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PROTÉINES
1
PLAN
Introduction
Acides aminés
Peptides
Protéine
Conclusion
2
3
COMPÉTENCES ATTENDUES À L’ISSUE DU COURS ET
DES TRAVAUX DIRIGÉS
Classification
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I. ACIDES AMINÉS 1. DÉFINITION
Formule générale
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
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I. ACIDES AMINÉS I. 2.classifications
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I. ACIDES AMINÉS I. 2.classifications
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
13
I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
14
I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
Les AA basiques
Lysine (Lys, K), Arginine (Arg, R), Histidine (His, H)
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
Les AA aromatiques
Phenylalanine (Phe, F), Tyrosine (Tyr, Y),
Tryptophane (Trp, W)
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I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
19
I. ACIDES AMINÉS 2.CLASSIFICATIONS
20
CLASSIFICATIONS
ACIDES AMINÉS
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.1.Propriétés physiques
➢ Tous les acides aminés sauf le Gly
possèdent au moins un C*
➢ Ils ont un Pouvoir Rotatoire
➢ Les AA existent donc sous forme de
plusieurs stéréoisomères, dont deux
énantiomères symétriques l’un par
rapport à l’autre.
➢ La plupart les acides aminés
naturels sont de la série L. 23
I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.1.Propriétés physiques
➢ Tous les acides aminés absorbent les radiations
ultraviolettes à des longueurs d’ondes inférieures
à 230 nm.
➢ Les acides aminés ayant un radical aromatique
(Tyr, Trp, Phe) absorbent vers 280 nm.
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.2.Propriétés ioniques
➢ La présence dans la même molécule d’ au moins
deux groupements fonctionnels antagonistes,
donne des propriétés très particulières aux acides
α aminés.
➢ La forme acide du groupement acide carboxylique
est –COOH, sa forme basique est –COO-
➢ La forme acide du groupement amine est –NH3+ ,
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sa forme basique est –NH2
I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.2.Propriétés ioniques
En fonction du pH du milieu, les fonctions acides ou
basiques se dissocient.
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.2.Propriétés ioniques
➢ Les constantes de dissociation des deux fonctions
sont caractéristiques de l'acide aminé.
3.2.Propriétés ioniques
➢ On définit le point isoélectrique ou pHi
comme la valeur du pH pour laquelle on
obtient une forme comportant les deux
fonctions ionisée et appelée amphion.
➢ Le pHi est une valeur caractéristique de l'acide
aminé.
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.2.Propriétés ioniques
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
➢ Formation de sels: COOH
Les acides aminés réagissent avec les bases
en formant des sels. Le groupement
carboxyle perd un proton.
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
➢ Réduction: COOH en CH2OH
➢ Estérification
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
➢ Action des amines primaire: formation
d’amide
➢ Décarboxylation
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
➢ Amidation
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
Propriétés de la fonction -NH2
➢ Formation de sels
Les acides aminés réagissent avec les acides en
formant des sels. Le groupement amine capte un
proton.
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
Propriétés de la fonction -NH2
➢ Action des acides carboxyliques :
Cette réaction aboutit à la formation d’amides.
➢ Diazotion
L’acide nitreux réagit sur les acides aminés en
libérant du diazote qui peut être dosé
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
➢ Méthylation par l’iodure de méthyle
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
Propriétés des fonctions –COOH et -NH2 conjointes
➢ Réaction avec la ninhydrine
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I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
Propriétés des chaînes latérales
➢ Acides aminés aromatiques
✓ Absorption en UV
✓ Réaction de Folin
L’acide phosphotungstomolybdique est réduit par la tyrosine et le
tryptophane et forme différents composés colorés en bleu violacé.
✓ Réaction xanthoprotéique
Les noyaux aromatiques forment des dérivés nitrés jaunes avec
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l’acide nitrique.
I. ACIDES AMINÉS 3. PROPRIÉTÉS
3.3.Propriétés chimiques
Propriétés de la chaine latérale
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II. PEPTIDES 1.DÉFINITION
1. Définition
Un peptide est une molécule résultant de la condensation
d’acides aminés liés les uns aux autres par des liaisons
peptidiques. Cette liaison résulte de la réaction entre la
fonction -COOH du 1er AA et la fonction –NH2 du 2ème AA
avec élimination d’eau.
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II. PEPTIDES 1.DÉFINITION
1. Définition
➢ On appelle résidus les AA engagés par leur –COOH dans une
liaison peptidique, leurs noms se terminent par le suffixe ‘’yl’’, ex.
alanyl, prolyl….
