Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

Faculté de Médecine Ibn El Jazzar Sousse

Structure et Propriétés Des Acides

Aminés
Thème 4: Biochimie Structurale

Conçu et Elaboré par : Dr. Amira ZAÏRI

zairi_amira@yahoo.fr

Faculté de Médecine 2019-2020

 Objectifs du cours

Ce cours vous permettra de :

 Définir les acides aminés protéinogènes

 Classer les 21 acides aminés et reconnaitre leur structure

 Citer les acides aminés essentiels chez l’homme

 Connaitre l’importance biologique de certains acides amines non protéinogènes

 Définir le pH isoélectrique d’un acide aminé

 Décrire les propriétés physicochimiques des acides aminés

 Donner le principe de quelques techniques de séparation des acides aminés

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Plan du cours
I- Généralités et Importance Biomédicale : ................................................................ 4
I.1 Définition et Structure.............................................................................................. 4
I.2 Caractéristiques ......................................................................................................... 5

II- Les Acides Aminés Protéinogènes ........................................................................... 6

II.1 Codage des 21 Acides Aminés (Code à 1 et à 3 lettres)....................................... 6
II.2 Rôles Biologiques Des Acides Aminés Protéinogènes ........................................ 6
II.3 Classification des Acides Aminés :......................................................................... 7
II.3.1 Les Acides Aminés chargés:............................................................................. 9
II.3.2 Les Acides Aminés polaires non chargés..................................................... 10
II.3.3 Les Acides Aminés apolaires ......................................................................... 10
II.3.4 Les Acides Aminés spécifiques...................................................................... 12
II.4 Origine des Acides Aminés ................................................................................... 14
II.5 Autres Acides Aminés............................................................................................ 14

III- Propriétés Physiques des Acides Aminés............................................................. 15

III.1 Stéréiosomérie ......................................................................................................... 15
III.2 Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés ................................................................. 17
III.3 3- Propriétés Spectrales .......................................................................................... 17

IV- Propriétés Chimiques des Acides Aminés ........................................................... 18

IV.1 Solubilité des Acides Aminés................................................................................ 18
IV.2 Caractère amphotère .............................................................................................. 19
IV.3 Point Isoélectrique (pHi) ........................................................................................ 19
IV.4 Le PKa....................................................................................................................... 20

V- Méthodes d’analyse des Acides Aminés............................................................... 22

V.1 Méthodes Chromatographiques ........................................................................... 22
V.1.1 Chromatographie sur papier ......................................................................... 22
V.1.2 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................... 23
V.2 Méthodes électrophorètiques ................................................................................ 24
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I- Généralités et Importance Biomédicale:

I.1 Définition et Structure

Les Acides Aminés (AA) sont des petites molécules organiques composées de :
- 2 fonctions : amine primaire (NH2) et 1 acide carboxylique (COOH) portées par
fonction le carbone α. (Attention: La proline possède une fonction aminé secondaire *)
amine
primaire et - Un squelette carboné
fonction acide
carboxylique - Une chaine latérale : spécifique de chaque AA, varie selon la taille, charge, pola-
= acide aminé rité, hydrophobicité, réactivité chimique, aliphatique* ou aromatique*
squelette
carboné
chaine
latérale qui
estspécifique Rappel
de chaque AA
et variante
selon la taille *Les amines Iaire, IIaire et IIIaire
lacharge la
polarité ,
hydrophobicité
réactivité
chimique
aliphatique ou
aromatique
*Composé aliphatique: ayant au moins une liaison C-H ; qui peut être
linéaire, avec des chaînes latérale, ou cyclique mais qui n'est pas aromatique.
*Composé aromatique: composé comprenant au moins un système cy-
clique plan possédant 4n+2 électron. Ex : le benzène

Figure 1 : Structure de base des acides aminés (AA)

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I.2 Caractéristiques :
 Il existe plus de 300 formes différentes d’AA dans la nature
 Seulement 21 Acides aminés sont Protéinogènes: éléments de base des protéines
incorporés dans la synthèse ribosomale. Ils sont à l’origine de la forme et de la
fonction des protéines.
 Ils sont aussi importants car ils :
-Interviennent dans la formation des Lipides, Glucides
-Produisent de l’énergie
 La Masse moléculaire moyenne d’un AA= 110 Da (permet de calculer la masse
d’une protéine de façon approximative). Ex: Glycine = 57 Da: + petit, Trypto-
phane = 186 Da: + grand.
 Il existe aussi des acides β, γ-aminé mais non protéinogènes. La dénomination α,
β ou γ dépend du carbone où est fixé NH2 (Figure1).

Dans la cellule les AA peuvent être à l’état libre ou de biopolymères (peptides

ou protéines). Les différentes catégories d’AA : les differents catégories d'AA
 AA étant dans les protéines, et étant capables de participer in vivo à la syn-
thèse de ces protéines : Ce sont à la fois des constituants et des précurseurs des pro-
téines.
 AA étant dans les protéines uniquement après leur biosynthèse (car ils ne se
forment qu'après incorporation d’un autre acide aminé et modification chimique).
 AA n'existant qu'à l'état libre :
- Neurotransmetteurs: histamine (dérivé de l’histidine), sérotonine (dérivé du
tryptophane), acide γ-aminobutyrique (dérivé de l’acide glutamique) (voir p
à apprendre za3Ma ? 9)
- Hormones: adrénaline et dopamine (dérivés de la tyrosine) (voir p 11)
- Précurseurs métaboliques: citrulline (précurseur de l’arginine) sarcosine (pré-
curseur de la glycine).
les intermédiaires métaboliques
- Intermédiaires métaboliques : ornithine, homocystéine, homosérine...
 AA ayant des rôles à l’état libre en plus de leur fonction protéique : Neuro-
transmetteurs et neuromédiateurs : glycine, glutamate, aspartate.

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II- Les Acides Aminés Protéinogènes

II.1 Codage des 21 Acides Aminés (Code à 1 et à 3 lettres).

Les noms de ces 21 aminoacides, dont le dernier à être caractérisé fut la thréonine
en 1935, n'obéissent à aucune nomenclature et évoquent soit leurs sources, soit leurs
propriétés physiques ou encore un quelconque caractère analytique. Des abréviations à
trois lettres ou à une lettre peuvent être utilisées pour les définir (Tableau 1).

