TUTORAT PASS

Université Paris Cité

*

UE 2
BIOCHIMIE
FICHE DE COURS 8
Réplication et réparation des erreurs associées

ASSOCIATION POUR L'ACCÈS SANTÉ UNIVERSITÉ PARIS CITÉ

A2SUP
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 Réplication et réparation des erreurs associées

PLAN :

I - La réplication de l’ADN
A - Introduction
B - Rappels structure de l’ADN
C - Notions générale
D - Les enzymes impliquées dans la réplication
1) Enzymes impliquées dans le déroulement
2) Enzymes impliquées dans la synthèse du brin complémentaire
E - Les étapes de la réplication
1) Les origines de réplication
2) Élongation : Polymérisation et Maturation
3) Télomères
4) Réassemblage des nucléosomes
F - La réplication est une cible thérapeutique
G - Bilan

II - Réparation des erreurs de réplication l’ADN

A - Définition
B - Impacts d’une erreur de réplication
1) En fonction de la localisation dans le génome
2) En fonction des cellules dans lesquelles elle survient
C - Origine et prise en charge des erreurs de réplication
1) Problème de fidélité́ de l’ADN polymérase
2) Réplication et Fidélité : Edition, relecture (proofreading)
3) Nature et prise en charge des erreurs de réplication non résolues par les POL
D - Conséquences fonctionnelles d’une anomalie de réparation des
mésappariements de l’ADN
E - Le risque mutationnel au niveau de la fourche de réplication

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 I - La réplication de l’ADN

A - Introduction

L’ADN est le support de l’information génétique. Il permet la synthèse de protéines possédant

une structure et une fonction propre. Lors de la mitose, on observe la division d’une cellule mère
en deux cellules filles identiques, c’est-à-dire qu’elles partagent la même information génétique.
Cela nécessite une réplication de l’information génétique stockée dans le noyau (pour les
eucalyptus dont l’Homme) avant la division (phase M) c’est-à-dire durant l’interphase, plus
précisément en phase S.

B - Rappels : Structure de l'ADN

L’ADN est composé de deux chaînes antiparallèles

d’acides nucléiques complémentaires liées par des liaisons
faibles, formant une double hélice : ceci permet sa
dénaturation, c’est-à-dire la séparation des deux brins.
Les liaisons faibles sont des liaisons hydrogènes qui se font
spécifiquement entre deux bases ; ainsi une Guanine
s’apparie avec une Cytosine (3 liaisons hydrogène) et une
Adénine s’apparie avec une Thymine (2 liaisons
hydrogène). Cet appariement spécifique permet
théoriquement de recopier le matériel génétique à
l’identique.
En interphase l’information génétique est stockée
sous la forme de longs filaments de chromatine qui ne se
compactent sous la forme de chromosomes qu’au moment
de la prophase mitotique. Cela est régulé par une
intervention épigénétique sur les histones organisées en
octamères régulièrement espacés : les nucléosomes.

Un chromosome simple brin correspond donc à une molécule de chromatine compactée et donc
à une molécule d’ADN.

C - Généralités sur la réplication

Chaque brin d’ADN sert de matrice à la synthèse

d’un brin complémentaire. À partir d’une unique
molécule bicaténaire initiale, deux molécules
bicaténaires comportant chacune un brin ancien
et un brin nouveau sont formées. La réplication
est alors dite semi- conservative.

Il n’y a pas de dégradation des brins parentaux.

Cette semi-conservation assure le maintien de l’intégrité du génome.

En effet, l’appareil de réplication est imparfait (notamment en cas de stress cellulaire) et des mutations
peuvent apparaître sur le brin néoformé. Pour y pallier, des mécanismes de réparation existent.
Le génome humain diploïde compte 6,5 milliards de paires de bases répliquées à chaque cycle, et
donc autant d’opportunités de se tromper !

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 D - Les enzymes impliquées dans la réplication de l’ADN

L’accès de l’ADN polymérase aux brins matrices nécessite l’intervention de nombreuses enzymes
assurant le déroulement, la dénaturation et la stabilisation des simples brins de manière
linéaire.

