Biologie Générale et Moléculaire

Partie 1: Biologie Moléculaire

 CHAPITRE 2 : Réplication de l’ADN
1. Introduction
La réplication est le processus au cours duquel l'ADN est dupliqué ou synthétisé grâce à l'ADN polymérase.
La réplication commence à des endroits précis qui sont les origines de réplications. Certaines protéines, facteurs d'initiation de
la réplication vont reconnaître ces endroits et faciliter la fixation d'autres protéines qui permettent l'ouverture des deux brins et
ainsi "faire apparaître" des fourches de réplication.
Le brin d’ADN qui sert de matrice à la réplication est le brin parental. Le nouveau brin complémentaire au brin parental est
le brin fils. À l’issue de la réplication, chacune des deux molécules d’ADN nouvellement formée est constituée d’un brin
parental et d’un brin néoformé. On qualifie ce processus de semi-conservateur.

La réplication de l’ADN débute à partir d’une origine de réplication et progresse dans les deux sens à partir de ce point
créant ainsi deux fourches de réplication. On dit que la réplication de l’ADN est bidirectionnelle.
 CHAPITRE 2 : Réplication de l’ADN

Les étapes de la réplication

1. L’initiation de la réplication
L’initiation de la réplication a lieu à l’origine de réplication où l’ADN s’ouvre et crée progressivement la fourche de
réplication sous l’action des hélicases qui brisent les liaisons hydrogènes entre les deux brins de la double hélice (enzymes
qui reconnaissent les origines et initient la réplication en déroulant et ouvrant en l’ADN). D’autres protéines appelées
protéines stabilisant le simple brin ou Single Strand Binding (SSB) ou protéines RPA (RPA pour Replicative Protein A) des
eucaryotes et des archées, viennent alors se fixer, pour éviter la reformation de la double hélice. Il existe une seule origine de
réplication dans les chromosomes bactériens, plusieurs chez les eucaryotes, une à trois chez les Archea (micro-organismes
unicellulaires et sont un groupe majeur de procaryotes)

La fourche de réplication
La fourche de réplication est la structure formée lorsque l’ADN se réplique, et sur lesquelles l'ADN polymérase vient se
fixer pour catalyser la formation des liaisons nucléotidiques. Le complexe enzymatique intervenant dans la réplication est
appelé réplicase. La réplication peut être divisée en trois étapes principales: l’initiation, l’élongation et la terminaison.
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2. L’élongation ou la synthèse d’ADN
C’est au cours de cette phase qu’il y a formation du réplisome (complexe de plusieurs protéines qui
travaillent de manière coordonnée à la réplication de l'ADN) et synthèse d’ADN. L’élongation de
l’ADN progresse toujours dans le sens 5' vers 3' pour le brin en création. C’est l'ADN polymérase (III)
qui ajoute à l'extrémité 3' du brin en formation, des désoxyribonucléotides. Puisque les deux brins de
la double hélice sont enroulés dans des sens opposés c-a-d qu’ils sont antiparallèles, le
mécanisme est différé selon le brin d’ADN répliqué. Il existe donc:
•un « brin direct », ou « brin précoce », (leading strand), orienté 5’ vers 3’ et complémentaire au
brin parental orienté 3’ vers 5’. Il est synthétisé de façon continue, dans le sens 5’ vers 3’ ;
•un « brin indirect », ou « retardé », ou « tardif », (lagging strand), orienté 3’ vers 5’ et
complémentaire au brin parental orienté 5' vers 3’. Il est synthétisé façon discontinue, sous forme de
fragments d’Okazaki, dans le sens 5’ vers 3’.
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L'ADN polymérase a besoin pour fonctionner d'une amorce (ou primer), qui possède une extrémité 3'OH libre
à allonger. Cette amorce est synthétisée par l'ARN Polymérase ou primase. L'ADN polymérase, par son
activités polymérase 5'→3', peut alors ajouter des nucléotides à l’extrémité 3’-OH de l’amorce préexistante
allongeant ainsi le brin en formation. Il y aura donc sur le brin retardé des jonctions ARN-ADN, qui seront par
la suite éliminées par une ARNase H (enzyme qui hydrolyse le brin d'ARN dans un double brin hybride
ADN:ARN. Elle libère des extrémités 3'-OH et 5'-phosphate. La RNAse H n'hydrolyse pas l'ARN simple brin
ou double brin.. Des ADN polymérases particulières vont ensuite combler les lacunes laissées par l'ARN, alors
que les ADN ligases vont joindre les différents fragments d’okazaki du brin discontinu.
D'autres enzymes sont nécessaires au bon fonctionnement de la réplication sont les topoisomérases I qui vont
éviter les torsions entraînées par l'ouverture de la double hélice par l'hélicase en coupant un des brins, puis en
le reliant après déroulement. Les topoisomérase II vont permettre la séparation des deux molécules d’ADN
filles formées.
CHAPITRE 2 : Réplication de l’ADN

