Chapitre 3Les matériaux de construction de la matière vivante

25 éléments chimiques essentiels à la vie…

C, O, H, N =
96 %

Ca, P, S, K, Na,
Cl, Mg = ± 4 %
Éléments traces :
quantités infimes mais
essentiels
Fe : essentiel
I : hormones
thyroïdiennes
B, Cr, Co, Cu, F,
Mn,Mo, Se,…

Carences en N ou I :
1) Champs de maïs
2) Goitre
Le carbone, charpente des biomolécules
Propriétés chimiques et
configuration électronique

Le nombre d’électrons de valence

(nombre d’oxydation) détermine le
nombre de liaisons réalisables…

Le carbone…4 électrons de valence

et donc peut former 4 liaisons
covalentes possibles…

Biomolécules : chaînes simples,

ramifiées ou cyclisées

Hydrocarbures : biomolécules
formées uniquement de carbone et
d’hydrogène. Liaisons covalentes
entre C et H sont riches en énergie
(combustibles/essence)
Les graisses …

Les hydrocarbures sont capables de

stocker de grandes quantités
d’énergie.

Les hydrocarbures….peu abondants

dans les organismes vivants mais
certaines parties de molécules
organiques comme les graisses sont
riches en C-H…et donc hydrophobes
car riches en liaisons covalentes non
polaires.
 Leptin is present in the circulation in proportion to the amount of white adipose tissues and thus acts as a
measure of energy stores. A fall in leptin in the absence of changes in the amount of adipose tissue also
signals to the central nervous system that the body has entered a fasting state. The reduction in insulin and
glucose with fasting has been implicated in the fall in leptin.http://www.endotext.org/chapter/regulation-of-
energy-intake/figure3-59/
Les variations dans les squelettes carbonés contribuent à la
diversité des molécules organiques…
 Les isomères : même formule moléculaire mais des structures différentes
Les isomères sont des composés ayant la
même formule moléculaire mais des
propriétés différentes car des
configurations différentes…(structure-
fonction).
Les isomères de structure : les différences
portent sur la structure du squelette
carboné : grand nombre quand le nombre
de C est élevé.
Les isomères géométriques (SI) : causés
par la rigidité des liaisons doubles et des
chaînes carbonées cycliques…pas de
rotation autour de l’axe de liaison.
Les isomères optiques (SI) : molécules
qui diffèrent entre elles par la disposition
spatiale des groupements portés par un
carbone asymétrique (= porteur de 4
groupements fonctionnels différents)
Images
2 énantiomères = molécule chirale (D-
L) spéculaires
enzymes ne reconnaissent qu’un seul SI/
énantiomère (D-glucose et L-acides aminés)
Les groupes chimiques fonctionnels et propriétés des biomolécules
-formés avec des atomes
dont l’électronégativité
diffère de celle du
carbone et de l’hydrogène
Ces groupes
fonctionnels :
1) confèrent des
propriétés chimiques
différentes (ex: acides-
bases)
2) participent aux
réactions chimiques des
molécules biologiques
3) augmentent la
solubilité des
biomolécules
4) permettent l’activation
de certaines enzymes
(PO4--) etc…
Les groupements fonctionnels
contribuent à la diversité moléculaire
de la vie…

Oestradiol et
Testostérone sont des
stéroïdes : molécules
dont le squelette carboné
est composé de 4 cycles
accolés.
Les macromolécules biologiques -Glucides -
Acides Nucléiques -Protéines -Lipides
Les macromolécules biologiques sont des polymères…sauf les lipides
De fonction
De structure Support, structure

Encodage des gènes

Expression de gènes

Défense
La formation et l’hydrolyse des macromolécules biologiques

La plupart des macromolécules sont des polymères.

Un polymère est une molécule constituée d’un grand nombre d’unités structurales
identiques ou semblables, appelées monomères, attachées par des liaisons covalentes.

