Microbiologie moléculaire et génétique

Chapitre
This model illustrates 1: Gènes : Structure, Réplication, et Mutation
double-stranded DNA.
DNA is the genetic 4-Le code génétique,
5-Structure du gène
material for procaryotes
and eucaryotes.
Genetic information
is contained in the
sequence of base pairs
that lie in the center
Le code génétique
- Les quatre bases azotées de l’ADN
constituent l’alphabet génétique.
- La correspondance entre l’information
génétique écrite avec ces 4 bases et la séquence
de la chaîne polypeptidique écrite avec 20
acides aminés est assurée par la combinaison
des quatre lettres donnant le code génétique.
- L’unité de base du code génétique est appelée
codon (Trois bases successives).

Figure 1 : Succession des codons sur une molécule d’ARN

 Tableau 1 : Le code génétique

Avec 3 nucléotides par

codon,
3
il y a 4 = 64 codons
différents possibles
Le code génétique possède les caractéristiques suivantes :

La dégénérescence
Parmi les 64 codons, trois sont des codons stop, qui signalent la fin de la
traduction. Les 61 codons restants, appelés codons sens, codent les 20 acides
aminés trouvés dans les protéines, donc plus d’informations qu’il n’en faut pour
spécifier ces 20 acides aminés, et on dit qu’il s’agit d’un code dégénéré.
Seuls le Trp et la Met ne sont spécifiés que par un seul codon. Pour les autres
acides aminés, le nombre de codons spécifiques de chaque acide est variable (2, 3,
4 ou 6). Les codons qui spécifient le même acide aminé sont dits synonymes
 Le code génétique possède les caractéristiques suivantes :

Le cadre de lecture et les codons d’initiation

Le code est généralement non chevauchant. Chaque nucléotide ne
participe normalement qu’à un seul codon. Chaque séquence de
nucléotides peut être lue de trois façons différentes, selon le cadre de
lecture qui est appliqué. Le système de traduction doit utiliser le cadre
de lecture correct déterminé par le codon d’initiation, qui est
généralement AUG qui spécifie une Méthionine (Met).
 Le code génétique possède les caractéristiques suivantes :

Les codons de terminaison

Trois codons –UAA, UAG et UGA – ne spécifient pas d’acide aminé.
Ces codons signalent la fin d’une protéine. On les appelle codons
stop, codons de terminaison ou codons non-sens. Il n’existe pas
d’ARNt dont l’anticodon s’apparie avec un codon de terminaison.
 Le code génétique possède les caractéristiques suivantes :

L’universalité du code
Tous les êtres vivants (sauf quelques exceptions) possèdent le même
code génétique. On dit que le code génétique est universel.
 ( a ) Appariement de bases d'un ARNt de
glycine avec trois codons en raison d'une
oscillation

(b) Codons et anticodons de la glycine (écrits en 5′ —» 3′ sens)

Codons de l'ARNm de la glycine : GGU, GGC, GGA, GGG
Anticodons de l'ARNt de la glycine : ICC, CCC

Figure 2: Oscillation et codage. L'utilisation de l'oscillation dans le codage de l'acide aminé glycine.
(a) L'inosine (I) est un nucléoside oscillant qui peut s'apparier avec l'uracile (U), la cytosine (C) ou l'adénine (A). Ainsi, la
base ICC s'apparie avec GGU, GGC et GGA dans l'ARNm. (b) En raison de l'oscillation produite par l'inosine, deux
anticodons d'ARNt peuvent reconnaître les quatre codons glycine (Gly). ICC reconnaît GGU, GGC et GGA ; CCC
reconnaît GGG.
 Structure des gènes
Le gène
– séquence linéaire de nucléotides avec un point de départ et un point
final fixes
– code pour un polypeptide, un ARNt ou un ARNr

• cistron – gène (segment) qui code pour un seul polypeptide

Cadre de lecture
– organisation des codons de manière à ce qu'ils puissent être lus pour
donner naissance aux gènes.
L'importance du cadre de lecture
Début de lecture Début de lecture

Figure 3: Cadres de lecture et leur importance.

 Organisation chromosomique
des bactéries et des virus.
Les chromosomes sont donc généralement constitués de séquences de
gènes qui ne se chevauchent pas

- Pour la plupart des

organismes, les cadres de
lecture ne se chevauchent pas

Figure 4: (a) Carte génétique simplifiée d'E. coli.

