Acides aminés, peptides et

protéines

Biochimie générale
FSS-UL_LS1-LS2
Acides aminés

2
Formule générale des amino-acides

• C portant fonction COOH est dit "0"

• Carbone suivant = carbone 

• Porte la fonction amine NH2 

acides -aminés

• Carbone  = carbone asymétrique

• Forme L = forme des AA naturels

3
 Classification des acides aminés

3 groupes par rapport à leur présence dans les protéines

- Acides aminés protéinogènes : sont à la fois précurseurs et

constituants des protéines ; au nombre de 20

- Acides aminés non protéinogènes mais constituants des

protéines : résultent d’une modification des précédents :
cystine, hydroxyproline, hydroxylysine,

- Acides aminés non protéinogènes et non constituants

des protéines ; à l’état libre. Ex; ornithine, citrulline

4
Classification des 20 AA protéinogènes

I. Acides aminés aliphatiques

1. AA à chaîne hydrocarbonée

Leu, L Essentiel

Gly, G Ala, A Val, V

AA essentiel

Ile, I Essentiel
5
Classification des 20 AA protéinogènes
I. Acides aminés aliphatiques

2. Acides aminés hydroxylés

Ser, S Thr, T,
AA essentiel 6
Classification des 20 AA protéinogènes
I. Acides aminés aliphatiques
3. Acides aminés soufrés

Cys, C Met, M
THIOL AA essentiel 7
Classification des 20 AA protéinogènes
I. Acides aminés aliphatiques
4. Acides aminés dicarboxyliques

Asp, D
Glu, E 8
Classification des 20 AA protéinogènes
I. Acides aminés aliphatiques
5. Acides aminés amides

Asn, N Gln, Q 9
Classification des 20 AA protéinogènes
I. Acides aminés aliphatiques
6. Acides aminés basiques (aliphatiques)

Lys, K Arg, R
AA essentiel GUANIDYL 10
Classification des 20 AA protéinogènes
II. Acides aminés cycliques
1. AA hétérocycliques

Acide aminé basique Acide aminé totalement cyclique

His, H Pro, P
IMIDAZOLE AMINE SUBSTITUE
11
Classification des 20 AA protéinogènes
II. Acides aminés cycliques
2. Acides aminés aromatiques

Trp, W
Phe, F Tyr, Y AA essentiel
AA essentiel INDOLE 12
Acides aminés polaires

13
Acides aminés non polaires

14
Acide aminé Code à 3 lettres Code à 1 lettre Poids (en g/mol)
alanine Ala A 89,1
arginine Arg R 174,2
asparagine Asn N 132,1
aspartate Asp D 133,1
cystéine Cys C 121,2
glutamate Glu E 147,1
glutamine Gln Q 146,2
glycine Gly G 75,1
histidine His H 155,2
isoleucine Ile I 131,2
leucine Leu L 131,2
lysine Lys K 146,2
méthionine Met M 149,2
phénylalanine Phe F 165,2
proline Pro P 115,1
sérine Ser S 105,1
thréonine Thr T 119,1
tryptophane Trp W 204,2
tyrosine Tyr Y 181,2
valine Val V 117,1
15
 Propriétés physiques

Carbone asymétrique
• Forme D et forme L
Tous les acides aminés ont au moins un carbone symétrique,
exception = glycine
Pouvoir rotatoire = déviation de la lumière polarisée
• Vers la droite = dextrogyres
• Vers la gauche = lévogyres
NB. Pas correspondance stricte entre D et dextrogyre et L et
lévogyres

16
 Propriétés physiques

Solubilité

• Les acides aminés sont solubles dans l'eau, pas

dans les solvants organiques (la nature du radical
peut cependant modifier cette solubilité)

 Chromatographie sur papier en une ou deux

dimensions

17
 Propriétés physico-chimiques

• Milieu acide

• Milieu alcalin

• Milieu neutre

18
 Propriétés physico-chimiques
• On calcule
• Les constantes de dissociation

• Le point isoélectrique

19
Dissociation d’un acide aminé neutre

20
Dissociation des acides aminés
dicarboxyliques

21
 Propriétés chimiques

• Liaison peptidique

22
Réactions liées au carboxyle

23
 Réactions liées à l'amine

 Formoltitration de Sörensen

• Réactivité de la fonction amine bloquée, titration de

la fonction acide possible avec une base

24
 Réactions liées à l'amine

 Réaction avec le DNFB (Sanger)

 Dinitrophényl-aminoacide (DNP-AA) de tout aminoacide

dont la fonction amine est libre
25
 Réactions liées à l'amine
 Réaction avec le chlorure de dansyl (chlorure de
diméthyl-amino-naphtalène-sulfonyl)

