ADN, ARN & Protéines

5GT SB FWB
A.R. d’Esneux
Maître de Stage: Sylvie Bossrez
Stagiaire: Pierre LECOCQ

Important!

Les leçons seront publiées intégralement APRES avoir été données, sur le site WEB et lien
suivant:
http://ngyx.eu/homepage/AESS/PrepasStages/Biologie/ar_esneux_jan2015/index.html

Vous avez donc tout intérêt même si le support sera fourni, à être attentif et prendre des
notes dès maintenant… 1
 E
L’ADN ??? (1/2)
• Révision des acquis…
• En savoir un petit peu plus…

Watson & Crick. Premier modèle de l’ADN. Cambridge UK 1953!

Une grande échelle enroulée sur elle-même (« double

hélice ») et puis grâce à des protéines super-enroulée et
« compactée » 2
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L’ADN ??? (2/2) C3 ou C5 « libre »

Ponts hydrogènes

« Montants de l ’échelle »
Sucre + Groupe Phosphate (C5) et Hydroxyle (C3)

3
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Organisation de l’ADN (1/5)
1. Gènes et Génome.
« Tu as les tâches de rousseur de ta mère et les yeux bleus de ton père ! »
Les enfants héritent de caractères de leurs parents. Des informations sont
transmises d’une génération à la suivante via l’ADN.
Un gène est un fragment d’ADN qui constitue une unité héréditaire.
Les dizaines de milliers de gènes que nous recevons de nos parents
constituent notre génome = l’ensemble des molécules d’ADN (46 molécules
chez l’homme).
Attention: Gène ≠ Caractère = Propriété transmise héréditairement (variable
ou non d’un individu à l’autre). Cette propriété peut requérir plusieurs gènes.
Pour rappel: l’ADN est une succession, un enchainement de Nucléotides,
plus spécifiquement 4 et seulement 4 types de nucléotides (bases azotées):
Adénine, Guanine, Cytosine et Thymine. (rappel: structure double brin)
Donc l’information héréditaire contenue dans les gènes / le génome est
présente sous forme d’un langage codé= 5’ ACGTCGATGCAGC… 3’ (séquence
d’ADN) propre à chaque gène.
Les gènes vont donc être décodés (via l’ARN) pour programmer les cellules,
programmation qui résulte dans la plupart des cas de la synthèse de
protéines, d’enzymes dont l’effet cumulatif produit les caractères
héréditaires.
2. Chromatine et Chromosomes.
L’ADN contenant nos gènes est principalement localisé à l’intérieur du noyau,
associé à des protéines diverses (2 catégories: Histones et Non-Histones)
formant une matière fibreuse et plus ou moins diffuse appelée chromatine .

Figures 1 & 2 4
 E
Organisation de l’ADN (2/5)
2. Chromatine et Chromosomes (suite)
On distingue l’Hétérochromatine relativement dense de l’Euchromatine plus
diffuse généralement associée à une grande activité des gènes.
Et lorsque la cellule se prépare à se diviser pour se reproduire les minces
fibres de chromatine se condensent, s’épaississent pour former des
structures distinctes: les chromosomes.
Les chromosomes sont donc constitués d’ADN et de protéines. Chaque
espèce possède un nombre précis de chromosomes, nombre qui est propre à
l’espèce (Homme: 23 paires de chromosomes soit 46 chromosomes).
Chaque chromosome contient des centaines, des milliers de gènes situés en
des points bien précis de la molécule d’ADN.
Chaque chromosome est constitué de deux brins (les chromatides sœurs)
liés en un point appelé le centromère (voir figure 3 ci-dessous). Les
chromosomes à l’état condensé ne sont pas longs par rapport à la quantité
d’ADN qu’ils contiennent: déroulé l’ADN d’une chromatide mesurerait 6-8
cm, soit des milliers de fois plus grand que la taille du noyau. La molécule
d’ADN est donc enroulée de manière très complexe.
Figure 3

(Campbell & Reece 2nd Edition) 5

 E
Organisation de l’ADN (3/5)
2. Chromatine et Chromosomes (suite)
La figure 4 ci-dessous représente très schématiquement la complexité de cet
enroulement de la molécule d’ADN combinée à diverses protéines.

