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Biochimie structurale
2020 /2021
Introduction
La biochimie est la science qui étudie la structure et les propriétés des molécules qui
constituent les êtres vivants (glucides, protéines, lipides, …) et d'autre part, qui étudie les
réactions de transformations (métabolisme) de ces molécules : les réactions de dégradation
(catabolisme), et les réactions de biosynthèse (anabolisme).
Ce cours de biochimie structurale est destiné aux étudiants de deuxième année Agronomie, il
leur permet de comprendre la structure et les propriétés physico-chimiques des trois principaux
constituants des cellules vivantes ; protéines, glucides et lipides.
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Chapitre 01 : Glucides
Les glucides sont largement répandus chez les végétaux et les animaux où ils remplissent
des rôles structuraux et métaboliques importants. Chez les végétaux, le glucose est synthétisé
à partir du dioxyde de carbone (CO2) et d’eau (H2O) par photosynthèse ; il est stocké sous
forme d’amidon ou sert à la synthèse de la cellulose de la paroi des cellules végétales.
Les animaux peuvent synthétiser quelques glucides à partir des acides aminés, mais la majeure
partie des glucides animaux provient des végétaux. Le glucose est le glucide le plus important.
Grace à l’hydrolyse de l’amidon et des disaccharides des aliments, la majeure partie des
glucides alimentaires sont absorbés sous forme de glucose dans la circulation sanguine et les
autres sucres sont convertis en glucose dans le foie. Le glucose est le précurseur pour la synthèse
de tous les autres glucides de l’organisme, par exemple : le glycogène comme réserve, le ribose
et le désoxyribose dans les acides nucléiques, le galactose dans le lactose du lait.
Les maladies associées au métabolisme des glucides comprennent le diabète, la galactosémie,
les maladies de stockage du glycogène et l’intolérance au lactose.
II. Classification
On subdivise les glucides selon leur degré de polymérisation :
II.1. Oses ou sucres simples (monosaccharides)
Les oses sont des molécules comportant à la fois plusieurs fonctions alcool et une fonction
réductrice, soit aldéhydique (-CHO), soit cétonique (C=O). La classification des oses repose,
d’une part, sur le nombre d’atomes de carbone de leurs molécules (trioses [3C], tétroses [4C],
pentoses [5C], hexoses [6C], heptoses [7C], octoses [8C] et nanoses [9C]) et, d’autre part, sur
la nature de la fonction réductrice (aldoses et cétoses). La combinaison entre le nombre de C
et la nature de la fonction carbonyle ainsi est possible ; on dit : Aldotrioses, aldotétroses,…,
cétotrioses, cétotétroses,…
II.2. Osides ou sucres complexes (polysaccharides)
On a défini les osides comme des substances dont l’hydrolyse libère un ou plusieurs oses.
On distingue :
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Les holosides dont l’hydrolyse ne libère que des oses. Selon le nombre de molécules
d’oses libérées lors de l’hydrolyse, on distingue des oligosides (association de 2 à 10
oses par des liaisons osidiques) et les polyosides (polymère formé de 10 à plusieurs
milliers d’oses). On distingue également des polyosides homogènes ou hétérogènes
selon qu’ils sont composés d’un seul type d’oses ou de plusieurs types d’oses.
Les hétérosides dont l’hydrolyse libère, outre des oses, des substances non glucidiques
ou aglycones (protéines, lipides, acides nucléiques…).
III. Oses
Les oses sont des molécules non hydrolysables, ont la formule brute (CnH2nOn / avec
n= nombre d’atomes de carbone) qui portent le plus souvent, de 3 à 6 atomes de carbone et une
fonction carbonyle (aldéhyde ou cétone). Les oses les plus simples ont trois atomes de carbone
sont un aldotriose « Le glycéraldéhyde » et un cétotriose « la dihydroxyacétone » (Fig.1).
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Sur la projection de FICSHER, les atomes de carbone d’un ose sont numérotés d’une
façon que le carbone le plus oxydé (le carbone qui porte la fonction carbonyle) porte le numéro
le plus petit. (Fig. 2). Cette projection fait clairement apparaître les carbones asymétriques
présents dans la structure des oses.
