ECOLE NORMALE SUPERIEURE

PREMIERE ANNEE SCES NATURELLE/CHIMIE

2022-2023

COURS
DE BIOLOGIE MOLECULAIRE
INTRODUCTION
L’ADN est le support de l’information génétique (IG)
pour tous les organismes sauf pour les phages et les
virus à ARN qui n’ont pas de ADN et où le ARN est
porteur de l’IG.
Il est clair que cette information doit être conservée
lors de la division cellulaire et c’est pourquoi cette
division est précédée d’une synthèse de ADN que l’on
a dénommée duplication ou réplication de l’ADN car il
s’agit bien de faire une réplique exacte de l’IG
contenue dans la cellule mère afin que les cellules filles
puissent hériter cette information (quantitativement et
qualitativement identique)
INTRODUCTION
Cette information permet la synthèse de protéine
spécifiques, conformément à la règle « gène →
enzyme » ou gène → chaine polypeptidique » puis
qu’une enzyme peut être formée de plusieurs chaines
polypeptidiques.
L’information portée par l’ADN n’est pas utilisée telle
q u e lle p o u r la s y n t h è s e p r o t é i q u e , e lle d o i t
préalablement être transcrite en ARN messager, ainsi
appelé parce que ce ARN est à son tour pour du
message génétique
C’est l’ARNm qui commande l’incorporation ordonnée
des aminoacides dans les protéines
INTRODUCTION
On assiste donc à différents transferts d’informations:
1. Transfert ADN → ADN. C’est la réplication nécessaire à la
conservation de l’IG
2. Transfert ADN → ARN. C’est la transcription, permettant
le passage de l’information de l’ADN aux divers ARN
3. T r ans f e r t ARN → pr ot é i ne s . C ’ e s t l a t r adu ct i on,
permettant la synthèse de protéines spécifiques, grâce à
l’information contenue dans l’ARNm
4. Transfert ARN → ARN. La synthèse d’ARN, utilisant
comme matrice l’ARN viral, a un double objectif:
INTRODUCTION
1. Elle fournit l’ARN génomique permettant ainsi la poursuite du
cycle infectieux
2. Elle fournit les ARNm codant pour les protéines nécessaires au
processus infectieux
5. Transfert ARN → ADN. Ce transfert est nécessaire
pour qu’un génome ribonucléique puisse être intégré
dans le génome désoxyribonucléique de la cellule-
hôte.
INTRODUCTION

La réplication doit respecter 2 principes:

1. L’ensemble du génome doit être à chaque division
cellulaire
2. Chaque molécule d’ADN n’est répliquée qu’une seule fois
par cycle cellulaire
RAPPEL: CYCLE CELLULAIRE
DÉFINITION
Le processus par lequel les cellules copient leur ADN
Elle se pro duit pen da n t l’ in terph a se, a v a n t la
mitose/méiose
On commence avec une molécule d'ADN à double brin
et on produit deux copies identiques
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

Etant donné la structure de l’ADN comme elle a été

proposée par Watson-Crick, la réplication de l’ADN
repose sur l’appariement des base complémentaires.
Elle implique aussi que la double hélice soit ouverte,
au moins partiellement et de façon transitoire.
1. La réplication est semi-conservative
On peut en fait imaginer deux modes de réplication:
Le mode conservatif, où l’un des brins de la molécule originale
sert de modèle pour la synthèse d’un brin complémentaire; ce
brin néoformé sert à son tour de matrice pour la synthèse d’un
brin qui lui est complémentaire. Ainsi, après un cycle de
réplication, on a la molécule de départ intacte et une molécule
nouvelle formée de deux brins néosynthétisés.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION
o Le mode semi-conservatif, ainsi dénommé parce que chaque
brin de la molécule originale sert de matrice à la synthèse
d’un brin complémentaire de sorte qu’après un cycle de
duplication on a deux molécule d’ADN hybrides, formées d’un
brin de la molécule originale apparié à un brin néoformé
2. La polymérisation des nt est assurée par une ADN
polymérase
Bien que WC aient proposé en 1953 que les
précurseurs des ADN puissent s’apparier et se lier sans
aucune action enzymatique, dès 1958, une enzyme,
l’ADN polymérase I, capable de polymériser les 2’-
désoxyribonucléosides-5’-triphosphates fut isolée par
Kornberg chez E. coli.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

o Par la suite, des ADN polymérases ont été trouvées

dans toutes les cellules dans les quelles on a pu
observer une synthèse d’ADN. Une ADN polymérase
catalyse la réaction suivante:

o dNMP + dNTP (dNMP)n+1 + PPi

o L’enzyme a trois substrats:

o La chaine de DNA qui est copiée
o La chaine néosynthétisées ou chaine en croissance
o Le 2’-désoxyribonucléosides-5’-triphosphate qui va être
incorporé, obligatoirement complémentaire du nucléotide
situé en face de lui sur la matrice.
REPLISOME
Le réplisome est un complexe de plusieurs protéines qui
travaillent de manière coordonnée à la réplication de
l'ADN1. Il est constitué de plusieurs enzymes spécifiques
qui travaillent directement à la synthèse des brins ainsi
que de facteurs protéiques qui organisent et accélèrent
le processus. Il est localisé au niveau de la fourche de
réplication de l'ADN, dans le noyau des cellules.
REPLISOME: COMPOSITION
Le réplisome contient cinq types de protéines différents
1. L'hélicase de la fourche de réplication. C'est l'enzyme chargée de séparer
les deux brins de l'ADN à répliquer.
2. Deux molécules d'ADN polymérases réplicatives. L'une synthétise le brin
continu ou brin précoce, et l'autre le brin discontinu ou brin tardif.
3. Une primase qui synthétise les amorces ARN des fragments d'Okazaki.
4. Deux clamps glissants. Ce sont des anneaux protéiques augmentant la
processivité des ADN polymérases (aussi appelés PCNA (Proliferating Cell
Nuclear Antigen) chez les eucaryotes ou complexe β chez les bactéries). Ils
encerclent l'ADN et se lient à chacune des deux ADN polymérases.
5. Un chargeur de clamp, qui ouvre les clamps pour pouvoir les mettre sur
l'ADN au niveau du site de réplication. Le chargeur de clamp sert également
de protéine d'infrastructure pour lier toutes les autres au sein d'un complexe
unique.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

o Au niveau chimique, l’enzyme catalyse la formation

d’une liaison phosphodiester entre le groupe 3’ OH
du dernier nucléotide de la chaine en croissance et le
groupe 5’-Phosphate du nucléotide à incorporer.
Donc:
1. L’allongement des chaines désoxypolynucléotidiques se
fait dans le sens 5’ 3’
2. La chaine matrice étant antiparallèle, elle est copiée par
l’ADN polymérase dans le sens 3’ 5’
3. L’ADN polymérase ne peut qu’allonger une chaîne
polypeptidique préexistante, appelée amorce, qui doit
donc lui être fournie.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

o En fin, la polymérisation peut être processive, c’est-à-dire de

nombreux nt peuvent être incorporés dans la chaine en
croissance sans que l’ADN polymérase ne se détache de la
ma tr i c e, ou n on p r oc essi v e, si l ’A D N p ol ymér a se q ui
fréquemment l’ADN modèle.
o Chaque ADN polymérase est plus ou moins processive, mais cette
propriété intrinsèque peut être accrue par des protéines
associées dont la PCNA (261 AA) pour les eucaryotes et Clamp
Bêta pour E. Coli.
o L’ADN polymérase delta est très processive en présence de
PCNA et l’ADN epsilon est très processive même en absence de
PCNA (Proliferating Cell Nuclear Antigen)
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

3. La réplication commence à une séquence spécifique de l’ADN et

est bidirectionnelle
Chez les bactéries, la réplication de l’ADN commence au niveau
d’une séquence spécifique unique du chromosome bactérien (Ori
C).
Chez les eucaryotes, la réplication débute au niveau de
di f f ér entes séquences spéci f i ques l oca l i sées l e l ong du
chromosome. Ces séquences spécifiques sont nommées origine de
réplication.
o 200 pb pour les procaryotes
o 2000 pb pour les eucaryotes
L’origine de réplication est une séquence de nucléotides
spécifique sur l’ADN qui indique aux enzymes de commencer la
réplication.
 Origines de réplication

Bulles de réplication

Note: On peut avoir plusieurs origines de réplication

(alors plusieurs bulles) sur une molécule d’ADN.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

LE REPLICON
L e r ep lic o n es t l’ un ité d e r ep lic a tio n d e l’ A N D
eucaryotique, il contient une origine et une terminaison.
Les réplicons sont des segments de taille variant de
30000 à 150000 bases et don’t le nombre peut aller de
1 à 35000 chez les eucaryotes. La vitesse de synthèse va
jsuqu’à 50000 pb/ min chez les eucaryotes et encore
plus rapide chez les procaryotes ne présentant pas de
chromatine.
MÉCANISMES FONDAMENTAUX DE LA RÉPLICATION

