FACULTE DES SCIENCES – SEMLALIA

DEPARTEMENT DE BIOLOGIE
1

Module: Microbiologie
environnementale
Cours de Microbiologie des eaux

Semestre 6
Professeur N. MEZRIOUI
2019- 2020
 Objectifs du cours
2

* Ce cours de Microbiologie Environnementale permettra à

l’étudiant d’avoir certaines notions de base sur les rôles positifs
et aussi négatifs joués par les microorganismes dans différents
domaines;
* Ce cours est structuré selon des chapitres qui traitent
différents aspects où les microorganismes jouent un rôle
prépondérant. L’accent sera mis sur les interactions établies
entre ces microorganismes et leur milieu: écosystèmes
aquatiques oligotrophes et eutrophes . L’effet des facteurs
environnementaux (biotiques et abiotiques) sur la survie
bactérienne sera aussi pris en considération.
Cours: Pr. MEZRIOUI
 CHAPITRE I
3

GENERALITES

Cours: Pr. MEZRIOUI

 RAPPELS
I-1: Quelques définitions
4

Microbiologie = Étude des microorganismes et de leur

activités.

Elle s’intéresse à leur forme, structure, reproduction,

métabolisme et à leur identification.

Elle comprend l’étude de leur distribution dans la nature,

leurs relations les uns avec les autres et aussi avec les autres
organismes vivants.

Elle se préoccupe des effets des microorganismes sur

l’homme et sur l’environnement.
Cours: Pr. MEZRIOUI
 Le seul critère pour définir un microorganisme est celui de la
taille
5

Microorganisme = organisme < 0,1mm

C’est-à-dire invisible à l’œil nu.

La taille des bactéries est exprimée en micromètre= µm

1 µm = 10-6 m

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-2) Microorganismes
6

Les microorganismes ou microbes sont des

organismes vivants microscopiques, unicellulaires
ou pluricellulaires.

les bactéries ------------- Procaryotes

les virus ne sont ni eucaryotes ni procaryotes

les algues ----------------------

les protozoaires Eucaryotes

les champignons inférieurs

(moisissures, levures) --------
Cours: Pr. MEZRIOUI
 I-3) Les branches de la Microbiologie
7

1. Bactéries --------------- Bactériologie

2. Algues ----------------- Phycologie/Algologie
3. Parasites --------------- Parasitologie
4. Moisissures et
Champignons ------------ Mycologie
5. Virus ------------------- Virologie

Cours: Pr. MEZRIOUI Microorganismes - Microbes - Germes

 I-4) Domaine de la microbiologie
8

Océanographie Limnologie
Microbiologie
Pédologie

Ecologie Ecologie microbienne Chimie

Médecine Agronomie
Statistiques

Cours: Pr. MEZRIOUI

 1-5) Interfaces avec d’autres disciplines de
Microbiologie
9

 Microbiologie aquatique et qualité des eaux

 Microbiologie des sols
 Microbiologie industrielle
 Biotechnologie
 Bioremédiation
 Santé alimentaire
 Santé publique.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-6) Microorganismes - Récapitulatif
10

 Êtres vivants unicellulaires/pluricellulaires microscopiques

microscopiques;;
 micro
micro--organismes étant très abondants, ubiquistes (présents
partout dans le monde);
monde);
 Très diversifiés
diversifiés;; mais seulement 3% sont connus à ce jour
 Très adaptatifs
adaptatifs;;
 Possèdent tout l’équipement enzymatique pour assurer leur
métabolisme lorsqu’ils sont en présence d’une alimentation
composée d’éléments chimiques simples (C, N, H2O, sels
minéraux, oligoéléments
oligoéléments……);
 Véritables usines cellulaires
cellulaires..
Cours: Pr. MEZRIOUI
 I-7) Les réservoirs des microorganismes
11

Ils sont ubiquistes

1) L’Environnement :
 L’eau (les rivières, les mers, les lacs...)
 Le sol
 Les aliments
 L’air par ses poussières et ses aérosols: élevage avicole, STEP
2) Les êtres vivants dans leur flore normale :
 La flore cutanée (ils sont au nombre de 100 000 par cm² de peau)
 La flore intestinale
 La flore des voies aériennes supérieures
 La flore vaginale.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-8) Combien y a-t-il de microorganismes ?
12

Les microorganismes représentent la biomasse la plus

importante de la Terre.

1 g de yaourt -------------------------- 109 bactéries

1 g de terre -------------------------------- 25x109 bactéries
(4 fois plus que d’Hommes sur Terre)

1 g de fèces -----------------------------------1012 bactéries
(autant de cellules que dans le cerveau)

Intestin humain -------------------------------1014 bactéries
(10 fois plus que le nombre de cellules qui constituent notre corps).

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9) Utilité des microorganismes

13

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-1) Rôles positifs des Microorganismes
14

Cycles biogéochimiques

Biotechnologie
ATB, levures, etc…

a) Rôle positif:
Épuration des eaux usées
Bio-dépollution de l’air
Bio-dépollution des sols

Autres: solubilisation
des phosphates, etc…
Cours: Pr. MEZRIOUI
 Rôles Positifs (suite)
15

I-9-1-1) Rôle des bactéries dans les

cycles biologiques
------------------------
Importance de la biodiversité microbienne dans:

 Cycle du carbone,
 Cycle de l’azote,
 Cycle du soufre,
 Cycle du phosphate...