La réaction de condensation/déshydratation s’accompagne de l’élimination d’une

molécule d’eau.
Molécules doivent se rencontrer et des ruptures et reformations de liaisons sont
nécessaires.
Ces réactions sont catalysées par des enzymes qui assurent positionnement des molécules
et déstabilisation des liaisons = catalyse

La réaction inverse (dépolymérisation) est assurée par une réaction d’hydrolyse

Ex : digestion
Glucides : aldéhydes ou cétoses polydroxylésLes glucides (sucres ou hydrates de carbone) :
stockent l’énergie (rôle métabolique) et constituent des matériaux de structure

Formés de C, H, et O
Cm(H2O)n m ≥ n
Nombreuses liaisons C-H (oxydation libèrera de l’énergie)
Monosaccharides : une seule unité (ex : D-glucose=dextrose)
Cyclisée en milieu aqueux
Disaccharides : deux unités (ex : saccharose = sucre de cuisine)
Oligosaccharides : quelques unités
Polysaccharides : polymères (glycans) (≥ 20 monosaccharides).
Linéaires ou branchés
Glucides importants sur le plan physiologique

Le glucose est le principal carburant des tissus et mammifères (sauf les ruminants) et le
carburant exclusif du fœtus.

Les glucides peuvent servir de précurseurs pour la synthèse de molécules plus complexes
(polysaccharides) servant de stock énergétique (ex : glycogène) ou de composants de structure
(ex : cellulose).

Le glucose peut être transformé ( ex : en ribose et désoxyribose dans les acides nucléiques, en
galactose dans le lait, etc).

Les glucides peuvent être liés par covalence à des lipides ou des protéines : glycoconjugués (ex
: glycolipides et glycoprotéines).

Le diabète sucré, la galactosémie, les glycogénoses et l’intolérance au lactose sont des maladies
consécutives à un dysfonctionnement du métabolisme des glucides.
L’insuline stimule la prise de glucose
Le terme galactosémie a deux significations : c'est la concentration de galactose dans le sang, qui est
normalement inférieure à 45 mg·l-1, mais il est surtout employé pour désigner une maladie congénitale.
La galactosémie est une maladie génétique par anomalie du métabolisme des glucides. Ce trouble entraîne des
manifestations graves pouvant menacer la vie de l'enfant atteint en l'absence de traitement. Ces troubles sont : le
refus de boire, des difficultés de l'alimentation, les vomissements, la diarrhée, une insuffisance hépatique liée à
une hépatomégalie, des saignements et des infections graves, un ictère, un état léthargique, un œdème et une
ascite. L'anorexie entraîne une chute rapide de la courbe de poids, une croissance insuffisante. L'ictère
(jaunisse) est intense et durable.
Cette maladie est due à des mutations ponctuelles concernant quatre enzymes du métabolisme :
la galactokinase (GALK), qui phosphoryle le galactose ;
l’uridine diphosphate (UDP) galactose-4-epimérase, qui transforme le UDP-galactose en UDP-glucose ;
le galactose 1 phosphate uridyl transférase qui transfère l’uridine du (nouveau) glucose vers le galactose
suivant ;
GALT qui transforme le Galactose-1-P en Glucose-1-P. Les mutations de ce gène sont les plus fréquentes.
Cette maladie atteint 1 nouveau-né sur 35 000 en Europe.
Non traitée, l'affection évolue rapidement vers la défaillance hépatocellulaire et rénale avec septicémie à
bactérie gram négatif (Escherichia coli) en quelques jours.Une cataracte nucléaire apparaît en quelques jours ou
semaines et devient rapidement irréversible.
 2 critères de classification

1) Le nombre d’atomes de carbone

2) La position du groupe carbonyle

Aldéhydes polyhydroxylés ou
cétones polyhydroxylées

Nouveau C asymétrique

Par convention, les carbones sont numérotés à partir de l’extrémité la plus oxydée.

Réaction de cyclisation (≥ 4C) impliquant un groupement alcool et le carbonyle : hémiacétalisation

interne ou cyclisation.
Quelques monosaccharides (3 à 7 carbones)
Les formes isomériques
de monosaccharides qui
diffèrent seulement
dans leur configuration
au niveau du carbone
hémiacétal ou hémicétal
sont appelées des
anomères et le carbone
porteur du carbonyl est
appelé carbone
anomérique.
= formation d’un nouveau
carbone asymétrique
Pyranoses et Furanoses
Les monosaccharides : aldéhydes (aldoses-groupement carbonyle en C1) ou
cétones (cétoses-groupement carbonyle en C2) polyhydroxylés
Monosaccharide à 6 C : (C6H12O6 :
glucose): riche en énergie (7 liaisons
C-H).