Fig. Schéma général de la fourche de l'ADN de réplication

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4. La terminaison
Cette phase correspond à l’arrêt de la réplication lorsque deux fourches de réplication se rencontrent ou
lorsqu’une fourche rencontre un signal de terminaison de la réplication. Il y a "ter" : terA terD terB terC qui freine
les fourches de réplication.
5. Fidélité de la réplication
La fidélité de réplication est très grande (1/100 000 avant activité 3'-5' exonucléasique) et en très grande partie
due à l'ADN polymérase, qui place les bases azotées selon leur spécificité (A-T, C-G). Si des erreurs se
produisent, cette enzyme met en place son activité 3'-5' exonucléasique, ce qui permet une fidélité de réplication
de 1/10 000 000 (erreur/nb de bases répliquées). La fidélité finale de la réplication est de 1/10 000 000 000. La
vitesse de synthèse est très élevée. Chez l'être Humain environ 100 bases/seconde.
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Modifications de l'ADN :
Malgré les liaisons fortes et la complémentarité des bases azotées qui assurent la stabilité de l'information génétique au
cours des réplications, la séquence d'un ADN peut se modifier.
* Si la modification se fait sur un ou quelques nucléotides on parle de mutation. Celles-ci sont spontanées, sûrement
dues à des erreurs d'appariement au cours de la réplication. Les mutations peuvent être aussi favorisées ou induites par
certains agents de l'environnement, appelés facteurs mutagènes (radioactivité, ultra-violet....).
* Les modifications peuvent aussi consister en un échange de portion dans la séquence de nucléotides avec un autre
ADN. On parle de recombinaison génétique. Ces recombinaisons génétiques peuvent se faire naturellement
(transformation génétique des bactéries, reproduction sexuée), mais aussi artificiellement, par les techniques du génie
génétique (cela aboutit alors à des OGM).
Ces processus sont à l'origine des différentes variations des ADN dans le monde vivant. C'est ce qui est à l'origine de la
diversité actuelle des êtres vivants c'est-à-dire la biodiversité.
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Remarque:
Une ADN polymérase est un complexe enzymatique intervenant dans la réplication de l’ADN au cours du cycle cellulaire, mais aussi dans des processus de
réparation et de recombinaison de l'ADN. Il existe différentes familles de polymérases qui diffèrent selon leurs séquences en acide aminé et leurs propriétés
catalytiques. Elles sont considérées comme étant des holoenzymes puisqu’elles ont besoin d’un ion magnésium comme cofacteur pour fonctionner
correctement. En absence d’ions magnésium, elles sont appelées apoenzymes
Il existe donc deux grandes catégories d'enzymes :
• les enzymes purement protéiques (qui ne sont constituées que d' acides aminés ), les « holoenzymes »
• les enzymes en deux parties, une partie protéique (« l'apoenzyme ») et une partie non-protéique (« le cofacteur »), appelées « hétéroenzymes ».
Sans la coenzyme, la catalyse de la réaction ne peut avoir lieu.
Exemple : L'AminoAcyl transférase (enzyme fixant l'acide aminé sur l'ARN transfert) a besoin d'ATP (coenzyme) pour fixer l'acide aminé sur l'ARNt.)
. Les ADN polymérase ont la capacité de corriger les erreurs dans la formation de brin néoformé. Lorsqu'une paire de base incorrecte est reconnue, l’ADN
polymérase va revenir en arrière grâce à son activité 3’-5’ exonucléase, va réinsérer la base correcte, et reprendre la réplication.
L’ADN polymérase a besoin des composés suivants pour synthétiser une chaîne d'ADN :
- Une matrice d'ADN
- Les quatre désoxyribonucléosides 5'-triphosphate (dATP, dGTP, dTTP, dCTP) et du Mg2+.
Les substrats de cette enzyme sont des desoxyribonucléosides triphosphates.
L’ADN polymérase ajoute des désoxyribonucléotides à l'extrémité 3'OH d'une amorce préalablement synthétisé par la RNA polymérase.
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Différents types d'enzymes liées à l'ADN
• ADN hélicase: enzyme qui catalyse le déroulement des brins complémentaires d’une double hélice d’ADN.
• ADN ligase: enzyme catalysant la liaison entre deux molécules séparées d’ADN, formant des liaisons phosphodiesters entre
l’extrémité 3'-hydroxyl de l’une et l’extrémité 5'-phosphate de l’autre. Son rôle naturel réside dans la réparation et la
réplication de l’ADN. C'est un outil essentiel dans la technologie de l’ADN recombinant puisqu'elle permet l’incorporation
d’ADN étranger dans les vecteurs.
• ADN polymérase: enzyme catalysant la polymérisation (5' vers 3') des monodésoxynucléotides triphosphates qui
constituent l'ADN. En absence de monodésoxynucléotides triphosphates, elle a un rôle d'exonucléase, supprimant les
nucléotides non-appareillées des brins orientés de 3' vers 5')
• ADN primase: enzyme qui catalyse la synthèse de courtes amorces d’ARN à partir desquelles débute la synthèse des brins
d’ADN.
• ADN topo-isomérase ou topoisomérase (ex. gyrase): enzyme qui catalyse l’introduction ou l’enlèvement des
surenroulements dans l’ADN. Les topoisomérases de type I sont actives dans le noyau alors que les topoisomérases de type
II sont actives au niveau de l'ADN mitochondrial.