

l’acide arachidonique.
L’action d’une cyclooxygénase sur l’acide arachidonique donne les tromboxanes ainsi que les
prostaglandines. Ces dernières sont impliquées dans les réactions inflammatoires.
L’action d’une lipooxygénase sur l’acide arachidonique donne les leukotriènes.
Des molécules ayant une même origine (ici : l’acide arachidonique) ont des actions qui peuvent
être antagonistes. (Exemple : PGE2 (vasodilatation) vs PGF2 (vasoconstriction)).
Voies de signalisation de l’acide arachidonique
193 Année 2016 - 2017

5. Les acides gras insaturés ω3
Les acides gras polyinsaturés ω3 (acides arachidoniques avec une instauration de plus) sont
retrouvés dans certains régimes alimentaires. Ils vont biaiser le métabolisme des prostaglandines en
faveur d’une production de prostaglandines ayant une activité proinflammatoire plus faible. On trouve
une production de prostaglandines E3 et leukotriènes B5 au détriment des prostaglandines E2 et des
leukotriènes B4. Il n’y a pas d’arrêt de la production de prostaglandines pour autant, mais une
production de prostaglandines ayant une action moindre.
BILAN :
Les lipides alimentaires vont servir pour le stockage et à la production des lipides cellulaires.

UE 1
Les glucides
I. Généralités
Les glucides sont des composés aldéhydiques ou cétoniques d’un polyalcool. Ils ont donc de
multiples groupements « hydroxyles » (alcool primaire, secondaire).
II. Répartitions et fonctions

Le premier substrat de la glycolyse est le glucose (aldose à 6 carbones). Toutes les étapes qui
suivent sont réalisées dans le cytosol.
Fonctions énergétiques et nutritives

§ Stockage énergétique : ATP, graisse
§ Carburants : phosphorylation oxydative
§ Amidon (plante), glucose, saccharose, glycogène (mobilisation rapide par le foie et les
muscles en cas d’urgence)
§ Intermédiaire métabolique pouvant donner l’ATP (monnaie énergétique)
Elément de structure des parois cellulaires

§ Cellulose
§ Glycosaminoglycanes (GAG) : substance fondamentale retrouvée dans les cartilages
§ Peptidoglycanes : formant la paroi des bactéries
§ Glycoprotéines
Liaison avec les protéines et les lipides

§ Glycoprotéines, glycolipides (cérébrosides)
§ Rôle de reconnaissance à la surface des cellules
Constituants structures de l’ADN et de l’ARN

§ Riboses et désoxyriboses
III. Classification
A. les oses (glucides simples)
Les oses sont classifiés fonction de leur nombre de carbones et de la nature de leurs fonctions
carbonyles (aldéhyde ou cétonique) sont des aldoses et des cétoses.
195 Année 2016 - 2017

§ Aldose : CnH2nOn (ex : glycéraldéhyde) fonction aldéhyde +
alcool
§ Cétose : Cn (H2O)n (ex : dihydroyacétone) fonction cétone en
C2 + alcool
Exemple.
4 atomes de Carbones 4 atomes de Carbones

3 fonctions alcooliques
3 fonctions alcooliques
1 fonction cétonique
1 fonction aldéhydique
Les oses peuvent former des dérivés : les osamines.
B. les osides
§ les holosides : oses pouvant se ramifier via des liaisons glycosidiques
o oligosides : 2 à 10 carbones
o polyosides : plus de 10 carbones
§ les hétérosides : oses possédants une structure non glucidique (lipides, acides aminés)

UE 1
IV. Notion d’Isomérie

(Voir cours du Pr Nebois « Relations d’isomérie entre les molécules organiques).
§ Formule brute : définie par le nombre d’atome et le type d’atomes.
§ Formule développée : organisation ordonnée des atomes.
Formule développée du D glucose

(les étoiles correspondent aux carbones asymétriques).
§ Isomères : molécules présentant une même formule brute mais des formules développées
différentes.
o Isomères de constitution (ou de structure) : différent soit par leurs groupements

fonctionnels soit par l’ordre de leur atomes.
o Stéréoisomères : sont des isomères optiques. L’ordre des atomes est le même mais
différent par leur orientation dans l’espace.
§ Isomères de configuration : le type de liaison et l’ordre de liaison des atomes dans la molécules
sont les mêmes. La présence de carbones asymétrique, de double liaison ou de cycle entraine
des modification de l’orientation spatiale des atomes créant des isomères de configuration.
Ne tient pas compte des possibilités de rotation.
o Isomères Cis/trans (ou de géométrie) : différentes positions des groupements

attachés aux atomes d’une double liaison ou d’un cycle.
La forme trans est la plus économique énergétiquement : les

groupements hydroxyles sont orientés dans des directions
opposées limitant leurs interactions. Elles ont donc besoin de
moins d’énergie pour rester dans leur conformation.
197 Année 2017 - 2018

La forme Cis est souvent présente dans les acides gras
insaturés (AGI) : les groupements hydroxyles sont orientés dans la
même direction. La proximité des groupements nécessite une forte
énergie pour maintenir la conformation.
§ Enantiomères : isomères qui sont l’image l’un de l’autre dans un miroir mais non
superposables : ce sont des composés chiraux. Ils présentent des propriétés physiques
différentes dont le pouvoir rotatoire (inverses optiques). Les énantiomères possèdent au
moins un centre de chiralité qui est souvent un carbone asymétrique.
Pouvoir rotatoire : ils devient d’un certain angle le plan oscillatoire de la lumière polarisée.
• Dextrogyre : déviation à droite, le signe + précède la valeur de l’angle.

• Lévogyre : déviation à gauche de la lumière, le signe – précède la valeur de l’angle.
Un mélange racémique (équimolaire) correspond à une

concentration égale de chaque énantiomère D et L. Il est
inactif optiquement.
o Diastéréoisomères : isomères de configuration qui ne sont pas des énantiomères (pas

l’image l’un de l’autre dans un miroir), ils disposent au moins de 2 centres de chiralité. Ils
présentent des propriétés physiques différentes.
Ø Epimères : diffèrent par un 1 carbone asymétrique.
Ø Anomères : différent par un carbone asymétrique apparu à cause de la formation

d’un cycle.
Ils conditionnent les structures des oligosides, des glycoprotéines, des acides nucléiques.
§ Isomères de conformation (chaise, bateau, twist) : l’ordre des liaisons, le type de liaison
dans la molécule et l’organisation spatiale complète des atomes sont identiques. Par
rotation des atomes ou des groupements d’atomes d’une molécule autour d’une simple
liaison, de nouvelles organisations spatiales (les conformations) peuvent apparaître. Elles
diffèrent par les énergies de maintien.

UE 1
Exemple. - Isomères de conformation cycliques.
§ Forme bateau la moins stable

§ La forme twist est la forme intermédiaire
§ Forme chaise la plus stable
Les oses sont le plus souvent en chaise à cause de la disposition des groupements.
V. Structure linéaire des oses

A. Stéréoisomères
Ils ont la même formule mais ils diffèrent car ils ont un ou plusieurs carbones asymétriques.
2n Aldose Cétose
Triose 21 Pas de C*
Tétraose 22 21
Pentoses 23 22
Hexoses 24 23
B. Enantiomères : configuration L ou D
(Voir ci dessus)
199 Année 2017 - 2018

C. Epimères
Leur configuration spatiale diffère d’un carbone C*
Le D-glucose et le D-mannose sont épimères en C2.

Le D galactose et le D glucose sont épimères en C4.
VI. Structure cyclique des oses

Les formes cycliques sont les formes prédominantes en solution (glucose, fructose).
Les formes intermédiaire, linéaires sont très rare et représentent moins de 1% des formes
(correspondant au passage d’une forme cyclique à une autre).
Lors de la cyclisation Il y a l’apparition d’un nouveau carbone asymétrique qui a des fonctions
selon la position de OH.
A. Formation d’un hémiacétal intramoléculaire
La formation d’un hémiacétal intramoléculaire est due à la réaction entre l’aldéhyde (CHO) et la
fonction alcool (OH) en C5 qui forme donc un noyau.
§ noyau à 6 sommets correspond à une forme pyranose : liaison entre C1 et C5

§ noyau à 5 sommets correspond à une forme furanose : liaison entre C1 et C4 (forme
prépondérante du fructose).
Représentation linéaire Cyclique

OH à droite OH au dessous

UE 1
Exemple.- Cyclisation des oses par hémiacétalisation intramoléculaire : D-ribose (et D-

désoxyribose). Le carbone anomérique est vers le haut : forme anomère β.
Note : Β-D-ribofuranose est le composant intervenant dans l’ARN.
B. Formation d’un hémiakétal intramoléculaire
Série D Série L
Anomères α OH au dessous OH au dessus
Anomères β OH au dessus OH au dessous
La formation d’un hémikétal intramoléculaire est due à la réaction entre un cétose et un alcool.
§ noyau à 6 sommets correspond à une forme pyranose : liaison C2 et C6 (forme présente dans
le fructose mais qui reste rare).
§ noyau à 5 sommets correspond à une forme furanose : entre C2 et C5 .
Exemple. - cyclisation des oses par hémicétalisation intramoléculaire : D-fructose.
C. Un centre d’asymétrie supplémentaire
L’atome de carbone du carbonyle (qui est pris dans la réaction hémikétal).
D. Nouvelle isomérie
Les anomères a et b sont des isomères qui ne diffèrent l’un de l’autre que par leur configuration
au niveau du carbone hémiacétalique ou hémicétalique : ce sont des diastéréoisomères.
Ils sont importants pour les disaccharides, polyglycanes …
L’acide iduronique présent dans les glycosaminoglycanes est de la série L, le OH de l’anomère α

est donc au dessus.
En biochimie métabolique, on fait la distinction entre les 2 anomères (deux types de

polyosides) car leur métabolisme est différent dans la formation des liaisons osidiques :
§ chez les animaux supérieurs et l’homme : les polyosides formés par des liaisons osidiques entre
anomères α peuvent être dégradés car nous avons les enzymes spécifiques capables de
réaliser cette réaction de dégradation (capable aussi de les former). L’amidon et le glycogène
peuvent donc être dégradés en α-D-glucopyranose.
§ chez les ruminants du à la présence de bactéries dans leur intestin leur permet de couper des
liaisons β et donc la cellulose formant du β-D-glucopyranose. Contrairement aux hommes qui
ne sont pas capables de couper ces liaisons β. La cellulose correspond aux fibres, qui nous
permet de mieux digérer car on ne les coupe pas.
201 Année 2017 - 2018

En résumé pour les aldohexoses (dans la structure cyclique) :
§ 16 aldohexoses de série D (8 α-D et 8 β-D),

§ 16 aldohexoses de série L (8 α- L et 8 β-L).
Soit un total de 32 aldohexoses.
1. Oses en solution
§ D- glucose :
o anomère α-D-glucopyranose dans 1/3 des cas
o anomère β-D-glucopyranose dans 2/3 des cas
o forme linéaire < 1% (intermédiaire entre les deux
formes)
§ D-fructose :
o α-D-fructopyranose
o β-D-fructopyranose
o α-D-fructofuranose
o β-D-fructofuranose
Ces 4 possibilités dépendent de la molécule : la forme pyranose prédomine dans le fructose tandis
que la forme furanose est retrouvée dans les dérivés du fructose.
E. Conformation spatiale
Les formes cycliques présentent un encombrement particulier : conformation chaise, bateau du fait
de la géométrie tétraédrique des carbones asymétriques.
§ Forme en chaise :
o Substituants axiaux (H),
o Substituants équatoriaux (OH, CH2,OH).
§ Forme en bateau : nécessite plus d’énergie pour être maintenue.
§ Forme en enveloppe : pour l’ADN et l’ARN, tout est dans le même plan sauf le carbone
1.
Les dénominations des oses se font fonction d’un schéma précis :
1) Configuration du carbone de l’anomère,

2) Configuration de l’avant dernier carbone (à partir de la fonction aldéhyde),
3) Fonction Aldose ou cétose : longueur de la chaine et configuration des carbones
asymétriques restants,
4) La taille du cycle,
5) Fonction hémiacétalique libre.

UE 1
D-fructose sous forme cyclisée.
Dénomination des oses.
VII. Liaisons osidiques

A. Liaisons O-glycosidiques
L’acétylation consiste en la réaction entre un sucre et un alcool (phénol)
β -(1"4) β 1,4 Cellulose

α-(1"4) α 1.4 Glycogène
(chaine principale)
α -(1"6) α 1,6 Glycogène
(ramification)
Synthèse d’une molécule de glycogène à partir de plusieurs molécules d’UDP-glucose.
Le glycogène est une molécule ramifiée. Pour ajouter une molécule de glucose dans un polyoside
comme le glycogène, la molécule de glucose doit être activée, c’est-à-dire sous forme UDP glucose
(uridine di-phospho glucose). On obtient donc l’uracile, le ribose, les deux phosphates puis le glucose.
Suite à l’activation du glucose, le rajout est effectué grâce à la glycogène synthase :

formation d’une liaison à partir de l’extrémité non réductrice de la chaine de glycogène en 4 avec la
fonction réductrice du glucose formant une liaison α1-4 (vers le bas D-glucose) On aura donc encore
une extrémité non réductrice.
203 Année 2017 - 2018

B. Liaisons N-glycosidiques
Ce sont toujours des liaisons b.
Exemple. - Les liaisons β1‘-9 pour les bases puriques.
VIII. Exemple de sucres

A. Oses simples
Ils peuvent être modifiés par l’ajout de sucres ou de fonctions.
Exemple.- Ajout d’une fonction amine sur le Carbone 6 forme un hexosamine.
Note : Les monosaccharides sont des réducteurs.
B. Dérivés d’oses simples
1. Les hexosamines
La fonction hydroxyle en 2 est souvent remplacée par une fonction amine (NH2). Cette fonction
amine est souvent acétylée formant une liaison amide. Ces modifications entrainent la formation de
N-acétyl avec le dérivé d’oses correspondant.
2. Acide muramique
Formé de 9 carbones, il constitue la paroi bactérienne. L’acide muramique est un N-
acétylglucosamine éthérifiée en 3.
3. Acides neuraminique
Présents au niveau des parois des neurones. L’acide neuraminique aussi appelé acide sialique, est
constitué d’un mannosamine (mannose aminé) et d’un pyruvate (issu des glycolipides).
4. Acide hexuronique :
Présent dans les glycosaminoglycanes qui sont des répétitions de diholosides, composé d’un acide
avec un dérivé aminé. Les deux acides sont :
§ l’acide glucuronique aussi appelé D-glucuronate (Glc-UA),

§ l’acide iduronique aussi appelé L-iduronate (Ido-UA) (épimère du D-glucuronate).
C. Les oligosides
Sont appelés holosides, les glucides constitués d’au maximum 14 oses. Ils peuvent être
homogènes ou hétérogènes.
D. Diholosides
Ce sont 2 oses unis par une liaison O-glycosidique. Si les deux fonctions sont anomériques, elles
ne présentent pas d’extrémités réductrices. Si l’une des extrémités est libre, l’extrémité est réductrice.

UE 1
1. Saccharose (sucrose en anglais)

Il s’agit de l’assemblage d’un α-D-glucopyranose (glucose sous forme pyranose) et d’un β-D-
fructofuranose (fructose sous forme furanose).
La liaison se fait par les deux fonctions alcools anomériques (α glucose + βfructose).
Le nom complet est soit :
§ D-glucopyranosyl α1- β-D-2-fructofuranose (Glcp α1-2-β-fruf)
§ D-fructofuranosyl β2-1 α-D-glucopyranose (Fruf β 2-1 α -glcp)
Synthèse du saccharose. Savoir la fomule du saccharose.
Le saccharose, aussi appelé sucre de table est formé à partir des végétaux. Ce diholoside ne
présente pas d’extrémités réductrice : il ne change pas de couleur en présence de liqueur de Fehling.
Lors de la digestion, le saccharose est hydrolysé par la saccharase ou par la sucrose isomaltase.
2. Lactose
Il s’agit de l’assemblage d’un β-D galactopyranose avec un D-glucopyranose formant un D-
galactopyrasonyl – β(1"4)-D-glucopyranose (galap β1-4-Glcp).
Formule du lactose (à savoir).
Le lactose, réducteur par sa fonction du glucose, est contenu dans le lait (70g/L chez la femme,
ou 50 g/L chez la vache). Son hydrolyse est réalisée par la lactase intestinale, enzyme très abondante
chez le nourrisson mais qui diminue fortement à l’âge adulte le rendant difficile. Dans les produits
lactés fermentés, le lactose est déjà fermenté.
Galactosémie congénitale : pathologie due à un déficit en enzyme permettant la digestion du

lactose. Le lactose est donc interdit dans cette pathologie.
Synthèse du lactose.
205 Année 2017 - 2018

3. Maltose
Il s’agit de l’assemblage de deux molécules de glucose, aussi appelé D-glucopyranosyl-α(1-4)- D-
glucopyranose (Glcp-α-1-4-Glcp). Le maltose est une molécule réductrice car présente une fonction
hydroxyle (OH) libre. Le maltose est le produit de l’hydrolyse de l’amidon par l’amylase pancréatique.
Le maltose est ensuite hydrolysé par la maltase (α-D-glucosidase) formant du glucose.
Attention : les enzymes humaines ne peuvent hydrolyser que les liaisons de type a, c’est pourquoi le
cellulose (liaison b) n’est pas digérer et reste sous forme de fibres.
Formule du Maltose (à savoir).
4. Autres dérivés :
Les autres dérivés sont nombreux et sont des intermédiaires de dégradation souvent des
oligosaccharides (amidon, cellulose).
Les oligosaccharides variés et complexes provenant de la dégradation des glycoconjugués, du lait et
présentent un rôle protecteur.
Certains antibiotiques de la famille des glycosides et aminoglycosides comme la Kanamycine ou la
streptomycine traitant la tuberculose dérivent des glucides.
Polyosides homogènes
Ils sont nommés d’après le sucre polymérisé : fructosanes, galactanes, glucosanes…
1. Glycogène
Il est la forme de stockage rapidement mobilisable du glucose mais constitue une réserve
d’énergie faible par rapport aux besoins : permet à l’organisme de fonctionner. La véritable réserve
d’énergie du corps humain est le lipide.
Les catécholamines et le glucagon mobilisent rapidement le glycogène et le dégrade. Il est

présent surtout dans le foie (75 à 100g), le muscle (150g) et un peu dans le rein.
Le glycogène entre dans la régulation de la glycémie et dans la fourniture du glucose en cas

d’hypoglycémie. Dans le muscle, il va fournir le glucose qui va être métabolisé pour donner de l’énergie
(ATP) tandis que dans le foie, il va donner du glucose qui va sortir pour alimenter les différents organes.
C’est un polymère ramifié de résidus de glucose (PM de 2 à 5 millions). Les chaines principales
possèdent des glycosidiques α 1,4 tandis que les ramifications sont créées par des liaisons α 1,6 :
§ Tous les 9 résidus on a une ramification réalisée par l’extrémité non réductrice en 4,
§ Entre chaque ramification il y a 4 résidus glucose.

UE 1
Molécule de glycogène.
Dans le glycogène il y a une seule extrémité réductrice, tout le reste est non réducteur par les
ramifications. Lorsque le glycogène est présent en forte quantité dans l’eau, il y a formation de
granules.
2. Amidon
Il constitue une forme de réserve du glucose. Ce polyoside est constitué de glucose relié par des
liaisons α 1,4. Il est essentiellement présent dans les plantes. Il est constitué de deux types de chaines :
§ Amylose : longues chaines non ramifiées,

§ Amylopectine : contient des ramification α 1-6, très dense : PM 10 millions.
3. Cellulose
Forme de réserve du glucose sous forme de polymère présent au sein des plantes. Il est forme de
liaisons β (1-4) entre des molécules de D-glucopyranose. Le cellulose est non métabolisés par l’homme
alors que l’amylopectine peut être métabolisé.
Formule de la cellulose.
Elle est composée d’environ 10 000 à 15 000 unités de glucose et s’organise en chaines droites,
parallèles et décalées et elle confère une certaine rigidité et résistance aux parois de cellulose
végétales. La cellulose constitue le papier, des fibres textiles naturelles et des fibres semi-synthétique.
Polyosides hétérogènes
Ce sont des ensembles d’oses différents
§ Polyosides des bactéries : sont formés de N-acétylglucosamines et de N-acétylmuramate

§ Les agents de texture et les fibres alimentaires comme les pectines ou les agars
207 Année 2017 - 2018

Hétérosides
Ils correspondent à l’assemblage d’un ose avec une partie non glucidique aussi appelée aglycone.
Ils représentent un groupe très varié et sont abondants dans les produits végétaux.
Très variés et abondants dans les produits végétaux
1. avec une liaison O –glycosidique

Ces hétérosides présentent une partie osidique associée à une fonction alcool ou phénol.
• Hétérosides de stérols comme la Digitaline et possédant un rôle dans la dilatation des

vaisseaux
• Flavonoïdes : présentant des Propriétés anti-oxydantes
• Phyto-oestrogènes : peuvent entrainer des anomalies (ambiguïté, hypomasculinisation) et
Minimisent l’action des oestrogènes. Il y a par exemple les isoflavonoïdes, dans le soja.
2. S-hétérosides
Ce sont des hétérosides présents dans le cresson ou la moutarde et présentant une fonction
aglycone qui est un thiol.
3. N- hétérosides
Présents au sein des nucléotides, ils forment des liaisons avec les dérivés amines .
IX. Peptidoglycanes
Ce sont les polyosides de la paroi bactérienne formés d’une répétition d’un diholoside : Le N-
acétylglucosamine relié à un N-acétylmuramate par une liaison β-4
Peptidoglycane.
Ce type de peptidoglycane est solide car ces polyosides sont reliés par des morceaux peptidiques.
L’hydrolyse des parois bactériennes est réalisée par les lysozymes.
X. Protéoglycanes
Les protéoglycanes sont constitués en proportion variables d’unités protéiques et d’unités
polyosides tels que les Glycosaminoglycanes.

UE 1
GPI : glycosylphosphatidylinositol constitué du phosphatidylinositol qui lie une protéine à l’extérieur en évitant la
dégradation et ajoute de la résistance avec les ponts disulfures.
A. Glycosaminoglycanes (GAG)
1. Unités diholosidiques répétitives sulfatées

Il s’agit de la répétition d’un acide hexuronique de type D-glucuronate (GlcA) ou L-Iduronate
(IdoA) avec un hexosamine (Glucosamine, Galactosamine, N acétylglucosamine, dérivés sulfates…).
La sulfatation des oses peut se faire sur les carbones 2, 4,6.
Exemple. - L’acide Glucuronique-N-acétylglucosamine-6 -sulfate associé par une liaison β.
Les unités diholosidiques sont reliées par des liaisons O-glycosidiques.
2. Site d’ancrage trioside :

A côté de l’unité diholoside répétée, se trouve le site d’ancrage composé de 3 oses reliés par une
liaison O-glycosidique au support protéique ici une sérine.
B. Glycosaminoglycanes : polymères simples
1. Acide hyaluronique :
Aussi appelé [-4) Glc A (β1-3) Glc NAc (β1 -]n, l’acide hyaluronique est le seul GAG qui ne présente
pas de 0 sulfatation. Il entre dans la constitution de la matrice extra-cellulaire, base de la susbtance
du milieu où se trouvent les cellules. Les liaisons entre les deux oses du diholoside sont de type β1-3,
la liaison entre les deux diholosides est de type β 1-4.
209 Année 2017 - 2018

Formule de l’acide hyaluronique.
2. Chondroïtine sulfate
Aussi appelé [-4) GlcA (β1-3) Gal NAc (β1-]n ,le chondroïtine sulfate est retrouvé au sein des
cartilages souvent sous forme sulfatée en 6. La sulfatation de l’acide glucuronique est en 2, celle du
galactose en 4 ou 6.
Formule du Chondroïtine sulfate.
C. Glycosaminoglycanes : copolymères
1. Dermatane sulfate :
Aussi appelé [-4) D Glc A (β1-3) Gal NAc (β1-]n, l’acide glucuronique peut parfois être remplacé
par l’acide L-iduronique. La sulfatation peut se faire en 2 sur l’acide glucuronique ou iduronique, en 4
et 6 sur le galactose.
Formule du Dermatane sulfate.
ATTENTION : du fait que l’acide Iduronique est de type L et

non D comme les autres oses, la liaison au sein de l’unité
diholosidique est de type a1,3.
Une liaison L-a = D-b.

UE 1
2. Héparine /Héparane sulfate :
Formulation de l’héparane sulfate.
La sulfatation peut avoir lieu en 2 sur l’acide glucuronique ou iduronique, en 3 et 6 sur l’acide N-
acétylglucosamine.
On observe également :
• Des N-déacétylation au niveau de la fonction amine,

• Des N-sulfatation au niveau de la fonction amine,
• Des O-sulfatation au niveau des fonctions alcooliques OH,
• Des C5 épimérisation du glucose, de l’acide glucuronique ou en N-iduronate (épimère).
Formule Héparine et Héparane Sulfate.
Fonction de l’état de sulfatation on peut distinguer l’héparine de l’héparane sulfate car

l’héparane sulfate est peu sulfaté.
Héparine Héparane sulfate

§ Le taux de N sulfaté glucosamine et de L § Plus de 50% du N-acétylglucosamine est non
iduronate est supérieur à 80% modifié
ÖÜwáàâä ÖÜwáàâä
§ Le rapport : > 1,5 § Le rapport : = 0,5-0,8
ãåçvwvÖåãä ãåçvwvÖåãä
L’héparine est très sulfatée
o Tétrasaccharide de l’héparane sulfate :
Il s’agit d’un tétrasaccharide donc constitué de 4 oses : le L- iduronate (O-sulfaté), le bis-sulfate

glucosamine, le glucuronate et le N-acétyl glucosamine sulfate.
Tétrasaccharide de l’héparane sulfate.
211 Année 2017 - 2018

3. Kératane sultate :
Aussi appelé [-3) Gal(β1-4)GluNAc(β1-], peut être sulfaté sur son galactose et son glucose en 6.
D. Fonction des protéoglycanes

Les protéoglycanes, sont des polyanions présentant des fonctions acide carboxylique et sulfates
qui fixent l’eau et les cations. Ils forment la substance fondamentale des cellules et des espaces
extracellulaires, et rend les cartilages un peu mou et souple. Ainsi ils déterminent les propriétés visco-
élastiques des tissus (articulations).
E. Exemple d’un protéoglycane
§ Nom : agrécane
§ Origine du nom : forme des agrégats avec l’acide hyaluronique (glycosaminoglycanes)
§ Protéine cœur : 220 kDa
§ GAG (90% du PM) : mélange de : chondroïtine sulfate, kératane sulfate.
§ Localisation : cartilage (50mg / ml)
§ Interaction : protéine de liaison, acide hyaluronique
§ Fonction : hydratation, récepteurs aux forces compressives dans le cartilage
Formule du Kératane sulfate.
Aggrécan : le trait violet correspond aux protéines, son poids moléculaire est important. La partie
protéique de ce protéoglycane va se mettre sur un autre GAG qui est l’acide hyaluronique composé de
répétitions diholosidiques. De petites protéines (de liaisons) permettent de stabiliser une portion de
cet ensemble. Cet ensemble moléculaire important est retrouvé dans les cartilages pour son
hydratation et sa souplesse.
Aggrécan.

UE 1
F. Classification
§ Nom (origine du nom),
§ Protéine (cœur),
§ GAG,
§ Localisation,
§ Fonction,
§ Interaction avec d’autres GAG ou protéines.
G. Protéoglycanes extracellulaires :
1. Formant des agrégats interstitiels

§ Agrécane,
§ Versicane (265 kDa, retrouvé dans les fibroblastes de la peau et des vaisseaux),
§ Neurocanne (retrouvé dans le cerveau),
§ Brévicanne (dans le cerveau, structure courte, 99 kDa, prédominance de chondroïtine sulfate,
tissu nerveux).
è Ce sont d’énormes agrégats qui sépare les cellules, les hydratent et aussi pour avoir un espace
interstitiel important.
2. Petits protéoglycanes interstitiels riches en leucine :

§ Décorinne (collagène, 40 kDa, 1 Chondroïtine ou dermatane sulfate, ubiquitaire),
§ Biglycanne (collagène, 40 kDa, 2 Chondroïtine ou dermatane sulfate, ubiquitaire),
§ Fibromoduline (idem, 4 Kératane Sulfate),
§ Lumicanne (idem , 4 KS , cornées, valves cardiaques).
è On les retrouve un peu partout, ubiquitaire.
3. Lames basales :
§ Perlécane (aspect en collier) : 400 kDa très grande, 3 à 4 KS en N-term, retrouvé au niveau de
la laminine ou collagène IV, qui sont des fibres. Elle n’a pas beaucoup de GAG.
§ HSPG, autres voisines du perlécane : retrouvé au niveau des membranes glomérulaires dans
le rein permet la filtration glomérulaire lors du passage des urines. Les petites molécules, les
ions passent mais les protéines sériques (chargé +) sont bloquées pour éviter élimination
(barrière anionique).
H. Protéoglycanes membranaires : syndécannes

1. Avec ancrage hydrophobe (insérés dans la membrane)
§ Syndécanes 1 à 4.
§ b-glycane (TGFβ).
Il permet la transmission de messages par intermédiaire de récepteur TGFβ, sérine thréonine sous
forme hétérodimère. Lors que la β-glycane est muté (1/3 des cas) il est responsable de la maladie
Rendu-Osler du fait que le TGFβ ne peut pas être présenté à son récepteur.
Note : la maladie de Rendu Osler est causée par le TGFb et est caractérisée par des atteintes
vasculaires.
213 Année 2017 - 2018

2. Avec ancrage par un glycosylphosphatidylinositol
§ Glycipane.
I. Protéoglycane intracellulaire
§ Serglycine : présente une activité protéases et interagit avec les histamines dans les
mastocytes.
J. Pathologies
Il existe un renouvellement permanent des protéoglycanes : la resynthèse est induite par la
dégradations des anciennes.
1. Maladie de Hunter et de Hurler :

Ces deux maladies sont dues à des mutations enzymatiques entrainant une anomalie de
dégradation des glycosaminoglycannes. On observera une accumulation d’héparane et de dermatane
sulfate au sein des lysosomes. La dégradation de l’héparane et du dermatane sulfate se déroule en
deux étapes :
§ 1ère étape : Action de l’iduronate sulfatase ayant pour rôle de retirer les sulfatations présentes
sur les diholosides (si les sulfates, les glycosaminoglycanes ne peuvent être dégradés).
Une mutation sur cette enzyme est responsable de la maladie de Hunter, maladie récessive
liée à l’X.
§ 2ème étape : Action de l’ α-L-iduronidase, enzyme ayant pour rôle de cliver la liaison avec l’acide
L-iduronique au sein du diholoside.
Une mutation sur cette enzyme est responsable de la maladie de Hurler, aussi appelée
gargolysme, est une maladie autosomique récessive. Du fait de l’accumulation de
protéoglycanes dans les tissus comme rein, cerveau cela entraine leur destruction
progressive.
Le traitement actuel consiste en la perfusion d’enzymes fabriquées par génie génétique mais
celles-ci ne passent pas la barrière méningée ce qui entraine une accumulation de ces
enzymes au sein du cerveau mais le pronostic ne reste pas bon.
XI. Glycoprotéines
A. Chaine peptidique
C’est sur cette chaine qu’on observera la fixation des ramifications glucidiques.
B. Ramifications glucidiques
1. Constituants
§ Monosaccharides : comme le D-glucose, le D-Galactose, Le D-mannose, et le L-Fucose (6-
désoxy-L-galactose) s’associent ensemble.
Le Galactose est épimères en 2 du glucose,

UE 1
Le D-mannose est épimères en 4 du glucose.
§ Glycosamines: Ce sont souvent des dérivés sulfatés ou acétylés comme le N-acétylglucosamine

(GlcNAc) ou le N-acétylgalactosamine (GalNac).
Exemple.- l’acide N-acétylneuraminique aussi appelé acide sialique.
L’acide sialique.
Il est abondant dans le cerveau présente en C9 un groupement COO- , provient du mannose, c’est
un acide composé de 9 carbones.
C. Les liaisons O—osidiques

Elles ont lieu uniquement dans l’appareil de Golgi, sur la sérine et la thréonine (Cf Cours Mme
Moyret-Lalle sur les Acides Aminés).
La O-glycosylation peut aussi avoir lieu sur les hydroxylysine du collagène.
D. Liaisons N-glycosidiques
Les Liaisons N-glycosidiques ont lieu dans l’appareil de Golgi ainsi que dans le Réticulum
endoplasmique.
Attention les N-glycosylation ne sont réalisable que sur le motif :
Asn-X-Ser ou Asn-X-Thr où X ne peut pas être la Proline (Pro).
A noter : Dans le cas où la protéine est cytosolique, la protéine ne peut pas être glycosylée même
s’il y a ce site. La plupart des protéines rentrent dans le RE, pour être N-glycosylé, passe dans le golgi
puis sont sécrétées dans le milieu extra cellulaire (sang, surface cellulaire).
Greffe d’un oligosaccharide préformé sur un résidu lipidique : le dolichol phosphate (le phosphate
permet l’activation de l’oligosaccharide).
§ Dans le cytosol : ajout de 2 N-acétylglucosamine puis de 5 mannoses,

§ Dans le Réticulum endoplasmique : ajout de monosaccharides pour former du N-acétyl-
glucosamine 2-mannose-9-glucose-3-dolichol phosphate (GlcNac2Man9Glc3-DolPP),
§ Dans le golgi : élagage puis rajout par des glycosyl transférases.
Les sucres pour être rajoutés sur le dolichol phopshate, les sucres doivent être activés :
§ GTP (fucose, mannose),

§ CTP (acide sialique),
§ UTP (pour tous les autres oses).
215 Année 2017 - 2018

Il faut qu’il y ait un dolichol, répétition de lipides se trouvant dans les membranes du RE. Ce dolichol
phosphate va prendre du N-acétyl glycosamine dans le cytosol puis l’ajouter sur un mannose. Ensuite,
il y a le changement d’orientation de ce dolichol vers la lumière du RE, et la formation de ce produit
avec deux N-acétylglucosamine, 9 mannoses, et un glucose. Puis dans le Golgi, il va y avoir des
modifications de ces ramifications : élagage par des glycosyl transférases.
Les sucres pour être rajoutés doivent être activés par du :
§ GTP (fucose, mannose),

§ CTP (acide sialique),
§ UTP (tous les autres oses) comme le glucose vers
glycogène.
Résultats :
Obtention d’une Protéine N-glycosylée contenant plus ou moins de mannose formant le motif
pentasaccharides de base.
Le motif pentasaccharide de base contient 3 types de chaines N-glycaniques (sucres sur la

protéine) qui sont :
§ Riche en mannose.
§ Type complexe : N-acétylglucosamine, N-acétylgalactosamine, L-fucose (avec acide sialique).
§ Intermédiaire (mélange de mannose).

UE 1
E. Formation dans le RE et le complexe de Golgi
Les glycoprotéines se forment par des liaisons O-glycosidiques dans le Golgi ou par des liaisons N-
glycosidiques de manière progressive dans le RE puis dans le golgi (modifications) fonction d’une
séquence précise permettant à la protéine d’obtenir sa conformation correcte.
Il existe des maladies génétiques dues à des mutations sur les glycosyltransférases : du fait de leur
déficit, on observe un mauvais adressage.
F. Rôles
§ Passif :
- protection contre les protéases (dans le sang essentiellement).
- stabilisation de la structure.
§ actif :
- signaux de reconnaissance = rôle particulier de ces glycoprotéines pour des
récepteurs « Lectines »
Exemple : Dans la famille des lectines, il y a les sélectines présentent dans les leucocytes ainsi que
les cellules endothéliales. Les lectines virales, interviennent dans ces phénomènes.
217 Année 2017 - 2018

UE 1
Stéroïdes
Rédigé à partir du cours du Dr MOREL
I. Introduction : les isoprénoïdes

Les stéroïdes proviennent d'un groupe de lipides nommés les isoprénoïdes, famille de lipides
hétérogènes qui possèdent une base commune qu'est l'isoprène. Ils sont fonctionnels et très utiles à
l'organisme.
Le nom IUPAC d’un isoprène est 2-méthyl-1,3-butadiène, il s'agit :

§ d'un butane, c’est-à-dire un alcane à 4 atomes de carbone,
§ d'un diène, c'est-à-dire une molécule à deux doubles liaisons.
Structure de l'isoprène.
Il existe deux voies de synthèse utilisant les isoprénoïdes :
§ Les terpènes, synthétisés à partir de l’accrochage linéaire de plusieurs isoprènes. Ils sont
utilisés pour former les vitamines liposolubles : la vitamine A (ou rétinol tout trans), la
vitamine E (ou tocophérol), la vitamine K. Les terpènes peuvent aussi former l'ubiquinone
(ou coenzyme Q10) qui possède un rôle dans la phosphorylation oxydative.
§ la formation du cholestérol assemblant six isoprènes (plicature) qui se cycliseront pour

le former. Ce cholestérol pourra ensuite être éliminé par les acides biliaires ou utilisé
pour la synthèse des stéroïdes.
II. Généralités sur les stéroïdes

La biosynthèse des stéroïdes
Les stéroïdes possèdent plusieurs lieux de biosynthèse :
§ la glande surrénale est le lieu de biosynthèse le plus important, il permet de former la

plupart des hormones stéroïdes. Nous ne pouvons vivre sans surrénale.
§ les gonades permettent surtout la formation des hormones stéroïdes sexuelles c'est-à-
dire les androgènes et les œstrogènes.
§ le placenta synthétise notamment la progestérone, essentielle au maintien du fœtus

dans l'organisme de la mère.
§ le cerveau par le biais des neurones et des cellules gliales, synthétise les neurostéroïdes
qui posséderaient un rôle dans le vieillissement.
Certains organes sécrètent des stéroïdes actifs du point de vue physiologique, et d'autres
sécrètent des stéroïdes inactifs nommés précurseurs qui seront transformés en périphérie en stéroïdes
actifs (comme la testostérone). Les stéroïdes sont dégradés essentiellement dans le foie.
219 Année 2017 - 2018

Les stéroïdes biologiquement actifs : hormones
Tous les stéroïdes n'ont pas forcément un rôle biologique actif. En effet, certains intermédiaires
de synthèse n'ont pas d'effet biologique observable (17-OH-prégnénolone, 17-OH-progestérone).
De plus, parmi les stéroïdes actifs, tous n'ont pas la même efficacité, ce sont surtout les produits
finaux qui sont actifs. Nous pouvons tout de même regrouper les stéroïdes en familles possédant une
action biologique similaire :
§ les glucocorticoïdes (chef de file = cortisol) sont des stéroïdes à 21C ayant des actions
anti-inflammatoire, hyperglycémiante, anabolisante et immunosuppressive.
§ les minéralocorticoïdes (chef de file = aldostérone) sont des stéroïdes à 21C permettant
une rétention hydro-sodée au niveau du rein, et ainsi une augmentation de la volémie
dans le secteur sanguin.
§ les progestatifs (seul progestatif naturel = progestérone) possèdent également 21C et
inhibent la sécrétion des hormones sexuelles (androgènes autant qu'œstrogènes) et sont
donc utilisés comme moyen de contraception dans la pilule.
§ les androgènes possèdent 19C.
§ les œstrogènes possèdent 18C.
La numération des carbones des stéroïdes est un peu compliquée car ce sont de longues
molécules mais elle ne change pas d'un stéroïde à l'autre car le squelette est toujours le même.
Numérotation des carbones des stéroïdes.
III. Cholestérol et première étape de la stéroïdogenèse

La structure du cholestérol
Le cholestérol est une molécule à 27C avec un noyau cyclo-pentano-phénathrène et une chaîne
latérale aliphatique hydrophobe.
Structure du cholestérol.

UE 1
Le cholestérol possède :
§ une double liaison entre ses carbones 5 et 6 : nous le nommons r5.
§ un fonction OH en 3 le rendant plus hydrophile et permettant la liaison à un acide gras
(le cholestérol est alors nommé cholestérol estérifié).
On peut donc le retrouvé sous deux formes dans l’organisme, libre ou estérifié à un acide gras
(forme de stockage).
Le devenir du cholestérol
Le cholestérol est ubiquitaire et possède plusieurs devenir dans l'organisme, à savoir :
§ la stabilisation des membranes cellulaires par interaction avec les acides gras grâce à sa
tête polaire (OH), sa structure plane et rigide en noyau cyclo-pentano-phénathrène et sa
chaîne aliphatique très hydrophobe.
§ la formation des acides biliaires.
§ la synthèse des hormones stéroïdes.
La première étape de la stéroïdogenèse

Pour faire entrer le cholestérol dans la voie de biosynthèse des hormones stéroïdes, il faut une
étape qui empêchera tout retour possible aux autres voies.
Cette étape correspond à son entrée dans la mitochondrie, lieu de synthèse des stéroïdes dans
la cellule, puis à sa transformation en prégnénolone par le cytochrome P450 SCC (Side Chain Cleaving)
qui va clivé la chaine latéral du cholestérol.
Trajet du cholestérol dans la cellule.
221 Année 2017 - 2018

§ Dans le cytoplasme des cellules stéroïdogéniques, le cholestérol arrive soit par synthèse
endogène (dans le réticulum endoplasmique), soit par l'alimentation à partir des LDL
présents dans le sang qui se fixent sur leur récepteur.
Pathologie Ù Hypercholestérolémies familiales. – La mutation du récepteur aux LDL à l'état

hétérozygote (et plus rarement à l'état homozygote) est responsable d'hypercholestérolémie.
§ La synthèse d'hormones et notamment de glucocorticoïdes est activée par l'ACTH.

Lorsque l'ACTH (Adéno-Cortico-Trophique Hormone) se fixe sur son récepteur à 7
passages transmembranaires, nous avons une stimulation la stéroïdogenèse.
§ Le cholestérol est ensuite transporté dans la mitochondrie par l'intermédiaire de la

protéine StAR qui ne transporte que le cholestérol libre (le cholestérol estérifié est au
préalable séparé de son acide gras par une cholestérol-estérase).
§ Au niveau de la membrane interne de la mitochondrie, nous retrouvons le cytochrome

P450scc ou CYP11A1 qui catalyse la réaction de transformation du cholestérol (C27) en
prégnénolone (C21) :
- l'enzyme hydroxyle le cholestérol en C20 et C22 puis clive la chaîne latérale en
C21. Nous aboutissons à la prégnénolone plus la chaîne latérale hydroxylée.
- chaque hydroxylation nécessite à chaque fois des électrons. Un mécanisme est
donc couplé à cette enzyme pour fournir des électrons. Une molécule
d'adrénodoxine réduite donne des électrons et devient oxydée. Elle est alors
prise en charge par une adrénodoxine-réductase qui prend les électrons à un
NADPH pour régénérer de l'adrénodoxine réduite qui pourra ensuite redonner
des électrons. La synthèse de prégnénolone consomme ainsi des NADPH.
Entrée du cholestérol dans la mitochondrie et première étape de la stéroïdogenèse.
Cas clinique de Prader Ù Hyperplasie lipoïde des surrénales. – Le cas présenté par le Dr Prader
était une fille de phénotype féminin mais de caryotype masculin (46, XY) décédée à 6 mois de
déshydratation aigüe avec perte de sels à la naissance car elle n'avait ni aldostérone, ni cortisol.
Il y avait accumulation de cholestérol dans les surrénales sous forme de gouttelettes à l'origine
d'une augmentation de volume. La protéine mutée dans 80% de ces cas est la protéine StAR qui :
§ possède une demi-vie de quelques minutes,
§ est stimulée par la LH, et l'ACTH.
§ est exprimée dans les surrénales et les gonades (pas dans le placenta, ce qui n'empêche
pas la synthèse de progestérone pour la grossesse).

UE 1
En cas de déficit en P450scc, il n'y a plus de synthèse de stéroïdes, celle-ci est bloquée au point
d'entrée. Nous avons ainsi accumulation de cholestérol dans la surrénale d'autant que la perte
hormonale de l'organisme entraîne son enclin à en synthétiser davantage en synthétisant de
l'ACTH (perte de rétrocontrôle négatif). Il existe un risque vital par l'absence de synthèse
d'hormones importantes : le cortisol et l'aldostérone.
IV. Structure des surrénales fœtale et adulte

La surrénale est répartie en différentes zones assez bien délimitées ayant chacune un rôle bien
défini dans la synthèse des hormones stéroïdes.
La surrénale fœtale est assez différente de la surrénale adulte, bien qu'elle ait déjà sa taille
définitive. Elle comprend :
Structure de la surrénale fœtale.
§ une zone fœtale qui représente 80% de son épaisseur. Elle sécrète du DHEA
(déhydroépiandrostérone) et le DHEAS (forme sulfatée de stockage) qui seront
métabolisés par le placenta pour continuer la grossesse. Cette partie fœtale aura
totalement régresser chez l'adulte.
§ une zone transitoire qui évoluera pour donner la médullo-surrénale.
§ une zone définitive représentant 20% de son épaisseur et sécrétant d'ores et déjà de
l'aldostérone et du cortisol, composés essentiels à la vie. Elle proliférera à la naissance
pour donner la corticosurrénale.
223 Année 2017 - 2018

Chez l'adulte, nous distinguons la medulla - au centre - qui produit les catécholamines
(noradrénaline et adrénaline) et la corticale - en périphérie - qui produit les stéroïdes. La corticale
comprend trois zones peu délimitées histologiquement :
§ la zona glomerulosa - la plus périphérique - produit l'aldostérone ;
§ la zona fasciculata - intermédiaire - produit le cortisol ;
§ la zona reticularis - la plus interne - produit le DHEA, c'est-à-dire les androgènes

surrénaliens.
Cette différence de production est due à un équipement enzymatique différent selon la zone
dans laquelle se trouvent les cellules.
Structure de la surrénale adulte.
V. Synthèse des stéroïdes

Synthèse du cortisol (zona fasciculata ou zone fasciculé)
Le cortisol est produit au niveau de la zone fasciculée.
Concentration sanguine = 300 à 500 nmol/L.
Remarque. – Retenez surtout l’ordre de grandeurs, il n’y pas de piège sur les chiffes.
La synthèse de cortisol se réalise en quatre étapes à partir de la prégnénolone en passant par des
intermédiaires inactifs, nous avons :
§ hydroxylation en C17 par la 17-α-hydroxylase (CYP17) donnant la 17-OH-prégnénolone.
§ réduction du groupement hydroxyle (déshydrogénase) et déplacement de la double

liaison entre C4 et C5 (r4) (isomérase) par la 3β-HSD donnant la 17-OH progestérone.
Remarque. – Nous pouvons également obtenir la progestérone en utilisant la HSD3B2 puis la

transformer en 17-OH-progestérone par CYP17. (On change l’ordre des réactions précédentes).
§ hydroxylation en C21 par la 21-hydroxylase (P450C21 ou CYP21A2) permettant la

formation du 11-désoxycortisol.
§ hydroxylation en C11 par la 11β-hydroxylase (P450C11 ou CYP11B1) donnant le cortisol.

UE 1
Synthèse du cortisol.
Pathologie. – La non-hydroxylation sur le C17 au début entraîne la formation de corticostérone

nommée B car elle est aussi synthétisée dans la voie de l'aldostérone mais est alors nommée A.
Synthèse de l'aldostérone (zona glomerulosa)

L'aldostérone est produite dans la zone glomérulée.
Concentration sanguine = 30 à 100 pmol/L
Notion importante. – Notez que le cortisol et l'aldostérone utilisent les mêmes récepteurs : le
cortisol possède ainsi une action minéralocorticoïde et inversement l'aldostérone une action
glucocorticoïde. Or, le cortisol est en concentration environ 1000 fois supérieure à l'aldostérone
lui permettant en théorie de bloquer les récepteurs face à l'aldostérone.
Ce n'est pas le cas parce que les tissus où l'aldostérone agit expriment une enzyme (11β-HSD) qui
inactive le cortisol en cortisone par transformation du groupement OH en C11 en groupement
cétone. L'aldostérone peut alors agir librement.
La synthèse d'aldostérone suit une voie parallèle à celle du cortisol :
Synthèse d'aldostérone.
225 Année 2017 - 2018

Remarque. – Nous n'avons pas d'hydroxylation en C17 par la 17-α-hydroxylase (P450C17) au début
mais les étapes de synthèse réalisées ensuite sont similaires.
§ réduction du groupement hydroxyle et déplacement de la double liaison entre C4 et C5 ( r4)

par la 3β-HSD pour donner la progestérone
§ première hydroxylation en C21 par la P450C21 (21-hydroxylase) formant la DOC ou 11-désoxy-

corticostérone
§ action de l'aldosynthase (P450C18 ou CYP11B2) possédant trois actions :

- hydroxylation en C11
- hydroxylation en C18
- réduction en C18
L'existence des deux voies de synthèse (qui conduisent à la corticostérone dans la zone fasciculée
ou à l'aldostérone dans la zone glomérulée) est due à l'existence de deux enzymes très proches issues
de deux gènes présents sur le chromosome 8 :
§ CYP11B1 ou P450C11, régulé par l’ACTH.
§ CYP11B2 ou P450C18 permettant la formation d'aldostérone par des activités

enzymatiques supplémentaires, régulé par la rénine.
Ces enzymes sont présentes au niveau de la mitochondrie. Nous avons 35 acides aminés
différents entre les deux enzymes mais seulement deux AA sont responsables de l'activité enzymatique
et donc de la synthèse d'aldostérone ou de cortisol.
En résumé, ces deux voies sont très intriquées et leur séparation est due à des différences
d'activité enzymatique.
Synthèse d'aldostérone.

UE 1
Pathologies Ù Mutations. – Des mutations dans les gènes codant pour ces enzymes peuvent avoir
des conséquences dramatiques :
§ le gène CYP11B1 est atteint dans le déficit en 11β-hydroxylase bloquant totalement la
synthèse de cortisol et de corticostérone.
§ le gène CYP11B2 est atteint dans le déficit de la synthèse de l'aldostérone provoquant une
déshydratation par perte de sels dans les urines.
Recherche de mutations.
Les deux premières colonnes sont les colonnes témoins, avec les produits normaux formés par
chaque enzyme. Les mutations R173K, E198D et V386A entraînent une augmentation de la DOC
et de la 18-OH-B et une diminution de la synthèse d'aldostérone. Elles impactent donc
l'aldosynthase entraînant une accumulation de DOC.
Remarque. – Ce type d’analyse vous est fréquemment demandé au concours.
Synthèse des androgènes inactifs : DHEA et r4-androstènedione

Des androgènes inactifs, précurseurs de la testostérone, sont sécrétés dans la zone réticulée. Ce
sont des stéroïdes qui possèdent 19 carbones.
Repartons de la prégnénolone :
§ Formation de la 17-OH-prégnénolone par l'activité 17-α-hydroxylase de la P450C17 ;
§ Formation du DHEA par l'activité 17-20-lyase de la P450C17 :

- liaison des carbones C17 et C20,
- transfert du groupement cétone sur C17,
- clivage de C20 et C21.
§ Formation de la r4-androstènedione par l'action de la HSD3B2.
Nous pouvons également passer par la voie de la progestérone :
§ Formation de la progestérone par l'action de la HSD3B2 ;
§ Formation de la 17-OH-progestérone par l'activité 17-α-hydroxylase de la P450C17 ;
§ Formation de la r4-androstènedione par l'activité 17-20 lyase de la P450C17.
227 Année 2017 - 2018

Synthèse des androgènes (inactifs).
Rétrocontrôle et activation de synthèse

Les hormones surrénaliennes sont régulées par un système de rétrocontrôle.
Régulation du cortisol
Le rétrocontrôle du cortisol a lieu au niveau de l'axe hypothalamo-hypophysaire (cerveau).
L'hormone de régulation du cortisol est l'ACTH.
Lorsque la concentration du cortisol circulant augmente, le taux d'ACTH diminue (et

inversement). L'ACTH agit en stimulant toutes les étapes de la stéroïdogenèse dans les zones
fasciculée et réticulée depuis la cholestérol-estérase jusqu'à la P450C11. L'ACTH se lie à des récepteurs
couplés aux protéines G. La transmission du signal passe par l'adénylate-cyclase, la synthèse d'AMPc
puis l'activation de la protéine kinase A pour activer les protéines CREB qui régulent la transcription de
certains gènes.
Régulation de l'aldostérone
La régulation de l'aldostérone est réalisée par la rénine. Celle-ci agit sur la zone glomérulée pour
stimuler la production d'aldostérone en stimulant notamment la P450C18 (aldosynthase).
Pathologies concernant les enzymes de la stéroïdogenèse
Pathologie Ù Déficit complet en P450C17. – Nous n'avons pas de production d'hormones

sexuelles, ni de cortisol. Nous observons un phénotype féminin si le caryotype est de type XY. Il
existe un risque vital à cause de l'absence de cortisol, et de l’accumulation du cholestérol dans les
cellules.
Pathologie Ù Déficit partiel en P450C17. – Nous n'avons pas d'activité 17-20-lyase ce qui induit
une production de cortisol bien que nous n'ayons pas de production d'hormones sexuelles.

UE 1
Pathologie Ù Déficit en 21-hydroxylase (ou P450C21). – Nous avons une absence de synthèse
d'aldostérone et de cortisol. Ceci entraîne une déviation vers la voie de production androgénique
car la 17-OH-progestérone s'accumule. Le taux de testostérone augmente, pouvant entraîner des
troubles de la différenciation sexuelle (DSD - Disorders of Sex Differenciation).
VI. Biosynthèse de la testostérone dans le testicule

La production de stéroïdes au niveau du testicule a lieu plus précisément dans les cellules de
Leydig situées entre les tubes séminifères.
Les premières étapes de production sont identiques à celles pour la formation des androgènes
inactifs (DHEA et r4-androstènedione) mais à une différence près : elles nécessitent l'enzyme POR et
le cytochrome B5 ayant une activité 17-hydroxylase (et 17,20-lyase) et se liant à la CYP17A1.
Nous avons ensuite action de l'enzyme HSD17B3, spécifique au testicule, qui va permettre de
réduire le groupement cétone en C17 en groupement hydroxyle :
§ le DHEA devient l’androstenediol ou du Δ4 – Androstenedione.
§ la r4-androstènedione devient la testostérone qui est ensuite converti en testostérone

par l'action de la HSD3B2 et la HSD17B3.
Pour résumer, la synthèse de la testostérone est plus rapide par la voie de l’androstenediol.
Les cellules de Leydig peuvent réaliser toutes les étapes de la synthèse de la testostérone depuis
le cholestérol.
La biosynthèse de la testostérone dans le testicule

emprunte préférentiellement la voie des stéroïdes r5.
DHEA " androstènediol " testostérone.
229 Année 2017 - 2018

Biosynthèse de la testostérone.
Pathologie Ù Déficit en 17β-HSD. – Il y a une absence de testostérone entraînant un phénotype

féminin à la naissance, cependant à la puberté le relai est pris par des isoenzymes qui «
apparaissent » à ce moment (dans les tissus périphériques notamment), nous allons alors observer
une virilisation tardive de l'individu.
VII. Biosynthèse œstradiol & progestérone dans l'ovaire

Les ovaires (les follicules ovariens plus précisément) produisent la progestérone et les
œstrogènes. La synthèse débute à partir de :
§ L’action d'une aromatase (CYP19) permettant la formation d'œstrone qui est un

œstrogène inactif (ou peu actif) à partir du Δ4 – Androstenedione. On peut également
obtenir directement de l’œstradiol à partir de la testostérone. En effet, l'aromatase
entraîne :
- une perte du groupement méthyle en C19,
- une réduction en C3,
- une aromatisation du cycle A.
§ L’action d'une HSD17 (B1 ou B5) permettant la formation d'œstradiol. Elle est différente
de l'enzyme retrouvée dans le testicule mais possède une action similaire c'est-à-dire une
hydroxylation du groupement cétone en C17.
Le sens inverse de ces réactions est également catalysé par une autre sous unité de la HSD17
(notamment par B2 et B4).

UE 1
Formation de l'œstrone et de l'œstradiol.
Chaque région de l'ovaire réalise une partie de la synthèse des stéroïdes :
§ la thèque (cellules thécales) réalise la synthèse des androgènes (DHEA et r4-A),
§ la granulosa poursuit par la formation des œstrogènes par action de l’aromatase, et

synthétise également de la prégnénolone à partir du cholestérol.
§ le corps jaune sécrète la progestérone au cours de la phase lutéale (deuxième phase du

cycle ovarien, après l'ovulation).
L'enzyme POR et le cytochrome B5 sont toujours présents et liés à la CYP17A1.
Il y a toujours une synthèse d'androgènes dans les cellules thécales même si elle est minime du
fait de la présence de la 17-hydroxylase en faible quantité.
Les hommes comme les femmes possèdent

des androgènes ET des œstrogènes :
il n'est pas possible de vivre sans l'un des deux.
Biosynthèse de la progestérone et des œstrogènes dans l'ovaire.
231 Année 2017 - 2018

VIII. Conversions périphériques
Les conversions périphériques permettent l'activation ou l'inactivation des stéroïdes produits
dans les surrénales.
Action de l'aromatase (CYP19)

CYP19 est une enzyme qui peut aussi bien être exprimée dans les tissus stéroïdogéniques que
dans les tissus non stéroïdogéniques (comme le tissu graisseux ou le tissu osseux).
L'aromatase permet la formation des œstrogènes dans les tissus périphériques, nous avons ainsi
production d'œstrogènes dans le tissu adipeux (expliquant les gynécomasties retrouvées chez les
personnes en surpoids).
Isoenzymes des hydroxystéroïdes-déshydrogénases (HSD)

Il existe plusieurs formes de l'enzyme HSD17 qui permet l'activation ou l'inactivation des
hormones sexuelles :
§ HSD17B3 / HSD17B5 permettent le passage de la r4-androstènedione à la testostérone.
§ HSD17B2 permet le passage de la testostérone à la r4-androstènedione (inactivation).
§ HSD17B1 / HSD17B5 permettent le passage de l'œstrone à l'œstradiol.
§ HSD17B2 / HSD17B4 permettent le passage de l'œstradiol à l'œstrone.
Transformation dans les tissus périphériques.
Action de la 5-α-réductase
Elle permet la formation de DHT (dihydrotestostérone). La DHT est une forme plus active
essentielle au bon développement sexuel chez le fœtus masculin. La 5-α-réductase de type II (SDRA2)
est spécifique des organes génitaux mais la 5-α-réductase de type I se trouve surtout dans le foie.
IX. Enzymes de la stéroïdogenèse

Nous distinguons deux grands groupes :
§ les cytochromes P450 qui possèdent un groupement prosthétique qu'est l'hème et qui
sont associés à une chaîne de transport des électrons. Ils permettent des hydroxylations
et des réactions de clivages (comme la P450SCC). Les réactions catalysées par ces
enzymes sont des réactions irréversibles.

