Université Sultan Moulay Slimane

Faculté Polydisciplinaire de Beni Mellal

Département de Biologie et Géologie

Filière Sciences de la vie

Parcours : Management Intégré-Qualité-Sécurité-
Environnement

Travaux dirigés
Biologie Moléculaire
SVI-S5
Partie I

Pr. Barguigua Abouddihaj

Année Universitaire : 2020-2021

Travaux dirigés de Biologie Moléculaire FP-Beni Mellal, SVI-S5

TD N°1 : REPLICATION
Exercice 1 :
La figure 1 schématise la mise en place du processus de réplication chromosome : en a est
représentée une portion d’ADN bicaténaire et en b ce même ADN au tout début de la
réplication

Figure 1
1. A quoi correspondent les 2 flèches indiquées en a ?
2. A quoi correspondent les structures semi-circulaires représentées en b ?
3. Quelles protéines enzymatiques interviennent pour générer ces structures semi-circulaires
et comment agissent-elles ?
4. Quel est l’avantage pour la cellule de générer plusieurs de ces structures semi-circulaires
sur un même chromosome ?
La progression de la réplication est schématisée en c et d :
5. Repérer en c les brins parentaux et les brins néo synthétisés d’ADN
6. Dans cette représentation, avez-vous un argument pour assigner une orientation 5’->3’ à
l’un des brins parentaux ?
7. Proposer en e une représentation schématique du stade suivant de la réplication.
8. Nommer la partie encadrée de la figure c ?

Pr. Barguigua Abouddihaj 1

Travaux dirigés de Biologie Moléculaire FP-Beni Mellal, SVI-S5

Cette partie encadrée est agrandie dans la figure 2.

Figure 2

9. Identifier dans la liste suivante les éléments de légende 1 à 8 :

- ADN polymérase δ
- Amorce
- Brin direct (ou avancé)
- Brin retardé
- Fragment d’Okazaki
- Primase + ADN polymérase α
- Protéine SSB
- Topoisomérase + hélicase

10. Sur ce schéma, dans quelle direction progresse la réplication ?

11. Quels sont les substrats de la primase ? de l’ADN polymérase αα ?
12. Y a-t-il nécessité d’amorcer la synthèse d’ADN sur le brin direct ?
13. Pourquoi faut-il plusieurs amorces pour la synthèse du brin retardé ?
14. Quelles sont les réactions catalysées par l’ADN polymérase δδ ?
15. Le sens de lecture du brin parental par l’ADN polymérase δ est-il le même sur les 2
brins de l’ADN à répliquer ?
16. Le brin direct est-il toujours le même sur toute la longueur du chromosome ?

Pr. Barguigua Abouddihaj 2

Travaux dirigés de Biologie Moléculaire FP-Beni Mellal, SVI-S5

Sur la figure 2, on a représenté 2 petits encadrés : ils délimitent 2 zones du brin néo synthétisé
qui ont été le siège de réactions très précises ne laissant aucune de trace sur l’ADN final :
17. De quelles réactions s’agit-il ?
Exercice 2 :
Le microscope électronique est un important outil d’étude de la réplication de l’ADN car il
permet d’observer directement la fourche de réplication et, pour de petites molécules d’ADN,
la structure réplicative dans sa totalité. De plus, on peut distinguer un ADN double brin d’un
ADN simple brin. Dans cet exercice, une série de molécules théoriques en réplication est
schématisée, les régions d’ADN simple brin étant indiquées en trait fin. Lors d’une des
premières études importantes au microscope électronique de la réplication du bactériophage
lambda, certaines de ces structures ont été fréquemment observées, d’autres jamais.

Figure 3

A partir de vos connaissances sur la réplication de l’ADN, choisissez les 4 structures les plus
fréquemment observées.

Exercice 3 :
Une culture bactérienne synchrone (toutes les bactéries se divisent en même temps) est cultivée
dans un milieu non radioactif. Au temps t=0, les bactéries sont prélevées et cultivées pendant
2,5 min dans un milieu radioactif contenant de la 3H-thymidine de faible radioactivité, puis 1
min dans un milieu radioactif contenant de la 3H-thymidine de forte radioactivité. Les cellules
sont immédiatement fixées, l’ADN est extrait et étalé sur une lame de microscope. La
radioactivité est révélée et donne l’image suivante :

Pr. Barguigua Abouddihaj 3

Travaux dirigés de Biologie Moléculaire FP-Beni Mellal, SVI-S5

Figure 4
1. Quelle caractéristique de la réplication peut-on tirer de cette image ?
2. Dessinez schématiquement l’ADN du génome bactérien en indiquant
 Le brin matrice et le brin néosynthétisé ainsi que leur orientation
 La localisation de la radioactivité
 La position de l’origine de réplication
3. Quelle est la vitesse de réplication en µm/min ?
4. Déterminez le temps depuis le début de la réplication jusqu’à la fixation des cellules ?
5. Si après les 3,5 premières minutes de marquage en présence de 3H-thymidine, on remet
les bactéries dans un milieu non radioactif pendant 5min, quelle image auto-
radiographique obtiendra-t-on ?
On poursuit l’expérience de l’exercice 3 pendant 50 min avec de la 3H-thymidine. L’image
autoradiographique observée est la suivante :

Figure 5
1. Représentez schématiquement le génome bactérien de manière à expliquer le résultat
observé. Situez l’origine de réplication.
2. Pourquoi le segment aed est-il marqué ?

Pr. Barguigua Abouddihaj 4

Travaux dirigés de Biologie Moléculaire FP-Beni Mellal, SVI-S5

3. Pourquoi le segment add est-il plus marqué que le segment acd ?

4. Sachant qu’il y 4 10-15g d’ADN par cellule bactérienne et qu’une portion de double
hélice longue de 10-10m a une masse molaire de 200Dalton, quelle est la longueur du
génome bactérien ? (N=6 1023).
5. On a déterminé que dans les conditions expérimentales choisies, la vitesse de migration
d’une fourche de réplication est d’environ 20µm/min. Quelle est la durée du cycle de
réplication du génome bactérien ? ce résultat est-il en accord avec les données
théoriques sur le temps de génération de la bactérie ?

Exercice 4 :
Le chromosome d’Escherichia coli mesure 1,5 mm et se réplique en 20 min. Quelle est la
vitesse d’incorporation des dNTP par l’ADN polymérase III (en désoxyribonucléotides par
seconde)? Vous prendrez h= 10 paires de bases par tour d'hélice. Justifier le calcul
NB : Le pas de la double hélice B est de 3,4 nm

Pr. Barguigua Abouddihaj 5