Figure 4
La figure 5 page suivante représente (schémas; partie de gauche) et montre
(photos au microscope électronique; partie de droite;) en détails les 4
niveaux d’enroulements/associations avec des protéines conduisant a cet
état d’extrême condensation de l’ADN.
6
 E
Organisation de l’ADN (4/5)
2. Chromatine et Chromosomes (suite)

Figure 5
(Campbell & Reece 2nd Edition) 7
 E
Organisation de l’ADN (5/5)
3. Le caryotype.
Le caryotype est l'arrangement standard de l'ensemble des chromosomes d'une cellule,
à partir d'une prise de vue microscopique. Les chromosomes sont photographiés et
disposés selon un format standard : par paire et classés par taille, et par position
du centromère. On réalise des caryotypes dans le but de détecter des aberrations
chromosomiques (telles que la trisomie 21) ou d'identifier certains aspects
du génome de l'individu, comme le sexe (XX ou XY; figure 6 ci-dessous).
Figure 6

(www.assistancescolaire.com)

Les chromosomes qui forment une paire sont dits

chromosomes homologues. Ils portent les gènes qui
déterminent les mêmes caractères héréditaires. Dans les
cellules somatiques (non sexuelles) comme on le constate
dans la figure 6, il y a cependant une exception: Les
chromosomes X et Y qui vont déterminer le sexe de
l’individu.
Notons que les cellules reproductrices (gamètes;
spermatozoïdes ou ovules) ne comportent qu’un seul des Un caryotype (humain)
2 chromosomes homologues de chaque paire. C’est donc colorés à l’aide de « sondes
le spermatozoïde parental qui selon qu’il possèdera le spécifiques »
chromosome X ou le chromosome Y déterminera le sexe
de l’enfant. 8
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Réplication de l’ADN (1/2)
La réplication est le processus au cours duquel l'ADN est synthétisé grâce à
l'ADN polymérase. Ce mécanisme permet d'obtenir, à partir d'une molécule
d'ADN, deux molécules identiques à la molécule initiale. Puisque les deux
chaînes de l'ADN parental se séparent et que deux nouvelles molécules sont
formées, on qualifie ce processus de semi-conservateur.

L'ADN a l'importante propriété de pouvoir être reproduit à l'identique, ce

qui permet à l'information génétique de se transmettre d'une cellule mère
aux cellules filles lors de la division cellulaire. La molécule d'ADN s'ouvre
comme une fermeture éclair (ou tirette — par rupture des liaisons
hydrogènes entre bases appariées de liaisons faibles) libérant deux brins
complémentaires. Chaque brin solitaire catalyse alors la synthèse de sa
moitié manquante, intégrant, selon la règle de complémentarité des bases,
des nucléotides qui sont dispersés dans le noyau. Ainsi, chaque nouvelle
molécule est identique à la molécule d'ADN initiale.

La figure 1 ci-dessous schématise brièvement ce processus.

Figure 1. Source(s): http://fr.wikipedia.org/wiki/R%C3%A9plication_de_l%27ADN

9
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Réplication de l’ADN (2/2)
La figure 2 ci-dessous décrit de manière plus détaillée le processus de réplication.

En effet la réplication va commencer à des endroits précis : les origines de réplication. Des protéines,
les facteurs d'initiation de la réplication vont reconnaître ces endroits. Le rôle de ces facteurs
d'initiation est de faciliter la fixation d'autres protéines qui elles aussi vont se fixer à ces origines de
réplication. Ces protéines permettent l'ouverture des deux brins de l'ADN et ainsi "faire apparaître" des
fourches de réplication. Un grand nombre de protéines interviennent dans le mécanisme moléculaire
très complexe de la réplication de l’ADN. Cet ensemble forme le complexe enzymatique de
réplication.