II.2 Rôles Biologiques Des Acides Aminés Protéinogènes

Certains des AA ont, en plus de leur caractère protéinogène, des fonctions sous leur
forme libre :
- Action biologique :
 Gly, Glu : neurotransmetteurs
 Gln : Détoxification
- Substrats énergétiques : Ile, Ala
- Précurseurs de molécules :
 Intermédiaires métaboliques : Arg, Gly, Gln.
 Hormones : Phe, Tyr (catécholamines, mélanine et hormones thyroïdiennes)

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 Nucléotides puriques et pyrimidiques : Asp et Gln

 Coenzymes : Trp donne le nicotinamide dans le NAD (Nicotinamide Adenine
Dinucléotide)

II.3 Classification des Acides Aminés:

Elle se fait soit :
 Selon la structure de la chaine latérale R:
- R aliphatique: Linéaire : Gly, Ala et Ramifié: Val, Leu, Isl
- R alcool: Ser, Thr.
- R soufrée : Cys, Met.
- R acide et amide correspondante: Asp et Asn, Glu et Gln
- R basique: Lys, Arg, His.
- R cyclique: Aromatique: Phe, Tyr, Trp; hétérocycle: Pro.
 Selon la polarité de la chaine latérale R (Celle adoptée dans ce cours):
- R apolaire : Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp. R apolaire: Ala , Val , Leu, Ile , Met ,
Phe , Trp.
- R polaire non chargé : Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr. R polaire non chargé : Ser, Thr, Asn ,
- R polaire: acide : Asp, Glu; basique: Arg, Lys, His. Gln , Tyr.
R polaire acide : ASp , Glu ; basique:
- R spécifique: Pro, Gly, Sec, Cys. Arg, Lys, His.
R Spécifique : Pro , Gly , Sec , Cys

Rappel : La Polarité
Apolaire Polaire non chargé Polaire chargé

La polarité est la répartition des charges dans une molécule. En fonction de la

différence d'électronégativité (ΔE) entre les atomes, la liaison interatomique varie
entre deux extrêmes :
 Si ΔE =0 ou très faible, les charges partielles sont nulles (δ = 0) et la liaison est
complètement apolaire : le doublet électronique est réparti équitablement
entre les atomes, la liaison est dite covalente.
 Si ΔE est très grande (> 1,7), les charges partielles deviennent formelles, la
liaison perd de son caractère covalent pour tendre vers une liaison ionique
pure : la molécule est polaire chargée (Les ions).
 Si ΔE est intermédiaire (entre 0,4 et 1,7), La molécule est polaire et non
chargée (Les charges sont partielles et non formelles). 7
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Sélénocystéine
(Sec)

Figure 2 : Classification des acides aminés : Ils peuvent être classés: -1- selon la
structure de la chaine latérale - a - Aliphatique: (hydrocarbonés) 5 AA: -linéaire :
gly-ala; -ramifié: val, leu, isl -à fonction alcool: ser, thr. -à fonction soufrée 2AA: cys,
met -à fonction acide et amide correspondante 4AA: asp, Asn, Glu et Gln fonction
basique 3AA: lys, arg, his. -b – cyclique: -Aromatique: phe, tyr, trp -hétérocycle: pro -
2- selon la polarité de la chaine latérale R: polaires et non polaires:

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II.3.1 Les Acides Aminés chargés:

NB : Toutes les R sont encadrées en rouge ; E = essentiel

 Acide aspartique (Asp, D) :

- Polaire et R Ionisable
- Le plus acide des AA
- Intermédiaire pour la biosynthèse des bases pyrimidines (cytosine,
thymine, uracile), et pour la néoglucogenèse (Synthèse du glucose).

 Acide glutamique (Glu, E) :

- Polaire et R Ionisable
- Neurotransmetteur excitateur du Système Nerveux Central (SNC)
- A l’état libre : Rôle important dans l’apprentissage et la mémorisation

 Lysine (Lys, K):

- Fonction amine supplémentaire: Basique
- Polaire et R Ionisable
- Hydroxylation possible en 5-hydroxylysine via lysine hydroxylase
- Elle peut subir beaucoup de modifications

 Arginine (Arg, R) :
- Groupement guanidium
- Polaire et R Ionisable
- Fortement basique
- Provient de la citrulline (voir p 15)
- Précurseur métabolique de la créatine (fonctionnement muscle) et de l’oxyde
nitrique (dilatation vaisseaux)

 Histidine (His, H) :
- Groupement imidazole
- Polaire et R Ionisable
- Synthétisé à partir du ribose 5-phosphate
- Rôle important dans la structure et le fonctionnement de certaines protéines
tels que les Métalloprotéines.
- Elle permet la formation de liaisons de coordinations avec certains ions métal-
liques : Ex : Hémoglobine, myoglobine...
- Précurseur de l’histamine (responsable du mécanisme de l’allergie) et de la car-
nosine (présente dans le muscle squelettique, dans les tissus nerveux et dans le muscle
cardiaque)
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II.3.2 Les Acides Aminés polaires non chargés

 Sérine (Ser, S):
- Alcool primaire
- Polaire
- Synthétisé à partir du 3-phosphoglycérate
- Homologue hydroxylé de l’alanine
- Groupement hydroxyle phosphorylable par une sérine-thréonine kinase
- Cible de O-glycosylation sur -OH (Liaison d’un glucide sur une protéine)

 Thréonine (Thr, T):

- Alcool secondaire
- Polaire
- Homologue hydroxylé de la valine
- Groupement hydroxyle phosphorylable par une sérine-thréonine kinase
- Cible de O-glycosylation

Ces 2 AA (Ser + Thr) sont impliqués dans beaucoup de modifications post

traductionnelles (Addition de plusieurs groupements).

 Glutamine (Gln, Q):

- Fonction amide
- Polaire
- AA le plus abondant dans l’organisme
- Produit à partir de l’acide glutamique par la glutamine synthétase
- Donneur d’azote très important pour bases puriques et pyrimidiques.
- A l’état libre : Rôle de détoxification après l’effort

 Asparagine (Asn, N) :
- Fonction amide
- Polaire
- Produit à partir de l’acide aspartique par l’asparagine synthétase
- Cible de N-glycosylation (ajout du groupement glucidique sur le NH 2)

II.3.3 Les Acides Aminés apolaires

 Alanine (Ala, A):
- R= CH3 (méthyle)
- Apolaire
- Formé à partir du glutamate dans les cellules musculaires

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 Valine (Val, V):

- R= CH-(CH3)2 (isopropyle)
- Apolaire
- Retrouvés dans de nombreux nutriments

 Leucine (Leu, L):

- R=CH2-CH-(CH3)2 (isobutyle)
- Apolaire
- Edulcorant (produit ayant un gout sucré)
- Anabolisant : Facilite la synthèse musculaire
- Le plus fréquent dans les chaînes polypeptidiques

 Isoleucine (Isl, I) :
- R= CH-(CH3)2 (butyle secondaire)
- Apolaire
- Source importante d’énergie (à l’état libre) pour le muscle, aug-
mente l’endurance.
- Stabilise et régule le niveau de glucose dans le sang
- Nécessaire à la formation de l’Hémoglobine

 Phénylalanine :
- Noyau benzène
- Apolaire
- Absorbe dans les UV à 257 nm (voir III-3)
- Précurseur de la tyrosine par la phénylalanine hydroxylase

 Tryptophane :
- Noyau indole
- Apolaire
- Absorbe dans les UV à 280 nm (voir III-3).
- Précurseur de la mélatonine (hormone du sommeil), du nicotinamide (cons-
tituant du NAD : Coenzyme d’oxydoréduction) et de la sérotonine (neuro-
transmetteur)
- Déficit en tryptophane entraine la pellagre : Une maladie due à un pro-
blème de malnutrition

 Tyrosine (Son classement reste controversé) :

- Noyau phénol
- Faiblement polaire, relativement hydrophobe (c’est pourquoi elle est
considérée comme apolaire)
- Ionisable mais non ionisé à pH physiologique
- Absorbe dans les UV à 275 nm (voir III-3
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-
- Formé à partir de la phénylalanine par hydroxylation par une enzyme hydroxylase :
- Précurseur des catécholamines (ex : adrénaline) via l’action d’une tyrosine hydroxylase, de
la mélanine et des hormones thyroïdiennes.
- Cible de phosphorylation par des kinases (Enzymes spécifiques de la phosphorylation)
- Si tyrosinase affectée (enzyme formant la DOPA à partir de la tyrosine dans les mélano-
cytes)  pas de production de mélanine Albinisme .