➢ Dans les peptides le nombre d’AA est < à 100, un petit peptide
(AA<10) est un oligopeptide,
➢ Dans les protéines, qui sont des polypeptides, le nombre d’AA est
supérieur à 100 42
II. PEPTIDES 2. PROPRIÉTÉS
44
II. PEPTIDES 2. PROPRIÉTÉS
2.2. Séquence d’un peptide
La séquence d’un peptide est l’ordre d’enchaînement des AA.
Par convention un peptide s’écrit en commençant par l’extrémité N
terminale, (groupement –NH2 libre) et en terminant par l’extrémité C
terminale (groupement –COOH libre).
Exemple : écriture du tétrapeptide:
glutamyl⎯cystényl⎯lysyl⎯glycine
( Glu-Cys-Lys-Gly) ou à une lettre (E-C-K-G)
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II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
Le temps de séjour
dans la colonne,
caractéristique pour
chaque acide aminé
et fonction du pH
imposé, est le "temps
de rétention"
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II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
dinitrofluorobenzène
Comparaison avec les 50
(DNFB)
standards
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
Le chlorure de 1-
dinéthyl-amino- Fluorescence jaune
naphtalène-5-sulfonyle HPLC→Standards
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(DANS)
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
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II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
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II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
- Méthodes enzymatiques→Récurrente
Pour chacune des extrémités, il existe une
enzyme particulière qui hydrolyse les acides
terminaux:
Carboxypeptidase →C-terminal
Aminopeptidase →N-terminal. 55
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
Aminopeptidase Chymotrypsine
BrCN
Ala-Ala-Lys-Cys-Met-Cys-Arg-Tyr-Ile-Phe-Gly-Trp-Ile-Pro
Trypsine Carboxypeptidase
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II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
59
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
60
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
61
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
62
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
63
II. PEPTIDES 3.SÉQUENÇAGE
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II. PEPTIDES 4. INTÉRÊT BIOLOGIQUE
65
II. PEPTIDES 4. INTÉRÊT BIOLOGIQUE
66
II. PEPTIDES 4. INTÉRÊT BIOLOGIQUE
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
Les protéines sont des séquences d’acide aminés (20
AA) dont le nombre dépasse une centaine.
On distingue de structure
➢ Primaire
➢ Secondaire
➢ Tertiaire
➢ Quaternaire
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.1.La structure primaire
active. 69
III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.2. Structure secondaire
L'encombrement stérique des AA et les angles des
liaisons font que l'enchaînement n'est pas linéaire,
mais présente un certain nombre de replis.
En outre, les différentes portions des replis peuvent
établir entre elles des liaisons qui vont contribuer à
consolider la structure.
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.2. Structure secondaire
Hélice α Feuillet β
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.3. Liaisons intervenant dans la structure spatiale
✓ Liaison ionique (ou saline).
C'est une liaison électrovalente (plus faible) établie entre
deux charges de signe opposé: NH3+ et COO-
✓ Liaison hydrogène→Non covalente
les C=O et les N-H des liaisons peptidiques, les radicaux des
résidus d'acides aminés, les noyaux phénoliques, le carboxyle
du glutamate→liaison d’hydrogène
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.3.Liaisons intervenant dans la structure spatiale
✓ Liaison hydrophobe.
Les chaînes latérales hydrophobes de certains AA (Ala;
Val; Leu; Ile; Phe) sont repoussées par l'eau et ont donc
tendance à se rapprocher les unes des autres (interactions
de type Van der Waals).
✓ Liaison disulfure
C'est une liaison covalente forte établie entre deux
résidus cystéine appartenant à une seule chaîne ou à 74
deux chaînes différentes.
III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1.3. Liaisons intervenant dans la structure spatiale
✓ Liaison disulfure
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
1. Structure de protéine
1.4. Structure tertiaire
1.5. Structure
quaternaire
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III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
78
III. PROTÉINES 1.STRUCTURE
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NIVEAUX DE STRUCTURE DES PROTEINES
80
III. PROTÉINES 2. PROPRIÉTÉS
87
III. PROTÉINES 2. PROPRIÉTÉS
93
III. PROTÉINES 4.PM
95
III. PROTÉINES
4.PM
4. Détermination de la
masse moléculaire
4.4. Electrophorèse à 2D
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III. PROTÉINES 5. CLASSIFICATION
Exercice
Donnez les noms et symboles de 10 acides aminés dont 2 sont
aromatiques, 3 apolaires et 3 polaires. Donner la structure ionique
prédominante du peptide Ala-Asp-Cys-Leu aux pH: 1; 3 et 12. Calculer
la charge nette de ce peptide à ces pH.
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