UNIVERSITE D’ORAN/FACULTE DE MEDECINE

ANNEE UNIVERSITAIRE 2015/2016

CHAPITRE III : LES PROTEINES

A/LES ACIDES AMINES : Propriétés physicochimiques

I. MASSE MOLECULAIRE : JOHN DALTON 1766 – 1844 (suite propriétés physiques).

La masse moléculaire d’un acide aminé varie entre 75 Da pour la glycine et 204 Da pour le

tryptophane. La masse moléculaire moyenne d’un résidu d’acide aminé est de 115 Daltons (Da).

Le Dalton est une unité de masse qui correspond à peu près à la masse d’un atome d’hydrogène

Exprimé en g, 1 Da correspond à environ 1,66 10-24 g.

Quand une protéine est formée de 50 acides aminés on dit qu’elle est composée de 50 résidus

d’acides aminés car il y a eu formation de 49 liaisons peptidiques et donc départ de 49 molécules

d’eau. Il ne reste donc que des acides aminés déshydratés : des résidus.

Une protéine de 50 résidus aura donc une masse moléculaire de 50 x 115 = 5750 Da ou 5,75 kDa .

La masse molaire de la protéine sera 5750 g/mole.

II. SOLUBILITE ET POINT DE FUSION :

La plupart des acides aminés subissent facilement la solvatation par les solvants polaires tels que

l'eau.

Solubles dans les solvants polaires et insolubles dans les solvants apolaires(Benzène, ether).

Il est important de retenir que cette solubilité est largement dépendante des propriétés

de la chaîne latérale: la solubilité diminue avec le nombre d'atomes de carbone du radical, mais

inversement augmente si ce radical R est porteur de fonctions polaires (NH2, COOH)

ou hydrophiles (OH).

• Le point de fusion est élevé> 200°c .

III. STEREOCHIMIE DES ACIDES AMINES

• Les acides aminés, à l’exception du glycocolle, sont doués d’activité optique, c’est-à-dire qu’ils
dévient le plan de la lumière polarisée.

• Cette activité optique signe la présence dans la molécule d’acide aminé d’au moins un atome de
carbone substitué asymétriquement (Cα). c'est donc un centre chiral dont la conformation
définira les stéréo-isomères, isomères optiques à pouvoir rotatoire spécifique opposé.

• chaque acide aminé aura donc deux isomères optiques.

• Pour les acides aminés qui possèdent plus d’un carbone asymétrique, on aura 2ⁿ isomères
optiques( ⁿ: nombre de carbones asymétriques).

 Cas d'acides aminés ayant un deuxième centre chiral

• Le carbone 3 (β) de la thréonine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral : leur énantiomère (L)
existera sous deux formes épimères. On affecte le préfixe "allo" à l'épimère que l'on ne trouve
pas dans les protéines :

• Il existe deux isomères de configurations, le D-amine acide et le L-amine acide, selon que le
groupement aminé porté par Cα est à droite ou à gauche de la chaine carbonée.

• D et L acide aminé sont l’image l’un de l’autre par rapport à un miroir.les deux stéréo-isomères
sont dits les énantiomères.

• Seuls les L-acides aminés sont présents dans les protéines naturels.
IV. PROPRIETES SPECTRALES

• les aminoacides n'absorbent pas la lumière visible, leurs solutions sont incolores.

• Les acides aminés aromatiques absorbent dans l’U.V. entre 260 et 280 nm. Au dessus de 260 nm,
la plus grande partie de l'absorption ultraviolette des protéines provient de leur teneur en
tryptophane et parfois en tyrosine

• La phenylalanine absorbe dans la bande des 260nm.

• La tyrosine et la tryptophane ont un maximum d’absorption vers 280nm.

V . IONISATION DES ACIDES AMINES

• Les acides aminés possèdent au moins deux groupement ionisables, le groupement COOH et le
groupement NH2 primaires ( ils sont amphotères).

• Les aminoacides en solution à pH neutre se trouvent sous forme d’ions dipolaires ou zwitterion.
 Les zwitterions en milieu acide: Le groupement -COO- acquière un proton et la Charge globale de
l ’acide aminé est positive

R R
H3N C COO H3O H3N C COOH H2O
H H
Les zwitterions en milieu basique : Suite à l ’ajout d ’une base plus forte que NH3 comme NaOH,
Le groupement -NH3+ donne son proton et la Charge globale de l ’acide aminé est négative

R R
H3N C COO OH H2N C COO H2O
H H
 • En allant du PH très acide au PH alcalin:

• L’acide aminé perd successivement deux protons(diacide);

il se caractérise par deux canstantes d’ionisations et par conséquent deux PK( PK1 et PK2).