Phénylcétonurie :
- Pathologie due à un déficit en phénylalanine-hydroxylase (dys-
fonctionnement génétique)
 Arrêt de la transformation de F en Y, accumulation de F dans le
sang va se transformer en acide phénylpurivique : toxique pour le SNC

 Méthionine :
- Fonction thioether
- Apolaire
- Codée par AUG (codon start) en N Ter de chaque protéine (elle est donc le
premier AA des séquences protéiques), elle est ensuite clivée

II.3.4 Les Acides Aminés spécifiques

NB : Il s’agit d’un groupe d’AA ayant des R spécifiques d’où leur classification

 Glycine (Gly, G):

- R = H ( très simple par rapport aux autres R des AA)
- Le plus petit
- Apolaire
- Se trouve dans le muscle
- Pas de pouvoir rotatoire car pas de Cα (carbone asymétrique) (voir p 16)
- Légèrement hydrophobe
- Intermédiaire important au-delà de sa fonction protéinogène : Précurseur de
nombreuses molécules (porphyrine dans l’Hémoglobine)
- A l’état libre : neurotransmetteur inhibiteur
- Edulcorant dans l’agro-alimentaire

 Cystéine (Cys, C):

- R : Fonction thiol
- Polaire
- Ionisable mais non ionisé à pH physiologique.
- Formé à partir de la méthionine chez l’homme
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- Formation des ponts disulfures (S-S) : 2 cystéines se dimérisent par oxydation de la fonc-
tion thiol pour former une cystine (en présence d’O)
 Les ponts S-S : Liaison covalente influençant la structure 3D de la protéine et donc sa
fonction.

 Sélenocystéine (Sec, U).

- Il s’agit d’un AA acide rare
- Analogue structural de la cystéine/Sérine: Sélénium à la place de soufre ou de l’oxygène
- Incorporé dans les protéines par le codon UGA, qui est un codon stop !
- Présent dans des protéines : Sélénoprotéines. La transformation se fait directement sur
l’ARNt au moment de la traduction.
- Certaines Sélénoprotéines ont un rôle dans la contraction musculaire. Si mutation : dys-
trophie musculaire congénitale + Myopathie

Sec, U

 Proline (Pro, P) :
- Seul AA avec une amine secondaire (Carbone α inclus dans le cycle)
- Noyau pyrrolidique
- Apolaire
-Influence la structure des protéines : lui confère sa rigidité.
- A l’origine d’une protéine de structure importante pour l’organisme : Le Collagène.

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- Cible de modifications post traductionnelles : hydroxylation (ajout d’un groupement -OH)

par la proline hydroxylase pour former la 4-hydroxyproline qui possède un rôle impor-
tant dans la résistance du collagène.

Un déficit en Vit. C  Diminution de la formation de la 4- hydroxy-

proline  Pathologie du scorbut
Scorbut : Maladie historique occasionnée par une carence sévère en vit
C (acide ascorbique) qui se traduit chez l'être humain, dans sa forme
grave, par un déchaussement des dents et la purulence des gencives, des
hémorragies, puis la mort.

II.4 Origine des Acides Aminés

Sur les 21 AA, 13 sont fournis par des produits intermédiaires du métabolisme, et
8 sont Essentiels = Indispensables. Leur synthèse n’est pas possible par l’organisme (ou
insuffisante) :et ils doivent donc être apportés par l’alimentation.
Il est possible qu’une pathologie rende un AA non essentiel en essentiels. Ces AA
essentiels sont: Isoleucine, leucine, lysine, méthionine, phénylalanine, thréonine, tryp-
tophane, valine.

Astuce mémo : Le (leucine) Très (Thréonine) Lyrique (Lysine) Tris-

tan (Tryptophane) Fait (Phénylalanine) Vachement (Valine) Méditer (Mé-
thionine) Iseult (Isoleucine).

Certains AA sont dit « semi-essentiels »: Tyr et Cys, car leur synthèse est
tributaire de la présence d’autres acides aminés : Phe et Met.
D’autres AA sont «parfois essentiels »: tels que His et Arg car ils deviennent
essentiels durant la Grossesse et Croissance

II.5 Autres Acides Aminés

 Pyrrolysine (Pyl, O) (22ème acide aminé protéinogène)
- Uniquement chez les archéobactéries
- Dérivé de la lysine
- présent dans les protéines impliquées dans le métabolisme du méthane

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 Acides Aminés non Protéinogènes ou Non Standard

Il s’agit d’AA dérivés des AA protéinogènes modifiés après la traduction des
protéines. Par exemple : la 4-hydroxyproline est l’AA proline auquel un groupement
OH (hydroxyle) a été ajouté sur le carbone 4. D’autres acides aminés comme la
citrulline et l’ornithine, ne sont pas utilisés pour produire des protéines mais entrent
dans les métabolismes.

III-Propriétés Physiques des Acides Aminés

III.1 Stéréiosomérie
Tous les acides aminés, sauf la glycine, présentent au moins un carbone asymétrique.
Il existe pour chacun des AA deux énantiomères. On définit les énantiomères de la
séries L et D selon Fischer , c’est à dire:
- Fonction la plus oxydée est placée en haut (COOH)
- Chaîne latérale (R) en bas.
- Fonctions amine à droite : isomère D, si à gauche : isomère L.

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Les AA de nos protéines appartiennent tous à la série L. Pour les AA qui ont plus
d’1 carbone asymétrique on aura 2n isomères.

Molécules Non Superposables

, Image l’une à l’autre dans un miroir

Rappel :

Isomères : 2 molécules possèdant la même formule brute mais ont des formules
développées ou stéréochimiques différentes. Ils peuvent avoir des propriétés
physiques, chimiques et biologiques différenteq

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III.2 Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés

C’est la capacité d’une solution contenant un seul type d’énantiomère à dévier
un faisceau lumineux. Les AA à l’exception du glycocolle (Glycine) sont doués
d’activité optique donc ils dévient à droite ou à gauche le plan de la lumière
polarisée. Chaque AA aura 2 isomères optiques. La forme dextrogyre dévie le plan
de la lumière polarisée vers la droite et la forme lévogyre vers la gauche. Quand les
deux formes sont présentes à égales concentrations dans le mélange qualifié de
racémique, on n’observe pas d’activité optique. Aucune prédiction du pouvoir
rotatoire ne peut être faite : un aminoacide de la série L peut être lévogyre ou
dextrogyre.

Figure 3: Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés.