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Exemple 1:
Cycle de carbone

16

Cours: Pr. MEZRIOUI

 LE CYCLE DU CARBONE COMPREND TROIS ÉTAPES
17

 FIXATION,
 LA MINÉRALISATION
 LA RÉTENTION.
LA FIXATION CORRESPOND À L’ÉTAPE DE SYNTHÈSE AU COURS DE
LAQUELLE LE CARBONE DU GAZ CARBONIQUE EST INCORPORÉ DANS
DES MOLÉCULES ORGANIQUES.
INVERSEMENT À LA FIXATION, LA MINÉRALISATION EST L’ÉTAPE À
L’ISSUE DE LAQUELLE LE CARBONE CONTENU DANS LES COMPOSÉS
ORGANIQUES RETOURNE DANS L’ENVIRONNEMENT À L’ÉTAT MINÉRAL.
UN NOUVEAU CYCLE RECOMMENCE SAUF POUR UNE PARTIE DU
CARBONE LIBÉRÉ QUI ENTREPREND UNE ÉTAPE DE RÉTENTION. CE
CARBONE SE TROUVE EMPRISONNÉ DANS DES COMPOSÉS
INSOLUBLES, INACCESSIBLES OU TEMPORAIREMENT RÉFRACTAIRES À
LA DÉGRADATION MICROBIENNE.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Ces mécanismes peuvent être résumés dans le
schéma suivant:
18

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Ces mécanismes peuvent être résumés dans le
schéma suivant:
19

Photosynthèse

Respiration

Fermentation

Cours: Pr. MEZRIOUI

 CYCLE DE L’AZOTE
20

LA FIXATION,

LA NITRIFICATION,

LA DÉNITRIFICATION,

L’ASSIMILATION

L’AMMONIFICATION
SONT LES CINQ ÉTAPES DU CYCLE DE L’AZOTE.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 LA FIXATION CORRESPOND À LA TRANSFORMATION DE
L’AZOTE ATMOSPHÉRIQUE EN AMMONIAC PUIS EN IONS
AMMONIUM.
21

L’AMMONIUM EST ENSUITE CONVERTI EN NITRITES PUIS EN NITRATES AU

COURS DE LA NITRIFICATION CES DEUX PREMIÈRES ÉTAPES NE SONT
RÉALISÉES QUE PAR QUELQUES RARES ESPÈCES
BACTÉRIENNES.
LES NITRATES PRODUITS PEUVENT :
• Subir une dénitrification et retourner dans l’atmosphère;
• Être assimilés et servir à la synthèse de composés organiques azotés;
• Être décomposés lors de l’ammonification et de la dénitrification avant
d’entreprendre un nouveau cycle.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Exemple
Intervention des bactéries dans le cycle de l’azote
22

Cours: Pr. MEZRIOUI

23

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôles Positifs (suite)
24

I-9-1-2) Utilisation des

microorganismes en Biotechnologies

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Biotechnologie (définition)
Bio = Vie - Techno = Outils - Logis = maîtrise des outils du
vivant
25

 Science née lorsque l'homme a commencé à utiliser des

microorganismes dans différents procédés de fabrication (pain, vin,

fromage);

 Aujourd'hui, on entend par biotechnologie toutes les utilisations

industrielles d'organismes vivants (parfois utilisation des substances

naturelles produites /microorganismes);

 Science qui se situe au carrefour de la chimie, de la biologie et du génie

génétique.
Cours: Pr. MEZRIOUI
26

Les biotechnologies sont situées au carrefour

de trois domaines de compétences :

Santé,

Agro
Agro--alimentaire,

Environnement.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 exemple 1) Production et bioconversion de molécules

27

Exemple 2) Sélection et amélioration des souches

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28
Production d’antibiotiques

 Penicillin

 Mold
– Penicillium notatum

 1928 Alexander Fleming

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Certaines bactéries synthétisent des produits chimiques
indispensables à notre corps et que celui-ci est
29
incapable de synthétiser

Example: E. coli

B vitamins - for metabolism

Vitamin K - blood clotting

Escherichia coli

Dr.Escherich

Colon (intestine)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôles Positifs Utilisation en Génie Génétique

30

Cours: Pr. MEZRIOUI

31

(= protéines produites par les cellules du système immunitaire)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôles Positifs (suite)
32

I-9-1-3) Rôle des Microorganismes

dans le secteur environnemental

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôle des bactéries dans les systèmes d’épuration biologique
33 ↓
Dans tous ces systèmes épurateurs, les micro-organismes (surtout les
bactéries) sont largement mis à contribution dans l’épuration des eaux
car :
♣ grande diversité des réactions métaboliques des bactéries
♣ possibilités d’adaptation métabolique très diversifiées (température, salinité, oxygénation…)
♣ potentiel génétique important
♣ mécanismes de régulation physiologiques et transport actif
♣ taux de croissance élevé
Voir détails dans chapitre réservé à l’épuration biologique des eaux usées

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôle dans la dépollution
----------------------
34

 Épuration des eaux usées= Bio assainissement

 Dépollution des sols = Bio-remédiation: La bioremédiation consiste en la
décontamination de milieux pollués au moyen de techniques issues de la dégradation chimique
ou d'autres activités d'organismes vivants.
 Dissociation du Méthyle mercure dans les sédiments marins

Rôle dans la dépollution de l’air

 Les bio-filtres pour capter et réduire le Gaz

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rôles Positifs (suite)
35

I-9-1-4) Rôle des Microorganismes dans les

domaines: santé et agroalimentaire

Importance de la biodiversité microbienne dans

des processus de transformation ou de
fermentation de produits alimentaires (fromage,
yaourt, vin, choucroute, saucisson... )

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Contribution des microorganismes en
agroalimentaire
36

Conservation et transformation des aliments

Fermentation: Yaourt, Fromage, Lait, Beurre, Smen

Produits carnés: Gueddid, Khliaa

Produits d’origine végétale: Olives, Citron, Choux

Fermentations alcooliques: bière, vin…..

