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Thème
Séquençage
Présenté par :
Saim Hana
Malouk Nourhen
Niveau : Master 1 microbiologie appliquée
Groupe : 05
Section : 02
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SOMMAIRE :
INTRODUCTION………………………………………………….………..……3
2
2. SÉQUENÇAGE PAR HYBRIDATION …………………………….
…..8
3. MÉTHODE ÉLÉCTROPHORÉTIQUE
……………………………….9
4. SÉQUENÇAGE TOMPORELLE DE MOLÉCULE UNIQUE
……………9
LES AVANTAGES DU SÉQUENÇAGE NGS….
……………………………..10
SÉQUENÇAGE DU DEUXIÈME GÉNÉRATION ...……………….…………
10
SÉQUENÇAGE DE TROISMIÈME GÉNÉRATION……………………….…
10
CHOIX D’UNE STRATÉGIE DE SÉQUENÇAGE ……………………………….…
10
a. LONGUEUR DE LECTURE ET COUTS PAR LECTURE………………….…
10
b. PRÉCISION
BRUTE ……………………………………………………...10
c. LECTURE APPARIÉES
…………………………………………………..11
d. PROTOCOLE DE
PRÉTRAIREMENT ……………………………………..11
e. PROTOCOLE DE POST TRAITEMENT
…………………………………...11
COMPARAISON ………………………...
……………………………………...11
CONCLUSION ……………...………………………………………………….12
1. INTRODUCTION
Les technologies de séquençage se sont développées rapidement au cours des
dernières décennies et ont été comparées au moteur d'une voiture, ce qui nous
permet de naviguer sur la carte routière de divers génomes , qu'ils soient aussi
primitifs que des virus ou aussi avancés que des êtres humains. Le séquençage
de l'ADN a rapidement révolutionné la biologie moléculaire, la médecine, la
génomique et les domaines connexes. Conçu pour la première fois par Frederick
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Sanger en 1977 , les progrès majeurs réalisés au fil des ans dans les technologies
de séquençage ont permis de mettre au point de nouvelles méthodes d'analyse de
l'ADN. ont conduit au développement de plateformes de séquençage de l'ADN
nouvelles et améliorées. Ces technologies, ainsi que divers outils informatiques
pour l'analyse et l'interprétation des données, ont aidé les chercheurs à mieux
comprendre les génomes de divers organismes importants sur le plan
économique. Elles Ils ont fait du séquençage un outil de recherche à la fois
puissant et réalisable, qui a évolué au point de pouvoir être facilement utilisé,
même dans les petits laboratoires, avec une grande efficacité, en contournant la
nécessité de recourir à des systèmes de séquençage volumineux et encombrants.
(Verma, Kulshrestha, & Ayush, 2016)
2. HISTOIRE DU SÉQUENÇAGE :
L'ADN (Acide DésoxyriboNucléique) est une molécule présente dans toutes les cellules des
êtres vivants. Elle renferme l'information nécessaire pour se développer et se reproduire.
L'information en elle-même est codée par la suite de quatre différents acides nucléiques
ordonnés d'une façon compréhensible pour l'organisme. Le séquençage est le processus
utilisé pour la découverte de cette séquence. Plusieurs méthodes existent, se développent et
s'améliorent toujours plus avec le temps. Nous en sommes aujourd'hui à la 3ème génération
de ces outils de séquençage.
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Première génération
Développée par Sanger en 1975-77 une étape d'amplification génère des fragments d'ADN
de différentes longueurs. Chaque fragment se termine par un fluorochrome spécifique,
signature d'une des bases. Les fragments sont ensuite traités par électrophorèse. Ceux-ci se
regroupent et s'ordonnent en fonction de leur longueur. La séquence des couleurs ainsi lue est
alors utilisée pour transcrire le fragment dans son ensemble.
Il faut noter qu'une autre méthode, chimique, a été proposée par Maxam et Gilbert en 1977 et
n'a pas été retenue, plus complexe et difficile à mettre en place, ne résistant pas au passage à
l'industrie
Seconde génération
La seconde génération d'outils de séquençage est apparue en 2005 en réponse au prix élevé et
au faible débit du séquençage de première génération. Ici, des dizaines de milliers de
séquences sont traitées ensemble, en parallèle. C'est l'apparition du séquençage haut-débit.
