Microbiologie de l’environnement (SNV, SB, Microbiologie, L3) SNV-IS-CUMA Tipaza

Microbiologie de l’environnement (SNV, Sciences biologiques, microbiologie, L3)

L3, sixième semestres (pour la filière : Sciences biologiques, spécialité : microbiologie)

 Centre universitaire MORSLI Abdellah, Tipaza

 Faculté des sciences
 Département de science de la nature et de la vie
 Filière : Sciences biologiques
 Option : Microbiologie

Responsables du module (cours/TP) :

Dr ZAMICHE Samira

Mme ZAMICHE S
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Microbiologie de l’environnement
Cet enseignement permet la connaissance des relations existantes entre le microorganisme et le
milieu constitué par les eaux, les sols ou le tube digestif de l’homme et de l’animal. Les principaux
groupes de microorganismes (indicateurs ou spécifiques) dans ces différents écosystèmes et les
interactions microbes-(faune, eaux, végétaux, sols) sont particulièrement étudiés. Le rôle des
microorganismes dans les différents cycles de la matière vivante (cycles biogéochimiques des
éléments) est également largement évoqué

Connaissances préalables recommandées

Notions de base de microbiologie générale.

Contenu du Module
Introduction : Notion d’écosystème ; place, diversité et spécificité des microorganismes

Chapitre I : La microbiologie des eaux

 Les eaux naturelles
 Les eaux usées
 Les eaux brutes et leur potabilité

Chapitre II : La microbiologie du sol

 Spécificité de l’écosystème tellurique
 La microflore du sol : principaux groupements microbiens
 Interactions avec la faune, les eaux et les végétaux
 La fixation d’azote : symbiose légumineuses-Rhizobium

Chapitre III : Eléments de microbiologie du tube digestif

 La microflore digestive de l’homme
 La microflore du tube digestif des ruminants

Chapitre IV : Contaminations et hygiène des locaux

 Sources de contaminations microbiennes : air, eaux, matières premières, personnel
 Principales contaminations : milieux hospitaliers, milieux industriels
 Règles d'hygiène et normes de sécurité
 Désinfection des locaux

Travaux pratiques
TP1 : Isolement et caractérisation des microorganismes à partir des eaux :
TP2 : Isolement et caractérisation des microorganismes à partir du sol
TP3 : Isolement et caractérisation des microorganismes à partir de l’air
N.B : Le TP 2 peut être réalisé en trois séances.

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I. Introduction

Les micro-organismes constituent un ensemble important et diversifié d’organismes

microscopiques existant en tant que cellule seule ou en groupe. Les microorganismes fonctionnent
en tant que populations ou assemblages d’organismes similaires. Des populations proches du
point de vue métabolique sont appelées des guildes, et les guildes interagissent au sein des
communautés microbiennes, ou mélanges de populations microbiennes différentes. Ces micro-
organismes ont évolué tout en interagissant avec le monde inorganique et avec les organismes
supérieurs. L’interactions des micro-organismes avec leur environnement contribuent au
fonctionnement des écosystèmes.

I.1. Définitions
L’écologie : une science qui étudie les écosystèmes
L'écosystème est un système dynamique constitué par un grand nombre d'individus vivant dans un
même milieu et qui se maintient et se régularise grâce à de très nombreuses relations entre ses
composants.
L’environnement physique : lorsqu’ils interagissent entre eux et avec d’autres organismes dans les
cycles biogéochimiques, les microorganismes sont aussi influencés par leur environnement : sol,
eau (douce ou profondeurs marines) ou un hôte végétal ou animal (Prescott et al., 1995).
La niche par rapport à l'habitat : la zone dans laquelle un organisme vit et exerce ses activités
normales s'appelle l'habitat. L'expression de niche écologique désigne les activités spécifiques d'un
organisme qui concernent son rôle ou sa fonction dans une communauté. En d'autres termes, la
niche écologique occupée par un organisme englobe non seulement l'endroit où il se trouve, mais
de même la fonction qu'il est en train d'exercer (Drapeau et Jankovic, 1977).
Biofilms : lorsqu’ils ne disposent pas d’environnement physique structuré, les microorganismes
tendent à créer leurs propres microenvironnements ou niches, en élaborant des biofilms.
Il s’agit de systèmes microbiens organisés, fait de couches de cellules associées à des surfaces