 D
tyrB
metA
Organisation chromosomiqueC
B
ABC pyrA
urD,H
A,B,C
des
pyrB
argl
bactéries
leu et desAvirus. H A

thr proA,B
purA
argF
proC A
arg purE B
100/0 A*
F
bio C

- Certaines bactéries aroA

et
D
G
φX174
certains virus ont des pyrD B
K
pyrC

75
gènes
Escherichia coli qui
25
se purB B
A

chevauchent trp C
D
C
cysB
E
E
D
F
aroH J
etE aroD
erA 50 (b)
G
ysA D
hyA Figure pheA
4: (b) La carte
purFdu phage C montre le chevauchement
his X174 du gène
Figure 11.20 B avec A, K avec AOrganization
Chromosomal et C, et E avecinD.Bacteria
Les régions
and pleines
Viruses.
gA metG B sont des espaces situés entre les gènes.
tyrA aroC H
(a) Simplified genetic map of E. coli. The E. coli map is divided into 100
yrG minutes. (b) The map of phage !X174 shows the overlap of gene B with
aroF cysA,K A
 La structure des gènes procaryotes et viraux
diffère grandement de celle des eucaryotes
Gènes
• Procaryotes (et virus)
– les informations de codage sont généralement continues (certains
gènes bactériens contiennent des introns).

• Eucaryotes
– la plupart des gènes ont des séquences codantes interrompues par
des séquences non codantes
• exons - séquences codantes
• introns - séquences non codantes

Exception - concerne les gènes d'histones eucaryotes, qui manquent

d'introns.
 Gènes qui codent pour les protéines
Brin contenant des informations de codage et dirigeant la synthèse d'ARN

Site de reconnaissance ARN polymérase

Brin non matrice

Site de liaison de l'ARN polymérase
(boîte de Pribnow) Brin matrice
11.5 Gene Structure 243

RNA polymerase recognition site

Nontemplate strand

RNA polymerase
Promoteur binding site
Antileader Région codante Antitrailer Terminateur
(Pribnow box) Template strand
Sens de transcription
–35 –10 +1
Début de transcription 3′
5′ sert de site de reconnaissance et de liaison pour l'ARN polymérase
and trailer sequences are included even though some genes lack one or both. Transcription begins at the "1
position in DNA, and the first nucleotide incorporated into mRNA is usually GTP or ATP. Translation of the

Promoteurs de bactéries
mRNA begins with the AUG initiation codon. Regulatory sites are not shown.

– 35 region ––10
10 régions
region TATAAT
Consensus sequences
– 35TTGACA
région TTGACA SiteTATAAT
de liaison de l'ARN Séquence consensus
RNA polymerase
Site recognition de
de reconnaissance RNA polymerase binding
polymérase
l'ARNsite
polymérase site

G T T G T G T G G A AT

5′ -C C C C A GG C T T T A C A C T T T AT G C T T C C G G C T C G TAT P TGTGAGC- 3′
P P
3′ - G G G G T C C G A A AT G T G A A ATA C G A A G G C C G A G C ATA GA ACACTCG- 5 ′

CAACACACCTT A Beginning
Début de of
la RNA chain
chaîne d'ARN
+1
Brin matrice
Template strand
Régionunwound
Region déroulée
bypar
l'ARN polymérase
RNA polymerase in dans
un complexe
open complex ouvert

aussi appelée boîte Pribnow

Figure 11.22 A Bacterial Promoter. The lactose operon promoter and its consensus sequences. The start
Figure 6: Promoteur bactérien. Le point de départ de la synthèse d'ARN est étiqueté 1. La région autour de 35 est le site auquel l'ARN
point for RNA
polymérase synthesis
se fixe pour laispremière
labeledfois
"1.auThe region around
promoteur. !35 is the se
L'ARN polymérase sitelieatetwhich the RNA
commence polymerase
à dérouler l'hélicefirst
d'ADN au niveau de
attaches toPribnow
la boîte de the promoter. RNA
ou du site de polymerase binds
liaison de l'ARN and begins
polymérase, quitoest
unwind the DNA
situé dans helix
la région 10. at the Pribnow box or
RNA polymerase binding site, which is located in the !10 region.
 Région spécifiant la séquence
RNA polymerase recognition site d'acides aminés dans un polypeptide
Nontemplate strand
Site de reconnaissance ARN polymérase

