Le "dogme génétique"

L’information génétique de
l’ADN aux protéines suit
une voie à sens unique : Réplication Gène
ADN
- Dans la réplication,
l’information passe de Transcription

l’ADN à d’autres
molécules d’ADN. ARN "intermédiaire"

- Dans la transcription, Traduction

l’information passe de
l’ADN à l’ARN. Fonction
Protéine
- Dans la traduction,
l’information passe de
l’ARN aux protéines.
 REPLICATION
Le mécanisme de réplication se fait selon un principe semi-conservatif et assure
une fidèle duplication de l’information génétique: chaque brin d’ADN sert de
matrice pour la synthèse d’un nouveau fragment, ce qui permet d’aboutir à deux
molécules d’ADN identiques à la molécule initiale.
Expérience Meselson & Stahl
REPLICATION
Cycle cellulaire et mitose
Au cours du cycle
cellulaire La réplication
Anaphase
permet, de former, à Télophase Deux cellules filles
partir d’une molécule génétiquement identiques à la
cellule mère
d’ADN, deux molécules
d’ADN identiques. Ce G1
mécanisme explique Métaphase
comment l’information
génétique est conservée G C

dans toutes les cellules T A

S
de l’organisme, Prophase
G
lesquelles vont G2
A
T
permettre la Deux molécules C
transmission de cette d’ADN identiques
Brins parentaux
information à la "modèles"
Portion d’une
molécule d’ADN
descendance (c’est Nouveaux brins
l’hérédité). complémentaires
La réplication est à 1 chromosome à 1
l’origine de la 1 chromosome à 2
chromatide
permanence des chromatides Réplication semi-conservative
Dr. DAHMANI D.I
propriétés globales de
REPLICATION
Les éléments nécessaire pour la réplication
 Une matrice d’ADN constituée par un brin parental:
Chacun des deux brin va servir de modèle et constitue « la matrice »
(Template).
 La présence de nucléotides:
Sous forme des nucléosidestriphosphatesdATP, dTTP, dCTP et dGTP. Ces
dernier apporteront en plus l’énergie nécessaire à la réaction.
 La présence de nombreux enzymes:
• ADN polymérases
• Hélicases
• Primases
- Plusieurs protéines dont SSBP (protection des régions monocatenaires)
- Topoisomérases (gyrases)
 La présence de certains ions: (cations bivalents: Mg2+)
Qui est indispensable à la synthèse d’ADN car c’est un catalyseur et il
influence la productivité
REPLICATION

Notion de réplicon
L’unité d’ADN où se produit la réplication est appelée
le réplicon. Ce réplicon a une origine où est initiée la
réplication et une terminaison où est arrêtée la
réplication.
REPLICATION
La réplication chez les procaryotes
L’ADN bactérien constitue à lui seul un réplicon.

Une protéine reconnaît une séquence

particulière de l'ADN (origine), s'y s'attache et
le sépare en deux brins formant ainsi un oeil
de réplication.
La réplication se produit à partir de là jusqu'à
ce que toute la molécule ait été recopiée.
 1 seule origine par chromosome : ori C

 réplication bidirectionnelle
 réplication rapide (≈ 1000 bases/s
REPLICATION

Les hélicases coupent et déroulent de courts segments d’ADN pour créer les fourches
de réplications.
Les protéines fixatrices (single-stranded binding proteins) se lient aux brins exposées et
les gardent séparés en bloquant la formation des liaisons hydrogènes.

Fourche Fourche

Hélicase Hélicase
REPLICATION
ADN polymérase ne peut pas construire le nouveau brin sans un point de départ. Une enzyme
s’appelle primase synthétise une amorce de 10 à 60 paires de nucléotides d’ARN avec une
séquence de bases complémentaire à la matrice d’ADN.

ADN polymérase Nucléotide

ADN polymérase utilise les brins parents comme

matrice et commence à ajouter un nucléotide à la fois
pour créer un nouveau brin complémentaire du brin
existent.
REPLICATION

Synthèse discontinu :
Synthèse continu :
L’autre brin est aussi
Dans le sens 5’ à 3, un construit dans le sens 5’
nouveau brin est à 3’, mais dans la
construit sans direction opposée.
interruption. Ce brin est formé en
Sur ce brin, l’élongation petits fragments (1000 à
suit le déplacement de la 2000 pb) nommés les
fourche de réplication. fragments d’Okasaki.
Ce brin est le brin et synthétisé plus
principal lentement que le brin
(brin précoce). principale alors on dit
qu’il est le brin
secondaire ( ou tardif).
REPLICATION
L’ADN polymérase I remplace ensuite
l’amorce d’ARN par de l’ADN.
L’ensemble des fragments d’ADN sur le brin
retardé sont associés par une enzyme qui
rétablit la liaison phosphodiester: l’ADN
ligase.