Le "high throughput sequencing" ou encore le "next-generation sequencing" sont les termes
les plus utilisés pour en parler. Il existe de nombreuses techniques, développées par
différentes entités dont les principales sont Roche, Illumina et Life Technologies mais toutes
ont la même philosophie, c'est à dire :
Amplification de l'ADN principalement via PCR par émulsion (emPCR) ou par
PCR par phase solide (solid- phase amplification).
Succession de cycles de lavage et identification ("wash & scan" ) : incorporation de
nucléotides dans la chambre de réaction, lavage de la chambre de réaction, capture
de l'image.
Troisième génération
La troisième génération de séquençage de masse est symbolisée par le séquençage d'une
seule molécule d'ADN (SMS ou "Single Molecule Sequencing" en anglais).
Contrairement à la seconde génération, aucune amplification de l'ADN (ou ARN) n'est
nécessaire pour effectuer les mesures. Une seule molécule est "lue".
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3. PROCÉDURE GÉNÉRALE POUR LE SÉQUENÇAGE DU GÉNOME :
validation de l’assemblage :
localiser la position correcte des lectures.
Les contigs sont ensuite orientés l'un après l'autre à l'aide d'informations appariées pour former des
chaînes ordonnées appelées "échafaudages" .Cette étape est suivie par l'étape finale et la plus
cruciale du séquençage du génome : la FINITION
La Finition:
Elle comprend le comblement des lacunes (également connu sous le nom de "chemin de
tuilage minimum") et la réévaluation de l'ensemble des données. (Verma, Kulshrestha, &
Ayush, 2016)
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4. MÉTHODES :
Bien que la plupart des techniques de séquençage soient très différentes, leurs procédures
peuvent être résumées en un flux de travail général qui est fondamental pour parvenir à un
séquençage à faible coût et à haut débit. Comme indiqué ci-dessus, les techniques de
séquençage peuvent être classées en trois générations. Chaque génération a été développée
principalement pour améliorer les lacunes de la génération précédente. La première
génération a marqué le début de l'ère des technologies de séquençage et a jeté les bases sur
lesquelles les générations suivantes se sont développées. Les technologies de la deuxième
génération, qui constituaient une amélioration considérable par rapport à leurs prédécesseurs,
sont actuellement en plein essor. par rapport à leurs homologues antérieurs sont actuellement
en plein essor dans les laboratoires du monde entier. La troisième génération comprend des
technologies qui sont en cours de développement, qui se sont révélées prometteuses et que
leurs concepteurs et leurs détracteurs prévoient par leurs concepteurs et leurs détracteurs
comme celles qui finiront par remplacer les technologies de la deuxième génération.
méthode de Sanger :
Principe de la méthode :
l'activité inhibitrice du 2',3'-didésoxythymidine triphosphate triphosphate sur l'ADN
polymérase I dépend de son incorporation dans la chaîne d'oligonucléotides en croissance à la
place du (ddTTP) sur l'ADN polymérase I dépend de son incorporation dans la chaîne
d'oligonucléotides en croissance à la place de l'acide thymidylique (dT). Comme le ddT ne
contient pas de groupe 3'-hydroxyl la chaîne ne peut pas s'allonger davantage, de sorte que la
terminaison. se produit spécifiquement aux positions où le dT devrait être incorporé. Si une
amorce et une matrice sont incubées avec l'ADN polymérase en présence d'un mélange de
ddTTP et de dTTP, ainsi que des
trois autres
désoxyribonucléotides. trois
autres désoxyribonucléosides
triphosphates (dont l'un est
marqué par 32p). 5' et avec des
résidus ddT aux extrémités 3' est
obtenu. Lorsque ce mélange est
fractionné par électrophorèse sur
des gels d'acrylamide dénaturants,
la répartition des bandes montre la
distribution des résidus ddT dans
les fragments nouvellement
synthétisés. dT dans l'ADN
Figure 3 : aperçu schématique de la méthode Sanger
(terminaison de chaîne) pour le séquençage de l'ADN
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nouvellement synthétisé. En utilisant des terminateurs analogues pour les autres nucléotides
dans des incubations séparées et en faisant passer les échantillons en parallèle sur le gel, on
obtient un motif de bandes à partir duquel la séquence peut être identifiée. comme dans les
autres techniques rapides mentionnées ci-dessus. Deux types de triphosphates terminaux ont
été utilisés : les dérivés didésoxy et les dérivés arabiques. les dérivés didésoxy et les
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compliquées de la et est plus efficace lorsqu'un génome de référence est disponible (Mardis,
2013).