Etant donné que les ADN polymérases copient la

chaine matrice uniquement dans le sens 3’
5’ et qu’il faut dupliquer simultanément les deux brins
complémentaires et antiparallèles à partir de l’origine
de réplication, les ADN polymérases vont progresser
en sens opposé sur chaque brin. On dit que la
réplication est bidirectionnelle.
C’est à partir d’expérience réalisées avec Bacillus
subtilis que l’on a établi que la réplication était
bidirectionnelle.
LES ÉTAPES DE LA RÉPLICATION
La réplication de l’ADN peut être divisée schématiquement en trois
étapes: l’étape d’initiation, l’étape d’élongation et l’étape de
terminaison
1. Etape d’initiation
L’étape d’initiation est l’étape pendant laquelle les amorces qui
seront allongées par les ADN polymérases (désoxynucléotidyl
transférases) sont synthétisées au niveau des origines de
réplication. C’est à cette étape qu’a lieu le contrôle de la
réplication. Schématiquement cette étape se passe en trois phases:
a. Reconnaissance de l’origine de réplication par un complexe
protéique
b. Ouverture localisée de la double hélice par une ADN
hélicase
c. Synthèse de l’amorce
LES ÉTAPES DE LA RÉPLICATION
b. Ouverture localisée de la double hélice par une ADN
hélicase
c. Synthèse de l’amorce
D a n s le ca s de la réplica tio n ch ez les
procaryotes (E. Coli), cette amorce est un
court fragment d’ARN synthétisé par deux
enzymes: une ARN polymérase (brin primaire)
et une primase (monomère) qui produit les
amorces pour le brin secondaire. L’amorce est
synthétisée par l’ADN polymérase alpha chez
les eucaryotes.
TOPOISOMÉRASE OU ADN GYRASE

La réplication ou la transcription du DNA

nécessite une fusion partielle de la double
hélice (Hélicase) et une modification de
l’enroulement des deux brins.
Afin de permettre ces réactions, la
to po iso m éra se est ca pa ble de m o dif ier
l’enroulement en hydrolysant un brin du DNA et
en le reconstituant après avoir fait le tour de
l’autre brin.
TOPOISOMÉRASE OU ADN GYRASE
Après cette opération, la torsion de la double
hélice tend à se rapprocher de la valeur
normale : pas de l’hélice = 10 paires de
nucléotides par tour. Au cours de la réplication
et de la traduction le pas de l’hélice diminue en
avant des polymérases et l’hélicase (une des
topoisomérases) travaille alors pour augmenter
le pas. Au contraire en arrière des polymérases
les topoisomérases ajoutent des tours pour
reconstituer la double hélice.
 Origines de réplication

Bulles de réplication

Note: On peut avoir plusieurs origines de réplication

(alors plusieurs bulles) sur une molécule d’ADN.
Les endroits où l’hélice est déroulée et où les nouveaux
brins se développent s’appellent les fourches de
réplication. Il y a une fourche de réplication à chaque
coté d’une bulle de réplication.

Fourche Fourche
Les enzymes s’appellent les protéines fixatrices SSB (single-
stranded binding) chez les procaryotes et RFA (Replication
Factor A) chez les eucaryotes se lient aux brins exposés et les
gardent séparés en bloquant la formation des liaisons
hydrogènes.
PHASE 2: ÉLONGATION
Un e en zyme appelée ADN polymérase est
responsable de fabriquer les nouvelles molécules
d’ADN
ADN polymérase s’insère dans la bulle de réplication
ÉLONGATION/ ADN POLYMÉRASE

Il existe une dizaine d’isoenzymes de DNA

polymérases chez les eucaryotes. La DNA
polymérase α, associée à la primase est
responsable de la synthèse des amorces. La
DNA polymérase δ est la principale enzyme de
la réplication en synthétisant sur le brin direct
aussi bien que sur le brin retardé. Les autres
D N A po lyméra ses in tervien n en t da n s la
synthèse du DNA mitochondrial ou dans les
processus de réparation du DNA génomique.
ADN polymérase utilise les brins parents comme matrice et
commence à ajouter un nucléotide à la fois pour créer un
nouveau brin complémentaire du brin existent.
ADN polymérase Nucléotide
ADN polymérase commence à l’extrémité 3’ du brin
parental. Par conséquent, elle synthétise le nouveau
brin d'ADN dans le sens 5’ à 3’.

