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Université de Tébessa
Faculté : SESNV.
Département : Biologie Appliquée
1ere Année Master Biochimie et Biologie Moléculaire
Série n°01
EXERCICE 01 :
Exercice 02 :
Un plasmide portant les gènes Kan r Ampr (Kanamycine et Ampicilline) est traité par l'enzyme Bgl II,
dont le site de coupure est localisé dans le gène Amp. Ce plasmide est lié en présence d'un gène
étranger de drosophile digéré par la Bgl II. Puis les plasmides circulaires obtenus sont utilisés pour
transformer E. coli.
Quel antibiotique mettez-vous dans le milieu pour sélectionner les colonies contenant un
plasmide?
Quels types de phénotypes résistants aux antibiotiques trouvez-vous dans le milieu ?
Quel sera le phénotype des colonies contenant un plasmide recombinant ?
Combien de fragments d’ADN vont être produits par une enzyme de restriction que l'on fait
agir sur un plasmide (molécule circulaire) possédant 1 site pour cette enzyme ? Sur l'ADN
linéaire d'un bactériophage possédant deux pour cette enzyme ?
EXERCICE 02 :
Un plasmide résistant à l’ampicilline et à la tétrecycline pBR322, est digéré par PstI, qui coupe dans le
gène de résistance à l'ampicilline. Le plasmide coupé est ligaturé avec de l'ADN de Drosophile
digéré par PstI afin de préparer une banque génomique, et le mélange est utilisé pour transformer
E. coli K12.
a) Quel antibiotique devrait être ajouté au milieu pour sélectionner les cellules qui ont incorporé
un plasmide ?
b) Quel type de culture devrait être sélectionné pour obtenir des plasmides contenant des inserts
de Drosophile ?
c) Comment pouvez-vous expliquer la présence de colonies qui sont résistantes aux deux
antibiotiques ?
Dr MECHAI ABDELBASSET
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EXERCICE 03 :
Un fragment d’ADN génomique de levure de 1500 pb, contient la séquence codante d’un gène (topo) codant
une topoisomérase (figure 1). En vue d’exprimer cette enzyme dans la bactérie E.coli, sa séquence codante
est clonée dans le vecteur plasmidique pBR322 (figure 3).
Figure 1 Carte de restriction du fragment d’ADN Figure 2 Séquence des sites de restriction
génomique de levure contenant le gène topo
AmpR
AmpR
pBR322 (2800pb)
HindI
300pb
R TetR
Tet BamHI Le gène topo
200pb ORi
ORi
EcoRI
Figure 3 Carte de restriction du plasmide pBR 322. Figure 4 : Plasmide recombinant contenant le gène topo
Question 1 :
3. Quelle est la fréquence statistique des sites de restriction pour les enzymes BamHI,
EcoRI, HindI
Question 2 :
Le fragment d’ADN génomique et le vecteur pBR322 digérés sont alors mélangés et mis en
présence de l’ADN ligase du bactériophage T4. Quelles sont les différentes molécules
obtenues à l’issue de cette ligation ?
Dr MECHAI ABDELBASSET
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Question 3:
R
Amp
HindI
300pb BamHI
HindI
R
Tet
Le gène topo
ORi 1200pb
EcoRI
2. Schématiser le profil électrophorétique des fragments issus de la digestion de ce plasmide par chacune
des enzymes, par les doubles digestions (BamHI + HindI ), (BamHI + EcoRI ) , (BamHI +
HindI) et par la triple digestion (BamHI+EcoRI+HindI)
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Série n°02
EXERCICE 01 :
On réalise la carte de restriction d'un fragment amplifié par PCR avec les enzymes de
restriction EcoRI, BamHI, XbaI et NcoI. Les tailles des fragments obtenus sont (en kilo paires
de bases):
EXERCICE 02 :
Un plasmide recombinant contenant le gène M (appelé pBM1) est digéré parles enzymes de restriction Bam
HI et Eco RI. Après migration et séparation des fragments d'ADN sur gel d'agarose puis
coloration au bromure d'éthidium, on obtient les profils de restriction suivants:
QCM 1 :
A/ On peut utiliser de l’ADN d’hématies ou de plaquettes sanguines pour travailler sur le
génome d’un individu.