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configuration de tous les carbones asymétriques. Étant image l'un de l'autre par apport à un
miroir, ils ne sont pas superposables. Ils sont donc symétriques l'un par rapport à l'autre, le plan
de symétrie étant le miroir, comme le D-Glucose et le L-Glucose (Fig.7). Les propriétés
chimiques et physiques des énantiomères sont en général identiques à l’exception d’une
propriété physique : le pouvoir rotatoire.
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III.2.3. Activité optique des oses
III.2.3.1. Pouvoir rotatoire
On dit qu'une substance est optiquement active ou douée d'un pouvoir rotatoire lorsqu'elle
fait dévier le plan de polarisation de la lumière d'un angle α (Fig.9). La valeur de l’angle de
déviation du plan de polarisation est mesurée à l’aide d’un polarimètre. Le pouvoir rotatoire
est lié à la présence d'un ou plusieurs carbone(s) asymétrique(s) au sein de la molécule. Tous
les oses (sauf la dihydroxyacétone), étant des molécules chirales, présentent un certain
pouvoir rotatoire.
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L'angle α est en fonction de la nature de la substance, de sa concentration et de la longueur du
trajet optique. Il répond à une loi appelée loi de Biot :
où :
[α]D20 : Pouvoir rotatoire spécifique de la substance optiquement active. C’est une
constante caractéristique de la substance optiquement active et qui dépend de la nature
du soluté et celle du solvant, de la température et de la longueur d'onde à laquelle est
réalisée la mesure. D pour la λ de la raie jaune du sodium à 589.3 nm et 20 pour 20°C.
α : Pouvoir rotatoire mesuré avec le polarimètre.
L : Longueur de tube contenant la solution (dm).
C : Concentration de la substance (g/ml).
a)- Loi d’additivité des pouvoirs rotatoires
Lorsqu’une solution contient deux composés optiquement actifs, les angles de déviation du plan
de polarisation de la lumière dus à chaque substance optiquement active s’additionnent : le
pouvoir rotatoire mesuré est donc égal à la somme des pouvoirs rotatoires de chacune des 2
substances.
αsolution = α composé A + α composé B
αsolution = ([α]D20 composé A x L x C composé A ) + ([α]D20 composé B x L x C composé B).
Cas particulier de deux énantiomères
Puisque les deux énantiomères D et L d’un même ose présentent des pouvoirs rotatoires
opposés, un mélange équimoléculaire de deux énantiomères est optiquement inactif (pouvoir
rotatoire nul) et s'appelle mélange racémique.
Exemple : mélange équimoléculaire des énantiomères D et L du glucose
αmélange = α D-glucose + α L-glucose
αmélange = ([α]D20 D-glucose x L x C D-glucose ) + ([α]D20 L-glucose x L x C L-glucose).
avec : C D-glucose dans solution = C L-glucose dans solution et [α]D20 D-glucose = -[α]D20 L-glucose
αmélange = 0
III.3. Filiation chimique des oses selon Fischer
La synthèse cyanhydrique de Kiliani-Fischer consiste en des réactions chimiques qui
permettent de synthétiser un ose à (n+1) C à partir d’un ose de (n) C (Fig.10). L’addition se fait
par l’extrémité portant la fonction aldéhyde (C1) dans le cas des aldoses et la fonction
cétonique (C2) dans le cas des cétoses. Ce carbone n’est pas asymétrique et existe sous une
seule configuration.
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Fig. 10 : Synthèse cyanhydrique de Kiliani Fisher
Après addition, le C1 se retrouve en position C2 portant une fonction alcool secondaire,
donc, chaque nouveau carbone ajouté est un nouveau centre de chiralité, avec deux orientations
relatives possibles des substituants, ce qui crée un nouveau couple de stéréo-isomères
(Fig.11,12).
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Fig. 12 : synthèse des Cétohexoses à partir d’un Cétotriose.
