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PASS 2022-23
Enseignements Dirigés
Biologie Moléculaire
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Ouvrages de référence
1- “Biochimie et Biologie Moléculaire“, Christian Moussard, Editions de Boeck
2- “Principes de Biochimie“, A. Lenhinger, David L. Nelson et Michael M. Cox
Editions W.H. Freeman and company (en anglais pour la 6ème édition)
Site web de référence : https://rnbio.upmc.fr
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TD1 : Réplication de l’ADN chez les procaryotes (I)
QCM 1. Parmi les propositions suivantes concernant l’ADN, la (es) quelle(s) est (sont)
exacte(s) ?
A. Par convention, son orientation est 3’->5’ de gauche à droite
B. L’extrémité 3’ est phosphorylée
C. Les bases sont hydrophiles et sont à l’intérieur de la double hélice.
D. Le chromosome d’E. coli est constitué d’un ADN double brin circulaire.
E. Le pont phosphodiester est présent dans les nucléotides précurseurs de la synthèse de l’ADN.
QCM 2. Parmi les propositions suivantes concernant la réplication, la (es) quelle(s) est (sont)
exacte(s) ?
A. La croissance des brins d’ADN se fait toujours par leur extrémité 5’OH
B. L’ajout des nucléotides est irréversible
C. Le nucléotide précurseur est un dNTP
D. A partir d’une origine de réplication, la réplication est bidirectionnelle
E. Elle se fait de novo
QCM 3. Parmi les propositions suivantes concernant la réplication chez E. coli, la (es)
quelle(s) est (sont) exacte(s) ?
A. Elle est semi conservative car chaque molécule d’ADN obtenue est constituée à
50% d’ADN parental
B. Elle implique un point d’initiation unique
C. Elle s’effectue à partir de plusieurs origines de réplication
D. Elle fait intervenir deux fourches de réplication
E. Au niveau d’une fourche de réplication, il y a uniquement 2 brins à synthèse continue.
QCM 7. Parmi les propositions suivantes concernant les activités de l’ADN pol I, la (es)
quelle(s) est (sont) exacte(s) ?
A. Elle est dotée de 4 activités enzymatiques
B. In vivo, l’activité de relecture permet de corriger les erreurs d’incorporation commises pendant
la synthèse
C. In vivo, l’activité exonucléase 3’ vers 5’ permet de dégrader les amorces ARN
D. In vivo la polymérisation de l’ADN est parfaitement réversible.
E. C’est l’activité exonucléase 3’ vers 5’ qui assure la fidélité de la réplication
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L’énoncé suivant concerne les QCM de 10 à 12 et vous devrez indiquer parmi les propositions
celle(s) qui est (sont) exacte(s) :
La séquence ci dessous représente la matrice utilisée lors d’une expérience de polymérisation. Le
brin supérieur, marqué au phosphore 32 à l’extrémité 5’ (étoile), est constitué de 8 nucléotides.
Ce fragment d’ADN partiellement simple brin est ajouté à un milieu réactionnel contenant un
tampon (pH 7,4), des ions magnésium, une forme courte de PolI dépourvue d’activité exonucléase
5’->3’, et divers mélanges de dNTP. Le tube est ensuite incubé 30 minutes à 37°C.
QCM 10. Si le mélange de dNTP ne contient que du dATP,
Le plasmide P (schématisé ci-dessous) a été purifié à partir de bactéries en culture puis traité par
différentes enzymes comme indiqué dans la légende de la figure 1. La figure 1 présente l’analyse des
produits réalisée par électrophorèse sur gel d’agarose 1%, suivie d’une incubation dans une solution de
bromure d’éthidium puis exposition à un rayonnement ultra-violet (UV).
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Piste 1 : Plasmide P natif.
Piste 2 : Plasmide P traité par la
désoxyribonucléase I (DNase I) en conditions
limitantes (càd hydrolyse d’une liaison
phosphoester d’un seul des deux brins de
l’ADN).
Piste 3 : Plasmide P traité par l’endonucléase de
restriction EcoR I (le site EcoR I est unique dans
la séquence du plasmide P).
Piste 4 : Plasmide P traité par un excès de
DNase I (hydrolyse totale du plasmide P).
Piste 5 : Plasmide P traité par l’endonucléase de
restriction BamH I.
Figure 1 : électrophorèse sur gel
d’agarose1% d’une solution de plasmides P Piste 6 : marqueurs de taille db linéaires
traités ou non par différentes enzymes. exprimés en kilopaire de bases (kpb).
NB : la DNase I est une endonucléase qui
catalyse l’hydrolyse des liaisons esters phosphate
sans spécificité vis-à-vis de la séquence ADN.