• Le PK1 est compris entre PH2 et PH3, il correspond à la dissociation du groupement COOH.

• Le PK2 est au voisinage de PH10, il correspond à la dissociation du groupement NH3.

• Entre ces deux PK se situe le point isoéléctrique ou Phi pour le quel les charges + et – sont en
équilibre: la charge globale est égale à 0.

• Au Phi , la charge de l’acide aminé est nulle; lorsqu’il est placé dans un champ électrique, il ne
migre pas.

• Si PH ‹ PHi : l’acide aminé est chargé positivement et il migre vers la cathode.

• Si PH> Phi : l’acide aminé est chargé négativement et il migre vers l’anode.

PHi= PK1+PK2/2

En cas d’un acide aminé acide ou basique: troisième PK qui correspond au PK du groupement radical
(PKr) ou (PK3).
Si c’est un acide EX: acide apartique: Phi = PK1 +PKr / 2

Si c’est une base EX:lysine, arginine: Phi = PK2 + PKr / 2

VI. PROPRIETES CHIMIQUES LIEES AU GROUPEMENT COOH

ESTERIFICATION: Par un alcool en présence d’un acide fort

Alcool

Ester

Acide aminée

AMIDIFICATION: Le carboxyle peut former des amides avec les amines.

 Asparagine et glutamine sont deux exemples de dérivés physiologiques formés suivant
cette réaction.

DECARBOXYLATION: sous forme de CO2

Chimique ou enzymatique par une décarboxylase.

Les décarboxylases sont spécifiques de chaque acide aminé.

La décarboxylation est importante en biochimie car elle aboutit aux "amines biologiques"
correspondantes très actives :

Exemples : Histidine décarboxylée en histamine (choc, allergie); 5OH tryptophane décarboxylée en

sérotonine (hypertension).

Peut être utilisé pour le dosage des acides aminés par la mesure du CO2 dégagé.

FORMATION DE SELS: Action d’une base sur COOH.

ACA Base

Sel

VII. PROPRIETES CHIMIQUES LIEES AU GROUPEMENT NH2

DESAMINATION : par l'acide nitreux: dosage des acides amines par la meure du N2 dégagé:
méthode de van slyke
AcA Acide nitreux

Acide alcool

Action de la ninhydrine

Décarboxylation et Désamination oxydative: Certains oxydants attaquent l'acide aminé et réalisent une
désamination associée à une décarboxylation. Au cours de la réaction il y a production de CO2, de NH3 et
d'un aldéhyde ayant un atome de carbone de moins que l'acide aminé dont il provient, avec formation de
ninhydrine reduite( HYDRINDANTINE).

Lorsqu'un acide aminé en solution est chauffé en présence de ninhydrine en excès, il conduit à un
chromophore avec un maximum d'absorption à 570 nm (bleu-violet: : pourpre de RUHEMAN ).

Un iminoacide (Proline et Hydroxtroline) donne un composé jaune 440nm.

La coloration n'est pas spécifique des acides aminés. Elle se produit avec d'autres composés ayant des
groupements amines libres : glucosamine, peptides et protéines.

Cette méthode colorimétrique est une bonne technique pour le dosage d'un acide aminé pur, mais elle
est moins valable pour un dosage global car les acides aminés réagissent en donnant des colorations
d'intensité variable.
Hydrindantine amoniac ninhydrine Pourpre de ruhmann

REACTION DE SANGER: Action du 1fluoro2,4 dinitrobenzene

il se forme un dinitrophényl-acide aminé coloré, donc dosable. Cette réaction peut se

produire lorsque l'acide aminé est incorporé dans une protéine. Si l'on hydrolyse une
protéine on libère des acides aminés et des DNP acides aminés correspondant aux acides
aminés dont les groupes NH2 sont libres dans la protéine (terminaux).
 REACTION D’EDMAN

Elle a lieu avec les isocyanates, en particulier le phénylisothiocyanate (PITC).

• Le PITC est particulièrement utilisé pour déterminer l'enchaînement des acides aminés
dans les peptides : analyse par récurrence des séquences peptidiques.

• Le phénylthiocarbamyl-aminoacide (PTC-AA) résultant est un composé caractéristique de

chaque acide aminé (nature du groupement R). Il est très stable et détectable dans
l'ultraviolet .
DANSYLATION

Action du chlorure de dansyl avec les fonctions aminés.

Donne des dérivés sulfonamides très fluorescents.

Elle est 100 fois plus sensible que la réaction de Sanger.

ACTION DE LA FLUORESCAMINE: Donne des dérivés extrêmement fluorescents.