I.2. Interactions entre microorganismes

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Les interactions ont lieu entre les individus d’une même population ou encore entre ceux des
populations différentes, ces interactions peuvent prendre plusieurs formes : neutres, négatives ou
positives (fig.1).
I.2.1. Interactions négatives :
a-Compétition : Elle peut se produire entre individus de même espèce c’est la compétition intra
spécifique ou entre individus d’espèces différentes c’est la compétition interspécifique.
Interaction entre deux organismes (ou plusieurs) cherchant à utiliser les mêmes ressources
(alimentaires, spatiales ou autres).
b-Le parasitisme et la prédation sont les formes extrêmes d'interaction négatives.
Dans le cas du parasitisme, une espèce est l'hôte et une autre espèce le parasite: celui-ci profite de
son hôte, vivant sur lui ou dans lui, sans le détruire. C’est le cas de certains virus bactériens
(bactériophages) qui établissent une relation de lysogénie, procurant à la bactérie des caractères
nouveaux ; exemple : la production de toxines chez Corynebactérium diphterae.
Dans le cas de la prédation une espèce vit de proies -le prédateur - tandis qu'une autre espèce est
la proie (consommation d’un organisme vivant, animal, végétal ou microorganisme par un autre).
Exemple 1 : les Myxobactéries vivent dans le sol, sur le fumier et la pourriture végétale, la plupart
des espèces se nourrissent d’autres microorganismes. Elles libèrent des enzymes qui lysent d’autres
bactéries et champignons et vivent grâce aux produits ainsi solubilisés.
Exemple 2 : Bdellovibrio : attaque et vit à l’intérieur d’autres bactéries comme E.coli et
Pseudomonas. Il perce la paroi cellulaire et croit à l’extérieur de la membrane plasmique (mode
d’attaque périplasmique), puis lyse sa proie.
Exemple 3 : Daptobacter : pénètre son hôte et se nourrit du contenu cytoplasmique.
c-Amensalisme : du latin : pas à la même table. Décrit l’effet négatif qu’un organisme exerce sur
un autre. C’est un processus basé sur la production par un organisme d’un composé spécifique qui
agit négativement sur un autre organisme
Exemple : production d’antibiotiques, production de bactériocines.
L’amensalisme peut aussi dépendre de produits métaboliques, comme les acides organiques issus
des fermentations, ces produits inhibent la croissance en modifiant le pH.

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Figure 1 : Interactions Microbiennes (Prescott et al., 1995)

I.2.2. Interactions positives :

peuvent être basées sur le transfert de matériel lié à l’énergétique, à la communication entre cellules
et à la protection physique. Plusieurs interactions mutualistes importantes des microorganismes
chimio-lithotrophes jouent un rôle critique en rendant la matière organique disponible pour un
organisme associé.
a-Commensalisme : du latin, cum : avec, mensa : table. : Association entre deux espèces dans
laquelle l’une (le commensal) tire profit de l’autre, qui lui fourni sa nourriture sans l’affecter.
Ces relations incluent des situations où un déchet produit par un microorganisme set de substrat
pour l’autre.

