Biochimie: 1 Année de Médecine S1

UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT
FACULTE DE MEDECINE ET DE
PHARMACIE
BIOCHIMIE
1ère Année de Médecine
S1
Pr. Laila BENCHEKROUN
2020- 2021
06/10/2020
COURS DE BIOCHIMIE GENERALE

1 AM
PAERIE II
 STRUCTURE DES ACIDES AMINES/PEPTIDES/PROTEINES
 ENZYMOLOGIE
 METABOLISME DES ACIDES AMINES
STRUCTURE DES ACIDES

AMINES/PEPTIDES/PROTEINES
PR L. BENCHEKROUN
COURS DE BIOCHIMIE STRUCTURALE
PREMIERE ANNEE MEDECINE
2020/2021
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PLAN
INTRODUCTION GENERALE
CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINES: STRUCTURE ET PROPRIETES
CHAPITRE 2 : LES PEPTIDES
CHAPITRE 3 : LES PROTEINES
PR L. BENCHEKROUN COURS DE BIOCHIMIE STRUCTURALE 1 ERE A M FMPR
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Protéines = premier  rôle primordiale dans la matière vivante

biomolécules de première importance :
 Par leur présence universelle dans le monde vivant (à
l’exception des viroïdes).
 Par leur abondance cellulaire (50% du poids sec)
 Par leur extrême diversité : elles assurent des fonctions
vitales (structurales et dynamiques), sont le support de la
spécificité des "espèces".
 Jouent diverses rôles :

• Catalyseurs et régulateurs des voies métaboliques
(Enzymes)
• Rôle constitutif passif ou actif (cytosquelette, actine,
myosine…)
• Récepteurs Cellules reconnaissent les Hormones et
d’autres signaux de l’environnement et d’y répondre
• Rôle de défense ou d’attaque ( Anticorps)
• Transport de l’Oxygène: Hémoglobine
• Nutritives Etc …
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 Protéines= Macromolécules, polymères d’acides aminés,
 Les AA sont réunis entre eux par des liaisons peptidiques
Acides Aminés (AA) = élément de base d’une protéine
 La protéine est formée d’un grand nombre d’AA >100
 Le peptide est formé d’un nombre restreint d’AA < 100
 Les acides α aminés et leurs dérivés, participent à des
fonctions cellulaires aussi variées: transmission nerveuse,
biosynthèse des porphyrines, des purines, des pyrimidines, et
de l’urée
 Les peptides ont un rôle important dans le système
neuroendocriniens (hormones, facteurs de libération des
hormones, neuromodulateurs ou neurotransmetteurs)
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 D’autres peptides d’origine bactériens ont des propriétés
thérapeutiques ( antibiotique Bacitracine, antitumorale
Bléomycine) ou toxiques ( les peptides de cyanobactéries
Microcystine et la Nodularine sont mortels à haute dose)
CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINES

STRUCTURE ET PROPRIETES
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OBJECTIFS
 Reconnaitre la structure des différents acides aminés et leurs

dérivés
 Connaitre propriétés physiques, chimiques et biologiques des

acides aminés et de leurs dérivés
 Décrire les méthodes d’identification et de dosage des acides

aminés
PLAN
I. DEFINITION
II. CLASSIFICATION DES ACIDES AMINÉS
III. LES PROPRIÉTÉS DES ACIDES AMINÉS
IV. LES DÉRIVÉS DES ACIDES AMINÉS
V. MÉTHODES D’IDENTIFICATION ET DE DOSAGE DES ACIDES
AMINÉS
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I. DEFINITION
I. DEFINITION
Les Acides Amines (AA) = substances organiques

 Une fonction acide carboxylique
 Une fonction amine primaire
Portés sur un même atome de carbone = l’atome de C α, ou le C 2
(le C 1 est l’atome de carbone carboxylique) Acides α aminés
 Une chaine latérale ou un radical (R), qui différencie les AA
entre eux
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I. DEFINITION
20 AA sont constitutifs des protéines naturelles

Parmi les 20 AA communs on distingue :
 AA indispensables ou essentiels (8) : l’organisme est
tributaire de l’alimentation qui doit fournir soit l’AA soit son
précurseur. Valine, Leucine, Isoleucine, Méthionine,
Thréonine, Lysine, Phénylalanine, Tryptophane
 Les AA non indispensables : Produits par l’organisme à partir

de composés intermédiaires du métabolisme
I. DEFINITION
L’arginine et l’histidine deviennent essentiels en cas de grossesse et

chez l’enfant
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I. DEFINITION
Les AA  Rôles multiples :

 Structurale: sont les monomères des protéines
 Energétique: peuvent être comme le glucose, les AG, et les
corps cétoniques, substrats énergétiques
 Métabolique: sont précurseurs de molécules d’intérêt
biologique exp: les hormones thyroïdiennes formés à partir de
la tyrosine…..
 Fonctionnel: exp Glutamine qui est un neurotransmetteur
PLAN
I. DEFINITION
AMINÉS
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II. CLASSIFICATION DES AA
Les AA peuvent être classés selon :
 La structure de la chaine latérale R

 La polarité de la chaine latérale R

1. CLASSIFICATION SELON LA STRUCTURE DE LA CHAINE LATÉRALE R
Sept groupes d’AA:

 Groupe 1 : acides aminés aliphatiques
 Groupe 2 : acides aminés hydroxylés
 Groupe 3: acides aminés soufrés
 Groupe 4 : acides aminés dicarboxyliques et leurs amides
 Groupe 5 : acides aminés dibasiques
 Groupe 6: acides aminés aromatiques
 Groupe 7 : iminoacide
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Groupe 1 : acides aminés aliphatiques
2 sous groupe :
 Acides aminés aliphatiques linéaires: Glycine, Alanine.
 Acides aminés aliphatiques ramifiés: Valine, Leucine,
Isoleucine

Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques linéaires
Glycine ou Glycocolle « Gly » ou « G »
o Le plus petit AA : R=H, PM = 75 Daltons

o Le seul AA sans C asymétrique
o Présent en particulier dans le collagène,
la fibroïne de la soie et l’élastine
o Constituant de l’Hb et de l’Ac
glycocholique (Ac biliaire)
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Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques linéaires
Alanine « Ala » ou « A »
R = CH3

Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques ramifiés

AA indispensables
Valine (Val, V) Leucine (Leu, L) Isoleucine (Ile, I)
R = Isopropyle R = Isobutyle R = Butyle secondaire
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Groupe 2 : Acides aminés hydroxylés
Sérine « Ser », « S » Thréonine « Thr », « T »:

R = Alcool primaire R = Alcool secondaire
AA essentiel

Groupe 2 : Acides aminés hydroxylés
o Le groupement hydroxyle de la Ser et de la Thr peut

s’engager dans des liaisons hydrogènes avec la molécule
d’eau ou d’autres AA de la chaine polypeptidique
o Ces 2 AA ont un rôle actif dans la catalyse enzymatique
o Sont des sites privilégiés de modifications post
traductionnelles : leur phosphorylation réversible contrôle
l’activité de certaine E et Protéine
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Groupe 3: acides aminés soufrés
Cystéine « Cys », « C »
R= Groupement thiol très
réactif
o Constitue le site actif des E dites à cystéine

o Réaction d’oxydation entre 2 molécules de Cys  Cystine
(Pont disulfure entre les 2 SH) : Stabilise les structures
tridimensionnelles. Présente dans beaucoup de protéines

Cystéine « Cys », « C »
R= Groupement thiol très
réactif
Pont disulfure
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Méthionine « Met », « M »:
R= Groupement thioéther
o AA indispensable
o C’est un donneur de groupement méthyle sous forme activé
« SAM = S-adénosylméthionine» dans les réactions de
méthylation »

Groupe 4 : Acides aminés dicarboxyliques et leurs amides
β α
Acide aspartique « Asp », « D »
R= Groupement β-carboxyle
o C’est le plus acide de tous les AA

o Donneur de –NH2 pour la synthèse de l’urée par le foie et la
synthèse des acides nucléiques
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γ β
Acide glutamique « Glu » « E » α
R= Groupement γ-carboxyle
Ces 2 AA (Glu, Asp) jouent un rôle important dans les réactions de

transamination

Asparagine « Asn » ou « N » Glutamine « Gln » ou « Q »
o Le groupement –OH de la deuxième fonction carboxylique est

remplacé par un –NH2  Amide
o Asn et Gln sont impliqués dans le transport et la mise en
réserve de l’azote aminé
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Groupe 5 : acides aminés dibasiques
Lysine « Lys » ou, « K »

R= Groupement ε-amino
o AA indispensable
o Son hydroxylation post transcriptionnelle donne
qui se trouve particulièrement dans le collagène

Histidine « His » ou « H »
R= Groupement imidazole
AA indispensable pendant la
croissance
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Arginine « Arg » ou « R »
R= Groupement guanidine
o AA indispensable pendant la croissance

o C’est le plus basique des AA
o Précurseur de l’urée (déchet métabolique, provenant du
métabolisme des AA. petite molécule hydrosoluble éliminée
dans les urines), et de la créatine (Forme de réserve d’En sous
forme de créatine-P au niveau du muscle)

Groupe 6: acides aminés aromatiques
Phénylalanine « Phe » « F »
R= Groupement phényle
o AA indispensable
o L’hydroxylation de la Phe sous l’action de la Phe hydroxylase 
Tyrosine = OH Phe
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Tyrosine « Tyr » ou « Y »
R= Groupement phénol
o AA non indispensable sauf en l’absence de la Phe

o Provient de l’hydroxylation de la Phe sous l’action de la Phe
hydroxylase: Tyr = Hydroxy Phe
o Le déficit en Phe hydroxylase  Phénylcétonurie
o Tyr = précurseur des Hormones Thyroïdiennes, et des
Catécholamines

Tryptophane « Trp » « W »
R= Groupement indole
AA indispensable
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Groupe 7 : iminoacide
Proline « Pro » ou « P »
o Le groupe α-amino est engagé dans une structure cyclique.

L'amine est une amine secondaire (imine)
o Son hydroxylation post transcriptionnelle donne
qui se trouve particulièrement dans le collagène
Les AA peuvent être classés selon :

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2. CLASSIFICATION SELON LA POLARITÉ DE LA CHAINE LATÉRALE R
3 Groupes principaux
o R non-polaire ou hydrophobe : aliphatique et aromatique
o R polaire non chargé
o R polaire chargé : AA acides, AA basiques

2. CLASSIFICATION SELON LA POLARITÉ DE LA CHAINE LATÉRALE R
• 4 AA à R linéaires :Ala, Val, Leu, Ile

Groupe 1. R non-polaire ou • 1 AA à R cyclique : Pro
hydrophobe : aliphatique et aromatique • 1 AA à R souffré : Met
Insoluble ou très peu soluble dans l’eau • 2 AA à R aromatiques : Phe, Trp
• Gly
• 3 AA où R est une fonction
Groupe 2. R polaire non chargé alcool: Ser, Thr, Tyr
R peut former une liaison hydrogène • 1 AA à R souffré : Cys
avec l’eau (sauf Gly)
• 2 AA à R est une fonction amide:
Asn, Gln
Groupe 3. R polaire chargé : AA acides, • AA basiques : Lys, Arg, His
AA basiques • AA Acides: Glu, Asp
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PLAN
I. DEFINITION
AMINÉS
Les propriétés physiques Les propriétés chimiques
• La solubilité • Les propriétés ioniques

• Les séries D et L • Les propriétés liées à la
• Les propriétés optiques fonction COOH
• Les propriétés liées à la
fonction NH2
• Propriétés liées à la présence
« COOH » et « NH2 »
• Propriétés liées à la chaine
latérale « R »
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1. Les propriétés physique

 La solubilité
 Les séries D et L
 Les propriétés optiques
2. Les propriétés chimiques
 Les propriétés ioniques
 Les propriétés liées à la fonction COOH du carbone α
 Les propriétés liées à la fonction NH2 du carbone α
 Propriétés liées à la présence simultanée en α des
fonctions « COOH » et « NH2 »
 Propriétés liées à la chaine latérale « R »

1. LES PROPRIÉTÉS PHYSIQUE
1.1. LA SOLUBILITÉ
Dans l’eau
Elle dépond de :
o La nature de radical « R » : taille, charge, nombre de –CH2-
o Le pH de la solution
o La nature et la concentration des ions présents dans la solution
En générale les AA sont soluble dans l’eau, cette solubilité
diminue avec le nombre de C du radical R, et augmente avec la
présence de NH2, COOH, et OH de R
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1.1. LA SOLUBILITÉ
Dans les solvants organiques :
o Solubilité variable et faible selon les AA
o Cette variabilité permet leur séparation par les techniques
chromatographiques

 La solubilité
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1.2. Les séries D et L
o un carbone asymétrique C* = un C portant 4 radicaux

différents, qui est le carbone α.
o Tous les acides aminés sauf le glycocolle possèdent un C*
o Un acide aminé existe donc sous forme de deux
énantiomères symétriques l’un par rapport à l’autre.

o C* n'est pas représenté,

o Le groupe carboxyle -COOH est
obligatoirement projeté en haut
et le résidu R- (ici –CH3) en bas,
o Le NH2 et H sont à gauche ou à
droite
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NH2 est à gauche NH2 est à droite

série L série D
Tous les acides aminés naturels sont de la série L

 La solubilité
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1.3. LES PROPRIÉTÉS OPTIQUES
Le pouvoir rotatoire:
o Deux énantiomères ont mêmes propriétés physiques et
chimiques, mais différents en outre de leur propriétés
biologiques, par leur activité optique sur la lumière polarisée
Dextrogyre (+) Lévogyre (-)
Dévie le plan de Dévie le plan de

polarisation à droite polarisation à gauche
C’est le cas de la plus
part des AA

Le pouvoir rotatoire:
L’appartenance d’un AA à la série D ou L, ne préjuge pas son
pouvoir rotatoire qui peut être (+ ) ou (-)
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Absorption de la lumière ultra-violette:

o Les acides aminés aromatiques ( Tyr, Trp, Phe) absorbent dans
l’U.V entre 260 et 280 nm, grâce à leur noyau aromatique
 ≈ 280 nm  Trp et Tyr

 ≈260 nm  Phe

Absorption de la lumière ultra-violette:
o L’absorption lumineuse est proportionnelle à la

concentration des molécules  intérêt : Dosage des
peptides et des protéines par spectrophotométrie en UV
o Les AA n’absorbent pas la lumière visible (sont incolores)
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 La solubilité

2. LES PROPRIÉTÉS CHIMIQUES DES AA
2.1. LES PROPRIÉTÉS IONIQUES :
o Les acides aminés sont amphotères, ou ampholytes ( =

base & acide ):
Une fonction acide (carboxylique = COOH/COO-)
Une fonction basique (amine = NH+3/NH2).
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o Un AA peut être ionisée (chargé) sur sa :

* Fonction carboxylique (COOH  COO-)
R-COOH + H2O ⇔ R-COO- + H3O+
* Fonction amine (NH2  NH3+)
R’-NH2 + H3O+ ⇔ R’-NH3+ + H2O
* Chaine latérale si celle-ci est ionisable (AA acides, et
basiques)

o AA existe sous différentes formes ionisées selon le pH du milieu:
A pH Acide  excès de H+ , NH2  NH3+
A pH Basique  Excès de OH - , COOH  COO-
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o AA existe sous différentes formes ionisées selon le pH du milieu:
A pH neutre (pH 7) en milieu aqueux, l’ionisation portant sur les

deux fonctions acide et amine, l’AA est sous forme d’ampholyte, ou
ion mixte dipolaire, ou zwittérion,

Si un AA passe du pH acide au pH alcalin, il prendra

successivement les formules suivantes
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Du pH Acide vers le pH alcalin, un AA perd successivement 2

protons, 2 constante de dissociation = 2 pK :
o Le premier pK (pK1, ou K1), entre pH 2 et 3 pour les AA
correspond à la dissociation du –COOH.
o Le second pK (pK2, ou K2), entre pH 9 et 10 pour les AA
correspond à la l’ionisation du –NH2.
R
Le pK d’une fonction = le pH de demi-dissociation d’un

groupement c'est-à-dire le pH du milieu pour lequel 50% du
groupement est dissocié.

Entre les deux pK, on définit le point isoélectrique ou le pH

isoélectrique (pHi) = c’est le point où la somme des charge
« + » est égale à la somme des charge « - », donc la charge
globale est nulle.
pHi = 1/2 (pK1 + pK2)
Le pHi est caractéristique de chaque acide α -aminé
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pHi
ion mixte dipolaire
Si pH = phi, la charge de l’acide aminé est nulle

Si pH < phi, la charge de l’acide aminé est positive
Si pH > phi, la charge de l’acide aminé est négative

pHi
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Intérêt : cette propriété est utilisée pour séparer les AA ou

les protéines d’un mélange par la technique
électrophorètique.

 La solubilité
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2.2. LES PROPRIÉTÉS LIÉES À LA FONCTION COOH DU C α

a. La décarboxylation
Les décarboxylases enlèvent le carboxyle des acides aminés

sous forme de CO2  formation d’amine.
Les amines formées ont des activités physiologiques
importantes
Exemple : La décarboxylation de l’histidine  l’histamine
(médiateur des réactions allergiques et inflammatoires)

b. L’Amidation
Avec la fonction amine d’un autre acide aminé : cette réaction

est à la base de la liaison peptidique au cours de la synthèse
des protéines.
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b. L’Amidation
AA1 AA2
Liaison peptidique (fonction
amide) entre le COOH de AA1 et
NH2 de AA2

 La solubilité
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2.3. LES PROPRIÉTÉS LIÉES À LA FONCTION NH2 DU C α
a. α- N- acylation
la fonction amine peut réagir avec des acides (acyl)
o L’acide benzoïque
L’acide hippurique = forme d’élimination de l’acide benzoïque

(processus de détoxification)

a. α- N- acylation
o Chlorure de Dansyle
La réaction avec le chlorure de dansyle  dérivé sulfamide

fluorescent.
Intérêt: déterminer l’AA N terminal d’un peptide (voir
détermination de la séquence des peptides)
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b. N-arylation
C’est la substitution d’un atome d’H de la fonction amine par un
radical aromatique (aryl)
Intérêt: Réaction utilisée pour déterminé l’AA N-terminal d’un

peptide (la dégradation de Sanger)


c. Réaction avec les aldéhydes :
o Aldéhyde aliphatique
Il se forme des composés d’addition c’est l’exemple du formol:

Formol titration de Sorensen est utilisé pour le dosage des acides
aminés Dosée par
NaOH
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c. Réaction avec les aldéhydes :
o Aldéhyde aromatique
La réaction avec l’aldéhyde benzénique Base de Schiff.

