STRUCTURALE
ère
1 ANNEE BTS
IACC/IACP
1-Définition
2- Historique
La biochimie est une science récente et s’est développée à partir du 20è siècle. Elle s’appuie
sur 3 sciences plus anciennes : La chimie organique ; la physiologie ; et la physique. La
biochimie se différencie de la chimie organique par un certain nombre de caractères
particuliers à la cellule vivante. Elle se différencie de la physiologie par sa méthodologie.
- La biochimie structurale
- La biochimie métabolique
- La bioénergétique
- L’enzymologie
3- Domaine d’application
En pharmacie
En Médecine
En industrie Agroalimentaire
En microbiologie
1- Introduction :
Les glucides ou sucres sont les molécules, les plus abondantes à la surface du globe. La
majeure partie des glucides de la planète est produite par la photosynthèse. Très répandus
dans la matière vivante (5% poids sec animaux, 70% poids sec végétaux),les glucides peuvent
être oxydés pour produire de l'énergie dans les processus métaboliques. Chez les animaux et
les plantes, des polymères glucidiques (glycogène, amidon) servent de réservoir énergétique.
D’autres polymères (cellulose, chitine...) ont un rôle structural.
Des dérivés de glucides se retrouvent dans un grand nombre de molécules biologiques comme
les acides nucléiques, ADN et ARN.
Les glucides interviennent dans les interactions entre les cellules d’un même organisme.
Les glucides sont utilisés par des microorganismes pour infecter les organismes hôtes
(antigène).
1 – Définition
Les oses, monosaccharides ou encore sucres simples, possèdent un squelette carboné linéaire,
comportant 3 à 6 C (quelquefois 7, voire 8 carbones).Ce sont des polyalcools possédant une
fonction aldéhydique ou cétonique (fonction réductrice).
Ils sont appelés hydrates de carbone à cause de leur formule générale Cn(H 2O)n, mais
cette appellation n’est pas toujours justifiée car certains hydrates de carbones comme l’acide
acétique (C2(H2O)2) ne sont pas des oses.
+ Par le nombre de carbones de leur squelette (3 : trioses, 4 : tétroses, 5 pentoses, 6 : Hexoses
etc.)
Les oses les plus simples sont les trioses comportant trois carbones, on a deux types de
trioses :
Aldotriose Cétotriose
Glycéraldéhyde
Dihydroxyacétone
Exemple :
3.1- Définitions
On appelle isomères des composés qui ont la même formule brute, mais des formules
développées différentes. Une première différence dans la formule développée des oses porte
sur la position du groupement carbonyle (–CO-) ; si ce groupement est situé :
On parle de stéréoisomérie (ou isomérie optique), lorsque deux composés ont la même
formule brute, la même formule développée plane, mais dont la disposition relative des
groupements atomiques dans l’espace est différente.
Le carbone 2 est lié à quatre substituants différents : C'est un carbone asymétrique (C*).
La molécule du glycéraldéhyde est dite chirale (non superposable à sa propre image dans un
miroir).
Elle présente une activité optique : une solution de glycéraldéhyde fait "tourner" le plan de
polarisation de lumière qui la traverse d’un angle α appelé pouvoir rotatoire.
NB :
* Pour un ose donné, les formes D et L forment un couple d’énantiomères. Ils ont les mêmes
propriétés chimiques mais le pouvoir rotatoire est différent (identique en valeur absolue mais
de signe contraire).
* Un mélange équimoléculaire des deux énantiomères est appelé mélange racémique (n'a pas
d'activité optique).
* Le nombre n des stéréoisomères possibles avec x carbones asymétrique suit une progression
géométrique telle que : n = 2x.
Attention !
Diastéréoisomères :
Stéréoisomères qui ne sont pas énantiomères (pas images l’un de l’autre par rapport à un
miroir).
Deux oses épimères sont des diastéréoisomères qui diffèrent par la configuration d’un seul
carbone.
Tout aldose dérive théoriquement du glycéraldéhyde par une ou plusieurs étapes d'insertion
d'un chaînon asymétrique (H-C-OH), selon le principe dit de la filiation des oses. Cela est
confirmé par les réactions de synthèse de Kiliani-Fischer et de dégradation de Wöhl. (Voir
Synthèse de Kiliani-Fischer et dégradation de Wöhl ci-dessous).
(CH3CO)2O Ag2O
H2O
Les observations qui ont permis de dire que la représentation linéaire des oses n’est
satisfaisante sont entre autres :
Si le glucose se comporte comme un aldéhyde vrai avec certains réactifs, il n’en est pas de
même dans toutes les réactions caractéristiques de la fonction aldéhyde. Par exemple, il ne
recolore pas le réactif de Schiff (fuchsine décolorée par SO2), ce qui est pourtant une
caractéristique des aldéhydes.
- L’hémiacétalisation
Les aldéhydes et les cétones sous forme hydratée, réagissent avec 2 molécules d’alcool pour
donner des acétals, alors que les oses se combinent seulement avec une seule molécule
d’alcool pour donner un Hémiacétal.
C’est une représentation cyclique plane. La fonction carbonyle sous forme hydratée engage un
des OH dans un pont oxydique intramoléculaire avec un OH alcoolique (hémiacétalisation).
La fonction aldéhyde n’est donc pas libre mais condensée sous forme d’un hémiacétal ; on
parle de fonction hémiacétalique (fonction pseudo aldéhydique ou fonction pseudo
cétonique) : Elle perd ainsi certaines propriétés spécifiques des aldéhydes et cétones mais
conserve ses propriétés réductrices.
La cyclisation fait apparaitre un nouveau C*(C1 pour les aldoses et C2 chez les cétoses),
donnant deux nouveaux stéréoisomères appelés anomères (α ou β).On a l’anomère α lorsque
l’hydroxyle hémiacétalique et le pont oxydique sont du même côté et on a l’anomère β
lorsque le pont oxydique et l’hydroxyle hémiacétalique sont de côté opposé.
ß α
Les groupes OH qui se trouvent à droite dans la RT sont en dessous du plan horizontal formé
par le cycle dans la RH (dirigés vers le bas). Les groupes OH qui se trouvent à gauche dans la
RF sont au-dessus du plan du cycle dans la RH. (Dirigés vers le haut).
Règle de BOESEKEN (pour les structures possédant un reste de chaine carbonée) : pour les
structures ne possédant pas de reste de chaine carbonée. L’anomère α est celui dont le OH du
C1 (pour les aldoses) et du C2 (pour les cétoses) et celui du Carbone suivant sont du même
côté et l’anomère ß lorsqu’ils sont de côté opposée.
Quand on cyclise un ose, si l’OH entrant dans le pont oxydique (ou le pont oxydique) est situé
à droite, le reste de la chaine carbonée sera au-dessus du plan du cycle (orienté vers le haut).
S’il est à gauche, le reste de la chaine carbonée sera en dessous du plan (orienté vers le bas).
Règle 4 :Orientation des hydroxyles des carbones asymétriques du reste de la chaine carbonée
Lorsque le reste de la chaine carbonée est orientée vers le haut dans la représentation de
Haworth (RH), l’orientation des OH dans la Représentation de Fischer (RF) est le contraire de
celle de la RH. Si par contre le reste de la chaine carbonée est dirigé vers le bas dans la RH,
l’orientation des OH dans la RH est la même que ce qu’elle était dans la RF.
* Les oses sont solubles dans l’eau car présentent plusieurs groupes OH.la solubilité diffère
d’un ose à l’autre.
* Les solutions aqueuses concentrées sont visqueuses, on a des sirops (cristallisation difficile).
* Chauffé, le glucose fond vers 150 °C, mais commence aussitôt à se décomposer ; il
caramélise.
* La cristallisation est facilitée par ajout d’alcool (méthanol ou éthanol) où les oses sont peu
solubles.
Donc on peut séparer les oses par chromatographie de partage sur couche mince à cause de
leur différence de solubilité dans les solvants comme le mélange méthyl-éthyl-cétone (3
volumes), acide acétique (1 volume), méthanol (1 volume).
C’est l’angle α dont est dévié, le plan de polarisation de la lumière, traversant une épaisseur l
d’une solution de substance optiquement active.
Toute molécule chirale possède la particularité d’être optiquement active ou douée de pouvoir
rotatoire :
[α]D20° est le pouvoir rotatoire spécifique de la substance étudiée, l (dm) est la longueur de la
cuve polarimétrique et C (g/mL) la concentration de la solution étudiée.