26
 Réactions liées à l'amine
 Réaction avec le phényl-iso-thio-cyanate PITC
(Edman)

27
Réaction avec la ninhydrine

28
 Réaction avec la ninhydrine

A la fin des réactions, obtention d’une coloration

• Violet pourpre avec tous les acides amines sauf

• Jaune pour Proline et Hydroxyproline

29
Les peptides et protéines

30
 De peptides à protéines

• Dipetide : deux acides aminés

• Tri, tétra, ……décapeptides : 3, 4, …..10

• Oligopeptides : jusqu’à 50 AA

• Polypeptides : > 50 AA

• Protéines : PM  10 000

31
 Organisation structurale des protéines

• Quatre niveaux de structure

− Primaire
− Secondaire
− Tertiaire
− Quaternaire

32
 Structure primaire

• C'est la séquence en acides aminés de la protéine

depuis le 1er acide aminé (extrémité N-

terminale)

jusqu’au dernier (extrémité C-terminale)

33
 Structure secondaire
• Encombrement stérique des acides aminés et angles des
liaisons  protéine pas linéaire, mais présence de replis
• Etablissement de liaisons entre portions ou acides aminés :
liaison disulfure, liaison ionique, liaison hydrogène, liaison
hydrophobe (interactions de type Van der Waals)
• Propriétés spatiales de la liaison peptidique
- plans successifs alternent de part et d'autre = structure en
feuillet plissé
- plans successifs tournent régulièrement dans le même sens =
structure hélicoïdale
- absence de direction privilégiée = pelote statistique
34
 Structure secondaire

Structure ordonnée en hélice α d’une protéine.

35
Structure secondaire

Structure étirée en zig-zag du brin β

36
 Structure tertiaire

• Adoption de différents types de structure secondaire

• en différents endroits de la structure primaire

• ou selon les conditions extérieures

• Aboutit à la conformation spatiale de la protéine

• avec formation de zones fonctionnelles ou site actif

• acides éloignés dans la structure primaire peuvent se

placer à proximité les uns des autres, voire établir de
nouvelles liaisons
37
 Structure quaternaire

• Il arrive qu'une protéine seule ne soit pas fonctionnelle. Il faut

que plusieurs molécules de la même protéine s'associent pour
que la fonction soit assurée. On parle alors de monomères
s'associant en oligomères ou en polymères.

• l'association concerne plusieurs oligomères d'une même

protéine, mais parfois il s'agit de monomères de molécules
différentes

• Agents dénaturants : température, pH extrêmes, radiations,

produits chimiques 38
Structure quaternaire

Structure quaternaire d’une protéine

(4 chaînes peptidiques unies par des liaisons faibles) 39

 Structure quaternaire

les 4 sous-unités de l’hémoglobine et leur groupement prosthétique

40
 Propriétés des protéines

Solubilité : variable dépend des facteurs

• Electrolytes

Solubles dans les solutions faiblement concentrées en

électrolytes, précipitation par augmentation de la concentration

• pH

Solubilité minimale au pH isoélectrique

• Solvants organiques

Précipitent les protéines : alcool, acétone

41
 Propriétés et détermination du
poids moléculaire

• Filtration sur gel de dextrane

Chromatographie sur colonne avec filtration

paradoxale où le volume d’élution est inversement

proportionnel au poids moléculaire

42
 Propriétés et détermination du
poids moléculaire

• Ultracentrifugation. Sédimentation

Centrifugation à haute vitesse avec sédimentation

des protéines en fonction de leur poids moléculaire

43
 Propriétés et détermination du
poids moléculaire

• Electrophorèse

En gel de polyacrylamide (PAGE) en présence de

dodécylsulfate de sodium (SDS), toutes les protéines

migrent vers l’anode à une distance inversement

proportionnelle à leur poids moléculaire

44
 Détermination de la séquence des protéines
Composition en acides aminés

• Hydrolyse

Hydrolyse acide (HCl 6N) de toutes les liaisons peptidiques

avec destruction du Tryptophane

Hydrolyse alcaline (NaOH) qui préserve le Tryptophane

• Nombre d'acides aminés - Titration au formol

Formoltitration de la protéine entière puis de la protéine

hydrolysé donne une approximation du nombre de fonctions
acides et d’acides aminés
45
Détermination de la séquence des protéines
Détermination de la séquence propre en AA

• Détermination de l’acide aminé N-terminal

 Chimique
Sanger (DNFB)
Dansylation
Edman (PITC)
 Enzymatique
Aminopeptidase 46
Détermination de la séquence des protéines
Détermination de la séquence propre en AA