La Base de Schiff est souvent un intermédiaire dans des réactions
enzymatiques impliquant les AA comme substrat.

d. Désamination oxydative
o Catalysée par une déshydrogénase qui transforme un acide

aminé en acide α cétonique correspondant.
o Elle nécessite les coenzymes d’oxydo-réduction (NAD ou NADP)
o Passe par un intermédiaire = Ac α-iminé
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e. Transamination :
AA1 AαC1
AαC2 AA2
Ces réactions sont impliquées dans les synthèses et les
dégradations des acides aminés.

2.3. LES PROPRIÉTÉS LIÉES À LA
2. LES PROPRIÉTÉS FONCTION
CHIMIQUES NH2
DES AADU C α
e. Transamination :
o Réaction de transfert réversible de la fonction amine entre un

acide aminé et un acide α cétonique.
o Les enzymes = Transaminases ou amino-transférases à

coenzyme phosphate de pyridoxale.
o Chaque acide aminé dispose d’une amino-transférase

spécifique
o Ces réactions sont impliquées dans les synthèses et les

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 La solubilité

2.4. PROPRIÉTÉS LIÉES À LA PRÉSENCE SIMULTANÉE EN Α DES

FONCTIONS « COOH » ET « NH2 »
a. Réaction avec la Ninhydrine :
Tous les AA  Coloration violette.

proline et OH proline  Couleur
jaune
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2.4. PROPRIÉTÉS LIÉS À LA PRÉSENCE SIMULTANÉE EN Α DES

FONCTIONS « COOH » ET « NH2 »
a. Réaction avec la Ninhydrine :

Réaction colorée  présence AA dans un milieu
Réaction commune à tous les AA à l’exception de la proline et

l’hydroxyproline
L’acide aminé est complètement dégradé par une réaction de

désamination et de décarboxylation.
Le complexe formé = pourpre de Ruhemann de couleur violette.

Sauf pour la proline et OH proline où la couleur est jaune.

 La solubilité
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2.5. PROPRIÉTÉS CHIMIQUES LIÉES AUX CHAÎNES LATÉRALES

a. Groupement carboxyle de R
Asp et Glu, peuvent être transformé en amides : asparagine (Asn)
et glutamine (Gln), par fixation d’un NH3 sur le COOH de R


b. Groupement hydroxyle de R
o Phosphorylation :
Intérêt: Phosphorylation réversible des protéines  Rôle très

important dans la régulation de leurs activités par modification
covalente
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b. Groupement hydroxyle de R
o O- glycosylation :
Le groupement hydroxyle de la sérine et de la thréonine est
le point de branchement des O-glycosylations des protéines
(liaison o-glycosidique des glycoproteines)


c. Groupement thiol (cystéine)
Oxydo-réduction de la fonction thiol :
o Les groupements thiol de la cystéine s’oxydent facilement en
créant un pont disulfure formant la cystine:
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c. Groupement thiol (cystéine)
Oxydo-réduction de la fonction thiol :
o Les ponts disulfures établissent des liaisons covalentes intra ou

interchaînes entre les résidus cystéines des protéines
o La cystéine est l’acide aminé « réactif » du glutathion

d. Groupement aminé (Lysine)
Par sa réactivité et son accessibilité à l’extrémité de la chaine

latérale, le groupement aminé de la lysine est à l’origine de :
Réactions spontanées avec les groupements carbonyles des
aldoses et des cétoses  Glycation des protéines plasmatiques
par le glucose
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PLAN
I. DEFINITION
AMINÉS
IV. DÉRIVÉS DES ACIDES AMINÉS
1. LA CRÉATINE
2. LA CRÉATININE
3. LES CATÉCHOLAMINES ET ANALOGUES
4. LA S-ADÉNOSYL MÉTHIONINE
5. LES IODOTYROSINES
6. L’UREE
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1. LA CRÉATINE
o La créatine  association de 3 AA: glycocolle, arginine et

méthionine.
o Existe dans le muscle strié
o Forme de réserve de l’Energie sous forme de créatine

phosphate.

1. LA CRÉATINE
Réserve de l’Energie
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2. LA CRÉATININE
o Structure
o Dérive de la créatine par déshydratation interne et cyclisation.

2. LA CRÉATININE
o Rôle: La créatinine = Déchet métabolique éliminé dans les urines

Sa concentration sanguine reflète l’état de la fonction rénale : une
augmentation de la créatinine sanguine = altération de la fonction
rénale.
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Les Catécholamines: dérivent de 2 AA: Phénylalanine, Tyrosine

Les Catécholamines
o La dopamine = neurotransmetteur des neurones

dopaminergiques.
o La noradrénaline = neurotransmetteur des neurones

noradrénergiques
o L’adrénaline est une Hormone de réponse au stress, sécrétée

par les glandes médullosurrénales.
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Analogues des catécholamines:

o La tyramine provient de la décarboxylation de la tyrosine.
Cette réaction se produit surtout dans l’intestin, lors de l’ingestion

d’aliments riches en tyrosine
La tyramine Action vasoconstrictrice, miment les effets de

l’adrénaline

Analogues des catécholamines:

Tryptamine provient de la décarboxylation du tryptophane c’est
un puissant vasoconstricteur.
Sérotonine intervient dans les mécanismes nerveux du sommeil.
Vasoconstrictrice et hypertensive. Libérée également lors du
processus inflammatoire et du choc anaphylactique.
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4. LA S-ADÉNOSYL MÉTHIONINE
La S-adénosyl méthionine (SAM) = Coenzyme donneur de

radicaux méthyl pour la plupart des transméthylases.
Exemple : Réaction de méthylation de l’acide guanidino- acétique

dans la réaction de synthèse de la créatine

5. LES IODOTYROSINES
Précurseurs d’hormones thyroïdiennes, sont des dérivés iodés de

la tyrosine.
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6. L’UREE
La forme d’élimination de NH3 toxique fourni par dégradation des

acides aminés. Il est formé dans le foie et éliminé par les urines.
PLAN
I. DEFINITION
AMINÉS
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V. MÉTHODES D’IDENTIFICATION ET DE
DOSAGE DES ACIDES AMINÉS
1. MÉTHODES GÉNÉRALES
o Identification: par des réactions colorées : la ninhydrine par

exemple
o Dosage :
• photométriques pour ceux qui absorbent dans les UV :
les acides aminés aromatique
• formol titration de Sorensen
• colorimétrique après leur traitement dans une réaction
colorée : la ninhydrine
2. MÉTHODES UTILISANT UN FRACTIONNEMENT

a. L’Electrophorèse
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06/10/2020

o Technique de séparation basée sur le déplacement de

molécules chargées sous l’effet d’un courant électrique
(principe d’ionisation des AA)
o La cuve à électrophorèse est composé de 2 compartiments
reliés chacun à une électrode :
• Cathode : électrode chargée négativement
• Anode : électrode chargée positivement
o Dans chaque compartiment on met la solution tampon qui va

servir de conducteur de courant,
o Support de migration (papier spécial ou un gel

d’électrophorèse) est préalablement imbibé de la solution
tampon
o Une petite quantité de la substance à analyser est placée sur le

support de migration, ainsi qu’une solution d ’AA témoin. On
applique un champ électrique pendant une durée suffisante
pour faire migrer les AA
55
06/10/2020
2. MÉTHODES UTILISANT UN
FRACTIONNEMENT
+
o Les AA ont des différents pHi 
des charges distinctes  migrent
dans des directions et à des
vitesses différentes selon le pH du
système tampon et le type de
support
o Révélation par réaction

-
colorimétrique (ninhydrine)
b. La chromatographie
 Définition :
o Méthode d'analyse physico-chimique,
o Sépare les constituants d'un mélange (les solutés) par
entraînement au moyen d'une phase mobile (liquide ou gaz) le
long d'une phase stationnaire (solide ou liquide fixé), grâce à la
(ré) partition sélective des solutés entre ces deux phases.
o Chaque soluté est donc soumis à une force de rétention
exercée par la phase stationnaire et une force de mobilité due
à la phase mobile.
56
06/10/2020
 Définition :
o Les facteurs qui interviennent dans le partage des molécules à
séparer entre les phases (fixe et mobile) sont :
 la solubilité dans un solvant liquide,
 la taille (la forme),
 la polarité
 la charge électrique,
 la présence de groupements d'atomes formant des
sites particuliers

 La chromatographie sur couche mince (C.C.M.)
* Permet de séparer des acides aminés en solution déposés sur

un support poreux (une plaque à CCM).
* Un solvant organique migre par capillarité sur le support et
solubilise les AA qui se déplacent plus ou moins rapidement en
fonction de leurs propriétés (taille, polarité des radicaux …).
* Après révélation du chromatogramme (la ninhydrine) on obtient
des spots colorés,
* Les AA d’un mélange sont identifiés en référence à des AA
purifiés témoins
57
06/10/2020

o Après élution, la révélation des tâches se fait par pulvérisation

d’une solution de ninhydrine à chaud
o On calcul le rapport frontal Rf de chaque tache, ce rapport

étant caractéristique de chaque AA Identification
h
R f= avec : - h : la distance parcouru par l’AA
H
- H : la distance parcourue par le solvant
58
06/10/2020

 La Chromatographie ionique des acides aminés

o Permet de séparer, identifier et quantifier les AA dans un
mélange.
o Basée sur les différences de comportement acido-basique des

AA.
o La colonne de chromatographie est un long tube rempli d'une

résine synthétique sur laquelle sont fixés des groupements
chargés
59
06/10/2020
La Chromatographie ionique des acides aminés
 La Chromatographie ionique des acides aminés

Pour la séparation des AA, une résine échangeuse de cations est
généralement utilisée.
60
06/10/2020

Récapitulatif :
 Les AA = Substances organiques comportant à la fois une

fonction amine et une fonction acide, portés par le Cα
 Il existe 20 AA différents par le radical R.
 8 acides aminés sont essentiels (apport alimentaire) : Valine,
Leucine, Isoleucine, Méthionine, Thréonine, Lysine,
Phénylalanine, Tryptophane.
 Les AA sont classés en fonction de leur radical R:
61
06/10/2020

Récapitulatif :
 Solubilité des AA: sont soluble dans l’eau, cette solubilité

diminue avec le nombre de C du radical R, et augmente avec la
présence de NH2, COOH, et OH de R
Dans les solvants organiques :Solubilité variable et faible selon les
AA,  séparation par les techniques chromatographiques
 Le pHi est le pH du milieu pour lequel l’acide aminé (en

solution tamponnée) a une charge nette nulle:
o A pH < pHi, la charge de l’acide aminé est positive
o A pH > pHi, la charge de l’acide aminé est négative
Séparation des AA d’un mélange par les techniques
électrophorétiques.

Récapitulatif :
 Les principales
réactions biochimiques
des AA
62
06/10/2020

Récapitulatif :
 Des AA derivent des molécules de grande importance

biologique:
 Les amines (Histamine, Dopamine, Noradrénaline,

Adrénaline, …..)
 Les précurseur d’hormones thyroïdiennes, les iodotyrosines

par iodation de la tyrosine
 Des coenzymes donneurs de méthyle: SAM
 Urée produit du catabolisme des acides aminé
 La créatine et la créatinine. …….

Récapitulatif :
 L’identification et le dosage des acides aminés :

o Méthodes générales
 Détection : par des réactions colorées : la nihydrine
 Dosage photométrique ou colorimétrique
o Méthodes utilisant un fractionnement
 Electrophorèse
 Chromatographie sur couche mince
 Chromatographie par échange d’ion
63
06/10/2020
OBJECTIFS
 Définir un peptide
 Déterminer la structure d’un peptide simple
 Enumérer les propriétés physiologiques des peptides étudiés
(glutathion, insuline, glucagon …..)
64
06/10/2020
PLAN
I. GENERALITES
1. DEFINITION ET NOMENCLATURE
2. PROPRIETES DE LA LIAISON PEPTIDIQUE
II. DETERMINATION DE LA SEQUANCE D’UN PEPTIDE

1. DETERMINATION DE LA COMPOSITION EN AA
2. DETERMINATION DE LA SEQUENCE DES AA
III. ETUDE DE QUELQUES PEPTIDES D’INTERETS BIOLOGIQUES

1. LE GLUTATHION
2. LES PEPTIDES HORMONAUX
3. LES PEPTIDES À ACTIVITÉS ANTIBIOTIQUES
I. GENERALITES
 Un peptide est une molécule formée d’un enchaînement

d’acides aminés reliés entre eux par des liaisons peptidiques
(liaison amide).
 Liaison peptidique = réaction entre la fonction -COOH du 1er

AA et la fonction –NH2 du 2ème AA avec élimination d’eau.
C’est une liaison covalente.
65
06/10/2020
I. GENERALITES
Liaison peptidique =
Liaison amide
 Les radicaux “R” des différents AA , sont alternés de part et

d’autre l’axe de la molécule peptidique
I. GENERALITES
 Une molécule de :
o Deux AA = Dipeptide
o Trois AA = Tripeptide
o Quatre AA = Tetrapeptide
o Moins de 10 AA (< 10 AA) = Oligopeptide
o Moins de 100 AA (entre 50 à 100) = Polypeptide
o De plus de 100 AA (> 100 AA) = Protéine
66
06/10/2020
I. GENERALITES
 Un peptide (une protéine) commence par l’AA dont le NH2

est libre (AA Nt) c’est l’AA N° 1 toujours placé à gauche, et se
termine par l’AA dont le COOH est libre (AA Ct) toujours placé
à droite
I. GENERALITES
Les AA d’un peptide (protéine), engagés dans deux liaisons
peptidiques  Perdent leur identité d’AA, sont appelés résidus
aminoacyle: on remplace le suffixe « ate » ou « ine »du nom de
l’AA par-yl leur nom se terminent par le suffixe ‘’yl’’ : exemple
alanyl, aspartyl, tyrosyl ….
Le résidu C terminal, garde l’identité d’un AA, et cela indique
que son COOH n’est pas impliqué dans une liaison peptidique.
67
06/10/2020
I. GENERALITES
Lecture de la séquence d’un peptide
I. GENERALITES
68
06/10/2020
I. GENERALITES
 Intérêt biologique des peptides :
o Certains peptides sont des hormones exp : l’insuline,
le glucagon, LH,FSH…..
o D’autres peptides sont des antibiotiques et des
neurotransmetteurs
PLAN
I. GENERALITES


1. LE GLUTATHION
69
06/10/2020
I. GENERALITES
o La liaison peptidique est hydrolysable en milieu acide

concentré et à chaud.
o Un peptide possède de nombreux groupements ionisables
libres (extrémités N et C terminales, groupements ionisables
des radicaux R)  existe sous de nombreuses formes
ioniques différentes, il possède un pHi.
o Les peptides (sauf les di et les tripeptides)  mise en
évidence par la réaction du biuret (complexe violet avec les
ions cuivriques en milieu alcalin)caractérisation de la
liaison peptidique.
I. GENERALITES
o L’angle des liaisons autour des atomes fait que la chaîne

peptidique n’est pas plane mais possède une structure
spatiale en zigzag:
o La chaîne peptidique = succession des groupements -CH,

-C=O, -NH, les groupements R sont rejetés à l’extérieur.
70
06/10/2020
PLAN
I. GENERALITES


1. LE GLUTATHION
II. DETERMINATION DE LA SEQUANCE D’UN

PEPTIDE
Pour déterminer la structure d’un peptide, il faut connaître sa:
 Composition brute en acides aminés (nombre et nature),
 Puis déterminer sa séquence c’est-à-dire l’ordre de leur

enchainement.
71
06/10/2020

o Hydrolyse acide ( HCl 6 mol.L-1, 24h à 72h, 110°C) pour

couper les liaisons peptidiques
(! l’hydrolyse acide détruit le tryptophane)
o Pour détecter la tryptophane, on pratique une hydrolyse
alcaline (NaOH 4N à 100 °C) pendant 4 à 8 h
o Identification et dosage des AA par chromatographie
échangeuse d’ions, on sépare les différents AA qui sont
dosés dans l’effluent de la colonne par réaction à la
ninhydrine.

C’est l’étude de l’ordre dans lequel les AA sont reliés entre eux.
Plusieurs opérations sont indispensables :
o Détermination de l’AA N-terminal

o Détermination de l’AA C-terminal
o Fragmentation des peptides intra-chaines
72
06/10/2020

a. Détermination de l’AA N-terminal

Il existe plusieurs méthodes chimiques et une méthode
enzymatique
 La dégradation de Sanger:
o Utilise le 1-Fluoro-2,4dinitrobenzène (DNFB)
o Substitution sur le groupement -NH2 de l’AA.
o Sur un peptide, il réagit avec l'extrémité aminée libre (N
terminale)
a. Détermination de
l’AA N-terminal
 La dégradation de
Sanger:
73
06/10/2020

 La dégradation de Sanger:
o L'hydrolyse suivante coupe les liaisons peptidiques mais pas
la liaison DNP-AA.
o Ainsi le premier acide aminé modifié est récupéré et
identifié par chromatographie.

a. Détermination de l’AA
N-terminal
 Méthode au Chlorure de
DANSYL
Utilisé de manière identique à la
méthode précédente, avec
l’avantage que le DANSYL-AA
libéré est naturellement
fluorescent.
74
06/10/2020

 Méthode récurrente d'Edman :

o Phénylisothiocyanate « PITC »
o Le composé formé se cyclise spontanément en un cycle à 5
éléments Rupture d'une seule liaison peptidique et
possibilité de de réitérer l'opération sur la partie restante.
o Ce procédé est automatisable et permet en routine de
séquencer des peptides de 50 acides aminés.
1ère étape : le PITC se lie NH2

de l’AA. Il se forme :
le phénylthiocarbamyl-peptide
(PTC- peptide)
2ème étape :
Hydrolyse en milieu acide

faible.
Il se forme :
la phénylthiohydantoïne AA1 (
PTH- Gly)
+ un peptide raccourci d’un AA
75
06/10/2020

 La méthode enzymatique aux aminopeptidases :
Les aminopeptidases sont des exopeptidases = catalysent

l’hydrolyse des liaisons peptidiques en commençant par une
extrémité, N terminale  détachent l’AA Nt

 La méthode enzymatique aux aminopeptidases :
Son fonctionnement est récurrent  l’enzyme doit agir en peu

de temps sinon son action se poursuivra et elle détachera
d’autres AA
La nature de l’AA1 est déterminée par chromatographie.
76
06/10/2020

b. Détermination de l’AA C-terminal
 Méthodes enzymatiques aux carboxypeptidases:
Les carboxypeptidases A et B sont des exopeptidases qui

libèrent l’AA C t. Leurs actions dépendent à la fois de la nature
de l’avant dernier résidu et du résidu C terminal lui-même :


 La carboxypeptidase A : coupe l’AA C terminal sauf la

Gly, l’ Arg ou la Lys.
 La carboxypeptidase B : libère les AA C terminaux

basiques : Arg et Lys
77
06/10/2020

o Le fonctionnement des carboxypeptidases est répétitif 
Action pendant un temps très court.
o L’AA libéré est identifié par chromatographie.