 La phase de vérification et correction

De nombreuses erreurs d'appariement se
produisent lors de la réplication de l’ADN : 1
erreur par 100 000 paires de bases.

l’ADN polymérase III possède une

activité exonucléase 3’ → 5’ lui permettant
d'assurer la correction des ces erreurs par
excision des désoxyribonucléotides
incorrects.
Les enzymes et protéines impliqués dans la réplication (Procaryotes)

Les hélicases déroulent l’ADN (1)

3’
Des protéines stabilisent les
deux brins déroulés (2) 5’

5’ 3’
L’ADN ligase soude
L’ADN polymérase III les fragments (7)
allonge les brins (5)
5’
Une amorce 3’
d'ARN est
synthétisée au
L’ADN polymérase I
début de chaque
L'amorce est produite par l'ARN remplace les amorces
nouveau brin (3)
primase (4) d'ARN par de l'ADN (6)
 La réplication chez les eucaryotes

• Le mécanisme général est ≈ de celui des

procaryotes

• Présence de nombreuses régions (20 à 30 000 chez

l ’homme) capable de fixer le complexe de
reconnaissance de l’origine (ORC) et définissant
des unités de réplication d ’≈ 100 à 200 kpb: les
réplicons.
la transcription ADN ARN
C’est la synthèse d’ARN à partir de l’information contenue dans l’ADN génomique par
une enzyme particulière : l’ARN polymérase ADN dépendante.
L’unité de transcription est le segment d’ADN compris entre le site de début de la
transcription situé après le promoteur (désigné par le nucléotide « +1 ») ou site
d’initiation et le site de fin de transcription ou terminaison.

La synthèse (d'ARN) se fait de 5'->3',

TRANSCRIPTION

Le promoteur
• Le promoteur est une séquence d’une centaine de nucléotides située dans la région
régulatrice et désignant le début de la transcription. Il est situé en amont du site
d’initiation et porte des éléments de la séquence reconnue par l’ARN-polymérase et
déterminant le sens de la transcription.
Le promoteur est constitué de courtes séquences conservées. Ces séquences d’ADN sont
appelées boîtes (box) :
• La boîte TATA : située à environ -25 paires de bases de l’origine de la transcription.
C’est une séquence de six nucléotides riches en A et T. La séquence dite consensus
(statistiquement la plus rencontrée) est TATAAA.
• La boîte GC : située le plus souvent dans la région entre -110 et -40. Elle peut se
présenter sous forme d’hexanucléotides : 5’-GGGCGG-3’. La boîte peut être répétée
plusieurs fois.
• La boîte CCAAT : souvent située dans la région entre -120 et -80. Cette boîte peut être
située avant ou après une boîte GC ou même entre deux boîtes GC.
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES

-L’enzyme de la transcription (ARN polymérase) est une

holoenzyme Sous unité Fonction

se charge de la fixation de
β
nucléosides tri-phosphates

β' se charge de la fixation de la matrice

reconnaissance probable des

α
promoteurs

σ reconnait les promoteurs "forts"

TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES

Initiation:
- Liaison non spécifique de l’holoenzyme.
formation d’un complexe fermé au niveau
du promoteur
- Mise en place du premier nucléotide (très
souvent A ou G) et allongement de 4 à 5
nucléotides
Détachement du facteur sigma,
ARN polymérase
Elongation
déplacement de la bulle de transcription le
long de la molécule d’ADN et formant une
hélice hybride ADN-ARN sur une dizaine de
paires de bases.

Terminaison
La terminaison se fait lorsque l’enzyme arrive
au niveau d’une séquence spécifique appelée
terminateur.
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

Trois ARN-polymérases eucaryotes différents:

 Processus de la synthèse des ARNm

L’ARN-polymérase II s’associe avec des TFII (Transcription Factor II):
• TFII D spécifique à la TATA box lorsqu’elle existe.
• TFII A et TFII B interagissant avec l’ADN en amont de la TATA et en aval de la TATA box
au niveau du site d’initiation. TFII F agit lors de l’élongation.
• TFII H possède une activité hélicase et une activité de réparation de l’ADN
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

Synthèse de l’ARNm (ARN polyII)

Initiation
Le Poly II se fixe sur le promoteur. Un facteur TFIID (reconnaissance de TATAAT
par la PolyII) se fixe sur la boite TATAAT après la reconnaissance du promoteur, un deuxième facteur
TFIIB s’attache à la polymérase et se fixe sur l’ADN. Un troisième facteur TFIIE se fixe à son tour pour
former un complexe d’initiation.

