MICROBIOLOGIE DE

L’ENVIRONNEMENT

Master 1: BIOTECHNOLOGIE ET VALORISATION DES PLANTES

 Généralités
La microbiologie est une sous-discipline de la biologie basée sur l'étude
des micro-organismes et des relations avec leur environnement. Les
micro-organismes sont des êtres vivants très petits dont la taille est
nettement inférieure au pouvoir de résolution de l'œil humain et qui
doivent être examinés au microscope.

Avant la découverte des microorganismes (le monde vivant était

séparé en 2 groupes)
  Importance de la microbiologie
Certains micro-organismes sont indispensables a la vie.
Parmi leurs nombreux rôles, ils sont nécessaires au cycle
géochimique et à la fertilité des sols. Ils sont très utilisés
pour confectionner certains produits pharmaceutiques et la
production d'aliments très variés. Depuis les anciens temps,
les micro-organismes (bactéries et levures) ont été utilisés
dans la vinification et la panification. D'un autre coté, ils
peuvent être à l'origine de très graves maladies végétales et
animales et des toxi-infections alimentaires à allure
épidémique. Notons toutefois que les microbes sont
largement utilisés dans des laboratoires de recherche pour
l'étude des processus cellulaires.
 Différents types de microbiologie
 Appliquée : l’étude et l’exploitation des
microorganismes pour le bénéfice de la société

 Environnementale : L’étude des microorganismes dans

leur environnement pour une meilleure compréhension
des mécanismes de l’écologie et une meilleure
conservation des milieux

 Clinique : l’étude des microorganismes pathogènes et

de leurs effets sur l’homme
Caractéristiques générales de la cellules procaryotes

Elles ne possèdent pas de noyau individualisé, et ont un

seul chromosome en forme d'anneau, même si elles
peuvent posséder de petits chromosomes additionnels
appelés plasmides qui baigne directement dans le
cytoplasme.

La membrane plasmique est entourée d’une paroi non-

cellulosique (le peptidoglycane) différente de celle des
levures et des cellules végétales.
 La taxonomie microbienne

la classification: méthode qui permet de classer des objets

ou des organismes en groupes apparentés sur la base de
critères divers. lorsque les objets sont des organismes , leur
classification s'appelle taxonomie ou taxinomie.
le but : permettre la description de groupes d'organismes
distincts et reconnaissables.
 Différentes approches de la taxonomie

 Taxonomie phénotypique : basée sur une estimation objective

des ressemblances (étude du phénotype): morphologie
macroscopique; morphologie microscopique; mobilité;….…
-Ce sont des caractères anatomiques ou physiologiques mis en
évidence par des tests simples .

 Taxonomie génotypique: L'étude globale du phénotype d'un

individu , ne renseigne que très imparfaitement sur la nature du
génome, car :
- Des individus très différents génétiquement mais peuvent
présenter les mêmes propriétés physiologiques.
- Le phénotype ne peut exprimer la totalité du génotype.
 Taxonomie immunologique: les bactéries sont des mosaïques
d'antigènes. l'identification de ces structures de surface peut être
utilisée à des fins taxonomiques.

 Chimiotaxonomie : analyse physico-chimique des cellules

bactériennes ou de leurs composants dans un but taxonomique.
Ex: chez les bactéries à Gram positif, la composition en acides
aminés du peptidoglycane peut être un critère de genre
 La physiologie bactérienne :
 95% du poids sec de la cellule est composée de C, O, H, N, S, P,
Ca, Mg, Fer. Ils sont donc nécessaires aux micro-organismes en
quantité importante.

 LES MACRO-ELEMENTS: C, O, H, N, S, P sont des

constituants des glucides, lipides, protides, et acides nucléiques.

 LES MICRO-ELEMENTS: Le Ca contribue à la thermo

résistance des endospores. Le Mg est un cofacteur de nombreux
enzymes, stabilise les ribosomes et les membranes cellulaires. Le
fer est un cofacteur d’enzymes et protéines de transport d’électrons.

 LES FACTEURS DE CROISSANCE: vitamines, acides aminés

 Sources d’énergie :
 Lumineuse : captée durant la photosynthèse :phototrophes.
 Energie provenant de l’oxydation de molécules :chimiotrophes
 Lorsque les donneurs d’électrons sont:
- minéraux:
- PHOTOLITHOTROPHES/ CHIMIOLITHOTROPHES .
- -matière organique :
PHTOORGANOTROPHES/CHIMIOORGANOTROPHES
• Sources de carbone :
-CO2 : AUTOTROPHES
- Composés organiques : HETEROTROPHES.
 Les besoins spécifiques
-Les bactéries qui ont besoin : AUXOTROPHES
- Les bactéries qui n’ont pas besoin : PROTOTROPHES
 Mesure de la croissance
1. Mesures directes :

 Dénombrement des bactéries après culture :
 Mesure directe du nombre de cellules sous
microscope :
 Mesure par filtration sur membrane :
 2. Mesures indirectes

 La mesure de la turbidimétrie :
On utilise un spectrophotomètre (La mesure de la densité optique)
pour mesurer cette turbidimétrie. C’est la technique la plus
simple, la plus rapide et la plus utilisée. Elle consiste à mesurer
la lumière absorbée par une suspension bactérienne à l'aide
d'un spectrophotomètre réglé à une longueur d'onde de 620 nm
 Mesure de la biomasse :

De très nombreuses techniques permettent de mesurer la

biomasse : détermination du poids sec, mesure d'un ou
de plusieurs constituants cellulaires, mesure de la
consommation d'un substrat, mesure des produits
d'excrétion, mesure des variations physico-chimiques
induites par la croissance, etc.
Conditions psycho-chimiques de la croissance
 1. Effet de l’oxygène
 2. Effet de la température.
 3. Effet du pH
 4. Effet de l’eau libre
La disponibilité de l’eau présente dans
l’atmosphère ou dans une substance intervient
dans la croissance bactérienne. L’activité de
l’eau est affectée par la présence plus ou moins
importante de sels ou de sucres dissous dans
l’eau.
● Présence de sels
○ Les bactéries halophiles nécessitent du sel
(NaCl) pour leur croissance. Cette concentration
peut varier de 1-6% pour les faiblement halophiles
jusque 15-30% pour les bactéries halophiles
extrêmes (Halobacterium).