III.3 3- Propriétés spectrales

La spectrophotométrie est une méthode analytique quantitative qui consiste à
mesurer l'absorbance ou la densité optique (DO) d'une substance chimique donnée,
généralement en solution. Plus l'échantillon est concentré, plus il absorbe la lumière
dans les limites de proportionnalité énoncées par la loi de Beer- Lambert. La densité
optique des échantillons (tels que les AA) est déterminée par un spectrophotomètre
préalablement étalonné sur la longueur d'onde d'absorption (λ) de la substance à
étudier. La plupart des AA absorbent à une λ < 230 nm. Les AA aromatiques absorbent
vers 280 nm (ultraviolet) sauf la phénylalanine qui absorbe vers 260 nm.

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A= Absorbance= valeur de la densité optique (DO), I0: Lumière incidente, I: Lumière transmise

Figure 4: Propriétés Spectrales des Acides Aminés.

IV-Propriétés Chimiques des Acides Aminés

IV.1 Solubilité des Acides Aminés

La Solubilité est largement dépendante des propriétés de R: Les AA sont
solubles dans les solvants polaires: Eau et l’éthanol. Les plus solubles: les plus
petits ou ceux qui portent des NH2, COOH ou OH. Les peu solubles sont ceux à
longue chaine carbonée. Ils sont insolubles: à un pH autour de leur pHi et dans
les solvants non polaires: benzène, l’hexane, éther.
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IV.2 Caractère amphotère

Un AA peut se comporter à la fois comme un acide et une base, il est donc dit
amphotère. Tous les AA possèdent au moins deux groupements ionisables:
- Groupement carboxyle COOH se comporte comme un acide faible et libère un
proton H+ (devient COO-) en milieu basique
- Groupement amine NH2 se comporte comme une base faible et capte un proton H+
(devient NH3+) en milieu acide
- La forme non ionisée d’un AA n’existe pas en solution aqueuse. Il y a une varia-
tion des équilibres entre les formes ionisées en fonction du pH de la solution.
- A pH faible (acide) on ajoute tous les H possibles, et à pH élevé (basique) on les
enlève. C’est toujours le COOH du squelette carboné qui va donner son H+ en 1er.

IV.3 Point Isoélectrique (pHi)

On appelle pH isoélectrique (pHi) le pH tel que l’AA est complètement ionisé: il porte
autant de charges positives que de charges négatives. L’AA est appelé : ion dipolaire :
zwitterion et a une charge nette =0
Le pHi se calcule en faisant la moyenne des pKa autour de la forme zwiterrion
 AA acides : pHi faible (environ 3)
 AA basiques : pHi élevé (>7)
 AA neutres : pHi (environ 6)
Remarque : s’il n’y a pas de substances étrangères dans le milieu aqueux : point
isoélectrique = point isoionique (pH pour lequel nb anions = nb cations dans une
solution).
Pour le calcul du pHi il ne faut prendre en compte que les deux valeurs entourant le
dipôle A0

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IV.4 Le PKa
Le pKa correspond à la valeur du pH pour laquelle 50% des molécules ont un
groupement dissocié et 50% ont un groupement non dissocié (50% d’une fonction d’un
couple est sous frome acide et 50% sous forme basique).
PKa1 (acide) du groupement α-COOH, proche de 2 pour tous les AA
PKa2 (basique) du groupement α-NH2, proche de 9-10 pour tous les AA
PKaR = Pka de la chaîne latérale pour les 7 AA à R Ionisable. (Glu ; Asp, Lys, His ,
Arg). Cys et Tyr sont ionisables mais pas à des pH= 7.4.
Pour suivre l’état d’ionisation de l’AA en fonction du pH on fait une courbe de titra-
tion. Chaque AA possède une courbe de titration et un pHi propre.
Cette courbe permet de :
 Mesurer le pKa de chaque groupement ionisable + le pKa est faible + l’acide est
fort.
 Prédire la charge des AA a un pH donné :
Si pH<pHi AA chargé +
Si pH>pHi AA chargé –
Si pH=pHi AA chargé 0

Exemples d’Ionisation :

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Ionisation des AA à chaine latérale non ionisable

 Ionisation des AAà chaine latérale comportant une fonction acide

 Ionisation des AA à chaine latérale comportant une fonction basique

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V- Méthodes d’analyse des Acides Aminés

V.1 Méthodes Chromatographiques

La chromatographie est une méthode physique de séparation basée sur les diffé-
rentes affinités d’un ou plusieurs composés à l’égard de deux phases (stationnaire et
mobile).L'échantillon est entraîné par la phase mobile au travers de la phase station-
naire qui a tendance à retenir plus ou moins les composés de l'échantillon à l'aide de
différentes interactions. L’échantillon est adsorbé puis désorbé sur la phase stationnaire,
ou ils est plus ou moins soluble dans la phase mobile.

Type Critère de séparation

Adsorption Polarité
Partage Solubilité
Exclusion Taille des Molécules
Echangeuse d’ions Charge ionique
Affinité Stucture des Molécules

V.1.1 .Chromatographie sur papier

Il s’agit d’une méthode de séparation dont le principe repose sur des phénomènes
de partage. La phase mobile est le plus souvent un solvant organique et l'eau ; la phase
stationnaire est constituée par l'eau elle même, absorbée par la cellulose du papier.
L'AA, mis en solution, est déposé en un point repère du papier et le solvant qui se
déplace par capillarité fait migrer les composants de l'échantillon à des vitesses
variables selon leur solubilité. Généralement, les composés les plus solubles dans l'eau
ou ceux qui forment facilement des associations par liaisons hydrogène sont fortement
retenus par la phase stationnaire et migrent donc lentement. Chaque AA est caractérisé

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par la valeur de son rapport frontal Rf.

Figure 5 : Dispositif de la Chromatographie de Partage.

V.1.2 Chromatographie échangeuse d’ions

Il s’agit d’une technique de séparation. Le principe repose sur la séparation des
composants d’un mélange d’AA par exemple en fonction de leur solubilisation dans la
phase soluble et la rétention de la phase stationnaire. Ainsi, les molécules qui ne
migrent pas à la même vitesse se retrouvent séparées. La phase stationnaire porte des
groupements fonctionnels ionisés qui sont de charge : positive ou négative (Résine) sur
lesquelles des ions mobiles (AA chargés) de charges opposées sont liées par des forces
d’attractions électriques : On parle de chromatographie échangeuse de cations ou
d’anions

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Figure 6: Chromatographie échangeuse d’ions.

V.2 Méthodes électrophorétiques :

L'électrophorèse est une méthode de séparation de particules chargées
électriquement par migration différentielle sous l'action d'un champ électrique. A
chaque AA correspond une valeur de pHi. En dehors de ce dernier, les AA sont
globalement chargés et migrent sous l'effet d'un champ électrique. Ainsi, en
travaillant à un pH fixé (dans une solution tampon), on peut séparer différents AA
par électrophorèse. Ils migrent vers l'électrode de polarité opposée, les molécules
neutres ne migrant pas. Ainsi
pH > pHi : AA chargé - : migre vers l’anode (électrode positive)
pH = pHi : AA sous forme zwitterion : ne migre pas
pH < pHi : AA chargé + : migre vers la cathode (électrode négative)
La vitesse de migration dépend de l’écart entre le pH et le pHi de l’AA ainsi que de
son poids moléculaire.

