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1ere Master Biochimie et Biologie Moléculaire / TD de Bio-ingénierie des Biomolécules

Université de Tébessa
Faculté : SESNV.
Département : Biologie Appliquée
1ere Année Master Biochimie et Biologie Moléculaire

Série n°01

EXERCICE 01 :

Exercice 02 :

Un plasmide portant les gènes Kan r Ampr (Kanamycine et Ampicilline) est traité par l'enzyme Bgl II,
dont le site de coupure est localisé dans le gène Amp. Ce plasmide est lié en présence d'un gène
étranger de drosophile digéré par la Bgl II. Puis les plasmides circulaires obtenus sont utilisés pour
transformer E. coli.

 Quel antibiotique mettez-vous dans le milieu pour sélectionner les colonies contenant un
plasmide?
 Quels types de phénotypes résistants aux antibiotiques trouvez-vous dans le milieu ?
 Quel sera le phénotype des colonies contenant un plasmide recombinant ?
 Combien de fragments d’ADN vont être produits par une enzyme de restriction que l'on fait
agir sur un plasmide (molécule circulaire) possédant 1 site pour cette enzyme ? Sur l'ADN
linéaire d'un bactériophage possédant deux pour cette enzyme ?

EXERCICE 02 :

Un plasmide résistant à l’ampicilline et à la tétrecycline pBR322, est digéré par PstI, qui coupe dans le
gène de résistance à l'ampicilline. Le plasmide coupé est ligaturé avec de l'ADN de Drosophile
digéré par PstI afin de préparer une banque génomique, et le mélange est utilisé pour transformer
E. coli K12.

a) Quel antibiotique devrait être ajouté au milieu pour sélectionner les cellules qui ont incorporé
un plasmide ?
b) Quel type de culture devrait être sélectionné pour obtenir des plasmides contenant des inserts
de Drosophile ?
c) Comment pouvez-vous expliquer la présence de colonies qui sont résistantes aux deux
antibiotiques ?

Dr MECHAI ABDELBASSET
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EXERCICE 03 :
Un fragment d’ADN génomique de levure de 1500 pb, contient la séquence codante d’un gène (topo) codant
une topoisomérase (figure 1). En vue d’exprimer cette enzyme dans la bactérie E.coli, sa séquence codante
est clonée dans le vecteur plasmidique pBR322 (figure 3).

BamHI HindI EcoRI


300pb 1200pb

Figure 1 Carte de restriction du fragment d’ADN Figure 2 Séquence des sites de restriction
génomique de levure contenant le gène topo

AmpR
AmpR

pBR322 (2800pb)
HindI
300pb
R TetR
Tet BamHI Le gène topo
200pb ORi
ORi
EcoRI

Figure 3 Carte de restriction du plasmide pBR 322. Figure 4 : Plasmide recombinant contenant le gène topo

Question 1 :

A. Proposez un protocole de clonage et indiquez comment vous sélectionnez les clones


recombinants

1. Quelle est le rôle de la présence du fragment ORI.


2. A l’aide des figures ci-dessus, mentionner les endonucléases de restriction
permettant l’insertion du gène topo dans le vecteur plasmidique pBR322?
Justifier. Quel est le type d’extrémités générées ?

3. Quelle est la fréquence statistique des sites de restriction pour les enzymes BamHI,
EcoRI, HindI

Question 2 :

Le fragment d’ADN génomique et le vecteur pBR322 digérés sont alors mélangés et mis en
présence de l’ADN ligase du bactériophage T4. Quelles sont les différentes molécules
obtenues à l’issue de cette ligation ?
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Question 3:

1. Positionner et numéroter, si besoin, les sites de restriction HindIII, EcoRI et


BamHI sur le schéma du plasmide recombinant dans la feuille réponse. Indiquer
la taille du plasmide recombinant.

R
Amp

HindI

300pb BamHI

pBR322 (4000pb) 300pb

HindI

R
Tet
Le gène topo

ORi 1200pb

EcoRI

2. Schématiser le profil électrophorétique des fragments issus de la digestion de ce plasmide par chacune
des enzymes, par les doubles digestions (BamHI + HindI ), (BamHI + EcoRI ) , (BamHI +
HindI) et par la triple digestion (BamHI+EcoRI+HindI)

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Série n°02
EXERCICE 01 :

On réalise la carte de restriction d'un fragment amplifié par PCR avec les enzymes de
restriction EcoRI, BamHI, XbaI et NcoI. Les tailles des fragments obtenus sont (en kilo paires
de bases):

E B N X E-X E-N X-N


0,4 1,8 0,8 0,3 0,3 0,4 0,3
1,4 1 1,5 0,4 1 0,7
1,1 0,8

Donner la carte de restriction du fragment amplifié par PCR.

EXERCICE 02 :

Un plasmide recombinant contenant le gène M (appelé pBM1) est digéré parles enzymes de restriction Bam
HI et Eco RI. Après migration et séparation des fragments d'ADN sur gel d'agarose puis
coloration au bromure d'éthidium, on obtient les profils de restriction suivants:

Donnez la carte de restriction du plasmide recombinant pBM1.

TECHNIQUES GENERALES – OUTILS ENZYMATIQUES

QCM 1 :
A/ On peut utiliser de l’ADN d’hématies ou de plaquettes sanguines pour travailler sur le
génome d’un individu.
B/ Les RNA sont plus fragiles que les DNA.
C/ Contrairement à l’ARN, on va toujours fragmenter l’ADN en morceaux de grande taille
avant de l’utiliser.
D/ Le BET est un agent intercalent qui peut servir à visualiser les acides nucléiques car il
émet une fluorescence.
E/ Tous les acides nucléiques migrent vers l’anode.
(énoncé valable pour les QCM 3 à 7) : Parmi les séquences d’acide nucléiques suivantes :
A/ 5’…AAGCACGAA…3’ B/ 5’…UUGCGUU…3’
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C/ 3’…GCCCGGGC…5’ D/ 5’…ACGCGT…3’ E/ 3’…TACGCAT…5’


5’…CGGGCCCG…3’ 3’…UGCGCA…5’

QCM 2 : La(les)quelle(s) est (sont) du type palindromique et peut (peuvent) être coupée(s)
par une enzyme de restriction de type II ?