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Exemple 1 : Certaines bactéries anaérobies strictes qui peuvent croitre en présence d’O2
(habituellement toxique pour ces bactéries), si elles sont cultivées avec des bactéries aéro-
anaérobies facultatives capables de désoxygéner le milieu : E.coli et Bactéroides vivants dans le
colon.
Exemple 2 : Haemophilus influenzae, bactérie exigeante en NAD (facteur V) qui est capable de se
croitre sur un milieu de culture ne contenant pas le facteur V, si l’on cultive en présence de S.aureus
producteur de NAD.
Exemple 3 : la microflore intestinale (E.coli) joue un rôle passif dans la défense de l’organisme
contre les agents pathogènes bactériens.
Remarque : parfois le commensalisme peut basculer vers le parasitisme, ceci est dû à un
déséquilibre ou une modification de l’environnement : E.coli peut provoquer des infections
urinaires quand elle rentre dans la vessie.
Mutualisme (ou la symbiose) : Latin, mutus : réciproque : une relation dans laquelle un certain
bénéfice réciproque revient aux deux partenaires. Il s’agit d’une relation obligatoire ou les
mutualistes sont des hôtes dépendant l’un de l’autre métaboliquement.
Exemple 1 : les Lichens constituent un excellent exemple de mutualisme, se sont une association
entre un Ascomycete spécifique (le mycete) et certains genres d’Algues vertes ou des
cyanobactéries.
Exemple 2 : l’écosystème du rumen constitue un bon exemple d’interactions mutualistes. Il
contient une population microbienne importante et diversifiée (10 organismes/ml), on trouve les
procaryotes, des mycetes anaérobies comme Neocallimastix et des ciliés et autres protozoaires.
Des matériaux végétaux complexes sont découpés en composés organiques simples que l’animal
peut alors absorber, il se forme ainsi des déchets gazeux comme le méthane qui sont libres dans
l’environnement. Les glucides dégradés dans le rumen : amidon, pectine, cellulose, hémicellulose.
c-Syntrophisme : du grec, syn : ensemble et trophe : nourriture : c’est une association où la
croissance d’un organisme dépend ou est amélioré par des facteurs de croissance, des éléments
nutritifs ou des substrats fournis par un autre organisme se développant à proximité. Parfois les
deux organismes en tirent bénéfice, ce type de mutualisme est appelé : alimentation croisée ou
phénomène sattéllite.
Exemple : un syntrophisme a lieu dans les écosystèmes méthanogènes anérobies tel que les
digesteurs de boues, les sédiments anaérobies en eaux douces et les sols inondés. Dans ces milieux,

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les acides gras peuvent être dégradés pour produire H2 et CH4 par l’intervention de deux groupes
bactériens : Syntrophobacter qui produit H2, et Methanospirillum qui synthétise le CH4.
d-proto-coopération : relation mutuellement bénéfique semblable à celle de mutualisme mais elle
n’est pas obligatoire.
Exemple 1 : Association entre Desulfovibrio et Chromatium dans laquelle le cycle de carbone et
de soufre sont liés.
La matière organique (MO) et le soufre nécessaires à Desulfovibrio sont produits par chromatium
au cours de réduction photosynthétique du CO2 en matière organique et l’oxydation du sulfure en
sulfate.(schéma a)
Exemple2 : un microorganisme cellulolytique (Cellulomonas) libère à partir de cellulose, du
glucose qui peut être utilisé par microorganisme fixateur d’azote (Azotobacter). (Schéma b)

I.3. La communauté microbienne

Il y a trois types principaux d’environnement : celui des eaux douces, le type marin et le type
terrestre. Puisque les organismes sont adaptés à leur environnement, chacun de ces trois types à ses
propres flore et faune.
Les producteurs sont les (plantes et algues) photo synthétisants. Les producteurs forment le premier
niveau trophique. Les consommateurs primaires sont les animaux herbivores, Ils forment le second
niveau trophique. Les consommateurs secondaires sont les animaux carnivores qui se nourrissent
de consommateurs primaires, qui forment le troisième niveau trophique, en sont un exemple.
Les micro-organismes décomposant sont les bactéries et les microchampignons. Ils forment le
dernier niveau trophique. Les microorganismes sont un groupe diversifié d’organismes se résumant
en 3 domaines (« tree of life »): Prokaryotes (eubactéries), eucaryotes, archaebactéries (fig.2). Qui
sont d’une grande diversité métabolique : les bactéries en particulier, peuvent utiliser pratiquement
n’importe quel substrat comme source d’énergie et de Carbone (exp : des acides humiques aux
plastiques… ).

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I.4. Diversité du métabolisme

Les microbes, et particulièrement les bactéries et les archéobactéries, vivent dans des habitats
extrêmement variés. On les trouve autant dans les eaux limpides des ruisseaux, dans le désert de
glace qu’est l’antarctique que dans les sources thermales les plus chaudes, à plus de 1 km dans la
croûte terrestre, à des milliers de m d’altitude (atmosphère raréfiée), dans les profondeurs
océaniques à une obscurité totale et une pression considérable. Et même dans les eaux salines
presque saturées de la mer morte (Tortora et al.,2003 et 2010). Les phototrophes capturent
l’énergie radiante du soleil, les chimioorganotrophes oxydent les molécules organiques pour
libérer de l’énergie, tandis que les chimiolithotrophes emploient comme sources d’énergie des
aliments inorganiques. Cependant, par définition, seuls les autotrophes utilisent l’anhydride
carbonique (CO2) comme unique ou principale source de carbone. Les organismes qui utilisent
des molécules organiques préformées, réduites, comme source de carbone sont hétérotrophes