3. Méthodes microélectrophorétiques : Comme son nom l'indique, une méthode
microélectrophorétique est la miniaturisation de la méthode conventionnelle de Sanger. Le
concept de cette technique est le suivant de conserver la précision et la longueur de lecture de
la méthode de Sanger, mais d'introduire le parallélisme afin de réduire le temps et le coût
(Blazej, Kumaresan, & Mathies, 2006)
4. Séquençage en temps réel de molécules uniques : Plusieurs institutions et organisations
développent des techniques pour réaliser un séquençage ultra-rapide de l'ADN dans lequel la
séquence sera détectée dès qu'un nucléotide est incorporé. Ces approches comprennent le
séquençage par nanopores et la surveillance en temps réel de l'activité de l'ADN polymérase.
Le premier consiste à séquencer les acides nucléiques en analysant chaque base lors de son
passage à travers une membrane biologique ou un pore synthétique appelé nanopore. Le
second comprend la détection de l'incorporation de nucléotides par FRET (transfert d'énergie
par résonance (transfert d'énergie par résonance de fluorescence) ou à l'aide de guides d'ondes
à mode zéro (Augustin, Ankenbauer, & Angerer, 2001)
10
Les
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Collectivement, ces différences ont permis aux technologies NGS de produire une grande
quantité de données à un coût raisonnable. de produire une grande quantité de données à des
coûts bien moindres et en beaucoup moins de temps.
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d. Protocoles de prétraitement : Les protocoles de prétraitement comprennent la
préparation de l'échantillon, la construction de la bibliothèque in vitro, le chargement de
l'échantillon et la maintenance des mécanismes de montée en charge.
Ces protocoles peuvent également inclure l'élimination des séquences de faible qualité,
l'élimination des séquences contaminantes et la suppression des caractéristiques indésirables .
e. Protocoles de post-traitement : Ces protocoles comprennent la création de logiciels et
d'outils en ligne permettant d'assembler d'immenses quantités de données de séquençage à
lecture courte, l'élimination des chimères de contigs et la production de séquences finies,
f.
6. COMPARAISON
Ce tableau présente les principales différences entre les trois générations d'outils de séquençage haut-débit et
présente les améliorations que promet la 3ème génération d'outils de séquençage.
7. CONCLUSION :
Les technologies de séquençage ont facilité un grand nombre d'applications. Indispensables à
la recherche moderne dans de nombreuses sciences de la vie, elles ont permis aux
scientifiques de travailler dans les plus petits échantillons. sciences de la vie, elles ont permis
aux scientifiques travaillant dans les plus petits laboratoires de répondre à n'importe quelle
question posée par la séquence d'ADN.de répondre à n'importe quelle question posée par la
séquence d'ADN. Le séquençage a aidé les scientifiques à extraire des informations
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génétiques de d'une série d'entités biologiques avec la plus grande clarté. Grâce à la puissance
du Grâce à la puissance du séquençage, il est possible de décoder un génome entier à partir du
plus minuscule des échantillons d'ADN (par exemple, les cellules d'une plante). de prédire
divers attributs d'une crime , de prédire divers attributs d'un fœtus avant qu'il ne naisse, de
détecter des maladies congénitales de détecter des maladies congénitales, d'identifier les
fonctions de chaque partie d'une séquence d'ADN donnée, de comparer différents génomes
entre eux. séquence d'ADN donnée, comparer différents génomes, étudier les modèles
d'évolution, et bien d'autres choses encore. Ces technologies ont également été Ces
technologies ont également été étendues avec succès à des domaines connexes tels que
l'épigénomique, la transcriptomique et la métagénétique, transcriptomique et la
métagénomique (Metzker, 2010). La section suivante décrit certaines des applications de la
technologie du séquençage et séquençage et envisage certaines de ses orientations futures.
(Verma, Kulshrestha & Ayush, 2016)
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