QCM 3 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une RNase A?

QCM 4 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une RNase H?
QCM 5: La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une Nucléase S1 ?

QCM 6 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique simple brin capable
de servir de matrice à une DNA polymérase I ?

QCM 7: On dispose d’un génome d’ADN double brin (sans misappariement) et circulaire.
A/ Il est possible qu’il soit clivé par une exonucléase.
B/ Il peut être clivé par une endonucléase de restriction de type II.
C/ Il peut servir de matrice à une transcriptase inverse.
D/ Il peut subir l’action d’une terminal-transférase.
E/ Il peut être clivé par une nucléase S1.

QCM 8 : L’endonucléase de restriction SpeI reconnaît la séquence ACTAGT (selon les


conventions d’écritures usuelles) et clive entre A et C (lorsque l’ADN est double brin).
A/ Après coupure, on peut retrouver un fragment 5’…TGATC
3’…A
B/ Après coupure, on peut retrouver un fragment 5’…A
3’…CTAGT
C/ Etant donné que sur l’un des deux brins la coupure se fait entre A et C, sur l’autre brin la
coupure se fait entre T et G.
D/ Après coupure, on peut retrouver les fragments 5’…A CTAGT…3’
3’…T GATCA…5’
E/ Cette enzyme est une endonucléase de restriction de type II

QCM 9 : Parmi ces séquences, lesquelles peuvent être digérées par une Nucléase S1
A/ 5’…ATGCACGAA…3’ B/ 5’…UUGCGUU…3’
C/ 3’…GCCCGGGC…5’ D/ 5’…ACGCGT…3’ E/ 3’…TACGCAT…5’
5’…CGAAACCG…3’ 3’…UGCGCA…5’ 5’…ATGAGTA…3’

QCM 10 : Soit les enzymes de restrictions suivantes, pour lesquelles les séquences de
reconnaissance respectives sont notées de 5’ en 3’ et le point de clivage (sur de l’ADN double
brin) par "/".
Fat I: /CATG PaeI: GCATG/C NlaIII : CATG/ SunI: C/GTACG

A/ PaeI et NlaIII sont des isoschizomères.


B/ PaeI et SunI sont des isoschizomères.
C/ NlaIII et FatI sont des isoschizomères.

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D/ Si une séquence d’ADN x est coupée par PaeI et si une séquence d’ADN y est coupée par
NlaIII, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.
E/ Si une séquence d’ADN x est coupée par NlaIII et si une séquence d’ADN y est coupée
par FatI, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.
F/ Si une séquence d’ADN x est coupée par FatI et si une séquence d’ADN y est coupée par
SunI, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.

(énoncé valable pour les QCM 12, 13 et 14) : Les séquences d’ADN suivantes, provenant
respectivement des patients P1 et P2 sont utilisées au cours des expériences qui suivent :

P1 5’…CGGCCGGCG…3’ P2 5’…CGGCCGACG…3’
3’…GCCGGCCGC…5’ 3’…GCCGGCTGC…5’

QCM 11 : Quelle(s) technique(s) parmi les suivantes peut-on utiliser pour différencier les
séquences d’ADN des patients P1 et P2 (sachant qu’on utilisera l’ADN des séquences
données ci-dessus, qu’il soit en simple ou en double brin)
A/ Séquençage par la méthode de Sanger
B/ Technique ASO (dot-blot) avec une très forte concentration en sels.
C/ Méthode de Northern-blot
D/ Eventuellement la technique de DGGE (électrophorèse sur un gel qui contient un gradient
d’agent dénaturant).
E/ Méthode à la RNase A (associée à l’utilisation d’une ribosonde).
(Énoncé valable pour les QCM 13 et 14) : On décide d’utiliser des enzymes de restriction
pour différencier les séquences des patients P1 et P2. Soit les enzymes de restriction suivantes
pour lesquelles les séquences de reconnaissance respectives sont notées de 5’ en 3’ et le point
de clivage (sur de l’ADN double brin) par "/".

HpaII C/CGG FseI GGCCGG/CC AscI GG/CGCGCC


HaeIII GG/CC TauI GCSG/C(S=G ou C) Hpy99I CGWCG/ (W=A ou T)

QCM 12 : Quelle(s) enzymes coupe(nt) la séquence d’ADN double brin du patient P1 ou la


séquence d’ADN double brin du patient P2 ou les deux.

A/ HaeIII B/ AscI C/ FseI D/ HpaII E/ Hpy99I

QCM 13 : Parmi ces enzymes, pour laquelle (ou pour lesquelles) peut-on dire : « lorsqu’on
incube séparément les séquences d’ADN de P1 et P2 avec cette enzyme, il sera possible de
distinguer ces deux séquences après électrophorèse ».

