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BIOCHIMIE

STRUCTURALE
ère
1 ANNEE BTS
IACC/IACP

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INTRODUCTION A LA BIOCHIMIE

1-Définition

La biochimie est la partie de la Chimie comprenant l’étude des constituants de la matière


vivante et de leurs réactions. En d’autres termes, la biochimie étudie les réactions ayant lieu
dans les organismes vivants.

Notamment les réactions de dégradation des substances alimentaires fournissant l’énergie


nécessaires aux organismes vivants et les réactions de transformation ou de biosynthèse
permettant la formation des composés dont la cellule a besoin.

2- Historique

La biochimie est une science récente et s’est développée à partir du 20è siècle. Elle s’appuie
sur 3 sciences plus anciennes : La chimie organique ; la physiologie ; et la physique. La
biochimie se différencie de la chimie organique par un certain nombre de caractères
particuliers à la cellule vivante. Elle se différencie de la physiologie par sa méthodologie.

La biochimie comprend plusieurs branches :

- La biochimie structurale
- La biochimie métabolique
- La bioénergétique
- L’enzymologie

3- Domaine d’application

La biochimie intervient dans plusieurs domaines :

 En pharmacie

 En Médecine

 En industrie Agroalimentaire

 En microbiologie

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CHAPITRE I : STRUCTURES ET PROPRIETES DES GLUCIDES

1- Introduction :

Les glucides ou sucres sont les molécules, les plus abondantes à la surface du globe. La
majeure partie des glucides de la planète est produite par la photosynthèse. Très répandus
dans la matière vivante (5% poids sec animaux, 70% poids sec végétaux),les glucides peuvent
être oxydés pour produire de l'énergie dans les processus métaboliques. Chez les animaux et
les plantes, des polymères glucidiques (glycogène, amidon) servent de réservoir énergétique.
D’autres polymères (cellulose, chitine...) ont un rôle structural.

Des dérivés de glucides se retrouvent dans un grand nombre de molécules biologiques comme
les acides nucléiques, ADN et ARN.

Les glucides sont utilisés dans l’industrie alimentaire et les biotechnologies.

Les glucides interviennent dans les interactions entre les cellules d’un même organisme.

Les glucides sont utilisés par des microorganismes pour infecter les organismes hôtes
(antigène).

REMARQUE : Edulcorants ; Ce sont des substances n'appartenant pas au groupe des


glucides et qui ont un pouvoir sucrant, parfois important par rapport à celui du sucre. Ils sont
utilisés pour communiquer une saveur sucrée aux produits alimentaires et sont utiles dans les
aliments allégés ou diététiques, comme ceux pour les diabétiques.
On distingue les édulcorants « massiques » et « intenses ». Les édulcorants intenses, comme
l’acésulfame K (E950), l’aspartame (E951) et la saccharine (E954), ont un pouvoir sucrant
beaucoup plus important que celui du saccharose. Cependant, la valeur énergétique apportée
par ces substances est presque nulle.
Les édulcorants massiques, comme le sorbitol (E420) et le maltitol (E965), sont généralement
des polyols. Ils ont un pouvoir sucrant inférieur à celui du saccharose.  Ils peuvent être
incorporés dans des produits alimentaires pauvres en calories, dans lesquels ils apportent de
l’onctuosité et du volume. Ces substances ont une valeur calorique réduite (env. 2,4 kcal/g).

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2- Classification des glucides

A- ETUDE DES OSES

1 – Définition

Les oses, monosaccharides ou encore sucres simples, possèdent un squelette carboné linéaire,
comportant 3 à 6 C (quelquefois 7, voire 8 carbones).Ce sont des polyalcools possédant une
fonction aldéhydique ou cétonique (fonction réductrice).

Ils sont appelés hydrates de carbone à cause de leur formule générale Cn(H 2O)n, mais
cette appellation n’est pas toujours justifiée car certains hydrates de carbones comme l’acide
acétique (C2(H2O)2) ne sont pas des oses.

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2-Classification des oses

Les oses peuvent être classés selon deux critères :

+ Par le nombre de carbones de leur squelette (3 : trioses, 4 : tétroses, 5 pentoses, 6 : Hexoses
etc.)

+ Par la nature de la fonction du carbonyle (aldéhyde = aldoses, cétone = cétoses).

Les deux classifications peuvent être combinées :

* aldotétrose (aldose à 4 carbones)

* cétopentose (cétose à 5 carbones) .

Les oses les plus simples sont les trioses comportant trois carbones, on a deux types de
trioses :

Aldotriose Cétotriose

Glycéraldéhyde
Dihydroxyacétone

Remarque : La représentation ci -dessus des oses est la représentation linéaire de FISCHER.


On peut représenter sous forme d’écriture simplifiée de Reichstein : on n’écrit plus certains
C, ni les H. Un tiret – représente un –OH.

Exemple :

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3- Stéréoisomérie des oses

3.1- Définitions
On appelle isomères des composés qui ont la même formule brute, mais des formules
développées différentes. Une première différence dans la formule développée des oses porte
sur la position du groupement carbonyle (–CO-) ; si ce groupement est situé :

-sur le carbone 1 : on obtient un aldéhyde

- sur le Carbone2 : on obtient une cétone.

On parle d’isomère de fonction, ce qui permet de distinguer pour un même nombre de


carbone, des aldoses et des cétoses.

On parle de stéréoisomérie (ou isomérie optique), lorsque deux composés ont la même
formule brute, la même formule développée plane, mais dont la disposition relative des
groupements atomiques dans l’espace est différente.

L’existence de stéréoisomères est due à la présence de carbone asymétrique au sein des


molécules. Un carbone est dit asymétrique quand il porte 4 substituants différents :

Exemple : cas du glycéraldéhyde

Le carbone 2 est lié à quatre substituants différents : C'est un carbone asymétrique (C*).

La molécule du glycéraldéhyde est dite chirale (non superposable à sa propre image dans un
miroir).

Elle présente une activité optique : une solution de glycéraldéhyde fait "tourner" le plan de
polarisation de lumière qui la traverse d’un angle α appelé pouvoir rotatoire.

Il existe dans la molécule du glycéraldéhyde deux configurations distinctes qui forment un


couple d’énantiomères. Ces deux configurations sont désignées par les lettres D et L.

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Tous les oses à l’exception du dihydroxyacétone contiennent au moins un carbone
asymétrique. Ce qui leur permet d’exister sous des formes dites stéréoisomériques. La
stéréoisomérie des oses dérive de celle du glycéraldéhyde, qui comporte un C*.

3.2- Appartenance à la série D ou L


L’appartenance à la série D ou L pour un ose à n C, est déterminée par la configuration du
Cn-1 (l’avant dernier carbone) .Si le OH du carbone Cn-1 est orienté à droite de la chaine
carbonée, l’ose est de la série D. S’il est orienté vers la gauche, l’ose est de la série L.

NB :

* Pour un ose donné, les formes D et L forment un couple d’énantiomères. Ils ont les mêmes
propriétés chimiques mais le pouvoir rotatoire est différent (identique en valeur absolue mais
de signe contraire).

* Un mélange équimoléculaire des deux énantiomères est appelé mélange racémique (n'a pas
d'activité optique).

* Le nombre n des stéréoisomères possibles avec x carbones asymétrique suit une progression
géométrique telle que : n = 2x.

Attention !

La série D ou L de Fischer ne préjuge en rien du caractère dextrogyre (+) ou lévogyre (-) de la


molécule. Ainsi, le D-(+)-glucose est bien dextrogyre (= +52°), mais le D-(-)-fructose, lui, est fortement
lévogyre (= -92,4°). C'est d'ailleurs de là que leur viennent leurs anciens noms de dextrose et de
lévulose, respectivement. L’activité optique d'une molécule est la somme algébrique des activités
optiques des C* qui la composent.

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3.3-Différents Stéréoisomères
Epimères : Deux épimères sont deux stéréoisomères ne différant que par la configuration
absolue d'un seul et même C*.

Énantiomères : Deux stéréoisomères différant par la configuration absolue de tous leurs


carbones asymétriques ; qui sont images l'un de l'autre dans un miroir et ne sont pas
superposable.

Diastéréoisomères :

Stéréoisomères qui ne sont pas énantiomères (pas images l’un de l’autre par rapport à un
miroir).

Deux oses épimères sont des diastéréoisomères qui diffèrent par la configuration d’un seul
carbone.

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3.4-Filiation et série des oses
La grande majorité des oses naturels appartient à la série D de Fischer, mais des oses de série
L existent également.

Tout aldose dérive théoriquement du glycéraldéhyde par une ou plusieurs étapes d'insertion
d'un chaînon asymétrique (H-C-OH), selon le principe dit de la filiation des oses. Cela est
confirmé par les réactions de synthèse de Kiliani-Fischer et de dégradation de Wöhl. (Voir
Synthèse de Kiliani-Fischer et dégradation de Wöhl ci-dessous).

 Synthèse cyanhydrique de Kiliani Fischer (Sucre à n C→ Sucre à n+1 C)

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Dégradation de Wöhl –Zemplen

(CH3CO)2O Ag2O

H2O

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4- Représentations des oses

4-1. Représentation linéaire de FISCHER


Voir2 22

4-2. Structure cyclique des oses :


La structure linéaire ne permet pas d’expliquer toutes les propriétés des oses.

a- Objection à la forme linéaire

Les observations qui ont permis de dire que la représentation linéaire des oses n’est
satisfaisante sont entre autres :

- L’absence de la réaction de Schiff

Si le glucose se comporte comme un aldéhyde vrai avec certains réactifs, il n’en est pas de
même dans toutes les réactions caractéristiques de la fonction aldéhyde. Par exemple, il ne
recolore pas le réactif de Schiff (fuchsine décolorée par SO2), ce qui est pourtant une
caractéristique des aldéhydes.

- L’hémiacétalisation
Les aldéhydes et les cétones sous forme hydratée, réagissent avec 2 molécules d’alcool pour
donner des acétals, alors que les oses se combinent seulement avec une seule molécule
d’alcool pour donner un Hémiacétal.

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- La mutarotation
Le pouvoir rotatoire d’une solution de D glucose fraîchement préparée diminue pour se
stabiliser au bout d’environ 24 heure. Ce changement (mutarotation) traduit une modification
de structure quine peut pas être expliquée par la structure linéaire.

b-Structures cycliques des oses

b.1-. Représentation selon TOLLENS

C’est une représentation cyclique plane. La fonction carbonyle sous forme hydratée engage un
des OH dans un pont oxydique intramoléculaire avec un OH alcoolique (hémiacétalisation).

La fonction aldéhyde n’est donc pas libre mais condensée sous forme d’un hémiacétal ; on
parle de fonction hémiacétalique (fonction pseudo aldéhydique ou fonction pseudo
cétonique) : Elle perd ainsi certaines propriétés spécifiques des aldéhydes et cétones mais
conserve ses propriétés réductrices.

La cyclisation fait apparaitre un nouveau C*(C1 pour les aldoses et C2 chez les cétoses),
donnant deux nouveaux stéréoisomères appelés anomères (α ou β).On a l’anomère α lorsque
l’hydroxyle hémiacétalique et le pont oxydique sont du même côté et on a l’anomère β
lorsque le pont oxydique et l’hydroxyle hémiacétalique sont de côté opposé.

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Si la cyclisation se fait entre le C1 et le C4chez les aldoses et entre le C2 et le C5 chez les
cétoses, on obtient un hétérocycle à 5 sommets appelé forme furanique ou furanose par
analogie au cycle du furane.

Si la cyclisation se fait entre le C1 et le C5 chez les aldoses et entre le C2 et le C6 chez les


cétoses on obtient un hétérocycle à 6 sommets appelé forme pyranique ou pyranose par
analogie avec le noyau pyrane.

•Seuls les oses à 5 ou 6 carbones donnent des formes cycliques stables.

•Les tétroses existent en solution sous la forme ouverte.

b.2- La représentation selon HAWORTH

C’est une représentation cyclique en perspective. On a des cycles à 5 sommets (furanose) ou 6


sommets (pyranose).

b.3.1- Cyclisation des aldoses

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b.3.2-Cyclisation des cétoses

ß α

 Règles de passage de la structure de Tollens à la structure cyclique de


HAWORTH

Règle 1 : Orientation des hydroxyles

Les groupes OH qui se trouvent à droite dans la RT sont en dessous du plan horizontal formé
par le cycle dans la RH (dirigés vers le bas). Les groupes OH qui se trouvent à gauche dans la
RF sont au-dessus du plan du cycle dans la RH. (Dirigés vers le haut).

Règle 2 : Règle d’Hudson (pour les structures possédant un reste de chaine


carbonée) :L’anomère α d’unose dans la représentation de Haworth est celui qui correspond à
la position « trans » de l’OH en C1 pour les aldoses et C2 pour les cétoses par rapport au reste
de la chaine carbonée. L’anomère β correspond à la position « cis ».

Règle de BOESEKEN (pour les structures possédant un reste de chaine carbonée) : pour les
structures ne possédant pas de reste de chaine carbonée. L’anomère α est celui dont le OH du
C1 (pour les aldoses) et du C2 (pour les cétoses) et celui du Carbone suivant sont du même
côté et l’anomère ß lorsqu’ils sont de côté opposée.

Règle 3: Orientation des restes de la chaine carbonée

Quand on cyclise un ose, si l’OH entrant dans le pont oxydique (ou le pont oxydique) est situé
à droite, le reste de la chaine carbonée sera au-dessus du plan du cycle (orienté vers le haut).
S’il est à gauche, le reste de la chaine carbonée sera en dessous du plan (orienté vers le bas).

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Cette règle est valable quelque soit le OH entrant dans le cycle. Ainsi lorsque l’OH du Cn-
1(avant dernier carbone) entre dans le pont oxydique, la série de l’ose est déterminée par
l’orientation du reste de la chaine carbonée. Si le reste de la chaine carbonée est dirigé vers le
haut on a la série D, dans le cas contraire c’est la série L.

Règle 4 :Orientation des hydroxyles des carbones asymétriques du reste de la chaine carbonée

Lorsque le reste de la chaine carbonée est orientée vers le haut dans la représentation de
Haworth (RH), l’orientation des OH dans la Représentation de Fischer (RF) est le contraire de
celle de la RH. Si par contre le reste de la chaine carbonée est dirigé vers le bas dans la RH,
l’orientation des OH dans la RH est la même que ce qu’elle était dans la RF.

5 – Propriétés des oses :

5.1- Propriétés physiques


a- Solubilité et cristallisation

* Les oses sont solubles dans l’eau car présentent plusieurs groupes OH.la solubilité diffère
d’un ose à l’autre.

* Les solutions aqueuses concentrées sont visqueuses, on a des sirops (cristallisation difficile).

* Chauffé, le glucose fond vers 150 °C, mais commence aussitôt à se décomposer ; il
caramélise.
* La cristallisation est facilitée par ajout d’alcool (méthanol ou éthanol) où les oses sont peu
solubles.

Donc on peut séparer les oses par chromatographie de partage sur couche mince à cause de
leur différence de solubilité dans les solvants comme le mélange méthyl-éthyl-cétone (3
volumes), acide acétique (1 volume), méthanol (1 volume).

b-Pouvoir rotatoire des oses

C’est l’angle α dont est dévié, le plan de polarisation de la lumière, traversant une épaisseur l
d’une solution de substance optiquement active.

Toute molécule chirale possède la particularité d’être optiquement active ou douée de pouvoir
rotatoire :

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Traversée par un faisceau de lumière polarisée plan, elle provoque la rotation du plan de
polarisation de la lumière. L’angle α de rotation est donné par la loi de Biot : α = [α]D20° l C

[α]D20° est le pouvoir rotatoire spécifique de la substance étudiée, l (dm) est la longueur de la
cuve polarimétrique et C (g/mL) la concentration de la solution étudiée.

* Lorsque la rotation se fait vers la droite le composé est dit dextrogyre et son pouvoir
rotatoire est positif

* Lorsque la rotation se fait vers la gauche le composé est dit lévogyre et son pouvoir
rotatoire est négatif

NB : Le pouvoir rotatoire d’un mélange de substances est la somme des pouvoirs rotatoires de
chaque substance. α = Σ [αi l Ci]

 Mutarotation (cas du D-Glucose)

C’est la variation progressive du pouvoir rotatoire spécifique d’une solution de sucre


fraichement préparée pour ensuite se stabiliser dans les 24 heures. Cela est dû à une
interconversion entre les formes anomériques α et β en passant par la forme linéaire.

Ces transformations entre cycles pyrane et furane et entre l’anomère α et β se font dans des
conditions de douce acidité.

Chaque ose a un pouvoir rotatoire spécifique qui permet de l’identifier.

ß-D-glucopyranose 64 %Glucose linéaire 0,02 % α-D-glucopyranose 36 %

Le pouvoir rotatoire spécifique d’un ose ou d’un oside qui présente un phénomène de
mutarotation est toujours celui mesuré à l’équilibre.

En pratique, cela signifie qu’il faudra un certain temps avant de pouvoir faire la mesure du
pouvoir rotatoire d’une solution d’ose fraichement préparée, temps nécessaire à
l’établissement de l’équilibre entre les formes anomères.