Elles interviennent sur 2 niveaux de structure :

- l’enroulement de l’hélice
- le nucléosome
1) Enzymes impliquées dans le déroulement

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 Rôle principal : suppression des contraintes liées à la topographie de la
molécule d’ADN

● Coupure des liaisons phosphodiester (simple ou double brin) en amont

de la fourche de réplication pour éviter le surenroulement lié à la
dénaturation et l’ouverture de l’hélice.
Topoisomérase Ceci permet la progression de la polymérase le long du brin.
● Religation des brins par reformation des liaisons phosphodiester
● Autres mécanismes : transcription, modification de la structure de la
chromatine (condensation/décondensation, ségrégation des chromatides à la
mitose), recombinaison assurant la réparation de l’ADN et son intégrité

Inhibition par immobilisation/ fixation sur l’ADN inhibant ainsi l’étape de

ligation.

● cassures de l’ADN simple et double brins, conduisant à un signal de stress

cellulaire et ainsi à la mort de la cellule (Apoptose cellulaire)

Étant donné ces effets cytotoxiques, cette inhibition est utilisée dans les
traitements anticancéreux et les antibiotiques (inhibiteurs de topoisomérases
bactériennes).

Dénaturation et déroulement de l’ADN ou d’ARN (elles coupent les liaisons

Hélicase hydrogène) en utilisant de l'énergie (activité́ ATPase).

Autres rôles : réparation de l’ADN, transcription et l’épissage de l’ARN pré-

messager

SSBP Fixation de l’ADN simple brin au niveau de la fourche de réplication afin de

(Single strand binding le stabiliser (inhibition de l’hybridation et des systèmes de réparation)
protein)

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 2) Enzymes impliquées dans la synthèse du brin complémentaire

ADN Polymérase :

Suite à la formation de la fourche de réplication,

l’ADN polymérase va fixer une amorce d’ARN
synthétisé par une primase de quelques nucléotides
en 3´ du brin matrice lu de 3’ en 5’ (la matrice n’est pas
exactement à l’extrémité du brin matrice ce qui induit
une perte d’information génétique à chaque division.
Elle va ensuite entamer son activité d'élongation par hybridation de bases libres complémentaires (AT
et CG) pour former un brin néoformé orienté de 5´-3´. Les nucléotides voisins sont reliés par des
liaisons phosphodiesters tandis que les paires de bases sont stabilisées par des liaisons hydrogènes.
La réplication se fait de manière bidirectionnelle entraînant la formation de boucle de réplication.

L’ADN polymérase ne peut aller que de 3’ en 5’et polymérise dans le sens 5’>3’.

Principales ADN polymérase chez les eucaryotes :

Il existe différentes ADN polymérases assurant la réplication et la réparation de l’ADN, qu’il soit
génomique ou mitochondrial. Ces enzymes ont une vitesse d’élongation variant de 10 à 100
nucléotides par seconde. Certaines ont une activité primase et synthétisent des amorces ARN.

ADN Pol α : SU primase permettant d’initier la réplication par la synthèse d’une amorce ARN
NB : Pol α synthétise ensuite un court brin d’ADN avant d’être relayée par Pol δ ou ε

ADN Pol δ et ε : Permettent la réplication du brin continu et discontinu par polymérisation dans le
sens 5’-3’
● Pol δ : Réplication du brin discontinu très fidèle (= peu d’erreurs).
● Pol ε : Synthèse du brin continu très fidèle.

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 E - Étapes clé de la réplication

La réplication se déroule toujours vers l’extérieur de l’origine de réplication, d’où son élargissement
progressif en bulle de réplication.

1) Origines de réplication

Les origines de réplication (OR) sont multiples sur le chromosome. Il s’agit de séquences répétées de
100-200 kbases environ reconnues par des protéines spécifiques. Elles permettent le recrutement de
la machinerie de réplication. Leur répétition permet l’intervention de plusieurs machineries et
accélère donc le processus réplicatif.
La réplication se fait en direction opposée de part et d’autre des OR, donc de manière
bidirectionnelle. Au contraire la polymérisation reste toujours unidirectionnelle dans le sens 5’-3’
Cette élargissement de l’origine de réplication forme une boucle de réplication. La fusion des
boucles induit l’aplanissement des brins.

2) Élongation : Polymérisation et Maturation

Brin continu : orienté 3’- 5’

Initiation et élongation au niveau de

l’extrémité 3’ du brin
La polymérisation (ajout de dNTP) et la
réplication (synthèse du brin
complémentaire) vont dans le même sens
(vers la fourche).
Mécanisme : Fixation de la Pol ε à
l’extrémité́ 3’ grâce à une amorce ARN
avec une extrémité 3´OH libre, synthétisée
par la Pol α. La polymérisation se fait à
partir de la matrice par ajout un à un des
dNTP libres, en présence d’ions Mg²⁺.
La progression de la fourche de réplication est assurée par les complexes protéiques constituant la «
Machinerie de déroulement dénaturation stabilisation » : topoisomérases, hélicases, SSBP.