A/ TauI B/ HaeIII C/ HpaII D/ FseI E/ Hpy99I

QCM 14 : texAI est une enzyme de restriction de classe II qui reconnaît une séquence de type
palindromique de sept paires de bases (uniquement) et induit une coupure entre le premier et
le deuxième nucléotide de la séquence.
Après coupure sur une séquence d’ADN, on retrouve entre autre le fragment suivant :
5’…A
3’…TGGACC

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D’après ces informations et vos connaissances sur les enzymes de restriction, quelle(s)
séquence(s)
parmi les suivantes ne pourra(ont), selon toute hypothèse, en aucun cas être reconnue(s) et
coupée(s) par l’enzyme texAI :

A/ 5’…ACCTGGA…3’ B/ 5’…ACCAGGT…3’ C/ 5’…ACCCGGT…3’


3’…TGGACCT…5’ 3’…TGGTCCA…5’ 3’…TGGGCCA...5’

D/ 5’…CCTGG…3’ E/ 5’…ACCXGGT…3’ (où x représente une base


3’…GGACC…5’ 3’…TGGYCCA…5’ parmi A,C,T,G
et Y sa base complémentaire)

HYBRIDATION MOLECULAIRES ET SONDES

QCM 15 : A propos de la température de fusion (qui régit entre autres la dénaturation et


l’hybridation des 2 brins d’un ADN) :
A/ Elle augmente si la longueur de l’ADN augmente.
B/ Elle augmente avec la présence de mésappariements.
C/ Elle varie avec la composition en bases de l’ADN.
D/ Elle augmente si la proportion de bases GC appariées augmente.
E/ La DO (densité optique) diminue avec l’augmentation de la température, lorsqu’on réalise
une dénaturation.

QCM 16 : A propos de l’hybridation moléculaire et des sondes :


A/ L’hybridation in situ permet de localiser une région de génome sur une préparation directe
des chromosomes en métaphase.
B/ La probabilité d’hybridation est favorisée par l’augmentation de la stringence.
C/ La probabilité d’hybridation est favorisée par une forte concentration en sels.
D/ La formamide permet d’augmenter la température de fusion.
E/ Après une dénaturation, si on abaisse brutalement la température, les brins d’ADN se
réassocient rapidement.

QCM 17 : A partir d’un exemplaire non marqué d’une sonde (DNA double brin), on cherche
à obtenir une sonde marquée résistant aux RNases. Comment peut-on s’y prendre ?
A/ On réalise la technique de marquage Nick Translation qui créée des cassures sur la sonde
et utilise une polymérase pour réparer la sonde avec des XTP radioactifs, puis dénaturer pour
obtenir une sonde ayant la capacité de s’hybrider.
B/ On réalise la technique de multi random priming qui consiste à dénaturer la sonde de DNA
double brin, à l’hybrider avec des amorces aléatoires (de DNA) et à combler les espaces avec
des nucléotides radioactifs et une DNA polymérase, puis dénaturer pour obtenir une sonde
ayant la capacité de s’hybrider.
C/ On peut tout simplement dénaturer la sonde afin d’obtenir un fragment simple brin capable
de s’hybrider.
D/ On peut inclure la sonde (de DNA) dans un vecteur qui comporte un promoteur et recréer
des sondes marquées par transcription avec des nucléotides radioactifs, puis dénaturer pour
obtenir une sonde ayant la capacité de s’hybrider.
E/ Après dénaturation, on peut insérer un brin de la sonde dans un vecteur monocaténaire
(phage M13) et répliquer radioactivement le phage à l’exception de la zone où est insérée la
sonde afin d’obtenir un ADN simple brin au niveau de la sonde (permettant l’hybridation) et
double brin marqué tout autour.
PCR

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QCM 18 : A propos de la technique de PCR (polymerase chain reaction) :


A/ Les "primers" ou amorces permettent de sélectionner la partie du DNA qui sera amplifiée.
B/ Elle utilise comme précurseurs ATP, CTP, GTP et TTP.
C/ Dans cette technique, on sépare les brins "matrices" et les brins néosynthétisés par
chauffage (95°C environ).
D/ Elle utilise pour l’amplification une DNA-polymérase RNA-dépendante.
E/ Elle utilise une polymérase thermostable (ou thermorésistante) comme la DNA-pol I.

QCM 19 : La technique de RT-PCR :


A/ Utilise une DNA-polymérase RNA-dépendante.
B/ Est utilisée préférentiellement pour amplifier des introns ou fragments d’introns.
C/ Utilise comme précurseurs des désoxyribonucléotides.
D/ Utilise une DNA-polymérase DNA-dépendante.
E/ Ne nécessite pas d’étape de dénaturation.

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Série n°03
EXERCICE 1 :

La séquence d’un ADN bicaténaire (double brin), correspondant à un gène, est partiellement
reportée ci-dessous.
5’ ATACGGGATCCGAGCTCTCGATCGTCTGCAGAAATTCC 3’

1. Ecrire la séquence et l’orientation du second brin de ce fragment.


5’ ATACGGGATCCGAGCTCTCGATCGTCTGCAGAAATTCC 3’
2. Soient les enzymes de restriction BamH I, Pst I, Xho I et Mbo I dont les sites reconnus
sont :

BamH I : 5' G/GATCC 3'


Pst I : 5' CTGCA/G 3'
Xho I : 5' C/TCGAG 3'
Mbo I : 5' /GATC 3'.

3. Recopier la séquence de l’ADN et encadrer les sites de restriction en indiquant la


position des coupures.

4. Pour chaque enzyme, écrire les séquences des extrémités des molécules d’ADN
digérées et préciser le type d’extrémités obtenu.

QCM :

QCM 01. La structure du vecteur plasmidique pUC19 :

A. L’insert d’ADN est placé dans le gène de résistance à la tétracycline.


B. Ce vecteur présente un gène de résistance à la tétracycline.
C. Le SMC est intégré dans le gène codant pour la -galactosidase.
D. Le SMC comporte des sites multiples mais non uniques pour des enzymes de restriction.

QCM 02 : Un ADNc est:


A. Une séquence fabriquée in vitro pour des besoins expérimentaux.
B. Une séquence ne contenant aucune information autre que celle qui est présente dans un
ARN messager mature
C. Une séquence contenant l'ensemble des exons et des introns.
D. Une séquence dont on peut déduire une séquence polypeptidique.
E. Une séquence naturellement présente dans le génome humain.