○ Les bactéries halotolérantes acceptent des

concentrations modérées de sels mais non
obligatoires pour leur croissance
● Présence de sucres
○ Les bactéries osmophiles nécessitent des
sucres pour leur croissance.

○ Les bactéries osmotolérantes acceptent des

concentrations modérées de sucres mais non
obligatoires pour leur croissance.

○ Les bactéries xérophiles peuvent se multiplier

en l’absence d’eau dans leur environnement
Courbe de croissance
1. La phase de latence
 Le taux de croissance est égal à zéro. Les bactéries ne se
divisent pas, mais s’adaptent aux conditions de leur
milieu environnemental. Elles synthétisent les enzymes
nécessaires spécifiques des substrats (nutriments)
présents.
 Si on inocule le même milieu avec des bactéries
prélevées en phase exponentielle, il n’y aura pas de pas
de latence.
2. La phase de croissance exponentielle
 Les cellules bactériennes se divisent sans arrêt, tant que
les nutriments sont disponibles et les substances toxiques
absentes et le pH est optimal. Le taux de croissance est
maximal. L’état physiologique est maximal également.
3. La phase stationnaire
 à un moment donné, les nutriments s’épuisent, les
produits toxiques s’accumulent et le pH change. Le
nombre de cellules ne varie plus. Il y a autant de k)
division que de mort cellulaire. Le taux de croissance est
constant.
4. La phase de déclin
 Les bactéries ne se divisent plus. Elles meurent par lyse
cellulaire. Le taux de croissance (k) et négatif.
 Importance des microorganismes dans les
différents domaines

Les micro-organismes très diversifiés, présents

partout, très adaptatifs, ont une importance
primordiale dans de nombreux domaines.

Cycle biogéochimique de la matière : importance

de la biodiversité microbienne dans les cycles du
carbone, de l'azote et du phosphate…

Dépollution naturelle des milieux grâce aux

micro-organismes utilisés dans le traitement des
eaux usées ou des sols pollués.
 Agriculture : interaction des micro-organismes
avec les plantes (symbiose ou pathogène).

Médecine humaine et vétérinaire :

importance des parasites, des bactéries et virus
pathogènes.
 Agroalimentaire : importance de la biodiversité
microbienne dans des processus de
transformation ou de fermentation de produits
alimentaires (fromage, yaourt, vin, choucroute,
saucisson…), rôle de certains micro-organismes
dans l'altération de produits alimentaires.
Maîtrise des contaminations via la maîtrise des
flores en place soit une stratégie du type
occupation de la place
 Biotechnologie : connaissance de la
biodiversité microbienne pour caractériser des
nouvelles molécules ayant des propriétés
intéressantes pour les milieux pharmaceutiques
et/ou industriels.

Maîtrise des flores pathogènes via un

ensemencement contrôlé
 Introduction:
Microbiologie de l’Environnement Branche de la Microbiologie
 Définitions

 Ecologie et Ecosystème :
Il y a plusieurs définitions de l'écologie; cependant, un
grand nombre d'auteurs la définissent comme étant
une science qui étudie les écosystèmes, ce qui
nécessite une autre définition, celle de l'écosystème.
L'écosystème est un système dynamique constitué par
un grand nombre d'individus vivant dans un même
milieu et qui se maintient et se régularise grâce à de
très nombreuses relations entre ses composants.
 La niche par rapport à l'habitat

- La zone dans laquelle un organisme vit et exerce

ses activités normales s'appelle l'habitat.

- L'expression de niche écologique désigne les

activités spécifiques d'un organisme qui
concernent son rôle ou sa fonction dans une
communauté. En d'autres termes, la niche
écologique occupée par un organisme englobe non
seulement l'endroit où il se trouve, mais de même
la fonction qu'il est en train d'exercer
 ROLE des microorganismes

Comment les microbes changent ou transforment chimiquement

et physiquement l’environnement?

interactions entre les microorganismes et l’environnement?

Quel rôle jouent-ils dans les cycles biogéochimiques?

 Les microorganismes acteurs de
l’environnement
 Les micro-organismes existent sur la terre depuis des
milliards d’années.

 Les micro-organismes constituent un ensemble important

et diversifié d’organismes microscopiques existant en
tant que cellule seule ou en groupe.
  Interactions interspécifiques

Les micro-organismes peuvent être associés à

d’autres organismes de multiples façons :

1- S’installe à la surface d’un autre : ectosymbiote.

2-Lorsqu’ils sont dissemblables mais de taille

similaire on parle de consortium
3- S’installe à l’intérieur d’un autre
:endosymbiote.