* Lorsque la rotation se fait vers la droite le composé est dit dextrogyre et son pouvoir
rotatoire est positif
* Lorsque la rotation se fait vers la gauche le composé est dit lévogyre et son pouvoir
rotatoire est négatif
NB : Le pouvoir rotatoire d’un mélange de substances est la somme des pouvoirs rotatoires de
chaque substance. α = Σ [αi l Ci]
Ces transformations entre cycles pyrane et furane et entre l’anomère α et β se font dans des
conditions de douce acidité.
Le pouvoir rotatoire spécifique d’un ose ou d’un oside qui présente un phénomène de
mutarotation est toujours celui mesuré à l’équilibre.
En pratique, cela signifie qu’il faudra un certain temps avant de pouvoir faire la mesure du
pouvoir rotatoire d’une solution d’ose fraichement préparée, temps nécessaire à
l’établissement de l’équilibre entre les formes anomères.
´ et CB
CA ´ sont respectivement les concentrations de A et B dans le mélange.
mA mB
pA = et pB = on peut également l’exprimer en pourcentage :
mA +mB mA +mB
mA mB
pA = .100 et pB = .100 .
mA +mB mA +mB
pA +pB=1
Exercice d’application :
c- caractéristiques spectrales
L’aldose est ainsi transformé en acide aldonique. Le glucose donne l’acide gluconique, le
mannose donne l’acide mannonique, le galactose, l’acide galactonique.
b-Oxydation des oses par l’acide nitrique concentré à chaud (oxydation énergique)
Cas des aldoses :il y a oxydation simultanée des deux fonctions terminales de la molécule.
Ce qui donne un diacide carboxylique appelé acide aldarique. Le glucose donne l’acide
glucarique, le galactose donne l’acide galactarique ou acide mucique (optiquement inactif).
Cas des cétoses : il y a rupture de la chaine carbonée au niveau de la fonction cétone avec
formation d’un mélange d’acide carboxylique.
On obtient l’oxydation de la fonction alcool primaire. Ce qui donne des acides uroniques,
ainsi le glucose donne l’acide glucuronique, le galactose donne l’acide galacturonique.
- Glucose Acide D-
Ces réactions sont à la base des méthodes de mise en évidence du pouvoir réducteur et de
dosage des sucres réducteurs (et sucre non réducteurs après leur hydrolyse).
Cette réaction est utilisée comme test de caractérisation des oses. Elle est à la base de
l’épreuve de Tollens dite « Test du miroir d’argent ».
L’argent métallique formé se dépose sur les parois du tube en formant un miroir.
Cette méthode est à la base du dosage du glucose selon la méthode de Baudoin- Lewin
Réduction du ferricyanure
Cette réaction est à la base du dosage du glucose selon la méthode de Hagedorn – Jensen.
[Fe(CN)6]3- + e- ⇾ [Fe(CN)6]+
L’excès de ferricyanure restant après la réaction avec le glucose est ensuite réduit par les ions
iodures, avec libération d’iode. L’iode est ensuite dosé par le thiosulfate de sodium.
On reporte les résultats dans une table de correspondance entre la quantité de thiosulfate
utilisée et la masse de glucose contenue dans l’échantillon dosé.
L’acide picrique de couleur jaune est réduit en milieu alcalin et à chaud en acide picramique
rouge.
Il existe une adaptation de cette méthode au dosage du glucose, c’est la méthode de Lewis et
Benedict.
L’acide 3,5 dinitrosalicylique de couleur jaune est réduit en milieu alcalin et à chaud en acide
3-amino-5 nitro salicylique de couleur rouge orangé, qui absorbe spécifiquement à 530 nm.
Il existe une méthode colorimétrique de dosage des oses et osides réducteurs basée sur cette
réaction.
Les aldoses et les cétoses sont irréversiblement réduits en polyalcools (ositols) par addition
d'hydrure à l’aide d’agents alcalins : Borohydrure alcalins (NaBH 4, LiBH4). Les noms des
ositols s'obtiennent en remplaçant le suffixe -ose par le suffixe -itol.
Toutes les fonctions alcools, des oses peuvent être estérifiées par des acides. Le cas le plus
rencontré est celui des esters phosphoriques très importants dans le métabolisme glucidique.
Attention : il ne faut pas confondre les oses phosphorylés au niveau des fonctions alcools et
de la fonction hémiacétalique : la nature de la liaison n’est pas la même.
Si le groupement réducteur de l’ose est libre, il réagira lui aussi en formant un dérivé O-
méthyle ; cependant cette liaison n’est pas une liaison éther mais une liaison osidique, elle est
facilement hydrolysée en milieu acide.
La Perméthylation est une méthode très importante qui permet de déterminer le mode
d’enchainement des oses dans les osides et la nature de la structure cyclique des oses.
L’acide périodique coupe les liaisons C-C si chacun des carbones porte un hydroxyle (OH)
libre. En analysant les composés libérés par cette réaction, on peut obtenir des informations
sur la structure cyclique des oses : plus précisément sur l’emplacement du pont oxydique.
Après un tel traitement, l’alcool primaire donne l’aldéhyde formique (HCOH)tandis que
l’alcool secondaire donne l’acide formique (HCOOH).
Ces osazones sont des produits qui cristallisent facilement et dont les caractéristiques (aspect
de cristaux et point de fusion) peuvent permettre d’identifier les oses.
Cependant un aldose, son cétose isomère et son épimères en C 2 donnent la même osazone
réduisant ainsi fortement l’intérêt de cette méthode (qui de plus est dangereuse à cause de la
toxicité du réactif à la phénylhydrazine). Cette méthode d’identification a été longtemps
utilisée mais est actuellement tombée en désuétude.
b) Isomérisation alcaline
D-2-Désoxyribose
6.2-Les osamines
Ce sont des oses dans lesquels l’OH du C2 est remplacé par un groupement aminé NH2.
Les 2 plus importantes, sont des hexosamines dérivés du Glucose ou du Galactose par
substitution sur le C2.
On les rencontre dans les polyosides, le plus souvent sous forme acétylées, comme dans la
molécule de N-acétylglucosamine.
Ce composé se retrouve en tant que constituant de la muréine (peptidoglycane) des parois
bactériennes, ou encore de la chitine des insectes et crustacés.
La présence de la fonction amine acétylée, la rend plus résistante a l’hydrolyse*.
Glycérol
1-Définition
Bien qu’il existe des oses à l’état libre dans les tissus animaux et végétaux, ils sont
généralement soit sous forme condensée avec d’autres sucres : holosides, soit associés avec
d’autres molécules non glucidique : hétérosides.
Selon que ces associations sont de taille modeste ou de grandes taille, on parle
d’oligoholosides (de diholosides jusqu’à une dizaine d’oses), ou de polyholosides (jusqu’à
3000 oses). On distingue également des polyholosides homogènes ou hétérogènes selon
qu’ils sont composés d’un seul type d’oses ou de plusieurs variétés d’oses.
La liaison entre deux oses ou éventuellement une partie aglycone est appelé liaison osidique
(ou glycosidique).
La liaison osidique est formée par condensation avec perte d’une molécule d’eau entre l’OH
hémiacétalique d’un ose 1 et :
- Un autre OH (alcoolique ou hémiacétalique) d’un autre ose ou composé hydroxylé
- Un groupement –NH2 ou –SH
La participation de l’OH hémiacétalique d’un ose est obligatoire pour avoir une liaison
osidique. La liaison osidique va bloquer la forme anomère de l’ose engageant son OH
hémiacétalique, dans une conformation : soit α, soit ß.
Les enzymes qui interviennent dans l’hydrolyse de la liaison osidique sont, appelés osidases
et présentent une spécificité du type de liaison (nature de l’ose engageant son OH
hémiacétalique et anomérie α ou ß).
A peut-être lié par son carbone anomérique α ou ß à chacune des fonctions alcool de B.
A et B peuvent être liés par leurs carbones anomériques (liaison oside- oside) selon 4
combinaison configurations : α-α ;α-ß ;ß-ß ;ß-α .
Ils sont classés en fonction de leur pouvoir réducteur, conséquence de la liaison osidique.
Ce sont des diholosides qui possèdent une fonction hémiacétalique libre et qui peuvent se
présenter sous deux formes anomériques en équilibre (mutarotation).
a- Le lactose
C’est le principal glucide présent dans le lait des mammifères à un taux de 5%, soit 50g/L.
