CHAPITRE 3 : BIOCHIMIE STRUCTURALE

DES
ACIDES AMINÉS ET DES PROTÉINES

Dr SOUDRÉ Fabienne
SOUS-CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINÉS
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
2.1. Ionisations des acides aminés
2.2. Polarité des radicaux
3. Classification des acides aminés en fonction de leur polarité
3.1. Apolaires
3.2. Polaires
4. Principales propriétés biochimiques
4.1.Réactions dues au groupement carboxylique -COOH
4.1.1. Décarboxylation
4.1.2. Formation du groupement amide NH2-CO
4.1.3. Formation de la liaison peptidique -CO-NH-
 4.2. Réactions dues au groupement amine -NH2
4.2.1. Désamination
4.2.2. Transamination
4.3. Réactions dues au radical
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
7.1. Quelques (mono-)amines biogènes
7.1.1. L'histamine
7.1.2. La L-DOPA
7.1.3. Devenirs du tryptophane
7.2. Les hormones thyroïdiennes
7.3. La L-carnitine
7.4. Créatine, créatine~P, créatinine
7.5. L'urée
7.6. Le glutathion
INTRODUCTION

• AA : acides carboxyliques qui possèdent également un

groupe fonctionnel amine.

• Ce sont de petites molécules quaternaires composées de

C, H, O, N qui existent sous plus de 300 formes différentes
dans la nature.

• Seulement 20 d'entre eux rentrent dans la constitution

d'unités monomériques des peptides et des protéines de
l'organisme humain. Ce sont les acides aminés
protéinogènes.
• Certains acides aminés sont aussi :

• cétogènes (ils participent à la formation de corps

cétoniques hépatiques),
• glucoformateurs (ils entrent dans la constitution du
glucose hépatique)
• ou bien encore participent à la formation d'acides gras
dans le foie.
• Ils ont, en outre, un rôle dans la production d'énergie par le
cycle de Krebs et la chaîne respiratoire.
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
1. Structure des acides aminés

• Un acide aminé est un composé possédant une fonction

acide et une fonction basique qui est aminée.

• Autrement dit, ils ont un groupement acide carboxylique (-

COOH) et un groupement amine, généralement primaire (-
NH2).

• Ce motif commun aux 20 acides aminés est porté par le

même carbone: le carbone alpha, d'où le nom d'acide α-
aminés. Il s'agit d'un carbone C asymétrique noté C*.

• Sur ce carbone alpha commun, vient se fixer une chaîne

carbonée : c'est le radical, spécifique à chaque acide
aminé. Seule la proline est un acide α-iminé.
• Le carbone α étant asymétrique, il existe donc 2
stéréoisomères.

• Ce sont des molécules chirales, sur lesquelles on observe le

placement du groupement amine -NH2 à gauche du C*
(quand on place le radical en bas).

• Au sein des acides aminés protéinogènes, c'est la forme L qui

domine( L-acides aminés ).

• Les D-acides aminés existent. Ils sont issus de

transformations diverses au sein de l'organisme :
racémisation, vieillisement, chauffage...
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
2. Propriétés physico-chimiques
• Les acides aminés sont des molécules solubles dans l'eau
donc dans les liquides physiologiques par leurs diverses
propriétés.

2.1. Ionisations des acides aminés

• 2 fonctions ionisables sont portées par le C*, conférant
aux acides aminés leur caractère amphotère.
 A pH acide (saturation en H+), les formes protonées acides dominent.
L'acide aminé est alors un cation (aminoacide chargé positivement)
portant un groupement COOH et un groupement NH3+.

 A pH neutre, les deux groupements sont ionisés donc l'acide est

amphotère. Sa charge globale est nulle, on le nomme Zwiterrion.

 A pH basique (départ maximal des H+), les formes déprotonées

dominent. L'acide aminé est alors un anion (aminoacide chargé
négativement) portant un groupement COO- et un groupement NH2.
• On répertorie 15 des acides aminés comme étant neutres à pH 7.

• Il faut s'intéresser au pHi (pH isoélectrique ou point isoélectrique)

des 5 autres acides aminés pour savoir s'ils sont acides ou basiques.
• Rappel : le pHi est la valeur du pH pour laquelle la solution
d'aminoacides a une charge nulle, ce qui signifie que les acides
aminés sont tous sous la forme de zwitterion.