QCM 03 : Classez les vecteurs suivants par ordre décroissant de la longueur moyenne des inserts
qu’ils peuvent contenir. 1 - cosmides 2 - phages 3 - plasmides 4 - YAC

A/ 3–1–2–4 B/ 4–1–2–3 C/ 4–3–1–2 D/ 3–4–2–1 E/ 1–2–4–3

QCM 04 : A propos du clonage :

A/ Les vecteurs YAC sont utilisées pour des insertions de très petits fragments d’ADN.
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B/ Les opérations de clonage peuvent se faire dans des bactéries mais aussi dans des cellules
eucaryotes (levures).
C/ Les vecteurs YAC sont des minichromosomes dits vecteurs navettes
D/ Les phages et les cosmides nécessitent une encapsidation contrairement aux plasmides.
E/ Les cosmides sont transférés dans les cellules bactériennes par le processus de transformation.

QCM 05: Pour réaliser correctement une procédure de séquençage selon la technique de Sanger et
Coulson, vous utiliseriez 4 tubes contenant tous le brin d'ADN à séquencer, une ADN polymérase et
une amorce. Concernant ces 4 tubes :
A. Ils contiennent tous les 4 molécules de dNTP en grande quantité.
B. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de dNTP en faible quantité.
C. Ils contiennent tous les 4 molécules de ddNTP en grande quantité.
D. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en faible quantité.
E. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en grande quantité.
F. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

QCM 06 : En ce qui concerne la méthode de Sanger pour le séquençage génétique :


A/On préfère actuellement la méthode chimique à la méthode enzymatique.
B/ Les chaînes nucléotidiques sont entièrement construites à partir de 2’,3’-didésoxynucléotides
triphosphates.
C/ Cette synthèse s’arrête à un endroit donné au hasard.
D/ La probabilité que l’ADN polymérase choisisse un ddNTP dépend de la quantité de ddNTP.
E/ La chaîne d’ADN initiale subit une hybridation au préalable.

QCM 07 : Indiquer les propositions exactes au sujet de la méthode de Sanger :


A/ On utilise une ARN polymérase – ADN dépendante.
B/ Les didésoxynucléotides triphosphates sont présents en faible quantité.
C/ Pour visualiser l’expérience, on marque généralement les désoxynucléotides.
D/ On peut séquencer un ARN avec cette méthode, à condition qu’il soit d’abord rétro transcrit.
E/ Une matrice s’hybridant avec le brin matrice d’ARN est indispensable.

QCM 08 : Electrophorèse et méthode de Sanger :


A/ Si la sens de migration de l’électrophorèse (après séquençage par la méthode de Sanger d’un brin
matrice) est de bas en haut, alors pour obtenir la séquence du brin complémentaire de 5’ en 3’, on peut
« lire l’électrophorèse » de haut en bas.
B/ La séquence du brin séquencé est déterminée par simple lecture de l’électrophorèse.
C/ On sépare les brins néo synthétisés en 4 compartiments selon le ddNTP incorporé.
D/ La méthode la plus courante de visualisation requiert un marquage radioactif de l’amorce.
E/ Une électrophorèse dans des tubes capillaires permet un séquençage rapide d’une séquence.

QCM 09 : On réalise un séquençage par la méthode de Sanger à un patient et on le compare avec la


séquence normale. De plus, on connaît le mode d’action de 2 enzymes de restriction :
-Apa I: …GGGCC/C…
- Hae III : …GG/CC…

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A/ Le patient présente une mutation C -> A au niveau de la séquence matrice.


B/ Le brin matrice normal peut être coupé par les 2 enzymes de restriction Apa I et Hae III.
C/ La mutation aurait pu être localisée et déterminée à l’aide de ces enzymes de restriction.
D/ Cette mutation abolit l’action de Hae III chez le patient.
E/ Pour obtenir la séquence de 5’ en 3’ du brin complémentaire de celui que l’on séquence, il
suffit de « lire l’électrophorèse » de bas en haut.

QCM 10 : A partir d’une préparation d’ARNm matures d’un individu x, on cherche à


amplifier un fragment d’ARNm qui fait 600b chez un sujet témoin, par RT-PCR, en utilisant
des amorces adaptées.
A/ Si on obtient lors de l’électrophorèse une bande de 200pb, on peut envisager une
amplification parasitaire due à une contamination de la préparation.
B/ Si le sujet ne présente pas de trouble au niveau de l’ARNm étudié et que l’expérience se
déroule correctement, on devrait trouver sur l’électrophorèse une bande de 600pb
correspondant aux multiples exemplaires du fragment d’ARNm amplifié.
C/ Si on obtient lors de l’électrophorèse une bande de 300pb, on peut envisager une anomalie
d’épissage lors de la maturation de l’ARNm étudié, ayant entraîné l’excision d’un exon de
300pb.
D/ Il serait normal d’obtenir lors de l’électrophorèse une bande supérieure à 600pb car la RT-
PCR aboutit à l’amplification d’ADN, qui possède des introns contrairement à l’ARNm
mature dans lequel ils sont normalement excisés.
E/ L’absence de bande lors de l’électrophorèse peut traduire une mutation (par exemple une
délétion de 5kb) dans le gène codant pour l’ARNm, au niveau d’une des zones sensées
s’hybrider avec les amorces.

QCM 11 : On séquence le fragment d’ADN dont la séquence est notée ci-dessous en utilisant
la technique aux didésoxyribonucléotides et avec des amorces fluorescentes. Au préalable, le
fragment d’ADN a été cloné dans le phage M13 :
5’…ACGGTATTTCACGAT…3’
Site de fixation de l’amorce
La séquence que vous lirez de bas en haut sur le gel d’électrophorèse dont le sens de
migration est vers le bas sera :
A/ TAGCACTTTATGGCA
B/ ACGGTATTTCACGAT
C/ TGCCATAAAGTGCTA
D/ ATCGTGAAATACCGT
E/ Etant donné la position de l’amorce, le séquençage ne concernera pas la séquence notée ci-
dessus mais un fragment voisin.

