PLAN

I- INTRODUCTION- DEFINITION
II- TAXONOMIE- CLASSIFICATION
III- CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
IV- EPIDEMIOLOGIE
V- PHYSIOPATHOLOGIE
VI- CLINIQUE
VII- DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
VIII- PRINCIPALES ENTEROBACTERIES
IX- TRAITEMENT
X- PROPHYLAXIE
XI- CONCLUSION
I- INTRODUCTION
Les entérobactéries constituent l'une des plus importante familles
de bactéries;

Groupe hétérogène : soit pathogènes (Shigella,Yersinia pestis), soit

commensales (Escherichia coli, Proteus mirabilis, Klebsiella), soit
encore saprophytes (Serratia, Enterobacter).

Tube digestif des animaux et de l'homme, sur des plantes

Indicatrices de contamination fécale des sols et des eaux.

On les retrouve dans une très grande majorité de prélèvements

Émergence des résistances de certaines souches aux antibiotiques et

échec thérapeutique.
Définition des entérobactéries:
Bacilles à Gram négatif ;
Immobiles ou mobiles grâce à une ciliature péritriche ;
Aérobies anaérobies facultatifs ;
Se développant aisément sur milieu ordinaire ;
Fermentant le glucose ;
Ne possédant pas d’oxydase ;
Possédant une catalase à l’exception de Shigella
dysenteriae ;
Réduisant les nitrates en nitrites
 II- TAXONOMIE- CLASSIFICATION
• Compte plus de 30genres et + de 130 espèces.
• Seules certaines espèces dans la famille des entérobactéries
comportant un intérêt médical, seront détaillés :

Escherichiae Klebsiellae Proteae Yersiniae

Escherichia Salmonell Shigella Citrobacter Klebsiella Enterobacter Serratia Proteus Providencia Morganella yersinia
a

coli Thypi dysenterie freundii oxytoca cloacae marcesens vulgaris rettgeri morganii enterolitica
pestis
Parathypi Sonnei koseri pneumonia Aaerogenes mirabilis stuartii
A et C e
Flexneri penneri alcalificiens
mineurs
boydii

TRIBU - GENRE - ESPECES -

III- CARACTÈRES BACTÉRIOLOGIQUES
1/-Caractères morphologiques:
 BGN, 2- 3long/0.4- 0.6 large. polymorphes

 Mobiles (ciliature péritriche)

ou immobiles (Klebsiella, Shigella, Yersinia pestis).

 Non sporulés.

 Peuvent être capsulées ( Klebsiella).

 La +part des espèces pathogènes pour l'homme possèdent des

fimbriae ou pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.
2/-Caractères culturaux:
 Poussent en milieu ordinaire (bouillon ou gélose) en 24h à 37°C.

 En milieu liquide, les colonies d’entérobactéries occasionnent

un trouble uniforme du bouillon.

 En milieu gélosé, Les colonies sont bombées, lisses, brillantes,

Ø > 1 mm.
=> Differents types de colonies :
 Colonies S (smooth) : arrondies, lisses, humides, blanches voir
translucides.

 Colonies M (muqueuses) : grosses colonies, mielleuses,

confluentes (klebsiella).

 Colonies R (rugeuses) : ( bactéries vieillies ou anormales),

rugueuses, sèches à contours irréguliers et mates.

 Envahissement de la gélose => former un tapis uniforme: proteus.

3/-Caractères biochimiques:
 Caractéres biochimiques communs:

 Aéro-anaérobies facultatifs, ( poussent en présence et absence de

O2)
 Fermentent le glucose
 Oxydase -
 Nitrate réductase + ( réduction de nitrate en nitrite)
 Catalase + (Sauf shigella)

 Caratères biochimiques de différenciation:

 le matériel enzymatique( TDA, UREASE, TRYPTOPHANASE, ADH, LDC, ODC)

 La fermentation des sucres ( lactose, saccharose , autres )
4/-Caractères antigéniques:
•Présentent 3 types d’antigènes O ( paroi), H (flagelle), et K
( capsule)
•Permettent de classer en sérotypes les souches de même
espèce ou genre
• Grand intérêt épidémiologique
5/-Facteurs de virulence:
 Reconnaissance de l’hôte - fixation aux tissus ou aux cellules:
Facteurs d’adhésion bactériens aux épithéliums (pilis et fimbriaes).
 Invasion et destruction tissulaire
Enzymes détruisant les cellules et les tissus
 Exotoxines
Toxines ayant un mode d’action spécifique( entérotoxines)

 Destruction et désorganisation du système immunitaire:

Endotoxines =>choc endotoxinique: LPS des BGN
 Présence de capsule:
protection contre la phagocytose par les macrophages, Ex: Klebsiella
IV- EPIDEMIOLOGIE
1/Réservoir :
Ubiquitaire
 Homme: constitue 2/3 de la flore normale du tube digestif, avec
90% pour Escherichia coli
 Animaux
 Environnement( hôpitaux, les plantes, sol, eaux…)
Yersinia: aliments congelés/ rongeurs

2/Transmission : large

 Directe: manu portée…

 Indirecte: Environnement (eau, aliments, sol), Vecteurs
(puces, tiques, moustiques)
 Porteurs sains:( ex: salmonelles mineurs)
3/Facteurs favorisants:
 Déséquilibre de la flore normale/ Antibiotiques
 Défaillance immune: Infection Nosocomiale (Cathéter, sondes,
chirurgie…)
 Mauvaise Hygiène : Péril fécal ( mains, eau, aliments).
 Mauvaises conditions d’élevage des animaux ( poulets/
salmonelles mineurs)

4/Aspects épidémiologiques:
 Endémique: shigelle
 Épidémique: salmonelles mineurs

5/ Réceptivité: Totale
 Sujets prédisposés: personnes âgées, Immunodéprimés, Nouveau-
nés ( méningites à E.coli)
 Il existe une immunité acquise aux entérobactéries mais non
protectrice ( vaccin à renouveler /3 an pour salmonelle
V- PHYSIOPATHOLOGIE
1/Contamination :
 Absorption d'eau ou aliments contaminés par des selles de malades ou
de porteurs sains.
2/ Types de pathogènes:
 Pathogènes spécifiques (shigelle):
 A l’origine des diarrhées cholériformes ou dysentériques.
 Pathogènes opportunistes (sérratia):
 Déséquilibre de la flore
 Défaillance du système immunitaire

3/ Mécanisme:
 Invasion et altération de la membrane
 Sécrétion des toxines
VI- Clinique
1/ Pathogènes spécifiques:
Syndrome dysentérique:
 Diarrhée glaireuse et sanglante
 Douleurs abdominales
 Fièvre
Syndrome cholériforme:
 Diarrhée liquide, aqueuse, abondante,
 Absence de fièvre
Peste (Yersinia pestis)
2/ pathogènes opportunistes:
 Infections urinaires
 Infections nosocomiales
 Septicémies
 péritonites…
VII- DIAGNOSTIC BACTÉRIOLOGIQUE

1/ Prélèvements :
 Selon le site infecté
 Types de prélèvements: Selles, Urines, LCR, Ponctions, Pus…
 De la qualité du prélèvement dépendra l’exactitude du
diagnostic:
Ex: urines / LCR

 Les conditions de transport et de conservation variable

selon le prélèvement
Ex: yersinia ( triple emballage pour la protection du
manipulateur,)
 2- Ensemencement
urines selles Ponctions Prélèvements Eau
LCR pulmonaires aliments

Milieux •BCP •BCP •Sang •BCP

ordinaires •Sang cuit

Milieux •chromogène •SS •Mac

sélectifs •Hektoen conkey

Milieux •Cœur_cervelle:
enrichis •Tryptophane _ soja:

Culture à 37° ; 18h ; aéro ou/ et anaérobiose (10% de co2)

Cas yersinia: culture lente ( 48h-72h) entre 25-30°
3/Examen macroscopique
 Hématique
 Purulent
 Couleur ( LCR, liquides de ponctions…)
 Trouble
 Salivaire ( crachat…)

4/Examen microscopique:
 Coloration de Gram
 Mobilité entre lame et lamelle

5/ Isolement :
 Aspect des colonies : taille , forme
 Couleur des colonies
 Présence ou non de pigments
 Odeur ( proteus)
6- Identification
1- Tests biochimiques

 Les caractères biochimiques permettent de différencier entre

différentes espèces d’entérobactéries

 Détection de la fermentations de différents sucres: glucose,

lactose, saccharose, mannitol,

 Détection de certaines enzymes comme LDC, ODC, ADH, TDA,

uréase, catalase…
 Caractéres biochimiques de certaines entérobactéries
E.coli Klebsiel Enterob Serratia Salmon Shigella Proteus Provide Morgan Citroba
la acter ella ncia ella cter

lactose + + + + V V - - - +
VP - + + +- - - - - - -
TDA - - - - - - + + + -
H2S - - - - +/- - +/- - - +/-
GAZ + + - + V +
mobilité + - + + + - + + + +
Urée - + - - - + + - -
indole + -/+ - - - +/- +/- + + +/-
citrate - + + + +/- - V + - +
LDC - + +/- + +/- - - - -
 L’API 20E:

Préparation de l’inoculum

1 seule colonie

Suspension d’opacité 0,5 sur l’échelle de Mac Farland

2- Sérotypage: Agglutination:
 But :
Différencier les souches de microorganismes en fonction de
leur composition antigénique (sérotype ou sérovar) grâce à une
technique sérologique (qui utilise des anticorps).
 Principe:
Les antigènes solubles sont libérés au préalable par chauffage à
100° C pendant 15 min (spécialement chez salmonella et
shigella )
On met en contact, sérum et anticorps spécifiques

3- Biologie moléculaire: PCR

PEU UTILISEE EN PRATIQUE
 7- Sérodiagnostic: diagnostic indirect

 But:

Détecter la production d’anticorps par l’organisme

 Principe :

 la Recherche d'anticorps s’ effectue par ELISA (Enzyme linked

immuno sorbent) ou par immunofluorescence
 2 sérologies à 15 jours d’intervalles
 Augmentation des anticorps 4x le premier titre = Séroconversion
positive
 8- Antibiogramme:
But:
Détermination de la sensibilité d’une souche à un
antibiotique donné
Surveillance épidémiologique
Aide à l’identification ( Serratia)

Méthode:
Un antibiogramme doit obligatoirement être effectué sur
une souche pure et identifiée
On prépare un inoculum de densité donné
VIII Principales entérobactéries
Escherichia coli
 Habitat: une espèce versatile

Commensale aéro-anaérobie
la plus fréquente de la Bactérie retrouvée dans
flore digestive des l’environnement aquatique
vertébrés à sang chaud

Principal pathogène intra et

extraintestinal
 Caractère bactériologiques
Bacille à Gram négatif, mobile.
Lactose +, Indole+, Glucose +, Gaz +
Antigènes O: Paroi
Antigènes H: Flagelles
Antigènes d’adhésion : pilis
 Pouvoir pathogène
 E. coli est responsable de nombreuses
infections communautaires ou nosocomiales

Infections extra intestinales

- Infections urinaires :
 spontanées (communautaire) ou après instrumentation
(nosocomiales)
 origine intestinale  colonisation du méat et de l’urètre 
infection par voie ascendante
 adhésines : fimbriae portées par E. coli  adhésion aux cellules de
l'appareil urinaire (cystite, pyélonéphrite, prostatite)
 - Septicémies
20 à 40 % des septicémies
- Infections neuroméningées
méningite néonatale (Ag K1)
- Infections abdominales
appendicite, péritonite, cholécystite, abcès du foie
- Infections ostéoarticulaires
- Infections génitales
urétrites, orchiépididymite, vaginites, salpingites
Infections intestinales: 6 pathovars principaux
- E. coli entéropathogène (EPEC)
Gastroentérites infantiles (certains sérotypes O111)
- E. coli entérotoxinogène (ETEC) :Turista
"diarrhée du voyageur"
- E. coli entéroinvasive (EIEC)
Diarrhées glairo-sanglantes: dysenterie, Proches des Shigelles
- E. coli hémorragique (EHEC)
Sérotype principal O157: H7 (>100 sérotypes)
Diarrhée sanglante, peut s’accompagner du Syndrôme hémolytique et urémique
(thrombopénie, hémolyse et insuffisance rénale aiguë)
- E. coli entéroaggrégatif (EaggEC)
- E. coli à adhésion diffuse (DAEC)
 Diagnostic biologique
Prélèvements:
 Infections urinaires :
Examen cytobactériologique des urines
 Infections neuroméningées
Liquide céphalo rachidien
 Infections abdominales
Liquides péritonéaux, biliaire, ascite
 Infections ostéoarticulaires : Biopsies, tissus
 Infections intestinale: Selles
 Sepsis : Hémoculture
 Isolement : sur milieu solide lactosé (BCP)
Identification :
Caractères morphologiques : Bacilles Gram(-)
Caractères biochimiques :
 (voir caractéristiques généraux des entérobactéries
ainsi que les caractéristiques spécifiques (lactose(+),
gaz(+), indole(+)).
Antibiogramme : On peut avoir 30 à 40% de
résistance aux sulfamides ou aux Béta-lactamines.
Sérotypage : pour les souches d’E coli
entéropathogènes.
Recherche d’entérotoxines : pour les souches d’E
coli entérotoxinogènes.
 Traitement
 Préventif : prophylaxie des diarrhées
épidémiques ainsi que des mesures d’hygiène.

