Bioch S1 Sujets 1 21 MAMO

Biochimie Semestre 1 Sujets 1-8
SUJET 1 : ACIDES AMINES ET PROTEINES (CLASSIFICATION DES ACIDES AMINES EN FONCTION DE LA

POLARITÉ DE LEURS CHAINES LATERALES. PROPRIETES ACIDES ET BASIQUE DES ACIDES AMINES)
I. CLASSIFICATION DES ACIDES AMINES EN FONCTION DE LA POLARITÉ DE LEURS CHAINE LATERALES
A par&r de la chaine on dis&ngue :

• Les aa non polaires : Valine, Isoleucine, Leucine, Methionine,
Proline, Phenylalanine, Alanine ,Glycérine, Triphtophane.
• Les aa polaires :
o non charges au ph physiologique : Serine, Cystéine,
Thréonine, Tyrosine, asparagine, glutamine.
o chargée + : arginine, lysine, his&dine.
HisLdine parLculier car son pH isoélectrique est voisin du
pH physiologique.
o charge - : acide aspar&que, acide glutamique
Les 20 acides aminés protéinogènes sont aussi connus comme

les acides aminés de base. On les dis&ngue en trois groupe
(essenLels ; semi-essenLels ; non-essenLels) différents :
1. essenLels : (l’isoleucine, de la leucine, de la lysine, de la
méthionine, de la phénylalanine, de la thréonine, du
tryptophane et de la valine)
2. semi-essenLels : (L’arginine et l’his&dine)
3. non-essenLels. ( l’alanine, l’asparagine, l’acide aspar&que, la
cystéine, la glutamine, les acides glutamiques, la glycine, la
proline, la serine et la tyrosine)
II. PROPRIETES ACIDES ET BASIQUE DES ACIDES AMINES
Dérivés AA
(arginine ; ornithine ; lysine ; putrescine ; cystéine, sérine ,
tryptophane, acide glutamique; hisLdine; phenylalanine ;
tyrosine)
Acides aminés basiques :
1-Arginine est hydrolysée par l’arginase en ornithine (dérive

de l’arginine) et urée elle joue un rôle essen&el dans la
biosynthèse de l’urée.
2-La PUTRESCINE et la CADAVERINE sont des diamines provenant de la

décarboxyla&on (par les bactéries intes&nales) respec&vement ornithine et
de lysine.
3-La SPERMINE se rencontre dans le sperme, le tes&cule, l’ovaire: son

affinité pour les acides nucléiques joue un rôle dans leur protec&on
et dans la s&mula&on des mul&plica&ons cellulaires.
Marie-Océane SEYMOUR 1 sur 28

Acides aminés acides
1. Aspartate ou acide aspartique (Asp ; D) HOOC-CH2-CH-COOH

• par&cipe à la gluconéogenèse
• rôle de substrat de la voie de biosynthèse des pyrimidines. NH2
• C'est un neurotransme]eur 8,9 excitant du cerveau sous sa forme méthylée (N-méthyl-D-aspartate), ac&vant les
récepteurs NMDA, qui sont des récepteurs au glutamate
2. Glutamate ou acide glutamique (Glu ; E) HOOC-CH2-CH2-CH-COOH
SERT DE NEUROTRANSMETEUR DE CERTAINES FIBRE NERVEUSE
• neurotransme]eur posi&ve, elle excite. NH2
• modifie les goûts des aliments dans le bon sens, donne bon gout aux aliments. Chez les personnes « « gros » » ou
les enfants cela donne vraiment envie de manger mais a]en&on cela peut exciter

SUJET 2 : STUCTURE PRIMAIRE DE PROTEINES
Def : Assemblage des AA par des liaison pepLque dans un ordre donné.
STRUCTURE COVALENTE primaire - structure primaire,
• Représente l’ordre d’enchaînement des acides aminés
• La chaine pep&dique avec éventuellement les liaisons covalente qui peuvent s’établir entre les chaîne dans le cas de
molécules pluripep&diques.
• La liaison pep&dique, forte, est responsable.
• Présente des atomes adjacents dans un même plan d'où le fait qu'elle soit coplanaire.
• Possède un caractère de double liaison par&elle par résonance entre deux formes. Ceci lui confére une rigidité
presque complète.
• Les rota&ons sont absentes et il existe donc deux conforma&ons possibles pour la liaison : cis ou trans.
C'est la conforma&on trans qui est observée car favorisée énergé&quement.
o Les mouvements de rota&on restent possibles entre le carbone α et N (Phi)et entre le carbone α et le C (Psi).
• Le squele]e axial est non spécifique d'une protéine mais que

c'est une structure commune.
o confère son iden&té à une protéine est l'ensemble des

chaînes latérales des acides aminés protéinogènes la
composant.
o Cet ensemble cons&tue la signature de la protéine.
RÉSUMÉ STRUCTURE : structure primaire (sujet 2) ;

structure secondaire (sujet 3) ; structure super-
secondaire (sujet 3) ; structure terLaire (sujet 4 ;
structure quaternaire (sujet 4)

SUJET 3 : STRUCTURE SECONDAIRE DE PROTEINES
Def : Arrangement des séquences d’AA répéLLfs en moLfs structuraux. On a les hélices, les feuillets, les coudes
Il s’agit du premier degré de repliement , lié à la formaLon de liaisons H entre l’oxygène d’un groupe carbonyle C=O et
l’hydrogène du groupement N-H
❖ Hélice alpha :
• Forme hélicoïdale, stabilisée par des liaisons hydrogènes tous les 4 AA + interac&ons de VdW.
• AA favorisant la forma&on d’hélice alpha : ALA, GLU, LEU, MET,ASP, ILE.
• AA défavorisant l’hélice alpha : PRO, GLY, TYR, SER.
• Présente aussi bien dans les protéines fibreuses que dans les protéines globulaires.
• Elle caractérise la kéra&ne α ainsi que le fibrinogène et la myosine.
Les hélices α peuvent être :
• hydrophiles,
• amphipathique ou hydrophobe.
Ceae forme hélicoïdale :
• est le résultat de liaisons chimiques intra-moléculaires
• structure d'escalier en spirale.
• Sa stabilité est assurée par :
o des liaisons hydrogène qui se cons&tuent entre des
groupements C=O et NH distants de 4 acides aminés.
o Ces liaisons ont une inclinaison de 30°.
En un tour d'hélice on dénombre 3,66 aminocides
• soit 18 acides aminés en 5 tours.
• une hélice α est cons&tuée de 5 à plus de 40 acides aminés.
Cela dépend de la composiLon en acides aminés de l'hélice.
Les radicaux des acides aminés sont tournés en dehors de l'axe de l'hélice, définissant leur réac&on à leur environnement.
• Si l'hélice α ne comporte que des aminoacides hydrophobes, elle va se placer en contact avec des surfaces hydrophobes,
comme la bicouche lipidique.
• Si les résidus hydrophobes sont sur une face et les résidus hydrophiles sur l'autre face, l'hélice α sera amphipa&que (ou
amphiphile). C'est-à-dire qu'on le trouvera à l'interface de zones hydrophiles et hydrophobes
L'hélice a est une structure secondaire qui se rencontre dans la plupart des protéines de la classe globulaire ; prédomine dans la
plupart des protéines filamenteuses comme la myosine, le collagène et la kéra&ne.
La forma&on de l'hélice a est spontanée.
• Ce]e structure est stabilisée par des liaisons hydrogène entre les azotes amidiques et les carbones carbonyliques des liaisons
pep&diques, tous les quatre résidus environ.
❖ Feuillet beta :
• Juxtaposi&on de brins beta Les
brins peuvent être parallèles ou
an&-parallèles (+stable).
o chaîne de conforma&on très
é&rée Forme é&rée
• AA favorisant la forma&on de
feuillets : GLY,VAL,ILE
• Les chaînes sont présentées en
"feuillet plissé" (à prendre au
premier sens topographique),
succession de "toits".
• Les liaisons pep&diques
par&cipent à ce]e ré&cula&on et il
existe de très nombreuses liaisons
hydrogènes entre les brins.
• Après les hélices α, ils dominent dans les structures secondaires des protéine
• Sont très souvent présents dans les feuillets β : Gly, Val, Ile (3 acides aminés apolaires).
❖Coude et boucle ( ou tours) :

•un &ers des acides aminés d'une protéines font par&e de boucles ou coudes
• perme]ant les demi-tours de la chaîne pep&dique.
✓Coude Beta :
• court (2-4 AA). Peuvent lié des feuillets et des hélices ensemble (feuillet-
coude-feuillet / feuilletcoude-hélice, hélice-coude-hélice)
o Les coudes lient deux brins β an&paralléles.
o Plus ils sont courts, moins nombreuses sont les conforma&ons spa&ales
possibles.
o Pour les stabilisés, il peut y avoir un pont hydrogène entre le premier et
le quatrième acide aminé.
• Les acides aminés bons formateurs de coudes sont Gly et Pro.

