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PARTIE I : Chapitre II / Acides amins, Peptides et Protines

ACIDES AMINES

1. Dfinition-Formules gnrales...
2. Rle des acides amins...............
3. Classification des acides amins.
4. Autres classifications des aminoacides..
5. Les acides amins non standards...
Aminoacides subissant une modification post-traductionnelle (protiques non standards)
Autres aminoacides (non protiques non standards)
6. Proprits des acides amins.....
6.1. Chiralit-Activit optique...
6.2. Spectre dabsorption de la lumire
6.3. Solubilit...
6.4. Proprits ioniques...
7. Mthodes danalyse des acides amins..
7.1. Chromatographie changeuse dion...
7.2. Electrophorse..

PARTIE I : Chapitre II / Acides amins, Peptides et Protines

Sur un ensemble de quelques 300 aminoacides, pour le moment inventoris, seuls 20 de ceux
ci composent les protines en tenant compte du fait que certains aminoacides non standard,
trouvs dans les protines, sont modifis aprs la traduction (modification posttraductionnelle).
Les noms de ces 20 aminoacides, dont le dernier tre caractris fut la thronine en 1935,
n'obissent aucune nomenclature et voquent soit leurs sources, soit leurs proprits
physiques ou encore un quelconque caractre analytique.
On a l'habitude d'utiliser des abrviations trois lettres ou une lettre pour cette srie de vingt
aminoacides.
1. Dfinition-Formules gnrales (Fig. II-01)
Les aminoacides ont en commun d'tre des molcules organique bifonctionnelles portant un
groupement amine (primaire) sur le carbone porteur du groupement carboxyle, dit carbone .
La fonction amine est une base et la fonction carboxyle est un acide (fonctions ionisables).
Ce sont des acides -amins (ou encore 2-amino-acides), exception pour la proline qui a une
amine secondaire (acide -imin). ( noter que la masse moyenne dun acide amin est
denviron 110 Da). Dans les valeurs de pH physiologique, les groupes acide carboxylique et
amino de l' -acide amin sont tous deux compltement ioniss (Fig. II-01). Un acide amin
peut donc agir la fois comme un acide ou une base. Les acides amins sont ainsi qualifis de
substances amphotriques ou ampholytes. Des molcules porteuses de groupes chargs de
polarit oppose sont appeles zwitterions ou ions dipolaires (Fig. II-01).
2. Rle des acides amins
Les acides -amins jouent un rle fondamental en biochimie comme constituants
lmentaires des protines : ils polymrisent en formant des liaisons peptidiques qui
aboutissent de longues chanes macromolculaires appeles peptides.
La dgradation des acides amins peut fournir aussi de lnergie, mais ils ne sont pas
stocks diffrence des sucres et des acides gras.
Les acides amins sont utiliss pour la synthse de molcules telles que hormones,
neurotransmetteurs etc. (ex. thyroxine, srotonine), comme mdiateur des ractions
allergiques (ex. histamine), cycle de lure (ex. citrulline et ornithine), coenzyme, antibiotique
(ex. cyclosrine et l'azasrine) etc.
3. Classification des acides amins (Fig. II-03-04)
Sept groupes d'aminoacides peuvent tre dfinis par rapport leurs chanes latrales :
a) Les acides amins chane aliphatique (aa neutre):
Glycine Alanine Valine Leucine Isoleucine
Les chanes aliphatiques plus grandes sont hydrophobes et ont tendance sagglomrer. La
structure tridimensionnelle des protines hydrosolubles est stabilise par le regroupement des
chanes latrales hydrophobes.
b) Les acides amins chane latrale aromatique :
Phnylalanine Tyrosine Tryptophane
Ces trois acides amins sont trs hydrophobes.
c) les acides amins soufrs :
Cystine Mthionine

