LES PROTIDES

1ère partie : les Acides amines

SEMAINE 2 & 3
EBI
 SOMMAIRE

LES PROTIDES
Première partie : les acides aminés

1. Structure et classification ............................................................ Erreur ! Signet non défini.

2. Propriétés physiques .............................................................................................................. 6
2.1. Chiralité......................................................................................................................... 6
2.2. Absorption et fluorescence .............................................................................................. 8
2.3. Solubilité ....................................................................................................................... 8
3. Ionisation ............................................................................................................................. 11
4. Prorpiétés chimiques.............................................................................................................25
4.1. Réactions dues à la présence du groupement carboxyle ....................................................25
4.2. Réactions dues à la présence du groupement amine .........................................................25
4.3. Réactions due aux groupements de la chaîne latérale .......................................................27

IN TRO :
C’est une très grande famille comprenant :
 AA peptide
 Les protéine (hormone, enzyme, protéines qui permettent un travail : contractile)
Ce sont les constituants essentiels de la matière vivante (+ de la moitié du poids sec des molécules.)
LES PROTIDES
Glycine Tryptophane

Lactate déshydrogénase Insuline

 Lactate : dans le muscle

squelettique)
  C, H, O, N
 Un peptide ≤ à 50 AA
 Les protéines >50 AA (Insuline : 51 AA, c’est la première protéine séquencée.)
Macromolécule biologique :

• Molécules simples (unité qui se mettent bout à bout pour former des molécules complexes :
AA→Protide ; Oses → glucides ; Acide gras → lipides)
o Structure et nomenclature
o Propriété physiques Méthodes
o Propriétés chimiques analytiques
• Molécules complexes : 2 catégories : 1- Polymère (de petite taille : peptide ; de grande taille :
protéines)
o Structure & nomenclature
o Propriétés physiques
Méthodes
o Propriétés chimiques. analytiques

1. S TRUCTURE ET CLAS S IFICATION

Composé carboné ;
ACIDE ➔ fonction COOH AMINE➔ fonction NH 2

 Uniquement C, H
 C, H, O
 C, H, S
 C, H, N
 AA ne sont pas synthétisés par
les Cellules animales

Ils sont apportés uniquement

par l’alimentation.

Naturels => AA qui entrent dans la composition des protéines (il en existe d’autre)

Terminaisons de leurs noms : INE (à part : tryptophane, Acide glutamique et acide aspartique)
Classification basée sur différent critères.

Composition de la chaîne latérale , ALIPHATIQUE : C et H chaîne LINEAIRE

AROMATIQUE : chaîne carbonée cyclique.

Noyau Indole

Noyau Phénol

Noyau phenyl
Pyroline : Acide iminé car le Cα (lié a un NH et un CH2) entre dans un cycle .

Phényl + grouppement hydroxyle ➔ Phénol

Classification en fonction de la charge de la chaîne latérale à p H phisiologique (entre 7,2 et 7,4).

: on a une forme acide de notre grouppement .

Groupement guanidique

Ordre d’aprentissage Lys--

arg -- his
 Acide aspartique (fonction acide
carboxylique ; cousin avec
asparagine (possède une fonction
amide )

Acide glutamique

2. PROPRIETES PHYS IQUES

2. 1 . CH IRALITE

ENANTIOMERES
Au moins un C asymétrique , deux molécxules sont enantiomères lorsqu’elles sont image dans un
miroir.

les AA existent sous 2 formes qui sont isomères de configuration : mm groupemment chimique mais
agencement dans l’espace ≠
 => 4 substituants ≠ donc le Cα est un carbon asymétrique la
molécule est donc chirale.

CHIRALITE

FORME SPATIALE FORME PLANE

 Tous les AA naturels appartiennent à la série L

Projection de fisher : forme plane avec la chaîne carbonnée verticale et COOH vers le haut.
POUVOIR ROTATOIRE SPECIFIQUE
 TT molécule possedant un C asymétrique COMME LES AA présente un pouvoir rotatoire.
 Polarimètre : permet de mesurer le pouvoir rotatoire

Molécules dextrogyre : rotation de α dans le sens des aiguilles d’une montre ; notée +.
Molécule lévogyre : rotation de α dans le sens inverse des aiguilles d’une montre notée -.
Loi de Biot : 𝜶 = 𝜶𝒐 𝑰 𝑪
α : pouvoir rotatoire observé
α : pouvoir rotatoire spécifique
I : trajet optique (en dm)
C : concentration (en g.mL-1)
 Très importante pour les glucide mais secondaire pour les AA

2. 2. AB SO RPTIO N E T F LUO RE SCE NCE

Concerne principalement les AA aromatiques (cycle). Il permet d’avoir des doubles liaisons conjuguées
➔ délocalisation électronique et la lumière est captée .
ABSORPTION DES AA AROMATIQUES

Permet la détection des AA (ça peut aussi aller jusqu’à

dans les protéines et les peptides).
La phénylalanine (mm si elle a des double liaisons sur
son noyau) ne possède pas des max d’A dans les
longueure d’onde UV.

