Cours - 1: Définitions, Morphologie Et Structure Des Champignons

Cours - 1
Définitions, morphologie et structure des

champignons
Dr J NZAMBA
1
1.
Définitions
Mycologie médicale
Définition
Etude des champignons microscopiques ou micromycètes

susceptibles de provoquer chez l’homme ou l’animal,
l’installation d’une infection appelée mycose.
3
Mycose
Définition
C’est une infection superficielle, sous cutanée ou systémique

(mycose profonde) qui est provoquée chez l’homme par un
champignon microscopique pathogène ou opportuniste.
4
Mycotoxine et Mycotoxinose
Définitions
Mycotoxine
Toxine élaborée par un micromycète dans un aliment :
- d’origine végétale (champs de culture),
- d’origine végétale et d’origine animale (entreposage, préparation).
Mycotoxinose ou mycotoxicose
Intoxication humaine ou animale provoquée par :
- ingestion ou inhalation de toxines produites par des champignons,
- contact avec ces toxines.
5
Champignon microscopique
Définition
C’est un organisme eucaryote hétérotrophe uni ou pluricellulaire

dépourvu de chlorophylle, qui se nourrit par absorption et se
reproduit au moyen des spores.
Biochimie du mycète:
- paroi constituée des polysaccharides: β-glucanes et chitine,
- principal lipide de la membrane cellulaire: ergostérol.
6
Cellule fongique
7
2.
Morphologie et structure des champignons
Morphologie et Structure
Les champignons sont des thallophytes. Leur appareil végétatif et

reproducteur est appelé thalle ou mycélium
Le thalle d'un champignon est constitué par un réseau dense de

filaments mycéliens ou hyphes, qui sont plus ou moins ramifiés et
souvent cloisonnés.
La morphologie d’un champignon est à la fois :
- macroscopique
- microscopique
. 9
Thalle
Définition
Le thalle est l'appareil végétatif et reproducteur d’un champignon. Il

est :
- levuriforme
- filamenteux
NB.
Certains micromycètes peuvent se présenter sous les deux formes:
- conditions de culture
- situation parasitaire ou saprophytique
(dimorphisme thermique)
10
Thalle
11
Thalle levuriforme
Le thalle des levures est constitué de blastospores. Ce sont des

éléments unicellulaires ronds ou ovalaires qui peuvent être associés à
du pseudomycélium ou à du mycélium vrai.
Définition
Une LEVURE (Blastospore) est un champignon microscopique à thalle

unicellulaire, qui se reproduit de façon asexuée par bourgeonnement
ou par fission.
12
Thalle
levuriforme
Le thalle des levures est constitué de blastospores

éléments unicellulaires ronds ou ovalaires
qui peuvent être associés à du pseudomycélium ou à du mycélium vrai.
Les levures se multiplient par bourgeonnement ou par fission.

A maturité, les cellules filles sont:
- soit libérées de leur cellule mère
- Soit non libérées et restent accolées les unes aux autres (pseudomycélium)
13
Thalle Blastospores
levuriforme et
Pseudomycélium
MORPHOLOGIE MICROSCOPIQUE
14
Levures
MORPHOLOGIE MACROSCOPIQUE
Colonies crémeuses 15
Levures
Colonies muqueuses 16
Levures
17
Thalle filamenteux
Le thalle filamenteux est constitué de filaments mycéliens.
Ce sont des tubes de longueur variable qui peuvent être :
- cloisonnés (thalle septé ou cloisonné)