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 Règle de calculs du pouvoir rotatoire d’un mélange A +B

[α]A+B =[α]D20°(A) .l.C´A + [α]D20°(B) .l.C´B

´ et CB
CA ´ sont respectivement les concentrations de A et B dans le mélange.

 Règle de calculs du pouvoir rotatoire spécifique d’un mélange A +B

[α]D20°(A+B) =[α]D20°(A).pA + [α]D20°(B) .pB

pA et pB sont respectivement, les proportions massiques de A et de B dans le mélange

mA mB
pA = et pB = on peut également l’exprimer en pourcentage :
mA +mB mA +mB

mA mB
pA = .100 et pB = .100 .
mA +mB mA +mB

pA +pB=1

Exercice d’application :

225 ml d’une solution fraichement préparée d’α-D-glucose à 15% (masse/volume) sont


mélangés à 105 mL d’une solution fraichement préparée de β-D- glucose à 0,667 M.On
dispose de tubes polarimétriques de 10 cm de long.

1- Calculer le pouvoir rotatoire de chaque solution avant le mélange.

2- Calculer le pouvoir rotatoire du mélange tout juste après sa préparation.

3- Calculer le pouvoir rotatoire spécifique du mélange tout juste après sa préparation.

4- Calculer les proportions massiques d’α- D-glucose et de β-D-glucose dans le mélange


à l’équilibre (après mutarotation) si en ce moment le pouvoir rotatoire spécifique du
mélange est de 52,7°.

On donne : [α]D20°(α-D-glucose) =112,7° ; [α]D20°(β-D glucose) = 18,7 ; PM = 180 g/mol

c- caractéristiques spectrales

* Les oses n’absorbent pas en ultraviolet mais dans l’infra rouge

5.2-- Propriétés chimiques des oses

5.2.1--Propriétés dues à la fonction carbonyle


a- Oxydation des oses par les halogènes en milieu basique(oxydation douce)

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L’iode I2 et le brome Br2 en milieu faiblement alcalin et à froid oxyde spécifiquement la
fonction réductrice des aldoses (mais pas la fonction réductrice des cétoses) en acide
carboxylique.

L’aldose est ainsi transformé en acide aldonique. Le glucose donne l’acide gluconique, le
mannose donne l’acide mannonique, le galactose, l’acide galactonique.

b-Oxydation des oses par l’acide nitrique concentré à chaud (oxydation énergique)

Cas des aldoses :il y a oxydation simultanée des deux fonctions terminales de la molécule.
Ce qui donne un diacide carboxylique appelé acide aldarique. Le glucose donne l’acide
glucarique, le galactose donne l’acide galactarique ou acide mucique (optiquement inactif).

Cas des cétoses : il y a rupture de la chaine carbonée au niveau de la fonction cétone avec
formation d’un mélange d’acide carboxylique.

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c-Oxydation des aldoses par l’acide nitrique concentré à chaud après protection de la
fonction réductrice.

On obtient l’oxydation de la fonction alcool primaire. Ce qui donne des acides uroniques,
ainsi le glucose donne l’acide glucuronique, le galactose donne l’acide galacturonique.

- Glucose Acide D-

La protection de la fonction réductrice se fait par méthylation .

d- Oxydation des oses par les complexes métalliques.

Ces réactions sont à la base des méthodes de mise en évidence du pouvoir réducteur et de
dosage des sucres réducteurs (et sucre non réducteurs après leur hydrolyse).

 Action des complexes cuivriques : méthodes cuprimétriques

On utilise la liqueur de Fehling, mélange de sulfate cuivrique, de soude et tartrate double de


sodium et de potassium (qui évite la précipitation des ions cuivriques en milieu basique).

Les solutions d’oses ou de sucres réducteurs réduisent la Liqueur de Fehling en donnant un


précipité rouge brique. Cette réaction est utilisée pour le dosage des oses par méthodes de
Fehling (dosage par comparaison), de Bertrand…

2Cu2+ + 2 OH- + 2 e- ⇾ Cu2O + H2O

Ose (ou oside ) réducteur ⇾ ¨Produits d’oxydation + n e-

 Réduction du nitrate d’argent ammoniacal

Cette réaction est utilisée comme test de caractérisation des oses. Elle est à la base de
l’épreuve de Tollens dite « Test du miroir d’argent ».

L’argent métallique formé se dépose sur les parois du tube en formant un miroir.

 Réduction de l’iodo- mercurate : méthode mercurimétrique.

Cette méthode est à la base du dosage du glucose selon la méthode de Baudoin- Lewin

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Le mercure formé est ensuite réoxydé par une solution de titre connue d’iode apportée en
excès, et l’excès d’iode est dosé par du thiosulfate. Il s’agit d’une méthode à relation
empirique donnant la correspondance entre la quantité de thiosulfate utilisé et la masse de
glucose contenu dans l’échantillon dosé.

 Réduction du ferricyanure

Cette réaction est à la base du dosage du glucose selon la méthode de Hagedorn – Jensen.

[Fe(CN)6]3- + e- ⇾ [Fe(CN)6]+

Ose ⇾ Produits d’oxydation + n e-

L’excès de ferricyanure restant après la réaction avec le glucose est ensuite réduit par les ions
iodures, avec libération d’iode. L’iode est ensuite dosé par le thiosulfate de sodium.

On reporte les résultats dans une table de correspondance entre la quantité de thiosulfate
utilisée et la masse de glucose contenue dans l’échantillon dosé.

e - Oxydation des oses par les composés organiques

 Oxydation par l’acide picrique

L’acide picrique de couleur jaune est réduit en milieu alcalin et à chaud en acide picramique
rouge.

Il existe une adaptation de cette méthode au dosage du glucose, c’est la méthode de Lewis et
Benedict.

 Oxydation par l’acide 3,5 dinitrosalicylique

L’acide 3,5 dinitrosalicylique de couleur jaune est réduit en milieu alcalin et à chaud en acide
3-amino-5 nitro salicylique de couleur rouge orangé, qui absorbe spécifiquement à 530 nm.
Il existe une méthode colorimétrique de dosage des oses et osides réducteurs basée sur cette
réaction.

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f- Réduction des oses en polyalcools

Les aldoses et les cétoses sont irréversiblement réduits en polyalcools (ositols) par addition
d'hydrure à l’aide d’agents alcalins : Borohydrure alcalins (NaBH 4, LiBH4). Les noms des
ositols s'obtiennent en remplaçant le suffixe -ose par le suffixe -itol.

Par exemple le D-glucose donne le D-glucitol (ou D-sorbitol) et le D-mannose donne le D-


mannitol, etc...

- Formation de polyalcools à partir d'un aldose

La réaction implique exclusivement la forme ouverte de l'aldose.

-Formation de polyalcools épimères à partir d’un cétose

La réduction du D-fructose par NaBH4 donne un mélange équimolaire de D-glucitol (sorbitol)


et de D-mannitol, épimères en C2.

Avec le galactose on obtient le galactitol ou dulcitol inactif sur la lumière polarisée.

5.2.2- Propriétés dues aux fonctions alcools


a- Réaction d’adition et de substitution

- Réaction avec les alcools et les phénols (addition) : Formation d’oside

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On obtient un O-glycoside (O-hétéroside) qui n’a pas de pouvoir réducteur et n’est pas sujet à
la mutarotation

b- Déshydratation des oses en milieu acide fort et à chaud.

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c- Formation d’esters

Toutes les fonctions alcools, des oses peuvent être estérifiées par des acides. Le cas le plus
rencontré est celui des esters phosphoriques très importants dans le métabolisme glucidique.

Attention : il ne faut pas confondre les oses phosphorylés au niveau des fonctions alcools et
de la fonction hémiacétalique : la nature de la liaison n’est pas la même.

d- Perméthylationdes oses (formation d’éthers)


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Les agents méthylants tels que l’iodure de méthyle ( ICH 3),en présence de Ag2Oou le sulfate
de méthyle ((CH3)2SO4), en présence de NaOH agissent en substituant tous les hydrogènes
des groupements hydroxydes par un–CH3, formant ainsi un groupement éther. On dit ainsi
qu’il ya perméthylation.

Si le groupement réducteur de l’ose est libre, il réagira lui aussi en formant un dérivé O-
méthyle ; cependant cette liaison n’est pas une liaison éther mais une liaison osidique, elle est
facilement hydrolysée en milieu acide.

La Perméthylation est une méthode très importante qui permet de déterminer le mode
d’enchainement des oses dans les osides et la nature de la structure cyclique des oses.

e- Oxydation par l’acide périodique (HIO4)

L’acide périodique coupe les liaisons C-C si chacun des carbones porte un hydroxyle (OH)
libre. En analysant les composés libérés par cette réaction, on peut obtenir des informations
sur la structure cyclique des oses : plus précisément sur l’emplacement du pont oxydique.

Après un tel traitement, l’alcool primaire donne l’aldéhyde formique (HCOH)tandis que
l’alcool secondaire donne l’acide formique (HCOOH).

Ose non réducteur(après méthylation du groupement réducteur de l’ose)

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5.2.3- Propriétés dues à un groupement alcool et un groupement carbonyle voisins :
a- Action de la phénylhydrazine : formation d’osazone

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Equation bilan

Ces osazones sont des produits qui cristallisent facilement et dont les caractéristiques (aspect
de cristaux et point de fusion) peuvent permettre d’identifier les oses.

Cependant un aldose, son cétose isomère et son épimères en C 2 donnent la même osazone
réduisant ainsi fortement l’intérêt de cette méthode (qui de plus est dangereuse à cause de la
toxicité du réactif à la phénylhydrazine). Cette méthode d’identification a été longtemps
utilisée mais est actuellement tombée en désuétude.

b) Isomérisation alcaline

En milieu faiblement alcalin, il peut se produire des isomérisations entre C1 et C2 :


Isomérisation aldose - cétose, ainsi que des épimérisations, qui passent par une forme
intermédiaire ène- diol instable.

On peut par exemple obtenir une isomérisation : Fructose /Glucose/mannose :

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Cette isomérisation fait qu’en milieu alcalin, le glucose, le fructose, le mannose ont le même
pouvoir réducteur (donne dans ces condition la même forme ène- diol).

6-Étude de quelques dérivés d’oses ayant un intérêt biologique.

6.1- Les désoxyoses


Ce sont des molécules qui correspondent à un ose dans lequel un groupement hydroxyle
alcoolique est remplacé par un hydrogène (souvent en 2 ou en 6).
- Le désoxyribose (D-2- Désoxyribose) : présent dans toutes les cellules comme constituant
des désoxyribonucléotides, qui sont des monomères d’ADN.

D-2-Désoxyribose

Les autres- désoxyoses :


- L fucose (L-6- désoxygalactose) retrouvé dans la paroi des végétaux et des bactéries.
- L- rhamnose (L-6- désoxymannose) retrouvé dans la paroi des végétaux et des bactéries

6.2-Les osamines
Ce sont des oses dans lesquels l’OH du C2 est remplacé par un groupement aminé NH2.
Les 2 plus importantes, sont des hexosamines dérivés du Glucose ou du Galactose par
substitution sur le C2.

On les rencontre dans les polyosides, le plus souvent sous forme acétylées, comme dans la
molécule de N-acétylglucosamine.
Ce composé se retrouve en tant que constituant de la muréine (peptidoglycane) des parois
bactériennes, ou encore de la chitine des insectes et crustacés.
La présence de la fonction amine acétylée, la rend plus résistante a l’hydrolyse*.

6.3- Les acides uroniques


Ils dérivent des aldoses par oxydation de la fonction alcool primaire du carbone 6. Le
représentant principal est : Acide D-glucuronique.

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Il entre dans la composition, notamment, de l’héparine. Il est le précurseur de la voie de
synthèse de la vitamine C.

- l’acide glucuronique peut se combiner au niveau hépatique à plusieurs substances


hydroxylées favorisant ainsi leur solubilité et leur élimination urinaire : on parle de
détoxification par glucuroconjugaison (élimination de certaines hormones thyroïdiennes et
sexuelles, pigments biliaires, certains médicaments et toxines...)
- l’acide galacturonique entre dans la composition des pectines responsables du trouble et de
la viscosité des jus de fruits.

6.4- La vitamine C ou acide L-ascorbique


Elle dérive d’un aldohexose, le L-gulose. Elle estla γ-lactone de l’acide L-gulonique énolisée.

Il joue un rôle important dans les réactions d’oxydoréductions cellulaires et participe à


l’absorption intestinale du fer.
Présent dans la plupart des aliments frais d’origine végétale, l’acide ascorbique est également
synthétisé par de nombreux animaux.
Mais l’Homme et le cobaye ne peuvent réaliser cette synthèse au cours de leur métabolisme
glucidique. Pourtant, cette substance leur est indispensable et doit donc être apportée par
l’alimentation : l’acide ascorbique est donc une vitamine pour ces organismes.

6.5- Le glycérol et le ribitol


Ce sont des polyalcools acycliques*, qui dérivent respectivement de la réduction du
glycéraldéhyde et du ribose. Outre le fait que le glycérol tienne une place importante dans les
voies métaboliques, il est, avec le ribitol un constituant des acides teichoïques et
lipoteichoïques de la paroi des bactéries Gram +.

Glycérol

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B- ETUDE DES OSIDES

1-Définition

Bien qu’il existe des oses à l’état libre dans les tissus animaux et végétaux, ils sont
généralement soit sous forme condensée avec d’autres sucres : holosides, soit associés avec
d’autres molécules non glucidique : hétérosides.
Selon que ces associations sont de taille modeste ou de grandes taille, on parle
d’oligoholosides (de diholosides jusqu’à une dizaine d’oses), ou de polyholosides (jusqu’à
3000 oses). On distingue également des polyholosides homogènes ou hétérogènes selon
qu’ils sont composés d’un seul type d’oses ou de plusieurs variétés d’oses.
La liaison entre deux oses ou éventuellement une partie aglycone est appelé liaison osidique
(ou glycosidique).

NB : La liaison osidique

La liaison osidique est formée par condensation avec perte d’une molécule d’eau entre l’OH
hémiacétalique d’un ose 1 et :
- Un autre OH (alcoolique ou hémiacétalique) d’un autre ose ou composé hydroxylé
- Un groupement –NH2 ou –SH
La participation de l’OH hémiacétalique d’un ose est obligatoire pour avoir une liaison
osidique. La liaison osidique va bloquer la forme anomère de l’ose engageant son OH
hémiacétalique, dans une conformation : soit α, soit ß.
Les enzymes qui interviennent dans l’hydrolyse de la liaison osidique sont, appelés osidases
et présentent une spécificité du type de liaison (nature de l’ose engageant son OH
hémiacétalique et anomérie α ou ß).

Il existe au moins 20 manières différentes de lier deux aldohexoses A et B en un


disaccharide :

A peut-être lié par son carbone anomérique α ou ß à chacune des fonctions alcool de B.

A et B peuvent être liés par leurs carbones anomériques (liaison oside- oside) selon 4
combinaison configurations : α-α ;α-ß ;ß-ß ;ß-α .

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2 Les oligoholosides
2.1 Les principaux diholosides

Certains diholosides existent à l’état libre : le lactose, le saccharose, le tréhalose, d’autres


proviennent de l’hydrolyse de polyosides. Ils sont issus de la condensation de deux
molécules d’hexoses avec élimination d’une molécule d’eau. Leur formule brute est donc
C12H22O11.

Ils sont classés en fonction de leur pouvoir réducteur, conséquence de la liaison osidique.

2.1.1-Les diholosides réducteurs

Ce sont des diholosides qui possèdent une fonction hémiacétalique libre et qui peuvent se
présenter sous deux formes anomériques en équilibre (mutarotation).

a- Le lactose

C’est le principal glucide présent dans le lait des mammifères à un taux de 5%, soit 50g/L.

Il est formé de glucose et de galactose unis par une liaison osidique de type (ß 1→4).

C’est le ß-D-Galactopyranosyl (1→4) D-glucopyranose

Une ß Galactosidase intestinale ancrée dans la membrane des entérocytes catalyse


l’hydrolyse du lactose en galactose et glucose qui peuvent être absorbés.

b- Le maltose et l’isomaltose

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Le maltose est un produit intermédiaire de l’hydrolyse des polyholosides de réserve
comme l’amidon et le glycogène.il est présent en grande quantité dans l’orge germé ou
malt.

C’est l’α-D- glucopyranosyl (1→4) D-glucopyranose.

L’hydrolyse enzymatique du maltose est catalysée par des α-Glucosidases ou maltases. Elles
sont synthétisées par les cellules intestinales, les levures, les végétaux et par certaines
bactéries.

A côté du maltose il y a l’isomaltose lui aussi produit d’hydrolyse de l’amidon et du


glycogène. C’est l’α-D- glucopyranosyl (1→6) D-glucopyranose.

c- Le cellobiose

C’est un produit de dégradation de la cellulose. Il est très proche du maltose dont il diffère par
la configuration du carbone anomérique du premier glucose en position ß.

Il est formé de 2 glucoses en position ß reliés par une liaison de type (ß 1→4). C’est le

ß-D- glucopyranosyl (1→4) D-glucopyranose.