4-Il ya aussi de nombreux cas où les micro-

organismes vivent à la fois à l’intérieur et à
l’extérieur d’un autre organisme :
ecto/endosymbiote

Les interactions qui se produisent entre représentants de

deux espèces différentes peuvent être neutres, négatives
ou positives
a) Le neutralisme correspond a une situation où deux
espèces occupent le même habitat, mais pas la même niche.

b) La compétition est une interaction négative la où

deux (ou plusieurs) espèces occupent le même habitat
et ont besoin, par exemple, de la même nourriture.
Souvent l'espèce qui est la plus affectée par cette
compétition est éliminée, tandis que l'espèce qui
survit prospère.
c) L'amensalisme « pas à la même table » ; est une
interaction négative entre une espèce affectée et une
espèce inhibitrice, l'espèce affectée étant soumise a une
influence défavorable, tandis que l'espèce inhibitrice
n'est affectée d'aucune façon. Exemple : les
streptocoques sont des espèces amensales, tandis que la
moisissure Penicillium est une espèce inhibitrice. Quand
ils sont combinés, la pénicilline, l'antibiotique produit
par Penicillium, détruit les streptocoques sans affecter ce
dernier.
d) Le parasitisme et la prédation sont les formes
extrêmes d'interaction négatives. Dans le cas du
parasitisme, une espèce est l'hôte et une autre espèce le
parasite: celui-ci profite de son hôte, vivant sur lui ou
dans lui, sans le détruire .

e)Dans le cas de la prédation, une espèce vit de proies -le

prédateur - tandis qu'une autre espèce est la proie. En
interaction, le parasite gagne à cette relation, tandis que
l'hôte en souffre.
f) La proto-coopération est une relation
positive dans laquelle les deux partenaires
profitent de leur association, sans qu'elle soit
obligatoire pour aucun d'eux.

g) Le commensalisme est une relation

positive où l'hôte n'est affecté de façon ni
positive, ni négative, mais où l'espèce
commensale (celle "qui mange à la même
table") dépend de l'hôte pour sa survie.
h) Le mutualisme (ou la symbiose), est une relation
positive qui est obligatoire pour les deux partenaires,
aucun d'eux ne pouvant survivre en son absence.

i) Le Syntrophisme (du grec "se nourrir mutuellement") :

association de deux microorganismes, qui coopèrent pour
une activité métabolique globale.
 PLACE DES MICROORGANISMES
DANS LES GRANDS CYCLES BIOGEOCHIMIQUES
 La structure des éléments biologiques ou de la matière
biologique prête une attention particulière à l'interaction entre la
géosphère, l'atmosphère et la biosphère. Il existe des éléments
majeurs : C, H, O, N, S, P, K, Mg et Ca, et des oligo-éléments :
Fe, Mn, Cu, Zn, etc .
 Ces éléments sont sujets à des réactions d'oxydoréduction, y
compris dans les systèmes biologiques, mais il ne reste pas
seulement les réactions de précipitation et de solubilisation

place de la biogéochimie
 Diversité des microorganismes et des
métabolismes

 Diversité des microorganismes

1.Diversité taxonomique
2.Diversité fonctionnelle
 Diversité métabolique
 1. Diversité des microorganismes
Il est désormais établi que les microorganismes dominent la
biosphère. Ces derniers, peuvent prospérer dans les milieux
extrêmes (froid, chaud, salé,…etc). Ainsi, grâce à leurs divers
métabolismes, ils entretiennent entre autre les cycles
biogéochimiques de la matière dans l’environnement (carbone,
oxygène, azote, phosphore, soufre, etc) et y joueraient un rôle
primordiale.
On les retrouve partout où il y a la vie, aussi bien dans les
environnements aquatiques, terrestres, souterrains ou aériens.
 Diversité taxonomique
La diversité taxonomique (diversité et distribution des taxons) des
communautés microbiennes est étudiée séparément pour les 3
grands règnes : bactéries, champignons et archées
La diversité microbienne n'est pas seulement la diversité du nombre
d'espèces qui existent, mais aussi la diversité des caractéristiques
des souches au sein d'une espèce, c'est-à-dire la diversité des
sous-espèces (infra-spécifique).
Cette dernière est visible à travers les diverses propriétés
métaboliques, notamment lorsque l'on caractérise le génome lui-
même : des techniques simples permettent de prouver cette
diversité à une échelle très fine ; elles sont généralement issues de
la PCR . Par conséquent, la diversité taxonomique des bactéries et
des archées est obtenue par séquençage d'une partie du gène
codant pour l'ARN 16S (ADNr 16S), tandis que la diversité
fongique peut être obtenue par l'ADNr 18S.
Diversité fonctionnelle
Le rôle clé des communautés microbiennes dans les fonctions des
écosystèmes terrestres est certes assuré par leur diversité taxonomique, mais
le plus important est leur diversité fonctionnelle.
Traditionnellement, la diversité fonctionnelle est définie comme la diversité
des traits, qui sont les caractéristiques morphologiques, phénotypiques,
biochimiques, physiologiques, structurelles, génomiques ou
comportementales des organismes .
Il existe différentes méthodes pour étudier la diversité fonctionnelle, qui
peuvent être divisées en méthodes « moléculaires » (basées sur l'ADN,
l'ARN et les protéines) et les méthodes de « mesure de l'activité
microbienne ». ce qui permet l’étude de la diversité et l'abondance des
gènes, des transcrits ou des enzymes qui reflètent l'existence de différentes
fonctions.
 Organigramme montrant les différentes possibilités de caractériser un échantillon
environnemental par analyse comparative des séquences d'ARNr. RT, transcriptase
inverse (Amann et al., 1995). Le clonage de l'ADNc transcrit à partir de l'ARNr 16S
à l'aide de l'enzyme transcriptase inverse permet, comme dans le cas de la PCR, de
récupérer sélectivement les informations utiles sur la séquence de l'ARNr.
2. Diversité métabolique
Le métabolisme est un ensemble de réactions biochimiques qui se produisent
dans les cellules.
C'est un processus impliquant des processus de dégradation (catabolisme) et
de synthèse organique (anabolisme).

On peut opposer les bactéries ayant un métabolisme fermentatif et celles

ayant un métabolisme de type respiratoire .

1. Pour les bactéries à métabolisme fermentatif, la dégradation du

glucose est incomplète et aboutit à la formation de divers composés
organiques (acides organiques).