• Détermination de l’acide aminé C-terminal

 Chimique
Réaction à l'hydrazine : hydrazide de
tous les acides aminés sauf le C-terminal
 Enzymatique
Carboxypeptidase

47
 Détermination de la séquence des protéines
Détermination de la séquence propre en AA

• Détermination des autres acides aminés

 Méthode chimique

- Réaction avec le bromure de cyanogène (CNBr) :

hydrolyse les liaisons peptidiques engageant le
COOH de la Méthionine le transformant ensuite en
homoséryl-lactone

48
 Détermination de la séquence des protéines
Détermination de la séquence propre en AA

• Détermination des autres acides aminés

 Méthodes enzymatiques aux endopeptidases

- Trypsine : hydrolyse les liaisons peptidiques impliquant le

COOH des acides aminés basiques (Arginine et Lysine),

- Chymotrypsine : hydrolyse les liaisons peptidiques

impliquant le COOH des acides aminés aromatiques
(Phénylalanine, Tyrosine et Tryptophane)

49
 Fonctions des protéines

• Fonction structurale : collagène, protéines du cytosquelette

• Fonction de mobilité : actine, myosine, flagelles

• Fonction de communication cellulaire : hormones, récepteurs,

cytokines

• Fonctions de transport : hémoglobine, transferrine

• Fonction de défense immunitaire : anticorps

• Fonction catalytique : enzymes

• Énergétique 50
Etude de quelques protéines
particulières

51
 Peptides

• Association covalente (liaisons amides) de plusieurs acides aminés AA

(jusqu'à 100)

• Combinaisons linéaires le plus souvent.

• La séquence se note : Nt-AA1-AA2-AA3- ••.••••••.•• AAn-Ct

• AA incorporé dans une séquence appelé « résidu »

• Généralement, action biologique courte, les peptides étant très vite

dégradés par des peptidases

52
 Insuline et glucagon

• Deux hormones synthétisées par les îlots de Langhérans du pancréas

• Cellules β synthétisent l'insuline

• Cellules , le glucagon

• Insuline = hypoglycémiante (favorise la pénétration du glucose dans les

cellules périphériques)

• Glucagon = effet inverse : hyperglycémiant

• Equilibre entre ces deux hormones régule le taux de glucose sanguin

53
 Insuline et glucagon
• L’insuline
• Elle présente une structure ramifiée : deux chaînes peptidiques A (21 AA) et
B (30 AA), réunies par des ponts disulfures (liaisons covalentes).
• Les ponts disulfures permettent une structure tridimensionnelle rigide,
compacte et globulaire sous la forme d'un quartier d'orange. C'est la partie
convexe externe qui est reconnue par le récepteur membranaire spécifique.
• Ce sont surtout les régions Ct de A et de B au voisinage du 2e pont
disulfure qui sont engagées dans les interactions avec le récepteur.
• Les résidus qui interagissent directement avec le récepteur sont A19, A20,
A21, B12, B21 et B23.
• Importance des ponts disulfures : s'il y a réduction, l'activité biologique est
suspendue

54
 Insuline et glucagon

Structure de l’insuline : interaction avec le récepteur = A19, A20, A21 et B12, B21 et B23

55
 Insuline et glucagon

Synthèse de l'insuline

• Pré-pro-insuline (chaîne unique avec 33 AA en plus représentant le

peptide de connexion, entre Ct de B et Nt de A) qui commence par
l'extrémité Nt de B

• Sécrétion à l'extérieur de la cellule de la pro-insuline

• Action de peptidases spécifiques qui reconnaissent les AA basiques

• Libération de trois chaînes A, B et C ; A et B sont oxydées, et C n'a pas de

rôle physiologique dans la régulation de la glycémie
56
 Insuline et glucagon

• Le glucagon

• Il s'agit d'une hormone plus courte (29 AA), avec un

effet hyperglycémiant

57
 Glutathion

• Présent dans presque toutes les cellules, lutte contre l'oxydation cellulaire

• Le glutathion est un tripeptide (pseudo) : Nt-Glu-Cys-Gly-Ct ou GSH (-SH :

fonction thiol de la cystéine)

58
 Glutathion
• Coexistence des deux formes du glutathion

59
 Glutathion

• Dans la majorité de nos cellules, rapport [GSH]/[GSSG] ≈ 500

grâce à la glutathion réductase => caractère fortement réducteur
du compartiment cytosolique

• Rôle dans la cellule : lutte contre les radicaux peroxydants tels que
les hydroperoxydes ROOH, hydroxydes radicalaires qui restent
agressifs pour la cellule