B/ Les RNA sont plus fragiles que les DNA.
C/ Contrairement à l’ARN, on va toujours fragmenter l’ADN en morceaux de grande taille
avant de l’utiliser.
D/ Le BET est un agent intercalent qui peut servir à visualiser les acides nucléiques car il
émet une fluorescence.
E/ Tous les acides nucléiques migrent vers l’anode.
(énoncé valable pour les QCM 3 à 7) : Parmi les séquences d’acide nucléiques suivantes :
A/ 5’…AAGCACGAA…3’ B/ 5’…UUGCGUU…3’
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QCM 2 : La(les)quelle(s) est (sont) du type palindromique et peut (peuvent) être coupée(s)
par une enzyme de restriction de type II ?
QCM 3 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une RNase A?
QCM 4 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une RNase H?
QCM 5: La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique capable d’être digéré
par une Nucléase S1 ?
QCM 6 : La(les)quelle(s) peut (peuvent) appartenir à un acide nucléique simple brin capable
de servir de matrice à une DNA polymérase I ?
QCM 7: On dispose d’un génome d’ADN double brin (sans misappariement) et circulaire.
A/ Il est possible qu’il soit clivé par une exonucléase.
B/ Il peut être clivé par une endonucléase de restriction de type II.
C/ Il peut servir de matrice à une transcriptase inverse.
D/ Il peut subir l’action d’une terminal-transférase.
E/ Il peut être clivé par une nucléase S1.
QCM 9 : Parmi ces séquences, lesquelles peuvent être digérées par une Nucléase S1
A/ 5’…ATGCACGAA…3’ B/ 5’…UUGCGUU…3’
C/ 3’…GCCCGGGC…5’ D/ 5’…ACGCGT…3’ E/ 3’…TACGCAT…5’
5’…CGAAACCG…3’ 3’…UGCGCA…5’ 5’…ATGAGTA…3’
QCM 10 : Soit les enzymes de restrictions suivantes, pour lesquelles les séquences de
reconnaissance respectives sont notées de 5’ en 3’ et le point de clivage (sur de l’ADN double
brin) par "/".
Fat I: /CATG PaeI: GCATG/C NlaIII : CATG/ SunI: C/GTACG
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D/ Si une séquence d’ADN x est coupée par PaeI et si une séquence d’ADN y est coupée par
NlaIII, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.
E/ Si une séquence d’ADN x est coupée par NlaIII et si une séquence d’ADN y est coupée
par FatI, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.
F/ Si une séquence d’ADN x est coupée par FatI et si une séquence d’ADN y est coupée par
SunI, un fragment d’ADN x peut être recollé à un fragment d’ADN y car les extrémités
obtenues après coupure sont compatibles.
(énoncé valable pour les QCM 12, 13 et 14) : Les séquences d’ADN suivantes, provenant
respectivement des patients P1 et P2 sont utilisées au cours des expériences qui suivent :
P1 5’…CGGCCGGCG…3’ P2 5’…CGGCCGACG…3’
3’…GCCGGCCGC…5’ 3’…GCCGGCTGC…5’
QCM 11 : Quelle(s) technique(s) parmi les suivantes peut-on utiliser pour différencier les
séquences d’ADN des patients P1 et P2 (sachant qu’on utilisera l’ADN des séquences
données ci-dessus, qu’il soit en simple ou en double brin)
A/ Séquençage par la méthode de Sanger
B/ Technique ASO (dot-blot) avec une très forte concentration en sels.
C/ Méthode de Northern-blot
D/ Eventuellement la technique de DGGE (électrophorèse sur un gel qui contient un gradient
d’agent dénaturant).
E/ Méthode à la RNase A (associée à l’utilisation d’une ribosonde).
(Énoncé valable pour les QCM 13 et 14) : On décide d’utiliser des enzymes de restriction
pour différencier les séquences des patients P1 et P2. Soit les enzymes de restriction suivantes
pour lesquelles les séquences de reconnaissance respectives sont notées de 5’ en 3’ et le point
de clivage (sur de l’ADN double brin) par "/".