Il est formé de glucose et de galactose unis par une liaison osidique de type (ß 1→4).
b- Le maltose et l’isomaltose
L’hydrolyse enzymatique du maltose est catalysée par des α-Glucosidases ou maltases. Elles
sont synthétisées par les cellules intestinales, les levures, les végétaux et par certaines
bactéries.
c- Le cellobiose
C’est un produit de dégradation de la cellulose. Il est très proche du maltose dont il diffère par
la configuration du carbone anomérique du premier glucose en position ß.
Il est formé de 2 glucoses en position ß reliés par une liaison de type (ß 1→4). C’est le
Il n’ya donc pas de pouvoir réducteur pour ces osides. Ces osides présenteront un pouvoir
rotatoire mais pas de mutarotation.
a- Le saccharose
Le saccharose est un sucre très abondant chez les végétaux : c’est une forme de réserve
retrouvée dans les tiges de la canne à sucre ou dans les racines des betteraves.
On le retrouve également dans les fruits et le miel. Il possède un grand pouvoir sucrant, d’où
sa place économique importante.
Ils sont formés de glucose et de fructose unis par une liaison osidique de type (α1→ß2).C’est
l’α-D- glucopyranosyl (1→2) ß-D-fructofuranoside.
L’hydrolyse du saccharose peut être catalysée par 2 enzymes : soit une α-glucosidase, soit
une ß- fructosidase :
- La saccharase des levures par contre est une ß-fructosidase. Cette enzyme est aussi
appelée invertase car les produits d’hydrolyse du saccharose ont un pouvoir rotatoire
inverse de celui du saccharose (le saccharose est dextrogyre et le mélange équimolaire de
glucose et de fructose est lévogyre).
b- Le tréhalose
- Les α-Galactosides :
Les glucides des graines et farines de légumineuse (pois, haricot, soja) contiennent tous, ces
α-Galactosides en proportions variables, le soja en étant le plus riche. Ces oligosaccharides
ne sont pas digérés par l’homme et les animaux supérieurs (qui n’ont pas d’α-
galactosidases). Ces glucides sont dont indigestes pour l’homme et ne sont pas absorbés au
niveau de l’intestin grêle et lorsqu’ils arrivent au niveau du colon, ils sont fermentés par les
microorganismes ce qui peut être à l’origine des désordres intestinaux (flatulences et
diarrhées).
Le raffinose
Ils sont constitués par l’enchainement de quelques dizaines jusqu’à plusieurs milliers de
résidus d’oses. On parle aussi de polysaccharides.
On distingue les homopolyosides formés d’un seul type d’ose ou dérivés d’oses et les
hétéropolyosides formés d’oses de nature différente.
Les galactanes sont des polymères de D- galactose et les Xylanes des polymères de D-
Xylose.
Certains noms sont évocateurs : les chitosanes sont des polymères de D- glucosamine.
C’est la principale forme de réserve énergétique glucidique des végétaux. Il est abondant dans
les graines et les tubercules, et peut représenter jusqu’à 60% du poids sec d’un végétal.
Elle représente 15% à 30% de la masse de l’amidon. C’est un polymère linéaire de résidus
glucose (300 à 1000 résidus) reliés par des liaisons osidiques de type (α1→4).
Cette longue chaine prend une forme hélicoïdale à 6 résidus glucose par tour d’hélice,
stabilisée par des liaisons hydrogènes.
Elle diffère de l’amylose du fait qu’il s’agit d’un polymère ramifié : les résidus glucose sont
associés en chaines linéaires par des liaisons osidiques de type (α1→4) et on observe des
ramifications par branchement entre chaines par des liaisons de type (α 1→6).
Bien que très hydrophile (présence de nombreux groupements hydroxyles polaires) il est
insoluble dans l’eau froide : en dessous de 60 °C (obtention de lait d’amidon, suspension
blanche instable).
La fixation de l’iode (eau iodée ou lugol) sur les hélices d’amylose colore l’amidon en bleu
(Caractérisation de l’amidon).
b- Le glycogène
C’est la principale forme de réserve énergétique glucidique des animaux(dans les hépatocytes
et les muscles). On en retrouve également chez certaines bactéries, algues et levures.
Sa structure est très proche de celle de l’amylopectine avec les différences suivantes :
- les branchements ont lieu tous les 8 à 12 résidus et même de 3 à 5 au centre de la molécule
(plus ramifié, plus compacte et plus buissonnante) ;
c- L’inuline (fructanes)
Les inulines (fructanes) sont des fibres alimentaires solubles non digérées par l’Homme, mais
qui peuvent être fermentées préférentiellement par certaines composantes de la flore
intestinale bénéfique comme les Bifidobactéries. Les fructanes de faible degré de
polymérisation (DP), qui ont un goût sucré, constituent des édulcorants naturels de faible
indice glycémique.
Elle présente un intérêt industriel important : elle est très utilisée sans grande transformation
sous forme de papier, coton…
C’est un polymère de résidus glucose (environ 200 résidus) reliés par des liaisons osidiques
de type (ß 1→4). → (D-glucopyranosyl (1→4)) n.
L’hydrolyse chimique en milieu acide et à chaud est très difficile à réaliser car la cellulose
résiste à la plupart de produits chimiques. Cela est réalisée en milieu acide sulfurique très
concentré et à ébullition prolongée.
La cellulose joue cependant un rôle dans la digestion, comme fibre alimentaire (ou
« indigestible glucidique »).
Les fibres alimentaires jouent un rôle important dans le transit intestinal car elles augmentent
la consistance des sels grâce à leur pouvoir d’absorption d’eau. Ce qui stimule les contractions
de l’intestin et favorise l’activité bactérienne dans le colon. La carence en fibre peut conduire
à des troubles intestinaux.
b- La chitine
Elle diffère de la cellulose par le C2 du glucose dont le groupement hydroxyle est remplacé
par un groupement acétylamine. C’est un polymère de résidus N- acétyl –D-glucosamine
reliés par des liaisons osidiques (ß 1→4). On le retrouve dans le squelette extérieur des
invertébrés (crustacés, mollusques, insectes).
- Les polyholosides hétérogènes formés à partir de plusieurs types d’oses ou dérivés d’oses
(souvent limité à 2 types) :
Gomme : sécrétion des « gommiers » comme les acacias (galactoarabanes très
ramifiés).
Agarose ou agar-agar : extrait d’algues rouges (polyoside complexe de D et L-
galactose sulfaté) très utilisé en microbiologie pour la préparation de milieux de
culture gélifiés.
Carraghénates : extraits d’algues utilisés comme épaississants et gélifiants en
industrie agroalimentaire (polymère d’unités diosidique de galactose sulfaté
appelé carrabiose).
Polyuronide : polymère d’acide uronique
→ alginates : extrait d’algue brune (polymère d’acide β-D-Mannuronique et de β
L-guluronique).
→ Polymère d’unités d’esters méthyliques de l’acide D-galacturonique liés par
des liaisons de type β (1→4) constituant majeur de la pectine.
Les hétéropolysaccharides sont généralement utilisés comme additifs alimentaires pour leur
rôle d’agent de texture. Ce sont en effet des hydrocolloïdes, présentant un pouvoir
épaississant.
4-Les Hétérosides
On regroupe sous ce nom des molécules résultant de l’association covalente de glucides avec
d’autres types de molécules et on les désigne très souvent sous le terme de glycoconjugués :
1. Définition
Alors que la plupart des familles de molécules de base du monde vivant, sont définies par
leurs structures chimiques, les lipides (du grec lipos, graisse) sont caractérisés par une
propriété physique : la solubilité. Ce sont des composés à solubilité nulle ou faible dans l'eau
Les termes d'huiles, beurres, graisses, cires ne désignent que leur état physique liquide ou
solide à la température ambiante.
Exemple :
Fonction énergétique : Chez les vertébrés les lipides fournissent environ 30-35% de l'énergie
lorsqu'ils sont soumis à un régime normal.1g de lipide fournit 9kcal.
Rôle structural : Les lipides représentent environ 20 % du poids du corps. Les membranes
cellulaires ont une structure lipidique.
Rôle protecteur : Ils ont un rôle de protecteur à la surface de la peau, des organes vitaux
comme le cœur, les reins.