EcoRI et BamH I sont des enzymes de restriction. Le site de reconnaissance de l’enzyme de restriction
EcoRI est donné dans la figure 2, de même qu’un détail de séquence du plasmide P, qui ne présente
qu’un seul site EcoRI :
GAATTC
EcoRI
!"#$! CTTAAG
"#$$%%& " " "%&'! "&&&###""
" "&%%$$#" " " " " "&&&###"
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A. Par convention, le brin inférieur est orienté de 3’ à 5’;
B. Par convention, le brin supérieur est orienté de 3’ à 5’;
C. Par convention, si un seul brin est représenté, il s’agit du brin inférieur ;
D. Par convention, si un seul brin est représenté, il s’agit du brin supérieur ;
E. Les flèches rouges représentent les sites de clivage de l’enzyme EcoRI.
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QCM7 : Cocher la ou les propositions exactes.(concours 2021-22)
Soit la séquence d’ADN :
5’-GCCTGATGGCAACGGGATCCGGTCATATGC-3’
3’-CGGACTACCGTTGCCCTAGGCCAGTATACG-5’
Cette séquence porte un site de restriction pour l’enzyme BamHI indiqué en gras. L’enzyme catalyse
l’hydrolyse de l’une des liaisons du pont phosphodiester indiqué par les flèches.
Les extrémités générées après l’hydrolyse par BamHI sont :
A. 5’-GCCTGATGGCAACGG-3’P 5’OH-GATCCGGTCATATGC-3’
3’-CGGACTACCGTTGCCCTAG-5’OH 3’P-GCCAGTATACG-5’
B. 5’-GCCTGATGGCAACGG-3’OH 5’P-GATCCGGTCATATGC-3’
3’-CGGACTACCGTTGCCCTAG-5’P 3’OH-GCCAGTATACG-5’
C. 5’-GCCTGATGGCAACGGGATC-3’OH 5’P-CGGTCATATGC-3’
3’-CGGACTACCGTTGCC-5’P 3’OH-CTAGGCCAGTATACG-5’
D. 5’-GCCTGATGGCAACGGGATC-3’P 5’OH-CGGTCATATGC-3’
3’-CGGACTACCGTTGCC-5’OH 3’P-CTAGGCCAGTATACG-5’
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TD2 : Transcription et Régulation chez les procaryotes
1ère partie :
QCM 6 : La sous-unité σ (sigma) 70 de l’enzyme ARN polymérase d’E. coli est indispensable à
l’activité de polymérisation :
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A) vrai
B) faux
Figure 1 : La séquence A.
Dans la séquence A :
A) On retrouve un promoteur procaryote.
B) La flèche coudée indique le site de démarrage de la traduction.
C) La flèche coudée indique le site de démarrage de la transcription.
D) On retrouve les séquences consensus de fixation du facteur s.
E) On retrouve une séquence RBS
QCM 8 : Dans la séquence A :
A) Le brin 1 est transcrit
B) Le brin 1 est le brin matrice.
C) Le brin 1 est le brin non transcrit.
D) Le brin 2 est le brin codant.
E) Le brin 2 est complémentaire et antiparallèle au brin 1.
Exercice 1) Vous disposez du vecteur plasmidique pBGC-SU (figure 2). Après introduction de ce
plasmide (transformation) dans des bactéries E. coli (sensibles à l'ampicilline et à la kanamycine), les
cellules obtenues restent toujours sensibles à la kanamycine mais deviennent résistantes à
l’ampicilline.
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Site SmaI : CCC/GGG Le site d'hydrolyse par SmaI est indiqué par la barre oblique
Figure 2 : Carte du plasmide pBGC-SU. Pour le brin 1, l’orientation 5’ à 3’ est dans le sens des
aiguilles d’une montre.
Dans une première expérience, vous souhaitez insérer (introduire) la séquence A dans le vecteur
pBGC-SU au niveau du site SmaI (CCC/GGG). Pour ce faire, deux étapes sont nécessaires :
Étape 1 : Hydrolyse (coupure ou digestion) du plasmide par l’enzyme de restriction SmaI. Le site
de l’hydrolyse est matérialisé par « / » dans la séquence reconnue par l’enzyme (CCC/GGG). La
carte du plasmide obtenu est présentée dans la figure 2.
Étape 2 : Ligature des extrémités des brins du vecteur hydrolysé avec ceux de la séquence A.
QCM 10 : Quelle est la liaison hydrolysée par SmaI ? Cocher la réponse exacte.
A) Pyrimidique
B) Van der Waals
C) Phospho-ester
D) Anhydre d’acide
E) N-glycosidique
QCM 11 : Quelles sont les types d’extrémités générées par cette hydrolyse? Cocher la réponse
correcte.
A) Cohésives
B) Franches
C) 3’ sortantes
D) 5’ OH/3’-P
E) 3’OH/5’ -P
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Étape 2 : Ligature des extrémités des brins du vecteur hydrolysé avec ceux de la séquence A à l’aide
d’une enzyme : l’ADN ligase.
Deux sens de l’insertion sont possibles. On obtiendra donc deux types de plasmides, selon
l’orientation de l’insertion de la séquence A (Figure 3, en haut).
QCM 12 : Indiquer, parmi les propositions suivantes, quel est l’emplacement de la flèche
coudée qui permet l’initiation de la transcription.
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Figure 3 : Cartes du plasmide
pBGC-SU hydrolysé par SmaI
et prêt pour l’insertion de la
séquence A.