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(Prescott et al., 1995). Les extrêmophiles sont des microbes qui vivent dans des conditions
extrêmes de température, d’acidité, d’alcalinité ou de salinité. La plupart appartiennent au domaine
des Archæ. L’industrie s’intéresse beaucoup aux enzymes permettant la croissance de
microorganismes dans de telles conditions, parce qu’elles tolèrent des températures et des pH
extrêmes, par exemple la Taq polymérase extraite de Thermus aquaticus (Tortora et al.,2003 et
2010).

I.5. Organisation spatiale des communautés microbiennes et biofilms :

Les microorganismes ne disposant pas d’un environnement physique structuré, tendent à créer leur
propres micro environnement et niches en créant des bio films.

I.5.1. Définition de bio film :

C’est une communauté de microorganismes (bactéries, algues, protozoaires, mycètes) adhérant
entre eux et surface et marquée par la sécrétion d’une matrice adhésive et protectrice
 Généralités :
- Le mode de vie en biofilm est l’un des deux modes de comportement des organismes
unicellulaires, l’autre alternative étant la flottation libre de type dit planctonique.
- Les biofilms sont sauf exception observés dans les milieux aqueux ou exposés à l’humidité.
- Ils peuvent se développer sur n’importe quel type de surface naturelle ou artificielle qu’elle soit
minérale (roche, interface air-liquide), organique (peau, tube digestif des animaux, racines et
feuilles des plantes), industrielle (canalisation, coques des navires) ou médicale (prothèses,
cathéters), il est possible à un bio film d’adhérer sur des matériaux non adhésifs comme poly tétra
fluoro- éthylène ou téflon.
- L’environnement du bio film permet aux cellules à coopérer et agir les unes avec les autres de
manière différente qu’en environnement libre.
- Les bactéries vivant dans un bio film ont des propriétés sensiblement différentes de des bactéries
flottantes de la même espèce.
I.5.2. Types de bios films :
a. Bio films simples : se développent lorsque les microorganismes s’attachent en formant une
couche monocellulaire.

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b. Bio films complexes : si les particularités de l’environnement (lumière, nutriments plus

complexes et comporter des couches d’organismes de différents types exemple : bio films qui
comprend des organismes photosynthétique en surface, des chimioorganotrophes facultatifs au
milieu et peut être des organismes réducteurs de sulfate en bas (anaérobies stricts).
c. Bio films très complexes : c’est une structure à quatre dimensions, comportant des agrégats de
cellules, des pores interstitielles et des canaux. Cette structure permet aux nutriments d’atteindre la
biomasse, et les canaux sont formés par les protozoaires qui se nourrissent des bactéries. Ces bio
films peuvent être observés par microscope confocale, exemple : bio films formés sur les
instruments médicaux comme cathéters souvent en contact avec les liquides du corps humains.

d. Tapis microbiens : ce sont des bio films épais macroscopiques qui peuvent exister en milieu
marin et des d’eau douce, sur les rochers, sédiments dans les lacs hyper salés.
Une caractéristique des tapies est la présence de gradients extrêmes. La lumière ne pénètre que ’un
mm dans ces communautés et sous cette zone photosynthétique, les conditions sont anaérobies et
les bactéries sulfato réductrices jouent un rôle important.

I.5.3. Formation et développement de biofilms :

La 1ère étape : Adhérence

Capacité d’une bactérie à se fixer à un substrat, c’est un facteur écologique très important.
L’adhérence d’une bactérie à une surface se déroule en deux phases :
A-Phase réversible : la bactérie subit l’influence de forces qui peuvent être contradictoires faisant
que la bactérie est maintenue à proximité de la surface ou qu’elle en est écartée. Ces forces sont :
l’agitation brownienne (du liquide, du milieu ou de flagelles), ou la répulsion électrostatique. Cette
dernière s’explique par le fait que la surface bactérienne et la surface dentaire sont garnies de
charges négatives (la répulsion est contrebalancée par la force de Van Der Weals (liaison chimique
faible) le résultat est le maintien de la bactérie à une certaine distance de la surface.
B-Phase irréversible : peut s’établir selon trois types d’interactions, elle se produit suite à des
contacts répétés avec la surface :
B1 : Interaction électrostatique : des cations divalents en particulier ca++établissent un pont entre
une charge négative de la bactérie et une charge négative de la surface.