✓ Boucle :
• plus longue ( > 4 AA), idem Coude et boucle parLcipent à la conformaLon pour les structures III.
AA formateurs : GLY, PRO
• Les boucles plus longues plus de conformaLons possibles.
Tous les aminoacides des boucles ne par&cipent pas à des liaisons hydrogène intramoléculaires. Cela leur permet une interac&on
plus facile avec le solvant.
o on trouve des boucles entre :
- des hélices α, des hélices α et des brins β, des brins β
parallèles ou de feuillets différents.
o Les facteurs de transcrip&on comportent un mo&f très par&culier :
hélice-boucle-hélice.
❖ Poly-gly, poly-pro, hélice gauche du collagène

• polymères synthèLques de proline et glycine
• En solvant aqueux poly-pro a une conformaLon d’hélice
gauche, poly-gly oscille entre hélice gauche et feuillet β.
Les chaînes contenant naturellement ces deux acides aminés
peuvent donc avoir une structure en hélice gauche, comme le
collagène.
• Les hélices gauches sont plus pe&tes que les hélices α,
o Elles ne comptent que trois acides aminés par tour
d'hélice.
• Le collagène est la protéine humaine la plus importante.

o dans tous les &ssus et organes.
o Il forme de longues microfibrilles par associa&on croisée avec une molécule précurseur,
le tropocollagène.
• Ces microfibrilles s'associent pour former les grosses fibres des &ssus de
collagène.
• Un être humain de 70kg con&ent environ 12 à 14 kg de protéines dont 6
à 7 kg de collagène.
• Les différents types de collagène sont classés en fonc&on de la nature
des chaînes pep&diques qui forment la triple hélice du procollagène.
o six types différents de chaîne al qui ont une structure primaire
différente. Ces chaînes sont appelées : al(I), al(II), al(III), al(IV), al(V),
al(VI).
o Le collagène de la peau, des os et des tendons, ainsi que le Lssu
cicatriciel, con&ent des hélices triples faites de deux chaînes a 1(1)
et d'une chaîne a2(I).
o Le collagène du carLlage et du corps vitré con&ent trois chaînes a
1(11).
o Les autres collagènes sont cons&tuées par trois chaînes de al(III),
trois chaînes de al(IV) et trois chaînes de a2(IV).
o Certaines autres variétés de collagène sont formées par trois chaînes
de al(III), trois chaînes de al(IV) et trois chaînes de a2(IV).
o On rencontre aussi des
combinaisons de chaînes
al(V), a2(V) et a3(V).
Structures super-secondaires
Elles ne concernent faculta&vement que les protéines globulaires. Celles-ci sont souples et
possèdent des ac&vités très diverses. Les structures (ou mo&fs) super-secondaires correspondent à
des associa&ons caractéris&ques de feuillets et hélices fréquentes.
Le mo&f de "main EF" de la calmoduline est un mo&f super-secondaire hélice-boucle-hélice. La
boucle va loger un atome de calcium. Certaines propriétés biologiques sont liées à ces structures.
Citons également: le mo&f de clé grecque (4 brins β), la fermeture éclair de Leucine (2 hélices α),
le mo&f doigt de zinc (1 boucle, un atome de zinc, 2 Cys + 2His ou 4 Cys), le mo&f brin β- hélice α-
brin β.

SUJET 4 : STRUCTURE TERTIAIRE
• s'applique obligatoirement qu'aux protéines globulaires.

• structure tridimensionnelle très compacte, enroulée comporte les structures secondaires précédemment vues et des
segments sans structure secondaire.
• On retrouve :
o les interacLons ioniques,
o les interacLons hydrophobes (fortes au centre de la protéine),
o les liaisons hydrogènes stabilisant les repliements,
o les forces de Van der Walls,
o les ponts disulfures.
La structure terLaire d'une

protéine globulaire est sa
conformaLon
tridimensionnelle
biologiquement acLve.
La myoglobine est un pigment voisin de l'hémoglobine présent dans une fibre, une fibre musculaire, au niveau du cytoplasme
ou du sarcoplasme.
Certaines protéines nécessitent l'aide de protéines

chaperonnes pour accéder à un repliement correct.
Deux raisons possibles à cela :
- soit parce que la séquence ne con&ent pas les informa&ons
nécessaires,
- soit parce que la séquence con&ent des informa&ons ne
pouvant s'exprimer dans un milieu aqueux salin tel que le
cytoplasme.
• Les molécules chaperonnes sont des protéines qui se lient
au protéines naissantes à la sorLe des ribosomes pour leur
permeare de prendre une configuraLon spaLale
spécifique. De la même façon, elles inhibent certaines
liaisons protéine-protéine indésirables pour la fonc&on.
Elles perme]ent aussi de transconformer certaines protéines pour assurer le passage au travers des membranes comme la
membrane interne des mitochondries.

SUJET 5 : STURCTURE QUATERNAIRE
• Ce type de structure ne concerne que facultaLvement les protéines globulaires.

• Il s'agit de l'associaLon de sous-unités dans une même molécule protéique.
o Ces sous-unités sont toujours reliées par des liaisons faibles , jamais par des liaisons covalentes.
o Une sous-unité à l'état libre est un monomère.
o La protéine est un oligomère.
o L'élément de symétrie se répétant n fois est un protomère.
o Si toutes les sous-unités sont idenLques le protomère prend le nom du monomère (exemple : protéine
α4).
• Si la protéine est cons&tuée de 2 monomères α et 2 monomères β alors le protomère est
[αβ ] et la protéine con&ent 2 fois le protomère, elle est dite " α2 β 2".
• C'est par exemple le cas de l'hémoglobine :
o L'hémoglobine est un tétramère avec 4 sous-unités, 2 a et 2 p, alors que la myoglobine est un monomère.
o L'hémoglobine s'unit à quatre molécules d'oxygène, une par sous-unité, alors que la myoglobine, s'unit à une
molécule d'oxygène seulement.
o La courbe de satura&on de l'oxygène est de forme sigmoïde pour l'hémoglobine, alors qu'elle est de forme
hyperbolique pour la myoglobine.
o La courbe de satura&on de l'hémoglobine mesure la quan&té d'oxygène liée à l'hémoglobine
o Sa forme sigmoïde témoigne du fait que l'hémoglobine est une protéine allostérique et coopéra&ve. L'union d'une
molécule d'oxygène à la première sous-unité détermine un changement de conforma&on de la molécule
d'hémoglobine qui permet aux trois autres molécules d'oxygène de s'unir plus rapidement à l'hémoglobine.
o La courbe de satura&on de la myoglobine est une hyperbole rectangulaire. Pour une pression par&elle d'oxygène
égale à 40 torrs, correspondant à celle que l'on observe au niveau du &ssu musculaire, 90 % des sites d'union à
l'oxygène sont saturés. Courbe de satura&on de l'oxygène pour la myoglobine ( I ) et l'hémoglobine (2)

SUJET 6 : PROTEINES GLOBULAIRES : MYOGLOBINE ET HEMOGLOBINE
Solubles dans l'eau, elles sont de forme sphérique. Elles ont une structure beaucoup plus complexe que les protéines
fibreuses mais elles présentent une bien plus grande variété d'acLvités biologiques.
• transporteur, récepteurs , canaux ioniques, liaisons GAP, protéines
d'adhésion cellulaire ...
Elles peuvent être solubles et donc être des protéines circulantes
plasmaLques comme l'albumine, des hormones protéiques comme la LH, des
protéines cytosoliques comme la calmoduline.
• l'hémoglobine et myoglobine .
o L'hémoglobine est un tétramère avec 4 sous-unités, 2 a et 2 p, alors
que la myoglo-bine est un monomère.
o L'hémoglobine s'unit à quatre molécules d'oxygène, une par sous-
unité, alors que la myoglobine, s'unit à une molécule d'oxygène
seulement.
• MYOGLOBINE – a huit régions hélicoïdales, elle a une structure ter&aire. La

myoglobine joue un rôle important dans le transport de l'oxygène au sein
des muscles. En cas d'aaeinte musculaire, les muscles touchés vont
relarguer progressivement la myoglobine qu'ils conLennent ce qui entraîne
une élévaLon du niveau de myoglobine dans le sang. La myoglobine est
ensuite filtrée au niveau des reins et évacuée par voie urinaire. La
myoglobine est toxique pour les reins ce qui jus&fie une surveillance accrue
de la fonc&on rénale en cas de niveau élevé.