- Un acide aminé est dit neutre quand son pHi est compris entre 5
et 6.
- Il est dit acide quand son pHi est inférieur ou égal à 4.
- Il est dit basique quand son pHi est supérieur à 7.
• On détermine alors deux aminoacides acides comportant une
fonction acide supplémentaire au sein du radical. Ils sont
dicarboxyliques à pH neutre. Ce sont :

 l'acide aspartique ou aspartate à pHi=2,7

 l'acide glutamique ou glutamate à pHi=3,2.
• De la même façon, on détermine trois aminoacides basiques
comportant une (ou plus) fonction(s) basique(s) supplémentaire(s)
au sein du radical.Ce sont :

 l'histidine à pHi=7,6 (+2N),

 la lysine à pHi=9,7 (+1N),
 l'arginine à pHi=10,7 (+3N).
2.2. Polarité des radicaux

Plusieurs points sont à retenir :

- Les acides aminés possédant une chaîne très polaire car

ionisable (les acides et basiques) sont les plus hydrophiles.

- Les acides aminés possédant une chaîne apolaire

sont fortement hydrophobes.

- Plus l'acide aminé est ramifié, plus il est polaire.

• Acides aminés apolaires :
Valine (Val), Isoleucine (Ile), Leucine (Leu), Methionine
(Met), Proline (Pro), Phénilalanine (Phe), Tryptophane (Trp),
Alanine (Ala), Glycine (Gly).

• Acides aminés polaires non ionisables :

Cystéine (Cys), Tyrosine (Tyr), Serine (Ser), Thréonine
(Thr),Asparagine (Asn), Glutamine (Gln).

• Acides aminés polaires ionisables :

Acide Aspartique (Asp), Acide Glutamique (Glu), Histidine
(His), Lysine (Lys), Arginine (Arg).
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité

3.1. Apolaires

• Ils sont tous neutres, hydrophobes pour la plupart et sont au

nombre de 9.

• Dans l'ordre croissant selon leur poids moléculaire : linéaires,

hétéro-cyclique, cyclique; soit :
Glycine (Gly), Alanine (Ala), Valine (Val), Leucine (Leu),
Isoleucine (Ile), Methionine (Met), Proline (Pro), Phénilalanine (Phe),
Tryptophane (Trp).
3.2. Polaires

En majorité hydrophiles, on retrouve les trois types d'ionisations :

 neutres,
 acides
 basiques.

Dans l'ordre croisant selon leur poids moléculaire :

neutres linéaires non ionisables, neutre cyclique, acide linéaire
ionisable, basique linéaire ionisable, basique hétéro-cyclique; soit :
Serine (Ser), Thréonine (Thr), Cystéine (Cys), Asparagine (Asn),
Glutamine (Gln), Tyrosine (Tyr), Acide Aspartique (Asp), Acide
Glutamique (Glu), Lysine (Lys), Arginine (Arg), Histidine (His).
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
4. Principales propriétés biochimiques
4.1. Réactions dues au groupement carboxylique -COOH
4.1.1. Décarboxylation
• Les réactions de décarboxylation catalysées pas des
décarboxylases spécifiques de l'acide aminé suivent la
réaction générale suivante :
AA --> CO2 + R-CH2-NH2
4.1.2. Formation du groupement amide NH2-CO
• Ce type de réaction concerne donc majoritairement le
glutamate et l'aspartate selon la réaction type :
AA-COO- → AA-CO-NH2
• Cette réaction est catalysée par une synthétase
spécifique (glutamine synthétase par exemple).
4.1.3. Formation de la liaison peptidique -CO-NH-

• Constituant le squelette de la structure primaire des protéines, elle

s'effectue entre le COOH α d'un aminoacide et le NH2 α d'un autre
aminoacide.