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Les chanes latrales contenant du soufre sont hydrophobes. Le groupe sulfhydryle de la


cystine est trs ractif et joue un rle spcial dans larchitecture de certaines protines en
formant des liaisons disulfures.
d) Les acides amins hydroxyls :
Srine Thronine
Ces acides amins sont hydrophiles.
e) Les acides amins basiques :
Lysine Arginine Histidine
La lysine et larginine sont charges positivement PH neutre. Lhistidine est rencontre dans
le site actif des enzymes ou son noyau imidazole peut osciller entre 2 tats afin de catalyser la
formation ou la rupture de liaison.
f) Les acides amins dicarcoxyliques et leurs amides :
Aspartate Glutamate Asparagine Glutamine
g) iminoacide, la proline :
Elle a une fonction amine secondaire (chaine latrale cyclique, Le groupe -amino est engag
dans une structure cyclique).
Elle est souvent rencontre dans les coudes bta des chanes protiques reployes.
4. Autres classifications des aminoacides
Par rapport la structure et la fonction des peptides et des protines, la classification des
aminoacides a t faite en tenant compte essentiellement des interactions de l'aminoacide avec
son environnement, c'est--dire les liaisons faibles: liaisons lectrostatiques, hydrogne,
interactions hydrophobes. On distingue trois classes sur le critre de la polarit de la chane
latrale (R) :
- R apolaire (hydrophobe)
Gly, Ala, Val, Pro, Met, Leu, Ile, Phe, Trp
- R polaire mais non charg pH physiologique (hydrophile)
Ser, Asn, Thr, Gln
- R polaire et charg (plus ou moins hydrophile selon le pH)
Asp, Glu, Cys, Tyr, Lys, His, Arg
Les animaux suprieurs sont incapables de biosynthtiser la totalit de ces aminoacides.
Chez l'homme, Iso, Leu, Lys, Met, Phe, Trp, Thr et Val doivent tre apports par la ration
alimentaire, ils sont qualifis d'indispensables (essentiels). A ceux-ci, on peut ajouter des
aminoacides essentiels que l'organisme synthtise une vitesse trop lente : l'arginine et
l'histidine, qui sont indispensables pour le nouveau-n ou l'enfant. Le reste sont dit acides
amines dite non essentiels car l'organisme humain les synthtise par des voies mtabolique
appropries.
5. Les acides amins non standards (Fig. II-06)
Les acides amins non standard sont soit :
- acide amin d'une protine modifi aprs la traduction (modification post-traductionnelle)
- des intermdiaires de la biosynthse d'autres aminoacides, des lments de construction
d'autres molcules (lipides, coenzymes) ou encore des molcules actives.

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Aminoacides subissant une modification post-traductionnelle (protiques non standards)


Ces modifications peuvent concerner dans les protines, les groupes des extrmits terminales
ou ceux qui appartiennent la chane latrale. Citons titre dexemple : 4-hydroxyproline, 5hydroxylysine, -carboxyglutamate, desmosine etc.
Autres aminoacides (non protiques non standards)
Citons quelques drivs importants :
Les drivs obtenus par dcarboxylation :
- histidine dcarboxyle en histamine qui entre en jeu dans les ractions d'inflammation et
dallergie
- acide glutamique dcarboxyl en 4-aminobutanoique (GABA) qui est un neurotransmetteur
Chez les mammifres, citons :
- l'ornithine (homologue 5 carbones de la lysine) et la citrulline (driv amide du prcdent)
sont des intermdiaires du cycle qui convertit dans le foie l'ion ammonium en ure.
- la taurine est un acide 2-aminosulfonique (oxydation de la cystine en acide cystique puis
dcarboxylation de ce dernier) qui entre dans la composition des sels biliaires ncessaires
l'absorption des lipides.
Chez les plantes, champignons et bactries, citons :
- le poison -cyanoalanine, scrt par des plantes et des champignons
- la bactrie Streptomyces scrte des antibiotiques comme la D-cyclosrine et l'azasrine,
cette dernire est employe dans des thrapeutiques pour ses proprits antifongique et
antitumorale.
6. Proprits des acides amins
6.1. Chiralit-Activit optique (Fig. II-02)
Tous les acides amins, sauf la glycine, ont un carbone chiral au centre, puisque ce carbone
central est li quatre groupes diffrents (R, H, COOH, NH2). Cest donc un centre chiral
dont la conformation dfinira les stroisomres, isomres optiques pouvoir rotatoire
spcifique oppos. Chacun des acides amins, sauf la glycine, existent donc sous la forme de
deux nantiomres (formes L et D qui sont l'image miroir l'une de l'autre). Les deux
nantiomres sont dfinis de la mme manire que pour les oses en prenant le glycraldhyde
comme rfrence dans la reprsentation de Fischer. Comme c'est le cas avec la plupart des
exemples de ce type, la nature synthtise et utilise seulement un des deux nantiomres de
chacun des acides amins, soit la forme L. Tous les acides amins qui constituent les protines
du corps humain sont de la forme nantiomrique L. Les acides amins de la forme D sont
extrmement rares dans la nature. Certains sont retrouvs au niveau de la paroi cellulaire de
certaines bactries. Ces acides amins sont le rsultat de modifications post-traductionnelles.
Comme pour les oses, aucune prdiction du pouvoir rotatoire ne peut tre faite : un amino
acide de la srie L peut tre lvogyre ou dextrogyre. Le carbone 3 () de la thronine et de
l'isoleucine est aussi un centre chiral : leur nantiomre (L) existera sous deux formes
pimres. On affecte le prfixe "allo" l'pimre que l'on ne trouve pas dans les protines
La racmisation est le passage d'un nantiomre un autre. Certains microorganismes
peuvent utiliser ou produire des aminoacides D, par exemple les antibiotiques peptidiques
scrts par des bactries :
- une D-Phe dans la gramicidine S et la tyrocidine A
- 6 aminoacides D (D-Leu et D-Val) sur les 15 de la gramicidine A.