 Curatif : il faut se baser sur un antibiogramme et

la localisation du germe.
E coli est habituellement sensible aux antibiotiques
actifs sur les bacilles à Gram négatif.
VIII Principales entérobactéries
Salmonella
 Taxonomie
Le genre Salmonella est composé maintenant de 5 espèces
- S.choleraesuis
- S.enteritidis
- S.paratyphi
- S.typhi
-S.typhimurium

Épidémiologie
Mode endémique
Réservoir strictement humain
Transmission directe ou indirecte
 Caractères bactériologiques
Morphologie
Bacilles à Gram négatif de 2 à 4 μm L sur 0,4 à 0,6 de l
Très grande mobilité

Caractères biochimiques
Ne fermentent pas le lactose
production d’H2S

Caractères antigéniques
AgO : paroi
Ag Vi : Ag d’enveloppe qui peut masquer Ag O
n’est présent que chez S.typhi, S.paratyphi C et S.dublin
Ag H: Ag flagellaire (salmonelles mobiles)
 Pouvoir pathogène

Pathogène exclusif de l’homme (ex :S.typhi) ou pour l’animal

ou le plus souvent pour les deux.

forme septicémique: typhoïde, paratyphoïde

Contamination orale (hydrique), incubation de 14 j

Fièvre (40 à 41°C), diarrhée, état de prostration (tuphos)

Complications: hémorragies, perforations digestives

Formes digestives:

contamination massive (glaces, pâtisseries, mayonnaise)

toxi-infection alimentaire

Syndrome digestif apparaissant 8 à 10 h après l’ingestion de

l’aliment contaminé (collectivités, maison de retraite)
Guérison spontanée en quelques jours
Formes extra-digestives : rares

Infections urinaires, cholécystites, méningites, ostéites

 Diagnostic bactériologique
I- Diagnostic bactériologique direct
► Prélèvement :
- Cas des fièvres typhoïdes :
- Hémoculture : positive chez 75 % des malades à la 1ère semaine
(3 hémocultures à 1 ou 2 jours d’intervalle)
- Coprocultures (selles) : souvent négatives à la 1ère semaine mais
restent longtemps positives
La règle : il faut faire hémoculture + coproculture pour avoir un
diagnostic dans 90% des cas
- Cas des toxi-infections alimentaires :
- Coproculture
- Produits alimentaires

41
► Culture
Milieu sélectif :
- Nécessaire pour les prélèvements polymicrobiens :coproculture
- On utilise des milieux riches en sels biliaires : SS (Milieu
Salmonelle Shigelle) ou milieu Hektoen
Milieu liquide d’enrichissement :
- Nécessaire car le nombre de Salmonelle est faible dans les
prélèvements (selles, aliments)
- On utilise des milieux à base de sélénite ou de tetrathionate

42
► Identification :
- Aspect des colonies sur milieux sélectifs : colonies lactose –
avec un centre noir (H2S +)
- Coloration de Gram : BGN
- Identification biochimique : galerie classique, galerie API
- Identification antigénique :
- Par test d’agglutination sur lame à l'aide d'immuns sérums.
- Sur des colonies isolées, on recherche d'abord l'antigène O de
groupe puis à l'aide du tableau de Kauffmann White, on étudie
les spécificités H

43
• lire la galerie,

• Si Salmonella est identifiée : Sérogrouper

44
 II- Diagnostic bactériologique indirect
Le sérodiagnostic d'une fièvre typhoïde ou sérodiagnostic de
Félix
- Consiste à rechercher les anticorps du malade en présence de
suspensions antigéniques O et H de S. Typhi, Para A, B et C.
- Les anticorps anti O apparaissent les premiers vers le 8ème j
de la maladie et disparaissent plus rapidement au bout de
7 semaines
- les anticorps anti H apparaissent vers le 11ème j de la
maladie et persistent plus longtemps.

45
Cinétique des anticorps O et H au cours
de la fièvre typhoïde
typhoïde
 Traitement
Typhoïde, paratyphoïdes
Antibiotique ayant une bonne diffusion dans les ganglions
lymphatiques
Ampicilline (bonne élimination biliaire, concentration dans les
ganglions moyenne)
Ceftriaxone
Fluoroquinolones
Recommander une posologie progressive pour éviter une lyse
bactérienne massive et un sepsis
Entérites et intoxications alimentaires
Antibiotiques pour les nourrissons et les personnes âgées.
sinon un traitement symptomatique car risque de sélection de
souches résistantes. Guérison spontanée en quelques jours
 Prévention
Règles d’hygiène:
Individuelles
Personnels des cuisines, des industries alimentaires
Maladies à déclaration obligatoire