2. Pour les bactéries ayant un métabolisme de type respiratoire, la

dégradation se fait par le cycle de Krebs. L’accepteur final d’électron est
l’oxygène.
 Les microorganismes sont classés selon la manière dont ils se procurent
de l’énergie et du carbone .
 Les deux voies de production d’énergie sont la phototrophie et la
chimiotrophie.
 Rôle des microorganismes dans les
cycles de C, N et S
 Au cours de leur croissance et leur métabolisme, les micro-
organismes interagissent les uns avec les autres dans le cycle des
nutriments, tel que le carbone, le soufre, l'azote, le phosphore, le
fer et le manganèse.
 Le cycle des éléments nutritifs appelé aussi cycle biogéochimique
lorsqu'il est appliqué à l'environnement.
 Dans les cycles biogéochimiques, les éléments sont oxydés et
réduits par des micro-organismes pour répondre à leurs besoins
métaboliques
  1. Le cycle du carbone
Le carbone peut être présent sous formes réduites, tels que le
méthane (CH4) et la matière organique (carbone organique), et
sous des formes oxydées, tel que le monoxyde de carbone (CO),
le dioxyde de carbone (CO2) et la calcaire (CaCO3 ; carbone
inorganique).

La photosynthèse est le principal flux d'entrée de C (réservoir de

CO2 dans l'atmosphère) et la respiration représente le mécanisme de
reflux, ces deux réactions chimiques sont donc à la base du
recyclage de C.
D'autre part, le but de la fermentation est "d'utiliser du carbone non
atmosphérique". Il faut également noter que le flux de carbone
industriel généré par l'utilisation de l'énergie fossile est bien
supérieur au flux naturel.
Les réservoirs de carbone
Le cycle biogéochimique primaire est le cycle du carbone. La quantité de
carbone dans les réservoirs de la Terre doit être maintenue en équilibre
avec la quantité recyclée.

De loin le plus grand réservoir de carbone sur Terre sont les sédiments et
les roches de la croûte telles que le calcaire (CaC03), ou dissout dans les
océans sous forme d’ions carbonates (CO3-2), mais la vitesse à laquelle ces
sédiments et ces roches se décomposent en carbone et CO2 est si lent que
le flux de ce réservoir est insignifiant sur une échelle de temps.

Tous les organismes, y compris les plantes, les micro-organismes et les

animaux, contiennent de grandes quantités de carbone sous forme de
composés organiques, tels que la cellulose, amidons, les graisses et les
protéines
Cependant, plus de carbone est présent dans la matière
organique morte, appelé humus, que dans les organismes vivants.
L'humus est un mélange complexe de matières organiques qui ont
résisté à la décomposition rapide et proviennent principalement
des plantes mortes et des micro-organismes. Certaines substances
humiques sont assez récalcitrantes, avec un temps de
décomposition de plusieurs dizaines d'années, mais certains autres
composants humiques se décomposent plus rapidement .
 Etapes du cycle
Le cycle du carbone comprend trois étapes : la fixation, la
minéralisation et la rétention .
1. La fixation est une étape synthétique qui combine le carbone
dans le dioxyde de carbone en molécules organiques.
2. Au contraire, dans le processus de fixation, la minéralisation est
l'étape où le carbone contenu dans le composé organique
retourne dans l'environnement sous forme de minéral.
3. Le nouveau cycle recommence, sauf qu'une partie du carbone
libéré passe par l'étape de rétention. Le carbone est piégé dans
des composés insolubles et est difficile à dégrader ou
temporairement difficile à dégrader.
 Les autotrophes jouent un rôle essentiel pour la vie
sur Terre en réduisant le dioxyde de carbone pour
former de la matière organique.

 Cela se produit à la suite de la photosynthèse, la

première étape du cycle de carbone dans lequel les
photo-autotrophes tels que les cyanobactéries, les
plantes vertes, les algues et les bactéries sulfureuses
vertes et pourpres incorporent le dioxyde de carbone
dans la matière organique à partir d'énergie solaire
- Le dioxyde de carbone dans l'atmosphère est
principalement fixé par des organismes
photosynthétiques autotrophes
- L'acte de mélanger des cellules microbiennes et
des résidus végétaux dans le sol pour former de
la matière organique ;
- Les micro-organismes décomposent le carbone
organique en libérant une partie de la forme de
CO2, par exemple : Altermonas sp .
  2. Le cycle de l'azote
Tous les organismes ont besoin d'azote pour la synthèse de
protéines, d’acides nucléiques , et d'autres composés
contenant de l'azote. L'azote moléculaire (N2) représente
près de 80 % de l'atmosphère de la Terre.

Les plantes assimilent et utilisent l'azote fixé et combiné en

composés organiques. Les activités spécifiques de micro-
organismes jouent un rôle important dans la conversion de
l'azote en formes utilisables
1. Formes

D’autre part, Le N représente le 3ème élément de biomasse après C

et O chez les êtres vivants, tandis que le N organique est issu
essentiellement de la biomasse morte.

Le N inorganique est représenté par les ions : NH4 +, NO2-, NO3-,

dont une fraction importante se trouve dans l’hydrosphère car très
solubles.

Les ions de N dépendent de la présence de l’oxygène, par exemple :

- En milieu oxique (présence d’oxygène), les nitrites se
transforment en nitrates
- En milieu inoxique (absence d’oxygène), les nitrites se
transforment en ammonium
2.Fonctions
Le cycle de l’azote se base essentiellement sur six étapes :

1. Fixation : transformation de l’azote moléculaire de l’air en ammoniac et en

ions ammonium

2. Nitrification : transformation de l’ammonium en nitrites puis en nitrates

3. Dénitrification : transformation des nitrates en azote moléculaire

4. Assimilation/Minéralisation : incorporation de l’azote des nitrates dans

les acides aminés et les autres composés organiques azotés (nutrition minérale
azotée)