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2.1.2-Les diholosides non réducteurs
Ce sont des diholosides dans lesquels les deux oses sont engagés par leur fonction
hémiacétalique, ce qui bloque les deux oses dans l’une ou l’autre des 2 formes anomères :

Il n’ya donc pas de pouvoir réducteur pour ces osides. Ces osides présenteront un pouvoir
rotatoire mais pas de mutarotation.

a- Le saccharose

Le saccharose est un sucre très abondant chez les végétaux : c’est une forme de réserve
retrouvée dans les tiges de la canne à sucre ou dans les racines des betteraves.

On le retrouve également dans les fruits et le miel. Il possède un grand pouvoir sucrant, d’où
sa place économique importante.

Ils sont formés de glucose et de fructose unis par une liaison osidique de type (α1→ß2).C’est
l’α-D- glucopyranosyl (1→2) ß-D-fructofuranoside.

L’hydrolyse du saccharose peut être catalysée par 2 enzymes : soit une α-glucosidase, soit
une ß- fructosidase :

- La saccharase intestinale est une α Glucosidase (maltase intestinale = saccharase


intestinale).

- La saccharase des levures par contre est une ß-fructosidase. Cette enzyme est aussi
appelée invertase car les produits d’hydrolyse du saccharose ont un pouvoir rotatoire
inverse de celui du saccharose (le saccharose est dextrogyre et le mélange équimolaire de
glucose et de fructose est lévogyre).

Cette hydrolyse peut être utilisée pour la préparation de sirop de glucose.

b- Le tréhalose

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C’est un diholoside que l’on retrouve dans les champignons, les bactéries ou encore dans
l’hémolymphe des insectes. De nombreuses espèces l’accumulent en réponse à de nombreux
chocs thermiques (froid) ou à la dessiccation. Il est formé de 2 glucoses unis par une liaison
de type (α1→α1). C’est l’α-D-glucopyranosyl (1→1) α-D glucopyranoside.

2.2-Les autres oligoholosides

Il existe d’autres oligoholosides d’intérêt biologique :

- Triholosides dérivés du saccharose :

Gentianose : retrouvé dans la gentiane. C’est le ß-D- glucopyranosyl (1→6) α-D-


glucopyranosyl (1→2) ß-D-fructofuranoside.

Raffinose : présent dans la betterave avec le saccharose et éliminé au cours du raffinage de ce


dernier. C’est l’α-D- galactopyranosyl (1→6) α-D-glucopyranosyl (1→2) ß-D-
fructofuranoside.

- Les α-Galactosides :

Ce sont des oligosaccharides de réserve chez les végétaux, comprenant un ou plusieurs


résidus α-D-Galactopyranosyl liés par des liaisons osidiques de type (α1→6) au résidu
glucose du saccharose.

 Raffinose ;l’α-D- galactopyranosyl (1→6) α-D-glucopyranosyl (1→2) ß-D-


fructofuranoside.

 Stachyose : α-D-Galactopyranosyl (1→6) α-D-Galactopyranosyl (1→6) α-D-


Glucopyranosyl (1→2) ß-D-Fructofuranoside.

 Verbascose : α-D-galactopyranosyl (1→6) α-D-Galactopyranosyl (1→6) α-D-


galactopyranosyl (1→6) α-D-Glucopyranosyl (1→2) ß-D-fructofuranoside.

Les glucides des graines et farines de légumineuse (pois, haricot, soja) contiennent tous, ces
α-Galactosides en proportions variables, le soja en étant le plus riche. Ces oligosaccharides
ne sont pas digérés par l’homme et les animaux supérieurs (qui n’ont pas d’α-
galactosidases). Ces glucides sont dont indigestes pour l’homme et ne sont pas absorbés au
niveau de l’intestin grêle et lorsqu’ils arrivent au niveau du colon, ils sont fermentés par les
microorganismes ce qui peut être à l’origine des désordres intestinaux (flatulences et
diarrhées).

Le raffinose

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3 - Les polyholosides

Ils sont constitués par l’enchainement de quelques dizaines jusqu’à plusieurs milliers de
résidus d’oses. On parle aussi de polysaccharides.

- Ils servent de forme de réserve énergétique glucidique.

- Ils jouent un rôle structural dans certaines cellules (cellulose, chitine).

On distingue les homopolyosides formés d’un seul type d’ose ou dérivés d’oses et les
hétéropolyosides formés d’oses de nature différente.

Les glucanes sont des polymères de D-glucose.

Les galactanes sont des polymères de D- galactose et les Xylanes des polymères de D-
Xylose.

Certains noms sont évocateurs : les chitosanes sont des polymères de D- glucosamine.

3.1 Les homopolysaccharides

3.1.1 Les homopolysaccharides de réserve


a- l’amidon

C’est la principale forme de réserve énergétique glucidique des végétaux. Il est abondant dans
les graines et les tubercules, et peut représenter jusqu’à 60% du poids sec d’un végétal.

L’amidon est formé de 2 polysaccharides : l’amylopectine et l’amylose.

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- L’amylose

Elle représente 15% à 30% de la masse de l’amidon. C’est un polymère linéaire de résidus
glucose (300 à 1000 résidus) reliés par des liaisons osidiques de type (α1→4).

Cette longue chaine prend une forme hélicoïdale à 6 résidus glucose par tour d’hélice,
stabilisée par des liaisons hydrogènes.

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-L’amylopectine

Elle représente 70 à 85% de la masse de l’amidon.

Elle diffère de l’amylose du fait qu’il s’agit d’un polymère ramifié : les résidus glucose sont
associés en chaines linéaires par des liaisons osidiques de type (α1→4) et on observe des
ramifications par branchement entre chaines par des liaisons de type (α 1→6).

Ces ramifications interviennent chaque 20 à 25 résidus.

La totalité de la molécule peut atteindre plus de 40000 résidus glucosidyls.

- Bien que présentant quelques extrémités réductrices, il n’exprime pas de pouvoir


réducteur à cause de la trop faible densité moléculaire de ces extrémités (une fonction
réductrice pour environ 1000 résidus).

- Les amylases (α -amylase : endo α-glucosidase d’origine animale et ß-amylase : exo- α


glucosidase d’origine végétale et bactérienne),enzymes capables d’hydrolyser l’amylose
n’hydrolyse que partiellement l’amylopectine. L’hydrolyse libère du glucose,
l’isomaltose, des dextrines (polysaccharides de longueur intermédiaire).

L’amidon se présente sous la forme d’une poudre blanche.

Bien que très hydrophile (présence de nombreux groupements hydroxyles polaires) il est
insoluble dans l’eau froide : en dessous de 60 °C (obtention de lait d’amidon, suspension
blanche instable).

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Il devient soluble après chauffage au-dessus de 60°C, température à laquelle on obtient la
gélatinisation. Cette propriété est utilisée pour la production d’empois et de colle.

L’amidon est également utilisé en industrie Agroalimentaire comme agent épaississant et


gélifiant (pour les sauces).

La fixation de l’iode (eau iodée ou lugol) sur les hélices d’amylose colore l’amidon en bleu

(Caractérisation de l’amidon).

Cette coloration disparait après chauffage de l’amidon (destruction de la structure hélicoïdale


par destruction des liaisons hydrogènes).

b- Le glycogène

C’est la principale forme de réserve énergétique glucidique des animaux(dans les hépatocytes
et les muscles). On en retrouve également chez certaines bactéries, algues et levures.

Sa structure est très proche de celle de l’amylopectine avec les différences suivantes :

- le nombre de résidus est plus important que dans l’amylopectine (60000) ;

- les branchements ont lieu tous les 8 à 12 résidus et même de 3 à 5 au centre de la molécule
(plus ramifié, plus compacte et plus buissonnante) ;

- la longueur moyenne des chaines ramifiées est plus courte.

c- L’inuline (fructanes)

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De la famille des fructanes, c’est un polymère de ß-D-fructofuranose de 30 à 100 unités liés
par des liaisons osidiques de type (ß 2→1) trouvé chez certains végétaux (dahlias, artichauts,
topinambours,). Elles sont le plus souvent terminées par une unité glucose correspondant à la
molécule de saccharose, accepteur initial qui constitue le bout de la chaîne.

Les inulines (fructanes) sont des fibres alimentaires solubles non digérées par l’Homme, mais
qui peuvent être fermentées préférentiellement par certaines composantes de la flore
intestinale bénéfique comme les Bifidobactéries. Les fructanes de faible degré de
polymérisation (DP), qui ont un goût sucré, constituent des édulcorants naturels de faible
indice glycémique.

3-1-2 Homopolysaccharides de structure


a- La cellulose

C’est la biomolécule la plus importante en masse à la surface du globe terrestre et elle


contiendrait la moitié du carbone disponible sur la terre.

Elle présente un intérêt industriel important : elle est très utilisée sans grande transformation
sous forme de papier, coton…

C’est un polymère de résidus glucose (environ 200 résidus) reliés par des liaisons osidiques
de type (ß 1→4). → (D-glucopyranosyl (1→4)) n.

L’hydrolyse chimique en milieu acide et à chaud est très difficile à réaliser car la cellulose
résiste à la plupart de produits chimiques. Cela est réalisée en milieu acide sulfurique très
concentré et à ébullition prolongée.

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Les cellulases ou ß-glucosidases l’hydrolysent en cellobiose qui sera hydrolysé en D-glucose
par la cellobiase. Ces enzymes sont très peu répandues et sont présentes chez les insectes
xylophages, les escargots, certaines bactéries dites cellulolytiques (bactéries de la panse des
ruminants) et absentes chez l’homme.

La cellulose joue cependant un rôle dans la digestion, comme fibre alimentaire (ou
« indigestible glucidique »).

Les fibres alimentaires jouent un rôle important dans le transit intestinal car elles augmentent
la consistance des sels grâce à leur pouvoir d’absorption d’eau. Ce qui stimule les contractions
de l’intestin et favorise l’activité bactérienne dans le colon. La carence en fibre peut conduire
à des troubles intestinaux.

b- La chitine

Elle diffère de la cellulose par le C2 du glucose dont le groupement hydroxyle est remplacé
par un groupement acétylamine. C’est un polymère de résidus N- acétyl –D-glucosamine
reliés par des liaisons osidiques (ß 1→4). On le retrouve dans le squelette extérieur des
invertébrés (crustacés, mollusques, insectes).

3.2 Les hétéropolysaccharides

Polymères de 2 ou plusieurs oses ou dérivés d’oses de nature différente. Les araboxylannes


sont des polymères mixtes de xylose et d’arabinose. Le même principe s’applique pour classer
les galactoarabanes, les galactomanannes etc…

Les hétéropolysaccharides sont généralement formés de quelques types de monosaccharides


qui se suivent en séquence selon un schéma répétitif.

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Exemples :

- Les polyholosides hétérogènes formés à partir de plusieurs types d’oses ou dérivés d’oses
(souvent limité à 2 types) :
 Gomme : sécrétion des « gommiers » comme les acacias (galactoarabanes très
ramifiés).
 Agarose ou agar-agar : extrait d’algues rouges (polyoside complexe de D et L-
galactose sulfaté) très utilisé en microbiologie pour la préparation de milieux de
culture gélifiés.
 Carraghénates : extraits d’algues utilisés comme épaississants et gélifiants en
industrie agroalimentaire (polymère d’unités diosidique de galactose sulfaté
appelé carrabiose).
 Polyuronide : polymère d’acide uronique
→ alginates : extrait d’algue brune (polymère d’acide β-D-Mannuronique et de β
L-guluronique).
→ Polymère d’unités d’esters méthyliques de l’acide D-galacturonique liés par
des liaisons de type β (1→4) constituant majeur de la pectine.

Les hétéropolysaccharides sont généralement utilisés comme additifs alimentaires pour leur
rôle d’agent de texture. Ce sont en effet des hydrocolloïdes, présentant un pouvoir
épaississant.

4-Les Hétérosides

On regroupe sous ce nom des molécules résultant de l’association covalente de glucides avec
d’autres types de molécules et on les désigne très souvent sous le terme de glycoconjugués :

- Les glycolipides : polyosides liés à des lipides.

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- Les protéoglycannes(PG) : polyosides très longs (lesglycosaminoglycanes ou GAG)
associés à une protéine en restant très majoritaires ( ˃ 90%).
- Lesglycoprotéines (GP) : protéines portant des chaines glucidiques courtes (1 à 20 %).
- Les peptidoglycanes : polyosides associés à de très nombreux petits peptides.
- Les Protéines glyquées : produits de la fixation chimique d’une unité de glucose.
L’hyperglycémie du diabète insulinodépendant favorise la fixation de cet ose sur les
protéines plasmatiques (marqueur du diabète).
- Les glycoprotéines des groupes sanguins ABO

CHAPITRE II : PROPRIETES ET STRUCTURES DES LIPIDES

1. Définition

Alors que la plupart des familles de molécules de base du monde vivant, sont définies par
leurs structures chimiques, les lipides (du grec lipos, graisse) sont caractérisés par une
propriété physique : la solubilité. Ce sont des composés à solubilité nulle ou faible dans l'eau

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mais par contre élevée dans les solvants organiques non polaires (méthanol, chloroforme,
cyclohexane, éther éthylique, acétone…).

Les termes d'huiles, beurres, graisses, cires ne désignent que leur état physique liquide ou
solide à la température ambiante.

Les lipides possèdent plusieurs fonctions biologiques.

Exemple :

Fonction énergétique : Chez les vertébrés les lipides fournissent environ 30-35% de l'énergie
lorsqu'ils sont soumis à un régime normal.1g de lipide fournit 9kcal.

Rôle structural : Les lipides représentent environ 20 % du poids du corps. Les membranes
cellulaires ont une structure lipidique.
Rôle protecteur : Ils ont un rôle de protecteur à la surface de la peau, des organes vitaux
comme le cœur, les reins.

Fonction hormonale et vitaminique.


Ils ont un rôle de précurseurs : stéroïdes, vitamines A, D, K, E, prostaglandines.
Certains acides gras polyinsaturés sont des facteurs nutritionnels essentiels car ils ne sont pas
synthétisés par l’organisme et doivent lui être apportés par l’alimentation. Ce sont des acides
gras indispensables : acide linoléique et acide linolénique.

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2-Classification

On les subdivise en deux (2) grands groupes.

 Lipides saponifiables ou Les lipides vrais

Ils résultent de la condensation d'acides "gras" avec des alcools par une liaison ester ou amide,
et on les subdivise en :

a- Les Glycérolipides

Dans ces lipides, l’alcool est le glycérol. On les divise en :

- glycérides ou acylglycérols (lipides simple) ;

- phosphoglycérides ou glycérophospholipides (lipide complexe).

b- les sphingolipides (lipide complexe)

Dans ces lipides l’alcool est la sphingosine (alcool aminé insaturé à 18 carbones). On a dans
ce groupe :

- les sphingophospholipides

- les glycosphingolipides

c- les cires

Ce sont des esters d’acides gras et d’alcool aliphatiques ou cycliques. On a :

- cérides : les alcools sont à longue chaîne carbonée (alcools gras)

- stérides : l'alcool est un stérol (alcool polycyclique) Les cires.

NB : Les lipides simples sont des molécules ternaires contenant C, H, O. Les lipides
complexes contiennent en plus des précédents du phosphore, de l'azote, du soufre ou des oses.

 Lipides insaponifiables ou Les composés à caractère lipidique (lipoïdes)

Ils ne contiennent pas d’acides gras. On a les :

- les Terpènes

- les Stéroïdes

 Les associations de lipides et les lipides conjugués

Les lipides participent à des édifices supramoléculaires non covalents qui incluent des
protéines. Dans quelques cas, des protéines peuvent avoir une fraction lipidique liée de
manière covalente.

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I- Les lipides vrais ou lipides saponifiables 

Ils résultent de la condensation d'acides "gras" avec des alcools par liaison ester ou amide.

A. Études des acides gras

1- Structures et propriétés des acides gras

Les acides gras sont des acides carboxyliques R-COOH dont le radical R est une chaîne
aliphatique de type hydrocarbure de longueur variable qui donne à la molécule son caractère
hydrophobe (gras).

La grande majorité des acides gras naturels présentent les caractères communs suivants :

- monocarboxylique

- chaîne linéaire avec un nombre pair de carbones

- saturés ou en partie insaturés avec un nombre de double liaisons maximal de 6.