• Ainsi, l'enchaînement de 4 à 10 acides aminés de poids

moléculaire inférieur à 100 dal détermine un oligopeptide.
• Un enchaînement de moins de 100 acides aminés et de poids
moléculaire inférieur à 10 000 dal défini un polypeptide.
• Un enchaînement de plus de 100 acides aminés et de poids
moléculaire supérieur à 10 000 dal constitue une protéine.
4.2. Réactions dues au groupement amine -NH2

4.2.1. Désamination

• Cette réaction aboutit à la libération d'ammoniac NH3 sous

forme d’ammoniac libre avec formation du squelette α -
cétoacide correspondant.
4.2.2. Transamination
• Il s'agit du transfert du groupement NH2 d'un acide aminé sur un α-
cétoacide devenant l'acide aminé correspondant.
• Ce type de réaction nécessite un coenzyme, le pyridoxal-P et est
catalysée par une transaminase correspondante.
• Par exemple, l'Alanine a pour α-cétoacide le pyruvate, et l'α-
cétoglutarate correspond au glutamate.
• L'alanine, par l'alanine transaminase (ALAT) et le pyridoxal-P, va
passer son NH2 à l'α- cétoglutarate, donnant la réaction suivante :
Alanine (Ala) + α-cétoglutarate -- ALAT + Pyridoxal-P --> pyruvate +
glutamate.
4.3. Réactions dues au radical

• La réactivité du radical conditionne in vivo les modifications post-

traductionnelles des protéines.

• Selon la nature du radical, une protéine peut par exemple

s'associer à des motifs glucidiques pour former des
glycoprotéines...
• Elles peuvent également être phosphorylées sur les résidus de
Serine (Ser), Thréonine (Thr), Tyrosine (Tyr).
• Cette phosphorylation est très importante car c'est un des
phénoménes réversibles de régulation de certaines protéines.
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
• Les 20 acides aminés protéinogènes sont à fournir en quantité
suffisante par une nutrition équilibrée.
• Mais il existe aussi une synthèse endogène (à partir du glucose)
de 12 des aminoacides protéinogènes pour assurer un apport
satisfaisant à notre organisme.
• Il reste donc 8 acides aminés ne pouvant être qu'apportés par
l'alimentation, il s'agit des acides aminés essentiels :

Valine (Val), Isoleucine (Ile), Leucine (Leu), Lysine (Lys),

Methionine (Met), Phénilalanine (Phe), Tyrosine (Tyr),
Tryptophane (Trp).
• L'absence ou la faible disponibilité d'un Acide Aminé
Essentiel suffit à ralentir voire bloquer la synthèse
protéique.

• un moyen mnémo parmi une multitude : VIL(A) (H)LM PTT

(soit VIL : neutres linéaires ramifiés et apolaires tout trois, PTT
: cycliques tous les trois). Que viennent faire le A de l'arginine
et le H de l'histidine dans ce moyen mnémo me demanderez-
vous! Et bien il s'agit des neuvième et dizième Acides Aminés
Essentiels nécessaires pour avoir les 10 Acides Aminés
Essentiels de l'enfant. Autre moyen donné en amphi : Va
TRipoter Lysine Mais Fais LE Très Isolément.
• Une fois rentré dans l'organisme, ces 20 acides
aminés protéinogènes peuvent suivre deux voies
différentes : le catabolisme énergétique ou
l'anabolisme :

- Le catabolisme énergétique extrait le groupement NH3 et

aboutit à l'obtention de CO2, H20 et ATP.

- L'anabolisme peut mener à la synthèse protéique, à la

synthèse de divers acides aminés non essentiels, à la
synthèse de dérivés azotés non protéiques.
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
6. Description des 20 acides aminés
La classification selon la polarité de la chaîne latérale R est utile
quant à la structure tridimensionnelle des protéines et quant aux
modes d’association des protéines avec d’autres molécules:
• les aa à chaine latérale polaire non ionisables contractent des
liaisons hydrogènes
• les aa à chaine latérale non polaire contractent des liaisons
hydrophobes
• tous les aa, par leur chaine latérale, peuvent contracter des
liaisons de van der Waals
Rappels: types de liaisons
 SOMMAIRE

1. Structure des acides aminés

2. Propriétés physico-chimiques
3. Classification des acides aminés en fonction de leur
polarité
4. Principales propriétés biochimiques
5. Rôles métaboliques des aminoacides
6. Description des 20 acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
7. Quelques dérivés des acides aminés
7.1. Quelques (mono-)amines biogènes
7.1.1. L'histamine
• L'histidine, médiateur chimique à action locale de l'allergie,
est décarboxylée par l'His-décarboxylase en histamine
ayant un rôle dans les réactions allergiques et
inflammatoires.
7.1.2. La L-DOPA
• La Di-Hydroxy-phényl-alanine est décarboxylée en Dopamine
par la DOPA-décarboxylase.
• Elle est hydroxylée par la dopamine β-hydroxyalse en Nor-
adrénaline. Au niveau de la glande médullo-surrénale, la Nor-
adrénaline est méthylée en Adrénaline, hormone du stress.
7.1.3. Devenirs du tryptophane
• Il peut être décarboxylé en tryptamine, vasoconstrictrice
et hypertensive.