Elongation
La transcription commence dès que la chaîne est ouverte. Une seconde après le début
d’élongation 30 nucléotides différents sont assemblées. Une protéine appelée
coiffe (guanoside: un groupe méthyle (CH3) est liée sur le premier nucléotide de l’extrémité 5’.
Le processus d’ajout des nucléotides continue à raison de 30 à 50 nucléotides par seconde.

Terminaison
Le TFIIS serait le facteur de terminaison, elle se caractérise par la libération de l’ARN brut.
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES PROCARYOTES

Maturation du transcrit des Eucaryotes

Le transcrit primaire des Eucaryotes subit des
transformations avant sa traduction : ajout d’une coiffe,
ajout d’une queue et coupures des introns.
Modification des extrémités du transcrit Rôles des extrémités
Ajout d’une coiffe de guanosine méthylée (— CH3) modifiées
à l’extrémité 5’ .
• Aident la fixation de l’ARNm
Mise en place rapide, avant même la fin de la
à un ribosome dans le
transcription.
cytoplasme.
• Facilitent le transport de
Ajout d’une queue poly-A à l’extrémité 3’ (de l'ARNm mature vers
50 à 250 nucléotides d’adénine). l’extérieur du noyau.
Dès la fin de la transcription, avant même • protégent l'ARNm de la
que l’ARN ne quitte le noyau. dégradation enzymatique.
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

Coupure des introns du transcrit «épissage»

Le transcrit contient des sections non codantes (les introns)
et des sections codantes (les exons). L'épissage consiste à
enlever les introns puis à recoller les exons. Les introns
restent à l'intérieur du noyau puis sont dégradés.

La longueur moyenne du transcrit est d’environ 8000

nucléotides. Après l’épissage, il mesure environ 1200
nucléotides ce qui suffira à coder une protéine de taille
moyenne de 400 acides aminés.
TRANSCRIPTION
TRANSCRIPTION CHEZ LES EUCARYOTES

La maturation
 Bactérie (cellule procaryote) Cellule eucaryote
ADN
ADN
Transcription Transcription
MaturationNoyau ARNpm
ARNm
Traduction
Cytoplasme ARNm
Traduction

Chaîne Chaîne
Ribosome Ribosome
polypeptidique polypeptidique
• La transcription et la traduction se produisent l'une après l'autre
• La transcription et la traduction se produisent
dans le compartiment du noyau puis dans le compartiment du
quasi simultanément dans le compartiment de
cytoplasme.
la zone nucléoïde.
• La transcription produit un ARNm immature « transcrit primaire —
• La transcription produit un ARNm mature,
ARNpm » qui doit subir des transformations pour devenir un ARNm.
traduit immédiatement en chaîne
• L’ARNm passe ensuite du compartiment du noyau vers le
polypeptidique «dans les ribosomes de la
compartiment du cytoplasme afin d’être traduit en chaîne
zone nucléoïde».
polypeptidique «dans les ribosomes». Tous les types d'ARN sont
• Processus très très rapide.
d’abord des «transcrits primaires». Processus beaucoup plus long.
TRADUCTION
Le processus de la traduction et la synthèse des protéines

ARNm Protéine

La traduction est la lecture d'un ARNm qui se traduit par la synthèse des protéines.

ARNm «ARN mature»

M7•G 5’UTR CD Codons CA 3’UTR

AAA…

AUGCUUCAGAGGCUGUAA
La traduction de l’ARN
messager produit un
polypeptide. Le
polypeptide reflète ainsi Signal de fin
l’ARNm ! (L’ARNm reflète, de traduction
quant à lui, le brin codant
de l’ADN.)
Met— Leu— Gln— Arg— Leu
TRADUCTION
Les composants moléculaires de la traduction

