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Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie Structurale
Prs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
COMPOSITION CHIMIQUE
DE
LA MATIERE VIVANTE.
A- Les composés minéraux
a- L’eau :
Constituant principal de tous être vivant, chez l’homme, sa proportion varie de 58 à
66 % l’organisme d’un adulte à besoin d’environ 2,4 l d’eau par jour.
1- Rôles
solvant
- transport des aliments et des déchets
- solubilise les formes ionisées des biomolécules
nécessaire à l’activité des enzymes
- formation des liaisons d’hydrogène
réactif :
- utilisée par l’organisme pour de nombreuses réactions
chimiques : hydrolyse, oxydoréductions, estérifications.
- intervient comme agent nucléophile pour de nombreuses
réactions.
Conclusion :
L’eau est un solvant remarquable pour les ions et les substances qui
contiennent des liaisons polarisées. De telles substances sont dites polaires ou
hydrophiles. Au contraire les molécules qui contiennent uniquement des chaînes
hydrocarbonées se dissolvent mal dans l’eau. De tels composés sont dits apolaires
ou hydrophobes.
2- Elimination
- par le rein sous forme d’urines jusqu'à 1,2 l /jour
- matières fécales (selles)
- sueur, vapeur d’eau exhalée par la respiration
- vapeur d’eau éliminée par la peau.
Dans l’organisme, l’eau est repartie entre 2 compartiments :
- intracellulaire 70%
- extracellulaire 30%(liquide interstitiel, plasma sanguin).
b- Les macroéléments (besoin Journalier > 100mg)
ou éléments présents en quantité importante
Na, K, Ca, P, S, Cl, Mg : Ce sont des composés structuraux des cellules et
des tissus et sont nécessaires dans l’alimentation de l’ordre du gramme.
Se sont des éléments présents à l’état de trace Fe, Zn, Mn, Cu, Co, Cr,
Mo, Se, I…. Le fluor n’est pas indispensable à la vie, mais un apport
quotidien améliore cependant l’état des os et des dents.
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B) Les composés organiques : l’analyse élémentaire à montrer que
l’organisme humain renferme en quantité importante les éléments
organiques suivants
(C, H, O, N) et ceci sous forme de :
- Glucides
- Lipides
- Protéines
- Acides nucléiques
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LES GLUCIDES
Définition : Les glucides sont des aldéhydes ou des cétones polyhydroxylés. On les
subdivise en ose et oside selon leur taille.
Aldose et dérivés
Oses
Cétoses et dérivés
Glucide
Les oligosaccharides (chaînes courtes de monomères)
Osides
Homopolysaccharides
Les polysaccharides
Hétéropolysaccharides
H C O
H *C OH
CH2OH
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Le carbone 2 est asymétrique donc il peut exister sous 2 formes : inverses
optiques ou énantiomères.
COH COH
C C
OH CH2OH
HO
HOH2C
H H
D- GLYCERALDEHYDE L-GLYCERALDEHYDE
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CHO
H OH
CH2OH
D- Glycéraldéhyde
CHO CHO
H OH HO H
H OH H OH
CH2OH CH2OH
D- Erythrose D- Thréose
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La plupart des oses naturels appartiennent à la série D. l’appartenance à une
série D ou L ne préjuge en rien le sens du pouvoir rotatoire.
Pour une molécule à n C* on a 2n isomères.
Exemple : un aldohéxose à 4 C* on a 24 = 16 isomères (8D et 8L)
Certaines propriétés des héxoses ne sont explicables que par une structure
hemiacétalique cyclique, en particulier :
OH OCH3
O
R C H2O R CH 2CH3OH R CH
H OH OCH3
Il existe donc un cycle formé par élimination d’une molécule d’eau entre la
fonction aldéhydique (sous forme hydratée) et l’une des fonctions alcooliques.