SUJET 7 : DENATURATION DES PROTEINES
La rupture de liaisons
secondaires stabilisant la
conformaLon peut
mener à une structure
désordonnée
caractérisant l'état
dénaturé. La protéine est
alors insoluble en milieu
aqueux par perte de ses
propriétés
enzymaLques.Les liaisons
pepLdiques, donc la
structure primaire, ne
sont pas aaeintes par la
dénaturaLon.
Agents dénaturants physiques
• la chaleur : son ac&on est irréversible à 100°C. Dès 60°C, beaucoup de protéines sensibles à la chaleur sont dénaturées.
• l'agitaLon mécanique : irréversible, elle peut-être illustrée par les ultra sons.
Agents dénaturants chimiques
• les solvants organiques miscibles à l'eau (éthanol, acétone): les protéines sont précipitées car insolubles dans ces milieux.
Effectuée à température ambiante, la dénatura&on sera irréversible. Si la précipita&on se fait à moins de 0°C, la dénatura&on
sera réversible et la protéine retrouvera ses propriétés biologiques après élimina&on du solvant.
• les sels (sulfate d'ammonium : SO4 (NH4)2 ) : précipitant
les protéines, leur ac&on sera irréversible sauf si réalisée à
froid ( > 0°C). On trouve leur u&lisa&on dans le
frac&onnement des protéines.
• les acides forts (acide perchlorique, acide trichloracéLque)
: ils dénaturent irréversiblement les protéines en les
précipitant suite à la rupture des laisons salines.
• détergents anioniques (Sodium-Dodecyl-Sulfate) : ils
perturbent les liaisons ioniques dans un milieu dissociant, ce
qui a pour fin de séparer les sous-unités des structures
quaternaires. Leur ac&on est réversible.
• urée : comme le SDS, c'est un milieu dissociant à ac&on
réversible après élimina&on. Elle rompt les liaisons
hydrogènes.
LES
CORRESPONDANCES
CLINIQUES
-
L’anémie a hémaLes falciformes (drépanocytose).
Dans l’hémoglobine mutante des héma&es falciformes (HbS), la valine hydrophobe remplace le glutamate hydrophile en
posi&on 6 sur la chaine de l’hémoglobine A normale.
B. Le scorbut- cause par une anomalie de la synthèse du collagène provenant d’un manque vit.C
1. collagène anormal
2. vit C est nécessaire a l’hydroxyla&on de la proline et de la lysine du l’élabora&on post – traduc&onnelle du collagène.
3. l’hydroxyla&on forme des ponts hydrogène inter chaines qui stabilisent la triple hélice du collagène.
SUJET 8 : ENZYME (STRUCTURE DE L’ENZYME, LE SITE ACTIF, FORMATION DU COMPLEXE ENZYME -
SUBSTAT, MECANISME D’AUGMENTATION DE LA VITESSE DE REACTION)
I. STRUCTURE DE L’ENZYME
1. Enzymes consistent uniquement en protéines – holoenzymes
2. Enzymes sont composes d'une parLe protéine appelée apoenzyme et un
cofacteur-hétéronymes (forme acLve) (a). Le non-protein-cofacteur est un
ion métallique ,(b) Coenzyme - la non protéique est une vitamine ou une
molécule organique (la faible teneur en protéines) (vit B6, vit B1)
Si elle élimine la protéine non l'ac&vité enzyma&que est perdu.
Apoproteina protéine responsable de la spécificité enzymaLque et le non est
impliqué dans la catalyse.
• L'ac&vité cataly&que de l'enzyme dépend de la structure.
• La reac&on entre le substrat et lènzyme a lieu au niveau dùn site qui s’appelle le centre (site) ac&f de l'enzyme.
• La structure du centre ac&f de l'enzyme est complémentaire à la structure de l'état de transi&on (le substrat) de se
transformer en produit /produits de réac&on.
CLASSES ENZYMES :
1. Oxydoréductases: oxyda&on-réduc&on de catalyser des
réac&ons ((transfert d'électrons, d’atomes d’hydrogène
ou fixa&on d’oxygène)
2. Transférases: catalyse le transfert des groupes d'un substrat
à un autre substrat
3. Hydrolases: coupe les liaisons chimiques avec l'eau
4. Lyases: nonhydroli&que et catalyse le clivage d'un groupe
sur un substrat pour former une double liaison.
5. Isomerases: catalysent les réac&ons d’un ion de transi&on à
un autre.
6. Ligases ou synthases: catalyse la jonc&on de deux composés
en u&lisant l'énergie libérée par l'hydrolyse de molécules d'ATP.
II. LE SITE ACTIF

C'est ce qui définit la no&on de site ac&f : la conformaLon
spaLale de protéine rapproche des acides aminés
normalement éloignés et forme le site acLf, site acLf souvent
logé dans la crevasse. On observera donc la reconnaissance
ligand-protéine.
Ce]e reconnaissance s'effectue par complémentarité puis
établissement de liaisons non covalentes ne nécessitant pas
l'interven&on d'un catalyseur.
III. FORMATION DU COMPLEXE ENZYME -SUBSTRAT

Les enzymes sont des protéines avec une structure terLaire ou quaternaire.
L'ac&vité cataly&que de l'enzyme dépend de la structure. La reacLon entre le
substrat et lènzyme a lieu au niveau dùn site qui sàppelle le centre (site)
acLf de l'enzyme. La structure du centre acLf de l'enzyme est complémentaire
à la structure de l'état de transiLon (le substrat) de se transformer en produit /produits de réacLon.
La formaLon de complexes enzyme substrat a été fait après 2 modèles:
- TradiLonnel la clé de verrouillage (centre ac&f dispose d'une structure rigide
complémentaire du substrat). Ce modèle est moins efficace que complémentaire
avec un substrat enzyma&que totale, il sera dur et difficile à la forma&on du
produit.
- Modèle "centre indu acLf", l’adapta&on induite (Koshland), qui dit que le
centre ac&f
de l'enzyme a une conforma&on légèrement différente du substrat et les
modèles pour perme]re substrat de se lier de manière efficace. Il a]eint
rapidement un état de transi&on et la forma&on du produit de réac&on.

Ceci nous amène à définir la no&on de domaines. Les domaines sont des
sous-unités compactes. Elles sont liées par des séquences pep&diques
généralement courtes et sans structure secondaire.
Ces domaines sont presque "indépendants" du reste de la structure
ter&aire de la protéine globulaire, sont stables indépendamment du reste
de la chaîne polypep&dique.
Leur correspond une fonc&on spécifique de la protéine.
Cela introduit la no&on de stéréospécificité. Ces domaines peuvent
topographiquement se présenter comme des crevasses, des zones
par&culières.
Ce]e configura&on spa&ale doit répondre à celles d'autres structures
d'autres molécules.
Structure tridimensionnelle, stéréospécificité et rôle biologique sont donc
nécessairement liés.
IV. MECANISME D’AUGMENTATION DE LA VITESSE DE REACTION

La cinéLque enzymaLque
Ciné&que enzyma&que études de la vitesse des réac&ons enzyma&ques catalysées en réac&on organism. La vitesse peut être
exprimée en fonc&on de la quan&té de substrat est consommé ou la quan&té de produit est formé. Chaque réac&on chimique
depende d’une vitesse constante (K). K dépend de la nature des réac&fs et des condi&ons de réac&on .
L'ac&vité enzyma&que d'une réac&on enzyma&que est évaluée en fonc&on de la quan&té de produit obtenu par unité de
temps.
L'ac&vité enzyma&que est exprimée en :
1.unités interna&onales (UI) - une unité interna&onale est la quan&té d'enzyme qui catalyse la conversion du substrat uM / min
pour chaque enzyme dans des condi&ons standardisées (température, etc pH op&mal)
2. Katal kat-1 représente la quan&té d'enzyme qui catalyse la conversion d'une mole de substrat par seconde.
FACTEUR INFLUENÇANT L'ACTIVITE ENZYMATIQUE

1. ConcentraLon de l'enzyme-augmentaLon du nombre d'enzyme augmente le montant des ES et donc la quanLté de
produit formé, augmentant ainsi la vitesse de réacLon.
2. Substrat de concentraLon. Quan&té d'enzyme dans le corps humain (sauf induc&on) est rela&vement constante, la
concentra&on des substrats varient considérablement. Après combien d'enzymes de modifier leurs ac&vités pour augmenter /
diminuer le montant de substrat peut être:
- Les enzymes qui présente une Mihaelis-Menten kine&cs
- Les enzymes alosterique
1. à de faibles concentra&ons de substrat de la vitesse de réac&on est
Diagramme M-M montre: directement propor&onnelle
à la concentra&on de substrat (par&e linéaire)
2. à plus grande vitesse de réac&on du substrat devient égale à la
vitesse maximale Vmax. Vmax
le nombre de moles de produit qu’une mole d’enzyme est suscep&ble
de faire apparaitre par unite de temps. Un plateau est observé sur le
graphique qui montre une satura&on de l'enzyme avec le substrat. Il
n'existe pas de centres ac&fs libres de lien substrat.
3. KM –concentra&on en substrate par laquelle l’enzyme est demi
saturée et donc on observe une vitesse de réac&on V= Vmax/2
KM - représente la constante de dissocia&on du complexe enzyme-
substrat, ou l’inverse KM est une approxima&on de l’affinité de
l’enzyme pour ce substrat.
MM ont établi une rela&on mathéma&que qui exprime la vitesse de
réac&on en fonc&on de la concentra&on de substrat.
Discussions:
1.La de faibles concentra&ons de concentra&on en substrat S peut être négligé. Notez que le taux ini&al est directement
propor&onnelle à la concentra&on de substrat.
2. à plus forte valeur substrat de KM est négligeable par rapport à la
concentra&on de S et de vitesse ini&ale est égale à Vmax.
3. v = Vmax / 2
Constant valeurs faibles indiquent une forte affinité de l'enzyme-substrat
Constante des niveaux élevés de l'enzyme indiquent une faible affinité
pour le substrat
L'uLlité praLque de l'équaLon de Michealis-Menten
1. Calcul du chiffre d'enzymes = nombre de molécules de substrat
transformé par mole d'enzyme en unités de temps (disons dans la
sec-1).
2. calcul des enzymes sériques. Quand la vitesse est mesurée à la
satura&on est mesuré la quan&té totale d'enzyme présente dans un
échan&llon biologique
3. inhibiteurs de l'influence de la vitesse de réac&on.
Sujet 9 : Les 6 classes d’enzymes
1. Oxydoréductases: oxydation-réduction de catalyser des réactions (transfert d'électrons, d’atomes d’hydrogène ou fixation
d’oxygène).
2. Transférases: catalyse le transfert des groupes d'un substrat à un autre substrat.
3. Hydrolases: coupe les liaisons chimiques avec l’eau.
4. Lyases: non hydrolitique et catalyse le clivage d'un groupe sur un substrat pour former une double liaison.
5. Isomérases: catalysent les réactions d’un ion de transition à un autre.
6. Ligases ou synthases: catalyse la jonction de deux composés en utilisant l'énergie libérée par l'hydrolyse de molécules
d'ATP.
Classes Enzymes
Nomenclature des Enzymes
Mathilde CHEVREUX 12 sur 28

Sujet 10 : Cinétique des enzymes
1. Concentration de l'enzyme-augmentation du nombre d'enzyme augmente le montant des ES et donc la quantité de produit
formé, augmentant ainsi la vitesse de réaction.
2. Substrat de concentration. Quantité d'enzyme dans le corps humain (sauf induction) est relativement constante, la
concentration des substrats varient considérablement. Après combien d'enzymes de modifier leurs activités pour augmenter /
diminuer le montant de substrat peut être:
• Les enzymes qui présente une Michaelis-Menten kinetics,
• Les enzymes allostérique
Diagramme M-M montre:
1. A de faibles concentrations de substrat de la vitesse de

réaction est directement proportionnelle à la concentration
de substrat (partie linéaire)
2. A plus grande vitesse de réaction du substrat devient égale

à la vitesse maximale Vmax. Vmax représente le nombre de
moles de produit qu’une mole d’enzyme est susceptible de
faire apparaître par unité de temps. Un plateau est observé
sur le graphique qui montre une saturation de l'enzyme avec
le substrat. Il n'existe pas de centres actifs libres de lien
substrat.
3. KM – représente la concentration en substrat par laquelle

l’enzyme est demi saturée et donc pour laquelle on observe
une vitesse de réaction V= Vmax/2 KM - représente la
constante de dissociation du complexe enzyme-substrat, ou
l’inverse KM est une approximation de l’affinité de
l’enzyme pour ce substrat. MM ont établi une relation
mathématique qui exprime la vitesse de réaction en fonction
de la concentration de substrat.
Discussions :
1. La de faibles concentrations de concentration en substrat S peut être négligé. Notez que le taux initial est directement
proportionnelle à la concentration de substrat.
2. A plus forte valeur substrat de KM est négligeable par rapport à la concentration de S et de vitesse initiale est égale à Vmax.
3. V = Vmax/2.
Constant valeurs faibles indiquent une forte affinité de l'enzyme-substrat.
Constante des niveaux élevés de l'enzyme indiquent une faible affinité pour le substrat.
L'utilité pratique de l'équation de M-M :

1. Calcul du chiffre d'enzymes=nombre de molécules de substrat transformé par mole d'enzyme en unités de temps (disons
dans la sec-1).
2. Calcul des enzymes sériques. Quand la vitesse est mesurée à la saturation est mesuré la quantité totale d'enzyme présente
dans un échantillon biologique
3. Inhibiteurs de l'influence de la vitesse de réaction.

Sujet 11 : Inhibition des enzymes : réversible (compétitive et non-compétitive) irréversible
1. Inhibition réversible
• Un inhibiteur compétitive entraîne la diminution

de la concentration en enzyme libre disponible
pour se lier au substrat.
• L’inhibiteur non-compétitive se fixe aussi bien à
l’enzyme qu’au complexe enzyme substrat puisque
sa fixation se fait sur un autre site de fixation du
substrat.
• L’inhibiteur incompétitive peut se fixer sur
l’enzyme dans un site qui lui est spécifique ou se
lie directement au complexe enzyme- substrat.
• L’inhibition irréversible à pour effet de diminuer
la quantité totale d'enzyme disponible Les
composés qui produisent une telle inhibition sont
appelés des "poisons".

Sujet 12 : Régulation des enzymes : régulation allostérique
Enzymes allostérique :
Protéines oligomérique, constituées de plusieurs sous-unités identiques ou non. La structure tridimensionnelle présente au
moins un axe de symétrie. Les enzymes allostériques possèdent des sites de fixation spécifiques pour les plusieurs sites de
fixation d’effecteurs allostérique qui sont soit des inhibiteurs, soit des activateurs, et qui n’ont aucune analogie structurale avec
le substrat, puisque ne se fixant pas dans le site actif.
Le dégrée de coopérativité entre sous-unités est représenté par le nombre de Hill.

H>1 : coopérativité forte
H=1 : pas de coopérativité
H<1 : coopérativité négative
L’enzyme allostérique est actif et son activité s’autorégule.
Un effecteur allostérique remplit 3 conditions :

• C'est une molécule autre que le(s) substrat(s) ayant un ou
plusieurs sites de fixation sur l’enzyme.
• Le(s) sites en question est(sont) distinct(s) du site
catalytique.
• La liaison de l'effecteur allostérique entraîne des
changements conformationnels propagés à l'échelle de
l'enzyme entière et à l'origine d'une activation ou d'une
inhibition.
On parlera ainsi d'activateurs et d'inhibiteurs allostériques.
A. Nature oligomérique des enzymes allostériques et transition allostérique R↔T
Modèle de Monod : l'enzyme allostérique est un ensemble de sous-unités

spécifiques associées. Chaque protomère ne contient qu’un seul site de fixation
pour le substrat, l’enzyme ne peut être que dans deux états, et toutes les
sous-unités sont dans un état ou dans autre (modèle symétrique).
• Enzyme allostérique : oligomères (plusieurs sous unités)
• Chaque protomère (sous unité) ne contient qu’un seul site pour le ligand
• Les sous-unités (protomères) sont équivalentes afin que chaque oligomère
possède au moins un axe de symétrie.
• Selon la théorie allostérique chaque sous unité catalytique peut exiter sous
deux états conformationnels R ou T :
Une forme T tendu (tense) à une faible affinité pour le substrat (S)
Une forme R relâché (relased) à forte affinité avec le substrat
Ces états sont en équilibre et ceci indépendamment de la liaison d’un ligand à
l’oligomère.
Les différentes sous-unités (protomères) d'une enzyme allostérique sont caractérisées par :
- Un centre de symetrie pour les protomères associés,
- La présence au sein de chaque protomère d'un seul site stéréospécifique de chaque effecteur et la conservation de la symétrie
de la molécule entière malgré les changements conformationnels.

Modèle de Kosland : Chaque sous unité passe individuellement d’un état a un autre. Cependant, le changement d’état d’une
sous-unité influe sur le changement des autres sous unités. Dans un tel modèle, la symétrie de l’enzyme n’est plus conservée, et
les possibilités de formes intermédiaires sont beaucoup plus nombreuses (modèle de coopérativité).
L'hémoglobine constitue un exemple important de protéine allostérique, bien qu'elle ne soit pas une enzyme stricto
sensu mais plutôt une molécule de transport.
Chaque monomère de l'hémoglobine, qui en comporte quatre, peut fixer une molécule de dioxygène. La fixation de la
première molécule de dioxygène augmente l'affinité de liaison de la seconde, la fixation de la seconde augmente l'affinité pour
la troisième et ainsi de suite (coopération positive par effet homotrope).
O2 : Exerce un effet coopératif positif sur sa propre fixation (l'affinité s'améliore avec la première fixation). La courbe sigmoïde
de saturation est une conséquence directe de ce phénomène.
Les effecteurs hétérotropes modifiant l'affinité de l'hémoglobine pour le dioxygène sont :

• H+,
• La température,
• CO2,
• Le 2,3-diphosphoglycérate
Ces régulations ont très souvent un rôle physiologique important et peuvent mener, lors de leur dérèglement, à des troubles
physiologiques. Ils agissent comme rapporteurs des conditions extérieures, des senseurs.
B. Effet de désensibilisation
Le traitement d'une enzyme allostérique par des agents physiques (ex.chauffage) ou chimiques (urée, dérivés mercuriques)
s'accompagne d'une perte de la sensibilité de l'enzyme aux effecteurs allostériques (désensibilisation). Cependant, l'activité
enzymatique persiste. Seul, le site allostérique est détruit. Il en résulte une perte du phénomène de coopérativité et la cinétique
devient hyperbolique.

Sujet 13 : Régulation covalente de l’enzyme
Inter-régulation glycogénolyse et glycogénogenèse

Sujet 14 : Activité des zymogènes pensant au clivage protéolytique
Certaines enzymes sont synthétisée sous une forme D’un

précurseur inactif, ceci pour éviter quelles ne catalysent
certaines réactions dans la cellule qui les a produites, ce qui
pourrait engendrer des réactions nocives pour cette cellule.
Ce précurseur doit donc subir, de manier unique et
irréversible, un clivage pour engendrer une enzyme active et
fonctionnelle. L’activation d’un proenzyme (zymogen) en
enzyme est souvent un phénomène de la protéolyse qui
ampute le proenzyme d’un ou plusieurs segments peptidique
et favorise ainsi une transconformation de la protéine en un
enzyme actif.
Enzymes digestives :
- Pepsinogène → pepsine
- Trypsinogène → trypsine
Si l’on s’intéresse au cas du trypsinogène, on remarque qu’une séquence de 6 acides aminés est clivée du côté N terminal
par une enteropeptidase duodénale, ce qui engendre la production de la trypsine active, enzyme chargée d’hydrolyser les
liaisons peptidiques lors de la digestion des aliments.
(N ter) Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Ile…..C(ter) Trypsinogen inactif → Tripsine active
La trypsine active va alors s’autoactiver sa propre synthèse, mais également le clivage du chimotrypsinogen en chymotrypsine,
ainsi que d’autres clivages (proelastase, procarboxypeptidase).

Sujet 15 : Induction et répression de la synthèse des enzymes
Inducteur : augmente la quantité produite

Répresseur : diminue la quantité produite
Importance physiologique de l'allostérie
L'allostérie est une forme de régulation de l'activité d'une enzyme en

fonction des conditions extérieures changeantes. On peut distinguer les
effets de senseurs et de rétrocontrôle négatif:
• Lorsque la glycolyse est soutenue, le 2,3 bi phosphoglycérate (2,3
BPG) s'accumule dans le globule rouge. Cette accumulation est un
signal signifiant que l'utilisation d'énergie est en augmentation et que
l'hémoglobine doit délivrer plus de dioxygène aux tissus. L'effecteur
allostérique 2,3 bi phosphoglycérate diminuant l'affinité du dioxygène
pour l'hémoglobine, ce dernier se détache plus facilement et peut être
délivré en plus grande quantité aux tissus.
• De la même manière, un pH acide, reflet d'un rejet accru de dioxyde de
carbone, lui-même synonyme d'augmentation de l'activité
physiologique, va provoquer une diminution de l'affinité de
l'hémoglobine pour le dioxygène et donc un relargage au niveau des
tissus, augmentant ainsi leur oxygénation. Cet effet (pH acide, par
exemple) s'appelle l'effet Bohr.
• L'effet de rétrocontrôle négatif est très souvent rencontré dans les voies
métaboliques. Le produit final de la voie est souvent un inhibiteur
allostérique d'un enzyme catalysant une étape initiale. Plus le produit
final s'accumule, plus la réaction initiale est lente (par diminution de
l'affinité à l'un des réactifs de la réaction) et donc moins de produit sera
formé. Ce type de régulation évite d'accumuler le produit final, qui peut
être toxique dans certaines circonstances et évite à l'organisme de
produire en excès une molécule, ce qui est coûteux en énergie.
L'effecteur allostérique participe à l'autorégulation de la voie
métabolique.
• Par exemple, dans la glycolyse, la phosphofructokinase-1 (PFK1)

est une enzyme allostérique qui transforme le fructose 6-P en
fructose 1,6-biP au cours de l'étape qui peut être considérée comme
la première qui soit propre à cette voie. Cette enzyme réagit
différemment en fonction de la quantité d'ATP, qui est le produit
final « utile » de la glycolyse.
• À faible concentration, l'ATP se fixe sur le site "coenzyme" de
l'enzyme, entraînant de fait toute l'enzyme sous sa forme relâchée.
• À forte concentration, l'ATP se fixe sur le site "inhibiteur" de
l'enzyme, entraînant de fait toute l'enzyme sous sa forme tendue. Or
l'ATP est le produit de la respiration cellulaire, phénomène qui suit
la glycolyse et le cycle de Krebs. L'effet rétrocontrôle négatif de
l'ATP est donc : inhibition de la voie lorsqu'il est en concentration
suffisante, prévenant ainsi la dégradation de glucose non
nécessaire.