QCM 13 : Parmi ces enzymes, pour laquelle (ou pour lesquelles) peut-on dire : « lorsqu’on
incube séparément les séquences d’ADN de P1 et P2 avec cette enzyme, il sera possible de
distinguer ces deux séquences après électrophorèse ».
QCM 14 : texAI est une enzyme de restriction de classe II qui reconnaît une séquence de type
palindromique de sept paires de bases (uniquement) et induit une coupure entre le premier et
le deuxième nucléotide de la séquence.
Après coupure sur une séquence d’ADN, on retrouve entre autre le fragment suivant :
5’…A
3’…TGGACC
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D’après ces informations et vos connaissances sur les enzymes de restriction, quelle(s)
séquence(s)
parmi les suivantes ne pourra(ont), selon toute hypothèse, en aucun cas être reconnue(s) et
coupée(s) par l’enzyme texAI :
QCM 17 : A partir d’un exemplaire non marqué d’une sonde (DNA double brin), on cherche
à obtenir une sonde marquée résistant aux RNases. Comment peut-on s’y prendre ?
A/ On réalise la technique de marquage Nick Translation qui créée des cassures sur la sonde
et utilise une polymérase pour réparer la sonde avec des XTP radioactifs, puis dénaturer pour
obtenir une sonde ayant la capacité de s’hybrider.
B/ On réalise la technique de multi random priming qui consiste à dénaturer la sonde de DNA
double brin, à l’hybrider avec des amorces aléatoires (de DNA) et à combler les espaces avec
des nucléotides radioactifs et une DNA polymérase, puis dénaturer pour obtenir une sonde
ayant la capacité de s’hybrider.
C/ On peut tout simplement dénaturer la sonde afin d’obtenir un fragment simple brin capable
de s’hybrider.
D/ On peut inclure la sonde (de DNA) dans un vecteur qui comporte un promoteur et recréer
des sondes marquées par transcription avec des nucléotides radioactifs, puis dénaturer pour
obtenir une sonde ayant la capacité de s’hybrider.
E/ Après dénaturation, on peut insérer un brin de la sonde dans un vecteur monocaténaire
(phage M13) et répliquer radioactivement le phage à l’exception de la zone où est insérée la
sonde afin d’obtenir un ADN simple brin au niveau de la sonde (permettant l’hybridation) et
double brin marqué tout autour.
PCR
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Série n°03
EXERCICE 1 :
La séquence d’un ADN bicaténaire (double brin), correspondant à un gène, est partiellement
reportée ci-dessous.
5’ ATACGGGATCCGAGCTCTCGATCGTCTGCAGAAATTCC 3’
4. Pour chaque enzyme, écrire les séquences des extrémités des molécules d’ADN
digérées et préciser le type d’extrémités obtenu.
QCM :
QCM 03 : Classez les vecteurs suivants par ordre décroissant de la longueur moyenne des inserts
qu’ils peuvent contenir. 1 - cosmides 2 - phages 3 - plasmides 4 - YAC
A/ Les vecteurs YAC sont utilisées pour des insertions de très petits fragments d’ADN.
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B/ Les opérations de clonage peuvent se faire dans des bactéries mais aussi dans des cellules
eucaryotes (levures).
C/ Les vecteurs YAC sont des minichromosomes dits vecteurs navettes
D/ Les phages et les cosmides nécessitent une encapsidation contrairement aux plasmides.
E/ Les cosmides sont transférés dans les cellules bactériennes par le processus de transformation.
QCM 05: Pour réaliser correctement une procédure de séquençage selon la technique de Sanger et
Coulson, vous utiliseriez 4 tubes contenant tous le brin d'ADN à séquencer, une ADN polymérase et
une amorce. Concernant ces 4 tubes :
A. Ils contiennent tous les 4 molécules de dNTP en grande quantité.
B. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de dNTP en faible quantité.
C. Ils contiennent tous les 4 molécules de ddNTP en grande quantité.
D. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en faible quantité.