FLUORESCENCE DES AA AROMATIQUES

La fluorescence c’est l’absorbance par la molécule

d’une lumière à une longueur d’onde donnée qui sera
restitué à une longueur d’onde supérieure .
Pour qu’il y ai émission de lumière fluo il faut, dans un
premier temps, qu’elle capte une autre lumière
(s’excite).

Ces deux paramètres permettent de détecter la

présence d’AA aromatique
.

2. 3. SO LUB ILITE

SOLUBILITE DES AA DANS L’EAU

 De l’ordre de 1g. L -1 à 100g.L-1.
 Dépend de la composition et de la taille de la chaîne latérale.
 Dépend du pH du milieu (minimum à pHi).
pHi = pH isoélectrique : pH auquel l’AA a une charge nulle.
jaune : apolaire ! La cystéine elle est apolaire et on la retrouve dans les AA hydrophobes
+ la chaîne latérale est longue et composée de C&H + elle est hydrophobe !
plus l’indice est élevé plus ils sont apolaire et hydrophone (l’inde de solubilité se rapproche de 1)
Bleu : (tt les AA qui portent des groupement polaire sur leur chaîne latérale ) + ils sont soluble dans
l’eau
les + polaires sont K(lysine) et R ( polaire chargés à pH physiologique) ; la lanine : chaîne latérale
courte !
SOLUBILITE DES AA DANS LES SOLVANTS ORGANIQUES
 Dépend de la composition et de la longueur de la chaîne latérale, Si R est hydrophobe =>
bonne solubilité dans les solvants organiques.
 Solvants organiques = solvants apolaires. Ex : acétone, chloroforme, méthanol, éthanol.
 Solubilité des AA de l’ordre de quelque mg. L-1 dans l’éthanol.
APPLICATIO N ANALY TIQ UE
CHROMATOGRAPHIE DE PARTAGE
Chromatographie = technique analytique
méthode de séparation des molécules d’un échantillon entre 1 phase stationnaire et une phase mobile.
Chromato partagé : séparation AA en fonction de leur solubilité dans le solvants apolaires ou dans
l’eau (polaire)
ex : chromatographie sur couche mince.
CHROMATOGRAPHIE SUR COUCHE MINCE
Principe
Matériel : plaque de silice /feuille de cellulose ➔ phase stationnaire = support poreaux ( il
s’imbibe d’eau)
Solvant = butanol+acide acétique (partie apolaire) + eau (=partie polaire).
Cuve de chromatographie
Solution d’AA pure et une solution échantillon dont on veut connaître la composition
(mélange d’AA)
colorant spécifique des AA ( ninhydrine)
objectif : détérminer la composition d’un échantillon en AA
 pour visualiser les AA : coloration à la
ninhydrine = colorant spécifique des AA
=> Spots bleu-violet pour les AA

On calcule un Rf = rapport frontal

𝑑2
Rf =
𝑑1

toujours <1

on compare les valeurs des Rf solutions pures et celles de l’échantillon

Identification des AA après CCM

Identification des AA par CCM Chromatographie d’AA sur couche mince.

Révélation à la ninhydrine.
Spot violet avec tous AA sauf Proline qui est
jaune
Il existe des chromatographie inverse, avec un support hydrophobe et un solvant
hydrophile ➔ les taches seront à l’envers.
 BILAN

➢ Connaître les formule developpées des AA, leurs noms, leurs abréviations ( 1 et 3 lettres)
➢ être capable de classer les AA en fonction de leurs chaîne latérale
o polaire
▪ non chargé
▪ chargé +
▪ chargé –
o apolaire

➢ Propriétés physiques
➢ identification des C*, série AA naturels, pouvoir rotatoire
➢ absorbtion de lumière et fluoréscence
➢ solubilité dans l’eau , dans les solvant organique, être capable de décrire la
chromatographie de couche mince, sur quelle propriété c’ets basé et savoir analyser les
resultats (Rf et composition du mélange)

3. ION IS ATION
DISSOCIATION DANS L’EAU DES GROUPEMENTS COOH ET NH2
en fonction du pH elle existe sous differente formes.

Il y a 5 zones remarquable qui correspondent à ….

à pH acide 1 : on a à la fois le groupement NH2 (sous la forme NH3+ ) et le groupement OH (sous sa

forme acide) on a une forme totalement PROTONEE

2 ph = pka (COOH) => 50% de αCOOH et 50% αCOO-

3 pHisolélectrique ( pH milieu pour lequel l’AA à une charge nulle.

4 demie équivalence pour le grouppement NH3+ => pH= pKa (NH3+) => 50% de αNH3+ et 50%
αNH2

5 forme AA totalement DEPROTONEE

AA Neutre : il n’a pas de grouppement ionisable sur sa chaîne latérale.

 𝑝𝐾𝑎(𝛼𝐶𝑂𝑂𝐻)+𝑝𝐾𝑎(𝛼𝑁𝐻3+)
pHi=
2
Cas particuliers :

Cystéine :

Tyrosine :

COURS

des acide aminé de petite taille, le support est un papier filtre ou de l’acétate de cellulose
pour les m de plus grande taille on utilise des support gélifié .

c’est une électrophorèse qui se fait sur un système horizontale.