 Méthode chimique: L’hydrazinolyse :
Peptide + hydrazine  la rupture de toutes des liaisons

peptidiques + transformation de tous les AA en d’hydrazides
sauf le résidu C-terminal que l’on trouve sous forme d’acide
aminé libre, facile à isoler et à identifier.
78
06/10/2020

c. Fragmentation des peptides intra-chaines
But : Déterminer la séquence en AA de la chaine polypeptidique
 Méthode enzymatique aux endopeptidases:
Les endopeptidases hydrolysent de manière spécifique les

liaisons peptidiques à l’intérieur des chaines :

ENDOPEPTIDASE SITE DE COUPURE
La trypsine pancréatique Hydrolyse les liaisons peptidiques dans

lesquelles un acide aminé basique (Lys,
Arg) engage sa fonction acide
La chymotrypsine pancréatique Hydrolyse les liaisons peptidiques dans
lesquelles un acide aminé aromatique
(Tyr, Trp, Phe) ainsi que Met engage sa
fonction acide
La pepsine gastrique hydrolyse les liaisons peptidiques dans
lesquelles un acide aminé aromatique
(Tyr, Trp, Phe) engage sa fonction amine
La thermolysine hydrolyse les liaisons peptidiques dans
lesquelles les AA : Tyr, Leu, Ile engagent
leur fonction amine
79
06/10/2020

 Méthode enzymatique aux endopeptidases:

 Méthode chimique :
o Détermination de la Met par Hydrolyse chimique spécifique

par le bromure de cyanogène BrCN : la coupure par le
bromure de cyanogène de la chaîne peptidique n’intervenant
que du côté carboxylique de la Met.
80
06/10/2020

 Méthode chimique :
o Pour la rupture des ponts – S – S – entre les chaines

polypeptidiques :
 Oxydation de l’acide performique

 Réduction par le β mercaptoéthanol

d. Résultats
Les peptides obtenus par hydrolyse partielle, enzymatique ou
chimique seront analysés par la méthode d’Edman, ce qui
permet la détermination de la séquence complète en AA du
polypeptide
81
06/10/2020

e. Exercice: détermination de la séquence d’un petit

peptide:
Soit un peptide négatif au Biuret contenant un AA à groupement

thiol. L’aminopeptidase libère une base héxonique diaminée. La
carboxypeptidase libère un acide béta dicarboxylique.
Donner la structure de ce peptide

e. Exercice: détermination de la séquence d’un petit

peptide:
La base héxonique diaminée.

L’acide béta dicarboxylique.
l’AA à groupement thiol

Donner la structure de ce peptide
NH2- Lys-Cys- Asp- COOH
82
06/10/2020
PLAN
I. GENERALITES


1. LE GLUTATHION
III. ETUDE DE QUELQUES PEPTIDES D’INTERETS

BIOLOGIQUES
1. LE GLUTATHION
C’est un tripeptide : γ-glutamyl-cystéinyl-glycocolle
83
06/10/2020

BIOLOGIQUES
1. LE GLUTATHION
o Présent dans toutes les cellules de l’organisme.

o Participe à l’élimination des radicaux libres très toxiques pour
les cellules grâce à sa fonction thiol.
o Puissant antioxydant  Action protectrice
o Existe sous deux formes: forme réduite « GSH » et une forme
oxydée dans laquelle deux molécules de glutathion sont liés
par un pont disulfure « G-S-S-G »,

BIOLOGIQUES
1. LE GLUTATHION
Glutathion réduit GSH
Glutathion oxydé GSSG
84
06/10/2020

BIOLOGIQUES
1. LE GLUTATHION

BIOLOGIQUES
1. LE GLUTATHION
o Les deux molécules de GSH s’oxydent et cèdent leurs

hydrogènes aux peroxydes (agressifs pour les cellules) qui
seront réduit (neutralisés)
o La glutathion réductase permet la régénération de la forme
réduite (G-SH) en utilisant comme coenzyme le NADPHH+
(Voie des pentose phosphates)
Intérêt: Ne pas interrompre le processus de détoxification
85
06/10/2020

BIOLOGIQUES

a. Hormones du système nerveux central.
Exemples : Ocytocine et Vasopressine
Hormones hypothalamiques de structure très voisine, mais des
effets très différents
Ocytocine Vasopressine

BIOLOGIQUES

a. Hormones du système nerveux central.
Ocytocine :
o Déclenche la contraction du muscle lisse utérin lors de
l’accouchement.
o Stimule la sécrétion du lait (la lactation).
Vasopressine
o Favorise la réabsorption rénale de l’eau, elle diminue donc le
volume des urines : c’est une hormone antidiurétique
o Augmente la pression sanguine : C’est une hormone
hypertensive
86
06/10/2020

BIOLOGIQUES
b. Hormones Pancréatiques:
Insuline Glucagon
o Secrétée par le pancréas : o Sécrété par le pancréas :
cellules β des îlots de cellules α des îlots de
langerhans Langerhans.
o Formée de 2 chaînes o Formée d’un peptide de 29
peptidiques: chaine A (21AA) acides aminés sans pont
et la chaine B (30 AA) liées disulfure.
par deux ponts disulfure.
o C’est l’hormone o C’est une hormone
hypoglycémiante hyperglycémiante

BIOLOGIQUES
b. Hormones Pancréatiques:
87
06/10/2020

BIOLOGIQUES
3. Peptides à activités antibiotiques :
Produits par des bactéries ou des champignons, utilisées en
thérapeutiques
Exemple : Penicilline, Bacitracine, …..

 Récapitulatif
 Un peptide = enchaînement d’acides aminés reliés entre eux

par des liaisons peptidiques , numéroté à partir de l’acide
aminé N terminal (qu’on place à gauche) vers l’acide aminé C
terminal (qu’on place à droite.)
 La liaison peptidique = réaction entre la fonction -COOH du
1er AA et la fonction –NH2 du 2ème AA avec élimination d’eau.
C’est une liaison covalente, mise en évidence par la réaction
du biuret.
88
06/10/2020

 Récapitulatif
 La détermination de la structure d’un peptide, consiste à

déterminer sa composition brute en acides aminés (nombre
et nature), Puis déterminer sa séquence en combinant
différentes méthodes chimiques et/ou enzymatiques
 Certains peptides ont des propriétés

 protectrices : glutathion
 Hormonales : Ocytocine, Vasopressine, Insuline,
Glucagon ,Angiotensine
 antibiotiques la pénicilline la bacitracine ,…
CHAPITRE 3 : LES PROTEINES
89
06/10/2020
OBJECTIFS
 Définir une protéine
 Connaitre les différentes structures des protéines
 Expliquer les propriétés physico - chimiques des protéines
 Décrire et classer les principales protéines étudiées.
PLAN
I. DEFINITION
II. STRUCTURE DES PROTÉINES
1. LA STRUCTURE PRIMAIRE OU STRUCTURE COVALENTE
2. STRUCTURE SECONDAIRE
3. STRUCTURE TERTIAIRE
4. STRUCTURE QUATERNAIRE
III. PROPRIETES DES PROTEINES
1. PROPRIETES PHYSIQUES
2. PROPRIETES CHIMIQUES
3. PROPRIETES BIOLOGIQUES
IV. CLASSIFICATION DES PROTEINES
1. LES HOLOPROTÉINES
2. LES HETEROPROTÉINES
90
06/10/2020
I. DEFINITION
 Les protéines sont des macromolécules complexes, formées

d’un grand nombre d’acides aminés réunis entre eux par des
liaisons peptidiques
 L’ordre dans lequel les AA se combinent est appelé séquence,
il est déterminé génétiquement dans les chromosomes.
 Les protéines adoptent une structure bien définie dans
l’espace qu’on appelle conformation. Cette conformation est
indispensable à leur activité biologique. On distingue: la
structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire
I. DEFINITION
 Protéines = Premier  Rôle prédominant dans le monde

vivant, sont présentes dans toutes les cellules.
 Importance quantitative  Plus de la moitié du poids sec de la
cellule
 Importance qualitative  Participation à toutes les fonctions
cellulaires:
o Structure (collagène)
o Transport (l’hémoglobine)
o Protection (les anticorps)
o Mouvement (actine et myosine)
o Régulation (récepteurs hormonaux et facteurs de
transcription)
o Enzyme (catalyseurs des réactions biochimiques)
91
06/10/2020
PLAN
I. DEFINITION
 Les proteines ont une structure bien définie dans l’espace.
 On distingue 4 niveaux de structure de complexité croissante :
o structure primaire
o structure secondaire
o structure tertiaire
o Structure quaternaire
92
06/10/2020
 Structure primaire: séquence des AA dans une chaine

polypeptidique
 Structure secondaire: repliement de petits segments contigus

de 3 à 30 résidus du polypeptide en unités géométriquement
ordonnées
 Structure tertiaire: assemblage des unités de structure

secondaire en unités fonctionnelles de plus grande taille.
 Structure quaternaire: fait réfèrence au nombre et aux types

d’unités polypeptidiques des protéines oligomériques, ainsi qu’à
leur agencement spatial

 La structure primaire ou structure covalente d’une protéine

correspond à l’ordre d’enchaînement des acides aminés, reliés
entre eux par des liaisons peptidiques (covalentes)
 La séquence commence par l’AA Nt et se termine par l’AA Ct,
cette succession correspond au sens de la traduction de la
protéine
93
06/10/2020

 La structure primaire inclus aussi les ponts disulfures
 C’est la seule structure qui est génétiquement codée, les autres

niveaux structuraux dérivent de modification post
traductionnelle de la structure primaire
 Toutes les protéines passent par ce stade, certaines vont

connaitre des modifications à l’origine de formes plus
compliquées alors que d’autres sont fonctionnelles à ce stade
qui constituera leur forme définitive.

 Résulte de l’organisation spatiale de la chaine polypeptidique

grace à l’établissement de liaisons hydrogènes entre des acides
aminés loins les uns des autres dans la structure primaire.
 Ces liaisons hydrogènes s’établissent entre CO d’un acide aminé
et NH d’un autre plus loin.
 Deux types de structures secondaires sont mis en évidence :
o Structure en hélice α
o Structure en feuillet plissé β
94
06/10/2020

Structure hélicoidale en hélice α
Le polypeptide initiale s’enroule en

une structure hélicoïdale stabilisée
par des liaisons hydrogènes qui
s’établissent à l’intérieur de la
chaine entre l'oxygène d'un
groupement carboxylique -C=O et
l'hydrogène d'un groupement
aminé –NH

Structure hélicoidale en hélice α
 Les chaînes latérales des résidus

des AA se projettent vers
l’extérieur
 Les hélices α rencontrées dans
les protéines sont généralement
droites (orientés dans le sens
des aiguilles d’une montre).
95
06/10/2020

o Structure hélicoidale en hélice α

 Asp, Glu, Arg, et Lys stabilisent la structure en hélice α
 Pro entraine sa rupture
Liaison hydrogène
entre C=0 d'une
liaison peptidique i
avec l'atome
d'hydrogène (N-H)
de la liaison
peptidique (i+4)

o Structure hélicoidale en hélice α
96
06/10/2020

o Structure Feuillet β
Les liaisons hydrogènes des atomes d'oxygène (C=0) et

d'hydrogène (N-H) d'une liaison peptidique s’établissent non plus
sur une portion continue de la chaîne peptidique mais entre des
segments différents qui peuvent appartenir à la même chaîne ou à
des chaînes différentes. C’est la structure en feuillets β (feuillets
plissés) correspondant à une structure en zig zag étirée.

97
06/10/2020

Le sens peptidique des deux brins adjacents peut être:
 Identique de même orientation, les feuillets sont dits parallèles
 Contraire, d’orientation opposée, les feuillets sont dits
antiparallèles.
Les brins antiparallèles sont les plus stables

98
06/10/2020

C’est l’agencement dans l’espace

des différents éléments STRUCTURE
PRIMAIRE
secondaires.
La chaine se replie sur elle-
même pour donner la forme la
plus stable possible avec un STRUCTURE
SECONDAIRE
nombre élevé de liaisons faibles
ce qui lui donne un aspect
globulaire. Elle met en relation STRUCTURE
TERTIAIRE
les résidus éloignés dans la
structure primaire

Les interactions permettant de maintenir cette forme globale

spécifique de la protéines peuvent être de différentes natures:
o liaison covalente : pont disulfure
o liaisons ioniques entre groupements chargés de signe opposé
o interactions électrostatiques type liaisons hydrogène
o Interactions hydrophobes ou forces de Van der Waals entre
groupes apolaires
99
06/10/2020


o Les chaines latérales polaires des résidus (R) des AA s’orientent

vers la surface de la protéine, alors les chaines latérales
apolaires sont dirigées vers l’intérieur pour fuir l’eau
o La structure tertiaire détermine et assure les fonctions

biologiques d’une protéine. Tout traitement déstabilisant cette
structure supprime la fonction biologique de la protéine : on
parle d’une dénaturation
100
06/10/2020

o Beaucoup de protéines sont formées de sous unité +/-

identiques, unies par des liaisons faibles (Interaction
hydrophobe, liaisons hydrogènes, liaisons ioniques) et
présentant une symétrie.
o La protéine entière = Oligomère ou polymère
o Une sous unité = Protomère ou Monomère
o La structure quaternaire est nécessaire à l’activité de ces
protéines

Exemple: l’hémoglobine humaine

normale de l’adulte est formée de 2
chaines peptidiques α et de 2
chaines peptidiques β qui
constituent 4 sous unités
Une modification structurale de
l’une des sous unité, retentit sur la
structure tertiaire de toute la
protéine des anémies
101
06/10/2020

5. STRUCTURE PRIMAIRE  STRUCTURE QUATERNAIRE
Structure I aire
Feuillet β Hélice α
Structure II aire
Structure III aire
Structure IV aire

6. DENATURATION DES PROTEINES
C’est la perte de la conformation des

protéines par ruptures des liaisons
secondaires.
La dénaturation est le plus souvent
irréversible et entraine la perte de
l’activité biologique de la protéine.
Elle peut être causée par de nombreux
agents physiques et chimiques: chaleur, les
pH extrêmes, détergents anioniques (SDS),
urée et sels de guanidine
102
06/10/2020
PLAN
I. DEFINITION

a. La solubilité :
*La plus part des protéines sont solubles dans l’eau

*Les protéines solubles sont les protéines globulaires.
*Les protéines insolubles dans l’eau, sont les scléroprotéines (=
Protéines de structure)
b. La cristallisation :
Il est possible de cristalliser les protéines à partir de leur solution

en jouant sur le pH, la concentration saline et les solvants
organiques.
103
06/10/2020

c. Propriétés optiques:
o Les protéines sont optiquement actives.

o La plus part des protéines absorbent la lumière UV à 280nm,
Cette absorption est en relation avec la présence de résidus
aromatiques.
o Les protéines donnent un complexe coloré en violet avec les
ions cuivriques en milieu alcalin (réaction du Biuret) qui
possède un maximum d’absorption à 540nm (DO = εLC )
Cette propriété permet le dosage des protéines du sang.
.
REACTION DE BIURET
Incubation 30 min à l’abri

de la lumière
Sérum + réactif biuret Coloration Lecture de la

(sulfate de cuivre en violette DO 540 nm
milieu 0H-)
104
06/10/2020

d. Masse moléculaire (MM):
o Chaque protéine à une masse (poids) moléculaire

caractéristique
o La MM des protéines varient de 10 000 à plusieurs millions de
Dalton (Da)
o Plusieurs méthodes de détermination de la MM. Nous
décrirons 2 méthodes:

 Méthode par ultra centrifugation:

Centrifugation des protéines à 50 000 tours/min
Les protéines sédimentent au fond du tube en fonction de leur
MM
On détermine la constante de sédimentation (δ) qui permet de
calculer la MM selon l’équation:
• R= Cte des gaz parfait
• T= Température absolue
• D= Coefficient de diffusion
MM= RTδ / D(1- VP) • V= Volume
• P = Densité du solvant
105
06/10/2020


 Méthode par ultra centrifugation

 Méthode par chromatographie par gel - filtration:
Les protéines sont séparés selon leur MM sur gel de dextranes

Les grosses molécules sont exclues et traversent rapidement la
colonne
Les plus petites pénètrent le gel et sont retardées
On étalonne la colonne avec des protéines de poids moléculaires
connu  détermination du PM des protéines étudiées
106
06/10/2020

 Méthode par chromatographie par gel - filtration:
PLAN
I. DEFINITION
107
06/10/2020

o Les protéines contiennent 5 éléments: C, H, O, N et souvent S.

o Dans la majorité des protéines les 20 AA sont représentés. La
présence d’hydroxyproline et d’hydroxylysine résulte toujours
de l’hydroxylation de la proline et lysine dans les protéines.
o Une protéines possède la réactivité de ses AA constitutifs:
*Si une protéine contient plusieurs AA basiques: Protéines
basique
*Si une protéine contient plusieurs AA acides: Protéines
acide

o Caractère amphotère:
L’ionisation des protéines est due:
Aux –COOH et -NH2 terminaux
Aux groupement ionisables des radicaux R des AA (-COOH,
-NH2, - OH, -SH)
Le pHi d’une protéine est le pH de la solution pour lequel il y a
équilibre des charges positives et négatives portées par les R
polaires des AA.
108
06/10/2020

o Caractère amphotère:
*Mise dans une solution à pH< pHi , la protéine sera
chargé + , migre vers le pole –
*Mise dans une solution à pH> pHi , la protéine sera
chargé - , migre vers le pole +
Ce caractère amphotère est utilisé pour la séparation des
protéines par électrophorèse.
La révélation des différentes protéines fait appel à des réactions
colorées

Support de
migration
Tampon Electrophorèse des protéines
pH 8,6 sériques (EPS)
Albumine
EPS sur gel d’agarose permet

de séparer les protéines
sériques en 6 fractions
Protidogramme
109
06/10/2020
PLAN
I. DEFINITION

 PROPRIETES ANTIGENIQUES:
Les protéines sont des antigènes, induisent la synthèse

d’anticorps
 ACTIVITÉS BIOLOGIQUES SPÉCIFIQUES:
o Activité enzymatique, liée à l’intégrité de la structure

moléculaire
o Certaines protéines sont des hormones qui agissent à des
doses infinitisimales
o Certaines protéines sont des toxines exp les exotoxines
bactérienne
o Existence de protéine à activité antibiotique
110
06/10/2020
PLAN
I. DEFINITION
On distingue les
o Holoprotéines: formées uniquement d’AA :
 Les holoprotéines solubles globulaires
 Les holoprotéines solubles fibrillaires
 Les holoprotéines insolubles fibrillaires
o Hétéroprotéines: constituées d’une partie protéique,
et d’une partie non protéique
111
06/10/2020

 LES HOLOPROTÉINES SOLUBLES GLOBULAIRES:

Histones: pHi = 10, dans le noyau des cellules les
nucléoprotéines
Les albumines: dont la sérumalbumine, représente 60% des

protéines sériques, PM= 68000, la plus mobile en électrophorèse
à pH 8,6, rôle majeur dans le maintien de la pression osmotique et
le transport sérique de différentes substances (AG, médicaments,
hormones, ….)
Les globulines: dont les serumglobulines, représente 40% des

protéines sériques, classés en α, β1, β2 et γ globulines selon leur
mobilité électrophorètique.