1. Le brin d'ARN messager (mâture). Contient les codons qui

déterminent la liste des acides aminés de la chaîne
polypeptidique.
2. Des acides aminés. De nombreux exemplaires des 20
types d'acides aminés (a.a.) sont présents dans le cytosol.
La plupart proviennent des voies anaboliques mais huit
d’entre eux doivent absolument être absorbés dans la
nourriture car le corps ne peut les fabriquer.
3. Des ARN de transfert (ARNt). Acheminent les acides
aminés du cytosol vers le ribosome.
4. Un ribosome. Contient l’ARNr (ribosomique) et les
protéines enzymatiques nécessaires à la polymérisation
(ou union) d’acides aminés en polypeptide.
TRADUCTION
Résumé de la traduction

1. La molécule d'ARN messager se fixe à un ribosome.

2. L'ARNm traverse le ribosome, codon par codon.
3. Chaque fois qu'un codon est lu par le ribosome, une molécule d'ARN
de transfert spécifique (ARNt) apporte un acide aminé spécifique —
via son anticodon(1) et via des liaisons H — en respectant les règles de
complémentarité A/U et G/C
4. Chaque dépôt d'acide aminé dans le ribosome est suivi de son union
avec la chaîne polypeptidique en formation, via une liaison
peptidique.
5. Quand tous les codons ARNm ont été lus, la chaîne est terminée.
Pour déterminer l’acide aminé apporté par un ARNt, il faut utiliser le
dictionnaire du code génétique. Ainsi, l'ARNt ayant l'anticodon AAA
porte la phénylalanine car le dictionnaire nous dit que le codon
appariable avec cet anticodon « UUU» code pour cet acide aminé.
(1) Anticodon : triplet de nucléotides ARNt complémentaire à un codon ARNm
TRADUCTION Le dictionnaire du code génétique
(64 codons et leurs acides aminés)

61 codons
codent un 3 codons
acide aminé ne codent
pas
d’acides
aminés et
servent
de codons
1 codon d’arrêt
code la
méthionine et
sert de codon Campbell
de départ (3eéd.) —
Figure 17.5 :
342
TRADUCTION
Polypeptide en formation

Acides ARNt
aminés
LP

Ribosome
3’
Anticodon
5’

ARNm
5’
3’

LP : Lien peptidique Codon

 La PCR
(polymerase chain reaction)
 Principe de la PCR:
La PCR (Polymerase Chain Reaction) est l’utilisation de l’ADN polymérase
pour une réplication in vitro de séquences spécifiques d’ADN.

La PCR permet d’amplifier une séquence particulière d’ADN à des dizaines

de milliards d’exemplaires,

La puissance d’une PCR : on peut amplifier des séquences nucléotidiques

à partir de quantités infinitésimales d’extrait d’ADN et qui permet d’isoler,
de purifier la ou les séquences qui présentent un intérêt ( gène ou
séquences non codantes (introns, transposons, mini ou microsatellites…).

À partir d’une telle masse de séquences que constitue l’ADN matriciel,

la PCR peut sélectionner une ou plusieurs séquences ciblées et les amplifier
par réplication à des dizaines de milliards de copies.
 L a réaction dela PCR
⚫ Une PCR classique se déroule dans un petit tube lui
même placé dans un thermocycleur.

⚫ les « acteurs » de la PCR sont introduits dans le

même tube. Il s'agit de l'ADN à amplifier, des
oligonucléotides (ou amorces), spécifiques du
segment d'ADN voulu, de la Taq polymérase et enfin
du mélange des quatre désoxyribonucléotides
constitutifs de l'ADN.
⚫ Tous sont ajoutés en large excès par rapport à l'ADN.
⚫ Et le 1er cycle commence avec ses 3 étapes
L’ADN polymérase
L’ADN polymérase permet la réplication.
Elle est purifiée ou clonée à partir d’une bactérie extrêmophile,
Thermus aquaticus, qui vit dans les sources chaudes et résiste à des températures
supérieures à 100°C.
Sa température de confort se situe à 72°C, température
optimum pour son activité de polymérase.

Les amorces
Les amocs sont des oligonucléotides qui sont synthétisés par voie chimique
L’une des amorces est conçue pour reconnaître par complémentarité une
séquence située en amont du brin 5’-3’ du fragment
d’ADN d’intérêt ; l’autre pour reconnaître, toujours
par complémentarité, une séquence située en amont
du brin complémentaire (3’-5’) du même fragment d’ADN.