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Série n°04
QCM :

01. On réalise une transformation (entrée d’un plasmide dans une bactérie). Le but
de l’opération est d’insérer un plasmide LacZ – possédant le gène Amp.R dans le
gène LacZ + de la bactérie (qui n’est pas naturellement résistante a la
penicillinase). Apres l’opération, on peut dire que :

1. Les bactéries résistantes à la pénicillinase ont incorporé le plasmide.


2. Le gène LacZ de certains plasmides incorporés produit une galactosidase qui clive le
X-galactose et entraîne une coloration bleue.
3. Les bactéries de couleur bleue ont incorporé le plasmide de la façon voulue.
4. Les bactéries blanches et vivantes sont celles dans lesquelles la transformation s’est
déroulée de la façon souhaitée.
5. Les bactéries de couleur bleue ne possèdent pas le gène Amp.R.

02. Remettre dans l’ordre les étapes du clonage moléculaire.


1. incorporation du gène dans un plasmide (vecteur), après action d’une enzyme de
restriction (EcoR1) sur le vecteur.
2. Isolement de millions d’exemplaires du gène, par action d’une enzyme de restriction.
3. Insertion du plasmide dans des cellules et mise en culture de ces cellules.
4. Découpé du gène (insert) dans l’ADN grâce à des enzymes de restriction de type
EcoR1.
5. Isolement de l’ADN plasmidique issu des cellules mises en culture.

a. 5, 3, 1, 4, 2
b. 3, 4, 1, 2,5
c. 1, 4, 2, 3,5
d. 4, 2, 5, 3,1
e. 4, 1, 3, 5,2

03. Au cours d’un clonage, l’étape de transformation consiste en :

a. La digestion de l’ADN plasmidique


b. L’introduction, après ligation, dans une bactérie hôte
c. La fusion de deux molécules d’ADN
d. L’introduction de l’ADN, avant ligation, dans une bactérie hôte

04. Quelle est la différence entre une banque génomique et une banque ADNc ?
a. Une banque ADNc contient uniquement les séquences codantes
b. Les séquences dans une banque ADNc dépendent de l’origine des ARNm (foie, ou
cerveau ou muscle) ce qui n’est pas le cas pour une banque génomique
c. On n’a pas besoin des enzymes de restriction pour la préparation d’une banque
ADNc
d. Une banque génomique n’est jamais préparée en utilisant un plasmide comme
vecteur.
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e. le n’existe pas des différences entre une banque génomique et une banque ADNc

05. les vecteurs de clonage:


a. Ils sont capables de se répliquer à l’extérieur d’une cellule hôte
b. Ils contiennent en général un gène de résistance qui permet la sélection de la cellule
hôte
c. Ils contiennent plusieurs « sites multiples de clonage »
d. Ils sont fonctionnels lorsqu’ils ne sont pas sous forme circulaire
e. Toutes les propositions précédentes sont fausses

06. On a digéré un plasmide avec les enzymes EcoR1 (5’-G/AATTC- 3’) et HindIII (5'-
A /AGCTT-3') et on a fait une ligation avec un gène d’intérêt coupé avec les mêmes
enzymes. Après avoir transformé des bactéries on trouve des plasmides
recombinants et non-recombinants. Les plasmides non-recombinants sont présents
parce que :
a. EcoR1 et HindIII ont des extrémités cohésives identiques
b. Il y a des plasmides non coupés après la digestion avec EcoR1 et HindIII
c. Il s’agit des plasmides coupés avec les deux enzymes et qui sont encore linéaires
d. Il y a des plasmides coupés avec une des deux enzymes

07. Au cours de la préparation d’une banque ADNc :


a. On peut synthétiser le deuxième brin d’ADNc avec soit la transcriptase inverse soit
avec l’ADN polymérase
b. Il faut chauffer l’ARNm à 70°C avant de commencer la synthèse de l’ADNc
c. On utilise les amorces d’ARN
d. On utilise la soude pour dégrader l’ARNm.

08. La transcriptase inverse est capable de :


a. Synthétiser de l’ARN à partir de l’ADN
b. Synthétiser de l’ADN à partir de l’ARN
c. Synthétiser l’ADN sans besoin d’une amorce
d. Faire la duplication de l’ADN monocaténaire (simple brin)

11 : A propos de la technique de PCR (polymérase Chain reaction) :

a. Les "primers" ou amorces permettent de sélectionner la partie de l’ ADN qui sera


amplifiée.
b. Elle utilise comme précurseurs ATP, CTP, GTP et TTP.
c. Dans cette technique, on sépare les brins "matrices" et les brins neosynthétisés par
chauffage (95°C environ).
d. Elle utilise pour l’amplification une ARN-polymérase.
e. Elle utilise une polymérase thermostable (ou thermorésistante) comme l’ADN-pol I.

12. L'autoradiographie d'un gel de polyacrylamide réalisée pour déterminer la séquence


d'un fragment d'ADN selon la méthode de Sanger est représentée ci-contre. Chaque
indication figurant sur le schéma en haut du gel: G, A, T, C correspond à l'incubation en
présence d'un des 4 didéoxynucléotides triphosphate. Quelle est la séquence de 5' vers 3'
du fragment d'ADN matrice?

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a. 5'-TACCTAGACATTGGTACCC-3'
b. 5'-GGGTACCAATGTCTAGGTA-3'
c. 5'-ATGGATCTGTAACCATGGG-3'
d. 5'-CCCATGGTTACAGATCCAT-3'
e. 5'-TACCTACACATTGGTACCC-3'

QCM 13: Structure et caractéristique du vecteur pYAC

a. une origine de réplication (colE1) qui est en phase avec les origines chromosomiques
naturelles, et une origine de réplication chromosomique : Autonomous Replication
Site (ARS), qui assure la reproduction de l'ADN dans une cellule de levure.
b. une région centromérique qui protège les extrémités du minichromosome après
recombinaison
c. un site unique de clonage.
d. deux régions télomériques (TEL) d'origine chromosomique qui assurent la migration
correcte du minichromosome
e. Le vecteur YAC est une vectrice navette puisqu'il ne peut se répliquer que dans une
cellule de levure.