 LES HOLOPROTÉINES SOLUBLES GLOBULAIRES:

La Sérumalbumine
Les serumglobulines,
Albumine
+ -
Protidogramme: électrophorèse des protéines sériques pH 8,6
112
06/10/2020

 LES HOLOPROTÉINES SOLUBLES FIBRILLAIRES:

La fibrine: protéine de la coagulation du sang
L’actine et la myosine : responsables de la contraction musculaire
 LES HOLOPROTÉINES INSOLUBLES FIBRILLAIRES:

Sont les protéines de structure des tissus
Le collagène: constituant du tissus conjonctif de la peau, les os,
les muscle
Les kératines: protéines de revêtement, kératines molles (peau),

et kératines dures (cheveu, poil, ongle)
La fibroïne: protéines de la soie

Formées de deux parties:

 Une partie protéique: succession d’AA
 Une partie non protéique qui peut être:
o Groupement phosphorique:  Phosphoprotéines
o Pigment coloré  Chromoprotéines
o Acide nucléique  Nucléoprotéines
o Un sucre  Glycoprotéines
o Un lipide  Lipoprotéines
113
06/10/2020

PHOSPHOPROTÉINES: Protéine + Ac phosphorique

Liaison ester relie la Sérine et thréonine à l’acide phosphorique,
la caséine du lait, Phosphoproteines du jaune d’œuf
LES CHROMOPROTÉINES : protéines colorées

Protéine + groupement prosthétique contenant un ion
métallique
L’hémoglobine: pigment respiratoire de globule rouge
Constitué d’une protéine incolore « globine », et d’un composé
coloré contenant le fer « hème »
Fonction: transfert de l’O2 des poumons vers les tissus, et
transporte le CO2 des tissus vers le poumon

L’hémoglobine:
114
06/10/2020

LES CHROMOPROTÉINES : protéines colorées

Myoglobine: pigment respiratoire du muscle strié
Les cytochromes: chromoprotéine à activité enzymatique, assure
le transfert d’électrons dans la chaine respiratoire mitochondriale
Les catalase et les peroxydases: chromoprotéine à activité
enzymatique, décomposition des peroxydes formés au cours du
métabolisme

LES GLYCOPROTÉINES:
Protéines liées de façon covalente à une séquence glucidique
Les glycosylations se font sur le N d’un résidu Asparagine (N-

glycosylations) ou sur le OH d’un résidu Serine ou Thréonine (O-
glycosylation).
Localisées dans les membranes cellulaires, plasma et tissus

conjonctifs
115
06/10/2020

LES GLYCOPROTÉINES:
Les Muscines: assurent la protection des épithéliums contre

l’action des enzymes protéolytiques
Les immunoglobullines (anticorps) :

Participent à la défense de l’organisme contre les agent
inféctieux
Les Glycoprotéines du groupe sanguin:

Sont des glycoprotéines localisées à la surface des hématies. Elles
doivent leur spécificité à leur séquence glucidique. Détermine les
groupes sanguins

LES LIPOPROTÉINES :
Assurent le transport des lipides dans le plasma sanguin
116
06/10/2020
117
06/10/2020
INTRODUCTION AU MÉTABOLISME
Toute cellule:
 Milliers de réactions chimiques
 Transferts de matière et/ou d'énergie.
Cet ensemble de réactions biochimiques = le métabolisme.
Les réactions forment un réseau de voies métaboliques le

long desquelles les molécules, que l'on appelle
des métabolites, sont transformées.
1
Anabolisme Catabolisme
matériaux de construction + ATP ---> macromolécules complexes --->
macromolécules complexes matériaux de construction + ATP
Ensemble des voies métaboliques Ensemble des voies métaboliques

qui: qui :
 utilisent l'énergie chimique (ATP)  Dégradent les macromolécules
 synthèse des macromolécules biologiques complexes
biologiques complexes,  Pour finir par l'oxydation
 à partir de molécules de complète "matériaux de
structures simples, construction" élémentaires, CO2 et
 ou à partir de "matériaux de H2O.
construction" élémentaires :  synthèse de l’ATP
CO2 et H2O
Synthèse des prot, Glycolyse, CK, Cycle de l’urée
néoglucogenèse 2
1
06/10/2020
INTRODUCTION AU MÉTABOLISME
L'anabolisme et le catabolisme ont
lieu simultanément dans la cellule. Ces deux processus
sont extrêmement régulés et ce de manière coordonnée.
Toutes les réactions du métabolisme se déroulent à

une très grande vitesse, grâce à des catalyseurs
biologiques : les enzymes.
3
ENZYMOLOGIE
COURS BIOCHIMIE METABOLIQUE

1 ERE ANNEE MEDECINE GENERALE
PR L. BENCHEKROUN
2020 - 2021
2
06/10/2020
ENZYMOLOGIE
• CHAPITRE 1: INTRODUCTION A L’ENZYMOLOGIE

• CHAPITRE 2: LES COENZYMES
• CHAPITRE 3: LA CINETIQUE ENZYMATIQUE
• CHAPITRE 4: LA REGULATION DES ENZYMES
CHAPITRE 1:
INTRODUCTION A L’ ENZYMOLOGIE
PR L. BENCHEKROUN COURS DE BIOCHIMIE METABOLIQUE 1 ERE A M FMPR

6
3
06/10/2020
OBJECTIFS
Définir une enzyme

Classer les enzymes
Décrire la structure des enzymes
Expliquer le principe de la catalyse
enzymatique
7
PLAN
I. INTRODUCTION
II. DEFINITIONS
III. NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES ENZYMES
IV. STRUCTURE DES ENZYMES
V. CATALYSE ENZYMATIQUE
4
06/10/2020
I. INTRODUCTION
Les organismes vivants sont le siège d’un grand nombre

de réactions biochimiques très diverses
Ces réactions s’effectuent dans des conditions « douces »

(Température 37°C, pH 7), où normalement, elles serait
très lentes, voir même impossibles  nécessité d’une
grande énergie d’activation pour leurs démarrage.
Si elles ont lieu, c’est parce qu’elles sont catalysées par

des molécules biologiques: LES ENZYMES
9
I. INTRODUCTION
LES ENZYMES SONT DONC LES INSTRUMENTS OU LES

OUTILS DONT DISPOSE LA CELLULE POUR POUVOIR
SURVIVRE
Importance physiologique majeure:

Transformations métaboliques
Régulations
10
5
06/10/2020
I. INTRODUCTION
Nombreuses pathologies liées à une altération
du fonctionnement des enzymes
Glc-6P-deshydrogenase  anémie hémolytique
Rôle diagnostic et d ’évaluation du pronostic: Possibilité de
détecter et de quantifier l’activité d’enzymes spécifiques dans le
sang, dans d’autres fluides tissulaires, ou dans des extraits
cellulaires
Pharmacologie : les enzymes sont les cibles de
nombreux médicaments (inhibition spécifique d’enzyme) + Enzymo-
thérapie de substitution 11
I. INTRODUCTION
L'ENZYMOLOGIE = Etude biochimique des enzymes.

Elle consiste à étudier les propriétés structurales et
fonctionnelles des enzymes. Elle s’intéresse aussi à
décrire la vitesse des réactions catalysées par les
enzymes.
12
6
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
II. DEFINITIONS
13
II. DEFINITIONS
ENZYME (E) = Catalyseur Biologique des réactions

biochimiques.
14
7
06/10/2020
II. DEFINITIONS
Catalyseur:
Augmente la vitesse de la réaction, sans modifier
l’équilibre, en diminuant l’énergie libre d’activation
Intact à la fin de la réaction
Agit à des faibles concentrations
15
II. DEFINITIONS
Biologique :
Protéine produite par la cellule (protéine pur ou protéine +
coenzyme de nature non protéique), synthèse déterminée
génétiquement
Enzyme = produit d’expression d’un gène ( ou plus)
Exception: Ribozymes = ARN ribosomique, dotées d’activité
d’endonucléase
Spécifique: la spécificité est double Réaction
Substrat
16
8
06/10/2020
II. DEFINITIONS
Spécificité de réaction : INVARIABLE
17
II. DEFINITIONS
Spécificité de substrat : VARIABLE
LARGE:
ABSOLUE: Transforme les S
Un S unique est d’une même
transformé en P classe en autant
unique de P
Exp: Glucokinase Exp: Héxokinase
18
9
06/10/2020
II. DEFINITIONS
ENZYME:
Catalyseur:
Biologique :
Régulable: certains enzymes modifient leur activité
catalytique en réponse à des signaux métaboliques:
Ajuster la concentration d’un métabolite d’intérêt aux besoins

cellulaires
La production de ce métabolite doit être freinée lorsque le besoin
cellulaire diminue et inversement
19
II. DEFINITIONS
ENZYME:
Catalyseur:
Biologique :
Régulable: certains enzymes modifient leur
activité catalytique en réponse à des signaux
métaboliques.
AJUSTEMENT DE L’OFFRE MÉTABOLIQUE
À LA DEMANDE CELLULAIRE
20
10
06/10/2020
II. DEFINITIONS
ENZYME (E) = Catalyseur Biologique des réactions

biochimiques.
SUBSTRAT (S) = Molécule qui entre dans une réaction
pour y être transformée grâce à l’action catalytique d’une
enzyme.
PRODUIT (P) = Molécule qui apparaît au cours d’une
réaction catalysée par une enzyme.
21
PLAN
I. INTRODUCTION
II. DEFINITIONS
22
11
06/10/2020
III. NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES

ENZYMES
Au paravant,  nom de l’enzyme en fonction de
l’organe ou l’organisme d’isolement.
Exp: ZYMASE = Levure (Grec), l’ensemble des enzymes de
la fermentation alcoolique contenus dans la levure
En suite  nomenclature avec ajout du suffixe « Ase »

au nom du substrat.
Exp: Peptide  Peptidase
Oside  Osidase
Certains enzymes Protéolytiques n’obéissent pas à cette
règle: Pepsine, Trypsine, Chymotrypsine. 23

ENZYMES
Nombre croissant des enzymes,  nom tient compte
de deux spécificités: le substrat + le type de réaction
catalysée
Exp: Glucose 6 phosphate déshydrogénase
En 1961, l’Union Internationale de Biochimie enregistre

toutes les enzymes bien caractérisés, et leur donne un
numéro de code de 4 chiffres précédés des lettres E C
(Enzymes Commission)
EC X. X. X. X
24
12
06/10/2020

ENZYMES
EC X. X. X. X
Intérêt:
o Eviter d’avoir des noms multiples pour la même

enzyme
o Eviter d’avoir des doublons de dénomination pour des

enzymes présentant des capacités catalytique
similaires
25

ENZYMES
EC X. X. X. X
Premier Chiffre « X »: Type de réaction catalysée,
Six grandes classes de réactions chimiques catalysées par 6 classes
d’enzymes:
1ère classe: Les Oxydoréductases. Réactions d’oxydoréductions par

transfert d’électrons, de protons, ou par fixation d’atome d’oxygène.
EXP: les Hydroxylases, les Déshydrogénases

26
13
06/10/2020

ENZYMES
 2 ème classe: les transférases. Réactions de transfert des

radicaux ou de groupes d’atomes d’une molécule à une autre.
les transaminases: transfèrent les radicaux aminés -NH2 d’un AA à un

acide cétonique accepteur
les phosphokinases ou kinases: transfèrent un P
Les transméthylases: transfèrent les radicaux méthyles (-CH3), d’une
molécule à une autre,
27

ENZYMES
 3 ème classe: les hydrolases. Enzymes de dégradations qui se
font par clivage d’une molécule (coupure hydrolytique) en présence
d’eau et avec fixation des éléments de la molécule d’eau.
Les Osidases: Hydrolase des glucides,

Les phosphatases: hydrolysent des esters phosphoriques,
Les lipases: hydrolysent les glycérides en glycérol et en acides gras
Les E protéolytiques: hydrolysent les liaisons peptidiques
R-CO-NH-R’ + H2O RCOOH + NH2-R’

28
14
06/10/2020

ENZYMES
 4 ème classe: les lyases. enlèvement d’un groupement d’une

molécule sans que se soit par hydrolyse.
Les carboxylyases, déshydratases, les décarboxylases.
29

ENZYMES
 5 ème classe: les isomérases. Réactions de changement de
structure dans une même molécule, sans modification de la formule
globale = Rt d’isomérisation
30
15
06/10/2020

ENZYMES
 6 ème classe: les ligases. Réactions de création de liaison C-C, C-

O, C-S, C-N, O-P, grâce à l’énergie libérée par hydrolyse d’une liaison
riche en énergie « ATP »
31

ENZYMES
EC X. X. X. X
Deuxième chiffre X : désigne la sous classe de E, précise la nature

chimique du groupement donneur.
la classe 1, la sous classe indique la nature du donneur d’électron:
Grpt « –C-OH » Sous classe 1, Grpt « -CHO » ou « -CO » sous classe
2,
la classe 2, la sous classe indique la nature du groupement
transféré,
La classe 3, la sous classe indique la nature de liaison hydrogène
lysée,
La classe 4, la sous classe indique la nature de liaison coupée
32
16
06/10/2020

ENZYMES
La classe 5, la sous classe indique le type d’isomérisation
La classe 6, la sous classe indique la nature de liaison crée,
EC X. X. X. X
Troisième chiffre X: signe l’appartenance à la sous sous classe.
Exp, Classe 1 et sous classe 1, la sous sous classe indique la nature
de l’accepteur d’électrons
Quatrième chiffre X, est un numéro d’ordre dans la sous sous classe

considérée
33

ENZYMES
La Glucose 6 phosphate déshydrogénase =
EC 1.1.1.49
Donneur Accepteur
Oxydoréductase N d’ordre 49
d’électron –C-OH d’électron NAD
Classe 1
Sous classe 1 Sous sous classe
1
34
17
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
II. DEFINITIONS
35

1. Les enzymes sont des protéines:
Les enzymes entièrement protéiques = enzymes holoprotéiques
exemple Chymotrypsine
Les enzymes formés de deux parties= enzymes

hetéroprotéiques :
Une partie protéique = apoenzyme
Une partie non protéique = coenzyme (cofacteur)
apoenzyme
36
18
06/10/2020
Apoenzyme: intervient dans la spécificité donc la fixation du

substrat, thermolabile
Coenzyme (Cofacteur) : effectue la réaction chimique « site
catalytique », thermostable . Trois groupes:
 Coenzymes métalliques
 Coenzymes tétrapyroliques
 Coenzymes dérivés de vitamines hydrosolubles
37
Coenzymes
métalliques
De nature inorganique,
Héxokinase Mg++
Carboxypeptidase Zn++
Succinodéshydrogénase Fe
Tyrosine hydroxylase Cu++
38
19
06/10/2020
Coenzymes
tétrapyroliques
De nature organique,
Structure identique ou voisine de celle de l’hème de
l’hémoglobine,
Contient des ions métalliques en particuliers le fer, sous forme
Fe2+, Fe 3+,
Interviennent dans les réactions de transferts d’électrons,
Coenzymes des cytochromes, de la catalase, de la peroxydase.
39

Coenzymes dérivés de
vitamines hydrosolubles
De nature organique,
COENZYME VITAMINE
Dérivent des vitamines NAD Nicotinamide (Vit B3)
TPP Vit B1
FMN, FAD Vit B2 (Riboflavine)
PP Vit B6 (Pyridoxine)
Cobalamine Vit B12
Tetrahydrofolate Vit B9
40
20
06/10/2020
Les coenzymes de nature organique (coenzymes

tétrapyrolique, et dérivés des vitamines): deux types selon
nature de liaison à l’apoenzyme
Groupements
prosthétiques Cosubstrat
Coenzyme lié à Coenzyme lié à

l’Apoenzyme par une l’Apoenzyme par une
liaison covalente liaison faible
41

Enzyme
Héteroprotéique Holoprotéique
Apoenzyme Coenzyme
Protéine pure
Partie protéique Partie non
protéique
Ions métalliques Organiques:

inorganiques Coenz tetrapyroliques
Coenz dérivées de Vit
Goupement
Cosubstrat
prostétique 42
21
06/10/2020

2. Site actif de l’enzyme:
Enzyme
Apoenzyme Coenzyme Protéine pure

Partie protéique Partie non Site actif
Spécificité = fixation du S protéique
Site catalytique
Lieu de la réaction
43

a.Définition:
Région privilégiée de la protéine de l’enzyme intervenant dans la
réaction
Constituée de quelques AA, pouvant être très éloignés dans la
structure primaire de la protéine, mais se trouvant rapprochées
dans l’espace grâce aux repliements qui maintiennent la structure
de l’E
44
22
06/10/2020

a.Définition:
Localisé au fond d’une poche de la zone interne hydrophobe de
la protéine où les échanges électroniques avec le substrats peuvent
se réaliser aisément.
45

Exemple chymotrypsine
Le site actif :
His 57, Asp 102 et Ser 195 46
23
06/10/2020

a.Définition:
comporte deux sites voisins:
Site de fixation de substrat ou de reconnaissance,
Site catalytique: responsable de la réalisation de la réaction
chimique catalysée par l’E
47
PLAN
I. INTRODUCTION
II. DEFINITIONS
48
24
06/10/2020
1. Fonctionnement d’un enzyme
En absence d’E
Substrat Produit
« Ea » élevé: réaction n’est pas spontanée
 En présence d’E
Substrat Produit
Energie d’activation abaissé: réaction possible

Réaction scindé en des Rt partielle
Réaction accélérée 49
L’enzyme abaisse l’En libre d’activation :
P 50
25
06/10/2020
Réaction scindée en deux réactions partielle
Substrat Produit
E + S ES EP E + P
E fixe S au niv du centre actif, formation d’un complexe
ES instable, avec activation de S qui devient plus apte à réagir
= activation de S
EP S se transforme en P , lié à l’E dans le complexe EP
E + P Libérations de P, régénération de E intacte

