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Zidani A

2. Réplication du génome bactérien

Lorsqu’une cellule se divise pour donner 2 cellules-filles, il faut que l’ADN de ces cellules-
filles soit l’exacte réplique de l’ADN de la cellule-mère, d’où le nom « réplication », ceci afin
que les cellules-filles possèdent le même patrimoine génétique que la cellule-mère.
La réplication permet de transmettre tout le patrimoine génétique, de telle sorte qu’il y ait le
moins d’erreurs possibles. Ce système est très important afin d’éviter les lignées de cellules
mutées. Le mécanisme général est le suivant : C’est un mécanisme semi-conservateur, c’est à
dire qu’il y a toujours un brin parental et un brin néosynthétisé.

Figure 10. Le mécanisme semi-conservateur de la réplication.

2.1. Outils moléculaires de la réplication

 Les ADN polymérases : sont les enzymes fondamentales à la réplication l’addition des
nucléotides lors de la réplication de l’ADN. Toutes les polymérases connues
synthétisent de l’ADN dans le sens 5’ 3’ mais sont incapables de le synthétiser de novo :
elles ne peuvent ajouter un nucléotide qu’à un groupement 3’-OH préexistant.
L'ADN polymérase fut isolée en 1958 par Kornberg chez la bactérie E.Coli et par Bollum dans
le foie de rat.
Elles sont de 3 types (I, II et III) pour les procaryotes avec des fonctions bien sécifiques.
Chez les procaryotes, l’ADN polymérase I élimine l’amorce d’ARN grâce à une activité
exonucléase et la remplace par de l’ADN, l’ADN polymérase II est impliquée dans la
réparation de l’ADN, et l’ADN polymérase III catalyse la synthèse de l’ADN de 5’ vers 3’et
prolonge les fragments d’Okazaki.
 Les primases : sont des ARN polymérases capables de synthétiser une amorce de
nucléotides d’ARN avec une séquence de bases complémentaire à la matrice d’ADN.
 Les protéines DnaA, DnaB et DnaC : ouvrent la double hélice.
 Les hélicases: déroulent la double hélice par rupture des liaisons hydrogène avec
consommation d’ATP. Ellescoupent et déroulent de courts segments d’ADN juste avant
chaque fourche de réplication.
 Les protéines de liaison au single brin SSB (Single Strand Binding) : stabilisent la
conformation ouverte de la double hélice en bloquant la formation des liaisons
hydrogènes. De plus, elles empêchent qu’une chaîne se replie sur elle-même en formant
une boucle.
 Les topoisomérases : suppriment les supereneroulement en amont de la fourche de
réplication et relâchent les tensions en présence d’ATP. Il existe 2 types (I et II). Seule
la topoisomérase de type II consomme de l’ATP ; la topoisomérase II d’E. coli s’appelle
l’ADN gyrase.
 Les ADN ligases : catalysent la formation de la liaison phosphodiester. Elles ligaturent
les fragments d’Okazaki. L’ADN ligase a besoin d’ATP.

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2.2. Etapes de la réplication procaryote

Le processus de réplication comprend 3 étapes principales :

2.2.1. Initiation

La réplication débute au niveau d’un oeil de réplication (Figure 11) situé au niveau d’un site
appelé origine de réplication (OriC) correspondant à une séquence de 245 pb. L’ouverture se
fera grâce à une protéine, la Dna A dont le taux augmente lors de la réplication.
L’initiation se poursuit par la synthèse d’une amorce d’ARN.
Remarque : Il faut bien comprendre que la Dna A n’agit qu’au niveau de l’origine de
réplication et qu’ensuite, ce sont les autres protéines qui prennent le relais.
La Dna B est une hélicase qui utilise 1 ATP pour ouvrir chaque tour d’hélice.

Figure 11. Fourche de réplication / Œil de réplication.

2.2.2. Elongation

Formation du réplisome constitué de l’ADN polymérase et l’hélicase. L'ADN polymérase III

a besoin d'une amorce pour fonctionner, parce qu'elle ne commence à synthétiser que par une
extrémité 3'OH Libre. Et c'est l'amorce ARN qui va fournir cette extrémité libre.
La synthèse des nouveaux brins d’ADN est réalisée par l’ADN polymérase III.
L’ADN polymérase III se déplace de façon continue le long de la matrice du brin précoce, et
de façon discontinue le long de la matrice du brin tardif. La progression se fait dans les deux
sens (bidirectionnalité). Il y a 2 fourches de réplication qui partent dans les deux sens.

