Exercices Et TD + Corriges-Type de Biochimie Structurale

REPUBLIQUE DU BENIN
MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

RECHERCHE SCIENTIFIQUE (MESRS)
UNIVERSITE NATIONALE D’AGRICULTURE (UNA)
Elaboré par
Le Frère Connaissance
ANNEE 2020-2021
OR LA VIE AVEC DIEU POUR TOUJOURS, C’EST QU’ILS TE CONNAISSENT,
TOI LE SEUL VRAI DIEU ET CELUI QUE TU AS ENVOYE.
GLUCIDES
TRAVAUX DIRIGES N°1
Exercice 1 (Réponse 1).
Soient les glucides suivants:

- Glucide A: béta-D-galactopyranosyl(1->4)-béta-D-galactopyranose;
- Glucide B: alpha-D-glucopyranosyl(1->4)-alpha-D-glucopyranose;
- Glucide C: alpha-D-glucopyranosyl(1->2)-béta-D-fructofuranose
a/ Donner les formule des glucides A, B et C dans la représentation cyclique de Haworth.
b/ Donner les noms des 3 glucides.
c/Quelle(s) est (sont) la(es) propriété(s) des 3 glucides s'expliquant par la liaison osidique ?
d/ Quels sont les produits obtenus par méthylation des 3 glucides ?
e/ Quels sont les produits obtenus par méthylation suivie d'hydrolyse acide des 3 glucides ?
Le stachyose est l’alpha-D-galactopyranosyl(-6)-alpha-D-galactopyranosyl (1-6)-alfa-D-

glucopyranosyl(1-2)-béta-D-fructofuranoside.
a/ Le stachyose a subit une perméthylation suivie d’une hydrolyse acide. Donner les noms des
différents dérivés d’oses obtenus.
b/Est ce que le stachyose est un sucre réducteur. Justifier la réponse.
c/ Une molécule de stachyose a subit l'oxydation par l'acide périodique.
Donner son bilan de l’oxydation en termes de nombre de moles d’acide périodique consommées et
nombre de moles de formaldéhyde et d’acide formique formées.
2 Le Frère Connaissance

Structure et propriété d'un triholoside: le raffinose
Le raffinose, glucide présent dans la betterave et éliminé durant le raffinage du sucre, présentre la
structure ci-contre.
a/ Préciser la nature des oses constituant ce glucide et leur mode de liaison.

b/Quel est le comportement du raffinose vis à vis des réactifs mettant en évidence le pouvoir
réducteur.
c/Une solution fraîche de raffinose présente-elle le phénomène de mutarotation ?

Structure d'un hétéroside déterminéee après méthylation et hydrolyse.
Après hydrolyse enzymatique d'un hétéroside, on obtient un diholoside et l'alcool salicylique de
formule ci contre:
Par méthylation et hydrolyse du hétéroside, on obtient le 2,3,4,6-tétraméthyl-alpha-D-

glucopyranose et le 2,3,4-triméthyl-béta--D-glucopyranose.
a/Qu'est ce qu'un hétéroside ?

b/Trouver la formule du diholoside. Est-il réducteur ?
REPONSES GLUCOSES TD N°1

Réponse 1 (Exercice 1)
a/ En considérant les règles de Haworth, les formules des glucides A, B et C sont:
Glucide A:
Glucide B:
Glucide C:
b/ Les noms des 3 glucides:
A: Anomère béta du lactose, B: Anomère alpha du maltose et C: Saccharose.
c/ Le propriété des 3 glucides s'expliquant par la liaison osidique est le pouvoir réducteur. En effet, si
la liaison osidique est réalisée entre deux carbones anomériques (cas du sucre C), le diholoside
(disaccharide) sera non réducteur. Si la liaison osidique formée entre un le carbone anomérique d'un
premier glucide et un carbone non anomérique d'un deuxième carbone (cas des sucres A et B), le
disaccharide sera réducteur.
d/ Détermination des produits de méthylation seule et méthylation et hydrolyse acide des 3 glucides.
Cette détermination aux objectifs visant la connaissance de la naure des oses (hydrolyse acide et
identification par CCM et CPG) et détermination du mode de liaison des oses dans un diholoside. Ce
dernier objectif est atteint par:
- La determination de l'ose 1 qui est l'ose porteur de l'hydroxyle hémiacétalique engagé dans la liaison
glycosidique;
- La détermination de l'hydroxyle de l'ose 2 participant à la liaison osidique.
Exemple du maltose:
Réponse 2 (Exercice 2)
a/ Dérivés d'oses obtenus par perméthylation et hydrolyse acide du stachyose:
- 2,3,4,6 tétra-O-méthyl-D-galactopyranose.
- 2,3,4, tri-O-méthyl-D-galactopyranose.
- 2,3,4, tri-O-méthyl-D-glucopyranose.
- 1,3,4,6 tétra-O-méthyl-D-fructofuranose
b/ Est ce que le stachyose est un glucide réducteur.
Le stachyose n’est pas un glucide réducteur, car il ne présente pas de carbone anomérique libre à
l'extrémité de la chaîne.
c/ Bilan de l'oxydation par l'acide périodique en termes de nombre de moles d’acide périodique
consommées et nombre de moles de formaldéhyde et d’acide formique formées.
Les sites de coupure du stachyose par l’acide périodique sont indiqués par les flèches en rouge (figure
c-contre). Il ya consommation de 7 molécules d’acide périodique et libération de 3 molécules d’acide
Réponse 3 (Exercice 3). Structure et propriété d'un triholoside: le raffinose

a/ Nature des oses constituant le raffinose (glucide) et leur mode de liaison.
Les oses constituants le raffinose sont le galactose, le glucose et le fructose, respectivement. Les
liaisons glycosidiques sont de types alpha (1-6) et alpha (1-2). Donc, le raffinose est le alpha-D-
galactopyranosyle (1-6)-alpha-D-glucopyranosyl-(1-2)-béta-D-fructofuranoside.
b/ Comportement du raffinose vis à vis des réactifs mettant en évidence le pouvoir réducteur.
Le raffinose est un triholoside non réducteur. Il ne donne pas de réaction positive avec la liqueur de
Fehling (précipité rouge). Ce résultat s'explique par le fait que chaque ose constitutif engage sa
fonction réductrice dans une liaison glycosidique.
c/ Phénomène de mutarotation d'une solution fraîche de raffinose.
Une solution fraîche de raffinose ne présente pas de mutarotation, car les fonctions réductrices sont
engagées dans les liaisons osidiques.
Réponse 4 (Exercice 4). Structure d'un hétéroside.
a/ un hétéroside provient de la combinaison d'un hydroxyle issu de l'hydratation du groupement

carbonylé d'un ose ou d'un oligoside avec une fraction non glucidique, appelée aglycone.
b/ La formule du diholoside est ci dessous. Ayant un hydroxyle acétamique libre, ce diholoside est
réducteur. L'hétéroside présente la structure ci dessous.
LES PROTEINES
Exercice n°1
Un mélange d ’ acide glutamique et d ’ histidine à pH 5 est soumis à une électrophorèse sur

papier et à une chromatographie sur résine échangeuse d ’ anions. Quels sont respectivement
le profil électrophorétique et l ’ ordre d ’ élution obtenu ?
Solution :1 On n ’ a pas besoin de connaître avec précision les valeurs des pHi, on sait
que celui de Glu est inférieur à 5 et celui de His est supérieur à 5. Donc à pH 5, Glu est chargé
négativement et His est chargé positivement. En électrophorèse à pH5, Glu (-) migre vers l ’
anode (borne qui attire les anions), et His (+) migre vers la cathode (borne qui attire les
cations). Lors d ’ une chromatographie échangeuse d ’ anions, His (+) est élué et Glu (-) est
retenu. Pour éluer Glu (-), il faut baisser le pH jusqu ’ à une valeur inférieure ou égale à son
pHi.
Exercice n°2
Soit un tetrapeptide T dont la séquence est : Glu-Met-Ser-Lys. 1- Déterminer le pHi de T

connaissant les pK suivants :
Fonction ionisable
Acide aminé
COOH NH2 R
Glu 2,19 9,67 4,25
Met 2,23 9,21 -----
Ser 2,21 9,15 -----
Lys 2,18 8,95 10,53
2- Traité par le CNBr, T est ensuite soumis à une électrophorèse à pH 7. Représenter

schématiquement la migration du (ou des) composé (s) obtenus en précisant la forme ionique.
3- On fait agir la trypsine sur T, puis on procède à une électrophorèse dans les mêmes
conditions que précédemment. Représenter la migration en précisant la forme ionique à ce
pH.
Solution :2
Glu-Met-Ser-Lys Les fonctions COOH α de Glu, Met et Ser, ainsi que les fonctions NH2 α de
Met, Ser et Lys sont toutes engagées dans les 3 liaisons peptidiques de ce peptide. Les
fonctions qui sont accessibles (donc ionisables) sont NH2 α de Glu, NH2 R de Lys, COOH α
de Lys et COOH R de Glu. La forme la plus acide de ce tetrapeptide est T2+. La plus basique
est T
2-. En partant de la forme la plus acide et en titrant par OH - , les 4 fonctions ionisables sont
titrées par ordre d ’ acidité décroissante. Le pHi est la moyenne des 2 pK qui encadrent la
forme zwitterion : pHi = 1/2 (pKr Glu + pK NH2 α Glu) = 6,96 On trouve le même résultat en
partant de la forme la plus basique vers la forme la plus acide et en traitant par H+
Exercice n°3
Le tripeptide T Glu-Val-Ala, présente les pK suivants : 3,12 ; 4,25 et 9,32.
1- Attribuer aux différentes fonctions ionisables de T les pK correspondants.
2- Ecrire les différentes formes de T aux pH remarquables puis déterminer son pHi
3- Sachant qu’ une solution molaire de T est à 20% neutre, calculer le(s) pH(s) qui
permet(tent) d ’ obtenir ce pourcentage
Solution :3
1- Les fonctions qui ne sont pas engagées dans les liaisons peptidiques de ce peptide sont :
NH2 α (Glu), COOH α (Ala) et COOH R (Glu). Les pK de ces 3 fonctions sont
respectivement : 9,32 ; 3,12 et 4,25.
Exercice 1 (Réponse 1)
Quelle est la concentration de l'acide amine tyrosine sachant qu'il a une absorbance de 0,70
obtenue à une longueur d'onde (lambda) précise en utilisant une cuve de spectrophotomètre de
1 cm d'épaisseur. Le coefficient d'extinction molaire pour Lys (Epsilon) est 1 420 M-1 x cm-
1). Quelle sera l’absorbance d’une solution de 0,35 mM de tyrosine?
Exercice (Réponse 2.)
Pour déterminer la concentration d'hémoglobine dans un échantillon de sang par

spectrophotométrie, on prépare une courbe standard d'absorbance a 412 nm de plusieurs
solutions d'hémoglobine de concentrations connues. Les résultats obtenus sont présentées
dans le tableau ci-dessous. Quelle est la concentration (en µg/ml) en hémoglobine dans un
échantillon d'hémoglobine présentant une DO à 412 nm égale à 0,45?
Concentrations en hémoglobine standard (µg/ml) Densité optique à 412 nm
1 0,070
2 0,114
4 0,202
8 0,378
16 0,731
Exercice 3 (Réponse 3.)

Le nicotinamide adénine dinucléotide réduit (NADH) est le coenzyme de nombreuses
déshydrogénases.
a- Calculer l'absorbance à 340 nm et à 260 nm d'une solution de NADH à 0,05 g/litre, placée
dans une cuve dont le trajet optique est de 1 cm. PM signifie le poids moléculaire, K signifie
le coefficient d'extinction molaire (unites : M-1 x cm-1)
PM NADH = 709 g/mol
K NADH (à 340 nm) = 6 220 M-1cm-1
K NADH (à 260 nm) = 15 400 M-1cm-1
b- Au cours d'une manipulation, lon réalise 5 ml d'un mélange NADH/NAD+ mais on a
oublié de noter les concentrations respectives sur le flacon. Pour trouver ces valeurs, on a
effectué des mesures au spectrophotomètre avec une cuve de 1 cm de trajet optique :
DO340nm = 0,44
DO260nm = 1,31
Quelles sont les concentrations en NADH et NAD+ dans le mélange sachant que:
K NAD+ (à 340 nm) = 0 M-1cm-1
K NAD+ (à 260 nm) = 15 400 M-1cm-1
Réponses PROTEINES TD N°2

Réponse à l'exercice 1
- La relation entre l'absorbance ou densité optique (DO) d'une solution et sa concentration (c)
est donnée par l'equation de Beer-Lambert :DO = Kcl, avec:
K = coefficient d'extinction molaire (unites : M-1 x cm-1)
c = concentration (unité : mol/l = M)
l = trajet optique (épaisseur de la cuve; unité : cm)

Selon les données, on aura:
0,70 = 1420 l mol-1 cm-1 x c x 1 cm
Donc: c = 5 x 10-4 M
- La DO d'une concentration en Lys égale à 0,35 mM:

Equation de Beer-Lambert: DO = Kcl
Ainsi : DO = 1420 l mol-1 cm-1 x (0,35 x 10-3M) x 1cm
DO = 0,50
En exploitant la gamme-étalon, on trace la courbe (droite passant par l'origine) standard liant
la DO à la concentration connue en hémoglobine. On obtient la droite suivante:
Comme la concentration inconnue a une absorbance de 0,45. La projection de cette valeur de

DO sur la droite a pour vaeur de concentration en hémoglobine (axe des abscisses) 9,5 µg/ml.
a- DO (à 340 nm) = 0,438, DO (à 260 nm) = 1,086.

b- (NADH) = 7,073. 10 -5 M, (NAD+) = 1,432. 10 -5 M
AUTRES TD DE PROTIDES
EXERCICES 1 (Réponse 1).
L'hydrolyse totale (HCl 6N, 110°, 24 H) d'un peptide P suivie d'une analyse d'acides aminés
montre une composition de 20 acides aminés:
Ala2, Arg, Cys2, Glu, Gly2, Leu2, Lys, Phe2, Pro, Thr, Tyr2, Val3
- La chymotrypsine donne 2 acides aminés séparés, Phe et Tyr et 3 peptides A, B et C dont le

séquençage par la méthode d'Edman donne:
A = Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe
B = Val-Cys-Ala-Leu-Tyr
C = Thr-Pro-Lys-Ala
- Un nouvel échantillon du peptide initial est soumis au clivage par la trypsine. Il en résulte
une Ala et 2 fragments, D et E qui donnent après séquençage par la méhode d'Edman:
D = Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys
E = Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg
Déterminer la séquence complète du peptide P
EXERCICE 2 (Réponse 2).
Le peptide P0 est constitué de 6 acides aminés différents dont un acide aminé précurseur
de la sérotonine et un autre sans pouvoir rotatoire. Le bromure de cyanogène coupe P0
en libérant un fragment P1 de deux acides aminés du côté N-terminal et d'un fragment
P2 de 4 acides aminés contenant un acide aminé hétérocyclique, comme révélé par le
réactif d'Edman. Il a été montré que P1 et P2 sont susceptibles d'être coupés par la
trypsine. Parmi les séquences suivantes, choisir celle(s) qui correspond(ent) au peptide
P0:
a) LYS-MET-PRO-TRP-ARG-GLY.
b) ARG-MET-PRO-ARG-GLY-TRP.
c) HIS-MET-PRO-ARG-GLY-PHE.
d) LYS-MET-PRO-ARG-GLY-PHE.
e) ARG-MET-PRO-GLY-HIS-PHE.
EXERCICES 3 (Réponse 3).

Réduit avec le béta-mercaptoethanol, un polypeptide donne deux fragments peptidiques
(chaînes):
chaîne 1: A-C-F-P-R-K-W-C-R-R-V-C et chaîne 2: C-Y-C-F-C.
Digéré avec la thermolysine, le polypeptide sous sa forme non-réduite donne les
fragments suivants:
(A,C,C,V), (R,K,F,P), (R,R,C,C,W,Y) et (C,C,F)
Indiquez la position des ponts disulfure dans ce polypeptide.
EXERCICE4 (Réponse 4).

On procède au séquençage d'un polypeptide P. On obtient les résultats suivants:
a) hydrolyse acide: (Ala4 , Val, Lys2 , Arg, Gly, Asp, Met, Pro, Trp)
b) digestion à la carboxypeptidase: Lys
c) traitement au dinitrofluorobenzène: Val
d) traitement au bromure de cyanogène: génération de deux peptides:

peptide A: (Gly, Arg, Trp, Asp, Lys, Ala) et peptide B: (Ala3 , Lys, Val, Met, Pro)
- Le traitement du peptide A au DNBF et carboxypeptidase donne:
DNFB: Gly Carboxypeptidase: Lys
- Le traitement du peptide B au DNFB et carboxypeptidase donne:

DNFB: Val Carboxypeptidase: Met
e) digestion à la trypsine: génère trois peptides:
peptide C: (Lys, Trp, Ala), peptide D: (Ala3 , Val, Lys, Pro) et peptide E: (Met, Asp, Gly,
Arg)
- Le traitement du peptide C au DNFB et carboxypeptidase donne: DNFB:
Trp
- Le traitement du peptide E au DNFB et carboxypeptidase donne: DNFB: Met
- Le traitement du peptide D avec la thermolysine donne : Val, Ala, Ala, (Ala, Lys, Pro)
Quelle est la structure primaire de ce peptide?
Réponses
Réponse 1 (Question 1)
La chymotrypsine ne coupe pas à droite de Ala: le fragment C est donc la séquence terminale.
La carboxypeptidase confirme que Ala est bien l’acide C terminal
17 18 19 20
Chymotrypsine 1 ??. Thr Pro Lys Ala
Chymotrypsine Fragment C
L'hydrolyse par la trypsine donne le fragment D se terminant par Lys, il s'agit de Lys19 et la
comparaison des séquences de C et D permet de mieux préciser l'extrémité du peptide.
La reconstitution de la séquence complète est facilement réalisée en partant du peptide porteur
du C terminal et en cherchant les recouvrements des fragments.
La séquence totale du peptide P est:

Val-Cys-Ala-Leu-Tyr-Val-Leu-Val-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Lys-
Ala
- Le seul acide aminé sans pouvoir rotatoire : la glycine
- Le seul acide aminé précurseur de la sérotonine : le tryptophane.
- La réaction au BrCN indique qu'il y a une méthionine (Met) en 2ème position, car il y a une
coupure de la liaison peptidique (côté COOH). Il n'est pas en dernière position car il n'y a pas
de transformation en homosérine (Hse).
Rappel: Le bromure de cyanogène (BrCN) coupe le côté COOH d'une méthionine (Met). Si la
méthionine est en dernière position, elle sera transformée en homosérine (Hse)

- La réaction avec le réactif d'Edman indique que le 1er acide aminé du fragment P2 ou le
3ème du peptide P0 (côté NH2) est un acide aminé hétérocyclique. Le seul acide aminé
hétérocyclique est la proline (histidine et tryptophane en moidre degré).
Rappel: Le réactif d'Edman permet de séquencer jusqu'à 50 Acides aminés. Il permet de
révéler les acides aminés du côté NH2.
- La réaction avec la trypsine nous apprend qu'il y a un acide aminé basique (Arg ou Lys) en
1ère position du peptide P0 et un autre qui peut être en 4ème ou en 5ème position de P0 (car il
y a une coupure du côté COOH). Attention, il n'est pas exclu qu'il y ait un 3ème acide aminé
basique en 6ème position de P0, mais on ne dispose pas d'informations nécessaires pour le
déterminer.
Rappel: La trypsine, endopeptidase, coupe un acide aminé basique (Lysine ou Arginine) du

côté COOH. Elle ne coupe pas
après une histidine.
Résumé: 1 NH2 2 3 4 5 6 COOH
Arg, Lys Met Pro ? ? ?
-Pour les 3 derniers Acides aminés restant, il y a un acide aminé basique (Arg ou Lys) en
4ème ou 5ème position de P0, une glycine et un tryptophane.
- De plus, les 6 acides aminés de la séquence doivent être tous différents.
- Avec ces informations, nous pouvons être sûr qu'il n'y a pas d'acide aminé basique en
dernière position
- La séquence ARG-MET-PRO-GLY-HIS-PHE (e) est à éliminer, car il manque un
tryptophane. Aussi, la trypsine ne peut pas couper après une histidine, bien qu'il soit un acide
aminé basique.
- La séquence ARG-MET-PRO-ARG-GLY-TRP (b) est à écarter, car il faut 6 acides aminés
différents, or cette séquence montre 2 arginines.
- La séquence LYS-MET-PRO-ARG-GLY-PHE (d) est Impossible car il n'y a pas de
tryptophane et la trypsine ne peut pas couper après une histidine.
- La séquence HIS-MET-PRO-ARG-GLY-PHE (c) est à éliminer.En effet, elle ne contient
pas de typtophane
- La séquence LYS-MET-PRO-TRP-ARG-GLY (a). Possible car cette proposition respecte
tous les critères énoncés.
Donc ici, seule la réponse a) est à retenir.
Réponse 3(Question 3).

La thermolysine coupe le lien peptidique du côté N-terminal de résidus hydrophobes. La
digestion des deux fragments du peptide suite à la réduction des ponts S-S nous donne:
chaîne 1: A-C, F-P-R-K, W-C-R-R, V-C
chaîne 2: C, Y-C F-C.
Comme les liens disulfures du peptide sont intacts lors de la digestion à la thermolysine,
certains des fragments décrits ci-dessus seront liés via des ponts S-S impliquant des Cys.
Selon les fragments de digestion alors obtenus, on peut déduire la position des ponts S-S
comme étant:
Remarque:
Peuvent exister à la fois dans une molécules
des ponts S-S- intrachaîne et interchaînes.
La digestion du peptide P par la carboxypeptidase indique que l'acide aminé C-terminal est
Lys.
Le traitement de P au DNFB montre que l'acide aminé N-terminal est Val.
La digestionde P par la trypsine permet d'ordonner partiellement les peptides obtenus comme
suit:
peptide C: Try-Ala-Lys peptide D: Val-(Ala, Ala, Ala, Pro)-Lys (Val est Nterminal)
peptide E: Met-(Asp, Gly)-Arg
Le peptide E peut être ordonné grâce aux résultats du traitement au CNBr: Met-Gly-Asp-Arg
Le traitement avec la thermolysine permet d’ordonner les Ala par rapport à Pro : Val-Ala-Ala-
Ala-Pro-Lys
Laséquence du peptide est finalement:

Val-Ala-Ala-Ala-Pro-Lys-Met-Gly-Asp-Arg-Try-Ala-Lys
LIPIDES
Exercice N°01 :
Soient les acides gras suivants : C16 : 0 ; C18 : 0 ; C18 : 1 (ω9) ; C18 : 2 (ω6) ; C20 : 4 (ω6)
On a les points de fusion suivants: -43,5°C ; -5°C ; 13°C ; 63°C ; 70°C
1. Donner le nom des différents acides gras. Nos cellules peuvent-elles tous les synthétiser ?
2. Apparier acides gras et points de fusion.
Exercice N°02 :
Soit un triglycéride d’indice de saponification est égal à 196 et d’indice d’iode est égal à 59.
L’analyse chromatographique de ce lipide a révélé l’existence d’un acide palmitique et
d’acide oléique.
1. Déterminer la masse molaire de ce triglycéride.
2. Proposer une des structures possibles de ce triglycéride
Exercice 1
On veut déterminer la structure d’un lipide selon les données suivantes
Le carbone 1 ou α du glycérol est estérifié avec l’acide stéarique
Le carbone 2 ou β du glycérol est estérifié avec un acide gras insaturé à 18 carbones l’action
du permanganate de potassium sur cet acide donne deux diacides et un monoacide.
Le carbone 3 ou α’ du glycérol est liée à une molécule d’acide phosphorique, laquelle est liée
à une molécule d’Ethanolamine.
1. Écrire la formule développée de ce lipide en précisant la nature des liaisons formées.
2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide ?
3. Définir et calculer son indice d’iode.
4. Définir et calculer son indice de saponification.
Exercice N°02 :
À quelle classe de lipide appartient la molécule A ?
Quels sont les constituants majeurs de cette molécule ?
La molécule A est-elle amphiphile? Amphotère ? Insaponifiable ?
Quelles sont les enzymes capables d’hydrolyser la molécule A ?
CORRECTION DU TD N°1
Correction de l’exercice N°01
1.
L’acide linoléique est un acide gras essentiel, il n’est pas synthétisé par l’organisme. Donc, il
doit être apporté par la nutrition. L’acide arachidonique n’est essentiel qu’en absence ou une
déficience d’acide linoléique. Car il peut être synthétisé à partir d’acide linoléique par
élongation.
2. Point de fusion : la Température à laquelle l’acide gras passe de l’état solide à l’état liquide
ou inversement. Il dépend de des facteurs suivants:
- La longueur de la chaine hydrocarbonée : plus (la chaine hydrocarbonée)ꜛ, plus (le point de
fusion)ꜛ.
- Le nombre d’insaturations (=) : plus (=)ꜛ, plus (le point de fusion)ꜜ
- Le nombre d’insaturations l’emporte sur la longueur de la chaine.
C16 : 0 → 63°C
C18 : 0 → 70°C
C18 : 1 (ω9) → 13°C
C18 : 2 (ω6) → -5°C
C20 : 4 (ω6) → -43,5°C
Correction de l’exercice N°02
CORRECTION DES EXERCICES DU TD N°2
Exercice n°1
Correction de l’exercice n°2
I. Dans le tableau suivant, citer les principaux lipides que vous connaissez en indiquant s'il
s'agit d'un lipide simple ou complexe, le nom de l'alcool qu'il contient et la nature de la liaison
entre l'alcool et les acides gras. (/5)
Nom du Simple ou Nom de l'alcool qu'il Nature de la liaison entre l'alcool et les
lipide complexe contient acides gras
II. Ecrire la réaction qui permet la fixation de l'iode sur les doubles liaisons d'un acide gras
poly-insaturé. En déduire la relation entre l'indice d'iode (Ii) et le nombre de double liaison (x)
de l'acide gras. On donne PM I2 = 254. (/5)
..................
..................
Réponses brèves
I. Voir cours.
II. Lindice d'iode (Ii) est la masse de diiode en gramme (g) pouvant se fixer par addition sur
les doubles liaisons de 100 g de corps gras (Ii n'a pas d'unité). Soient d = le nombre de
liaisons doubles (nombre d'insaturation),
Exercice similaire sur indice d'iode et nombre de liaisons doubles
1/ Ecrire les réactions chimiques des acides gras ..........
2/ Quelles sont les propriétés physiques des acides gras ..........
3/ Démontrer la relation entre l'indice de saponification et le poids moléculaire d'un

triglycéride
Réponses brèves
1/Réactions chimiques des acides gras:
- Saponification
- Estérification
- Hydrogénation
- Fixation d'halogènes
- Oxydations (par: peracide, acide minéral, permanganate
2/Propriétés physiques des acides gras:
- Solubilité
- Emulsion et formation de couches monomolécuaires
- Masse molaire, volume et densité
-Volatilité
- Point de fusion
- Indice de réfraction
- Propriétés spectrales
3/ Relation entre l'indice de saponification et le poids moléculaire d'un triglycéride:
L'indice de saponification : masse de potasse (KOH) en mg nécessaire pour saponifier 1g du

triglycéride.
Prenons le cas d'un triglycérides homogène de formule ci dessus possédant un indice de

saponification égal à 190. Cela signifie 190 mg de KOH saponifie 1g de lipide.
Connaissant le PM de KOH (56), le nombre de moles de KOH ayant réagit = 0,190/ 56 = 3,4
10-3 moles.
Or 1 mole de triglycéride est saponifiée par 3 moles de potasse (voir équation ci dessous)
donc 3,4 10-3 /3 = 1,13 10-3 moles de triglycéride saponifiées (TG) pour 1g de lipide
1,13 10-3 moles de TG correspondent à ---> 1 g de lipide.
1 mole de TG correspond à ----> x g de lipide
Donc La masse molaire d'un triglycéride saponifié (MT), ic x = 1 /1,13 10-3 = 884 g.
la masse molaire d'un triglycéride homogène (MT) est égale à 3 fois la masse molaire de
l'acide gras R (symbolosée par MR) + la masse de 6 atomes de carbone + la masse de 5
atomes d'hydrogène + la masse de 6 atomes d'oxygène.
Soit 1MT = 3MR + ( 6*12+5+6*16) ou MT = 3MR + 173.
d'où MR = (MT - 173)/3 = (884 -173) /3 = 237 g/mole
masse molaire de l'acide gras libre R-COOH : 237 + 45 = 282 g/mole (avec 45 = masse de
1C + 1H + 2 O).
si R posséde une liaison double C=C, il s'écrira CnH2n-1.
237 = 12 n + 2n-1 soit n = 17.
C17H33COOH : acide oléïque
ACIDES NUCLEIQUES
Acides nucléiques. Exercice 1(Réponse 1).

Pour une cellule de Mammifères, le poids moléculaire de l'ADN nucléaire natif est de 9.1011
daltons.
a/ Quelle est la longueur en pb et en mètre de cet ADN associé en double hélice (forme B)?
b/ La composition en bases de cet ADN montre un rapport A/G=4. Donner le pourcentage de
chaque base pour cet ADN.
c/ Connaissant la Tm du poly-d-AT (69,3°C) et du poly-d-CG (110°C), quelle sera La Tm de
cet ADN, dans les mêmes conditions expérimentales?
Soient deux ADN, A et B de 6000 pb. L'électrophorèse des deux ADN sur gel d'agarose 0,8%
suivie d'une révélation par le bromure d'éthidium, a permis d'obtenir l'éléctrophorégramme 1.
Après digestion des ADN par l'enzyme de restriction BamH I, l'électrophorèse donne
l'électrophorégramme 2. La figure ci-dessous montre les résultats des électrophorèses. Pour
rappel, une enzyme de restriction (endonucléase) coupure spécifiquement l'ADN double brin
au niveau d'une séquence bien déterminée.
a- Commenter les profils électrophorétiques A et B des électrophorégrammes 1 et 2.
b- Quels seraient les profils électrophorétiques des deux ADN préalablement soumis à l'action
d'une exonucléase avant l'électrophorèse.
c- Donner le profil électrophorétique qui serait obtenu si on fait agir une autre endonucléase
de restriction pour laquelle chacune des molécules (A et B) possède deux sites de coupure
distants de 4000 pb.

Classer les molécules d'ADN bicaténaire A, B et C par ordre croissant de leur température de
fusion. Il s'agit de molécules constituées de la répétition des séquences suivantes :
ADN A: AAGTTCTCTGAA
ADN B: GGACCTCTCAGG
ADN C: AGTCGTCAATGC
REPONSES ACIDES NUCLEIQUES TD N°1

Acides nucléiques. Exercice 1(Exercice 1 ).
a-: Longueur de l'ADN = 1,5. 10 9 pb = 0,51 m;

b-: %C = %G = 10%et %A = %T = 40%.
c-: Tm = 77,44°C
Acides nucléiques. Réponse 2 (Exercice 2).
a- L'ADN A peut correspondre à un ADN linéaire provenant d'un ADN circulaire (exemple
ADN plasmidique) coupé sur les deux brins (suite à une longue conservation. L'ADN B peut
correspondre à un ADN circulaire séparé selon ses conformations superenroulée (très mobile)
et relachée (coupure sur un seul brin) avec une mobilité relativement faible. Voir
électrophorèse de l'ADN des plasmides
Avec ces deux molécules séparées selon la forme, on ne peut connaitre le poids exact de
l'ADN B. C'est la forme linéaire qui renseigne sur le poids réel de l'ADN.
L'électrophorégramme B montre que les ADN A et B ont un seul site de restriction BamH I
donnant deux fragments de 2000 pb et 4000 pb pour l'ADN A, car il est linéaire et un seul
fragment de 6000 pb pour l'ADN circulaire B.
b- Si on considère l'action d'une exonucléase sur l' ADN A et l'ADN B, on n'aura aucune
bande pour l'ADN A, car il est linéaire. Il sera dégradé sur les extrémités. Par contre le profil
de l'ADN B reste inchangé car il est circulaire et non accessible aux exonucléases.
c- ADN A linéaire: 3 fragments, car pour ADN linéaire, n coupures donnent n + 1 fragments
ADN B: circulaire: 2 fragments, car pour ADN circulaire, n coupures donnent n fragments
Acides nucléiques. Réponse 3(Exercice 3 ).
Tm ADN A < Tm ADN C < Tm ADN B

On considère les ADN L, M et N. L et M ont une taille de 647 pb. L résiste aux exonucléases
mais non M. Enfin, N est linéaire, mesure 0,3 µm et a un PM de 291 000 daltons.
a- Donner les caractéristiques des ADN L, M et N relatives à la conformation (linéaire ou

circulaire), simple ou double brin, PM, longueur en µm et nombre de nucléotides.
b- On chauffe les ADN L et M et on mesure leur absorbance à 260 nm. On obtient

l'enregistrement ci-dessous. Expliquer la différence qui existe entre les deux profils à une
température < 50°C. Interpréter les augmentations de la densité optique. Déterminer
approximativement la Tm de L et M. Par quoi diffèrent les ADN L et M ?
c- Une solution N1 de l'ADN N a une absorbance de 2,8 à 25°C. En mélangeant 2,5 ml de N1

à 7,5 ml d'eau, on obtient la solution N2. Tracer sur le graphe précédent la courbe
correspondant à N2.

On vise l'amplification génique in vitro d'un fragment d'ADN compris entre les nucléotides 5
et 100 (inclus) de la squence indiquée ci-dessous :
Trouver les séquences du couple d'amorces, chacune longue de 15 nucléotides.
On procéder à l'analyse d'un ARN. Sa composition globale en bases est 2A, 2C, 1U, 1G.
- Le traitement de l'ARN par la phosphodiestérase de venin de serpent libère pC.
- L'hydrolyse de l'ARN par la ribonucléase pancréatique libère 1C, un dinucléotide qui

comprend A et C, et un trinucléotide qui contient A, G et U.
- L'action de la ARNase T2 donne pAp, un dinucléotide qui contient U et C, et un
trinucléotide ayant A, G et C.
Quelle est la structure primaire de cet ARN?
Acides nucléiques. Exercice 4(Réponse 4)
On procède à l'analyse d'un ARN dont la composition brute en bases est 2A, 4C, 2G, 1U.
- La ribonucléase pancréatique libère 2Cp, deux dinucléotides dont un contient G et C et
l'autre A et U, et un trinucléotide fait de A, C et G.
- Un mélange de ARNase T1 et T2 produit C, Ap, pGp, et deux trinucléotides, le premier
contenant A et C et le deuxième CG et U.
- La phosphodiestérase du venin de serpent libère pC.
Quelle est la formule de cet ARN?
Réponses
Acides nucléiques. Réponse 1(Exercice 1).
a: L est circulaire double brin, 388200 daltons, 0,22 micromètres.
M est linéaire, double brin, 388200 daltons, 0,22 micromètres.

N est linéaire, simple brin, 970 nucléotides.
b: (M) = 2. (L), effet hyperchrome, dénaturation thermique, Tm ADN L = 71°C, Tm ADN M

= 82°C,
%CG ADN L < %CG ADN M
c: DO 260 nm (N1) = 0,7
Séquence amorce 1: 5' AGATAAGTACTGTCA 3'

Séquence amorce 2: 5' ATGAGCATACATCTT 3'
La phosphodiestérase de venin de serpent ne coupe que le nucléotide situé en 3'-terminal de

l'ARN, générant un nucléotide 5'-phosphate. Cette information nous indique que Cp est situé
en 3'-terminal de notre polynucléotide.
La ribonucléase pancréatique coupe l'ARN du côté 3' des nucléotides pyrimidiques, générant
des produits de digestion se terminant par une pyrimidine 3'-phosphate. D'après les résultats
obtenus, on peut déduire les séquences suivantes: 5'ACp3', 5'(A,G)Up3'
Finalement, la ribonucléase T2 coupe l'ARN après l'adénosine, générant des fragments se

terminant avec une adénosine 3'phosphate. On peut donc utiliser cette information afin
d'ordonner les séquences du produit obtenu: 5'(CG)Ap3'
La présence de pAp après digestion avec la ribonucléase T2 indique que A est le nucléotide
5'-terminal.
En recoupant les informations obtenues par l'utilisation de ces trois enzymes, on obtient la
séquence finale suivante: 5'pACGAUCp3'
Rappel: Les nucléases sont sélectives comme la plupart des enzymes. Elles sont spécifiques
des molécules intervenant dans les réactions. Les ADNases (DNases) et les ARNases
(RNases) sont spécifiques de l'ADN (DNA) et de l'ARN (RNA), respectivement.
La phosphodiestérase de venin de serpent libère le nucléotide situé à l'extrémité 3' du

fragment.
Le résultat obtenu nous indique que pC est le nucléotide 3' terminal pour notre
polynucléotide.
La ribonucléase pancréatique coupe les molécules d'ARN du côté 3' des pyrimidines, générant
des fragments se terminant avec une pyrimidine 3' phosphate. Grâce aux fragments obtenus,
on peut déduire en partie leur séquence: 5'GCp3', 5'AUp3', 5'(A,G)Cp3'
Le fait que l'on a libéré 2 Cp indique ces nucléotides sont situés tout de suite après U ou C.
L'ARNase T1 coupe du côté 3' de la guanosine, générant des fragments se terminant avec une
guanosine 3'phosphate. Quant à la ARNase T2, elle coupe du côté 3' des adénosine, générant
des adénosine 3'phosphate. L'utilisation combinée de ces deux enzymes donnera un mélange
de fragments coupés par l'un ou l'autre de ces enzymes, ou même par les deux enzymes. On
peut déduire la séquence des fragments obtenus: 5'CCAp3', 5'(C,U)Gp3'
On a déduit la présence de deux C dans le premier fragment car on mentionne qu'il s'agit d'un
trinucléotide, et qu'il manque un C si l'on fait le décompte des nucléotides obtenus après
digestion avec le mélange T1 + T2.
D'après le résultat obtenu avec la ribonucléase pancréatique, l'uridine est précédée de

l'adénosine. On aura alors le fragment suivant: 5'AUCGp3'
De plus, toujours d'après le résultat avec T1 + T2, l'obtention de pGp indique que ce dernier
est le nucléotide 5'-terminal. Le résultat obtenu avec la ribonucléase pancréatique indique
aussi que ce G est suivi de C. Aussi, le fait d'avoir obtenu C et Ap indique que ces deux
nucléotides sont situés tout de suite après A ou G.
On a donc jusqu'ici la séquence suivante: 5'pGC....AUCG....C3'
Il ne nous reste que A et C à placer. Comme avec la digestion avec T1 + T2 on a eu la
séquence 5'CCAp3', ceci suggère que C est placé entre pGC...AUCG. Enfin, le dernier
nucléotide, A, devrait logiquement être situé à l'avant-dernière place.
En tenant compte de ces différents résultats, on arrive à la séquence d'ARN suivante:

5'pGCCAUCGAC3'
Rappel des spécificités des nucléases:
Enzyme ADN, ARN, a ou b Spécificité

ADN + ARN
Exonucléases
Phosphodiestérase ADN + ARN a Débute à l'extrémité 3', produit des

du venin de serpent XMP-5'
Phosphodiestérase ADN + ARN b Débute à l'extrémité 5', produit des

du venin de la rate XMP-3'
Endonucléases
RNase pancréatique ARN b Libère des oligonucléotides à extrémité

pyrimidine 3'-phosphate et des
nucléosides 3'-phosphate pyrimidiques
lorsqu'une pyrimidine est du côté 3' de la
liaison diester.
RNase de Bacillus ARN b Libère des oligonucléotides à extrémité

subtilis purine 3'-phosphate et des nucléosides
3'-phosphate puriques lorsqu'une purine
est du côté 3' de la liaison diester.
RNase T1 ARN b Lorsqu'une guanine est du côté 3' de la

liaison diester.
RNase T2 ARN b Lorsqu'une adénine est du côté 3' de la

liaison diester.
DNase I ADN a Coupe de préférence entre Py et Pu:
pancréatique incise l'ADN bicaténaire avec formation

d'extremités 3'-OH
DNase II (Thymus, ADN b Produit des oligonucléotides

foie, Staphylococcus
aureus)
Nucléase S1 ADN + ARN a Clive les acides nucléiques

monocaténaires et non les acides
nucléiques bicaténaires.

Exercices Et TD + Corriges-Type de Biochimie Structurale

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REPUBLIQUE DU BENIN

MINISTERE DE L’ENSEIGNEMENT SUPERIEUR ET DE LA

UNIVERSITE NATIONALE D’AGRICULTURE (UNA)

TRAVAUX DIRIGES N°1

Exercice 1 (Réponse 1).

Soient les glucides suivants:

Exercice 2 (Réponse 2).

Le stachyose est l’alpha-D-galactopyranosyl(-6)-alpha-D-galactopyranosyl (1-6)-alfa-D-

Exercice 3 (Réponse 3).

a/ Préciser la nature des oses constituant ce glucide et leur mode de liaison.

Exercice 4 (Réponse 4).

Par méthylation et hydrolyse du hétéroside, on obtient le 2,3,4,6-tétraméthyl-alpha-D-

a/Qu'est ce qu'un hétéroside ?

REPONSES GLUCOSES TD N°1

b/ Les noms des 3 glucides:

A: Anomère béta du lactose, B: Anomère alpha du maltose et C: Saccharose.

Réponse 3 (Exercice 3). Structure et propriété d'un triholoside: le raffinose

c/ Phénomène de mutarotation d'une solution fraîche de raffinose.

Réponse 4 (Exercice 4). Structure d'un hétéroside.

a/ un hétéroside provient de la combinaison d'un hydroxyle issu de l'hydratation du groupement

Un mélange d ’ acide glutamique et d ’ histidine à pH 5 est soumis à une électrophorèse sur

Soit un tetrapeptide T dont la séquence est : Glu-Met-Ser-Lys. 1- Déterminer le pHi de T

Glu 2,19 9,67 4,25

Met 2,23 9,21 -----

Ser 2,21 9,15 -----

Lys 2,18 8,95 10,53

2- Traité par le CNBr, T est ensuite soumis à une électrophorèse à pH 7. Représenter

Le tripeptide T Glu-Val-Ala, présente les pK suivants : 3,12 ; 4,25 et 9,32.

1- Attribuer aux différentes fonctions ionisables de T les pK correspondants.

TRAVAUX DIRIGES N°2

Exercice (Réponse 2.)

Pour déterminer la concentration d'hémoglobine dans un échantillon de sang par

Concentrations en hémoglobine standard (µg/ml) Densité optique à 412 nm

Exercice 3 (Réponse 3.)

Réponses PROTEINES TD N°2

l = trajet optique (épaisseur de la cuve; unité : cm)

- La DO d'une concentration en Lys égale à 0,35 mM:

Comme la concentration inconnue a une absorbance de 0,45. La projection de cette valeur de

a- DO (à 340 nm) = 0,438, DO (à 260 nm) = 1,086.

EXERCICES 1 (Réponse 1).

- La chymotrypsine donne 2 acides aminés séparés, Phe et Tyr et 3 peptides A, B et C dont le

EXERCICE 2 (Réponse 2).

EXERCICES 3 (Réponse 3).

EXERCICE4 (Réponse 4).

d) traitement au bromure de cyanogène: génération de deux peptides:

- Le traitement du peptide B au DNFB et carboxypeptidase donne:

Chymotrypsine 1 ??. Thr Pro Lys Ala

La séquence totale du peptide P est:

méthionine est en dernière position, elle sera transformée en homosérine (Hse)

Rappel: La trypsine, endopeptidase, coupe un acide aminé basique (Lysine ou Arginine) du

Résumé: 1 NH2 2 3 4 5 6 COOH

Arg, Lys Met Pro ? ? ?

Réponse 3(Question 3).

Laséquence du peptide est finalement:

2. Apparier acides gras et points de fusion.

1. Déterminer la masse molaire de ce triglycéride.

2. Proposer une des structures possibles de ce triglycéride

TRAVAUX DIRIGES N°2

On veut déterminer la structure d’un lipide selon les données suivantes

Le carbone 1 ou α du glycérol est estérifié avec l’acide stéarique

1. Écrire la formule développée de ce lipide en précisant la nature des liaisons formées.

2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide ?

3. Définir et calculer son indice d’iode.

Soit 1MT = 3MR + ( 612+5+616) ou MT = 3MR + 173.