UE 1
Nous distinguons :
- les P450 microsomales (P450C21 et P450C17).
- les P450 mitochondriales (P450scc et P450C11).
La protéine POR (pour P450-OxydoRéductase) permet le transport des électrons à la

surface du réticulum endoplasmique. Elle récupère des électrons sur des molécules de
NADPH / H+ puis les transporte jusqu'au cytochrome par l'intermédiaire d'une molécule
de FAD et de FMN.
§ les hydroxystéroïdes-déshydrogénases (HSD) catalysent des réactions réversibles

d'oxydation ou de réduction suivant le sens de la réaction.
Localisation
Enzyme Nomenclature Localisation tissulaire
cellulaire
P450SCC CYP11A1 mitochondrie surrénales, gonades, placenta
P450 17-α / 17-20 lyase CYP17 RE surrénales, gonades, placenta
P450C21 CYP21A2 RE surrénales, gonades, placenta
P450C11β CYP11B1 mitochondrie surrénales

P450C11AS CYP11B2 mitochondrie surrénales
3β-HSD2 HSD3B2 RE surrénales, gonades
3β-HSD1 HSD3B1 RE périphérique
17βHSD3 HSD17B3 RE testicule
17βHSD1 HSD17B1 RE ovaires, tissus périphériques
Autres 17βHSD tissus périphériques
X. Antley-Bixler syndrome
Pathologie Ù Antley-Bixler syndrome. – Il s'agit d'un syndrome très grave dû à un

disfonctionnement de la protéine POR qui ne va pas pouvoir régénérer les électrons des
cytochromes entraînant ainsi un disfonctionnement de ceux-ci.
Les cytochromes touchées sont les suivantes :
§ la P450C21 (ou 21-hydroxylase) : il n'y a donc pas formation de 11-désoxy-cortisol ou de

DOC, les synthèses de cortisol et d'aldostérone sont altérées.
§ la P450C17 ou 17-hydroxylase : ceci empêche la formation de 17-OH-prégnénolone et de

17-OH-progestérone, mais aussi la synthèse de DHEA et de r4-androstènedione. Il y a
donc peu de testostérone.
233 Année 2017 - 2018

§ la P450-aromatase : ceci bloque la synthèse d'œstradiol.
L'accumulation des produits de synthèse entraîne des troubles métaboliques et les intermédiaires
sont alors transformés en métabolites inactifs :
§ la prégnénolone devient la prégnénédiol.
§ la progestérone devient la prégnanédiol.
§ la 17-OH-progestérone devient soit directement la prégnanétriol, soit la prégnanétriolone

après avoir été métabolisée en 21-désoxy-cortisol.
Ces enfants ont donc un déficit généralisé en hormones stéroïdes, ce qui induit de graves
malformations crânio-faciales :
§ Elargissement de l'implantation du nez,
§ Nez aplati,
§ Hypertélorisme orbital (augmentation distance entre orbites),
§ Oreilles décollées,
§ Arachnodactylie (doigts longs),
§ Gène à l'extension de l'avant-bras,
§ Arthrogrypose (articulation coincée),
§ Crâniosténose (crâne resserré),
§ Hypoplasie de l'étage moyen de la face.

UE 1
XI. Vue d'ensemble
Vue d'ensemble de la synthèse des stéroïdes.
Vue d'ensemble de la synthèse des stéroïdes (2).
235 Année 2017 - 2018

UE 1
Partie 4
MÉTABOLISME
Image. – Source : http://www.sigmaaldrich.com/technical-

documents/articles/biology/interactive-metabolic-pathways-map.html
237 Année 2017 - 2018

UE 1
Enzymologie
I. Définition
Les enzymes :
§ sont de puissants catalyseurs des systèmes biologiques : elles permettent une réalisation
rapide de réactions qui sinon prendraient beaucoup plus de temps.
Attention. – Notez qu'elles ne rendent pas possible les réactions qui ne le sont pas sur le plan
thermodynamique. Elles permettent seulement de les accélérer.
§ ont une activité spécifique de certains substrats ;

§ sont finement régulées ;
§ sont le plus souvent des grosses protéines ;
§ peuvent être des ARN comme les riboenzymes constituant le ribosome ou d’autres
structure biologiques non protéiques.
II. Réaction enzymatique

Formation du complexe enzyme-substrat (ES)
Les enzymes ont un pouvoir catalytique, c’est-à-dire la

propriété de mettre les substrats dans des orientations
favorables pour qu’une réaction se produise plus
rapidement, souvent en stabilisant les états de transition.
L’enzyme lie le substrat au niveau de son site catalytique puis le transforme en produit.
Il existe un lien entre la vitesse de la réaction et la concentration en substrat. En effet, si nous

plaçons une concentration constante d’enzymes dans un tube, et que nous augmentons
progressivement la quantité de substrat, la vitesse va aussi augmenter jusqu’à une valeur limite
appelée Vmax (ou vitesse maximale) : à ce moment-là, tous les sites enzymatiques seront occupés et
nous ne pourrons pas produire plus de substrat. Nous obtenons ainsi une courbe de vitesse :
Vitesse enzymatique en fonction de la concentration en substrat.
239 Année 2017 - 2018

Quelques preuves en faveur d’une liaison enzyme-substrat (ES) :
§ la présence de la Vmax signifiant que tous les sites catalytiques sont occupés et donc, que
nous avons obtenu la vitesse maximal de la réaction pour le nombre d’enzymes
disponibles.
§ la possible visualisation du complexe ES avec des techniques microscopiques :
- la DNA polymérase I (riboenzyme) lie l’ADN,
- utilisation de la cristallographie par rayons X et détermination de substrats
analogues pour une enzyme.
§ la modification des caractéristiques spectroscopiques : le complexe ES possède des
propriétés différentes de celles des deux constituants séparés, et nous mesurons souvent
les modifications de la densité optique (correspondant à l’absorbance d’une solution) en
enzymologie pour mettre en évidence une interaction ES.
Seul dans du solvant, le cytochrome P450

présente un pic d'absorbance à 392 nm
alors qu'en présence de son substrat dans
le solvant, son pic d'absorbance passe à
418 nm.
La tryptophane-synthétase lie son substrat

grâce à un groupement pyridoxal-
phosphate dans son site actif. Seule
(courbe du milieu), elle a une DO faible
entre 450 et 550nm. En présence d’un seul
substrat nécessaire à la réaction (courbe du
haut, + L-sérine), il y a formation du
complexe ES mais la réaction s’arrête car il
manque de l’indol : le complexe ES reste
stable et il y a un pic d’absorbance. Par
contre, si les deux substrats (courbe du bas,
indol + L-sérine) sont présents, le complexe
ES se forme, mais il y a tout de suite
réaction et il se dissocie alors aussitôt : il
n’y a pas d’augmentation de la DO.
Notion de site actif

Le site actif est une région de l’enzyme souvent située à l’intérieur d’un domaine globulaire de la
protéine enzymatique.
Il s’agit du site catalytique de l’enzyme :

UE 1
§ qui peut lier le substrat et les coenzymes (comme les groupements prosthétiques) ;
§ qui contient les quelques résidus d’AA possédant l’activité enzymatique, participant
ainsi à la formation et à la rupture des liaisons dans le site actif ;
§ qui est une région très limitée de la protéine (quelques acides aminés tout au plus).
Caractéristiques communes à tous les sites actifs :
§ seulement quelques AA impliqués : région très limitée de la protéine ;
§ AA du site actif non contigus (ils ne se suivent pas dans la séquence primaire) mis côte-
à-côte par un repliement de la protéine, ce qui forme une véritable structure tertiaire.
De ce fait, une modification de la structure tertiaire peut entraîner une mauvaise
conformation du site actif et une inefficacité de celui-ci.
§ substrats liés à l’enzyme par liaisons faibles : ioniques, hydrogènes, hydrophobes, Van
der Waals ;
§ forme de crevasse (fissure) où l’eau est exclue sauf si elle intervient dans la réaction : le
caractère non polaire augmente la liaison entre le substrat et le site actif de l’enzyme
(quelques résidus polaires peuvent toutefois être présents).
Exemple de la 17β-hydroxystéroïde-déshydrogénase de type 1. – Elle catalyse la transformation

de la Δ4-androstènedione en testostérone. Son site catalytique est constitué de quelques AA
présents dans des structures secondaires totalement différents (hélices α, feuillets β) qui, mises
côte-à-côte forment une structure tertiaire. Cette enzyme possède des isoenzymes dont les sites
actifs sont différents de quelques AA ce qui privilégie, soit la fixation d'un coenzyme oxydé, soit la
fixation d'un coenzyme réduit et ceci oriente donc le sens de la réaction catalysée. Ces isoenzymes
sont détectables par des anticorps spécifiques.
L’enzyme présente donc une spécificité :
§ pour la réaction enzymatique : spécificité du substrat due aux AA du site actif ;
§ pour sa classe / famille : spécificité due aux restes des AA de la protéine (enzyme
appartenant à la famille des trypsines, des chymotrypsines ou des élastases, etc.).
Exemple des déshydrogenases utilisant le NAD+. – Ces enzymes ont toutes la même structure
protéique ce qui leur permet donc d'appartenir à la même famille enzymatique. Par contre, les AA
de leur site actif ne sont pas forcément les mêmes, ce qui leur permet de catalyser différentes
réactions. Ainsi, la glycéraldéhyde-3-phospho-déshydrogénase catalyse uniquement la
transformation du glycéraldéhyde-3-phosphate en 1,3-bisphospho-glycérate.
III. Cinétique enzymatique : modèle Michaelis-Menten

Nous pouvons exprimer la formation du complexe ES puis la transformation du substrat en
produit selon la réaction suivante :
241 Année 2017 - 2018

La vitesse de la réaction correspond à la vitesse de formation du produit. Elle est exprimée en
moles de produits par seconde et correspond à la concentration de complexe ES multipliée par la
constante de formation du produit k3 :
V = k3 [ES]
Pour estimer la vitesse de la réaction, il est nécessaire d’exprimer [ES] en valeurs mesurables :
Formation de [ES] Disparition de [ES]
k1.[E].[S] (k2 + k3).[ES]
À l'état d'équilibre
E.S
ES = k2 + k3
k1
§ Nous définissons à ce moment la constante de Michaelis Km qui s’écrit :
k2 + k3
Km =
k1
§ Nous pouvons ensuite écrire que [E] = [Etot] - [ES]
S
§ D’où ES = (BéB .
S + Km
§ Nous pouvons écrire que pour Vmax [Etot] = [ES] car toutes les enzymes sont liées au
substrat. En se souvenant que V= k3.[ES], nous pouvons alors écrire que Vmax = k3.[Etot].
S
§ D’où l’équation de Michaelis-Menten V = k3 . (BéB .
S + Km
Vmax
Quand [S] = Km, alors V = .
2
Km est donc la concentration en substrat pour laquelle la

vitesse est la moitié de la vitesse maximale à concentration
en enzymes constante.
Au final, quelle que soit la concentration en substrat, la vitesse sera toujours proportionnelle à la
concentration d’enzymes. Lorsque le substrat est en large excès, la vitesse est maximale et ne dépend
alors plus que de la concentration en enzymes.

UE 1
Signification des valeurs de Km :
§ le Km varie entre 10−1 mol.L−1

et 10-7 mol.L-1 selon les enzymes ;
§ si k3 est très petit par rapport

à k2, alors Km = k2 / k1 soit la
Vitesse enzymatique. constante (ou vitesse) de
dissociation du complexe ES. Km est
alors une mesure de la stabilité du
complexe ES ;
§ le Km est inversement proportionnel à l’affinité de l’enzyme pour son substrat ;
§ plus le Km est grand, plus la concentration en substrat nécessaire pour atteindre Vmax/2
est importante et donc plus l’affinité de l’enzyme pour son substrat est faible.
IV. Mesures de la Vmax et du Km

Cette mesure s’effectue en faisant varier la concentration du substrat. La mesure de la Vmax est
aisée car il est facile de déterminer à partir de quel seuil la concentration en produit formée ne varie
plus. Par contre, la détermination du Km est plus difficile, car la vitesse augmente très vite dans cette
partie de la courbe et la mesure de Km est donc assez imprécise. Il a donc fallu trouver une méthode
plus simple et plus précise.
Intérêt de la représentation de Lineweaver-Burke

Cette représentation suit une formule qui correspond à l’inverse de l’équation de Michaelis-
1 1 K 1
Menten : = + m . .
V Vmax Vmax S
Km
Le coefficient directeur (ou pente) de cette droite est donc .
Vmax
1 1
Son ordonnée à l’origine est si Vmax augmente, alors diminue, donc la pente de
Vmax Vmax
la courbe diminue.
Représentation de Lineweaver-Burke.
243 Année 2017 - 2018

1
L'abscisse à l’origine est -
Km signifiant que plus l’affinité de l’enzyme pour son substrat est
1
importante, plus le Km est faible (donc -
Km s’éloigne de l’axe des ordonnées) donc la pente diminue.
Paramètres de variation de la Vmax et du Km

Le constante de Michaelis Km dépend :
§ du substrat et de son affinité pour l’enzyme ;
§ des paramètres du milieu :
Influence de l'intensité de la force ionique dans le milieu
Influence de la température Là où une réaction chimique se produira de plus en

plus à mesure que la température augmente, une
Réaction chimique Réaction enzymatique
réaction enzymatique présentera un seuil au-delà
duquel la vitesse va s'éffondrer. En effet, une trop forte
température dénaturera les enzymes, ce qui stoppera
la réaction.
Influence du pH Le pH optimum de fonctionnement correspondra alors

au pI de la protéine. La vitesse variera en fonction du
pH selon une parabole. Le sommet de celle-ci
correspondra au pH optimum. Les bornes de cette
parabole seront appelés pH d’arrêt au-delà desquels la
protéine sera dénaturée. Il y a aura donc un pH
optimum et deux pH d’arrêt (un acide et un basique)
pour chaque enzyme. De plus, avec la variation du pH,
le substrat sera plus ou moins ionisé ce qui modifiera
aussi son affinité.
Km de certaines enzymes
Il existe de grosses variations de Km et donc d’affinité pour le substrat suivant les enzymes
considérées. Les valeurs ne sont pas à connaître.

UE 1
Occupation du site catalytique par le substrat

Notion d’affinité d’une enzyme pour un substrat : elle dépend des constantes k1 et k2 et le Km
correspond alors à la moitié des sites occupés.
Nous définissons aussi une constante catalytique Kcat qui reflète la vitesse de la réaction et qui
dépend surtout de k3. Elle est définie comme le nombre de molécules de substrat transformées en
produits par seconde quand l’enzyme fonctionne à son maximum (saturation complète par le
substrat). Cette constante est très variable selon les enzymes et diminue au fur et à mesure que la
tâche à réaliser se complexifie : une anhydrase carbonique catalysera près de 600 000 molécules par
seconde alors qu’une ADN polymérase de type 1 ne catalysera que 15 molécules par seconde.
L ê
Nous définissons enfin la fraction de sites occupés : è (ê = LGC = ê + í
.
Dans les conditions physiologiques, le rapport [S]/Km évolue entre 0,01 (absence presque totale
de substrat) et 1 (concentration en substrat nécessaire pour atteindre la moitié de la Vmax).
V. Interaction protéines-ligands : récepteurs-ligands

L’interaction récepteur-ligand est réversible selon cette équation :
§ [RL] correspond à la concentration en hormones liées et est appelée B (Bound = lié) ;

§ [L] est la concentration en hormones libres et est appelée F (Free = libre) ;
§ À l’état d’équilibre, k1.[R].[L] = k2.[RL] ;
ì.q îÇ ï
§ Donc = = ñó = ;
ìq îï òà
§ Kd est appelée constante de dissociation ;

§ Ka est appelée constante d’association ;
§ Kd correspond à l’inverse de Ka.
Si on appelle Nr le nombre de récepteur, on peut écrire que Nr = [RL] + [R], [R] étant la
concentration en récepteurs libres ce qui donne alors :
ôöÅ ìq . q ôö. q ï òã ï ï
§ ñó =
ìq
donc õ~ = et l’inverse est alors = . + .
òãú q ìq ôö q ôö
§ En factorisant le tout par Nr.[RL], nous pouvons écrire l’équation de Scatchard :
Jù
= íG. Mû − íG. [Jù]
ù
Cette formule permet de tracer une courbe modélisant l’interaction ligand-récepteur :

§ la pente de la courbe est égale à - Ka = - 1/Kd.
§ l’abscisse à l’origine équivaut au nombre total de récepteurs Nr.
245 Année 2017 - 2018

Représentation de Scatchard.
Dans la réalité, cette interaction n’est pas modélisable par une droite mais plutôt par une
courbe qui s’infléchit à la fin :
Représentation de Scatchard ajustée.
§ Lorsque peu de récepteurs sont occupés, l’affinité du récepteur pour son ligand est grande car
dès qu’un ligand passe il est immédiatement capté. La pente de la courbe est donc très forte
car la constante d’affinité est elle-même très grande.
§ Au fur et à mesure que les récepteurs sont occupés, la probabilité que le ligand soit capté
diminue, donc l’affinité du récepteur diminue, ainsi la pente de la courbe diminue.
§ Nous passons ainsi d’un récepteur à forte affinité à un récepteur à faible affinité. (Exemple du
récepteur a glucocorticoïde qui a une affinité différente selon que ce soit le cortisol ou
l’aldostérone).
VI. Inhibition de l’activité enzymatique

Inhibiteurs irréversibles
Ils dénaturent les protéines et induisent un effondrement de l’activité enzymatique. En général,
ils se lient de façon irréversible avec le site actif pour le rendre inefficace :

UE 1
§ les agents alkylants : le iodoacétamide se lie aux cystéines du site actif ;

§ les gaz neurotoxiques : le DIPF se lie à la sérine du site actif de l’acétylcholinestérase ;
§ l'acide acétylsalicylique (ou aspirine) se lie à la Ser du site actif des cyclooxygénases et
inhibe la formation des prostaglandines et des thromboxanes ;
§ la pénicilline modifie de manière covalente la transpeptidase bactérienne et inhibe ainsi
la biosynthèse des parois bactériennes.
Inhibiteurs réversibles
Dans le cas d’un inhibiteur réversible, le complexe enzyme-inhibiteur se dissocie rapidement mais
gêne l’interaction de l’enzyme avec son substrat. Nous retrouvons deux types d’inhibiteurs.
Inhibiteurs compétitifs
Les inhibiteurs compétitifs sont des substances présentant une analogie structurale avec le
substrat et occupant le site catalytique de l’enzyme.
L’affinité de l’enzyme pour son substrat sera alors diminuée, le Km sera donc augmenté. La Vmax
restera par contre inchangée : il faudra une quantité plus importante de substrat pour l’atteindre.
Ceci se traduit sur la représentation de Lineweaver-Burke par une augmentation de la pente de

1
la courbe car le coefficient directeur augmente, et le -
Km va se rapprocher de l’axe des ordonnées :
Action d'un inhibiteur compétitif.
Exemple Ù Malonate. – Le malonate est un inhibiteur compétitif de la succinate-déshydrogenase

qui transforme le succinate en fumarate dans le cycle de Krebs.
Exemple Ù AZT. – L'AZT ou 3'-azido-2',3'-didéoxythymidine est un agent antiviral utilisé dans le

traitement du SIDA qui permet une inhibition compétitive de la rétrotranscriptase virale.
247 Année 2017 - 2018

Inhibiteurs non-compétitifs
Il n’y a cette fois pas de compétition entre le substrat et l’inhibiteur car celui-ci va se lier à un
autre endroit que le site actif sur la protéine. Il n’y aura donc pas de perte d’affinité de l’enzyme pour
son substrat mais une perte de vitesse : la Vmax est réduite.
Action d'un inhibiteur non-compétitif.
Exemples. – C'est le cas des métaux lourds se fixant sur les groupements thiols des enzymes, ou
de l'EDTA qui inhibe les enzymes à cations.
Inhibiteurs incompétitifs
Ces inhibiteurs vont se lier au complexe enzyme-substrat dans son ensemble : ils bloquent donc
la réaction et désagrègent le complexe ES.
Attention, ils ne bloquent pas la formation du complexe, mais empêchent sa réaction :

§ ils diminuent le Km car l’affinité du substrat augmente (plus d’enzymes libres) ;
§ la Vmax diminue car il n’y aura plus de formation du produit.
VII. Enzymes allostériques

Elles constituent la majorité des enzymes et sont particulièrement présentes dans le métabolisme
énergétique (car elles permettent une régulation fine et rapide). Le système des enzymes allostériques
fait appel aux structures tertiaires / quaternaires des protéines enzymatiques.
La représentation de l’activité enzymatique est une courbe sigmoïde. Nous voyons que la pente
au centre de la sigmoïde est très importante : cela permet une régulation très fine et très rapide de
l’activité enzymatique. Pour une petite variation de substrat, nous aurons une grande variation de
l’activité enzymatique.
Sigmoïde des enzymes allostériques.

UE 1
VIII. Régulation de l’activité catalytique des enzymes

Interactions non-covalentes (très rapides)
Modification du substrat et du produit
Ces modifications apportées aux réactifs modifient l’affinité de l’enzyme pour son substrat et
modifient ainsi l’activité enzymatique.
Régulation allostérique
De nombreuses protéines disposent de deux ou plusieurs conformations quaternaires
légèrement différentes. Ces conformations sont généralement réversibles, et le passage de l’une à
l’autre conduit à des modifications de fonction. Ces changements peuvent se faire par des
modifications de liaisons faibles comme des liaisons hydrogène au niveau du site actif par exemple.
- RÉGULATION POSITIVE : l'accumlation d'un substrat entraîne l’activation de

l’enzyme. La fixation d’une molécule de ligand régulateur modifie la conformation
de l’enzyme : ce changement facilite la transformation des autres sous-unités pour
qu’elles fixent le substrat et évite ainsi son accumulation (dans la majorité des cas,
cette accumulation est délétère pour la cellule).
- RÉGULATION NÉGATIVE : un produit de la chaîne métabolique (en aval de

l’enzyme régulée) modifie l’activité enzymatique d’une enzyme en amont de la
chaîne pour éviter son accumulation lorsque celui-ci n’est pas consommé. C’est
notamment le cas dans la glycolyse : l’activité de pyruvate kinase est régulée par la
présence ou non d’ATP dans le milieu (traduit la charge énergétique de la cellule).
Exemple Ù Pyruvate kinase. – La pyruvate kinase est une phosphotransférase : elle catalyse la
réaction qui transforme le phospho-énol-pyruvate (PEP) en pyruvate et qui permet de régénérer
un ATP. Cette réaction est irréversible car il y a une variation d'enthalpie libre très importante au
cours de la réaction (∆G = -7,5 kcal/mol).
C'est une enzyme multimérique possédant 3 isoenzymes suivant les tissus considérés : la forme L
dans le foie (Liver), la forme M dans les muscles et le cerveau (M comme Muscles et Mind pour le
cerveau) et la forme R dans les réticulocytes (précurseurs des globules rouges).
§ Pour la forme L, l'ATP est inhibiteur (un taux élevé induit une inhibition de la glycolyse)
tout comme l'alanine (AA glucoformateur car il entre facilement dans le métabolisme des
sucres par transamination, un taux élevé signe une charge en sucre importante). L'ADP
est activateur comme le fructose-1,6-bisphosphate, ils montrent que la voie métabolique
est engagée et activent les enzymes qui sont en aval dans la voie.
Cette enzyme est un pivot de régulation important :

elle est régulée de façon covalente via une phosphorylation
§ Pour la forme M, l'ATP est inhibiteur et l'ADP est activateur.
249 Année 2017 - 2018

Modulation par la disponibilité du substrat
La disponibilité du substrat joue grandement sur l’activité enzymatique, c’est aussi un pivot
important dans la régulation et l’orientation du métabolisme énergétique.
L’acide glutamique, par exemple, est un précurseur essentiel à de nombreux intermédiaires

métaboliques. Sa concentration et sa disponibilité sont donc finement régulées pour moduler les
différentes enzymes qui l’utilisent.
Modulation de l’interaction due à l’interaction entre différentes

enzymes
Les systèmes multienzymatiques sont des systèmes complexes avec plusieurs coactivateurs.
Plusieurs enzymes participent aux systèmes multienzymatiques et chaque enzyme de ce complexe
peut être régulée. Ces complexes sont fréquents lorsque le saut énergétique entre deux molécules est
important, il y a alors plusieurs étapes pour réduire la dépense énergétique de la cellule, c’est le cas
par exemple dans la glycolyse.
La chaîne respiratoire dans la mitochondrie permet d’oxyder les équivalents réduits qui n’ont
que peu d’intérêt s’ils ne sont pas transformés. Ils aboutissent à la formation de molécules d’ATP dans
les mitochondries. La chaîne respiratoire de la mitochondrie va permettre aux électrons de sauter d’un
complexe à l’autre pour produire de l’ATP. Chacun des cinq éléments de la chaîne respiratoire ne peut
fonctionner sans les autres.
Interactions covalentes (rapides)

Phosphorylation-déphosphorylation
Ce sont les kinases qui vont permettre d’assurer les phosphorylations. Cette phosphorylation des
enzymes peut être activatrice OU inhibitrice suivant l’enzyme considérée. La phosphorylation possède
une conséquence immédiate sur l’activité enzymatique.
Exemple Ù Glucagon. – Le glucagon permet une phosphorylation inhibitrice de la pyruvate kinase

via la protéine kinase A (ou PKA) :
§ le glucagon se fixe sur son récepteur membranaire couplé à la protéine G, cela active
l'adénylate cyclase qui produit de l'AMPc à partir d'ATP ;
§ L'AMPc se complexe avec des molécules de R libérant la PKA (domaine catalytique C) ;
§ La PKA va alors inhiber la pyruvate kinase en la phosphorylant et activer CREBP qui lie la
séquence régulatrice CRE pour diminuer la transcription de la pyruvate kinase.
Le glucagon possède donc une action immédiate en diminuant l'activité de l'enzyme et une action
à long terme en inhibant sa transcription.

UE 1
Activité protéolytique
Il s’agit du clivage d’un peptide pour libérer l’activité enzymatique de la protéine. Ceci peut
donner lieu à des cascades d’activation, ainsi dans l’intestin :
Régulation de la biosynthèse
La régulation par la biosynthèse est un système de régulation beaucoup plus lent que les
régulations par phosphorylations ou modifications allostériques. Nous retrouvons plusieurs niveaux de
régulation que sont :
§ le niveau transcriptionnel :
- sur un seul gène pour les enzymes monomériques ou homopolymériques ; (avec sous-
unités identiques)
- sur plusieurs gènes pour les enzymes hétéropolymériques (sous-unités différentes)
§ le niveau de la demi-vie de l’ARN messager,
§ le niveau traductionnel.
Notion d’isoenzymes
Une isoenzyme correspond à différentes formes moléculaires d’une même enzyme. Ces variants
résultent de différences dans la structure primaire dérivant de la forme génique.
Exemple Ù Lactate déshydrogenase (LDH). – La lactate déshydrogenase est une enzyme qui
permet le passage du pyruvate au lactate. Le lactate est la forme réduite du pyruvate. Dans ces
réactions d'oxydoréduction, le coenzyme est le NADH et founit les deux protons. Cette réaction est
réversible. Il existe de nombreuses formes de LDH (environ 40) qui sont spécifiques d'un tissu. Le
lactate passe par le sang pour aller au foie et être utilisé dans la néoglucogenèse (cycle de Cori).
En cas de lésions tissulaires, leur dosage sanguin permet de déterminer l'origine de la lésion
(suivant l'isoenzyme dosée). Le dosage peut signer un risque de pathologies :
§ une grande quantité de LDH-1 (coeur) signe un risque d'infarctus ;
§ une grande quantité de LDH-5 (foie) signe un risque une hépatite ou un cancer.
251 Année 2017 - 2018

Exemple de la pyruvate kinase (PK)
Nous retrouvons trois isoenzymes pour la pyruvate kinase que sont la forme L (au niveau du foie,
nommé Liver en anglais), la forme M1 (au niveau des muscles et du cerveau), la forme R (dans les
réticulocytes, précurseurs érythrocytaires) et la forme M2 (présente au début de la vie foetale).
§ les formes M1 et M2 possèdent un gène commun : la forme M1 omet un exon alors que
la forme M2 omet un autre exon par épissage alternatif ;
§ les formes L et R possèdent un gène en commun présentant des promoteurs différents
qui permettent ou non de skipper le premier exon. Le site actif n’est pas codé par l’exon
1 ou 2 : ils peuvent être épissés alternativement sans altérer la fonction de l'enzyme.
Ces isoformes ont une spécificité tissulaire qui est déterminée par un fragment présent avant
toutes les séquences régulatrices : s’il est reconnu par des enzymes dans le tissu, il va permettre la
reconnaissance des séquences régulatrices suivantes et donc la transcription de l’enzyme.
Régulation hépatique de la pyruvate kinase

§ Sur l’activité : régulation allostérique, phosphorylation/déphosphorylation. L’action est
dans ce cas pratiquement immédiate.
§ Sur la biosynthèse : régulation retardée. Ces régulations sont fonctions de l’état

métabolique ou pathologique du sujet :
- lors du diabète ou du jeûn, il y a diminution de l’activité de la PK ainsi qu’une
diminution de la quantité d’ARNm codant pour la PK et donc une diminution de
sa transcription. Ceci aboutit à une inhibition de la dégradation du glucose.
- en période de jeûne, ce phénomène est bénéfique car il permet d’augmenter la
glycémie par l’action d’hormone. Cette augmentation est principalement due à
l’effet du glucagon qui stimule la cascade AMPc pour activer la PKA qui
phosphoryle la PK et l’inactive.
- en cas de diabète par contre, ceci est problématique, car le sucre est censé
pouvoir assurer un rétrocontrôle positif en augmentant la biosynthèse de PK. Le
problème est que cette régulation ne peut se faire qu’en présence d’insuline qui
manque dans le diabète. La PK sera donc toujours inactivée par le glucagon, ce
qui conduira à des hyperglycémies.
IX. Classification et nomenclature

Principe
Le nom d'une enzyme est basé sur le nom de son substrat, puis on rajoute –ase derrière. Les
anciens noms ne sont pas basés sur cette nomenclature, il faut essayer de s’en détacher (trypsine).
Le nom d’une grande fonction enzymatique suivit du suffixe –ase permet de déterminer
l’organisation / famille enzymatique à laquelle appartient l’enzyme et qui comprend plusieurs
enzymes, coenzymes et transporteurs (hydrolases, transférases, etc.).

UE 1
Nomenclature internationale
EC (Enzyme Commission = prévient de la nature du produit

nommé) + numéro de code.
La pyruvate kinase (ou PEP-ATP-phosphotransférase) possède comme nom de code EC 2.7.1.40.

er
§ Le 1 chiffre correspond à la classe / famille de l’enzyme,
ème
§ Le 2 chiffre correspond à une sous-classe et donne la nature du groupement chimique
servant de donneur,
ème
§ Le 3 chiffre correspond à une sous-sous-classe et donne la nature du groupement
chimique servant d’accepteur,
ème
§ le 4 chiffre donne le numéro d’ordre d’une enzyme dans le groupe ou le sous-groupe.
Classe Sous-classe Sous-sous-classe

Réductases
Déshydrogenases
permettent le transport complet des
électrons et des protons en captant
1 des atomes complets d’hydrogènes.
oxydoréduction
Oxygénases et oxydases Dioxygénases
un des partenaires cèdera des
électrons et sera oxydé, l’autre toutes les deux réduisent l’O2 : la incorporent deux atomes d'O2.
gagnera des électrons et sera réduit seule différence est dans le devenir de
l'O2. Mono-oxygénases
- les oxydases laissent l’O2 réduit libre. incorporent un seul atome d'O2,
- les oxygénases l’incorporent direct. l'autre est utilisé pour donner de l'eau
dans la molécule. = oxygénases multifonctionnelles.
Phosphotransférase / kinases
2 transfert à partir d'ATP.
transférases Aminotransférases
transfert à partir d'un AA.
Phosphatases
3
hydrolases Glycosydases
condensation ou rupture d'une liaison Estérases
avec départ ou apport d'H2O Peptidases
4
synthases / lyases Fumarase
coupure ou formation de liaisons C-C,
C-O, C-N, C-S sans apport d’énergie
5
Isomérases Epimérases
modification de l’ordre des atomes
sans changer la formule brute
6
synthétases / ligases Pyruvate carboxylase
synthèse avec apport d’énergie
253 Année 2017 - 2018

Nom systématique
Nature donneur + nature accepteur + type réaction catalysée.
Nom commun
Appellation consacrée par l’usage.
Exemple d’emploi de la nomenclature

Réaction transfert d’un groupement phosphate de l’ATP sur le glucose.
Non commun Glucokinase.
Nom systématique ATP-D-Glucose-6-phosphotransférase.
Nom de code EC 2.7.1.2
X. Définition d’une unité enzymatique
C’est la quantité d’enzymes qui transforme une certaine

quantité de substrat par unité de temps dans certaines
conditions (substrat / temps).
Nous définissons l’action de l’unité enzymatique par mg de protéines (les enzymes sont
généralement des protéines) qui peut être utilisée pour purifier une enzyme (nous recherchons
l’échantillon avec la plus forte unité enzymatique).
Les unités internationales sont aujourd’hui utilisées : 1 UI correspond à la quantité d’enzyme

catalysant une micromole de substrat par minute.
L’unité définie historiquement est le Katal (kat) qui correspond à la quantité d’enzyme qui
catalyse une mole de substrat par seconde. Une unité enzymatique = 1/60 µkat = 16,67 nkat.
L’activité spécifique d’une enzyme se mesure par le rapport activité sur masse. L’unité est le
kat/kg de protéine ou le kat/mol d'enzyme.
XI. Enzymes et coenzymes

Certaines enzymes ont besoin de coenzymes pour fonctionner de manière optimale. Le coenzyme
n’est pas consommé pendant la réaction. Pour les hétéroprotéines, nous distinguons alors deux
parties :
§ l’apoprotéine, enzyme en elle-même, contenant le site actif et l’activité enzymatique ;
§ le coenzyme nécessaire au fonctionnement de l’apoprotéine :
- les groupements prostéthiques,
- les cosubstrats.

UE 1
Propriétés communes
Généralement les coenzymes ne sont pas de nature protéique, ils ont un petit poids moléculaire
et sont thermostables. Ils réagissent avec le substrat mais ne sont pas responsables de la spécificité de
la réaction. Ils ne sont pas consommés (ils reviennent à leur état initial à la fin de la réaction, à la
différence des substrats qui deviennent des produits). Ils participent à une répartition des charges et
à une augmentation de la mobilité électronique facilitant la réaction.
Ces coenzymes possèdent un ou plusieurs noyaux cycliques ou hétérocycliques. En principe, ces

coenzymes ne sont pas synthétisés chez l’Homme et sont retrouvés dans les vitamines apportées dans
l’alimentation (les vitamines servent fréquemment de coenzymes).
Caractères spécifiques des groupements prosthétiques

Ils sont solidement liés à l’apoenzyme par des liaisons covalentes. Ces groupements
prosthétiques restent liés durant la réaction, celle-ci doit donc se dérouler dans un espace restreint du
fait du peu de mobilité du groupement prosthétique.
Exemples. – FAD (Flavine-adénine-dinucléotide), phosphate de pyridoxal, diphosphothiamine,
acide lipoïque, biotine.
Caractères spécifiques des cofacteurs

Les cofacteurs sont faiblement liés à l’apoenzyme. Ils retournent à l’état initial en se séparant de
leur apoenzyme et en utilisant une autre apoenzyme.
Exemples. – NAD / NADP, coenzyme A, tétrahydrofolate, coenzyme B12.
Agent réducteur dans les hydroxylations

Vitamine C
Transforme proline en hydroxyproline
Vitamine B1 (ou thiamine) Thiamine pyrophosphate
Vitamine B2 (ou riboflavine) FAD et FMN
Nicotinate NAD
Vitamine B6
Pyridoxal phosphate
(pyridoxal, pyridoxine, pyridoxamine)
Pantothénate CoA
Biotine Lié par covalence aux carboxylases
Folate Tétrahydrofolate
Vitamine B12 (ou cobalamine) Coenzyme à cobamide
255 Année 2017 - 2018

UE 1
Métabolisme intermédiaire
I. Notions de thermodynamique importantes

Enthalpie
L’enthalpie correspond à la quantité d’énergie contenue dans un système thermodynamique. La
variation d’enthalpie correspond par conséquent à la chaleur emmagasinée ou libérée par ce système
au moment d’une réaction chimique. Cette variation est notée ΔH est exprimée en J/mol :
§ si ΔH < 0, la réaction est exothermique : le système va libérer de la chaleur.
§ si ΔH > 0, la réaction endothermique : le système va emmagasiner de l’énergie.
Entropie
L’entropie est une grandeur permettant de décrire le désordre d’un système thermodynamique,
c’est-à-dire l’agitation et le mélange des molécules dans celui-ci. Il est important de se rappeler qu’un
système thermodynamique tendra toujours vers un état de désordre maximal, donc la plus forte
entropie possible. La variation d’entropie est notée ΔS est exprimée en J/mol.K :
§ si ΔS < 0, nous aurons une diminution du désordre dans le système.
§ si ΔS > 0, nous aurons une augmentation du désordre dans le système.
Énergie libre
L’énergie libre d’un système correspond à la quantité d’énergie utilisable par ce système pour
fournir un travail. La variation d’énergie libre au cours d’une réaction correspondra donc à la variation
d’énergie au sein de ce système durant une réaction.
ΔG = ΔH - TΔS
Cette variation s’écrit ΔG et s’exprime en J/mol :
§ si ΔG > 0 : l’énergie libre du système augmente au cours de la réaction. Cela signifie qu’il
reçoit de l’énergie d’une source extérieure et qu’il ne peut donc pas déclencher seul la
réaction. La réaction est alors endergonique, c’est-à-dire qu’elle ne peut pas se produire
spontanément en raison d’un manque d’énergie.
§ si ΔG < 0 : l’énergie libre du système diminue au cours de la réaction. Le système libère

donc de l’énergie, il n’a pas besoin de source extérieur. La réaction peut se produire
librement, elle est exergonique : libératrice de la chaleur.
257 Année 2017 - 2018

En utilisant les deux paramètres précédents, nous pouvons décrire quatre types de situations :
§ si ΔH < 0 et ΔS > 0 : la réaction se produira spontanément. En effet, le fait que le

système libère de l’énergie signifie qu’il a un surplus d’énergie et qu’il est donc dans un
état instable. Il va alors dissiper son énergie grâce à une réaction chimique, ce qui
aboutira à une augmentation de l’entropie donc à un état plus stable, car tous les
systèmes tendent naturellement à augmenter leur entropie. La réaction se produira
spontanément : en effet le ΔG est forcément négatif, il y a donc libération d’énergie. C’est
une réaction exergonique.
§ si ΔH > 0 et ΔS < 0, le système va emmagasiner de l’énergie ce qui aboutira à une baisse

de l’entropie. C’est la situation la plus défavorable pour que la réaction se produise
spontanément car il faut apporter de l’énergie au système pour qu’il en emmagasine, et
surtout l’entropie du système diminue, ce qui est contre naturel, car il va passer d’un état
stable à un état moins stable (à cause de la diminution du désordre). La réaction ne se
déroulera donc pas librement, et nécessitera un apport extérieur d’énergie, son ΔG sera
forcément positif : ce sera une réaction endergonique.
§ si ΔH < 0 et ΔS < 0, nous ne savons pas si la variation d’entropie prévaut sur la variation
d’enthalpie et inversement. Il est nécessaire de mesurer le ΔG de la réaction pour savoir
si la réaction sera exergonique/spontanée ou endergonique/non libre.
§ si ΔH > 0 et ΔS > 0, on est dans le même cas de figure que précédemment, il faut aussi
mesurer le ΔG de la réaction.
Une réaction endergonique nécessite de l’énergie.

Une réaction exergonique libère de l’énergie.
En pratique courante, il est très compliqué de mesurer précisément la variation d’entropie, on

préfère donc largement mesurer la variation d’énergie libre. Nous avons donc introduit une valeur de
référence pour chaque réaction, le ΔG°, qui correspond à la variation d’énergie libre standard : la
mesure est réalisée dans des conditions standards, à pH = 7, à température T = 25°C et à concentration
de substrats et de produits de 1 mol/L.
Nous pouvons ensuite adapter la variation d’énergie libre aux conditions expérimentales en
utilisant la formule suivante :
C D
∆G = ∆G°.RT. ln
A B
Cette formule prend en compte la variation de température T, ainsi que les variations de
concentrations des substrats [A] et [B] et des produits [C] et [D].

UE 1
II. Principales molécules du métabolisme intermédiaire

A. L'adénosine triphosphate (ou ATP)
L’ATP ou adénosine triphosphate est le principal transporteur du groupement phosphoryle dans
la cellule et joue de ce fait le rôle de monnaie universelle d’énergie libre. En effet, les trois groupements
phosphoryles de l’ATP sont reliés entre eux par des liaisons anhydres très énergétiques : leur rupture
entraîne donc une forte libération d’énergie.
L’ATP est continuellement formé et consommé

MAIS il n’est jamais stocké.
L'ATP :
§ est un donneur immédiat d’énergie libre : pas de « réserves » d’ATP
§ est le plus souvent consommé dans la minute où il a été formé ;
§ présente un turn-over (renouvellement) très élevé chez l’Homme :

- une personne au repos en consomme 40 kg/24h,
- une personne à l'effort peut en consommer jusqu'à 0,5 kg/min.
L'ATP est une des molécules les plus énergétiques du corps humain :
L’hydrolyse de l’ATP : ATP + H2O " ADP + Pi + H+

possède un ΔG° de - 7,3 kcal/mol.
§ (comparaison) l’hydrolyse du glycérol-3-phosphate glycérol-3P + H2O " glycérol + Pi

libère beaucoup moins d’énergie avec un ΔG° = - 2,2 kcal/mol.
Ce rôle très important de donneur d’énergie et ce haut potentiel de transfert de son groupement
phosphoryle s’explique par sa structure :
§ À pH = 7, l’ATP présente quatre charges négatives sur

le groupement triphosphate. Ceci crée une importante
répulsion électrostatique qui permet de libérer plus
facilement un des groupements phosphoryles.
§ L’ATP est un composé peu stable en comparaison de

l’ADP + Pi qui découlent de son hydrolyse. En effet, le
phosphate inorganique peut adopter quatre formes
différentes grâce au phénomène de résonnance, ce qui
n’est pas le cas de l’ATP.
L’hydrolyse de l’ATP libère donc énormément

d’énergie, c’est pourquoi elle est souvent couplée à des
réactions nécessitant de l’énergie. Cela permet ainsi de
déplacer des équilibres chimiques d’un facteur 108.
ATP à pH = 7.
259 Année 2017 - 2018

B. Autres composés avec haut potentiel de transfert du gr. phosphoryle
L’ATP n’est pas le seul fournisseur d’énergie du corps humain, mais il est de loin le plus important.
Certains composés présentent des potentiels de transferts plus élevés et peuvent donc, par
conséquent, libérer plus d’énergie tandis que d’autres seront un peu moins énergétiques.
Exemples Ù Phospho-énol-pyruvate (PEP) et acétyl-phosphate.
Exemple Ù Créatine-phosphate. – Composé très important dans le muscle.
§ Dans le rein, le foie et le pancréas, la glycine et l'arginine sont complexées pour former
de la guanidinoacétate.
§ La guanidinoacétate est ensuite transformée en créatine dans le foie puis emportée dans
la circulation sanguine en direction des muscles.
§ Une partie de la créatine sera alors phosphorylée en créatine-phosphate qui est une
molécule très importante car permettant de régénérer de l'ATP en greffant son
phosphate sur une molécule d'ADP.
§ La créatine et la créatine-phosphate sont ensuite transformées en créatinine dans le
muscle, molécule éliminée dans les urines par filtration au niveau rénal.
Nous pouvons dresser une liste (non exhaustive) des composés possédant un potentiel de
transfert de leur groupe phosphoryle plus ou moins important :
Nom du composé ΔG°’ (kcal/mol)

Phospho-énol-pyruvate -14,8
Carbamoyl phosphate -12,3
Créatine phosphate -10,3
Pyrophosphate -8,0
ATP en ADP -7,3
Glucose-1-phosphate -5,0
Remarque. – Il est important de noter que le glucose n'a pas le même potentiel de transfert selon
la position du phosphate car cela conditionnera en partie son rôle dans la chaîne métabolique.

UE 1
Pour reproduire de l’ATP, une enzyme doit catalyser une réaction qui libère plus d’énergie qu’il
n’en faut pour former de l’ATP. Son ΔG° doit être inférieur au ΔG° de l’ATP.
Exemple. – La réaction catalysée par la pyruvate kinase ayant un ΔG° inférieur à celui de l’ATP (-
14,8<-7,3), il peut y avoir transfert du groupement phosphoryle du phospho-énol-pyruvate à
l’ADP (détail dans le cours sur la glycolyse).
C. NADH et FADH2
Le NADH ou Nicotinamide-Adénine-Dinucléotide et le FADH2 ou Flavine-Adénine-Dinucléotide
sont les deux principaux transporteurs d’électrons lors de l’oxydation de molécules énergétiques
comme le glucose ou les acides gras. Ces électrons transportés prennent la forme d’atomes
d’hydrogène H (qui ne possèdent qu’un électron) qui se fixent sur le NAD (dérivant du nicotinate) ou
sur le FAD (dérivant de la vitamine B2 ou riboflavine).
§ Un composé oxydant est un gagnant d’électrons (oxyder un composé signifie

lui faire perdre des électrons, le composé devient oxydant).
§ Un composé réducteur est un donneur d’électrons (réduire un composé

signifie lui faire gagner des électrons, le composé devient réducteur).
è Moyen mnémotechnique : Les oxydants sont méchants et les réducteurs ont bon
cœur.
Exemple. – Dans le couple rédox FAD / FADH2, le FAD est le composé oxydant.
Lors de la réaction, il gagne des électrons (deux atomes d'hydrogène) et est
réduit en FADH2, qui est un composé réducteur.
Ces deux composés transfèrent ensuite leurs électrons à l’O2 grâce à la chaîne respiratoire
mitochondriale. Ils créent ainsi un gradient de protons de part et d’autres de la membrane
mitochondriale ce qui permet la synthèse d’ATP (détaillé dans le cours sur la phosphorylation
oxydative).
De plus, le NADH et le FADH2 peuvent aussi participer à la synthèse de molécules qui

nécessitent un pouvoir réducteur (c’est-à-dire le transfert d’électrons du NADH ou du FADH2 vers la
nouvelle molécule) en plus de l’ATP.
D. NADPH
Le NADPH ou Nicotinamide-Adénine-Dinucléotide-Phosphate est le principal donneur
d’électrons lors des différentes biosynthèses métaboliques où les précurseurs où les précurseurs sont
plus oxydés que les produits. Il n’agit pas comme un transporteur mais bien comme un donneur
d’électrons. Il est localisé principalement dans le cytosol.
Il intervient notamment dans la synthèse des acides gras en réduisant le groupement cétone
(C=O) d’une unité à deux carbones en un groupement méthylène CH2. Cette synthèse nécessite
l’apport de 4 atomes d’hydrogène (donc de 4 électrons) donnés par le NADPH.
261 Année 2017 - 2018

Synthèse des acides gras.
De plus, il est très important de comprendre que l’ATP, le NADH, le NADPH ou en encore le
FADH2 ont une très grande stabilité en l’absence de catalyseur spécifique : s’ils ne sont pas stimulés,
ils ne réagiront pas. Ceci est essentiel pour la cellule, car ce sont alors les différentes enzymes qui
servent de catalyseurs, et qui par conséquent contrôlent le flux énergétique et le pouvoir réducteur
au sein de la cellule.
E. Coenzyme A
Le coenzyme A est le transporteur universel du groupement acétyle dans la cellule (A pour
acétylation). C’est une molécule composée de plusieurs domaines, dont l’un très important
correspond à une unité pantothénate.
Le site réactif du coenzyme A se situe à l’une de ses extrémités et correspond à un groupement

sulfhydryle. C’est par ce site réactif qu’il se lie au groupement acétyl pour former de l’acétyl-coA via
une liaison thioster.
Synthèse de l'acétyl-coenzyme A.
Il est intéressant de noter que le clivage de l’acétyl-coA en acétate + coA libère de l’énergie.
L’acétyl-coA transporte donc un groupement acétyle activé (car échangeable et actif), tandis que l’ATP
transporte un groupement phosphoryle activé.
F. Vitamine hydrosolubles
Les vitamines hydrosolubles sont très importantes car ce sont des composants des coenzymes.
Elles sont essentiellement apportées par l’alimentation et, sans elles, la machinerie cellulaire ne peut
pas fonctionner. Il en existe plusieurs dont voici les plus importantes :
§ la vitamine C est un agent réducteur dans les hydroxylations (ajout d’un groupement
OH) et dans la transformation de la proline en hydroxyproline nécessaire à la synthèse de
collagène. Sa carence entraîne le scorbut.
§ la vitamine B1 (thiamine) est nécessaire à la formation de la thiamine-pyrophosphate ;
§ la vitamine B2 (riboflavine) participe à la synthèse de FAD et de FMN ;
§ le nicotinate participe à la synthèse de NAD ;
§ la vitamine B6 (trois formes que sont la pyridoxine, le pyridoxal et la
pyridoxamine) permet la synthèse du phosphate de pyridoxal ;
§ le pantothénate permet la synthèse de coenzyme A ;
§ la biotine est liée par covalence aux enzymes carboxylases et transporte du CO2
§ le folate participe à la formation du tétrahydrofolate ;
§ la vitamine B12 (cobalamine) est le coenzyme à cobalamide.

UE 1
G. Voies de biosynthèse et de dégradation

La notion de compartimentation est très importante dans le métabolisme : en effet, toutes les
étapes ne se produisent pas au même endroit, et il souvent nécessaire d’utiliser des navettes pour
transporter les intermédiaires d’un compartiment à un autre.
Exemple. – La dégradation des acides gras a lieu dans la mitochondrie tandis que la synthèse des
acides gras a lieu dans le cytosol. Cela évite de croiser les voies
métaboliques et permet un rendement optimal.
De plus, la charge énergétique va grandement influencer la

synthèse ou non d’ATP et l’utilisation ou non de celui-ci. Elle
s’exprime ainsi :
§ si la concentration en ATP dans la cellule est élevée,

nous avons peu d’ADP et d’AMP et le rapport est proche de 1. La charge énergétique est
forte.
§ si la concentration en ATP dans la cellule est faible, cela veut dire qu’il est utilisé et
transformé en ADP ou AMP. Le rapport diminue et se rapproche de 0, la charge
énergétique est faible.
Nous pouvons alors tracer un graphique représentant la vitesse des voies formatrices d’ATP et
des voies utilisatrices d’ATP en fonction de la charge énergétique :
§ la courbe du haut représente les voies formatrices d’ATP (dégradation du glucose et

des acides gras) et la courbe du bas correspond aux voies utilisatrices d’ATP.
§ si la charge énergétique est faible, les voies formatrices d’ATP sont activées et les
voies utilisatrices sont inhibées.
§ si la charge énergétique est forte, les voies utilisatrices d'ATP sont activées et les voies
formatrices d'ATP sont inhibées.
263 Année 2017 - 2018

H. Les différents transporteurs
Transporteurs Groupe transporté sous forme active
ATP phosphoryle
NAD, NADP électrons
FAD, FMN électrons
Coenzyme A acétyle
Lipoamide acyle
Thiamine pyrophosphate aldéhyde
Biotine CO2
Tétrahydrofolate unité monocarbonée
S-Adénosylméthionine méthyle
Uridine diphosphoglucose glucose
Diphosphodiglycéride phosphatidate
Nucléoside triphosphate Nucléotide
III. Conclusion
Les voies métaboliques ne sont pas de simples voies de dégradation ou de synthèse, elles
s’influencent les unes les autres et un grand nombre de réaction sont imbriquées. Ainsi, une voie de
synthèse permettra de régénérer un composé ensuite réutilisé pour la dégradation d’un autre
composé.
Les voies cataboliques sont les voies de dégradation pour produire de l’énergie, elles utilisent
des nutriments riches en énergie pour former de l’ATP, du NADH, du NADPH et d’autres molécules du
métabolisme intermédiaire riches en énergie. Les produits de ces réactions sont pauvres en énergie,
et sont des déchets éliminés par l’organisme comme le CO2, l’H2O ou le NH2.
Les voies anaboliques sont les voies de

synthèse, elles nécessitent de l’énergie et
permettent la synthèse de toutes les molécules
nécessaires à la cellule comme les polysaccharides,
les lipides, les nucléotides, etc. Elles utilisent des
précurseurs provenant de la dégradation d’autres
produits comme les AA, les sucres... et surtout les
molécules énergétiques provenant du catabolisme
des aliments comme l’ATP.
Au final, c’est un cycle entre voies

anaboliques et voies cataboliques qui se met en
place : par exemple, l’ATP formé par la dégradation
des nutriments est utilisée par les voies
cataboliques et est transformé en ADP. Il sera
ensuite régénéré par les voies anaboliques.
Intrication entre voies anaboliques et cataboliques.

UE 1
Glycolyse
I. Généralités
La glycolyse est la conversion du glucose en pyruvate, et ne va pas plus loin. Elle a lieu dans
tous les tissus (= ubiquitaire) et se passe dans le cytosol des cellules. Elle est faiblement productrice
d’ATP et en consomme un peu dans ses premières étapes. Elle n’est pas l’exact inverse de la
néoglucogenèse car elle comporte des étapes irréversibles.
Selon l’état d’oxygénation de la cellule, le devenir du pyruvate sera différent :
§ si l’apport d’O2 est suffisant (c'est-à-dire en aérobiose), le pyruvate entre dans la

mitochondrie pour ensuite être complètement oxydé dans le cycle de Krebs en H2O et
CO2 permettant de produire une grande quantité d’ATP (et donc d’énergie !) ;
Rappel : Substrat Energétique + O2 è ATP + CO2 + H2O
§ si l'apport d'O2 est insuffisant (c'est-à-dire en anaérobiose comme lors de la

contraction prolongée d'un muscle), le pyruvate est transformé en lactate produisant
aussi de l’ATP mais en quantité beaucoup plus faible qu’en aérobie.
II. Formation du fructose-1,6-bisphosphate

Le premier substrat de la glycolyse est le glucose (aldose à 6 carbones). Toutes les étapes qui
suivent sont réalisées dans le cytosol.
Phosphorylation du glucose en glucose-6-P
Phosphorylation du glucose.
Cette réaction irréversible est importante car elle permet l’entrée du glucose dans la glycolyse :
§ elle est médiée par l’hexokinase (ou par une enzyme spécifique, la Glucokinase, dans le
foie et le pancréas) ;
§ elle consomme une molécule d’ATP pour phosphoryler le glucose.
265 Année 2017 - 2018

Isomérisation
Isomérisation du glucose-6-P (adose-pyranose) en fructose-6-P (cétose-furanose).
Le glucose-6-phosphate est transformé en fructose-6-phosphate par une phosphogluco-

isomérase. Nous passons d’un aldose à un cétose.
Deuxième phosphorylation du fructose-6-P en fructose-1,6-bisP
Phosphorylation du fructose-6-phosphate.
Il s'agit de la deuxième étape irréversible de la glycolyse :

§ elle est médiée par la phosphofructokinase 1 (ou PFK1) ;
§ elle consomme aussi une autre molécule d’ATP ;
§ elle possède deux buts :
§ augmenter la captation de glucose par la cellule, car en utilisant une réaction
irréversible, la concentration de glucose diminue dans la cellule (il n’y a plus de
retour possible) ce qui donne le signal pour une captation accrue de glucose, dû
au gradient de concentration Sang/Cellules.
§ former un composé à six carbones qui puisse facilement être clivable en deux
composés à trois carbones.
À ce niveau de la glycolyse, il n’y a toujours pas eu de création d’énergie : pour l’instant, deux
molécules d’ATP ont été consommées, il y a donc eu consommation d’énergie.
Il ne faut pas confondre di et bis-phosphate.

Un di-phosphate possède deux groupements
phosphate sur le même carbone.
III. Formation du glycéraldéhyde-3-phosphate

Le fructose-1,6-bisphosphate est clivé par une aldolase en deux composés à trois carbones :
§ le glycéraldéhyde-3-phosphate qui sera ensuite utilisé pour la suite de la glycolyse,
§ le dihydroxyacétone-phosphate.
Clivage du fructose-1,6-bisphosphate.

UE 1
Il est possible de passer du dihydroxyacétone-phosphate au glycéraldéhyde-3-phosphate grâce à

une triose-phosphate-isomérase.
Comme c’est le glycéraldéhyde-3-phosphate qui est consommé par la suite dans la glycolyse,
l’isomérisation est orientée vers sa formation. Nous considérons donc que nous formons en fait deux
molécules de glycéraldéhyde-3-phosphate. Donc dans les réactions à suivre, on consommera deux fois
plus de réactifs et produiront deux fois plus de produit.
Toutes ces étapes sont réversibles : nous pouvons repasser facilement au fructose-1,6-
bisphosphate en condensant deux glycéraldéhyde-3-phosphate.
IV. Conservation de l’énergie

Nous avons ensuite deux étapes qui permettent la phosphorylation d’une molécule d’ADP pour
former de l’ATP couplée à l’oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate. Cela permet de régénérer les
deux ATP consommés lors de la formation du frucose-1,6-bisphosphate. La réaction ne régénère qu’un
seul ATP mais comme nous avons deux molécules, le produit de la réaction est doublé.
Réaction d’oxydoréduction
Oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate.
Cette réaction est réversible et est médiée par la glycéraldéhyde-3-phospho-déshydrogénase :
§ elle oxyde un phosphate inorganique H3PO4 (HPO42- à l’état acide) avec une molécule de
glycéraldéhyde-3-P pour former du 1,3-bisphosphoglycérate ;
+
§ cette oxydation est couplée à la réduction d’une molécule de NAD+ en NADH,H qui
transportera ensuite ses électrons à la mitochondrie.
Cette réaction aboutit à la formation d’un composé-phosphate riche en énergie, l’acyl-
phosphate, qui est un anhydride composé d’acide phosphate et d’acide carboxylique. Cet acyl-
phosphate a un ΔG°’ = - 10,3 : il libère une énergie plus importante que l’ATP lors de la libération de
son groupement phosphoryle. C’est ce groupement acyl-phosphate qui est mis à contribution dans
l’étape suivante pour régénérer de l’ATP.
Déphosphorylation du 1,3-bisphosphoglycérate.
267 Année 2017 - 2018

Formation d’ATP
C’est une réaction réversible médiée par la phosphoglycérate-kinase. Le 1,3-bisphosphoglycérate
se sépare de son groupement phosphoryle qui va aller se fixer sur de l’ADP. Le sens de cette réaction
est conditionné par le niveau de charge énergétique de la cellule.
Nous avons donc formation de deux ATP à cette étape car au moment de la scission du fructose-
1,6-bisphosphate, nous avons formé deux glycéraldéhyde-3-phosphate.
Rappel : ATP en ADP è ΔG°’ = - 7,3.
V. Formation d’un pyruvate et de deux autres ATP

A. Deux étapes réversibles
Transformation du 3-phosphoglycérate.
La phosphoglycéro-mutase permet le passage du 3-phosphoglycérate au 2-phosphoglycérate.