Vaccination

Typhim : préparé à partir du polyoside capsulaire Vi de S.Typhi

Bonne efficacité et bonne tolérance
VIII Principales entérobactéries
Shigella
Taxonomie
4 espèces sont individualisées
sur les plans biochimique et antigénique

Shigella dysenteriae: 10 sérovars

Shigella flexneri: 6 sérovars

Shigella boydii: 15 sérovars

Shigella sonnei: 1 sérovar

 Caractères bactériologiques
Bacille à Gram (-), immobile, aérobie-anaérobie
facultatif
Cultive facilement mais en faible quantité

Sur milieu sélectif: gélose salmonelle-shigelle (SS):

colonies incolores
Vitalité: faible en culture

Structure antigénique:
Ag O somatique
Ag K d’enveloppe
Caractères biochimiques: peu nombreux
Lactose (-)
 Epidémiologie
- Le seul réservoir: le tube digestif de l’homme
Mais ne font pas partie de la flore normale
Il existe des porteurs sains

- Transmission féco-orale à partir des malades ou

des porteurs sains

- La dissémination de la bactérie se produit par

l’intermédiaire des aliments, de l’eau contaminée, des
mains sales, des matières fécales.

- Potentialités épidémiques
 Pouvoir pathogène
Agents de syndromes dysentériques
Il existe de grandes variations dans la gravité des
infections
La forme la plus sévère est la dysenterie
bacillaire de Shiga
Incubation de 24h
Début brutal : nausées, vomissement de bile,
crampes abdominales, fièvre à 39°C, diarrhées
sanglantes, mucopurulentes et douleurs
abdominales, selles fréquentes: 20 à 30 /j
Déshydratation,
Complications: péritonites, paralysie des
membres
 Diagnostic bactériologique
Direct:
Aspect des selles ; un frottis montrera la présence de
nombreux polynucléaires
Coprocultures : ensemencement des selles sur
milieu sélectif
Gélose salmonelle-shigelle: colonies incolores
Identification biochimique +typage

Indirect
Sans intérêt
 Traitement et Prévention
Traitement symptomatique
Pallier la perte hydrominérale par voie orale ou par
perfusion
Antibiothérapie: shigelles très sensibles aux
antibiotiques; peu de souches résistantes
Localement par VO: polymyxines, néomycine non
absorbés par muqueuse intestinale
Aminopénicilline, céphalosporines, fluoroquinolones VO
Par voie générale: gentamicine IM ou IV
Traitement d’une dizaine de jours
Prophylaxie: mesure d’hygiène, contrôle des eaux
d’alimentation.
Essai de mise au point d’un vaccin
Le groupe (KES) comprend trois genres
d’entérobactéries: Klebsiella, Enterobacter, Serratia.
Ils ont en commun :
Lactose (+)
ONPG (+) « Béta-galactosidase »
VP (+)
 Pathogènes opportunistes isolées d’infections
urinaires et pulmonaires, de pus, de septicémies…avec
une fréquence croissante en milieu hospitalier.
L’emploi intensif des antibiotiques a conduit à la
sélection de souches multirésistantes de KES.
VIII Principales entérobactéries
PROTEUS ET PROVIDENCIA

TDA (+) « tryptophane désaminase (+) ».

Hôtes normaux du tube digestif humain ou
animal
Peuvent dans certains cas devenir pathogènes
en donnant des entérites, cystites, otites,
méningites………
 VIII Principales entérobactéries
YERSINIA
 Avec trois espèces :
 Yersinia pestis : agent de la peste
 Yersinia entérocolitica : donne des gastro-entérites et autres localisations
 Yersinia pseudotuberculosis : donne rarement des septicémies, adénite
mésentérique qui peut être confondue avec une appendicite aiguë qui
est plus fréquente.
 Ils ont des caractères en commun :
 Uréase (+)
 Lactose (-)
 TDA (-)
 Ce sont des bactéries qui peuvent se multiplier à très basse
température sauf « Y. pestis ».
IX TRAITEMENT
Le traitement des diarrhées est svt symptomatique.

Le grand danger est la déshydratation.

En cas de fièvre et d’invasion, l’antibiothérapie sera

nécessaire selon l’antibiogramme.
X PROPHYLAXIE

La lutte contre la mauvaise hygiène

Vaccin: Salmonella typhi.
La lutte contre la peste:
Dératisation.
Amélioration des conditions d’ hygiène.
XI- CONCLUSION

Le rôle du LABORATOIRE dans le

diagnostic des ENTEROBACTERIES est
prépondérant. Il permet le diagnostic,
l’évaluation du niveau de résistance d’une
Entérobactérie, la lutte contre l’émergence
des résistances, et la surveillance
épidémiologique