On distingue :

- les acides gras saturés

-les acides gras insaturés

- les acides gras atypiques (acides gras hydroxylés, les acides gras cycliques…)

1.1. Structures des acides gras saturés

Les acides gras saturés ne possèdent ni double ou triple liaison dans leur structure. Leur
formule générale semi- développée et brute sont respectivement [CH 3-(CH2)n-2 -COOH] et
CnH2nO2.Avec n = nombre total d’atome de carbone.
Des dénominations parallèles coexistent, la nomenclature systématique s'efface souvent
devant les noms d'usage.
Pour les acides gras saturés :

- le nom systématique s'écrit :Acide n- [nC] an oïque

-n : indique que l'acide gras est normal (chaîne non branchée)

- [nC] : nombre de carbones

- an : indique que la chaîne est saturée

- le symbole est Cn:0 (0 indique que la chaîne est saturée)

Une série continue d'acides gras de nombre de carbones pair (4 à plus de 30) a été isolée des
lipides de source animale, végétale et microbienne.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 46


Voici par exemple :

Acide palmitique ou acide n-hexadécanoïque

Tableau 1: les acides gras saturés

Longueur nC Nom systématique Nom courant de


relative l’acide
4 n-butanoïque Butyrique
Chaines courtes 6 n- hexanoïque Caproïque Beurre
8 n- octanoïque Caprylique Lait de vaches
10 n- décanoïque Caprique
12 n-dodécanoïque Laurique (laurier)
Chaines 14 n-tétradécanoïque Myristique (muscade) Huiles,
moyennes 16 n-hexadécanoïque Palmitique (palmier) graisses
18 n- octadécanoïque Stéarique (suif) animaleset
végétales
20 n- éicosanoïque Arachidique
Longues chaines 22 n- docosanoïque Béhénique Graines
Carbonées 24 n- tétracosanoïque Lignocérique
26 n-hexacosanoïque Cérotique Cires des
28 n-octacosanoïque Montanique plantes,
30 n-triacontanoïque Mélissique bactéries,
32 n- dotriacontanoïque Lacéroïque insectes

Pour les plantes supérieures et les animaux, les acides gras les plus communs ont entre 14 et
20 carbones, avec une nette prédominance de ceux à 16 ou 18 carbones.

Les acides gras dont le nombre de carbones est supérieur à 24, sont essentiellement des
composants des cires protectrices fabriquées par des plantes, des bactéries et des insectes.

1.2. Structure des acides gras insaturés

Leur formule générale est CnH2n-XO2 avec X=2n’’ ou n’’ est le nombre de double liaison de
l’acide gras. Ils représentent plus de la moitié des acides gras des plantes et des animaux, ils
possèdent :

- une double liaison : acides monoéniques ou monoinsaturés

- ou plusieurs doubles liaisons : ils sont polyéniques ou polyinsaturés

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En règle générale :

- la première, ou la seule, double liaison est établie entre les C9 et les C10

- La présence d’une double liaison dans un acide gras entraîne :


 une isomérie cis-trans. Les acides gras naturels sont cis ;
 une isomérie de position : les doubles liaisons multiples ne sont pas conjuguées mais
séparées par un groupe méthylène, ce qui les place, par exemple, en ∆9, ∆12, ∆15…

Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut s’exprimer :
- soit en partant du carboxyle (1er carbone) ; le symbole est Δ.
 le symbole est Cn: m∆ (p, p'.)
 Cn : nombre de carbones
 m∆ : nombre de doubles liaisons
 (p, p'…) : positions des doubles liaisons en numérotation normale
- soit en partant du méthyle (dernier carbone) ; le symbole est oméga ω. En médecine
clinique et en biologie, la désignation des acides gras insaturés la plus courante est
celle qui fait appel au symbole oméga (ω).

a) Les acides gras monoinsaturés

L’acide oléique C18 : 1 ω9


L’acide oléique possède 18C, une double liaison en oméga 9 (ω9) ce qui s’écrit C18 :1 ω9 ou
C18 :∆9

C’est un acide gras très abondant dans les graisses végétales et animales.

b) Les acides gras polyinsaturés


1. Famille linoléique (ω6)
• Acide linoléique C18 : 2 ω6,9
L’acide linoléique est un acide gras indispensable (besoins quotidiens : 3-4 g).
C’est un acide gras en C18 avec 2 doubles liaisons (ω6, 9)

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Il conduit par voie enzymatique à l’acide arachidonique dans l’organisme.
• Acide arachidonique C20 : 4 ω6,9,12,15
Il possède 4 doubles liaisons en ω6, 9, 12, 15
L’acide linoléique donne naissance dans l’organisme à l’acide arachidonique à 20 C et
4doubles liaisons. En l’absence d’acide linoléique dans l’alimentation, l’acide
arachidoniquedevient indispensable.

2.Famille linolénique (ω3)


• Acide α linolénique C18 : 3 ω3, 6, 9
Il possède 3 doubles liaisons en ω3, 6, 9

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Tableau 2  : Classification des acides gras insaturé

nC Nom systématique Nom courant Symbole Famill Source


e
16 Cis-9-hexadécanoïque palmitoléique C16 :1∆9 très répandu
Cis-9- octadécénoïque oléique C18 : 1∆9 ω9 très répandu

Cis-11- vaccénique C18 :1 ∆11 ω7 bactérie


octadécénoïque
18 graines
Cis,cis-9-12 linoléique C18 :2 ∆ 9,12 ω6
octadécadiénoïque
linolénique C18 :3 ∆ 9,12,15 ω3 graines
Tout cis -9-12-15
octadécatriénoïque
20 tout cis 5-8-11-14 arachidonique C20 :4 ∆ 5,8,11,14 Animaux
éicosatétraénoïque C20 :5 ∆5, 8, 11, 14,17

tout cis 5-8-11-14-17 EPA Huiles de


éicosapentaénoïque poissons

24 Cis-15- tétracosénoïque Nervonique C24 :1 ∆15 Cerveau

EPA : abréviation de Acide EicosaPentaénoïque

1.2. Propriétés physico-chimiques des acides gras

1.2.1 Propriétés physiques

a) Solubilité
La solubilité des acides gras varie selon deux paramètres : la longueur de lachaine carbonée et
la présence ou non d’une ou plusieurs doubles liaisons.
Les acides gras à longue chaines sont insolubles dans l’eau cependant leurs sels alcalins (Na+,
K +) sont solubles dans l’eau. Les acides gras à courte chaines comme l’acide butyrique
(moins de six carbones) sont solubles dans l’eau.

Les acides gras insolubles dans l’eau s’organisent dans l’eau :


- soit en film moléculaire (mono ou bicouche, ou multicouche) à l'interface eau-air ;

- soit en micelles (émulsion).

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Les acides gras sont solubles dans des solvants organiques. Cette solubilité augmente avec le
nombre d’atomes de carbones et le nombre de doubles liaisons, donc la solubilité des acides
gras éthyléniques est supérieure à celle des acides gras saturés.

b) Le point de fusion
Fusion : Passage d’un corps solide à l’état liquide.
• augmente avec le nombre de carbone.
• diminue quand le nombre de doubles liaisons augmente.

Les acides gras saturés sont liquides à 20° C si n <10 C et solides si n ≥ 10 C à la température
ambiante. Les acides gras insaturés sont liquides à la température ambiante.

Exemple :
Acide stéarique C18 : 0, point de fusion (P.F) = 69,5°.
Acide oléique C18 : 1∆9, point de fusion (P.F) = 13,4°.

C18:0 = 69.6°C C18:1Δ9 = 44°C (Trans) forme Cis = 13.4°C

C18:2Δ9,12 = ‐5°C (Cis) C18 :3Δ9,12,15 = ‐11°C

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Point de fusion des différents acides gras saturés

c) Point d’ébullition

Ébullition : Phénomène qui accompagne le passage d’un corps de l’état liquide à l’état
gazeux.
Le point d’ébullition est d’autant plus élevé que la chaine carbonée est longue, la présence de
doubles liaisons est pratiquement sans influence.

Exemple : Acide myristiqueC14 point d’ébullition (P.E) = 127° C.


Acide oléique C18 : 1∆9 point d’ébullition (P.E) = 165°C.
Acide Stéarique C18 : 0, point d’ébullition (P.E) = 166°C.

d) Propriétés spectrales
Ces propriétés spectrales sont utilisées pour le dosage des acides gras.
A l’état pur, les acides gras sont incolores et on remarque que les A.G éthyléniques à doubles
liaisons conjuguée ont un spectre tout à fait caractéristique dans l’UV (Le maximum
d’absorption dépend du nombre de doubles liaisons conjuguées).
Les A.G éthyléniques à doubles liaisons en position malonique n’ont pas un spectre
caractéristique dans l’UV.
Cependant par chauffage à 180°C pendant une heure en présence de potasse alcoolique, on
transforme les A.G éthyléniques à doubles liaisons en position malonique en leurs isomères à
doubles liaisons conjuguée (Migration des doubles liaisons).

1.2.2 Propriétés chimiques

a) Réactions dues au groupe carboxyle

Dans les lipides, ce groupement est rarement libre. Le pKa du groupe est d'environ 4,75 à
25°C. L'acidité libre des lipides est dosable à froid par une base forte (NaOH ou KOH) : elle
sert de marqueur de la dégradation des corps gras en contrôle alimentaire.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 52


On détermine l’indice d’acide qui est la masse de KOH nécessaire pour neutraliser l’acidité
libre contenu dans 1 g de matière grasse.

56∗1000∗na
Pour une mole de matière grasse on a Ia=
M

Avec na = nombre de fonction acide libre ; 56 = masse molaire du KOH

M = Masse molaire de l’acide gras

R- COOH + KOH RCOO-, K+ + H2O

Acide gras libre savon

mKoH (mg)
D’une manière générale on exprime : Ia=
masse(MG)(g)

Suite à un dosage direct des acides libres de la matière grasse à froid par le KOH, on calcule :

CKOH ∗VKOH∗56
Ia=
masse ( MG ) ( g)

Avec : CKOH = concentration molaire de KOH

VKOH = la chute de burette en mL

Masse MG = la masse de la matière grasse dosée (prise d’essai)

Formation de sels de sodium ou potassium


Sels de sodium et de potassium des acides gras sont des savons qui ont des propriétés
moussantes, mouillantes et émulsionnantes. Dans l’eau les savons se dissocient en
Na+ + R-COO-
On les obtient par traitement alcalin des lipides : la saponification.

R-COOH + KOH RCOO-, K+ + H2O

Acide gras libre savon

L’anion a 2 pôles

R COO-

Hydrophobe Hydrophile
Ces molécules appelées amphiphiles ou amphipathiques, sont tensioactives : elles abaissent la
tension superficielle de l’eau d’où leurs propriétés.

On peut citer les réactions d’amidation et d’estérification des acides gras.

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BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 54
b) Réactions dues à la présence des doubles liaisons
 L'addition d'halogènes

C'est un procédé de routine d'évaluation de l'insaturation d'un acide gras par addition d'iode
dans des conditions particulières qui évitent les substitutions (catalyseur, obscurité). On
détermine l’indice d’iode (Ii).

L’indice d’iode exprime le degré d’insaturation d’un corps gras : c’est la masse d’iode,
exprimée en gramme, qui se fixe lors d’une réaction d’addition sur 100 g de corps gras.

R- CH=CH - R’ + ICl R - CHI-CHCl -R’

254∗100∗n ' '


Ii=
M

avec n’’ = nombre de double liaison. 254 = Masse molaire du diiode (2xMI).

 L'hydrogénation (double liaison)

Ce procédé est utilisé pour transformer des huiles comestibles d'acides gras insaturés en
margarine qui est composée d'acides gras saturés qui sont solides à la température ambiante et
qui de plus ne s'oxydent pas. Ce procédé utilise le dihydrogène et se fait en présence de
catalyseurs.

L’Intérêt de cette technique est qu’elle permet de stabiliser les huiles vis-à-vis de l’auto-
oxydation et de produire des margarines.

L’inconvénient est que ce procédé diminue la valeur nutritionnelle des huiles (baisse du taux
d’acides gras essentiels) et fait apparaitre des isomères d’acides gras essentiels indésirés.

 L'oxydation chimique

Les oxydants puissants (ozone, ion permanganate en milieu alcalin) provoquent la scission de
la molécule d'un acide gras insaturé en mono et diacides :

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On obtient autant de diacides qu’il ya de double liaison dans l’acide gras.

- L'auto-oxydation des huiles et des graisses à l'air libre a pour résultat :

 le rancissement qui produit des peroxydes puis, par rupture de la chaîne, des aldéhydes
responsables de l'odeur, et des acides (tous toxiques).

 la siccativité : des huiles polyinsaturées comme l'huile de lin, par fixation du dioxygène,
se polymérisent en vernis et solides imperméables. Cette polymérisation est à la base de la
fabrication des peintures à huile.

Remarques
 Plus le nombre de double liaison est élevé, plus l’autoxydation n’est rapide.
 Certaines huiles contiennent de la vitamine E : antioxydant naturel.
 On peut éviter ce processus par l’emploi d’antioxydants (conservation).

- L'oxydation biologique

Les lipides insaturés des membranes subissent une dégradation lors d'agression oxydative
(irradiation ultra-violette, espèces réactives de l'oxygène comme les peroxydes ou les radicaux
libres). La vitamine E, composé terpénique, a un effet protecteur contre cette dégradation.
(Agent antioxydant)

-L’oxydation enzymatique intracellulaire de l’acide arachidonique par la cyclooxygénase


(cyclisation + oxydation) conduit aux prostaglandines, leucotriènes et tromboxanes qui sont
des médiateurs très actifs, très rapidement dégradés.

• Action biologique des prostaglandines. Elles interviennent :


— dans la contraction des muscles lisses (intestin, utérus, vaisseaux) ;
— dans la régulation des métabolismes ;
— dans l’agrégation plaquettaire. L’inhibition de la cyclooxygénase des plaquettes par
l’aspirine est utile en thérapeutique (antiagrégant plaquettaire).

B. Études des Glycérolipides

1. Les acylglycérols ou glycérides

1.1. Définition et structure.

Ce sont des esters d’Acides Gras et de Glycérol.

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Le glycérol est un triol, il pourra donc par estérification avec des acides gras donner des
monoesters (monoacylglycérols ou encore monoglycérides), des diesters (diacylglycérol ou
encore diglycéride), et des triesters (triacylglycérols ou triglycéride). Lorsque les molécules
d'acides gras constituant le di ou triester sont identiques, on parlera de diglycéride ou
triglycéride homogènes, dans le cas contraire on a des diglycérides ou des triglycérides
mixtes.
Ce sont les lipides naturels les plus nombreux, présents dans le tissu adipeux (graisses de
réserve) et dans de nombreuses huiles végétales. Ils représentent une réserve énergétique
importante Chez l’homme.
Ils sont solubles dans l’acétone ce qui les différencie des phospholipides

Nomenclature
La nomenclature doit permettre d'écrire la formule développée d'un glycéride sans ambiguïté :

Pour les α-monoacylglycérols, les αβ-diacylglycérols ou les diglycérides mixtes ou encore les
triacylglycérols mixtes, le carbone C2 (ou β) du squelette du glycérol devient un carbone
chiral. Pour les triacylglycérols (TAG), la nomenclature adoptée est celle du système
numérotation stéréospécifique (sn), sachant que la configuration des TAG mixtes naturels
peut être rattachée à la configuration du L-glycéraldéhyde :

 on considère le glycérol comme dérivant du L-glycéraldéhyde

 la formule du TAG est écrite en sachant que l'OH secondaire est à gauche en
projection de Fisher

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 on numérote le squelette du glycérol de haut en bas

 on décline les groupements acyles précédés du numéro du carbone du squelette du


glycérol sur lequel a lieu la liaison ester, suivi de glycérol

Exemple : Le triglycéride 1 palmityl-2,3 dioléyl glycérol

1.2 Propriétés physiques

La propriété physique dominante est le caractère complètement apolaire des acylglycérols


naturels, essentiellement des triacylglycérols. Les groupes polaires (hydroxyle ou carboxyle)
disparaissent dans les liaisons esters.

-Ils sont insolubles dans l'eau et très solubles dans les solvants les plus apolaires comme
l'acétone.

-Agités dans l'eau, ils forment des émulsions très instables qui se transforment en système
biphasique. Les tensioactifs, comme les savons, les dispersent et stabilisent ces émulsions où
les TAG se mettent en suspension sous forme de micelles.

1.3 Propriétés chimiques

Elles sont celles des chaînes d'acides gras et celles des esters :

 L'hydrolyse chimique

Le traitement acide libère les constituants : les acides gras et du glycérol mais en général de
façon incomplète.

 Alcoolyse

Le traitement des glycérides par un alcool (généralement le méthanol ou l’éthanol) en milieu


chlorhydrique et à chaud donne des esters méthyliques ou éthyliques d’acide gras.

L’étude chromatographique de ces esters (plus volatils) par chromatographie en phase


gazeuse permet l’identification des acides gras d’une matière grasse.

 L'hydrolyse enzymatique

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 58


Des lipases hydrolysent les TAG avec différentes spécificités. Par exemple, la lipase
pancréatique les hydrolyse par étape et ce en émulsion (sels biliaires présents dans l'intestin)
et en présence d'un facteur protéique la colipase. Un TAG est hydrolysé en diglycéride avec
libération d'un acide gras et le diglycérides en 2-monoacylglycérol et un acide gras qui sont
absorbés par l'intestin.

 La saponification

Les bases en solution alcoolique (hydroxyde de sodium ou de potassium) et à chaud coupent


les liaisons esters des glycérides en libérant les acides gras sous leurs formes de sels de
sodium (savons durs) ou de potassium (savons mous).Cette réaction peut aussi servir à :

- doser la fraction non saponifiable d'un extrait lipidique qui contient les lipides non acides et
non esters (hydrocarbures, isoprénoïdes…) ;

- déduire un indice de saponification défini comme la masse de KOH (en mg) nécessaire
pour saponifier (neutraliser les acides libres et saponifier les esters) une masse de 1g de
corps gras.