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B2- Interaction hydrophobe : elles sont établies entre séquences moléculaires à caractère
hydrophobique présentes sur les deux surfaces. Elles assurent un environnement stable qui permet
à d’autres interactions faibles de se produire, c’est une coopération positive.
B3- Interactions spécifiques : elles sont responsables de liaisons fortes et sélectives :
- Interaction ligand-récepteur : dans laquelle les molécules d’adhésines bactériennes jouant le
rôle de ligand porte le nom d’adhésines les plus connues s’appellent les lectines.
- Interaction enzyme-substrat : exemple Streptococcus mutans dont l’enzyme glucosyl
transférase synthétise des polymères de type glycane en présence de saccharose. Le glycane est
fortement adhésif à la surface dentaire et la liaison maintient la cellule sur la dent.

 Médiateurs bactériens d’adhérence :

- Fiambriae : appendice extracellulaire responsables d’adhérence. Ils sont présents chez les G+ et
G-, constitué de protéines polymérisés sous forme de filaments permettant la création d’un pont
entre la bactérie et la surface à coloniser.

- Glycocalyx : matrice polysaccharidique ou gluco protéique sécrétée par la bactérie et l’entoure

lui donnant un caractère hydrophobe exemple : capsule et pseudo capsule, il permet de combler
l’espace entre bactérie et surface.

- L’acide lipo-teichoique (LTA) : molécule linaire intégrée à la paroi des G+, composée de glycéro
phosphate, d’un mono saccharide et d’un acide gras, elle est dite amphi pathique (constitué d’un
domaine hydrophile (glucidique) et domaine hydrophobe (lipidique).

La 2ème étape : Division

Les microorganismes se divisent commençant ainsi à former des micro- colonies. A partir d’une
concentration suffisamment dense d’individus, les micro- colonies commencent à la sécrétion du
bio film proprement dit.
La 3ème étape : Maturation
Le bio film grandit et murit s’epaissant jusqu’à devenir macroscopique voire géant en conditions
optimales.

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La 4ème étape : Détachement/dispersion

Dite phase planctonique induite par le vieillissement du bio film ; certains stress ou carence, les
micro- organismes peuvent activement se séparer du bio film et retourner à l’état planctonique de
libre circulation et peuvent aller coloniser de nouvelles surfaces, le détachement se fait sous l’action
des forces mécaniques ou chimiques de l’environnement.
3.1. Propriétés et fonctions de bio- films :
Des séries entières de gènes voient changer la durée et le rythme de leur mécanisme d’activation,
correspondant au changement de fonctions :
- Les biofilms fournissent aux bactéries des résistances contre diverses agressions.-
- La matrice protège et relie les microorganismes : Matrice (éléments constitutionnels des
microorganismes qu’elle abrite : protéines, lipides, ADN, ARN, polysaccharides,
peptidoglycane, cellulose et une importante quantité d’eau).
- Protection passive : la matrice joue le rôle de barrière physique contre l’entrée d’agent
anti-bactérien (protection de l’intérieur de la communauté).
- Protection métabolique : les bactéries entourées de biofilms sont moins actives
métaboliquement, donc moins réceptives aux agents anti bactériens et à la disruption
- Protection active : La résistance de bacille pyocyanique a été attribuée à des pompes
d’efflux de bio film, expulsant activement les composants anti bactériens. Quelques bio
films se sont avérés contenir des canaux de communication entre cellules.
- Protection génétique : dans certains cas, la résistance aux antibiotiques peut
exponentiellement multipliée. L’implantation des bactéries dans un bio film est caractérisée
par le changement de l’expression génétique.
Cet environnement d’échange de matériel génétique permettant le transfert d’information est donc
propice à l’acquisition de nouveaux caractères.