- non cloisonnés (thalle siphonné ou coenocytique).
18
Thalle
filamenteux septé
Le thalle filamenteux septé ou cloisonné est constitué d’hyphes à bords parallèles,

divisés par des cloisons ou septa en articles uni ou pluricellulaires.
Leur diamètre est fin et régulier (2 à 5 μm). Les cloisons ou septa sont pourvues
d’un ou plusieurs pores (cloisons incomplètes).
Leurs ramifications se font à angle aigu. Ce thalle correspond aux champignons

supérieurs (Ascomycètes, Basidiomycètes et Deutéromycètes filamenteux).
19
Thalle Hyphes de longueur variable
filamenteux septé Hyphes à bords parallèles
Hyphes divisées par des cloisons
Diamètre des hyphes fin et régulier (2 à 5 μm).
Les cloisons (incomplètes) sont pourvues de pores
Ramifications à angle aigu
Thalle des champignons supérieurs
NB. Thalle constitué de filaments mycéliens réguliers, septés, à

cloisons incomplètes, et ayant un diamètre de 2 à 5 µm
20
Cellule fongique
(CLOISON INCOMPLETE)
21
Thalle
filamenteux siphonné
Le thalle filamenteux siphonné ou coenocytique est constitué d’éléments tubulaires

de diamètre large et irrégulier (5 à 15 μm) et non cloisonnés.
En fait, des cloisons peu nombreuses peuvent se voir. Ces cloisons sont complètes
(absence de pore) car elles ont pour fonction de séparer les parties vivantes des
parties mortes.
Leurs ramifications se font à angle droit. Ces hyphes caractérisent les champignons
inférieurs (Zygomycètes)
22
Thalle Hyphes de longueur variable non cloisonnés
filamenteux siphonné Hyphes à bords non parallèles
Hyphes divisées parfois par des cloisons
Diamètre des hyphes large et irrégulier (5 à 15 μm)
Les cloisons (complètes) sont dépourvues de pores
Ramifications à angle droit
Thalle des champignons inférieurs
NB. Thalle constitué de filaments mycéliens irréguliers, peu septés,

à cloisons complètes, et ayant un diamètre de 5 à 15 µm
23
Cellule fongique
(CLOISON COMPLETE)
24
Thalle filamenteux septé
Thalle des champignons supérieurs
- Ascomycètes
- Basidiomycètes
- Deutéromycètes filamenteux
Thalle filamenteux siphonné

Thalle des champignons inférieurs
- Zygomycètes
25
Thalle filamenteux
La croissance des filaments mycéliens se fait généralement de façon centrifuge dans toutes
les directions, à partir d’un point central, donnant des colonies rondes.
26
Champignons filamenteux
27
Résumé
Micromycètes / Thalle
28
Colonie d’un Colonie d’un

Champignon levuriforme champignon filamenteux
29
MORPHOLOGIE MICROSCOPIQUE
30
Présentation des HYPHES
des champignons microscopiques
Les hyphes
- Pigmentation
- Modifications
- Agglomérations
31
Présentation des hyphes
(PIGMENTATION)
Hyphe hyaline Hyphe pigmentée

Champignon filamenteux Champignon filamenteux
« MEME REACTIF » 32
(MODIFICATIONS)
1_/ Epaississement des hyphes
33
(MODIFICATIONS)
2_/ Condensation du cytoplasme
34
(MODIFICATIONS)
3_/ Formation des organes

de fixation
35
(AGGLOMERATIONS)
Pycnide Cléiostothèce
(origine asexuée) (origine sexuée)
(structures protectrices compactes)

Classification MORPHOLOGIQUE
des champignons
MORPHOLOGIE => 3 GROUPES
1 Champignons levuriformes
2 Champignons filamenteux
3 Champignons dimorphiques
≠ TAXINOMIE
37
Classification
des champignons
TAXONOMIE
38
Classification des champignons
MORPHOLOGIE => 3 GROUPES
1 Champignons levuriformes
2 Champignons filamenteux
3 Champignons dimorphiques
39
Morphologie 1
1- Champignons levuriformes
Thalle constitué de blastospores ou levures

Reproduction par bourgeonnement ou par fission
- Champignons levuriformes filamenteux

- Champignons levuriformes non filamenteux
40
Morphologie 2
2- Champignons filamenteux
Thalle constitué de filaments mycéliens ou hyphes

Thalle (mycélium) = Ensemble des hyphes d’un champignon
Dermatophytes = pathogènes kératinophiles / kératinolytiques