RNA polymerase binding site Brin non matrice

Site debox)
(Pribnow liaison de l'ARN polymérase Template strand
(boîte de Pribnow) Brin matrice

–35 –10 +1
3′
5′
DNA
5′
3′

Promoter
Promoteur Antileader
Antileader Coding region
Région codante Antitrailer Terminator
Antitrailer Terminateur

Shine-Dalgarno Sens de transcription

sequence
Début de transcriptionG
or Sens
AUG de déplacement de l'ARN polymérase
A
mRNA 5′ 3′
 RNA polymerase recognition site
Nontemplate strand
Site de reconnaissance ARN polymérase

RNA polymerase binding site 11.5 Gene Structure

Brin non matrice 243
Site de liaison
(Pribnow box) de l'ARN polymérase Template strand
(boîte de Pribnow) Brin matrice
RNA polymerase recognition site
–35 –10 +1 Nontemplate strand
3′
5′ RNA polymerase binding site
(Pribnow box) Template strand
DNA
–35 –10 +1 5′
3′
3′5′
DNA
5′
3′
Région codante
Promoter
Promoteur Antileader
Antileader Coding region Antitrailer Terminateur
Antitrailer Terminator
Promoter Antileader Coding region Antitrailer Terminator

Transcription
Shine-Dalgarno
Shine-Dalgarno
sequence
G
G
or sequence
AUG
A
mRNA 5′ or 3′
AUG
A Leader Direction of transcription Trailer
5′ Leader Trailer 3′
mRNA
Début de transcription site de reconnaissance du ribosome
Transcription Translation
(codant start
d’initiation)
start (initiation codon)
Leader Direction of transcription Trailer
séquence non traduite
 RNA polymerase recognition site Signal de terminaison de la transcription
Nontemplate strand
Site de reconnaissance ARN polymérase

RNA polymerase binding site Brin non matrice

Site debox)
(Pribnow liaison de l'ARN polymérase Template strand
(boîte de Pribnow) Brin matrice

–35 –10 +1
3′
5′
DNA
5′
3′

Promoter
Promoteur Antileader
Antileader Coding region
Région codante Antitrailer Terminator
Antitrailer Terminateur

Shine-Dalgarno Sens de transcription

sequence
Début de transcriptionG
or Transcrit mais la séquence
AUG
A d'ARNm n'est pas traduite
mRNA 5′ 3′
 Gènes codant pour l'ARNt et l'ARNr
11.6 Mutations and Their Chemical Basis 245

G
U
U
C
Les gènes C U –OH
A U
d'ARNt ont C G

• • • • •
• • • • •
• • • • •
G C
Anticodon U A U A
des régions G

•
•
•
A
A U G C Anticodon
A C

•
•
•
C G
de C G U A

•
•
•
C G
promoteur, G
A CGACU
• • • • •
• • • • •
ACGGGCG
• • • • • • •
• • • • • • •
CGACUAU
• • • • • • •
• • • • • • •
GUGGG
• • • • •
• • • • •
U
• • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • • G
leader, U GCUGA GGCCCGC AGAUGU GCUGAUA CACCC G

région G C G C
• • • • •
• • • • •
• • • • •

• • • •
• • • •
• • • •
C G C G
codante, G C U A
espace, et G
G
C
C précurseur
C G

trailer de
l'ARN-t

tRNA Ser Espace

Spacer tRNA Thr

(a)
leader, espace et trailer ont été retirés pendant le processus de maturation
23S
 tRNA Ser Spacer tRNA Thr
Les gènes d'ARNr ont des régions de promoteur, leader, région codante, espace, et trailer
(a)

23S
16S

1 or 2 0-2

5S
ARNt espaceur
Spacer tRNA ARNt
Trailer trailer
tRNA

(b)
Les régions espaceur et trailer peuvent coder des molécules d'ARNt

FigureLe11.23
gène de l'ARNand
tRNA ribosomal
rRNA d'E. coli code
Genes. (a) A pour
tRNAunprecursor
grand produit
from de
E. transcription qui est
coli that contains twoclivé
tRNAen trois ARNr et
molecules.
un à deux ARNt. Les segments d'ARNr 16S, 23S et 5S sont représentés par des lignes bleues et
The spacer and extra nucleotides at both ends are removed during processing. (b) The E. coli ribosomal RNA les séquences
d'ARNt sont placées entre parenthèses.
gene codes for a large transcription product that is cleaved into three rRNAs and one to three tRNAs. The 16S,