Is = avec n’= nombre de liaison ester ; n = nombre de


faction acide libre

Et M = la masse molaire de la matière grasse

2. Les glycérophospholipides

Ce sont les lipides les plus nombreux et les plus représentés qui sont construits à partir du
squelette d'un monoester du glycérol.

2.1. Structure

Le squelette : les acides phosphatidiques

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 59


Les acides phosphatidiques n'existent que très rarement à l'état naturel, ce sont leurs dérivés,
où une fonction acide de l'acide phosphorique est estérifiée par un alcool, que l'on trouve.

La formule
générale des

glycérophospholipides est :

2.2 Classification des glycérophospholipides

La classification se fait en fonction de la nature de l’alcool supplémentaire XOH :

Tableau 3 : Classification des glycérophospholipides

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 60


Les noms d'usage évoquent en général l'origine de leur première caractérisation :

- lécithine : (racine grecque : jaune d'œuf)

- céphalines : présence dans le tissu cérébral

- cardiolipides : isolé du muscle cardiaque

Les glycérophospholipides sont présents chez les animaux, les plantes et microorganismes
dont l'importance d'abondance est par ordre décroissant : les lécithines, les céphalines, et les
inositides. Pour chaque groupe, le nombre de molécules différentes est très important, on
compte jusqu'à 20 phosphatidylcholines différentes dans les hématies humaines et jusqu'à une
centaine pour les lipides du lait.

Malgré cette diversité, la plupart du temps, les deux acides gras sont différents avec :

- sur le C1, un acide gras saturé à 16 ou 18 carbones

- sur le C2, un acide monoinsaturé ou polyinsaturé

2.3. Les propriétés chimiques des glycérophospholipides

2.3.1. Hydrolyse alcaline


a) Faible
En milieu faiblement alcalin, il y a libération des acides gras sous forme de savon mais le
squelette glycérol acide phosphorique demeure intact.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 61


b) Forte
L’alcool est libéré mais le glycérol subsiste, la liaison phopho-ester entre l’acide
phosphorique et le glycérol n’est pas rompu, résiste à l’hydrolyse alcaline. Mais elle peut être
rompu par hydrolyse acide à chaud.
L’hydrolyse acide est réalisée en milieu acide (H2SO4 à 5℅) pour la fabrication des savons, et
des bougies.

 La saponification complète d’une mole de glycérophospholipide nécessite 5 moles de


KOH

2.3.2 Hydrolyse enzymatique

Dans le duodénum, elle est le fait de la lipase pancréatique dont l’action est augmentée par les
sels biliaires. Elle est assurée par des phospholipases ou lécithinases selon le schéma suivant :

PLA1 est présent chez les champignons ; PLA2 est présent dans les venins de serpents et de
scorpions ; PLC est présent dans les toxines bactériennes et virales et PLD dans les végétaux
tels que les chou et carottes.

L’action de PLA2 conduit à la formation de lysophospholipides qui perturbent la perméabilité


des membranes des hématies, ce qui entraine des hémolyses.

Il existe une phospholipase B qui a à la fois l’action A1 et A2.

2.4.-Les propriétés physiques des glycérophospholipides

Les glycérophospholipides sont des corps amphiphiles :

- une tête polaire et ionisée : le phosphoglycérol substitué

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 62


- une partie apolaire : les deux queues constituées par les chaînes hydrocarbonées des
acides gras.

Ils auront donc une affinité pour les milieux hydrophobes par l'extrémité apolaire et une
affinité pour les milieux hydrophiles par l'autre extrémité polaire.

A pH 7, ils possèdent une charge négative (-) au niveau du groupement phosphoryle (pHi du
groupement phosphoryle=4,7). Ils possèdent également une charge positive (+) au niveau du
groupement aminé. Enfin ils possèdent une charge négative (-) au niveau du carboxyle
lorsqu’il existe (phosphatidylsérine). Ce sont des composés amphipathiques.

- ils sont solubles dans des mélanges de solvants organiques (chloroforme (apolaire) +
méthanol (plus polaire), mais insolubles dans l'acétone.

- leur solubilité dans l'eau est très limitée, ils s'organisent en micelles ou en couches
(bicouche lipidique sphérique) dont la face externe est hydrophile ainsi que la face interne.

Cette organisation joue un rôle fondamental dans la constitution des membranes biologiques.

C- Étude des Sphingolipides

Ce sont des amides de la sphingosine qui se forment par liaison du carboxyle de l’AG sur le
-NH2de la sphingosine (dialcool aminé de 18 carbones) :

Origine : tissus nerveux, nerf, moelles


épinières. On les subdivise en deux
grands groupes qui sont les
Les Sphingomyélines (ou
sphingophospholipides).et les
glycosphingolipides. Tous les
sphingolipides ont dans leur structure une céramide.

1. Acylsphingosine ou Céramide
Le plus simple des sphingolipides est le céramide ou acylsphingosine. L’acide gras est saturé
et à longue chaîne.

Liaison amide
BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 63
Le Céramide est un second messager intracellulaire.
2. Les Sphingomyélines
• Elles sont constituées de l’association : Sphingosine + AG + Phosphorylcholine

• L’acide gras le plus fréquent est l’acide lignocérique (C24 : O).


• Au pH du sang, la molécule est ionisée.
• On les trouve dans le tissu nerveux (gaines de myéline) et dans les membranes.
•La déficience en sphingomyélinase entraîne leur accumulation dans le cerveau, la rate et le
foie.

3. Les Glycosphingolipides
Ce sont des sphingolipides qui ne comportent pas de phosphore, on trouve dans leur structure
un ou plusieurs oses ou dérivés d’oses.
a. Cérébrogalactosides ou Galactosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + βD Galactose
• Le galactose est uni à l’alcool primaire de la sphingosine par une liaison β osidique
b. Les Cérébroglucides ou Glucosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + βD Glucose
La liaison est β osidique.
c. Les Gangliosides ou Oligosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + chaîne de plusieurs oses et dérivés d’oses (= oligoside)
Ils sont abondants dans les ganglions d’où leur nom. Ces oligosides sont présents sur la face
externe de la membrane plasmique. Ils sont spécifiques, donc reconnus par des protéines
(toxines bactériennes, lectines).
Exemple : antigènes des groupes sanguins.

D- Etude des cires

1- Les cérides

Ils doivent leur nom générique au fait qu'ils sont les principaux constituants des cires
animales, végétales et bactériennes.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 64


Les cérides sont des monoesters d'acides gras et d'alcools aliphatiques à longue chaîne qui
sont en général des alcools primaires, à nombre pair de carbones, saturés et non ramifiés.

La composition des cires est relativement complexe, elles contiennent à côté de différents
cérides, des alcools et acides gras libres et souvent des hydrocarbures saturés à longue chaîne.

-le blanc de baleine est un mélange de triacylglycérols insaturés et d'une cire simple constitué
à plus de 90% de palmitate de cétyle.

-la cire d'abeille de composition complexe est riche en palmitate de céryle (1-hexaicosanol
(26 carbones)) et de myricycle (1-triacontanol (30 carbones)).

-les cires des parois bactériennes sont des acides mycoliques estérifiés par des alcools à
longue chaîne (icosanol 20 carbones) ou des hydroxyles d'osides.

 Propriétés

La structure à deux longues chaînes carbonées saturées fait des cérides des composés :

- à température de fusion élevée (60 à 100°C) et solides à température ordinaire

- à très forte insolubilité dans l'eau (très apolaires) : ils sont seulement solubles à chaud dans
les solvants organiques

- inertes chimiquement : ils résistent aux acides et à la plupart des réactifs et sont difficilement
saponifiables.

 Rôles biologiques

Les propriétés énumérées dans le paragraphe précédent en font des molécules essentielles des
"revêtements" de protection des organismes vivants :

- enduit imperméabilisant les plumes d'oiseaux aquatiques. On les trouve aussi dans la peau
des animaux marins et dans les fourrures

- cuticule des feuilles brillantes (houx, carnauba, palmier américain…)

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 65


- pellicule de fruits qui a un rôle de prévention contre l'évaporation, le développement de
moisissures et l'infection par des parasites

- paroi résistante de bacilles

Ils peuvent quelquefois constituer des réserves énergétiques comme dans le cas du plancton
marin. Les animaux supérieurs et l'homme ne métabolisent pas les cires, seuls les insectes en
sont capables.

 Autres

De la cire d'abeille à l'huile de Jojoba, ces cérides sont utilisés comme bases des lotions,
onguents, pommades, crèmes, fards et aussi dans les enduits et encaustiques.

4.2- Les stérides

Ils résultent de l'estérification d'acides gras par des stérols.

- Les tissus d'animaux contiennent peu d'acylcholestérols au contraire du plasma qui contient
une forme estérifiée par des acides gras à 16 ou 18C qui représente les 3/4 du cholestérol
total. Le cholestérol et ses formes estérifiées sont transportés avec les autres lipides sous la
forme d'associations non covalentes : les lipoprotéines.

Les esters de cholestérol alimentaire sont hydrolysés par une cholestérolester hydrolase du suc
pancréatique.

- La lanoline, graisse qui gaine les fibres de kératine de la laine, est un mélange complexe de
triterpènes, de cérides, de stérols et de leurs esters (36 acides gras et 33 alcools gras ont été
identifiés). Sa capacité exceptionnelle à fixer l'eau (le tiers de sa masse) est utilisée en
dermatologie et dans les produits cosmétiques.

II.LES LIPIDES INSAPONIFIABLES

Les composés naturels dépourvus d'acides gras, trait commun des lipides vrais, mais qui leur
sont apparentés par leurs propriétés physiques et en particulier leur solubilité, sont dits
composés à caractère lipidique :

A- Étude des terpènes

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Ce sont des hydrocarbures responsables du parfum caractéristique de chaque plante. Ils
résultent de la polymérisation d’un hydrocarbure insaturé qui comporte 5 carbones et qu’on
appelle isoprène ou méthyl-2 buta-1,3-diène.

CH2¿C-CH=CH2 isoprène

CH3

En principe le suffixe terpène désigne le dimère diisopentène.

- les monoterpènes sont trouvés dans les essences

- les sesquiterpènes (n=1,5) sont trouvés dans les fractions lourdes d'essence et huiles
essentielles mais aussi dans les hormones d'insectes et dans la prénylation des protéines

- les diterpènes (n=2) sont trouvés chez les végétaux dans les résines, les hormones et chez les
animaux dans les composants des vitamines liposolubles A1 et A2.

- les triterpènes (n=3) sont des constituants de revêtements chez les végétaux et le précurseur
du cholestérol chez les animaux(le squalène).

- les tétraterpènes (n=4) forment la famille des carotènes et des xanthophylles chez les
végétaux et sont les précurseurs de la vitamine A chez les animaux

- les polyprénoides sont trouvés dans les gommes xanthophylles chez les végétaux et dans les
polyprénols.

Les monoterpènes (10 carbones): l'ocimène (basilic), le myrcène (laurier), le géraniol sont
des monoterpènes acycliques alors que le limonène, le pinène sont des monoterpènes
cycliques.

Limonène

Les sesquiterpènes: très nombreux dans le règne végétal. Ils sont aussi les hormones
juvéniles des insectes à travers des dérivés où un groupe ester-méthyle est présent à une
extrémité et un pont époxy à l'autre extrémité.

Les diterpènes: on trouve dans ce groupe majoritairement à 20 carbones :

- des composés linéaires comme le phytol, une des chaînes latérales de la chlorophylle.

- des composés polycycliques : comme l'acide abiétique de conifère, des hormones de


croissance de plantes (gibbérellines), le composé psychotrope de la marijuana à 3 cycles.

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- Les Tétraterpènes ou Les caroténoïdes (C40), formés de deux moitiés diterpènes, dont les
différentes structures sont classées en :

 les carotènes : dérivés résultant de saturations, déshydrogénation, cyclisations

 les xanthophylles : dérivés oxydés

 Le lycopène est une forme acyclique notée Ψ, Ψ carotène qui a 13 doubles liaisons dont
11 sont conjuguées. Il colore la tomate, l'abricot, le paprika.

Trois formes dérivées par cyclisation existent et sont notées α-carotène, β-carotène et γ-
carotène :

Ces carotènes sont pour les animaux les précurseurs indispensables de la vitamine A. Elle
provient de la coupure oxydante enzymatique sur la liaison de condensation 4-4 des carotènes.
La vitamine A, ou rétinol (diterpène-alcool cyclique), doit son activité au cycle β-ionone et à
la configuration trans de toutes ses doubles liaisons.

- Le rétinal, rétinol modifié par une fonction aldéhyde (en remplacement de l'alcool), dont une
double liaison est en conformation cis, est le groupement prosthétique de la chromoprotéine,
la rhodopsine, pourpre rétinien des cellules à bâtonnets.

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- L'acide rétinoïques, dérivé de la vitamine A par oxydation de l'alcool en acide est un facteur
intervenant dans la croissance et la différenciation des cellules des tissus endothéliaux, osseux
et nerveux.

- Les xanthophylles

Ils forment une famille de chromophores des plantes, pigments annexes des chlorophylles
dans la photosynthèse, par exemple la lutéine (β, ε-carotène-3, 3'-diol). Ils entrent aussi dans
la composition des lipides membranaires de certaines archéobactéries.

1.2. Les corps à chaîne isoprénique

Des isoprènes sont trouvés dans des molécules particulières comme l'acide lysergique (LSD).
Les mycotoxines de la moisissure Fusarium. On les trouve dans des composés à activité
biologique pour lesquels cette chaîne forme un bras (isoprénique) qui permet l'insertion de ces
molécules dans des phases lipidiques comme les membranes, les lipoprotéines. La partie
réactive peut être un noyau aromatique comme le phénol ou une quinone, une naphtoquinone,
un tocophérol ou encore une protéine.

1.3. Les quinones isopréniques : des transporteurs d'électrons

Les ubiquinones : extraites de la membrane interne des mitochondries animales, elles sont des
transporteurs d'électrons (système oxydo-réducteur quinone/phénol) et sont souvent appelées
coenzymes Q dont le plus représenté est un homologue à 10 unités (coenzyme Q10).

Les plastoquinones : elles appartiennent à la membrane des chloroplastes des végétaux, jouant
un rôle équivalent aux transporteurs d'électrons dans la chaîne d'oxydoréduction
photosynthétique. Le nombre d'unités le plus fréquent du prénoïde est de 9.

1.4. Les naphtoquinones isopréniques ou vitamines K

La vitamine K1, ou phylloquinone, est biosynthétisée par les végétaux verts. C'est une
naphtoquinone à bras phytyle (diterpène) plus ou moins saturé.

Cette vitamine joue un rôle très important dans la coagulation du sang.

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1.5 Les tocophérols ou vitamines E

Ces molécules sont des 6-chromanols substitués, porteurs d'une chaîne isoprénique à 3 unités
isoprènes. Cette chaîne est commune à tous les dérivés et est indispensable pour leur activité.

Son rôle serait une protection des acides gras polyinsaturés essentiels, des acides gras des
membranes et des lipoprotéines contre l'agression oxydante qui les dégrade par peroxydation :
rôle de piège à radicaux libres.

2. Les stéroïdes

Ces composés dérivent du stérane ou cyclopentanoperhydrophénanthrène

Les stéroïdes diffèrent les uns des autres par la nature et la position des différents
groupements portés par ce noyau, par la présence éventuelle de doubles liaisons et
leurnombre. Les stéroïdes naturels sont répartis en quatre séries :

- les stérols

- les acides et sels biliaires

- les stéroïdes hormonaux

- les vitamines D et autres dérivés

2.1. Les stérols

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Ils ont déjà été mentionnés dans le sous-groupe des stérides des lipides simples. Le
cholestérol : il est le principal stérol d'origine animale, présent dans les structures
membranaires en association avec des lipides simples et complexes (tissu nerveux, rein, peau,
foie, hématies…).

Il est aussi le précurseur de nombreuses substances stérides, hormones sexuelles et


corticosurrénaliennes, d'acides et sels biliaires, et de la vitamine D.

C'est un monoalcool secondaire, polycyclique et insaturé de formule brute C27H45OH. Il dérive


du noyau stérane par substitution de groupement méthyles (en 10 et 13), d'un hydroxyle en 3,
d'une double liaison dans le cycle B en 5-6 et enfin d'une chaîne latérale à 8 atomes de
carbones en 17.

Tableau 4 : Fiche Cholestérol

Les stérols des animaux : outre le cholestérol, principal stérol des animaux, on peut citer :

- coprostérol
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- 7-déhydrocholestérol

- stérols de la lanoline

Les stérols des végétaux : les plus répandus sont :

- ergostérol : c'est le plus important des stérols d'origine végétale. Il diffère du cholestérol

Par une double liaison dans le noyau en 7-8 et par une chaîne aliphatique insaturée à 9
carbones (double liaison en 22-23 et méthylation en 24). C'est le précurseur de la vitamine
D2.