Moisissures = contaminants ou pathogènes opportunistes
Pseudodermatophyte = moisissure pathogène
Moisissure = Dématié ou Moisissure hyaline
41
Morphologie 3
3- Champignons dimorphiques
Champignon dont la forme parasitaire diffère de la forme saprophyte

2 phénotypes précédents en fonction des conditions thermiques
N.B. ne pas confondre

Dimorphisme / Dimorphisme thermique
42
Morphologie: classification
43
Levure
Définition
Une LEVURE est un micromycète à thalle unicellulaire, qui se

reproduit de façon asexuée par bourgeonnement ou par fission.
Champignon microscopiques à thalle unicellulaire qui se reproduit de façon asexuée

par bourgeonnement (blastospores) ou par fragmentation du thalle (arthrospores).
Champignon microscopique à thalle unicellulaire qui se reproduit par

bourgeonnement
44
Dermatophyte
Définition
Un dermatophyte est un champignon microscopique kératinophile

et kératinolytique qui résiste à l’actidione, se reproduit en culture
sur le mode thallique solitaire, en produisant des conidies.
Champignon kératinophile à l'origine des lésions superficielles

de la peau et des phanères
45
Moisissure / Pseudodermatophyte
Définitions
Une moisissure est un champignon filamenteux issu du sol où il

vit habituellement en saprophyte et qui peut se comporter chez
l′homme ou l'animal, en pathogène opportuniste.
Un pseudodermatophyte est une moisissure kératinophile du sol

qui a la capacité de parasiter la peau et les ongles de l’homme, en
simulant une dermatophytie.
Champignon kératinophile proche des dermatophytes

par son pouvoir pathogène (attaque de la kératine).
46
RAPPELS
Champignon = MYCETE (THALLOPHYTE)

Mycète = EUCARYOTE ≠ BACTERIE = PROCARYOTE
Paroi / Mbne = β-GLUCANES, CHITINE / ERGOSTEROL
Distinction avec végétaux = ABSENCE DE PIGMENT ASSIMILATEUR (Chlorophylle)
Similitude avec animaux = ORGANISME HETEROTROPHE
Nutrition = ABSORPTION (Animaux = phagocytose)
Structure fondamentale = THALLE (Thalle levuriforme ou Thalle filamenteux S/S)

Multiplication unicellulaire = LEVURES
Multiplication pluricellulaire = MOISISSURES ET DERMATOPHYTES (champignons filamenteux)
47
Fin
48
Cours - 2
TDS-1/2
Reproduction et Taxonomie des

champignons
Dr J NZAMBA
1
Mycologie médicale
Rappel _1
Etude des champignons microscopiques ou micromycètes

susceptibles de provoquer chez l’homme ou l’animal,
l’installation d’une infection appelée mycose.
2
Agents des mycoses
Rappel _2
En pratique médicale, les mycoses peuvent être causées par

quatre (4) types de micromycètes :
- les levures,
- les dermatophytes,
- les opportunistes filamenteux,
- les champignons dimorphiques,.
classés en trois groupes morphologiques.

.
3
Micromycète
Rappel _3
C’est un organisme eucaryote hétérotrophe uni ou pluricellulaire

dépourvu de chlorophylle, qui se nourrit par absorption et se
reproduit au moyen des spores.
Biochimie du mycète:
- paroi constituée des polysaccharides: β-glucanes et chitine,
- principal lipide de la membrane cellulaire: ergostérol.
4
1.
Reproduction des champignons
1. Reproduction des champignons
Le mycète se reproduit et se propage au moyen des spores.
On distingue deux (2) modalités de reproduction :

- la reproduction asexuée qui est la plus fréquente,
- la reproduction sexuée rarement observée en mycomed.
Les champignons ayant:

- une reproduction asexuée = anamorphes,
- une reproduction sexuée = téléomorphes,
- les deux (2) mécanismes = holomorphes.
6
1.1 Reproduction asexuée
Plus fréquente et plus simple.