5. Ammonification : transformation de l’azote organique en azote

ammoniacal par les microorganismes hétérotrophes

6. Nitro-ammonification : transformation des nitrites en ammonium

1. La fixation correspond à la transformation de l’azote atmosphérique en
ammoniac puis en ions ammonium. Ce processus peut être d’ordre
biologique ou industriel.
- La fixation biologique au niveau de la lithosphère (Couche externe de la
croûte terrestre constituée de plaques mobiles) peut se faire grâce aux
bactéries symbiotiques avec les racines des légumineuses (ex : Rhizobium)
tandis que dans le milieu aquatique c’est les cyanobactéries qui prennent le
relais (ex :Trichodesmium)
-La fixation industrielle est surtout représentée par la fabrication de produits
à base d’azotes tels que les engrais chimiques

2. L’ammonium est ensuite converti en nitrites puis en nitrates au cours de la

nitrification ces deux premières étapes ne sont réalisées que par quelques
rares espèces bactériennes.
Les nitrates produits peuvent :
• Subir une dénitrification et retourner dans l’atmosphère ;
• Être assimilés et servir à la synthèse de composés organiques azotés;
• Être décomposés lors de l’ammonification et de la dénitrification avant
d’entreprendre un nouveau cycle.
 La quasi-totalité de l'azote dans le sol existe dans les molécules
organiques, principalement dans les protéines. Quand un
organisme meurt, le processus de décomposition microbienne
hydrolyse les protéines en acides aminés. Dans un processus
appelé désamination, les groupes amines des acides aminés
sont éliminés et transformés en ammoniaque (NH3). Ce
dégagement d'ammoniac est appelée ammonification.
  3. Le cycle du soufre
 L'essentiel du soufre de la Terre est présent dans les
sédiments et les roches sous forme de minéraux sulfatés,
principalement du gypse (CaSO4) et les sulfures minéraux
( FeS2), mais les océans constituent le plus important
réservoir de SO42 - dans la biosphère.

 Une quantité importante de S, en particulier le dioxyde de

soufre (SO2, un gaz), entre dans le cycle de S par les
activités humaines, principalement l’utilisation de
combustibles fossiles
 Les transformations microbiennes de soufre (S) sont encore plus
complexes que celles de l'azote en raison du grand nombre des
états d'oxydation du S.

 L'un des principaux gaz volatil de S est le sulfure d'hydrogène

(H2S). Le sulfure d'hydrogène est produit à partir de la réduction
bactérienne de sulfate ou est émis par des sources de sulfure et
des volcans. il s'agit d'un composé réduit qui se forme
généralement dans des conditions anaérobies, qui représente une
source d'énergie pour les bactéries autotrophes
 En plus des formes inorganiques de S, plusieurs composés
organiques sont également recyclés dans la nature.

 Le composé organique de S le plus abondant dans la nature est le

sulfure de diméthyle (CH3 -S- CH3) ; il est produit principalement
dans les environnements marins comme un produit de dégradation
de diméthyl-sulfonio-propionate, un soluté osmo-régulateur
majeur des algues marines.
  4. Le Cycle du phosphore

 Le phosphore est un élément mineur de la croute terrestre mais

majeur de la biomasse, il participe à la composition de multiples
composants, tels que les acides nucléiques, les cofacteurs
(NADPH) et les lipides. Le phosphore est l'élément le plus
important de la nutrition des plantes après l'azote. C'est une
partie importante de tous les processus métaboliques majeurs des
plantes, tels que le transfert d'énergie, la photosynthèse, la
transduction du signal et la respiration Il possède un cycle qui
passe par deux phases: L'une qui se déroule dans les
écosystèmes terrestres, l'autre dans les écosystèmes aquatiques.
Son réservoir principal est constitué par diverses roches qui
cèdent peu à peu leurs phosphates aux écosystèmes.
Formes du phopshore

Le phosphore inorganique se trouve dans le sol, principalement

dans des complexes minéraux insolubles, tels que le phosphate tricalcique
(Ca3(PO4)2), le phosphate de fer (FePO4) et le phosphate d'aluminium
(AlPO4) qui peuvent apparaitre après application répétée d'engrais
chimiques.

Les plantes n'ont pas la capacité d'absorber ces formes insolubles,

de plus, seulement 0,1% du phosphore total se trouve sous forme soluble,
il peut donc être utilisé pour la nutrition des plantes. Par conséquent, dans
la plupart des sols agricoles, le niveau effectif de phosphore doit être
complété par l'ajout d'engrais phosphatés chimiques. L'application
fréquente et imprudente d'engrais phosphatés chimiques peut interférer
avec les populations microbiennes, entraînant une baisse de la fertilité des
sols, réduisant ainsi les rendements des cultures.
Etapes du cycle
La disponibilité du phosphore dépend de l'altération de la roche phosphatée
et donc le cycle du phosphore est considéré comme un cycle « lent »
 5. Cycle de l’oxygène

Sur le plan de la biosphère, la majorité des organismes utilisent

l'oxygène moléculaire comme accepteur d'électrons final pendant la
respiration, et ils sont produits en parallèle par la photosynthèse. Dans
le sol, les réactions d'oxydoréduction aérobie dépendent fortement de la
présence d'oxygène.

Formes
Dans l'environnement, l'oxygène échange directement avec la biosphère
et est distribué dans cinq réservoirs (O2 moléculaire, O2 de l’eau, l’O2
du gaz carbonique, l’O2 des minéraux, carbonates et l’O2 de la
biomasse)
Etapes
L’oxygène est très impliqué dans une grande variété de réactions
biologiques et redox, cependant, deux métabolismes principaux
contrôlent les flux entre les réservoirs (Gobat et al., 2010) ; à savoir :

-La photosynthèse oxygénique : ce type de métabolisme est

caractéristique dans la majeur partie par les végétaux mais pas
seulement, les bactéries photosynthétiques (ex : Chlorobium) et les
cyanobactéries (ex : Pleurocapsa).