• Ou il peut être hydroxylé en 5-OH-tryptophane qui subit une

décarboxylation pour donner la 5-OH-tryptamine ou
sérotonine, neurotransmetteur agissant dans les
mécanisme nerveux du sommeil et de l'humeur.

• Une acétylation dans l'épiphyse transforme la sérotonine en

mélatonine. Cette sécrétion augmente avec l'obscurité
(selon un cycle circadien) pour favoriser l'endormissement.
7.2. Les hormones thyroïdiennes
• La condensation de deux tyrosines donne la thyronine,
précurseur de 2 hormones actives : tri-iodothyronine et
tétra- iodothyronine.

• En fait il s'agit d'une fixation progressive de l'iode

alimentaire exogène sous forme ionisée I- par la glande
thyroïde sur la thyronine.

• La première fixation aboutit à la T3 ou tri-iodothyronine et une

seconde iodation donne la thyroxine ou T4 qui représente
80% des hormones thyroïdiennes et est indispensable à la
croissance et au développement cérébral du nourrisson.
7.3. La L-carnitine
• Ce dérivé est très important puisqu'en charge du transport
des acides gras à chaînes longues (plus de 12 carbones) du
cytosol vers la mitochondrie.
• Elle est donc ubiquitaire et un tel besoin est assuré par une
double origine.
 La première origine est exogène, il s'agit de notre
alimentation carnée (de la viande).
 La deuxième source de L-carnitine est endogène : synthèse
à partir de la Lysine et de la Méthionine.
7.4. Créatine, créatine~P, créatinine
• La créatine est synthétisée dans le foie à partir de trois
acides aminés : Arginine (Arg), Glycine (Gly),
Methionine (Met).

• Une fois en circulation sanguine, cette créatine va, au sein des

muscles, subir une phosphorylation sur le NH2 de l'ex Arginine
(Arg).
• Cette phosphorylation est réalisée par la créatine-P kinase
(CPK) selon la réaction suivante :
créatine + ATP --> ADP + créatine~P.
• Cette liaison est fortement énergétique (11000 cal).
• Dans un second temps, toujours dans le muscle, la
créatine~P est cyclisée en créatinine par déshydratation
entre l'ex Arginine (Arg) et l'ex Glycine (Gly).

• Enfin, la créatinine est excrétée par les reins dans l'urine.

• Les taux de créatinine sanguine et urinaire sont faibles et
constants.
• Ils sont proportionnels à la masse musculaire de l'individu et
ils sont donc à la base de l'évaluation de la fonction
rénale d'un organisme.
7.5. L'urée
• C'est l'ultime produit du catabolisme azoté des acides
aminés exogènes et endogènes.
• Dans le foie, on observe la synthèse de l'urée à partir de NH3
par le cycle de l'uréogenèse.
• On obtient ainsi cette petite molécule (poids moléculaire
=60) à la formule simple : H2N-CO-NH2.
• Contrairement à la créatinine, les taux sanguins et urinaires de
l'urée sont élevés et surtout sont variables en fonction de
multiples facteurs : alimentation, hydratation, fonction
hépatique... Par conséquent ces dosages sont moins
spécifiques pour évaluer la fonction rénale.
• L'urée n'est pas toxique.
7.6. Le glutathion
• Cette petite molécule intracellulaire est un tripeptide : γ-
glutamyl- cystéinyl-glycocolle.
• D'un point de vue structural, il y a une liaison peptidoïde entre
le Glutamate et la Cystéine puis une liaison peptidique entre
la cystéine et le glycocolle.
• Le groupement thiol SH de la cystéine centrale est capable
d'oxydoréduction, phénomène observé dans le globule rouge.
Cette oxydoréduction fait passer la cystéine à l'état de cystine
soit :
2 G-SH (réduit) --> G-S-S-G (oxydé).
SOUS-CHAPITRE 2 : LES PROTEINES