Dans la reproduction asexuée:
- les cellules restent haploïdes,
- les divisions nucléaires s’effectuent par mitose.
Origine des spores
On distingue deux (2) origines de formation des spores asexuées :

- les spores endogènes,
- les spores exogènes.
7
Reproduction asexuée
Spores endogènes
Les endospores sont produites à l’intérieur d’un

sac fermé porté par un filament spécialisé.
Chez les Zygomycètes (Mucorales), les spores

asexuées naissent à l’intérieur de sacs appelés
sporocystes ou sporanges.
A maturité, la paroi du sporocyste se déchire

pour libérer les spores.
8
Reproduction asexuée
Spores exogènes
Chez les champignons supérieurs, les spores asexuées se forment

par bourgeonnement à partir d’une cellule spécialisée appelée
cellule conidiogène.
Les spores ainsi produites sont

appelées conidies:
Conidie = conidiospore
9
Aspect des spores
Chez les champignons d’intérêt médical,
on distingue, selon leur aspect, cinq (5) groupes de spores :
1. Aménospores,
spores unicellulaires de petite taille (Aspergillus, Penicillium),
10
Aspect des spores
Cinq (5) groupes de spores :
2. Didymospores,
spores bicellulaires (Trichothecium),
3. Phragmospores,
spores pluricellulaires à cloisons transversales (Bipolaris, Culvularia),
11
Aspect des spores
Cinq (5) groupes de spores :
4. Dictyospores,
spores pluricel, à cloisons transversales et longitudinales (Altenaria),
5. Scolécospores,
spores étroites, souvent incurvées à cloisons transversales (Fusarium)
12
Aspect des spores
Les chlamydospores,
sont des spores de résistance à paroi épaisse formées à partir d’un

article de l’hyphe ou à son extrémité.
Contrairement aux autres spores, elles ne possèdent pas de

mécanisme de libération permettant leur dissémination. .
13
Aspect des spores
Les chlamydospores,
sont des spores de résistance à paroi épaisse C. albicans
14
Aspect des spores
Les chlamydospores,
sont des spores de résistance à paroi épaisse M. langeronii
15
Conidiogénèse
Ensemble des mécanismes intervenant dans la production des

spores asexuées ou conidies
On distingue 2 modes de conidiogénèse qui sont subdivisés

chacun en plusieurs types.
1. Mode thallique
conidies produites à partir d’éléments préexistants du thalle
2. Mode blastique
spores produites par bourgeonnement à partir d’une cellule mère
16
Conidiogénèse
1. Mode thallique
formation de conidies à partir d’éléments préexistants du thalle
Trois types
- Type thallique solitaire
- Type arthrique
- (holoarthrique)
- (entéroarthrique)
17
Conidiogénèse: mode thallique
Trois (3) types :
1.1 Type thallique solitaire,

La conidie nait à partir d’une courte ramification de l’hyphe ou à
l’extrémité du filament mycélien.
formation des spores appelées aleuries : (dermatophytes).

• spore unicellulaire (microaleurie / microconidie)
• Spore pluricellulaire (macroaleurie / macroconidie)
18
Conidiogénèse: mode thallique
Trois (3) types :
1.2 Type arthrique (holoarthrique),

conduit à la formation d’arthrospores (Geotrichum, Scytalidium).
La fragmentation progressive du filament mycélien donne des

spores cubiques ou rectangulaires (arthrospores).
19
Conidiogénèse
2. Mode blastique
formation de conidies par bourgeonnement à partir d’une cellule

mère. C’est le mode le plus fréquent.
- Mode holoblastique (6 types)

- Type blastique solitaire
- Mode entéroblastique (2 types)