I.5.4. Importance de biofilms en domaine médical :

-Les dents sur lesquelles le bio film forme une plaque qui conduit à la carie.
-Les lentilles de contact ou les bactéries provoquent une irritation oculaire grave.
- Les Legionella du biofilm sont protégés des effets de chloration (système de climatisation)
-Le bacille pyocyanique produit l’alginate qui inhibe la diffusion des antibiotiques (cas de
mucoviscidose)

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-Infections nosocomiales
-Endocardites infectieuses
-Mucoviscidose
60% des infections bactériennes impliquent des biofilms
60-70% des infections nosocomiales sont liées à l’implantation d’un dispositif médical.

I.5.5. Utilisation de biofilms :

-Traitement des eaux usées : les eaux résiduelles passent sur et à travers des bio films développés
sur des filtres qui entrainent et digèrent les composés organiques nocifs, les protozoaires déplacent
les solides en suspension y compris les microorganismes pathogènes.
- dans la nature : peuvent servir de bio indicateurs de pollution chronique et en tant que bio
intégrateurs, leur analyse physico chimique peut apporter d’intéressantes informations sur les
contaminants de l’environnement.
-Legionella d’origine hydro-tellurique résiste au chlore ce qui facilite sa survie dans les
installations.
-Dans l’eau, les biofilms bioaccumulent des métaux métalloides toxiques, ils peuvent dans une
certaine mesure s’en détoxiquer ou les séquestrer. Ils contribuent donc à épurer la colonne d’eau
de plusieurs types de polluants xénobiotiques.
- Détérioration des installations industrielles et des dispositifs médicaux par bio-corrosion qui
résulte des biofilms composés de bactéries réductrices de sulfates en sulfure d’hydrogène.

I.6. Place des microorganismes dans les grands cycles biogéochimiques

Introduction

Au cours de leur croissance et leur métabolisme, les micro-organismes interagissent les

uns avec les autres dans le cycle des nutriments, tel que le carbone, le soufre, l'azote, le
phosphore, le fer et le manganèse. Dans les cycles biogéochimiques, les éléments sont oxydés
et réduits par des micro-organismes pour répondre à leurs besoins métaboliques. Sans les cycles
biogéochimiques, la vie sur Terre cesserait d'exister. Ces cycles se matérialisent sous la forme
de réservoirs et de transferts entre ces réservoirs. Un même élément au sein de ces cycles peut

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se présenter sous différentes formes chimiques (voire physiques).

Les premiers de ces cycles sont ceux de l’eau et de l’oxygène. Ils sont les cycles
fondamentaux du monde vivant. De même, on s’intéresse beaucoup aux cycles des nutriments
: azote, carbone, soufre.

Figure : la notion de cycles biogéochimiques

La figure illustre la circulation de l’énergie et des éléments (nutriments) au sein de

l’écosystème et son caractère cyclique. L’énergie solaire provoque le fonctionnement de
système via la photosynthèse des plantes. Energie et nutriments circulent ensuite au sein des
différents compartiments de la chaine alimentaire (plantes, herbivores, carnivores) puis sont
relâchés via les réactions de dégradation à nouveau sous une forme minérale dans
l’écosystème où ils sont à nouveau disponibles. Lors de ces réactions et directement par les
organismes, l’énergie est également retournée vers le système, notamment sous forme de
chaleur et de mouvement.

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I.6.1. Le cycle du carbone :

On appelle cycle du carbone le déplacement du carbone, sous ses diverses formes, entre la
surface de la Terre, son intérieur et l'atmosphère. C'est aussi l'élément de base de la matière
vivante, et il a deux formes :
-Matière organique : toutes les molécules qui composent les organismes vivants.
-Inorganique : CO2 ou CaCO2 dans l'atmosphère, la plupart du CO2 et CH4 produits par la
respiration et la fermentation.

Les principaux mécanismes de l'échange de carbone sont la photosynthèse, la respiration. Un

transfert a lieu entre les organismes vivants, l'atmosphère, la terre et l’eau. Au cours des millions
d'années, le cycle du carbone a concentré de grandes quantités de carbone dans la roche-mère,
principalement sous forme de calcaire, et dans les combustibles fossiles.