OH
H
H OH
CHO C C
OH
H OH H OH H OH
HO H H2O HO H O
HO H
H OH H OH H OH
H OH H OH H
CH2OH CH2OH CH2OH
H2O
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Cette cyclisation fait apparaître un nouveau carbone asymétrique, le carbone n°
1, d’où l’existence de deux formes isomériques que l’on appelle anomères α ou
β selon l’orientation de l’hydroxyle porté par le C1.
-D-glucopyrannose -D-glucopyrannose
t=0 [] 20 =112,2°
D
t=0 [] 20 =18 ,7°
D
A l’équilibre [] 20
D
= 52,7° (valeur commune)
CHO
CH2OH
CH2OH
O O H
OH
H OH
CH2OH
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2- cyclisation et passage de la forme de Tollens à celle de Haworth.
OH OH
H CH2OH CH2OH
H
C C O O
D O O
CH2OH CH2OH
HO H H OH
O O
C C
CH2OH
CH2OH
L O O
C C
CH2OH CH2OH
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3-Conformation spatiale du cycle pyranique
Le cycle pyranique n’a pas une configuration plane. Il peut prendre plusieurs
conformations dans l’espace : chaise et bateau.
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C1 : tous les OH ont une position équatoriale.
B-Les Cétoses
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C- Propriétés physiques
D- Propriétés chimiques
- [Ag (NH2)2]
A chaud, ces sels sont réduits et on obtient un précipité de métal libre ou d’un
oxyde inférieur.
CHO COOH
G
H C OH H C OH
HO C H I2 HO C H
H C OH NaOH H C OH
H C OH H C OH
CH2OH CH2OH
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O
R C + I2 + NaOH R COOH
H
Aldose Acide aldonique
CHO CHO
H OH H OH
Pt / O2
HO H HO H
H OH H OH
H OH H OH
CH2OH
COOH
CHO COOH
H OH
H OH
HO H HNO3 HO H
H OH
H OH
H OH
H OH
CH2OH
COOH
D- glucose Acide glucarique
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b- Action de l’acide périodique (HIO4)
Il coupe en oxydant les composés possédant des fonctions alcools, aldéhydes,
cétones contiguës.
O OH O
O
R C C R' R C C R
H H
H
O O O
C C R' R C C R
R
OH HO
O
H O H
R C C R' R C C R'
OH
NH2
OH O O
C C R' R C C R'
R
H H
H H
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Exemple :
OH O
O
C-Réduction
On obtient des polyalcools appelés « Itols »
CHO CH2OH
H OH H OH
HO H H2 HO H
H OH H OH
NaBH4
H OH LiALH4 H OH
CH2OH CH2OH
OH H O
H OH
HO H H2 HO H H2 HO H
H OH H OH H OH
H OH H OH H OH
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d- Methylation :
CH2OH CH2OH
O O OCH3
OH
CH3OH
OH OH
H
OH H OH
Méthanol
OH OH
Méthyl- glucoside
OH OCH3 OCH3
2,3,4,6-tétra-o-méthyl1-o- 2,3,4,6-tétra-o-méthyl
méthyl D-glucopyrannose D-glucopyrannose
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O
HO P O CH2
O
OH OH
OH Glucose –6- phosphate
OH H
OH
HO P O CH2 H
O
H OH OH
OH
H
H
H2C O P HO
HO
HOCH CHOH
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6-Formation d’osazones
CHO HC N NH C6H5
H OH
N NH C6H5
HO H
H2N-NH-C6H5 HO H
H OH
H OH
H OH Phénylhydrazine
H OH
CH2OH
CH2OH
D - glucose Phénylosazone
CHO
H OH
O
HO H
H O P OH
H
OH
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Monosaccharides et disaccharides les plus courants
Héxoses
Le sucre le plus largement répondu. Le glucose
D- Glucose est transporté dans le sang et oxydé dans les
cellules pour produire de l’énergie.