Exemple d’éléctrophorèse : Electrophorèse sur papier

24
 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

Figure 7: Electrophorèse sur Papier

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 Objectifs du cours

Ce cours vous permettra de :

 Définir les acides aminés protéinogènes

 Classer les 21 acides aminés et reconnaitre leur structure

 Citer les acides aminés essentiels chez l’homme

 Connaitre l’importance biologique de certains acides amines non protéinogènes

 Définir le pH isoélectrique d’un acide aminé

 Décrire les propriétés physicochimiques des acides aminés

 Donner le principe de quelques techniques de séparation des acides aminés

 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

Plan du cours
I- Généralités et Importance Biomédicale : ................................................................ 4
I.1 Définition et Structure.............................................................................................. 4
I.2 Caractéristiques ......................................................................................................... 5

II- Les Acides Aminés Protéinogènes ........................................................................... 6

II.1 Codage des 21 Acides Aminés (Code à 1 et à 3 lettres)....................................... 6
II.2 Rôles Biologiques Des Acides Aminés Protéinogènes ........................................ 6
II.3 Classification des Acides Aminés :......................................................................... 7
II.3.1 Les Acides Aminés chargés:............................................................................. 9
II.3.2 Les Acides Aminés polaires non chargés..................................................... 10
II.3.3 Les Acides Aminés apolaires ......................................................................... 10
II.3.4 Les Acides Aminés spécifiques...................................................................... 12
II.4 Origine des Acides Aminés ................................................................................... 14
II.5 Autres Acides Aminés............................................................................................ 14

III- Propriétés Physiques des Acides Aminés............................................................. 15

III.1 Stéréiosomérie ......................................................................................................... 15
III.2 Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés ................................................................. 17
III.3 3- Propriétés Spectrales .......................................................................................... 17

IV- Propriétés Chimiques des Acides Aminés ........................................................... 18

IV.1 Solubilité des Acides Aminés................................................................................ 18
IV.2 Caractère amphotère .............................................................................................. 19
IV.3 Point Isoélectrique (pHi) ........................................................................................ 19
IV.4 Le PKa....................................................................................................................... 20

V- Méthodes d’analyse des Acides Aminés............................................................... 22

V.1 Méthodes Chromatographiques ........................................................................... 22
V.1.1 Chromatographie sur papier ......................................................................... 22
V.1.2 Chromatographie échangeuse d’ions ........................................................... 23
V.2 Méthodes électrophorètiques ................................................................................ 24


3
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I- Généralités et Importance Biomédicale:

I.1 Définition et Structure

Les Acides Aminés (AA) sont des petites molécules organiques composées de :
- 2 fonctions : amine primaire (NH2) et 1 acide carboxylique (COOH) portées par
le carbone α. (Attention: La proline possède une fonction aminé secondaire *)
- Un squelette carboné
- Une chaine latérale : spécifique de chaque AA, varie selon la taille, charge, pola-
rité, hydrophobicité, réactivité chimique, aliphatique* ou aromatique*

Rappel

*Les amines Iaire, IIaire et IIIaire

*Composé aliphatique: ayant au moins une liaison C-H ; qui peut être
linéaire, avec des chaînes latérale, ou cyclique mais qui n'est pas aromatique.
*Composé aromatique: composé comprenant au moins un système cy-
clique plan possédant 4n+2 électron. Ex : le benzène

Figure 1 : Structure de base des acides aminés (AA)

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I.2 Caractéristiques :
 Il existe plus de 300 formes différentes d’AA dans la nature
 Seulement 21 Acides aminés sont Protéinogènes: éléments de base des protéines
incorporés dans la synthèse ribosomale. Ils sont à l’origine de la forme et de la
fonction des protéines.
 Ils sont aussi importants car ils :
-Interviennent dans la formation des Lipides, Glucides
-Produisent de l’énergie
 La Masse moléculaire moyenne d’un AA= 110 Da (permet de calculer la masse
d’une protéine de façon approximative). Ex: Glycine = 57 Da: + petit, Trypto-
phane = 186 Da: + grand.
 Il existe aussi des acides β, γ-aminé mais non protéinogènes. La dénomination α,
β ou γ dépend du carbone où est fixé NH2 (Figure1).

Dans la cellule les AA peuvent être à l’état libre ou de biopolymères (peptides

ou protéines). Les différentes catégories d’AA :
 AA étant dans les protéines, et étant capables de participer in vivo à la syn-
thèse de ces protéines : Ce sont à la fois des constituants et des précurseurs des pro-
téines.
 AA étant dans les protéines uniquement après leur biosynthèse (car ils ne se
forment qu'après incorporation d’un autre acide aminé et modification chimique).
 AA n'existant qu'à l'état libre :
- Neurotransmetteurs: histamine (dérivé de l’histidine), sérotonine (dérivé du
tryptophane), acide γ-aminobutyrique (dérivé de l’acide glutamique) (voir p
9)
- Hormones: adrénaline et dopamine (dérivés de la tyrosine) (voir p 11)
- Précurseurs métaboliques: citrulline (précurseur de l’arginine) sarcosine (pré-
curseur de la glycine).
- Intermédiaires métaboliques : ornithine, homocystéine, homosérine...
 AA ayant des rôles à l’état libre en plus de leur fonction protéique : Neuro-
transmetteurs et neuromédiateurs : glycine, glutamate, aspartate.

5
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II- Les Acides Aminés Protéinogènes

II.1 Codage des 21 Acides Aminés (Code à 1 et à 3 lettres).

Les noms de ces 21 aminoacides, dont le dernier à être caractérisé fut la thréonine
en 1935, n'obéissent à aucune nomenclature et évoquent soit leurs sources, soit leurs
propriétés physiques ou encore un quelconque caractère analytique. Des abréviations à
trois lettres ou à une lettre peuvent être utilisées pour les définir (Tableau 1).

II.2 Rôles Biologiques Des Acides Aminés Protéinogènes

Certains des AA ont, en plus de leur caractère protéinogène, des fonctions sous leur
forme libre :
- Action biologique :
 Gly, Glu : neurotransmetteurs
 Gln : Détoxification
- Substrats énergétiques : Ile, Ala
- Précurseurs de molécules :
 Intermédiaires métaboliques : Arg, Gly, Gln.
 Hormones : Phe, Tyr (catécholamines, mélanine et hormones thyroïdiennes)

6
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 Nucléotides puriques et pyrimidiques : Asp et Gln

 Coenzymes : Trp donne le nicotinamide dans le NAD (Nicotinamide Adenine
Dinucléotide)

II.3 Classification des Acides Aminés:

Elle se fait soit :
 Selon la structure de la chaine latérale R:
- R aliphatique: Linéaire : Gly, Ala et Ramifié: Val, Leu, Isl
- R alcool: Ser, Thr.
- R soufrée : Cys, Met.
- R acide et amide correspondante: Asp et Asn, Glu et Gln
- R basique: Lys, Arg, His.
- R cyclique: Aromatique: Phe, Tyr, Trp; hétérocycle: Pro.
 Selon la polarité de la chaine latérale R (Celle adoptée dans ce cours):
- R apolaire : Ala, Val, Leu, Ile, Met, Phe, Trp.
- R polaire non chargé : Ser, Thr, Asn, Gln, Tyr.
- R polaire: acide : Asp, Glu; basique: Arg, Lys, His.
- R spécifique: Pro, Gly, Sec, Cys.