Fabrication du pain.

Cours: Pr. MEZRIOUI

37

Grâce aux procédés discontinus, on produit :

- alcool
- acétone ou butanol
- boissons alcoolisées (vin, bière, cidre….)
- fromage
- vitamine B12
- La biomasse : cellules entières comme
la levure de boulangerie

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-1-5) Microorganismes et Agriculture
38

Amélioration des productions agricoles:

 Fertilisation
 Compostage = un procédé biologique de conversion et de valorisation des
matières organiques ,
 Fixation d’azote,
 Mycorhizes= association symbiotique entre des champignons et les racines des
plantes
 Protection des cultures contre les agents pathogènes,
 Lutte biologique (spores anti-insectes et ravageurs),
 Production d’herbicides.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-1-6) Médecine humaine et vétérinaire
39

---------------------------
Production de:

 Vaccins d’antiparasites,
 Antifongiques, antibactériens, anti-cancéreux
 Immunosuppresseurs,
 Vitamines et d’autres nutriments à incidence théra-
peutique.
Cours: Pr. MEZRIOUI
 Production de:

40

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Production de:

41

Cours: Pr. MEZRIOUI

Production de:

42

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-2) Rôles négatifs des Microorganismes
43

Maladies hydriques

b) Rôle négatif:
Mortalité d’autres
Organismes:
pertes économiques
(poissons, denrées alimentaires)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-2-1) Maladies hydriques: Constat
44

Les maladies hydriques sont à l’origine de la mortalité très

élevée des populations des pays en voie de développement:

Des millions d’enfants meurent suite à des gastro-entérites

des centaines de millions d’individus sont atteints de
Bilharziose

Chaque jour, les maladies hydriques tuent des milliers

d’enfants dans le monde. (Voir TD2).

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-2-2) Microorganismes et pertes
économiques
45

Un grand nombre de moisissures et de levures sont présents

dans les aliments. Ces microorganismes peuvent entrainer
parfois, la contamination et la détérioration des qualités
nutritionnelles, organoleptiques et sanitaires des aliments.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Expression des maladies phytopathogènes
----------------------------------------------
46

Les dommages engendrés par les maladies

phytopathogènes sur la production mondiale
agricole sont de:
12 à 14 %

70% à 80% sont causées par les champignons.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 I-9-3) Les modes de propagation des
microorganismes
47

 Transmission par la voie orale :

 Voie qui consiste à s’infecter en mangeant et/ou en buvant des aliments contaminés.
 Ex de maladies : salmonellose, listériose, botulisme.

 Transmission par les gouttelettes ou aérosols :

 Transmission par des particules générées par la toux, la conversation …
 Ex de maladies : coqueluche, rubéole, méningite, grippe, scarlatine, oreillons, tuberculose,
varicelle, rougeole, covid19…..

 Transmission par contact:

 Voie qui consiste à transmettre des germes par le contact d’une personne à une
autre, directement ou par l’intermédiaire d’un objet.
 Ex : Staphylococcus aureus (origine humaine) retrouvée fréquemment dans les
réfrigérateurs.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 CHAPITRE II
48

II) Etude des relations entre les

Microorganismes
et leur environnement?

Écologie Microbienne
Cours: Pr. MEZRIOUI
 II-
II-1) Microbiologie environnementale
49

Domaine de recherche qui a débuté dans les années1970

Domaine intimement relié a l’écologie microbienne, laquelle
s’intéresse aux interactions entre les microorganismes et
l’environnement qui les entoure (eau, air , sol, etc..)

Comment peut-on utiliser nos connaissances en écologie
microbienne et en bénéficier?

Cours: Pr. MEZRIOUI

 II-2) Écologie Microbienne
Définition
50

L’écologie microbienne est la science qui étudie les interactions

existant entre les micro-organismes et leur milieu, entre les

micro-organismes eux-mêmes ainsi qu’entre les micro-

organismes et les organismes supérieurs: végétaux et

animaux.
Cours: Pr. MEZRIOUI
 Écosystème
51

Écosystème

Biotope
(conditions
physiques et
chimiques)

Biocénose
(peuplements,
populations,
espèces)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 II-3) Quels sont les objectifs
de l’écologie microbienne?
52

 Comprendre les différents types de micro-organismes dans les différents

environnements

 Evaluer leur abondances relatives

 Comprendre les fonctions qu’ils exercent au sein des écosystèmes

 Comprendre comment ils changent ou transforment chimiquement et

physiquement l’environnement

 Etudier les différents facteurs qui contrôlent leur survie dans les écosystèmes

 Déterminer les facteurs qui contrôlent leur activité et leur abondance

 Etudier leur rôle dans les cycles biogéochimiques …….