Ils résultent de la condensation d'acides "gras" avec des alcools par une liaison ester ou amide,
et on les subdivise en :
a- Les Glycérolipides
Dans ces lipides l’alcool est la sphingosine (alcool aminé insaturé à 18 carbones). On a dans
ce groupe :
- les sphingophospholipides
- les glycosphingolipides
c- les cires
NB : Les lipides simples sont des molécules ternaires contenant C, H, O. Les lipides
complexes contiennent en plus des précédents du phosphore, de l'azote, du soufre ou des oses.
- les Terpènes
- les Stéroïdes
Les lipides participent à des édifices supramoléculaires non covalents qui incluent des
protéines. Dans quelques cas, des protéines peuvent avoir une fraction lipidique liée de
manière covalente.
Ils résultent de la condensation d'acides "gras" avec des alcools par liaison ester ou amide.
Les acides gras sont des acides carboxyliques R-COOH dont le radical R est une chaîne
aliphatique de type hydrocarbure de longueur variable qui donne à la molécule son caractère
hydrophobe (gras).
La grande majorité des acides gras naturels présentent les caractères communs suivants :
- monocarboxylique
On distingue :
- les acides gras atypiques (acides gras hydroxylés, les acides gras cycliques…)
Les acides gras saturés ne possèdent ni double ou triple liaison dans leur structure. Leur
formule générale semi- développée et brute sont respectivement [CH 3-(CH2)n-2 -COOH] et
CnH2nO2.Avec n = nombre total d’atome de carbone.
Des dénominations parallèles coexistent, la nomenclature systématique s'efface souvent
devant les noms d'usage.
Pour les acides gras saturés :
Une série continue d'acides gras de nombre de carbones pair (4 à plus de 30) a été isolée des
lipides de source animale, végétale et microbienne.
Pour les plantes supérieures et les animaux, les acides gras les plus communs ont entre 14 et
20 carbones, avec une nette prédominance de ceux à 16 ou 18 carbones.
Les acides gras dont le nombre de carbones est supérieur à 24, sont essentiellement des
composants des cires protectrices fabriquées par des plantes, des bactéries et des insectes.
Leur formule générale est CnH2n-XO2 avec X=2n’’ ou n’’ est le nombre de double liaison de
l’acide gras. Ils représentent plus de la moitié des acides gras des plantes et des animaux, ils
possèdent :
- la première, ou la seule, double liaison est établie entre les C9 et les C10
Dans les acides gras insaturés, la position de la première double liaison peut s’exprimer :
- soit en partant du carboxyle (1er carbone) ; le symbole est Δ.
le symbole est Cn: m∆ (p, p'.)
Cn : nombre de carbones
m∆ : nombre de doubles liaisons
(p, p'…) : positions des doubles liaisons en numérotation normale
- soit en partant du méthyle (dernier carbone) ; le symbole est oméga ω. En médecine
clinique et en biologie, la désignation des acides gras insaturés la plus courante est
celle qui fait appel au symbole oméga (ω).
C’est un acide gras très abondant dans les graisses végétales et animales.
a) Solubilité
La solubilité des acides gras varie selon deux paramètres : la longueur de lachaine carbonée et
la présence ou non d’une ou plusieurs doubles liaisons.
Les acides gras à longue chaines sont insolubles dans l’eau cependant leurs sels alcalins (Na+,
K +) sont solubles dans l’eau. Les acides gras à courte chaines comme l’acide butyrique
(moins de six carbones) sont solubles dans l’eau.
b) Le point de fusion
Fusion : Passage d’un corps solide à l’état liquide.
• augmente avec le nombre de carbone.
• diminue quand le nombre de doubles liaisons augmente.
Les acides gras saturés sont liquides à 20° C si n <10 C et solides si n ≥ 10 C à la température
ambiante. Les acides gras insaturés sont liquides à la température ambiante.
Exemple :
Acide stéarique C18 : 0, point de fusion (P.F) = 69,5°.
Acide oléique C18 : 1∆9, point de fusion (P.F) = 13,4°.
c) Point d’ébullition
Ébullition : Phénomène qui accompagne le passage d’un corps de l’état liquide à l’état
gazeux.
Le point d’ébullition est d’autant plus élevé que la chaine carbonée est longue, la présence de
doubles liaisons est pratiquement sans influence.
d) Propriétés spectrales
Ces propriétés spectrales sont utilisées pour le dosage des acides gras.
A l’état pur, les acides gras sont incolores et on remarque que les A.G éthyléniques à doubles
liaisons conjuguée ont un spectre tout à fait caractéristique dans l’UV (Le maximum
d’absorption dépend du nombre de doubles liaisons conjuguées).
Les A.G éthyléniques à doubles liaisons en position malonique n’ont pas un spectre
caractéristique dans l’UV.
Cependant par chauffage à 180°C pendant une heure en présence de potasse alcoolique, on
transforme les A.G éthyléniques à doubles liaisons en position malonique en leurs isomères à
doubles liaisons conjuguée (Migration des doubles liaisons).
Dans les lipides, ce groupement est rarement libre. Le pKa du groupe est d'environ 4,75 à
25°C. L'acidité libre des lipides est dosable à froid par une base forte (NaOH ou KOH) : elle
sert de marqueur de la dégradation des corps gras en contrôle alimentaire.
56∗1000∗na
Pour une mole de matière grasse on a Ia=
M
mKoH (mg)
D’une manière générale on exprime : Ia=
masse(MG)(g)
Suite à un dosage direct des acides libres de la matière grasse à froid par le KOH, on calcule :
CKOH ∗VKOH∗56
Ia=
masse ( MG ) ( g)
L’anion a 2 pôles
R COO-
Hydrophobe Hydrophile
Ces molécules appelées amphiphiles ou amphipathiques, sont tensioactives : elles abaissent la
tension superficielle de l’eau d’où leurs propriétés.
C'est un procédé de routine d'évaluation de l'insaturation d'un acide gras par addition d'iode
dans des conditions particulières qui évitent les substitutions (catalyseur, obscurité). On
détermine l’indice d’iode (Ii).
L’indice d’iode exprime le degré d’insaturation d’un corps gras : c’est la masse d’iode,
exprimée en gramme, qui se fixe lors d’une réaction d’addition sur 100 g de corps gras.
avec n’’ = nombre de double liaison. 254 = Masse molaire du diiode (2xMI).
Ce procédé est utilisé pour transformer des huiles comestibles d'acides gras insaturés en
margarine qui est composée d'acides gras saturés qui sont solides à la température ambiante et
qui de plus ne s'oxydent pas. Ce procédé utilise le dihydrogène et se fait en présence de
catalyseurs.
L’Intérêt de cette technique est qu’elle permet de stabiliser les huiles vis-à-vis de l’auto-
oxydation et de produire des margarines.
L’inconvénient est que ce procédé diminue la valeur nutritionnelle des huiles (baisse du taux
d’acides gras essentiels) et fait apparaitre des isomères d’acides gras essentiels indésirés.
L'oxydation chimique
Les oxydants puissants (ozone, ion permanganate en milieu alcalin) provoquent la scission de
la molécule d'un acide gras insaturé en mono et diacides :
le rancissement qui produit des peroxydes puis, par rupture de la chaîne, des aldéhydes
responsables de l'odeur, et des acides (tous toxiques).
la siccativité : des huiles polyinsaturées comme l'huile de lin, par fixation du dioxygène,
se polymérisent en vernis et solides imperméables. Cette polymérisation est à la base de la
fabrication des peintures à huile.
Remarques
Plus le nombre de double liaison est élevé, plus l’autoxydation n’est rapide.
Certaines huiles contiennent de la vitamine E : antioxydant naturel.
On peut éviter ce processus par l’emploi d’antioxydants (conservation).
- L'oxydation biologique
Les lipides insaturés des membranes subissent une dégradation lors d'agression oxydative
(irradiation ultra-violette, espèces réactives de l'oxygène comme les peroxydes ou les radicaux
libres). La vitamine E, composé terpénique, a un effet protecteur contre cette dégradation.
(Agent antioxydant)
Nomenclature
La nomenclature doit permettre d'écrire la formule développée d'un glycéride sans ambiguïté :
Pour les α-monoacylglycérols, les αβ-diacylglycérols ou les diglycérides mixtes ou encore les
triacylglycérols mixtes, le carbone C2 (ou β) du squelette du glycérol devient un carbone
chiral. Pour les triacylglycérols (TAG), la nomenclature adoptée est celle du système
numérotation stéréospécifique (sn), sachant que la configuration des TAG mixtes naturels
peut être rattachée à la configuration du L-glycéraldéhyde :
la formule du TAG est écrite en sachant que l'OH secondaire est à gauche en
projection de Fisher
-Ils sont insolubles dans l'eau et très solubles dans les solvants les plus apolaires comme
l'acétone.