E. Ils contiennent chacun une seule des 4 molécules de ddNTP en grande quantité.
F. Toutes les propositions précédentes sont fausses.
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QCM 11 : On séquence le fragment d’ADN dont la séquence est notée ci-dessous en utilisant
la technique aux didésoxyribonucléotides et avec des amorces fluorescentes. Au préalable, le
fragment d’ADN a été cloné dans le phage M13 :
5’…ACGGTATTTCACGAT…3’
Site de fixation de l’amorce
La séquence que vous lirez de bas en haut sur le gel d’électrophorèse dont le sens de
migration est vers le bas sera :
A/ TAGCACTTTATGGCA
B/ ACGGTATTTCACGAT
C/ TGCCATAAAGTGCTA
D/ ATCGTGAAATACCGT
E/ Etant donné la position de l’amorce, le séquençage ne concernera pas la séquence notée ci-
dessus mais un fragment voisin.
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Série n°04
QCM :
01. On réalise une transformation (entrée d’un plasmide dans une bactérie). Le but
de l’opération est d’insérer un plasmide LacZ – possédant le gène Amp.R dans le
gène LacZ + de la bactérie (qui n’est pas naturellement résistante a la
penicillinase). Apres l’opération, on peut dire que :
a. 5, 3, 1, 4, 2
b. 3, 4, 1, 2,5
c. 1, 4, 2, 3,5
d. 4, 2, 5, 3,1
e. 4, 1, 3, 5,2
04. Quelle est la différence entre une banque génomique et une banque ADNc ?
a. Une banque ADNc contient uniquement les séquences codantes
b. Les séquences dans une banque ADNc dépendent de l’origine des ARNm (foie, ou
cerveau ou muscle) ce qui n’est pas le cas pour une banque génomique
c. On n’a pas besoin des enzymes de restriction pour la préparation d’une banque
ADNc
d. Une banque génomique n’est jamais préparée en utilisant un plasmide comme
vecteur.
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e. le n’existe pas des différences entre une banque génomique et une banque ADNc
06. On a digéré un plasmide avec les enzymes EcoR1 (5’-G/AATTC- 3’) et HindIII (5'-
A /AGCTT-3') et on a fait une ligation avec un gène d’intérêt coupé avec les mêmes
enzymes. Après avoir transformé des bactéries on trouve des plasmides
recombinants et non-recombinants. Les plasmides non-recombinants sont présents
parce que :
a. EcoR1 et HindIII ont des extrémités cohésives identiques
b. Il y a des plasmides non coupés après la digestion avec EcoR1 et HindIII
c. Il s’agit des plasmides coupés avec les deux enzymes et qui sont encore linéaires
d. Il y a des plasmides coupés avec une des deux enzymes
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a. 5'-TACCTAGACATTGGTACCC-3'
b. 5'-GGGTACCAATGTCTAGGTA-3'
c. 5'-ATGGATCTGTAACCATGGG-3'
d. 5'-CCCATGGTTACAGATCCAT-3'
e. 5'-TACCTACACATTGGTACCC-3'
a. une origine de réplication (colE1) qui est en phase avec les origines chromosomiques
naturelles, et une origine de réplication chromosomique : Autonomous Replication
Site (ARS), qui assure la reproduction de l'ADN dans une cellule de levure.
b. une région centromérique qui protège les extrémités du minichromosome après
recombinaison
c. un site unique de clonage.
d. deux régions télomériques (TEL) d'origine chromosomique qui assurent la migration
correcte du minichromosome
e. Le vecteur YAC est une vectrice navette puisqu'il ne peut se répliquer que dans une
cellule de levure.
QCM 14: Le profil de migration électrophorétique des fragments d’un plasmide de 3000
pb après digestion par une enzyme de restriction A (A), une enzyme de restriction B (B)
ou une combinaison de ces deux enzymes (A+B) est représenté ci-dessous.
cDNA :
Sequences de restriction:
a. Les enzymes XbaI et Bg III sont des isoschizomeres (possèdent le même site de
restriction)
b. Le ADNc digéré par Msp I peut être inséré dans un plasmide traité par Bg III.
c. Le ADNc digéré par Msp I ne peut être inséré que dans un seul sens lorsque le
plasmide est traité par Mbo I.
d. Le ADNc digéré par Xba I et Xho I ne pourra s’insérer que dans un seul sens dans un
plasmide digéré par Bg III et par Xho I.
e. La seule option pour insérer le cDNA est d’utiliser Msp I pour digérer le ADNc, et
Mbo I pour digérer le plasmide car XbaI et BgIII ne permettent pas d’obtenir des bouts
cohésifs compatibles entre le plasmide et le ADNc.