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Brin discontinu : orienté 5’-3’

Initiation et élongation au niveau de la fourche de réplication

La polymérisation et la réplication vont en sens inverse : la polymérisation se fait de l’extrémité du

brin matrice (3’) vers l’origine de réplication mais la réplication se fait vers l’extérieur. Pour ce faire
la Pol δ doit en permanence revenir en arrière pour fixer les amorces de Pol α synthétisées dans le
sens 5’-3’. Cela forme une structure en boucle qui assure une progression en parallèle du complexe
de polymérisation sur le brin continu et discontinu.

Étape 1 : Les amorces sont prises en charge à leur extrémité

3’ OH libre par la Pol δ qui enclenche la polymérisation
d’un premier fragment d’Okazaki (100-400 pdb).
Stabilisation des brins SSBP pour éviter qu’ils se réassocient
et forment des structures secondaires

Étape 2 : Dissociation de la Pol δ qui se fixe au

niveau d’une amorce ARN en amont pour la
synthèse du fragment suivant. Les fragments
d’Okazaki forment des hétéroduplexes ADN-
ARN le long du brin néoformé. Comme pour le
brin continu, les régions ARN doivent être retirées
pour obtenir un brin uniquement d’ADN.

Étape 3 : Maturation - Suppression de la partie ARN des brins d’Okazaki : Lorsque la Pol δ atteint
une amorce en aval (précédemment fixée) celle-ci va se détacher du brin et être soulevée tel un clapet
par Pol δ. Pour permettre la jonction entre les régions ADN des brins d’Okazaki, l’amorce finit par être
clivée par l’endonucléase FEN1 au niveau de la jonction double-brin d’ADN- simple brin d’ARN.

Étape 4 : Ligation des régions ADN des fragments

d’Okasaki par la DNA ligase 1. (formation d’une
liaison phosphodiester entre un 5’P et un 3’ OH.

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 3) Télomères

Étant donné le fonctionnement de la réplication du brin discontinu, il arrive un stade critique où il

n’est plus possible de fixer une amorce ARN et donc de poursuivre l’élongation.
Cela induirait donc à chaque cycle une perte de quelques nucléotides et donc un raccourcissement
des extrémités de la molécule d’ADN. Pour éviter une perte de l’information génétique, il existe des
séquences spécifiques répétées non codantes : les
télomères.
Il s’agit d’une séquence consensus de 100 à 1000 fois
le motif TTAGGG qui jouent un rôle de protection
du matériel génétique : ils permettent le maintien
de la stabilité des extrémités des chromosomes (ex :
inhibition de la fusion entre chromosome).
Les télomères sont synthétisés par une enzyme
spéciale qui allonge l’ADN télomérique : la
télomérase.

Il s’agit d’un complexe constitué d’une reverse transcriptase et d’un brin d’ARN matrice
(AAUCCC) à partir duquel elle synthétise à répétitions la séquence d’ADN complémentaire.

L’activité télomérase n’est pas effective dans les cellules somatiques, au contraire des cellules
souches embryonnaires et des cellules germinales. Elle est aussi réactivée chez les cellules
tumorales qui prolifèrent indéfiniment.
La conséquence est donc un raccourcissement progressif des télomères et de fait des chromosomes.
Lorsque tout le télomère a été raccourci, la cellule arrête son cycle cellulaire induit son apoptose
pour éviter la transmission de lésions génomiques aux cellules filles : c’est la sénescence. Un
fibroblaste, par exemple, va se diviser 60 fois avant d’entrer en sénescence, et déclencher son
apoptose.

NB : Au fil du temps le processus de sénescence augmente du fait des nombreux cycles cellulaires
effectués au cours de la vie de l’individu. La prédominance de la mort cellulaire sur leur
renouvellement est un élément majeur de la vieillesse.

4) Réassemblage des nucléosomes

La réplication doit être accompagnée d’une duplication du stock d’histones et de protéines, afin
de pouvoir stabiliser les deux doubles brins. La mise en place des nucléosomes met en jeu le
recyclage des éléments constitutifs existants ainsi que la synthèse de novo. La réassociation entre
ces éléments est aléatoire (on peut donc observer des combinaisons de protéines nouvellement
synthétisées et de protéines héritées de la cellule mère).