-Agités dans l'eau, ils forment des émulsions très instables qui se transforment en système
biphasique. Les tensioactifs, comme les savons, les dispersent et stabilisent ces émulsions où
les TAG se mettent en suspension sous forme de micelles.
Elles sont celles des chaînes d'acides gras et celles des esters :
L'hydrolyse chimique
Le traitement acide libère les constituants : les acides gras et du glycérol mais en général de
façon incomplète.
Alcoolyse
L'hydrolyse enzymatique
La saponification
- doser la fraction non saponifiable d'un extrait lipidique qui contient les lipides non acides et
non esters (hydrocarbures, isoprénoïdes…) ;
- déduire un indice de saponification défini comme la masse de KOH (en mg) nécessaire
pour saponifier (neutraliser les acides libres et saponifier les esters) une masse de 1g de
corps gras.
2. Les glycérophospholipides
Ce sont les lipides les plus nombreux et les plus représentés qui sont construits à partir du
squelette d'un monoester du glycérol.
2.1. Structure
La formule
générale des
glycérophospholipides est :
Les glycérophospholipides sont présents chez les animaux, les plantes et microorganismes
dont l'importance d'abondance est par ordre décroissant : les lécithines, les céphalines, et les
inositides. Pour chaque groupe, le nombre de molécules différentes est très important, on
compte jusqu'à 20 phosphatidylcholines différentes dans les hématies humaines et jusqu'à une
centaine pour les lipides du lait.
Malgré cette diversité, la plupart du temps, les deux acides gras sont différents avec :
Dans le duodénum, elle est le fait de la lipase pancréatique dont l’action est augmentée par les
sels biliaires. Elle est assurée par des phospholipases ou lécithinases selon le schéma suivant :
PLA1 est présent chez les champignons ; PLA2 est présent dans les venins de serpents et de
scorpions ; PLC est présent dans les toxines bactériennes et virales et PLD dans les végétaux
tels que les chou et carottes.
Ils auront donc une affinité pour les milieux hydrophobes par l'extrémité apolaire et une
affinité pour les milieux hydrophiles par l'autre extrémité polaire.
A pH 7, ils possèdent une charge négative (-) au niveau du groupement phosphoryle (pHi du
groupement phosphoryle=4,7). Ils possèdent également une charge positive (+) au niveau du
groupement aminé. Enfin ils possèdent une charge négative (-) au niveau du carboxyle
lorsqu’il existe (phosphatidylsérine). Ce sont des composés amphipathiques.
- ils sont solubles dans des mélanges de solvants organiques (chloroforme (apolaire) +
méthanol (plus polaire), mais insolubles dans l'acétone.
- leur solubilité dans l'eau est très limitée, ils s'organisent en micelles ou en couches
(bicouche lipidique sphérique) dont la face externe est hydrophile ainsi que la face interne.
Cette organisation joue un rôle fondamental dans la constitution des membranes biologiques.
Ce sont des amides de la sphingosine qui se forment par liaison du carboxyle de l’AG sur le
-NH2de la sphingosine (dialcool aminé de 18 carbones) :
1. Acylsphingosine ou Céramide
Le plus simple des sphingolipides est le céramide ou acylsphingosine. L’acide gras est saturé
et à longue chaîne.
Liaison amide
BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 63
Le Céramide est un second messager intracellulaire.
2. Les Sphingomyélines
• Elles sont constituées de l’association : Sphingosine + AG + Phosphorylcholine
3. Les Glycosphingolipides
Ce sont des sphingolipides qui ne comportent pas de phosphore, on trouve dans leur structure
un ou plusieurs oses ou dérivés d’oses.
a. Cérébrogalactosides ou Galactosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + βD Galactose
• Le galactose est uni à l’alcool primaire de la sphingosine par une liaison β osidique
b. Les Cérébroglucides ou Glucosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + βD Glucose
La liaison est β osidique.
c. Les Gangliosides ou Oligosylcéramides
Ils sont constitués de :
Sphingosine + AG + chaîne de plusieurs oses et dérivés d’oses (= oligoside)
Ils sont abondants dans les ganglions d’où leur nom. Ces oligosides sont présents sur la face
externe de la membrane plasmique. Ils sont spécifiques, donc reconnus par des protéines
(toxines bactériennes, lectines).
Exemple : antigènes des groupes sanguins.
1- Les cérides
Ils doivent leur nom générique au fait qu'ils sont les principaux constituants des cires
animales, végétales et bactériennes.
La composition des cires est relativement complexe, elles contiennent à côté de différents
cérides, des alcools et acides gras libres et souvent des hydrocarbures saturés à longue chaîne.
-le blanc de baleine est un mélange de triacylglycérols insaturés et d'une cire simple constitué
à plus de 90% de palmitate de cétyle.
-la cire d'abeille de composition complexe est riche en palmitate de céryle (1-hexaicosanol
(26 carbones)) et de myricycle (1-triacontanol (30 carbones)).
-les cires des parois bactériennes sont des acides mycoliques estérifiés par des alcools à
longue chaîne (icosanol 20 carbones) ou des hydroxyles d'osides.
Propriétés
La structure à deux longues chaînes carbonées saturées fait des cérides des composés :
- à très forte insolubilité dans l'eau (très apolaires) : ils sont seulement solubles à chaud dans
les solvants organiques
- inertes chimiquement : ils résistent aux acides et à la plupart des réactifs et sont difficilement
saponifiables.
Rôles biologiques
Les propriétés énumérées dans le paragraphe précédent en font des molécules essentielles des
"revêtements" de protection des organismes vivants :
- enduit imperméabilisant les plumes d'oiseaux aquatiques. On les trouve aussi dans la peau
des animaux marins et dans les fourrures
Ils peuvent quelquefois constituer des réserves énergétiques comme dans le cas du plancton
marin. Les animaux supérieurs et l'homme ne métabolisent pas les cires, seuls les insectes en
sont capables.
Autres
De la cire d'abeille à l'huile de Jojoba, ces cérides sont utilisés comme bases des lotions,
onguents, pommades, crèmes, fards et aussi dans les enduits et encaustiques.
- Les tissus d'animaux contiennent peu d'acylcholestérols au contraire du plasma qui contient
une forme estérifiée par des acides gras à 16 ou 18C qui représente les 3/4 du cholestérol
total. Le cholestérol et ses formes estérifiées sont transportés avec les autres lipides sous la
forme d'associations non covalentes : les lipoprotéines.
Les esters de cholestérol alimentaire sont hydrolysés par une cholestérolester hydrolase du suc
pancréatique.
- La lanoline, graisse qui gaine les fibres de kératine de la laine, est un mélange complexe de
triterpènes, de cérides, de stérols et de leurs esters (36 acides gras et 33 alcools gras ont été
identifiés). Sa capacité exceptionnelle à fixer l'eau (le tiers de sa masse) est utilisée en
dermatologie et dans les produits cosmétiques.
Les composés naturels dépourvus d'acides gras, trait commun des lipides vrais, mais qui leur
sont apparentés par leurs propriétés physiques et en particulier leur solubilité, sont dits
composés à caractère lipidique :
CH2¿C-CH=CH2 isoprène
CH3
- les sesquiterpènes (n=1,5) sont trouvés dans les fractions lourdes d'essence et huiles
essentielles mais aussi dans les hormones d'insectes et dans la prénylation des protéines
- les diterpènes (n=2) sont trouvés chez les végétaux dans les résines, les hormones et chez les
animaux dans les composants des vitamines liposolubles A1 et A2.
- les triterpènes (n=3) sont des constituants de revêtements chez les végétaux et le précurseur
du cholestérol chez les animaux(le squalène).
- les tétraterpènes (n=4) forment la famille des carotènes et des xanthophylles chez les
végétaux et sont les précurseurs de la vitamine A chez les animaux
- les polyprénoides sont trouvés dans les gommes xanthophylles chez les végétaux et dans les
polyprénols.
Les monoterpènes (10 carbones): l'ocimène (basilic), le myrcène (laurier), le géraniol sont
des monoterpènes acycliques alors que le limonène, le pinène sont des monoterpènes
cycliques.