Rappel : La Polarité
Apolaire Polaire non chargé Polaire chargé

La polarité est la répartition des charges dans une molécule. En fonction de la

différence d'électronégativité (ΔE) entre les atomes, la liaison interatomique varie
entre deux extrêmes :
 Si ΔE =0 ou très faible, les charges partielles sont nulles (δ = 0) et la liaison est
complètement apolaire : le doublet électronique est réparti équitablement
entre les atomes, la liaison est dite covalente.
 Si ΔE est très grande (> 1,7), les charges partielles deviennent formelles, la
liaison perd de son caractère covalent pour tendre vers une liaison ionique
pure : la molécule est polaire chargée (Les ions).
 Si ΔE est intermédiaire (entre 0,4 et 1,7), La molécule est polaire et non
chargée (Les charges sont partielles et non formelles). 7
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Sélénocystéine
(Sec)

Figure 2 : Classification des acides aminés : Ils peuvent être classés: -1- selon la
structure de la chaine latérale - a - Aliphatique: (hydrocarbonés) 5 AA: -linéaire :
gly-ala; -ramifié: val, leu, isl -à fonction alcool: ser, thr. -à fonction soufrée 2AA: cys,
met -à fonction acide et amide correspondante 4AA: asp, Asn, Glu et Gln fonction
basique 3AA: lys, arg, his. -b – cyclique: -Aromatique: phe, tyr, trp -hétérocycle: pro -
2- selon la polarité de la chaine latérale R: polaires et non polaires:

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II.3.1 Les Acides Aminés chargés:

NB : Toutes les R sont encadrées en rouge ; E = essentiel

 Acide aspartique (Asp, D) :

- Polaire et R Ionisable
- Le plus acide des AA
- Intermédiaire pour la biosynthèse des bases pyrimidines (cytosine,
thymine, uracile), et pour la néoglucogenèse (Synthèse du glucose).

 Acide glutamique (Glu, E) :

- Polaire et R Ionisable
- Neurotransmetteur excitateur du Système Nerveux Central (SNC)
- A l’état libre : Rôle important dans l’apprentissage et la mémorisation

 Lysine (Lys, K):

- Fonction amine supplémentaire: Basique
- Polaire et R Ionisable
- Hydroxylation possible en 5-hydroxylysine via lysine hydroxylase
- Elle peut subir beaucoup de modifications

 Arginine (Arg, R) :
- Groupement guanidium
- Polaire et R Ionisable
- Fortement basique
- Provient de la citrulline (voir p 15)
- Précurseur métabolique de la créatine (fonctionnement muscle) et de l’oxyde
nitrique (dilatation vaisseaux)

 Histidine (His, H) :
- Groupement imidazole
- Polaire et R Ionisable
- Synthétisé à partir du ribose 5-phosphate
- Rôle important dans la structure et le fonctionnement de certaines protéines
tels que les Métalloprotéines.
- Elle permet la formation de liaisons de coordinations avec certains ions métal-
liques : Ex : Hémoglobine, myoglobine...
- Précurseur de l’histamine (responsable du mécanisme de l’allergie) et de la car-
nosine (présente dans le muscle squelettique, dans les tissus nerveux et dans le muscle
cardiaque)
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II.3.2 Les Acides Aminés polaires non chargés

 Sérine (Ser, S):
- Alcool primaire
- Polaire
- Synthétisé à partir du 3-phosphoglycérate
- Homologue hydroxylé de l’alanine
- Groupement hydroxyle phosphorylable par une sérine-thréonine kinase
- Cible de O-glycosylation sur -OH (Liaison d’un glucide sur une protéine)

 Thréonine (Thr, T):

- Alcool secondaire
- Polaire
- Homologue hydroxylé de la valine
- Groupement hydroxyle phosphorylable par une sérine-thréonine kinase
- Cible de O-glycosylation

Ces 2 AA (Ser + Thr) sont impliqués dans beaucoup de modifications post

traductionnelles (Addition de plusieurs groupements).

 Glutamine (Gln, Q):

- Fonction amide
- Polaire
- AA le plus abondant dans l’organisme
- Produit à partir de l’acide glutamique par la glutamine synthétase
- Donneur d’azote très important pour bases puriques et pyrimidiques.
- A l’état libre : Rôle de détoxification après l’effort

 Asparagine (Asn, N) :
- Fonction amide
- Polaire
- Produit à partir de l’acide aspartique par l’asparagine synthétase
- Cible de N-glycosylation (ajout du groupement glucidique sur le NH 2)

II.3.3 Les Acides Aminés apolaires

 Alanine (Ala, A):
- R= CH3 (méthyle)
- Apolaire
- Formé à partir du glutamate dans les cellules musculaires

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 Valine (Val, V):

- R= CH-(CH3)2 (isopropyle)
- Apolaire
- Retrouvés dans de nombreux nutriments

 Leucine (Leu, L):

- R=CH2-CH-(CH3)2 (isobutyle)
- Apolaire
- Edulcorant (produit ayant un gout sucré)
- Anabolisant : Facilite la synthèse musculaire
- Le plus fréquent dans les chaînes polypeptidiques

 Isoleucine (Isl, I) :
- R= CH-(CH3)2 (butyle secondaire)
- Apolaire
- Source importante d’énergie (à l’état libre) pour le muscle, aug-
mente l’endurance.
- Stabilise et régule le niveau de glucose dans le sang
- Nécessaire à la formation de l’Hémoglobine

 Phénylalanine :
- Noyau benzène
- Apolaire
- Absorbe dans les UV à 257 nm (voir III-3)
- Précurseur de la tyrosine par la phénylalanine hydroxylase

 Tryptophane :
- Noyau indole
- Apolaire
- Absorbe dans les UV à 280 nm (voir III-3).
- Précurseur de la mélatonine (hormone du sommeil), du nicotinamide (cons-
tituant du NAD : Coenzyme d’oxydoréduction) et de la sérotonine (neuro-
transmetteur)
- Déficit en tryptophane entraine la pellagre : Une maladie due à un pro-
blème de malnutrition

 Tyrosine (Son classement reste controversé) :

- Noyau phénol
- Faiblement polaire, relativement hydrophobe (c’est pourquoi elle est
considérée comme apolaire)
- Ionisable mais non ionisé à pH physiologique
- Absorbe dans les UV à 275 nm (voir III-3
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-
- Formé à partir de la phénylalanine par hydroxylation par une enzyme hydroxylase :
- Précurseur des catécholamines (ex : adrénaline) via l’action d’une tyrosine hydroxylase, de
la mélanine et des hormones thyroïdiennes.
- Cible de phosphorylation par des kinases (Enzymes spécifiques de la phosphorylation)
- Si tyrosinase affectée (enzyme formant la DOPA à partir de la tyrosine dans les mélano-
cytes)  pas de production de mélanine Albinisme .