Monosaccharides à 3 C: briques de
construction de molécules plus
grandes et complexes.

Monosaccharides à 5C : ribose et
désoxyribose (acides nucléiques)

Numérotation en vert (# C) débute par

le C de l’extrémité de la chaîne la plus
proche du groupement carbonyl
(carbone le plus oxydé) (=
convention).

Monosaccharides existent sous forme

cyclique (pyranoside (6) ou furanoside
(5))
Isomères…
Saveur différente :
pouvoir sucrant +
élevé (2-11% fruits, Plusieurs sucres répondent à
40 % miel)
la formule (C6H12O6) et
Index glycémique + constituent des isomères
faible

Mêmes formules chimiques

mais l’agencement des atomes
est différent-structures 3D
différentes- et propriétés
fonctionnelles différentes.
Deux grandes familles:
énantiomères (2 isomères optiques
différents car un seul carbone chiral)
du glycéraldéhyde.
Pour un ose contenant n carbones
asymétriques : 2n isomères possibles
(ex : aldohexose à 4 C asymétriques :
24 = 16 isomères).
La majorité des oses contient un ou plusieurs carbones asymétriques.

Les monosaccharides sont doués d’une activité optique : ils dévient la lumière
polarisée.

L’orientation spatiale des radicaux –H et –OH attachés au carbone asymétrique de

suffixe le plus élevé (= carbone adjacent au carbone terminal et porteur d’une
fonction alcool primaire) conduit à une classification en deux familles (par
convention):
Série D : avec le –OH situé à droite (plupart des sucres)
Série L: avec le –OH placé à gauche

A chaque corps de la série D correspond naturellement son énantiomorphe de la

série L (voir glycéraldéhyde).
D-erythrose et D-threose = deux épimères
On appelle épimères, deux diastéréoisomères
(isomères stériques non énantiomorphe) qui diffèrent
uniquement par la configuration d’un carbone de leur
molécule.
Pectines et Hémicellulose Glycolipides
hémicellulose bactériens
Vins
D-Glucose et D-
Mannose sont deux
épimères : deux
diastéréoisomères
(isomères stériques
non énantiomorphes)
qui diffèrent
uniquement par la
configuration d’un
carbone (C2) de leur
molécule.
D-Glucose et D-
Galactose (C4)
Voie des pentoses phosphates Sucre rare / dérivé de l’antibiotique psicofuranine
Épimère en C3 du fructose

Edulcorant obtenu à partir du

Précurseur
lactose, le sucre du lait, avec une
Vit C
valeur calorique plus faible.
Les dérivés des monosaccharides

En plus des monosaccharides, bon nombre de molécules sont des dérivés des
sucres « hexoses simples » dans lesquelles:
un groupement-OH est remplacé par un autre groupement (glucosamine)
un carbone est oxydé en groupement carboxylique (-COOH).
Les acides aldoniques proviennent de l’oxydation du groupement aldéhydique ou
hémiacétalique des aldoses (ex : l’acide gluconique ou gluconate).
Les acides uroniques dérivent des aldoses et proviennent de l’oxydation du -
CH2OH terminal en carboxyle (ex : acide glucuronique ou glucuronate).
Les sucres phosphorylés : métabolisme
Les polyols : molécules polyhydroxylées obtenues par réduction d’aldoses ou de
cétoses (mannitol, sorbitol,…)
ribitol dérivé du ribose : ex dans la riboflavine (Vit B2-FAD/FMN-
flavoprotéines)
Les cyclitols : dérivés polyhydroxylés du cyclohexane. Présence de groupements –
OH (Inositol). Relation faible avec les sucres mais propriétés comparables
(solubilité,…) en raison des groupements -OH
 N-acétylglucosamine =
composant des parois
bactériennes et carapaces des
arthropodes
L-Fucose : glycoprotéines et
gycolipides (from galactose)
L-Rhamnose :
polysaccharides végétaux
(from mannose)
N-acyl dérivés de l’acide
Sub H for OH at C6 neuraminique sont les acides
sialiques rencontrés dans les
glycoprotéines et les
glycolipides (gangliosides).
Sucres phosphorylés :
métabolisme (glucose-1P,
glucose 6P,…)
L’acide glucuronique :
constituant des
Med :quinine or Dérivé du N-acétyl polysaccharides animaux +
Ca2+ (counter ions) mannosamine élimination de certaines
substances : stérols, phénols,
…= glucurono-conjugués