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Heptose : Sedoheptulose, intervient dans les réactions de la
photosynthèse, et dans le cycle des pentoses.
CH2OH
C o
HO H
H OH
H OH
H OH
CH2OH
Osamines : Amino-2 desoxy- 2 ose
Remplacement d’un OH alcoolique en position 2 par un groupe NH2.
CH2OH CH2OH
O OH O OH
OH OH
H H
NH2 NH C CH3
CH2OH
O OH
OH
OH
H
NH C CH3
N- Acétyl - D- Galactosamine O
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Dérivés des osamines acétylées
Acide neuraminique : 9 atomes de carbone, constituant du lait de femme.
COOH
c .O Acide pyruvique
CH2
H C OH
NH2 H
HO H H
D- Mannosamine
H OH
H OH NR OH O
OH
OH
CH2OH H
H CH2OH
H H
Acide neuraminique
COOH
OH H
R= H2 : Acide Neuraminique
R= CH3CO : Acide N- Acétyl-
Acide uronique Neuraminique
NANA
(NANA)
Résulte de l’oxydation de la fonction alcool primaire des oses.
COOH
O OH
OH
H
OH
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Acide L Ascorbique ou Vitamine C
CH2OH CH2OH
H C OH H C OH
Oxydation
H H
Réduction O
OH
O O
OH O
O O
Acide L – Ascorbique ou
vitamine C
Méthylation
α glucosidase
β glucosidase
α galactosidase
β galactosidase
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II-Les Osides
A- Les oligosaccharides
a - Disaccharides
CH2OH
Hydrolyse acide : Glucose + Fructose
O
(Sucre inverti)
Enzymes : α – Glucosidase
OH (Saccharase intestinal)
β – Fructosidase (Invertase
OH de la levure)
O
OH
CH2OH
O
OH
CH2OH
HO
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2- Disaccharides réducteurs
-Lactose: -- D galactopyranosyl (1 → 4) D glucopyranose
CH2OH
O
OH
CH2OH
OH H
O
OH O
OH OH
OH
Anomère du lactose
CH2OH
CH2OH
O
O OH
OH H
O
HO
OH
Anomère du maltose
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- cellobiose : B-D glucopyranosyl (1 → 4) D glucopyranose c’est le produit
de dégradation de la cellulose.
CH2OH
O
OH
CH2OH
H
O
O
OH OH
OH Anomère du cellobiose
OH
b-Trisaccharides :
OH
O
OH
CH2
O
OH
OH
O
OH
CH2OH
O
OH
CH2OH
HO
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B les polyosides :
1-Homopolysaccharides de réserve
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Amylose
OH OH OH OH
O
O O O
O
OH OH OH OH
Amylopectine
CH2OH CH2OH
O O H
OH OH
O
O
O
OH OH
OH OH OH OH
O
O O O
O
OH OH OH OH
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- Glycogène
β Amylase
α Αmylase
-l’Inuline :
2-Homopolysaccharides de structure
- Cellulose
Substance fibreuse, résistante, insoluble dans l’eau, est trouvée dans les
parois cellulaires des végétaux, en particulier dans les tiges, les troncs et
toutes les portions ligneuses des tissus végétaux.
le coton, le papier……c’est de la cellulose presque pure.
10 000 à 15 000 unités glucose liés par des liaisons β (1 4).
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CH2OH CH2OH CH2OH
CH2OH
O O O
O H
OH O OH O OH
OH O O
O
OH OH OH OH
CH2OH
CH2OH
O CH2OH
O CH2OH
OH O
O OH O
O OH O OH
HN C CH3
HN C CH3
HN C CH3
O HN C CH3
O
O
O
principal composant de l’exosquelette dur de presque un million d’espèce
d’arthropodes (insectes, langoustes et crabes).