La taille des amorces est généralement

comprise entre 10 et 30 nucléotides afin de garantir
une hybridation suffisamment spécifique sur les
séquences d’intérêt de l’ADN matriciel.
Le thempcycleur
⚫ Pour effectuer ces transitions de températures, les
microtubes contenant le mélange réactionnel sont
placés dans un appareil programmable : un
thermocycleur.

⚫ Cet appareil permet d’exposer les tubes à des

températures choisies et pour des durées
déterminées par l’expérimentateur. La réaction PCR
est extrêmement rapide et ne dure que quelques
heures (2 à 3 heures pour une PCR de 30 cycles).
 Les étapes de la réaction PCR
▣ Pour avoir réplication d’un ADN double brin, il faut agir en trois
étapes:

(1) Il faut dénaturer l’ADN pour obtenir des matrices simple brin
(2)borner et amorcer la réplication de la séquence à amplifier à
l’aide d’oligonucléotides amorces spécifiques
(3) réaliser la réaction de polymérisation du brin complémentaire.
Schématiquement
 La dénaturation:
⚫ La température est réglée à 95°C.

⚫ A cette température, les liaisons

faibles qui assuraient la cohésion de la
double hélice d'ADN sont rompues
pour donner deux simples brins
d'ADN. Alors l’ADN se dénature
L’hybridation:
⚫ la température est descendue à la température dite
d’hybridation. Cette dernière est généralement comprise
entre 50°C et 60°C et elle est fonction de la composition en
désoxyribonucléotides (dATP, dTTP, dGTP, et dCTP) des
amorces.

⚫ Les amorces reconnaissent et se fixent à leurs séquences

complémentaires en reformant des liaisons hydrogène. On
dit que les amorces s’hybrident au brin d’ADN.
 L’élongation:
⚫ Puis la température est réglée à 72°C, température idéale pour
l’activité de la Taq polymérase.
⚫ Les amorces hybridées à l'ADN servent de point de départ , à la
polymérisation du brin d'ADN complémentaire de l'ADN matrice.
La polymérisation se fait par ajout successif des désoxyribonucléotides
Chaque base ajoutée est complémentaire de la base correspondante du
brin matrice.
⚫ Au cycle suivant, les nouveaux fragments synthétisés servent à leur
tour de matrice pour la synthèse de nouveaux fragments d’ADN.
⚫ En théorie, à la fin de chaque cycle la quantité d’ADN cible est
doublée.
⚫ Le premier cycle est fini et voilà qu’un nouveau cycle recommence.
Cela se reproduira 30 fois (en fonction du protocole de PCR).
⚫ A partir d’une copie d’ADN cible, on pourra donc obtenir 1 milliard
de copie d’ADN cible.
⚫ Les brins longs continuent leur accumulation de façon linéaire car
ils ne sont générés qu'à partir de l'extension des amorces sur l'ADN
initial. Or la quantité d'ADN initial est fixée au départ et n'évolue
pas.
⚫ Par contre, les brins courts apparus à la fin du troisième cycle
s'accumulent de façon exponentielle car chaque brin nouvellement
formé sert de matrice lors du cycle suivant. L'ADN court sera très
largement majoritaire à la fin de la PCR.
Analyse d’une PCR
 Les applications dela PCR
⚫ La PCR est très couramment utilisée dans de nombreux
domaines: Ses champs d'application sont variés :
⚫ Biologie moléculaire:
⚫ Travaux de recherche fondamentale ou de multiples
applications routinières. dans différents cadres pédagogiques
ou biotechnologiques
⚫ Médecine: pour diagnostiquer des maladies génétiques
(myopathie, mucoviscidose, etc), diagnostic de maladies
infectieuses: des infections virales (SIDA, Hépatite C, SRAS,
corona )ou bactériennes (tuberculose) ou parasitaires
(toxoplasmose), mais aussi d'anomalies génétiques :
différentes mutations dans le cancer et autres affections.
⚫ En médecine légale: pour identifier une personne par son
empreinte génétique dans le cadre d’une enquête judicaire,
⚫ pour un test de paternité.
⚫ En agroalimentaire: pour identifier des variétés ou des espèces
végétales et animales, pour sélectionner de nouvelles variétés de
fruits et légumes,
⚫ pour le contrôle de la qualité des produits agroalimentaires, détecter
la présence d’OGM (Organisme génétiquement modifié) dans un
aliment par exemple.

⚫ En histoire: pour des études phylogénétiques sur des squelettes

fossiles (ADN fossile), rechercher les liens de parenté entre les
individus.
⚫ pour l’étude des migrations des populations humaines et animales