QCM 14: Le profil de migration électrophorétique des fragments d’un plasmide de 3000
pb après digestion par une enzyme de restriction A (A), une enzyme de restriction B (B)
ou une combinaison de ces deux enzymes (A+B) est représenté ci-dessous.

Quelle(s) est (sont) la (les) propositions(s) exactes(s) ?


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a. L’enzyme A est inactive sur ce plasmide.


b. L’enzyme B reconnait trois sites équidistants.
c. L’enzyme A reconnait un site diamétralement opposé à un des sites reconnus par
l’enzyme B.
d. La digestion par A et B génère un fragment de 1000 pb et quatre fragments de 500 pb.
e. Toutes les propositions précédentes sont fausses.

QCM 15 : On souhaite insérer un ADNc dans un plasmide dont le site multiple de


clonage contient les sites : 5’ Mbo I – Bg III – Xho I – Sha II 3’.

cDNA :
Sequences de restriction:

Msp I : 5’…CC/GG…3’ Bg III : 5’…A/GATCT…3’ Xho I :


5’…C/TCGAG…3’

Sha II : 5’…G/TCGAC…3’ Xba I : 5’…T/CTAGA…3’ Mbo I :


5’…GA/TC…3’

a. Les enzymes XbaI et Bg III sont des isoschizomeres (possèdent le même site de
restriction)
b. Le ADNc digéré par Msp I peut être inséré dans un plasmide traité par Bg III.
c. Le ADNc digéré par Msp I ne peut être inséré que dans un seul sens lorsque le
plasmide est traité par Mbo I.
d. Le ADNc digéré par Xba I et Xho I ne pourra s’insérer que dans un seul sens dans un
plasmide digéré par Bg III et par Xho I.
e. La seule option pour insérer le cDNA est d’utiliser Msp I pour digérer le ADNc, et
Mbo I pour digérer le plasmide car XbaI et BgIII ne permettent pas d’obtenir des bouts
cohésifs compatibles entre le plasmide et le ADNc.

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SERIE N°05
Exercice 01 :

Ou fait agir sur un plasmide deux enzymes de restriction afin de rechercher les sites de
coupures de ces deux enzymes et de construire la cartes de restriction correspondantes ainsi
que la carte combinée.

La digestion terminée, chaque lot d'ADN est soumis à une électrophorèse en gel d'agarose qui
sépare les fragments d'ADN selon leur taille

Le document suivant donne les électrophorèses après des digestions simples et multiples.

1. Quel est la taille du plasmide en paires de bases ?


2. Combien possède-t-il de sites de coupure pour l'enzyme EcoR I ?
3. Pour l'enzyme BamHI ?
4. Ordonnez les différents fragments obtenus les uns par rapport aux autres.

EcoR I Bam HI EcoR I + Bam HI

17.00pb

16.75pb
15.15pb

13.20pb

08.50pb

07.50pb 07.50pb

07.00pb
05.70pb 05.70pb

05.00pb

03.60pb 03.60pb

02.50pb

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Exercice 02 :

Soit les enzymes de restriction a, b et c que l’on agir sur un plasmide de 4000pb.
L’électrophorégramme est représenté dans la figure ci-dessous Positionnez les sites de
restriction sur le plasmide. a b c ab ac bc

500 4000pb
3800pb
3000pb
1000
2000pb

900 1400pb
4000pb
1000pb

900pb
500
200
500pb

900 200pb

EXERCICE 03 :

Des chercheurs veulent construire un plasmide recombinant dans lequel l’insertion de l’ADNc sera
réalisée de telle manière que ce plasmide permettra l’expression, dans les bactéries, de toute la
séquence de la protéine recombinante correspondante avec une probabilité de 100 %.

SMC : Site de Clonage Multiple,


l’agrandissement à droite indique les
positions des différents sites de restriction
contenus dans la séquence spécificité des
endonucléases
EcoRI: 5’-G/AATTC- 3’
Spe I : 5’ -A/CTAGT- 3’
Xba I: 5’ -T/CTAGA- 3’
Sac I: 5’ -GAG/GTC- 3’

A. Une solution consistera à digérer le plasmide par SacI et Spe I et l’ANDc par Sac I et Spe I.
B. Une solution consistera à digérer le plasmide par Spe I et EcoR I et l’ADNc par Xba I.
C. Une solution consistera à digérer le plasmide par Spe I et EcoR I et l’ADNc par Spe I.
D. Une solution consistera à digérer le plasmide par EcoR I et l’ADNc par Spe I et Sac I.
E. Aucune réponse.
Expliquez votre choix et votre raisonnement.

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QCM :

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SERIE N° 06
QCM 01 : Un fragment d’ADNc codant pour une protéine quelconque a été amplifié puis séquencé
selon la méthode au marquage radioactif au 35S. On réalise une électrophorèse suivit d’une
autoradiographie. Le brin séquencé correspond au brin non sens.

A. La séquence lue a partir de l’autoradiographie est 5’- CGATTATTGCCCATGACA -3’


B. B. La séquence correspondant au brin sens est 5’- TGTCATGGGCAATAATCG -3’
C. Ce fragment d’ADNc correspond à la séquence protéique suivante Ala Asn Asn Gly Tyr
Cys
D. La mutation d’une base, remplaçant la 2eme Adénine par une Guanine dans la séquence
correspondant au brin sens, n’a pas d’impact au niveau de la séquence protéique.
E. Pour réaliser un séquencage, on peut utiliser entre autre l’ADN polymerase I, une amorce
et du [y-32P] dATP.