Glucono delta-lactone (GDL) : additif alimentaire E575-acidifiant (miel, jus de fruits,

vins,…). Quinine : antipyrétique, analgésique et antipaludique
La glucurono-conjugaison dans le catabolisme
de l’hème
La glucurono-conjugaison est l'addition de composés
hydrophiles à un toxique ou produit de dégradation
hydrophobe pour permettre sa solubilisation et ainsi son
élimination dans les urines.
La bilirubine (une molécule provenant de la
dégradation des groupements hémiques de
l’hémoglobine libérée lors de l’élimination des globules
rouges dans la rate). Non conjuguée, elle est présente
dans le sérum puis captée par les hépatocytes qui grâce
à une UDP glucuronyl-transférase vont catalyser la
réaction de conjugaison de la bilirubine à l'acide
glucuronique ou 2 UDP-Glucuronate vont libérer 2
UDP et se lier à la bilirubine pour former le Di-
glucuronide de bilirubine (bilirubine conjuguée). Cette
dernière est soluble et non toxique et pourra donc être
éliminée par la vésicule biliaire et se retrouvera donc
dans l'appareil digestif afin d'être éliminée par les
selles.
Une mauvaise élimination de la bilirubine (par déficit
de glucurono-conjugaison par exemple) va provoquer
un ictère.
 Les acides ascorbiques se caractérisent par la présence d’une
structure ène-diol : Vitamine C
1) Présente dans les végétaux chlorophylliens et les fruits citrus
2) Synthèse par les plantes supérieures et les animaux (à l’exception de l’homme, des
primates et du cobaye)
3) Intervient dans la synthèse du collagène, dégradation de la tyrosine, la synthèse de
l’adrénaline, la formation des sels biliaires et antioxydant hydrosoluble.
1) Les acides ascorbiques sont
instables et réducteurs.
2) La forme « déhydro » n’est plus
active d’un point de vue
vitaminique et est dégradée en 2-3
dicéto-L-gulonique en milieu acide
(ouverture du cycle).
3) Dosage : intense pouvoir
réducteur vis-à-vis de certains
Réaction catalysée par la prolyl 4-hydroxylase-décarboxylation (α2β2 :α + non heme Fe2+) colorants (2-6 dichlorophénol-
indophénol)
P4H catalyse aussi la décarboxylation
oxydative de l’α-cétoglutarate non
couplée à l’hydroxylation de la proline .
L’oxydation du Fe2+ hémique en Fe3+
inhibe l’enzyme. L’ascorbate restaure
l’activité enzymatique en réduisant le
fer hémique.
 Les monosaccharides (MS) réducteurs

Les MS peuvent être oxydés par des agents

oxydants comme le Cu2+ (-C=0).
La fonction carbonyle devient alors une fonction
carboxylique (COOH)
Le glucose et autres sucres capables de réduire le
Cu2+ en Cu+ sont appelés sucres réducteurs.
Un sucre est réducteur si sa fonction aldéhyde est libre.
La forme hémiacétal étant en équilibre avec l'aldéhyde on peut aussi considérer
cette fonction comme un aldéhyde "libre".
Donc, tant que le carbone anomérique porte le OH (et non pas un OR) le sucre est
réducteur.
Lactose:
βD galactopyranosyl (1,4) D
glucopyranose réducteur

Maltose:
αD glucopyranosyl (1,4) D
glucopyranose réducteur

Saccharose:
αD glucopyranosyl
Glucose (1,2)
avec le carbone anomérique βD
libre peut
exister sous la forme α- ou β- pyranose
fructofuranose
non réducteur
= Sucre du lait
(LACTASE) Les disaccharides et oligosaccharides (≤ 10)
REDUCTEUR
Condensation de 2 monosaccharides par une liaison
covalente (liaison O-(glyc)osidique)
Formes de transport des sucres dans l’organisme
(végétaux : non reconnu par les enzymes autres
qu’à l’endroit d’utilisation). Chez l’homme,
transport sous forme de glucose.
NON
REDUCTEUR = Sucre de table
INVERTASE/SUCRASE