- le stigmastérol du soja, le fucostérol des algues brunes, le zymostérol de la levure de bière


accompagne l'ergostérol dans les diverses espèces végétales.

 Réactions colorées des stérols

- Réaction de LIEBERMANN

L’addition à une solution chloroformique d’anhydride acétique et de quelques gouttes d’acide


sulfurique concentré donne une coloration verte pour le cholestérol, du jaune pour la plupart
des stérols. Ce qui permet un dosage colorimétrique

- Réaction de SALKOWSKI

L’addition à une solution chloroformique de stérol d’HCl à 10% donne une coloration rouge
de la phase chloroformique. Cette réaction permet une mise en évidence de la présence de
stérol.

2.2. Les acides et sels biliaires

Synthétisés par le foie et concentrés dans la bile, les sels biliaires ont deux fonctions :

-émulsification des lipides permettant leur digestion enzymatique dans l'intestin par la lipase
pancréatique (propriétés des corps amphiphiles)

- élimination du cholestérol

Ce sont des sels d'acides provenant du cholestérol puis condensés (ou conjugués) avec un
acide aminé ou un dérivé.

L'acide cholique est dérivé du cholestérol par amputation de la chaîne latérale de 3 carbones,
oxydation de la chaîne latérale (acide carboxylique) et hydroxylation en α (inverse des stérols)
pour les positions 3, 7 et 12.

Ces acides sont ensuite conjugués par une liaison amide avec la fonction amine d'un acide
aminé, la glycine ou d'un dérivé de la cystéine, la taurine. Les sels de sodium sont appelés sels
biliaires.

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2.3. Les stéroïdes hormonaux

Ces molécules sont présentes chez les animaux et les végétaux et sont des molécules
"informatives", régulateurs de métabolisme ou médiateurs cellulaires.

 Les hormones stéroïdes des mammifères

Ce sont les hormones :

- des glandes sexuelles et du placenta : androgènes, œstrogènes et progestagènes

- des glandes corticosurrénales : les minéralocorticoïdes qui contrôlent l'équilibre minéral, et


les glucocorticoïdes qui contrôlent le métabolisme des glucides et le catabolisme des lipides
de réserve.

Elles dérivent toutes du cholestérol par réaction de coupure sur la chaîne latérale, ou par
hydroxylation ou oxydation. Elles sont classées en trois groupes selon le nom générique de
leurs métaboliques hormonaux :

- le prégnane à 21 atomes de carbones : noyau des progestagènes représentés par la


progestérone. Les minéralocorticoïdes et les glucocorticoïdes sont des dérivés de la
progestérone.

- l'androstane : sans chaîne latérale, c'est le noyau des androgènes représentés par la
testostérone.

La nature stéroïde de ces hormones les différencie des hormones peptidiques ou protéiques :

- elles sont insolubles et sont transportées par des protéines spécifiques

- elles sont lipophiles et traversent les membranes. Leurs récepteurs ne sont donc pas
membranaires mais intracellulaires.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 73


2.4. Les vitamines D et autres dérivés

 Vitamines liposolubles D

Elles sont indispensables à la minéralisation du tissu osseux par leur intervention dans le
métabolisme phosphocalcique. Cette activité est due à des dérivés et ils sont désignés sous le
nom de pré-vitamines.

Ces composés sont des stérols di-insaturés en 5 et 7 et où le cycle B est rompu par coupure de
la liaison 9-10 : cette modification a lieu par réaction photochimique.

Les deux substances naturelles abondantes que l'on trouve sont la vitamine D2 ou
ergocalciférol, formée à partir de l'ergostérol (végétaux), et la vitamine D3 ou cholécalciférol
formée à partir du

7-déhydrocholestérol (huiles de poissons).

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CHAPITRE III : STRUCTURES ET PROPRIETES DES PROTIDES

Introduction
Le terme protide désigne l’ensemble des acides aminés naturels et de leurs combinaisons
chimiques qui sont les peptides (enchaînement d’un petit nombre d’acides aminés,
structure simple, nAA < 100) et les protéines (enchaînement d’un grand nombre d’acides
aminés, architecture complexe, nAA ≥ 100).
Chimiquement les protides sont caractérisés par la présence d’azote en proportion importante
(± 16 %) et d’un peu de soufre.

Les protides sont indispensables au fonctionnement des cellules car de nombreuses fonctions
vitales dépendent d’eux :
 Rôle structural
Les protéines fibreuses sont appelées protéines structurales car elles constituent le principal
matériau de construction chez les Vertébrés. Elles constituent environ 54% de notre poids sec.
Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la kératine, le fibrinogène et les
protéines musculaires.
 Fonction enzymatique
Les enzymes (catalyseurs des réactions biochimiques) sont des protéines.
 Rôle de transporteur
L’hémoglobine transporte l'oxygène dans le sang ; les lipoprotéines transportent les lipides et
le cholestérol. Certaines protéines au niveau des membranes cellulaires participent au
transport transmembranaire.
 Rôle dans la transmission de l’information génétique
C’est en terme de protéine que l’information génétique est traduite.
 Rôle dans la défense de l’organisme
Les anticorps sont des protéines très spécialisées qui reconnaissent et inactivent-les bactéries,
les toxines et certains virus.
Certaines protéines ont par contre des propriétés antigénique et toxique.

Classification des protides


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1- Étude des acides aminés

1.1-Définition des acides aminés


Un acide aminé ou aminoacide est un composé comportant toujours une chaîne carbonée plus
ou moins longue, une fonction acide carboxylique (-COOH) et une fonction amine qui, à une
exception près, est une amine primaire (-NH 2). Dans les acides aminés naturels, qui
constituent les peptides et protéines, ces deux fonctions sont supportées par le même carbone,
noté carbone α, d’où le terme d’acides α aminés.
La formule générale à l’exception de la proline est donc :

Ca

COOH
HC
NH2
R
Les 20 acides aminés naturels se distinguent entre eux par la structure de R qui est nommé
radical ou chaîne latérale. R peut être un radical purement hydrocarboné ou comporter un
groupement fonctionnel.

1.2-Structure et classification des 20 acides aminés naturels


Les acides aminés retrouvés dans les protéines sont au nombre de 20 dont 8 sont essentiels
c’est-à-dire l’organisme humain ne peut pas les synthétiser.

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-Tous ces acides aminés sont insolubles dans l’eau.
-Note: la glycine n’est pas optiquement active (pas de pouvoir rotatoire) car pas de
Carbone asymétrique.
 Les AA aromatiques

Tyr, Trp et pH sont très utiles:


 Leur noyau aromatique absorbe la lumière UV à 260-280 nm.
 Constitue la base de la détection des protéines à 280 nm.

 Les AA hydroxylés

 Les AA acides et leurs formes amides

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 Les AA soufrés (possèdent du soufre)

 Les AA basiques

 Les AA imines ( AA cycliques)

Il existe une phrase mnémotechnique pour se souvenir des 8 AA indispensables chez l’adulte :
Le Très Lyrique Tristan Fait Vachement Méditer Iseult, ce qui donne : Leucine, Thréonine,
Lysine, Tryptophane, Phénylalanine, Valine, Méthionine, et enfin Isoleucine.
Liste des 20 acides aminés naturels avec leurs symboles :

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1.3-Propriétés physiques des acides aminés

1.3.1- Solubilité
Les AA sous forme solide sont en général des poudres blanches cristallisées. Ils ont une
solubilité plus ou moindre dans l'eau et dans les solvants organiques selon la nature du radical
R. Si R est polaire ou ionique la solubilité dans l’eau est importante, si R est apolaire la
solubilité dans l’eau est plus faible.
1.3.2-Propriétés optiques : le pouvoir rotatoire

Tous les acides aminés sauf le glycocolle possèdent au moins un carbone asymétrique C*, qui
est le carbone α. Il existe pour chaque acide aminé au moins deux stéréo-isomères D et L qui
forme un couple d’énantiomères.la stéréoisomérie des acides aminés est la même que celle du
glycéraldéhyde (le groupement aminé NH2 jouant le rôle du OH).

Dans cette représentation plane :


- C* n'est pas représenté,
- le groupe carboxyle -COOH est obligatoirement projeté en haut et le résidu R- (ici –CH 3) en
bas, donc NH2 et H sont à gauche ou à droite.
L’énantiomère où le NH2 est à gauche en projection de Fischer appartient à la série L, celui
où il est à droite appartient à la série D

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 80


La plupart les acides aminés naturels sont de la série L. certains antibiotiques et quelques
protéines bactériennes contiennent toutefois des acides aminés de la série D.

NB : Cas d'acides aminés ayant un deuxième centre chiral


Le carbone 3 (β) de la thréonine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral : leur énantiomère
(L) existera sous deux formes épimères. On affecte le préfixe "allo" à l'épimères que l'on ne
trouve pas dans les protéines :

En utilisant la nomenclature stéréochimique R/S, la thréonine des protéines est de


configuration (2S, 3R), et l'isoleucine (2S, 3S).

1.3.3 Absorption des acides aminés dans l’ultra- violet


Les radicaux aromatiques de certains acides aminés (Phe, Tyr, et surtout Trp) ont la propriété
d’absorber la lumière ultraviolette. L’absorption se fait à 280 nm pour Trp et Tyr et à environ
254 nm pour Phe principalement.

1.3.4- Propriété ionique (Dissociation des acides aminés et calcul de leur pHi
NB: ● Tous les AA ont au moins 2 groupements ionisables :

- le groupement carboxyle (COOH) ;

- la fonction amine (NH2).

● En fonction du pH du milieu. Les AA peuvent se présenter soit sous forme acide, soit
sous forme basique : On dit donc que les AA sont des composés Amphotères :

Charge nette: +1 pKa 1 Charge nette: 0 Charge nette: -1


pKa 2
pH acide (pH 2-2.5) (pH 9-10.5) pH alcalin
Zwitterion
- Dissociation des AA

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Cas des AA monocarboxylique et monoaminé: +
H 3N CH COOH =A+
Milieu acide ⇾ milieu basique
k1 k2 R milieu très acide
+ +- -
A A A

Le pHi est le pH isoélectrique c’est le pH de la solution d’AA, de peptide ou de protéine


où on a 100% de la forme neutre.

pHi = 1/2 (pK1 + pK2)

+
Cas des AA Monocarboxylique et diaminé: H3N CH COOH = A++ en milieu
très acide :
H3N+
Milieu acide ⇾ milieu basique
k1
K K2 KR
++ ++ -
A A A+- A-

pHi = 1/2 (pK2 + pKR)

+
Cas des AA Dicarboxylique et Monoaminé: H3N CH COOH =A+

COOH
K1 KR K2
+ +-
A A A+ - - A- --

pHi = 1/2 (pK1 + pKR)

NB : Du milieu acide vers le milieu basique, la dissociation des fonctions se fait dans l’ordre
+
croissant de leur pK. Le groupement αCOOH (pK ≈ 2) se dissocie avant le H3N (pK ≈ 9)
car la dissociation se fait par le NaOH.
1.3.5- Courbes de titration
On étudie la dissociation des fonctions ionisables d’un acide aminé par sa titration ou
neutralisation soit avec HCl, soit avec NaOH. Les courbes de titration obtenues permettent de
déterminer les pHi, pK1, pK2, pKR ainsi que les zones de pH dans lesquelles les acides aminés
fournissent des solutions tampons.
Exemple1 : pour un acide aminé monocarboxylique monoaminé
On obtient une courbe diphasique correspondant à la neutralisation successive du carboxyle
COOH et de la fonction NH3+.

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Exemple 2 : Pour un acide aminé acide

0 0.5 1 1.5 22,5 3

Exemple 3 : Pour un acide aminé basique

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0 0.5 1 1.5 22,5 3

1.4- Propriétés chimiques communes à tous les acides aminés


1.4.1 Propriétés de la fonction acide carboxylique -COOH
• Formation de sels
Les acides aminés réagissent avec les bases en formant des sels. Le groupement carboxyle
perd un proton.

Ce sel a pour nom : (nom de l’acide aminé terminé par ate) de sodium, ex glycinate de
sodium.
A l’inverse la fonction -COO- réagit avec un acide pour redonner -COOH
• Réduction

La fonction acide peut être réduite en fonction alcool


• Estérification
Fonction ester

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 84


Les acides aminés réagissent avec les alcools en formant des esters. Ces esters sont utilisés
dans les réactions de polymérisation des acides aminés. Par exemple dans la synthèse des
peptides.

• Action des amines primaires : Amide

Cette réaction aboutit à la formation d’amides.


• Décarboxylation

R-CH2-NH2 + CO2

Cette réaction est intéressante d’un point de vue biochimique. Elle aboutit à la formation
d’une amine.
Cette décarboxylation peut se faire par :
- voie chimique : chauffage de l’AA dans une solution inerte
- Voie enzymatique : sous l’action d’enzymes, les décarboxylases produites par certaines
bactéries.
Ornithine → Putrescine + CO2
Lysine → Cadavérine + CO2
Histidine → Histamine + CO2(provoque des allergies).
Tyrosine → Tyramine + CO2

1.4.2- Propriétés de la fonction amine primaire –NH2

a- Formation de sels

Les acides aminés réagissent avec les acides en formant des sels. Le groupement amine capte
un proton. Ce sel a pour nom : chlorhydrate d’acide aminé.

b-Les réactions de N- arylation

C’est la substitution de l’hydrogène de la fonction amine des acides aminés par des radicaux
aromatiques. On obtient des dérivés phénylés. Les réactions de N- arylation sont à la base des
méthodes d’identification des acides aminés.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 85


 Action du dinitrofluorobenzène (DNFB) : méthode de SANGER

Les DNP-AA sont des composés jaunes caractéristiques de chaque acide aminé et facilement
identifiable par chromatographie.

 Action du phénylisothiocyanate (PITC) : Méthode d’EDMAN

Les PTH-AA est facilement identifiable par la chromatographie.

 Action du Chlorure de DANSYL (Chlorure de Diméthyl Amino1 Sulfonyl 5


Naphtalène). Méthode de GRAY et HARTLEY

Les DANSYL –AA sont fortement fluorescents en lumières ultraviolet, ce qui facilite leur
identification en chromatographie.
 Désamination

L’acide nitreux réagit sur les acides aminés en libérant du diazote qui peut être dosé.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 86


Une désamination existe également par voie biochimique, elle est enzymatique.

Glutamate + H2O + NAD + ¾®a-cétoglutarate + NADH, H+ + NH3

1.4.3- Propriétés conjointes des fonctions –COOH et -NH2


 Réaction avec la ninhydrine

Cette réaction permet deux choses


1) La mise en évidence des acides aminés après leur séparation par chromatographie.
2) Elle permet le dosage colorimétrique des acides aminés.

1.4.4 La réaction de MAILLARD

La réaction de Maillard est l'ensemble des interactions résultant de la réaction initiale entre un
sucre réducteur et un groupement aminé. Cette réaction a une importance énorme dans la
chimie des aliments.
Elle est la responsable principale de la production des odeurs, des arômes et des pigments
caractéristiques des aliments cuits. Elle peut aussi donner naissance à des composés
cancérigènes et également réduire la valeur nutritionnelle des aliments en dégradant des
acides aminés essentiels.

1.5-Méthodes de séparation des acides aminés


1.5.1-Electrophorèse

Rappel : cette technique consiste à faire migrer les acides aminés dans un champ électrique.
BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 87
En fonction du pH, les formes cationiques migreront vers la cathode (pole -) et les formes
anioniques migreront vers l’anode (pole +).
Les acides aminés qui seront sous la forme dipolaire, c'est-à-dire ayant leur pHi = pH
d’électrophorèse ne migreront pas.

- Les formes A+; A++ migrent vers la cathode (-)

- Les formes A-; A- -migrent vers l’anode (+)

-Les AA dipolaires (A+- ) ne sont pas affectés par la migration.