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Cette particularit augmente la rsistance de ces peptides la dgradation par des enzymes
protolytiques dont une spcificit est d'agir que sur des aminoacides de srie L.
Une solution d'aminoacide L volue trs lentement vers un l'quilibre racmique. Aprs la
mort d'un organisme vivant qui ne contient que des aminoacides de srie L, on aura une
volution lente vers l'quilibre racmique pour chacun d'entre eux : l'valuation du rapport
D/L de l'acide aspartique est utilise comme mthode de datation de fossiles.
6.2. Spectre dabsorption de la lumire
- les aminoacides n'absorbent pas la lumire visible, leurs solutions sont incolores.
- les bandes d'absorption dans l'infrarouge sont caractristiques de leurs chanes latrales
- les chanes latrales aromatiques des aminoacides ont des spectres d'absorption
caractristiques dans l'ultraviolet moyen :

Spectres d'absorption des aminoacides aromatiques dans l'ultra-violet

La phnylalanine absorbe peu et le tryptophane est 4 fois plus absorbant que la tyrosine au
maximum d'absorption, proche de 280 nm. Cette proprit est trs souvent utilise pour le
dosage des peptides et des protines.
Remarquons que l'absorption de la tyrosine dans l'UV sera dpendante de l'tat d'ionisation du
phnol et par consquent du pH.
6.3. Solubilit
Gnralement les acides amins sont solubles dans l'eau, pas dans les solvants organiques (la
nature du radical peut cependant modifier cette solubilit).
La solubilit des aminoacides dans l'eau (de un gramme une centaine par litre) va dpendre
essentiellement de deux facteurs :
- le double groupement fonctionnel commun qui peut s'ioniser et donc favoriser la dissolution
- la chane latrale qui peut avoir un caractre plus ou moins polaire ou apolaire.
La solubilit dans les solvants organiques est faible de quelques mg/L et encore moins dans
les solvants plus apolaires. En prsence de deux phases liquides (thanol/eau), les
aminoacides se rpartissent dans les deux phases avec des coefficients de partage spcifique :
cette proprit est utilise pour les classer.
6.4. Proprits ioniques (Fig. II-07-08)
Lorsque l'acide amin est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le mme
carbone et pour certains un troisime sur la chane latrale.
L'un des deux groupements est un acide (carboxylique) et l'autre est une base (amine). C'est
une molcule amphotre. Les aminoacides qui portent au moins une fonction carboxylique et
une fonction amine se prsenteront en solution aqueuse sous diverses formes en quilibre,
charges positivement ou ngativement.