- Type blastique phialidique
20
Conidiogénèse: mode blastique
Huit (8) types :
2.1 Type blastique solitaire,

formation d’une spore fille identique à la cellule mère appelée
blastospore (Candida, Cryptococcus, Malassezia, Rhodotorula).
La cellule fille est produite par bourgeonnement à partir de la cellule

mère et, une cellule mère peut produire plusieurs cellules filles en
des sites différents.
21
Conidiogénèse
BOURGEONNEMENT
22
Conidiogénèse: mode blastique
Huit (8) types :
2.2 Type blastique phialidique,

production des spores à partir d’une cellule conidiogène appelée
phialide.
Les conidies formées peuvent:

- rester accolées les unes aux autres en chaine (Aspergillus,…)
- se rassembler en amas au sommet de la phialide (Fusarium,…)
23
1.2 Reproduction sexuée
Elle nécessite la fusion de deux (2) cellules complémentaires

appartenant à la même espèce.
- issues d’un même thalle (homothallisme)

- Issues de 2 thalles différents et complémentaires (hétérothallisme).
Il s’en suit la fusion des deux noyaux et la formation d’une cellule

diploïde, puis une méiose, suivie d’une ou plusieurs mitoses.
- ZYGOSPORE
- ASCOSPORE
- BASIDIOSPORE
24
TD_1
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les spores
- Modes de groupement des conidies
Définitions
- Acropète
- Basipète
25
2.
Taxinomie des champignons
2. Taxonomie des champignons
Selon Whittaker (1969)

le monde du vivant est organisé en cinq (5) règnes :
- le règne des Procaryotes (bactéries),

- le règne des Protistes eucaryotes uni ou pluricellulaires
(protozoaires, algues, protistes fongoïdes),
- le règne des Plantes ou végétaux chlorophylliens,
- le règne des Animaux,
- le règne des Champignons ou Fungi.
27
MICROBIOLOGIE
Position microbiologique des champignons
GROUPES MICROBIOLOGIQUES
PARASITES CHAMPIGNONS BACTERIES VIRUS
REGNE ANIMAL THALOPHYTES
EUCARYOTES PROCARYOTES IINTRACEL

Noyau ADN ADN
avec membrane sans membrane ARN
nucléaire nucléaire
28
Classification générale des champignons
Kown Chung et Bennett, 1992
De Hoog, 1995 (modification) : plus utilisée actuellement.
29
De Hoog, 1995.
- 5 divisions ou phylums : 4 = reproduction sexuée
30
De Hoog, 1995.
- Mastigomycotina, rarement impliqués en pathologie
. Chytridiomycotina = champignons aquatiques
. Oomycotina = non classés parmi les mycètes vrais
31
Classification des champignons d’intérêt médical
De Hoog, 1995.
- Zygomycotina, production des zygospores
. Mucorales => mucormycoses (contaminants du labo +++)
. Entomophthorales => entomophthoromycoses (Fougamou)
32
Classification des Zygomycètes
- Zygomycètes, producteurs des zygospores
. Mucorales => mucormycoses (contaminants du labo +++)
. Entomophthorales => entomophthoromycoses (Fougamou)
33
De Hoog, 1995.
- Ascomycotina, production des ascospores
. Pneumocystis jirovecii, Aspergillus, Levures
. Certains dermatophytes: genre Arthroderma
34
De Hoog, 1995.
- Basidiomycotina, production des basidiospores
. Cryptococcus, Malassezia, Rhodotorula, Trichosporon
. Genre Cryptococcus : genre Filobasidiella
35
De Hoog, 1995.
- 4 divisions ou phylums : 1 = reproduction asexuée
(Reproduction sexuée inconnue ou non observée)
36
De Hoog, 1995.
- Deuteromycotina, champignons impliqués en pathologie
. Plus grand nombre d’espèces d’intérêt médical
. 3 classes: Blastomycètes, Hyphomycètes, Coelomycètes
37
Classification des Deutéromycètes
Classe des Blastomycètes
ensemble des champignons levuriformes
38
Classe des Hyphomycètes
- Thalle septé, cellules conidiogènes libres
- Dermatophytes
39
Classe des Hyphomycètes
. Moniliacés (Hyalohyphomycètes), paroi incolore
. Dématiés (Phaeohyphomycètes), paroi pigmentée
40
Classe des Coelomycètes