Plantes, champignons,
hémolymphe d’insectes :
cryptobiose : protection contre la
dessication
Les polysaccharides : polymères macromoléculaires constitués de
centaines de monosaccharides (PM > 20000 Da)
Classification :
1) Homoglycanes : contiennent un seul type de monosaccharides (linéaires ou
ramifiés)- glucans (glucose), galactans (galactose), fructans (fructose),…

2) Hétéroglycanes : contiennent au moins deux types de monosaccharides

différents

3) Glycuronanes : contiennent seulement des acides uroniques

polygalacturonides : polyuronides pectiques (pectines)-liaisons α 1,4 (pectines)
polymannuronides linéaires : acides alginiques (alginates)-liaisons β 1,4 (stabilisateurs dans les
industries alimentaire, pharmaceutique, cosmétique,…)

4) Glycosaminoglycanes (GAG) : contiennent des monosaccharides aminés et

des monosaccharides chargés (sulfatés ou acides uroniques)
Seulement chez les animaux et bactéries-pas chez les végétaux
Les polysaccharides : stockage de l’énergie et composants de structure
1) polysaccharides de réserve = réserves
énergétiques. L’amidon (plantes)
(amylose = chaîne linéaire d’ α-D-
glucose (liaison α1->4 O-
glycosidique) + amylopectine = chaîne
ramifiée d’ α-glucose (α1->6 O-
glycosidique) tous les 20 à 30 sous-
Insoluble : grande unités). Amidon de la PDT (20 %
taille / granule des amylose et 80% amylopectine). Le
chloroplastes
glycogène (animaux) : molécule très
ramifiée (8-12 résidus) et de très
grande taille (dans le foie-muscle).
Liaisons α1->4 et α1->6 O-
glycosidique.
2) polysaccharides structuraux
= cellulose = polymère de β−D
glucose linéaire non ramifié (liaison β
1->4) (paroi végétale/le + abondant)
Insoluble : fibres = chitine : polymère d’une
alimentaires ou énergie forme azotée de β-glucose (unité
chez les ruminants
(bactéries/protistes)
chitobiose : N-acétylglucosamine liée
par des liaisons β1->4 O-
glycosidique) :
- exosquelette des arthropodes
- paroi cellulaire des champignons
Polymères de α-glucose : amidon (végétaux) et glycogène (animaux)

Les enzymes qui hydrolysent l’amylose ne reconnaissent que

l’αD−glucose
 Polymères linéaires de β-glucose : cellulose (cotton : cellulose
pure)

Conformation différente
dans l’espace / amylose)
10 000 à 15 000 β-D-glucose
La Chitine, un autre polysaccharide de structure abondant

Liaisons β(1,4)
 Glycosaminoglycans (GAG)
Hétéropolysaccharides linéaires de la MEC
Présence dans le polymère de monosaccharides aminés et de
monosaccharides chargés (unités sulfatées ou acides
uroniques).
Acide hyaluronique : substance fondamentale du tissu
conjonctif, dans l’humeur vitrée, le liquide synovial
(lubrifiant)-libre ou en association avec des protéines (MEC
cartilage et tendons)-solution visqueuse (haut PM : > 10 6
kDa) et résistance des tissus à l’infection. L’unité répétitive :
acide glucuronique et N-acétylglucosamine (liaison β 1-3
osiduronique et β 1-4 osaminidique).
Hyaluronidase : enzyme de dégradation (injection pour diffusion de produits
sous-cutanés en médecine, bactéries,…)
Chondroïtine-4-sulfate : constituant des cartilages, tendons,
ligaments, valves cardiaques, paroi aortique (élasticité).
Unité répétitive : acide glucuronique et N-
acétylgalactosamine-4-sulfate (liaison β 1-3 osiduronique et
β 1-4 osaminidique). Soluble dans l’eau et PM : 40-50 kDa.
Kératan sulfate : pas d’acide uronique et contenu en
Acide L-iduronique monosaccharides sulfatés variables (cornée, cartilages, os,
ongles, cheveux,….)
Héparine : anticoagulant (lie et active l’anti-thrombine III
qui inhibe la thrombine : une sérine protéase)
 Glycoconjugués : peptidoglycanes, protéoglycanes, glycoprotéines et
glycolipides

Chaînes oligosaccharidiques liées par des liens covalents à des peptides, des
protéines ou des lipides