Cours: Pr. MEZRIOUI

53 II-4)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 II-4-1) Une interaction biologique
54

désigne un processus impliquant des échanges ou

relations réciproques entre plusieurs éléments
biologiques (espèces, groupes, biocénoses) dans un
écosystème (relations interspécifiques), ou entre
deux ou plusieurs individus d'une même population
(relations intra -spécifiques).

Cours: Pr. MEZRIOUI

 II-4-2) Relations au sein des biocénoses

55

 Relations intra-spécifiques : territorialité, reproduction, éducation,

sociétés animales, …
 Relations inter-spécifique : associations
A B
Compétition - -
Exploitation (parasitisme, prédation) - +
Antibiose - 0
Neutralisme 0 0
Carpose ou Commensalisme + 0
Mutualisme ou Symbiose + +
-: Nuisible 0: Neutre +: bénéfique
Cours: Pr. MEZRIOUI
 II-4-2) Relations au sein des biocénoses
56

Espèce X
Nuisible Neutre Bénéfique

Compétition Amensalisme Prédation/Parasitism

Nuisible symétrique e

Neutre Amensalisme Neutralisme Commensalisme

Espèce
Y
Bénéfique Parasitisme/Préda Commensalisme Symbiose/
tion Mutualisme

Ce tableau ne présente que quelques combinaisons

possibles d'interactions statiques
Cours: Pr. MEZRIOUI
57
II-5)

Cours: Pr. MEZRIOUI

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II-6) Biodiversité des microorganismes

58

 La diversité génétique. Elle correspond à la diversité des gènes au sein d'une

espèce. Il existe une variabilité génétique entre les espèces et entre les individus
d'une même espèce.
 La diversité spécifique correspond à la diversité des espèces proprement dite.
 La diversité écosystémique correspond à la diversité d'un niveau d'organisation
supérieur du vivant, l’écosystème.
Cours: Pr. MEZRIOUI
 II-7)
59

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Taille en µm

Hétérotrophes Photoautotrophes
2000
MEH (Radiolaires,
Mésoplancton foraminifères)

200
MEP (diatomées,
MEH dinoflagellés)
Microplancton
(Ciliés)

20

Nanoplancton MEH MEP

(Flagellés)

Bactéries hétérotrophes Bactéries autotrophes

Picoplancton

0,2
minéralisation

Matière organique dissoute ou Matière inorganique

particulaire dissoute
Cours: Pr. MEZRIOUI

60
MEH=MicroEucaryotes Hétérotrophes MEP=MicroEucaryotes Phototrophes
 The carbon cycle. Autotrophs x CO2 as an organic compound, which heterotrophs convert back
to CO2 . The recycling of carbon satises the requirements of both nutritional types,

61 Cours: Pr. MEZRIOUI

 CHAPITRE III
62

Dynamique des populations

bactériennes

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III) Dynamique des populations bactériennes et
écologie
63

Dynamique des populations est étroitement liée à l’écologie

De nombreux modèles ont été proposés notamment en Biologie
(Modèles simples) pour comprendre cette dynamique: abstraction
faite sur le milieu et sur l’influence de ses variations sur la mortalité, la
fécondité etc…..

Résultats intéressant SI le milieu reste stable

Ces modèles deviennent inutilisables si des variations dans le milieu
se produisent (changements climatiques, pollution accidentelle,…)

Tenir compte de l’influence des facteurs du milieu sur la dynamique.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-1) Dynamique des microorganismes dans l’environnement

Pop. D

Population A Pop. B Pop. E

Biomasse
Organisme
Pop. C Pop. F
pionnier

Temps

Exemple d’une succession primaire

64 D’après Gilles MIRALLES – Labo. Microb. Géochim. Ecol. Mar. (LMGEM)

Centre d’Océanologie de Marseille
 Biodiversity in ecosystems, communities, and species
populations

65
Cours: Pr. MEZRIOUI
 The biofilm community: a small-scale freshwater
ecosystem

66 Cours: Pr. MEZRIOUI

 The pelagic ecosystem: a large-scale unit within the lake
environment

67 Cours: Pr. MEZRIOUI

 Dynamique= f(composés chimiques)
68

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Dynamique= f(composés
chimiques)
69

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Dynamique= f(composés chimiques)

70

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-1-1) Évolution temporelle de certains microorganismes (Rotifères,
Cladocères et Copépodes) dans un écosystème aquatique

71 Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-1-2) Dynamique des bactéries:
quelques exemples

a) Dans les bassins d’oxydation → populations

aérobies et anaérobies
Une dynamique s’installe au cours du
temps
 Les germes à tendance glucidolytique
(Pseudomonas)
 Les germes protéolytiques (Flavobacterium,
Cytophaga)
 Les germes lipidolytiques (Achromobacter)
72 Cours: Pr. MEZRIOUI
 Exemple de dynamique des coliformes fécaux
dans un lagunage
73

Abondances des CF(log (X+1)/ml)

Hiver Été Hiver

Temps (mois)
Cours: Pr. MEZRIOUI
 b) Dans les lits bactériens → Micro-organismes
composés principalement de :

bactéries, protozoaires, champignons

microscopiques
bactéries = Zooglea, Pseudomonas,
Achromobacter, Alcaligenes, Flavobacterium
(principalement)

74 Cours: Pr. MEZRIOUI

 c) Dans les biodisques → 1er groupe dominant =
Pseudomonas & Flavobacterium

↓
d) Dans les boues activées → grand nombre de
bactéries parmi lesquelles :

Bacilles Gram (-) : Pseudomonas, Alcaligenes,

Flavobacterium

Bacilles Gram (+) : Kurthia etc.