DESCRIPTION STRUCTURALE ET FONCTIONNELLE

 SOMMAIRE
1. Définition
2. Structure des protéines
2.1. Structure primaire
2.2. Structure secondaire
2.3. Structure tertiaire
2.4. Structure quaternaire
3. Classification des protéines
3.1. Protéines fibreuses
3.2. Protéines globulaires
3.2.1. Protéines globulaires solubles
3.2.2. Protéines membranaires
4. Modifications co-traductionnelles et post-traductionnelles
des protéines
4.1. Modifications non enzymatiques
4.1.1. Glycation
4.1.2. Oxydation
 SOMMAIRE

4.2. Modifications enzymatiques

4.2.1. Glycosylation des protéines
4.2.2. Acylation des protéines
4.3. Modifications post-traductionnelles régulant l'activité
biologique
4.3.1.Par clivage protéolytique limité
4.3.2. Par phosphorylation/déphosphorylation
1. Définition

• Les protéines sont des macromolécules biologiques

présentes dans toutes les cellules vivantes.

• Elle sont formées d’une ou de plusieurs chaînes

polypeptidiques.

• Chacune de ces chaînes est constituée de

l’enchainement de résidus d’acides aminés liés entre
eux par des liaisons peptidiques.
2. Structure des protéines

• Structure primaire
• Structure secondaire
• Structure tertiaire
• Parfois structure quaternaire
2.1. Structure primaire (code génétique, liaison peptidique)

• Séquence linéaire d’AA d’une chaîne protéique

 Conformation tridimensionnelle des protéines
• Chaque protéine a une structure tridimensionnelle et une
conformation qui lui est propre établie et maintenue par des liaisons
autres que la liaison peptidique (structure primaire).
• Chaque protéine native a :
-Structure secondaire
-Structure tertiaire
-Structure quaternaire pour certaines
 Liaisons intervenant dans la structure tridimensionnelle
-Liaisons ioniques (saline)
-Liaisons hydrogène
-Liaisons hydrophobes
-Liaisons disulfure (pont disulfure)
2.2. Structure secondaire :
- configuration spatiale d’une séquence courte (10 à 30 résidus
d’aa) d’une chaîne polypeptidique
- stabilisée par des liaisons peptidiques entre –CO et –NH
formés à intervalles réguliers à l’intérieur de la chaîne
- un peptide peut avoir plusieurs structures 2aires
- 4 principales formes de structures 2aires
Hélice α
Feuillet plissé β
Coude β
Pelote statistique
• L’hélice alpha est une
structure secondaire
courante des
protéines.
• Elle est formée par
l’enroulement régulier
sur elle-même d’une
chaîne polypeptidique
de forme hélicoïdale.
• Le feuillet bêta ou feuillet plissé β est la deuxième forme de
structure secondaire régulière observée dans les protéines,
avec une fréquence plus faible que les hélices α.

• Les feuillets β sont constitués de brins bêta reliés latéralement

par au moins deux ou trois liaisons hydrogène entre des
atomes du squelette carboné de la chaîne polypeptidique pour
former un plan plissé.
Feuillet plissé β parallèle

Feuillet plissé β antiparallèle

Un coude est un élément de la structure secondaire des
protéines, caractérisé par un changement de direction de la
chaîne polypeptidique.
• La pelote statistique est une conformation d’un polymère dans
laquelle les unités monomères sont orientées de façon
aléatoire, en étant néanmoins liées aux unités adjacentes.
2.3. Structure tertiaire :
- définie par le repliement sur elle-même de la chaîne
polypeptidiques d’une protéine globulaire (non dans le cas des protéines
fibreuses),
- repliement stabilisé par:
 liaisons covalentes (ponts disulfures)
 liaisons non covalentes: H, van der Waals, hydrophobes, ioniques
 2.4. Structure quaternaire
• C’est l’association de plusieurs chaînes polypeptidiques ayant
chacune une structure secondaire et tertiaire formant des di, tri,
tétramères
• Structure quaternaires stabilisées par des liaisons H, hydrophobes,
ioniques
• Obligatoire pour l’activité biologique ( Hb, Enzymes)
Déterminisme de la conformation tridimensionnelle
Déterminisme de la conformation tridimensionnelle
Déterminisme de la conformation tridimensionnelle
3. Classification des protéines
3.1. Protéines fibreuses