Molécules de communication entre les cellules et les cellules et entre les

cellules et la matrice extracellulaire (porteurs d’informations) : adhérence,
migration au cours du développement, coagulation, cicatrisation,…
Décoration de protéines récepteurs
Adressage, transport aux organites, et conformation protéique
Récepteurs-reconnaissance (facteurs de croissances, bactéries, virus)
un exemple de protéoglycan : ± 40 types différents-organisent les tissus
: adhérence-activation de facteurs de croissance,…

acide glucuronique et N-
acétylgalactosamine-4-sulfate

Interactions électrostatiques avec des Protéine membranaire intégrale ou de

protéines de la MEC-collagènes la MEC

Le xylose assure la liaison entre le carbone anomérique et le

groupement hydroxyle de la sérine car ce sucre porte l’extrémité
réductrice du pont tétrasaccharidique
 Agrégats de proteoglycan(e)s dans la matrice extracellulaire (MEC)
Retiennent des molécules d’eau + autres molécules :
ions/facteurs de croissance
Interactions avec collagènes
 Glycocalyx : interactions entre les cellules et MEC

La fibronectine possède des sites de liaison aux protéoglycans et aux intégrines

Glycoprotéines : la partie saccharidique est liée à une Thréonine ou une Sérine
(O-lié) ou à une Asparagine (N-lié) de la chaîne protéique

Glycans sont plus petits, branchés et plus variés que la

partie glycoaminoglycans des protéoglycans
Glycoprotéines : glycosylées sur plusieurs résidus/acides aminés

1-70% de la masse d’une glycoprotéine

50 % des protéines sont glycosylées chez les mammifères

1% du génome chez les mammifères code pour des enzymes de

synthèse et d’attachement de ces chaines oligosaccharidiques.

Les protéines plasmatiques sont pour la plupart des glycoprotéines (pas l’albumine !!!)
Une lectine :
une protéine
qui reconnaît
et se lie aux
sucres avec
une grande
spécificité et
une affinité
forte ou
moyenne.
- Spécificité
- Affinité
Rôle des interactions lectines-ligands dans le mouvement des leucocytes vers un
site inflammatoire

Diapédèse
La nature des chaines oligosaccharidique peut influencer le
sort d’une glycoprotéine soluble.
Exemples :
1- le ciblage d’une protéine lysosomale néosynthétisée
2- la stabilité d’une protéine plasmatique
Localisée à l’extrémité de chaines oligosaccharidiques de nombreuses
glycoprotéines plasmatiques-protègent ces protéines de la dégradation par le foie.
Déprotection par des neuraminidases/sialidases-démasque un galactose.
(céruloplasmine : glycoprotéine de transport du cuivre).
 Acides nucléiques, molécules de l’information

Les acides nucléiques

Il existe deux types d’acides nucléiques :
l’acide ribonucléique (ARN)
l’acide désoxyribonucléique (ADN)
Ils stockent et transmettent l’information
génétique
ADN = matériel génétique, support de
l’hérédité

ADN-ARN-Protéines (chapitre 15)

Les acides nucléiques : des polymères de nucléotides

Composition d’un nucléotide:

1) Sucre à 5 C (pentose)

Ribose : ARN
Désoxyribose : ADN
2) Un groupe phosphate (-PO4)
3) Une base organique azotée

Formation : un groupement phosphate d’un nucléotide réagit avec un groupement hydroxyle

d’un autre nucléotide pour former une liaison phosphodiester

La double hélice d’ADN renferme le
code génétique
La molécule d’ADN est
composée de deux chaînes de
nucléotides enroulées en double
hélice : structure découverte par
Watson et Crick en 1953.
Les deux chaînes s’enroulent
dans des directions opposées ---
> anti-parallèles.
Dans la double hélice, les bases
se font face et s’apparient 2 à 2
par des liaisons hydrogène
(toujours A avec T et C avec G :
bases complémentaires).
Comme les deux chaînes sont
anti-parallèles, les séquences sur
les deux brins sont
complémentaires.
La complémentarité permet la
réplication exacte de la séquence
de l’ADN.
Comparaison de l’ADN et ARN

Transcrit : monocaténaire
Autres « fonctions » des nucléotides:
-coenzymes (NMN/NAD)
-signalisation (AMPc / GMPc)
-flux énergétique (ATP / GTP)

ATP
: