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TRAVAUX DIRIGES DE
BIOCHIMIE STRUCTURALE
Re-adaptés du fascicule de l’Université d’Alger 1
Par
Dr Galani T. Borris Rosnay (CC)
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I- Les Glucides
Exercice 1 : Répondre par vrai ou faux (avec justification : Corriger les phrases fausses)
1- Un aldotetrose est un sucre formé par 3 carbones et une fonction aldéhyde.
2- L'ose appartient à la série D si le OH sur le carbone n-1 est à droite sur la projection de fischer.
4- Les S-hétérosides sont des composés formés par des oses et des hydroxyles alcooliques.
6- Un carbone asymétrique (C*) ou chiral est doué d’activité optique et peut dévier la lumière
polarisée.
8- La forme stable des cétohexosesest lorsque le pont oxydique est entre le C1 et la fonction
alcoolique portée par C5.
9- L’anomérie des oses cycliques est dite β, si le OH du carbone anomérique et le CH2OH sont
orientés dans le même sens.
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6- Dans un milieu basique à haute température les oses vont subir une :
a- Epimérisation b- Polymérisation
c- Interconversion d- Dégradation
Exercice 4 : Soit le méthyloside suivant formé par le glucose lié à un groupement méthyle.
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Exercice 5 :On veut déterminer la structure du Raffinose, oligosaccharide présent dans la betterave.
La perméthylation du Raffinose suivie d'hydrolyse acide produit un mélange équimoléculaire de :
- 2, 3,4, 6- tétra-méthyl -α-D- galactose
- 2, 3, 4- tri - méthyl –α-D - glucose
- 1, 3, 4, 6 - tétra -β-D - méthyl – fructose 1) Est-ce que le raffinose est réducteur ? Justifier.
2) Écrire les composés méthylés obtenus ?3) Présenter la formule complète de ce composé ?
4) Donner le résultat de l’action de α -D- galactosidase sur le raffinose ?
c) L’oxydation concentré de C avec HNO3 donne 02 diacides (l’un possède 2 C et l’autre 4C).
Classer l’ose C ?
d) L’ose A est un épimère en C2 avec l’ose B. Donner la structure de A.
e) La perméthylation de ce triholoside suivi d’hydrolyse libère les produits suivants :
PARTIE I: GLUCIDES
I.1. Définir les termes suivants:
Oses, aldotétrose, polyholosides, anomères, énantiomères, mutarotation, carbone hémi-
acétalique, liaison osidique,
QUESTION 1. Le glycogène fait partie des glucides constitués des éléments
suivants (choisir une seule réponse):
a) Glucose
b) Fructose
c) Glucose et Fructose
a) Maltose.
b) Lactose.
c) Sccharose.
a) Maltose.
b) Lactose.
c) Saccharose.
a) Maltose.
b) Lactose.
c) Saccharose.
I.2. Quelle différence y-a-t-il entre les molécules suivantes? Citer un exemple dans chaque
cas, si possible
a. un hétéroside et un holoside
b. un oligoside et un polyholoside
c. un polyoside homogène et un polyoside hétérogène
d. L'amylose et l'amylopectine
e. le glycogène et l'inuline
f. le maltose et le saccharose
g. le fructose et le lactose
h. le fructose et le xylulose
i. D(-)glucose et L(+) mannose
6- Le groupe des ω3 ont une double liaison sur le troisième carbone en partant de CH3 : ω1.
8- Le point de fusion des acides gras dépend à la fois de la longueur et du degré d’insaturation
de la chaîne.
10- L’oxydation des acides gras au KMnO4 donne naissance à des diacides uniquement.
8- Quels sont les paramètres qui font varier les propriétés spectrales des acides gras ?
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Année universitaire : 2020/2021
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Exercice 3 : L’analyse d’un diglycéride homogène donne les indices suivants :
- Is-Diglycéride= 164,70.
- Après traitement du diglycéride avec I2 : aucune réaction n’est obtenue.
1) Déterminer le PM de ce diglycéride ?
2) Déterminer la longueur des chaines d’acides gras (n) ainsi la formule brute ?
3) Représenter la formule complète de ce diglycéride, en donnant son nom.
(KOH:56;I:127;C:12;O:16;H:1)
2) Calculer le PM de ce triglycéride ?
Exercice 5: Après isolement d’un lipide à partir d’un organisme biologique, 05 composants ont
été identifiés :
a- 01 alcool aminé à 2C.
b- 02 composants solubles dans le chloroforme et donnent avec du méthanol : C17H33COO-CH3
et C15H31COO-CH3.
c- 01 composant oxydable par 02 molécules d’acide périodique.
d- 01 molécule d’acide phosphorique.
Donner la structure des 05 composants avec explication ?
Représenter la formule et le nom complet de ce lipide ?
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C
g Le composé ci-dessous est un lipide biologique. Laquelle (ou lesquelles) des propriétés
suivantes est (ou sont) inexactes?
- C'est un glycolipide
- C'est un constituant des membranes
- C'est un lipide de reserve
- Sa charge globale est positive
- C'est un glycérophospholipide
Exercice 2:
Soient les acides gras suivants: C16:0; C18:0; C18: 1(w9); C18: 2(w6); C20: 4(w6). On a les points
de fusion suivants: -43,5°C; -5°C; 13°C; 63°C; 70°C.
1) Donner le nom des différents acides gras. Nos cellules peuvent-elles les synthétiser?
2) Apparier les acides gras et les points de fusion.
3) Ecrire le nom systématique de ces acides gras
Exercice 3:
Soit un triglycéride avec un indice de saponification de 196 et un indice d'iode de 59. L'analyse de
ce lipide a revélé la présence de l'acide palmitique et l'acide oléique.
5) Déterminer la masse molaire de ce triglycéride
6) Proposer une des structures possibles de ce triglycéride
Exercice 4:
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On veut déterminer la structure d'un lipide selon les données suivantes:
Le C1 du glycérol est estérifié par l'acide stéarique
Le C2 du glycérol est estérifié par un acide gras insaturé à 18 atomes de carbone. L'action du
permanganate de potassium sur cet acide gras libère deux diacides et un monoacide.
Le C3 du glycérol est lié à l'acide phosphorique lui-même lié à l'éthanolamine.
1. Écrire la formule sémi-développée de ce lipide en précisant la nature des liaisons formées.
2. Quelle est la dénomination chimique de ce lipide?
3. définir et calculer son indice d'iode.
4. Définir et calculer son indice de saponification
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III - Les Protéines
8- la méthode de Sanger est une méthode enzymatique qui permet la libération des acides aminés
C-terminale.
11- Les coudes simples sont des courts segments indispensables aux feuillets β antiparallèles.
13- A son point isoélectrique, une protéine exprime un nombre égale de charges positives et
négatives.
14 - Tous les acides aminés sont actifs à la lumière polarisée sauf l’alanine.
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Exercice 2 : Réponde aux différentes questions de généralités sur les protéines
2) Donnez les différents types de liaisons rencontrés dans la structure tertiaire des protéines.
Exercice 3 : Soit le mélange suivant : Gly (pHi = 6), Tyr (pHi = 5,65), Arg (pHi = 10,7). On
soumet ce mélange à une électrophorèse à pH = 8,5.
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Un autre mélange d’acides aminésconstitué d'acide glutamique (Glu), leucine (Leu) et lysine
(Lys) a été placé dans lachromatographie d'échange d'ions. Le support de la chromatographie est
-
composé de la résine sulfonique (groupements sulfonatés : SO 3 ). Les pH isoélectriques du Glu,
Leu et Lys sont 3,25, 6 et 9,72, respectivement. Les 03 acides aminés sont déposés sur la colonne
6) Quel type de résine et quel intervalle de pHi du tampon (milieu) doit-on choisir pour éluer
seulement les acides aminés basiques et retenir les autres acides aminés.
Exercice 5 : Soit un heptapeptide (P) formé d’acides aminés différents et ne contient pas de Trp.
- L’action du DNFB sur le tetrapeptide B suivi d’hydrolyse libère le composé DNP-Val suivi
de DNP-AA basique à groupement guanidique.
- La réduction de B par le LiBH4 suivi d’hydrolyse acide libère 3 acides aminés et le composé
suivant : 3HN-CH-CH2OH
(CH2)2-CH2OH
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- Le tetrapeptide B renferme un acide aminé sans activité optique.
1) Classer ce peptide ?
3) Quel est l’acide aminé qui participe dans la stabilisation structurale des peptides.
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8) Est capable de former des liaisons hydrogènes par l'intermédiaire de sa chaine
latérale.
II.5. Expliquer et commenter ces affirmations:
à La solubilité minimale d'une protéine est atteinte à son point isoélectrique
à L'ajout d'une quantité importante de sulfate d'ammonium entre la précipitation reversible
de nombreuses protéines
II.6. L’hydrolyse totale d’un octapeptide P8 permet d’identifier les acides amines suivants : Ala ,
Asp , Arg , 2 Gly , Phe , Ser et Val.
Il est possible, par action d’une aminopeptidase sur un peptide, d’identifier l’acide aminé qui est en
position N-terminale ; de même, une carboxypeptidase permet d’identifier l’acide aminé en
position C-terminale. L’action de la trypsine sur P8 fournit un tripeptide TP3 et un pentapeptide
TP5 ; le traitement de P8 par la chymotrypsine fournit un tripeptide CP3 et un pentapeptide CP5.
Tous ces peptides sont isolés et traités indépendamment par l’aminopeptidase et par la
carboxypeptidase et les acides aminées ainsi mis en évidence sont indiqués dans le tableau suivant :
Aminopeptidase Carboxypeptidase
P8 Ala Val
Trypsine TP3 Ser Val
TP5 Non précisé Non précisé
Chymotrypsine CP3 Non précisé Non précisé
CP5 Asp Val
A partir de ces indications, déduire la séquence de P8.
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g. Ecrire sa formule sémi-développée.
II.9. La composition en acides aminés d'un peptide P, déterminée après hydrolyse acide est:
Lys 1; Arg 1; AsX 1; Ser 1; GlX 1; Pro 1; Gly 1; Ala 1; Val 1; Met 2; Ile 1; Phe 1.
- La charge nette de P est +1 à pH 6,4.
- Après traitement de P par le DNFB. on obtient DNP-Ser.
- L'action de la carboxypeptidase sur P détache Ile.
- L'hydrolyse de P par la Trypsine donne 3 oligopeptides dont les compositions en acides
aminés déterminées après hydrolyse acide sont : T1 (Lys 1; GlX 1; Pro 1; Gly 1; Val 1; Met 1). T2
(Arg 1; Ser 1; Ala 1; Met 1; Phe 1). T3 (AsX 1; Ile 1).
- T1 absorbe fortement à 280nm. La charge nette de T3 a pH 6,4 est -1.
- L'hydrolyse de P par la Chymotrypsine donne 3 oligopeptides dont les compositions en
acides aminés, déterminées après hydrolyse acide sont: CT1 (Arg 1; Ala 1; Val 1; Met 1. CT2 (Lys
1; AsX 1; GlX 1; Pro 1; Gly 1; Met 1; lle 1) CT3 (Ser 1; Phe 1).
- L'hydrolyse de P par le bromure de cyanogène donne notamment 2 oligopeptides dont les
compositions en acides aminés déterminées après hydrolyse acide sont: RC1 (Arg 1; GlX 1; Ala 1;
homosérine lactone 1). RC2 (Lys 1; AsX 1; Pro 1; Gly 1; Ile 1). Traité par le réactif de Sanger: BC2
donne DNP Gly.
- Quelle est la séquence de P?
II.10 On considère le peptide suivant: Trp-Gly-Asp-Lys
a. écrire la formule sémi-développée de ce peptide
b. Etudier la variation de sa charge nette en fonction du pH et en déduire son point
isoélectrique.
pK1 pK2 pK3
Lys 2,2 8,95 10,5
Trp 2,38 9,39
Gly 2,34 9,6
Asp 2,09 9,82 3,86
II.11. Soit le dipeptide suivant: Ala-Tyr. On mesure la DO295 nm de cette solution de dipeptie de à différents pH.
pH 1,33 4,6 8 9,7 10,2 10,5 12 13 14
DO295 0 0,01 0,08 0,3 0,55 0,68 0,87 0,91 0,91
nm
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Tyrosine: pKa1: (-COOH) = 2,20; pKa2 (-NH2) = 9,10; pKa3 (-OH) = 10,10
Alanine: pKa1: (-COOH) = 2,35; pKa2 (-NH2) = 9,70
II.12.
On considère les oligopeptides suivants: Gly-Arg; Gly-Glu et Gly-Glu-Arg. On procède à une
électrophorèse sur papier d'un mélange de ces 3 peptides à pH 1 et à pH 13. Après l'électrophorèse,
on révèle les peptides avec la ninhydrine. On obtient 2 taches pour chaque électrophorèse. Ces
taches sont localisées comme le montrent les figures 1 et 2: Laquelle des figures correspond à
l'électrophorèse à pH 1, laquelle à l'électrophorèse à pH 13? Quel électrophorégramme obtiendrait-
on à pH 7?
+ Dépôt - + Dépôt -
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