51

Accélération de la vitesse de la Réaction, équilibre atteint
plus rapidement
E ne modifie pas l’équilibre final de la réaction, ne

modifie pas la direction de cette réaction. Il permet
simplement d’atteindre l’équilibre plus rapidement
qu’en absence d E
52
26
06/10/2020
 Energie d’activation abaissé: réaction possible

 Réaction scindé en des Rt partielle
E + S ES EP E + P
 Réaction accélérée, équilibre atteint plus rapidement
53
54
27
06/10/2020
Propriétés de la catalyse enzymatique
• Pas de modification de la chimie des réactions

• Enzyme est retrouvé intacte à la fin de la réaction
• Diminue l’énergie d’activation
• La réaction est scindée en deux réactions partielles
• Augmente la vitesse de la réaction, équilibre atteint plus
rapidement
55
CHAPITRE 2:
LES COENZYMES

56
28
06/10/2020
OBJECTIFS
Connaître les principaux coenzymes
– Sites réactionnels
–Modes d’action
57
PLAN
I. RAPPELS
II. DEFINITIONS ET PROPRIETES
III. ORIGINE DES COENZYMES
IV. CLASSIFICATION DES COENZYMES
V. COENZYMES D’OXYDOREDUCTION
VI. COENZYMES DE TRANSFERT DE
GROUPEMENT D’ATOME
58
29
06/10/2020
I. RAPPELS
STRUCTURE DES ENZYMES
Enzyme
Apoenzyme Coenzyme
Protéine pure
Partie protéique Partie non
protéique
Ions métalliques Organiques:

inorganiques Coenz tetrapyroliques
Coenz dérivées de Vit
Goupement
Cosubstrat 59
prostétique
I. RAPPELS
STRUCTURE DES ENZYMES: Notion du site actif de E
Enzyme
Apoenzyme Protéine pure

Partie protéique Coenzyme
Site actif
Spécificité = fixation du S Partie non protéique
Site catalytique
Lieu de la réaction
60
30
06/10/2020
PLAN
I. RAPPELS
61

1. DEFINITIONS
Coenzyme: molécule organique
• Dont les groupement fonctionnels sont
distincts des AA constituants l’E
• Cofacteurs indispensables aux E
héteroprotéiques
• Qui fait partie de l’E à un moment donné
• Qui participe à la réaction chimique =
site catalytique
62
31
06/10/2020

1. DEFINITIONS
 En fonction de la liaison à l’apoenzyme
Groupements
Cosubstrats (CoS) prosthétiques (GP)
Coenz peuvent Coenz solidement

rester libre à coter attaché à l’enzyme
de la protéine (Prothesis = placer
enzymatique à coté)
Liaison faible Liaison covalente
63
2. PROPRIETES
Ne sont pas de nature protéique
Sont thermostable À la différence
Ont un bas PM des E
Ils retrouvent leur état initial à la fin de la

réaction ( à la différence de S)
Ils transfèrent d’une molécule à une autre une

entité X (é, atome, ou grpt d’atome) en la prenant
transitoirement en charge 64
32
06/10/2020
PLAN
I. RAPPELS
65
Caractère essentiel ou indispensable

Précurseur de Coenz = les Vitamines
hydrosolubles, les Vitamines du groupe B
COENZYME VITAMINE
NAD Nicotinamide ( Vit B3)

TPP Vit B1
FMN, FAD Vit B2 (Riboflavine)
PP Vit B6 (Pyridoxine)
Cobalamine Vit B12
Tetrahydrofolate Vit B9
66
33
06/10/2020
Quelques Coenz n’ont pas de caractère

vitaminique
Exp le coenz Lipoïque.
Quelques vitamines n’ont pas d’activité

coenzymatique connue
Exp: les Vit liposolubles Vit A et D
67
PLAN
I. RAPPELS
68
34
06/10/2020

Selon la nature des composés transférés:
Coenzymes d’oxydoréduction: transfert

d’équivalents réducteurs (électrons, atome
d’hydrogène, ion hydrure)
Coenzymes de transfert: transfert de groupements

fonctionnels carbonés ou non:
 Phosphate- nucléotides
 Éléments carbonés
 Éléments aminés
 autres
69
PLAN
I. RAPPELS
70
35
06/10/2020
Transfert d’équivalents réducteurs (électrons,

atome d’hydrogène, ion hydrure)
Sont des cofacteurs des oxydoréductases:
(Oxydases, Déshydrogénases, Hydro-peroxydases,
Oxygénases)
71
LES CoE pyridiniques: NAD et NADP
Dénomination:
NAD: Nicotinamide Adénine Dinucléotide
NADP: Nicotinamide Adénine Dinucléotide Phosphate
72
36
06/10/2020
C4 Partie active
Structure
nicotinamide
Ribose
adénine
Ribose
Groupement phosphoryle supplémentaire

sur le C-2’ du ribose de l’AMP 73
Partie active
C4 du cycle pyridine
Origine vitaminique
Dérivent de la Niacine ou vitamine B3 ou Vitamine PP
74
37
06/10/2020
Fonctionnement
Fonctionnent comme
un CoS, fixation d’un
hydrogène et
transfert d’un autre
sous forme H+ ,
transfert de
2e-
75
Les réactions
NAD intervient:
 Comme oxydant dans les Rt d’oxydation du catabolisme
(glycolyse)
 Comme réducteur, donne ces équivalents réducteurs à la
chaine respiratoire
NADP intervient:
 Sous sa forme réduite comme réducteur, dans les Rt de
réduction et d’anabolisme 76
38
06/10/2020
Les propriétés spectrales
Propriétés spectrales
différentes
• La forme réduite
présente un pic
d’absorption
supplémentaire à 340 nm
Intérêt: mesure de la
vitesse des réactions
enzymatiques impliquant
ces CoE
340
E
S + NAD P+
NADH,H+
77
LES CoE flaviniques: le FMN et leFAD
Dénomination:
FMN : Flavine Mono- Nucléotide

FAD : Flavine Adénine Dinucléotide
78
39
06/10/2020
Structure
• Mononucléotide FMN
irrégulier à base de
flavine et à pentose
ribitol
• La flavine à un noyau
isoalloxazine riche en
DL conjuguées
conférant à la
molécule sa couleur
jaune
79
Structure
FAD
Dinucléotide:
FMN + AMP
(Adénosine
monophosphate)
80
40
06/10/2020
Partie active
Formé par les deux

atomes
d’azote 1 et 10, séparés
par 2 DL conjuguées
Origine vitaminique
Dérivent de la Riboflavine ou vitamine B2
81
Fonctionnement
G P D’oxydoréductases appelées flavoprotéines
FAD ou FADH2 ou
FMN FMNH2
82
41
06/10/2020
Les réactions
FAD:
 GP de quelques déshydrogénases, en particulier celles

qui créent des DL ( β oxydation des AG, cycle de l’acide
citrique)
FMN:
 Intervient seulement dans la chaine respiratoire

( Complexe I)
83
LE CoE Lipoïque
Dénomination:
Coenzyme Lipoïque = Acide Lipoïque = Lipoate
Structure
Acide Gras 8 C portant un pont disulfure entre C6

et C8
84
42
06/10/2020
Partie active
Pont disulfure
Fonctionnement
GP
Transporteur
d’H2
Réactions
Réaction de décarboxylation oxydative des acides α
cétoniques (complexe multienzymatique) 85
Les CoE Héminiques
Structure et rôle
Héme=
métalloporphyrine à fer
 GP d’enzyme
d’oxydoréduction
 Partie active Fe+++ qui
fixe réversiblement un
électron
86
43
06/10/2020
Mécanisme de fonctionnement
Fe+++ + é Fe++
Fer Fer
ferrique Ferreux
Réactions
 Cytochromes transporteurs d’é de la CRM
 Cytochromes intervenant dans certaine Rt. Exp:
Cyt P 450 et les Rt d’hydroxylation du Cholestérol et
des stéroïdes
 Des Enz comme catalase et peroxydase
87
PLAN
I. RAPPELS
88
44
06/10/2020

89

La Biotine: CoE de transport de CO2
Structure
a = Ny imidazole
b = Ny thiophène a
c = Chaine latérale à
groupement carboxyle b
terminal
c
Origine vitaminique
Biotine = Vitamine H 90
45
06/10/2020

La Biotine: CoE de transport de CO2
Fonctionnement
Partie active = N1’ du Ny Imidazole

GP, Fixe réversiblement une molécule de CO2
Réactions
La biotine est le GP des carboxylases:
 Pyruvate carboxylase
 Acétyl - CoA carboxylase
 Propionyl CoA carboxylase 91

Thiamine de pyrophosphate (TPP)
CoE de décarboxylation
réactivité Centre actif
Structure a b
a b
a= noyau
pyrimidique
b= thiazole 92
46
06/10/2020

Origine vitaminique
Thiamine = vitamine B 1
Fonctionnement
 Centre actif= C 2 du noyau thiazole
 GP, C’est le CoE de décarboxylation des Ac α
cétonique
93

Les réactions
TPP intervient dans:
1- Décarboxylation oxydative des acides alpha
cétoniques:
Pyruvate deshydrogenase +++
2- Réactions de transcétolisation 94
47
06/10/2020

Le Coenzyme A, CoE d’Acylation
Structure
• Partie nucléotidique:
– base: adénine
– Sucre et groupe
Phosphoryle
• Chaine de 3
élèments:
– Adénosine
5’diphosphate
– Acide pantothénique
– cystéamine: SH
terminal 95

Origine vitaminique
L’acide pantothénique = Vit B 3
Fonctionnement
 Centre actif = groupement SH de la cystéamine,
d’où abréviation CoA SH
Transporte en les activant les groupements
acétyl et acyl: CoE d’acylation
96
48
06/10/2020

Fonctionnement
La liaison thioester riche en énergie à haut

potentiel de transfert du groupement acyl
97

Réactions
 Activateur des AG dans les réactions de

dégradation
Transporteur de radical acyle R-CO- et acétyle

CH3- CO-
 Fait partie du complexe multienzymatique de la

Pyruvate déshydrogénase+++ 98
49
06/10/2020

L’acide tétrahydrofolique (THF)
Structure
Acide folique
P- Glutamate
Ptéridine aminobenzoate
99

Structure
THF = dérivé tétrahydrogéné au niveau du noyau
ptéridine de l’acide folique
L’acide tétrahydro-5,6,7,8 folique 100
50
06/10/2020

Origine Vitaminique
Vitamine B9 = Acide folique
Fonctionnement
 Partie active: l’ensemble de N5 et N10
 CoE de transfert de groupement monocarbonés
(autre que le CO2) ayant divers degrés d’oxydation, -
CH3, -CH2-, -CHO, -CH=NH, -CH=, et
d’interconversion de ces unités
101

Mécanisme de fonctionnement
Les groupements monocarbonés sont liés au THF par
N5, N10, ou par les deux.
Réactions
 Conversion de l’homocysteine en mèthionine
 Conversion de la serine en glycine
 Synthèse des purines (de novo)
 Métabolisme de l’histidine 102
51
06/10/2020

Cobalamine = CoE B 12
Structure
Structure complexe:
 Cycle corrine à 4
Ny pyrroliques
 Pseudonucléotide
 Ion cobalte à 6
valences de
coordination
103

Origine vitaminique
Vitamine B12, synthétisé par les Bact intestinales,

absorption liée à la présence du FI sécrété par
l’estomac
Fonctionnement
Partie active = Ion Cobalt
104
52
06/10/2020

Réactions
2 coenzymes:
 5'désoxy adenosyl cobalamine (mitochondriale)
CoE de réaction d’isomérisation méthyl malonyl CoA
en succinyl CoA (métabolisme des lipides)
 Méthyl cobalamine (cytoplasmique) réaction de

transfert de méthyl:
 de l’homocystéine en méthionine
du méthyl THF en THF 105

S-Adénosyl Méthionine SAM
Structure
Formé à partir de la
réaction de l’ATP sur
la méthionine
Origine
Dérive de la méthionine, AA indispensable, apporté
par l’alimentation 106
53
06/10/2020

S-Adénosyl Méthionine SAM
Réactions
 Forme active de transport et de fixation du
radical méthyle (-CH3)
 Coenzyme donneur de radicaux -CH3 pour la
plupart des transméthylases qui fixent les grpt
méthyles aux accepteurs convenables (Ac
Nucléique, Protéines…).
 La perte du méthyle transforme la S- adénosyl
méthionine en S-adénosyl Homocystéine
107

CoE Nucléotidique (ATP)
Structure
Base- sucre- P
 Bases:
– Puriques: adénine et guanine
– Pyrimidiques: cytosine,
thymine et uracile
 Sucre: béta D ribose
 1,2 ou 3 groupe phosphoryle
 Noms: ATP, GTP, CTP 108
54
06/10/2020

CoE Nucléotidique (ATP)
Vitamine précurseur aucune
Principaux types de réaction

- Transfert de: phosphate, pyrophosphate, d’adénosine
monophosphate
– Réactions d’activation et de transfert de biomolécules:
• Des oses: UDP-oses et /ou GDP-oses
• Des acides aminés: aminoacyl-AMP
• Des lipides: acyl-AMP
109

Phosphate de pyridoxal (PP)
Structure
Dérive de la pyridoxine pyridoxine

Origine vitaminique
Vitamine B 6 110
55
06/10/2020

Fonctionnement
 Partie active: atome de C aldéhydique porté par le

C4
 GP, CoE de transport des grpt aminés, CoE du
métabolisme des AA
111

Réactions
PP = CoE à tous faire du métabolisme des AA
 Rt de décarboxylation
catalysée par des
décarboxylases
 Rt de transamination
catalysée par des
transaminases
 Rt de désamination
non oxydative catalysée
par des déshydratases 112
56
06/10/2020
CHAPITRE 3:
LA CINETIQUE ENZYMATIQUE
OBJECTIFS
• Définir la cinétique enzymatique

• Définir V max et KM
• Représenter graphiquement la cinétique d’une
enzyme
• Démontrer l’influence des effecteurs sur la
réaction enzymatique
• Différencier une E allostérique d’une E
michaéliènne
114
57
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
II. VITESSE ET ORDRE D’UNE REACTION
ENZYMATIQUE
III. CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES
A UN SEUL S
IV. FACTEURS INFLUENCANT LA CINETIQUE ENZ
V. ENZYMES ET EFFECTEURS ALLOSTERIQUE
115
I. INTRODUCTION
Les étapes d’une réaction enzymatiques sont:

1. Reconnaissance de S par E
2. Formation du complexe ES
3. Transformation de S en P avec régénération de E
intacte
E + S ES EP E + P
116
58
06/10/2020
I. INTRODUCTION
L’étude de la cinétique enzymatique:
 Vitesse de la réaction enzymatique
 Influence des paramètres physiques ou chimiques
117
I. INTRODUCTION
Intérêt:
Outils central pour l’analyse, le diagnostic et

traitement des déséquilibres à la base de nombreuses
maladies humaines:
L’analyse cinétique MEE le nombre et l’ordre des
étapes individuelles lors de la transformation des
substrats en produits par les E
Révéler les détails du mécanisme catalytique d’une E
59
06/10/2020
I. INTRODUCTION
Intérêt:
Diagnostic  l’augmentation du taux de certains E

servent de marqueurs clinique de certaines pathologie
(cardiaque, hépatique, …)
Le déficit en activité catalytique d’enzyme  MHM
(phénylcétonurie, hyperammoniémie congénitales par
déficit en E du cycle de l’urée….)
I. INTRODUCTION
Intérêt:
Thérapeutique  E = cible de choix pour les

médicaments utilisés en thérapeutique
Cinétique enzymatique = rôle central et critique dans la
découverte des médicaments, et la détermination de leur
mode d’action
60
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
ENZYMATIQUE
A UN SEUL S
121

ENZYMATIQUE
VITESSE = Quantité de S consommé par unité de temps ou
la Quantité de P formé par unité de temps.
V = dP/dt = - dS/dt
Dépend de :
 Quantité de E: [E] = fixe le plus souvent
 Quantité de S: [S]  Définit différents ordres de la
réaction
122
61
06/10/2020

ENZYMATIQUE
RÉACTION D’ORDRE 1
V = - dA/dt
V = Fct [A]
+ A est disponible, + convertis en P
V = K [A] , [A]  V
123

ENZYMATIQUE
RÉACTION D’ORDRE 0
Excès de A par rapport à une quantité faible de E
 même [EA] formé quelque soit [A] car [E] est limitée
 dA/dt = Cte V = - dA/dt = Cte
V est indépendante de [A], l’E est toujours saturé
124
62
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
ENZYMATIQUE
A UN SEUL S
125
III. CINETIQUE DES REACTIONS

ENZYMATIQUES A UN SEUL S
1. LES PHASES D’UNE REACTION ENZYMATIQUE
Phase préstationnaire: brève, vitesse

croissante, S se lie à E  augmentation [ES]
Phase stationnaire: toutes les molécules de
E sont occupés par S, V est maximale et
constante , indépendante de [S], cinétique
d’ordre 0
Effet produit: [P] , la réaction inverse
commence, la V diminue
Phase d’équilibre: la vitesse de la
transformation inverse devient égale
à celle de départ 126
63
06/10/2020

2. LA VITESSE INITIALE DE LA REACTION
E
S P
V = - dS/dt = dP/dt = K [S]
V est proportionnelle à la [S]

Pour des [S] et en [E] données, on mesure la [P] en fct de
Temps  courbe P = Fct (t)
127

2. LA VITESSE INITIALE DE LA REACTION
 La courbe est d’abord

V
linéaire ascendante: E est
saturée par S, V maximale et Vi α
constante
Vi = tg α 0
 puis s’infléchit: E n’est plus
saturée par S, V décroit α0
V= tg α
 enfin devient horizontale:
équilibre atteint
V=0
E S 128
64
06/10/2020

3. INFLUENCE DE [S] SUR Vi DE LA REACTION ENZ
Conditions expérimentales:[E]= Cte, [S] ,mesure de Vi
Plus la [S] augmente,

plus la [P] est grande
Plus la [S] est grande,
plus la Vi sera importante,
jusqu’à attendre une
valeur Max
 Vi3 = Vi4:
l’augmentation de [S] n’a
plus d’influence 129