Une énolase utilise ensuite une molécule d’eau pour transformer le 2-phosphoglycérate en
phospho-énol-pyruvate (ou PEP).
B. Une étape irréversible
Déphosphorylation du PEP.
Cette étape est importante car elle permet de former le produit final de la glycolyse. Elle fait
intervenir la pyruvate-kinase qui permet de libérer le dernier groupement phosphoryle du PEP qui
va alors se greffer sur une molécule d’ADP pour former de l’ATP. Nous avons alors, à cette étape,
formation de deux molécules d’ATP car il y a toujours 2 PEP provenant de la scission du fructose-
1,6-bisphosphate en Di-hydroxy-acétone-phosphate et Glycéraldéhyde-3-phosphate. Cette étape
est irréversible car la transformation du PEP en pyruvate a un ΔG°’ = - 7,5 kcal/mole (plus grand en
valeur absolue que le ΔG°’ de l’ADP en ATP).

UE 1
VI. Bilan énergétique de la glycolyse

Récapitulatif de chaque étape :
§ Formation du fructose-1,6-bisphosphate : consommation de deux ATP.
§ Formation de deux glycéraldéhydes-3-phosphate.
§ Conservation de l’énergie : formation de deux ATP et régénération de 2 NADH,H+.
§ Formation du pyruvate : formation de deux ATP.
Au final, il y donc création de deux ATP et de deux NADH,H+. Nous pouvons donc écrire :
Glucose + 2 Pi + 2 ADP + 2 NAD+

+
" 2 pyruvate + 2 ATP + 2 NADH + 2H + 2 H2O.
Mais le glucose n’est pas le seul sucre qui peut entrer dans la glycolyse : nous pouvons aussi
utiliser du fructose ou du galactose.
VII. Entrée du fructose dans la glycolyse

Le saccharose (sucre de table que l’on utilise communément) est clivé dans le tube digestif en
fructose et glucose. Ils sont absorbés séparément puis sont stockés ou introduits dans la glycolyse. Une
fois absorbé, le fructose peut être métabolisé par deux enzymes différentes.
A. Transformation par la fructokinase

C’est la principale voie métabolique du fructose :
Entrée du fructose dans la glycolyse.
§ la fructokinase utilise un ATP pour phosphoryler le fructose en fructose-1-P (C6).
§ l'aldolase clive le fructose-1-P en glycéraldéhyde et en dihydroxyacétone-phosphate.

Attention. – Ce n’est pas du glycéraldéhyde-3-P car il n’y a qu’un seul groupement phosphoryle !
§ Le dihydroxyacétone-phosphate est transformé en glycéraldéhyde-3-phosphate par une

triose-phosphate-isomérase pour rejoindre la glycolyse.
§ Le glycéraldéhyde est phosphorylé en glycéraldéhyde-3-phosphate grâce à une triose-

kinase en consommant encore une molécule d’ATP.
Au final, la consommation d’ATP est la même que pour la glycolyse utilisant du glucose et nous
obtenons également deux glycéraldéhyde-3-phosphate.
269 Année 2017 - 2018

B. Transformation par la glycokinase
Métabolisme du fructose.
La glycokinase est une hexokinase, elle joue donc le même rôle pour donner du fructose-6-P
qui sera ensuite transformé en fructose-1,6-bisphosphate pour entrer dans la glycolyse.
Il est important de noter que les hexokinases ont une affinité 20 fois plus importante pour le
glucose que pour le fructose, cette voie d’utilisation du fructose est une voie d’utilisation mineure.
De plus, le fructose est très peu utilisé par le foie et les muscles car ceux-ci captent
préférentiellement du glucose : le fructose est donc orienté vers le tissu adipeux pour le stockage.
La consommation d’ATP est donc la même que pour la glycolyse utilisant du glucose.
VIII. Entrée du galactose dans la glycolyse

Le galactose est issu de la dégradation du lactose en galactose + glucose.
Il y a quatre étapes pour faire entrer le galactose dans la glycolyse :
§ la galactokinase utilise une molécule d’ATP pour phosphoryler le galactose en galactose 1-P ;
§ la galactose-1-phosphate-uridyltransférase échange le phosphate du galactose avec l’UDP

d’un glucose pour former de l’UDP-galactose ou du glucose-1-phosphate ;
§ la galactose-épimérase retransforme ensuite l’UDP-galactose en UDP-glucose qui sera utilisé

pour la synthèse de glycogène ;
§ la phosphoglucomutase transforme enfin le glucose-1-P en glucose-6-P qui pourra alors entrer

dans la glycolyse.
Entrée du galactose dans la glycolyse.

UE 1
IX. Régulation de la glycolyse

Un des grands principes à retenir en métabolisme est que la régulation des voies métaboliques
se fait au niveau des réactions irréversibles. Il y en a trois dans la glycolyse, ce sont donc les trois étapes
de régulation de la glycolyse.
A. Hexokinase
Il existe plusieurs types d’hexokinases réparties dans les différents tissus de l’organisme, mais
leur caractéristique commune est qu’elles ont toutes une forte affinité pour le glucose :
§ les hexokinases I, II, III sont ubiquitaires et ont des Km faibles de l’ordre de ± 0,1 mmol/L ;
§ l’hexokinase IV est aussi appelée glucokinase : elle est totalement spécifique du glucose
et est exprimée uniquement dans le hépatocytes et dans les cellules β des îlots
pancréatiques. Elle possède un Km important de ± 10 mmol/L.
Rappel sur le Km. – Le Km correspond à la quantité de substrat nécessaire pour que l’enzyme
atteigne la moitié de sa Vmax. Il est inversement proportionnel à l’affinité de l’enzyme pour son
substrat : plus sa valeur est élevée, plus l'affinité du substrat pour l'enzyme est faible.
L'intérêt d'avoir des enzymes aux Km différents :
§ Pendant les repas et en postprandial, la concentration en glucose est très grande, la

glucokinase peut donc agir de manière très importante dans les hépatocytes ;
§ À distance des repas, la concentration en glucose est beaucoup plus faible, les autres
hexokinases sont donc plus efficaces que la glucokinase : le glucose est alors utilisé par
tous les tissus pour réaliser la glycolyse.
Pourtant, l’hexokinase n’est pas l’enzyme régulatrice de la glycolyse. En effet, le glucose-6-P est
à un croisement de plusieurs voies métaboliques : il peut être utilisé dans le foie pour former du
glycogène et pour être stocké (rôle de la glucokinase en postprandial) ou alors, il peut être envoyé
dans les autres tissus pour réaliser la glycolyse (rôle des autres hexokinases à distance des repas).
C’est donc la phosphofructokinase 1 ou PFK1 qui va réellement être l’enzyme régulatrice de la

glycolyse car c’est le fructose-1,6-bisphosphate qui est spécifique à la glycolyse.
B. Phosphofructokinase (ou PFK1)

Au niveau hépatique, cette enzyme possède surtout une régulation allostérique :
§ elle inhibée lorsque la charge énergétique est forte car il n’y a plus besoin de réaliser la
glycolyse pour produire de l’énergie : si la concentration en ATP ou en citrate (substrat
du cycle de Krebs) est importante, alors l'activité de la PFK1 diminue.
§ si en revanche la charge énergétique est faible (donc que la concentration en ADP ou

AMP augmente) cela bloque l’effet de l’ATP et la glycolyse est augmentée.
271 Année 2017 - 2018

Au niveau musculaire, la régulation par l’ATP et l’AMP est similaire. Cependant, le pH va
également joue un rôle sur la régulation de cette enzyme. En effet, si le pH diminue, cela signifie que
nous avons une augmentation d’acide lactique (ou lactate), donc que notre muscle est à l’effort. Par
conséquent, notre organisme est en anaérobiose. Ainsi le lactate va augmenter les effets de l’ATP pour
réguler la glycolyse.
Il est très important de comprendre la régulation allostérique :

- si la concentration en substrat est augmentée alors
l’activité de l’enzyme est augmentée pour éliminer cette
surcharge en substrat ;
- si la concentration en produit est augmentée, l’enzyme
est mise au repos pour éviter d’entraîner une surcharge
en produit.
Enfin, il y a un dernier mécanisme qui rentre en jeu dans la régulation allostérique de la PFK1. Il
existe une enzyme similaire, la PFK2, qui transforme de manière réversible le fructose-6-P en fructose-
2,6-bisphosphate. Le fructose-2,6-bisphosphate agit alors en activant la PFK1.
§ si la PFK2 est phosphorylée, elle a une activité de phosphatase (elle est alors appelée
FBPase ou fructose-2,6-bisphosphatase) et transforme le fru-2,6-bisP en fru-6-P ;
§ si la PFK2 est déphosphorylée, elle a une activité de kinase et transforme le fru-6-
phosphate en fru-2,6-bisphosphate.
§ Lorsque la charge énergétique est faible, la PFK2 est active alors que la FBPase2 est
inactive : elle forme du fru-2,6-bisphosphate qui active la PFK1 pour produire de l’énergie
via la glycolyse et inhibe la FBPase1 qui retransforme le fru-1,6-bisP en fru-6P ;
§ Lorsque la charge énergétique est élevée, la PFK2 est phosphorylée sur son domaine
kinasique et a une activité de phosphatase : elle forme du fru-6-phosphate ce qui inhibe
la PFK1 et donc la glycolyse et active la FBP1 pour retransformer le fru-1,6-bisphosphate
en fru-6-phosphate.
Régulation générale de la PFK1.

UE 1
C. Pyruvate kinase
Voir le cours « Les enzymes » sur la régulation allostérique.
D. Transporteurs du glucose : GLUT

Ce sont des transporteurs fixés au membranes des cellules de l’organisme, possédant chacun 12
hélices α transmembranaires.
Ils en existent 5 types :
§ GLUT1 : Ubiquitaire avec un Km = 1 mM,
§ GLUT2 : Dans le Foie avec un Km = 15-20 mM (donc avec une plus faible affinité pour le
glucose que les autres transporteurs),
§ GLUT3 : Ubiquitaire avec Km = 1 mM,
§ GLUT4 : Dans le muscle et le tissu adipeux avec un Km = 5 mM,
§ GLUT5 : Dans l’intestin grêle. Il prend en charge surtout le fructose.
X. Devenir du pyruvate
A. En éthanol
Transformation du pyruvate en éthanol.
La transformation du pyruvate en éthanol correspond, en fait, à la fermentation du glucose. C’est

un processus anaérobique qui se déroule en présence de levures et de microorganismes (fermentation
du vin), ce processus ne se produit pas chez l'Homme.
Au final, elle donne un peu d’énergie :
Glucose + 2 Pi + 2 ADP
" 2 éthanol + 2 ATP + 2 CO2 + 2 H2O.
B. En lactate
Transformation du pyruvate en lactate.
273 Année 2017 - 2018

C’est aussi un processus anaérobique qui peut se produire grâce à des levures ou des
microorganismes mais aussi chez les organismes supérieurs comme l'être humain s’il manque
d’oxygène en cas d’effort, d’anesthésie, etc.
C’est un processus réversible : en cas de crampe, l’organisme produit du lactate, puis avec le
retour d’une oxygénation normale, nous retournons au pyruvate.
Dans le bilan, nous ne retrouvons plus les NADH,H+ de la glycolyse, car ils sont consommés dans
la formation du lactate.
Glucose + 2 Pi + 2 ADP
" 2 lactates + 2 ATP + 2 H2O.
C. Entrée dans le cycle du citrate = cycle de Krebs
Transformation du pyruvate en acétyl-coA.
C’est un processus aérobique cette fois, qui se déroule en présence de dioxygène. Le pyruvate
est transformé par décarboxylation oxydative en acétyl-CoA par la pyruvate déshydrogénase. Cet
acétyl-CoA va ensuite se complexer avec de l’oxaloacétate pour former du citrate ce qui fera tourner
le cycle de Krebs.
Il y a aussi formation de NADH,H+ lors de cette réaction. Les électrons seront ensuite transportés
au niveau de la membrane mitochondriale pour participer à la synthèse d’ATP. Le pyruvate possède
ainsi quatre devenirs :
§ soit il forme de l’éthanol par la fermentation alcoolique ;
§ soit il forme du lactate par la fermentation lactique ;
§ soit il forme de l’acétyl-coenzyme A qui entre dans le cycle de Krebs pour être oxydé, ce
qui donnera au final de l’eau et du CO2 ;
§ soit il est utilisé pour synthétiser du glucose par une voie différente de la glycolyse.

UE 1
XI. Mécanisme d’action des déshydrogénases à NAD+

A. Grande parenté structurale du site de liaison du NAD+
Le NAD+ est constitué de l’assemblage de plusieurs unités différentes : un nicotinamide, deux
riboses, un pyrophosphate, une adénine. Le nicotinamide et l’adénine sont particulièrement
importants dans la liaison aux enzymes.
Le site de liaison au NAD+ présent sur un grand nombre d’enzymes possède globalement toujours
la même conformation : il est constitué de 6 feuillets β parallèles et de 4 hélices α.
+
Site de liaison du NAD .
La moitié adénosine du NAD+ est liée à une crevasse hydrophobe et n'intervient pas dans la
réaction. Au contraire, l’unité nicotinamide qui porte le site réactif est liée de telle sorte que son site
réactif se retrouve dans un environnement polaire et intervient dans la réaction.
B. Mécanisme d’action
Oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate.
Pour réussir à transférer les électrons sur le NAD+, il est nécessaire d’utiliser un intermédiaire
covalent comme mécanisme de couplage énergétique.
Exemple Ù Transformation du glycéraldéhyde-3-phosphate en 1,3-bisphosphoglycérate. – Le

glycéradéhyde-3-phosphate se liera lui aussi à l’enzyme et permettera le transfert des électrons
sur le NAD+.
275 Année 2017 - 2018

+
Figure 1 - Mécanisme d'action du NAD
§ D’abord, le groupemet sulfhydryle du cystéinyl 149 de l’enzyme se lie au groupement

aldéhyde du glycéraldéhyde-3-phosphate ce qui forme un hémithioacétal. Le NAD+ se lie
nd
à l’enzyme par son site de liaison (2 schéma en haut).
§ Ensuite, il y a transfert d’un ion hydrure sur le NAD+ provenant de l’hémithioacétal ce qui
ème
aboutit à la formation d’un thioester riche en énergie et d’un NADH (3 schéma en
haut).
§ Le NADH se dissocie de l’enzyme et une autre NAD+ vient se lier.
§ Le thioester se fait alors attaquer par le phosphate inorganique (ou orthophosphate) et

ce dernier se fixe dessus en le détachant de l’enzyme (schéma en bas à droite).
§ Formation du 1,3-bisphosphoglycérate (schéma en bas à gauche).
Le NAD ne reste pas dans le site actif et sera régénéré par une autre enzyme.

UE 1
Cycle de l’acide citrique : Cycle de Krebs

I. Généralités
Le cycle de l’acide citrique (également nommé cycle des acides tricarboxyliques) a été découvert
en 1930 par H. Krebs. Il correspond à un élément central du métabolisme intermédiaire.
Sa fonction principale est catabolique : en effet, il correspond à la voie finale commune de

l’oxydation des glucides, des lipides et des protéines. Les glucides, lipides et protéines sont
métabolisés soit en acétyl-coenzyme A, soit en intermédiaires du cycle. Le cycle de Krebs possède aussi
un rôle amphibolique très important, c’est un carrefour de plusieurs voies métaboliques :
§ néoglucogenèse : formation de glucose ;
§ transamination : formation d'acides aminés ;
§ désamination : utilisation et modification des acides aminés ;
§ lipogenèse : biosynthèse des lipides.
Ce cycle se déroule entièrement dans la matrice mitochondriale et est un processus aérobie de

décarboxylation oxydative (les intermédiaires perdent des atomes de carbone et des électrons).
Il produit peu d’énergie par lui-même mais il permet une très importante production d’ATP dans
la chaîne respiratoire mitochondriale grâce à l’oxydation des différents coenzymes réduits qu’il produit
(NADH, FADH2, etc.).
II. Formation de l’acétyl-coA à partir du pyruvate

Le pyruvate doit d’abord entrer dans la mitochondrie car il a été formé par la glycolyse dans le
cytosol. Il utilise différents moyens de transports :
§ soit il utilise un transporteur spécifique sur la membrane mitochondriale : protéine à
plusieurs passages transmembranaires ;
§ soit il utilise les gradients de protons H+ : il est échangé avec des ions OH-.
Il est ensuite transformé en acétyl-coenzyme A (ayant une liaison très forte en énergie due à
l'atome de soufre) dans la matrice mitochondriale grâce à la pyruvate-déshydrogénase :
Transformation du pyruvate en acétyl-coenzyme A.
La pyruvate-déshydrogénase est un complexe enzymatique de 60 chaînes polypeptidiques avec

trois enzymes différentes ayant des rôles différents :
§ l’enzyme E1 ou pyruvate-déshydrogénase est en périphérie du complexe enzymatique,
elle comporte 24 chaînes polypeptidiques et son groupement prosthétique est la
thiamine pyrophosphate. Elle catalyse la décarboxylation oxydative du pyruvate.
277 Année 2017 - 2018

§ l’enzyme E2 ou dihydrolipoyl-transacétylase est au centre du complexe, comporte aussi
24 chaînes et possède un groupement prosthétique de type lipoamide. Elle permet le
transfert de l’acétyl au coA en réduisant le lipoamide.
§ l’enzyme E3 ou dihydrolipoyl-déshydrogénase est en périphérie du complexe, comporte
12 chaînes et son groupement prosthétique est le FAD. Elle permet la régénération de la
forme oxydée du lipoamide en transférant les atomes d’hydrogène du lipoamide sur le
FAD. Il y a ensuite transfert des hydrogènes du FADH2 sur un NAD+ et formation de
NADH,H+.
Fonction de la pyruvate-déshydrogenase.
Configuration de la pyruvate-déshydrogénase.

UE 1
III. Vue d’ensemble du cycle de Krebs
Vue d'ensemble du cycle de Krebs.
Au début du cycle, nous avons condensation d’une molécule à deux carbones (acétyl-coenzyme
A) avec une molécule à quatre carbones (oxaloacétate) pour former du citrate (six carbones).
Le citrate va progressivement être oxydé et va perdre des carbones au fur et à mesure du cycle,
ce qui aboutira à la formation de 3 NADH,H+ ; à une molécule de FADH2 et à une molécule de GTP.
Les 3 NADH,H+ et le FADH2 transporteront ensuite leurs électrons dans la mitochondrie, ce qui
permettra de régénérer de l’ATP via la respiration mitochondriale. (Cf. Phosphorylation oxydative).
IV. Détail du cycle
Groupe Réaction
Enzyme Formation ΔG’°
prosthétique catalysée
1) citrate-synthétase condensation Citrate - 7,5
2) aconitase FeS (sulfure de fer) déshydratation Cis-Aconitate + 2,0
3) aconitase FeS hydratation Isocitrate - 0,5
Décarboxylation
4) isocitrate-déshydrogénase α-cétoglutarate - 2,0
+ oxydation
Acide lipoique FAD, Décarboxylation

5) α-cétoglutarate-déshydrogénase Succinyl-coA - 7,2
TPP + oxydation
Phosphorylation
6) succinyl-coA-synthétase Succinate - 0,8
du GTP
FAD
7) succinate-déshydrogénase oxydation Fumarate - 0,8
FeS
8) fumarase hydratation Malate - 0,9
9) malate-déshydrogénase oxydation Oxaloacétate + 7,1
279 Année 2017 - 2018

Cycle de Krebs détaillé.
V. Bilan du cycle de Krebs
Acétyl-coA + 3 NAD+ + FAD + Pi + GDP + 2 H2O

" 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + 2 H+ + coA
§ La régénération des 3 NAD+ dans la mitochondrie fournira 2,5 ATP par NADH soit 7,5 ATP.
§ La régénération du FAD+ à partir du FADH2 fournira 1,5 ATP.
§ Les deux H+ permettront la synthèse de deux molécules d’ATP.
§ Le GTP permettra aussi la synthèse d’un ATP.
Ce seront donc au final 12 ATP qui seront produits grâce au cycle de Krebs.
C’est un cycle obligatoirement aérobie en raison notamment de la régénération du NAD+ qui ne

peut pas se faire sans dioxygène.
VI. Cycle amphibolique

Le cycle du citrate est bien évidemment la voie majeure du catabolisme oxydatif des glucides, des
lipides (via les corps cétoniques) et des acides aminés. Mais c’est aussi le carrefour de plusieurs autres
voies métaboliques car il fournit de nombreux intermédiaires de synthèse.
Il participe activement à l’anabolisme (formation de produits nécessaires au fonctionnement de

l’organisme) car un grand nombre de ses produits peuvent servir d’intermédiaires.

UE 1
Il permet notamment la biosynthèse de nombreux acides aminés :

§ l’oxaloacétate peut donner de l’aspartate puis de l’asparagine ou bien être transformé
en phospho-énol-pyruvate pour donner six autres AA (C, F, G, S, Y, W) ;
§ le malate peut aussi servir à la formation d’oxaloacétate qui sera alors transformé en
aspartate puis en asparagine : cette asparagine sera alors utilisée pour la synthèse de
pyrimidines ;
§ l’α-cétoglutarate ou le succinyl-coA peuvent tous les deux servir à la synthèse de
glutamate puis de glutamine :
- le glutamate sera transformé soit en proline, soit en ornithine qui deviendra
ensuite la citrulline puis l'arginine ;
- la glutamine sera utilisée pour la synthèse de purines.
Mme Cohen nous dit le contraire en cours. Vous devez savoir les deux versions est répondre en
fonction du professeur le jour du concours.
Il sert aussi à la biosynthèse de l’hème grâce au succinyl-coA, à la biosynthèse des acides gras et
du cholestérol en réutilisant de l’acétyl-coA ou encore à la biosynthèse du glucose via la
néoglucogenèse et la régénération de l’oxaloacétate en phospho-énol-pyruvate.
Enfin, il participe à la maintenance des molécules du cycle de Krebs en transformant par exemple
le pyruvate en oxaloacétate via la pyruvate-carboxylase :
Pyruvate + ATP + H2O + CO2

" oxaloacétate + Pi + ADP + H+.
Ceci permet de maintenir une concentration constante en oxaloacétate dans le cycle de Krebs,
pour que celui-ci puisse continuer à tourner.
Cycle amphibolique.
281 Année 2017 - 2018

VII. Contrôle de la pyruvate-déshydrogénase
Il existe plusieurs moyens de régulation pour la pyruvate-déshydrogénase :
§ régulation allostérique par les produits : une concentration importante en acétyl-coA

inhibera la transacétylase E2 tandis qu’une concentration importante en NADH inhibera
la dihydrolipoyl-déshydrogénase E3.
§ régulation par la charge énergétique :

- si la charge énergétique est élevée : moins de glycolyse = cycle mis au repos,
- si la charge électrique est faible : plus de glycolyse = le cycle tourne beaucoup.
§ régulation par phosphorylation réversible : s’il y a phosphorylation d’un résidu sérine de

la pyruvate déshydrogénase alors elle est inhibée, une phosphatase stimulera donc
l’enzyme. Notez que la biosynthèse des phosphatases est stimulée par l'insuline.
VIII. Contrôle du cycle du citrate

La vitesse du cycle de Krebs sera ajustée en fonction des besoins énergétiques :
§ si la charge énergétique est faible, le cycle de Krebs tournera vite ;
§ si la charge énergétique est élevée, le cycle de Krebs tournera lentement.
IX. Sélection du cycle du citrate au cours de l’évolution

Le cycle du citrate n’est pas présent chez toutes les espèces, en particulier les bactéries. Celle-
ci ne peuvent donc pas réaliser la glycolyse aérobie et sont donc obligées d’utiliser la glycolyse
anaérobie. Ce cycle a été sélectionné au cours de l’évolution pour son fort intérêt énergétique.

UE 1
Phosphorylation oxydative
I. Définition
À l’intérieur de la mitochondrie, oxydation et phosphorylation sont couplées grâce à un gradient
de protons établi à travers la membrane mitochondriale interne qui contient la chaîne respiratoire.
À travers quatre complexes membranaires dont trois pompes à protons, les électrons produits
dans la mitochondrie par le cycle de Krebs et par d’autres mécanismes sont transférés du NADH et du
FADH2 à l’O2 : ce flux d’électrons à travers la membrane aboutit au transport de protons à travers la
membrane mitochondriale interne et la réduction de l’O2 en H2O.
Les protons excrétés sont ensuite réabsorbés au niveau d’un deuxième complexe membranaire,
ce qui permet le fonctionnement de l’ATP synthase et la régénération d’ATP à partir d’ADP.
Couplage oxydation-phosphorylation.
II. Mitochondrie
La mitochondrie réalise des échanges sélectifs avec le cytosol. C’est un organite très important
de la cellule, c’est pourquoi nous en retrouvons beaucoup dans chaque cellule, entre 1000 et 2000 par
cellules hépatiques. Elles occupent une place considérable au sein du cytosol soit 20 à 30% de l’espace
cellulaire dans une cellule hépatique, et près de 50% dans une cellule cardiaque.
Membrane mitochondriale externe

La membrane externe de la mitochondrie est poreuse grâce, notamment, à une molécule
transmembranaire nommée porine, qui permet de créer des pores qui laissent passer toutes les
molécules avec un PM inférieur à 10 kDa.
283 Année 2017 - 2018

Espace inter-membranaire
Cet espace ressemble quasiment à l’identique au cytosol, si ce n’est que les organites y sont
beaucoup plus petits.
Au sein de cet espace, nous retrouvons des ATP-phospho-transférases qui utilisent l’ATP
provenant de la matrice et qui a donc traversé la membrane interne pour phosphoryler d’autres
nucléotides comme la guanine pour former du GTP par exemple.
Membrane mitochondriale interne

Cette membrane est beaucoup moins perméable que la membrane externe et elle est surtout
imperméable aux ions (hydrophiles) et au NADH car elle contient beaucoup de cardiolipines (très
hydrophobes). Le NADH doit donc être reconverti pour entrer dans la mitochondrie. De plus, cette
membrane est formée de crêtes, ce qui permet de compacter un très grand nombre de protéines sur
un très petit volume.
Il y a également un gradient de protons de part et d’autre de la membrane :

§ la face cytosolique est positive,
§ la face matricielle est négative.
Enfin, la membrane interne accueille trois types de protéines :

§ des protéines de la chaîne respiratoire ;
§ des ATP synthases ;
§ des transporteurs spécifiques.
Matrice mitochondriale
C’est au sein de celle-ci qu’a lieu le cycle de Krebs, mais aussi où se déroulent beaucoup d’autres
réactions comme le catabolisme des acides gras et bien d'autres.
III. Potentiel rédox et énergie libre

Un couple rédox est constitué de deux éléments :
§ une forme oxydée / un oxydant H+ qui gagne des électrons
§ une forme réduite / un réducteur H2 qui donne des électrons
Pour chaque couple rédox, nous allons déterminer un potentiel d’oxydoréduction ou potentiel
rédox noté E’0 sachant que, par convention, le potentiel du couple H+/H2 est égal à 0 V :
§ si E’0 < 0, alors la substance possède une affinité plus faible pour H+/ les électrons que H2.
§ si E’0 > 0, alors le couple possède une affinité plus grande pour H+/ les électrons que H2.
Un agent fortement réducteur comme le NADH est prêt à donner des électrons, il ne s’intéresse
donc pas aux électrons, il aura donc un potentiel de réduction négatif.

UE 1
Un agent fortement oxydant comme l'O2 cherchera au contraire à capter des électrons, il aura
donc un potentiel de réduction positif.
§ un agent fortement réducteur aura un potentiel rédox -
§ un agent fortement oxydant aura un potentiel rédox +
N
Oxydant Réducteur - E°’ (V)
(nbre d’e échangés)
Succinate + CO2 a-cétoglutarate 2 - 0,67
Ferrédoxine(ox) Ferrédoxine (rd) 1 - 0,43
+ + +
NAD ,NADP NADH, NADPH (+ H ) 2 - 0,32
Lipoate (ox) Lipoate (rd) 2 - 0,29
Glutathion (ox) Glutathion (rd) 2 - 0,23
Pyruvate Lactate 2 - 0,19
H+ ½ H2 1 0
Fumarate Succinate 2 0,03
Cytochrome b (+3) Cytochrome b (+2) 1 0,07
Déhydroascorbate Ascorbate 2 0,08
Ubiquinone (ox) Ubiquinone (rd) 2 0,10
Cytochrome c (+3) Cytochrome c (+2) 1 0,22
Fe (+3) Fe (+2) 1 0,77
+
½ O2 + 2 H H 2O 2 0,82
Les deux couples les plus importants dans la mitochondrie sont le couple NAD+/NADH,H+ qui
est réducteur et le couple ½ O2 + 2 H+/H2O qui est oxydant. Ce sont eux qui vont permettre le transport
des électrons à travers la chaîne respiratoire.
NAD+ + H+ + 2 e- " NADH et ΔE’0 = - 0,32 V

½ O 2 + 2 H + + 2 e - " H 2O et ΔE’0 = 0,82 V
½ O2 + NADH + H+ " H2O + NAD+ et ΔE’0 = 1,14V
Il y a donc une différence de potentiel de 1,14 V entre le NADH et l’O2, ce qui va leur permettre
de s’attirer pour s’oxyder et se réduire mutuellement et ainsi assurer le transport des électrons à
travers la chaîne respiratoire.
L’oxydation de l’O2 n’est pas inutile d’un point de vue énergétique : le ΔG’0 de la réaction est
en effet égal à - 52,6 kcal/mol.
Remarque. – Il faut bien avoir compris cette notion mais Pr Morel ne vous demandera pas de
savoir résoudre des équations redox.
285 Année 2017 - 2018

IV. Composition de la chaîne respiratoire
La chaîne respiratoire comporte quatre gros complexes enzymatiques, mais il existe deux points
d’entrée différents pour les électrons. L’un des points d'entrée est le premier complexe et l’autre est
le deuxième complexe.
Au final, le transport des électrons à travers la chaîne respiratoire ne fait intervenir que trois
complexes enzymatiques, reliés entre eux par deux transporteurs mobiles d’électrons :
§ Le premier complexe enzymatique (I) est la NADH-Q-réductase : elle possède une masse
de 850 kDa et comporte 25 sous-unités différentes. Elle est liée à deux groupements
prosthétiques, le FMN et une protéine fer-soufre non héminique (Fe-S). Elle est la
première porte d’entrée dans la chaîne respiratoire et son substrat est le NADH,H+.
§ Le deuxième complexe enzymatique (II) est la succinate-Q-réductase : elle possède une

masse de 140 kDa et comporte seulement 4 sous-unités. Elle est aussi liée à deux
groupements prosthétiques, le FAD et une protéine à fer non héminique (Fe-S). C’est la
deuxième porte d’entrée dans la chaîne respiratoire et son substrat est le succinate. On
retrouve également cette enzyme dans le cycle de Krebs.
§ Les électrons récupérés par ces deux complexes sont ensuite pris en charge par un
transporteur commun, l’ubiquinol ou coenzyme Q, qui est présent préférentiellement
sous forme oxydée Q que sous forme réduite QH2. Cette dernière est très mobile.
§ L’ubiquinol (ou ubiquinone) transfère ensuite ses électrons au troisième complexe

enzymatique (III) la cytochrome-réductase. Elle possède une masse de 250 kDa et
comporte 9 sous-unités différentes. Elle est aussi liée à 4 groupements prosthétiques :
trois cytochromes différents contenant trois types d’hèmes différentes (hème b-562,
hème b-566 et hème c1) et des protéines à fer non héminique (Fe-S).
§ Les électrons de ce troisième complexe sont ensuite à nouveau transférés sur un autre
transporteur, le cytochrome c qui est très petit (1 sous-unité) et qui est lié à l’hème c.
§ Enfin, les électrons sont apportés au dernier complexe enzymatique (IV), la cytochrome-
oxydase. Elle possède une masse de 160 kDa et présente 8 sous-unités. Elle est liée à 4
groupements prosthétiques : 2 cytochromes contenant 2 types d’hèmes différents (hème
a et hème a3), et 2 protéines à cuivre non héminique (Cua et Cub).
Remarque. – Un cytochrome est un coenzyme intermédiaire de la chaîne respiratoire. Tous les

cytochromes sont constitués de deux éléments :
§ une portoporphyrine complexée avec un atome de fer ou de cuivre : c’est ce que nous
appelons l’hème qui donne au cytochrome ses propriétés oxydoréductrices en échangeant
des électrons.
§ une partie protéique liée par covalence à l’hème via les groupements sulfhydriles -SH de
deux cystéines.

UE 1
Schéma de la chaîne respiratoire.
V. Différentes étapes du transfert des électrons

A. NADH-Q-réductase (I)
Le substrat de ce complexe est le NADH,H+. Ce complexe est associé à une pompe à protons qui
va utiliser l’énergie fournit par l’oxydation du NADH,H+ en NAD+ pour fonctionner et excréter 4 ions H+
présents dans la matrice mitochondriale (ces ions H+ ne sont pas ceux présents sur le NADH,H+ !).
Au sein de ce complexe, nous observons trois transferts :
§ un transfert des deux protons du NADH,H+ sur le FMN (ou Flavine-MonoNucléotide) qui
devient du FMNH2, en passant par un état de semi-quinone intermédiaire.
§ un transfert sur une protéine à fer non héminique (ou Fe-S), c’est-à-dire une protéine
contenant des atomes de fer, et où chacun de ces atomes de fer est coordonné
tétraédriquement avec les groupements sulfhydriles de quatre résidus cystéyls. Les
atomes de fer sont au départ oxydés (donc Fe3+) puis passent sous forme réduite (Fe2+)
lorsqu’ils prennent en charge les deux protons.
§ un transfert vers l’ubiquinone ou coenzyme Q qui est un dérivé de la famille des quinones
avec une longue queue isoprénique. Nous aboutissons alors à la forme réduite de
l’ubiquinone : QH2 (aussi appelé ubiquinol). Le CQ passe d’une face à l’autre de la
membrane interne de la mitochondrie : c’est un transporteur mobile de la chaîne
respiratoire.
Fonctionnement de la NADH-Q-réductase.
287 Année 2017 - 2018

B. Succinate-Q-réductase (II)
Ce complexe possède deux substrats principaux :
§ soit il oxyde le succinate en fumarate et transfert les deux électrons sur une molécule de
FAD qui devient du FADH2 ;
§ soit il utilise directement le FADH2 produit via la glycérol-phosphate-déshydrogénase
(dans le foie) et l’acyl-déshydrogénase (issu de la β-oxydation des acides gras).
Les deux protons du FADH2 sont ensuite transférés à une protéine à fer non héminique comme
dans la NADH-Q-réductase puis sont ensuite transférés sur l’ubiquinone pour former QH2 (ou
ubiquinol).
Par contre, il n’aboutit pas à l’excrétion de protons à travers la membrane car le transfert des
électrons du FAD à l’uniquinone ne produit pas assez d’énergie libre pour activer une pompe
membranaire.
Fonctionnement de la succinate-Q-réductase.
C. Cytochrome-réductase (III)
Il s'agit d'un complexe protéique de transfert d’électrons

qui contient un groupement prosthétique héminique. Ainsi les
cytochromes b, c1 et c sont constitués d’une protoporphyrine
IX avec un atome de fer (l’hème) et liée par covalence au –SH
de deux cystéines de la partie protéique du cytochrome.
Fonctionnement de la cytochrome-réductase.

UE 1
L’action conjointe de tous les cytochromes et les réactions d’oxydo-réduction successives vont
permettre de réduire le cytochrome c (donc de lui faire gagner des électrons) et vont surtout
permettre d’excréter deux protons H+ hors de la matrice mitochondriale :
Fonctionnement de la cytochrome-oxydase.
Tout d’abord, une molécule d’ubiquinone réduite QH2 (ubiquinol) vient se fixer sur la
cytochrome-réductase. Elle va subir deux oxydations différentes et quasiment simultanées :
§ Elle cède un premier électron à une protéine à fer non héminique, qui le cède ensuite
à l’hème c1 du cytochrome c1 qui le cède ensuite au cytochrome c : ceci aboutit à la
réduction du cytochrome c et à l’oxydation de QH2 en QH° : il y a, à ce moment,
excrétion d’un proton H+ (partie droite de figure ci-avant).
§ Elle cède un deuxième électron au cytochrome b-562 qui le cède ensuite au

cytochrome b-566. Il y a encore oxydation de l’ubiquinone et nous passons de QH à
Q : il y a une deuxième excrétion d'un proton (partie gauche de la figure ci-avant).
§ L’électron en trop sur le cytochrome b-566 est ensuite redonné à l’ubiquinone qui
redevient QH° permettant de pomper un proton en provenance de la matrice.
§ Un deuxième électron est ensuite de nouveau capté par l’ubiquinone ce qui permet
de la régénérer totalement sous sa forme réduite QH2 et de pomper un deuxième H+.
Remarque. – Cet électron provient en réalité de l’oxydation d’une deuxième ubiquinone mais cela
n’a pas été dit par le Pr MOREL et n’est donc pas à savoir. Un deuxième ubiquinone réduit cède
ses deux électrons : l’un va aller se fixer sur le cytochrome c, tandis que le deuxième ira se fixer sur
le QH obtenu après le cycle de la première molécule, ce qui permettra de régénérer l’ubiquinone
réduite QH2.
§ L’ubiquinone réduite recommence alors un cycle.
D. Cytochrome c
Le cytochrome c est la protéine la mieux connue de la chaîne respiratoire. Elle est très conservée,
légère et est constituée d’une unique chaîne protéique de 104 acides aminés. Elle est très mobile dans
la membrane mitochondriale et est positionnée vers l'extérieur.
Elle présente un groupement héminique lié par covalence à 6 autres atomes (ces 6 atomes
forment une sphère autour de l’atome de fer).
289 Année 2017 - 2018

Quatre des 6 positions de coordination sur le fer sont occupées par le site porphyrique, ce qui
signifie que quatre des 6 atomes entourant l’atome de fer sont les atomes constituant le site
porphyrique. La chaîne protéique vient en fait s’enrouler autour du groupement héminique. Elle
permet de réduire le complexe de cytochrome oxydase.
Cytochrome-oxydase
La cytochrome-oxydase est un gros complexe protéique qui catalyse la réaction suivante :
4 cyt c (+2) + 4H+ + O2 " 4 cyt c (+3) + 2 H2O
Quatre électrons portés par quatre cytochromes c réduits (2+) sont canalisés vers l’O2 pour le
réduire totalement en H2O, en utilisant quatre protons provenant de la matrice mitochondriale.
Fonctionnement de la cytochrome-oxydase.
En parallèle, l’oxydation des cytochromes couplée à la réduction de l’O2 libère une grande
quantité d’énergie, ce qui permet de pomper de manière concomitante des protons de la matrice vers
la face cytosolique de la membrane mitochondriale interne.
La cytochrome oxydase est composée de 8 sous-unités dont les sous-unités I, II et III sont codées
par l’ADN mitochondrial :
§ l’hème a (dans le cytochrome a) et le Cua sont présents dans la sous unité II ;
§ l’hème a3 (dans le cytochrome a3) et le Cub sont présents dans la sous unité I.
ème
La 6 position de coordination sur le fer est libre, c’est-à-dire qu’il n’y pas 6 mais 5 atomes
présents autour du fer : c’est à cet endroit que viendra se fixer l’oxygène pour être réduit en H2O.
L’oxygène est un accepteur idéal d’électrons car rappelons le, il a un fort pouvoir oxydant du fait
de son potentiel rédox positif. Le transfert de 4 e- permet de former de l’H2O mais attention, une
réduction partielle de l’O2 forme des composés dangereux très oxydants et en particulier l’ion
superoxyde : si il n’y a pas suffisamment d’électrons, l’O2 ne sera réduit que partiellement.
-
O2 + e-" O2

UE 1
VI. Couplage de l’oxydation et de la phosphorylation par

une force protomotrice
Le flux d’électrons du NADH vers l’O2 est un processus exergonique car il libère de l’énergie :
½ O2 + NADH + H+ " H2O + NAD+ avec ∆G’0 = - 52,6 kcal/mol.

L’énergie libre de cette oxydation du NADH,H+ est alors utilisée pour synthétiser de l’ATP, qui lui
est un processus endergonique nécessitant de l’énergie :
ADP + Pi + H+ " ATP + H2O avec ∆G’0 = + 7,3 kcal/mol.

Il y a donc nécessairement un couplage de l’oxydation et de la phosphorylation, et celui-ci est
réalisé au moyen d’un gradient de protons établi à travers la membrane mitochondriale interne.
Couplage oxydation-phosphorylation.
A. Comment se fait le couplage ?

C’est un couplage chimique, il fait intervenir des intermédiaires covalents de haute énergie qui
vont entraîner une chaîne d’activation protéique.
La principale hypothèse à ce jour pour le couplage de la phosphorylation et de l’oxydation est une

hypothèse chimiosmotique : dans ce modèle, le mouvement des protons à travers la membrane serait
l’évènement primaire de la conservation de l’énergie, c’est-à-dire que c’est la création d’un gradient
de protons qui permettrait de faire tourner l’ATP synthase.
B. Preuves apportées à cette hypothèse

Il existe bel et bien un gradient de protons de part et d’autre de la membrane mitochondriale
interne : en effet, le pH extérieur est inférieur au pH intérieur.
De plus, si nous créons artificiellement un gradient de protons sans passer par une chaîne
transporteuse d’électrons et que nous plaçons des ATP synthases sur la membrane, alors il y a bien
synthèse d’ATP : ce n’est pas le transport des électrons qui est responsable de la synthèse d’ATP mais
bien le gradient de protons.
291 Année 2017 - 2018

Pour valider cette hypothèse, nous avons réalisé une expérience un peu particulière. Nous avons
construit des vésicules synthétiques sur les membranes desquelles nous avons placé des ATP synthases
et de la bactériorhodopsine : cette protéine, retrouvée notamment chez les bactéries, agit comme
une pompe à protons mais possède la propriété de ne fonctionner qu’en présence de lumière. Nous
nous sommes alors rendus compte qu’il y avait synthèse d’ATP uniquement en présence de lumière,
c’est-à-dire uniquement en présence d’un gradient de protons.
Expérience des vésicules.
En regardant ces résultats, nous pouvons ainsi dire que la chaîne respiratoire et l’ATP synthase
sont vectoriellement organisées c’est-à-dire que les protons se déplacent dans un sens bien précis
dans chacune d’elle :
§ de l’intérieur vers l’extérieur dans la chaîne respiratoire ;
§ de l’extérieur vers l’intérieur dans l’ATP synthase.
La création de ce gradient de protons nécessite la présence de deux compartiments internes et

externes séparés par une membrane imperméable aux protons en dehors de transporteurs
spécifiques : c’est le rôle de la membrane mitochondriale interne.
Remarque. – Toute augmentation du flux de proton entraîne l’accroissement de la production

d’ATP grâce à cette ATP synthase. Aussi, toute stimulation de la production d’ATP entraîne un
accroissement de la consommation d’O2 par le cytochrome réductase à C’est le couplage
respiratoire.
Enfin, la dernière preuve apportée à cette hypothèse est celle de l’inactivation du gradient : si
nous utilisons des substances qui transportent les protons à travers la membrane interne, de
l’extérieur vers l’intérieur, alors nous dissipons le gradient, ce qui aboutit à un découplage de
l’oxydation et de la phosphorylation et donc à l’absence de synthèse d’ATP. Ces substances sont
appelées agents découplants, et sont le plus souvent des acides faibles lipophiles (qui peuvent
s’insérer dans la membrane) comme le 2,4-dinitrophénol ou la protéine UCP1.
Grâce à ces agents découplant présents naturellement dans l’organisme, une partie non
négligeable des protons rejoint la matrice mitochondriale sans participer à la synthèse d’énergie
chimique (création d’ATP) mais en participant à la production de chaleur. En effet, l’énergie que libère
le cytochrome oxydase en produisant de l’eau sera utilisé pour produire de l’énergie thermique.

UE 1
C. Inhibiteurs de la chaîne de transfert

Ces inhibiteurs permettent de bloquer le transfert des électrons à travers la chaîne respiratoire,
mais bloquent aussi par conséquent les pompes à protons. Il y a donc perte du gradient de protons et
mise au repos de la synthèse de l’ATP :
§ le roténone et l’amylate inhibent la NADH-Q-réductase mais n’interfèrent pas avec la

succinate-Q-réductase (complexe II)
§ l’antimycine A inhibe la cytochrome-réductase.
§ le cyanure, l’azide et le monoxyde de carbone inhibent la cytochrome-oxydase ce qui

explique la baisse de charge énergétique lors d’intoxication à l’un de ces trois éléments.
VII. ATP synthase ou F1F0ATPase
ATP-synthase.
L’ATP synthase présente deux sous unités constituées de plusieurs chaînes polypeptidiques :
§ F1 est la sous-unité catalytique, elle réalise la synthèse de l’ATP. Elle est située à la face
matricielle et est constituée de 6 unités polypeptidiques et de plusieurs domaines :
- 3 unités α et 3 unités β forment un plateau sur lequel viendront se fixer les
ADP + Pi (au niveau de la SU β). Ce sont les seuls unités à participer à la catalyse.
- Une tige centrale constituée d’une unité ε et d’une unité γ sert d’axe de rotation
au plateau. γ rompt la symétrie de l’hexamère α3β3 ce qui permet de donner un
sens à la rotation.
§ F0 est un segment hydrophobe qui s’insère profondément dans la membrane à la face

cytosolique. Il sert de canal à protons et forme un anneau constitué de 10 à 14 unités c.
Cet anneau est lié à l’unité F1 par une sous-unité α, une δ et par deux b.
293 Année 2017 - 2018

Mécanisme de la synthèse d’ATP :
§ Au départ, une molécule d’ATP est déjà étroitement liée à une sous-unité β ;
§ Un ADP et un phosphate inorganique viennent se fixer au niveau d’une autre unité β ;
§ Le flux de protons à travers le canal à protons fait tourner l’unité F1, permet la libération
de l’ATP initialement présent et permet la formation d’un nouvel ATP à partir de l’ADP et
du phosphate inorganique : nous nous retrouvons alors dans la conformation initiale ;
§ Il existe donc un équilibre entre ADP et ATP au niveau du site catalytique : la libération
d’ATP ne peut pas se faire s’il n’y a pas fixation d’ADP.
§ L’ATP ne peut quitter le site catalytique que si le flux de protons passe, ce qui n'est pas le
cas en présence d'agents découplants.
Synthèse d'ATP.
Passage des protons dans la sous-unité F0 :

§ Un proton en provenance de l’espace inter-membranaire pénètre dans la moitié
cytosolique du canal et vient neutraliser la charge d’un résidu aspartate porté par une
des sous-unités c.
§ Avec cette charge neutralisée, l’anneau tout entier peut alors tourner dans le sens des
aiguilles d’une montre d’une sous-unité c. Ce faisant, il déplace un nouveau résidu acide
aspartique (lui aussi lié à un proton) en dehors de la membrane, dans la moitié matricielle
du canal.
§ Le proton lié à ce résidu aspartate peut alors aller dans la matrice, ce qui remet le canal
dans son état initial.
Passage des protons à travers l'ATP-synthase.

UE 1
Récapitulatif de ce qu’il faut savoir sur la

phosphorylation oxydative
Son principe Création d’un gradient de proton entre l’espace inter-membranaire (entre la
membrane interne et externe) et la matrice de la mitochondrie. Ce gradient
servira à former de l’ATP (essentiel à la survie cellulaire) et de l’énergie
thermique.
Expulsion des protons en dehors de la matrice grâce aux complexes
enzymatiques (I, II, III et IV) de la mitochondrie, et entrée par l’ATP synthase
qui se sert de ce gradient pour former de l’ATP (comme un moulin à eau).
Complexe I ou Inhibé par Pompe 4 protons en Transfert de 2 protons du
NADH-Q réductase roténone et dehors de la matrice. NADH,H+ au coenzyme Q
amytal. mobile (qui va se rendre au
complexe III).
Complexe II ou Ce n’est pas une pompe à Transfert de 2 protons du
Succinate-Q proton ! FADH2 au coenzyme Q.
réductase
Complexe III ou Inhibé par Pompe 2 protons en Oxydation des coenzymes Q
Cytochrome l’antimycine A. dehors de la matrice. venant des complexes I et II.
réductase Un coenzyme Q permet
l’expulsion de 2 protons (en
cédant des électrons aux Cyt
B et aux protéines fer), et un
autre permet de réduire le
Cyt C mobile.
Complexe IV ou Inhibé par le Pompe 4 protons en 4 électrons provenant du Cyt
Cytochrome cyanure, l’Azide dehors de la matrice. C réduit vont servir à réduire
oxydase et le monoxyde totalement l’O2 pour former
de carbone (CO). de l’H20. Si réduction
incomplète, formation
d’ions superoxydes
dangereux.
ATP synthase ou Permet le passage de Possède un segment
F0F1 ATPase proton de l’espace hydrophobe F0 qui va servir
intermembranaire vers la de canal à proton et un
matrice. segment F1 qui va servir de
sous unité catalytique pour
phosphoryler l’ADP en ATP.
Couplage de la Toute augmentation du flux de proton entraîne l’accroissement de la
phosphorylation production d’ATP grâce à cette ATP synthase. Aussi, toute stimulation de la
production d’ATP entraîne un accroissement de la consommation d’O2 par le
cytochrome réductase à C’est le couplage respiratoire.
Une partie l’énergie libérée lors de la réaction exergonique que réalise le
cytochrome oxydase (réduction de l’O2), est utilisée pour réaliser la réaction
endergonique que réalise l’ATP synthase (la phosphorylation de l’ATP).
Découplage de la Une partie des protons ne passe pas par l’ATP synthase mais par des
phosphorylation transporteurs de protons appelés agents découplant (acide lipophiles faibles
comme UCP1) : il n’y a donc pas création d’ATP mais création d’énergie
thermique.
295 Année 2017 - 2018

VIII. Transporteurs mitochondriaux et oxydation du
NADH cytosolique
Le NADH n’est pas uniquement produit dans la mitochondrie, il est aussi synthétisé dans le
cytosol, lors de la glycolyse par exemple. Pourtant, l’oxydation et la phosphorylation ont lieu dans la
mitochondrie, il est donc nécessaire d’utiliser des transporteurs pour les faire passer du cytosol à la
mitochondrie.
A. Système glycérol-phosphate dans le muscle

Le système glycérol-phosphate est spécifique au muscle :
§ Le NADH,H+ est oxydé par la 3-glycérol-phosphate-déshydrogénase en NAD+. Ses

électrons sont alors transférés au dihydroxy-acétone-phosphate (même molécule
retrouvée dans la glycolyse) qui devient du glycérol-phosphate.
§ Le glycérol-phosphate se dirige alors vers une enzyme membranaire mitochondriale

directement implantée dans la chaîne respiratoire : la glycérol-3-phosphate
déshydrogénase qui transmet les électrons avec du FAD. Le FADH2 formé échange ensuite
ses électrons avec de l’ubiquinone.
Navette au glycérol-phsophate.
B. Système malate-aspartate (cœur-foie)

Cette navette est un peu plus compliquée et plus efficace que la navette précédente, mais pas de
panique, décomposez chaque étape :
Rappel. – L’aspartate et le glutamate sont des acides aminés anaboliques, c’est-à-dire qu’ils
peuvent servir à synthétiser des intermédiaires grâce à des transaminases : l’aspartate peut
donner de l’oxaloacétate et la glutamate de l’α-cétoglutarate.
§ Le NADH,H+ du cytosol est utilisé pour réduire de l’oxaloacétate provenant de l’aspartate

en malate (d’où le nom de la navette) grâce à la malate-déshydrogénase cytosolique.
§ Le malate diffuse ensuite à travers la membrane mitochondriale en échange de l’α-

cétoglutarate.

UE 1
§ Dans la matrice, il est alors réoxydé en oxaloacétate par la malate-déshydrogénase

mitochondriale. Ce faisant, il y a régénération du NADH,H+ à partir du NAD+ rejeté par la
chaîne respiratoire. Il y a donc bien transfert du NADH,H+ de l’extérieur vers l’intérieur
de la mitochondrie.
§ L’oxaloacétate est alors transformé par une transaminase en aspartate, qui diffuse hors
de la mitochondrie par un transporteur spécifique, pour être retransformé en malate.
§ L’α-cétoglutarate qui a diffusé hors de la mitochondrie est lui transformé en glutamate

par une transaminase, est réinjecté dans la mitochondrie par un transporteur spécifique,
et peut alors de nouveau être échangé contre du malate.
Navette aspartate-malate (remarque : OAA = oxaloacétate).
IX. Bilan
Glycolyse : - 2 ATP / + 4 ATP = +2 ATP au final.
Cycle du citrate : +2 GTP.
Phosphorylation oxydative :
§ 2 NADH lors de l’oxydation du glycéraldéhyde-3-phosphate = +3 ou +5 ATP (selon la
navette utilisée).
§ 2 NADH lors de la décarboxylation oxydative du pyruvate = +5 ATP (chaque NADH
rapporte 2,5 ATP avec la navette malate-aspartate).
§ 6 NADH lors du cycle du citrate = + 15 ATP.
§ 2 FADH2 lors du cycle du citrate = + 3 ATP (chaque FADH2 produit 1,5 ATP).
Rendement pour le catabolisme d’un glucose :

+ 30 ATP si navette glycérol-phosphate
+ 32 ATP si navette malate-aspartate
La réaction glucose + 6 O2 " 6 CO2 + 6 H2O a un ∆G’° = - 689 kcal/mol. Pourtant, seules 263 kcal
sont libérées par l’utilisation des ATP formés à partir du glucose. L’énergie restante est dissipée sous
forme de chaleur, c’est ça qui nous permet de conserver une chaleur corporelle constante.
263 ÷ 686 × 100 = 38%. L’efficacité thermodynamique de cette oxydation sera de 38%.
297 Année 2017 - 2018

UE 1
Néoglucogenèse
I. Généralités
Les besoins quotidiens en glucose (300 grammes) se répartissent de la manière suivante :
§ 120 grammes pour le cerveau, organe le plus consommateur de glucose de l'organisme.
§ 160 grammes pour le reste de l'organisme.
Hypoglycémie. – En cas d’hypoglycémie, l'apparition de symptômes neurologiques est rapide.
Pourtant, la quantité de glucose en réserve dans l'organisme est plutôt faible :
§ 20 grammes dans les liquides biologiques (sang, LEC, LIC, LCR, etc.) ;
§ 190 grammes sous forme de glycogène (= forme de stockage du glucose).
Ainsi, après une journée de jeûne, toutes les réserves de glucose sont déjà utilisées, il faut donc
mettre en place un mécanisme pour en re-synthétiser : il s'agit de la néoglucogenèse.
La néoglucogenèse correspond à la transformation du pyruvate en glucose en utilisant des

précurseurs non glucidiques :
§ le glycérol provenant de la lipolyse des triglycérides contenus dans les adipocytes : il

peut ensuite être phosphorylé pour donner du glycérol-3-phosphate ou du
dihydroxyacétone.
§ le lactate provenant de l’oxydation du pyruvate en lactate dans le muscle lors d’un effort
musculaire : réaction réversible (le lactate peut redevenir du pyruvate).
§ les acides aminés (alors nommés glucoformateurs): ils peuvent ensuite re-donner de
l’oxaloacétate ou du pyruvate. Ils proviennent :
- soit de l’alimentation,
- soit, en période de jeûne, de la dégradation des protéines musculaires.
ème
La néoglucogenèse a lieu essentiellement dans le foie et un peu dans le rein (1/10 ). Son rôle
est de maintenir la glycémie constante essentiellement pour le cerveau et les muscles, qui sont les
principaux organes consommateurs de glucose.
II. Description
La néoglucogenèse n’est pas l’inverse de la glycolyse.

En effet, elle doit contourner les trois étapes irréversibles de la
glycolyse par d’autres mécanismes, qui constituent donc aussi
les 3 étapes clés de la néoglucogenèse.
299 Année 2017 - 2018

Formation du PEP (C3) à partir du pyruvate
Les étapes de la néoglucogenèse se déroulent dans le cytosol, comme la glycolyse (car les
enzymes catalysant les réactions réversibles sont dans le cytosol). Il est donc nécessaire de faire
ressortir le pyruvate de la mitochondrie. La navette malate-oxaloacétate va donc être utilisée (un
peu comme celle faisant rentrer les NADH,H+ dans la mitochondrie mais en sens inverse).
Formation d’oxaloacétate (C4)

Cette étape est totalement mitochondriale.
C’est une carboxylation du pyruvate en oxaloacétate grâce à une enzyme, la pyruvate-

carboxylase qui va catalyser une série de réactions :
§ C’est une enzyme qui va permettre un transport mobile d’un CO2 activé.
§ Un bicarbonate va tout d’abord venir se fixer sur l’enzyme.
§ Ce bicarbonate sera complexé avec une molécule d’ATP et il y aura transfert d’un
groupement phosphoryle sur le bicarbonate selon la réaction suivante :
HCO3- + ATP " HOCO2-PO32- + ADP
§ HOCO2-PO32 ira ensuite se fixer sur une molécule de biotine, un coenzyme essentiel de la
pyruvate-carboxylase. Cela aboutira à la libération d’un phosphate inorganique et à la
liaison du CO2 activé sur la biotine :
HOCO2-PO32- + biotine-enzyme " CO2-biotine-enzyme + Pi
§ Enfin, le CO2 activé sera transféré sur un pyruvate qui subira alors une carboxylation pour
devenir de l’oxaloacétate.
La pyruvate-carboxylase est une enzyme qui présente plusieurs domaines qui ont des fonctions
spécifiques :
§ les acides aminés 1 à 350 forment un site de liaison pour la capture de l’ATP.
§ les acides aminés 1100 à 1180 forment un site de liaison pour la biotine, qui établit une
liaison amide avec une lysine de la chaîne protéique.
§ les acides aminés 351 à 1099 forment le site catalytique de l’enzyme à proprement parler
qui catalyse la réaction de décarboxylation.
Fonctionnement de la pyruvate-acrboxylase.

