L3 PGF Février 2020 ** UE La Biologie en Marche

Pr. Jacques Fantini

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Mécanismes moléculaires de formation des pores amyloïdes.
Rôle dans la maladie d’Alzheimer.

1. Des cellules nerveuses en culture sont incubées avec une sonde fluorescente
sensible au calcium (Fluo-4) puis sont mises en présence du peptide Ab1-42. Les
cellules sont observées au microscope à fluorescence. On obtient les résultats
suivants : A t0, B 30 min, C 60 min (à droite calibration du taux de Ca2+
intracellulaire). Interprétez ces expériences.

2. L’activité des pores amyloïdes peut être étudiée par des techniques
électrophysiologiques. Des chercheurs ont reconstitué des pores amyloides dans des
modèles de bicouches lipidiques (mélange DOPS/POPE ou BTLE –brain total lipid
extract). Les résultats suivants ont été obtenus. Commentez ces résultats.

Representative electrical recordings of Aβ1–42 in BTLE and DOPS/POPE (1:1, wt/wt) membranes. Current vs.
time trace of (A) Aβ1–42 in a BTLE membrane and (B) inhibition of Aβ1–42 conductance by addition of Zn2+ (10
mM final ZnCl2 concentration, cis chamber). Current vs. time trace of (C) Aβ1–42 in a DOPS/POPE membrane
(D) Inhibition of Aβ1–42 conductance by addition of Zn2+ in DOPS/POPE membrane (10 mM final
ZnCl2concentration, cis chamber). In all experiments, we used a final concentration of 10 μM Aβ1–42 in both
chambers of the bilayer setup.
3. Le dichroïsme circulaire permet de déterminer, dans une protéine, les
pourcentages respectifs d’hélices a et de brins b. L’analyse du peptide Ab1-42 dans
l’eau a montré une majorité de régions non structurées (random-coil). L’ajout, dans la
cuve de mesure, de vésicules membranaires constituées de DMPC
(phosphatidylcholine avec deux chaînes C14:0), induit une légère modification du
spectre qui indique alors 10% d’hélices a dans le peptide. Mais lorsque les vésicules
de DMPC contiennent du cholestérol (33%), les hélices a deviennent majoritaires
(60%). Que pouvez-vous conclure de ces expériences ?

4. Un pore amyloïde est constitué par l’assemblage de plusieurs peptides Ab au sein

de la membrane plasmique des cellules cérébrales. Des expériences à l’aide de
peptides mutants ont permis d’établir que les résidus Asn-27 et Lys-28 sont
impliqués dans la formation de ces pores, car lorsqu’on remplace ces deux acides
aminés par des résidus de glycine, les peptides ainsi mutés sont incapables de
s’organiser en pores amyloïdes. Sachant que le processus d’oligomérisation
aboutissant à la formation de pores fait intervenir des liaisons non covalentes entre
les peptides, proposez une explication permettant de rendre compte d’une interaction
entre le résidu Lys-28 d’un peptide et le résidu Asn-27 d’un peptide voisin. Précisez
le type d’interaction non covalente pouvant être mise en jeu dans cette interaction.

5. Lorsque le pore amyloïde s’est constitué dans la membrane des cellules

nerveuses, il permet l’entrée massive des ions Ca2+ depuis le milieu extracellulaire.
On peut inhiber l’entrée de calcium en incubant les cellules avec des ions Zn2+. Que
pouvez-vous en déduire sur la nature des acides aminés formant l’entrée du pore
amyloïde ?

6. On donne la séquence du peptide Ab1-42 (peptide b-amyloïde) humain (dans le

code des acides aminés à trois lettres et le code à une lettre) :

Asp-Ala-Glu-Phe-Arg-His-Asp-Ser-Gly-Tyr-Glu-Val-His-His-Gln-Lys-Leu-Val-Phe-
Phe-Ala-Glu-Asp-Val-Gly-Ser-Asn-Lys-Gly-Ala-Ile-Ile-Gly-Leu-Met-Val-Gly-Gly-Val-
Val-Ile-Ala

DAEFRHDSGYEVHHQKLVFFAEDVGSNKGAIIGLMVGGVVIA

Analysez ce peptide en faisant apparaître les acides aminés polaires, apolaires et les
charges électriques à pH 7. Que remarquez-vous ?

Identifiez les résidus Asn-27 et Lys-28. En vous appuyant sur les éléments donnés
dans les questions précédentes, repérez dans la séquence les régions du peptide
impliquées dans le processus d’oligomérisation et les régions formant l’entrée du
pore amyloïde.
7. Des expériences à l’aide de fragments synthétiques du peptide Ab1-42 ont permis
de localiser la région impliquée dans l’association du peptide avec le cholestérol
membranaire. Les peptides testés sont les suivants: 1-16 et 17-42. Selon vous,
lequel de ces deux fragments de Ab1-42 peut-il interagir avec le cholestérol
membranaire? Justifier votre réponse.

8. Le ganglioside GM1 interagit également avec le peptide Ab1-42. Ce ganglioside

étant chargé négativement (groupement carboxyl de l’acide sialique dissocié à pH 7),
ce sont surtout des acides aminés basiques qui sont impliqués dans cette interaction.
Combien le peptide Ab1-42 possède-t-il de résidus basiques ? Sachant que seul le
fragment 1-16 (et non 17-42) reconnait le GM1, dresser une cartographie du peptide
Ab1-42 en précisant les régions impliquées dans la fixation de GM1, dans la fixation
du cholestérol, dans la formation et la fonction des pores amyloïdes.

9. Proposez un schéma récapitulatif de la formation des pores amyloïdes.

10. Une comparaison de la capacité du peptide Ab humain et de rat sur la capacité à

former des pores amyloïdes a donné les résultats suivants.

En vous aidant des ressources accessibles par internet, commentez ces résultats.
11. Commentez la figure suivante (d’après Lasagna-Reeves et coll. (2001) J. Biol.
Chem. 286 : 22122-22130. ). En quoi cette expérience est-elle fondamentale ?

Detection of amyloid pores in tissues from Alzheimer disease brains. A–E, amyloid pores were
detected in AD brain frontal cortex sections by light field microscopy after immunostaining using the
3,3′-diaminobenzidine method. The pore-like structures were present in diffuse plaques and as
punctate, diffuse deposits mainly located around the nucleus, which was stained with hematoxylin. F,
no amyloid pores were detected in tissues from age-matched control brains. (Scale bars represent 20
μm.) G–J, amyloid pores were isolated by immunoprecipitation using αAPF antibody and visualized by
electron microscopy. Images H, I, and J are magnifications of squares 1, 2, and 3, respectively. K, no
amyloid pores were pulled down by immunoprecipitation from age-matched controls. Micrographs
represent immunoprecipitation from three AD cases and three control cases. L, Western blot analysis
with αAPF shows that amyloid pores with molecular mass >90 kDa were present only in AD cases (AD
lane). The control cases (C lane) used in this study did not present Aβ amyloid plaques.
12. Des images plus précises de pores amyloïdes ont été obtenues par microscopie
de force atomique. Une de ces images a été superposée à une modélisation de pore
amyloïde obtenue par modélisation moléculaire. Ce pore modélisé est formé par 8
peptides. Que concluez-vous ? Au centre du pore modélisé on peut voir une
structure sphérique. A quoi correspond cette structure ?