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SERIE N°05
Exercice 01 :
Ou fait agir sur un plasmide deux enzymes de restriction afin de rechercher les sites de
coupures de ces deux enzymes et de construire la cartes de restriction correspondantes ainsi
que la carte combinée.
La digestion terminée, chaque lot d'ADN est soumis à une électrophorèse en gel d'agarose qui
sépare les fragments d'ADN selon leur taille
Le document suivant donne les électrophorèses après des digestions simples et multiples.
17.00pb
16.75pb
15.15pb
13.20pb
08.50pb
07.50pb 07.50pb
07.00pb
05.70pb 05.70pb
05.00pb
03.60pb 03.60pb
02.50pb
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Exercice 02 :
Soit les enzymes de restriction a, b et c que l’on agir sur un plasmide de 4000pb.
L’électrophorégramme est représenté dans la figure ci-dessous Positionnez les sites de
restriction sur le plasmide. a b c ab ac bc
500 4000pb
3800pb
3000pb
1000
2000pb
900 1400pb
4000pb
1000pb
900pb
500
200
500pb
900 200pb
EXERCICE 03 :
Des chercheurs veulent construire un plasmide recombinant dans lequel l’insertion de l’ADNc sera
réalisée de telle manière que ce plasmide permettra l’expression, dans les bactéries, de toute la
séquence de la protéine recombinante correspondante avec une probabilité de 100 %.
A. Une solution consistera à digérer le plasmide par SacI et Spe I et l’ANDc par Sac I et Spe I.
B. Une solution consistera à digérer le plasmide par Spe I et EcoR I et l’ADNc par Xba I.
C. Une solution consistera à digérer le plasmide par Spe I et EcoR I et l’ADNc par Spe I.
D. Une solution consistera à digérer le plasmide par EcoR I et l’ADNc par Spe I et Sac I.
E. Aucune réponse.
Expliquez votre choix et votre raisonnement.
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QCM :
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SERIE N° 06
QCM 01 : Un fragment d’ADNc codant pour une protéine quelconque a été amplifié puis séquencé
selon la méthode au marquage radioactif au 35S. On réalise une électrophorèse suivit d’une
autoradiographie. Le brin séquencé correspond au brin non sens.
A-4-3-1-2-5
B-1-4-3-5-2
C-4-1-3-2-5
D-2-5-3-4-1
E-1-4-5-3-2
QCM 03. La digestion d'un ADN par une enzyme de restriction a permis l'obtention de 3
fragments A, B et C de tailles différentes (voir figure). Séparés par électrophorèse sur gel
d'agarose 1,5%, le profile attendu correspondra à:
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1. Profile 1.
2. Profile 2.
3. Profile 3.
4. Profile 4.
5. Profile 5.
QCM 04. Quel est le but du clonage d'un gène en biotechnologies agricoles ?
1. Création de copies multiples d'un gène d'intérêt, ainsi les caractéristiques de ce gène peuvent
être altérés.
2. Création de colonies cellulaires multiples contenant le ADN extrait.
3. Création de copies multiple du gène pour amplifier le ADN.
4. Identification du gène d'intérêt et création de copies multiples de plasmides contenant le gène.
QCM 07 : On séquence le fragment d’ADN dont la séquence est notée ci-dessous en utilisant la
technique aux didésoxyribonucléotides et avec des amorces fluorescentes. Au préalable, le
fragment d’ADN a été cloné dans le phage M13 :
5’…ACGGTATTTCACGAT…3’
La séquence que vous lirez de bas en haut sur le gel d’électrophorèse dont le sens de migration est
vers le bas sera :
1. TAGCACTTTATGGCA
2. ACGGTATTTCACGAT
3. TGCCATAAAGTGCTA
4. ATCGTGAAATACCGT
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5. Etant donné la position de l’amorce, le séquençage ne concernera pas la séquence notée ci-
dessus mais un fragment voisin.