Coques Gram (+) : Micrococcus etc

75 Cours: Pr. MEZRIOUI

 Dans les boues activées

76 Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-2) Développement microbien
dans les écosystèmes aquatiques

Dégradation de la
matière organique

77 Cours: Pr. MEZRIOUI

78

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-2-1) Dégradation
de la matière organique
dans un écosystème donné
79

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-2-2) Cas d’un écosystème aquatique

80

Cours: Pr. MEZRIOUI

 III-2-3) Processus microbien dominant:
Décomposition de la matière organique

Profondeur

Colonne d’eau O2

Sédiments 0 - 1 cm Respiration aérobie

O2

NO3- 1 - 5 cm Dénitrification

SO42- 5 - 100 cm Sulfatoréduction

CO2 > 100 cm Méthanogenèse

81 Cours: Pr. MEZRIOUI

82 Cours: Pr. MEZRIOUI
 III-2-4) Exemple de Biotransformation - Biodégradation

• transport des aliments

• adsorption
• Prédigestion par des exoenzymes
• Pérméation (franchissement de la membrane)
• Métabolisme.

83 Cours: Pr. MEZRIOUI

 Biodégradation des matières organiques

* Les processus mis en jeu dérivent des cycles

biogéochimiques (cycle du carbone, de l’azote, du
phosphore, du soufre, du fer, etc…) qui décrivent les
modifications des corps organiques et inorganiques
existants ou introduits dans le milieu

* Toutes ces substances sont soumises à des processus

biologiques (= Biotransformation, Biodégradation) et
physico–chimiques (=Hydrolyse, Volatilisation,
Solubilisation)

84 Cours: Pr. MEZRIOUI

 CHAPITRE IV
85

Traitements biologiques des

eaux usées

Cours: Pr. MEZRIOUI

 IV-1) Pouvoir d’autoépuration
86

Cours: Pr. MEZRIOUI

 IV-2) Bactéries - Système d’épuration biologique
↓
Dans tous ces systèmes épurateurs, les micro-
organismes (surtout les bactéries) sont largement mis
à contribution dans l’épuration des eaux car :
♣ grande diversité des réactions métaboliques des bactéries
♣ possibilités d’adaptation métabolique très diversifiées (température,
salinité, oxygénation….)
♣ potentiel génétique important
♣ mécanismes de régulation physiologiques et transport actif
♣ taux de croissance élevé.

87 Cours: Pr. MEZRIOUI

 IV-3) Micro-organismes auto-épurateurs
Ex. Achromobacter, Pseudomonas, Flavobacterium…..
↓
88

Déf. : Ce sont des micro-organismes capables de se développer au dépens de la MO

↓
Les espèces rencontrées résultent de la sélection exercée par : taux d’O2 dissous et
les exigences nutritionnelles de ces espèces
↓
• Dans une eau bien oxygénée = micro-organismes aérobies qui interviennent
(dégradation des polluants organiques)
• Dans une eau non oxygénée ou mal oxygénée = micro-organismes anaérobies
↓
Micro-organismes qui interviennent sont inféodés aux conditions environnementales
du milieu aquatique (exp. Les germes comme E. coli adaptés aux T=37°C du tube
digestif ne participe pas activement à l’épuration)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 IV-4) État des micro-organismes dans les eaux usées
89 ↓
* Les bactéries possèdent souvent une couche externe
mucogélatineuse de nature polysaccharidique
↓
* se développent dans des conditions de croissance
limitantes (rapport C/N élevé)
↓
* Ionisation des constituants chimiques → Formation
d’un floc bactérien
↓
Agrégation & adsorption
Cours: Pr. MEZRIOUI
 IV-5) Conséquences de l’adsorption et de
l’agrégation
90
↓
 Augmentation du temps de survie bactérienne dans
le milieu environnant par : protection des micro-
organismes des facteurs inhibiteurs de ce milieu
 Gène de l’effet des oxydants au cours du traitement
des eaux usées
 Sédimentation des micro-organismes en même temps
que celle de leur support: phénomène qui pourra
être exploité au cours du traitement des eaux usées.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Les différents systèmes biologiques où
interviennent les microorganismes
91

Parmi ces systèmes on peut citer:

• Les bassins de stabilisation ou d’oxydation (=lagunage naturel
par exemple)
• Les lits bactériens

• Les biodisques

• Les boues activées

• La percolation infiltration

• La sur-irrigation drainage

• Etc …… (autres)

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Classification des systèmes biologiques
92

Il existe deux types de systèmes:

a) Systèmes extensifs demandant:
• de grandes superficies
• un temps de séjour (= temps de rétention) très long plusieurs jours ou
mois)
• Presque pas d’énergie (énergie utilisée= celle issue de l’environnement)

• Ne nécessite pas de main d’œuvre qualifiée.

Exemple de ces systèmes: lagunage, percolation infiltration , …..

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Classification des systèmes biologiques
93

b) Systèmes intensifs:
• Superficies restreintes
• Consommateurs d’énergie
• Temps de séjour très courts (exprimés en heures)
• Nécessitant une main d’œuvre qualifiée.
Exemple de ces systèmes: Boues activées, lits bactériens etc…..