La ligne de dépôt est souvent centrée.

Les aa sont séparés en fonction de leur charge à pH donné.

ce sont de m chargés négativement qui vont être échangé.

On fait
couler du liquide dans la colonne ce qui emporte les aa avec le liquide. Cette étape s’appelle le
chargement de la colonne .
 Etape de fixation , les aa ayant une charge complémentaire à la charge du
support se fixent à la colonne . Ceux qui ont une charge identique ne sont
pas retenue et sortent de la colonne avec le flux de tampon . On récupère
en bas de la colonne des factions (petit échantillons dans des tubes) il
peut éventuellement contenir des acides aminés .

Liaisons ioniques ( facilement modifiable notamment par une

modification du pH)

Elution(=étabe de décrochage) : on change le pH du tampon traversant la colonne.

Si pH tampon = pI AA, alors charge AA nulle si pH tampon ≠ pI AA (< pI AA) => alors AA chargé +
La surface du pic est proportionnelle à la quantité d’AA présent dans l’échantillon.

Chromato échangeuse d’ions = quantitative.

4 . PRORPIETES CHIMIQUES

4. 1 . RE ACTIO NS DUE S A LA PRE SE NCE DU GRO UPE ME NT CARB O XYLE

Décarboxylation : on enlève le groupement αCOOH (ou COO-) de l’AA.

Peut se faire de 2 façon

• Chimique = chauffage
• Enzymatique = décarboxylase

3 réactions qui correspondent à la formation de molécule métabolitique qui sont importante au niveau

Estérification = création d’un ester.

4. 2. RE ACTIO NS DUE S A LA PRE SE NCE DU GRO UPE ME NT AMINE

Désamination (= perte du groupement αNH2)

L’acide glutamique perd un NH2 qui part sous forme NH3. On forme de l’acide α-céto-glutarique et le
C* porte une fonction cétone.

On libère de N qui provient notamment du NH2 et en mesurant la quantité d’N libéré est
proportionnelle à la quantité d’AA présent dans un échantillon.

Cours

La transamination est une réaction importante d’un pt de vue métabolitique.

Transamination = transfère d’αNH2 d’un AA vers un acide α-cétonique.

Acide α-cétonique : un C = O en lien avec le C*

On aboutit à la formation d’un acide aminé

NH2 + Aldéhyde = base de Schiff

Liaison peptidique : liaison covalente entre 2 AA. Elle implique αNH2 d’un AA et αCOOH d’un autre
AA

4. 3. RE ACTIO NS DUE AUX GRO UPE ME NTS DE LA CH AINE LATE RALE

Toute les chaînes latérales des AA ne sont pas réactives.

Réactive :
 • Soufrée
• Hydroxylée
• Asparagine et glutamine

ce qui permet de former un pont disulfure = l’association des SH de la cystéine ( réaction d’oxydo -
réduction) (très important dans la structure tertiaire des protéine s.

La présence de groupement TIOLE sur la chaîne latéral va permettre la fixation de métaux ( fer) et de
dérivé de mercure => toxicité (ils se fixent sur les SH => réaction d’oxydoréduction)

Intervient dans la synthèse d’AA

 + ADP

Formation d’ester phosphorique

+ ADP

+ ADP

L’ATP perd un groupement phosphate et vient s’accrocher. = REACTION DE PHOSPHORYLATION

 liaison O-osidique

Réaction post traductionnel. Intervient dans la glycosylation des protéines.

Liaison O-osidique : Elle se fait entre 2 fonctions alcool dont une est portée par un ose ou un dérivé
d’ose. (sur le dessin SER OSE)
 autre tyrosine modifié Tyrosine modifiée

BILAN : propriétés chimiques

• 3 groupement chimiques :
o αCOOH

Décarboxylation : on enlève CO2 ex :

• ser → éthanolamine
• his → histamine
• glu → acide γ aminobuhyrique
• estérification par alcool

o αNH2
▪ Désamination : on enlève NH2 → NH3

ex : désamination oxydative Glu → α cétoglutarique

dosage N2 par méthode Van Slyke

▪ Transamination : transfert NH2 d’un AA vers un AA α cétonique

ex : Formation base de Schiff avec aldéhyde (P de pyridoxal

Détection des AA en présence d’un aldéhyde benzénique => fluo

 ▪ Liaison peptidique = Réaction d’amidation

o Quelques R
▪ Chaîne latérale hydroxylée ( R+ fonction alcool(OH))

ex : phosphorylation (phospho sérine)

O-glycosylation (liaison O-osidique) => glycosylation protéine

▪ R avec fonction amide : N-glycosylation (liaison N-osidique)

▪ R avec soufre

ex : SH cystéine → pont dissulfures , fixation mercure(toxique)/fer

S-CH3 de Met → donneur groupement CH3, Réaction avec CNBr

▪ R= noyau aromatique : réaction de substitution

ex : Tyrosine → H-thyroïdiennes