 Le « brin direct ou brin précoce » est le brin complémentaire du brin parental orienté
3’ vers 5’ (le « brin direct » est donc orienté 5’ vers 3’). Il est donc créé de façon
continue, dans le sens 5’ vers 3’ ;

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 le « brin indirect ou brin tardif » est le brin complémentaire du brin parental orienté
5' vers 3’ (le « brin indirect » est donc orienté 3’ vers 5’). Il est créé de façon
discontinue, sous forme de fragments d’Okazaki, dans le sens 3’ vers 5’.
La progression de l’ADN polymérase III sur le brin tardif laisse derrière elle un ensemble de
fragments de 1 000 à 2 000 nucléotides, appelés fragments d’Okazaki. Les amorces d’ARN,
qui leur sont associées, sont éliminées par l’ADN polymérase I.
L’ADN polymérase I assure ensuite la synthèse du fragment d’ADN manquant en utilisant
comme amorce l’extrémité 3’OH du fragment d’Okazaki suivant. La liaison des fragments entre
eux est alors assurée par une ADN ligase.

Figure 12. Amorçage et élongation de la réplication : coopération ADN primase / ADN

polymérases.

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Figure 13. Brin précoce et brin retardé.

2.2.3. Terminaison

Elle correspond à l’arrêt de la réplication lorsque deux fourches de réplication se rencontrent

ou lorsqu’une fourche rencontre un signal de terminaison de la réplication.

3. Altérations et mécanismes de réparation du génome bactérien

Une mutation peut être définie comme étant une altération dans la séquence de bases
nucléotidiques du gène. Une mutation introduit une modification dans l'information génétique,
dans le génotype d'une cellule : elle est transmissible à sa descendance. C’est une modification
héréditaire qui peut engendrer des modifications phénotypiques.
Les mutations se caractérisent par leurs : spontanéité, rareté, discontinuité, stabilité,
spécificité et indépendance. Les mutations peuvent survenir dans des conditions
physiologiques normales ce sont des mutations naturelles ; comme elles peuvent survenir sous
l’influence de facteurs externes (physiques, chimiques……….) on parlera alors de mutations
induites.

3.1. Types de mutations

On distingue trois types de mutations :

(1) Mutations ponctuelles : affectant un ou plusieurs nucléotides comme suivant :

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 Les substitutions : Cela correspond à une mauvaise incorporation de nucléotide sur le

brin fils. Une base est alors remplacée par une autre. On distingue deux types de
mutation par substitution :
- Substitution par transition : base pyrimidique substituée par une base pyrimidique ou base
purique substituée par une base purique.
- Substitution par transversion : base purique substituée par une base pyrimidique ou base
pyrimidique substituée par une base purique.
Une substitution dans un codon peut se traduire par le même acide aminé : on dit qu’elle est
synonyme (dégénérescence du code génétique). Lorsque l’acide aminé est différent : on dit
qu’elle est non-synonyme ou faux-sens. Si l’acide aminé est remplacé par un acide aminé
appartenant à la même famille chimique on parlera de mutation faux sens conservative, par
contre si l’acide aminé est différent on parlera de faux-sens non conservative. Elle sera
d’autant plus délétère pour les fonctions de la protéine que le nouvel acide aminé sera différent
de celui qui aurait du être traduit. Comme elle peut se traduire par un codon de terminaison :
on dit qu’elle est non-sens. La protéine traduite sera tronquée à cet endroit.

 Les additions ou insertions : une paire de nucléotides est ajoutée dans la séquence
d’ADN.
 Les délétions : disparition d’une paire de nucléotides dans la séquence d’ADN.

Ces deux mutations sont d’importance variable selon leurs longueurs. Lorsqu’il s’agit de 1 ou
2 nucléotides, elles décalent le cadre de lecture (frame-shift). Quand elles atteignent 3
nucléotides, elles aboutissent à la suppression (délétion) ou à une addition (insertion) d’un
acide aminé dans la protéine exprimée. Lorsqu’elles sont plus longues, elles peuvent supprimer
l’expression d’une ou de plusieurs protéines, voire la fonction d’un gène entier.

(2) Réarrangements chromosomiques modifiant l’organisation du génome (délétion,

translocation, inversion, duplication, fusion et fission chromosomique).
(3) Mutations d’insertion due à l’intégration d’ADN étranger par transfert horizontal.

Les mutations sont principalement introduites par les deux mécanismes clés de Maintenance de
l’ADN et de l’information génétique : la réplication de l’ADN et l’ensemble des mécanismes
de réparation.

3.2 Sources des mutations

Le mécanisme de réplication repose sur la synthèse du brin d’ADN fils à partir d’un brin
parental, ce qui engendre peu d’erreurs grâce à deux niveaux de contrôle : l’un, dit « pré-
synthétique », et l’autre dit « post-synthétique ». Le premier niveau est capable de sélectionner
le bon nucléotide à incorporer à chaque position, le second permet une correction par délétion
du nucléotide inadéquat immédiatement après son incorporation grâce à l’activité 3’- 5’
exonucléolytique (activité ‘proof reading’) de l’ADN polymérase qui est responsable de
l’activité de relecture.
La déficience de cette activité conduit à une augmentation d’un facteur 100 des erreurs
d’incorporation.