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Lagunage
94

Ce système possède plusieurs variantes:

Lagunage aérobie

Lagunage anaérobie

Lagunage de maturation

Autres
Ces variantes dépendent de plusieurs paramètres:

La profondeur du bassin

La forme des bassins

Le nombre de bassins

Etc…

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Lagunage facultatif expérimental de Marrakech
95

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Lagunage facultatif de Marrakech
96

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Station de traitement des eaux usées par Boues
activées
97

Le traitement par boues activées correspond à plusieurs étapes:

Les eaux usées brutes subissent dans l’ordre:
• Un traitement primaire
• dégrillage
• Un déshuilage
• Un dessablage
• Un traitement secondaire
• Décanteur primaire
• Aérateur: étape majeure dans le traitement: apport de l’Oxygène nécessaire à la
dégradation des MO par les BHA: Bactéries Hétérotrophes Aérobies)
• Décanteur secondaire ou clarificateur: séparation des boues des eaux traitées
• Stabilisation des boues en excès: leur traitement par différentes méthodes
Remarque: Une station par boues activées élimine essentiellement les MO.
Le risque sanitaire lié aux microorganismes pathogènes est toujours présents dans les
eaux traitées. Pour s’en débarrasser, il faut utiliser un traitement tertiaire (filtration sur
sable + traitement de l’effluent par UV: cas de la station par boues activées de
Marrakech).

Cours: Pr. MEZRIOUI

98

Activated Sludge= boues activées

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Rendement épuratoire= Efficacité épuratoire
99

Le rendement épuratoire d’un système de traitement est sa

capacité à réduire la charge organique et aussi les risques
sanitaires liés aux eaux usées traitées.
Cette efficacité épuratoire = f(type de système, ses
caractéristiques physiques, conditions environnementales,
etc…).

Il est connu qu’au points de vues élimination du risque sanitaire, les systèmes
biologiques extensifs (lagunage par Ex.) sont très performants par rapport
aux systèmes intensifs (Boues activées).

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Calcul de l’efficacité épuratoire
100

Le calcul de l’efficacité épuratoire (=% d’abattement) d’un système

vis-à-vis d’un paramètre « X » se fait en calculant:

[X]Entrée - [X]Sortie x 100

[X]Entrée
Entrée du système Sortie du système

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Exemple: Efficacité épuratoire de certains systèmes de
traitement
101
101
Localité et Nombre de bassins Temps de % d’abattement
dates séjour DBO5 CF Œufs
d’expé- total (en jours) d’Helminthe
rimentation s
Marrakech 2 bassins en série* 30 97 99,4 100
1985 - 1987
Marrakech 2 bassins en série** 22 53,4 98,4 100
1987 -1988
Ouarzazate 1 bassin anaérobie + 5 bassins
1990 - 1992 facultatifs + 2 bassins de 27,2 80,3 100 100
maturation
Boujaad 2 bassins anaérobies + 2
1992 bassins facultatifs + 2 bassins 7 45 99,9 100
de maturation

Cours: Pr. MEZRIOUI

 CHAPITRE V

Incidence des bactéries sur le fonctionnement

des milieux oligotrophes et eutrophes.

102 Cours: Pr. MEZRIOUI

 V-1) Relation bactéries - degré
d’oligotrophie
103

 Les bactéries hétérotrophes, tirent leur énergie de

l’oxydation de la matière organique;
 Elles représentent une part importante de la biomasse
planctonique totale, et cette contribution augmente avec le
degré d’oligotrophie ;
 La production de biomasse bactérienne représente environ
10 à 30 % de la production primaire dans les écosystèmes
sans apports extérieurs de matière organique.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 a) Incidence des bactéries sur le fonctionnement des
milieux oligotrophes
104

1. Un premier effet de l’activité bactérienne est donc la

production d’un surcroît de biomasse exploitable par
rapport à celle des producteurs primaires.
2. L’autre effet majeur du fonctionnement de la boucle
microbienne est la régénération des éléments minéraux.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 La chaîne alimentaire
105

Matière minérale

Végétaux et phytoplancton
Recycleurs (bactéries)

Herbivores et zooplancton

Carnivores et planctonophages Super-prédateurs

Prédateurs

Cours: Pr. MEZRIOUI

106
106

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Réseau trophique
107
107

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Boucle microbienne
108

Cours: Pr. MEZRIOUI

109

Le rôle des bactéries hétérotrophes dans les flux de

matière organique au sein de la colonne d’eau peut être
résumé dans le concept de «boucle microbienne » venant
se greffer sur la chaîne trophique classique. Dans ce
réseau, la matière organique dissoute produite par
l’excrétion du phytoplancton et l’activité du zooplancton
qui le consomme (bris du phytoplancton, excrétion, pelotes
fécales) est consommée efficacement par les bactéries
hétérotrophes.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 The microbial loop (Boucle microbienne): The existence of a second
major trophic sequence, the microbial loop, was realized when it
became clear that:
110

(a)= classical pelagic food chain;

(b)= incorporation of various microbial components
Cours: Pr. MEZRIOUI
 Figure 1.11
111

Cours: Pr. MEZRIOUI

112

Figure 1.11 Schéma simplifié (réseau trophique généralisé) des interactions trophiques dans les
milieux environnementaux d’eau douce pélagiques. Les microorganismes sont indiqués par des
cases ombrées.