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Polysaccharide Chaîne principale Point de Masse
(unité ramification moléculaire
monosaccharidique
Polysaccharides
de réserve
Amylopectine α 1-4 α1-6 0,2 – 1x 106
(α – D – Glucose)
Composant majeur de l’amidon, principal glucide de réserve des plantes
Polysaccharides
de structure
Cellulose β 1-4 aucune
(β - D Glucose)
Composant structural majeur des parois cellulaires des plantes, de certaines algues et
bactéries
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Hétéropolysaccharides
Acide hyaluronique
CH2OH
COOH O
β1–4
O β1–4
O
OH O
O
β1–3
H HN C CH3
OH
O
Chondroïtine sulphate
CH2OH
COOH HO3SO O
β1–4
O β1–4
O
OH O
O
β1–3
H HN C CH3
OH
O
kératane sulphate
CH2OH
CH2OSO3H
O
OH H O β1–3
β1–3
O
OH
O O
β1–4
OH
HN C CH3
O
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- les peptidoglycanes
CH2OH
CH2OH
O
H O
O
OH O
OR
O
HN C CH3
HN C CH3
O
O
CH3
CH
R=
O C
Ala Glu Lys Ala Gly 5
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Les lipides
Définition : On appelle lipides les substances naturelles qui contiennent dans leur
molécule des acides gras aliphatiques à nombre d’atome de C > 4 généralement
pairs, sous forme d’esters ( huile, beurre, cire, graisse…..) . Certaines substances
s’en rapprochent par leur caractère de solubilité dans les solvants organiques : ces
substances dites liposolubles ou lipoïdiques sont extraits des tissus en même temps
que les lipides
I Classification
LIPIDES
Glycérophospholipides Céramides
iiiiiiii
Sphingomyélines Cérébrosides
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A-Acide gras :
Ce sont des acides monocarboxyliques de formule R-COOH, où R représente une
queue hydrocarbonée.
Ils se distinguent par la longueur de leur queue hydrocarbonée, par leur degré
d’insaturation et par la position de ces doubles liaisons au sein de la chaîne
hydrocarbonée des acides gras.
Nombre de Nombre nom Nom IUPAC Point de Formule
double
-
12 0 Laurate Dodécanoate 44 CH3(CH2)10COO
-
14 0 Myristate Tétradécanoate 52 CH3(CH2)12COO
-
16 0 Palmitate Héxadécanoate 63 CH3(CH2)14COO
-
18 0 Stéarate Octadécanoate 70 CH3(CH2)16COO
-
20 0 Arachidate Icosanoate 75 CH3(CH2)18COO
-
22 0 Béhénate Docosanoate 81 CH3 (CH2) 20COO
-
24 0 Lignocérate Tétracosanoate 84 CH3 (CH2) 22COO
-
16 1 Palmitoléate
9
cis-∆ -Héxadécénoate -0,5 CH3(CH2)5 CH CH (CH2)7COO
-
18 1 Oléate
9
cis-∆ -Octadécénoate 13 CH3(CH2)7 CH CH (CH2)7COO
9,12
18 2 Linoléate cis-cis-∆ -Octadécadiénoate -9
9,12,15
18 3 Linolénate tout cis-∆ Octadécatriénoate -17
5,8,11,14
20 4 Arachidonate tout cis-∆ Icosatétraénoate -49
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Le tableau donne la liste des acides gras communs trouvés chez les Mammifères.
IUPAC (International Union of pure and applied chemistry).
Dans la nomenclature commune, on utilise les lettres grecques pour identifier les
carbones
(α β,у,…etc.).
O
у α
C OH
H3C β
Queue hydrocarbonée Tête polaire
La longueur de la chaîne hydrocarbonée d’un acide gras de même que son degré
d’insaturation influencent le point de fusion : le point fusion augmente avec le nombre
d’atomes de carbone et diminue avec l’introduction d’une double liaison
La plupart des acides gras sont liés sous forme d’esters dans les molécules
lipidiques plus complexes. Les acides gras les plus abondants chez les animaux sont
l’oléate
( 18 :1), le palmitate ( 16 : 0) et le stéarate ( 18 : 0 ), mais on y rencontre aussi des
acides gras poly-insaturés. Les Mammifères exigent certains acides gras poly-
insaturés dans leur alimentation : acides gras essentiels.