3.2.1. Les lésions spontanées de l’ADN

Des altérations de la structure chimique des bases de l’ADN peuvent se produire spontanément.
Les dommages les plus classiques sont :

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 La désamination qui correspond à la perte du groupement amine sur les bases C, A et

G. L’adénine est transformée en hypoxanthine, la guanine en xanthine et la 5-
méthylcytosine en thymine. Des mécanismes d’excision de spécificité diverse
permettent le remplacement correct de cette base modifiée.
 La dépurination/dépyrimidination est une altération de l’ADN où la rupture du lien entre
un désoxyribose et une purine ou une pyrimidine. C-à-d des pertes de bases par
hydrolyse de la liaison β-N-glycosidique. Il y a ainsi formation d’un site AP.

Ces deux lésions peuvent entraîner une erreur de réplication si aucune réparation n’a lieu.

3.2.2. Les lésions induites par les agents mutagènes

Des lésions d’ADN sont induites par des agents mutagènes qui peuvent être classés en deux
catégories :

(1) les agents chimiques tels que :

 Les agents alkylants qui modifient une base de l’ADN en lui transférant un groupe
méthyle ou éthyle. Tels que : EMS (éthyle méthane sulfonate), la 2-méthyl nitrosamine
la nitroso-guanidine ou le gaz moutarde ; les bases nucléotidiques s’apparient alors
incorrectement. Les erreurs de méthylations donnent des alkylations sur le carbone C6
au lieu du carbone C5 entraînant des absences de formation de liaisons H entre bases.
L’O6 méthyle-guanine s’apparie alors avec la thymine au lieu de s’apparier avec la
cytosine.
 Les agents intercalants : leur capacité de s’intercaler entre deux paires de bases d’ADN
et créer des décalages au sein de la molécule d’ADN produisant le plus souvent des
mutations par addition d’une ou plusieurs paires de bases. Exemple : Bromure
d’éthidium.
 Les analogues des bases peuvent leurrer la machinerie réplicative en se substituant aux
bases de l'ADN lors de la réplication et induire des mutations aux cycles réplicatifs
ultérieurs. Ainsi le 5bromo-uracile, un analogue de la cytosine s’hybride
préférentiellement à l’Adénine ; et le 2amino-purine un analogue de l’adénine s’apparie
avec la cytosine.

(2) les agents physiques comme :

 Les radiations ionisantes qui induisent des lésions oxydatives différentes dont des
cassures du simple et double brin : rayons X et rayons γ.
 Les rayons UV provoquant la formation de dimères de bases adjacentes (notamment des
thymines qui correspondent à la formation de liaisons covalentes entre deux Thymine).

3.3. Mécanismes de réparation d’ADN

3.3.1. Mécanismes prenant place en dehors de la période de réplication

a. Réparation par réversions des lésions :

Ce type de réparation utilise très peu de protéines et restore immédiatement les liaisons.

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 Photo-réactivation : la réparation de l’ADN se fait par les photolyases induisant la

coupure des liaisons covalentes au niveau des dimères de thymine.

 Réversion de coupure simple brin : lorsqu’il n’y a pas de pertes de bases, cette
réparation se fait par une ADN ligase.

 Réversion de dépurination par une purine insertase : cette enzyme qui est spécifique d’une
base, restore la liaison osidique.

b. Réparation par excision de base (système BER)

Ce mécanisme est essentiellement impliqué dans les réparations de mutations endogènes

jusqu’à 4 nucléotides.
La coupure de la liaison N-glycosidique entre la base endommagée et le désoxyribose grâce à
l’ADN glycosylase. Il y a uniquement extraction de la base anormale sans coupure de liaison
phosphodiester. Il existe de nombreuses glycosylases dans la cellule, chacune reconnaît une
(plusieurs) base(s) modifiées différentes.
La deuxième enzyme est une endonucléase 3’-5’ qui coupe la liaison phosphodiester (clivage
du désoxyribose) ensuite l’ADN-polymérase I synthétise le morceau d’ADN manquant, enfin
l’ADN-ligase met en place la liaison Phosphodiester manquante.

c. Réparation par excision de nucléotides (système NER)

Ce mécanisme permet la réparation de plusieurs nucléotides. La réparation est assurée par un

complexe multienzymatique : l’exinucléase ABC. Les constituants de ce complexe sont des
protéines codées par uvrA, uvrB et uvrC. La première étape est la reconnaissance des
dommages par ce complexe en se positionnant sur la lésion. L’ADN hélicase permet de séparer
les deux brins et de les dissocier, ce qui permet à l’exinucléase de cliver un fragment de 13
nucléotides, contenant les dommages. La synthèse de l’ADN complémentaire et anti parallèle
se fait par l’ADN polmérase I qui se fixe sur l’extrémité 3’OH. La dernière liaison
phosphodiester est réalisée par l’ADN ligase.