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On applique la même règle de cyclisation pour les cétoses, la différence porte sur le lieu de
l’hémi-acétylisation intramoléculaire qui est entre C2 et C5 pour forme le cycle furane, ou entre
C2 et C6 qui permet la formation de cycle pyranne (Fig.18).
La position des groupements hydroxyles est en fonction de leur position dans la
représentation de Fischer : les -OH se trouvant à droite dans la représentation de Fischer se
retrouvent en dessous du plan du cycle, les -OH se trouvant à gauche dans la représentation
de Fischer se retrouvent au-dessus du plan du cycle (Fig.18).
La position par rapport au plan du cycle de la fonction alcool primaire détermine la série:
série D pour –CH2OH au-dessus du plan, série L pour –CH2OH en dessous du plan.
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Tableau I : La déférence entre la forme linéaire et la forme cyclique
III.4.3. Mutarotation
b)- Phénomène de mutarotation
-A partir de l’hydrolyse de l’amidon, en conditions particulières, on obtient une solution de α-
D-glucose pur ([α]D20 = +112,2°) dont le pouvoir rotatoire n’est pas stable mais diminue.
-A partir de l’hydrolyse de la cellulose, en conditions particulières, on obtient une solution de
β-D-glucose pur ([α]D20 = +18,7°) dont le pouvoir rotatoire n’est pas stable mais augmente.
-Lorsque l’on dissout dans l’eau du glucose cristallisé linéaire, cela conduit à la cyclisation du
glucose avec formation des 2 anomères α et β dans des proportions équivalentes ; on constate
que le pouvoir rotatoire de cette solution fraîchement préparée diminue (Fig.19).
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La valeur du pouvoir rotatoire d’un ose n’est pas fixée immédiatement ; elle le devient au bout
d’un certain temps. Ce phénomène est lié à l’existence de deux formes isométriques, l’anomère
α ou β.
*Exemple :
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Fig.26 : Formation de l’acide formique
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Fig.29 : Réaction de la Liqueur de Fehling
III.5.2.2. Réduction
Les réactions de réduction se font par hydrogénation catalytique via l’action d'un
borohydrure alcalin tel que LiBH4 ou NaBH4. La fonction aldéhydique ou cétonique est
réduite en alcool. On obtient le polyalcool (Fig.30).
Glucose Glucitol (ou Sorbitol)
Galactose Galactitol (ou Dulcitol)
Mannose Mannitol
Ribose Ribitol
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Réaction de Bial : permet la caractérisation des pentoses en utilisant l’Orcinol en
présence d’acide chlorhydrique et à chaud. Le produit de la réaction est coloré en vert.
Réaction de Sélivanoff : permet la caractérisation des cétoses (se déshydrate
rapidement par rapport aux aldoses) en utilisant le Résorcinol en présence d’acide
chlorhydrique et à chaud. Le produit de la réaction est coloré en rouge.
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Fig.32 : Méthylation de glucose
Remarque
La méthylation est une technique importante qui a deux applications principales :
a) Détermination de la structure des cycles.
b) Détermination de l'enchaînement dans les polyosides
III.5.2.5. Estréfication
Les oses peuvent etre estrifiés au niveau des alcools primaires ou secondaires par l’acide
phosphorique (H3PO4) pour former des esters phosphoriques. Trois types d’estréfication
conduisent à la formation de trois substrats énergétiques très importants dans la cellule : une
estérification au niveau du C1 conduisant à la formation de glucose-1-phosphate, ou au niveau
du C6 permettant l’obtention du glucose-6-phospate, ou encore une bi-estréfication au niveau
du C1 et C6 conduisant à la formation de glucose-1,6-biphosphate (Fig.33).
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Fig. 34 : Action de la phénylhydrazine sur les oses
IV. Osides
Les osides sont des polymères qui donnent par hydrolyse deux ou plusieurs molécules
d’oses. Ces oses peuvent être identiques ou différents. On distingue des osides hétérosides dont
l’hydrolyse libère des oses et des composés non glucidiques (aglycone=lipides, protéines,
acides nucléiques…), alors que dont l’hydrolyse ne libère que des oses. Les holosides peuvent
être oligosides ou polyosides selon le nombre de monomères formant le polymère. La liaison
entre deux motifs d’oses est appelée liaison osidique (liaison glycosidique).