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 F- La réplication est une cible thérapeutique
Dans certains cas, il est intéressant d’inhiber la réplication de l’ADN. On peut citer par exemple le
cancer (pour empêcher la tumeur de proliférer), les infections bactériennes (pour éviter que les
bactéries ne se multiplient) et les maladies auto-immunes (en empêchant les cellules immunitaires
de proliférer, on peut décroître l’ampleur de la maladie).
Plusieurs techniques sont utilisées :
● Inhibiteurs de la polymérase
● Analogues de nucléotides (inhibition compétitive empêchant l’élongation de la molécule
d’ADN)
ex : antimétabolites, ddNTP dont l’absence de 3’OH empêche la formation d’une liaison
phosphodiester (cf. séquençage Sanger)
● Inhibiteurs de la synthèse des nucléotides
● Inhibiteurs de topo-isomérases responsables de cassures simple ou double-brin
● Agents alkylants : causent des pontages covalents de brins et donc empêchent la réplication

G - Bilan
La réplication de l’ADN est semi-conservative et sa synthèse est orientée dans le sens 5’-3’.

L’origine de réplication est spécifique et permet de recruter les enzymes nécessaires à la réplication.
Chez les eucaryotes il existe de nombreuses OR.

La réplication implique la mise en jeu de diverses enzymes et complexes protéiques :

● Polymérases
● Hélicases
● Topoisomérases
● Ligases
● Protéines de stabilisation de l’ADN simple Brin (SSBP)

Le processus comprend différentes étapes : Initiation/Élongation/Terminaison (maturation).

Les extrémités des chromosomes sont protégées par les télomères.

Les protéines point de contrôle du cycle cellulaire, régulent la réplication : l’activation des OR est
régulée par les cyclines et les « cyclin-dependent protein kinases » (voir cours de Bio Cell)

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 II - Réparation des erreurs de réplication de l’ADN

A - Définition
La réparation de l’ADN est l’ensemble des processus biochimiques qui identifie, signale et corrige
les anomalies moléculaires de l’ADN.

B - Impacts d’une erreur de réplication

1) En fonction de la localisation dans le génome

● Région non codante et non régulatrice : pas de conséquences.
● Région codante : changement de la séquence du gène (ce qui peut avoir des répercussions
phénotypiques). L’ADN altéré induit un ARN altéré et donc une protéine altérée avec de
potentielles conséquences fonctionnelles évolutives (neutres, positives,
délétères/pathologiques).
● Région non codante et régulatrice : modification de l’expression du gène.

2) En fonction des cellules dans lesquelles elle survient

● Mutations somatiques : Mutation transmise à toute les générations de la lignée cellulaire issue
de la cellule mutée au cours des mitoses successives. La transmission ne se fait qu’au sein de
l’individu mais pas à la descendance. Par exemple, les tumeurs résultent de mutations
somatiques (généralement en raison d’un agent exogène mais souvent associé à une
prédisposition génétique (= un allèle muté)).
● Germinales : Mutation atteignant une cellule reproductrice et que l’on va donc retrouver chez
la descendance de l’individu : toutes les cellules de l’organisme du descendant seront
affectées.

C - Origine et prise en charge des erreurs de réplication

1) Problème de fidélité́ de l’ADN polymérase

Les ADN polymérases ont une fidélité variable, responsable d’erreurs de réplication :
● Mésappariement : appariement d’une base avec une autre non complémentaire
● Délétion : perte d’information, un ou plusieurs nucléotide(s) est “oublié” par la
polymérase
● Insertion : gain d’information, un ou plusieurs nucléotide(s) est ajouté par la polymérase

Afin de permettre le processus évolutif et donc le maintien de certaines mutations, le système de

réparation est imparfait. Sur un cycle, environ 6,500,000,000 (6,5milliards) de bases sont répliquées ;
on observe cependant seulement 1 mutation sur 10⁹-10¹⁰ bases répliquées, c’est-à-dire environ une
par cycle cellulaire. Cette faible proportion est assurée par la performance du système de réparation.