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 E
Protéines ??? (1/8)

Plus le génome est grand (nombre de nucléotides; le nombre de chromosomes ou la

longueur du génome n’étant que partiellement liés), plus il contient d’information
génétique (des gènes). Ceci n’est toutefois pas strictement proportionnel car
l’information génétique peut-être plus ou moins dispersée dans l’ADN.
Le nombre de gènes est en relation plus ou moins directe avec le nombre de protéines
et le stade évolutif est directement lié au à la complexité du génome (gènes/protéines)
Attention! Ceci est une « vision approximative globale »… 11
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Protéines ??? (2b1/8)
Les hormones végétales ou
phytohormones sont impliquées à tous les
stades de la vie d'une plante depuis la
Eau pollinisation provoquant la fécondation et
Sels le développement de l'embryon zygotique,
Sucres tout au long du développement de celui-ci
en plante adulte jusqu'au contrôle de la
floraison, de la fructification et de la
sénescence. Les auxines (phytohormones)
sont produites par les plantes au niveau de
Eau leurs extrémités terminales. L’expérience
Sels suivante a été réalisée sur de jeunes
Sucres plantes en « dopant » certaines avec des
Auxines Auxines.

Quelles conclusions pourriez-vous en

déduire (héréditairement)?
L’information génétique (ADN) qui conduit la plante à produire des auxines (protéines) va au
final conditionner le développement de la plante (Bourgeonnement ou pas / Nombreuses
Radicules ou pas) . Il y a donc un lien direct entre information génétique et caractéristiques
« phénotypiques/développementales » via les protéines.

D’où la relation:

ADN  Protéines  Caractères

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Protéines ??? (2b2/8)
La drépanocytose (du grec drepanon, faucille), également appelée hémoglobinose S,
sicklémie ou anémie à cellules falciformes, est une maladie héréditaire qui se
caractérise par l'altération de l'hémoglobine, la protéine assurant le transport du
dioxygène dans le sang.

Ci-dessous sont représentés les débuts des gènes codant pour la beta Globine, en bas
figurant l’allèle S conduisant a une anémie « falciforme ». Qu’en déduisez-vous
héréditairement parlant?

Une information génétique différente (ADN; GAG vs.GTG; « mutation ») se répercute au

niveau de la protéine synthétisée et peut avoir un impact « phénotypique » conséquent
(éventuellement « létal »)

Ceci n’est pas « un mal »! Sans ces « erreurs » la chaîne évolutive (et donc au final l’être
humain situé en bout de chaîne) n’existerait pas! La « nature » est surprenante! Elle établit
des règles de fonctionnement très strictes (valables pour tous de la bactérie à l’homme)
mais elle « s’arrange » pour admettre une certaine diversité qui peut le cas échéant assurer
sa continuité.

A méditer!

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 E
Protéines ??? (3/8)
Introduction.
Les protéines (du grec « Prôtos » = « premier ») sont des éléments essentiels
de la vie de la cellule : elles peuvent jouer un rôle structurel (comme
l'actine), un rôle dans la mobilité (comme la myosine), un rôle catalytique (les
enzymes), un rôle de régulation de la compaction de l'ADN (les histones) ou
d'expression des gènes (les facteurs de transcription), etc. En somme,
l'immense majorité des fonctions cellulaires est assurée par des protéines.
L’être humain possède des dizaines de milliers de protéines différentes
chacune ayant une structure relativement complexe et une fonction, un rôle
spécifique. La diversité des protéines assure les différences entre les
individus d’espèce différentes ou d’une même espèce.

Une protéine est une macromolécule biologique composée d’une ou

plusieurs chaînes d'acides aminés liés entre eux par des liaisons peptidiques
(chaine polypeptidique). Elles sont donc comme les glucides et les lipides
composées d’atomes de Carbone, d’Oxygène, d’Hydrogène, d’Azote et parfois
de Souffre. En général, on parle de protéine lorsque la chaîne contient au
moins 50 acides aminés, et de peptide pour des assemblages de plus petite
taille.
Structure des protéines.
Comme nous l’avons déduit de l’analyse de documents / données
expérimentales, la variabilité de la structure des protéines est intimement
liée à celle de l’ADN puisque c’est celui qui porte l’information héréditaire
permettant de créer les protéines. Avant d’aller plus avant dans ce processus
il est donc tout à fait nécessaire de bien comprendre la structure des
protéines.