Thalle filamenteux, cellules conidiogènes contenues dans
organes protecteurs: pycnide, acervule
41
Résumé
Classification des champignons
Règne des Champignons ou Fungi
1. Classification générale
5 divisions ou phylums :
4 reproductions sexuées
Mastigomycotina, Zygomycotina, Ascomycotina, Basidiomycotina
1 reproduction asexuée
Deuteromycotina
2. Classification d’intérêt médical

4 divisions ou phylums :
3 reproductions sexuées
Zygomycotina, Ascomycotina, Basidiomycotina
1 reproduction asexuée
Deuteromycotina
42
TD_2
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mucorales
Epidémiologie: distribution géographique
Pouvoir pathogène : genres / pathologies
Caractères culturaux : croissance / thermotolérance
Morphologie: rhizoides
Définitions
- Parasitisme endothrix
- Parasitisme endo-ectothrix
43
Fin
44
Cours - 3
TD-3
Prélèvements et examens directs

Dr J NZAMBA
1
Introduction 1
Le diagnostic d’une mycose implique, comme pour toute autre infection microbienne:
1- la combinaison des données cliniques et épidémiologiques
2- la mise en œuvre des méthodes de laboratoire
2
Introduction 2
1- la combinaison des données clinques et épidémiologiques
Signes cliniques évocateurs

Epidermophytie circinée, Pityriasis versicolor, Teignes tondantes
Signes cliniques peu spécifiques

Mycoses profondes
Données épidémiologiques
Statut de la maladie dans la région (Favus et Gabon)
3
Introduction 3
2- la mise en œuvre des méthodes de laboratoire
Le diagnostic mycologique permet d’affirmer ou d’infirmer l’origine

mycosique des lésions observées (Diagnostic différentiel - Dermatologie)
Que les signes cliniques soient évocateurs ou non, authentifier une

mycose => Examen mycologique
Conclusion
Le diagnostic d’une mycose repose donc sur les données clinico-biologiques
4
Introduction 4
Epidermophytie plantaire Onychomycose Teigne du cuir chevelu
Psoriasis pustuleux plantaire Psoriasis unguéal Pelade
5
Sécurité
6
Sécurité
1- Contamination
Inhalation des spores infectieuses des champignons dimorphiques.
(Cladophialophora bantiana ; Cr. gattii*)
2- Brûlures par le feu
Cheveux longs (genre féminin)
Croisement des membres sup au dessus de la flamme du stérilisateur
3- Blessures
Verrerie propre et surtout contaminée
Vaccinostyles et lames de bistouri stériles et surtout contaminés
4- Centrifugeur
Échappement du rotor
Perte du produit biologique
7
1.
Prélèvements
Prélèvements
A- Règles générales
B- Matériel
C- Sites des mycoses
D- Modalités et remarques
9
A- Règles générales
Le succès de l’examen mycologique et la qualité des résultats obtenus dépendent en

grande partie des conditions dans lesquelles les prélèvements ont été effectués.
- Vérifier l’utilisation antérieure d’antifongiques

- Désinfection locale préalable à l’alcool à 70°C
- Spécimen a été prélevé correctement et au bon endroit
- Récipients stériles étiquetés
- Identification précise et complète du patient
- Individualisation des prélèvements d’un même patient
- Tout prélèvement doit être considéré comme potentiellement contaminant
- S’assurer de la qualité du prélèvement (identification et contenu)
- Les renseignements cliniques sont très importants (orientation et sécurité)
- Tout produit biologique doit être examiné dès réception (transport rapide)
10
B- Matériel
11
Matériel: Rôle de la lampe de Wood
La lampe de Wood portative existe depuis bien longtemps
Son utilisation nécessite une pièce d’observation obscure
La fluorescence émise révèle certaines lésions