Sujet 16a - MÉTABOLISME DES GLUCIDES
2 catégories de voies dans les métabolismes :

- Celles assurant la dégradation - Catabolisme
- Celles assurant la biosynthèse - Anabolisme
Au cours du catabolisme, des métabolites complexes sont
dégradés par des processus exergoniques.
L’énergie libre libérée est utilisée pour :
- Synthèse d’ATP à partir d’ADP et de phosphate
- Réduction du coenzyme NADP+ en NADPH.
ATP + NADPH = sources principales d’énergie libre pour
les voies Anaboliques.
Catabolisme - Caractéristique : Transforme beaucoup de
substances variées (glucides, lipides et protéines) en
intermédiaires communs.
Ces intermédiaires sont métabolisées grâce à une
voie oxydative centrale, donnant des produits terminaux.
Intermédiaire commun = Acétyl-CoA.
Gpe Acétyl : oxydé en CO2 et H2O grâce au CDK + Chaîne de transfert d’électrons + Oxydations phosphorylantes.
Le glucose arrive dans le sang suite à : - Hydrolyse de polysaccharides de haut poids moléculaire
- Sa synthèse à partir de composés non glucidiques (Gluconéogénèse)
Digestion des Glucides
Lieux : Bouche + Lumière intestinale
Digestion Glc alimentaires (Glycogène + Amidon) - Début : Bouche, Fin : Estomac, Reprise sous l’action
d’enzymes pancréatiques.
𝛼-amylases salivaires + pancréatiques ➝ Oligosaccharides courts
Digestion finale réalisée par enzyme synthétisées par les cellules intestinales.
Transport du Glucose
1. Diffusion facilitée : modèle GLUT1 dans les érythrocytes.
Glucose : Molécule polaire ➝ franchit la bicouche phospholipidique grâce à un transporteur.
2. Transport Na+ dépendant : Glucose est transporté dans l’entérocyte contre son gradient cellulaire en profitant
du gradient Na+.
Transporteur de glucose
• GLUT 1 : Neurones = Transporteur érythrocytaire de glucose
• GLUT 2 : Cellules β du pancréas et le foie (Maladie de stockage du glycogène Type I dû à l’absence de GLUT2)
• GLUT 3 : Neurones
• GLUT 4 : Cellules musculaires + Adipocytes
• GLUT 5 : Entérocytes + Spermatozoïdes
Localisation Affinité Commentaire
GLUT1 GR, Ubiquitaire Forte : Km = 1,5 mM Glucose, Galactose

GLUT2 Foie, Pancréas, Intestin, Rein Faible : Km = 15-20 mM Glucose, Galactose, Fructose
GLUT3 Cerveau, Rein, Placenta Forte Glucose, Galactose
GLUT4 Cœur, Muscle strié, Adipocyte Forte Glucose, stimulée par Insuline
GLUT5 Intestin Très Faible Fructose
Foie - Rôle : Maintenir la Glycémie constante

Foie = insensible à l’insuline
Cellule musculaire + adipocytes ⇨ consomment glucose quand il est stimulé par l’insuline.
Adèle LEE MOW SIM 20 sur 28
Sujet 16b - GLYCOLYSE

Glycolyse - Lieu : Cytosol Glucose
ATP
Hexokinase
ADP
Glucose6P
Phosphohexo isomérase
Fructose6P
ATP
Phosphofructo kinase
ADP Glycolyse - Bilan énergétique :
Fructose1,6bisP Glucose + 2 ADP + 2 NAD+ + 2 Pi
}
Aldolase ➡
2 Pyruvates + 2 ATP + 2 NADH,H+ + 2 H2O
3P isomérase
DihydroacétoneP Glycéraldéhyde3P
NAD+ + Pi
Glycéraldéhyde3P déshydrogénase
NADH,H+
1,3biPglycérate
ADP
Pglycérate kinase
ATP
3Pglycérate
Pglycérate mutase
x2
2Pglycérate
Enolase
H2O
Pénolpyruvate
ADP Carboxylation
Pyruvate kinase
ATP
Pyruvate
NAD+ Lactate DH ATP + CO2 Pyruvate carboxylase
NADH,H+ CO2 ADP + Pi + présence Biotine
Pyruvate DC
Lactate Acétaldéhyde Acétyl CoA Oxaloacétate
NAD+ NAD+ + CoASH Oxaloacétate - Bilan :
Ethanol DH Pyruvate + ATP + H2 + CO2
NADH,H+ NADH,H+ ➡
Oxaloacétate + ADP + Pi
Ethanol Cycle Krebs CRM
Anaérobie Aérobie - Mitochondrie

Muscle Levure
Régulation PFK1
- Régulation : Allostérique
- ATP + Citrate = Inhibiteurs
- AMP + F2,6bisP = Activateurs
- Glucagon (hormone hyperglycémiante) : ↘ F2,6bisP + Glycolyse ralentie.
- Insuline (hormone hypoglycémiante) : ↗ F2,6bisP + Glycolyse accélérée.
Régulation Pyruvate Kinase

- Régulation : Allostérique + Ubiquitaire
- ATP + Acétyl CoA + Alanine = Inhibiteurs
- AMP + F1,6bisP = Activateurs
Au niveau Foie
- Régulation : Covalente (par action hormonale)
- Glucagon : phosphoryle l’enzyme pour l’inhiber.
- Insuline : action inverse pour l’activer.

Sujet 17 - PYRUVATE DÉGRADÉ EN ACÉTYL CoA
Décarboxylation Oxydative (Pyruvate en Aérobie)

• Lieu : Mitochondrie
• Catalysée par un complexe multienzymatique faisant intervenir 5 coenzymes :
- 3 liés aux apoenzymes (Thiamine Pyrophosphate [TPP] + Lipoate + FAD)
- 2 non liés (NAD + CoA)
• Complexe multienzymatique = 3 enzymes ≠ agissant séquentiellement :
- Pyruvate décarboxylase (E1) = Enzyme à cofacteur TPP réalise Décarboxylation Pyruvate : libération CO2 +
Gpe Acétate reste fixé au TPP.
- Dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) = Enzyme à cofacteur lipoamide réalise Transacétylation sur le
CoA. Lipoamide fixé à l’enzyme = transporteur du substrat entre les sites actifs des trois enzymes.
- Dihydrolipoamide déshydrogénase (E3) = flavoprotéine réduit Acide dihydrolipoïque en Acide lipoïque, lui
permettant de recommencer un cycle réactionnel. Cette enzyme utilise le NAD+ comme accepteur d’électron.
Pyruvate + TPP
Pyruvate décarboxylase (E1)
CO2
TPP (régénéré) TPP-Gpe Acétate
Lipoate
Bilan :
Dihydrolipoamide acétyltransférase (E2) Lipoate-Acétyl
Pyruvate + CoASH + NAD+
CoA ➡
Acétyl CoA
Acétyl CoA + CO2 + NADH,H+
Dihydrolipoate + FAD
Lipoate (régénéré) NADH réoxydé par CRM pour produire ATP
Dihydrolipoamide déshydrogénase (E3) FADH2

NAD+
NADH,H+
FAD (régénéré)
Régulation dans la mitochondrie

Enzyme allostérique
- Lieu : Mb interne mitochondrie
- Acétyl CoA + NADPH (Complexe E1) = Inhibiteurs
- Inhibée si l’un de ces 3 quotients ↗ : [ATP]/[ADP]
[NADH]/[NAD+]
[acétyl-CoA]/[CoASH]
- Mg2+ + Ca2+ = Activateurs
Pyruvate déshydrogénase (Complexe PDH)
- Régulation par 2 enzymes : PDH phosphatase (action activatrice)
PDH kinase (action inhibitrice)

Sujet 18 - CYCLE DE KREBS

Acides Gras
Pyruvate
NAD+ + CoASH Acyl CoA
Pyruvate déshydrogénase
NADH,H+ + CO2
β-Oxydation
1. Condensation Acétyl CoA
H2O
Citrate synthase
CoASH Dégradation ou Réactions
2. Isomérisation Citrate
H2O Acides Aminés
Aconitase Cis Aconitate CDK + CRM - Bilan :