• Encore appelées protéines fibrillaires, elles constituent un

tiers des protéines des vertébrés supérieurs.
• Elles ont une fonction dans la protection externe en étant les
composants majeurs des couches les plus externes de la
peau, des ongles, cheveux, cornes.
• Elles interviennent aussi dans l'architecture des organismes
par l'importance de leur présence dans les tissus
conjonctifs, les tendons, les cartilages, les os, parfois
dans le squelette intracellulaire (kératine).
• Elles participent aussi à la mobilité cellulaire (myosine,
tropomyosine).
• Quelques protéines fibreuses participeront à des processus
physiologiques comme la coagulation sanguine (c'est le cas
du fibrinogène par exemple).
• Elles sont majoritairement insolubles ou peu solubles dans
l'eau.
• Les protéines fibreuses se distinguent des protéines
globulaires par la monotonie de leur structure secondaire:
elles ne comportent qu'un motif sur toute la longueur de leur
chaîne. Les structures tertiaires et quaternaires ne les
concernent donc pas.
• Elles compensent ce déficit en se juxtaposant pour créer
des architectures dite de "degré d'organisation
supérieur".
3.2. Protéines globulaires
• Elles se différencient des protéines fibreuses par :

̵ une structure primaire présentant la plupart des 20 acides

aminés protéinogènes, donc variée,

̵ une structure secondaire tout aussi riche et diversifiée,

̵ une structure tertiaire lui conférant la configuration spatiale

nécessaire à sa fonction biologique,

̵ une structure quaternaire facultative mais à rôle biologique

quand elle est présente.
3.2.1. Protéines globulaires solubles

• Ou sphéroprotéines

• Constituent l’une des 3 principales classes de protéines à

côté des protéines fibreuses et des protéines membranaires.

• Elles sont solubles dans l’eau grâce à leurs nombreux

groupements hydroxyles pouvant lier leur H avec l’O de l’eau
en formant une liaison hydrogène

• Elles comprennent les enzymes, les hormones, les anticorps,

l’hémoglobine…
3.2.2. Protéines membranaires
• 50% de la masse d'une membrane plasmatique est
constituée par les protéines.

• Deux types de protéines membranaires existent :

 les protéines périphériques, en contact avec une seule

face de la membrane,
  les protéines intégrales, transmembranaires. Elles
comportent une zone hydrophobe transmembranaire
(chaînes latérales hydrophobes non polaires), une zone
extra-membranaire
polaire et hydrophile, une zone intra-membranaire polaire
et hydrophile.

• Les protéines membranaires traversant plusieurs fois

la membrane ont une chaîne polypeptidique faite
d'une série d'hélice α hydrophobes.
4. Modifications co-traductionnelles et post-traductionnelles
des protéines

• Certaines protéines nécessitent, suite à leur synthèse, des

modifications pour acquérir leur activité biologique (ou être
inactivées) dans leur conformation spatiale ou leur
composition.

• Ces modifications seront co- ou post-traductionnelles,

enzymatiques ou non, réversibles ou non.
4.1. Modifications non enzymatiques
4.1.1. Glycation
• NON enzymatique, elle concerne toutes les protéines et
augmente avec la glycémie (plus forte disponibilité en oses).
• Les fonctions amines des protéines longtemps exposées au
glucose extracellulaire vont être glyquées.
• La première étape du processus est la formation réversible
d'une base de Schiff.
• Le réarrangement d'Amadori la rend stable.
• Le dosage de l'hémoglobine glyquée (durée de vie des
globules rouges : 3 mois) permet ainsi la mesure d'une
glycémie sur trois mois permettant le suivi thérapeutique des
diabétiques.
• Ce processus n'est pas à confondre avec la glycosylation,
processus enzymatique d'ajout de glucide à une protéine
dans des conditions physiologiques cellulaires normales.
4.1.2. Oxydation

• C'est un phénomène à ne pas négliger car responsable

de l'accumulation de protéines endommagées et
parfois non fonctionnelles.

• Cette oxydation de certains radicaux est irréversible

sauf pour la méthionine.