3.3.2. Mécanismes de réparation liés à la période de réplication

a. Réparation de mésappariements par le système Mut HLS

Ce mécanisme permet la réparation des erreurs d’appariement entre les chaînes d’ADN après
la réplication ainsi que les petites délétions ou additions. Le mécanisme Mut HLS (Figure 14)
nécessite la reconnaissance du brin néosynthétisé de l’ADN grâce aux méthylations des
adénines du brin anciennement synthétisé de l’ADN, ceci permettant la distinction entre les
deux brins.
- La détection du brin porteur de l’erreur se fait par MutS en distinguant le degré de méthylation
des deux brins, donc MutS reconnaît le mésappariement.
- Le complexe formé entre MutS et la portion d’ADN double brin qui présente le mauvais
appariement est stabilisé par MutL.
- En hydrolysant les liaisons hydrogènes, l’hélicase, MutU déroule la double hélice.
- L’endonucléase MutH incise et coupe le brin à réparer à une certaine distance de part et
d’autre de la base erronée.
- L’ADN polymérase III resynthétise le fragment manquant.
- La ligase permet de réassembler les deux morceaux.

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Figure 14. Réparation de mésappariements par le système Mut HLS.

b. Réparation par recombinaison

Tout le système décrit jusqu’ici utilise pour la réparation l’information contenu sur le brin
complémentaire. Il arrive cependant qu’au moment de la réplication, la polymérase rencontre
sur un des brins matrice une lésion ancienne qui n’a pas été réparé. Donc, la réparation par
recombinaison (Figure 15) correspond à la synthèse translésionnelle (TLS) qui consiste à
poursuivre la réplication de l’ADN au niveau d’une lésion du brin matriciel de l’ADN ne
permettant aucun appariement. Dans ce cas, l’information génétique utile pour l’information
est absente puisque les deux brins parentaux sont déjà séparés, ce qui conduit au blocage de la
réplication. Après quelque seconde, il y a reprise de la réplication par un nouveau démarrage
au-delà de la lésion. Cette réparation se réalise en même temps que la réplication. Le duplex
altéré comprend un brin parental comportant une erreur et un brin nouvellement formé
interrompu. Il y a alors recombinaison (implication de la protéine RecA). La recombinaison
se fait entre le deuxième brin parental (brin intact) et le brin interrompu.
- Le segment contenant la lésion est éliminé par une endonucléase.

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- La synthèse des fragments manquant est effectuée par l’ADN poly grâce aux matrices
complémentaires.
- Les fragments sont reliés par la ligase.

Figure 15. Réparation de l’ADN par recombinaison homologue.

3.3.3. Le système SOS (Save Our Selves)

Il est mis en œuvre chez les bactéries quand les dommages causés à l’ADN sont très importants.
Il s’agit donc d’un système de survie d’urgence. Il est essentiel à la réparation de l’ADN et à la
reprise de la réplication. La réponse SOS est régulée par deux acteurs principaux (Figure 16) :
le répresseur LexA et l’activateur RecA. En période d’homéostasie, LexA est fixé à ses sites
de fixation (boîtes SOS) situés dans la région promotrice des gènes du régulon SOS, empêchant
ainsi leur expression. RecA, le senseur du système SOS, se fixe aux fragments d’ADN simple
brin (ADNsb) générés quand le génome de la bactérie est endommagé ou que la réplication est
interrompue suite à des dommages à l’ADN. La fixation de RecA à l’ADNsb conduit à la
formation d’un filament nucléoprotéique, RecA-ADNsb, qui va entraîner le clivage de LexA
par autoprotéolyse avec pour conséquence la dérépression du régulon SOS.

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Donc le système SOS se trouve face à deux états :

 Un état non induit, sans Rec A, durant lequel Lex A se lie aux opérateurs en réprimant
la synthèse des protéines impliquées dans la réponse SOS de la cellule, les gènes ne sont
donc pas exprimés.
 Un état induit, avec Rec A qui est toujours présent dans la cellule mais en petites
quantités. Lors d’une altération les protéines Rec A activent leurs propres synthèses en
clivant les protéines Lex A qui inhibaient jusqu’alors la transcription des gènes du
système SOS dont celui de Rec A.

Figure 16. Réponse SOS.

Le système SOS est qualifié de mutagène car il permet des mutations imparfaites. Le
déclanchement de ce système permet la reprise de la réplication. Dans ces conditions
d’urgence, le complexe de réplication ignore la lésion que se trouve sur le brin parental, et
synthétise un brin fils en face de cette lésion.

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