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Acides gras spéciaux
- Acide ricinoléique : se trouve dans l’huile de ricin C18 Δ9 ol 12.
H3c-(CH2)5-CHOH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
O
C OH
H3C
OH
- Acide cérébronique : C24 ol 2 : on le trouve dans les cérébrosides du
cerveau.
H3C – (CH2)21- CHOH-COOH
O
C OH
H3C
OH
- Acide tuberculostéarique : se trouve dans les cires du bacille tuberculeux :
méthyle 10 stéarique (C18).
H3C C OH
H3C
H3C
L’injection d’une petite quantité de cet acide provoque chez l’animal la formation
des tubercules typiques.
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Acides gras cycliques :
- Acide chaulmogrique : extrait de l’huile chaulmogra (12C)
COOH
COOH
1 - Propriétés physiques :
a - Solubilité
-insoluble dans l’eau
-soluble dans les solvants organiques
b - Point de fusion
Il augmente avec le nombre d’atomes de carbones et il diminue
avec l’introduction de double liaison.
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- En présence d’un liquide non miscible à l’eau comme l’huile, le savon s’oriente
en plongeant son pôle hydrophile dans l’eau et le pôle hydrophobe dans
l’huile. Les gouttelettes d’huile sont stabilisées. Les savons sont dits
émulsionnants pour les lipides inversement ils stabilisent l’émulsion des
gouttelettes d’eau dans l’huile.
2 - Propriétés chimiques :
e - Fixation des halogènes (I2, Br2) : les acides gras insaturés peuvent fixer les
halogènes. Ceci permet de déterminer l’indice d’iode (voir TP).
f- Oxydation:
-KMNO4
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-Ozone ( O3).
O3
R R CH O CH R' H2O
CH CH R'
O O
g- Oxydation à l’air
On obtient des péroxydes,hydroxyacides .les graisses non saturées s’oxydent à
l’air et cette auto oxydation est catalysée par les péroxydes,par les porphyrines
ou par une enzyme(lipooxydase) ,irradiation.
On explique l’auto-oxydation également par la formation des peroxydes d’acides
gras et des radicaux libres qui catalysent eux même la peroxydation des chaînes
voisines
O2
R CH CH R' R CH CH R' R CHO + OHC R'
O O
Lipooxydase
O OH
39
H2C
O
R1
O
HC
O
R2 Triglycéride
O O
H2C R32
O
H2C
O
R1
O Monoglycéride
HC OH
H2C OH
-Les triacylglycérols sont des lipides neutres (sans groupes ionisable) non polaires
(donc hydrophobe)
Les graisses (solide) et les huiles (liquide) sont des mélanges de triglycérides.
Graisse tissus adipeux adipocytes. (Sous la peau et dans la
cavité abdominale) : réservoir d’énergie et couche d’isolant thermique.
Les triacylglycérols libèrent leurs acides gras sous l’action catalytique d’une catégorie
d’hydrolases appelés lipases.
C- Les glycérophospholipides :
Ce sont les lipides prépondérants des membranes biologiques ( phosphoglycérides)
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40
H2C OH
HC OH OH
H2C O P OH
O
A- Glycérol 3 -
phosphate O
O
H2C O
R1
R2 O HC OH
H2C O P OH
O
A-Phosphatide
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Eau H Phosphatidate
CH3 Phosphatidylcholine
Choline (Lécitine)
CH2 CH2 N
CH3
CH3
Phosphatidyléthanolamine
Ethanolamine CH2 CH2NH3+
NH3+
Phosphatidylsérine
Sérine CH2 HC
COO-
Phosphatidylglycérol
Glycérol CH2 CH CH2 OH
OH
CH2OCR3
O
CHOCR4
O
O Diphosphatidylglycérol
CH2 CH CH2 O P (Cardiolipine)
Phosphatidyl-glycérol CH2
OH OH
H O-
H
H
OH
OH
Phosphatidylinositol
myo-Inositol OH
H
OH
H H
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Les glycérophospholipides sont des molécules amphipathiques : tête polaire
(Phosphate anionique et souvent un ou plusieurs autres groupes chargés) et de
longues queues non polaires.