Les flèches pleines indiquent la direction du flux de carbone, y compris: séquence trophique
principale et boucle microbienne (------->) Le flux de carbone des protozoaires fait partie des
principaux séquence (ingestion de pico-algues) ainsi que les effets microbiens boucle (ingestion
de bactéries). La séquence des organismes (individuel ou en groupe) du carnivore supérieur
(poisson) au les producteurs primaires (algues) sont appelés trophiques Cascade. L’assemblage
de zooplancton est représenté par trois grands groupes (rotifères, copépodes et cladocères), et
phytoplancton par les pico-algues, petites colonies et une seule micro-algue, et de grandes
formes coloniales. Le DOC est du carbone organique dissous

Cours: Pr. MEZRIOUI

 LES MICRO-ORGANISMES : PRINCIPAUX ACTEURS DES
ÉCOSYSTÈMES AQUATIQUES
113

Dans un seul millilitre d’eau de lac ou de rivière, peuvent se développer de 1 à 10 millions de

micro-organismes. Acteurs invisibles mais essentiels du fonctionnement de la biosphère, ces micro-
organismes jouent un rôle prépondérant dans les flux de matière et d’énergie au sein des
écosystèmes aquatiques. Les micro-organismes aquatiques forment, par des interactions
multiples, un réseau trophique microbien extrêmement complexe. Ce réseau est composé,
notamment, de la boucle microbienne, c’est-à-dire de bactéries hétérotrophes, qui utilisent la
matière organique dissoute, et de protistes phagotrophes, qui consomment les bactéries. La
boucle microbienne accroît la productivité des milieux en transférant une part significative de la
production picoplanctonique vers les niveaux trophiques supérieurs. Ces conclusions se
démarquent de l’hypothèse classique, qui attribue la quasi-totalité du flux de matière à la voie
photosynthétique (phytoplancton  zooplancton  poissons) .

Par ailleurs, l’impact des virus sur la boucle microbienne n’est pas à sous-estimer, car ils sont
responsables de 10 à 30 % de la mortalité des communautés bactériennes et
phytoplanctoniques. Parce qu’ils favorisent les processus d’échanges et de recombinaison du
matériel génétique, les virus représentent probablement un facteur essentiel dans la dynamique
de la diversité.
Cours: Pr. MEZRIOUI
114

Cette biomasse bactérienne produite est consommée par le

nanoplancton hétérotrophe et retourne ainsi dans le réseau
trophique. Les éléments minéraux libérés de la matière
organique peuvent ainsi connaître une deuxième vie dans la
couche euphotique et servir à produire un surcroît de
production primaire, dite de régénération. Toutefois, ce rôle
varie considérablement avec l’état trophique de ces
écosystèmes.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Incidence des bactéries sur le fonctionnement des milieux
eutrophes
115

Dans les écosystèmes eutrophes, recevant généralement des

apports extérieurs, qu’ils soient d’origine terrestre ou
benthique, naturels ou issus de l’activité humaine, la production
bactérienne augmente considérablement et peut excéder la
production primaire.

Cours: Pr. MEZRIOUI

116

Le « bactérioplancton = ∑bactéries » est composé de

cellules plus grosses et une proportion importante est
attachée sur des particules. Elles peuvent être alors
activement consommées directement par des ciliés ou le
meso-zooplancton et accroissent ainsi la productivité
terminale de ces écosystèmes déjà riches.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Exemple: Eutrophisation
117
117

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Conclusion
118

Ces quelques exemples sur des écosystèmes aquatiques situés aux deux
extrémités de la gamme trophique montrent que le bactérioplancton
hétérotrophe joue un rôle déterminant et varié dans leur fonctionnement
et dans leurs propriétés macroscopiques (productivité, recyclage,
rétention, exportation…). On sait en effet maintenant que les
conséquences de la boucle microbienne dans le fonctionnement des
réseaux trophiques planctoniques dépendent très largement des
conditions de milieu (degré trophique, éléments limitants, structures de
tailles, etc..). L'écologie microbienne est donc une discipline essentielle
dans l'étude des cycles biogéochimiques au sein des écosystèmes
aquatiques.
Cours: Pr. MEZRIOUI
119

CHAPITRE VI

Étude de la survie bactérienne

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-1) Les principales stratégies de survie sont :
120

1. La production de toxines qui détruisent les cellules du système immunitaire et

éventuellement les tissus permettant ainsi la dissémination des
microorganismes.
2. Le camouflage, c'est-à-dire le mimétisme moléculaire qui permet aux
microorganismes de ne pas être reconnu facilement par les défenses
immunitaires.
3. La métamorphose c'est à dire un changement brutal des antigènes exposés en
surface des germes (variation antigénique qui permet la survie « itérative » du
microorganisme dans le microenvironnement de l'hôte).
4. La recherche d'un sanctuaire c'est à dire la quête d'un lieu où le système
immunitaire ne « verra « pas le microorganisme qui survit dans même de
l'hôte et parfois même dans les cellules du système immunitaire.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Les principales stratégies de survie sont:
121