- blanc-verdâtre : poils et duvets des microspories
- verte : teigne microsporique
- verte : onyxis bactérien (Pseudomonas aeruginosa)
- vert pâle : teigne favique
- jaune chamois ou doré : lésions de Pityriasis versicolor
- rouge : érythrasma
- blanche : piedra
Elle permet de visualiser des cheveux ou poils infectés fluorescents

lorsque les lésions ne sont pas nettes (Diag. précoce d′une teigne débutante)
12
1- Pilaire, cutanée, unguéale
Cuir chevelu: cheveux malades (cassés), squames, pus

Peau: squames, sérosités, poils
Ongles: débris d’ongles, pus
2- Oropharyngée, génitale, anale
Muqueuses: écouvillonnage (Idéal = 2 écouvillons)
3- Oculaire, auriculaire, sinusienne
Oeil: écouvillonnage sécrétions, grattage cornée, ponction humeur aqueuse

Conduit auditif externe: squames du conduit auditif externe
Nez, sinus: écouvillonnage, aspiration des sinus, biopsie
13
4- Pulmonaire
Expectorations, crachats induits, sécrétions trachéales ou bronchiques
5- Rénale, vésicale
Urine
6- Gastro-intestinale
Selles, biopsies oesophagienne, gastrique, intestinale
7- Hématogène
Sang
14
8- Système nerveux central
Liquide céphalo-rachidien (LCR)
9- Abcès
Pus
10- Divers
Autres liquides et exsudats (ponctions pleurale, abdominale, articulaire, etc.)

Ponction médullaire
Biopsies d’organes
15
Prélèvements
D- Modalités et Remarques
16
1- Cuir chevelu
MODALITES ET REMARQUES
Observation à la lampe de WOOD
Recherche des cheveux fluorescents (Lumière ultraviolette)

Repérage des racines des cheveux cassés (Loupe)
17
1- Cuir chevelu
1 2 3
Produits biologiques
1- Teigne tondante cheveux, squames

2- Kérion de Celse cheveux, squames, Pus
3- Folliculite cheveux, squames, Pus
18
2- Poils: barbe/pubis
1 2 3
Produits biologiques (WOOD)
1,2- Sycosis (Folliculite) Poils, Pus

3- Piedra (Trichomycose) Poils
19
3- Peau glabre
1 2 3
1- Eczéma marginé de Hebra squames

2- Epidermophytie circinée (Ex herpès circiné) squames
3- Desquamation plantaire squames
20
4- Ongles
1 2 3
1- Onychomycose - OMDT débris ongles

2- Onychomycose - OMSUD débris ongles
3- Onyxis + péri onyxis débris ongles, squames, Pus
21
5- Muqueuse buccale
1 2 3
1- Muguet buccal Écouvillonnage

2- Muguet lungual Écouvillonnage
3- Perlèche squames ou écouvillonnage
22
5- Muqueuse vaginale
1 1 22 3
1- Vulve normale
2- Leucorrhée à Candida Écouvillonnage
3- Leucorrhée à Trichomonas Écouvillonnage
23
6- Balanite / Urétrite
1 2 3
1- Balanite à Candida Écouvillonnage

2- Balanite à C. trachomatis Sérologie
3- Urétrite à N. gonorrhoeae / C. trachomatis Écouvillonnage
24
6- Balanite / Urétrite
L’urétrite
Les candidoses du tractus urinaire ont peu de spécificité par rapport aux infections
bactériennes et ne sont pas toujours associées à de la fièvre.
L’urétrite est une atteinte du méat qui se traduit par :

- des dépôts blanchâtres;
- un écoulement associé à des brûlures mictionnelles.
On doit rechercher chez la femme, une localisation vaginale associée et,

si l’atteinte est isolée, rechercher un éventuel diabète.
25
7- Autres types
1- Oeil Écouvillonnage (larmes ou pus), Ulcère => grattage cornée
2- Conduit auditif Grattage du CAE, Écouvillonnage = 2è intention
3- Nez et Sinus Aspiration sinus, biopsie ou prél. tissus nécrosés, Ec = 2è int
4- Expectorations, Crachats induits, Sécrétions trachéales