V Max
Courbe = hyperbole
équilatère qui tend
asymptotiquement
vers une valeur limite
= VMax
130
65
06/10/2020

a. EQUATION DE MICHAELIS - MENTEN
Equation de Michaelis - Menten
Expression mathématique de la Vitesse « V »de la

réaction enzymatique en fonction de la
concentration en Substrat [S]
131

b. REPRESENTATION GRAPHIQUE DE L’EQUATION M-M
ORDRE 0
0<ORDRE< 1
ORDRE 1
Branche d’hyperbole
passant par l’origine
V = Fct [S] 132
66
06/10/2020

c. SIGNIFICATION DE VM ET KM
 VM: Vitesse initiale de la réaction lorsque l’E est à saturation
« toutes les molécules de E sont complexés à S »
C’est l’asymptote de la branche hyperbolique V= f([S])
 KM: Constante de Michaelis

 [S], lorsque Vi = Vmax/2
 Paramètre qui tient compte de l’affinité de E pour S:
1/KM définit affinité: KM , 1/KM , Affinité
 Unité de concentration: molécule - gramme/litre
 Paramètre spécifique de E, indépendant de [E]
133

d. DETERMINATION EXPERIMENTALE DE VM ET KM
METHODE ARITHMIQUE = REPRESENTATION DE M - M
 [E] = Cte
 Vi = Fct [S]
 [S]>>
Vi tend vers V max
KM = V max / 2
134
67
06/10/2020

METHODE ARITHMIQUE = REPRESENTATION DE M - M
135


METHODE GRAPHIQUE DE LINEWEAVER ET BURK
C'est la représentation la plus utilisée qui fût publiée en

1935 par Hans Lineweaver et Dean Burk :
Méthode des inverses 1/Vi = Fct (1/ [S])
Y= a X+ b 136
68
06/10/2020


 1/Vi = 0  1/[S] = - 1/KM
 1/[S] = 0  1/ Vi=1/Vmax
Cette représentation est une droite qui coupe l'axe des 1/V
au point 1/Vmax, et l'axe des1/ [S] au point -1/ KM
137

 1/Vi = 0  1/[S] = - 1/KM
KM/VM  1/[S] = 0  1/ Vi=1/Vmax
1/Vi = Fct (1/ [S]) 138
69
06/10/2020

4. INFLUENCE DE [E] SUR Vi DE LA REACTION ENZ
Conditions expérimentales:[S]= Cte, et saturante, [E]
mesure de Vi
P = Fct ( temps) Vi = Fct ([E])
Plus [E] , plus Vi est Vi directement

importante proportionnelle à [E] 139
PLAN
I. INTRODUCTION
ENZYMATIQUE
A UN SEUL S
140
70
06/10/2020
1. FACTEURS PHYSICOCHIMIQUES
a. Influence du pH sur la réaction enzymatique
pH d’arrêt,
 Chaque E pH optimum proche activité = 0
de la neutralité
Existence d’E fonctionnant à
des pH extrêmes:
pH (pepsine) = 1.8 (E gastrique )
pH (trypsine)=7.8 ( E intestinale)
141

a. Influence du pH sur la réaction enzymatique
Le pH intervient sur :
 le Substrat: degré d’ionisation permet ou non sa
liaison avec l’E
La protéine de l’E

• soit en modifiant la structure secondaire ou
tertiaire active de l’enzyme
• soit en modifiant les charges électriques et donc
le degré d’ionisation des radicaux des acides aminés
du site actif 142
71
06/10/2020
b. Influence de la Température sur la réaction enzymatique
2 effets:
 Accélération de la réaction:
En nécessaire pour activer la
Rt (Tre < 50°C)
 Effet inhibiteur : pour les E
thermosensible 55°C - 65°C
par dénaturation de la
protéine de l’E
• Tre optimale proche de la Tre cellulaire

143

2. LES EFFECTEURS CHIMIQUES
EFFECTEUR = corps chimique qui par sa liaison avec l’E

modifie la vitesse de la réaction enzymatique
RÔLE :
• Physiologique: Régulation du métabolisme cellulaire
• Biochimique: Permettre de mieux comprendre le mode
d’action des enzymes
144
72
06/10/2020
(E allostériques)
145
INHIBITEURS CHIMIQUES
Ralentissent V jusqu’à arrêt de la réaction
Inhibiteurs irréversibles Inhibiteurs réversibles
Effet inhibiteur n’est Effet inhibiteur est levé
pas levé dans des conditions
particulière
Inh Inh
Inh mixtes
compétitifs incompétitifs
S = Clé E = serrure 146
73
06/10/2020

a. Les inhibiteurs chimiques réversibles
a.1. Les inhibiteurs réversibles compétitifs
 Analogues structuraux du S
 Se fixent sur le site actif de E à la place de S
147

X
Mauvaise clé dans la serrure
L’excès de S déplace I du complexe EI = réversibilité
148
74
06/10/2020

1/V= K’M/Vmax 1/S + 1/Vmax K’M > KM  Affinité
K’M = KM (1 + I/KI) V max = Cte
149

a.2. Les inhibiteurs réversibles non compétitifs
X
 N’est pas un analogue structural de S  compétition
 Se fixe sur un site différent du site de fixation de S sur E
150
75
06/10/2020

X
Grain de sable qui empêche la bonne clé de tourner dans
la serrure
L’excès de S ne déplace pas I du complexe ESI 151

1/V = Km/V’max . 1/S + 1/V’max V’max = Vmax
1+I/KI
Vmax
K m = Cte donc affinité = Cte
152
76
06/10/2020

a.3. Les inhibiteurs réversibles incompétitifs
I se fixe sur le complexe ES
153

a.3. Les inhibiteurs réversibles incompétitifs
Vmax , V’max = Vmax
1 + I/KI
Km , K’m = Km
1 + I/KI
154
77
06/10/2020

a.4. Valeurs des constantes chimiques en présence
d’inhibiteurs chimiques réversibles
155

b. Les inhibiteurs chimiques irréversibles
Se lient de façon covalente à un groupement fonctionnel
indispensable à l’activité catalytique 
Inhibition irréversible
156
78
06/10/2020
b. Les inhibiteurs chimiques irréversibles

Exemple : Pénicilline= antibiotique
 Liaison covalente avec résidu sérine de l’enzyme
de synthèse de la paroi bactérienne (glycoprotéine
transpeptidase)
 Blocage de la synthèse de la paroi bactérienne
Lyse bactérienne
157

c. Les activateurs chimiques
Les activateurs se fixent sur l’enzyme et/ou augmentent
l’activité;
• Ils peuvent augmenter l’affinité (KM ) ou
augmenter l’activité maximum
• Ils peuvent être réversibles
– « A » se fixe par liaison faible (phénomène instantané)
• Ils peuvent être irréversibles
– « A » se fixe par liaison covalente (phénomène lent)
158
79
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
ENZYMATIQUE
A UN SEUL S
159
V. ENZYMES ET EFFECTEURS ALLOSTERIQUES

1. Structure et mode d’action:
 E polymérique: leur structure quaternaire est
composée de plusieurs chaines d’AA qui forment des
sous unités appelées protomères,
 Les protomères occupent des positions équivalentes,
et présentent une symétrie les uns par rapport au autres,
Sur chaque protomère deus sites fonctionnels:
 Site actif, qui fixe S et le transforme en P
 Site régulateur où se fixe l’effecteur allostérique
de façon réversible
160
80
06/10/2020

Fixation de l’effecteur allostérique
(activateur ou inhibiteur) au site allostérique
Transition allostérique, avec modification
de l’En interne du protomère
Diminution Augmentation
de En interne Modification de En interne
de l’affinité de
E vis-à-vis de S
Etat Relâché (R) Etat Tendu (T)

Augmentation de l’affinité Diminution de l’affinité
161
162
81
06/10/2020

Rôles des E Allostériques:
 Grande sensibilité des E Allo aux variations de [S] et
[Effecteur]
 Rôle régulateur des voies métaboliques: l’E
Allostérique catalyse la première réaction limitante
d’une voie métabolique, Permettant l’adaptation du
métabolisme aux besoins de la cellule
163

2. Cinétique des E allostériques:
Courbe V = Fct (S) Forme sigmoïde en S
[S]  pas de
transformation de S en P
 [S]  V augmente:
effet coopératif = fixation
de S sur un protomère
Point favorise la fixation de S sur
d’inflexion
la protomère suivant 
augmentation de l’affinité
 zone de saturation V
max 164
82
06/10/2020
3. Action des effecteurs allostériques:

Ce sont des substances qui agissent comme activateurs
ou inhibiteurs en modifiant la conformation des sites de
liaison au S, ce qui change l’affinité pour le S
Activateurs allostériques
Favorisent l’état R, augmentent
l’affinité de E pour S( K 0,5), lui
permettant d’agir à de faible
concentration en S
Inhibiteurs allostériques
Favorisent l’état T, diminuent
l’affinité de l’E pour le S ( K 0,5), K0,5 K0,5 K0,5 165
CHAPITRE 4:
REGULATION DES ENZYMES
83
06/10/2020
OBJECTIFS
 Connaitre les principaux modes de la
régulation des enzymes
167
PLAN
I. INTRODUCTION
II. REGULATION DE LA VITESSE DE LA
REACTION LIMITANTE
A. DISPONIBILITÉ EN « S » ET EN « COE »
B. ACTIVITE DE L’ENZYME E
C. CONCENTRATION DE L’ENZYME E
168
84
06/10/2020
I. INTRODUCTION
• ENZYME (E)
Catalyseur Biologique des réactions biochimiques.
Régulable: certains enzymes modifient leur activité
catalytique en réponse à des signaux métaboliques.
AJUSTEMENT DE L’OFFRE MÉTABOLIQUE

À LA DEMANDE CELLULAIRE
169
I. INTRODUCTION
• Les réactions du métabolisme doivent être finement

régulées pour :
 maintenir le plus possible des conditions
de vie constantes
 qu'un organisme ou une cellule
interagissent avec leur environnement en
réponse à des signaux intrinsèques ou
extrinsèques
170
85
06/10/2020
I. INTRODUCTION
• Le but de la régulation = adapter l’offre métabolique

à la demande cellulaire
• L’étape clé = réguler l’activité enzymatique et la

quantité de l’enzyme.
171
I. INTRODUCTION
S= Substrat
P= produit
E= Enzyme
transformant S en P
A =précurseur de S,
Z= produit finale de la
séquence
réactionnelle
Tous les E sont en excès, les vitesses des réactions ne dépondent

que des concentrations des substrats, sauf l’enzyme régulateur qui
catalyse la réaction limitante
172
86
06/10/2020
I. INTRODUCTION
S= Substrat
P= produit
E= Enzyme
transformant S en P
A =précurseur de S,
Z= produit finale de la
séquence
réactionnelle
La réaction limitante:
La réaction la plus lente, elle impose sa cadence à la
chaine
La première Rt spécifique de la séquence
Irréversible
173
I. INTRODUCTION
La vitesse de la réaction limitante est fonction de :

 Disponibilité en S et en CoE
 L’activité de E
 La concentration en E
174
87
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
REACTION LIMITANTE
175
A.DISPONIBILITÉ EN « S » ET EN « COE »
1. Disponibilité en S est fonction :
 De l’approvisionnement en précurseur A et du flux

métabolique A  S,
Plus S est disponible  V augmente dans la mesure où E
n’est pas saturé
176
88
06/10/2020
A.DISPONIBILITÉ EN « S » ET EN « COE »
2. Disponibilité en CoE
 l’approvisionnement en CoE et sa régénération

sous la forme utilisée par E
177
PLAN
I. INTRODUCTION
REACTION LIMITANTE
178
89
06/10/2020
L’E peut être soumise :
À une activation par protéolyse limitée,

À une activation par fixation d’un second messager
À un contrôle par modification covalente
À un contrôle allostérique
179
1. Activation par protéolyse limitée (irréversible)
Certaines protéines sont synthétisées et secrétées sous
forme d’un précurseur inactif, appelé zymogène.
 Une protéolyse sélective et irréversible de ces
protéines entraine un changement de la conformation et
une activation des ces enzymes.
 Le changement de la conformation entraine la
formation du site actif ou son exposition aux substrats.
Cascade réactionnelle en générale 180
90
06/10/2020
1. Activation par protéolyse limitée
Exemple de zymogène
 Hormones: Proinsuline
 Protéines digestives: Trypsinogène
 Protéines fonctionnelles: Facteurs de la coagulation
 Protéines tissulaires: Procollagène
181
Activation dans la
lumière intestinale
182
91
06/10/2020
183
Peptide C
Peptide B
Peptidase
Peptide A
184
92
06/10/2020
Intérêt de l’activation par protéolyse
limitée
 Protection des zymogènes d’un début de digestion
 Assurer la fonction enzymatique durant un temps
définie et une localisation déterminée
 Forme de réserve de l’enzyme

185
2. Activation par fixation d’un second messager
Exemple de l’AMP cyclique (AMP c)
 AMPc = second messager pour l’effet intracellulaire
de plusieurs hormones (exp : glucagon et adrénaline),
produite à partir de l’ATP sous l’action d’une enzyme
membranaire = adényle cyclase (AC)

186
93
06/10/2020
 Mécanisme de production
187
 Mécanisme d’action Enzyme
P
Enzyme
E inactif + AMP c sous unité

PKA
régulatrice
active
détachée
Effet 188
94
06/10/2020
 Mécanisme d’action
AMP c = Signal de faim, active une Protéine Kinase A (PKA), qui

elle-même régule différente enzyme du métabolisme
PKA, constituée de 2 sous unités inactives (Catalytique C et
régulatrice R)
AMPc – S/U R  libération de la S/U C active 
phosphorylation de Protéines (E)  Activation ou Inactivation
de E
189
190
95
06/10/2020
3. Contrôle par modification covalente

Mécanisme réversible qui aboutit à l’activation ou l’inactivation des
enzymes : nécessite de l’énergie
Modification catalysée par des enzymes de conversion: d’où
l’appelation de régulation par interconversion
Régulation soumise à un contrôle hormonale. On parle aussi de
régulation hormonale
Enzyme sous 2 formes interconvertibles : moins active, plus active
Cascade enzymatique aboutissant à la régulation
191
Modifications fréquentes
phosphorylation – déphosphorylation+++
Se produit sur les résidus sérine ou thréonine ou tyrosine
adénylation - déadénylation
méthylation - déméthylation
uridylation - déuridylation
ribosylation - déribosylation
acétylation - déacétylation 192
96
06/10/2020
phosphorylation – déphosphorylation
Grâce à la
phosphorylation –
déphosphorylation,
l’activité de l’E est sous
contrôle hormonal. La
cascade d’activation
permet l’amplification
du signal 193
phosphorylation – déphosphorylation
4 raisons
•Rapidement réversible,  basculer rapidement entre les

formes active et inactive de l‘E,
•Relativement peu coûteuse, car ne nécessite pas la
synthèse de nouvelles molécules.
•Phosphorylation / déphosphorylation est rapide , son
calendrier peut être ajusté pour répondre aux besoins
physiologiques de la cellule.
•Effets amplifiés via la cascade de kinases. 194
97
06/10/2020
4. Contrôle allostérique par liaison non covalente
réversible à des effecteurs
 E polymérique
Sur chaque protomère deus sites fonctionnels:

 Site actif, qui fixe S et le transforme en P
 Site régulateur où se fixe l’effecteur
allostérique de façon réversible
195
4. Contrôle allostérique par liaison non covalente
réversible à des effecteurs
Effecteur allostérique positif = activateur:
Un métabolite en amont de la réaction (A)
S lui-même
Un catabolite Z’ du produit final Z
+ E
+
+
L’activation allostérique par un substrat « amont » est caractéristique

des voies cataboliques 196
98
06/10/2020
4. Contrôle allostérique
Effecteur allostérique négatif = Inhibiteur:
un métabolite en aval de P (Z) ou P lui-même =
rétroinhibition ou feed back inhibition
Phénomène d'inhibition spécifique d'une enzyme placée

en début d’une séquence métabolique, par le produit
final de séquence réactionnelle.
197
4. Contrôle allostérique
Effecteur allostérique négatif = Inhibiteur:
E - -
L’inhibition allostérique par un produit « aval » est caractéristique des

voies anaboliques
198
99
06/10/2020
PLAN
I. INTRODUCTION
REACTION LIMITANTE
199
Assurée par le contrôle de l’expression des gènes:
régulation transcriptionnelle
La concentration d’un E dépend de sa vitesse de

synthèse et de sa vitesse de catabolisme = turnover
enzymatique
Fait intervenir des protéines régulatrices (PR) qui

agissent directement sur l’ADN par fixation sur des
éléments de réponse situés dans le promoteur du gène
– Si la quantité d’enzyme on parle d’induction
– Si la quantité d’enzyme on parle de répression
200
100
06/10/2020
201
101
06/10/2020
METABOLISME DES
ACIDES AMINES
COURS BIOCHIMIE METABOLIQUE

1 ERE ANNEE MEDECINE GENERALE
PR L. BENCHEKROUN
2020 – 2021
OBJECTIFS DU COURS
 Prendre connaissance des voies de synthèse et de
dégradation des protéines endogènes, ainsi que la digestion
enzymatique des protéines alimentaires,
 Différencier les différentes voies de biosynthèse des acides

aminés
 Définir les mécanismes de dégradation des acides aminés
 Expliquer l’uréogenèse, les étapes enzymatiques , le bilan

du cycle pour savoir déterminer le coût énergétique de
l’élimination de l’ion ammonium
2
1
06/10/2020
OBJECTIFS DU COURS
 Démonter par quelques exemples la conversion des

squelettes des acides aminés glucoformateurs en précurseurs
de néoglucogenèse et des squelettes carbonés des acides
aminés cétogènes en Acétyl-CoA.
 Décrire les principales anomalies de métabolisme des

acides amines
 Définir les voies métaboliques de quelque molécules azotés

d’origine non protéique
PLAN
I. INTRODUCTION GENERALE
II.METABOLISME DES PROTEINES /AA : VUE
D’ENSEMBLE
III. METABOLISME DES PROTEINES
IV. METABOLISMES DES AA
V. METABOLISME DES AUTRES MOLECULES
AZOTES
2
06/10/2020
PLAN
II. METABOLISME DES PROTEINES /AA : VUE
D’ENSEMBLE
AZOTES
5
LES ELEMENTS CONSTITUTIFS:

• Carbone, Hydrogène et Oxygène 
rencontrés dans les glucides et les
lipides,
PEPTIDE • Azote
AA = MONOMERE DES PROTEINES 6
3
06/10/2020
AA Excès
STOCKAGE
DEGRADATION PAR:
• TRANSAMINATION
• OU OXYDATION
ION SQUELETTE
AMMONIUM CARBONÉ
• Elimination par excrétion ou • Recyclage  acide aminé
par l’uréogenèse • Servir de précurseurs des:
• Recyclage pour la synthèse -Glucides  AA
d’un autre acide aminé glycoformateurs,
-Acides gras  AA cétogènes.
METABOLISME DES
AA:
2 OBJECTIFS
Assurer le
Maintenir le pool renouvellement
des acides aminés (turn-over) des
protéines
4
06/10/2020
PLAN
D’ENSEMBLE
AZOTES
III. METABOLISME DES PROTEINES /AA :