UE 1
Sortie de l’oxaloacétate par la navette malate-oxaloacétate

§ L’oxaloacétate est transformé en malate par une malate-déshydrogénase mitochondriale
en utilisant du NADH,H+.
§ Le malate diffuse à travers la membrane mitochondriale grâce à un transporteur.
§ Il est ensuite retransformé en oxaloacétate par une malate-déshydrogénase cytosolique,

ce qui permet de régénérer le NADH,H+.
Formation du phospho-énol-pyruvate
Dans le cytosol, l’oxaloacétate va subir une décarboxylation et une phosphorylation par la
phospho-énol-pyruvate-carboxy-kinase (ou PEPCK) ce qui va utiliser un GTP et libérer du CO2.
Attention pour la PEPCK,

la régulation n’est pas allostérique mais hormonale
(glucagon).
Le PEP va ensuite remonter toutes les étapes de la glycolyse jusqu’à arriver à la deuxième étape
irréversible de la glycolyse : le passage du fructose-1,6-bisphosphate au fructose-6-phosphate.
Conversion du fructose-1,6-bisphosphate
Cette étape va faire intervenir une fructose-1,6-bisphosphatase qui va déphosphoryler le
fructose-1,6-bisphosphate, ce qui libère un phosphate inorganique. Il n’y pas de régénération d’ATP.
La régulation à ce niveau est double :
§ Elle est surtout allostérique négative par le fructose-2,6-bisP et l’AMP (cf. cours sur la
glycolyse pour retrouver l’explication de la régulation allostérique de PFK1 et PFK2).
§ Elle est allostérique positive par l’ATP et le citrate.
Régulation de PFK1.
§ Elle est aussi hormonale via le glucagon et les catécholamines qui l’activent. En effet, ce
sont des hormones hyperglycémiantes, on cherche donc à reformer du glucose et on
active la voie de la néoglucogenèse.
On va ensuite remonter la chaîne de la glycolyse jusqu’à la dernière étape irréversible.
301 Année 2017 - 2018

Formation du glucose par hydrolyse du glucose-6-phosphate
Cette réaction aboutit à la déphosphorylation du glucose-6-phosphate ce qui libère un phosphate
inorganique. Il n’y pas de régénération d’ATP et cette réaction est réalisée par la glucose-6-
phosphatase (ou G6Pase).
Cette étape a lieu dans le réticulum endoplasmique (RE) : il faut que le glucose-6-phosphate y
entre par un transporteur spécifique puis que le glucose ressorte par un autre transporteur.
La phosphorylation du glucose en glucose-6-P est un moyen de garder le glucose dans la cellule,

car le glucose-6-phosphate ne peut pas diffuser hors de la cellule : il n’a pas de transporteur.
Inversement, déphosphoryler le glucose-6-P est un moyen de le faire sortir de la cellule, car le

glucose utilisera ensuite le transporteur GLUT2 pour sortir de la cellule. (Cf. La Glycolyse pour les
différents transporteurs du glucose.)
Mais attention, la G6Pase n’est pas exprimée partout mais seulement dans le foie et le rein, ce
sont les seuls tissus à pouvoir réaliser la néoglucogenèse.
Cycle du glucose dans la cellule.
III. Bilan de la néoglucogenèse

Bilan de la néoglucogenèse :
2 pyruvates + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH + 6 H2O

" glucose + 4 ADP + 2 GDP + 2 NAD+ + 2 H+
∆G°’ = - 9 kcal/mol
Si cette réaction était exactement l’inverse de la néoglucogenèse, le bilan serait différent :
2 pyruvates + 2 ATP + 2 H2O

" glucose + 2 ADP + 2 Pi + 2 NAD+
∆G°’ = 20 kcal/mol
La néoglucogenèse n’est donc pas l’inverse de la glycolyse.

UE 1
IV. Intégration dans l’organisme : le cycle de Cori

Le lactate n’est produit que dans deux endroits très précis (et non ailleurs) :
§ dans les érythrocytes (ou globules rouges) car ceux-ci ne disposent pas de mitochondrie.
Ils ne peuvent donc, par conséquent, pas faire de cycle de Krebs et mettent donc en place
une glycolyse anaérobie.
§ dans les muscles squelettiques lors de l’exercice musculaire : dans cette situation, le
manque d’oxygène fait que la vitesse de formation du NADH par la glycolyse musculaire
est plus grande que celle de son oxydation par le mécanisme aérobie. Une grande
quantité de pyruvate et de NADH s’accumule ce qui aboutit à la mise en place de la
glycolyse anaérobie : les NADH sont utilisés pour réduire le pyruvate en lactate.
Ce lactate produit devient alors une source d’énergie pour tous les autres tissus lorsqu’il est
oxydé. Il diffuse facilement dans le sang et retourne dans le foie où il est ré-oxydé pour donner du
pyruvate.
Ainsi, un cycle se met en place, le cycle de Cori :
§ le foie fournit du glucose au muscle squelettique au cours de la contraction.
§ le muscle en tire de l’ATP par la glycolyse et le convertit en lactate.
§ le lactate est ensuite renvoyé au foie pour être ré-oxydé en pyruvate, puis redevient du
glucose par la néoglucogenèse.
Cycle du glucose dans la cellule.
V. Régulation hormonale
Interactions covalentes
Les hormones se fixent directement sur les enzymes et modifient leur fonctionnement.
303 Année 2017 - 2018

Régulation de la biosynthèse
Il existe deux hormones antagonistes essentielles dans cette régulation :
§ l’insuline inhibe la néoglucogenèse et active la glycolyse car elle est hypoglycémiante. Elle
régule donc :
- la phosphofructokinase 1 en l’activant,
- la pyruvate-kinase en l’activant,
- l’enzyme bifonctionnelle en activant PFK2 et en inhibant la FBPase2.
§ le glucagon active la néoglucogenèse et inhibe la glycolyse car il est hyperglycémiant.

Il agit donc :
- en inhibant les trois enzymes clés de la glycolyse (Hexokinase / PFK / Pyruvate
Kinase)
- en activant la PEPCK,
- en activant la fructose-1,6-biphosphatase 1 (ou FBPase1).
Régulation transcriptionnelle
Les hormones se fixent sur les promoteurs des régions géniques codant les enzymes pour activer
ou inhiber leurs biosynthèses ou fixent des récepteurs nucléaires qui fixeront aussi ces promoteurs, ou
fixent des récepteurs membranaires qui activeront une cascade de signalisation et une activation
génique, comme pour les récepteurs tyrosine kinase de l’Insuline. (cf. cours de biologie moléculaire).
Par exemple, dans le promoteur de la PEPCK nous retrouvons différentes séquences :

§ IRE pour Insuline Response Element ;
§ GRE pour Glucagon Response Element ;
§ TRE pour TSH Response Element (hormones thyroïdiennes) ;
§ CRE1 et CRE2 pour c-AMP Response Element (1 ou 2).
Promoteur du gène codant la PEPCK.

UE 1
Métabolisme du glycogène
I. Introduction
Le contrôle du taux de glucose dans le sang est indispensable au bon fonctionnement du cerveau.
Ainsi, il est indispensable de pouvoir en fournir une quantité suffisante quelle que soit la situation (en
post-prandial par exemple).
Le glycogène est un polyoside (≠oligoside) composé de D-glucose reliés par des liaisons α-1,4 et
de ramifications reliées à la chaîne principale par des liaisons α-1,6. On dénombre 9 résidus pour les
extrémités et 4 entre chaque ramification.
Le glycogène est la forme de stockage du glucose. Il constitue une forme d’énergie rapidement
mobilisable mais qui est assez faible, d’où la nécessité de lipides et de protéine qui vont permettre de
répondre à nos besoins énergétiques. La voie métabolique qui permet le stockage de glycogène à partir
de glucose est la glycogénogénèse, alors que celle qui permet la mobilisation du glucose à partir de
glycogène se nomme glycogénolyse.
On retrouve du glycogène dans le foie (75-100 g) mais surtout dans le muscle (150 g). Le glycogène
hépatique est mobilisé pour maintenir le taux de glucose sanguin et pour alimenter les tissus
périphériques alors que le glycogène musculaire est mobilisé et consommé sur place pour leur
fonctionnement. Pour mémoire (cours sur la néoglucogenèse), le foie, à l’inverse du muscle, possède
une glucose 6-phosphatase. Il sera alors capable de transformer le glucose-6-phosphate, obtenu après
dégradation du glycogène, en glucose et de l’excréter dans le sang.
II. La glycogénogenèse
Elle permet la synthèse de glycogène à partir du précurseur glucose 6-phosphate.
Conversion du Glucose 6-phosphate en glucose 1-phosphate

Cette étape est importante car elle empêche le glucose 6-phosphate de rentrer dans la glycolyse
et permet donc un stockage relatif de celui-ci.
Cette réaction est réalisée de manière réversible par une phosphoglucomutase et ne nécessite
qu’un faible taux d’énergie. Cette enzyme possède une sérine qui d’une part va donner un phosphate
pour le carbone 1 du glucose substrat et d’autre part acceptera le phosphate du carbone 6 du même
glucose. On observe une liaison O-glycosidique entre la sérine et le phosphate.
Action de la phosphoglucomutase sur le glucose 6-Phosphate.
305 Année 2017 - 2018

L’activation du Glucose 1-Phosphate
Pour être activé, le glucose 1-Phosphate doit être sous forme d’UDP-glucose. Cette activation
nécessite de l’énergie et libère un pyrophosphate. L’irréversibilité de cette réaction est favorisée par
la présence d’une pyrophosphatase. En effet, celle-ci va dégrader rapidement le pyrophosphate
produit en deux orthophosphates, ce qui empêche la réaction de revenir en arrière.
Amorce de la synthèse de glycogène

Pour pouvoir commencer à synthétiser la chaîne de glycogène on a
besoin d’une amorce qui va être fabriquée par la glycogénine. Cette protéine
de support possède une tyrosine qui va lier de manière covalente l’extrémité
réductrice du glycogène. Grâce à l’activité glycosyl-transférase de la
glycogénine, il va y avoir transfert d’un UDP-glucose sur la tyrosine puis
formation d’un complexe glycogénine-glycogène synthase. C’est la glycogène
synthase qui catalyse la réaction et qui permet l’élongation de la chaîne de
glycogène.
Amorce de la synthèse du glycogène.

L’élongation de la chaîne de glycogène
L’élongation est assurée par la glycogène synthase qui va transférer le résidu glucosyle de l’UDP-
glucose à l’extrémité non réductrice de la chaîne de glycogène en train d’être synthétisée, l’extrémité
réductrice étant toujours fixé de manière covalente à la glycogénine. Après avoir répété un certain
nombre de fois cette réaction, on obtient une chaîne linéaire de glucose liés par des liaisons α-1,4.
L’insuline, voulant augmenter le stockage de glucose,

stimule l’action de la glycogène synthase.
Pour ramifier le glycogène, on doit passer par une enzyme branchante.

Celle-ci va détruire la liaison α-1,4 (qu’à former la glycogène synthase) pour
reformer une liaison α-1,6. Cette réaction se déroule par transfert d’un bloc
de 7 glucoses, provenant d’une chaîne d’au moins 11 résidus, en un site plus
interne sur le glycogène. Une fois la ramification créée, elle pourra encore
être allongée par la glycogène synthase.
Les ramifications possèdent toutes une extrémité non réductrice : le

glycogène nouvellement synthétisé possède ainsi une seule extrémité
réductrice, habituellement liée à la glycogénine. Finalement, il faut savoir
que plus le glycogène a de ramification, plus sa solubilité augmente.
Le glycogène peut donc stocker une grande quantité de glucose sur un

petit espace grâce à cette multitude de ramification. De plus, ses
ramifications vont pouvoir être mobilisées rapidement : les enzymes vont les
dégrader facilement en fournissant ainsi beaucoup de glucose.
Elongation du glycogène.

UE 1
Bilan de la glycogénogenèse
III. La glycogénolyse
Ici, on utilise le glycogène pour reformer du glucose 6-Phosphate qui sera utilisable par la
glycolyse ou bien sera retransformé en glucose pour être excrété dans le sang.
A. Action de la glycogène phosphorylase sur le glycogène

Le glycogène est dégradé par une glycogène phosphorylase, qui ne coupe que les chaînes
linéaires, enlevant les glucoses un par un. Elle s’arrête lorsqu’il ne reste que quelques glucoses au
niveau d’un embranchement (avec une ramification). Dans le schéma ci-contre, la phosphorylase
laisse les quatre derniers glucoses de la ramification qui seront clivés par des enzymes particulières.
Action de la phosphorylase sur les glucoses en rouge.
L’enzyme va utiliser 8 orthophosphates pour cliver une liaison α-1,4 du glycogène et libérer un
glucose 1-phosphate. L’utilisation d’orthophosphate (Pi) et non d’ATP permet de ne
pas trop utiliser d’énergie. Dans cette réaction, contrairement à celle des amylases
intestinales qui clivent l’amidon pour qu’il puisse être absorbé par les entérocytes, une
partie de l’énergie de la liaison glycosidique est conservée par la formation directe de
Glucose 1-phosphate activé.
La glycogène phosphorylase utilise le phosphate de pyridoxal comme coenzyme,

ce qui lui permet de transférer facilement les orthophosphates. Ce coenzyme se lie
d’une part à un orthophosphate et d’autre part à une lysine de la glycogène
phosphorylase, grâce à une liaison de « la base de Schiff ».
Liaison de la base de Schiff.
307 Année 2017 - 2018

B. Remodelage du glycogène
Après l’action de la glycogène phosphorylase, intervient l’enzyme débranchante qui va s’occuper
des glucoses qui restent à l’embranchement. Elle possède deux actions :
§ Une action glucose transférase, qui transfert les glucoses de la ramification sur la chaîne
linéaire sauf celui directement lié en α-1,6.
§ Une action α-1,6-glucosidase, qui coupe la liaison α-1,6 libérant ainsi un glucose.
Action de la transférase sur les glucoses en bleu.
C. Conversion du glucose 1-Phosphate en glucose 6-Phosphate

Cette étape est réalisée par la phosphoglucomutase et est réversible (étape inverse de la réaction
dans la glycogénogenèse). La réaction dans l’un des deux sens est favorisée par l’état énergétique de
la cellule.
Exemple : Si la cellule a beaucoup de glucose, elle va chercher à le stocker. Il va y avoir

augmentation du taux de glucose 6-Phosphate qui se transformera en glucose 1-Phosphate. A
l’inverse, s’il la cellule est vide de glucose, elle va chercher à mobiliser les réserves de glycogène.
La réaction du glucose 1-Phosphate vers le glucose 6-Phosphate sera alors favorisée.
IV. Régulation du métabolisme du glycogène

Le métabolisme du glycogène fait partie intégrante du métabolisme énergétique et une
régulation allostérique et hormonale de ces enzymes semble donc indispensable.
A. Régulation allostérique de la glycogène phosphorylase

La glycogène phosphorylase possède en réalité deux isoformes : un musculaire et un autre
hépatique. Cela explique qu’elle n’est pas contrôlée par les mêmes molécules dans ces deux organes.
§ Ainsi dans le foie, le glucose inhibe la glycogène phosphorylase pour pouvoir être mis en
réserve.
§ Dans le muscle, l’AMP la stimule. En effet, un fort taux d’AMP dans le muscle signifie que
celui à dépenser de l’énergie (de l’ATP) et qu’il a besoin de mobiliser ses réserves. A
l’inverse, un fort taux d’ATP ou de glucose 6-phosphate inhibera la dégradation du
glycogène.

UE 1
Les régulations allostériques restent cependant un phénomène moins important que les
modifications covalentes (régulation hormonal) dans le métabolisme du glycogène et surtout dans sa
dégradation.
B. Régulation hormonale
Le glucagon et l’adrénaline dirigent le catabolisme et la production d’énergie, alors que
l’insuline contrôle l’anabolisme orienté vers le stockage de l’énergie. Les effets de ces deux groupes
d’hormones sont antagonistes, ce qui nécessite une régulation précise et coordonnée.
C. Une Protéine kinase A au centre de la régulation

La protéine kinase A (PKA) joue un rôle central dans cette régulation car elle agit à la fois sur les
mécanismes de synthèse et de dégradation du glycogène. Lorsqu’elle est phosphorylée, elle active la
glycogène phosphorylase (ou phosphorylase) par l’intermédiaire d’une phosphorylase kinase. Il existe
en effet, deux types de glycogène phosphorylase :
§ La phosphorylase A est la phosphorylase très active, c’est-à-dire que son site catalytique
est ouvert de manière important.
§ La phosphorylase B est la forme peu active voir inactive : le site catalytique est peu
ouvert, presque fermé.
On peut passer de l’une à l’autre des phosphorylases par une phosphorylation médiée par la
phosphorylase kinase. Cette phosphorylase kinase est activée par phosphorylation mais également par
la présence d’ions calciums. Ces ions sont stimulés par contraction musculaire, stimulation nerveuse
ou encore par des hormones et sont indispensables pour que la phosphorylase kinase puisse être
totalement active.
Passage d’une phosphorylase inactive à une phosphorylase active.
La PKA n’active pas directement la glycogène phosphorylase,

mais l’active par l’intermédiaire de la phosphorylase kinase.
Exemple. - Lorsque que la protéine kinase A est phosphorylée, elle peut phosphoryler la
phosphorylase kinase qui à son tour phosphoryle la phosphorylase B pour la rendre active.
Regardez le schéma plus loin dans le cours pour mieux comprendre cette notion.
Mais ce n’est pas le seul rôle que joue la protéine kinase A dans cette régulation ! Elle peut aussi
phosphoryler directement la glycogène synthase A active pour la transformer en une glycogène
synthase B inactive.
309 Année 2017 - 2018

Cette régulation est néanmoins réversible grâce à la phosphoprotéine phosphatase 1 ou PP1 qui
peut déphosphoryler la phosphorylase kinase et la glycogène phosphorylase. PP1 est une protéine qui
est fixée sur le glycogène et empêche sa dégradation. Elle est composée d’une sous-unité catalytique
(PP1 c) et d’une sous unité régulatrice PP1 GM dans le muscle et PP1 GL dans le foie (L pour Liver).
D. Activation de la dégradation du glycogène

Lorsque notre organisme a besoin de glucose dans une situation de jeûne, d’entrainement sportif
ou de stress par exemple, on mobilise le glycogène grâce au glucagon et aussi grâce à l’adrénaline en
cas de stress. Ces deux hormones sont ligand d’un récepteur à 7 passages transmembranaires. Ces
deux hormones vont phosphoryler la PKA par l’intermédiaire d’une protéine G (voir le cours sur les
protéines). Cela va donc entraîner :
§ Une phosphorylation de la phosphorylase kinase qui va activer la glycogène

phosphorylase : stimulation de la dégradation de glycogène.
§ Une phosphorylation de la glycogène synthase qui va entraîner son inhibition : inhibition
de la synthèse de glycogène.
§ Une phosphorylation des sous-unités régulatrices de la PP1 et une fixation de petites
protéines phosphorylées inhibitrices sur la sous-unité catalytique : stimulation de la
dégradation du glycogène.
Action du glucagon et de l’adrénaline sur le métabolisme du glycogène.
E. Inhibition de la dégradation du glycogène

Lorsque l’organisme ne nécessite pas de grande quantité de glucose, on va inhiber la dégradation
du glycogène et augmenter le stockage de glucose grâce à l’insuline (récepteur tyrosine kinase).
L’insuline va augmenter les transporteurs de glucose GLUT pour que celui-ci pénètre plus facilement
dans la cellule et soit stocké.
Ce phénomène va donc entraîner une déphosphorylation de PP1 et une libération de son site
catalytique. PP1 va :
§ Déphosphoryler la phosphorylase A et la phosphorylase kinase : inhibition de la

dégradation du glycogène.
§ Déphosphoryler la glycogène synthase B et donc activer la glycogène synthase A :
stimulation de la synthèse de glycogène.

UE 1
Le métabolisme lipidique
I. Introduction
Comme expliqué précédemment, le glycogène est une forme de stockage rapidement mobilisable
mais qui n’est pas suffisante pour souvenir aux besoins de notre organisme. Si un homme de 70 kg
utilisait la totalité de ses stocks de glycogène (500 g), il produirait seulement 600 kcals et il lui serait
impossible avec cette seule énergie de courir un marathon par exemple. Il possède donc d’autres
stocks d’énergie comme les protéines (25 000 kcals) et les lipides stockés sous forme de TAG dans les
adipocytes (100 000 kcals pour 11kg de graisse !), qui pourront être utilisés. Ainsi, dans son marathon,
il utilisera le glycogène en premier. Ensuite, viendra le tour des protéines qui seront dégradées en
acides aminés pour être utilisés par le foie. Finalement viendra le catabolisme des triglycérides en
dernier.
De plus, l’oxydation complète d’un gramme acide gras est beaucoup plus énergétique que celle
d’un gramme de glucide ou de protéine.
Un gramme d’AG à 9 kcal.

Un gramme de glucide ou de protéine à 4 kcal.
Finalement, les stocks de lipides sont beaucoup plus importants que ceux de glycogène. En effet,
un gramme de triglycéride (graisse presque anhydre) stocke 6 fois plus d’énergie qu’un gramme de
glycogène hydraté.
II. Catabolisme des acides gras

Les acides gras sont stockés dans les adipocytes sous forme de
triglycérol, c’est-à-dire une formation de 3 acides gras pour une molécule
de glycérol. Le TAG est dégradé en 3 AG et un glycérol par une triglycéride
lipase hormono-sensible et régulée par l’AMPc. Les phospholipides sont
également une source d’AG. Triglycérol.
Le glucagon est une hormone qui va stimuler cette lipase en

la phosphorylant et engendrer une DEGRADATION de TAG. A
l’inverse, l’insuline va STIMULER LA BIOSYNTHESE de TAG.
A. Le devenir des acides gras (AG)

Les acides gras, une fois mobilisé, vont rentrer dans le cycle de Krebs sous forme d’acétyl-COA
pour pouvoir être totalement dégradé et ainsi fournir l’énergie nécessaire à l’organisme. La réaction
qui permet de donner de l’acétyl-COA à partir d’acide gras est une oxydation complète appelée béta-
oxydation.
311 Année 2017 - 2018

Si l’énergie est suffisante, l’acétyl-COA peut ne pas rentrer dans la chaîne respiratoire de la
mitochondrie et former du cholestérol et ainsi indirectement, des hormones stéroïdiennes. Dans cette
situation, l’acétyl-COA peut aussi redonner des acides gras grâce à une acide gras synthase.
Quand il n’y a plus assez de glucose pour permettre le fonctionnement du cycle de Krebs, il y a
formation de corps cétonique par oxydation partielle des acides gras. Ces corps cétoniques pourront
être utilisés alors par le cerveau pour continuer à fonctionner malgré le faible taux de glucose.
Le devenir métabolique des acides gras.
B. Le devenir du glycérol
Le glycérol lui ne va pas empreinter les mêmes voies que les acides gras. Grâce à une série de
réaction, il va pouvoir revenir dans la glycolyse ou dans la néoglucogenèse sous forme de
dihydroxyacétone-phosphate.
Une glycérol kinase va phosphoryler le glycérol en C3 pour donner du glycérol 3-phosphate en

utilisant un ATP. Ensuite ce glycérol 3-phosphate va se voir devenir substrat d’une glycérol phosphate-
déshydrogénase qui, en réduisant une molécule de NAD+ en NADH, H+, va former du
dihydroxyacétone-phosphate (DHAP).
Devenir métabolique du glycérol.
Si le taux de glucose est bas (dans un jeûne prolongé par exemple), le DHAP va rentrer dans la
néoglucogenèse pour maintenir la glycémie. Si la charge énergétique est faible, le DHAP va rentrer
dans la glycolyse pour former de l’ATP.
Le DHAP pourra reformer des acides gras en passant par la voie inverse ou bien du glucose. C’est
pour ça que lorsque l’on mange sucré, on peut former des lipides et donc grossir ! Cependant les AG
ne pourront pas former de glucides.

UE 1
Vue d’ensemble des cours du métabolisme

Ce cours n’est pas une retranscription d’un cours magistral fait par le Pr Morel, mais un cours qui tente
de vous donner une vision d’ensemble des cours sur le métabolisme, ce qui est important pour la
compréhension de ces cours J
I. Les hormones
Le métabolisme est finement régulé par le glucagon et l’insuline.
Le glucagon
C’est une hormone hyperglycémiante qui est ligand d’un récepteur à 7 passages
transmembranaires couplé aux protéines G. Il permet d’augmenter le taux de sucre dans le sang et est
donc stimulé dans des situations où celui-ci se fait rare :
§ Après un exercice sportif,

§ Après un jeûne prolongé.
C’est une hormone catabolisante, qui va augmenter les voies métaboliques productrices de
glucose :
§ Stimulation de la glycogénolyse par stimulation de la glycogène phosphorylase,

§ Stimulation de la néoglucogenèse par stimulation de la phosphoénolpyruvate
carboxykinase (par CREB qui agit sur la transcription de cette enzyme) et de la fructose-
1,6 biphosphatase,
§ Inhibition de la glycogénogenèse par inhibition de la glycogène synthase,
§ Inhibition des 3 enzymes clés de la glycolyse : hexokinase, phosphofructokinase et
pyruvate kinase.
Elle va avoir une action anti-lipogénique en abaissant la concentration sanguine en acide gras :
§ Stimulation de la lipase hormono-dépendante qui entraîne un déstockage de lipides dans

les adipocytes,
§ Diminution de la biosynthèse lipidique.
Finalement, elle augmente la protéolyse hépatique (destruction des protéines).
L’insuline
C’est la seule hormone hypoglycémiante dans l’organisme et celle-ci fait défaut chez les
diabétiques. Elle est ligand d’un récepteur tyrosine-kinase. Elle va diminuer le taux de sucre dans le
sang en augmentant le stockage des glucides et leur utilisation pour former de l’ATP. Elle est
augmentée dans les situations post-prandiales (après un déjeuner).
C’est une hormone anabolisante, qui va augmenter les voies utilisatrices de glucose :
§ Stimulation des principales enzymes de la glycolyse,

§ Stimulation de la glycogénogenèse par stimulation de la glycogène synthase,
§ Inhibition de la néoglucogenèse par inhibition à long terme de la PEPCK,
§ Inhibition de la glycogénolyse,
§ Stimulation des transporteurs GLUT impliqués dans l’entrée de glucose dans les cellules.
313 Année 2017 - 2018

Elle va stimuler la biosynthèse lipidique :
§ Inhibition de la lipolyse par freinage de la lipase hormono-sensible,

§ Augmentation du stockage lipidique par estérification des AG en TAG,
§ Stimulation de la glycolyse : une augmentation de DHAP pour former le glycérol
indispensable à l’estérification des AG en TAG.
Finalement, elle va augmenter la protéosynthèse.
II. Les principales voies du métabolisme glucidique

UE 1
Partie 5
BIOLOGIE
MOLÉCULAIRE
Image. – Source :
http://www.welchclass.com/Biology/calendar/calendar.html
315 Année 2017 - 2018
UE 1
La réplication de l’acide désoxyribonucléique

Rédigé à partir du cours du Pr COHEN
I. Définition
Par définition, la réplication est le mécanisme moléculaire précédant la division cellulaire qui
concoure à la duplication du patrimoine génétique afin de transmettre un exemplaire identique à
l'ADN matrice à chacune des cellules filles créées. La réplication fait intervenir une étape de
polymérisation d'une molécule d'ADN. Nous dirons de la réplication qu'elle est : semi-conservatrice
car les deux brins parentaux d'ADN servent de matrices pour la synthèse du brin complémentaire et
antiparallèle ou ADN fils néo-synthétisé et bidirectionnelle. D’après le schéma ci-dessous, la double
hélice d’ADN sert de matrice à sa propre réplication.
La réplication d'une double hélice parentale d'ADN.
La survie à court terme d’une cellule – et donc par extension d’un tissu, d’un organe, puis d’un
organisme – dépend de la prévention des modifications de son ADN. Ainsi, quelque soit la taille du
génome, le taux de mutations est extrêmement bas : nous retrouvons, en moyenne, un seul nucléotide
incorrectement apparié tous les 109 bases ; et ce, à chaque cycle de réplication.
II. Réplication chez les procaryotes

Éléments nécessaires
1. L'ADN parental
L'ADN parental va servir de matrice suivant un schéma semi-conservatif pour la synthèse de deux
brins fils. Nous introduisons ici une notion d'ouverture de la double hélice pour que chaque brin
parental puisse être lu.
Les nucléotides et les ions magnésium

Les nucléotides rentrent dans la réaction de réplication sous forme triphosphate et vont être
incorporés dans la chaîne sous forme monophosphate. Le terme « dNTP » est l’appellation courante
du mélange des quatre désoxyribonucléosides triphosphates :
§ le dATP (ou désoxy-adénosine triphosphate),
§ le dCTP (ou désoxy-cytidine triphosphate),
§ le dGTP (ou désoxy-guanosine triphosphate),
§ le dTTP (ou désoxy-thymidine triphosphate).
317 Année 2017 - 2018

Note. – Les ions magnésiums jouent un rôle de stabilisation des dNTP, les protégeant d'une
éventuelle hydrolyse enzymatique.
Les enzymes
§ Les hélicases et les protéines SSB
Les hélicases sont des protéines qui utilisent l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP pour catalyser
l’ouverture de la double hélice d’ADN appariée sous forme de double brin : elles dénaturent l’ADN
par rupture des liaisons hydrogène existant entre les nucléotides des deux brins parentaux.
Après ouverture de l’hélice d'ADN, les protéines SSB viennent tapisser les monobrins d’ADN afin
d’éviter la réassociation des bases complémentaires et ainsi garder l’hélice « ouverte ».
§ Les topoisomérases
Les topoisomérases correspondent à une classe d'enzymes particulières permettant
l'augmentation ou la diminution d'enlacements de la molécule d'ADN.
Notion de topoisomères. – Deux molécules d'ADN de même séquence peuvent différer par le
nombre d'enlacements, à savoir l'enroulement d'un brin autour de l'autre. Nous retrouvons :
§ des surenroulements positifs,
§ des surenroulement négatifs ou désenroulements (meilleure accessibilité aux enzymes).
Lorsque la tension est minimale, la molécule prend une conformation qui est la plus stable et qui
correspond à un enroulement de 10,5 paires de bases par spire, il s'agit de l'état relâché.
La notion de topoisomères est également valable pour les molécules d'ADN linéaires eucaryotes
car celles-ci possèdent des points de contact ponctuels avec la membrane nucléaire.
Les topoisomérases ont pour mécanisme d’action général :

- la coupure transitoire de l’ADN par clivage d’une liaison phosphodiester,
- la modification de l’enroulement +/- une fois l'ADN en libre rotation,
- la reformation de la liaison phosphodiester par les protéines ligases.

UE 1
Il existe deux classes de topoisomérases :

- les topoisomérases de type I sont ATP-indépendantes et ne coupent qu’un seul des
deux brins de la double hélice de l’ADN,
- les topoisomérases de type II sont ATP-dépendantes et coupent les deux brins.
Note. – Les gyrases bactériennes sont des topoisomérases de type II.

Lorsque l'hélicase progresse, elle induit des surenroulements positifs en amont. La gyrase
bactérienne a donc pour rôle d'agir de concert avec elle pour éliminer ces surenroulements positifs et
induire des désenroulements pour l'accessibilité aux enzymes de la réplication.
Applications biomédicales.
§ Médicaments de la famille des quinolones et des fluoroquinolones : molécules qui

inhibent l'action de la gyrase bactérienne de type 2. Ces antibiotiques sont utilisés dans le
traitement des infections urinaires car leur action bloque la prolifération bactérienne.
Spécialités : Noroxine®, Négram®.
§ Médicaments anticancéreux : les topoisomérases sont des cibles thérapeutiques en

chimiothérapie puisqu'elles ont une activité plus importante dans les cellules tumorales.
Des molécules stabilisent les coupures de l'ADN qui auront été induites par les
topoisomérases : il n'y aura pas recréation de liaisons phosphodiesters et nous aboutirons
alors à l'accumulation des fragments génomiques au sein de la cellule.
Spécialités : Etoposide®, Camptothécine®, Doxorubicine®.
Ces molécules ne sont pas des inhibiteurs directs des topoisomérases
§ Les ADN polymérases

Toutes les ADN polymérases présentent deux activités enzymatiques majeures :
- une activité polymérasique qui permet la synthèse d'un brin d'ADN dans le sens 5'"3'
par ajout de nucléotides en 3'-OH sur une chaîne de nucléotide existante.
- une activité exonucléasique 3'"5' aussi nommée fonction de correction ou d'édition.
Le fait que les ADN polymérases ajoutent des nucléotides sur une extrémité 3'-OH suppose
qu'elles ne peuvent fonctionner qu'avec une amorce placée au préalable. Cette amorce, d'une
longueur en général de 4 à 12 nucléotides, est synthétisée par l'ARN polymérase primase.
La haute fidélité de la réplication de l'ADN nécessite plusieurs mécanismes de vérification par

l'ADN polymérase :
- Première étape de vérification : avant addiction covalente du nucléotide.
319 Année 2017 - 2018

Lors de cette étape dite de vérification, l'enzyme change de conformation (transconformation)
pour vérifier la géométrie de la paire de bases qui va être créée. Le nucléotide se présentant en priorité
est le nucléotide complémentaire de la base qui va lui faire face parce qu'il s'agit du désoxynucléoside
triphosphate énergétiquement optimal pour s'intégrer dans le site-réaction.
- Deuxième étape de vérification : après addiction covalente du nucléotide.
L'ADN polymérase est capable, après incorporation d'un nucléotide, de vérifier si le nucléotide
qu'elle vient d'incorporer est le bon, de vérifier qu'elle n'a pas créé un mésappariement, on a une
notion de fidélité de la réplication. S'il y a mésappariement, elle peut alors utiliser son activité
exonucléasique 3'"5' (fonction de correction ou d’édition).
Chez les procaryotes, nous retrouvons trois ADN polymérases (I, II et III) mais seules deux d'entre
elles interviennent dans le mécanisme de réplication :
Elle est l'enzyme principale de la réplication. Elle n'agit, en outre, pas toute
ADN polymérase III seule puisqu'elle est liée à d'autres protéines pour former un complexe
multimérique nommé holoenzyme.
Elle intervient aussi dans la réplication et possède, en plus, une activité

ADN polymérase I exonucléasique 5'"3' importante dans ce que nous allons appeler la
finition du brin et l'élimination des amorces d'ARN.
§ L'ARN polymérase
Elle est appelée primase puisqu'elle synthétise l'amorce d'ARN nécessaire à l'action de l'ADN
polymérase. Il s'agit d'une ARN polymérase ADN-dépendante (sa matrice est une molécule d'ADN).
Elle synthétise, comme toute polymérase, dans le sens 5'"3' de manière complémentaire et
antiparallèle à l'ADN parental (pour la primase, c'est une synthèse de novo).
Note. – L'activité enzymatique des primases nécessite des protéines auxiliaires et du magnésium.
De plus, notez que chez les procaryotes, la primase est physiologiquement associée à l'hélicase
pour constituer un complexe nommé primosome.
Mécanismes de la réplication
1. Initiation de la réplication
Note. – Le chromosome bactérien fait environ 4,6.106 paires de bases et code pour environ 4200
protéines alors que le génome humain contient environ 3.109 paires de bases (3 log de plus).

UE 1
§ Origine de réplication : sur un chromosome bactérien, il existe une zone nommée origine
de réplication qui va servir de point d'initiation de la réplication ou oriC de 245 paires de
bases. Cette séquence est riche en adénine (A) et en thymine (T).
§ Protéines d'amorçage : lorsque la bactérie doit initier la réplication, des protéines

d'amorçage vont venir sur des séquences répétées se trouvant sur cette oriC.
§ Œil de réplication : la fixation des protéines d'amorçage va initier localement l'ouverture

de la molécule d'ADN que nous appelons l'œil de réplication.
§ Fourches de réplication : l'œil de réplication s'agrandit de plus en plus créant deux

fourches de réplication qui vont progresser en sens opposés à partir du point d'initiation
de la réplication. Ces deux fourches vont finir par se rencontrer et il y aura séparation des
molécules qui vont être synthétisées ainsi que le chromosome bactérien.
Schéma d’une fourche de réplication chez les procaryotes.
321 Année 2017 - 2018

Une fois que les protéines d'amorçage ont initié l'ouverture de la molécule d'ADN (création de
l'œil de réplication), nous allons voir agir la gyrase de concert avec l'hélicase et les protéines SSB pour
inhiber les ré-appariements spontanés et pour éviter les structures secondaires que nous nommons
les structures en épingles à cheveux.
Au fur et à mesure que l'ADN polymérase III progresse, les protéines SSB qui s'étaient placées sur
le monobrin se détachent spontanément pour permettre la progression de l'ADN polymérase.
2. Réplication des deux brins d’ADN parentaux (élongation)

La réplication ne s'effectue pas de la même manière sur les deux brins d'ADN parentaux ; en effet,
elle est discontinue sur l'un des deux brins et continue sur l'autre.
Le fait qu'elle synthétise l'un des deux brins fils sous forme discontinue est la conséquence directe
du sens de l'activité polymérasique qui est sans exception dans le sens 5'"3'.
§ Brin continu et brin discontinu, nous retrouvons :

- un brin continu (avancé) sur lequel l'ADN polymérase III suit le sens de la fourche,
- un brin discontinu (retardé) sur lequel l'ADN pol. suit le sens inverse de la fourche.
§ Fragments d'Okasaki : sur le brin discontinu, nous allons avoir une synthèse à partir de
plusieurs amorces d'ARN. La synthèse se fait ainsi par des petits fragments de manière
rétrograde (ou à reculons). Chez les procaryotes, les fragments d'Okasaki possèdent une
longueur de 1000 à 2000 nucléotides.
Remarque. – Même si la synthèse est discontinue, nous pouvons affirmer que la direction
d'allongement des nouvelles chaînes d'ADN synthétisées se réalise dans le sens d'ouverture de la
fourche de réplication.
§ Modèle simultané : nous retrouvons - au niveau d'une fourche de réplication - soit deux
molécules d'ADN polymérase, soit deux sous-unités catalytiques qui vont synthétiser en
même temps le brin avancé et un fragment d'Okasaki du brin retardé.
Le modèle proposé, qui semble se vérifier, est que le brin d'ADN parental qui sert de
matrice pour un fragment d'Okasaki donné, va former une boucle pour repositionner
l'amorce d'ARN utilisée de façon à ce que la synthèse 5'"3' aille dans le sens de
propagation de la fourche de réplication.

UE 1
Synthèse des brins avancés et retardés.
§ Processivité : la processivité est la capacité d'une enzyme à polymériser sur une plus ou
moins longue distance ; plus une enzyme est processive, plus elle est capable de rester
accrochée à l'ADN parental pour synthétiser le brin fils sur une longue distance.
L'ADN polymérase III est une enzyme spontanément faiblement processive. Ses
propriétés naturelles sont en adéquation avec ce qu'il se passe sur le brin discontinu,
c'est-à-dire de synthétiser sur une taille d'environ 1000 à 2000 nucléotides.
Nous avons un mécanisme de régulation de l'attachement de l'ADN polymérase III à l'ADN

parental et ce système s'effectue par un complexe multimérique que nous nommons «
anneau » ou « collier coulissant » (nous trouvons aussi le terme « clamp »).
Chez la bactérie, cet anneau est la sous-unité β du complexe holoenzyme ADN pol. III.
Le clamp.
§ Vitesse : la vitesse de réplication procaryote est de l'ordre de 500 à 1000 nucléotides par
seconde. Le chromosome bactérien est intégralement répliqué en environ 30-40
minutes. La prolifération cellulaire des bactéries est donc très rapide.
323 Année 2017 - 2018

3. Finition des brins d’ADN « fils »
La finition des brins permet d'apporter une continuité dans la séquence. Elle fait intervenir :
§ l'ADN polymérase I qui, elle, possède trois activités :

- une activité ADN polymérasique 5'"3' qui permet d'allonger le fragment d'ADN et de
remplacer l'amorce de ribonucléotides qui se trouve en amont par un brin fils,
- une activité exonucléasique 5'"3' (nous intéresse dans le mécanisme de finition),
- une activité exonucléasique 3'"5'.
L'ADN polymérase I se place à l'extrémité 3'-OH du fragment

pour continuer à allonger ce fragment dans le sens 5'"3',
précédemment synthétisé par l’ADN polymérase III, avec sa propre
fonction exonucléasique 3'"5'.
Elle continue jusqu'à ce qu'elle trouve au niveau de l'amorce

du fragment d'Okasaki suivant. Elle utilise ensuite son activité
spécifique exonucléasique 5'"3' pour hydrolyser l'amorce qui se
trouve devant elle.
Une fois que l'ADN polymérase I a réalisé son action, le brin fils
n'est pas tout-à-fait continu puisqu'il reste une liaison
phosphodiester à créer.
§ l'ADN ligase qui réalise la formation des dernières liaisons

phosphodiesters entre les différents fragments d'Okasaki.
Nous avons séparation des deux double-hélices (deux chromosomes) par la gyrase bactérienne.
4. Méthylation du brin néo-synthétisé
§ Méthylase : la méthylation (ajout d'un groupement CH3) de l'ADN peut s'effectuer chez
les procaryotes sur les adénines et les cytosines par une méthylase.
Cette méthylation n’a lieu que si le brin matrice parental est lui-même méthylé. Pendant un court
instant les brins néo-synthétisés ne sont pas méthylés. C’est seulement après quelques minutes, que
les brins fils seront méthylés. Pendant ce court instant, la cellule est capable de savoir que le brin
parental est l’authentique copie d’ADN. Cependant, une fois méthylés, les brins parentaux et les brins
fils ne sont plus distinguables les uns des autres.
La méthylation s'effectue :
- sur les séquences palindromiques GATC où seule l'adénine est méthylée.

Contrôle de l'initiation de la réplication : la méthylation du brin néo-synthétisé sur
les séquences GATC répétées dans l'oriC de la bactérie va permettre de transformer
l'origine de réplication en séquence compétente (les deux brins sont alors méthylés).
Si la séquence n'est méthylée que sur un seul brin, cela signifie que le chromosome
bactérien n'est pas prêt pour une deuxième initiation de la réplication.
Correction des mésappariements : si malgré la fonction de correction de l'ADN
polymérase III persistent des mésappariements, ce temps de latence va permettre à
un système de réparation de corriger ces mésappariements sur le brin fils.

UE 1
- sur les adénines et les cytosines de manière générale.

Protection vis-à-vis des enzymes de restriction : il est hors de question que ces
enzymes aillent cliver le génome bactérien. En système de protection, nous
retrouvons un événement de méthylation qui fera que si la séquence ciblée est
méthylée, elle est non coupable.
Exemples Ù Palindromes. – Les mots et sont des mots palindromiques.
Note. – Pour les bactéries comme les cellules eucaryotes, il existe des virus (bactériophages). La
bactérie va alors devoir se défendre contre une infection virale : il n'existe cependant pas de
défense immunitaire. Nous retrouvons donc un système de défense particulier : le phénomène de
restriction. Lors de l'infection virale, il va y avoir synthèse par la bactérie d'enzymes de restriction
(endonucléases). Chaque enzyme de restriction reconnaît une séquence particulière.
III. Réplication chez les eucaryotes

Quelques spécificités
D'un point de vue structurel et organisationnel, le génome eucaryote est constitué de plusieurs
paires de chromosomes : 23 chez l'Homme. Chaque chromosome est constitué d'une seule molécule
d'ADN linéaire. Le matériel génétique se trouve au sein d'un noyau cellulaire : nous avons une
compaction du génome grâce aux nucléosomes.
La vitesse de réplication est 10 à 20 fois plus faible que chez les procaryotes, nous retrouvons
plusieurs origines de réplication : nous en dénombrons entre 20 000 et 100 000 selon les organismes.
Initiation de la réplication eucaryote.
Toutes les origines de réplication ne sont pas activées en même temps, elles sont activées par
groupes de 20 à 80 (= unités de réplication). L'activité des réplicons est plus ou moins importante
suivant l'état de compaction de la chromatine (lorsque condensée, elle se réplique plus tardivement).
Les fourches de réplication eucaryotes s'arrêtent ainsi dans deux cas :

- soit parce qu'elles rencontrent une autre fourche qui progresse en sens inverse,
- soit parce qu'elles atteignent l'extrémité d'un chromosome qui est linéaire.
Le chromosome bactérien se réplique de manière continuelle tandis que la cellule eucaryote

entre dans un cycle cellulaire constitué de deux grandes parties : la phase M (mitose) et la phase S.
325 Année 2017 - 2018

Les enzymes et les protéines eucaryotes nécessaires
Nous retrouvons comme enzymes et protéines chez les eucaryotes :
§ Les hélicases, encore appelées protéines Mcm.
§ Les protéines RPA qui correspondent aux protéines SSB chez les procaryotes (pour rappel,
elles empêchent le ré-appariement spontané des brins d'ADN séparés et la formation de
structures en épingles à cheveux).
§ Les topoisomérases car les molécules d'ADN linéaires présentent des points de contact avec
la membrane nucléaire.
§ La primase qui n'est pas associée physiologiquement à l'hélicase chez les eucaryotes.
§ Les ADN polymérases dont seules α, γ et δ participent à la réplication.
ADN polymérases Rôles
Elle possède un rôle dans l'initiation de la réplication des fragments

α d'Okasaki sur le brin retardé. Elle est associée à la primase.
Elle agit au niveau de la réparation de l'ADN.

β Attention. – Elle ne participe pas à la réplication.
γ Elle joue un rôle dans la réplication de l'ADN mitochondrial.
Il s'agit de l'enzyme majeure intervenant dans la réplication. Elle réalise la

synthèse des deux molécules d'ADN filles (continue et discontinue) avec :
- une activité polymérasique 5'"3',
- une activité de correction (ou d'édition).
δ Elle réalise la totalité de la synthèse du brin continu, une partie de la
synthèse des fragments d'Okasaki du brin discontinu et elle est impliquée
dans la finition des brins (comblement des lacunes).
Remarque. – Les fragments d'Okasaki ne mesurent que 100 à 200
nucléotides chez les eucaryotes (10 fois moins que pour les procaryotes).
Elle agit au niveau de la réparation de l'ADN.

ε Attention. – Elle ne participe pas à la réplication.
§ Le PCNA (Proliferating Cellular Nuclear Antigen) qui correspond au clamp procaryote

(sous-unité β de l'ADN polymérase III).
§ Les RNases H (ou H1) et FEN-1 qui possèdent un rôle dans l'élimination des amorces
d'ARN créées par la primase.
§ Les ligases qui réalisent les dernières liaisons phosphodiesters chez les eucaryotes
(comme chez les procaryotes).

UE 1
Schéma général de la réplication
Particularités chez les eucaryotes

1. Présence de nucléosomes
Les molécules d'ADN linéaires eucaryotes sont associées à des nucléosomes (protéines basiques)
servant à la compaction de la chromatine dans le noyau cellulaire. Les nucléosomes sont constitués
d'histones.
La présence de nucléosomes ne semble pas gêner la progression de la fourche de réplication.

Nous savons qu'approximativement 50% des nucléosomes parentaux vont se répartir sur les deux
futurs chromosomes et vont être transmis aux cellules filles.
Pour être identique au génome parental, il manque des nucléosomes sur les deux génomes fils.
Lors de la phase S du cycle cellulaire, pendant laquelle se réalise la réplication, nous avons en même
temps une synthèse de nouvelles histones pour constituer de nouveaux nucléosomes.
Même si les nucléosomes n'inhibent pas la réplication, ils participent tout de même au
ralentissement de la vitesse de la réplication chez les eucaryotes.
327 Année 2017 - 2018

2. Extrémités des chromosomes (= télomères)
L'extrémité des chromosomes est appelée télomère. Nous retrouvons au niveau de ces télomères
une séquence répétée dans les cellules eucaryotes. Cette séquence répétée en tandem est la séquence
TTAGGG (= séquence hexamérique riche en guanine).
Nous allons voir deux mécanismes qui sont en contradiction, il existe de fait un équilibre entre les
deux dans les cellules eucaryotes :
§ le premier mécanisme se passe spontanément dans la cellule : les RNases vont hydrolyser
une amorce d'ARN (à l'extrémité). En fin de réplication, ce qui va être transmis au niveau
d'une cellule fille correspond à un chromosome avec l'un des brins raccourci par rapport
à la longueur totale du chromosome par le fait que l'amorce la plus en 5' ait été éliminée.
Sans phénomène compensatoire, à chaque division, nous aurions un raccourcissement
de 10 nucléotides.
§ le deuxième mécanisme est réalisé par une télomérase (= champignon protéique).
3. Télomérases
Les télomérases sont des ribonucléoprotéines, ce sont des ADN polymérases ARN-dépendantes
: elle synthétise de l'ADN dans le sens 5'"3' et utilisent de l'ARN pour amorce. L'ARN utilisé comme
matrice est sa séquence interne de ribonucléotides. Elles appartiennent à la classe d'enzymes des
rétrotranscriptases ou reverse-transcriptases.
Note. – La rétrotranscription correspond à la réaction en biologie moléculaire qui aboutit à la

synthèse de l'ADN en prenant comme matrice de l'ARN.
Mode de fonctionnement de la télomérase.

UE 1
Après l'activité télomérasique, l'extrémité 3' des chromosomes va se

retrouver plus longue que l'extrémité 5' et nous nous sommes aperçus que
cette extrémité 3' s'enroulait vers l'arrière grâce à des protéines
spécialisées pour former ce que nous appelons la boucle-t.
Il semble que cette structure permette une protection contre les

enzymes de dégradation des chromosomes.
Nous avons mis en évidence un état cellulaire qui correspond à un vieillissement cellulaire appelé
également sénescence réplicative.
§ Lorsque les cellules saines sont cultivées in-vitro, elles se divisent un certain nombre de
fois, détectent que les chromosomes sont trop raccourcis et arrêtent de se diviser. Nous
avons donc une information sur l'âge de la cellule.
§ Lorsque les cellules cancéreuses sont cultivées in-vitro, nous apercevons une activité
télomérasique élevée les empêchant de rentrer en sénescence réplicative.
Pathologie Ù Dyskératose congénitale. – Nous retrouvons dans cette pathologie une copie non
fonctionnelle du gène qui code pour la télomérase (hétérozygotie). Cette pathologie est associée à
un raccourcissement prématuré de la longueur des télomères et une mort, en général, par
insuffisance progressive de la moelle osseuse et anomalies diverses au niveau des épithéliums.
Pathologie Ù Mutations TERT. – Des études épidémiologiques semblent mettre en évidence des
mutations au niveau de ce gène qui code pour la télomérase avec une prévalence extrêmement
importante dans les glioblastomes. Dans la cohorte étudiée : dans 83% des glioblastomes, les
patients possédaient la mutation pour le gène de la télomérase.
4. Méthylation
Chez les organismes eucaryotes, les cytosines sont les seules bases méthylées par les méthylases
eucaryotes et font souvent partie de séquences répétées CG (îlots CG). Comme chez les procaryotes,
la méthylation se réalise avec un temps de latence par rapport à la fin de la réplication.
La méthylation de l'ADN est importante en tant que mécanisme épigénétique : c'est un des
mécanismes que possède la cellule pour réguler l'expression de certains gènes humains.
Nous retrouvons des éléments de la régulation de la transcription appelées séquences

promotrices et nous savons que pour certains de nos gènes, dans ces séquences promotrices se
trouvent les îlots CG potentiellement méthylables. Le statut de méthylation de ces séquences CG
répétées va contrôler l'expression du gène en question :
§ lors d'une hyperméthylation, il y a verrouillage de la transcription,
§ lors d'une hypométhylation, il y a déverrouillage et le gène peut être transcrit en ARN.
Il se peut que le promoteur d'un gène soit hypo- ou hyper-méthylé suivant le type cellulaire : c'est
le cas par exemple de l'insuline.
Toutes nos cellules possèdent la même information génétique, mais les cellules n'ont pas les
mêmes fonctions. L'insuline, qui régule la glycémie, est synthétisée dans des cellules spécialisées : les
cellules β des îlots de Langerhans. Au niveau de ces cellules, nous retrouvons un statut
d'hypométhylation du promoteur du gène de l'insuline pour permettre la transcription de ce gène.
329 Année 2017 - 2018

IV. Conclusion
Une des caractéristiques importantes pour maintenir une stabilité et donc une survie à l'échelle
cellulaire est la fidélité de la réplication.
Etape de la réplication Erreurs par nucléotide polymérisé

Polymérisation 5'"3' 1 x 105
Correction exonucléolytique 3'"5' 1 x 102
Correction des mésappariements contrôlée par un brin 1 x 102
TOTAL 109
V. Résumé (non exhaustif)
PROCARYOTES EUCARYOTES
Origine de réplication Unique Multiples
Taille du génome 4,6.106 pb 3.109 pb
Format de l'ADN Circulaire Linéaire
Protéines stabilisatrices
Protéines SSB Protéines RPA
des monobrins
Amorce ARN OUI, synthétisée par la primase OUI, synthétisée par l'ADN pol. α
ADN polymérase III ADN polymérase α

Activité polymérase 5'"3' Activité polymérase 5'"3'
Activité exonucléase 3'"5' Activité primase
ADN polymérases ADN polymérase I
Activité polymérase 5'"3' ADN polymérase δ
Activité exonucléase 3'"5' Activité polymérase 5'"3'
Activité exonucléase 5'"3' Activité exonucléase 3'"5'
Fragments d'Okasaki 1000 - 2000 nucléotides 100 - 200 nucléotides
Vitesse de réplication 500 - 1000 nucléotides/seconde 50 nucléotides/seconde

UE 1
La réparation de l’acide désoxyribonucléique

I. Introduction
La survie à court terme d'un organisme dépend de sa stabilité génétique. Si notre génome est
lésé au niveau de régions vitales, les conséquences peuvent être catastrophiques. C'est pourquoi une
bonne stabilité génétique est primordiale. Les cellules possèdent donc toute une panoplie de
mécanismes dits de prévention ou de réparation des modifications de l'ADN. Lorsqu'ils fonctionnent,
nous estimons qu'environ, sur 1000 lésions, quasi toutes seraient corrigées sauf une.
Remarque. – Une mutation ne conduit pas automatiquement à un défaut fonctionnel car elle a pu
être établie sur une partie intronique (non traduite) ou encore ne pas changer l'acide aminé pour
lequel codent les trois nucléotides contenant la mutation (code génétique redondant).
Il faut distinguer deux types de mutations, produites dans les cellules germinales ou non :
§ les mutations germinales seront transmises aux générations suivantes,
§ les mutations somatiques ne seront pas transmises aux générations suivantes.
Il existe donc plusieurs mécanismes de réparation qui sont spécifiques. Naturellement, si ces
mécanismes sont défectueux ou déficients, la correction ne serait pas effectuée.
II. Mutations
Erreurs commises lors de la réplication
1. Mutations par substitution
Substitution par transition

T remplacé par C
Base pyrimidique substituée par une base pyrimidique
C remplacé par T
A remplacé par G
Base purique substituée par une base purique
G remplacé par A
Substitution par transversion
G remplacé par C ou T
Base purique substituée par une base pyrimidique
A remplacé par C ou T
T remplacé par A ou G
Base pyrimidique substituée par une base purique
C remplacé par A ou G
331 Année 2017 - 2018

§ Lors d'une transition, la nature de la base est inchangée.
§ Lors d'une transversion, la nature de la base est changée.
Exemple. – Dans cet exemple, l'ADN polymérase a incorporé un G à la place d'un T donnant ce
qu'on appelle un mésappariement. Le T est une base pyrimidique et le G une base purique, nous
avons donc affaire à une substitution par transversion.
Le type de mutation par transition fait intervenir une notion complexe : la notion des formes
tautomériques des bases.
Point clé. – La forme la plus fréquente pour une base est appelée la forme céto, mais toutes les
bases peuvent adopter une autre forme que nous appellerons forme tautomérique (dépend de
l'établissement de liaisons chimiques et de la disposition des atomes au niveau de la structure).
La forme tautomérique (soit énol, soit imino) est une forme rare pour une base donnée. Ces
formes tautomériques rares peuvent établir des liaisons spontanées qui peuvent aboutir à un
mésappariement.
§ La thymine sous forme énol s'apparie avec la guanine.
§ La guanine sous forme énol s'apparie avec la thymine.
§ L'adénine sous forme imino s'apparie avec la cytosine.
§ La cytosine sous forme imino s'apparie avec l'adénine.
Les formes énol ou imino rares des bases et leurs appariements.
L'apparition d'un mutant au bout de deux réplications suite à l'apparition d'un type énol.

UE 1
Il se peut que la forme céto de la guanine passe spontanément sous forme tautomérique énol
rare ce qui veut dire que lors de la réplication, nous pouvons avoir un mésappariement qui se crée
avec l'incorporation d'un T. Aussi spontanément, la guanine peut repasser sous forme céto.
Nous nous apercevons sur le schéma précédent que la formation d'un mésappariement à cause
d'une forme tautomérique rare entraîne 25% de risque d'avoir une cellule fille avec une mutation
incorporée (= cellule mutante) au bout de deux réplications.
2. Mutations par délétion
Il se peut que l'ADN polymérase oublie d'introduire un nucléotide. Dans cet exemple, l'ADN
polymérase aurait dû introduire un T mais elle a introduit directement un A. Un décalage du phase de
lecture va se former sur le brin fils par rapport au brin parental.
Note. – Il n'y a pas pour autant interruption de la chaîne, une liaison phosphodiester est présente.
3. Mutations par insertion
L'ADN polymérase introduit un nucléotide complémentaire d'aucune base sur le brin parental.
Dans cet exemple, un G a été incorporé en excès. Comme pour les mutations par délétion, cela va
induire un décalage du cadre de lecture.
Altérations survenant en dehors de la réplication

1. Les lésions spontanées
En dehors de la réplication, nous pouvons avoir des lésions spontanées (altérations qui n'ont donc
rien à voir ni avec la réplication, ni avec des agents mutagènes !).
§ Dépurination
La dépurination consiste en l'interruption de la liaison N-glycosidique entre la base et le
désoxyribose (et dans le cas de la dépurination, cela va entraîner la perte d'un résidu guanine ou d'un
résidu adénine ce qui va aboutir à un site que l'on appelle un site AP*).
*Site AP. – Site abasique puisque nous avons perte d'une base (purique ou pyrimidique). AP est un
acronyme pour apurique/apurinique ou apyrimidique.
En résumé, il y a hydrolyse de la liaison N-glycosidique et libération de la guanine. Nous obtenons

un désoxyribose lié à aucune base : le squelette désoxyribose est maintenu.
Dans les cellules de mammifères, ce mécanisme de dépurination est extrêmement fréquent

puisqu'on estime qu'il existe 5 à 10 000 dépurination par cellule et par jour.
333 Année 2017 - 2018

La dépurination spontanée de l'ADN.
Remarque. – Il existe également un mécanisme de dépyrimidation spontané. Ce mécanisme est

cependant beaucoup moins fréquent et beaucoup plus lent ! Il aboutit également à un site AP.
§ Désamination (spontanée ou oxydative)

La désamination touche uniquement trois types de bases :
- la cytosine qui sera transformée en uracile,
- l'adénine qui sera transformée en hypoxanthine,
- la guanine qui sera transformée en xanthine.
La désamination la plus fréquente est celle de la cytosine en uracile. En effet, nous en

dénombrons environ 100 par cellule de mammifère et par jour. Ces bases modifiées peuvent établir
des liaisons hydrogène avec d'autres bases pour former des mésappariements ayant un impact au
niveau de la réplication.
La désamination spontanée des bases de l'ADN.