Limonène
Les sesquiterpènes: très nombreux dans le règne végétal. Ils sont aussi les hormones
juvéniles des insectes à travers des dérivés où un groupe ester-méthyle est présent à une
extrémité et un pont époxy à l'autre extrémité.
- des composés linéaires comme le phytol, une des chaînes latérales de la chlorophylle.
Le lycopène est une forme acyclique notée Ψ, Ψ carotène qui a 13 doubles liaisons dont
11 sont conjuguées. Il colore la tomate, l'abricot, le paprika.
Trois formes dérivées par cyclisation existent et sont notées α-carotène, β-carotène et γ-
carotène :
Ces carotènes sont pour les animaux les précurseurs indispensables de la vitamine A. Elle
provient de la coupure oxydante enzymatique sur la liaison de condensation 4-4 des carotènes.
La vitamine A, ou rétinol (diterpène-alcool cyclique), doit son activité au cycle β-ionone et à
la configuration trans de toutes ses doubles liaisons.
- Le rétinal, rétinol modifié par une fonction aldéhyde (en remplacement de l'alcool), dont une
double liaison est en conformation cis, est le groupement prosthétique de la chromoprotéine,
la rhodopsine, pourpre rétinien des cellules à bâtonnets.
- Les xanthophylles
Ils forment une famille de chromophores des plantes, pigments annexes des chlorophylles
dans la photosynthèse, par exemple la lutéine (β, ε-carotène-3, 3'-diol). Ils entrent aussi dans
la composition des lipides membranaires de certaines archéobactéries.
Des isoprènes sont trouvés dans des molécules particulières comme l'acide lysergique (LSD).
Les mycotoxines de la moisissure Fusarium. On les trouve dans des composés à activité
biologique pour lesquels cette chaîne forme un bras (isoprénique) qui permet l'insertion de ces
molécules dans des phases lipidiques comme les membranes, les lipoprotéines. La partie
réactive peut être un noyau aromatique comme le phénol ou une quinone, une naphtoquinone,
un tocophérol ou encore une protéine.
Les ubiquinones : extraites de la membrane interne des mitochondries animales, elles sont des
transporteurs d'électrons (système oxydo-réducteur quinone/phénol) et sont souvent appelées
coenzymes Q dont le plus représenté est un homologue à 10 unités (coenzyme Q10).
Les plastoquinones : elles appartiennent à la membrane des chloroplastes des végétaux, jouant
un rôle équivalent aux transporteurs d'électrons dans la chaîne d'oxydoréduction
photosynthétique. Le nombre d'unités le plus fréquent du prénoïde est de 9.
La vitamine K1, ou phylloquinone, est biosynthétisée par les végétaux verts. C'est une
naphtoquinone à bras phytyle (diterpène) plus ou moins saturé.
Ces molécules sont des 6-chromanols substitués, porteurs d'une chaîne isoprénique à 3 unités
isoprènes. Cette chaîne est commune à tous les dérivés et est indispensable pour leur activité.
Son rôle serait une protection des acides gras polyinsaturés essentiels, des acides gras des
membranes et des lipoprotéines contre l'agression oxydante qui les dégrade par peroxydation :
rôle de piège à radicaux libres.
2. Les stéroïdes
Les stéroïdes diffèrent les uns des autres par la nature et la position des différents
groupements portés par ce noyau, par la présence éventuelle de doubles liaisons et
leurnombre. Les stéroïdes naturels sont répartis en quatre séries :
- les stérols
Les stérols des animaux : outre le cholestérol, principal stérol des animaux, on peut citer :
- coprostérol
BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 71
- 7-déhydrocholestérol
- stérols de la lanoline
- ergostérol : c'est le plus important des stérols d'origine végétale. Il diffère du cholestérol
Par une double liaison dans le noyau en 7-8 et par une chaîne aliphatique insaturée à 9
carbones (double liaison en 22-23 et méthylation en 24). C'est le précurseur de la vitamine
D2.
- Réaction de LIEBERMANN
- Réaction de SALKOWSKI
L’addition à une solution chloroformique de stérol d’HCl à 10% donne une coloration rouge
de la phase chloroformique. Cette réaction permet une mise en évidence de la présence de
stérol.
Synthétisés par le foie et concentrés dans la bile, les sels biliaires ont deux fonctions :
-émulsification des lipides permettant leur digestion enzymatique dans l'intestin par la lipase
pancréatique (propriétés des corps amphiphiles)
- élimination du cholestérol
Ce sont des sels d'acides provenant du cholestérol puis condensés (ou conjugués) avec un
acide aminé ou un dérivé.
L'acide cholique est dérivé du cholestérol par amputation de la chaîne latérale de 3 carbones,
oxydation de la chaîne latérale (acide carboxylique) et hydroxylation en α (inverse des stérols)
pour les positions 3, 7 et 12.
Ces acides sont ensuite conjugués par une liaison amide avec la fonction amine d'un acide
aminé, la glycine ou d'un dérivé de la cystéine, la taurine. Les sels de sodium sont appelés sels
biliaires.
Ces molécules sont présentes chez les animaux et les végétaux et sont des molécules
"informatives", régulateurs de métabolisme ou médiateurs cellulaires.
Elles dérivent toutes du cholestérol par réaction de coupure sur la chaîne latérale, ou par
hydroxylation ou oxydation. Elles sont classées en trois groupes selon le nom générique de
leurs métaboliques hormonaux :
- l'androstane : sans chaîne latérale, c'est le noyau des androgènes représentés par la
testostérone.
La nature stéroïde de ces hormones les différencie des hormones peptidiques ou protéiques :
- elles sont lipophiles et traversent les membranes. Leurs récepteurs ne sont donc pas
membranaires mais intracellulaires.
Vitamines liposolubles D
Elles sont indispensables à la minéralisation du tissu osseux par leur intervention dans le
métabolisme phosphocalcique. Cette activité est due à des dérivés et ils sont désignés sous le
nom de pré-vitamines.
Ces composés sont des stérols di-insaturés en 5 et 7 et où le cycle B est rompu par coupure de
la liaison 9-10 : cette modification a lieu par réaction photochimique.
Les deux substances naturelles abondantes que l'on trouve sont la vitamine D2 ou
ergocalciférol, formée à partir de l'ergostérol (végétaux), et la vitamine D3 ou cholécalciférol
formée à partir du
Introduction
Le terme protide désigne l’ensemble des acides aminés naturels et de leurs combinaisons
chimiques qui sont les peptides (enchaînement d’un petit nombre d’acides aminés,
structure simple, nAA < 100) et les protéines (enchaînement d’un grand nombre d’acides
aminés, architecture complexe, nAA ≥ 100).
Chimiquement les protides sont caractérisés par la présence d’azote en proportion importante
(± 16 %) et d’un peu de soufre.
Les protides sont indispensables au fonctionnement des cellules car de nombreuses fonctions
vitales dépendent d’eux :
Rôle structural
Les protéines fibreuses sont appelées protéines structurales car elles constituent le principal
matériau de construction chez les Vertébrés. Elles constituent environ 54% de notre poids sec.
Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la kératine, le fibrinogène et les
protéines musculaires.
Fonction enzymatique
Les enzymes (catalyseurs des réactions biochimiques) sont des protéines.
Rôle de transporteur
L’hémoglobine transporte l'oxygène dans le sang ; les lipoprotéines transportent les lipides et
le cholestérol. Certaines protéines au niveau des membranes cellulaires participent au
transport transmembranaire.
Rôle dans la transmission de l’information génétique
C’est en terme de protéine que l’information génétique est traduite.
Rôle dans la défense de l’organisme
Les anticorps sont des protéines très spécialisées qui reconnaissent et inactivent-les bactéries,
les toxines et certains virus.
Certaines protéines ont par contre des propriétés antigénique et toxique.
Ca
COOH
HC
NH2
R
Les 20 acides aminés naturels se distinguent entre eux par la structure de R qui est nommé
radical ou chaîne latérale. R peut être un radical purement hydrocarboné ou comporter un
groupement fonctionnel.
Les AA hydroxylés
Les AA basiques
Il existe une phrase mnémotechnique pour se souvenir des 8 AA indispensables chez l’adulte :
Le Très Lyrique Tristan Fait Vachement Méditer Iseult, ce qui donne : Leucine, Thréonine,
Lysine, Tryptophane, Phénylalanine, Valine, Méthionine, et enfin Isoleucine.