QCM 02 : Classez dans l'ordre les étapes de la méthode du Southern blot:


1. Électrophorèse
2. Hybridation
3. Transfert sur membrane
4. Digestion de l'ADN par une enzyme de restriction
5. Autoradiographie

A-4-3-1-2-5
B-1-4-3-5-2
C-4-1-3-2-5
D-2-5-3-4-1
E-1-4-5-3-2

QCM 03. La digestion d'un ADN par une enzyme de restriction a permis l'obtention de 3
fragments A, B et C de tailles différentes (voir figure). Séparés par électrophorèse sur gel
d'agarose 1,5%, le profile attendu correspondra à:

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1. Profile 1.
2. Profile 2.
3. Profile 3.
4. Profile 4.
5. Profile 5.
QCM 04. Quel est le but du clonage d'un gène en biotechnologies agricoles ?

1. Création de copies multiples d'un gène d'intérêt, ainsi les caractéristiques de ce gène peuvent
être altérés.
2. Création de colonies cellulaires multiples contenant le ADN extrait.
3. Création de copies multiple du gène pour amplifier le ADN.
4. Identification du gène d'intérêt et création de copies multiples de plasmides contenant le gène.

QCM 05. La première étape dans le clonage d'un gène est:

1. Traitement des plasmides par les enzymes de restriction.


2. Isolement du ADN à partir d'un organisme porteur du gène d'intérêt.
3. Insertion d'un plasmide dans une bactérie.
4. Culture des cellules sur agar

QCM 06 : A propos de la technique de PCR (polymerase chain reaction) :


1. Les "primers" ou amorces permettent de sélectionner la partie du DNA qui sera amplifiée.
2. Elle utilise comme précurseurs ATP, CTP, GTP et TTP.
3. Dans cette technique, on sépare les brins "matrices" et les brins néosynthétisés par
chauffage (95°C environ).
4. Elle utilise pour l’amplification une DNA-polymérase RNA-dépendante.
5. Elle utilise une polymérase thermostable (ou thermorésistante) comme la DNA-pol I.

QCM 07 : On séquence le fragment d’ADN dont la séquence est notée ci-dessous en utilisant la
technique aux didésoxyribonucléotides et avec des amorces fluorescentes. Au préalable, le
fragment d’ADN a été cloné dans le phage M13 :
5’…ACGGTATTTCACGAT…3’

Site de fixation de l’amorce

La séquence que vous lirez de bas en haut sur le gel d’électrophorèse dont le sens de migration est
vers le bas sera :

1. TAGCACTTTATGGCA
2. ACGGTATTTCACGAT
3. TGCCATAAAGTGCTA
4. ATCGTGAAATACCGT
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5. Etant donné la position de l’amorce, le séquençage ne concernera pas la séquence notée ci-
dessus mais un fragment voisin.

QCM 08: On réalise une transformation (entrée d’un plasmide dans une bactérie). Le but de
l’opération est d’insérer un plasmide LacZ– possédant le gène Amp.R dans le gène LacZ+ de la
bactérie (qui n’est pas naturellement résistante à la pénicillinase). Après l’opération, on peut dire
que :

1. Les bactéries résistantes à la pénicillinase ont incorporé le plasmide.


2. Le gène LacZ de certains plasmides incorporés produit une β-galactosidase qui clive le X-
galactose et entraîne une coloration bleue.
3. Les bactéries de couleur bleue ont incorporé le plasmide de la façon voulue.
4. Les bactéries blanches et vivantes sont celles dans lesquelles la transformation s’est déroulée
de la façon souhaitée.
5. Les bactéries de couleur bleue ne possèdent pas le gène Amp.R.

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SERIE N° 06
Exercice 01 :
Soit un ADN plasmidique (3500 paire de bases). Après digestion enzymatique, les profils
électrophorétiques sont les suivants :
 ADN + HindIII = 1 bande (3500 pb)
 ADN + EcoRI = 1 bande (3500 pb)
 ADN + BamHI = 2 bandes (700 et 2800 pb)
 ADN + HindIII + EcoRI = 2 bandes (1450 et 2050 pb)
 ADN + HindIII + BamHI = 3 bandes (150, 700 et 2650 pb)
 ADN + HindIII + BamHI + EcoRI = 4 bandes (150, 700, 1200, et 1450 pb)

Déduire la carte de restriction de cet ADN.

Exercice 02 :

10- Clonage et hybridation moléculaire de type Southern

On clone un fragment d'ADN génomique Eco RI-Bam HI de 2 kb d'Arabidopsis thaliana aux


sites Eco RI - Bam HI du plasmide pBLQ54 (voir schémas ci-dessous).

Région de l'ADN génomique d'A. thaliana contenant le fragment Eco RI-Bam HI de 2 kb:

a- On appellera pARABIDO le plasmide recombinant obtenu à l'issue du clonage. Présentez


un schéma du plasmide pARABIDO et positionnez les sites de restriction sur ce schéma.

b- Pour contrôler le résultat du clonage, on fait une analyse par restriction de pARABIDO en
utilisant les enzymes de restriction Hind III et Pvu II séparément puis en réalisant une
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électrophorèse en gel d'agarose. Schématisez ce que l'on doit observer à l'issue de


l'électrophorèse pour les deux digestions enzymatiques en indiquant en clair les tailles des
différentes bandes obtenues.

c- Enfin pour s'assurer du résultat, on réalise un transfert sur membrane de nitrocellulose


(Southern blot) à partir du gel de la question b. La membrane est hybridée avec une sonde
constituée du fragment Eco RI-Bam HI d'ADN génomique d'A. thaliana marqué au 32P.
Parmi les fragments générés lors des digestions de pARABIDO par les deux enzymes de
restriction
(Hind III et Pvu II), à quel(s) fragment(s) s'hybridera la sonde?