Phénylcétonurie :
- Pathologie due à un déficit en phénylalanine-hydroxylase (dys-
fonctionnement génétique)
 Arrêt de la transformation de F en Y, accumulation de F dans le
sang va se transformer en acide phénylpurivique : toxique pour le SNC

 Méthionine :
- Fonction thioether
- Apolaire
- Codée par AUG (codon start) en N Ter de chaque protéine (elle est donc le
premier AA des séquences protéiques), elle est ensuite clivée

II.3.4 Les Acides Aminés spécifiques

NB : Il s’agit d’un groupe d’AA ayant des R spécifiques d’où leur classification

 Glycine (Gly, G):

- R = H ( très simple par rapport aux autres R des AA)
- Le plus petit
- Apolaire
- Se trouve dans le muscle
- Pas de pouvoir rotatoire car pas de Cα (carbone asymétrique) (voir p 16)
- Légèrement hydrophobe
- Intermédiaire important au-delà de sa fonction protéinogène : Précurseur de
nombreuses molécules (porphyrine dans l’Hémoglobine)
- A l’état libre : neurotransmetteur inhibiteur
- Edulcorant dans l’agro-alimentaire

 Cystéine (Cys, C):

- R : Fonction thiol
- Polaire
- Ionisable mais non ionisé à pH physiologique.
- Formé à partir de la méthionine chez l’homme
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- Formation des ponts disulfures (S-S) : 2 cystéines se dimérisent par oxydation de la fonc-
tion thiol pour former une cystine (en présence d’O)
 Les ponts S-S : Liaison covalente influençant la structure 3D de la protéine et donc sa
fonction.

 Sélenocystéine (Sec, U).

- Il s’agit d’un AA acide rare
- Analogue structural de la cystéine/Sérine: Sélénium à la place de soufre ou de l’oxygène
- Incorporé dans les protéines par le codon UGA, qui est un codon stop !
- Présent dans des protéines : Sélénoprotéines. La transformation se fait directement sur
l’ARNt au moment de la traduction.
- Certaines Sélénoprotéines ont un rôle dans la contraction musculaire. Si mutation : dys-
trophie musculaire congénitale + Myopathie

Sec, U

 Proline (Pro, P) :
- Seul AA avec une amine secondaire (Carbone α inclus dans le cycle)
- Noyau pyrrolidique
- Apolaire
-Influence la structure des protéines : lui confère sa rigidité.
- A l’origine d’une protéine de structure importante pour l’organisme : Le Collagène.

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- Cible de modifications post traductionnelles : hydroxylation (ajout d’un groupement -OH)

par la proline hydroxylase pour former la 4-hydroxyproline qui possède un rôle impor-
tant dans la résistance du collagène.

Un déficit en Vit. C  Diminution de la formation de la 4- hydroxy-

proline  Pathologie du scorbut
Scorbut : Maladie historique occasionnée par une carence sévère en vit
C (acide ascorbique) qui se traduit chez l'être humain, dans sa forme
grave, par un déchaussement des dents et la purulence des gencives, des
hémorragies, puis la mort.

II.4 Origine des Acides Aminés

Sur les 21 AA, 13 sont fournis par des produits intermédiaires du métabolisme, et
8 sont Essentiels = Indispensables. Leur synthèse n’est pas possible par l’organisme (ou
insuffisante) :et ils doivent donc être apportés par l’alimentation.
Il est possible qu’une pathologie rende un AA non essentiel en essentiels. Ces AA
essentiels sont: Isoleucine, leucine, lysine, méthionine, phénylalanine, thréonine, tryp-
tophane, valine.

Astuce mémo : Le (leucine) Très (Thréonine) Lyrique (Lysine) Tris-

tan (Tryptophane) Fait (Phénylalanine) Vachement (Valine) Méditer (Mé-
thionine) Iseult (Isoleucine).

Certains AA sont dit « semi-essentiels »: Tyr et Cys, car leur synthèse est
tributaire de la présence d’autres acides aminés : Phe et Met.
D’autres AA sont «parfois essentiels »: tels que His et Arg car ils deviennent
essentiels durant la Grossesse et Croissance

II.5 Autres Acides Aminés

 Pyrrolysine (Pyl, O) (22ème acide aminé protéinogène)
- Uniquement chez les archéobactéries
- Dérivé de la lysine
- présent dans les protéines impliquées dans le métabolisme du méthane

14
 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

 Acides Aminés non Protéinogènes ou Non Standard

Il s’agit d’AA dérivés des AA protéinogènes modifiés après la traduction des
protéines. Par exemple : la 4-hydroxyproline est l’AA proline auquel un groupement
OH (hydroxyle) a été ajouté sur le carbone 4. D’autres acides aminés comme la
citrulline et l’ornithine, ne sont pas utilisés pour produire des protéines mais entrent
dans les métabolismes.

III-Propriétés Physiques des Acides Aminés

III.1 Stéréiosomérie
Tous les acides aminés, sauf la glycine, présentent au moins un carbone asymétrique.
Il existe pour chacun des AA deux énantiomères. On définit les énantiomères de la
séries L et D selon Fischer , c’est à dire:
- Fonction la plus oxydée est placée en haut (COOH)
- Chaîne latérale (R) en bas.
- Fonctions amine à droite : isomère D, si à gauche : isomère L.

15
 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

Les AA de nos protéines appartiennent tous à la série L. Pour les AA qui ont plus
d’1 carbone asymétrique on aura 2n isomères.

Molécules Non Superposables

, Image l’une à l’autre dans un miroir

Rappel :

Isomères : 2 molécules possèdant la même formule brute mais ont des formules
développées ou stéréochimiques différentes. Ils peuvent avoir des propriétés
physiques, chimiques et biologiques différenteq

16
 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

III.2 Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés

C’est la capacité d’une solution contenant un seul type d’énantiomère à dévier
un faisceau lumineux. Les AA à l’exception du glycocolle (Glycine) sont doués
d’activité optique donc ils dévient à droite ou à gauche le plan de la lumière
polarisée. Chaque AA aura 2 isomères optiques. La forme dextrogyre dévie le plan
de la lumière polarisée vers la droite et la forme lévogyre vers la gauche. Quand les
deux formes sont présentes à égales concentrations dans le mélange qualifié de
racémique, on n’observe pas d’activité optique. Aucune prédiction du pouvoir
rotatoire ne peut être faite : un aminoacide de la série L peut être lévogyre ou
dextrogyre.

Figure 3: Pouvoir Rotatoire des Acides Aminés.

III.3 3- Propriétés spectrales

La spectrophotométrie est une méthode analytique quantitative qui consiste à
mesurer l'absorbance ou la densité optique (DO) d'une substance chimique donnée,
généralement en solution. Plus l'échantillon est concentré, plus il absorbe la lumière
dans les limites de proportionnalité énoncées par la loi de Beer- Lambert. La densité
optique des échantillons (tels que les AA) est déterminée par un spectrophotomètre
préalablement étalonné sur la longueur d'onde d'absorption (λ) de la substance à
étudier. La plupart des AA absorbent à une λ < 230 nm. Les AA aromatiques absorbent
vers 280 nm (ultraviolet) sauf la phénylalanine qui absorbe vers 260 nm.