Liste des 20 acides aminés naturels avec leurs symboles :
1.3.1- Solubilité
Les AA sous forme solide sont en général des poudres blanches cristallisées. Ils ont une
solubilité plus ou moindre dans l'eau et dans les solvants organiques selon la nature du radical
R. Si R est polaire ou ionique la solubilité dans l’eau est importante, si R est apolaire la
solubilité dans l’eau est plus faible.
1.3.2-Propriétés optiques : le pouvoir rotatoire
Tous les acides aminés sauf le glycocolle possèdent au moins un carbone asymétrique C*, qui
est le carbone α. Il existe pour chaque acide aminé au moins deux stéréo-isomères D et L qui
forme un couple d’énantiomères.la stéréoisomérie des acides aminés est la même que celle du
glycéraldéhyde (le groupement aminé NH2 jouant le rôle du OH).
1.3.4- Propriété ionique (Dissociation des acides aminés et calcul de leur pHi
NB: ● Tous les AA ont au moins 2 groupements ionisables :
● En fonction du pH du milieu. Les AA peuvent se présenter soit sous forme acide, soit
sous forme basique : On dit donc que les AA sont des composés Amphotères :
+
Cas des AA Monocarboxylique et diaminé: H3N CH COOH = A++ en milieu
très acide :
H3N+
Milieu acide ⇾ milieu basique
k1
K K2 KR
++ ++ -
A A A+- A-
+
Cas des AA Dicarboxylique et Monoaminé: H3N CH COOH =A+
COOH
K1 KR K2
+ +-
A A A+ - - A- --
NB : Du milieu acide vers le milieu basique, la dissociation des fonctions se fait dans l’ordre
+
croissant de leur pK. Le groupement αCOOH (pK ≈ 2) se dissocie avant le H3N (pK ≈ 9)
car la dissociation se fait par le NaOH.
1.3.5- Courbes de titration
On étudie la dissociation des fonctions ionisables d’un acide aminé par sa titration ou
neutralisation soit avec HCl, soit avec NaOH. Les courbes de titration obtenues permettent de
déterminer les pHi, pK1, pK2, pKR ainsi que les zones de pH dans lesquelles les acides aminés
fournissent des solutions tampons.
Exemple1 : pour un acide aminé monocarboxylique monoaminé
On obtient une courbe diphasique correspondant à la neutralisation successive du carboxyle
COOH et de la fonction NH3+.
Ce sel a pour nom : (nom de l’acide aminé terminé par ate) de sodium, ex glycinate de
sodium.
A l’inverse la fonction -COO- réagit avec un acide pour redonner -COOH
• Réduction
R-CH2-NH2 + CO2
Cette réaction est intéressante d’un point de vue biochimique. Elle aboutit à la formation
d’une amine.
Cette décarboxylation peut se faire par :
- voie chimique : chauffage de l’AA dans une solution inerte
- Voie enzymatique : sous l’action d’enzymes, les décarboxylases produites par certaines
bactéries.
Ornithine → Putrescine + CO2
Lysine → Cadavérine + CO2
Histidine → Histamine + CO2(provoque des allergies).
Tyrosine → Tyramine + CO2
a- Formation de sels
Les acides aminés réagissent avec les acides en formant des sels. Le groupement amine capte
un proton. Ce sel a pour nom : chlorhydrate d’acide aminé.
C’est la substitution de l’hydrogène de la fonction amine des acides aminés par des radicaux
aromatiques. On obtient des dérivés phénylés. Les réactions de N- arylation sont à la base des
méthodes d’identification des acides aminés.
Les DNP-AA sont des composés jaunes caractéristiques de chaque acide aminé et facilement
identifiable par chromatographie.
Les DANSYL –AA sont fortement fluorescents en lumières ultraviolet, ce qui facilite leur
identification en chromatographie.
Désamination
L’acide nitreux réagit sur les acides aminés en libérant du diazote qui peut être dosé.
La réaction de Maillard est l'ensemble des interactions résultant de la réaction initiale entre un
sucre réducteur et un groupement aminé. Cette réaction a une importance énorme dans la
chimie des aliments.
Elle est la responsable principale de la production des odeurs, des arômes et des pigments
caractéristiques des aliments cuits. Elle peut aussi donner naissance à des composés
cancérigènes et également réduire la valeur nutritionnelle des aliments en dégradant des
acides aminés essentiels.
Rappel : cette technique consiste à faire migrer les acides aminés dans un champ électrique.
BIOCHIMIE STRUCTURALE PREMIÈRE ANNÉE BTS IACC ET IACP Page 87
En fonction du pH, les formes cationiques migreront vers la cathode (pole -) et les formes
anioniques migreront vers l’anode (pole +).
Les acides aminés qui seront sous la forme dipolaire, c'est-à-dire ayant leur pHi = pH
d’électrophorèse ne migreront pas.
PH croissant
NB: Lorsque:
L’électrophorèse des acides aminés peut être réalisée sur une feuille de papier filtre ou
d’acétate de cellulose imbibée d’une solution tampon dont les deux extrémités trempent dans
des bacs contenant des électrodes. Après électrophorèse, les supports sont séchés et les acides
aminés révélés par la ninhydrine.
Exemple : électrophorèse à pH3,9 d’un mélange d’acide aminés
1.5.2-La chromatographie
Généralités :
La chromatographie, méthode d'analyse physico-chimique, sépare les constituants d'un
mélange (les solutés) par entraînement au moyen d'une phase mobile (liquide ou gaz) le long
d'une phase stationnaire (solide ou liquide fixé), grâce à la (ré) partition sélective des solutés
entre ces deux phases. Chaque soluté est donc soumis à une force de rétention exercée par la
phase stationnaire et une force de mobilité due à la phase mobile.
Les facteurs qui interviennent dans le partage des molécules à séparer entre les phases fixe et
mobile sont : la solubilité dans un solvant liquide, la taille (la forme),la polarité, lacharge
électrique, la présence de groupements d'atomes formant des sites particuliers.
Les différents types de chromatographie résultent du fait que l'on a privilégié l'effet de l'un ou
l’autre de ces facteurs, mais l'exclusivité d'un mécanisme n'est jamais totale au cours d'une
séparation chromatographique.
Rf = d/h
La Rf est une caractéristique d’un composé dans un système donné pour des conditions
opératoires définies.
La Chromatographie papier peut être bidimensionnelle : le dépôt du mélange à analyser se fait
dans un angle, sans témoin, la migration dans la 1ère dimension se fait avec un premier
La fixation des molécules sur la résine se fait à pH acide et l’élution se fait selon l’ordre
croissant des pHis (ou pI) des acides aminés ou des protéines.
● La résine échangeuse d’anions: Elle est chargée positivement (+). Elle va donc
retenir toutes les protéines ou les AA chargés négativement.
l’élution se fait selon l’ordre décroissant des pHis des acides aminés ou des protéines.
pH >> pI pH << pI
+
+Élution
2- Les Peptides
Un peptide est une molécule résultant de la condensation d’acides aminés liés les uns autres
par des liaisons peptidiques. Cette liaison résulte de la réaction entre la fonction -COOH du
1er AA et la fonction –NH2 du 2ème AA avec élimination d’eau.
Pour une écriture simplifiée, les acides aminés peuvent être représentés par leur symbole à
trois lettres (Glu-Cys-Lys-Gly) ou à une lettre (E-C-K-G).
Le bromure de cyanogène ( CNBr ) coupe les liaisons peptidiques dans lesquelles une Met
engage sa fonction acide, elle est transformée en HSL homosérine lactone.
L’angiotensine II une hormone du sang d’origine hépatique qui régule la pression sanguine :
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe
Le glucagon est une hormone pancréatique hyperglycémiante comportant 29 AA
L’insuline est une hormone pancréatique hypoglycémiante comportant 51 AA en deux chaînes
unies par un pont disulfure.
a) Glutathion
Localisé dans les hématies au niveau du sang, il joue un role dans le transport
transmembranaire des acides aminés et joue un rôle d’anti oxydant.
Le glutathion est un tripeptide comprenant trois acides aminés : acide glutamique, cystéine et
glycocolle. La cystéine et le glycocolle sont liés par une liaison peptidique.
La liaison entre l'acide glutamique et la cystéine est une liaison amide entre la fonction acide
du radical de l'acide glutamique et la fonction amine de la cystéine.