VUE D’ENSEMBLE
10
5
06/10/2020
PLAN
D’ENSEMBLE
AZOTES
11
IV. METABOLISME DES PROTEINES
IV.1. BIOSYNTHESE DES PROTEINES

IV.2. CATABOLISME DES PROTEINES
12
6
06/10/2020
• Protéine = produit d’un gène
• La synthèse s’effectue au
niveau des ribosomes
13

La synthèse se fait en deux étapes :
1. La Transcription :
Copie du gène (ADN) en une molécule d'ARN = transcription
Nécessite une enzyme = ARN polymérase
ARN polymérase se fixe à l’ADN au niveau d’une courte séquence
d'ADN placée juste avant le début du gène = Promoteur
Le promoteur indique:
• Le début du gène à transcrire en ARNm (où l’ARN polymérase doit
se fixer sur l’ADN)
• Quel brin d’ADN doit être transcrit
14
7
06/10/2020
Etape 1: Transcription
15
Etape 1: Transcription
16
8
06/10/2020
2. La traduction
La synthèse de la protéine (assemblage des acides aminés) se fait au
niveau des ribosomes
Pour cette synthèse, il faut:
• ARNm = information (la recette)
• Ribosome = machine à assembler les acides aminés
• Acides aminés = pièces de construction
• ARNt (ARN de transfert) = molécules qui transportent les acides
aminés du cytoplasme au ribosome où ils sont assemblés en protéine.
17
Etape 2: Traduction
ARNt = brin d'ARN

qui se replie sur lui
même pour former
une structure en 3D
ARN de transfert
18
9
06/10/2020
Etape 2: Traduction
Chaque ARN t est caractérisé par son anticodon qui

transporte l’AA correspondant, exp :
19
20
10
06/10/2020
21
22
11
06/10/2020
Les ribosomes sont les ateliers de la synthèse des

protéines
Ils permettent de décoder de façon ordonnée la
séquence d’ARNm en acides aminés
23
La traduction débute au codon d’initiation et s’arrête au codon stop

• Le codon initiateur AUG  méthionine (Met).
• Quand deux acides aminés sont côte à côte, le ribosome entraîne la
fabrication d’une liaison peptidique puis le ribosome se décale de la
longueur d’un codon sur l’ARNm.
• Il y a arrêt de la synthèse quand le ribosome lit un codon stop (ou non
sens) : UAA- UAG-UGA  enzyme (facteur de terminaison) s'y fixe
et détache l'ARNm du ribosome.
• Les ribosomes lisent l’ARNm dans un seul sens (de façon
unidirectionnelle) 24
12
06/10/2020
25
L’ARN m
26
13
06/10/2020
La séquence des acides aminés est gouvernée par celle

des nucléotides de l’ARNm suivant un système de
correspondance : le code génétique (porté par ADN)
Cette traduction est réalisée par triplets de nucléotides,

appelés codons.
27
Le code génétique
28
14
06/10/2020

Le code génétique
 Universel
 Non ambigu : à un codon correspond un seul et unique acide
aminé
 Dégénéré : à un acide aminé peuvent correspondre plusieurs
codons (il existe 64 codons et seulement 20 acides aminés)
 La nature dégénérée du code a pour conséquence sa
redondance.
 Le code génétique possède des codons qui ne correspondent à
aucun acide aminé (UAA- UAG-UGA) = codons « non sens » ou
codons « stop »
 La traduction débute au codon d’initiation AUG  Met
29

30
15
06/10/2020
La protéolyse
(catabolisme des protéines endogènes)
4% des Prot tissulaires (400g)
AA
3/4 AA 1/4 AA(100g)
Synthèse de nouvelles Catabolisme

protéines 31
Intérêt de la protéolyse:
• Eliminer les protéines anormales
• Permettre la régulation du métabolisme cellulaire en
éliminant les E et les protéines de régulation.
32
16
06/10/2020
Catabolisme cellulaire des protéines
La demi-vie des protéines est très variable : de quelques

dizaines de secondes à plus de 100 jours (HGB) leur
catabolisme peut être :
Extracellulaire : certaines protéines extracellulaires sont
dégradées par des protéases sécrétées par des cellules
spécialisées
Intracellulaire : selon différentes voies, exemple « La
voie du protéasome = Volumineux complexe enzymatique
composé de nombreuses sous-unités qui dégrade les
protéines en acides amines et en peptides»
33
Alimentation
100 g/j de Prot
Métabolisme digestif
AA
Synthèse de Glu Autres

protéines AA
AG 34
17
06/10/2020
Les enzymes protéolytiques

= Protéinases = protéase = peptidase
hydrolases qui ont des spécificités plus au moins
grandes vis – à – vis de la position de la liaison
peptidique dans la chaine et /ou de la nature des acides
aminés engagés dans cette liaison :
•Les endopeptidases : hydrolysent les liaisons
peptidiques à l’intérieur de la chaine
•Les exopeptidases : (amino et carboxypeptidases)

hydrolysent les liaisons peptidiques en bout de chaine.
35
Catabolisme digestif des protéines

3 Etapes
Etape
intraluminale Etape
membranaire: Etape cytosolique
E
Protéolytique Aminopeptidase Peptidase
Prot  AA Peptides  AA Di + Tripeptides

+ Peptide + Di et Tripeptide AA
36
18
06/10/2020

Etape intraluminale
les prot sont catabolisées en AA et peptides. Les E

protéolytiques, synthétisés par les cellules exocrines de
l’appareil digestif sous forme de zymogènes ( ou
proenzymes) inactifs sont :
La pepsine : sécrétée par l’estomac

La trypsine, chymotrypsine, les carboxypeptidases :
sécrétés par le pancréas
Les aminopaptidases : sécrétés par l’intestin grêle 37

Etape membranaire:
hydrolyse des peptides par les aminopeptidases de la

bordure en brosse des entérocytes en AA et en di et
tripeptides.
Les AA, di et tripeptides issues de ces deux étapes sont

absorbés par les entérocytes suivant un mécanisme de
transport actif
38
19
06/10/2020

Etape cytosolique :
les di et tripeptides sont hydrolysés par les di et

tripeptidases en AA
Tous les AA passent dans la veine porte :

Les 3/4 sont captés par le foie
Le 1/4 restant est capté par les tissus extrahépatiques
39
PLAN
II.METABOLISME DES PROTEINES /AA : VUE
D’ENSEMBLE
AZOTES
40
20
06/10/2020
V. METABOLISME DES AA
 La synthèse des AA à partir des intermédiaires du

métabolisme
 Leur catabolisme :
*Enlèvement de l’azote aminé et son élimination sous
forme d’urée par le foie et de NH4+ par le rein
*Catabolisme du radical carboné
*Réaction de décarboxylation  amines biogènes
 Leur utilisation comme précurseurs de molécules

d’intérêt biologique
41
V.I . Synthèse des AA a partir des intermédiaires du

métabolisme
V.II . Catabolisme des Acides Aminés
A- Catabolisme de l’Azote des AA
B- Catabolisme du radical carboné des AA
C- Les réactions de décarboxylation: Formation des
amines biogènes
42
21
06/10/2020
V.I .la synthèse des AA a partir des intermédiaires du

métabolisme
43

métabolisme
Met  Cys
AA
indispensables
Phe  Tyr
OAA Asp
CK α-CG Glu
Intermédiaires Voie PP R5P His

métaboliques
3-PG Ser
voie de la glycolyse Pyruvate  Ala
44
22
06/10/2020

métabolisme
Sér  Gly
AA non Asp  Asparagine
indispensables Glu  Glutamine,
Pro, Arg
45

métabolisme
Synthèse de la tyrosine
Met  Cys
AA
indispensables
Phe  Tyr
46
23
06/10/2020

métabolisme
Phenylalanine + O2 + THB tyrosine + DHB + H2O
47

métabolisme
Hydroxylation de la Phe en Tyr:

• Un atome d’oxygène est fixé sur
le noyau phényl de la Phe pour
former le groupement OH de la
Tyr,
• L’autre oxygène est réduit en
H2O grâce à 2 atomes
d’hydrogène provenant de le
THB oxydé en DHB,
• Régénération de la THB (forme
réduite) grâce au NADPH,H+
48
24
06/10/2020

métabolisme
Phe+ O2 + THB Tyr + DHB + H2O

DHB est réduit en THB au dépend du NADPH,H+
Les E : phénylalanine hydroxylase (phénylalanine

monooxygénase), et la dihydrobioptérine réductase
C’est la première réaction de dégradation de la Phe
C’est une réaction d’hydroxylation
Le déficit en phénylalanine hydroxylase, et rarement de la

dihydrobioptérine réductase  PCU 49

métabolisme
Synthèse de la Cystéine
Met  Cys
AA
indispensables
Phe  Tyr
50
25
06/10/2020

métabolisme
Met      Cys
51
2 Pi

métabolisme
52
26
06/10/2020

métabolisme
53

métabolisme
54
27
06/10/2020

métabolisme
Réaction de transulfuration 55

métabolisme
Synthèse de la Serine
OAA Asp
CK α-CG Glu

métaboliques
3-PG Ser
56
28
06/10/2020

métabolisme
Synthèse de la Serine
57

métabolisme
Synthèse du Glycocolle
Sér  Gly
Pro, Arg
58
29
06/10/2020

métabolisme
Interconversion Serine -
Glycocolle
 Le THF accepteur de groupement

Formyle, pour former le N5 N10
Méthylène THF
 Réaction de transfert de goupement

Formyle 59

métabolisme
Synthèse à partir de
CO2 et NH3 grâce à la
Glycine synthase
mitochondriale
60
30
06/10/2020

métabolisme
Ces deux voies de synthèses

 Complémentarité 61

métabolisme
Synthèse de l’Alanine
OAA Asp
CK α-CG Glu

métaboliques
3-PG Ser
62
31
06/10/2020

métabolisme
Synthèse de l’Alanine
Glycolyse
Réaction de transamination
63

métabolisme
Synthèse de l’Aspartate
OAA Asp
CK α-CG Glu

métaboliques
3-PG Ser
64
32
06/10/2020

métabolisme
CK
PP
Réaction de transamination
65

métabolisme
Réaction des désamidation
66
33
06/10/2020

métabolisme
Asp
OAA Asparagine
67

métabolisme
Synthèse du Glutamate
OAA Asp
CK α-CG Glu

métaboliques
3-PG Ser
68
34
06/10/2020

métabolisme
CK
Réaction d’Amidation réductrice par le NH3 et le NAD(P)H,H+ du α

CG pour former le Glutamate
69

métabolisme
Réaction de désamidation
70
35
06/10/2020

métabolisme
Glu
αCG Glutamine
71

métabolisme
Synthèse de la proline
Sér  Gly
Pro, Arg
72
36
06/10/2020

métabolisme
Semi aldéhyde Glu
Synthèse de la
proline
cyclisation
73

métabolisme
Synthèse de la
proline
cyclisation
74
37
06/10/2020

métabolisme
Synthèse de la proline
Deux voies de synthèses

Proline
Acide Glutamique Ornithine

(Voie principale) Intermédiaire du
cycle de l’urée
75

métabolisme
Synthèse de la
proline
76
38
06/10/2020

métabolisme
Synthèse de l’histidine et de l’arginine
OAA Asp
CK α-CG Glu
Intermédiaires R5P His

Voie PP
métaboliques
3-PG Ser
Sér  Gly
indispensables
Glu  Glutamine, Pro, Arg
77

métabolisme
Synthèse de l’histidine et de l’arginine
Histidine Arginine
Synthétisé à partir de Synthétisé à partir du

trois précurseurs:
 5 Phosphoribosyl-1- Glutamate par
pyrophosphate (Voie l’intermédiaire de
PP)
 Noyau purine de l’Ornithine, et du
l’ATP cycle de l’Ornithine
 Glutamine 78
39
06/10/2020

métabolisme
amines biogènes
79

AA Excès
STOCKAGE
DEGRADATION PAR:
• TRANSAMINATION
• OU OXYDATION
ION SQUELETTE
AMMONIUM CARBONÉ
• Elimination par excrétion • Recyclage  acide aminé
ou par l’uréogenèse • Servir de précurseurs des:
• Recyclage pour la synthèse Glucides  aa
d’un autre acide aminé glycoformateurs,
•Acides gras  aa cétogènes.
80
40
06/10/2020
*Enlèvement de
l’azote aminé et son
élimination sous
forme d’urée et de
NH4+
*Catabolisme du
radical carboné
*Réaction de
décarboxylation 
amines biogènes
81
Les AA en excès ne peuvent pas être stockés:

* Première dégradation  enlève le
groupement α-aminé soit par transamination, soit par
oxydation. L’ion ammonium est recyclé pour former un
AA ou éliminé.
* Le squelette carboné, peut servir pour synthétiser
l’AA correspondant ou servir de précurseur à la synthèse
des glucides ( AA glycoformateurs) ou convertis en
acétyl-CoA pour la synthèse des AG (AA cétogènes)
82
41
06/10/2020

métabolisme
amines biogènes
83

A. Catabolisme de l’Azote des AA
S’accompagne toujours de l’enlèvement de l’azote aminé:

 Soit par transamination: par des Aminotransférase
 Soit par désamination oxydative ou non oxydative
L’azote sous sa forme minérale NH4+ est toxique (SNC)

 éliminé de l’organisme par deux voies:
 Voie majeure hépatique (4/5 de l’azote excrété) =
Uréogenèse (Urée)
 Voie mineure rénale (1/5) = Ammoniogenèse (NH4+)
84
42
06/10/2020

85

Enlèvement et transport de l’Azote aminé
L‘azote des Acides Aminés peut être enlevé de

deux façon:
 Par double transamination
 Par transdésamination
86
43
06/10/2020

La double transamination: Intestin, muscle, foie

La Réaction de transamination (Rappel):
o Réaction de transfert réversible de la fonction amine entre un

acide aminé et un acide α cétonique.
o Les enzymes = Transaminases ou amino-transférases à
coenzyme phosphate de pyridoxale.
o Chaque acide aminé dispose d’une amino-transférase spécifique
o Ces réactions sont impliquées dans les synthèses et les
87


La première transamination
PP
88
44
06/10/2020


La Deuxième transamination
Transfère le NH2 du Glu transformé en αCG (régénération)
Sur le pyruvate transformé Sur l’oxaloacétate transformé

en alanine sous action de en aspartate sous action de
l’ALAT l’ASAT
89
90
45
06/10/2020

Au terme de cette double transamination, le NH2

de départ se retrouve:
 Ala, qui quitte le muscle et l’intestin à destination
du foie où elle sera transaminée sous l’action de
ALAT en pyruvate, avec libération NH3 substrat de
la uréogenèse (Rt de transamination)
 Asp, Substrat de l’uréogenèse hépatique
91

L‘azote des Acides Aminés peut être enlevé de

deux façon:
 Par double transamination
 Par transdésamination
92
46
06/10/2020


La Transdésamination: muscle, foie
La Rt de transamination
93


La Rt de désamination
oxydative mitochondriale
94
47
06/10/2020


La Rt de désamination
oxydative mitochondriale
La Glutamate déshydrogénase:
 À CoE indifférent NAD ou NADP
 Enzyme allostérique à pour effecteurs:
ATP et GTP = Inhibiteurs, (témoins de la satisfaction des
besoins énergétiques de la cellule)
ADP et GDP = Activateurs
 E importante vue le rôle central de Glu parmi les AA, et du
αCG (intermédiaire du CK) 95


Au terme de la transdésamination, le NH2 de départ
se trouve se forme de NH3
ATP
+
NH3 + Asp = Substrats de
l’uréogenèse ADP +Pi
96
48
06/10/2020

97

NH3 + Asp
UREOGENESE
HEPATIQUE
UREE 98
49
06/10/2020

Cycle de l’urée = Uréogenèse hépatique
Au niveau hépatique

5 Réactions
La dernière régénère
le substrat de la
première
Substrats = NH3 +
Asp
Produit = Urée (petite
molécule hydrosoluble
éliminée dans les
urines à 90%) 99

Rt irréversible et
limitante = étape
majeur de
régulation de
l’uréogenèse
100
50
06/10/2020

 Introduction du
premier atome
d’azote dans le cycle
 La citrulline passe
de la matrice
mitochondriale vers
le cytoplasme grâce à
un transporteur
spécifique
101

Introduction du
deuxième atome
d’azote dans le cycle
2Pi
102
51
06/10/2020

103

l’Ornithine passe du
cytoplasme vers la
matrice
mitochondriale pour
un autre cycle
104
52
06/10/2020

105


Régulation
Au niveau de la première réaction

Rt limitante et irréversible
E = Carbamyle Phosphate Synthétase mitochondriale
E Allostérique qui requiert la présence d’un activateur =
N Acétylglutamate
Acétyl CoA + Acide Glutamique 
N Acétylglutamate
106
53
06/10/2020


Bilan du cycle
NH3 + CO2 + Aspartate + 3 ATP 
Urée + Fumarate + 2 ADP + AMP + 4 Pi
Consommation de 4 liaisons riches en En à partir de 3 ATP 3 ATP
CRM
CK
7
8
La formation d'une molécule d'urée ne consomme qu'une liaison

phosphate riche en énergie 107

Urée : intérêt biologique
L'urée = terme ultime principal du catabolisme des AA

Atoxique, très soluble, elle s'élimine à 90 % dans les
urines,
Le dosage de l'urée dans le sang ou azotémie et dans
l'urine est le paramètre le plus ancien de la biochimie
clinique et l'un des plus demandés.
En néphrologie, urée = marqueur de la fonction rénale,
elle augmente en cas d’insuffisance rénale
108
54
06/10/2020

Enzymopathies héréditaires: Hyperammoniémies congénitales
Déficit en enzyme du cycle

de l’urée
Peut atteindre tous les
enzymes
Les plus fréquents:
 Hyperammoniémie
Congénitale type I : déficit
en Carbamyl-
Phosphate Synthétase I
 Hyperammoniémie
Congénitale type II : déficit
en Ornithyl
Transcarbamylase (lié à X) 109

Enzymopathies héréditaires: Hyperammoniémies congénitales
 Déficit en enzyme du cycle de l’urée  Hyperammoniémies

congénitales = MHM par intoxication endogène,
 Accumulation de l’ammoniaque toxique pour le SNC et pour le
foie principalement
 Symptomatologie digestive, neurologique et/ou psychiatrique
Tous les enzymes peuvent être déficitaires, transmission
autosomique récessive
 Déficit en OCT est lié à l’X
 diagnostic de certitude: dosage de l’activité E, Biologie
moléculaire
110
55
06/10/2020

métabolisme
amines biogènes
111
*Enlèvement de
élimination sous
forme d’urée par le
foie et de NH4+ par
le rein
*Catabolisme du
radical carboné
*Réaction de
amines biogènes
112
56
06/10/2020