-La respiration organotrophe aérobie : pratiquement tous les

eucaryotes et une fraction importante des procaryotes réalisent cette
respiration. Elle inclut les réactions inverses de la photosynthèse
oxygénique ce qui maintien une certaine stabilité de la concentration de
l’oxygène dans l’atmosphère
A retenir :
Les rôles des microorganismes dans les cycles biogéochimiques
sont les suivants :
1. Minéralisation de la matière organique
2. Oxydation des composés inorganiques réduits
3. Réduction anaérobie des composés inorganiques oxydés
4. Solubilisation ou précipitation des minéraux
5. Les cycles biologiques du soufre et de l’azote dans le sol
sont très comparables .
Tous les deux sont stockés à l'état organique et sont ensuite
libérés sous une forme assimilable par la plante par un processus
analogue (la minéralisation microbienne ou l'hydrolyse)
 La microbiologie des sols est la science dont l’objet
est l’étude de l’ensemble des microorganismes
constituant le microbiote du sol, appelé aussi
microbiote tellurique, dotés de fonctions vitales.

 Ce microbiote est constitué de microorganismes

eucaryotes et procaryotes, ainsi que des virus
(organismes non vivants), constituant le second
niveau trophique, puisqu’ils se nourrissent des
végétaux et de leurs débris (premier niveau
trophique)
Le sol sert d'habitat à une variété d'organismes

 Les microorganismes sont plus abondants à la surface

du sol dans une couche peu profonde (10 cm). Cette
couche superficielle est riche en nutriments (feuilles,
débris végétaux et animaux, etc.).
  Rôle biologique

 Le rôle du microbiote du sol est considérable et très varié,

s’avérant dans l’humification, minéralisation, mycorhization,
fixation de l'azote atmosphérique. Ces microorganismes
telluriques montrent une grande diversité de métabolisme,
occupent toutes les niches écologiques et on les trouve à tous les
niveaux des chaînes alimentaires.

 Ainsi, ces microorganismes coexistent et interagissent avec les

microorganismes supérieurs soit positivement ou négativement,
vu que dans le sol, il y a des microorganismes bénéfiques et
d’autres pathogènes.
  Réacteur biologie

 Le sol représente un réacteur biologique très actif où se

développent des réactions biochimiques abondantes et variées. Il
constitue un environnement où interagissent directement ou
indirectement de nombreux microorganismes telluriques, entre eux
mais aussi avec les composantes abiotiques du sol (matière
organique) et avec les racines des plantes (au niveau de la
rhizosphère).

 Ces microorganismes ont besoin de trouver dans leur

environnement proche, en l’occurrence le sol, une source de
carbone minéral ou organique et une source lumineuse ou chimique
à partir desquelles ils pourront réaliser des synthèses organiques et
leur propre biosynthèse.
 Les pathogènes dégradent la matières organique
vivante, tandis que les microorganismes
bénéfiques dégradent la matière organique non
vivante, ainsi, leur rôle est capital dans le
recyclage de la matière notamment organique :
ce sont des décomposeurs indispensables à la
biosphère pour recycler les éléments tels que le
carbone, l’azote et le soufre
  Bactéries du sol

 Dans les sols, il existe une diversité d’espèces de bactéries

extrêmement forte de l’ordre de 106 espèces par gramme de sol.

 Elles peuvent être classées de plusieurs manières : sur la base de

leurs caractéristiques (morphologie, métabolisme, ressources
nutritives…), sur la base de leur génome ou par grandes
catégories de fonctions.

 Avec les champignons, les bactéries du sol sont considérées

comme les ingénieurs chimiques du sol. Par ailleurs, elles peuvent
être impliquées dans la régulation de la croissance racinaire
(bactéries PGPR : Plant Growth Promoting Rhizobacteria).
  Groupes fonctionnels des bactéries du sol
les groupes fonctionnels suivants sont impliqués dans la dégradation
des matières organiques :

-Les bactéries cellulolytiques : elles dégradent la cellulose. C'est le

groupe le plus important dans la dynamique de la matière
organique, car elles décomposent la cellulose, molécule
structurelle la plus répandue chez les végétaux.

-Les bactéries pectinolytiques : elles dégradent la pectine et ses

dérivés. Les bactéries les plus abondantes sont du genre
Arthrobacter.

-Les bactéries ammonifiantes : elles décomposent les matières

organiques azotées en ammoniac ou en ions ammonium.
- Les bactéries nitrifiantes : elles permettent l’oxydation de
l'ammoniac en nitrate.

- Les bactéries fixatrices d'azote : elles captent l'azote

atmosphérique (N2 ) et le transforment en composés utilisables
par les plantes (ammoniac). Ce sont notamment les bactéries
symbiotiques localisées dans la rhizosphère des plantes cultivées
(rhizobium chez les légumineuses).
  La rhizosphère
La rhizosphère est le volume de sol influencé par les racines. On
distingue en général le rhizoplan qui est l’interface racine/sol et le sol
rhizosphérique situé au voisinage immédiat de la racine et soumis à son
influence. Elle est le lieu des échanges entre sol, racines,
microorganismes et faune associés
Rapport R/S = l'effet rhizosphère (globalement R/S > 1).

R : nombre de microorganismes présents dans 1 g de sol

rhizosphèrique,

S : nombre de microorganismes présents dans 1 g du même

sol, prélevé à l'écart des racines.