 Le parasitisme intracellulaire est défini par la capacité d'un germe

pathogène de trouver sa source de nutriments et sa niche écologique à
l'intérieur même des cellules de l'organisme, restant ainsi à l'abri des
défenses immunitaires de l'hôte.
 Lors de leur vie intracellulaire, ces microorganismes vont de plus être
difficilement accessibles aux drogues telles que les antibiotiques.
 Le système immunitaire, pour se déloger de leur niche écologique,
devra mettre en œuvre une immunité cellulaire T souvent difficile à
induire, expliquant la difficulté de la vaccination contre les pathogènes
intracellulaires.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2) Étude de la survie bactérienne
-----------------
122

Le traitement des eaux usées par bassins de stabilisation,

c’est un procédé extensif très efficace dans le traitement
des eaux usées. Cependant, les mécanismes par lesquels
ce système élimine les bactéries pathogènes restent le
sujet de débat. En effet, il fait intervenir des processus
complexes qui résultent de l’interaction des facteurs
physico-chimiques et biologiques régnant dans le milieu.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-1) La croissance microbienne - Facteurs limitants
RAPPEL
123

Disparition d'un composé essentiel à la nutrition bactérienne;

Mécanisme de régulation (produit final de la réaction toxique, …);

Mécanisme de compétition entre les micro-organismes;

Variations physico-chimiques du milieu : pH, température...;

Présence d'agents chimiques ou bactériostatiques.

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2) Facteurs intervenant sur
la survie bactérienne

124
SURVIE BACTERIENNE = maintien de la viabilité bactérienne sous des conditions
défavorables du milieu

1) FACTEURS PHYSIQUES :
 Dilution
 Sédimentation (effet protecteur)
 Température
 Rayonnement solaire….(Maroc 216h/mois: 1700J/Cm2/J)

2) FACTEURS CHIMIQUES :
 Salinité
 Nutriments: manque de nutriments = mortalité (Diminution de survie des Coliformes si
MO<20mg/L)
 pH
 Oxygène….

3) FACTEURS BIOLOGIQUES
 Prédation
Cours: Pr.  Bactériophages
MEZRIOUI  Antibiose….

4) Approche expérimentale pour l’étude de la survie: en Microcosmes

 VI-2-2-1) Facteurs physique
 Dilution
 Sédimentation
 Température

5 Thermophiles

Mésophiles Hyperthermophiles
4
Taux de croissance

3
Psychrophiles
2

0 15 30 45 60 75 90 105 120

Température en °C

125 Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2-1) Facteurs physique

 Rayonnement solaire
 Pression

Barophiles Barophiles
faibles extrêmes

Barophiles
5
modérés
Taux de croissance

4
1bar par 10m
3 de profondeur

200 400 600 800 1000 1200

126 Pression en bars
Cours: Pr. MEZRIOUI
 pH
Acide 0

1 Acidophiles Micro-organismes procaryotes et

extrêmes eucaryotes
2

3
Animaux, végétaux
4 Acidophiles

5 VI-2-2-2) Facteurs chimiques:

6 Le pH
7 Neutrophiles
8

10
Alcalinophiles Micro-organismes procaryotes et
11 eucaryotes
12
Alcalinophiles
13 extrêmes
127 Cours: Pr. MEZRIOUI
Basique 14
 VI-2-2-2) Facteurs chimiques
La salinité
Halophiles
faibles = bactéries marines
Halophiles extrêmes

5 Halophiles
modérées
4
Taux de croissance

saturation
1 2 3 4 5

128 Cours: Pr. MEZRIOUI NaCl en moles par litres

 VI-2-2-2) Facteurs chimique
129

 Manque de nutriments

 Oxygène dissous
 etc…

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-3) Facteurs biologiques
130

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2-3-1) Phénomène de parasitisme :
131

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Exemple : Bactériophages + Bdellovibrio
bacteriovorus
132

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Bactériophages + Bdellovibrio
bacteriovorus
133

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2-3-2) Phénomène de lyse
134

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2-3-3) Phénomène de proie
135

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Compétition: principe d’exclusion compétitive
136

 Ci-haut deux espèces de

Paramécies (P. aurelia et P.
caudatum) en culture
distinctes avec constance de
bactéries atteignent touts
deux la capacité limite du
milieu.
 Cultivées conjointement
(illustré en bas), P aurelia se
nourrit plus efficacement et
élimine P. caudatum de la
culture….

Cours: Pr. MEZRIOUI

 Modélisation du système proie -
137
prédateur

Cours: Pr. MEZRIOUI

 VI-2-2-3-4) Relation bactérie-algue
DOM pool

138

Allochtone -
DOM + Production du -
Bactérioplancton
+
- Nutriments
+ (N, P)

PDOM - Production du -
+
+ Phytoplancton

-
CO2 +
Cours: Pr. MEZRIOUI

Conceptual model of organic matter flow in a nutrient- limited plankton system. Boxes indicate
phytoplankton orbacterioplankton production. Ovals indicate abiotic pools of dissolved organic or inorganic (CO 2 )
carbon or mineral nutrients (e.g. N or P). The available DOM pool, composed of allochthonous labile organic
matter (Alloch DOM) and PDOM, is indicated by a dashed line. Arrows indicate direction of fluxes. Signs ( þ or 2)
indicate responses of the system to relative amounts of available Alloch DOM input to PDOM input. Signs above arrows
are for when Alloch DOM input exceeds PDOM input. Signs below arrows are for when Alloch DOM
input is less than PDOM input. The model is highly simplified, with only fluxes and compartments relevant to the study
indicated, and the effect of light intensity not considered.