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2) Réplication et Fidélité : Edition, relecture (proofreading)

Certaines polymérases ont une activité de relecture/édition de la base insérée, ce qui leur permet
d’être beaucoup plus fidèles (1 mutation/10⁹-10¹⁰ bases contre 1/10⁵ pour les polymérases non
équipées de ce système).
C’est le cas des ADN Pol δ, ε et γ : en absence d’erreur d’appariement l’élongation se poursuit mais
si un mésappariement a lieu, la structure de l’hélice est modifiée ; cette anomalie est détectée par la
polymérase, qui va utiliser son activité 3’-5’ exonucléase pour corriger l’erreur en enlevant la base
mésappariée avant de poursuivre la polymérisation.

Remarque : des mutations des ADN Pol δ et ε affectant leur activité de relecture/édition ont été
identifiées. Ces mutations sont associées à une prédisposition au cancer (colon notamment) en raison
d’accumulation de mutations génomiques.

3) Nature et prise en charge des erreurs de réplication non résolues par les POL

Parfois, certaines erreurs échappent à la polymérase, mais il existe un deuxième filet de correction
des erreurs dans la cellule : le système MMR (MisMatch Repair). Celui-ci peut réparer les erreurs
de mésappariement et les petites insertions/délétions (du même nucléotide ou de plusieurs).

Fonctionnement général du système MMR :

Le mésappariement de l’ADN induit une altération structurelle détectée par l’hétérodimère MSH6/2,
qui recrute MLH1. Ceci permet l'activation de l’exonucléase EXO1 5’-3’, qui enlève une partie de la
séquence, qui sera resynthétisée par la Pol δ. La ligase LIG1 termine le processus en reliant la partie
resynthétisée au reste du brin. (connaître le fonctionnement mais pas les noms)

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 D - Conséquences fonctionnelles d’une anomalie de réparation des
mésappariements de l’ADN

Si la mutation n’est pas reconnue et correctement réparée au moment de son apparition, elle peut
se fixer après la réplication. La mutation n’est alors plus reconnue et peut induire une instabilité
génétique mais surtout des erreurs dans la séquence protéique (changement de codon) qui peuvent
altérer sa structure et donc sa fonction. Ci-dessous, on voit que le A a été apparié avec un T lors
de la réplication, ce qui fait qu’il n’y a apparemment pas de problème. Cependant, on a bien eu
une mutation GC>AT, qui est transmise aux cellules filles (voire à la descendance si la mutation
a lieu dans les cellules germinales). Cela induit un changement de codon est donc le passage d’une
Thr (polaire non ionisable) à une Lys (polaire ionisable) qui peut être délétère à la protéine.

NB : Des mutations constitutionnelles (présentes dans toutes les cellules de l’organisme car issues
des cellules germinales parentales) d’un des gènes codant pour les protéines du système MMR
(MSH2-6, MLH1, …), causent une susceptibilité héréditaire aux mutations somatiques car seule
la polymérase a la capacité de réparation, ce qui augmente le risque de fixation.
Un allèle sain suffit à maintenir le système de réparation, mais une mutation somatique du second
allèle inhibe totalement le système et augmente donc de manière accrue l’exposition au cancer :
c’est un exemple de prédisposition familiale au cancer (colon, estomac, utérus, ovaire).

E - Le risque mutationnel au niveau de la fourche de réplication

La fourche de réplication est une région d’instabilité génétique accrue : en effet, l’ADN y est
dénaturé́ , ce qui expose les bases à des modifications délétères (désamination des cytosines,
exposition à des radiations, cassures…) en cas de dysfonctionnement des systèmes de stabilisation
et réparation.

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 Cette fiche de cours a été réalisé et actualisé par :

Rédacteurs : Lison Guyon (DFASM1, rédactrice en chef des fiches 21-22), Ombeline
Krekounian (DFASP1), Léa Aix (DFGSM3), Gregory PEYRACHE (DFGSM2)

Relecteurs : Lyna Mazni (DFGSM2), Yanis Korchi (DFGSM2)

Un grand merci aux VP Tuto PASS :

Jenifer Eid (DFGSM2) et Solange Pierrot Deseilligny (DFGSM2)

Et enfin un immense merci aux tuteurs et tutrices de la team catécholateam

Ce support est proposé en collaboration avec l'équipe

pédagogique de l'université

Sous la coordination de Thomas Vernimmen (RM EB Biochimie 2022-2023, DFGSM2),

Yanis Korchi (RM GT Biochimie 2022-2023, DFGSM2) et Rose-Rebecca Nassar (RM
LAS Biochimie 2022-2023, DFGSM2)

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