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IV.1.4.2. Voie enzymatique
L’hydrolyse des liaisons osidiques se fait par des catalyseurs enzymatiques d’hydrolyse
appelés hydrolases, spécifiques des liaisons glycosidiques (glycosidases). La spécificité de
liaison fait que les glycosidase peuvent agir uniquement sur un seul substrat telles que α ou β-
glycosidase (ex : α-glucosidases / β-galactosidases…etc).
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IV.1.5.3. Action des osidases
Les osidases présentent une stéréospécificité concernant la position α ou β
IV. 2. Type des osides
On distingue les Holosides et les Hétérosides.
IV.2.1. Holosides
Ils sont devisés en deux types selon leur taille : oligosides et polyosides
IV.2.1.1. Oligosides
Les oligosides sont des holosides qui résultent de la condensation de 2 à 10 molécules
d’oses.
a)- Diholosides
Diholoside sont deux oses unis entre eux par une liaison osidique. Selon le mode de
liaison des 2 oses, le diholoside est non réducteur ou réducteur.
Diholosides réducteurs (liaison osido-ose) : Il y a condensation d’une fonction
hémiacétalique d’un ose avec une fonction alcoolique d’un second ose par une liaison
osido-ose. Il reste donc dans le diholoside un -OH hémiacétalique libre responsable du
pouvoir réducteur de la molécule (se présente sous deux formes anomères). Les
principaux diholosides réducteurs présentés dans le tableau II.
(sucre du glucopyranose
lait)
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Diholosides non réducteurs (liaison osido-oside) : Il y a condensation de la fonction
hémiacétalique de chaque ose par une liaison osido-oside. Les principaux diholosides
non réducteurs sont montrés dans le tableau III.
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Fig. 37 : Les α-galactosides
IV.2.1.2. Polyholosides
Ce sont des polymères de masse molaire très élevée, résultant de la condensation d'un grand
nombre de molécules d'oses. Ils remplissent dans la nature deux types de fonctions principales :
Ils servent de forme de réserve énergétique glucidique (Amidon, glycogène…)
Ils jouent un rôle structural dans certaines cellules (cellulose, chitine...)
a) Homopolyosides
Les polyosides homogènes sont constitués d’un seul type d’ose ou dérivés d’oses (tableau
IV).
Tableau IV : Polyosides homogènes
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sont faites des liaisons α-(1,6)- non réductrice, libérant ainsi des unités
D-glucosidiques et ne maltosyle. Elles provoquent lors de
présentent qu'environ 1%. l’hydrolyse une inversion sur C1 de
Cellulose Elle est constituée de longues -Homme est incapable de digérer cellulose
Polyoside de chaînes linéaires de glucose lié car il est dépourvu d'enzymes actifs sur les
soutien (paroi en β-(1,4) D-glucosidique (300 liaisons β-glucosidiques.
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des cellules à 1500 résidus - MM = 5 *10 - -Son hydrolyse par l’acide ménagée
2,5 *106 Da). L'unité de fournit du cellobiose.
végétales)
répétition est le cellobiose.
Les gommes : partie hydrophile des sécrétions des "gommiers" comme les acacias
sont des galactoarabanes très ramifiés.
L'agar-agar ou gélose : extrait des algues rouges et très employé en microbiologie pour
les cultures sur gel, est un polyoside complexe de D et L-galactose irrégulièrement
sulfaté. De ces algues, on extrait aussi des :
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Carraghénates : extrait d’algues utilisées comme épaississants et gélifiants en
industrie alimentaire, ce sont des polymères linéaires d'unités diosidiques de
galactose sulfaté (carrabiose) liés par une liaison (β1 —> 4).
Alginates : polyuronides linéaires faits de deux acides uroniques, les acides β-D-
mannuronique et α-L-guluronique liés par une liaison (β1 —> 4).
IV.2.2. Hétérosides
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