Les protéines sont constituées un peu

à l’image d’un brin d’ADN, d’une
succession d’acides aminés. 20 acides
aminés différents pour être précis (voir
figure 4 page suivante).
R: groupe alkyle variable au sein
des 20 acides aminés
Figure 2 14
 E
Protéines ??? (4/8)
Structure (suite).
Au sein des protéines les acides aminés sont reliés entre eux par des liaisons
peptidiques (covalentes; figure 3). Les protéines sont donc des polymères
d’acides aminés possédant comme l’ADN une séquence spécifique. Les
protéines vont donc différer par la nature des acides aminés, leur nombre et
l’ordre de ces acides aminés. Ces 3 critères déterminent la forme et la
fonction des protéines (exemple: Insuline humaine figure 5 page suivante).

Extrémité Extrémité
N-terminale C-terminale

Figure 3

Figure 4

Source: New England BioLabs Inc.Catalog

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 E
Protéines ??? (5/8)
Structure (suite).
La figure 5 montre les séquences primaires (succession des acides aminés)
des chaines Alpha et Bêta de l’insuline humaine. Notez l’utilisation du code
International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC; 1970).
(figure 6) pour faciliter cette représentation et la présence de ponts
disulfures (liaisons covalentes) qui lient les 2 peptides entre eux .

Figure 5

Figure 6

Figure 7: Venn Diagram Tentative de

visualiser les propriétés des différents
acides aminés en 2D
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 E
Protéines ??? (6/8)
Structure des protéines (suite).
Remarques Importantes:
• Bien que notre organisme synthétise nos propres protéines il n’est pas capable de
fabriquer tous les acides aminés. Ceux-ci doivent donc être importer à partir des
aliments (poissons, viandes, œufs,…). Les acides aminés sont rendus assimilables
par les cellules de notre corps lors du processus de digestion alimentaire (figure 8 ci-
dessous)
• Chaque cellule même si elle dispose du même matériel génétique (ADN) ne produit
pas toutes les protéines possibles mais suivant sa spécificité uniquement celles qui
sont nécessaires) et dans les quantités requises. Cette variabilité est la
« différenciation cellulaire ».

Figure 8 www.certiferme.com

Structure spatiale (« 3D ») des protéines.

Les protéines assurent de multiples fonctions/rôles. Nombre d’entre eux requièrent des
interactions avec d’autres molécules (exemple: Réplication de l’ADN)qui ne peuvent être
établies que si les protéines adoptent une configuration spatiale adéquate. On distingue
4 niveaux successifs d’organisation pour obtenir la structure spatiale d’une protéine:
• Structure Primaire: Ordre des acides aminés (N-ter vers C-ter par convention)
• Structure Secondaire: La chaine d’acides aminés adopte certaines formes à des
endroits définis par établissement de liaisons (principalement des ponts hydrogène)
intramoléculaire (entre acides aminés d’un même peptide proche ou lointain)
• Structure Tertiaire: D’autres types de liaisons/interactions viennent s’ajouter et
augmenter la complexité pour au final adopter une forme dite compacte ou
globulaire (ou autre…).
• Structure Quaternaire: Celle-ci désigne la formation de liaisons intermoléculaires
(comme pour l’insuline vu précédemment).
La figure 9 page suivante donne un aperçu de ces différents niveaux dans l’organisation
spatiale des protéines. 17
 E
Protéines ??? (7/8)
Structure des protéines (fin).

Figure 9 eric.lacouture.free.fr

Fonctions des protéines.

De manière générale on peut considérer que la forme de la molécule
protéinique conditionne sa fonction biologique. Et ainsi distinguer 2 grands
types de protéines sur base de leurs fonctions.
Les protéines fibreuses ou structurales. Elles soutiennent les tissus,
« donnent du corps » à l’organisme. Exemples: Le collagène, (peau), la
kératine (cheveux, ongles,…)
Les protéines globulaires ou fonctionnelles. Celles-ci ont une « activité »
autre que simplement structurale. Citons quelques exemples (d’autres sont
repris dans la figure 10 page suivante):
• Protéines immunitaires: Les anticorps combattent bactéries, virus, toxines
(en fait tout le « non-soi »).
• Les hormones: Elles régulent le métabolisme et la croissance (insuline et
glucagon secrétées par le pancréas qui régulent le taux de glucose
sanguin)
• Les catalyseurs (enzymes): Ils accélèrent/diminuent la vitesse de réactions
biochimiques (enzymes digestives)
• Les protéines de transport: l’Hémoglobine transportant le dioxygène.