PH croissant
NB: Lorsque:

● pH > pHi Protéine ou AA se charge négativement(-)

● pH < pHi Protéine ou AA se charge positivement (+)

Figure  : Dispositif expérimental de l’électrophorèse

L’électrophorèse des acides aminés peut être réalisée sur une feuille de papier filtre ou
d’acétate de cellulose imbibée d’une solution tampon dont les deux extrémités trempent dans
des bacs contenant des électrodes. Après électrophorèse, les supports sont séchés et les acides
aminés révélés par la ninhydrine.
Exemple : électrophorèse à pH3,9 d’un mélange d’acide aminés

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+ -

Asp(pHi=2,77) Glu (pHi=3,22) Gly (pHi= 5,97) Lys(pHi=9,59)

1.5.2-La chromatographie
Généralités :
La chromatographie, méthode d'analyse physico-chimique, sépare les constituants d'un
mélange (les solutés) par entraînement au moyen d'une phase mobile (liquide ou gaz) le long
d'une phase stationnaire (solide ou liquide fixé), grâce à la (ré) partition sélective des solutés
entre ces deux phases. Chaque soluté est donc soumis à une force de rétention exercée par la
phase stationnaire et une force de mobilité due à la phase mobile.
Les facteurs qui interviennent dans le partage des molécules à séparer entre les phases fixe et
mobile sont : la solubilité dans un solvant liquide, la taille (la forme),la polarité, lacharge
électrique, la présence de groupements d'atomes formant des sites particuliers.
Les différents types de chromatographie résultent du fait que l'on a privilégié l'effet de l'un ou
l’autre de ces facteurs, mais l'exclusivité d'un mécanisme n'est jamais totale au cours d'une
séparation chromatographique.

a- Chromatographie sur papier des acides aminés


C’est une chromatographie de partage entre l’eau (phase stationnaire) retenue sur le papier et
un solvant organique (phase mobile) qui monte par capillarité le long de la phase fixe,
entraînant plus ou moins les AA en fonction de leur polarité.
Les AA à séparer sont chromatographiés en présence de témoins.
Après migration et coloration la référence frontale (Rf) de chaque AA inconnu ou témoin est
calculée.
Rf = Déplacement du composé / déplacement du solvant

Rf = d/h
La Rf est une caractéristique d’un composé dans un système donné pour des conditions
opératoires définies.
La Chromatographie papier peut être bidimensionnelle : le dépôt du mélange à analyser se fait
dans un angle, sans témoin, la migration dans la 1ère dimension se fait avec un premier

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 89


solvant organique puis le papier est tourné d’un ¼ de tour et une nouvelle migration se fait
avec un autre solvant organique de polarité différente.

b- Chromatographie sur couche mince des acides aminés (CCM)


C’est une chromatographie d’adsorption avec une phase stationnaire polaire (cellulose ou
silice) étalée en fine couche sur un support rigide inerte (verre ou feuille de métal) et une
phase mobile qui est un solvant organique moins polaire.
Les AA à séparer sont chromatographiés en présence de témoins.
Après migration et coloration la référence frontale (Rf) de chaque AA inconnu ou témoin est
calculée.

La Chromatographie couche mince peut être également bidimensionnelle

c- Chromatographie échangeuse d’ions des acides aminés


C'est le procédé le plus utilisé pour séparer, identifier et quantifier chaque AA dans un
mélange. Elle est basée sur les différences de charge des AA.
On utilise une substance synthétique: La Résine dans une colonne à chromatographie

Ainsi on peut distinguer:

● La résine échangeuse de cations: Elle est chargée négativement (-). Elle va


donc retenir toutes les protéines ou les AA chargés positivement.

La fixation des molécules sur la résine se fait à pH acide et l’élution se fait selon l’ordre
croissant des pHis (ou pI) des acides aminés ou des protéines.

● La résine échangeuse d’anions: Elle est chargée positivement (+). Elle va donc
retenir toutes les protéines ou les AA chargés négativement.

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La fixation des molécules sur la résine se fait à pH basique et

l’élution se fait selon l’ordre décroissant des pHis des acides aminés ou des protéines.

pH >> pI pH << pI

+
+Élution

Figure 2 : schéma du processus de la chromatographie échangeuse d’anions

1- Fixation : on verse le mélange d’AA sur la 2- Elution : on recueille les AA fixés 1 à 1 en


colonne contenant des résines chargées + à un modifiant leur charge (passage de – à -+ et à +,).
pH basique, lesanioniques
AA ayant leur Cette modification de charge se fait par lavage de
Les groupements sontpHi
en <général
pH du :
milieu sont AA- et se fixent sur la résine et ceux la colonne avec des solutions tampons de pHis
Résine carboxylique
ayant leur pHi > pH sont AA+ et ne se fixent pas décroissants (l’AA est élué dès qu’il change de
sur la colonne. charge).

d- La chromatographie gazeuse (CG)


Pour pouvoir être séparés par CG les composés doivent pouvoir être entraînés par la phase
mobile gazeuse, ils devront donc être volatils. Ce n’est pas le cas pour les acides aminés, il
faudra donc les rendre volatils par transformation chimique.
Ils seront ensuite séparés par passage à travers une colonne capillaire (2m de long, 0,1mm de
diamètre) dont l’intérieur est recouvert d’un film liquide. Cette colonne est chauffée entre 100
et 200°C. Les AA sont partiellement solubles dans cette phase liquide stationnaire non
volatile et partiellement vaporisés. Ils sont alors entraînés par le gaz vecteur à des vitesses
différentes qui dépendent de leur solubilité dans le film liquide. Il s’agit donc d’une
chromatographie de partage liquide-gaz.

2- Les Peptides

Un peptide est une molécule résultant de la condensation d’acides aminés liés les uns autres
par des liaisons peptidiques. Cette liaison résulte de la réaction entre la fonction -COOH du
1er AA et la fonction –NH2 du 2ème AA avec élimination d’eau.

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On appelle résidus, les AA engagés par leur –COOH dans une liaison peptidique, leurs noms
se terminent par le suffixe ‘’yl’’, ex. alanyl, prolyl….
Dans les peptides le nombre d’AA est < à 100, un petit peptide (AA<10) est un oligopeptide,
dans les protéines, qui sont des polypeptides, le nombre d’AA est > à 100.
Exemple d’un tétrapeptide :

2.1- Propriétés de la liaison peptidique et des peptides


• Le caractère de la liaison peptidique est légèrement acide, ce qui contribue à créer de
nouvelles propriétés, différentes de celles des acides aminés.
• La liaison peptidique est hydrolysable en milieu acide concentré et à chaud.
• Un peptide possède de nombreux groupements ionisables libres (extrémités N et C
terminales, groupements ionisables des groupements latéraux R), il va donc exister sous de
nombreuses formes ioniques différentes, il possède un pHi. Le pHi est, comme pour les AA,
la demie somme des pKa qui entourent la forme amphionique.
Les peptides à partir de 4 AA peuvent être mis en évidence par la réaction du biuret, qui est
caractéristique de la liaison peptidique. Le peptide, en milieu très alcalin, réagit avec le cuivre
Cu2+ pour donner un complexe rose.
• L’angle des liaisons autour des atomes fait que la chaîne peptidique n’est pas plane mais
possède une structure spatiale du type :

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 92


La chaîne peptidique est donc une succession des groupements -CH, -C=O, -NH, les
groupements R des résidus d’acides aminés sont rejetés à l’extérieur.

2.2- Séquence d’un peptide


La séquence d’un peptide est l’ordre d’enchaînement des AA. Par convention un peptide
s’écrit en commençant par l’extrémité N terminale, (groupement –NH 2 libre) et en terminant
par l’extrémité C terminale (groupement –COOH libre).
Exemple : écriture du tétrapeptide :glutamyl⎯cystényl⎯lysyl⎯glycine

Pour une écriture simplifiée, les acides aminés peuvent être représentés par leur symbole à
trois lettres (Glu-Cys-Lys-Gly) ou à une lettre (E-C-K-G).

2.2.1- Détermination de la séquence d’un peptide


Pour déterminer la structure d’un peptide, il faut connaître sa composition brute en acides
aminés, puis en déterminer sa séquence. Pour déterminer la structure d’un peptide, il faut
connaître sa composition brute en acides aminés, puis en déterminer sa séquence.

2.2.2- Détermination de la composition brute d’un peptide


Le peptide est d'abord réduit, ou oxydé, afin d'éliminer les liaisons disulfures.
 Méthode de Stein et Moore. Elle comprend plusieurs étapes :
– Hydrolyse acide (HCl 6 mol.L -1, 24h à 72h, 110°C) pour couper les liaisons peptidiques (!
l’hydrolyse acide détruit le tryptophane et transforme les acides aminés amides en leurs
formes acides , il existe une hydrolyse basique qui détruit les autres acides aminés sauf le
Tryptophane).
– Séparation des AA libérés par chromatographie ionique
– Détection dans le visible après dérivation à la ninhydrine
– Identification des AA par leur temps de rétention
– Quantification en % par mesure de la surface des pics

2.2.3- Détermination de l’acide aminé N terminal


Il existe plusieurs méthodes chimiques et une méthode enzymatique
La dégradation de SANGER utilise le 1-Fluoro-2,4dinitrobenzène comme réactif (cf.
propriétés chimiques.). Ce composé favorise une substitution sur le groupement-NH2 de l’AA.
Sur un peptide, il réagit avec l'extrémité aminée libre
Ainsi le premier acide aminé modifié est récupéré et identifié par chromatographie. Cette
réaction a ouvert la voie de l'analyse, mais le reste de la chaîne n'est plus relié et l'information
sur sa structure est perdue.
Le Chlorure de DANSYL (cf. propriétés chimiques.) peut être utilisé de manière identique
avec l’avantage que le DANSYL-AA libéré est naturellement fluorescent.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 93


La dégradation récurrente D'EDMAN fait appel au phénylisothiocyanate PITC (cf. propriétés
chimiques).
Le composé formé se cyclise spontanément en un cycle à 5 éléments, cela entraîne la rupture
d'une seule liaison peptidique et permet de réitérer l'opération sur la partie restante. Ce
procédé a pu être automatisé et autorise en routine des séquençages de 50 acides aminés.
L’aminopeptidase est une enzyme de la famille des exopeptidases, c’est à dire qu’elle
catalyse l’hydrolyse des liaisons peptidiques en commençant par une extrémité, en
l’occurrence l’extrémité N terminale.
Son fonctionnement est récurrent donc pour libérer seulement le premier AA, l’enzyme doit
agir pendant un temps très court. L’AA libéré est identifié par chromatographie.

2.2.4- Détermination de l’acide aminé C terminal


Les carboxypeptidases A et B sont des enzymes de la famille des exopeptidases, elles
catalysent l’hydrolyse des liaisons peptidiques l’extrémité C terminale.
La carboxypeptidase A catalyse la coupure de la liaison C terminale sauf celle ou les AA C
terminaux sont la Gly et les AA basiques à condition que l’avant dernier AA ne soit pas Pro.
La carboxypeptidase B catalyse la coupure de la liaison C terminale si les AA basiques ou la
Glycine sont les AA C terminaux à condition que l’avant dernier AA ne soit pas Pro.
Leur fonctionnement est récurrent donc pour libérer seulement le dernier AA, l’enzyme doit
agir pendant un temps très court. L’AA libéré est identifié par chromatographie.

Méthode chimique : Utilisation de l’hydrazine à Chaud.

2.2.5- Coupures spécifiques internes


Si le peptide à étudier comporte plus de 50 AA il sera réduit en peptides plus courts par
coupures spécifiques avant d’être séquencé par la méthode d’EDMAN. Des endopeptidases
ou des composés chimiques possédant des sites de coupure spécifique seront alors employés.
La trypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans lesquelles un
acide aminé basique (Lys, Arg) engage sa fonction acide
L'α-chymotrypsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans
lesquelles un acide aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe) engage sa fonction acide.
La pepsine est une endopeptidase qui hydrolyse les liaisons peptidiques dans lesquelles un
acide aminé aromatique (Tyr, Trp, Phe) engage sa fonction amine.
La thermolysine coupe les liaisons peptidiques au niveau du groupement aminé des résidus
leucines, valine et isoleucine.
La Protéase V8 de staphylocoque coupe les liaisons peptidiques au niveau du groupement
aminé de Glu et Asp.

Le bromure de cyanogène ( CNBr ) coupe les liaisons peptidiques dans lesquelles une Met
engage sa fonction acide, elle est transformée en HSL homosérine lactone.

2.3- Quelques peptides d’intérêt biologique ou alimentaire


2.3.1- Peptides hormonaux

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De nombreuses hormones synthétisées par diverses glandes sont de nature peptidique, voici
quelques exemples :
La Vasopressine, synthétisée par l’hypophyse, est une hormone diurétique, dont l'extrémité se
termine par une fonction amide -CO-NH2 sur la glycine et non par un acide libre -COOH.

L’angiotensine II une hormone du sang d’origine hépatique qui régule la pression sanguine :
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Le glucagon est une hormone pancréatique hyperglycémiante comportant 29 AA
L’insuline est une hormone pancréatique hypoglycémiante comportant 51 AA en deux chaînes
unies par un pont disulfure.

a) Glutathion
Localisé dans les hématies au niveau du sang, il joue un role dans le transport
transmembranaire des acides aminés et joue un rôle d’anti oxydant.
Le glutathion est un tripeptide comprenant trois acides aminés : acide glutamique, cystéine et
glycocolle. La cystéine et le glycocolle sont liés par une liaison peptidique.
La liaison entre l'acide glutamique et la cystéine est une liaison amide entre la fonction acide
du radical de l'acide glutamique et la fonction amine de la cystéine.
En somme le glutathion est le γ-glutamyl-cystéinyl-glycocolle.
Par la fonction thiol du radical de la cystéine, le glutathion peut exister sous une forme réduite
(représentée ici) ou sous une forme oxydée dans laquelle deux molécules de glutathion sont
liées par un pont disulfure.

-OOC—CH—CH2—CH2—CO—NH—CH—CO—NH—CH2—COO-
| |
NH2 CH2
|
SH
2.3.2). Peptides d’intérêt alimentaire
Les édulcorants de synthèse à haut pouvoir sucrant sont souvent de nature peptidique.
Exemple : structure de l'aspartame (200 fois plus sucré que le saccharose): c’est un dipeptide
méthylé : l’aspartyl-phénylalanine méthyl ;

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3- Étude des protéines

Les protéines sont des constituants fondamentaux des organismes vivants, ce sont des
polymères d’acides aminés (nombre d’AA >100), de haut poids moléculaire pouvant atteindre
1000 000 D, (la plupart entre 25000 D et 200000 D). Une protéine peut être formée d’une
seule chaîne polypeptidique (monomère) ou de plusieurs (dimères, tétramères, …)
Suivant leur composition on distingue :
• Les holoprotéines qui sont formées uniquement d’unité(s) polypeptidique(s)
• Les hétéroprotéines auxquelles un groupement prosthétique non protidique est associé. Il
peut être constitué par un enchaînement glucidique, des lipides, un ion métallique, un acide
nucléique, un coenzyme, un hème ….
Suivant leur forme se distingue :
• Les scléroprotéines ou protéines fibreuses, de forme allongée, peu solubles, très résistantes
ce sont des molécules de structure. Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la
kératine, le fibrinogène et les protéines musculaires.
Le collagène se trouve dans les os, la peau, les tendons et les cartilages.
La kératine, présente dans les couches supérieures de l'épiderme, dans les cheveux, les ongles,
les écailles, les sabots et les plumes.
Le fibrinogène est une protéine plasmatique sanguine responsable de la coagulation du sang.
Grâce à l'action de la thrombine, le fibrinogène est converti en molécules de fibrine, une
protéine insoluble, qui s'agglutine pour former un caillot protecteur contre les hémorragies. La
myosine se lie à l'actine, une autre protéine musculaire, pour donner l'actomyosine. Les
filaments de l'actomyosine peuvent se raccourcir et provoquer la contraction des muscles.

• Les sphéroprotéines ou protéines globulaires, de forme compacte, solubles, fragiles, ce sont


des molécules possédant une fonction biologique active.

1- Structure des protéines


Pour les protéines la relation structure-fonction est très forte, le rôle biologique de ces
molécules ne peut être maintenu que si l’organisation tridimensionnelle est respectée.
Il existe quatre niveaux structuraux chez les protéines, de la structure primaire à la structure
quaternaire
Structure primaire : ordre des acides aminés le long de la chaîne polypeptidique.
• Structure secondaire : repliement local des acides aminés en hélices, en feuillets, ou en
d'autres formes similaires.
• Structure tertiaire : agencement stable dans l'espace de ces hélices et feuillets.

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• Structure quaternaire : agencement des sous-unités entre elles, quand la protéine est
constituée de plusieurs sous-unités indépendantes.

1.1- La structure primaire


La structure primaire est la séquence peptidique. C’est la seule structure à être codée
génétiquement, elle détermine les trois autres niveaux structuraux.
La conformation privilégiée de la liaison peptidique entre les résidus est en trans. Cette
conformation est généralement plus stable car elle positionne les chaînes latérales loin l'une
de l'autre.

1.2- La structure secondaire

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1.2.1- L’hélice alpha
L'hélice alpha s'élève 0,54 nm à chaque tour (pas de l’hélice). Elle compte 3,6 résidus par
tour. Elle est stabilisée dans sa forme hélicoïdale par des ponts hydrogènes établis entre
l'hydrogène d'un groupement aminé -NH et l'oxygène d'un groupement carboxylique -C=O et
situé quatre résidus plus loin. Comme ces ponts hydrogènes vont dans la même direction que
l'hélice, celle-ci est élastique : les ponts hydrogènes brisés lors de l'étirement de l'hélice se
reformeront facilement quand la tension sera relâchée.

1.2.2- Le feuillet β
Les feuillets bêta (β-sheet en anglais) se forment quand des parties de la longue chaîne
polypeptidique se replient et se longent l'une et l'autre, côte à côte, en formant des ponts
hydrogènes avec la chaine voisine. On parle de feuillets bêta parallèles quand les chaînes vont
dans le même sens et d'antiparallèles quand elles vont dans des directions opposées. La
direction des angles de liaison alterne dans un feuillet bêta (un positif, l'autre négatif), donnant
à la chaîne une allure en zigzag.
On retrouve beaucoup de feuillet bêta dans la soie de ver (Bombyx mori) et la toile d'araignée.