UE 1
Désamination de la cytosine en uracile : remplacement d'un C/G en T/A après deux réplications.
Désamination de l'adénine en hypoxanthine : remplacement d'un A/T en G/C après deux réplications.
§ Bases altérées ou oxydation

Les produits du métabolisme en aérobie de la cellule sont des métabolites extrêmement réactifs.
Nous retrouvons :
•
- les radicaux superoxydes O2 ,
•
- les radicaux hydroxyles OH ,
- le peroxyde d'hydrogène H2O2.
Remarque. – Nous avons identifié que les dommages qui peuvent être créés par ces radicaux
oxydants très réactifs pouvaient être à l'origine de certaines maladies génétiques.
Oxydation de la guanine en oxoguanine : remplacement de G/C en T/A après deux réplications.
335 Année 2017 - 2018

2. Les mutations induites par des agents extérieurs (agents mutagènes)
§ Incorporation d'analogues de bases
Les analogues de bases sont des composés chimiques qui ressemblent suffisamment aux bases
azotées habituelles pour être parfois incorporés à la place de celles-ci. Ayant des propriétés
d'appariement différentes, leur appariement provoque un mésappariement.
- L'analogue de la thymine se trouve être le 5-bromo-uracile (5-BU),
- L'analogue de l'adénine est le 2-aminopurine (2-AP).
Le 5-bromo-uracile peut s'associer à une guanine sous sa forme énol ce qui conduit à une
mutation au bout de deux réplications.
§ Modifications de bases
Les agents alkylants (éthylméthane-sulfate, nitrosoguanidine ou diméthylsulfate) peuvent altérer

les bases en ajoutant des groupements éthyles ou méthyles sur l'atome d'oxygène de la guanine ou de
6
la thymine. La O-méthylguanine s'apparie avec la thymine au lieu de la cytosine.
L'action du diméthylsulfate sur une guanine.

UE 1
§ Insertions/délétions de bases par des agents intercalants
Les agents intercalants possèdent des structures particulières puisque leur structure est plane et
tricyclique. Ils ressemblent donc aux paires de bases.
De par leur structure, les agents intercalants sont des molécules capables de s'intercaler à
l'intérieur d'une double hélice d'ADN ce qui provoque une modification structurale et induit des
erreurs lors de la réplication (l'ADN polymérase va soit insérer des bases, soit va provoquer des
délétions de bases).
§ Lésions de bases
Des agents mutagènes induisent un blocage de la réplication par torsion majeure de l'ADN.
Agents mutagènes Conséquences Remarques
L'exposition à la lumière UV risque d'induire une

Dimères de thymine
liaison covalente entre deux thymines
adjacentes. De façon plus générale, nous
Lumière pouvons obtenir des dimères de pyrimidines.
ultraviolette Les liaisons covalentes créées entraînent des
une distorsion d'ADN bloquant la réplication.
Pathologie. – Les dimères de thymines
peuvent induire un cancer cutané.
Les radiations ionisantes peuvent être : les

Cassures de brins rayons cosmiques, la radioactivité ou encore les
(simple ou double brins) rayons X (utilisés à des fins diagnostiques ou
Radiations thérapeutiques).
ionisantes Les cassures simple ou double brins font partie
du mécanisme direct des radiations (comme la
formation de sites AP) et la formation de
radicaux fait partie du mécanisme indirect.
L'aflatoxine B1 est une mycotoxine : elle est

Aflatoxine B1 Sites AP
élaborée par un champignon.
Pontages de brins
La mitomycine est un antibiotique. Le pontage
Mitomycine de brins s'effectue entre deux bases qui ne sont
pas situées sur le même brin.
337 Année 2017 - 2018

III. Correction des erreurs d'appariements
A. Correction immédiate: fonction d'édition de l'ARN polymérase
Cf. cours « La réplication de l'acide désoxyribonucléique ».
B. Système de réparation guidé par les groupes CH3 (méthyles)

D'une façon générale (que ce soit chez la bactérie ou chez l'être humain) le système de réparation
doit être capable, lorsque qu'il y a mésappariement, de reconnaître quel est le brin parental et quel
est le brin fils. Pour ce faire, pendant un laps de temps de quelques minutes suivant la réplication, seul
le brin parental est méthylé.
Ce système est guidé par la présence :

§ d'une méthylation de l'adénine des séquences GATC chez les procaryotes,
§ d'une méthylation de la cytosine des séquences répétées CG chez les eucaryotes.
Le système de réparation est un complexe formé de plusieurs protéines (on l'appelle alors
multimérique ou multienzymatique) capable de reconnaître et combiner à la fois un mésappariement
et une séquence GATC qui peut se trouver à une distance importante de l'erreur. Il est constitué de
protéines codées par le gène Mut et possède une activité endonucléasique pour éliminer ainsi le
fragment d'ADN qui contient l'erreur (le complexe n'est présent que chez les procaryotes).
Remarques. – L'activité endonucléase permet le clivage de liaisons phosphodiesters se trouvant à

l'intérieur d'une chaîne. La séquence GATC (chez les procaryotes) peut se trouver à plus de 1000
paires de bases de l'erreur.
Sur le schéma ci-après, le système codé par les gènes Mut va réaliser le clivage d'un fragment qui
contient l'erreur en induisant une coupure en 5' de la séquence GATC sur le brin fils et une coupure en
3' de l'erreur. Ceci créera par la suite une lacune que l'ADN polymérase III va combler (au passage,
nous remarquons qu'elle n'aura pas besoin d'amorce pour se lier au brin d'ADN, elle s'accroche
librement). De plus, elle synthétise dans le sens 5'"3'. La liaison phosphodiester manquante sera
établie par une ADN ligase. Nous obtenons un ADN double brin sans erreur.

UE 1
Enzymes humaines correspondantes. – Certaines enzymes sont présentes dans le génome humain
et sont codées par les gènes hMSH, hMLH, hPMS (repérage du retard de méthylation).
Point clinique. – Lors de l'inactivation de ces gènes, nous voyons apparaître des formes familiales
du cancer du colon. Le syndrome du cancer colique familial ou HNPCC (Hereditary Non Polyposis
Colorectal Cancer) représente 4% des cancers du colon. La transmission est autosomique
dominante par mutation constitutionnelle d'un des gènes du système MMR (principalement
hMLH1 et hMSH2).
IV. Correction des autres altérations de l'ADN

Certaines fois, si l'ADN est endommagé, il y a arrêt de la division cellulaire pour palier à une
réparation avant la nouvelle réplication.
A. Réparation directe / retour à l'état antérieur

1. La photolyase
Une certaine enzyme, connue sous le nom de photolyase, répare les dimères de thymines en
scindant le dimère par coupure de la liaison covalente, elle est activée par la lumière blanche.
Attention. – Cette photolyase existe chez la bactérie et chez certains eucaryotes dits inférieurs
(drosophile, végétaux) mais pas chez l'Homme. Les dimères de thymines sont réparés par un autre
mécanisme chez l'Homme.
Réparation par la photolyase.
2. L'alkyl-transférase
Elle répare les lésions induites par les agents alkylants. Par exemple, l'O6-méthylguanine
méthyltransférase possède une cystéine qui lui permet de faire passer la O6-méthylguanine dans son
état de guanine.
339 Année 2017 - 2018

B. Réparation par excision-réparation (systèmes constitutifs)
Ce type de mécanisme s'adresse principalement aux lésions présentes sur un seul brin d'ADN. Il
existe deux types de mécanismes, cependant tous deux possèdent un mécanisme général commun :
§ Reconnaissance de la lésion.
§ Excision de la partie altérée :

- soit sur une base (mécanisme n°1),
- soit sur plusieurs nucléotides (mécanisme n°2).
§ Réparation de la lacune par réplication (ADN polymérase + ADN ligase).
1. Réparation par excision-réparation de bases (BER) = correction courte
L'enzyme qui rentre en jeu dans ce phénomène est l'ADN glycosylase : elle est spécifique de la
base à réparer (exemple : uracile ADN glycosylase).
Exemple Ù Cytosine ÆUracile par désamination spontanée (mésappariement U/G)
1) Reconnaissance de la base modifiée par l'ADN glycosylase
2) Excision par clivage de la liaison N-glycosidique entre la base et le désoxyribose grâce à l'ADN
glycosylase : nous avons création d'un site AP d'un point de vue temporaire.
3) Réparation du site AP par intervention d'une endonucléase (AP endonucléase) en corrélation

avec une phosphodiesterase pour éliminer le sucre phosphate.
4) Polymérisation du nucléotide complémentaire et antiparallèle au G, c'est-à-dire un C par l'ADN

polymérase qui se positionne à l'extrémité 3'-OH de la brèche.
5) Action de l'ADN ligase.

UE 1
2. Réparation des lésions plus volumineuses par excision-réparation de

plusieurs nucléotides (NER)
Il y a pour ce mécanisme intervention d'un système multimérique appelé excinucléase ABC qui
contient plusieurs protéines (uvrA, uvrB, uvrC).
Ce complexe se fixe sur la région où se trouve la lésion pour cliver deux liaisons phosphodiesters
de part et d'autre de l'erreur. Une ADN hélicase va permettre l'élimination finale du fragment simple
brin d'ADN (contenant 12 à 13 nucléotides environ).
En se positionnant en 3'-OH de l'ADN qui borde la lacune, l'ADN polymérase I va synthétiser de

manière complémentaire et antiparallèle le fragment manquant. La dernière liaison phosphodiester
est (encore une fois) établie par une ADN ligase.
La réparation par le système d'excision de nucléotide chez E. Coli.
Chez l'Homme, le complexe multimérique réalisant la NER est ERCC1 (pour Excision Repair Cross
Complementary) et fait intervenir de nombreuses protéines nommées XP (XP A, B, C, D, F, G).
Toutes ces protéines qui interviennent dans la NER ont des rôles bien précis. L'une reconnaît la
lésion, une autre sépare les deux brins d'ADN, d'autres excisent, etc.
Les ADN polymérases qui vont combler les lacunes sont l'ADN polymérase δ et surtout la
polymérase ε.
Pathologie Ù Xeroderma Pigmentosum. – Nous nous sommes aperçus qu'il existait des mutants
des protéines XP (non fonctionnels) rendant les personnes porteuses malheureusement
hypersensibles aux UV solaires. Ces personnes sont alors plus exposées à un cancer de la peau
(nommé mélanome) par mauvaise réparation des dimères de thymine. Cette pathologie est
appelée Xeroderma Pigmentosum.
341 Année 2017 - 2018

C. Réparation des lésions non réparées par les systèmes précédents
1. Réparation par recombinaison homologue
Lésion majeure de l'ADN
È
Système par excision de nucléotides bordés
È
Pas de réparation avant réplication
È
“Lacune” ou “brèche” post-réplicative
È
Réparation par recombinaison homologue
Exemple. – Réparation de dommages induits par radiations ionisantes, agents oxydants ou

dimères de thymines.
La réparation post-réplicative par recombinaison.
La cellule engage sa réplication. L'ADN polymérase synthétise le brin fils dans le sens 5'"3' jusqu'à
la lésion. Elle dépasse la lésion et reprend la réplication en prenant comme matrice la séquence qui se
trouve après la lésion majeure.
Le principe est de réaliser une recombinaison homologue : à un moment donné le système de

réparation va prélever le fragment qui correspond à la brèche sur le brin parent opposé et venir
l'associer à la brèche pour avoir un fragment continu.
Chez la bactérie, la protéine recA intervient dans ce phénomène de réparation de la lacune. Le

contrôle du pool de protéines recA est sous le contrôle d'un répresseur appelé LexA qui maintient
suffisant ce nombre de protéine recA pour réaliser les recombinaisons homologues.
Remarque. – Nous estimons à 1000 le nombre de protéines recA dans une cellule bactérienne.

UE 1
2. Le système SOS
Dommages de l'ADN trop grands
Système de recombinaison débordé
Arrêt de la réplication
Système ultime de secours : système SOS
Activation de la deuxième fonction de recA = activité protéolytique
(capacité de dégradation)
Dégradation du répresseur LexA
Induction d'une vingtaine d'autres gènes SOS
Remarque. – L'homologue eucaryote de la protéine recA est la protéine RAD51 ; et BRCA1 et BRCA2
sont des gènes codant des protéines cofacteurs (accessoires) de RAD51.
Nous retrouvons de très nombreuses pathologies cancéreuses dues à des défauts de l'un des ces
systèmes (gènes).
Nota Bene. – Seuls les exemples encadrés sont à connaître.
343 Année 2017 - 2018

APPLICATIONS BIOMÉDICALES
THÉRAPIES PERSONNALISÉES DES CANCERS DU SEIN
§ 5 à 10 % des cancers du sein sont associés à des mutations génétiques. Parmi ces cancers
héréditaires, nous trouvons des cancers où les gènes BRCA1 et BRCA2 sont mutés ce qui
aboutit à des protéines non-fonctionnelles en corrélation avec RAD51. Chez ces personnes,
le système de réparation est totalement altéré.
§ Les personnes porteuses de ces mutations ont un risque de cancer avant 70 ans :
- du sein : 40 à 85 % contre à peine 10 % dans la population générale,
- de l'ovaire : 10 à 63 % contre 1 % dans la population générale.
§ Les mastectomies sont préconisées.
Thérapie génique personnalisée. – Pour une pathologie donnée, nous arrivons à essayer de nous
adresser à des sous-groupes et à mettre en place un traitement spécifique de ce groupe.
IDÉES
Les cellules tumorales BRCA1- ou BRCA2- sont déficientes pour le système de réparation en
particulier par recombinaison homologue.
L'idée est de voir si le fait d'utiliser une molécule thérapeutique qui bloquerait le système
d'excision-réparation serait capable de bloquer l'autre système de réparation que pourrait utiliser la
cellule : nous aurions une cellule non fonctionnelle de part la mutation BRCA1/BRCA2 et pour laquelle
nous bloquerions l'autre système de réparation par la molécule thérapeutique.
Les molécules, à l'heure actuelle en essais, sont les inhibiteurs de PARP (Poly-Adénosine
diphosphate Ribose Polymérase) jouant un rôle important dans l'initiation de la BER.
In vitro, les cellules homozygotes pour la mutation BRCA1 ou BRCA2 sont plus sensibles aux
inhibiteurs de PARP que les cellules hétérozygotes ou homozygotes wild type (sauvages).
En clinique : Olaparib et veliparid sont les molécules en essais cliniques (combinaison ou non avec
une chimiothérapie) : résultats encourageants en terme de survie avec ou sans récidive.
ARTICLE
Essai d'obtention des types de mutations engendrant le cancer du sein. Le principe est la
recherche des fonctions des 5 millions de mutations potentielles explorées sur 7000 cancers. Les outils
de génomique peuvent être :
§ la possibilité de séquencer la totalité du génome humain,
§ la possibilité d'avoir des algorithmes pour étudier ces séquences.
Le consortium international a mis en évidence à partir de ce cancer une vingtaine de signature

mutationnelles (c'est-à-dire de mutations associées entre elles). Ces mutations se retrouvent :
§ soit dans un type particulier de cancer pour une signature donnée,

§ soit dans de nombreux cancers.
Une fois que nous avons identifié ces signatures mutationnelles, nous devons déterminer
l'étiologie des facteurs qui peuvent être associés à ces mutations. Il y en a pleins dont on ne connaît
pas encore les fonctions (exposition aux facteurs environnementaux).

UE 1
La transcription de l'acide désoxyribonucléique

I. Définition
La transcription est le mécanisme cellulaire qui vise à transformer l’information génétique de
l’ADN sous forme de transcrit d’ARN. La transcription concerne uniquement les gènes qui ne
représentent qu’un petit pourcentage du génome total. En effet, nous retrouvons différents types
d'ARN au niveau de nos cellules eucaryotes :
Les différents types d'ARN présents dans les cellules eucaryotes.
§ Les ARN messagers (ARNm)
Ils sont minoritaires puisqu'ils ne représentent qu'environ 2% des ARN cellulaires.
Seuls ARN donnant naissance aux protéines après traduction.
§ Les ARN de transfert (ARNt)
Les ARNt sont impliqués dans le mécanisme de traduction (synthèse des protéines). Ils
permettent de transférer l'acide aminé qui va être incorporé dans la chaîne peptidique en cours de
synthèse. Ils représentent environ 16% des ARN cellulaires.
§ Les ARN ribosomiques (ARNr)
Les ARNr sont les ARN majoritaires de nos cellules puisque représentant environ 80% des ARN
totaux. Ils rentrent dans la constitution de la structure des ribosomes, impliqués dans la traduction. Ils
possèdent des fonctions enzymatiques importantes dans la synthèse des protéines.
§ Les small nuclear ARN et les small nucleolar ARN (ARNsn et ARNsno)
Les ARNsn et les ARNsno sont de petits ARN retrouvés au niveau nucléaire uniquement. Ils
constituent une minorité des ARN puisqu'ils représentent moins de 1% du nombre total d'ARN
cellulaires. Ils font partie de ribonucléoprotéines. En ce qui concerne les ARNsn, les
ribonucléoprotéines sont impliquées dans le mécanisme d'épissage (maturation des ARN messagers).
Les ARNsno, quant-à-eux, font partie de ribonucléoprotéines particulières impliquées dans la
maturation des ARN ribosomiques.
345 Année 2017 - 2018

§ Les small interfering ARN, les microARN et les long non coding ARN (si, mi et lncARN)
Ces trois types d'ARN ne représentent, à eux trois, même pas 1 % de la population ribonucléique
cellulaire. Les ARNmi sont de petits ARN impliqués dans le mécanisme : soit de dégradation d'ARNm,
soit de blocage de la traduction d'ARNm cibles. Ces ARNmi s'hybrident sur des ARN cibles.
Les derniers ARN découverts sont les lncARN. Ce sont de longs ARN non codants comme leur nom
l'indique. Ils semblent transcrits à partir de régions de notre ADN génomique considérées jusqu'à
présent comme non informatives. Ils semblent impliqués dans la régulation de la transcription, de
l'épissage ou de la traduction.
I. Éléments nécessaires
Les ribonucléotides
Les ribonucléotides sont apportés dans la réaction sous forme de ribonucléotides triphosphates
(ATP, GTP, CTP ou UTP). La libération de pyrophosphate et son hydrolyse en deux phosphates
inorganiques fourniront l’énergie nécessaire à la formation de la liaison entre les deux ribonucléotides.
À côté des quatre bases classiques, nous retrouvons des ribonucléotides avec des bases
modifiées. Ces bases, nommées bases mineures, sont :
Dérivés de bases puriques :
§ l'hypoxanthine,
§ la 7-méthylguanine,
Dérivés de bases pyrimidiques :
§ le pseudo-uracile,
§ le 4-thiouracile.
Ces bases particulières sont retrouvées notamment au niveau des ARN de transfert.
L'ARN polymérase ADN-dépendante

Les ARN polymérases synthétisent de l’ARN par polymérisation en prenant une matrice d’ADN.
Les caractéristiques de la synthèse d’ARN sont que :
§ elle s'effectue dans le sens 5'"3' (sens de synthèse de toutes les polymérases),
§ elle est complémentaire et antiparallèle du brin matrice,
§ les ARN polymérases ne requièrent pas d'amorce pour initier leur polymérisation,
§ l'ARN synthétisé contient de l'uracile à la place de la thymine présente dans l'ADN, et du
ribose à la place du désoxyribose.
Chez les procaryotes

Chez les procaryotes, nous ne retrouvons qu'une seule enzyme sous forme multimérique. Cette
enzyme peut adopter deux formes, suivant la constitution en sous-unités protéiques :
§ l'enzyme est appelée enzyme cœur si elle est constituée de deux sous-unités α, d'une
sous-unité β et d'une sous-unité β', elle n'est alors pas liée au facteur sigma (σ),
§ l'enzyme est appelée holoenzyme si elle est, de plus, liée au facteur sigma (σ).

UE 1
L'enzyme cœur et l'holoenzyme.
Sous sa forme holoenzyme, l’ARN polymérase est compétente pour initier la synthèse de l'ARN
dans le sens 5'"3'. À un certain moment, l'enzyme va repasser sous sa forme cœur pour réaliser
l'élongation et la fin de la transcription.
Elle réalise la totalité de la synthèse des ARN bactériens.
Chez les eucaryotes

Chez les eucaryotes, nous avons trois ARN polymérases différentes. Toutes les ARN polymérases
eucaryotes sont localisées dans le noyau cellulaire, à l'endroit où se réalise la transcription. Chaque
ARN polymérase est spécialisée dans la synthèse d'un ou de plusieurs ARN particuliers.
Trois enzymes Localisation nucléaire Transcrits Activité cellulaire
ARNr
ARN polymérase I Nucléole 60-70 %
(5,8S / 18S / 28S)
ARNm
ARNsn
ARN polymérase II Nucléoplasme 10-30 %
ARNsno
lncRNA
ARNt
ARN polymérase III Nucléoplasme ARNr 5S » 10 %
ARNsn
Remarque. – Le symbole S correspond à l'unité Svedberg qualifiant le coefficient de sédimentation

d'une molécule : plus les ARN sont petits, plus ils vont avoir un coefficient de sédimentation faible.
347 Année 2017 - 2018

Inhibiteurs des ARN polymérases
Certaines molécules sont capables d’inhiber les ARN polymérases. Selon les mécanismes d'action,
ces molécules peuvent agir sur les ARN polymérases procaryotes, eucaryotes ou les deux.
ARN polymérase
Inhibiteurs ARN polymérase eucaryote
procaryote
Actinomycine D X X
Acridine X X
Rifampicine X
α-amanitine X
L'actinomycine D et l'acridine sont des intercalants de l'ADN, elles s'insèrent à l'intérieur de la

double hélice d'ADN et induisent une torsion telle que cela bloque l'avancée de la polymérase.
Note. – De par le blocage structural, nous pouvons deviner que ce mécanisme d'action est
indépendant de la nature procaryotique ou eucaryotique de la molécule d'ADN.
La rifampicine est utilisée comme antibiotique, elle bloque la synthèse d’ARN procaryote
uniquement en se liant à la sous-unité β de l'enzyme. Cette molécule est majeure dans le traitement
de la tuberculose.
L’α-amanitine provient de champignons (les amanites phalloïdes). Elle inhibe surtout l'activité de
l'ARN polymérase II mais peut également affecter les ARN polymérases I et III.
La matrice d'ADN
Les deux brins de l’ADN peuvent servir de matrice à l’ARN polymérase. C’est le sens du
mouvement de l’ARN polymérase qui détermine quel brin sert de matrice. Les deux brins pouvant être
transcrits ne donneront pas la même protéine à la fin même s’ils sont complémentaires.
Le brin transcrit est le brin qui sert de matrice. C’est aussi le brin anti-sens alors que l’autre brin
(celui qui ne sert pas de matrice) sera appelé brin sens ou brin non transcrit.
L’ARN synthétisé est :

§ complémentaire au brin anti-sens,
§ identique au brin sens (à la précision près qu'un uracile remplace une thymine).
La notion de brin sens et de brin anti-sens.

UE 1
Pour un gène donné, c'est toujours le même brin qui est transcrit. À l'échelle du chromosome :
le brin du chromosome qui sera transcrit dépend de la spécificité du gène. Ce qui conditionne le choix
du brin est la position de fixation de l'ARN polymérase et le sens dans lequel celle-ci va se déplacer.
Note. – Pour la séquence ci-dessous, si l'ARN polymérase se déplace de la gauche vers la droite,
elle utilise le brin inférieur en tant que matrice. L’ARN polymérase va se fixer sur la région
promotrice du gène qui sera située à côté du site d’initiation de la transcription.
II. Transcription procaryote

Initiation
Les promoteurs situés en 5' des gènes procaryotes sont des séquences consensus.
L’ARN polymérase reconnaît et se fixe sur une région du gène qui se trouve avant le point
d'initiation de la transcription. Cette région est nommée promoteur ou région promotrice.
Convention. – Nous donnons le signe +1 à la paire de base sur l'ADN génomique qui correspond
au premier ribonucléotide en 5' qui va être transcrit lors de la synthèse d'ARN.
Note. – Les paires de bases situées en amont de la région promotrices sont notées en négatif.
Dans la région promotrice, nous retrouvons des séquences extrêmement importantes que sont
des séquences consensus hexamèriques (constituées de six paires de bases), conservées au cours de
l'évolution. Elles correspondent aux régions -10 et -35.
Ces deux séquences vont se positionner de manière précise :

§ en -10 pour la boîte de Pribnow : 5’-TATAAT-3’ riche en adénine et en thymine,
§ en -35 pour la séquence 5’-TTGACA-3’.
349 Année 2017 - 2018

Note. – Les séquences données pour ces boîtes sont sous forme simple brin mais il est à noter et à
ne pas oublier que ces boîtes sont présentes sur les deux brins (dont un la contient en
complémentaire).
Le schéma de la transcription avec intervention du facteur sigma (σ).
Note. – Ce schéma est important à connaître. Il indique, entre autres, que le facteur sigma (σ)
intervient dans la reconnaissance du promoteur.
Élongation
L'élongation de la transcription.
Le brin d'ADN matrice est lu par l'ARN polymérase dans le sens 3'"5'. Le ribonucléotide situé
en 5' est ainsi sous forme triphosphate. La chaîne d'ARN est synthétisée par polymérisation. Les
nucléotides nécessaires à la synthèse du brin d'ARN sont des ribonucléotides et ils entrent dans la
réaction sous forme triphosphate.

UE 1
La zone où est synthétisé l'ARN se nomme boucle de transcription. Sur une courte distance, l’ADN
génomique est dénaturé et est en cours de lecture. Sur cette distance de 17 nucléotides, nous
retrouvons un hybride ADN-ARN de 12 paires de bases, c'est-à-dire qu'il y a présence de liaisons
hydrogène entre la base portée par le ribonucléotide incorporé et la base de l'ADN matrice.
Au fur et à mesure que la polymérase avance, nous allons avoir un déplacement de la boucle de
transcription de laquelle nous voyons émerger l'extrémité 5' de l'ARN en cours de synthèse. Les liaisons
hydrogène se reforment spontanément après le passage de l’ARN polymérase.
L’ARN polymérase :
§ est associée à des protéines nommées facteurs d’élongation qui diminuent la probabilité
qu’elle se dissocie de son ADN matrice. Ces facteurs protéiques d'élongation augmentent
donc la processivité de l'enzyme.
§ induit des torsions de l’ADN (surenroulements positifs) lors de sa progression qui
nécessiteront l'action de la gyrase bactérienne (topoisomérase de type II).
§ possède deux fonctions correctrices :
- une correction pyrophospholitique : réaction inverse de l’activité polymérasique
(réaction en miroir). Il s'agit d'une incorporation forcée de pyrophosphate pour
catalyser l’enlèvement du ribonucléotide incorrectement apparié.
- une correction hydrolytique : l'enzyme recule de quelques nucléotides et clive
l'ARN sur la courte portion contenant l'erreur.
Les fonctions correctrices sont différentes de la fonction d'édition, réservée à l'ADN pol.
Fin de la transcription procaryote

La fin de la transcription est faite grâce aux signaux de terminaison. Il s'agit de signaux présents
sur le brin d‘ADN matrice en cours de lecture. Ils vont être transcrits par l'ARN polymérase qui les
reconnaît. À un moment donné, il va y avoir un événement qui va induire une libération de l'enzyme,
de l'ARN synthétisé et de l'ADN matrice.
Nous retrouvons chez la bactérie deux types de mécanismes d’arrêt de la transcription :
§ Le mécanisme direct (rhô-indépendant) : le signal de terminaison sur l'ADN correspond

à un palindrome imparfait. Une fois ce palindrome transcrit par l'ARN polymérase, il va
induire un repliement en épingle à cheveux (structure secundo-tertiaire) grâce à des
liaisons hydrogène intra-chaînes. Suite à la structure en épingle à cheveux, nous avons
une succession de résidus uracile en 3’.
Cette structure en épingle à cheveux induit une déstabilisation ARN-ADN engendrant l'arrêt de
la transcription et la dissociation de l’ARN polymérase et de son ADN matrice.
351 Année 2017 - 2018

§ Le mécanisme indirect (rhô-dépendant) : nous retrouvons en 5’ de l’ARN des séquences
spécifiques reconnues par la protéine rhô. Celle-ci possède une activité ATPasique
fournissant l’énergie nécessaire pour son déplacement le long de la molécule d’ARN.
L’ARN polymérase, quant-à-elle, va transcrire le signal de terminaison induisant une
structure en épingle à cheveux qui provoque l'arrêt momentané de l'enzyme.
Contrairement au mécanisme direct, l’hybride ARN-ADN ne sera pas assez instable pour
permettre la dissociation du complexe, mais ralentit ou arrête tout de même la synthèse
de l’ARN. Cet arrêt (ou ce ralentissement) va permettre à la protéine rhô de rattraper la
boucle de transcription. Une fois qu’elle aura rattrapé cette boucle de transcription, elle
va permettre la dissociation du complexe. Les protéines rhô dissociées sont alors prêtes
à se réassocier dans un nouveau mécanisme.
Étapes du mécanisme rhô-dépendant.
Différences fondamentales entre la transcription procaryote et la

transcription eucaryote
La transcription eucaryote se réalise dans le noyau cellulaire alors que la transcription procaryote
s'effectue dans le cytoplasme (les cellules procaryotes ne possèdent pas de noyau).
De plus, nous avons vu qu’il n’existait qu’une seule sorte de polymérase chez les procaryotes
(même si elle peut prendre deux formes différentes : holoenzyme et enzyme cœur) alors qu’il en existe
trois sortes chez les eucaryotes, chacune ayant des activités spécifiques.
Enfin, chez les eucaryotes uniquement, certains transcrits primaires d'ARN subissent des
maturations pour obtenir des ARN matures et fonctionnels. La maturation n’existe pas chez les
procaryotes.
Le fait que la maturation soit absente chez les procaryotes

implique que la notion d'exon et d'intron soit exclue.

UE 1
III. Transcription et maturation d'ARNm chez les eucaryotes
Seuls les ARN messagers sont traduits en protéines.

Tous les autres ARN possèdent des fonctions en tant que tels.
Initiation
Avant le nucléotide +1 de la transcription, nous retrouvons une région promotrice qui fait
intervenir plusieurs séquences consensus, c'est-à-dire conservées au cours de l’évolution. La plus
importante pour initier la transcription est la boite TATA (5'-TATAAA-3'), séquence hexamèrique riche
en adénines et en thymines.
Attention. – Les boîtes telles que la boîte TATA sont double-brin !

La boîte TATA est située de -30 à -25 paires de bases par rapport au +1 de la transcription et est
retrouvée dans les séquences promotrices de la plupart des gènes eucaryotes. Certains gènes ne
possèdent cependant pas de boîte TATA (exemples : gènes ubiquitaires (gènes des histones)).
L’ARN polymérase II est incapable, seule, de reconnaître la TATA box et d'initier la transcription.
Pour ce faire, l’ARN polymérase de type II doit être sous la forme d’un complexe multimérique qui fait
intervenir des facteurs généraux de transcription (TF II A, B, D, E, F…).
Au niveau de la région promotrice, nous retrouvons (non de manière systématique mais de

manière très fréquente) d’autres séquences comme la CCAAT box et la GC box que nous nommons les
séquences d'amont. Ces séquences d'amont sont connues pour jouer un rôle dans la fréquence
d'initiation de la transcription pour un gène donné, sur lesquelles ce dépose les facteurs de
transcription.
353 Année 2017 - 2018

TFIID reconnait et se fixe sur la boîte TATA de
par sa sous-unité TBP (TATA Binding Protein). La
fixation de ce facteur induit un signal de
recrutement d’autres facteurs généraux de la
transcription TFII (comme TFIIA, TFIIB, TFIIH, TFIIE,
etc.).
Parmi tous ces facteurs, TFIIH permet

l’ouverture de l’ADN sur une courte distance par
son activité hélicase (pour favoriser la formation
des prémices de la boucle de transcription).
L’ARN polymérase va alors commencer à

synthétiser l’ARN sur une courte distance.
Dès que l'ARN commence à être synthétisé,

TFIIH fait alors intervenir sa deuxième activité
enzymatique qui est une activité kinase (activité
de phosphorylation).
TFIIH phosphoryle l'ARN polymérase II ce qui

implique un changement conformationnel de
celle-ci et une libération des TFII qui ne doivent
plus être présents pour la suite de l’élongation sauf
TFIID qui reste bien présent.
Le mécanisme est beaucoup plus complexe que la simple initiation de la transcription avec une
boîte TATA et des séquences d’amont (régulant la fréquence de l'expression), il existe en effet d’autres
mécanismes impliquant diverses protéines régulatrices, qui vont soit activer, soit inhiber l’initiation de
la transcription : les facteurs de transcription
§ Elles vont se fixer sur des séquences bien spécifiques de l’ADN, parfois à plusieurs
centaines - voire plusieurs milliers - de paires de bases de la région promotrice,
§ Elles vont interagir avec le complexe d’initiation de la transcription via d’autres

protéines, que nous allons appeler de manière très générale les médiateurs.
Les protéines régulatrices de la transcription.

UE 1
Élongation
Ce mécanisme est commun aux fonctions eucaryotes et aux fonctions procaryotes :
§ l’ARN polymérase est associée à des facteurs protéiques d’élongation qui vont
augmenter sa processivité pour lui permettre de rester assemblée à l'ADN matrice,
§ des topoisomérases sont retrouvées : elles sont nécessaires pour l'élimination des
surenroulements positifs induits par la polymérase,
§ l’ARN polymérase II est associée à un facteur protéique dit de correction pour permettre
d'éliminer les erreurs lors de la synthèse d'ARN. Ce facteur protéique stimule une
correction hydrolytique de l'ARN polymérase II.
L'élongation des ARNm s’accompagne d’une maturation du transcrit
Contrairement à ce qu'il se passe chez la bactérie, nous allons observer (de manière simultanée
à la néo-synthèse du transcrit concerné) des événements de maturation.
Nous retrouvons ainsi trois événements :
§ deux modifications covalentes aux extrémités 5’ et 3’ du transcrit :

- ajout d’une coiffe (cap/chapeau) en 5' du transcrit et libération d’un
diphosphate,
- ajout d’une queue poly-A en 3' du transcrit.
§ un mécanisme d’épissage qui correspond au retrait des séquences introniques.
L'ARNm ne pourra être appelé ainsi que lorsqu'il aura subi tous les événements de maturation.
Du gène à la protéine en passant par la transcription, l'épissage et la traduction.
355 Année 2017 - 2018

Au niveau de la séquence génomique, nous retrouvons des séquences exoniques et introniques
qui vont toutes être transcrites et qui vont ainsi se retrouver sur le pré-ARN messager.
Les pré-ARNm ou « transcrits primaires » sont composés

d’introns, d’exons codants et des parties 5’ et 3’ UTR.
Définition. – Les séquences excisées par le mécanisme dit d'épissage sont les séquences
introniques. Les séquences exoniques correspondent ainsi aux séquences que nous allons retrouver
au niveau de l'ARN messager mature. Avant le codon START, et après le codon STOP, nous avons des
séquences exoniques non traduites que nous nommons régions 5'-UTR et 3'-UTR (UnTranslated
Regions).
Les modifications commencent à se mettre en place

dès le moment où le transcrit est en cours de synthèse.
Ajout d'une coiffe (chapeau ou cap) en 5’ de l'ARN

Il s'agit d'une modification covalente à l'extrémité 5' de l'ARNm. Elle est présente sur tous les
ARN messagers des cellules eucaryotes mais n'est en aucun cas présente sur les autres ARN.
Cette coiffe correspond à une 7-méthylguanosine au niveau de l'extrémité 5’-P du transcrit

primaire. L’ajout s’effectue dès le début de la transcription et plus précisément dès que la région 5’-P
de l'ARN émerge de la boucle de transcription.
La liaison entre la coiffe et le 5’-P du transcrit primaire fait intervenir différentes enzymes dont
une phosphatase (qui retire le phosphate le plus extrême), une guanyle-transférase et une
méthyltransférase (pour permettre une méthylation de l'azote en position 7).
Note. – Nous retrouvons de manière très fréquente mais non systématique au niveau de nombreux
ARNm, une méthylation en 2’ des deux premiers ribonucléotides en 5’-P grâce à l’activité
enzymatique de la méthyltransférase.
Sur cette coiffe vont venir se fixer des protéines spécifiques jouant un rôle biologique bien
particulier et constituer ce que nous appelons le Cap Binding Complex.
La coiffe ajoutée à l'extrémité 5' joue plusieurs rôles très importants, elle permet :
§ la distinction par la cellule des ARNm des autres ARN cellulaires,

§ l’exportation des ARNm du noyau vers le cytoplasme (« passeport » obligatoire),
§ la fixation de la petite sous-unité du ribosome pour l'initiation de la traduction.

UE 1
La coiffe.
Coupure et polyadénylation en 3’ de l'ARN

Pour les ARNm eucaryotes, nous parlons de signal de terminaison de la transcription et de signal
de polyadénylation puisque c'est la modification en 3' que nous retrouvons au niveau des ARNm.
L’ARN polymérase transcrit le signal de terminaison et de polyadénylation (séquence conservée).

Cette séquence va ainsi se retrouver à l’extrémité 3’ du transcrit sous la forme AAUAAA.
Cette séquence induit le recrutement de facteurs protéiques spécifiques qui se lient à cette
séquence qui vient d'être transcrite. La fixation de ces protéines conduit à l'activation d'une
ribonucléase spécifique qui clive l'ARN en cours de synthèse sur une courte distance après la fameuse
séquence (10 à 15 nucléotides) générant une extrémité 3'-OH.
Va ensuite agir une deuxième enzyme nommée polyadénylate polymérase qui ajoute sur
l’extrémité 3'-OH de ce pré-ARNm la queue poly-A constituée de 200 à 250 résidus adénines.
La queue poly-A n'est pas codée au niveau génomique,

il s'agit d'une modification post-transcriptionnelle
Sur la queue poly-A vont venir se fixer

des protéines spécifiques (Poly-A Binding
Proteins).
Cette queue poly-A n'est retrouvée

que sur les ARN messagers eucaryotes et
possède ainsi un rôle de distinction de ce
type d'ARN par rapport aux autres.
Elle fait également partie du

« passeport » contrôlé pour vérifier que
l'ARN messager est mature au passage
vers le cytoplasme.
Nous pensons également que la

queue poly-A protège l'ARN messager au
cours de la traduction permettant une
traduction efficace.
357 Année 2017 - 2018

Épissage des pré-ARNm
Acteurs de l'épissage
L'épissage est réalisé par le spliceosome, il s'agit d'un complexe constitué de plusieurs snRNP (des
RiboNucléoProtéines) constituées de snARN et de protéines. Les snARN sont riches en uraciles leur
conférant les dénominations suivantes : U1, U2, U4, U5 et U6.
Reconnaissance de la région à exciser
Les séquences introniques à exciser sont caractérisées par des éléments précis que sont :
§ le site donneur d'épissage GU en 5’ de l'intron,
§ le site accepteur d'épissage AG en 3’ de l'intron,
§ le site de branchement A à 30 nucléotides avant le site accepteur d'épissage.
Positionnement précis des acteurs de l'épissage
Certaines snRNP se positionnent bien précisément au niveau des sites d'épissage (donneur,
accepteur et de branchement) respectivement U1, U5 et U2.

UE 1
Les introns seront éliminés par le spliceosome grâce à deux réactions de transestérification assez
consommatrices d’ATP (même si peu consommatrices vis-à-vis d'autres processus comme la
réplication).
En premier, nous avons reconnaissance du site de

branchement par deux protéines spécifiques (BBP et
U2AF).
Cela va induire le recrutement séquentiel des

différentes snRNP. U2 remplace BBP / U2AF sur le A de
branchement ; et U1 vient se positionner sur le site
donneur. U4 et U5 rentre dans le système. Nous avons
formation d’un lasso.
Après clivage du site d’épissage en 3’ et réunion des

deux séquences exoniques encadrant la séquence lasso,
nous aurons excision de ce dernier.
Les séquences introniques seront dégradées dans le

noyau et les ribonucléotides seront éventuellement
réutilisés et toutes les snRNP seront recyclées pour être
réutilisées éventuellement pour l'excision d'un autre
intron sur un autre pré-ARN messager.
Des protéines spécifiques se fixent sur la liaison

exon-exon. Ces protéines joueront un rôle important
dans l’export de l’ARNm mature du noyau vers le
cytoplasme.
Note. – U4, U6, U5 induisent la structure en lasso et le

clivage en 5’ de l’intron.
Maturation différentielle des ARNm eucaryotes
Rappel. – Chez les procaryotes, il n’y a pas de notion de maturation : nous n'avons donc pas de
queue poly-A, ni de coiffe, ni d’épissage.
Chez les procaryotes, un gène donne naissance à un ARN.
Attention. – Nous le reverrons dans le cours sur la traduction mais nous pouvons d'ores et déjà
introduire le fait que les ARNm procaryotes sont polycistroniques : un ARN messager bactérien
donne naissance à différentes protéines.
Chez les eucaryotes, nous avons des événements de maturation des pré-ARNm pour donner des
ARN matures et fonctionnels. Ils sont au nombre de trois. Un gène peut donc générer différents ARNm
et un pré-ARNm peut donner naissance à différentes protéines grâce à un épissage alternatif.
359 Année 2017 - 2018

*Epissage alternatif : pour un pré-ARNm donné, suivant le contexte cellulaire ou suivant des
mécanismes complexes de régulation, il se peut qu'il puisse être épissé de manière différente. Sur le
schéma ci-dessous, le mécanisme 1 correspond à l'épissage classique puisqu'uniquement les introns
sont excisés. Dans le mécanisme 2, nous utilisons le site 5' de l'intron 1 et le site 3' de l'intron 2 pour
finalement éliminer. La protéine 2 sera différente de la protéine 1 (elle sera plus courte).
Remarques. – La notion d'exon peut varier si nous avons un épissage classique ou alternatif. Une
partie exonique lors d'un épissage classique peut être une partie intronique lors d'un épissage
alternatif. L'épissage alternatif peut changer le cadre de lecture, il est alors dit pathologique.
La notion d'épissage classique et d'épissage alternati
Application clinique humaine. – Les exemples à connaître dans ce tableau sont grisés.
Défaut d'épissage Pathologie associée

Nanisme par déficit isolé en
Pré-ARNm de l'hormone de croissance
hormone de croissance de type II
Pré-ARNm d'un gène important dans le développement
Syndrome de Frasier
des reins et des gonades
Pré-ARNm codant pour une protéine du cytosquelette Démence
Mutation dans un gène de la machinerie d'épissage Atrophie musculaire spinale
Mutant p73 : épissage aberrant Carcinome pavimentaire
Point culture. – Les carcinomes pavimenteux (ou épidermoïdes) sont des cancers développés à
partir d'un épithélium pavimenteux constitué de cellules aplaties.
Pour certains, nous avons identifié - à leur fin - plusieurs signaux différents de terminaison de
transcription et de polyadénylation. L’ARN polymérase va alors avoir deux possibilités :
§ s’arrêter après le premier site de polyadénylation,
§ continuer et s’arrêter après le second site de polyadénylation.
Nous avons donc des différences fondamentales au niveau de la longueur du transcrit. Cela risque
aussi d’avoir un impact sur la quantité de protéines traduites car le choix d’un site de polyadénylation
peut avoir un impact sur la stabilité du transcrit et donc sa demi-vie. Ainsi, il est logique que si la
demi-vie diminue, le transcrit sera présent moins longtemps pour la traduction et moins de protéines
seront alors produites.

UE 1
Attention. – La longueur de la région 3'-UTR n'est pas directement proportionnelle à la durée de

la demi-vie.
Polyadénylation.
Exportation sélective des ARN messagers hors du noyau cellulaire

L’exportation des ARN messagers du noyau vers le cytoplasme est un mécanisme actif.
L'exportation de ces ARN messagers est obligatoire pour qu'ils soient traduits de protéines. Le passage
de la membrane nucléaire s’effectue au niveau des pores nucléaires.
À ce niveau, nous retrouvons quatre contrôles pour vérifier que les ARNm soient bien matures et
puissent être exportés sans risque pour donner des protéines fonctionnelles :
361 Année 2017 - 2018

Premier
Présence de la coiffe en 5’ de l'ARN messager.
contrôle
Deuxième
Présence de la queue poly-A en 3’ ainsi que des protéines qui s’y sont fixées.
contrôle
Vérifier si l’épissage a été correctement et entièrement effectué en vérifiant la

Troisième
présence des protéines fixées, après excision de la séquence intronique sous
contrôle forme de lasso, sur les jonctions exon-exon.
Quatrième Vérifier que les snRNP sont bien absentes de l’ARNm ce qui signifie que les
contrôle séquences introniques ont bien été enlevées et que l’épissage a été complet.
Note. – Il faut que l’ARN messager passe tous ces contrôles et les « valide » tous pour pouvoir être
exporté hors du noyau et être traduit en protéine !!
Comparaison de la synthèse des ARN messagers chez les eucaryotes

et chez les procaryotes

UE 1
IV. Transcription et maturation des ARN ribosomiques

Le processus de maturation des ARN ribosomiques est un processus différent du phénomène
d'épissage. Les ARN ribosomiques sont au nombre de quatre : l'ARNr 5S ; l'ARNr 5,8S ; l'ARNr 18S et
l'ARNr 28S et nécessitent l'intervention de deux ARN polymérases : l'ARN polymérase I et l'ARN
polymérase III pour être transcrits.
L'ARN ribosomique 5S est synthétisé

uniquement et entièrement par l'ARN polymérase III.
L'événement de maturation est un clivage des espaceurs intragéniques transcrits.
Les trois ARN ribosomiques (5,8S - 18S - 28S) proviennent de la transcription d'un gène présent
en de très nombreuses copies sur différents chromosomes. Nous en retrouvons 100 à 200 copies
positionnées sur les chromosomes 13, 14, 15, 21 et 22 (chromosomes acrocentriques). Après
transcription par l'ARN polymérase I, nous allons obtenir un précurseur : l'ARN ribosomique 45S. Après
maturation, cet ARN ribosomique donne naissance aux ARN ribosomiques 5,8S - 18S et 28S.
Maturation des ARN ribosomiques.
Cet événement de clivage fait intervenir de nouvelles ribonucléoprotéines que nous appelons des
snoRNP. Elles sont constituées d'ARN (les ARNsno) et de protéines. Ces snoRNP jouent un rôle de guide
de méthylation et d'isomérisation de l'ARN ribosomique 45S, ce qui va permettre par des
endonucléases le clivage d'espaceurs intragéniques (≠ épissage) pour libérer le 5,8S - le 18S et le 28S.
363 Année 2017 - 2018

Ces ARNr sont destinés à entrer dans la constitution de la grande et de la petite sous-unité du
ribosome. Ils vont être associés à des protéines ribosomiques : cette association a lieu dans le noyau
cellulaire. Les protéines ribosomiques qui, comme toutes les protéines cellulaires sont synthétisées
dans le cytoplasme, vont passer dans le noyau cellulaire pour s'associer aux ARN ribosomiques.
Petite et grande sous-unités du ribosome sont constituées, dans le noyau cellulaire. Elles passent
ensuite dans le cytoplasme et sont sous forme libre dans un premier temps.
V. Transcription et maturation des microARN
Les microARN font partie de l'une des

dernières classes d'ARN qui ont été découvertes
dans nos cellules. Ils correspondent à de petits
ARN transcrits par l'ARN polymérase II.
Ils jouent un rôle dans la dégradation

d'ARNm cibles et/ou dans le blocage de la
traduction d'ARNm cibles. Ils participent à la
régulation de l'expression des gènes.
Un microARN ne s'hybride pas sur un ARN

messager donné, il va être capable de cibler
plusieurs ARN messagers différents. Il se fixe à
leur extrémité 3'. Un même microARN peut
réguler l'expression de différents ARN
messagers.
Nous nous sommes aperçus que ces ARN

messagers, très souvent, codaient pour des
protéines impliquées dans une même fonction
biologique.
Les dérégulations d'expression de

microARN jouent clairement un rôle important
dans l'émergence de contextes pathologiques et
en particulier de contextes cancéreux.
Les microARN peuvent se fixer sur des ARNm qui codent des
protéines différentes mais qui possèdent les mêmes fonctions
biologiques.
Les microARN sont synthétisés par transcription grâce à l'ARN polymérase II pour donner un pri-
microARN. Ce dernier subit un événement de maturation : les extrémités sont retirées pour donner un
pré-microARN (double brin) qui sera capable de passer dans le cytoplasme. Au niveau du cytoplasme,
nous allons retrouver différentes modifications de ce pré-microARN par des protéines particulières
pour cliver ce pré-microARN (sous forme d'épingle à cheveux). Le complexe DICER fait passer le pré-
microARN à l'état simple brin.

UE 1
La traduction du code génétique en protéines

I. Définition
La traduction est le mécanisme moléculaire au sein de la cellule qui va permettre la synthèse
d'une chaîne peptidique à partir de l'information génétique transportée par les ARN messagers
comportant des séquences exoniques.
Note. – Certaines séquences seront transcrites mais non traduites : ce sont les séquences 5'-UTR
et 3'-UTR. La partie N-terminale de la protéine correspond à la séquence la plus proche de la région
5'-UTR et la partie C-term de la protéine correspond à la séquence la plus proche de la région 3'-
UTR.
Du gène à la protéine en passant par la transcription, l'épissage et la traduction.
II. Code génétique

A. Généralités
Au niveau de l'ARNm, nous retrouvons quatre bases : A, U, G et C. Le code génétique est un code
à trois lettres : un acide aminé peut être représenté par une succession de trois ribonucléotides. Le
nombre de possibilités de combinaison avec trois bases est de 43 permettant ainsi d'obtenir
potentiellement 64 acides aminés mais nous savons qu'il n'en existe que 20 naturels.
Un codon est un triplet de ribonucléotides présent au niveau de l'ARNm. Nous en avons 2 types :
§ les codons sens représentant des acides aminés,
§ les codons non-sens ne codent pas des acides aminés mais représentent des signaux de
terminaison de la traduction.
365 Année 2017 - 2018

L'anticodon est le triplet de ribonucléotides qui se trouve au niveau de l'ARN de transfert et qui
va s'hybrider avec le codon - code de lecture au niveau de l'ARNm - c'est-à-dire que nous aurons
établissement de liaisons hydrogène entre les trois nucléotides correspondant au codon en cours de
lecture et les trois nucléotides de l'anticodon de l'ARN de transfert.
B. Absence de ponctuation entre les codons

Aucune information génétique n'est perdue lors de la traduction étant donné qu'il n'existe pas de
ponctuation. Les codons sont lus trois par trois, en série.
C. Absence de chevauchement dans le code génétique
D. Un seul cadre de lecture
Nous n'avons qu'un seul cadre de lecture possible : les codons sont lus en série en prenant comme
point de départ le codon START définissant ce cadre unique.
E. Caractéristiques
1. Universalité du code génétique
Le code génétique est - de manière globale - universel : les caractéristiques sont retrouvées aussi
bien dans les cellules procaryotes que dans les cellules eucaryotes.
Note. – Le code génétique est universel mais la mitochondrie possède certains codons STOP qui
n'ont pas la même séquence que dans le génome humain par exemple.
2. Codon START et codon STOP

Le codon d'initiation ou codon START possède toujours la même séquence : AUG. Ce codon START
code pour le premier acide aminé en NH2 terminal.
En NH2 terminal, nous retrouvons ainsi :

UE 1
§ une méthionine chez les eucaryotes,

§ une N-formylméthionine chez les procaryotes.
Toutes les protéines nouvellement synthétisées vont avoir une méthionine en NH2 terminal - tout
juste à la sortie du ribosome. S'il se trouve un autre codon AUG en phase de lecture avec le codon
START, cet autre codon AUG ne sera plus appelé START et codera alors pour une méthionine en position
interne de la séquence de la protéine. Une fois passé le codon START, un codon AUG pourra coder une
méthionine chez les procaryotes : un codon AUG ne code pas systématiquement pour une formyl-
méthionine !
Attention. – Toutes les protéines synthétisées chez les eucaryotes ne vont pas avoir une méthionine
en position N-terminale. Après la traduction, très souvent, la méthionine est retirée par une
protéase spécifique. Chez les procaryotes, la N-formylméthionine persiste.
Le codon non-sens de terminaison (ou codon STOP) peut être représenté par trois séquences non
codantes :
§ UAA : codon STOP ocre
§ UAG : codon STOP ambre
§ UGA : codon STOP opale
Ils ne pourront être lus que s'ils sont en phase de lecture avec le codon START. Ils ne codent pas
pour un acide aminé particulier et il n'existe pas d'ARN de transfert, dans le mécanisme général de la
traduction, qui reconnaisse ces codons STOP. Ces codons STOP sont reconnus par des facteurs
protéiques particuliers.
Notes. – Sur les 64 codons potentiels, 61 sont codants et 3 sont non codants. Les termes « ocre »,
« ambre » et « opale » ne sont pas à connaître.
3. Dégénérescence du code génétique
Le code génétique.
Le code génétique est dit dégénéré :

un même acide aminé peut être codé par différents codons.
Cette dégénérescence est relative suivant les acides aminés considérés. Certains acides aminés
ne seront codés que par un seul codon alors que d'autre, seront codés par 3 à 6 codons.
367 Année 2017 - 2018

Exemples. – La méthionine et le tryptophane ne sont codés que par un seul codon, il n'y a pas de
dégénérescence à proprement parlé. La sérine, la leucine et l'arginine sont codées par six codons !
Généralement, il s'agit de la troisième base du codon qui change mais le codon code tout de
même pour le même acide aminé.
4. Le « wobble » ou base fluctuante / tremblante
Le « wobble » ou base fluctuante / tremblante.
Les ARN de transfert reconnaissent un codon via leur anticodon. S'il y a 61 codons codant pour
des acides aminés, nous pourrions nous attendre à ce qu'il y ait 61 ARN de transfert représentant 61
anticodons différents qui reconnaîtraient ces 61 codons codants.
Une théorie stipule que 32 ARNt seraient suffisants pour reconnaître les 61 codons codants mais
en fait, dans les cellules humaines, nous retrouvons 48 ARNt différents.
Un ARNt avec un anticodon donné va être capable de

reconnaître différents codons = théorie du wobble.
Les ARNt ont pour fonction d'apporter un acide aminé donné correspondant à leur anticodon.
Cet acide aminé va être activé. Un ARN de transfert donné ne véhicule qu'un seul acide aminé donné.
L'anticodon ne va être capable de s'hybrider que sur les codons codant pour ce même acide aminé.
Un codon ou un anticodon comportent des nucléotides numérotés de 1 à 3 dans le sens 5'"3'.

Les liaisons qui vont s'établir entre le codon et l'anticodon sont des liaisons hydrogène : il y a
complémentarité parfaite entre la 1ère et 2ème base du codon et la 2ème et 3ème base de l'anticodon.
Au niveau de la 3ème base du codon et de la 1ère base de

l'anticodon, l'interaction est faible.
Les codons et leur appariement avec des anticodons.

UE 1
Les objectifs au niveau cellulaire de la dégénérescence du code génétique sont au nombre de 3 :

§ économie cellulaire : la cellule aura besoin de synthétiser un nombre plus faible d'ARN
de transfert pour réaliser la traduction,
§ dissociation plus rapide des ARNt lors de la lecture en série des codons, ce qui permet
une accélération de la synthèse peptidique,
§ protection contre les mutations puisqu'une mutation qui touchera la 3ème base du codon
codant sera le plus souvent sans impact sur l'acide aminé.
F. Les mutations ponctuelles

Synthèse protéique
Type de mutation Séquence modifiée Effet
normale
La séquence
protéique est
Insertion d'un
modifiée à partir
nucléotide
du point de
mutation
La protéine est
Non-sens
tronquée
La protéine
contient un acide
Faux-sens
aminé anormal
(p53/cancer)
La séquence
Silencieuse protéique n'est
pas modifiée
Remarque Ù Protéine p53. – La protéine p53 possède une fonction biologique « suppresseur de
tumeurs ». Cette protéine joue un rôle clé dans la protection du développement d'un phénotype
cancéreux. La protéine est très fréquemment mutée dans tous types de cancers humains. La
mutation ponctuelle d'un acide aminé sur la protéine p53 est suffisante pour inhiber sa fonction.
III. Éléments nécessaires

L'ARNm
Nous avons besoin bien évidemment de l'ARN messager. C'est lui qui va être lu, et l'information
lue va donner naissance à la synthèse de la séquence polypeptidique correspondante.
369 Année 2017 - 2018

Les acides aminés
Les acides aminés correspondent aux monomères de la chaîne peptidique synthétisée. Dans la
chaîne polypeptidique, nous retrouvons une liaison peptidique établie entre deux acides aminés
adjacents : entre le groupement COOH d'un acide aminé et le groupement NH2 du suivant.
Les ARNt
Ils possèdent une structure secundo-tertiaire particulière. Ce sont des molécules simple-brin. Le
fait qu'il y ait des séquences complémentaires et antiparallèles au sein même de l'ARNt va lui faire
adopter une structure dite en feuille de trèfle. Nous en retrouvons 48 chez l'Homme, ils possèdent
tous au moins quatre bras.
Schéma d'un ARN de transfert en feuille de trèfle.
Les quatre bras d'un ARNt sont :
§ le bras acide aminé : l'extrémité 3' comporte la séquence CCA et l'extrémité 5' comporte
un G de façon systématique. Ce bras est appelé bras acide aminé puisqu'au niveau de
l'extrémité 3' va être lié l'acide aminé activé (par estérification).
§ le bras anticodon qui se trouve à l'opposé du bras acide aminé.
§ le bras DHU contient de la dihydrouridine représentée par la lettre D.
§ le bras TΨC contient de la ribothymidine, de la pseudouridine (Ψ) et de la cytidine.
La liaison de l'acide aminé à l'ARNt est indispensable pour activer l'acide aminé qui va être intégré
dans la chaîne peptidique. Cette liaison se fait en deux temps :
Formation d'un 5'amino-acyl-adénylate.
Cette réaction nécessite un acide aminé et une molécule d'ATP. Nous aurons établissement d'une
liaison entre l'extrémité carboxyle de l'acide aminé et le premier phosphate de la molécule d'ATP avec
hydrolyse du pyrophosphate par une phosphatase.
La réaction est catalysée par une amino-acyl-ARNt synthétase spécifique de l'AA concerné.