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 E
Protéines ??? (8/8)
Fonctions des protéines (suite et fin).
Figure 10 Campbell & Reece
Soutien

Mise en réserve d’acides aminés

Transport de substances

Régulation hormonale

Réception de substances

Mouvement

Immunité humorale
Catalyse

Voilà pour ce qui en est des protéines, du moins des éléments de base
permettant d’entrevoir leurs structures / fonctions.

Cependant une question devrait vous « brûler les lèvres »:

Comment passe-t-on de l’information génétique (ADN) à la synthèse des
protéines?
Que savons-nous?

• Les protéines déterminent par leurs activités spécifiques les caractères de

chaque cellule et par conséquent de chaque individu (un ensemble de
caractères est dénommé phénotype)
• Les gènes contiennent l’information nécessaire à la synthèse des protéines
• La séquence nucléotidique de l’ADN (nombre, type, ordre) est spécifique à
chaque gène de même que la séquence peptidique (en acides aminés;
nombre, type, ordre) est spécifique à chaque protéine.

QUESTION: Par quel processus l’ADN d’un gène X conduit-il à la synthèse

spécifique d’une protéine Y?

Essayons d’y répondre en examinant les résultats / données de

expérimentales. 19
 E
De l’information génétique (ADN) aux protéines (1/7)

lewebpedagogique.com
On réalise une expérience de traduction in vitro à partir d’extraits cytoplasmiques contenant une source
d’énergie et des acides aminés radioactifs mais dépourvus d’ARN messager et de ribosomes.
On rajoute ensuite de l’ARN messager et/ou des ribosomes aux extraits cytoplasmiques puis on recherche
la présence de protéines radioactives. Les résultats expérimentaux sont présentés dans le tableau ci-
dessous. (ARNm = ARN messager)

En vous basant sur ces résultats expérimentaux que pouvez déduire?

20
 E
De l’information génétique (ADN) aux protéines (2/7)

1. La synthèse des protéines a lieu dans le cytoplasme. Elle est plus

particulièrement localisée au niveau des ribosomes du Réticulum
Endoplasmique Rugueux.

2. Sachant que l’ADN est localisé dans le noyau et d’après les résultats
expérimentaux la transmission du message s’effectue via l’ARNm
(messager)

3. La transmission du message s’effectue selon le même processus

indépendamment des espèces (on dit qu’elle est universelle)
Voyons cela plus en détails

http://www.ac-creteil.fr/svt/Media/Med1S/Autoradiographie/Cel_panc_WEB.htm

Français vs. English

ADN vs. DNA
ARN vs. RNA
ARNm vs. mRNA
Traduction vs. Translation

www.vcbio.science.ru.nl

Avant d’aller plus loin…l’ARNm (les ARN)

Figure 10 Campbell & Reece

21
E
L’ARN ???

ARNt

22
 De l’information génétique (ADN) aux protéines E
(3/7)
Transcription de l’ADN en ARNm.

Ulg, 1-ier BAC Biologie (M. Thiry; 2014)

23
 De l’information génétique (ADN) aux protéines E
(4/7)
Transcription de l’ADN en ARNm (suite)

Direction le Cytoplasme, le RER, les Ribosomes pour la Traduction

Ulg, 1-ier BAC Biologie (M. Thiry; 2014)

24
 De l’information génétique (ADN) aux protéines E
(5/7)
Traduction de l’ARNm en Protéines.

Le processus est identifié!

Mais il reste encore un ou deux éléments à préciser…

Ulg, 1-ier BAC Biologie (M. Thiry; 2014)

25
 De l’information génétique (ADN) aux protéines E
(6/7)
Code Génétique.
International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC; 1970).

Source: New England BioLabs Inc.Catalog

Le code est “universel” = Tous les êtres

vivants suivent les mêmes “processes”
et tous les êtres humains se sont mis
d’accord pour utiliser les mêmes
symboles!

BUT this is not perfect…

Nuc. X = N, U vs. T (RNA vs. DNA) Dash(-

) missing and deletion / Insertion (gap).
AA: Degeneration? Stop (* used)

Last but not least: in 1970 almost no

Computer. So now problems with not 26
AlphaNum Chars!
 E
Résumé: Transcription - Traduction

Source: Campbell 2ème édition p331

27