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Nous pouvons faire la remarque importante suivante :


- pI, le point isolectrique est un pH intermdiaire o un acide amin est neutre et na aucune
charge.
- pour un pH infrieur la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est
positive
- pour un pH suprieur la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est
ngative
Aminoacides chane latrale ne comportant pas de groupe ionisable
Les pK des groupes -COOH et -amin sont trs diffrents, celui correspondant l'acide
tant beaucoup plus faible. Les quilibres successifs de dissociation s'crivent avec les
constantes individuelles de dissociation (gales aux constantes successives dans ce cas).
La forme qui porte une charge nette nulle est un ion mixte ou bipolaire ou encore zwitterion.
Dans ce cas le pI = pK-COOH + pK-NH2/2
- pour un pH < pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne positive
- pour un pH > pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne ngative
Aminoacides chane latrale comportant une fonction acide
Dans le cas d'une fonction carboxylique, le phnomne d'ionisation est reprsent par les
quilibres successifs suivants (le pK du COOH de la chane latrale est plus lev que le pK
du -COOH et plus faible que le pK de l' -amine) :
Dans ce cas le pI = pK-COOH + pKR-COOH/2
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour l'acide glutamique : la forme portant une charge nette
nulle est au centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions carboxyliques et
leurs pK ont des valeurs trop proches. Il en est de mme pour l'acide aspartique.
Aminoacides chane latrale comportant une fonction base
Ces aminoacides portent une amine sur leur chane latrale. Le phnomne d'ionisation est
reprsent par les quilibres successifs suivants (le pK de la fonction -amine est plus faible
que celui de la fonction R-amine) :
Dans ce cas le pI = pK-NH2 + pKR-NH2/2
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour la lysine : la forme portant une charge nette nulle est au
centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions amines et leurs pK ont des
valeurs trop proches. Il en sera de mme pour l'histidine et l'arginine avec toutefois une
"petite" zone isolectrique puisque les deux quilibres concerns ont des valeurs de pK
diffrentes de 3 units.
Dans l'criture des quilibres successifs, il faut remarquer que, pour l'histidine, la fonction Ramine perdra son proton avant celle -amine.
Rcapitulatif des pK des fonctions ionisables

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7. Mthodes danalyse des acides amins


L'extraction des acides amins libres peut se faire simplement l'eau, puisqu'ils sont solubles.
On les spare sur des colonnes changeuses d'anions ou de cations (chromatographie
changeuse dion), c'est dire en fonction de leur caractre acide ou basique un pH donn :
on recueille ainsi trois fractions, acide, basique et neutre.
La sparation fine se fait gnralement par chromatographie (papier, basse ou haute pression,
CCM,). On utilise frquemment l'lectrophorse (sur papier) pour analyser les acides
amins.
7.1. Chromatographie changeuse dion
C'est en 1951, l'institut Rockefeller (universit de New York) que Stanford Moore et
William Stein dcrivent la mthode de chromatographie d'change d'ions en utilisant comme
support du polystyrne sulfonat pralablement quilibr avec une solution de NaOH.
Grce cette mthode, ils ont pu dterminer le site actif de la Ribonuclase bien avant que
l'on puisse tablir sa structure tridimentionnelle. Ils ont ainsi montr que ce site tait constitu
de 2 rsidus spcifiques de l'histidine.
La chromatographie changeuse dions se ralise sur des rsines (matrice insoluble) charges
lectriquement. Gnralement, elles se font sur des rsines sur lesquelles des groupements de
charges positives ou ngatives sont lies par covalence. Les acides amins sparer (en
solution) sont passes sur ces rsines. Ils y adhrent s'ils sont de charge oppose au support.
La rsine (dans une colonne) insoluble porte des charges ioniques qui retiennent les molcules
de charges opposes. Les matrices gnralement utilises pour sparer des protines sont le
DiEthylAminoEthyl Cellulose (DEAE-Cellulose) qui est charg positivement (+) et la
CarboxyMthyl Cellulose (CM-Cellulose) et la Phosphocellulose qui sont charges
ngativement (-). Le premier cas donne lieu une chromatographie changeuses d'anions. Le
second cas correspond une chromatographie changeuse de cations.
Rsine changeuse
Ions fixs Charges lectriques rsine
d'anions (-), exemple: DEAE-cellulose anions (-) positives (+)
de cations (+), exemple: CM-cellulose cations (+) ngatives (-)
La force d'association entre les molcules charges et la matrice dpend de la force ionique et
du pH de la solution d'lution (solution tampon).
Le passage sur la colonne d'une solution luante, plus charge que la rsine entre en
comptition avec la rsine. Ceci permet de dcrocher les lments fixs.
Ainsi, pour la chromatographie des acides amins, ceux ci seront spars en fonction de leur
charge lectrique. Les lus (non fixs la colonne) seront ceux de mme charge que la
rsine. Tandis que ceux de charge oppose seront fixs. Plus lacide amin a un pHi loign
du pH du milieu, plus il sera acide ou basique par rapport celui-ci, donc dautant plus
charg. Il sera le premier tre lu ou fix, s'il est ou nest pas de mme charge que la rsine,
respectivement.
La chromatographie d'change d'ions se ralise en 4 tapes:
Premire tape: la rsine est quilibre dans un tampon dont le pH est tel que le groupement
port par l'changeur d'ions soit ionis.
Deuxime tape: dpot des molcules sparer sur la colonne. La solution est dans le mme
tampon de pH qui a permis dioniser l'changeur d'ions.