60
 Glutathion

Action du glutathion contre les radicaux péroxydes

61
 Glutathion
• Au niveau des globules rouges, maintient l'ion fer sous sa forme Fe2+
indispensable pour le bon fonctionnement de l'hémoglobine

Action du glutathion sur l'hémoglobine des globules rouges

62
 La pénicilline

• Peptide antibiotique isolé d'un champignon, Penicillium chrysogenum, qui agit

par mimétisme moléculaire à effet bactéricide

• Possède un cycle organique lactame qui ressemble au dipeptide D-Ala-D-Ala

naturel produit par les bactéries

• Lorsque la bactérie se développe (formation de la coque de muréine pour

certaines d'entre elles), elle utilise le D-Ala-D-Ala

• En présence de pénicilline, la bactérie confond les structures et utilise

l'antibiotique d'où arrêt de la fabrication de la muréine (cf. inhibition des
enzymes)
63
 Les hémoprotéines : Hémoglobine et myoglobine
• L'hémoglobine (Hb) : 90% des protéines des globules rouges
• La couleur est due au fer de l'hème
• Rôle : transport de l’oxygène O2 des alvéoles aux tissus périphériques
• Transport et stockage de l'oxygène chez les animaux assuré par deux
molécules : hémoglobine et myoglobine
• Myoglobine (Mb) : rôle de stocker l'oxygène dans les muscles
• Protéines globulaires (environ 150 AA par chaîne) : 2 500 atomes pour la
Mb (1 seule chaîne) et plus de 10 000 atomes pour l’Hb (4 chaînes)
• Chaque chaîne protéique possède une partie non protéique (groupement
prosthétique) appelée hème (tétracyclique, hydrophobe, avec un noyau
porphyrine)
64
 Les hémoprotéines :
Hémoglobine et myoglobine
• Les chaines protéiques
• Structure primaire : Mb possède une seule chaîne de 153 AA. Hb = 4
chaînes différentes 2 à 2 (2 de 141 AA et 2β de 146 AA, mais le
repliement est à peu près identique)
• Structure secondaire : 75% de la chaîne de Mb et de chaque chaîne d'Hb =
hélices  (au total, 8 hélices de A à H)
• Structure tertiaire : présence de nombreuses liaisons hydrophobes (Van
der Waals) avec formation de la poche de l’hème
• Structure quaternaire : uniquement pour Hb avec formation de la poche du
2,3 DPG qui module la liaison avec l’O2 (libération) : Hb = tétramérique ou
oligomérique
• La structure IV est stabilisée par des liaisons faibles : liaisons hydrogène,
interactions hydrophobes et ioniques
65
 Les hémoprotéines :
Hémoglobine et myoglobine

66
 Les hémoprotéines :
Hémoglobine et myoglobine

Structure de la protoporphyrine IX et de l’hème

Noyaux tétrapyrrolique relié par des pont méthényl et substitué par 4 méthyl, 2
propionate et 2 vinyl et ayant un atome de fer ferreux hexacordonné au centre67
 Les immunoglobulines
• Relation strudure fonction
• Structure quaternaire fortement stabilisée par
des ponts disulfures.
• Ponts disulfures intrachaînes au niveau des
VH et des VL et deux ponts disulfures
interchaînes réunissant les deux chaînes
lourdes
• On trouve une chaîne légère unie à chaîne
lourde par pont disulfure au niveau du C-
terminal : ceci forme une zone charnière qui
permet de former un angle variable pour
l'adaptation à la taille de l'antigène.
• La chaîne H possède quatre domaines : VH,
CH1, CH2, CH3 très proches dans leurs
structures secondaires.
Les chaînes L peuvent varier au niveau de
• Les chaînes H sont stabilisées par deux ponts leur domaine constant ; on peut avoir des
disulfures au début du 3e domaine (donc
chaînes K (kappa) ou λ (lambda), soit 2 λ,
CH2).
ou 2 K 68
 Les immunoglobulines
5 classes d’Ig en fonction de la chaîne lourde (H)

69
 Hormones thyroïdiennes

• Sont des dérivés de la tyrosine.

• La glande thyroïde située à la base du coup joue un rôle

essentiel dans la croissance.

• Elle fabrique des dérivés iodés de la tyrosine à partir

d'ions iodure issus de l'alimentation

70
 Hormones thyroïdiennes

Mono-iodotyrosine Di-iodotyrosine

71
Hormones thyroïdiennes

Tri-iodothyronine (T3)

72
 Hormones thyroïdiennes

Tétra-iodothyronine ou thyroxine (T4)

En plus de l'intervention dans le développement, la glande thyroïde intervient comme un
thermostat pour l'organisme ; En cas de surfonctionnement, la température de l'organisme
s'élève.
73
Merci

74