Exercice 03 :

On souhaite étudier le gène de la souris homologue au gène M du b¦uf qui a été cloné dans
un autre laboratoire. Pour cela, on essaie de cloner au site Eco RI du vecteur plasmidique
pBR330 (voir schéma) un fragment Eco RI-Eco RI d'ADN génomique de souris portant le gène
homologue au gène M du b¦uf.

a- Proposez un protocole de clonage et indiquez comment vous sélectionnez les clones


recombinants.
b- Un des plasmides recombinants contenant le gène M (appelé pBM1) est digéré par les
enzymes de restriction Bam HI et Eco RI. Après migration et séparation des fragments d'ADN
sur gel d'agarose puis coloration au bromure d'éthidium, on obtient les profils de restriction
suivants:

Donnez la carte de restriction du plasmide recombinant pBM1.

c- Un transfert sur membrane de nitrocellulose (Southern blot) est préparé à partir du


morceau du gel de la question b correspondant à la double digestion Eco RI-Bam HI. La
membrane est hybridée avec une sonde constituée du plasmide pBR330 marqué au 32P.
Parmi les 5 fragments générés lors de la double digestion Eco RI-Bam HI, à quel(s)
fragment(s) s'hybridera la sonde?
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SERIE N° 07

EXERCICE 01 :

L'ADN plasmidique pBR 607 est circulaire et double brin et a une taille de 2,6 Kb

Ce plasmide porte deux gènes qui lui confèrent la résistance à la tétracycline (TET-r) et à l'ampiciline
(Amp-r) dans les bactéries.

Cet ADN a un site unique pour chacune de ces enzymes : ECoRI, Bam Hl, Hind III, Pst I et Sal 1.

En clonant dans EcoRI aucune de ces résistances n'est affectée. Par contre en clonant dans Bam Hl,
Hind III et Sal 1 la résistance à la tétracycline est supprimée, en clonant dans Pst I c'est la résistance à
Tampicilline qui l'est.

La digestion avec certaines de ces enzymes donne les fragments représentés dans le tableau suivant .

Enzymes in mixture Molecular welghis of fragments


EcoRI, Pstl 0.46, 2.14
EcoRI, BamHI 0.2. 2.4
EcoRI. HLnd III 0.05, 2.55
EcoRI, SalI 0-55. 2.05
EcoRI, BamHI, Psil 0.2,0.46, 1.94

 Positionnez les sites les uns par rapport aux autres.

EXERCICE 02 :

L'une des six cartes de restriction représentées ci-après est compatible avec
le profil des bandes (représenté juste en dessous), obtenu après digestion par
plusieurs endonucléases de restriction.

Les enzymes qui ont été utilisées sont indiquées.

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1. Analysez le profil des bandes sur le gel et sélectionnez la carte correcte : expliquez votre
raisonnement.
2. Dans un Southern blot préparé à partir de ce gel, les bandes en rose sont hybridées au gène
pep. Où est situé le gène pep ?

EXERCICE 03:

Un fragment d'ADN est inséré au niveau d'un site HindIII du plasmide pBR322. La carte de
restriction de ce plasmide non recombinant est présentée sur la figure 1.

Les produits de digestion enzymatique du plasmide recombinant sont analysés après électrophorèse
sur gel d'agarose (figure 2). L'ADN du plasmide recombinant à été coupé par les enzymes EcoRI
(puits 1), ClaI (puits 2) et PstI (puits 3). Le puits T montre les produits de digestion du plasmide
pBR322 non recombinant digéré par l'enzyme EcoRI.

1. Proposez un protocole de clonage et indiquez comment vous sélectionnez les clones


recombinants.
2. Supposez que le clonage était réalisé dans un plasmide pUC19. Dites comment vous
sélectionnez les clones recombinants.
3. De combien de paires de bases est constitué le fragment d'ADN inséré dans le vecteur
pBR322 ?
4. Positionner les sites de restriction ClaI et PstI de ce fragment sur un schéma.
Le plasmide recombinant est digéré par les enzymes de restriction ClaI et PstI.
5. Quelle sera la taille (en pb) des fragments produits de cette digestion ? Combien de bandes
distinctes seront visualisées sur un gel d'agarose après une électrophorèse ?
6. Pourquoi n'a t-on pas inséré le fragment d'ADN au niveau du site AvaI de pBR322 ?

Témoin 1 2 3
Pst I (3609 pb) 6472pb

6050pb
R
Amp
4363pb
pBR322 (4363pb) EcoRI (0pb)
4080pb
Ava I (1425 pb) R
Tet
Cla I (23pb)
1621pb

771pb
Hind III (29 pb)
422pb

Figure 01
Figure 02

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SERIE N° 08

EXERCICE 01 :

Vous avez cloné un fragment EcoRI de 6 kb dans un vecteur plasmidique qui


mesure 2.9 kb. Vous vous proposez d’établir la carte de restriction de ce fragment.
Pour cela, vous faites des digestions avec des enzymes de restriction seuls ou
combinés deux à deux. Ces digestions donnent les résultats suivants :

Enzymes Tailles des fragments après digestion (kb)


EcoRI 6 ; 2.9
BamHI 6.7 ; 2.2
HindIII 8.9
SacI 6.4 ; 2.5
EcoRI + BamHI 2.9 ; 2.8 ; 2.2 ; 1
EcoRI + HindIII 4.1 ; 2.9 ; 1.9
EcoRI + SacI 2.9 2.5 ; 2 ; 1.5
BamHI + Hind III 6.7 1.9 ; 0.9
BamHI + SacI 6.7 ; 2.5 ; 0.5 ; 0.2
Hind III + SacI 6.4 ; 2.1 ; 0.4

On supposera que le fragment est cloné dans un site EcoRI et que le vecteur ne
comporte aucun site correspondant aux enzymes utilisés.
1- Faites la représentation schématique du profil de ces produits de digestion
2- Etablissez la carte de restriction du fragment EcoRI de 6 kb.

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