Brins parentaux

Fourche de réplication
ADN polymérase
La réplication d’ADN continue avec la fourche de
réplication sur un brin et loin de la fourche sur
l'autre brin.

Brins parentaux

Fourche de réplication
ADN polymérase
ADN polymérase

Nouveaux brins d’ADN

Note: ADN polymérase ne peut pas construire le nouveau brin
sans un point de départ. Un enzyme s’appelle primase
synthétise une amorce de 10 à 60 paires de nucléotides d’ARN
avec une séquence de bases complémentaire à la matrice
d’ADN.
L’ADN polymérase utilise l’amorce comme un point de départ
pour l’élongation d’un brin fils. Elle ajoute les nucléotides à
l’amorce.
Un nouveau brin est construit sans interruption dans le sens 5’ à
3’. Sur ce brin, l’élongation suit le déplacement de la fourche
de réplication. Ce brin est le brin principal (leading strand).
L’autre brin est aussi construit dans le sens 5’ à 3’, mais dans la
direction opposée. Ce brin est formé en petits morceaux et plus
lentement que le brin principale alors on dit qu’il est le brin
secondaire (lagging strand).

Les petits morceaux

sont appelés les
fragments d’Okazaki.
ENLÈVEMENT DES AMORCES

Parce-que les amorces sont composé d’ARN au

lieu d’ADN, ADN polymérase doit leurs enlever
et leurs remplacer avec les bases d’ADN.
Finalement, un enzyme s’appelle ligase vient pour lier les
fragments d’Okazaki ensemble.
Note: Il y a plusieurs ADN polymérases dans la bulle de
réplication à la fois!
SOMMAIRE
1. Hélicase ouvre le double hélice d’ADN pour
former une bulle de réplication
2. Les protéines fixatrices se lient aux brins
parentaux pour leurs garder séparé
3. Les primases fabriquent des amorces d’ARN
sur les brins parentaux
4. Les ADN polymérases utilisent les amorces
comme les points de départ. Elles ajoutent les
nucléotides d’ADN aux amorces et construisent
les nouveaux brins.
SOMMAIRE CONTINUÉ

1. Brin principal: Le brin qui est construit sans

interruption dans la direction de la fourche.
2. Brin secondaire: Le brin qui est construit
lentement et en petits morceaux s’appellent
les fragments d’Okazaki.
3. ADN polymérase enlève les amorces d’ARN
et leurs remplace avec des nucléotides
d’ADN
4. Ligase colle/attache les fragments d’Okazaki
ensemble
PHASE 3: ACHÈVEMENT`
La phase de vérification et correction
Après qu’un brin d'ADN est construit, l’ADN
polymérase le relise et l’édite
Si l’ADN polymérase trouve un erreur, un
enzyme s’appelle nucléase l’enlève
ADN polymérase remplace l’erreur avec le/les
nucléotide(s) correct(s)


LA VÉRIFICATION ET LA CORRECTION


Après qu’un nucléotide s’ajoute à un nouveau brin d’ADN,
l’ADN polymérase peut reconnaître s’il y a ou non une
liaison hydrogène entre les paires car l’absence de
liaison d’hydrogène signale un mauvais jumelage entre
les bases.

La polymérase coupe alors la mauvaise base du nouveau

brin et ajoute le bon nucléotide en utilisant le brin parent
comme matrice. Alors, on peut mentionner qu’il vérifie le
bon appariement des bases azotées.
L’ACHÈVEMENT
Dès que les nouveaux brins sont terminés, les molécules d’ADN
s’enroulent automatiquement pour retrouver leur structure
hélicoïdale chimique stable.

Cependant, la synthèse d’ADN entraîne un nouveau problème à

chaque extrémité du chromosome linéaire.

L’ARNase H polymérase coupe une amorce d’ARN d’un fragment

d’Okazaki, l’espace est comblé par l’addition de nucléotide à
l’extrémité 3` du fragment d’Okazaki adjacent.

Lorsque l’amorce d’ARN est coupée à l’extrémité 5` des

molécules d’ADN, il n’y a pas de chaîne de nucléot ide
adjacente avec une extrémité 3` disponible pour combler
l’espace. Le résultat est que les molécules d’ADN filles sont un
peu plus courtes que leur matrice parent.
L’ACHÈVEMENT
Chaque réplication entraîne la perte d’ADN chez les
cellules eucaryotes.