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Troisime tape: lution des molcules fixes sur la rsine soit en modifiant le pH de la
phase mobile de telle sorte que les molcules qui sont charges ne le soient plus (pHi de
chaque acides amins) ou qu'elles portent une charge de mme signe que l'changeur d'ions. Il
n'y a plus alors d'interaction lectrostatique entre les molcules et le groupement charg port
par la rsine. Soit, en ajoutant un sel ( une concentration croissante) qui apporte forcment
un ion de mme charge que les molcules fixes la rsine: cet ion s'appelle un contre-ion.
Quatrime tape: rgnration de l'changeur d'ions (par lavage extensif avec une solution
de pH permettant de remettre les charges dans leur valeur initiale).

TrGlu/pHiGlu
TrAla/pHiAla

pH=1

Gradient de pH de la
solution tampon (luant)

Tr0

Temps de rtention

pH=13
Trt

Chromatogramme dchange dion


Les applications de la chromatographie d'change d'ions :
Cette technique est utilise pour sparer des molcules ionisables, quelle que soit leur taille
comme des ions minraux, acides amins, peptides, protines, nuclotides, acides nucliques,
glucides ioniss et lipides ioniss.
7.2. Electrophorse
Llectrophorse est - avec la chromatographie - la principale des techniques utilises en
biologie pour la sparation et la caractrisation des molcules. Elle a quelques applications en
chimie, mais est principalement utilise en biochimie ou biologie molculaire pour la
sparation des acides amins, des protines, des acides nucliques ou toutes molcules
charges.
On appelle lectrophorse, la migration des substances (acides amins, peptides, protines,
acides nucliques etc.) dissoutes ou en suspension dans un solvant sous l'action d'un champ
lectrique. Elle peut avoir lieu en phase liquide ou sur un support imprgn d'un lectrolyte
support convenablement choisi (acides amins/papier, protines/gel polyacrylamides, acides
nucliques/gel dagarose). L'lectrophorse peut tre utilise des fins de chimie prparatrice
ou analytique, et dans ce dernier cas, des buts, tant qualitatifs que quantitatifs.
Le support est plac dans une solution tamponne (pH choisi convenablement) et soumis un
champ lectrique. En fonction du pH et du champ, les acides amins migrent dans un sens,
dans l'autre, ou restent au niveau du dpt.

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En solution aqueuse, les acides amins se prsentent comme un mlange de diffrentes formes
ionises: cation, anions et zwitterion. La forme prdominante et, par consquent, le sens de
migration de l'acide amin dpendent donc du pH de la solution tampon.

Montage simple dune lectrophorse sur papier

On appelle mobilit d'un ion, la vitesse limite atteinte par cet ion dans un champ lectrique
unitaire. Si on tablit une diffrence de potentiel entre les extrmits d'une bande de papier
imprgne par un lectrolyte convenable, une goutte de solution contenant les acides amins
sparer tant dpose sur la bande, les constituants ioniques se dplacent sous l'action du
champ lectrique avec leurs vitesses propres. Les dplacements peuvent tre suivis et mesurs
aprs rvlation par la ninhydrine dans le cas des acides amins (bleu de comassi pour
protines et bromure dthudium pour les acides nucliques).

Electrophorgramme acides amins

En rsum, la technique de l'lectrophorse est fonde sur le dplacement d'ions (molcules


charges positivement ou ngativement) sous l'effet d'un champ lectrique. Du fait de leurs
caractristiques propres et en fonction des conditions de l'lectrophorse ces ions auront des
vitesses de migration diffrentes, ils vont donc se sparer les uns des autres.
Les molcules anioniques (-) migrent vers l'anode (+) et les molcules cationiques (+) se
dplacent vers la cathode (-).