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 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

A= Absorbance= valeur de la densité optique (DO), I0: Lumière incidente, I: Lumière transmise

Figure 4: Propriétés Spectrales des Acides Aminés.

IV-Propriétés Chimiques des Acides Aminés

IV.1 Solubilité des Acides Aminés

La Solubilité est largement dépendante des propriétés de R: Les AA sont
solubles dans les solvants polaires: Eau et l’éthanol. Les plus solubles: les plus
petits ou ceux qui portent des NH2, COOH ou OH. Les peu solubles sont ceux à
longue chaine carbonée. Ils sont insolubles: à un pH autour de leur pHi et dans
les solvants non polaires: benzène, l’hexane, éther.
18
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IV.2 Caractère amphotère

Un AA peut se comporter à la fois comme un acide et une base, il est donc dit
amphotère. Tous les AA possèdent au moins deux groupements ionisables:
- Groupement carboxyle COOH se comporte comme un acide faible et libère un
proton H+ (devient COO-) en milieu basique
- Groupement amine NH2 se comporte comme une base faible et capte un proton H+
(devient NH3+) en milieu acide
- La forme non ionisée d’un AA n’existe pas en solution aqueuse. Il y a une varia-
tion des équilibres entre les formes ionisées en fonction du pH de la solution.
- A pH faible (acide) on ajoute tous les H possibles, et à pH élevé (basique) on les
enlève. C’est toujours le COOH du squelette carboné qui va donner son H+ en 1er.

IV.3 Point Isoélectrique (pHi)

On appelle pH isoélectrique (pHi) le pH tel que l’AA est complètement ionisé: il porte
autant de charges positives que de charges négatives. L’AA est appelé : ion dipolaire :
zwitterion et a une charge nette =0
Le pHi se calcule en faisant la moyenne des pKa autour de la forme zwiterrion
 AA acides : pHi faible (environ 3)
 AA basiques : pHi élevé (>7)
 AA neutres : pHi (environ 6)
Remarque : s’il n’y a pas de substances étrangères dans le milieu aqueux : point
isoélectrique = point isoionique (pH pour lequel nb anions = nb cations dans une
solution).
Pour le calcul du pHi il ne faut prendre en compte que les deux valeurs entourant le
dipôle A0

19
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IV.4 Le PKa
Le pKa correspond à la valeur du pH pour laquelle 50% des molécules ont un
groupement dissocié et 50% ont un groupement non dissocié (50% d’une fonction d’un
couple est sous frome acide et 50% sous forme basique).
PKa1 (acide) du groupement α-COOH, proche de 2 pour tous les AA
PKa2 (basique) du groupement α-NH2, proche de 9-10 pour tous les AA
PKaR = Pka de la chaîne latérale pour les 7 AA à R Ionisable. (Glu ; Asp, Lys, His ,
Arg). Cys et Tyr sont ionisables mais pas à des pH= 7.4.
Pour suivre l’état d’ionisation de l’AA en fonction du pH on fait une courbe de titra-
tion. Chaque AA possède une courbe de titration et un pHi propre.
Cette courbe permet de :
 Mesurer le pKa de chaque groupement ionisable + le pKa est faible + l’acide est
fort.
 Prédire la charge des AA a un pH donné :
Si pH<pHi AA chargé +
Si pH>pHi AA chargé –
Si pH=pHi AA chargé 0

Exemples d’Ionisation :

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Ionisation des AA à chaine latérale non ionisable

 Ionisation des AAà chaine latérale comportant une fonction acide

 Ionisation des AA à chaine latérale comportant une fonction basique

21
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V- Méthodes d’analyse des Acides Aminés

V.1 Méthodes Chromatographiques

La chromatographie est une méthode physique de séparation basée sur les diffé-
rentes affinités d’un ou plusieurs composés à l’égard de deux phases (stationnaire et
mobile).L'échantillon est entraîné par la phase mobile au travers de la phase station-
naire qui a tendance à retenir plus ou moins les composés de l'échantillon à l'aide de
différentes interactions. L’échantillon est adsorbé puis désorbé sur la phase stationnaire,
ou ils est plus ou moins soluble dans la phase mobile.

Type Critère de séparation

Adsorption Polarité
Partage Solubilité
Exclusion Taille des Molécules
Echangeuse d’ions Charge ionique
Affinité Stucture des Molécules

V.1.1 .Chromatographie sur papier

Il s’agit d’une méthode de séparation dont le principe repose sur des phénomènes
de partage. La phase mobile est le plus souvent un solvant organique et l'eau ; la phase
stationnaire est constituée par l'eau elle même, absorbée par la cellulose du papier.
L'AA, mis en solution, est déposé en un point repère du papier et le solvant qui se
déplace par capillarité fait migrer les composants de l'échantillon à des vitesses
variables selon leur solubilité. Généralement, les composés les plus solubles dans l'eau
ou ceux qui forment facilement des associations par liaisons hydrogène sont fortement
retenus par la phase stationnaire et migrent donc lentement. Chaque AA est caractérisé

22
 Les Acides Aminés Biochimie PCEM1

par la valeur de son rapport frontal Rf.

Figure 5 : Dispositif de la Chromatographie de Partage.

V.1.2 Chromatographie échangeuse d’ions

Il s’agit d’une technique de séparation. Le principe repose sur la séparation des
composants d’un mélange d’AA par exemple en fonction de leur solubilisation dans la
phase soluble et la rétention de la phase stationnaire. Ainsi, les molécules qui ne
migrent pas à la même vitesse se retrouvent séparées. La phase stationnaire porte des
groupements fonctionnels ionisés qui sont de charge : positive ou négative (Résine) sur
lesquelles des ions mobiles (AA chargés) de charges opposées sont liées par des forces
d’attractions électriques : On parle de chromatographie échangeuse de cations ou
d’anions

23
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Figure 6: Chromatographie échangeuse d’ions.

V.2 Méthodes électrophorétiques :

L'électrophorèse est une méthode de séparation de particules chargées
électriquement par migration différentielle sous l'action d'un champ électrique. A
chaque AA correspond une valeur de pHi. En dehors de ce dernier, les AA sont
globalement chargés et migrent sous l'effet d'un champ électrique. Ainsi, en
travaillant à un pH fixé (dans une solution tampon), on peut séparer différents AA
par électrophorèse. Ils migrent vers l'électrode de polarité opposée, les molécules
neutres ne migrant pas. Ainsi
pH > pHi : AA chargé - : migre vers l’anode (électrode positive)
pH = pHi : AA sous forme zwitterion : ne migre pas
pH < pHi : AA chargé + : migre vers la cathode (électrode négative)
La vitesse de migration dépend de l’écart entre le pH et le pHi de l’AA ainsi que de
son poids moléculaire.

Exemple d’éléctrophorèse : Electrophorèse sur papier

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Figure 7: Electrophorèse sur Papier

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