La perte de matériel génétique entraînée par chaque

division cellulaire pourrait être désastreuse car le
matériel perdu pourrait contenir des codes pour des
activités essentielles aux fonctions cellulaires.

Des parties appelées télomères servent de zone

tampon. Elles sont des extensions des séquences de
nucléotide très répétitives et riche en nucléotides G.
L’ACHÈVEMENT
Les télomères, ou extrémités des chromosomes, sont
indispensables pour préserver l’intégrité du matériel
génétique au cours du cycle cellulaire.

Ils se composent de séquence TTAGGG et permet

d’éviter la perte de matériel génétique.

L’érosion de la télomère peut entraîner la mort de la

cellule et l’extension des télomères allonge la durée de
vie de la cellule.
LA TÉLOMÉRASE
La télomérase est une enzyme qui, lors de la
réplication de l'ADN chez les eucaryotes,
permet de conserver la longueur du
c h r o m o so m e e n a j o u ta n t u n e str u c tu r e
spécifique à chaque extrémité : le télomère (du
grec τέλος, extrémité ou fin). Bien que composé
de désoxyribonucléotides comme le reste du
chromosome, le télomère est synthétisé suivant
un mode différent de la réplication classique de
l'ADN.
TÉLOMÉRASE
La synthèse du brin retardé du DNA ne peut pas se
faire lorsque la DNA polymérase atteint
l’extrémité 3’ du brin modèle, faute de place pour
une amorce complémentaire. S’il n’y avait
pas de mécanisme particulier, à chaque réplication
le DNA du chromosome serait raccourci.
• Le télomère ou séquence du DNA à l’extrémité des
chromosomes humains est une séquence
5’-TTAGGG-3’ répétée quelques centaines de fois
avant le 3’OH final.
TÉLOMÉRASE
La télomérase est une DNA polymérase qui peut
continuer la synthèse d’un DNA simple brin. Cette
enzyme comprend un RNA de 450 nucléotides dont
l’extrémité 5’ terminale est 5’-CAAUCCCAAUC...
Cette extrémité sert de modèle pour l’enzyme en vue
de la synthèse de quelques unités de la répétition
TTAGGG. Après cette synthèse l’enzyme glisse le
long du brin de DNA et recommence de nouvelles
unités.

L’extrémité 3’ du brin modèle ainsi allongée peut

servir à la pose d’une amorce nouvelle :
l’extrémité 3’-OH de cette amorce sert alors de point
de dépa r t po ur la D N A po ly m ér a se δ po ur
synthétiser l’autre brin.
TÉLOMÉRASE
La majorité des cellules de l’organisme sont incapables
de conserver la taille du télomère d’une division à
l’autre, car la machine de réplication de l’ADN est
incapable de répliquer la totalité des extrémités
chromosomiques. Par conséquent, le télomère se
raccourcit avec chaque division cellulaire. Une fois une
certaine limite atteinte (la limite de Hayflick), la majorité
des cellules sortent du cycle cellulaire et rentrent en
sénescence. Cependant, une petite proportion de
cellules est capable de réintégrer le cycle cellulaire :
ce phénomène est en général associé à une élongation
des télomères et à une expression de la télomérase,
une enzyme impliquée dans la formation et le maintien
des télomères.
TÉLOMÉRASE

Sans l'action des télomérases qui remettent la partie

perdue à chaque division cellulaire, au bout d'une
quarantaine de divisions, le chromosome perdrait les
informations de ses derniers gènes et la cellule
deviendrait non viable et mourrait (apoptose).
La télomérase ne s'exprime que peu voire pas dans les
cellules somatiques, alors qu'elle est très active dans
les cellules germinales. Ce manque d'activité dans les
cellules somatiques induit une entrée en sénescence
des cellules.
La télomérase est également très active durant la
période embryonnaire et fœtale. Sa synthèse est
dépendante du gène TERT.
Le niveau d'activité cellulaire de la télomérase est
augmenté dans les cellules cancéreuses. C'est un des
fac teurs qui c o ntribuent à la pro lifératio n et à
l'immortalisation des cellules cancéreuses.
L’achèvement

Schéma d’un télomère en épingle : Le fragment 5’ se termine

normalement. En [1], le fragment 3’ se recourbe en épingle. Les
guanines [2] se combinent entre elles par une modification de
leur configuration des sucres associés. L’extrémité est ainsi
protégée.