• Elle sera oxydée en méthionine sulfoxyde mais pourra

enzymatiquement être régénérée.
4.2. Modifications enzymatiques
4.2.1. Glycosylation des protéines
• C'est l'une des plus importantes modifications post-
traductionnelles.
• Sont particulièrement concernées les protéines sécrétées et
les protéines membranaires.
• Elle semblerait protéger des protéases et joue un rôle dans la
fonction biologique de la protéine.
• La N-glycosylation est co-traductionnelle et se déroule dans
le réticulum endoplasmique.
• Elle se fait avec la fonction amide de l'asparagine, asparagine
localisée dans un séquence particulière.
• Une "copule glucidique" est formé par les glucides ajoutés,
il s'agit d'un oligosaccharide aux tailles et formes variables.
• Ces copules ont toujours un motif commun, le pentasaccharide :
N-acétylglucosamine -- N-acétylglucosamine -- mannose -- 2
mannoses

• La O-glycosylation est post-traductionnelle et s'effectue dans le golgi

trans.
• L'accepteur glucidique sera le radical d'une sérine ou thréonine, voire
d'une 5-hydroxylysine pour les collagènes.
• Le premier ose fixé est toujours une N- acétylgalactosamine.
• On peut ajouter jusqu'à 15 oses différents.
• Elle s'effectue sur un grand nombre d'accepteurs situés dans une
même région.
• Parfois cette glycosylation peut aboutir à des protéines dont
50% du poids moléculaire correspond à des oses.
• C'est par exemple le cas des mucines au rôle protecteur des
muqueuses aériennes et digestives.
• Une telle importance en glycane les rend très hydrophiles et
résistantes aux enzymes protéolytiques.

• La glycosylation, en outre, participe activement à la

reconnaissance entre cellules, à la structure des récepteurs
des membranes plasmiques, à l'adressage des protéines
vers leur destination cellulaire définitive.
4.2.2. Acylation des protéines

C'est la fixation d'un lipide. 4 types existent :

 myristoylation: +1 acide myristique,

 palmitoylation: +1 acide palmitique,

 glypiation: +1 phosphatidylinositol,

 farnésylation ou géranylation: +1 dérivé de chaînon

isoprène comme le farnésyl (15C) ou le géranyl.
• Cette fixation se fait avec des enzymes spécifiques de l'acide
aminé accepteur et du lipide.

• Les acides aminés accepteurs ne sont pas toujours les

mêmes mais varient en fonction de la copule lipidique à
ajouter.

• Elle est soit co-traductionnelle et se déroulera dans le

réticulum endoplasmique, soit post- traductionnelle et se
déroulera dans le golgi cis.

• Cette acylation permettra l'ancrage à la face interne ou

externe des membranes plasmiques ou aux membranes des
organites intracellulaires, selon la copule.
4.3. Modifications post-traductionnelles régulant l'activité
biologique

4.3.1. Par clivage protéolytique limité

• Irréversibles, ces réactions peuvent activer ou inactiver des

protéines.

• Ce clivage provoque des changements de conformation créant

l'apparition ou disparition des propriétés biologiques.
• Ce clivage s'effectue sur une liaison sensible séparant le peptide
inhibiteur/activateur du reste de la protéine, permettant ainsi un
remaniement de la structure tertaire (modifications des liaisons H et
de van der walls).
• Ce type de régulation est présent dans de nombreux
mécanismes cellulaires et extracellulaires.
• Citons par exemple le "zymogène" forme inactive d'enzymes
digestives protéolytiques :
 pepsine,
 trypsine,
 chymotrypsine
• L'enzyme deviendra active en arrivant dans le tube digestif.
• On retrouvera également ce type de régulation dans les
systèmes du complément, de la coagulation, de
l'angiotensine.
4.3.2. Par phosphorylation/déphosphorylation

• Réversible, la fixation par liaison covalente d'un

groupement phosphate (sur un groupement OH du radical
de Ser, Thr ou Tyr) peut activer ou inhiber l'activité
biologique d'une protéine.
• C'est une protéine kinase qui phosphoryle.
• La déphosphorylation est réalisée par une
phosphatase. Cette modification chimique est
secondaire.
• C'est son influence par modification des charges
électriques des atomes et remaniement des liaisons H,
forces de Van der Walls et liaisons ioniques qui importe.

• Ce changement de conformation va influencer l'affinité

de la protéine pour son ligand.

• On retrouve ce mode de régulation dans beaucoup de

réactions du métabolisme cellulaire.