Acétyl CoA + 2 H2O + 3 NAD+ + FAD + GDP + Pi
H2O
➡
Isocitrate CoASH + 2 CO2 + 3 NADH,H+ + FADH2 + GTP
3a. Déshydratation
NAD+ Bilan énergétique :
Isocitrate déshydrogénase
NADH,H+ • 1 NADH,H+ = 3 ATP (CRM)
3b. Décarboxylation Oxalosuccinate • 1 FADH2 = 2 ATP (CRM)
• 1 GTP = 1 ATP
CO2 3NADH,H+ x 3ATP + 1FADH2 x 2ATP
+ 1GTP x 1ATP = 12ATP
4. Décarboxylation 𝛼 cétoglutarate
1 Acétyl CoA ➝ 12 ATP/tour de cycle
NAD+ + CoASH
𝛼 cétoglutarate déshydrogénage NADH,H+ + CO2
5. Phosphorylation Succinyl CoA
GDP + Pi
Succinyl CoA synthétase
GTP + CoASH
6. Déshydrogénation Succinate
FAD Oxydation Complète Glucose
Succinate déshydrogénase Bilan énergétique :
FADH2
7. Hydratation Fumarate Phosphorylation
Voie Directe
H2O Oxydative
Fumarase
Glycolyse 2 ATP 2 NADH = 6 ATP
8. Déshydrogénation Malate
NAD+ Décarboxylation
Malate déshydrogénase 2 NADH = 6 ATP
NADH,H+ Oxydative
Oxaloacétate
6 NADH = 18 ATP
Régulation Cycle de Krebs 2 GTP = 2 ATP
2 FADH2 = 4 ATP
Isocitrate-déshydrogénase = Principale Enzyme Régulatrice
- Régulation : Allostérique Total 4 ATP 34 ATP
- ATP et le NADH,H+ = Inhibiteurs
- ADP + NAD+ = Activateurs Total Complet = 38 ATP
- Disponibilités en Acétyl-CoA + Oxaloacétate + Oxygène conditionnent l’activité du CDK.
Navette Malate-Aspartate
Constituée de 2 cycles liés par les mécanismes : déshydrogénation + transamination.
• Cycle Malate-Oxaloacétate
Oxaloacétate cytosolique passe par
Malate-déshydrogénase pour entrer dans la mitochondrie
selon la réaction :
Oxaloacétate + NADH,H+ ➝ Malate + NAD+.
Une fois dans la mitochondrie grâce au transporteur
malate-cétoglutarate, l’isoenzyme mitochondriale redonne
l’oxaloacétate en inversant la réaction précédente.
• Cycle Glutamate-Aspartate
Par l’action de l’aspartate transaminase, l’oxaloacétate va
pouvoir retourner dans le cytosol en utilisant le
transporteur commun Aspartate-Glutamate.
Une fois dans le cytosol, l’aspartate va être retransaminé
en oxaloacétate par l’ASAT cytosolique.
Les mouvements couplés du glutamate et de
l’alpha-cétoglutarate maintiennent l’équilibre du cycle.

Sujet 19 - NÉOGLUCOGÉNÈSE
• Voie anabolique, permet de synthétiser du glucose à partir de précurseurs non glucidique (AA, Lactate, Glycérol)
• Permet de synthétiser glucose ➝ Maintenir glycémie constante + Assurer l’apport en glucose au cerveau + GR.
• Organes : Foie + Rein
• Lieu : Cytoplasme sauf Pyruvate Carboxylase (mitochondrie)
Acides Aminés
Mitochondrie
Lactate déshydrogénase Pyruvate carboxylase
Lactate Pyruvate Pyruvate Oxaloacétate Malate
NAD+ NADH,H+ ATP ADP
Pi
Pénol Pyruvate carboxykinase
Lieu : Cytosol Pénolpyruvate Oxaloacétate Malate
GTP GDP
Enolase H2O
CO2
2Pglycérate
Glycérol
Pglycérate mutase
ATP
Glycérol kinase
ADP 3Pglycérate
Glycérol3P ATP
Pglycérate kinase
ADP
NAD+
NADH,H+ 1,3biPglycérate
NADH,H+
Glycéraldéhyde3P déshydrogénase
NAD+ + Pi
DihydroacétoneP Glycéraldéhyde3P
3P isomérase
Aldolase
Fructose1,6bisP
H2O
Fructose1,6bisphosphatase
Pi
Fructose6P
Bilan :
Phosphohexo isomérase 2 Pyruvates + 4 ATP + 2 GTP + 2 NADH,H+ + 4 H2O
➡
Glucose6P Glucose + 4 ADP + 4 GDP + 2 NAD+ + 6 Pi
Glucose6Phosphatase
H2O 12 ATP ➝ 1 Glucose
Foie + Rein Pi
Glucose

Sujet 20 - DÉGRADATION ET SYNTHÈSE DU GLYCOGÈNE
Glycogène = Forme de mise en réserve du glucose facilement mobilisable

- Réserves de glucose = 40 kcal - Réserves de glycogène = 600 kcal
- Stockage : Foie + Muscle squelettique
- Granules : contiennent du glycogène, enzyme de synthèse/dégradation/régulation
Glycogène = Polysaccharide, peu soluble, inactif au niveau osmotique, structure compacte, chimiquement stable
Dégradation du Glycogène
1. Glycogène phosphorylase Glycogène
Pi
Glycogène phosphorylase
Glycogènen-1
2. Transférase et Glucose1P
Enzyme débranchante
Phosphoglucomutase Activité Transférase + Glucosidase de l’enzyme débranchante
3. Conversion Glucose6P
Voie des Pentoses Phosphates
Foie
Pyruvate H2O
Ribose + NADPH,H+
Glucose6Phosphatase
Glycolyse Enz abs Muscle + Cerveau Pi
➝ Glucose peut pas en sortir
Glucose
Bilan :
Dégradation du Glycogène ➝ Pas de coût d’énergie
≈ 95-99% Glucose6P
Anaérobie Aérobie Sang + Utilisation par d’autres Tissus
Synthèse du glycogène
Synthèse - Bilan :
Glucose6P ➝ Glucose1P
Glucose1P + UTP ➝ UDP-Glucose + PPi
Glucose
PPi + H2O ➝ 2 Pi
UDP-Glucose + Glycogène ➝ Glycogènen+1 + UDP
UDP + ATP ➝ UTP + ADP
Glucose6P
——————————————————————————————
Glucose6P + ATP + Glycogène + H2O ➝ Glycogènen+1 + ADP + 2 Pi
Irréversible
Glucose1P
UTP H2O
UDP-Glucose pyrophosphorylase
PPi
UDP-glucose 2 Pi
Glycogène
Glycogène synthétase
UDP
Glycogènen+1
Dégradation - Bilan :
90% résidus dégradés sans dépense d’énergie
10% résidus clivés aux sites de branchement ➝ 1 ATP pr phosphoryler en Glucose6P
Conclusion - Bilan :
- 1 ATP pour stocker 1 Glucose6P
- Oxydation totale : 1 Glucose6P ➝ 37 ATP
- Rendement énergétique très élevé
- Rendement mise en réserve ≈ 97 %
Enzyme de ramification (Formation de liaison α1-6)

Ramification : ↗ solubilité
↗ vitesse de synthèse/dégradation Glycogène
Transfert de 7 résidus doit :
- Contenir une extrémité non réductrice
- Venir d’une chaîne ≥ 11 résidus
Point de ramification doit : être distant ≥ 4 résidus
d’un point déjà existant
Régulation entre synthèse et dégradation du glycogène
Stimule la dégradation du Glycogène

Activité musculaire ➝ Libération d’adrénaline par médullo-surrénale Stimule la synthèse du Glycogène
⇨ dégradation glycogène dans Muscles Taux ↗ ➝ Postprandial
Voie INACTIVE Voie ACTIVE
Taux Glucose sanguin ↘ ➝ glucagon sécrété par pancréas Taux ↘ ➝ Jeûne
⇨ dégradation glycogène dans Foie
Adrénaline Glucagon 51 AA sécrétées par les cellules β du