L'effet rhizosphère s'exerce d'une façon particulièrement

nette vis-à-vis des Bactéries (R/S = 103 ), mais il concerne
aussi les Protozoaires, les Champignons et les Nématodes.
 Dans la rhizosphère jusqu'à 30 % des composés
photosynthétisés par la plante sont remis à la disposition
des micro-organismes qui y vivent par le biais d'un
phénomène appelé exsudation racinaire

Ces exsudats racinaires incluent une grande quantité

d'acides organiques et de sucres ainsi que des composés
organiques complexes. Ils sont transformés en biomasse
microbienne ou réoxydés en CO2
 La flore rhizosphérique

Les actinomycètes
Les actinomycètes sont les
habitants communs du sol. Leur
production de géosmine et de MIB
(2-methyl isobornéol), contribue
significativement à l’odeur
caractéristique du sol.
Dans la rhizosphère les
actinomycètes sont extrêmement
important pour de nombreux types
de plantes. Cette importance réside
dans le fait qu’elles sont capables
d’onduler les racines de ces plantes
et de fixer l’azote atmosphérique.
Cette association est appelée :
association actinorhizienne.
 Les champignons
(mycorhizes)
peuvent établir une association
symbiotique avec les racines, ce
qui permettra à la plante de capter
différents éléments nutritionnelle,
l’exemple le plus discuter est le
phosphore qui se trouve dans le
sol, qui est transporter le long des
hyphes et ensuite délivrer à la
plante hôte. Les interactions avec
les mycorhizes peuvent stimuler
aussi les mécanismes de défense
contre les parasites et les
pathogènes
 Les rhizobactéries
La communauté bactérienne de la
rhizosphère est recrutée parmi les
réservoirs de micro-organismes
présents dans le sol.
Les rhizobactéries sont des bactéries
qui présentent l’aptitude à coloniser les
racines de façon intense.
Les effets bénéfiques des
rhizobactéries sont liés à leur position
stratégique à l’interface sol-racine. En
effet, le rhizoplan et la rhizosphère
sont le siège d’échanges intenses entre
la plante et le milieu environnant ces
échanges sont réciproques
Les rhizobactéries promotrices de la croissance des plantes PGPR
C’est la communauté bactérienne qui colonise compétitivement les racines
des plantes, tout en améliorant leurs croissances. Les PGPR sont donc les
bactéries qui colonisent la rhizosphère des plantes. Ainsi, une rhizobactérie
est dite PGPR si, inoculée dans la rhizosphère d’une plante, elle est capable
de lui apporter un effet bénéfique.

Effet direct des PGPR sur les plantes

La fixation de l’azote
La solubilisation du phosphate
La solubilisation du potassium
La production des sidérophores
La production des phytohormones
La production des antibiotiques
Induction d’un système de résistance
 La microbiologie des eaux
Les mers et les océans représentent 97,5 % de la totalité des eaux
terrestres. Seuls 2,5 % est représenté par les eaux douces, celles-
ci sont extrêmement importantes comme source d'eau potable.
Les milieux marins et les eaux douces créent des niches
exceptionnelles pour de nombreux microorganismes spécialisés.
Par leur abondance et leur diversité taxonomique et fonctionnelle,
ces microorganismes jouent un rôle important dans les flux de
matière et d'énergie au sein des écosystèmes aquatiques.
la contamination des eaux de surfaces et souterraines par les
déchets domestiques et industriels est à l'origine de nombreux
problèmes environnementaux dans de nombreux endroits.
Les milieux aquatiques servent ainsi de réservoirs et de voies de
transmission pour les microorganismes pathogènes.
Différents types d’eaux
Selon l’origine et leurs utilisations, on distingue:
1) Eaux naturelles
a. Eau atmosphérique
Elle peut être solide (neige, grêle), liquide (pluie) ou gazeuse
(brouillard) Théoriquement, il s’agit d’une eau distillée. Mais ,
en pratique, la pluie contient:
Des gaz dissouts (O2, CO2 et N2)
Des dérivés azotés ( ammoniac, acide nitrique, acide nitreux) qui
donnent le pouvoir fertilisant
Des polluants divers tel que l’hydrogène sulfuré ou bien des
éléments radioactifs issus des réactions chimiques

b. Eau de surface
Origine: pluie ou bien les eaux souterraines
Types: elle peut être courante ou bien stagnante
Composition chimique: dépend de la nature des terrains traversés
 c. Eau de mers et océans
C’est les plus grand réservoirs d’eau (97,4 % du volume d’eau de
la planète)
Salinité très élevée se qui rend leur utilisation très couteuse
Teneur est en moyenne de 30 a 40 g/l

Eau de source; eau

d- eaux de Eau de robinet
minérale naturelle consommation
et eau souterraine

Eaux brutes Prélevée du milieu naturel

et transformée en eau
potable
Sont naturellement potables
 2) Eaux industrielles

Industrie alimentaire

Eaux destinées a Industrie médicale

l’industrie
Industrie pharmaceutique

La quantité et la qualité varie en fonction de l’activité et la

taille de l’industrie
 3) Eaux usées
Eaux générées de l’activité domestique ou industrielle

a) Eaux résiduaires urbaines ( ERU): composée de 99,9%

d’eau et 0,1% de matière solide (70% matière organique)

b) Eaux usées industrielles: contient principalement des

polluants tel Que les métaux lourds, les colorants, les huiles
 Flore microbienne de l'eau
Deux types de flore:

a) la flore autochtone (indigène): c’est une flore permanente

b) la flore de contamination (exogène): change en fonction du

temps, elle n’est pas stable, elle finit par disparaitre s’il n’y a pas un
apport continu de nutriments

Les microorganismes de l'eau sont très variés. Leur nature dépend

de celle de l'eau à analyser : eau de captage ou de distribution,
eaux de traitements ou de circuits industriels, eaux résiduaires
(eaux usées).
a) Flore aquatique de l'eau de captage
 Les microorganismes rencontrés dans l'eau captée dans la nature sont de
trois types: des germes typiquement aquatiques, des germes telluriques
et des germes de contamination animale ou humaine.

 Les germes typiquement aquatiques sont des algues microscopiques et

des bactéries exp Vibrio, Pseudomonas, Achromobacter,
Chromobacterium et Corynebacterium. Les algues sont de type eucaryote
ou procaryote (cyanobactéries) dont certaines sont toxinogènes.

 Les germes telluriques rencontrés dans l'eau sont des bactéries sporulées
(Bacillus, Clostridium) ou appartenant au genre Streptomyces et
quelques fois des germes fongiques.