1.3- La structure tertiaire

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La structure tertiaire est la disposition tridimensionnelle des structures secondaires et des
chaînes latérales d’une protéine. En d’autres mots, l’assemblage des structures secondaires et
la disposition spatiale arrangée des chaînes latérales déterminent la conformation native de la
protéine.

1.4- La structure quaternaire


Il existe des protéines complexes formées de plusieurs chaînes polypeptidiques. L'assemblage
de ces sous-unités entre elles constituent la structure quaternaire de la protéine.
L'hémoglobine est la molécule qui, présente dans les globules rouges, permet le transport de
l'oxygène vers les tissus. Elle contribue aussi, dans une moindre mesure, à l'évacuation des
ions H+ et du CO2.Chez l'adulte, elle est constituée de deux sous-unités d'α-globine et de deux
sous-unités de β-globine. Ces sous-unités sont assemblées de telle façon qu'elles laissent une
cavité au centre du tétramère. Chaque unité globine est associée à un groupe hème, qui
contient un atome de fer capable de s'associer à l'oxygène.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 99


1.5- Maintien de la structure
Plusieurs interactions entre différents résidus de la chaîne polypeptidique repliée dans l'espace
maintiennent la structure de la protéine.
• Interactions électrostatiques : on les distingue en...
- interactions charge-charge entre résidus de charge inverse (-NH3+ contre -COO-). Quand une
telle interaction est enfouie dans une protéine globulaire, à l'abri de l'eau, on dit qu'il s'agit
d'un pont de sel (salt bridge).
- Pont hydrogène entre H d'une part et O ou N d'autre part. Les protéines peuvent bien sûr
former des ponts hydrogènes avec des molécules de solvant comme l'eau, et de telles
interactions peuvent aussi contribuer à la stabilité de la structure globale.
• Interactions hydrophobes : entre groupes hydrophobiques comme les groupements
cycliques de la phénylalanine et de la tyrosine. De telles interactions excluent les molécules
d'eau.
• Forces de Van der Waals: il s'agit de dipôles temporaires de faible force. Ceux-ci peuvent
se former parce que les nuages électroniques des atomes individuels peuvent fluctuer, donnant
naissance à des dipôles temporaires.
• Ponts disulfures : Une cystéine oxydée peut former un lien covalent avec une autre
cystéine.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 100


2- Propriétés des protéines

2.1- Solubilité
Les protéines fibrillaires sont généralement peu solubles dans l’eau et les protéines
globulaires solubles. Cette solubilité est fonction de la composition du milieu en particulier du
pH et de la force ionique.
Influence du pH: la solubilité d’une protéine est minimale au voisinage de son pHi.

Influence de la force ionique: les sels neutres interviennent sur la solubilité des protéines en
fonction de la concentration et de la charge en ions c’est à dire la force ionique μ.
L’augmentation de la force ionique provoque dans un premier temps un effet dissolvant
(salting in) puis au-delà d’une limite variable selon la protéine un effet inverse qui fait
précipiter la protéine. (Relargage ou salting out)

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 101


2.2- Dénaturation
Le maintien des structures secondaire, tertiaire, quaternaire des protéines est responsable de
leur activité biologique, il est assuré par des liaisons de faible énergie. Si ces liaisons sont
rompues, la protéine va perdre son activité et certaines propriétés : elle est dénaturée. Cette
dénaturation entraîne souvent la précipitation des protéines, elle peut être réversible ou
irréversible. Les principaux agents dénaturants sont:
- mercapto-éthanol (réducteur : rompt les ponts S-S),
• La chaleur : les températures élevées détruisent les liaisons hydrogènes et hydrophobes
• Les acides et les bases qui agissent sur les liaisons électrostatiques en introduisant des
charges nouvelles.
• Les solvants organiques qui détruisent les liaisons hydrophobes
• Les détergents anioniques comme SDS (Sodium Dodecyl Sulfate)
qui forment des liaisons électrostatiques avec les groupements –NH3+ et des liaisons
hydrophobes avec les chaînes latérales non polaires.
• L’urée qui forme de nombreuses liaisons hydrogènes avec les liaisons peptidiques
• Les agents réducteurs ou oxydants qui provoquent la rupture des ponts disulfure
• Les sels de métaux lourds
• Les rayons UV

2.3 -Propriétés optiques


Les protéines absorbent dans l’UV lointain à cause des liaisons peptidiques (≈ 190 nm) et à
280 nm si les contiennent des AA aromatiques en particulier du tryptophane.
Les protéines sont douées de pouvoir rotatoire.
Les protéines diffusent la lumière, ainsi leurs solutions sont souvent troubles.

2.4 -Propriétés ioniques


Les protéines, comme les peptides possèdent de nombreux groupements ionisables libres
(extrémités N et C terminales, groupements ionisables des groupements latéraux R), qui leur
confèrent un caractère amphotère. Lorsque le nombre de groupement chargés positivement est
égal au nombre de ceux chargés négativement la protéine est au point isoionique; ce point
isoionique est voisin du point isoélectrique où la charge totale de la protéine est nulle en
tenant compte des autres ions en solution.*
2.5- Propriétés chimiques

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 102


Les protéines possèdent les propriétés des liaisons peptidiques et des chaînes latérales des
résidus d’acides aminés.

3 -Méthodes de séparation des protéines


3.1- Précipitation des protéines
Les protéines peuvent être précipitées par ajout de solvant organique (précipitation
irréversible), par modification de pH ou de température (précipitation irréversible) ou par
modification de la force ionique par ajout de sel neutre.
Le sel le plus utilisé est le sulfate d’ammonium (NH 4)2SO4. Les protéines précipitent à des
forces ioniques différentes. Il existe deux manières d’utiliser cette méthode :
• ajout de sulfate d’ammonium suffisamment concentré, généralement à 70% de saturation :
précipitation de toutes les protéines d’un mélange (phénomène relargage).
• ajout de sulfate d’ammonium à des concentrations croissantes : précipitation fractionnée, les
protéines précipitent séparément (phénomène relargage).
Lorsque la protéine précipitée est replacée dans un milieu de force ionique convenable elle se
redissout (phénomène de salting in).

3.2- Dialyse- Ultrafiltration


La dialyse est une méthode de séparation des molécules en fonction de leur taille. On utilise
une membrane semi-perméable qui laisse passer l’eau et les petites molécules mais pas les
protéines. Si le boudin de dialyse est mis en agitation dans un milieu moins concentré les
petites molécules sortent ce qui purifie en partie la solution protéique.
L’ultrafiltration consiste à pousser sous forte pression la solution protéique contre une
membrane poreuse, seules l’eau et les petites molécules passent au travers de la membrane,
les protéines restent sur la membrane. Ceci concentre et purifie partiellement la solution
protéique. ….

3-3- Chromatographie échangeuse d’ion des protéines

Le principe est le même qu’avec les acides aminés mais ici les différents types d'échangeurs
d'ions utilisés sont :

 Résine échangeuses d’anions (chargés positivement)

On a DEAE-Séphadex (diéthylaminoéthylammonium–séphadex) :

 Résine échangeuses de cation (chargés négativement)

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 103


On a le Carboxyméthyl-Cellulose (CM-Cellulose):

Il y a deux manières pour éluer les molécules fixées sur la résine :

 en ajoutant un sel (à une concentration croissante) qui apporte forcément un ion de


même charge que les molécules fixées à la résine : cet ion s'appelle un contre - ion.

 en modifiant le pH de la phase mobile de telle sorte que les molécules qui sont
chargées ne le soient plus (ou qu'elles portent une charge de même signe que
l'échangeur d'ions). Il n'y a plus d'interaction électrostatique entre les molécules et le
groupement chargé porté par la résine et les molécules sont éluées. Attention : cette
méthode peut induire une dénaturation des molécules biologiques (en particulier les
protéines) si les pH sont extrêmes.

4- Détermination du poids moléculaire

a- Méthode chimique
Cette méthode permet de déterminer un poids moléculaire minimal ;
Un élément minoritaire et particulier de la protéine est dosé et sa concentration est rendue de
manière relative en % de poids dans la protéine. Le postulat est qu’il ni ait qu’un exemplaire
de cet élément par chaîne polypeptidique.
Ex: le dosage du fer de l’hémoglobine donne un résultat de 0,34%, la masse atomique molaire
du fer étant 55,8 g.mol-1, le poids moléculaire minimal de l’hémoglobine est:

55.8 x 100
PM = = 16400 D
0.34
qui est le poids moléculaire d’une chaîne de globine, comme il y en a 4, le poids moléculaire
exact sera 65600 D.

b- Chromatographie d’exclusion-diffusion
Ce type de chromatographie est encore appelé : tamissage moléculaire, gel-filtration ou
perméation de gel.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 104


Principe :

Cette technique premet la séparation des molécules en fonction de leur taille et de leur forme .
On ultilise pour cela des granules de gel poreux.

Les grosse molécules ( dont le diamètre est supérieur à celui des pores ) sont exclues et sont
éluées les premières, au niveau du volume mort ( Vm ou Vo ). Les petites et moyennes
molécules sont éluées plus tardivement car incluses dans le gel, leur migration est freinée.

Les solutés sont donc élués dans l’ordre décroissant de leur masse moléculaires. Il existe une
relation linéaire entre le volume d’élution et le logarithme de la masse moléculaire.

Types de gels :

 Gels hydratés (les plus utilisés) : le séphadexTM (G10 à G 200) qui sont des
polyosides bactériens de type dextrane (poly α D-glucopyranosyl (1 → 6), et le
Sépharose TM (agarose). Le gain d’eau correspond au nombre de grammes d’eau fixés
par gramme de substance sèche.
 Gels permanents : ce sont des copolymères organique ou bien des minéraux ( silice).
Ici, des effets d’adsorption s’ajoutent au tamisage moléculaire.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 105


Application :
1. Un mélange de molécules, que l'on
appelle standards, de masse molaire
connue est séparé par chromatographie
de filtration sur gel (pics d'élution 1 à
7, figure ci-contre).

2. Chaque molécule (caractérisée par


un pic d'absorbance, par exemple) a un
volume d'élution Ve.

3. Le volume d'exclusion du gel (V0)


( volume mort) est le volume d'élution
d'une molécule non retardée, c'est-à-
dire une molécule de taille supérieure
à celle des billes et qui n'y diffuse pas.
Bien souvent, on utilise le bleu
dextran, polymère d'ose de masse
molaire supérieure à 2 106 Da.

4. Le volume total du gel (Vt) est la


somme du volume des billes et du
volume externe aux billes. Il est donné
par le volume d'élution d'une molécule
qui diffuse totalement dans les billes Source : Chromatographie (Waters®)
(donc totalement retardée), ici la
ruonosine.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 106


V
5. A partir du profil d'élution des
standards, on trace le droit étalon :
V0= f (log masse molaire).

Ou Ve =f(log masse molaire)

6. Dans les mêmes conditions de


chromatographie que pour le mélange
des standards, on détermine le volume
d'élution d'une molécule inconnue.

7. On reporte la valeur du rapport Ve


de la molécule inconnue sur la droite
étalon et ainsi on détermine sa masse
molaire.

c- Électrophorèse en gel natif

La migration est rendue seulement dépendante du poids moléculaire en réalisant un gradient


de polyacrylamide ; La protéine va migrer jusqu’à trouver une position où elle ne pourra plus
bouger car les pores du gel se resserrent. Un étalonnage du gel avec des protéines de PM
connus permet de tracer la courbe : distance de migration = fonction (PM) et ainsi de
déterminer le PM de la protéine d’intérêt.

d- Électrophorèse SDS-PAGE

C'est la technique la plus utilisée. Afin de déterminer le PM d’une protéine d’intérêt, celle-ci
migre parallèlement à des protéines de poids moléculaire connu.
Une gamme étalon est réalisée en traçant cette fois ci le log de la masse moléculaire en
fonction du Rf (mobilité relative).
Étant donné que le SDS dissocie la protéine, on ne va plus observer la migration de la
protéine entière, comme dans le cas de l'électrophorèse en gel natif, mais celle des différentes
sous unités.
On va donc pouvoir comparer la masse moléculaire de la protéine native d'une part et celle
des sous unités, s’il y en a plusieurs, d'autre part. Ainsi, si par filtration sur gel on a un poids
moléculaire de 50 KDa et sur gel SDS un poids de 25 KDa, on en conclue que la protéine est
constituée de deux sous unités identiques.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 107


Dans l’électrophorèse SDS-PAGE le support est un gel de polyacrylamide réticulé présentant
un effet filtrant sur les protéines. Le β-mercaptoéthanol, le chauffage et le SDS dénaturent les
protéines qui perdent leur configuration spatiale. Le SDS, détergent anionique, se lie aux
protéines par des liaisons hydrophobes et leur confèrent à toutes une même charge négative.
La migration ne s’effectue qu’en fonction de la taille des molécules, les plus grosses étant
rapidement arrêtées par le gel.
Application
La technique du gel d'électrophorèse en conditions dénaturantes ("sodium dodécyl sulfate
polyacrylamide gel électrophorèses" ou SDS-PAGE) a été décrite par Ulrich Laemmli en
1970.

C'est l'une des techniques (et donc l'un des articles) les plus cité(e)s dans la littérature
scientifique :
Plus le pourcentage d’acrylamide n’est élevé, plus la
densité des chaînes est élevée et les mailles du réseau
Gamme de
sont serrées. En conséquence : Pourcentage
séparation en
d'acrylamide
 plus le pourcentage d'acrylamide est élevé, kDa
moins les molécules volumineuses peuvent 7,5 45 - 400
migrer 10 22 - 300
 une protéine globulaire (assimilable à une 12 13 - 200
sphère) migre d'autant moins que sa masse 15 2,5 - 100
molaire est élevée

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 108


Le gel est coulé entre des plaques de
verre fixées sur un support et un
peigne est enchâssé entre ces plaques.

Après polymérisation du gel, le peigne


est retiré formant ainsi des puits.

La taille et le nombre des dents des


peignes sont variables ce qui permet de
déposer des volumes allant de 20 µL à
200µL d'échantillon de protéines à
séparer.

Les plaques de verre contenant le gel


polymérisé sont placées dans une cuve
d'électrophorèse.

Du tampon d'électrophorèse
conducteur (électrolytes) est mis dans
la cuve et la migration s'effectue sous
l'action d'un champ électrique :

 tampon d'électrophorèse : Tris


50 mM - Glycine 0,2 M - SDS
0,1% - pH 8,3 - 8,8 Source : Bio-Rad
 Tris : nom commun du 2-
amino-2-hydroxyméthyl-1,3-
propanediol
 Glycine : acide faible (forme
zwitterion non chargé ou anion)
 voltage : 100 V - 150 V

Les échantillons de protéines


dénaturées sont déposés dans les puits.

BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 109


Après migration, le gel est démoulé.

Les protéines sont fixées dans le gel par une


solution qui contient du méthanol et de
l'acide acétique qui dénaturent de manière
irréversible les protéines dans les mailles du
gel.

Les protéines sont révélées par une


coloration : par exemple avec le bleu de
Coomassie ou le nitrate d'argent (plus
sensible).
On obtient différentes bandes
pour chaque piste de la figure ci-
contre (la flèche indique le sens
de migration). La masse molaire
des protéines est déterminée à
l'aide de marqueurs qui sont des
protéines standards de masses
molaires connues (piste de
droite).

Exemple de marqueurs :

 myosine (205 kDa)


 β galactosidase (116 kDa)
 phosphorylase β (97,4
kDa)
 albumine (66 kDa)
 ovalbumine (45 kDa) Source : E. Jaspard (2004)
 anhydrase carbonic(29
kDa)

e- Détermination du pHi: Isoélectrofocalisation


Pour déterminer le pHi grâce à l’IEF le gel en polyacrylamide poreux et lâche est étalonné
avec des marqueurs de pHi c’est à dire avec des protéines de pHi connus. Ensuite le graphe ;
distance de migration (depuis l’un des pôles) = fonction (pHi) est tracé.
La distance de migration de la protéine d’intérêt permet ainsi de déterminer son pHi.

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51- Méthodes de dosages des protéines

a- Méthodes non spécifiques


Ces méthodes ne permettent pas de faire la distinction entre les différentes protéines d’un
mélange, par contre toutes les protéines ne réagissent pas forcément avec la même sensibilité
ce qui peut poser des problèmes de choix pour les protéines servant à l’étalonnage.
Ces méthodes sont:
• Méthode réfractométrique: l’indice de réfraction d’un milieu est proportionnel à sa
concentration en protéines totales
• Méthode de Kjeldahl : dosage de l’azote total après minéralisation.
• Méthodes spectrophotométrique
• En UV
- Mesure de l’absorbance à 280 nm
• Dans le visible (colorimétrie)

Solution de CuSO4
en milieu alcalin
(NaOH)

b- Méthodes spécifiques
Ces méthodes permettent de doser une protéine d’intérêt dans un milieu riche en protéines
totales, elles font toutes appel à la spécificité de la réaction Antigène-anticorps, l’antigène
étant ici la protéine d’intérêt. Ce sont des immunométhodes.

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