UE 1
Formation du 5'-amino-acyl-adénylate.
Le 5'amino-acyl-adénylate obtenu est une molécule indispensable pour permettre la liaison

covalente de l'acide aminé sur l'ARNt.
Formation d'un amino-acyl-ARNt (réalisée par une amino-acyl-ARNt synthétase) avec libération
d’AMP.
Le résidu adénine en 3' de l'ARNt va se retrouver lié par estérification un acide aminé. C'est sous
cette forme que les acides aminés sont incorporés.
Amino-acyl-ARNt.
Les ribosomes
Schéma des ribosomes.
Que ce soit les ribosomes de la bactérie ou les ribosomes eucaryotes, ils sont constitués de deux
sous-unités que nous appelons la petite et la grand sous-unité du ribosome.
Chaque sous-unité est constituée d'ARN ribosomique et de protéines. Il y a environ ⅓ de protéines

pour ⅔ d'ARN ribosomiques. Les deux sous-unités du ribosome sont, à l'état initial, sous forme
dissociées.
371 Année 2017 - 2018

Elles ne s'associent que lorsque
la traduction va être initiée à partir d'un ARNm donné.
Dans chaque ribosome se trouve :

§ un site de liaison à l'ARN messager,
§ un site Amino-acyl-ARNt (A),
§ un site Peptidyl-ARNt (P),
§ un site Exit (E).
L'activité enzymatique qui permet de créer une liaison peptidique entre deux acides aminés
adjacents est une activité peptidyl-transférase. Cette activité est portée par un ARN ribosomique
particulier de la grande sous-unité du ribosome, c'est l'ARN ribosomique 28S chez les eucaryotes et
chez les procaryotes, son homologue est l'ARN ribosomique 23S.
Définition. – Un ARN qui possède une activité enzymatique est nommé ribozyme.
Les ARNr jouent un rôle prépondérant au niveau du ribosome, non seulement au niveau de la
structure mais également au niveau de l'activité enzymatique :
§ ils tapissent et constituent les sites d'accueil (A, P et E) " rôle structurel,
§ ils positionnent un amino-acyl-ARNt particulier sur l'ARN messager,
§ ils possèdent une activité peptidyl-transférase pour ce qui est des ARN ribosomiques 23S
et 28S (= ribozymes).
En fin de traduction, les deux sous-unités vont à nouveau se re-dissocier pour se trouver à
nouveau à l'état libre dans le cytosol.
Les facteurs d'initiation et d'élongation

Les facteurs d'élongation sont importants pour permettre une synthèse polypeptidique sur une
longue distance avec une certaine fidélité : ils augmentent la précision globale de la traduction. Ces
différentes protéines vont rentrer et sortir du ribosome au fur et à mesure qu'elles ont à intervenir
dans le mécanisme moléculaire.
Procaryotes Eucaryotes
eIF-2
IF1, IF2, IF3 eIF-4E
Facteurs d'initiation
(Initiation Factor) eIF-4G
(eukaryotic Initiation Factor)
EF-Tu EF-1
Facteurs d'élongation
EFG EF-2
Ces facteurs vont être liés soit au GTP, soit au GDP.
§ lorsqu'ils sont liés au GTP, ces facteurs sont sous forme active ;
§ lorsqu'ils sont liés au GDP, ces facteurs sont sous forme inactive.

UE 1
IV. La synthèse protéique

Initiation (eucaryote)
L'initiation nécessite le codon START (ou codon AUG). Ce codon détermine le cadre de lecture qui
est unique pour la traduction d'une protéine donnée.
Ce codon va être reconnu par un ARNt particulier qui s'appelle ARNt initiateur. Cet ARNt initiateur
va transporter le premier acide aminé qui correspond à l'acide aminé qui va être en NH2 terminal, c'est-
à-dire une méthionine chez les eucaryotes et une N-formylméthionine chez les procaryotes.
L'ARNm contient à sa partie 5' la coiffe sur laquelle

sont liées des protéines spécifiques. Petite et grande
sous-unités sont à l'état libre dans le cytosol avant que
ne soit initiée la traduction. La petite sous-unité du
ribosome n'est pas tout-à-fait libre puisqu'elle est
associée à l'ARNt initiateur qui porte ici la méthionine
mais également à un facteur d'initiation de la traduction
(eIF) lié au GTP.
Ce qui initie le recrutement de cette petite sous-

unité du ribosome est la fixation au niveau du cap
d'autres facteurs d'initiation de la traduction.
À partir de ce moment, la petite sous-unité du

ribosome se déplace du 5' vers le 3' à la recherche du
codon AUG qui sera utilisé comme codon START. Pour
permettre son déplacement, le facteur eIF associé au
GTP possède une activité hélicase qui lui permet, après
hydrolyse de molécules d'ATP en ADP, de donner
l'énergie suffisante.
Lorsque la petite sous-unité du ribosome et l'ARNt

ont identifié le codon AUG qui va servir de codon START,
il va y avoir hybridation avec l'anticodon de l'ARNt
initiateur conduisant à l'hydrolyse du GTP en GDP
(dissociation d'eIF et des autres facteurs d'initiation).
La grande sous-unité vient alors coiffer le tout avec

l'ARNt initiateur au niveau du site P.
Quel codon AUG va être utilisé pour initier la traduction?
§ Dans 90 % des cas, c'est le premier codon AUG rencontré en 5' de l'ARNm qui est défini
comme étant le codon START puisque dans ce cas, le codon est positionné dans un
environnement nucléotidique favorable. Cet environnement est défini par la position
adjacente d'une séquence particulière nommée séquence de Kozac en 5' de l'AUG.
§ Dans les 10 % des cas, la petite sous-unité du ribosome dépasse le premier codon AUG.
Chez la bactérie, les ARNm ne possèdent pas de cap mais il se trouve une séquence particulière
située en 5' de l'ARNm juste avant le codon START. Cette séquence est la séquence Shine-Dalgarno.
373 Année 2017 - 2018

Attention. – La séquence Shine-Dalgarno ne constitue pas un environnement nucléotidique
favorable, c'est la séquence qui permet le recrutement de la petite sous-unité du ribosome.
Cette séquence est complémentaire et antiparallèle d'un ARN ribosomique de la petite sous-unité
du ribosome (sous-unité 30S) : l'ARN ribosomique 16S.
La séquence Shine-Dalgarno chez les procaryotes est complémentaire et antiparalèlle de l'ARNr 16S.
Élongation (eucaryote = procaryote)

L'élongation correspond à une série de trois étapes. Chaque cycle aboutissant à la création d'une
liaison peptidique supplémentaire sur la chaîne en cours de synthèse.
Nous avons l'ARNt initiateur sous forme d'amino-acyl-ARNt au niveau du

site P. Va venir se positionner dans le site A le deuxième amino-acyl-ARNt
ayant l'anticodon correspondant au codon suivant le codon START. ce
Première étape
dernier est fixé à un facteur d'élongation sous forme active. Dès lors qu'il y
a reconnaissance de l'anticodon et du codon, cela induit une hydrolyse du
GTP en GDP détachant le facteur.
L'ARN ribosomique qui porte l'activité peptidyl-transférase va catalyser la

Deuxième étape liaison peptidique entre la méthionine et le deuxième acide aminé. Ce
dipeptide est maintenant porté par le deuxième amino-acyl-ARNt.
Il va y avoir une translocation du ribosome. Le ribosome se déplace vers

l'extrémité 3' de l'ARNm sur la distance d'un codon pour que les 2 amino-
Troisième étape
acyl-ARNt qui étaient respectivement dans les sites P et A se retrouvent
dans les sites E et P. L'amino-acyl-ARNt situé dans le site E va être éjecté.
L'énergie nécessaire au
déplacement du ribosome sur la
distance d'un codon est due à lors
de l'hydrolyse du GTP en GDP d'un
facteur d'élongation.
Ce cycle de trois étapes se

réalise pour chaque codon codant
de l'ARN messager jusqu'au
moment où il arrive en phase de
lecture du codon STOP.
L'élongation eucaryote.

UE 1
Terminaison
Le codon STOP n'est pas reconnu par des ARN de transfert mais par un facteur protéique de
libération qui se positionne au niveau de la cavité A et qui induit la libération de la chaîne
polypeptidique par incorporation d'une molécule d'eau : création de l'extrémité COOH.
Nous allons retrouver l'événement de translocation et le facteur protéique de libération va se

retrouver dans le site P. À ce moment tout va être dissocié.
Maturation des protéines

Sur toutes les chaînes polypeptidiques synthétisées, nous retrouvons une étape de maturation
indispensable nommée folding ou repliement. Au sein de la cellule, il faut que la chaîne peptidique
adopte la bonne conformation pour qu'elle soit biologiquement active. Le contrôle de ce repliement
est réalisé par une classe protéique composée de protéines dites chaperonnes.
Le deuxième type d'événement de maturation ne concerne pas toutes les protéines. Pour
certaines protéines, pour qu'elles aient une fonction biologique particulière, il faut qu'en plus elles
aient des modifications post-traductionnelles. Nous trouvons des glycosylations, des méthylations...
V. Particularité de la traduction
Traduction simultanée par plusieurs ribosomes
Que ce soit chez les eucaryotes ou chez les procaryotes, un même ARNm va pouvoir être lu par
plusieurs ribosomes en même temps qui synthétisent chacun une copie de la protéine codée. Cet
ensemble, nommé polysome ou polyribosome, permet une accélération de la synthèse protéique.
Chez les procaryotes : couplage traduction-transcription

Chez les procaryotes uniquement, nous n'avons pas de noyau cellulaire donc traduction et
transcription sont réalisées dans le même compartiment cellulaire = le cytoplasme.
L'ARNm n'est pas totalement synthétisé par l'ARN polymérase qu'il commence déjà à être lu par
des ribosomes. Il s'agit également d'un mécanisme d'accélération de la synthèse protéique.
375 Année 2017 - 2018

ARN mono- ou polycistronique
Un cistron est une unité codante pour une protéine.

Il commence par un codon AUG et termine par un codon STOP.
ARNm eucaryote monocistronique
Les ARNm eucaryotes sont forcément monocistroniques ; en effet, la petite sous-unité du

ribosome est recrutée par le cap, ensuite elle cherche la séquence de Kozac. Donc, si par hasard, l'ARN
messager avait plusieurs séquences cistroniques, seule la première serait utilisée pour synthétiser
plusieurs exemplaires de la protéine A.
ARNm procaryote polycistronique
Un même ARNm peut posséder plusieurs séquences cistroniques (ou cistrons) et peut donc coder
pour plusieurs protéines. Si, sur un même ARNm, nous avons plusieurs séquences cistroniques
précédées par la séquence Shine-Dalgarno, cela signifie que chaque séquence Shine-Dalgarno va
permettre le recrutement d'une petite sous-unité du ribosome.
Notion d'opéron.
Chez les bactéries, plusieurs gènes (G1, G2, G3, G4) peuvent être sous le contrôle d'un même
promoteur. Lors de la transcription, ces gènes correspondent aux fameux cistrons et codent pour
des protéines différentes. Ces gènes, qui sont co-transcrits dans la bactérie, codent en général pour
des protéines impliquées dans un même métabolisme d'où l'intérêt pour la bactérie de synthétiser
un seul type d'ARNm.

UE 1
Exemple Ù Lactose.
Régulation de la traduction
Nous pouvons avoir un rétrocontrôle négatif de la traduction par liaison de protéines aux régions
non traduites de l'ARN messager.
Chez la bactérie
Chez la bactérie, les protéines ribosomiques sont leur propre répresseur traductionnel. L'ARNm
code pour des protéines ribosomiques particulières. Si la cellule détecte une accumulation de
protéines ribosomiques, ces dernières sont capables d'aller se fixer sur la région 5'-UTR de leur propre
ARNm générant un encombrement stérique qui bloque l'accès à la séquence Shine-Dalgarno.
La régulation de la traduction chez la bactérie.
Chez les eucaryotes

Chez les eucaryotes, nous avons répression traductionnelle concernant une protéine nommée
ferritine. La ferritine stocke le fer. Suivant la concentration intracellulaire de fer, cette protéine a
besoin ou non d'être synthétisée : s'il y a très peu de fer, nous avons alors une protéine nommée
aconitase qui se fixe sur une séquence en 5'-UTR.
Nous avons un encombrement stérique qui empêche la traduction. Cette aconitase bloque le
déplacement de la petite sous-unité du ribosome.
377 Année 2017 - 2018

La régulation de la traduction chez les eucaryotes.
VI. Molécules inhibitrices de la traduction
Molécules Cibles Mécanisme d'action
Tétracyclines Fixation site A

Procaryotes
(antibiotiques) Bloque la liaison des amino-acyl-ARNt
Streptomycine Suivant sa concentration, bloque l'initiation

Procaryotes
(antibiotique) ou induit des anomalies de lecture du code génétique
VII. Régulation post-traductionnelle

Régulation de la dégradation des protéines
Toutes les molécules possèdent un temps de vie. La cellule peut contrôler son taux de protéines
ce qui lui permet de s'adapter à son environnement.
Le système ubiquitine-protéasome.
La régulation de la dégradation des protéines fait intervenir un phénomène de poly-

ubiquitynation : des chaînes d'ubiquitine vont être fixées pour servir de signal pour qu'une protéine
soit orientée vers le grand système de dégradation qu'est le protéasome.

UE 1
Différents niveaux de régulation de l'expression des gènes

Chez les bactéries, le niveau de régulation de l'expression des gènes se fait principalement au
niveau de la transcription mais aussi de la traduction.
Chez les eucaryotes, beaucoup d'étapes sont sous contrôle : nous avons un contrôle épigénétique
en ce qui concerne le remodelage de la chromatine. Nous avons une notion de méthylation associée à
un verrouillage ou non de l'expression des gènes.
Le niveau de régulation MAJEUR se fait

au niveau de la transcription.
Nous avons également des événements de maturation indispensables.
379 Année 2017 - 2018

UE 1
Les acides nucléiques

I. Structure des acides nucléiques

Bases
Il existe deux types d’acides nucléiques : l'acide désoxyribonucléique et l'acide ribonucléique. Ces
acides nucléiques sont constitués de plusieurs éléments différents, dont le premier est une base soit
purique, soit pyrimidique. Une base est une structure cyclique contenant des atomes d’azote.
1. Bases pyrimidiques (C6)

Le terme « C6 » signifie que le cycle contient six atomes (carbones ou azotes). Parmi les bases
pyrimidiques nous retrouvons la cytosine, la thymine dans l’ADN et l’uracile dans l’ARN.
Structure des bases pyrimidiques

Cycle pyridine Cycle pyrimidine
Les bases pyrimidiques proviennent d’un noyau pyridine qui ne contient qu’un seul atome d’azote
en position 1. Nous ajoutons ensuite un deuxième atome d’azote en position 3 pour obtenir un cycle
pyrimidine.
Dans les bases pyrimidiques, la position 1 correspond à l’azote du bas et nous numérotons ensuite
les atomes du cycle dans le sens des aiguilles d’une montre.
Suivant la base pyrimidique, différents groupements se rajoutent sur ce cycle pyrimidine :
Cytosine uracile Thymine
§ la cytosine possède un groupement cétone en 2 et un groupement amine en 4.

Attention. – Dans le tableau ci-dessus, ce n’est pas la cytosine qui est représentée mais la 5méthyl-
cytosine car un groupement méthyle est rajouté en 5.
§ la thymine présente deux groupements cétones en 2 et 4, et un méthyle en 5.
381 Année 2017 - 2018

§ l’uracile possède - comme la thymine - deux groupements cétones en 2 et 4.
Attention. – Ces deux groupements cétones peuvent très facilement récupérer des atomes
d’hydrogène fixés aux atomes d’azote du cycle pour devenir des fonctions hydroxyles ce qui aboutit
à un équilibre entre deux formes tautomériques de la molécule d’uracile.
Bases puriques (C9)

Le cycle des bases puriques est formé de 9 atomes. Le noyau purique est une association
particulière d’un noyau pyrimidine et d’un autre noyau un peu différent retrouvé par exemple dans les
acides aminés : il s'agit du noyau imidazole.
Noyau purique
Les deux bases puriques retrouvées dans l’ADN et dans l’ARN sont :
§ l’adénine (ou 6-aminopurine),

§ la guanine (ou 2-amino-6-oxopurine).
La position 1 n’est pas symbolisée par le même atome d’azote que dans les bases pyrimidiques
et le sens de décompte est, cette fois, dans le sens inverse de celui des aiguilles d’une montre.
L’azote 9 permet la liaison au sucre dans l’acide nucléique.
Des groupements vont ensuite venir se greffer sur ce noyau pour former les différentes bases :
§ l’adénine présente un groupement amine supplémentaire en position 6.
§ la guanine présente un groupement amine en 2 et un groupement cétone en 6.
Adénine Guanine

UE 1
Sucres
Le deuxième élément nécessaire à la formation des acides nucléiques est le sucre (qui donne le
suffixe –ose aux acides nucléiques). Dans l’ADN nous retrouvons le désoxyribose tandis que dans l’ARN
nous retrouvons le ribose.
Le désoxyribose correspond à un ribose dont la fonction alcool en position 2’ est substituée par
un hydrogène. Cette fonction alcool en moins rend l’ADN beaucoup moins réactif que l’ARN, ce qui
explique que l’ARN soit plus facilement dégradable.
Ribose Désoxyribose (en 2')
Remarque. – Les atomes des sucres sont numérotés en prime (1’, 2’, 3') alors que les atomes des
bases sont numérotés seulement par des chiffres (1, 2, 3).
§ l’atome en position 1’ permet la liaison avec la base et définit l’anomérie β des sucres
des acides nucléiques car il est orienté vers le haut.
Rappel. – Dans une anomérie α la liaison est orientée vers le bas.
§ l’atome en position 5’ présente une fonction alcool primaire et permet la liaison avec un
ou plusieurs acides phosphoriques.
§ en 2’ et 3’ (seulement si ribose), nous retrouvons deux fonctions alcools secondaires.
Acide phosphorique
C’est le dernier élément qui constitue un acide nucléique. Selon le

degré de charge énergétique de l’acide nucléique, nous pourrons voir un,
deux ou trois acides phosphoriques attachés les uns à la suite des autres
au niveau du 5’ du sucre.
Nucléoside
Un nucléoside est une entité qui correspond à l’addition d’un sucre et d’une base, qu’elle soit
purique ou pyrimidique.
La liaison entre les deux est alors communément appelée liaison β-N glycosidique. Cette liaison
varie selon le type de base liée :
§ β1’-9 si la base liée au sucre est une base purique,
§ β1’-1 si la base liée au sucre est une base pyrimidique.
383 Année 2017 - 2018

Nucléotides
Un nucléotide est une entité correspondant à l’addition d’un nucléoside avec un groupement
phosphate : il s’agit donc d’un complexe base-sucre-phosphate.
La base est rattachée au sucre par une liaison β-N glycosidique et le groupement phosphate est
rattaché au sucre par une liaison ester un peu énergétique en position 5’OH. Ce groupement
phosphate possède une charge globale négative à pH = 7.
L’ADN est donc chargé négativement à pH physiologique.
Les acides phosphoriques sont reliés entre eux par liaisons anhydres très énergétiques
(30 kj/mol). Leur clivage va donc permettre de libérer une grande énergie, ce qui explique que l’ATP
soit la principale molécule énergétique du métabolisme.
Adénine reliée à un ribose lui-même relié à trois groupements phosphate :

adénosine triphosphate (= ATP).
II. Nomenclature des bases-nucléosides-nucléotides
Bases Nucléoside Nucléotide

Thymine Thymidine Acide thymidylique
Pyrimi.
Cytosine Cytidine Acide cytidylique
Uracile Uridine Acide uridylique
Adénine Adénosine Acide adénylique

Pur.
Guanine Guanosine Acide guanylique
Les abréviations concernant les nucléotides sont les suivantes :

§ AMP signifie adénosine monophosphate,
§ ADP signifie adénosine diphosphate,
§ ATP signifie adénosine triphosphate,
§ dATP signifie désoxyadénosine triphosphate.

UE 1
III. Fonctions des acides nucléiques

A. Bases moléculaires de l’ADN et de l’ARN
Les acides nucléiques constituent les bases moléculaires de l’ADN (acide désoxyribonucléique) et
de l’ARN (acide ribonucléique). Les liaisons prédominantes dans l’ADN et dans l’ARN sont les liaisons
phosphodiesters : elles relient les nucléotides entre eux.
B. Autres fonctions
Les acides nucléiques peuvent permettre :
§ le transport de l’énergie (monnaie énergétique qu'est majoritaire l'ATP),
§ la formation de coenzymes (comme dans le coenzyme A),
§ la transmission de signaux (second messager qu'est le cAMP).
385 Année 2017 - 2018

UE 1
L’acide désoxyribonucléique (ADN)

I. Structure générale de l’ADN

A. Séquence nucléotidique
L’acide desoxyribonucléique correspond à un enchaînement de

désoxyribonucléotides liés entre eux par une liaison de type
phosphodiester.
La première liaison ester en 5’ du sucre permet de former le

premier nucléotide, tandis que la deuxième liaison ester au niveau du
3’ du sucre permet de lier deux nucléotides ensemble.
La troisième fonction acide liée au phosphate permet à l’ADN

d’être chargé négativement à pH physiologique.
Représentation simplifiée de l'acide désoxyribonucléique.
B. Caractéristiques des deux brins d’ADN

L’ADN se trouve dans notre organisme, la plupart du temps, sous forme d’une double hélice :
§ antiparallèle : le 3’OH d’un brin est en regard du 5’P de l’autre brin.
§ complémentaire : une base purique se trouve toujours en face d'une base pyrimidique
afin de former une structure tricyclique. Normalement, les appariements des base sont :
une adénine avec une thymine et une guanine avec une cytosine.
Il n’y a que deux liaisons hydrogènes entre une thymine et une adénine, et 3 entre une cytosine
et une guanine. En calculant le nombre de paires de base C/G ou le nombre de paires de bases A/T,
nous pouvons donc avoir une assez bonne estimation de la solidité du double brin d’ADN étudié et
donc de la quantité d’énergie nécessaire pour le dénaturer.
387 Année 2017 - 2018

Appariement des bases par liaisons hydrogène : deux liaisons hydrogènes entre la thymine et l'adénine
et trois liaisons hydrogène entre la cytosine et la guanine.
L’empilement des bases permet crée un centre hydrophobe dans l'hélice et le squelette extérieur
de phosphate-sucre-phosphate crée un centre polaire donc hydrophile.
Ce squelette est chargé négativement à pH physiologique.
L’hélice formée par les deux brins tourne à droite et possède un pas de 3,4 nm. Un tour
correspond à 10 paires de bases, qui se placent perpendiculairement à l’axe de la double hélice.
Enfin, l’enroulement de l’hélice permet de ménager un petit et un grand sillon qui auront des
fonctions différentes.
C. Intérêt de la double hélice

Elle permet la complémentarité des bases, ce qui est très important pour plusieurs phénomènes
car elle permet ainsi de retrouver l’information génétique à partir d’un seul brin :
§ Réplication,
§ Sauvegarde de l’information,
§ Réparation,
§ Dénaturation ou réassociation : comme l’enchaînement des bases est spécifique d’une

séquence et qu’il n’y a pas de réassociation des brins si la complémentarité n’est pas
quasi parfaite, nous pourrons retrouver pratiquement à coup sûr la séquence
complémentaire d’un brin d’ADN.

UE 1
D. Différence ADN-ARN
1. Thymine dans l’ADN et uracile dans l’ARN
La thymine et l'uracile sont deux bases pyrimidiques. La cytosine contient une fonction amine en
position 4. Malheureusement, il est possible que des désaminations accidentelles - nommées
oxydatives - aient lieu, transformant alors la cytosine en uracile.
Cette désamination est assez grave, car l’uracile sera reconnu par les enzymes de réparation et
remplacé par une thymine et non une cytosine. Nous aurons alors un mésappariement (car une
thymine sera liée à une guanine normalement complémentaire à la cytosine) entraînant une mutation
à la prochaine réplication. L’oxydation est de manière générale très néfaste pour la cellule.
2. Désoxyribose et ribose
L’ADN contient du désoxyribose alors que l’ARN contient du ribose. Si un groupement OH était
présent en plus dans la double hélice, celle-ci serait beaucoup moins stable.
De plus, le groupement hydroxyle en 2’ de l’ARN joue un rôle important dans l’épissage. Les deux
groupements hydroxyles de l’ARN (en 2’ et en 3’) permettent une dégradation facile par la cellule des
exons excisés par exemple.
II. ADN : compacté dans le noyau

A. Génome haploïde
Le génome haploïde est le génome contenu dans les gamètes (spermatozoïdes et ovules).
Le génome est constitué de

3 milliards de paires de bases (ou 3 × 109 pb).
La longueur du génome est estimée à un mètre alors que les cellules ne font que 10 à 100
micromètres de diamètre et le noyau 5 à 10 micromètres. Il est donc nécessaire de compacter très
fortement l’ADN.
B. Unité de recombinaison : le centimorgan

Le centimorgan correspond à une longueur d’ADN telle que la probabilité de subir un crossing-
over est de 1% par méiose. On mesurait ainsi le taux de recombinaison d’un fragment d’ADN durant
la méiose et si la recombinaison était de 1 %, on avait un centimorgan et globalement, les deux points
qui recombinaient entre eux étaient distants de 1000 kb (soit une mégabase).
Attention. – Il s’agit d’une théorie statistique : la distance de 1000 kb n’est qu’une moyenne ! À
certains endroits, l’ADN recombine beaucoup plus ou au contraire beaucoup moins, ce qui était
fréquemment une source d’erreur dans la mesure de la taille d’un fragment.
Aujourd’hui, avec le séquençage et la biologie moléculaire, nous pouvons déterminer beaucoup

plus précisément la taille d’un fragment d’ADN.
389 Année 2017 - 2018

C. Moyen de compaction
La double hélice va être compactée sous forme d'unités de 200 nucléotides (un nanomètre)
environ, enroulées chacune autour d’un complexe protéique que l’on nomme nucléosome. Entre
chaque unité d’ADN enroulée autour des nucléosomes, nous trouvons des morceaux d’ADN de liaison
de longueur variable selon l’état de compaction de l’ADN.
Un nucléosome est un octamère d’histones de poids moléculaire de 11 à 28 kDa, composé de :

§ deux histones H2A,
§ deux histones H2B,
§ deux histones H3,
§ deux histones H4.
L’histone H1 ne rentre pas dans la composition du nucléosome.
D. La queue des histones H2A, H2B, H3 et H4

La partie N-terminale d’une histone contient énormément d’acides aminés basiques (lysine et
arginine) et contient également quelques résidus séryls. Cette partie N-term est libre et est appelée
queue de l’histone. Cette queue étant libre, elle va pouvoir être modifiée par des méthylations, des
acétylations et des phosphorylations ce qui permet de réguler la transcription car cela joue sur la
compaction de l’ADN et donc sur son accessibilité par les différentes polymérases.
Cette queue possède un pHi de 10 et est donc chargée négativement physiologiquement.
E. L’histone H1
C’est un histone particulière qui se place entre les nucléosomes et qui les rapproche ou les
éloigne. Il est le principal régulateur de la transcription à ce niveau. Son action est dépendante de son
état de phosphorylation. L'histone H1 sera phosphorylée au moment de la mitose pour rapprocher
les nucléosomes, mettre au repos la transcription (éviter la perte de matériel génétique).
F. Nucléosome, superstructure en solénoïde et organisation tertiaire

UE 1
Cet enchaînement d’histones forme ce que nous appelons une superstructure en solénoïde : un
solénoïde est un fil qui s’enroule autour d’une bobine, et l’enchaînement de ces histones permet de
former des fibres d’environ 30 nm de long (= structures secondaires).
Ces fibres se compactent ensuite entre elles pour former une structure tertiaire contenant
encore plus d’ADN et au fur et à mesure que l’ADN se compacte, nous évoluons vers la forme la plus
connue et la plus compactée du génome : le chromosome.
Pathologies chromosomiques. – La compaction de l’intégralité du génome sous forme de

chromosomes permet de déterminer le caryotype d’un individu et d’éventuelles anomalies comme
la trisomie 21.
G. Le phénomène de recombinaison
Évolution des gonosomes au cours du temps.
Nous sommes les lointains descendants des oiseaux selon l’arbre phylogénétique. Chez les
oiseaux, il n’y pas de chromosomes sexuels X ou Y appelés gonosomes (car gouvernant la formation
des gonades) mais des autosomes, c’est-à-dire deux chromosomes identiques qui régulent la
formation des gonades.
Durant l’évolution, il y a eu petit à petit des recombinaisons et des inversions de gènes entre ces
deux chromosomes ce qui a permis d’aboutir aux chromosomes sexuels que nous connaissons
aujourd’hui. À chaque fois, une partie du chromosome Y venait se fixer sur le chromosome X, ce qui
permet d’expliquer pourquoi les deux chromosomes sexuels humains ont deux tailles très différentes.
Toutefois, cette séparation entre les deux chromosomes n’est pas complète, et nos deux
gonosomes ont tous les deux garder une partie commune autosomique appelée région pseudo-
autosomale.
Il est alors parfois possible d’observer une liaison des

chromosomes X et Y par cette partie pseudo-autosomale, ce qui
aboutit à une recombinaison et à un transfert du gène SRY sur le
chromosome X. Ce chromosome X anormal pourra être transmis à
l’embryon, qui deviendra alors un homme même si son caryotype
est 46, XX.
391 Année 2017 - 2018

H. De nombreuses molécules lient l’ADN
Nous dénombrons plusieurs types de molécules liant l’ADN :
§ des facteurs de transcription : ces protéines régulent la transcription d’un gène
particulier. Elles se placent en amont des séquences géniques, sur des endroits
particuliers appelés enhancers. Ces protéines se fixent au grand sillon de l’ADN.
§ Des facteurs se liant aux facteurs de transcription une fois fixés dans le grand sillon et
participant à la transcription : ce sont les corépresseurs et les coactivateurs.
§ des protéines qui possèdent un domaine particulier HMG (High Mobility Group) dont
SRY fait partie. Ces protéines se mettent dans le petit sillon de l’ADN et entraînent des
torsions de cet ADN libérant l’accès au grand sillon pour les facteurs de transcription.
Exemple Ù SRY. – Le rôle principal de SRY est de modifier la structure de la chromatine pour
permettre (notamment à SOX9) de faire démarrer le processus de transformation de la gonade.
I. La chromatine
Chromatine = ADN + protéines fixées.
Dans une cellule en division, la chromatine est sous forme de chromosomes, c’est-à-dire qu'elle
est sous forme très compactée.
Dans les cellules qui ne se divisent pas (exemple : cellules du système nerveux) ou dans les cellules
en dehors d’une phase de mitose, nous retrouvons la chromatine sous deux formes :
§ l’hétérochromatine : région très condensée (foncée en microscopie électronique) à
l’intérieur de laquelle la chromatine est inactivée c’est-à-dire qu’il n’y a pas de
transcription de ces portions d’ADN. Ces régions sont très méthylées.
§ l’euchromatine : région moins condensée avec de la chromatine active (beaucoup de
transcription, région plus claire en microscopie électronique).
Le nucléole est une région très claire du noyau puisque c’est une région où nous fabriquons les
ARN ribosomiques qui formeront ensuite les ribosomes (la chromatine est sous forme euchromatique
pour transcrire les ARNr).
Chromatine inactive
Facteurs nécessaire à la compaction et à l’inactivation de la chromatine.

UE 1
Chromatine active
Facteurs nécessaires à la décompaction et à l’activation de la chromatine.
III. Différents types d’ADN
Il existe plusieurs types d’ADN chez les eucaryotes (courbe rouge), et ceux-ci sont déterminés par
l’étude de la cinétique de réassociation de l’ADN après dénaturation.
En effet, plus une séquence est répétée dans l’ADN, plus elle a de chance de trouver sa séquence
complémentaire et donc de s’hybrider rapidement.
Taux d’hybridation de l’ADN en fonction du nombre de séquence répétée qu’il possède.
Les séquences hautement répétées seront donc les premières à s’hybrider, tandis que les
séquences uniques s’hybrideront bien plus tard, lorsque la concentration en ADN sera plus importante
et que la probabilité de retrouver la séquence complémentaire aura augmentée.
Attention. – Chez les procaryotes (courbe verte), nous ne retrouvons que des séquences uniques.
IV. ADN hautement répétitifs

Il existe deux types d’ADN hautement répétitifs dans notre génome :
§ les séquences d’ADN au niveau des centromères des chromosomes : l'ADN est sous
forme d’hétérochromatine (d'où le nom de ces parties du chromosome appelées
hétérochromatides). Il n’y a donc pas de transcription à ce niveau.
393 Année 2017 - 2018

§ les polymorphismes multi-alléliques qui sont en fait des répétitions d’une base ou d’un
motif de bases. Ils permettent de définir de très nombreux allèles au sein d’un même
locus en fonction du nombre de répétitions.
Remarque. – Lorsque que nous n'observons que deux formes différentes d’un même gène, nous
parlons de polymorphisme bi-allélique uniquement.
A. Polymorphisme multi-allélique
Il en existe deux types selon la taille de la répétition :
§ les minisatellites ou VNTR (Variable Number Tandem Repeat) qui correspondent à des
motifs répétés de plus de 10 paires de bases.
§ les microsatellites ou STR (Short Tandem Repeat) qui sont des motifs répétés de moins
de 10 paires de bases, nous retrouvons alors :
- la répétition d’une base, par exemple (A)n ;
- la répétition de deux bases (CA)n tous les 25 kb ;
- la répétition de trois bases :
Ù (CAG)n dans les maladies neurologiques,
Ù (CGC/CCG)n pour des chromosomes X fragiles,
Ù (CGT)n pour une dystrophie myotonique.
- la répétition de 4 bases.
Pour déterminer si nous sommes face à un microsatellite ou un minisatellite, il est impératif de

vérifier si la répétition est variable d’un individu à l’autre.
C’est de cette propriété que découle la notion d’empreinte génétique : ce sont des moyens de
marquer un chromosome et de suivre un individu. Des individus d’une même famille partageront les
mêmes microsatellites.
Les microsatellites peuvent être :

§ intragéniques, en particulier la répétition de trois paires de bases ;
§ extra-géniques, la plupart du temps.

UE 1
Pour étudier la répétition de ces motifs, nous pouvons par exemple étudier le poids moléculaire
de la séquence d’intérêt en l’amplifiant. Plus la répétition sera importante, plus la séquence sera lourde
et cette méthode donnera une très bonne approximation du nombre de répétitions.
Pour amplifier ces séquences, il est nécessaire de placer des amorces de part et d’autre du gène
d’intérêt. Ces amorces seront reconnues par des polymérases qui synthétiseront alors la séquence.
L’étude de ces répétitions est importante car elle peut permettre des diagnostics pré-nataux :
§ étude de l’exon du gène codant pour le récepteur aux androgènes :

- 9 à 32 répétions de CAG : chromosomes normaux,
- 15 à 30 répétitions : risque d’insensibilité aux androgènes (pas trop grave),
- plus de 36 répétitions : neuropathie spino-bulbaire très grave.
§ détermination du risque de mucoviscidose par l’étude des introns 8 et 17b du gène de

la mucoviscidose sur le chromosome 7.
V. ADN moyennement répétitifs

Nous en retrouvons encore ici deux types :
§ les ADNs moyennement répétés apparemment non codant,
§ les ADNs moyennement répétés correspondant à des séquences codantes.
ADN moyennement répétés apparemment non codant

Ce sont pour la plupart des rétroposons, c’est-à-dire des morceaux d’ADN qui se sont introduits
dans notre génome et qui proviennent soit de la rétrotranscription d’ARNm bactériens, soit de
morceaux d’ADN de virus ou de bactéries. Ils sont le plus souvent imparfaitement répétés et dispersés
au hasard dans notre génome, par groupe de 20 à 40 kb.
Un des rétroposons les mieux connus est une séquence SINE (Short Interspersed Repetitive
Element). Dans cette séquence, nous retrouvons des séquences Alu qui sont spécifiques à l’Homme
d'une longueur d'environ 300 pb. Nous estimons à 500 000 le nombre de copies dans notre génome.
Cette séquence Alu a la particularité de contenir un site Alu reconnu par une enzyme de restriction, ce
qui permet de couper l’ADN à cet endroit.
Elle apparaît lors de la divergence avec les grands singes Africains : il s’agit ainsi d’un bon
marqueur d’évolution.
Du fait du nombre de copies important de séquences Alu ; lors de la méiose peuvent se trouver
des réarrangements qui font que deux séquences peuvent s’hybrider : nous avons ainsi une
recombinaison avec perte ou gain de matériel.
Sequence LINE (Long Interspersed Repetitive Element).
395 Année 2017 - 2018

B. ADN moyennement répétés correspondant à des séquences codantes
1. Les gènes ribosomiques
Ces gènes sont lus par une RNA polymérase de type I. Une RNA polymérase est une polymérase
qui lie l’ADN et qui synthétise un ARN.
Les gènes ribosomiques sont retrouvés au niveau des nucléoles la plupart du temps parce qu’ils
sont intensivement lus par la RNA polymérase de type I. Cette lecture est une lecture de répétition
d’un précurseur de 13,7 kb.
Ils sont, dans notre génome, groupés en batteries / clusters de 200 copies (au microscope
électronique, l’ADN est lu par l’ARN polymérase et donne un aspect en sapin de Noël).
Les gènes ribosomiques se trouvent sur les bras courts des chromosomes acrocentriques (p13,
p14, p15, p21 et p22).
Ces gènes permettent la transcription de trois ARNs différents qui sont rapidement méthylés sur
les cytosines pour éviter une dégradation puis sont utilisés pour former les différentes sous-unités du
ribosome.
Transcription des gènes ribosomiques.
2. Les gènes tRNA, RNA5S et RNA7SL

Les tRNA sont lus par la RNA polymérase de type I et les RNA5S et RNA7SL sont lus par la RNA
polymérase de type III.
Les tRNA sont les ARN de transfert qui servent à passer de l’ARNm à la protéine, tandis que les
RNA5S et RNA7SL servent à la formation du ribosome.
VI. Séquences uniques

A. Structure d’un gène codant pour une protéine
Dans notre génome, un gène unique est
constitué du gène proprement dit qui donne un
ARNm et en amont, de la partie régulatrice (aussi
nommée promoteur). Cette partie est capable de lier
des protéines régulatrices qui activeront ou
inhiberont la transcription.

UE 1
B. Notion de code génétique

Le code génétique est universel, il se retrouve chez toutes les espèces. Il est constitué de quatre
bases et de vingt acides aminés. Nous disons de ce code génétique qu’il est :
§ non chevauchant : les nucléotides doivent être lus 3 par 3 les uns à la suite des autres
sans chevauchement. C’est pour cette raison que la délétion d’un ou de deux nucléotides
est parfois dramatique car elle entraîne un décalage complet du cadre de lecture, ce qui
crée de nouveaux acides aminés totalement différents. Par contre si nous enlevons un
nombre de nucléotides correspondant à un multiple de 3, il n’y a pas de décalage de cadre
de lecture : les conséquences sont moins graves voire inexistantes.
§ dégénéré : en effet, avec quatre bases, 64 codons peuvent être formés ; or nous n’avons
que 20 acides aminés à coder et 3 codons stop : UAA (TAA), UAG (TAG) et UGA (TGA). Des
codons codent donc un même acide aminé. Les AA codés par un grand nombre de codons
seront donc plus présents dans les protéines, et inversement.
Proportion des acides aminés dans les protéines.
Note. – L’avantage de ce code génétique dégénéré est que nous pouvons avoir des mutations que
nous nommons silencieuses : elles ne changent rien. Mais attention, la mutation silencieuse peut
être responsable d’une anomalie de l’épissage !
C. Portions transcrites
En amont du gène, commençant au début de la transcription et finissant à la fin de la
transcription, se situent des séquences régulatrices et des séquences d’initiation de la transcription
(boîte TATA…). Ces séquences ne font pas partie du gène en lui-même mais sont situées en amont.
Le gène comprend :
§ introns et exons, les exons étant les seules parties du gène conservées dans l’ARNm ;
§ régions codantes et régions non codantes : régions qui seront traduites ou non ensuite
en protéine. Une partie de l’ARNm sera traduite en protéine mais pas l’intégralité
Certains exons seront donc codants

mais d’autres ne le sont pas !
Le début du premier exon correspond au début de la transcription alors que le site de

polyadénylation correspond à la fin de la transcription, c’est là que viendra se fixer la queue poly A.
397 Année 2017 - 2018

L’ADN est d’abord transcrit en ARN par une ARN polymérase ce qui donne le transcrit primaire ou
ARN pré-messager qui contient encore les introns et les exons. S’ensuit alors le processus d’épissage
au cours duquel sont excisés tous les introns et parfois certains exons.
À la fin de la transcription, nous allons obtenir l’ARNm qui ne contiendra que les exons. Celui-ci
sera ensuite traduit en protéine (mais pas intégralement !).
Entre le début de la transcription et le début de la traduction se trouve la 5’UTR (UnTranslated

Region) et entre la fin de la traduction et la fin de la transcription se trouve la 3’UTR. Ces deux
séquences auront un rôle dans la régulation de la traduction.
Du gène à la protéine.
§ Les introns sont les parties non utilisées pour la formation de l’ARNm.
§ Les exons sont les parties transcrites du gène en ARNm. Le début du premier
exon et la fin du dernier exon marquent le début et la fin de la transcription.
§ Les parties codantes du gène sont les parties traduites en protéines par les
ribosomes. Le début et la fin de la séquence codant la protéine marquent le
début et la fin de la traduction.
§ Les exons ne sont pas forcément tous codants ! Certains peuvent juste être
en amont ou en aval de la séquence codante.
§ Le début et la fin de la transcription ne coïncident pas avec le début et la
fin de la traduction.
Gène de la 21-hydroxylase.

UE 1
Nous observons :
§ une boîte TATA avant le début de la transcription.
§ le début de transcription peu après TATA marquant le début de la séquence exonique.
§ le début de traduction plus loin, marquant le début de la séquence codante du gène.
§ la 5’UTR entre le début de la transcription et le début de la traduction.
Il est facile de repérer la séquence codante dans une séquence car elle est en-dessous (ou au-
dessus) de la séquence d’acides aminés. En effet, on vous donne l’ensemble de la séquence du gène,
plus la séquence protéique juste au-dessus (ou en-dessous). Cette séquence protéique est donc alignée
sur la séquence qui la code.
Nous pouvons voir que la séquence protéique s’interrompt de temps en temps puis reprend un
peu plus loin. Les nucléotides qui ne codent rien correspondent aux introns du gène qui seront éliminés
au moment de l’épissage.
§ Le nucléotide qui marque le début de la traduction est

numéroté +1. Tous les nucléotides précédents sont
numérotés en - négatif.
§ Le début de la transcription est antérieur au début de la
traduction et est donc numéroté négativement.
Gène de la 21-hydroxylase.
La fin de la traduction est située au niveau de la ligne du nucléotide 2713. En effet, la protéine
s’arrête lorsqu’un codon stop est formé (le codon STOP est ici TGA).
La séquence qui suit correspond à la fin de l’ARNm : c’est la région 3’UTR c’est-à-dire une partie
transcrite mais non traduite.
La fin de la transcription se produit lorsque l’ARN polymérase rencontre une séquence AATAAA,
(ou site de polyadénylation). C’est le signal pour ajouter une queue polyA (AAA) à cet endroit et pour
terminer la transcription.
Attention. – Cette queue poly A n'est pas codée dans l'ADN (pas de TTT...) !
399 Année 2017 - 2018

Le transcrit primaire correspond au premier ARN sortant de l’ARN polymérase. Il est encore au
stade de pré-ARNm car il contient des exons et des introns. Les introns ne participent pas à la séquence
codante et sont donc excisés au moment de l’épissage. Après l’excision de ces introns, nous obtenons
au final l’ARNm qui sera traduit en protéine.
Transcrit primaire.
Pour exciser ces introns, il faut un système de reconnaissance pour ne couper que la partie non
codante de l’ARN. Des enzymes spécifiques reconnaissent donc des séquences spécifiques invariables
au début et à la fin de chaque intron :
§ le site donneur (GT ou GU dans l’ARN) correspond au début de l’intron
§ le site accepteur (AG) correspond à la fin de l’intron
§ le site de branchement est un ensemble de bases entourant une adénine.
Un grand nombre de mutations peut impacter toutes les étapes entre l’ADN et la protéine :
§ une mutation dans le promoteur empêchera la bonne initiation de la transcription ;
§ une mutation dans un intron peut créer un nouveau site accepteur ou donneur qui sera
reconnu à la place des anciens sites occasionnant des décalages de cadre de lecture avec
l’apparition d’un codon STOP précoce ou encore un allongement / raccourcissement de
l’ARNm et donc de la protéine finale ;
§ une mutation dans un exon pourra entraîner l’apparition d’un codon STOP précoce, un
décalage du cadre de lecture, etc. ;
§ une mutation dans la 5’UTR pourra empêcher la fixation du ribosome.
Remarque. – Toutes ces possibilités seront explorées dans le chapitre suivant sur les méthodes.
D. Portions régulatrices
Les portions régulatrices du gène sont celles qui se situent en amont de celui-ci donc avant le
début de la transcription. Elles vont permettre de réguler sa transcription et in fine sa traduction.
Nous retrouvons plusieurs parties dans ces portions régulatrices du gène :
Tout d’abord, la région promotrice (ou promoteur) permet de fixer les protéines pour initier
véritablement la transcription.

UE 1
Région promotrice.
Cette région promotrice peut présenter différentes séquences :
§ une boîte TATA (souvent la séquence TATAAA) : elle est retrouvée en général 30
nucléotides avant le début de la transcription.
Boîte TATA.
Attention. – Ce n’est qu’une probabilité de retrouver exactement tous les nucléotides TATAA. Le
premier T est par exemple retrouvé dans 82 % des cas mais pas à chaque fois : on peut très bien
dans ce cas retrouver une boîte GATAAA. C’est déjà arrivé au concours.
Elle va permettre de lier le complexe d’initiation de la transcription. La première protéine à se lier

sur boîte TATA va d’abord être la TATA Binding Protein ou TBP. Elle va ensuite attirer des facteurs de
transcription comme FTII et d’autres coactivateurs (D, A, B) ce qui va permettre d’attirer au final la
RNA polymérase de type II ADN dépendante et ainsi débuter la transcription.
§ une CAAT box (qui lie CTF) et des GC box (qui lient SP1) situées en amont de la boîte
TATA. Elles servent à initier la transcription mais de façon moins fine que la boîte TATA.
Attention. – Ici, le +1 indique le début de la transcription mais dans les séquences du concours, le
+1 sera toujours le nucléotide marquant le début de la traduction, et il faudra toujours numéroter
les mutations à partir du +1 de la traduction.
Il est possible aussi que certains gènes ne possèdent pas de boîte TATA. L’initiation de la
transcription sera alors moins contrôlée mais en même temps moins importante. Ces gènes sont
appelés les « gènes de ménage » (« House Keeping Genes ») : ce sont des gènes ubiquitaires qui codent
les protéines essentielles au bon fonctionnement de toutes les cellules. Ils n’ont donc pas besoin d’être
fortement exprimés, mais il faut toujours conserver un taux basal d’expression.
Au début de chaque gène, il existe souvent plusieurs promoteurs ou régions promotrices

différentes qui ont des efficacités différentes. Chacun de ces promoteurs sera plus ou moins utilisés
en fonction des tissus, ce qui aboutira à une expression plus ou moins importante du gène en fonction
de l’efficacité du promoteur. Le choix du promoteur et le niveau d’expression du gène sont donc tissu-
dépendants.
401 Année 2017 - 2018

Exemple Ù α-amylase. – L'α-amylase est une enzyme permettant de dégrader les sucres de
l’organisme. Elle est exprimée dans un grand nombre de tissus, mais en quantités différentes. Son
gène présente deux promoteurs d’efficacités différentes :
§ le premier promoteur utilisé dans la parotide : fabrication importante d'amylase.

§ le deuxième promoteur utilisé dans le foie : production moins importante d’amylase.
§ l’utilisation des deux dans le cerveau et le rein permet la production d’un taux faible.
Dans la région régulatrice, nous avons donc la région promotrice qui permet d’initier la
transcription avec une efficacité plus ou moins importante. Mais il existe un deuxième type de
région qui permet de réguler l’initiation de la transcription : les enhancers.
Un enhancer est une portion d’ADN située en amont du promoteur qui lie des protéines qui régulent
la transcription. Ces enhancers vont plus ou moins activer la transcription lorsqu’ils lieront un
élément de réponse comme une hormone. Un même enhancer peut être présent en amont d’un
grand nombre de gènes différents car il n’est pas spécifique d'un gène mais à la molécule qui s’y
fixe.
Nous pouvons ainsi mesurer l’activité d’un enhancer en le plaçant en amont d’un gène reporter.
Un gène reporter est un gène qui lorsqu’il sera exprimé produira une protéine visible permettant
de quantifier son expression. Nous pouvons par exemple utiliser le gène de la luciférase (protéine
fluorescente) comme gène reporter. Lorsque le gène est exprimé, il produit de la luciférase et nous
voyons donc apparaître une fluorescence. Plus l’intensité de la fluorescence est forte, plus le gène
est exprimé. Nous allons alors placer différents enhancers en amont de ce gène reporter. Plus
l’enhancer sera efficace pour activer la transcription, plus la fluorescence sera forte.
Le premier enhancer a avoir été découvert est le HRE (Hormone Response Element). Il permet de
fixer une hélice α qui se trouve à la partie C-terminale du premier doigt de zinc d’un récepteur nucléaire
qui a pris en charge une hormone.

UE 1
Les récepteurs nucléaires sont des protéines présentes dans le noyau qui prennent en charge les
hormones. Une fois qu’ils ont fixé une hormone, ils viennent se fixer sur l’enhancer d’un gène pour
activer sa transcription. Chaque enhancer est ainsi spécifique au motif de l’hélice α du récepteur
nucléaire et chaque récepteur nucléaire peut prendre en charge différentes hormones.
Enhancer spécifique AGAACAnnnTGTTCT AGGTCATGACCT AGGTCAnnnTGACCT
Motif de l'hélice α du RN cGSckV cEGckG cEGckA
Glucocorticoïdes
H. thyroïdiennes
Minéralocorticoïdes
Ligand du RN Progestérone
Rétinoïdes Oestrogènes
Vitamine D
Androgènes
Pour déterminer la séquence d’un enhancer, nous utilisons la méthode de la « DNase I

footprint » ou empreinte à la DNase I.
Exemple Ù Récepteurs aux œstrogènes

§ Nous marquons par radioactivité le gène d'intérêt que nous voulons étudier en 5'.
§ Nous incubons ensuite cet ADN avec des récepteurs aux œstrogènes (ER, Estrogens
receptor) en concentration croissante qui se fixent sur un enhancer.
§ Nous digérons ensuite l’ADN marqué et lié au récepteur aux œstrogènes par la une DNase
de type I. Celle-ci va cliver l’ADN en plusieurs endroits et va donc former pleins de
fragments de tailles différentes. Plus les fragments seront grands, plus le clivage aura été
effectué loin de l’extrémité marquée et inversement.
§ La DNase ne va, par contre, pas cliver l’ADN à l’endroit où se sont liés les récepteurs aux
œstrogènes car les protéines qui lient l’ADN le protègent de la dégradation. Il n’y aura
donc presque pas de fragments correspondant à la séquence de l’enhancer.
§ Nous faisons ensuite migrer sur gel de séquençage les différents fragments obtenus :
nous voyons bien qu’il y’a beaucoup de fragments formés avec des tailles correspondant
aux séquences non liées de l’ADN. Par contre, il n’y a pas de fragment correspondant à
l’enhancer, ce qui permet de déterminer précisément sa séquence à 8-10 bases près. Nous
appelons cela l’empreinte.
§ La concentration croissante de récepteur aux œstrogènes permet de mesurer l’affinité de
ce récepteur pour l’ADN : si dès l’introduction du récepteur aux œstrogènes, il y a une
bonne empreinte, cela veut dire que le récepteur lie fortement l’ADN.
403 Année 2017 - 2018

En refaisant cette expérience sur plusieurs récepteurs différents, nous nous rendons compte qu’il
y’a souvent des fragments en plein milieu de l’empreinte : nous pouvons donc en déduire que les
nucléotides situés au milieu de l’enhancer ne jouent aucun rôle particulier et ne servent pas à lier de
récepteur nucléaire.
E. Régulation de la transcription d’un gène

1. Facteurs se liant aux enhancers
La régulation de la transcription est due, comme dit précédemment, aux protéines se liant aux
enhancers. Nous appelons ces protéines des facteurs de transcription.
Pour mettre en évidence une liaison entre les facteurs de transcription et l’ADN, nous refaisons
aussi une expérience de retard sur gel :
Migration sur gel.
§ Nous plaçons, dans tous les compartiments, des extraits nucléaires (protéines du noyau).
Parmi elles, nous trouvons des facteurs de transcription dont le facteur SF1 qui vont aller
lier l’ADN.
§ Nous plaçons ensuite, dans tous ces compartiments, de l’ADN marqué en quantité très
importante. Il ne sera donc jamais lié totalement aux protéines et migrera le plus vite s’il
n’est lié à rien : il correspond à la sonde.
§ La première colonne correspond juste aux extraits nucléaires + l’ADN marqué. Certains
extraits nucléaires se lient à la sonde et forment un complexe plus lourd qui est retardé
dans sa migration, nous voyons apparaitre une seule tâche sur le gel.
§ Pour déterminer quel facteur de transcription a lié l’ADN, nous plaçons ensuite un
anticorps contre un facteur de transcription particulier dans le milieu (ici SF1) en plus des
extraits nucléaires. Les anticorps se lient à SF1 qui est lui-même lié à l’ADN. Nous avons
donc formation d’un complexe encore plus lourd qui migre encore plus lentement que le
précédent. Nous parlons de supershift. Les anticorps anti-SF1 ne sont pas en quantité
suffisante pour lier tous les facteurs de transcription, il persiste donc toujours des
complexes ADN + protéines simples. Si SF1 n’avait pas été le bon facteur de transcription,
il n’y aurait pas eu de fixation de l’anticorps, et nous aurions eu exactement la même
chose que dans la colonne 1.

UE 1
§ Nous plaçons ensuite une sonde d’ADN froid dans le milieu en quantité beaucoup plus
importante que la sonde d’ADN radioactive. L’ADN froid est en fait juste la même sonde
que l’ADN marqué, mais il ne produit juste aucun signal sur le gel. Les facteurs nucléaires
vont lier préférentiellement cet ADN froid plutôt que l’ADN marqué car il est en plus
grande quantité. Nous allons donc avoir beaucoup plus de complexe ADN froid/protéines,
et quasiment pas de complexe ADN marqué/protéines. Il n’y aura alors aucun signal sur
le gel car l’ADN froid n’émet aucun signal, mais que les complexe ADN froid/protéines
seront bien là !
§ Enfin, nous allons cette fois introduire une sonde d’ADN froid mais mutée au niveau de
ses enhancers. Elle ne pourra donc plus lier les facteurs de transcription. Ceux-ci iront
donc se lier sur l’ADN muté et nous observerons un retour du signal sur le gel.
Cette méthode permet ainsi d’étudier quels facteurs de transcription se lient à l’ADN, mais
surtout d’étudier les conséquences d’une mutation dans un enhancer.
Les récepteurs nucléaires

Les récepteurs nucléaires sont des récepteurs présents dans le cytoplasme et qui, lorsqu’ils lient
leur ligand, passent dans le noyau et activent la transcription d’un gène. Ils lient le plus souvent des
hormones hydrophobes car celles-ci peuvent traverser directement la bicouche lipidique de la
membran (exemple : hormones stéroïdes).
Une fois que les hormones se sont fixées, le récepteur va alors être activé et va aller se lier sur un
enhancer spécifique de l’ADN. Ces récepteurs ont donc besoin de plusieurs domaines protéiques
différents :
§ un domaine de liaison à l’ADN ou DNA binding domaine (DBD) : ce domaine est

constitué de deux doigts de zinc, c’est-à-dire que les acides aminés s’organisent comme
des doigts et que dans chacun de ces doigts vient se placer un atome de Zinc. Ces atomes
de Zinc sont attachés à 4 résidus qui sont le plus souvent 4 résidus cystéines.
Une partie de la séquence protéique de ces doigts de Zinc est spécifique à certains
enhancers (AA encerclés et encadrés) et permet donc de moduler finement la
transcription en fonction de l’hormone liée.
Remarque. – Nous pouvons vous demander de chercher des doigts de zinc dans une séquence. Il
faut alors chercher deux fois 4 résidus cystéines qui se suivent dans la séquence.
405 Année 2017 - 2018

Remarque. – Le facteur de transcription SF1 par exemple est un récepteur nucléaire. Nous ne
connaissons pas son ligand, nous l'appelons dans ce cas « récepteur nucléaire orphelin ». C’est le
cas d’un grand nombre de récepteurs nucléaires.
§ un domaine de liaison au ligand ou Ligand binding Domaine (LBD : il est constitué de

12 hélices α et a un aspect de piège à souris. Lorsque le ligand vient se fixer au niveau de
ce domaine, il entraîne un basculement des hélices α, ce qui piège le ligand comme dans
un bocal.
Remarque. – Un même récepteur peut lier différents ligands mais pas de la même manière ce qui
modulera l’action du récepteur en fonction du ligand.
Exemple. – Donner des œstrogènes (traitement) à une femme enceinte augmente le risque d’avoir
de l’athérosclérose, des infarctus… Le Raloxifène est un analogue des œstrogènes mais n’a pas les
mêmes effets indésirables car il lie un peu différemment le récepteur aux œstrogènes, ce qui a pour
effet de moduler son action. Il est donc utilisé comme traitement de substitution.
§ un domaine d’adressage nucléaire (hinge) : une fois que le récepteur a lié son ligand
dans le cytoplasme, il doit ensuite passer dans le noyau pour activer la transcription en
liant l’ADN. Il est donc transporté dans le noyau par des transporteurs spécifiques mais
il a besoin pour cela d’être reconnu et c’est le rôle de ce domaine. Il est situé entre le
domaine de liaison du ligand et le domaine de liaison de l’ADN.
§ des domaines de stimulation de la transcription sur lesquels vont venir se fixer des
coactivateurs et qui sont de deux types :
o AF1 est indépendant du ligand : il est situé dans la partie N-terminale du

récepteur et à longueur variable pouvant aller de 23 AA (récepteur à la vitamine
D) à 602 AA (récepteur aux minéralocorticoïdes). Il possède une structure
désorganisée avec une hélice α contenant des AA hydrophobes et permet le plus
souvent une interaction protéine-protéine.
o AF2 est totalement dépendant du ligand.
Il y a plusieurs types de récepteurs nucléaires pour les différentes hormones :
§ les récepteurs aux hormones stéroïdes forment des homodimères quand ils se lient à l’ADN,
c’est-à-dire que deux mêmes récepteurs se lient.