 Les germes de contamination peuvent provenir des animaux, humains

(baignade, contamination fécale) et de la pluie. La contamination fécale
peut être animale ou humaine (par l'intermédiaire des rejets).
b) Eaux de traitement ou en circuits internes en milieu industriel

À ce niveau, le problème sanitaire est dans la majorité des cas résolu

puisque l'eau à utiliser doit être potable. Il peut cependant arriver que des
problèmes de contamination d'origine fécale peuvent survenir à cause de la
dégradation des installations ou par défaut d'hygiène chez les manipulateurs.
En principe, si l'eau est traitée, il n'y a pas de développement de bactéries
libres ou biofilm tant que le chlore persiste. Cependant, à la longue, le chlore
se combine avec d'autres molécules en solution et disparaît, permettant la
croissance d'algues microscopiques et de bactéries (Vibrio, Pseudomonas,
Chromobacterium, Spirillum, Galionella, bactéries sulfito-réductrices, etc.).
c) Eaux usées
Une eau est chargée en microorganismes lorsque sa teneur dépasse
106/ml. Sphaerotillus, Zooglea, Spirillum sont présents et constituent des
bons indicateurs de pollution. Les eaux d'égout contiennent de 108 à 1011
bactéries/ml dont de nombreux coliformes, d'autres bactéries
aéroanaérobies ou anaérobies (Aeromonas, Lactobacillus, etc.) et des
virus.
Les Aeromonas sont en général très abondants, cependant ces bactéries
ne sont pas d'origine fécale.
d) Flore de l'auto-épuration
-Les eaux polluées ou usées subissent des processus naturels d'auto-
épuration.
-Un grand nombre de microorganismes de types variés interviennent durant
ce processus. Ces microorganismes utilisent et minéralisent les substances
organiques apportées au cours de la pollution. Après leur transformation, ces
dernières s'élimineront dans l'atmosphère ou seront utilisées par les végétaux.
-Les bactéries hétérotrophes, aérobies, typiquement aquatiques, indicatrices
de pollution (Beggiatoa, Galionella, Sphaerotilus, Spirillum, etc.) et d'autres
(Pseudomonas, Vibrio, etc.) ainsi que des protozoaires dégradent la matière
organique.
-Des bactéries aéro-anaérobies ou anaérobies (Clostridium,) participent
également à la dégradation. La destruction des polluants n'est complète
qu'après une minéralisation totale de l'azote et du soufre par des
chimiolithotrophes aérobies.
-Au cours de l'autoépuration on observe également une baisse du nombre de
microorganismes pathogènes.
L'épuration classique des eaux usées implique normalement des traitements
primaire, secondaire et tertiaire comme le résume le tableau .
 1. Le microbiote humain

Le corps humain est quotidiennement exposé aux micro-organismes

dans l’environnement. En effet, les humains possèdent une vaste
population de micro-organismes, appelés la microflores normales (la
flore cutanée, la flore digestive, la flore génitale…) . La plupart de ces
micro-organismes sont bénéfiques et d'autres sont nécessaires pour
maintenir une bonne santé

2. La colonisation du corps humain par les micro-organismes

La colonisation et la croissance des micros organismes dans les tissus

de l’hôte, commence après la naissance.
Les surfaces de la peau sont facilement colonisées par de nombreuses
espèces. De même, la cavité buccale et le tractus gastro-intestinal vont
acquérir des micro-organismes grâce à l'alimentation et à l'exposition
du corps de la mère, qui, avec d'autres sources environnementales,
initie la colonisation de la peau, de la cavité buccale, le tractus
respiratoire supérieur et du tractus gastro-intestinal.
Cinétique d’implantation: Bactéries aérobies (Entérobactéries,
Entérocoques, Staphylocoques) Bactéries anaérobies strictes et
microaérobies (Clostridium, Bacteroides) Le microbiote est mature
à l’âge de 2-4 ans.
-Le tube digestif mesure environ 7 mètres de long et s’étend de la bouche
jusqu’à l’anus. Il comprend la bouche, le pharynx, l’oesophage,
l’estomac, l’intestin grêle, le gros intestin, le rectum et l’anus. Les
organes digestifs annexes comprennent les dents, la langue, les glandes
salivaires, le foie, la vésicule biliaire et le pancréas.
-La plus grande partie du système digestif est colonisée par de nombreuses bactéries.
Une grande variété de bactéries colonisent la bouche. L’estomac et l’intestin grêle
abritent relativement peu de bactéries à cause de la sécrétion d’acide dans l’estomac et
la progression rapide des aliments dans l’intestin grêle.
-Par contre, le gros intestin possède une énorme population microbienne. Près de 40%
de la masse fécale se compose de cellule microbienne. Lactobacillus, Bacteroides, E.
coli, Enterobacter, Klebsiella, Proteus… colonisent le gros intestin et concourent à
dégrader les aliments et à synthétiser les vitamines
 3. Fonction du microbiote intestinal
Le microbiote intestinal de l’homme intervient dans la préservation de la santé
Le rôle principal du microbiote normal intestinal consiste en son effet barrière,
qui empêche l’implantation des microorganismes potentiellement pathogènes

Fonction de protection

Contre la colonisation par d'autres bactéries:

Compétition pour les nutriments
Production de molécules antibactériennes
Aide à la maturation du système immunitaire
Induction de la réponse immunitaire
Fonction métabolique

Production de vitamine
Synthèse d'acides aminés
Absorption des ions
Fermentation des substrats non digérés par l'homme
Production d'acide gras à courte chaîne
 Dysfonctionnement du microbiote intestinal

Plusieurs pathologies digestives sont associées à un

déséquilibre du microbiote intestinal

Le déséquilibre est lié:

Déséquilibre alimentaire
maladies inflammatoires chroniques intestinales.
Contamination alimentaire
Thérapies.
Microbiologie es aliments

Microbiologie e l’air