QCM 13 : Écrire la séquence des 15 premiers nucléotides de l’ARNm synthétisé par l’ARN
polymérase à partir de chacun des deux plasmides (dans l’orientation 5’à 3’).
Plasmide 1
A) 5’ agggggaucucaaaa 3’
B) 5’ tccccctagagtttt 3’
C) 5’ uuuugagaucccccu 3’
D) 5’ aaaacucuaggggga 3’
Plasmide 2
A) 5’ agggggactcccgcg 3’
B) 5’ gcgccctcaggggga 3’
C) 5’ agggggacucccgcg 3’
D) 5’ gcgcccucaggggga 3’
Chacun des plasmides est introduit dans des bactéries E. coli sensibles à la kanamycine. Le
comportement des 2 nouvelles souches bactériennes transformées vis-à-vis de la kanamycine est testé.
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QCM 15 : Pour le plasmide 2, cocher les réponses exactes.
QCM 16 : Préciser dans chaque cas, le brin d’ADN qui est transcrit en ARN.
QCM 17 : Indiquer pour chaque souche de bactérie transformée, si elle est résistante (KanaR)
ou sensible (KanaS) à la kanamycine.
2ème Partie :
Chez E. coli, la synthèse de la b-galactosidase est régulée en fonction des oses constituant la source
de carbone disponible dans le milieu de culture.
Une expérience de mutagenèse est réalisée afin de générer des mutations ponctuelles.
Les mutants dont l'activité b-galactosidase est différente de celle de la souche sauvage d' E. coli sont
identifiés à l'aide d'un test blanc/bleu : les bactéries sont cultivées en présence ou non d'IPTG (figure
1), et l'activité b-galactosidase est détectée par la coloration des colonies en présence de X-gal (figure
2). Selon le comportement des différents mutants obtenus, lors du test blanc/bleu, ceux-ci ont été
classés en deux familles (figure 3).
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Figure 3 : test blanc/bleu effectué avec les mutants des
familles 1 et 2.
Les colonies de E. coli sont étalées sur un milieu gélosé en
présence de X-gal et sans/avec IPTG (inducteur de
l'opéron).
Chaque mutant analysé dans le cadre de cette expérience est issu d’un évènement unique de
mutagenèse dans son génome. La mutation ponctuelle induite dans le génome de chacune des souches
mutantes a été caractérisée. Dans les deux familles, certains de ces mutants portent des mutations
dans la région qui contient l'opéron lactose et les régions régulatrices de cet opéron, décrites dans le
tableau suivant :
ü 1 ou 2
Tableau 1
QCM 7 : Une mutation du gène lacI, lorsque les bactéries sont cultivées sans inducteur
A- Donne uniquement des colonies blanches
B- Peut donner des colonies blanches ou bleues
C- Donne des colonies blanches si la mutation n’empêche pas la fixation du répresseur sur
l’opérateur
D- Donne des colonies bleues si la mutation empêche la synthèse du répresseur
E- Donne des colonies bleues si la béta-galactosidase est synthétisée
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QCM 8 : Une mutation du gène lacI, lorsque les bactéries sont cultivées avec inducteur
A- Donne uniquement des colonies blanches
B- Peut donner des colonies blanches ou bleues
C- Donne des colonies blanches si la mutation empêche l’interaction du répresseur avec
l’inducteur
D- Donne des colonies bleues si la mutation empêche la synthèse du répresseur
E- Donne des colonies bleues si la mutation empêche la reconnaissance de l’opérateur
QCM 9 : Aucun mutant de LacY ou de Lac A n’a été observé. Indiquer quelle(s) hypothèse(s)
il est possible de formuler
A- Dans les deux cas, les colonies sont banches sans inducteurs et bleues avec inducteur, ce qui
ne permet pas de les distinguer de la souche sauvage.
B- L’opéron lactose sera toujours réprimé
C- L’opéron lactose sera toujours exprimé
D- Ces mutants pourraient toujours utiliser le X-Gal
E- Le crible blanc/bleu n’est pas adapté
QCM 10 : Dans le cas d’une mutation du gène lacZ, la famille de mutant concernée
A- Est toujours la famille 1
B- Est toujours la famille 2
C- Peut-être de la famille 1 ou 2
D- pourrait synthétiser la béta-galactosidase sans inducteur
E- pourrait synthétiser une béta-galactosidase non fonctionnelle avec inducteur
QCM 11: Dans le cas d’une mutation de l’opérateur, la famille de mutant concernée
A- Est toujours la famille 1
B- Est toujours la famille 2
C- Peut-être de la famille 1 ou 2
D- pourrait synthétiser la béta-galactosidase sans inducteur
E- pourrait synthétiser une béta-galactosidase non fonctionnelle avec inducteur
QCM 12 : Dans le cas d’une mutation du promoteur, la famille de mutant concernée
A- Est toujours la famille 1
B- Est toujours la famille 2
C- Peut-être de la famille 1 ou 2
D- pourrait synthétiser la béta-galactosidase sans inducteur
E- pourrait synthétiser une béta-galactosidase non fonctionnelle avec inducteur
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