UE 1
§ les récepteurs aux acides rétinoïdes (RAR) ou aux

hormones thyroïdiennes forment des hétérodimères,
c’est-à-dire qu’ils se fixent sur leur enhancer puis attirent
un autre récepteur, RXR, qui lui n’a pas lié de ligand. Ce
complexe formé attire ensuite un grand nombre de
coactivateurs pour activer la transcription.
§ d’autres récepteurs sont des récepteurs orphelins, c’est-

à-dire que nous ne connaissons pas leur ligand. Récepteurs aux acides rétinoïques.
Les protéines à motif leucine-zipper

Ces protéines présentent un motif leucine-zipper pour lier l’ADN. Ce motif leucine-zipper
correspond à des leucines répétées tous les 7 acides aminés avec un environnement très riche en
résidus basiques.
Remarque. – Il est important de savoir reconnaître ce domaine, car on peut aussi vous demander
de le reconnaître dans une séquence.
Nous retrouvons dans cette famille CREB (Cyclic-AMP Response Element Binding protein). CREB
est formé lorsqu’un ligand (exemple : glucagon) se fixe sur son récepteur membranaire couplé à la
protéine G. Ceci entraîne la formation d’AMPc qui active alors la protéine kinase A. Celle-ci va alors
phosphoryler CREB pour l’activer et celui-ci ira se fixer via son motif leucine-zipper sur son enhancer
CRE (Cyclic AMP Response Element).
Nous retrouvons aussi c-Fos et c-Jun qui sont deux facteurs de transcription formant un
hétérodimère qui viendra ensuite lier l’ADN.
Les protéines à homéobox

Ces protéines présentent un homéodomaine avec un motif hélice-boucle-hélice. C’est un motif
consensus d’interaction avec l’ADN présent dans certains facteurs de transcription.
Remarque. – Il n’est pas nécessaire de savoir le reconnaître.
Ces protéines interviennent le plus souvent dans la formation d’un organe particulier (doigt, œil)
au tout début du développement du fœtus.
Dans une séquence il faut savoir reconnaître +++ :

§ les doigts de zinc : deux fois 4 résidus cystéines proches
dans la séquence.
§ les motifs leucine-zipper : des résidus leucine tous les 7
AA, avec un environnement basique important.
407 Année 2017 - 2018

Quand les différents facteurs de transcription ont lié leur enhancers, nous assistons à une
activation de la transcription. La portion régulatrice du gène se replie sur elle-même, ce qui met en
contact les facteurs de transcription sur leurs enhancers (ici ARE) avec le complexe d’initiation de la
transcription fixé sur la boîte TATA ce qui a pour effet de lancer la transcription.
Régulation de la transcription.
2. Coactivateurs-corépresseurs
Les co-activateurs
Nous retrouvons des protéines qui ont une activité histone acétylase. Elles acétylent le
groupement amine de la chaîne latérale des acides aminés basiques, cela diminue la charge positive
des histones. Il y aura ainsi un relâchement de la chromatine qui conduira à un accès plus facile aux
enhancers pour les facteurs de transcription.
Parmi les coactivateurs, nous trouvons SRC-1 (Steroid Receptor Coactivator 1 ou N-CoA-1) mais
également CBP (CREB Binding Protein) et la p300.
Ces protéines contiennent des séquences particulières : LXXLL (constituées de trois leucines).
Rôle des coactivateurs.
Les co-répresseurs
Ils possèdent une activité histone désacétylase et compactent donc la chromatine pour empêcher
la fixation des facteurs de transcription sur les enhancers.
Nous retrouvons N-CoR (N-CoRépresseur) et SMRT (Silencing Mediator for Retinoid and TH).

UE 1
Rôle des corépresseurs.
Les méthylases et déméthylases

La méthylation et la déméthylation se font sur les cytosines et sur les lysines de la queue des
histones. La méthylation inhibe le plus souvent la transcription car elle gêne l’interaction des facteurs
de transcription avec l’ADN.
Les méthylases et les déméthylases sont appelés enzymes modificateurs. Ces méthylations ne
sont pas génétiques mais épigénétiques. Ce n’est pas quelque chose qui se transmet de générations
en générations mais un processus continu et réversible. Il peut donc être la cible d’un traitement
thérapeutique si par exemple la méthylation est trop importante.
Les autres protéines modificatrices

Nous retrouvons notamment HP1 (Heterochromatin Protein 1).
Après que l’ADN ait été désacétylé (mis au repos), HP1 arrive et se fixe sur les groupements
méthyles ajoutés par les méthylases. Elle commence alors à condenser l’ADN et permet de former
l’hétérochromatine. Elle compacte l’ADN autour d’une histone puis recrute d’autre désacétylases qui
elles-mêmes recruteront d'autres HP1 : c’est une réaction en chaîne.
F. Modifications post-transcriptionnelles
1. Les acteurs de l’épissage
§ Le transcrit primaire contient les différents exons que nous retrouverons dans l’ARN
mature et en plus, il contient les introns. L’excision des introns se nomme l’épissage.
Nous retrouvons obligatoirement dans un transcrit primaire : un site donneur (GU), un
site accepteur (AG) et un site de branchement (A).
409 Année 2017 - 2018

Transcrit primaire.
§ De petits ARN de type snARN qui font environ 200 paires de bases. Nous en retrouvons
cinq de très grande importance que sont les small nuclear-ARN U1, U2, U4, U5 et U6.
snRN.
§ Des protéines : chacun des snARN est associé au minimum à 7 protéines que nous
nommons les snRNP pour small nuclear-RiboNucleoProteins. Ces snRNP reconnaissent les
jonctions intron-exon et le site de branchement.
Le tout forme un complexe nommé spliceosome.
2. Epissage alternatif
Remarque. – L’épissage normal est expliqué par le Pr Cohen, nous allons donc surtout nous
intéresser à l’épissage alternatif.
Notre génome fait environ 3.109 paires de bases et pourtant seuls 5% de l’ADN est une séquence
unique. Cette séquence unique code pour environ 20 000 à 30 000 gènes mais nous possédons
beaucoup plus de protéines que de gènes : nous estimons le nombre de protéines entre 100 000 et
un million. Un gène donne ainsi souvent plusieurs protéines (60% des gènes chez l’Homme donnent
plusieurs protéines).
L’épissage est un phénomène individuel pour chaque intron.
Avec un épissage alternatif, nous pouvons obtenir différents types de protéines :
§ Des protéines différentes mais avec des fonctions analogues : ce phénomène concerne
un grand nombre d’enzymes, que nous nommons les isoenzymes. Elles possèdent des
séquences primaires différentes mais gardent toutes le même site actif et ont donc la
même activité enzymatique.

UE 1
Isoenzymes et pathologies. – La notion d’isoenzymes possède un intérêt en pathologie. Par

exemple, les isoenzymes de certaines enzymes hépatiques sont aussi présentes dans le coeur et
lorsque nous faisons un infarctus ou une hépatite virale, les isoenzymes partant dans le sang parce
qu’il y a nécrose sont respectivement les isoenzymes cardiaques et hépatiques. Pour reconnaitre
les deux, nous utilisons des anticorps qui les reconnaissent de manière différente parce qu’elles ont
une séquence protéique différente.
Toutes les protéines (de 14, 16, 19 ou 21 kDa) ont la même activité enzymatique. Le domaine
enzymatique commun est codé par les exons 3, 4 et 5 puisque nous les retrouvons dans toutes les
isoenzymes. Dans certains tissus, certaines protéines qui interviennent pour induire certains
épissages préférentiellement. Dans un tissu, tous les types d’épissages sont possibles, c’est
simplement la concentration en telle ou telle isoenzyme qui varie.
§ Des protéines différentes avec des fonctions différentes : le gène qui code pour la
calcitonine est très grand et comporte plusieurs exons, mais la calcitonine n’est
seulement codée que par un exon dans les cellules C de la thyroïde. Dans ce gène de la
calcitonine, un autre exon code pour une protéine en relation avec la calcitonine. Nous
pensions que cette deuxième protéine n’avait aucune action importante : nous avons
inactivé sa transcription par knock-out de l’exon concerné et nous nous sommes rendus
compte que son absence induisait de graves dysmorphies osseuses.
Gène de la calcitonine.
§ Des protéines différentes avec des fonctions modulées : il y a un rôle très important joué
par les 3’ et 5’UTR. Dans la 5’UTR et dans la 3’UTR, nous retrouvons des enhancers qui
vont fixer des protéines induisant une altération plus ou moins importante de l’ARNm et
qui empêcheront donc (ou non) sa traduction.
411 Année 2017 - 2018

Modulation par les enhancers.
Dans chaque intron, nous retrouvons toujours des séquences consensus plus ou moins fortes qui
détermineront où commence / fini l’intron. Mais nous retrouvons également des séquences
régulatrices qui indiqueront s’il faut préférentiellement garder tel exon ou exciser tel intron :
§ certaines séquences vont faire venir certaines protéines stimulatrices :

o Exon Splicing Enhancer (ESE),
o Intron Splicing Enhancer (ISE).
§ certaines séquences vont faire venir certaines protéines inhibitrices :

o Exon Splicing Silencer (ESS),
o Intron Splicing Silencer (ISS).
Notion de Splicing Factor ou facteur d'épissage. – U2 est le snARN qui va se mettre sur le domaine
de branchement. D’autres protéines vont se mettre au niveau des sites donneur et accepteur. Les
facteurs d’épissage U2AF65 et U2AF35 se fixent sur l’extrémité 5’ et 3’ de l’intron sur la région
riche en pyrimidine et sur le site accepteur : cela permet de recruter et de stabiliser la fixation de
U2 sur le site de branchement qui va permettre ensuite la formation du lasso et va jouer son rôle
dans l’épissage.
Le recrutement d’U2 et des U2AF est facilité par les protéines SR (sérine-arginine) qui se fixent sur
les ESE et ISE. À l’inverse, les hnRNP (heterogeneous RiboNucleoProteins particle) se fixent sur les
ESS et ISS et empêchent le recrutement d’U2 et d’U2AF.
3. Epissage pathologique (exon skipping)
Au concours, le Pr Morel donne toujours deux séquences.
La première est l’ADN génomique ou ADNg. Elle correspond à

la séquence intégrale du gène avec introns et exons.
La deuxième est l’ADN complémentaire ou ADNc. Elle

correspond à la séquence de l’ARNm retranscrite sous forme
d’ADN. Elle ne contient que les exons.

UE 1
§ une mutation exonique se numérote toujours dans l’ADNc et toujours à partir du A de

l’ATG, c’est-à-dire du début de la traduction. Il faut soustraire tous les nucléotides de la
5’UTR en amont du début de la traduction. En effet, dans une séquence, les numéros
donnés à côté de la séquence sont les numéros des nucléotides depuis le début de la
séquence. Mais dans la nomenclature, le décompte d’une mutation doit se faire à partir
du A de l’ATG.
Exemple. – Une mutation remplace un A par un T au nucléotide 1632 de la séquence, mais la 5’UTR
fait 500 nucléotides et le début de la traduction est au nucléotide 501. La mutation se nommera
alors c.1132A>T.
§ une mutation intronique ne se numérote pas à partir du A de l’ATG car nous ne la

retrouvons que dans la séquence génomique (la séquence complémentaire ne contient,
pour rappel, pas d’introns) et nous ne numérotons rien dans l’ADNg car il faudrait alors la
numéroter à partir du premier nucléotide du génome entier (ce qui n’est pas très
pratique). Nous avons donc trouvé un autre moyen.
Numérotation des mutations introniques.
1) Nous commençons d’abord par noter IVS suivi du numéro de l’intron.

2) a. si la mutation est plus proche du site donneur (début de l’intron), nous mettons un
+ puis nous partons alors du premier nucléotide de l’intron noté +1 (le G du GT) et nous
comptons le nombre de nucléotide jusqu’à la mutation.
2) b. si la mutation est plus proche du site accepteur (fin de l’intron), nous mettons un -
puis nous partons du dernier nucléotide de l’intron noté -1 (le G du AG) et nous comptons
à rebours le nombre de nucléotide jusqu’à la mutation.
Exemples
§ A transformé en G 8 nucléotides après le site donneur dans l’intron 3 Æ IVS3+8A>G,
§ T transformé en C 4 nucléotides avant le site accepteur de l’intron 2 Æ IVS2-4T>C.
§ Une insertion se nomme ins, une déletion del et une substitution A > T.
Retentissement des mutations

En ce qui concerne le retentissement des mutations, il ne faut pas tirer de conclusions hâtives
mais il faut récupérer le tissu dans lequel est transcrit le gène. Nous mettons l’ARN récupéré sous
forme d’ADNc puis nous observons la taille des différents exons et nous essayons de savoir si notre
hypothèse est la bonne.
Le type de mutation peut très bien entraîner 10% d’épissage normal et 90% d’épissage
pathologique, nous ne sommes jamais sûrs à 100% que l’épissage va être pathologique à 100%.
413 Année 2017 - 2018

Les mutations exoniques sont les plus faciles à analyser. Nous pouvons avoir :
§ une substitution qui peut elle-même entraîner :

- l’apparition d’un nouvel AA,
- l’apparition d’un codon stop précoce,
- ne rien faire du tout (mutation silencieuse, svt le dernier nt. d’un codon).
§ une délétion ou une addition :

- si ce n’est pas un multiple de 3, nosu avons un décalage du cadre de lecture (car
les AA sont codés par 3 nucléotides). Celui-ci peut entraîner l’apparition d’un
codon stop précoce et surtout change totalement la séquence protéique.
- si c’est un multiple de 3 nucléotides, il n’y pas de décalage de cadre de lecture,
nous avons juste ajout ou suppression d’un ou plusieurs AA ce qui peut avoir des
conséquences délétères plus tard sur la fonction de la protéine.
Les mutations introniques sont un peu plus compliquées. Que ce soit des substitutions, des
insertions ou des délétions, elles n’entraîneront pas directement de décalage du cadre de lecture, mais
créeront de nouveaux sites donneurs ou accepteurs qui entraineront des décalages du cadre de lecture
quand ils seront reconnus.
Exemple Ù mutation IVS2-13C/A>G du gène de la 21-hydroxylase. – Cette mutation entraîne

l’apparition d’un nouveau site accepteur CAG qui est reconnu à la place de l’ancien.
Elle n’entraîne par ailleurs pas de décalage du cadre de lecture. Le précédent exon se finissait sur
le premier nucléotide codant la tyrosine, il y avait l’exon puis nous reprenions l’exon suivant sur les
deux derniers nucléotides codant la tyrosine. Il faut donc recommencer à compter depuis le
nouveau site accepteur comme si nous étions au deuxième nucléotide d’un codon ce qui nous
donne : CT/ CCT/ CCT/GCA/GAC puis l’on retrouve la séquence normale AAG/ CTG/GTG/…
Il faut donc bien faire attention et compter, il n’y a

pas forcément de décalage du cadre de lecture !

UE 1
Exemple Ù IVS2-2A>C. – Nous avons ici abolition du site accepteur de l’intron 2. Il y a alors
plusieurs possibilités :
§ soit un skipping pur et simple de l’exon 3.
Le site accepteur de l’intron 2 n’est plus reconnu, il faudra alors aller au site accepteur de
l’intron 3 pour reprendre l’épissage et toute la partie entre la fin de l’exon 2 et le début de
l’exon 4 sera supprimée.
Nous auron,s en plus dans ce cas, un décalage du cadre de lecture : en effet l’exon 2 finit sur le
deuxième nucléotide d’un codon et l’exon 4 reprend sur le deuxième nucléotide d’un autre
codon. Pour qu’il n’y ait pas décalage du cadre de lecture, il aurait fallu que l’exon 4 reprenne
sur le troisième nucléotide d’un codon.
§ soit une reconnaissance d’un site cryptique accepteur d’épissage, c’est-à-dire un site qui
existait déjà auparavant mais qui n’était pas reconnu et qui avec l’abolition de l’ancien est
maintenant reconnu. Il peut avoir plusieurs conséquences.
Æ si le site accepteur est situé avant l’ancien site dans l’intron 2, nous rajoutons une partie de
l’intron 2 puis s’il n’y a pas apparition d’un codon stop par décalage du cadre de lecture, nous
pouvons continuer la transcription normalement.
Æ si le site accepteur est situé dans l’exon 3, nous enlevons une partie de l’exon 3.
Æ si le site accepteur est situé dans l’intron 3, nous skippons l’exon 3 et nous rajoutons une
partie de l’intron 3.
Exemple Ù IVS3+4A>T : mutation mise en cause dans le déficit en HSD-17
La mutation touche le quatrième nucléotide en partant du site donneur.
Le snARN est assez bon car assez complémentaire de la séquence en noir. Si la mutation affecte le
quatrième nucléotide qui est complémentaire, il y a de forte chance pour que l’épissage soit
perturbé.
415 Année 2017 - 2018

Chez un patient, nous n’avons pas vu de transcrits normaux, nous avons vu la plupart du temps un
exon skipping de l’exon 3 et rarement un exon-skipping de l’exon 3 et de l’exon 4.
Exemple Ù Site de branchement de l’intron 8 et mucoviscidose. – Dans la mucoviscidose, nous

retrouvons un polymorphisme dans l’intron 8. Nous avons un polymorphisme avec un nombre
variable de T avant le site de branchement (5 ou 7 T peuvent être présents). L’exon 9 est un exon
responsable de 21% de la formation du domaine liant l’ATP, il est donc très important.
Les personnes atteintes de la mutation F508del ont le plus souvent une protéine non fonctionnelle
mais il n’y a pas pour autant de corrélation entre le génotype et le phénotype, c’est-à-dire que
certaines personnes qui auront cette mutation auront la mucoviscidose et d’autres, ne l’auront
pas.
Les personnes atteintes de mucoviscidose ou atteintes d’une agénésie des déférents (forme non
grave de la mucoviscidose) possèdent tous la mutation F508del d’un allèle et sur l’autre allèle, ils
possèdent la mutation R117H.
Lorsque nous avons séquencé leur gène, nous avons pu mettre en évidence que la différence entre
ces personnes atteintes résidait dans le nombre de T dans l’intron 8. Les personnes atteintes de la
mucoviscidose possédaient 5T et les personnes atteintes d’agénésie des déférents en possédaient
7.
4. Régulation de la dégradation d’un ARNm

La dégradation joue un rôle majeur puisqu’elle permet d’éliminer les ARNm mal maturés ou
contenant des erreurs.
Nous retrouvons plusieurs niveaux de contrôle :
§ au niveau nucléaire, un contrôle est réalisé et permet de détecter des erreurs grossières
de maturation comme un défaut de polyadénylation, une erreur commise dans le
mécanisme d’épissage lui-même ou un défaut de coiffage.
§ au niveau cytoplasmique, il y a trois voies différentes :
- NSD ou non-stop decay dégrade les ARNm n’ayant pas de stop,
- NGD ou non-go decay dégrade les ARNm sur lesquels les ribosomes sont bloqués,
- NMD ou non-sense mediated decay : ARNm ayant un stop précoce. C’est le

mécanisme le plus important et le plus souvent mis en jeu.
Quand un intron disparaît, le splicéosome laisse derrière un ensemble de protéines
à la jonction exon-exon. Lorsque passent les ribosomes (qui permettent de lire
l’ARNm) ils enlèvent ces protéines.
Si le codon stop est en plein milieu d’un intron, les complexes de jonctions d’exons
ne sont pas tous déplacés et les derniers restent sur l’ARNm. Le système de
dégradation les détecte et détruit l’ARNm.

UE 1
Remarque Ù Ce mécanisme ne marche pas dans deux cas :
§ si le codon stop est dans le dernier exon. Comme il n’y a plus d’exon après, il n’y a plus de
complexe de jonction d’exons restant, le mécanisme ne peut détecter de problème.
§ si le codon stop est à moins de 50 nt. de la fin de l’exon dans lequel il se trouve. Dans ce
cas-là, le complexe de jonction d’exon sera quand même déplacé et rien ne sera détecté.
Mécanisme NMD.
5. Phénomène d’édition
Il est possible de modifier une protéine par modification primaire de l’ARNm. Ce phénomène est
basé sur le fait que la plupart du temps, des bases comme la cytosine, peuvent être désaminées de
manière oxydative et donner l’uracile par une enzyme qui se nomme la cytidine désaminase. Ce
phénomène se produit dans le cerveau notamment pour la maturation de neurotransmetteurs comme
le GABA.
Exemple Ù Apo100. – Nous avons par exemple l’ARNm qui code pour une apoprotéine qui est
l’Apo100. Lorsque cette Apo100 se trouve dans les β-lipoprotéines, elle est associée avec le
mauvais cholestérol.
Dans l'intestin, il y a beaucoup de cytidines désaminases et donc nous allons avoir la formation
d’uraciles. Nous allons avoir l’apparition d’un codon stop. Cela se produit après la transcription.
Nous allons obtenir une protéine physiologique nommée Apo 48 typique de la grosse lipoprotéine
où nous retrouvons très peu de protéines mais beaucoup de lipides : le chylomicron.
417 Année 2017 - 2018

6. Les microARN
Répartition des ARN.
Les microARN représentent moins de 1% des ARN.
Les microARN, dont les précurseurs sont des structures en tige-boucle de 20-23 nucléotides sont,
la plupart du temps, des inhibiteurs de la traduction. Les cibles potentielles des microARN sont les
ARNm et surtout la partie 3’UTR.
30% des microARN sont fortement exprimés et nous pensons qu’ils possèdent un retentissement
fonctionnel sur des études in-vitro, peut-être in-vivo. Ils modulent l’expression des protéines de façon
nuancée à la façon d’un rhéostat.
Thérapeutique. – Nous pouvons fabriquer des vecteurs qui fabriquent des quantités industrielles
de microARN, cela bloque la production d’une protéine anormale par exemple.
Les microARN sont souvent retrouvés dans la partie intronique des gènes mais peuvent
également se trouver à l’extérieur des gènes ou être répétés (polycistrons). Ils sont transcrits par l’ARN
polymérase II (qui transcrit les ARN messagers). Le transcrit primaire des microARN se nomme pré-
microARN.
La première étape de formation, se passant dans le noyau, est l’action d’une RNase de type III
nommée Drosha. Son but est de couper les extrémités du pré-microARN. Les pré-microARN ensuite
obtenus ont besoin de sortir du noyau cellulaire. Pour sortir, ils nécessitent la présence de protéines
telles que l’exportine 5 et le RAN-GTP. Dans le cytoplasme, nous allons avoir l’action d’une deuxième
RNase de type III nommée Dicer. Elle coupe spécifiquement la boucle des pré-microARN.
Mutations. – Certaines maladies génétiques sont dues à des mutations du gène codant la RNase
Dicer (III).

UE 1
Le microARN obtenu est encore double-brin. Ces deux brins se dissocient et s’associent chacun à
un ensemble de protéines, complexe appelé RISC (RNA Induced Silencing Complexe). Ce complexe
permet, soit de bloquer la traduction d’un ARNm, soit de le dégrader par sa liaison la plupart du temps
en 3’UTR (partie non codante retrouvée dans un ARNm).
Le site de reconnaissance est constitué de 7 à 8 nucléotides qui reconnaissent un ARN. Souvent,

cette séquence n’est pas complètement complémentaire ce qui permet à un microARN de reconnaitre
plusieurs ARNm. ORF signifie Open Reading Frame (cadre de lecture). Le site de reconnaissance se
nomme seed.
Séquence Seed du microARN.
419 Année 2017 - 2018

Mécanisme d’action des microARN
En premier lieu, le microARN doit être lié à une protéine Argonaute (AGO) à sa partie N-terminale.
Une protéine à triplet (= à répétition) nommée GW182 est également nécessaire à la formation du
complexe. L’extrémité C-terminale du microARN est libre. Ces protéines et le simple brin du microARN
forment le complexe RISC.
Au moment de la traduction, nous retrouvons sur l’ADN des facteurs d’élongation qui vont
permettre la formation d’une boucle et recycler régulièrement les ribosomes. La protéine Argonaute
et la protéine à triplet permettent au microARN de se positionner et ils créent un encombrement
supplémentaire bloquant ainsi la traduction.
Nous avons alors une interaction avec la partie C-terminale de la protéine et les protéines qui
lient la queue polyA. Les protéines en C-terminal vont s’en aller et nous allons alors assister à une dé-
adénylation par une enzyme XRN1 (perte de résidus adényls). Cette perte de la queue poly A va alors
entraîner une dégradation de l’ARNm mais ce mécanisme n’est pas encore certain.
Action des miARN.
Les gènes SREBF-1 (Sterol Response Element Binding Factor 1) et SREBF-2
Remarque.– La cellule possède deux voies d’arrivée du cholestérol : soit le cholestérol arrive par
des récepteurs, soit il est synthétisé dans la cellule et est alors appelé endogène.
Normalement, lorsque le cholestérol est suffisamment concentré dans la cellule, rien ne se passe.
Quand la concentration en cholestérol diminue, nous observons une augmentation de la transcription
du gène permettant la synthèse de cholestérol (= cholestérol endogène).
§ SREBP2 est un facteur de transcription qui appartient à la famille des récepteurs

nucléaires (le domaine de liaison à l’ADN est donc de 2 doigts de zinc). Il possède une
structure quaternaire et permet d’activer la synthèse du cholestérol. En même temps
qu’est produit SREBP2, un miRNA est également produit et va inhiber la sortie de
cholestérol de la cellule. Tout est donc fait pour augmenter la concentration en
cholestérol intracellulaire.
§ SREBP1 permet d’augmenter la synthèse des acides gras et des triglycérides, et son
miRNA bloque leur dégradation.

UE 1
Action de SREBP1 et SREBP2.
50 % des miRNA sont localisés au niveau des régions génomiques fortement associées au
cancer. En effet, ils dégradent les ARNm et inactivent des gènes normalement anti-cancéreux, ce qui
favorise le développement des cancers.
G. Classifications
1. Longueur d’un gène
Longueur (à l'échelle d'une paire de base /
Partie du génome (paires de bases)
mm)
Génome haploïde (3.109) 3 000 km
Gènes codant pour des protéines (30 à 50 000) 150 km
6
Gène de la myopathie de Duchenne (2.10 ) 2 km
Gène de la mucoviscidose (250 000) 250 m
Gène de la 21-hydroxylase (3 000) 3m
Une mutation ponctuelle (1) 1 mm
2. Famille de gènes
Nous avons vu par exemple : la famille des facteurs de transcription qui comprend les récepteurs
nucléaires, les leucine-zippers, les gènes à homéobox. Nous avons également la famille des sérines-
protéases ainsi que la famille des récepteurs membranaires.
3. House Keeping Genes

Ils sont également nommés « gènes de ménage », car ils sont à peu près transcrits par toutes les
cellules. Ils codent pour des protéines dites ubiquitaires.
Ce type de gène est peu régulé et possède un taux faible de transcription mais celle-ci est
continue, c’est pourquoi nous ne retrouvons pas de boîte TATA devant ces gènes. Ils possèdent des
régions riches en G et en C hypométhylées reconnaissant des îlots HTF (Hpa Tiny Frag). Ces îlots
peuvent être coupés par Hpa II qui est une enzyme de restriction.
Les House Keeping Genes possèdent un site potentiel de liaison de SP1.
421 Année 2017 - 2018

4. Pseudogènes
Les pseudogènes sont très rarement transcrits et les ARNm
correspondants ne sont jamais traduits.
Il en existe de deux types :
§ avec intron : il s’agit de gènes dupliqués et replacés au hasard dans l’ADN. Ils sont le plus
souvent le résultat de crossing-over et ne sont jamais fonctionnels du fait de petites
mutations qui les inactivent.
Exemple : gène de la 21-hydroxylase présent plusieurs fois sur le bras court du chr 6.
§ sans intron : ce sont les rétrotranscrits ou rétroposons. Ce sont d’anciens ARNm de bactéries
ou de virus ou même d'humains qui ont été retranscrits en ADN par une rétrotranscriptase
puis ont été incorporés dans notre génome.
Le séquençage haut-débit est souvent catastrophique à cause de ceux-là car nous les
confondons aisément avec les vrais gènes dont ils dérivent. Il faut alors trouver des amorces
spécifiques pour ne pas amplifier le pseudogène, et nous utilisons alors bien souvent des
amorces introniques car le pseudogène n’en possède pas.
Exemple : gène StAR présent sur le chr 8 qui a un pseudogène sans intron sur le chr 13.
5. Séquences non codantes anonymes

Nous retrouvons deux types de séquences non codantes anonymes :
§ le SNP (Single Nucleotide Polymorphism) : c’est un polymorphisme bi-allélique supérieur

ou égal à 1 % (c’est-à-dire retrouvé chez plus de 1 % de la population). Nous évaluons leur
nombre à 15 millions (15.106). Ils sont utilisés pour des études de liaison concernant par
exemple un syndrome malformatif pour essayer de trouver le gène, une pathologie non
expliquée par les gènes connus, une maladie polygénique (HTA, diabète, obésité...), ou
encore une prédisposition à une maladie car ils permettent de suivre la transmission des
gènes entre parents, ou encore de savoir si de mêmes individus malades présentent les
mêmes polymorphismes.
Remarque. – Le SNV (Single Nucleotide Variant) correspond à un polymorphisme inférieur à 1%.
SNP.

UE 1
§ le RFLP (Restriction Fragment Lenght Polymorphism) : il s’agit d’un SNP qui modifie
précisément un site de restriction et qui empêche donc la coupure par une enzyme de
restriction à cet endroit du gène.
RFLP.
Remarque. – Les individus hétérozygotes présenteront 3 bandes : les deux du génotype A qui
contiendra encore le site de restriction, et celle du génotype B où ce site aura été aboli.
VII. ADN mitochondrial

L’ADN mitochondrial est un génome autonome mais en revanche, il est très insuffisant. La
mitochondrie possède ainsi plusieurs copies d’ADN circulaire de 16 569 paires de bases qui ne sont pas
suffisantes pour construire la mitochondrie et pour la maintenir en vie.
Ce génome code pour 13 protéines : sept de type I, une de type III, trois de type IV et deux de
type V. Il code également pour 22 ARN de transfert et des ARN ribosomiaux (12S et 16S).
Le code génétique de la mitochondrie est différent puisqu’il ne possède pas d’intron ni de

promoteur spécifique individualisé. Il ne possède pas de codon stop.
Il évolue quatre fois plus que le reste du génome et sa transmission est maternelle. En effet, le
spermatozoïde possède beaucoup moins de mitochondries que l’ovocyte (50 à 100 contre 100 000
pour l’ovocyte), de plus elles seront dégradées pour fournir de l’énergie pour son avancée.
423 Année 2017 - 2018

UE 1
Les méthodes de biologie moléculaire

I. Préparation de l’ADN et de l’ARN

Dosage
Le dosage de l’ADN et de l’ARN est réalisé par spectrophotométrie à la longueur d’onde de
260 nm. Ainsi, nous mesurons l’absorbance (ou densité optique ou DO) de la solution contenant l’ADN
ou l’ARN et à chaque densité optique correspond une concentration. Pour une même quantité d’ADN
ou d’ARN, la densité optique est différente. Inversement, pour une même absorbance les quantités
d’ADN ou d’ARN seront différentes. Cela est dû au fait que l’ADN est double brin alors que l’ARN est
simple brin.
Exemple. – 1 DO = 50 µg/mL d’ADN = 37 µg/mL d’ARN = 33µg/mL d’Oligonucléotide.
La spectrophotométrie permet aussi de vérifier si nous avons bien purifié notre ADN, c’est-à-dire
si nous avons bien éliminé un maximum de protéines, le but étant qu’il ne reste plus que de l’ADN.
Pour cela, nous mesurons l’absorbance de notre solution à 260 nm (longueur d’onde pour l’ADN) et à
280 nm (longueur d’onde pour les protéines). Le rapport entre ces deux absorbances (260/280) doit
être compris entre 1,7 et 2 pour dire que l’ADN est bien purifié.
Courbe de fusion – Effet Hyperchrome
Plus la température augmente et plus les deux brins d’ADN ont tendance à se dissocier. La
température de fusion se note TM et correspond à la température pour laquelle la moitié de l’ADN est
dissocié. La TM peut être modifiée par :
• la composition en CG et AT,
• le nombre de mésappariements de bases,
• la composition du milieu.
425 Année 2017 - 2018

Nous avons vu dans le cours sur Les acides nucléiques que le couple de bases CG est lié par trois
liaisons hydrogène alors que le couple AT est lié par seulement deux liaisons hydrogène. Il est donc
plus difficile de dissocier deux brins d’ADN riches en CG (la TM sera plus élevée). À l’inverse, deux brins
d’ADN riches en AT seront plus faciles à dissocier (la TM sera plus faible).
De même, nous comprenons que plus il y a de mésappariements et plus il est facile de dissocier
l’ADN. Nous estimons que la TM diminue de 1°C si le fragment contient 1 % de mésappariements.
Les sels favorisent les hybridations et entraînent donc une augmentation de la TM tandis que le
formamide favorise les dissociations et entraine une diminution de la TM. La présence de ces deux
éléments dans le milieu définit la notion de stringence.
Milieu STRINGENT = l’ADN s’hybride seulement si 100% de

complémentarité = TM élevée = peu de sels dans le milieu.
La plupart des méthodes de ce cours utilisent les techniques d’hybridation/dissociation. Nous

avons donc besoin d’un milieu suffisamment salé pour éliminer les répulsions électrostatiques, mais
pas trop salé non plus sinon les brins risques de s’apparier alors qu’ils ne sont pas complémentaires à
100 %.
Rappel. – Les brins d’ADN sont chargés négativement et se repoussent donc naturellement en
absence totale de sels.
Le Professeur Morel vous propose une formule permettant de calculer la TM à l’aide de la

concentration en ADN, du nombre de mésappariements, du pourcentage de couple CG et de la
composition du milieu mais il n’est pas nécessaire de la connaître. Sachez simplement qu’elle existe.
II. Outils enzymatiques

A. Les enzymes de restrictions
1. Définition
Les enzymes de restriction sont des endonucléases. Ce sont donc des enzymes qui coupent la
liaison phosphodiester de l’ADN double brin (et double brin uniquement !). Chaque enzyme est
spécifique d’un site de restriction reconnaissable par une séquence de nucléotides particulière sur
l’ADN. Plus ce site est long et plus il est rare. Selon l’endroit où coupe l’enzyme au sein du site de
restriction, nous pouvons obtenir des extrémités à bouts francs ou des extrémités cohésives.
Sites de restriction et enzymes de restriction.

UE 1
2. Utilisation
Les enzymes de restriction sont
notamment utilisées pour le clonage et le
génie génétique. Le fonctionnement des
plasmides a été évoqué dans le cours
L'exploration des protéines.
Rappel. – Un plasmide est un ADN

circulaire bactérien. Nous y ajoutons la
séquence génétique d’une protéine que
nous voulons fabriquer (seulement les
parties codantes si nous tranfectons Exemple d’un vecteur d’expression.
dans une bactérie car la machinerie bactérienne ne
pratique pas d’épissage). Ensuite,nous transfectons ce plasmide dans une cellule hôte qui va
produire notre protéine en grande quantité.
Avant de transfecter le plasmide dans une cellule, il faut le construire et c’est là qu’interviennent
les enzymes de restriction. Nous repérons des sites de restriction dans le plasmide puis nous ajoutons
l’enzyme de restriction correspondant. L’ADN circulaire va donc être coupé et va faire apparaître deux
extrémités cohésives. Il faut ensuite ajouter la séquence d’ADN que nous voulons incorporer. Cette
séquence possède, de chaque côté, les nucléotides complémentaires aux extrémités cohésives
libérées par l’action de l’enzyme sur le plasmide. Le plasmide et la séquence vont s’hybrider. Le tout
redevient alors circulaire. Nous pouvons désormais transfecter le plasmide, auquel nous venons
d’ajouter une séquence choisie, dans une cellule hôte.
Nous procédons de cette manière pour ajouter une GFP (étiquette) à une protéine que nous
souhaitons étudier. La GFP, une fois exprimée par la cellule hôte du plasmide, va colorer en vert les
régions qui expriment la protéine étudiée. Un anticorps anti-GFP pourrait ensuite nous permettre de
purifier cette protéine.
Les enzymes de restrictions sont aussi utilisées pour détecter des RFLP ou dans la méthode de
Southern blot.
Rappel. – Un RFLP est un SNP ou SNV qui forme ou détruit un site de restriction. L’enzyme va donc
couper ou non l’ADN selon si le SNP ou SNV est présent ou non
Les polymérases
1. Introduction
427 Année 2017 - 2018

Les ADN polymérases synthétisent de l’ADN soit à partir d’ADN soit à partir d’ARN dans le sens
5’"3’. Elles possèdent une activité exonucléasique 3’"5’ permettant de corriger une partie de leurs
erreurs. Cette activité est donc responsable d’une fidélité variable selon les enzymes. Le plus souvent,
une amorce est nécessaire pour initier la synthèse. Nous dénombrons plusieurs sous-catégories d’ADN
polymérases.
Au départ, le nucléotide que la polymérase s’apprête à ajouter est lié à trois phosphates (a, b,g).
Nous parlons de dNTP (désoxyribonucléotides triphosphates). Lors de la formation de la liaison
phosphodiester, les phosphates en position b et g sont libérés dans le milieu. Si nous souhaitons que
l’ADN polymérase produise un ADN radioactif, c’est donc le phosphate a qui doit être radioactif car les
deux autres ne seront pas incorporés à la séquence.
2. Transcriptase inverse (RT)
ARNm
ADN synthétisé
ADNc
ADN synthétisé
Fonctionnement de la méthode de la réverse transcriptase.
La RT est une ADN polymérase ARN-dépendante. Elle synthétise aussi dans le sens 5’"3’ et a
besoin d’une amorce.
Cette enzyme permet de synthétiser l’ADN complémentaire. Nous réalisons tout d’abord une
biopsie du tissu dans lequel s’exprime le gène étudié. Nous purifions l’extrait obtenu de sorte à avoir
uniquement les ARN messagers. Les ARNm matures possèdent une queue poly A. Nous allons donc
ajouter dans le milieu une séquence composée uniquement de T qui va aller se fixer sur la queue poly
A de manière antiparallèle et complémentaire. Cette séquence va servir d’amorce à la RT qui va alors
synthétiser de l’ADN à partir d’un brin matrice d’ARNm.
Une fois que la RT a terminé, l’ADN synthétisé et l’ARNm vont se dissocier. Nous observons alors
la formation d’une boucle en 3’ de l’ADN synthétisé (il s’agit d’un mécanisme de protection contre les
DNAses, un peu comme les boucles T au niveau des télomères). Cette boucle va servir d’amorce pour
une ADN polymérase qui va synthétiser de l’ADN à partir de l’ADN formé précédemment. Nous
obtenons ainsi un ADNc. La boucle sera ensuite éliminée à l’aide de la nucléase S1 (cf. plus loin). Un
ADNc est donc représentatif de la séquence génomique qui code pour une protéine. Si le gène code
pour cinq protéines différents (via les phénomènes d’épissage) alors nous pouvons synthétiser cinq
ADNc différents.
L’ADNc contient uniquement les exons du brin codant

(différents du brin matrice) du gène étudié ! Pour un même
gène, il y a autant d’ADNc différents que d’ARNm différents
codés par ce gène.
La RT est aussi utilisée pour connaître le début de la transcription (cf. plus loin).

UE 1
3. ADN polymérase I
Comme la plupart des ADN polymérases, l’ADN pol I est ADN-dépendante, a besoin d’une amorce,
possède une activité polymérase 5’"3’ et une activité exonucléasique 3’"5’ pour pouvoir corriger ses
erreurs. Elle possède en plus de ses camarades une activité exonucléasique 5’"3’ ce qui signifie quelle
est capable d’éliminer des nucléotides et de re-synthétiser derrière.
Dans les conditions physiologiques, cette enzyme est utilisée chez les bactéries pour éliminer les
amorces d’ARN (cf. cours du Pr Pascale Cohen).
En biologie moléculaire, l’ADN pol I est utilisée dans la Nick translation. Il s’agit d’une méthode
permettant de re-synthétiser complètement un morceau d’ADN en le rendant radioactif sans changer
la séquence de nucléotides initiale.
La Nick-Translation :
4. Fragment de Klenow
Il s’agit d’une ADN polymérase ADN-dépendante facile à utiliser en laboratoire et que nous
retrouvons donc dans les techniques de biologie moléculaire et notamment dans le Multi-Random
priming.
429 Année 2017 - 2018

Multi-random priming.
La première étape de cette méthode consiste à dénaturer l’ADN. Pour cela, nous augmentons la
température jusqu'à 100°C. À savoir que l’ajout de soude permet aussi de dénaturer l’ADN mais que
cela détruit l’ARN !
Ensuite, nous ajoutons des amorces composées d’environ 8 nucléotides. Etant donné que ces
amorces sont courtes, elles vont forcément trouver leur séquence complémentaire quelque part sur
le fragment d’ADN étudié. Les différentes amorces ajoutées vont donc se placer de manière aléatoire.
Enfin, nous ajoutons le fragment de Klenow qui va synthétiser de l’ADN à partir des amorces. Si
le milieu est composé de dNTP radioactifs, le nouvel ADN formé sera alors radioactif.
5. T7 ADN polymérase
Il s’agit d’une ADN polymérase ADN-dépendante qui a été modifiée dans le but de la rendre plus
fidèle. Elle synthétise un brin d’un seul coup. Plus d’explications plus loin dans ce cours.
6. Taq polymérase
Il s’agite d’une ADN polymérase ADN-dépendante qui est thermorésistante, c’est-à-dire qu’elle
peut fonctionner à des températures plus élevées que les autres polymérases. Elle est utilisée dans les
techniques de PCR car les étapes d’hybridation/dénaturation nécessitent des températures assez
élevées.

UE 1
Autres enzymes
Les ligases sont utilisées pour former une liaison phosphodiester entre deux nucléotides l’un à
côté de l’autre. Les kinases phosphorylent alors que les phosphatases déphosphorylent.
Voici un exemple de méthode utilisant ce type d’enzymes :
Marquage de l’ADN avec la T4 kinase.
La phosphatase intervient en premier et enlève le phosphate en 5’ de la séquence d’ADN. Ensuite

la T4-polynucléotide-kinase ajoute le phosphate g d’un dNTP (ou d’un NTP) à la place de celui qui a été
retiré. Si ce phosphate est radioactif alors nous venons de marquer l’ADN en 5’.
ATTENTION : ne pas confondre le marquage radioactif en 5’

utilisé dans la méthode de foot printing par exemple et le
marquage « global » dans lequel la radioactivité est portée par
de nombreux phosphates disséminés dans la séquence. Le
marquage « global » peut être obtenu soit par Nick Translation
soit par Multi-random-priming.
Les nucléases
1. DNAse I
Tout comme les enzymes de restriction, la DNAse I coupe l’ADN double brin sur un seul des deux
brins. Par contre, contrairement aux enzymes de restriction, la DNAse n’a pas besoin de site spécifique
pour couper, elle coupe n’importe où. Nous l’utilisons pour la Nick Translation et pour de nombreuses
autres utilisations non détaillées dans ce cours.
2. Nucléase S1 pour trouver le début de la transcription

Cette enzyme dégrade tout ce qui est simple brin (ADN ou ARN). Elle ne détruit pas, en revanche,
ce qui est double brin (ADN-ADN ou hybride ADN-ARN). Nous l'utilisons dans la méthode du S1
mapping décrite ci-après.
431 Année 2017 - 2018

Le S1 mapping :
Nous fabriquons une sonde double brin

contenant les parties génomiques que nous
soupçonnons être le début de la transcription.
Puis nous marquons cette sonde en 5’.
Après dénaturation de la sonde pour obtenir du simple brin, nous l'ajoutons dans un
milieu contenant les différents ARNm du gène étudié. Une partie de la sonde va alors
s’hybrider sur l’ARN tandis qu’une seconde partie va rester simple brin. La partie hybridée
correspond à ce qui a été transcrit et la seconde partie correspond à la région régulatrice en
amont du +1 de la transcription.
Nous ajoutons donc la nucléase S1 qui va couper tout ce qui est simple brin et ne
laisser plus que des séquences double brin ARN-sonde correspondant aux premiers
nucléotides transcrits. Ces nucléotides sont différents selon les ARNm.
Nous nous retrouvons avec des séquences de tailles différentes. Plus la séquence est
longue et plus la transcription se fait en amont dans le gène. En effet, rappelez vous que
pour un même gène, il peut y avoir différents débuts de transcription possible, chacun
d’eux étant à l’origine soit d’une protéine différente, soit simplement d’un
rallongement/raccourcissement de la 5’UTR ce qui va faire varier la demi vie de l’ARNm et
va donc influer sur l’expression de la protéine qui en résulte.
Pour détecter ces différents débuts de la transcription, nous réalisons une

électrophorèse avec les sondes coupées que nous avons obtenues. Nous pouvons ainsi
apprécier les variations de taille car
plus la sonde est longue plus elle a un
poids moléculaire élevé et donc
moins elle migre.
Sur l’électrophorèse ci-contre,

la migration des sondes obtenues
correspond à la première colonne ; la
deuxième colonne correspond à la
sonde complète et les 4 colonnes de
droite représentent le séquençage
de la sonde.
Résultat d’une méthode de S1 mapping.

UE 1
Le S1 mapping permet donc de déterminer l’emplacement exact du +1 de la transcription.

Retenir toutefois que la quantification est difficile, c’est-à-dire qu’il est compliqué de savoir dans
quelle proportion tel ou tel site de début de transcription est utilisé. En effet, l’électrophorèse est mise
en évidence par radioactivité. Ainsi plus le segment est long et plus il est radioactif. La taille de la bande
est donc peu représentative de la quantité réelle de séquences ayant migrées.
Il existe une autre méthode (la plus utilisée aujourd’hui) pour trouver le début de la transcription :
Méthode de l’extension à la reverse transcriptase.
Elle consiste en l’ajout d’une amorce qui va se fixer sur l’ARNm. Nous utilisons ensuite la RT pour
synthétiser de l’ADN à partir d’ARN. Une fois arrivé à l’extrémité 5’ de l’ARNm, la RT va s’arrêter. Nous
coupons alors avec la nucléase S1 qui laisse uniquement ce qui est double brin et nous nous retrouvons
dans une situation similaire au S1 mapping. Il ne reste plus qu’à réaliser une électrophorèse.
Remarque. – La nucléase S1 sert aussi à supprimer la boucle d’ADN simple brin qui se forme lors
de la synthèse d’ADNc avec la RT.
3. RNase
Il s’agit d’une enzyme qui coupe l’ARN en morceau. Nous essayons de l’éliminer au maximum car
la RNase est responsable d’échecs pour certaines méthodes utilisant l’ARN.
III. Notion de banque

A. Banque d’ADNc
Une banque c’est un peu comme une base de données, une collection. Dans le cas de la banque
d’ADNc, ce sont des ADNc que nous souhaitons stocker. Ils ont exactement la même séquence que les
ARN dont ils sont issus à la différence près que les résidus uraciles des ARN sont remplacés par des
thymines.
433 Année 2017 - 2018

Les ADNc sont incorporés dans des vecteurs qui sont des plasmides (s’il font entre 0 et 10 kb) ou
dans des phages (s’ils font entre 10 et 20 kb) qui vont eux même être transfectés dans des cellules. Les
plasmides vont ensuite pouvoir se répliquer, les cellules vont se diviser et vont exprimer la protéine en
question. C’est le principe du clonage. Nous faisons en sorte que chaque colonie de cellule
corresponde à un ARN donné.
Mais à quoi sert ce système ? Il permet de réaliser des criblages ou screening. Si, par exemple,
nous purifions une protéine et que nous souhaitons connaître de quel ARNm elle est issue alors nous
créons des anticorps spécifiques contre cette protéine puis nous incubons les anticorps avec la banque
d’ADNc. Ainsi les anticorps vont se fixer sur la protéine cible. Nous récupérons la population de cellules
qui exprime cette protéine parmi toutes les colonies de la banque et nous pouvons donc connaître
l’ADNc/l’ARN correspondant car c’est celui qui a été incorporé dans le plasmide qui a été transfecté
dans cette population de cellules.
Le prélèvement des ARNm pour la synthèse d’ADNc se réalise à partir d’une biopsie du tissu qui
exprime le gène étudié. Nous récupérons donc des extraits tissulaires puis nous purifions l’ARN.
B. Banque génomique
Une banque génomique stocke de l’ADNg. Contrairement à l’ARN qui est exprimé seulement dans
certains tissus, l’ADN est présent dans toutes les cellules. Ainsi nous réalisons une simple prise de sang
puis nous récupérons l’ADN à partir des leucocytes (seules cellules nucléées dans le sang).
L’ADNg d’un individu est beaucoup trop grand pour être incorporé en un seul morceau dans un
plasmide. Il est donc coupé en petit bouts et nous utilisons plutôt des cosmides ou des YAB/BAC
(= chromosomes artificiels) que des plasmides car nous pouvons incorporer des segments plus
volumineux (respectivement 20 à 45 kb et 100 à 500 kb).
Nous pouvons cribler une banque d’ADNg avec des sondes d’ADNc :
Criblage d’une banque d’ADNg.

UE 1
Nous commençons par ajouter une enzyme Sau 3A qui, un peu comme la DNAse I, va couper
l’ADN un peu partout. Nous obtenons donc des fragments d’ADNg assimilés à une banque d’ADNg. Sau
3A ne coupe pas toujours au même endroit donc si nous faisons cette expérience deux fois, l’ADNg ne
sera pas découpé de la même manière. Nous ajoutons ensuite des sondes d’ADNc marqués. Ces sondes
ne comportent que des exons et vont donc s’hybrider seulement avec les fragments d’ADNg qui
comportent des exons. Ainsi, en superposant tous les fragments qui aurons été marqués par la
présence de la sonde, nous sommes capables de différentier les exons et les introns sur l’ADNg.
Banque d’ADNg = quasiment identique pour tous les individus

à l’exception des polymorphismes multi-alléliques
(microsatellites) et bi-alléliques (SNP/SNV).
Banque d’ADNc = représente l’état de la transcription (ARNm)

d’un tissu à un moment donné. Pas d’introns.
IV. Notion de sondes

Une sonde est une séquence d’acides nucléiques (> 15 pb) qui va aller se lier de manière
complémentaire et antiparallèle avec une séquence d’ADN ou d’ARN. On dit qu’une sonde est sensible
si son hybridation avec une séquence d’ADN est détectable même en cas de très petite quantité. On
dit qu’une sonde est spécifique si l’hybridation a lieu seulement en cas de très grande
complémentarité entre les deux séquences.
Il existe deux types de sondes :
§ les sondes chaudes : marquées de manière radioactives. Ce marquage peut se faire soit
en 5’ en changeant simplement le premier phosphate à l’aide d’une phosphatase et de la
T4-polynucléotide-kinase, soit en synthétisant directement la sonde avec des phosphates
32
P radioactifs.
§ les sondes froides : marquée de manière non radioactive. Ces sondes peuvent être
marquées soit directement avec un fluorochrome comme c’est le cas pour le FISH, soit
indirectement par le biais de la biotine et de l’avidine. Dans ce dernier cas, la biotine est
incorporée à la place du phosphore dans la sonde puis au moment de la révélation, nous
ajoutons de l’avidine et des anticorps anti-avidine couplés à un flororchrome. Le Km
biotine-avidine est d’environ 10-14 et l’affinité entre les 2 est donc élevée. La biotine de la
sonde va se lier à l’avidine qui sera elle même liée à des anticorps détectables.
V. Southern blot
Vous allez finir par la connaître par cœur cette méthode à force de la revoir dans tous les cours.
Mais un petit rappel ne fait jamais de mal.
L’objectif est de faire migrer de l’ADN en fonction de son PM et de pouvoir ensuite l’hybrider avec
des sondes spécifiques et marquées.
435 Année 2017 - 2018

Nous prenons une séquence d’ADNg puis nous réalisons :
§ une digestion par une enzyme de restriction qui va couper la séquence en fragment.
§ une séparation des fragments par électrophorèse sur gel d’agarose. Les fragments les
plus longs sont ceux qui migreront le moins.
§ une coloration au bromure d’éthidium qui est un intercalant de l’ADN. Si nous nous
arrêtons à ce stade, nous obtenons une image qui ressemble à la figure de gauche :
La colonne de gauche correspond à des

séquences témoins dont nous connaissons le PM.
Les autres colonnes correspondent à l’ADNg de

différents patients qui a été coupé. Or les fragments
sont tellement rapprochés que nous ne pouvons pas
les distinguer et que nous voyons des sortes de
trainées. Nous parlons de SMIRE.
Nous poursuivons les étapes du Southern :
§ Nous dénaturons l’ADN avec de la soude car une

augmentation de la température ici détruirait le gel
d’agarose.
§ Nous transférons le tout sur une membrane de nylon.
§ Nous incubons la membrane de nylon avec des sondes

radioactives.
Nous pouvons utiliser plusieurs types de sondes (des sondes d’ADNc ou des sondes génomiques).
Par exemple, dans la figure ci-dessous, chaque colonne correspond à l’ADNg d’un patient qui, après
toutes les étapes citées précédemment, a été incubé avec des sondes d’ADNc de gènes cibles. Seules
les bandes contenant les exons des gènes cibles apparaissent donc en noir ce qui est différent de la
simple coloration au bromure d’éthidium de tout à l’heure où nous ne voyions rien car toutes les
bandes étaient visibles !
Le patient de
cette colonne
possède une
délétion à l’état
homozygote

UE 1
Un Southern exige de grandes quantités d’ADN et il est assez difficile de mettre en évidence une
délétion hétérozygote car la tache est simplement moitié moins grosse.
Voici deux exemples de Southern. À chaque fois, la séquence d’ADN située en haut de la
diapositive a été coupée au niveau des flèches puis incubée avec une sonde d’ADNc correspondant à
ce gène qui va reconnaître les exons (en bleu) et une sonde d’ADNg complémentaire à la fin de l’exon
3 et au début de l’intron 3 (en rouge) :
Exemple 1.
Exemple 2.
437 Année 2017 - 2018

VI. Méthode de PCR
A. Principe général
Amplification d’ADN par PCR.
La PCR a pour but d’amplifier une séquence d’ADN bien précise in-vitro. Elle permet ainsi de
détecter des quantités d’ADN très petites au départ. Voici les différentes étapes :
• Dénaturation à 95°C : nous augmentons la température jusqu’à ce que les deux brins
d’ADN soient bien séparés.
• Hybridation des amorces à 50-65°C : nous ajoutons des amorces correspondant aux deux
extrémités du segment que nous souhaitons amplifier. L’une est dite « sens » c’est-à dire
correspondant exactement aux premiers nucléotides de la séquence à amplifier et l’autre
est dite « anti-sens » c’est-à-dire correspondant aux nucléotides complémentaires et
antiparallèles de la fin du segment à amplifier. La température doit être inférieure à la
TM pour permettre aux amorces de s’hybrider.
• Extension des amorces à 72°C : nous ajoutons une Taq polymérase qui peut fonctionner
à de telles températures et qui va synthétiser à partir des amorces. Nous choisissons une
température suffisamment élevée pour favoriser la stringence et éviter que les deux brins
d’ADN de départ s’hybrident de nouveau.
Nous répetons ensuite ce schéma autant de fois que nécessaire. À noter que lors du premier
cycle, le segment synthétisé est trop long et que ce n’est qu’à partir du deuxième cycle que la Taq
polymérase va être obligée de s’arrêter au niveau de la seconde amorce et donc que nous obtiendrons
une amplification de la longueur attendue. Comme nous pouvons le voir ci-dessous, à chaque cycle
nous doublons le nombre de copies et il faut environ 30 cycles pour atteindre les 1 million de copies.

UE 1
439 Année 2017 - 2018

B. Constituants de la réaction
Nous avons donc besoin dans le milieu : d'une séquence d’ADN à amplifier, d'amorces, des dNTP,
des Taq polymérases et de sel. La figure ci-dessous est une application concrète de la notion de
stringence vue précédemment. Pour cela, nous avons réalisé une électrophorèse des produits obtenus
par la PCR dans différentes conditions :
§ En T1 la température est trop élevée pour que les amorces puissent s’hybrider et la
concentration en sels est trop faible pour contrer les répulsions qui s’opèrent entre les
charges négatives de l’ADN (amorce et segment à amplifier). Nous n'avons donc pas
d’hybridation et donc pas d’amplification.
§ En T2 la température est faible donc elle permet la liaison des amorces mais elle est
même trop faible si bien que des hybridations se font alors qu’elles ne devraient pas. La
concentration en sels trop importante participe aussi au fait que certaines amorces
s’hybrident alors qu’elles ne sont pas complémentaires à 100 %. Résultat, de nombreux
segments d’ADN sont amplifiés et parmi eux certains que nous ne souhaitions pas car ils
ne sont pas situés entre les bornes choisies.
§ En T3, tout est parfait. La température plus faible que la TM mais n’est pas aussi faible
que T2 et la concentration en sels permet de surmonter les répulsions négatives entre
molécules d’ADN mais n’est pas trop élevée quand même pour que l’hybridation reste
spécifique.
Les amorces sont amplifiées avec le reste de la séquence.
Ici, nous avons voulu amplifier un exon. Dans ce cas, nous prenons les amorces la plupart du
temps dans les bordures introniques. Mais il faut bien se souvenir que les amorces font parties des
éléments amplifiés. Si nous souhaitons que seul l’exon (sans un morceau d’intron) soit amplifié alors
nous devons prendre des amorces au tout début et à la toute fin de l’exon.