QCM 08: On réalise une transformation (entrée d’un plasmide dans une bactérie). Le but de
l’opération est d’insérer un plasmide LacZ– possédant le gène Amp.R dans le gène LacZ+ de la
bactérie (qui n’est pas naturellement résistante à la pénicillinase). Après l’opération, on peut dire
que :
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SERIE N° 06
Exercice 01 :
Soit un ADN plasmidique (3500 paire de bases). Après digestion enzymatique, les profils
électrophorétiques sont les suivants :
ADN + HindIII = 1 bande (3500 pb)
ADN + EcoRI = 1 bande (3500 pb)
ADN + BamHI = 2 bandes (700 et 2800 pb)
ADN + HindIII + EcoRI = 2 bandes (1450 et 2050 pb)
ADN + HindIII + BamHI = 3 bandes (150, 700 et 2650 pb)
ADN + HindIII + BamHI + EcoRI = 4 bandes (150, 700, 1200, et 1450 pb)
Exercice 02 :
Région de l'ADN génomique d'A. thaliana contenant le fragment Eco RI-Bam HI de 2 kb:
b- Pour contrôler le résultat du clonage, on fait une analyse par restriction de pARABIDO en
utilisant les enzymes de restriction Hind III et Pvu II séparément puis en réalisant une
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Exercice 03 :
On souhaite étudier le gène de la souris homologue au gène M du b¦uf qui a été cloné dans
un autre laboratoire. Pour cela, on essaie de cloner au site Eco RI du vecteur plasmidique
pBR330 (voir schéma) un fragment Eco RI-Eco RI d'ADN génomique de souris portant le gène
homologue au gène M du b¦uf.
SERIE N° 07
EXERCICE 01 :
L'ADN plasmidique pBR 607 est circulaire et double brin et a une taille de 2,6 Kb
Ce plasmide porte deux gènes qui lui confèrent la résistance à la tétracycline (TET-r) et à l'ampiciline
(Amp-r) dans les bactéries.
Cet ADN a un site unique pour chacune de ces enzymes : ECoRI, Bam Hl, Hind III, Pst I et Sal 1.
En clonant dans EcoRI aucune de ces résistances n'est affectée. Par contre en clonant dans Bam Hl,
Hind III et Sal 1 la résistance à la tétracycline est supprimée, en clonant dans Pst I c'est la résistance à
Tampicilline qui l'est.
La digestion avec certaines de ces enzymes donne les fragments représentés dans le tableau suivant .
EXERCICE 02 :
L'une des six cartes de restriction représentées ci-après est compatible avec
le profil des bandes (représenté juste en dessous), obtenu après digestion par
plusieurs endonucléases de restriction.
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1. Analysez le profil des bandes sur le gel et sélectionnez la carte correcte : expliquez votre
raisonnement.
2. Dans un Southern blot préparé à partir de ce gel, les bandes en rose sont hybridées au gène
pep. Où est situé le gène pep ?
EXERCICE 03:
Un fragment d'ADN est inséré au niveau d'un site HindIII du plasmide pBR322. La carte de
restriction de ce plasmide non recombinant est présentée sur la figure 1.
Les produits de digestion enzymatique du plasmide recombinant sont analysés après électrophorèse
sur gel d'agarose (figure 2). L'ADN du plasmide recombinant à été coupé par les enzymes EcoRI
(puits 1), ClaI (puits 2) et PstI (puits 3). Le puits T montre les produits de digestion du plasmide
pBR322 non recombinant digéré par l'enzyme EcoRI.
Témoin 1 2 3
Pst I (3609 pb) 6472pb
6050pb
R
Amp
4363pb
pBR322 (4363pb) EcoRI (0pb)
4080pb
Ava I (1425 pb) R
Tet
Cla I (23pb)
1621pb
771pb
Hind III (29 pb)
422pb
Figure 01
Figure 02
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SERIE N° 08
EXERCICE 01 :
On supposera que le fragment est cloné dans un site EcoRI et que le vecteur ne
comporte aucun site correspondant aux enzymes utilisés.
1- Faites la représentation schématique du profil de ces produits de digestion
2- Etablissez la carte de restriction du fragment EcoRI de 6 kb.
Dr MECHAI ABDELBASSET
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