La photosynthèse est le principal flux d'entrée de C (réservoir de CO2 dans l'atmosphère) et la

respiration représente le mécanisme de reflux, ces deux réactions chimiques sont donc à la base du
recyclage de C. D'autre part, le but de la fermentation est "d'utiliser du carbone non atmosphérique".
Il faut également noter que le flux de carbone industriel généré par l'utilisation de l'énergie fossile
est bien supérieur au flux naturel.

 La photosynthèse et la décomposition

Les autotrophes jouent un rôle essentiel pour la vie sur Terre en réduisant le dioxyde de
carbone pour former de la matière organique. Cela se produit à la suite de la
photosynthèse, la première étape du cycle de carbone dans lequel les photo-autotrophes
tels que les cyanobactéries, les plantes vertes, les algues et les bactéries sulfureuses vertes
et pourpres incorporent le dioxyde de carbone dans la matière organique à partir d'énergie
solaire (Tortora et al.,2010).

Les organismes phototrophes sont abondants là où la lumière est disponible. Cependant,

les habitats sombres de façon permanente sont dépourvus de phototrophes autochtones.

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Il y a deux groupes d'organismes phototrophes oxygénés : les plantes et les micro-

organismes. Les plantes sont des organismes phototrophes dominantes des milieux
terrestres, tandis que les micro-organismes phototrophes dominent dans les milieux
aquatiques. Le cycle d'oxydo-réduction du carbone commence par la fixation
photosynthétique du CO2, sous l’influence de l’énergie lumineuse.

CH2O représente la matière organique, au niveau de l'oxydo-réduction de la matière

cellulaire. Les organismes phototrophes effectuent également la respiration, à la fois dans
la lumière et l’obscurité. L'équation globale de la respiration est l'inverse de la
photosynthèse oxygénique :

Remarque : Les phototrophes et chimiolithotrophes anoxygéniques produisent également des

composés organiques en excès, mais les contributions de ces organismes à l'accumulation de
matière organique sont insignifiantes par rapport à celui des phototrophes oxygénés.

 Décomposition

Dans l'étape suivante du cycle, les chimio-hétérotrophes tels que les animaux et les protozoaires se
nourrissent d’autotrophes, et peuvent à leur tour être mangés par d'autres animaux. Ainsi, comme
les composés organiques des autotrophes sont digérés et re-synthétisés, les atomes de carbone du
dioxyde de carbone sont transférés d'un organisme à un autre dans la chaîne alimentaire. Une

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grande partie de carbone reste dans les organismes jusqu'à ce qu'ils excrètent les déchets ou
meurent. Lorsque les plantes et les animaux meurent, ces composés organiques sont décomposés
par les bactéries et les champignons. Au cours de la décomposition, les composés organiques
sont dégradés biologiquement en CH4 et CO2, ce dernier, est recyclé (Tortora et al.,2010).

1.3. Le méthane

Un aspect intéressant du cycle de carbone est le méthane. Bien qu'une composante encore plus
mineur de l'atmosphère que le CO2, le CH4 est un gaz à effet de serre qui est de 20 fois plus efficace
pour retenir la chaleur.

 Méthanogenèse et méthanotrophie

Le méthane est produit dans les milieux anoxiques par les méthanogènes qui réduisent le CO2
avec de l'hydrogène (H2) ou par la séparation de l'acétate. Cependant, presque tout composé
organique peut éventuellement être converti en CH4 par la coopération des activités de
méthanogènes et des bactéries de la fermentation.

Le méthane insoluble, produit dans des habitats anoxiques, diffuse dans les environnements
oxygéniques, où il est libéré dans l'atmosphère sous forme oxydé en CO2 par les méthanotrophes.
Par conséquent, la majeure partie du carbone dans les composés organiques retourne finalement
au CO2. De vastes gisements de matières organiques fossiles existent sous forme de
combustibles fossiles, comme le charbon et le pétrole. Leur combustion dégage du CO2,
augmentant ainsi la quantité de CO2 dans l'atmosphère (Tortora et al., 2010).

Au cours des 50 dernières années, les activités humaines ont augmenté les niveaux de CO2 dans
l'atmosphère de près de 20%. Cette hausse des émissions de CO2, un des principaux gaz à effet de
serre, a déclenché une période d'augmentation constante des températures mondiales appelées
réchauffement de la planète (Mardigan et al., 2012).