R1 O CH2
O
R2 C O HC
O
O
H2C O P O CH2 CH2 NH3+
O-
Tête polaire hydrophile
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43
Liaison vinylether
R1 CH CH O CH2
R2 C O HC
O
O
+
H2C O P O CH2 CH2 NH3
-
O
HO OH
H2C CH CH
CH
+
NH3
HC
CH3
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44
a- Céramide : Sphingosine + acide gras : ce sont les précurseurs métaboliques
de tous les sphingolipides ( sphingomyélines, cérébrosides, gangliosides). (
structure)
HO OH
H2C CH CH
CH
NH
HC
O C
R
CH3
+
H 3C N CH3
CH2
CH2
O P O-
O OH
H 2C CH CH
CH
NH
HC
O C
R
CH3
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45
c- cérébrosides : glycolipides formés d’un résidu glucidique attaché au carbone C1
d’une céramide par une liaison B-glucosidique. On les trouve surtout dans le tissus
nerveux
OH
CH2OH H2C CH CH
HO O CH
O
NH
HC
OH H O C
OH
R
CH3
E- Un galactocérébroside
d- Gangliosides : sont des glycolipides plus complexes ou les chaînes
oligosaccharidiques liée à la céramide portent de l’acide N-acetylneuraminique
(NANA).
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E- Les stéroïdes
Constituent une troisième classe de lipides membranaires, ce sont des composés
polyprényle, synthétisés à partir d’une molécule à cinq atomes de carbone,
l’isoprène.
CH2
H3C
C C
H2C H
Le Cholestérol est un stéroïde très bien représenté dans les membranes plasmiques
de Mammifères. Les différents stérides se distinguent par la longueur de la chaîne
latérale attachée au C17 et se par le nombre et la position des groupes méthyle,
liaisons doubles, groupes hydroxyle et par fois, groupes cétoniques ( fiqure).
C D
A B
HO
Cholestérol
OH
C D
A B
O
Testostérone
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OH COO- Na+
C D
A B
OH
C D
A B
HO
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48
C D
O A B
R 3
C O
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49
Cire : palmitate de myricyle, ester d’acide gras et d’alcool à longue chaîne.
COOH
CH3
HO
OH ProstaglandineE 2 (PGE2 )
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Limonène : Composé lipidique principal qui confère au citron son parfum
caractéristique.
Bactoprénol : lipide bactérien impliqué dans la synthèse des parois cellulaires ;
Hormone Juvénile I : molécule qui gouverne le développement larvaire.
les lipoprotéines
Les lipoprotéines sont des ensembles macromoléculaires à cœur
hydrophobe et à surface hydrophile. Le cœur est constitué de triacylglycérols et
d’esters de cholestérol, la surface, de molécules amphipathiques, cholestérol et
surtout les phospholipides et les apoprotéines.
On groupe Les lipoprotéines d’après leur densité relative. Les lipoprotéines
humaines se repartissent comme suit :
les chylomicrons : véhiculent des triacylglycérols entre l’intestin grêle et les
tissus.
Les lipoprotéines de très faible densité (VLDL) : transportent des
triacylglycérols endogénes, du cholestérol et des esters de cholestérol
Lipoprotéines de haute densité (HDL) : ramènent le cholestérol et les esters
de cholestérol endogènes au foie (voir tableau)
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