- Glande surrénale 29 AA sécrétées par cellules 𝛼 du pancréas pancréas
- Dérivé de la tyrosine (Diabète I = trop de Glucagon) (Diabète sucré = Déficit en Insuline)
Synthèse d’insuline et de glucagon dans le pancréas
1. Régulation du taux de glucose sanguin par le foie

- Glucose > Foie ➝ absorbe excédent
- Glucose < Foie ➝ libère excédent
Phosphorylase a = Molécule sensible au glucose dans les cellules hépatiques
2. Glycogène phosphorylase est activée par phosphorylation

• phosphorylase b + ATP ➝ phosphorylase a
- Effecteurs allostériques : - AMP induit changement de conformation
- ATP + Glucose6P = Inhibiteurs
Proportion de phosphorylase active dépend des vitesses de phosphorylation + déphosphorylation
3. Rôle central de l’AMP cyclique

Caféine + Théophylline = Inhibent phosphodiestérase ➝ Effets hormonaux prolongés
4. Mécanisme global de régulation hormone dépendant
5. Activation/Inhibition du glycogène phosphorylase

Maladies du stockage du glycogène
Glycogènose Nom Déficit Organes Signes
Hypoglycémie
Foie Acidocétose
Type I Von Gierke Glucose-6-Phosphatase
Rein Hyperucémie
Hyperlipidémie
Lysosome
Type II Pompe Gluc𝛼(1-4)lys Tous Normoglycémie
Insuffisance cardiaque
Muscle Accumulation polysaccharides

Type III Cori Abs Enzyme débranchante
Foie branchés
Accumulation polysaccharides,
Foie peu de branchement ➝ Cirrhose
Type IV Andersen Abs Enzyme branchante
Rate = Défaillance hépatique ➝ Mort
av 2 ans
Lactate bas
Type V Mcardle Phosphorylase Muscle
Ap exo ➝ Fatigue musculaire
Tendance à Hypoglycémie
Type VI Hers Phosphorylase Foie
(comme Type I en - prononcé)
Muscle Comme Type V

Type VII Tarui PhosphoFructoKinase
Globule rouge + Anémie hémolytique
Hypertrophie Foie
Type VIII Phosphorylase Kinase Foie
Hypoglycémie modérée
Entrée du fructose et du galactose dans la glycolyse
Galactosémie congénitale
Galactose + ATP ➝ Glucose1P + ADP + H+
Galactose1P-uridyl transférase : absente ou inactivée
Nourrissons ne se développent pas, vomissements,
diarrhées, retard intellectuel irréversible
⇨ Suppression totale du galactose dans
l’alimentation

Sujet 21 - VOIE DES PENTOSES PHOSPHATES
• est ubiquiste dans :

- Foie (synthèse AG, Cholestérol)
- Tissu Adipeux (synthèse AG)
- Glande mammaire au cours de la lactation (synthèse AG)
- Tissus stéroïdogènes : Corticosurrénales, Testicules, Ovaires et Placenta
- GR (réduction du glutathion)
• Substrat de la voie des Pentoses Phosphates : glucose-6-P
2 Phases
Oxydative et Irréversible produisant : Non Oxydative et Réversible :
- 2 molécules NADPH,H+ - Étape d’isomérisation des pentoses-P produit le ribose-5-P

- Ribulose-5-P : 1er pentose-P de la voie - Étape recombinant les pentoses-P en hexoses-P
Voie des pentoses-P
- Partir de 6C5 et Arriver 5C6
- Production NADPH et ribose-5-P
Importance de NADPH dans la protection des cellules contre radicaux réactifs de l’oxygène.
Déficit en G6PD érythrocytaire : anémie hémolytique
↳ Incapacité du GR à réduire GSSG : - Accumulation péroxyde
- ↗ taux d’oxydation de l’Hb en methémoglobine
- Grande fragilité de la mb cellulaire
- Lyse des GR, Anémies, Hémolytiques graves
NB : Lyse = destruction de la mb d'une cellule biologique par un agent physique/chimique/biologique, provoquant

la mort de la cellule.

Bioch S1 Sujets 1 21 MAMO

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Biochimie Semestre 1 Sujets 1-8

SUJET 1 : ACIDES AMINES ET PROTEINES (CLASSIFICATION DES ACIDES AMINES EN FONCTION DE LA

I. CLASSIFICATION DES ACIDES AMINES EN FONCTION DE LA POLARITÉ DE LEURS CHAINE LATERALES

A par&r de la chaine on dis&ngue :

Les 20 acides aminés protéinogènes sont aussi connus comme

II. PROPRIETES ACIDES ET BASIQUE DES ACIDES AMINES

Acides aminés basiques :

1-Arginine est hydrolysée par l’arginase en ornithine (dérive

2-La PUTRESCINE et la CADAVERINE sont des diamines provenant de la

3-La SPERMINE se rencontre dans le sperme, le tes&cule, l’ovaire: son

Marie-Océane SEYMOUR 1 sur 28

1. Aspartate ou acide aspartique (Asp ; D) HOOC-CH2-CH-COOH

Marie-Océane SEYMOUR 2 sur 28

• Le squele]e axial est non spéciﬁque d'une protéine mais que

o confère son iden&té à une protéine est l'ensemble des

RÉSUMÉ STRUCTURE : structure primaire (sujet 2) ;

Marie-Océane SEYMOUR 3 sur 28

❖Coude et boucle ( ou tours) :

Marie-Océane SEYMOUR 4 sur 28

❖ Poly-gly, poly-pro, hélice gauche du collagène

• Le collagène est la protéine humaine la plus importante.

Marie-Océane SEYMOUR 5 sur 28

• s'applique obligatoirement qu'aux protéines globulaires.

La structure terLaire d'une

Certaines protéines nécessitent l'aide de protéines

Marie-Océane SEYMOUR 6 sur 28

• Ce type de structure ne concerne que facultaLvement les protéines globulaires.

Marie-Océane SEYMOUR 7 sur 28

• MYOGLOBINE – a huit régions hélicoïdales, elle a une structure ter&aire. La

Marie-Océane SEYMOUR 8 sur 28

II. LE SITE ACTIF

III. FORMATION DU COMPLEXE ENZYME -SUBSTRAT

Marie-Océane SEYMOUR 10 sur 28

IV. MECANISME D’AUGMENTATION DE LA VITESSE DE REACTION

FACTEUR INFLUENÇANT L'ACTIVITE ENZYMATIQUE

Sujet 9 : Les 6 classes d’enzymes

Nomenclature des Enzymes

Mathilde CHEVREUX 12 sur 28

Sujet 10 : Cinétique des enzymes

Diagramme M-M montre:

1. A de faibles concentrations de substrat de la vitesse de

2. A plus grande vitesse de réaction du substrat devient égale

3. KM – représente la concentration en substrat par laquelle

L'utilité pratique de l'équation de M-M :

Mathilde CHEVREUX 13 sur 28

Sujet 11 : Inhibition des enzymes : réversible (compétitive et non-compétitive) irréversible

• Un inhibiteur compétitive entraîne la diminution

Mathilde CHEVREUX 14 sur 28

Sujet 12 : Régulation des enzymes : régulation allostérique

Le dégrée de coopérativité entre sous-unités est représenté par le nombre de Hill.

Un effecteur allostérique remplit 3 conditions :

A. Nature oligomérique des enzymes allostériques et transition allostérique R↔T

Modèle de Monod : l'enzyme allostérique est un ensemble de sous-unités

Mathilde CHEVREUX 15 sur 28

Les effecteurs hétérotropes modifiant l'affinité de l'hémoglobine pour le dioxygène sont :

Mathilde CHEVREUX 16 sur 28

Sujet 13 : Régulation covalente de l’enzyme

Inter-régulation glycogénolyse et glycogénogenèse

Mathilde CHEVREUX 17 sur 28

Sujet 14 : Activité des zymogènes pensant au clivage protéolytique

Certaines enzymes sont synthétisée sous une forme D’un

(N ter) Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Ile…..C(ter) Trypsinogen inactif → Tripsine active

Mathilde CHEVREUX 18 sur 28