En somme le glutathion est le γ-glutamyl-cystéinyl-glycocolle.
Par la fonction thiol du radical de la cystéine, le glutathion peut exister sous une forme réduite
(représentée ici) ou sous une forme oxydée dans laquelle deux molécules de glutathion sont
liées par un pont disulfure.
-OOC—CH—CH2—CH2—CO—NH—CH—CO—NH—CH2—COO-
| |
NH2 CH2
|
SH
2.3.2). Peptides d’intérêt alimentaire
Les édulcorants de synthèse à haut pouvoir sucrant sont souvent de nature peptidique.
Exemple : structure de l'aspartame (200 fois plus sucré que le saccharose): c’est un dipeptide
méthylé : l’aspartyl-phénylalanine méthyl ;
Les protéines sont des constituants fondamentaux des organismes vivants, ce sont des
polymères d’acides aminés (nombre d’AA >100), de haut poids moléculaire pouvant atteindre
1000 000 D, (la plupart entre 25000 D et 200000 D). Une protéine peut être formée d’une
seule chaîne polypeptidique (monomère) ou de plusieurs (dimères, tétramères, …)
Suivant leur composition on distingue :
• Les holoprotéines qui sont formées uniquement d’unité(s) polypeptidique(s)
• Les hétéroprotéines auxquelles un groupement prosthétique non protidique est associé. Il
peut être constitué par un enchaînement glucidique, des lipides, un ion métallique, un acide
nucléique, un coenzyme, un hème ….
Suivant leur forme se distingue :
• Les scléroprotéines ou protéines fibreuses, de forme allongée, peu solubles, très résistantes
ce sont des molécules de structure. Les principales protéines fibreuses sont le collagène, la
kératine, le fibrinogène et les protéines musculaires.
Le collagène se trouve dans les os, la peau, les tendons et les cartilages.
La kératine, présente dans les couches supérieures de l'épiderme, dans les cheveux, les ongles,
les écailles, les sabots et les plumes.
Le fibrinogène est une protéine plasmatique sanguine responsable de la coagulation du sang.
Grâce à l'action de la thrombine, le fibrinogène est converti en molécules de fibrine, une
protéine insoluble, qui s'agglutine pour former un caillot protecteur contre les hémorragies. La
myosine se lie à l'actine, une autre protéine musculaire, pour donner l'actomyosine. Les
filaments de l'actomyosine peuvent se raccourcir et provoquer la contraction des muscles.
1.2.2- Le feuillet β
Les feuillets bêta (β-sheet en anglais) se forment quand des parties de la longue chaîne
polypeptidique se replient et se longent l'une et l'autre, côte à côte, en formant des ponts
hydrogènes avec la chaine voisine. On parle de feuillets bêta parallèles quand les chaînes vont
dans le même sens et d'antiparallèles quand elles vont dans des directions opposées. La
direction des angles de liaison alterne dans un feuillet bêta (un positif, l'autre négatif), donnant
à la chaîne une allure en zigzag.
On retrouve beaucoup de feuillet bêta dans la soie de ver (Bombyx mori) et la toile d'araignée.
2.1- Solubilité
Les protéines fibrillaires sont généralement peu solubles dans l’eau et les protéines
globulaires solubles. Cette solubilité est fonction de la composition du milieu en particulier du
pH et de la force ionique.
Influence du pH: la solubilité d’une protéine est minimale au voisinage de son pHi.
Influence de la force ionique: les sels neutres interviennent sur la solubilité des protéines en
fonction de la concentration et de la charge en ions c’est à dire la force ionique μ.
L’augmentation de la force ionique provoque dans un premier temps un effet dissolvant
(salting in) puis au-delà d’une limite variable selon la protéine un effet inverse qui fait
précipiter la protéine. (Relargage ou salting out)
Le principe est le même qu’avec les acides aminés mais ici les différents types d'échangeurs
d'ions utilisés sont :
On a DEAE-Séphadex (diéthylaminoéthylammonium–séphadex) :
en modifiant le pH de la phase mobile de telle sorte que les molécules qui sont
chargées ne le soient plus (ou qu'elles portent une charge de même signe que
l'échangeur d'ions). Il n'y a plus d'interaction électrostatique entre les molécules et le
groupement chargé porté par la résine et les molécules sont éluées. Attention : cette
méthode peut induire une dénaturation des molécules biologiques (en particulier les
protéines) si les pH sont extrêmes.
a- Méthode chimique
Cette méthode permet de déterminer un poids moléculaire minimal ;
Un élément minoritaire et particulier de la protéine est dosé et sa concentration est rendue de
manière relative en % de poids dans la protéine. Le postulat est qu’il ni ait qu’un exemplaire
de cet élément par chaîne polypeptidique.
Ex: le dosage du fer de l’hémoglobine donne un résultat de 0,34%, la masse atomique molaire
du fer étant 55,8 g.mol-1, le poids moléculaire minimal de l’hémoglobine est:
55.8 x 100
PM = = 16400 D
0.34
qui est le poids moléculaire d’une chaîne de globine, comme il y en a 4, le poids moléculaire
exact sera 65600 D.
b- Chromatographie d’exclusion-diffusion
Ce type de chromatographie est encore appelé : tamissage moléculaire, gel-filtration ou
perméation de gel.
Cette technique premet la séparation des molécules en fonction de leur taille et de leur forme .
On ultilise pour cela des granules de gel poreux.
Les grosse molécules ( dont le diamètre est supérieur à celui des pores ) sont exclues et sont
éluées les premières, au niveau du volume mort ( Vm ou Vo ). Les petites et moyennes
molécules sont éluées plus tardivement car incluses dans le gel, leur migration est freinée.
Les solutés sont donc élués dans l’ordre décroissant de leur masse moléculaires. Il existe une
relation linéaire entre le volume d’élution et le logarithme de la masse moléculaire.
Types de gels :
Gels hydratés (les plus utilisés) : le séphadexTM (G10 à G 200) qui sont des
polyosides bactériens de type dextrane (poly α D-glucopyranosyl (1 → 6), et le
Sépharose TM (agarose). Le gain d’eau correspond au nombre de grammes d’eau fixés
par gramme de substance sèche.
Gels permanents : ce sont des copolymères organique ou bien des minéraux ( silice).
Ici, des effets d’adsorption s’ajoutent au tamisage moléculaire.
d- Électrophorèse SDS-PAGE
C'est la technique la plus utilisée. Afin de déterminer le PM d’une protéine d’intérêt, celle-ci
migre parallèlement à des protéines de poids moléculaire connu.
Une gamme étalon est réalisée en traçant cette fois ci le log de la masse moléculaire en
fonction du Rf (mobilité relative).
Étant donné que le SDS dissocie la protéine, on ne va plus observer la migration de la
protéine entière, comme dans le cas de l'électrophorèse en gel natif, mais celle des différentes
sous unités.
On va donc pouvoir comparer la masse moléculaire de la protéine native d'une part et celle
des sous unités, s’il y en a plusieurs, d'autre part. Ainsi, si par filtration sur gel on a un poids
moléculaire de 50 KDa et sur gel SDS un poids de 25 KDa, on en conclue que la protéine est
constituée de deux sous unités identiques.
C'est l'une des techniques (et donc l'un des articles) les plus cité(e)s dans la littérature
scientifique :
Plus le pourcentage d’acrylamide n’est élevé, plus la
densité des chaînes est élevée et les mailles du réseau
Gamme de
sont serrées. En conséquence : Pourcentage
séparation en
d'acrylamide
plus le pourcentage d'acrylamide est élevé, kDa
moins les molécules volumineuses peuvent 7,5 45 - 400
migrer 10 22 - 300
une protéine globulaire (assimilable à une 12 13 - 200
sphère) migre d'autant moins que sa masse 15 2,5 - 100
molaire est élevée
Du tampon d'électrophorèse
conducteur (électrolytes) est mis dans
la cuve et la migration s'effectue sous
l'action d'un champ électrique :
Exemple de marqueurs :
Solution de CuSO4
en milieu alcalin
(NaOH)
b- Méthodes spécifiques
Ces méthodes permettent de doser une protéine d’intérêt dans un milieu riche en protéines
totales, elles font toutes appel à la spécificité de la réaction Antigène-anticorps, l’antigène
étant ici la protéine d’intérêt. Ce sont des immunométhodes.