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Figure 3 : Cycle du carbone

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I.6.2. Le cycle d’azote :

Tous les organismes ont besoin d'azote pour la synthèse de protéines, d’acides nucléiques, et
d'autres composés contenant de l'azote. L'azote moléculaire (N2) représente près de 80 % de
l'atmosphère de la Terre. Les plantes assimilent et utilisent l'azote fixé et combiné en composés
organiques. Les activités spécifiques de micro-organismes jouent un rôle important dans la
conversion de l'azote en formes utilisables (Tortora et al., 2010).

Le cycle d’azote est intéressant car les composés azotés jouent un rôle important dans :
1-Le réchauffement climatique
2-Pollution atmosphérique
3- Pluies acides
4- Destruction de l’ozone stratosphérique
Le recyclage se fait sur terre comme en mer
Contrairement au cycle de carbone l’azote atmosphérique N2 ne peut pas directement être
utilisé par les plantes, car ses deux atomes sont très fortement liés par une liaison triple.

2-1-Les étapes principales du cycle :

A-La fixation de l’azote

Réalisée par des cyanobactéries et de certaines bactéries libres ou vivant en symbiose

avec les plantes (entre autres, des légumineuses). Ainsi se fait la conversion de l'azote minéral
en azote organique. La réaction chimique peut s'écrire :

2 N2 + 3 (CH2O) + 3 H2O  4 NH4 + 3 CO2

B- La nitrification

De manière globale, c'est une oxydation enzymatique par les bactéries des sols et de l’eau.

NH4 ; NH3 ==enzymes= NOx

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La nitrification transforme les produits de la fixation (NH 4 +, NH3) en NO x (soient

NO2- et NO3-), des nitrites et nitrates. C’est une réaction d’oxydation qui se fait par catalyse
enzymique reliée à des bactéries dans les sols et dans l’eau. La réaction en chaîne est de type:

soit:

C-La dénitrification retourne l’azote à l’atmosphère sous sa forme moléculaire N 2 , avec

comme produit secondaire du CO2 et de l’oxyde d’azote N 2O, un gaz à effet de serre qui
contribue à détruire la couche d’ozone dans la stratosphère. Il s’agit d’une réaction de
réduction de NO3 - par l’intermédiaire de bactéries transformant la matière organique. La
réaction est de type :

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Les principales réactions du cycle de l’azote

I.6.3. Cycle global du soufre

Le cycle du soufre est pour de nombreux aspects comparables à celui de l’azote, excepté
les entrées venant de la lithosphère par l’activité volcanique, et l’absence d’un processus
biologique de fixation du soufre de l’atmosphère dans les terres et les eaux. La principale
perturbation humaine du cycle global du soufre est la libération de SOx (SO2 plus une petite
quantité de SO3) résultant de la combustion d’huiles et de charbon et la fonte de minerais de
sulfite. Les gaz SOx endommagent la respiration humaine a fortes concentrations, mais ils sont
faiblement toxiques pour les plantes.

Le soufre est présent en petite quantité dans les organismes sous forme notamment
d'acide aminés méthionine et cystéine. Le soufre et les liaisons sulfures sont importantes pour
le métabolisme fonctionnel de nombreux champignons et être vivants.

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4-1-les différentes étapes du cycle du soufre.

La fermentation anaérobie du soufre permet de convertir les composés organiques du

soufre en H 2S.

D'autres bactéries aérobics peuvent oxyder H2 S en soufre et en acide sulfurique :

 Simple oxydation-réduction :

- bactérie du soufre sans couleur comme Beggiatoa ou Thiothrix :

2H2S + O2 => 2H2O + 2S

-Protobacteriaceae comme Thiobacillus thiooxidans qui oxydent le soufre en acide

sulfurique :

2S + 3O2 + 2H2O => 2H2SO4

 Réaction de photosynthèse dans les Rhodothiobacteriales de la même façon que pour

les Chlorothiobactériales (ou bactéries du soufre vertes), le soufre élémentaire est
formé en premier :

2H2S + CO2 => (CH2O)* + H2O + 2S avec de l'énergie lumineuse

Le soufre produit est stocké selon les espèces dans la cellule ou les secrétions des bactéries. Il
sera converti plus tard en acide sulfurique.

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Le cycle du soufre

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