Après le départ du groupe α-aminé sous forme de

l’ammoniac, les acides aminés, libèrent l’ α -cétoacide
(squelette carboné) correspondant.
La dégradation des squelettes carbonés conduisent à la
formation de sept composés à savoir :
α -cétoglutarate, oxaloacétate, fumarate, acétoacétyl-
CoA, succinyl-CoA, pyruvate et acétyl-CoA.
Ils rentrent dans le métabolisme intermédiaire pour la
production de l’énergie ou pour la synthèse des glucides
ou des lipides.
113

Suivant le devenir des squelettes carbonés on classe les acides

aminés en trois groupes.
Les acides aminés glucoformateurs (glucogéniques) dont les
produits de dégradation du squelette carboné peuvent rejoindre la
néoglucogenèse hépatique au niveau du pyruvate, ou au niveau des
intermédiaires du CK :α cétoglutarate, oxaloacétate, fumarate,
succinyl-CoA .
Les acides aminés cétoformateurs ou cétogènes dont les produits
de dégradation du squelette carboné peuvent rejoindre la
cétogenèse hépatique au niveau d’un corps cétonique
«Acétoacétyl-COA », ou au niveau d’un précurseur «Acétyl-CoA »
Les acides amines à la fois glucoformateurs et cétogènes
114
57
06/10/2020

Acides aminés glucoformateurs
et/ou cétogènes
115

Interrelation métabolique
116
58
06/10/2020

Où et Quand
Hépatique surtout,
Muscle et rein  peu
Important dans des situations particulières:
Nutritionnelles: régime hyperprotidique, l’apport en
AA excède les besoins pour la synthèse des protéines
Pathologique: diabète sucré mal équilibré, et jeune
prolongé, la protéolyse musculaire produit des AA qui
sont utilisés à des fins énergétiques
117

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr, Trp
Phe et Tyr, sont catabolisés en:

Acétoacétate  Cétoformateur
Fumarate Glucoformateur
118
59
06/10/2020

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr
119

2 3
5 fumarylacétoacétate
120
60
06/10/2020

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr Pathologie
PHENYLCETONURIE
Voie normale
Voie alternative
urines
121

PHENYLCETONURIE
 Déficit génétique en Phe hydroxylase ou rarement la
dihydrobioptérine réductase.
 Fréquence = 1/10000 naissance
 transmission autosomique résessive
 Clinique = débilité mental, troubles neurologiques et digéstifs,
troubles de pigmentation.
 Biologie = hyperphénylalaninémie, hypotyrosinémie,
phénylpyruvaturie, urines à odeur moisi
 Prévention = dépistage précoce à la naissance
 Traitement = régime alimentaire pauvre en Phe dès les premieres
semaines de vie
122
61
06/10/2020

Tyrosinémie II
Alcaptonurie
Tyrosinémie I fumarylacétoacétate 123

= Maladie à urines noires
124
62
06/10/2020

Dérivés métaboliques
Phe, Tyr  molécules aromatiques
 Catécholamines
 Hormones thyroïdiennes
 Pigment mélanique
125

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr Catécholamines
Rt limitante = étape
de régulation
Dihydrophenylalanine
Précurseur
de
126
biosynthèse
63
06/10/2020

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr Catécholamines
127

Les Catécholamines: Rôles biologiques
Dopamine Précurseur de biosynthèse de

l’Adr et Nadr +
neurotransmetteur de SNC
Noadrénaline médiateur des terminaisons
nerveuses sympathiques
Adrénaline Action hormonale +
neurotransmetteur SNC
128
64
06/10/2020

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr Hormones thyroïdiennes
Tyr = précurseur des HT ( T3 et T4)

Synthèse en plusieurs étapes:
1. Activation de l’Iode par oxydation
2. Fixation sur les résidus tyrosyl de la tyroglobulines 
formation de précurseurs
MIT = Mono Iodo Tyrosine et DIT = Di Iodo Tyrosine
3. Condensation MIT + DIT  T3 (3-5-3’ Triiodotyronine)
Condensation DIT + DIT  T4 (3-5-3’-5’ Tetraiodotyronine)
4. Protéolyse locale de la tyroglobuline et libération des HT dans
circulation générale
129

130
65
06/10/2020

T4
MIT DIT
T3
131

Les hormones thyroïdiennes: effets biologiques
 Stimulent la croissance et le développement
Augmentent le métabolisme de base et la

production d’En (stimulent la NGG, Glycogénolyse
et la lipolyse)
Augmentent l’expression des récepteurs béta

adrénergiques et la sensibilité du cœur aux
catécholamines
132
66
06/10/2020

Catabolisme des AA aromatiques: Phe, Tyr Pigment mélanique
 Trouble héréditaire de mélanogenèse =ALBINISME

 absence de mélanine
 Déficit en tyrosinase le plus souvent
 Absence de pigmentation de la peau, des poils, des
cheveux, des yeux
133

Catabolisme des AA aromatiques: Trp
Voie principale:
Voie de la
Cynurénine
134
67
06/10/2020

Catabolisme des AA ramifiés: Leu, Ileu, Val
Leu
AA Cétoformateurs
Ileu
AA Gluformateurs
Val
Rt cataboliques en commun:
 Transamination extra hépatique (muscle + cerveau) par des TA ases
spécifiques
 Décarboxylation oxydative (Muscle + foie) par une DHase spécifique
commune : Ac α cétonique  Acyl CoA
135

Catabolisme des AA ramifiés: Leu
136
68
06/10/2020

Catabolisme des AA ramifiés: Leu
137

Catabolisme des AA ramifiés: Ileu, Val
138
69
06/10/2020

Catabolisme des AA ramifiés: pathologie
139

Catabolisme des AA soufrés
Cys, Met
Intermédiaires du CK = Molécules d’intérêt

AA Glucoformateurs biologique:
 Cystine
 Cys  Pyruvates
 Taurine
 Met  Propionyl CoA
 Cystéamine
 Glutathion 140
70
06/10/2020

Catabolisme des AA soufrés: Met
= voie de synthèse de la Cys
2 Pi
141

142
71
06/10/2020

143

144
72
06/10/2020

Réaction de transulfuration 145

= voie de synthèse de la Cys
NAD+ CoA SH
Propionyl CoA
DHase
NADH,H+ CO2
PEP ( NGG)
146
73
06/10/2020

Catabolisme des AA soufrés: Cys
α CG
Dioxygénase AT ase
Cys Ac sulfinyl
Cystéine sulfinate pyruvique
Glutamate
Désulfinase
Ac pyruvique
H2SO3
Sulfite
PEP ( NGG) 147

Catabolisme des AA soufrés: Cys, Met
Pathologie
Hcys + Ser
Cystathionine
148
74
06/10/2020

Cystine = dimère de
cystéine
 Pont disulfure intra
ou inter caténaire dans
la structure tertiaire des
protéines
149

Cystéamine:
Entre dans la structure
CO2
de l’acétyl CoA, et de
l’acyl carrier protéine
150
75
06/10/2020

Cystéine
Cystéine
di oxygénase
Taurine Ac Cystéine sulfinique
Se conjugue avec les acides
Décarboxylation
biliaires  solubilité Oxydation
 Détoxification
Taurine
151

Glutathion
 Forme réduite: GSH
 Forme oxydé: dimère de GSH
= GSSG
 Rôle = réducteur de divers
molécules oxydées: Prot, H2O2, (GSH)
Peroxydes organiques, Met
HGB, …
152
76
06/10/2020

Glutathion: mécanisme d’action
Molécule Oxydée Molécule réduite

H2O2 2 H2O
2 GSH GSSG
Glutathion réductase
2 NADP+ 2 NADPH,H+ 153

métabolisme
C- Les réactions de décarboxylation: Formation
des amines biogènes
154
77
06/10/2020

C. Les réactions de décarboxylation: Formation des amines
biogènes
*Enlèvement de
élimination sous
forme d’urée par le
foie et de NH4+ par
le rein
*Catabolisme du
radical carboné
*Réaction de
amines biogènes
155

biogènes
PP
156
78
06/10/2020

biogènes
157

biogènes
158
79
06/10/2020

biogènes
159

biogènes
Dégradation des amines biogènes
160
80
06/10/2020
PLAN
II. ACIDE AMINE / PROTEINE: RAPPELS
STRUCTURAUX
III. METABOLISME DES PROTEINES /AA : VUE
D’ENSEMBLE
V. METABOLISMES DES AA
VI. METABOLISME DES AUTRES MOLECULES
AZOTES 161

AZOTES
A. METABOLISME DE LA CREATINE
B. METABOLISME DES HETEROCYCLES
 PURINES
 PYRIMIDINES
 HEME
162
81
06/10/2020

AZOTES
 PURINES
 PYRIMIDINES
 HEME
163
164
82
06/10/2020
Synthèse
Arg
Gly
165
Devenir
Créatine phosphate = Forme de réserve de l’Energie dans le muscle

La créatinine = marqueur biologique de la fonction rénale, elle est
augmentée en cas d’insuffisance rénale. 166
83
06/10/2020

AZOTES
 PURINES
 PYRIMIDINES
 HEME
167
B. METABOLISME DES HETEROCYCLES: PURINES
Les purines: (Adénine, Guanine),
168
84
06/10/2020
Les purines: (Adénine, Guanine),
Inosine
MonoPhosphate
(IMP)
Précurseur des
nucléotides
puriques
169
170
85
06/10/2020
Synthèse des purines
171
(GPAT)
172
86
06/10/2020
5 – P - Ribosylamine
 7 Etapes
 3 complexes
multienzymatiques
173
 Le groupement céto en C6 (IMP) est remplacé par le

groupement aminé (AMP)
 Donneur d’azote = ASP
 L’En est fournie par le GTP et non pas ATP 174
87
06/10/2020

 l’IMP est d’abors oxydé en XMP sous l’action d’une

déshydrogénase à NAD
Le groupement céto en C2 (XMP) est remplacé par le
groupement aminé (GMP)
 Donneur d’azote = GLN
 L’En est fournie par ATP 175

Synthèse des purines: Régulation
En amont de l’IMP: régulation au niveau des 2 Rt limitantes:

o PRPP synthase: inhibé par les nucléotides puriques
o GPAT: inhibé par ADP + GDP
Activé par PRPP
 En aval de l’IMP: régulation au niveau de l’adénylsuccinate

synthase et IMP Dhase
o AMP et GMP = Inhibiteurs  l’accumulation de l’un des
nucléotides freine sa synthèse sans modifier l’autre
o ATP activateur de synthèse de la voie GMP
o GTP activateur de synthèse de la voie ATP
176
88
06/10/2020
Catabolisme des purines
Le catabolisme des nucléotides puriques à lieu en deux

temps:
1.Dégradation des Nucléotides monoP en base libre:
AMP  Adénine
GMP  Guanine
Puis transformation de
Adénine  Hypoxanthine RT désamination
Guanine  Xanthine hydrolytique
2. Transformation de l’Hypoxanthine et Xanthine en Acide

urique
177
Voie de recyclage
des purines
Urines (2/3) Selles (1/3) 178
89
06/10/2020

Le recyclage des purines
La synthèse de NOVO des nucléotides puriques est
consommatrice d’En (7 ATP)  une grande partie (3/4) des
base est utilisée pour synthétiser de nouveaux NT
PRPP
APRT
Adénine AMP
PPi
PRPP
Hypoxanthine HGPRT IMP
Guanine GMP
PPi
APRT = Adénine Phospho Riboyl Transférase

HGPRT = Hypoxanthine Guanine Phospho Riboyl Transférase

AZOTES
 PURINES
 PYRIMIDINES
 HEME
180
90
06/10/2020
B. METABOLISME DES HETEROCYCLES:

PYRIMIDINES
les pyrimidines: (Uracile, Thymine, Cytosine),
181

PYRIMIDINES
Synthèse des pyrimidines
Schéma général
182
91
06/10/2020

PYRIMIDINES
183
184
92
06/10/2020
185
186
93
06/10/2020
Phosphorylation Rt de Méthylation
Rt de
Rt d’Amination
Le passage des ribonucléotides vers les désoxyribonucléotides

se fait par des ribonucléotides réductases
187
Synthèse des pyrimidines: régulation
ATP + - UDP
UMP
PRPP
188
94
06/10/2020

PYRIMIDINES
Catabolisme des pyrimidines
189

PYRIMIDINES
Catabolisme des pyrimidines
190
95
06/10/2020

AZOTES
 PURINES
 PYRIMIDINES
 HEME
191

HEME
HEME
Porphyrine =
 composé cyclique formé
de 4 noyaux pyrroles liés
par des ponds méthènes,
centré d’un atome de Fer
 groupement prosthétique
de l’hémoglobine, de la
myoglobine, des
cytochromes de la chaine
respiratoire, et des
cytochromes P450 192
96
06/10/2020

HEME
Synthèse de l’hème
Réticulocytes de la MO (5/6  Hémoglobine)

 Foie (peu: 1/6  Cytochromes)
 2 étapes : mitochondriale et cytosolique
 Substrats : Succinyl – CoA et Glycocolle
193

HEME
Mitochondrie
PP PP
Rt limitante = étape de régulation 194
97
06/10/2020

HEME
δALA quitte la mitochondrie vers la cytoplasme:

Formation du porphobilinogène: condensation de 2 molécules de
δALA en porphobilinogène qui contient un cycle pyrrole sous action
d’une déshydratase
195

HEME
Dans le cytoplasme:
Formation du protoporphyrine:
(Linéaire)
(cyclisation par déshydratation)
(Ny tétrapyrrolique)
(4 décarboxylations)
196
98
06/10/2020

HEME
Dans le cytoplasme:
197

HEME
Dans la mitochondrie:
Le coproporphyrinogène III quitte le cytoplasme vers la
mitochondrie  la protoporphyrine IX par des Rt d’oxydation
Rt de décarboxylation oxydative
Rt d’oxydation
198
99
06/10/2020

HEME
Rt de décarboxylation oxydative des groupement propionyl en
C2 et C4
199

HEME
Rt d’oxydation des ponts méthylènes en ponts méthènes
200
100
06/10/2020

HEME
Formation de l’hème: chélation de fer
201

HEME
Synthèse de l’hème: Pathologie
Déficit en E de biosynthèse de l’hème  les

PORPHYRIE:
En amont de la réaction, accumulation des précurseurs
 élimination dans les urines et les matières fécales
(coloration rougeâtre anormale)
Accumulation des précurseurs au niveau de la peau
hypersensibilité à la lumière
202
101
06/10/2020

HEME
Catabolisme de l’hème:
Dans le macrophage de système réticulo – endothélial

(Rate +++)
Produit du catabolisme = Bilirubine
Foie  conjugaison à l’acide glucuronique + élimination
dans l’intestin par la bile
Dans l’intestin  catabolisme en biliverdine et pigment
biliaire  élimination
203
FIN
204
102

Biochimie: 1 Année de Médecine S1

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UNIVERSITE MOHAMMED V DE RABAT

Pr. Laila BENCHEKROUN

COURS DE BIOCHIMIE GENERALE

 STRUCTURE DES ACIDES AMINES/PEPTIDES/PROTEINES

 METABOLISME DES ACIDES AMINES

STRUCTURE DES ACIDES

CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINES: STRUCTURE ET PROPRIETES

CHAPITRE 2 : LES PEPTIDES

CHAPITRE 3 : LES PROTEINES

PR L. BENCHEKROUN COURS DE BIOCHIMIE STRUCTURALE 1 ERE A M FMPR

Protéines = premier  rôle primordiale dans la matière vivante

 Jouent diverses rôles :

 Protéines= Macromolécules, polymères d’acides aminés,

 Les AA sont réunis entre eux par des liaisons peptidiques

Acides Aminés (AA) = élément de base d’une protéine

 La protéine est formée d’un grand nombre d’AA >100

 Le peptide est formé d’un nombre restreint d’AA < 100

 Les acides α aminés et leurs dérivés, participent à des

fonctions cellulaires aussi variées: transmission nerveuse,

biosynthèse des porphyrines, des purines, des pyrimidines, et

 Les peptides ont un rôle important dans le système

neuroendocriniens (hormones, facteurs de libération des

hormones, neuromodulateurs ou neurotransmetteurs)

 D’autres peptides d’origine bactériens ont des propriétés

thérapeutiques ( antibiotique Bacitracine, antitumorale

Bléomycine) ou toxiques ( les peptides de cyanobactéries

Microcystine et la Nodularine sont mortels à haute dose)

CHAPITRE 1 : LES ACIDES AMINES

PR L. BENCHEKROUN COURS DE BIOCHIMIE STRUCTURALE 1 ERE A M FMPR

 Reconnaitre la structure des différents acides aminés et leurs

 Connaitre propriétés physiques, chimiques et biologiques des

 Décrire les méthodes d’identification et de dosage des acides

II. CLASSIFICATION DES ACIDES AMINÉS

III. LES PROPRIÉTÉS DES ACIDES AMINÉS

IV. LES DÉRIVÉS DES ACIDES AMINÉS

V. MÉTHODES D’IDENTIFICATION ET DE DOSAGE DES ACIDES

Les Acides Amines (AA) = substances organiques

20 AA sont constitutifs des protéines naturelles

 Les AA non indispensables : Produits par l’organisme à partir

L’arginine et l’histidine deviennent essentiels en cas de grossesse et

Les AA  Rôles multiples :

II. CLASSIFICATION DES ACIDES AMINÉS

III. LES PROPRIÉTÉS DES ACIDES AMINÉS

IV. LES DÉRIVÉS DES ACIDES AMINÉS

V. MÉTHODES D’IDENTIFICATION ET DE DOSAGE DES ACIDES

II. CLASSIFICATION DES AA

Les AA peuvent être classés selon :

 La structure de la chaine latérale R

II. CLASSIFICATION DES AA

Sept groupes d’AA:

II. CLASSIFICATION DES AA

Groupe 1 : acides aminés aliphatiques

II. CLASSIFICATION DES AA

Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques linéaires

Glycine ou Glycocolle « Gly » ou « G »

o Le plus petit AA : R=H, PM = 75 Daltons

II. CLASSIFICATION DES AA

Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques linéaires

II. CLASSIFICATION DES AA

Groupe 1 : Acides aminés aliphatiques ramifiés

Valine (Val, V) Leucine (Leu, L) Isoleucine (Ile, I)

R = Isopropyle R = Isobutyle R = Butyle secondaire

II. CLASSIFICATION DES AA