UE 1
C. Exemples d’application
1. Etude d’un SNP
Rappel. – Un SNP correspond à un changement d’un seul nucléotide. Il peut être présent sur un
seul des deux allèles (hétérozygote) ou sur les deux (homozygote). Les SNP sont source de
différences génétiques entre individus mais la plupart du temps ils ne sont responsables d’aucune
pathologie et participent simplement à la diversité génétique du monde vivant. Nous parlons de
polymorphisme bi-allélique. Selon la fréquence de ce changement dans la population, on dit SNP
ou SNV (<1%).
Si un SNP forme ou détruit une enzyme de restriction alors nous disons que c’est un RFLP. Dans
ce cas précis, pour savoir si une personne est porteuse du polymorphisme sans séquencer son génome,
nous isolons le gène concerné puis nous réalisons les étapes suivantes :
• PCR : pour amplifier le gène et obtenir un signal détectable par électrophorèse
• Ajout de l’enzyme de restriction correspondant au site : ce dernier va couper ou non

selon si le SNP est présent ou non.
• Electrophorèse,
• Révélation au bromure d’éthidium.
Révélation d’un RFLP dans une séquence d’ADN.
2. Etude d’un microsatellite

Rappel. – Un microsatellite correspond à la répétition de plusieurs nucléotides dans un intron, un
exon ou dans une partie extragénique. Selon la taille du segment répété, nous parlons de
minisatellite ou de microsatellite mais nous faisons souvent l’amalgame entre les deux. C’est un
polymorphisme multi-allélique source de diversité génétique.
441 Année 2017 - 2018

Si les microsatellites n’ont, la plupart du temps, aucune influence négative sur le bon
fonctionnement de l’ADN, un nombre trop élevé ou trop faible de certains microsatellites peut être à
l’origine de maladies telles que l’insensibilité au androgènes ou la maladie Kennedy… (cf. cours sur
L’ADN). Il est donc pertinent de pouvoir connaître le nombre de répétitions de ces microsatellites.
Pour cela, nous réalisons une PCR en choisissant des amorces marquées juste en amont et juste
en aval du microsatellite à amplifier. Ensuite, nous faisons migrer les fragments obtenus par
électrophorèse sur un gel de séquence. Ce gel permet une résolution plus importante que le gel
d’agarose (cf. cours L'Exploration des protéines) et nous pouvons ainsi déterminer la taille du fragment
au nucléotide près.
Exemple.
Voici un double brin d’ADN. Nous souhaitons amplifier le microsatellite en rouge :
5’ ATTGCTTATATCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTTACTCATGG 3’
3’ TAACGAATATAGCCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCAATGAGTACC 5’
L’amorce sens sera 5’ ATTGCGCTTATATCGG 3’ et va se fixer sur la partie verte.
L’amorce anti-sens sera 5’ CCATGAGTAA 3’ et va se fixer sur la partie bleu.
L’étude des microsatellites au niveau familial permet aussi de déterminer quel chromosome a été
transmis aux générations suivantes et cela permet de suivre certaines maladies familiales.
Prenons le cas de la maladie de Duchenne. Cette pathologie est due à la délétion de plusieurs
exons du gène codant pour la dystrophine. Cette protéine est une longue protéine codée par 79 exons
et est essentielle pour l’adhésion cellulaire au niveau musculaire. Son disfonctionnement est
responsable de myopathies sévères.

UE 1
Le gène de la dystrophine étant situé sur le chromosome X, seuls les hommes sont atteints. En
effet, chez les femmes (XX), vous savez que l’un des deux chromosomes X s’inactive. Or lorque l’un des
deux chromosomes X est « malade », c’est lui qui va s’inactiver de manière préferentielle et les femmes
sont donc des porteuses de la maladie mais elles ne la développent pas. On dit que la maladie de
Duchenne est à transmision récessive liée à l’X.
Si nous sommes face à un myopathe et que nous souhaitons savoir quel chromosome maternel
est porteur des délétions du gène de la dystrophine nous réalisons, chez le myopathe et chez sa mère,
une PCR d’un microsatellite connu qui se situe à un locus proche du gène. Dans la figure ci-dessous, le
myopathe est porteur d’un microsatellite de 174 nt sur son seul chomosome X alors que la mère est
porteuse d’un microsatellite de 182 nt sur un chromosome X et d’un microsatellite de 174 nt sur l’autre
chromosome X. À moins qu’il n'y ait eu une recombinaison, c’est- à dire un crossing-over entre le gène
de la dystrophine et le microsatellite, nous pouvons dire que la mère à transmis à son fils myopathe
son chromosome X porteur du micosatellite de 174 nt. Ce chromosome X est probablement porteur
de délétions sur le gène de la dystrophine ou alors ce chromosome est totalement sain et les délétions
sont apparues de novo sur le gène du myopathe. Nous pouvons distinguer ces deux situations
seulement avec une étude familliale plus approfondie (s’il y a d’autres cas, la mutation n’est
propablement pas de novo mais transmise). Pensez à relire ce paragraphe au deuxième semestre car
il peut vous être utile en MEAG.
Recherche de microsatellite en vue d’un diagnostic de maladie de Duchenne.
Nous réalisons aussi une étude par microsatellite dans une autre famille et le résultat vous est
présenté sur la figure ci-dessous. Ici, le micosatellite du myopathe a été délété avec les exons du gène
de la dystrophine. Il s’agit donc d’une grosse délétion. Sa mère est porteuse d’un seul microsatellite or
elle a bien deux chromosomes X. Le plus probable est que sur l’un de ses deux chomosome elle soit
comme son fils porteuse d’une grosse délétion englobant une partie du gène de la dystrophine et le
microsatellite. Dans ce cas, la mère est porteuse et saine et a transmis la délétion à son fils. L’autre
possibilité est que la mère soit porteuse du même microsatellite sur ses deux chromosomes. La
délétion serait donc apparue de novo chez le garçon.
443 Année 2017 - 2018

Recherche de
microsatellite en vue d’un diagnostic de maladie de Duchenne.
3. Recherche de mutations
§ La PCR multiplex
Cette méthode a pour but de détecter la délétion d’un ou plusieurs exons et permet d’étudier
plusieurs personnes à la fois. Nous réalisons une PCR avec l’ADN des patients et des amorces marquées
correspondant aux bordures introniques des exons dont nous voulons vérifier la présence dans le
génome (pour la maladie de Duchenne nous voulons vérifier quels exons du gène de la dystrophine
sont délétés). Nous faisons migrer les produits obtenus, et nous obtenons ceci :
Chaque colonne correspond à un patient différent (de 1 à 6) et étant donné que les exons ne font
pas la même longueur, ils ne font pas le même poids moléculaire et migrent donc plus ou moins loin.
Ainsi, chaque bande au sein d’une même colonne correspond à un exon différent. Si la bande est
présente alors l’exon a été amplifié par la PCR, si la bande est absente alors l’exon n’a pas été amplifié
par la PCR ce qui signifie qu’il est délété au niveau génomique.

UE 1
Attention, la PCR multiplex permet de bien voir les délétions à

l’état homozygote ou les délétions liées au chromosome X chez
les garçons mais il est très difficile de détecter une délétion
hétérozygote. En effet la bande est censée être moitié moins
intense mais en réalité c’est très difficile à voir ! Pour cette
raison, nous utilisons plutôt la MLPA.
§ La MLPA (Multiplex Ligation-dependant Probe Amplification)
Cette méthode permet de détecter les délétions et les duplications à l’état homozygote ou
hétérozygote. Le principe est le suivant :
Étape 1 Ù Fabrication des sondes
La partie en bleue est complémentaire et anti-parallèle à une

séquence de l’exon A et la partie en violet est complémentaire et
antiparallèle à une séquence de l’exon B. Nous remarquons que les
parties violettes et bleues sont coupées. Pour lier un seul exon il va
donc falloir deux sondes (un couple de sonde). De plus, il est important de noter que
l’ADNg est double brin. Ainsi, nous pouvons choisir de lier le brin codant ou le brin matrice.
Pour lier un seul exon nous pouvons donc utiliser deux couples de sondes, celui liant le
brin codant et celui liant le brin matrice (attention dans les QCM pour les sondes de MLPA
il peut donc y avoir plusieurs possibilités !!!). Les parties noires (noté x et y) correspondent
à des séquences complémentaires et antiparallèles aux amorces X et Y que nous allons
ajouter ensuite. La partie verte est une séquence « code barre ». Elle a une longueur
différente pour chaque couple de sonde ce qui va
permettre ensuite de différentier les exons. Ce système
permet de réaliser une MLPA sur plusieurs exons dans Cas n°1 Cas n°2
un même tube.
Étape 2 Ù Hybridation des sondes
Nous ajoutons les sondes dans le milieu contenant

l’ADN du patient. En présence de l’exon A et de l’exon
B, le couple de sondes bleues et de sondes violettes
vont se lier sur leur séquence respective (= cas n°1). En
revanche, s’il manque l’exon A, seul le couple de sondes
violettes va se lier (= cas n°2).
Étape 3 Ù Ligation
Cas n°1 Cas n°2
Nous ajoutons une ligase dans le milieu qui va créer une
liaison phosphodiester entre les deux parties violettes et les
deux partie bleues. Chaque couple de sondes va alors former
une seule sonde. L’action de la ligases peut avoir lieu
uniquement si le couple de sondes a lié la séquence exonique
dont il est complémentaire. Sinon, le couple de sonde reste en
deux parties et ne pourra pas être amplifié lors de l’étape 5.
445 Année 2017 - 2018

Étape 4 Ù Dénaturation Cas n°1 Cas n°2
Nous augmentons la température au dessus de la TM de

sorte à déshybrider les sondes de l’ADN.
Accroche-toi petit P1 la
fin est proche <3
Étape 5 Ù Amplification
Nous réalisons une PCR dans le but d’amplifier les

couples de sondes qui se sont liés à l’ADN et qui sont donc Cas n°1 Cas n°2
devenus une sonde à part entière grâce à la ligase. Pour
cela, nous ajoutons les amorces X et Y (dont une des deux
est marquée) qui vont se lier sur les parties noires et nous
effectuons les étapes de PCR classique. Seuls les couples de
sondes qui se sont liés à l’ADN et donc qui prouvent la
présence de l’exon seront amplifiés par ce système.
Momo n’aura plus de

secrets pour toi ;)
Étape 6 Ù Résultats
Nous faisons migrer les Cas n°1 Cas n°2 Cas n°3
séquences obtenues et grâce à la
séquence verte chaque séquence
de poids moléculaire correspond à
un exon différent. Les résultats
sont donnés sous forme de pics.
- Cas n°1 = résultat normal, les

exons A et B sont présent donc deux pic de taille normale,
- Cas n°2 = délétion de l’exon A donc absence de pic pour l’exon A,
- Cas n°3 = l’exon A est dupliqué donc deux fois plus de sondes se sont liées et ont été amplifiées, le
pic de l’exon A est plus grand.
En pratique, nous comparons le pic A avec un pic A normal d’un autre individu et non avec le pic
B car chaque exon est amplifié différemment. De même, si la délétion/duplication est hétérozygote,
alors la différence de hauteur des pics est moins flagrante et c’est l’ordinateur qui pourra trancher. La
MLPA est la technique de référence pour la maladie de Duchenne et la maladie de Becker.
Becker est moins grave que Duchenne mais dans les deux cas
l’anomalie vient du gène de la dystrophine.

UE 1
§ La PCR quantitative
Cette méthode permet de détecter les délétions d’exons. À la différence de la MLPA, nous ne
pouvons étudier qu’un seul exon à la fois. Nous l'appelons aussi « PCR en temps réel » car le principe
est de réaliser une PCR sur un exon cible et d’observer avec précision la façon dont s’amplifie cet exon
dans le tube. Si l’exon s’amplifie plus tardivement que la normale alors il est probablement déleté.
Nous suivons l’apparition du produit de la PCR en direct.
§ Le Dot Blot/reverse Dot Blot :
Cette méthode a pour but de détecter la présence de mutations ponctuelles connues. Nous
prenons l’ADN des patients, nous l'amplifions par PCR et nous l'incubons avec deux types de sondes
marquées. La première sonde est complémentaire et antiparallèle de l’ADN lorsque celui ci n’a pas la
mutation recherchée et la seconde sonde est complémentaire et antiparallèle de l’ADN lorsqu’il est
porteur de la mutation. Il faut donc chercher une mutation bien particulière. Nous nous plaçons dans
des conditions de forte stringence si bien que la différence d’un seul nucléotide entraîne la non
hybridation de la sonde. Nous obtenons les résultats suivants :
Ces deux taches

appartiennent au
même patient qui est
sans mutation
Patient homozygote
pour la mutation
Patient hétérozygote
pour la mutation
447 Année 2017 - 2018

Pour chaque patient, il faut donc regarder l’hybridation des deux sondes. Nous pouvons être dans
trois cas de figure différents :
• le patient est sain : une tache pour la sonde normale et pas de tache pour la sonde mutée ;
• le patient est hétérozygote : une tache pour chacune des deux sondes ;
• le patient est homozygote pour la mutation : une tache pour la sonde mutée et pas de tache
pour la sonde normale.
Nous parlons de slot blot si les taches sont rectangulaires et de dot blot si elles sont rondes. Le
dot blot consiste à ajouter les sondes sur l’ADN des patients alors que le reverse dot blot consiste à
ajouter l’ADN des patients sur la feuille de nylon ou les sondes sont déjà fixées. Le résultat est
identique. Il s’agit de la méthode de référence pour tester les différentes mutations responsables de
la mucoviscidose.
§ Le dHPLC (Chromatographie Haute Performance Liquide)
Cette technique permet de détecter les mutations ponctuelles à l’état HETEROZYGOTE (et pas les
homozygotes) que l’on ne connait pas.
Nous commençons par

réaliser une PCR préliminaire de la
séquence d’ADN que nous
étudions. L’intérêt est d’amplifier le
signal pour avoir quelque chose de
visible. Puis nous ajoutons de
l’ammonium tri-éthylique qui va se
lier au phosphate de l’ADN et va
ainsi rendre l’ADN hydrophobe.
Grâce à cette étape, l’ADN va ainsi
pouvoir se lier à la colonne de
dHPLC.
La suite consiste à dénaturer l’ADN qui est toujours double brin. Pour cela, nous augmentons la
température à 100°C. Enfin, nous diminuons de manière progressive la température jusqu’à 60°C de
sorte que nous puissions observer la formation d’hétéroduplexes. En effet, l’ADN ne va pas forcément
se ré-hybrider avec le même brin, rien
ne l’empêche d’aller s’hybrider avec un
brin correspondant à l’autre allèle
(donc l’autre chromosome) étant
donné que la séquence nucléotidique
est normalement identique ou quasi-
identique. Si le patient porte le
changement nucléotidique à l’état
hétérozygote il est possible que les
deux brins s’hybrident alors qu’ils ont
un nucléotide non complémentaire.
Cela implique des conditions de
stringence particulières. Nous
appelons cela des hétéroduplexes.

UE 1
En revanche, si l’individu ne possède pas la mutation ou s’il est homozygote pour la mutation,
nous aurons formation d’homoduplexes classiques. Les hétéroduplexes sont moins stables et donc
sont élués plus rapidement dans la colonne de dHPLC. Ainsi, le temps de rétention permet de
déterminer ou non la présence de la mutation à l’état hétérozygote. Les résultats sont présentés sous
forme de pic. Un homoduplexe forme un pic et un hétéroduplexe forme deux pics très rapprochés. Si
nous observons un hétéroduplexe en dHPLC, souvent nous séquençons l’exon concerné pour
confirmer la mutation. Nous aurons ainsi évité un séquençage complet du gène.
VII. Séquençage
A. Méthode classique
1. Les ddNTP
Les didésoxyribonucléotides (ddNTP) possèdent un didésoxyribose à la place d’un désoxyribose.
Sans l’extrémité 3’OH, la polymérase ne peut pas poursuivre la synthèse. Ainsi, l’incorporation d’un
ddNTP stoppe la synthèse d’ADN et cette caractéristique est utilisée en séquençage.
449 Année 2017 - 2018

2. La réaction
Tout commence par une PCR de notre segment d’ADN à séquencer. Ensuite, nous prenons 4 tubes
et nous plaçons dans chacun d’entre eux :
§ les 4 dNTP radioactifs au phosphore 32 (32P) ;
§ le segment que nous voulons séquencer ;
§ une seule amorce pour l’initiation de la polymérase ;
§ un seul des 4 ddNTP (différent pour chaque tube).
Ainsi, l’ADN polymérase va synthétiser un des deux brins selon l’amorce que nous avons ajoutée.
Nous faisons en sorte que le brin matrice utilisé par la polymérase soit le brin complémentaire et
antiparallèle de la séquence que nous voulons connaître. De manière aléatoire, un ddNTP va
s’incorporer de temps en temps et stopper la synthèse. Dans le tube A qui ne comporte que des ddATP,
tous les segments qui vont être synthétisés se termineront par un ddATP. De même, dans le tube C
tous les segments qui vont être synthétisés se termineront par un ddCTP, etc.
Ensuite, nous faisons migrer les produits obtenus dans chaque tube (une colonne par tube). Les
segments qui auront été stoppés en premier seront très peu retardés et vont se retrouver au fond
alors que les segments dont le ddNTP s’est incorporé tardivement seront plus long et donc plus
retardés. Il suffit alors de lire de bas en haut.
Ici, nous pouvons lire la séquence :

TGGCTAAGGTGCACCCGTA
Si nous observons deux bandes de même poids moléculaire et qui sont pourtant issues de deux
tubes différents alors la personne est hétérozygote pour ce changement nucléotidique.
L’électrophorèse se fait sur gel de séquence car la précision doit être au nucléotide près.

UE 1
B. Méthode avec la Taq polymérase

Cette méthode fonctionne sur le même principe mais utilise la Taq polymérase qui est
thermostable, plus rapide et plus fidèle. Nous pouvons aussi utiliser un seul tube au lieu de 4 si nous
mettons des ddNTP fluorescents avec 4 couleurs différentes. Nous obtenons la figure ci-dessous :
Fonctionnement de la Taq Polymérase et résultat.
C. Amélioration du séquençage
Nous avons constaté qu’en modifiant une phénylalanine en une tyrosine dans la séquence
peptidique de la Taq polymérase, nous obtenions une polymérase nommée T7 qui est encore mieux
adaptée au séquençage que la Taq. Le rapport dNTP/ddNTP nécessaire dans le tube est modifié ce qui
permet d’obtenir des séquences plus homogènes et plus régulières.
451 Année 2017 - 2018

D. Séquençage 2ième génération : NGS
1. Principe du Next Generation Sequencing
Étape 1 : nous commençons par
couper l’ADN en fragments de 200pb
environ (bientôt de 400 pb). Ensuite,
nous utilisons la T4-kinase pour donner
des bouts francs à ces fragments. Puis,
avec une ADN ligase nous ajoutons une
séquence code barre dans le but de
séquencer plusieurs patients à la fois et
nous ajoutons aussi une séquence sur
laquelle pourra se fixer une amorce
universelle c’est-à-dire la même
amorce pour tous les fragments. Nous
nous retrouvons donc avec plein de
fragments d’ADN différents que nous avons bien préparés pour la suite en leur ajoutant certaine
séquences. Nous venons de former la librairie ou banque d’ADN à séquencer (= étape B de la figure
ci-dessous).
Étape 2 : l’objectif ensuite est d’amplifier tous ces fragments. Pour cela, nous mettons les
fragments dans une émulsion de sorte que les fragments s’incorporent à des sphères lipidiques.
Chaque sphère lipidique contient une bille sur laquelle nous avons fixé des amorces universelles et un
seul type de fragment. Nous ajoutons des amorces et des polymérases puis nous réalisons les étapes
de la PCR. Ainsi, autour de chaque bille, nous allons avoir la formation d’un grand nombre de copies
du fragment initial. Nous nous retrouvons donc avec plein de billes et, sur chaque bille, il y a plein de
copies d’un seul type de fragment d’ADN.
Étape 3 : maintenant que nous avons suffisamment de copies de chaque fragment, nous voulons
séquencer chaque fragment. Pour cela on commence par récupérer les billes via le système biotine-
avidine. Il suffit d’avoir ajouté de la biotine dans les amorces et d’ajouter une bille métallique liée à
l’avidine. L’avidine va se lier à la biotine. Par aimantation, nous récupérons alors la bille métallique
avec tous ses fragments. Nous plaçons ensuite chaque bille dans un puits. Puis nous utilisons la
technique de séquençage ion torrent pour chaque puits. Nous connaitrons alors la séquen.ce de
chaque fragment. À l’aide du génome de référence, l’ordinateur va pouvoir remettre tous les
fragments dans l’ordre pour reconstituer le séquençage d’origine (=étape C ci-dessous).
Fonctionnement d’un séquençage NGS.

UE 1
2. Le séquençage ion torrent
Séquencage Ion torrent.
À chaque fois qu’un nucléotide est incorporé par la polymérase, il y a formation d’un ion H+. L’idée
générale est donc de mesurer le pH et d’ajouter les 4 nucléotides un par un. Quand nous aurons ajouté
le bon, il va se lier et donc un H+ sera libéré. Un seul H+ n’est pas détectable mais l’amplification clonale
que nous avons réalisée en amont permet de détecter les variations de pH. Nous réalisons comme ça
autant de cycles qu’il y a de nucléotides.
VIII. Mutations
A. Mutations exoniques
1. Nomenclature
Nous commençons par préciser sur quel type de séquence nous travaillons :
• g. pour une séquence d’ADNg ;
• c. pour une séquence d’ADNc ;
• p. pour une séquence protéique.
453 Année 2017 - 2018

Il faut aussi indiquer le (les) nucléotide(s) concerné(s) en notation 3 lettres ou une lettre ainsi que
leur numérotation dans la séquence. Attention, pour une séquence d’ADNc le numéro 1 de référence
est toujours le A de l'ATG c’est-à-dire le +1 de la traduction. En ce qui concerne le numéro 1 de
référence pour une séquence d’ADNg, il n’existe pas de véritable consensus donc le Pr Morel ne vous
demandera pas de noter une mutation en ADNg (information officielle valable pour l’année 2015-
2016). Si nous voulons vous faire travailler sur une mutation située dans la partie régulatrice, alors on
vous dira par exemple : « le nucléotide numéro 59 de la séquence 1 est délété (…) ».
Le type de mutation doit aussi figurer dans la notation:

• insertion = ins ;
• deletion = del ;
• insertion du même nucléotide que le précédent = duplication = dup.
Lorsqu’il y a répétition d’un nucléotide ou d’un doublet, par convention, le nucléotide ou doublet
répété est toujours celui en 3’.
Si la mutation entraine un décalage du cadre de lecture et l’apparition d’un codon stop précoce,
nous comptons le nombre de codons entre la mutation et le nouveau codon stop (codon muté et codon
stop inclus). Si nous dénombrons 6 codons alors nous ajoutons « fsX6 » ou « fs*6 » à la fin de la
mutation.
Exemples.
= p.K98*
2. Conséquences
Si la mutation est un changement nucléotidique qui ne modifie pas l’acide aminé codé par le
codon auquel elle appartient alors c’est une mutation silencieuse.
Attention. – Une mutation peut apparaître comme silencieuse mais en réalité elle peut former un
site donneur ou accepteur plus fort que ceux déjà existants ce qui va ainsi perturber l’épissage. Seul
d’ADNc permet de savoir.

UE 1
Si la mutation forme directement un codon stop, alors c’est une mutation non-sens et la protéine
sera tronquée.
Si la mutation entraine un décalage du cadre de lecture (cas des délétions ou insertions de

nucléotides) alors il y a - très probablement - en plus de la modification des acides aminés à partir de
la mutation, la formation d’un codon stop précoce et donc d’une protéine plus courte. Il faut le
rechercher systématiquement.
Attention. – Une délétion ou insertion de 3, 6, 9… nucléotides ne provoque pas de décalage du

cadre de lecture.
Si cette mutation apparaît dans le dernier exon il est aussi possible que la protéine formée soit
plus longue car le codon stop primaire ne serait plus en phase et qu’un codon stop plus en aval serait
reconnu.
Une mutation qui modifie uniquement un acide aminé est dite faux-sens. Ce type de mutation
devient gênant seulement si l’AA touché a un rôle primordial dans la fonction de la protéine.
Si la mutation exonique apparaît dans la 5’UTR ou la 3’UTR, il n’y aura a priori pas de modification
de la séquence protéique mais il est possible que cela influe sur la demi-vie de l’ARNm ou encore que
cela perturbe l’initiation de la traduction.
Comme vu précédemment, un microsatellite exonique trop répété ou pas assez peut provoquer
des maladies comme le chromosome Kennedy ou l’insensibilité aux androgènes.
B. Mutation intronique
1. Nomenclature
Nous numérotons la mutation par rapport à la distance au site donneur (GU/GT) ou au site
accepteur d’épissage (AG). Une mutation intronique se note IVS.
455 Année 2017 - 2018

Exemple.
Sur la figure ci-dessous, vous pouvez voir comment noter le changement de la cytosine
intronique en adénine ou en guanine. Le séquençage a été réalisé avec la méthode de la Taq
polymérase. Les courbes représentent la fluorescence des différents nucléotides. Le
séquenceur séquence en même temps les deux allèles et lorsqu’il ne peut pas déterminer le
nucléotide (quand les nucléotides sont différents sur les deux allèles) il met un N. Un N isolé
signifie donc la présence d’une mutation à l’état hétérozygote. Si nous observons plusieurs N
d’affiler, il ne s’agit probablement pas de plein de mutations à l’état hétérozygote mais plutôt
d’une double séquence provoquée par une délétion ou une duplication. La lecture du
séquençage est expliquée de manière plus précise dans le cours sur Le traitement d’une
séquence.
2. Conséquences
Attention, nous ne savons jamais ce que va provoquer une mutation intronique, nous ne pouvons
faire que des suppositions et c’est seulement en récupérant l’ADNc que nous le saurons. Si un site
donneur ou accepteur est touché ou simplement si son environnement nucléotidique est touché il
peut ne plus être reconnu. Un autre site va donc être reconnu à sa place et ce site peut être n’importe
où (au milieu d’un exon, d’un intron ou être un autre site déjà existant).

UE 1
La mutation peut aussi toucher l’adénine reconnue par le spliceosome et ainsi perturber
l’épissage (cf. cours du Pr Pascale Cohen pour le fonctionnement de l’épissage).
Une même mutation à l’origine d’une protéine non fonctionnelle peut aussi engendrer des
phénotypes différents selon le nombre de répétitions de microsatellites introniques qui peuvent
perturber l’épissage et donc aggraver encore plus la fonctionnalité de la protéine. C’est le cas pour
certains types de mucoviscidose.
457 Année 2017 - 2018

Petit rappel à propos du vocabulaire :
Homozygote = même mutation sur les deux chromosomes ou

normal sur les deux chromosomes.
Hétérozygotes = un chromosome normal et un chromosome
muté.
Hémizygote = mutation sur un gène du chromosome X chez un
garçon.
Hétérozygote composite = deux mutations différentes ; une sur
chaque chromosome.
Double hétérozygote = deux mutations différentes à l’état
hétérozygote à des locus différents sur un même chromosome.
C. Mutations non transcrites

Une mutation de la région régulatrice peut influer sur l’expression d’un gène (surexpression ou
sous-expression). Elle peut toucher un enhancer, la boîte TATA, etc.
Nous connaissons encore peu les mutations extragéniques mais certaines ont probablement une
influence sur la capacité de l’ADN à se condenser par exemple.
IX. Etude d’un ARN spécifique

A. Les différents modes d’études
1. Le Northern Blot
Il sert à étudier les ARN présent dans la cellule à un temps donné. En effet le nombre d’ARN
présent dans la cellule varie en fonction du temps et des conditions de stress de la cellule. Cette
méthode est très similaire au Southern Blot (qui étudie l’ADN) et au Western Blot (qui étudie les
protéines). Le principe général correspond à une migration, électrophorèse (qui sera fonction du poids
moléculaire) puis d’une mise en évidence par les biais de sondes ou d’anticorps.
2. Dot Blot / Slot Blot

Vu précédemment.
3. Protection à la RNase
On utilise un oligonucléotide marqué en 5’ par la Polynucléotide K. Ce dernier est complémentaire
et antiparallèle à une séquence cible d’ARN. On hybride ensuite notre oligonucléotide marqué avec
une solution d’ARN extrait de la cellule. Se forment alors des hybrides ARN-ARN marqué. On ajoute
enfin la nucléase S1 qui va couper tout ce qui est simple brin (donc tous les ARN qui ne nous intéressent
pas car ils ne se seront pas hybridé) et on fait migrer par électrophorèse le produit obtenu.
4. RT-PCR
Vu Précédemment.

UE 1
5. CGH-Array
C’est l’étude du transcriptome (les transcrits présent dans la cellule a un temps t). On le place
dans les domaines des nanotechnologies. On va utiliser des puces à ADN, constitué de 104 à 107 spot
d’ADN simple brin sur un support de type polymère synthétique, verre ou silicium.
Cette technique dans son ensemble sera vue plus en détail au deuxième semestre. Elle permet
de comparer le nombre de copies de l’ADN entre un patient et un ADN témoin mais elle peut aussi
etre utilisée pour l’étude de l’exome ou du transcriptome.
Mode de fonctionnement de la CGH-Array.
X. Conclusion
À retenir
Si nous souhaitons détecter une délétion ou une duplication d’exons, nous pouvons utiliser : la
PCR multiplex, la MLPA et la PCR quantitative.
Si nous souhaitons détecter une mutation ponctuelle connu, nous pouvons utiliser : des enzymes
de restriction si ça forme un RFLP, le dot blot ou reverse dot blot.
Si nous souhaitons détecter une mutation ponctuelle inconnue, nous pouvons utiliser : le dHPLC,
le séquençage.
Conseils
Pour mieux comprendre comment nous choisissons les amorces de PCR, une amorce de
séquençage, les sondes de MLPA ou les sondes de DOT BLOT, lisez bien le cours Le traitement d’une
séquence et allez aux cours du soir sur ce sujet ou regardez au moins le diaporama. Vous y trouverez
d’autres schémas plus détaillés et des applications concrètes qui vous permettront peut-être d’avoir
le déclic pour tout comprendre.
459 Année 2017 - 2018

Le traitement d'une séquence
Rédigé à partir des cours du Pr. MOREL
Note de la rédaction. – Ce document n’est pas issu d’un cours ou d’un ED, il s’agit d’un
regroupement de certaines bases nécessaires à l’analyse d’une séquence d’ADN. Vous pouvez y
retrouver des extraits de corrections d’annales ou de colles. Ne l’apprenez surtout pas par coeur,
vous devez par contre comprendre chaque point évoqué et vous en servir pour analyser vos
séquences. Ce document est très détaillé pour permettre aux débutants de se lancer dans les
problèmes de biologie moléculaire, mais si vous avez déjà de l’expérience dans ce domaine vous
n’en aurez peut-être pas besoin. Il est important de noter que malgré tous les efforts réalisés, ce
polycopié n’est pas exhaustif et peut contenir des erreurs. Il ne remplace en aucun cas le cours. En
cas de désaccord avec le Pr Morel, suivez-le bien entendu sans aucune hésitation. Les méthodes et
conseils donnés sont des voies particulières pour aborder le problème de biologie moléculaire, si
vous trouvez des méthodes qui vous correspondent mieux, encore une fois, n’hésitez pas à les
préférer.
I. Analyse de séquence
Rappel
Vous devez garder en tête que l’analyse d’une séquence est l’application concrète de tout ce que
vous avez appris en biologie moléculaire depuis la transcription jusqu’à la traduction, ce qui peut être
résumé par ce schéma :
Du gène à la protéine en passant par le transcrit primaire puis par l'ARNm.
En résumé, l’ADN c'est l’ARNm qui a été rétro-transcrit, les régions qui y sont présentes sont
uniquement celles initialement présentes dans l’ARNm autrement dit les exons, c’est-à-dire les régions
transcrites et non éliminées à l’épissage.

UE 1
Il existe schématiquement plusieurs sortes d’exons :
NDLR. – Cette classification n'est pas explicitement abordée en cours mais elle peut permettre de
vous éclairer.
§ Des exons entièrement non codants qui sont situés en totalité en aval du début de la
traduction (ATG). Ils ne coderont pas pour la séquence protéique car ils ne contiennent
que la 5’-UTR. Ces exons ne sont pas présents dans toutes les séquences que vous
analyserez. Dans la plupart des épreuves de PACES, il y en a soit zéro soit un seul, mais
dans la « nature » on peut trouver des séquences avec de nombreux exons non codants.
Il est donc possible de tomber (au concours ou en colle) sur une séquence avec deux
exons non codants ou même plus.
NDLR. –Il n’est encore jamais tombé au concours d’exons non codants dans la partie 3’ du gène,
mais soyez tout de même vigilant. En 2013 le professeur avait dit que cela ne tomberait sûrement
pas néanmoins les épreuves évoluent et ce qui était valable avanr ne l’est plus forcément
aujourd’hui.
§ Des exons qui contiennent à la fois une partie non codante et une partie codante, il y en
a deux. L’exon qui contient le codon START et celui qui contient le codon STOP. Ce dernier
contient par exemple une partie codante qui se termine par le codon stop puis une partie
transcrite mais non traduite (donc non codante) qui se termine par la fin de la
transcription. Ces exons contiennent donc une partie de la 5’ ou de la 3’-UTR et une région
qui code pour la séquence protéique.
Attention. – Le professeur peut vous demander si ces exons sont codant ou non et s’ils ont une
région non codante. Pour que vous compreniez bien, voici une analogie simple: imaginez vous un
grand groupe, composé à la fois de personnes bruyantes et d’autres silencieuses. Si on vous
demande si le groupe en soi est bruyant, vous répondrez oui. Mais si on vous demande si une partie
du groupe est silencieuse, la réponse sera aussi oui. Et bien c’est la même chose pour ces exons, ils
sont codants mais contiennent une partie non codante. Ainsi, au concours si le professeur vous
demande combien d’exons du gène contiennent une partie non codante, vous devez compter à la
fois les exons totalement non codant et ces exons-ci.
§ Des exons entièrement codants qui sont situés entre les exons précédemment cités.
Sous une région codante d’un exon, il est inscrit les acides aminés correspondant au codon. Une
partie codante est ainsi facilement identifiable.
Première approche du sujet

Avant même de regarder vos séquences, il est indispensable de faire une lecture approfondie de
l’énoncé. Toutes les données y sont importantes, soyez particulièrement attentifs aux indices qui vous
aideront pour l’analyse de vos séquences. Le professeur vous informe parfois sur la présence ou non
d’exons non codant, sur le lieu du début de la transcription ou encore sur la nature des séquences
présentes dans le fascicule. Plusieurs étapes à réaliser avant de passer aux questions :
461 Année 2017 - 2018

Dans la plupart des cas, cette partie ne doit prendre que quelques secondes, en effet en général
le fascicule compte seulement deux séquences, une d’ADNc et une d’ADNg.
Identifier les séquences
La séquence d’ADNc est constituée seulement d’exons,

vous pouvez ainsi la repérer rapidement car la séquence
codante n’est pas séparée par des introns.
présentes
S’il y a plus ou moins de deux séquences, référez vous à l’énoncé.
Dans de rares cas vous pouvez tomber sur une séquence avec un seul exon. Différencier les
séquences sera un peu plus long car cela signifie que le gène ne contient pas d’intron. La différence
est dans ce cas due au fait que l’ADNc ne contient que la séquence transcrite, alors que l’ADNg
contient des séquences précédant le début de la transcription et des séquences suivant la fin de celle-
ci.
Cette partie prend du temps, ne vous pressez pas excessivement. Partez de votre codon start
sur votre séquence d’ADNg. Remontez cette séquence en la comparant à votre ADNc.
Si vous parvenez à remonter jusqu’au début de l’ADNc sans qu’il y ait de région où les deux
séquences ne correspondent plus, alors votre premier exon est codant (c’est-à-dire qu’il possède
1 une partie qui est codante). Vous avez ainsi trouvé le départ de l’ADNc dans votre séquence
d’ADNg: c’est le début de la transcription ou +1 de la transcription.
Déterminer le début de la transcription
Dans un second cas, il peut arriver que vos deux séquences ne se correspondent plus alors
que vous n’avez pas remonté jusqu’au début de l’ADNc, cela veut dire que vous avez un ou
plusieurs exons non codant dans votre séquence. Dans ce cas, marquez bien sur votre ADNg la
zone où les deux séquences ne correspondent plus. Cette zone est le début d’un exon (mais
attention pas du premier exon!).
A Repartir du début de votre séquence d’ADNg.
B Chercher à chaque ligne de votre ADNg, le début de votre ADNc.
2
Une fois le début de la transcription trouvé, comparez vos deux séquences jusqu’à la
zone où elles ne correspondent plus, cette zone est la fin de votre premier exon. Si la fin du
C premier exon est tout de suite suivie du début de la partie non codante précédant l’ATG,
alors l’exon contenant l’ATG est le second exon. Si ce n’est pas le cas, il y a d’autres exons
non codant dans la séquence.
S’il y a d’autres exons non codant, partez de la fin du premier exon sur votre ADNg et
cherchez le début du second exon à chaque ligne dans votre séquence d’ADNg. Une fois le
D début du second exon trouvé, comparez votre ADNc et votre ADNg jusqu’à trouver la fin
de l’exon. Procédez ainsi jusqu’à identifier tous les exons non codant et retomber sur le
début de la partie non codante précédant l’ATG.
Comptez d’abord les exons non codants, que vous avez identifiés à l’étape précédente, et
les exons
Compter
numérotez les directement sur votre feuille. Puis identifiez chaque exon codant. Pour vous aider à
délimiter les exons totalement codant, rappelez vous qu’un intron commence toujours par un GT et
se termine toujours par un AG. Numérotez éventuellement les introns également. Cette étape est
cruciale, alors n’hésitez pas à la refaire plusieurs fois pour ne pas vous tromper.

UE 1
Analyse approfondie des séquences

Celle-ci dépend des questions que le professeur vous posera, voici des méthodes pour répondre
aux questions les plus récurrentes.
1. Trouver une boîte TATA

Une boite Tata est une séquence promotrice, vous la trouverez donc sur votre ADNg, plus
précisément à 20 ou 30 nucléotides avant le début de la transcription, donc en amont de la 5’UTR. Elle
est composée la plupart du temps des nucléotides TATAAAA, mais ces nucléotides peuvent varier, vous
pouvez ainsi avoir des boites Tata un peu différentes. Sa présence dans une séquence n’est toutefois
pas obligatoire.
2. Différencier les sites accepteurs/donneurs forts et faibles

Le site donneur est le début de l’intron, il s’agit d’un GT. Si le nucléotide précédant le GT est un
G, le site donneur est fort. Sinon il est faible.
Le site accepteur est la fin de l’intron, il s’agit d’un AG. Si le nucléotide précédant le AG est un C,
comme dans 80% des cas, le site accepteur est fort. Si c’est un T, (TAG), il est faible.
3. Déterminer si la suppression d’un exon décale le cadre de lecture

Il faut d’abord numéroter le nucléotide qui est à la fin de l’exon et le nucléotide qui est au début
de l’exon, selon leur position dans leur codon. En effet l’information génétique contenue dans les
exons est morcelée, c’est-à-dire que les exons ne se terminent pas forcément à la fin d’un codon. Ils
peuvent se terminer par le dernier nucléotide d’un codon, le deuxième ou le premier.
Pour faire cette numérotation, positionnez-vous à la fin de votre exon, repérez le dernier codon
entier de l’exon, s’il n’y a pas d’autre nucléotide avant le site donneur, cela signifie que l’exon se
termine par le dernier nucléotide d’un codon. Le dernier nucléotide de l’exon se note ainsi +3. S’il y a
un seul nucléotide après le codon, cela signifie que l’exon se termine par le premier nucléotide d’un
codon et le dernier nucléotide de l’exon se note ainsi +1. S’il y a deux nucléotides après le codon, le
dernier nucléotide se note +2.
Une fois les nucléotides numérotés, il faut vérifier que la suppression d’un exon ne défait pas la
suite 123. En effet quand le cadre de lecture est respecté, si un exon se termine sur un +1 par exemple,
l’exon suivant commencera par un +2. Si la suppression d’un exon défait cette suite et que l’on a par
exemple un exon qui se termine par un +1 et le suivant qui commence par un +3, alors il y a un décalage du
cadre de lecture.
4. Trouver/identifier un domaine dans une séquence

Si le professeur vous demande d’identifier un domaine présent dans votre protéine, vous pouvez
éliminer certaines propositions, (si le professeur vous fait choisir entre différents domaines), en vous
basant sur les caractéristiques de la protéine. Pour localiser un domaine, il peut exister un indice dans
l’énoncé, sinon vous devez le chercher dans toute la séquence. Vous identifiez enfin la nature du
domaine grâce aux caractéristiques décrites en cours.
463 Année 2017 - 2018

Domaine Leucine-zipper. – Un domaine leucine zipper est identifiable par une suite d’acides
aminés basiques comme l’arginine et la lysine puis une succession de quatre ou cinq leucines tous
les sept acides aminés.
Nota Bene. – Le Dr Roucher a toutefois précisé que les leucines peuvent aussi être présentes tous
les cinq ou six acides aminés.
Voici un exemple de domaine leucine-zipper dans une séquence, les introns sont en vert et le domaine en gris. Les acides
aminés basiques sont en rouge et les leucines en jaune.
Domaine transmembranaire. – Un domaine transmembranaire se présente sur une séquence

comme une succession d’acides aminés hydrophobes comme la valine, l’isoleucine, la
phénylalanine, le tryptophane, la leucine.
Voici un exemple de domaine transmembranaire encadré en rouge. En effet, même s'ilcontient une sérine (non hydrophobe),
c'est toujours la zone la plus hydrophobe de la séquence.

UE 1
Les deux exons contenant chacun un doigt de zinc sont encadrés en vert. Les cystéines du doigt
de zinc sont en rouge. Voici maintenant le même domaine représenté avec ses atomes de zinc :
Doigt de Zinc.
5. Identifier un microsatellite dans une séquence

Rappelons tout d’abord brièvement ce qu’est un microsatellite : il s’agit d’un polymorphisme
multi-allélique qui se présente sous la forme d’une répétition de nucléotides (entre une et quatre
bases) en un nombre variable de fois. Un microsatellite peut être extragénique, ou intragénique et
dans ce cas intronique ou même exonique. Pour le repérer sur une séquence, il faut chercher une
répétition de bases.
Exemple fictif.
ATGATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATTA
La partie en gras est une répétition de deux bases : GT.
Mais un microsatellite est avant tout une répétition de bases dont le nombre varie selon les
individus, il n’est donc pas possible de dire que toutes les répétitions visibles sur les séquences sont
des microsatellites. Il faut d’abord prouver que le nombre de ces répétitions varie.
6. Déterminer la fin de la transcription et trouver la séquence de

polyadénylation
Pour localiser la fin de la transcription, partez du codon stop sur l’ADNg et comparez votre
séquence d’ADNg à votre ADNc jusqu’à la fin de l’ADNc. Si vous êtes sûrs qu’il n’y a pas d’exon non
codant en 3’ du gène, vous pouvez aller rapidement.
La séquence de polyadénylation est AATAAA et elle doit se trouver quelques nucléotides avant
la fin de la transcription. Pour la localiser, partez de la fin de la transcription et remontez votre ADNc
en la cherchant. Si vous ne deviez pas chercher la fin de la transcription sur votre ADNg pour une autre
question, il est plus simple de partir directement de la fin de votre ADNc.
465 Année 2017 - 2018

II. Analyse des méthodes
Amorces et oligonucléotides
1. Amorces en PCR
Schéma des amorces sens et anti-sens.
Rappel. – Nous utilisons deux amorces en PCR :
§ une amorce sens (verte) : elle se trouve en 5' de la partie que nous voulons amplifier. Elle
correspond exactement à la séquence donnée dans le fascicule.
§ une amorce anti-sens (bleue) : vous la trouverez en 3' de la séquence à identifier, mais
elle est complémentaire et antiparallèle à la séquence donnée dans le fascicule.
Cherchez directement l’amorce sens dans la zone un peu en amont de la séquence à étudier
([NDLR] : nous pouvons vous donner des indices pour la trouver mais pas toujours). S’il s’agit d’une
PCR classique, elle se trouve généralement dans l’intron précédant l’exon à étudier. S’il s’agit d’une
RT-PCR, attention elle est située dans une zone exonique précédant l’exon à étudier. En effet la RT-
PCR se fait sur l’ARNm, et il n’y a pas d’intron dans l’ARNm.
Les amorces de RT-PCR ne peuvent donc être que dans un exon. Une fois l’amorce sens trouvée,
écrivez les versions antiparallèles et complémentaires des propositions restantes d’amorces.
Exemple.
5' CCTTAGTAATATCCGGGGAA 3'

Ecrivez la version antiparallèle de l'amorce, partez de l'extrémité 3' que vous positionnerez en 5'
(vous devez en quelque sorte retourner l'amorce).
Vous obtenez : 3’ AAGGGGCCTATAATGATTCC 5’
Ecrivez la version complémentaire de l'amorce « retournée » :
5’TTCCCCGGATATTACTAAGG 3’
Vous devez modifier ainsi toutes les propositions (sauf celle correspondant à l’amorce sens bien-
sûr) et rechercher celle qui est présente en 3’ de la séquence étudiée. Celle-ci est l’amorce anti-sens.
NDLR. – Cette méthode vous permet de comprendre comment chercher une amorce anti-sens,
mais bien entendu mettre d’abord l’amorce en version anti-parallèle puis en complémentaire
prend trop de temps. Vous devez vous entraîner à faire les deux à la fois!).
Enfin, si vous devez déterminer la longueur d’un morceau d’ADN amplifié par PCR, n’oubliez pas
que les amorces sont à compter dans le morceau amplifié.

UE 1
2. Amorce pour le séquençage
Le séquençage nécessite uniquement une des deux amorces

utilisées en PCR, soit l’amorce sens soit l’amorce anti-sens.
Toutefois, le professeur peut vous demander de trouver toutes les amorces nécessaires au
séquençage. Dans ce cas, vous devez prendre en compte les amorces nécessaires à la PCR préliminaire
au séquençage. Il faut alors cocher l’amorce sens et l’anti-sens.
3. Sondes en MLPA
La MLPA se fait sur un ADN double brin.
Elle ne nécessite pas de PCR préliminaire.

La PCR a lieu après l’hybridation des sondes.
Les sondes ont un design spécial, avec plusieurs parties :
§ une est l’oligonucléotide (en bleu). Celui-ci se fixe sur la partie d’ADN à étudier. C’est ce que
vous pouvez être amenés à chercher sur votre séquence d’ADN.
§ une partie dont la taille varie selon les sondes (en vert). Elle sert justement à différencier les
fragments qui seront amplifiés en même temps quand on les séparera par électrophorèse.
§ une amorce qui servira à amplifier les fragments et qui est la même pour toutes les sondes.
Elle est située à leurs extrémités (en noir).
Sonde de MLPA.
Si vous cherchez à identifier un exon : On utilise deux sondes d’oligonucléotides (couple de sonde)
qui vont aller s’hybrider sur cet exon. Comme on fonctionne sur un ADN double brin, on peut prendre
des oligonucléotides qui correspondent exactement à la séquence de l’exon étudié donnée dans le
fascicule. Ils se fixeront ensuite au brin de l’ADN anti-parallèle et complémentaire à la séquence
donnée c’est-à dire sur le brin matrice.
La fin du premier oligonucléotide doit précéder, sans espace ni chevauchement, le début du

deuxième oligonucléotide.
Vous pouvez aussi utiliser des oligonucléotides qui encadrent l’exon à étudier. Par exemple, si
vous cherchez à étudier l’exon 3, vous pouvez choisir un oligonucléotide situé en fin de l’exon 2 et le
second au début de l’exon 4. En effet ce schéma permet aussi d’étudier la présence ou l’absence d’un
exon, car si l’exon 3 est absent, les deux oligonucléotides seront positionnés l’un à la suite de l’autre.
467 Année 2017 - 2018

Si vous cherchez à identifier la présence d’une mutation: il faut choisir un couple
d’oligonucléotides consécutifs qui se fixent sur la partie de l’ADN à étudier et dont l’un des
oligonucléotides possède la mutation en son extrémité. Pour identifier l’allèle sain, il faut choisir les
mêmes oligonucléotides mais sans la mutation. Encore une fois la séquence des oligonucléotides est
exactement la même que la zone d’ADN à étudier.
4. Sonde pour le dotblot

Cette méthode, comme le séquençage, nécessite une PCR préliminaire. Une fois de plus, on
travaille sur de l’ADN amplifié double brin, vous pouvez donc choisir des oligonucléotides qui
correspondent exactement à la séquence de l’exon étudié donnée. Ils se fixeront ensuite au brin de
l’ADN anti-parallèle et complémentaire à la séquence donnée. À la différence de la MLPA où il est placé
à l’extrémité, pour le dot blot, il faut que le nucléotide d’intérêt soit placé au milieu de
l’oligonucléotide, pour que le déséquilibre dans l’hybridation soit maximal quand le nucléotide est
muté.
Analyser le résultat d’un séquençage

1. Rappel
On utilise la plupart du temps le séquençage pour identifier une mutation inconnue. S’il est
précédé d’une RT-PCR, il peut permettre de comprendre les conséquences d’une mutation sur
l’épissage, ou permettre devoir s’il y a eu un mécanisme NMD.
Le séquençage nécessite toujours une PCR au préalable. Une fois celle-ci réalisée, la machine va
séquencer en même temps les deux allèles du patient, en partant du 5’ ou du 3’, selon l’amorce choisie.
S’il y a une différence entre les deux allèles du patient pour un nucléotide donné, le séquenceur inscrira
la lettre N. Exemple, si le patient possède ces deux allèles:
5’ AATGCATCGATGCATTCGAATGCA 3’
5’ AAAGCATCGATGCATTCGAATGCA 3’
Le séquenceur notera :
5’ AANGCATCGATGCATTCGAATGCA 3’
2. Identifier les insertions ou délétions

Lorsqu’il y a une délétion ou une insertion, les fragments ne sont pas tout à fait de même taille
(même à juste une pb de différence), mais comme on utilise les mêmes amorces, le séquenceur va «
aligner » les deux fragments. Ainsi au début du séquençage les deux allèles correspondent entre eux,
il n’y a donc pas de différence entre nucléotides et donc pas de N, puis après la délétion ou l’insertion
les deux séquences seront en décalage et ne correspondront plus. Le séquenceur réagit en rajoutant
des N à tous les nucléotides des séquences qui ne correspondent plus entre eux. Il y a donc d’un coup
dans la séquence une apparition d’une grande quantité de N, c’est-à-dire de beaucoup de bases
différentes entre les deux séquences.
Voici le même exemple mais avec cette fois une délétion, voilà l’écriture de la machine :

UE 1
5’ AATGCATCGATCATTCGAATGCA 3’
5’ AATGCATCGATNNNTNNNANNNN 3’
L’apparition d’un nombre important de N est généralement le signe d’une insertion ou d’une
délétion (mais cela peut être autre chose comme un épissage alternatif par exemple).
Attention, une insertion ou une délétion n’est pas forcément

synonyme de décalage du cadre de lecture.
En effet, si l’insertion/délétion est un multiple de 3 nucléotides, le cadre de lecture n’est pas

décalé. Mais les deux séquences auront tout de même une taille différente et il y aura quand même
de nombreux N dans la séquence. Il faut ainsi identifier la mutation pour affirmer qu’elle cause bien
un décalage de cadre de lecture.
En résumé, la présence soudaine d’une grande quantité de N doit vous faire songer à une
insertion ou une délétion, mais vous devez identifier la mutation avant de conclure qu’elle entraîne
ou non un décalage du cadre de lecture.
3. Identifier la région de l’amorce utilisée

L’amorce utilisée pour le séquençage peut être celle en 3’ ou celle en 5’, pour le savoir il faut
regarder où sont positionnés les N. En effet les nombreux N apparaissent après la délétion/insertion
dans le sens de progression du séquenceur. Ainsi, si le séquenceur chemine dans le sens 5’ à 3’ car son
amorce est en 5’ alors les N apparaîtront après la mutation dans son sens de progression. Ils seront
donc en 3’ de la mutation.
Par contre si le séquenceur utilise une amorce en 3’, il ira dans le sens 3’ à 5’ et les N seront après
la mutation dans le sens de progression du séquenceur. Ils seront donc dans ce cas en 5’ de la mutation.
Pour mieux comprendre, voici le même exemple que précédemment en imaginant que le séquenceur
a utilisé cette fois une amorce en 3’. L’alignement se fera en partant de l’extrémité 3’:
5’ AATGCATCGATCATTCGAATGCA 3’
Le séquenceur utilisant une amorce en 3’ notera : 5’ ANNNNNNNNNNCATTCGAATGCA 3’.
Les N sont ainsi en 5’ de la séquence.
Ainsi selon la position des N vous pouvez déduire quelle amorce est utilisée pour le
séquençage.
469 Année 2017 - 2018

4. Identifier une mutation à partir d’un séquençage
Pour ce faire, il y a plusieurs étapes à suivre :
1) Cherchez dans votre fascicule la séquence non mutée que la machine a séquencé. Notez-la sur
votre brouillon.
2) Écrivez en dessus la séquence obtenue par le séquenceur (avec les N).
3) Vous devez maintenant essayer de deviner quelle mutation a pu apparaître. Aidez vous du
contexte. Par exemple si la séquence étudiée est proche d’un site accepteur ou donneur d’épissage,
et qu’on réalise une RT-PCR, vous devez alors suspecter un épissage alternatif. Vous pouvez aussi
suspecter une délétion ou une insertion d’un seul nucléotide. Si la mutation s’avère difficile à trouver,
vous pouvez partir des propositions données.
4) Écrivez sous votre séquence non mutée la séquence avec la mutation que vous suspectez et
imitez le travail de la machine. Comparez les nucléotides de la séquence non mutée et celle contenant
la mutation que vous suspectez et s’ils sont différents mettez un N.
Si vous procédez selon ces étapes, vous aurez donc la séquence obtenue par le séquenceur (n°1)
avec en dessous de haut en bas la séquence non mutée (n°2), la séquence avec la mutation que vous
suspectez (n°3), et enfin la séquence que le séquenceur aurait obtenu en séquençant la séquence n°3.
Notons cette dernière séquence n°4. Si la mutation que vous suspectiez était bien celle du patient alors
la séquence n°1 et celle n°4 sont les mêmes. Sinon vous n’avez pas d’autre choix que de tout
recommencer avec une autre mutation suspecte, jusqu’à tomber sur la bonne mutation !

UE 1
Remerciements et Remarques
§ Un grand merci aux personnes qui ont donné de leur temps à la rédaction du contenu :
- Auriane SALOTTI
- Brieuc BERTHELON
- Eléana ROGARD
- Gianni ROVELLO Responsable de la matière : Quentin BUGEAT
- Julien CHABAUD-SASSOULAS
§ Responsables Supports Pédagogiques :
- Juliane PIC-GRENIER
- Julien CHABAUD-SASSOULAS
Pour toutes suggestions, remarques et corrections, vous pouvez vous rendre sur le forum dédié
aux Polys dans le module Spiral du Tutorat.
Il s'agit de la troisième année d’existence des Polys du Tutorat. Ce poly sera bien sûr amélioré
dans son contenu et dans sa forme au cours des années à venir.
Les Polys du Tutorat sont rédigés à partir des cours de l'année précédente. Ils n'ont aucune valeur
de référence de cours. Ils ne peuvent en aucun cas servir de référence opposable au concours PACES,
à une épreuve majeure ou au concours blanc du Tutorat. La seule référence qui fait foi pour le concours
PACES est le cours magistral donné en amphithéâtre par l'enseignant.
Le Tutorat déconseille fortement de se fier uniquement aux polys et de négliger les cours
magistraux. Une écoute active associée à une prise de notes efficace, puis un recopiage au propre reste
la méthode la plus appropriée à l'apprentissage des cours.
Informations de législations concernant les polycopiés

Ce polycopié est réservé à un usage personnel.
La copie, diffusion totale ou même partielle de ce polycopié est interdite

en dehors du cadre du Tutorat PACES Lyon-Est.
471 Année 2017 - 2018


Polycopié UE1 2017-2018 (Définitif)

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ÉDITION 3

Informations générales sur les polycopiés

La parole du professeur au cours de la présente année universitaire fera toujours foi.

La présence de ce signe indique que le cours en question a été relu par le

Informations concernant l'UE1 et son polycopié

3 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 4

Déplacement des équilibres ......................................................................................................................... 48

5 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 6

III. Rôles biologiques de peptides : exemples ........................................................................................................... 106

7 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 8

Sphingolipides ............................................................................................................................................ 165

9 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 10

III. Cholestérol et première étape de la stéroïdogenèse .......................................................................................... 220

11 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 12

II. Formation du fructose-1,6-bisphosphate ............................................................................................................. 265

13 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 14

Amorce de la synthèse de glycogène ......................................................................................................... 306

15 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 16

E. Caractéristiques ......................................................................................................................................... 366

17 Année 2016 - 2017

Tutorat PACES Lyon Est 18

V. Southern blot ....................................................................................................................................................... 435

19 Année 2016 - 2017

21 Année 2016 - 2017

§ d'un noyau (expérience de Rutherford) constitué de neutrons et de protons qui forment

§ d'électrons gravitant autour du noyau (expérience des rayons cathodiques et de Millikan)

Nous notons ainsi un élément de la façon suivante avec :

§ Z = numéro atomique = nombre de protons contenus dans le noyau,

§ A = nombre de masse = Z + N = nombre de nucléons.

Un ion est un atome ayant perdu ou gagné des électrons

Un nucléide correspond à l’ensemble des atomes possédant le même nombre de protons et de

Exemple. – Le chlore possède trois isotopes différents : le 35 36 37

Nous dénombrons ainsi 109 éléments mais 2300 nucléides différents.

La masse atomique se calcule à partir du Z et du A de chaque élément est en moyenne égale à

Tutorat PACES Lyon Est 23 Année 2017-2018

Remarque. – Une mole de carbone 12 (12C) pèse précisément 12 g " NA x m12C = 12 g.

Niveaux d’énergie et spectres de raies

Il existe deux types de spectres de raies :

Niveaux d’excitations atomiques.

Tutorat PACES Lyon Est 24 Année 2017-2018

Nous avons dans la formule précédente :

§ n1 le niveau de basse énergie et n2 le niveau de haute énergie

§ hcRH qui est égal à 13,6

Plus Z augmente et plus il y a de raies dans le spectre d’émission

II. Atomes polyélectroniques

§ chaque atome possède une énergie quantifiée et négative,

§ chaque électron est dans un état caractérisé et unique à un moment précis,

§ cet état est stationnaire : pas de rayonnement d’énergie.

§ ! : nombre quantique secondaire ou orbital (0 ≤ ! ≤ n-1) représente la forme de la sous-

Ces quatre nombres sont spécifiques d'un électron du

Tutorat PACES Lyon Est 25 Année 2017-2018

§ Sur la deuxième couche L, n = 2. Nous aurons ici deux sous-couches : la première

Nous pouvons ainsi continuer comme cela en augmentant le nombre de couches !

§ chaque quatrième sous-couche sera enfin appelée état f.

Tutorat PACES Lyon Est 26 Année 2017-2018

Les niveaux d’énergie des sous-couches sont égaux