Recueil après rinçage buccal avec un antiseptique
Sérosités obtenues par brossage sont étalées sur 3 lames et envoyées non fixées
5- Urines
Recueil par sonde ou milieu du jet après toilette génitale
Analyse dans les deux heures qui suivent le prélèvement
26
7- Autres types
6- Selles Quantité suffisante ou Écouvillonnage rectal assez profond
7- Sang Recueil dans des milieux d’hémoculture pour culture fongique
8- LCR Recueil de 1 à 3 ml par ponction lombaire
9- Autres liquides et exsudats

Liquides de ponction (pleurale, abdominale, articulaire), aspirations et drainages
Recueil dans un récipient stérile hépariné pour éviter la coagulation
10- Pus
Recueil à l’aide d’une seringue ou par écouvillonnage (maintien de l’humidité)
Recueillir également les grains présents (mycétomes)
27
7- Autres types
11- BIOPSIES D’ORGANES
Réception: fragment humide (2-3 gouttes d’eau physiologique) NON FIXÉ
Envoi: Toujours 2 fragments
- un fragment non fixé pour appositions et culture fongique

- un fragment fixé pour examen anatomo-pathologique
12- PONCTION MEDULLAIRE
Recueil de 3-5 ml de moelle osseuse à l’aide d’une seringue héparinée
28
8- Actes et Gestes
29
TD Exercice
Expédition d’un prélèvement
Étiqueter le matériel contenant le produit biologique
Protéger le contenant par un emballage adéquat
Adjoindre tous les renseignements (identité de l’expéditeur, identité du malade, séjours, renseignements cliniques)
Acheminer le colis dans les délais les plus rapides
1- Prélèvements cutanés (squames, cheveux, poils et ongles)
Ces produits peuvent être conservés longtemps et envoyés à distance sans danger de détérioration
Le produit est placé dans un sachet stérile puis enfermé dans une enveloppe
2- Exsudats, liquides et biopsies
L’écouvillon d’un exsudat doit être remplacé par un frottis sur lame associé à un milieu Sabouraud
ensemencé
Il faut ajouter des antibiotiques aux liquides pathologiques sauf s’il y a suspicion
d’une actinomycose
Le fragment de la biopsie doit être humidifié avec de l’eau physiologique stérile contenant
un antibiotique sauf en cas de suspicion d’une actinomycose
30
2.
Examens directs
Introduction
Le diagnostic direct
est plus particulièrement adapté au diagnostic des mycoses superficielles,
facilement accessibles au prélèvement.
« EXAMEN DIRECT »
Le diagnostic indirect
consiste en la recherche d’anticorps spécifiques ou d’antigènes circulants.
Il s’avère particulièrement intéressant et complémentaire dans les mycoses
profondes.
32
Examen direct
Rôle et Importance
L’examen microscopique permet l’observation de la phase parasitaire du champignon in

situ. => DIAGNOSTIC DE CERTITUDE (Inoculation animal – Diagnostic moléculaire)
Il doit être pratiqué peu de temps après le prélèvement
Il est indispensable et constitue une étape importante du diagnostic :
- les agents infectieux recherchés ne peuvent pas être cultivés (P. jirovecii)
- il peut à lui seul, permettre de donner une orientation, de poser un

diagnostic immédiat et d’instaurer une thérapeutique (Teigne, P. versicolor)
Le choix d’une méthode d’examen microscopique adaptée à la nature du

prélèvement biologique à analyser est très important
33
Traitement des échantillons
Examen direct et Mise en culture
Certains échantillons doivent être traités avant l’examen direct et l’ensemencement
ONGLES : découpage en petits morceaux ou gratter pour recueillir les débris de kératine
EXPECTORATIONS : Fluidification avec un produit mucolytique (Digest-eur®)
LBA : centrifugation et dilution dans 1 ml du liquide initial (culot ; surnageant)
LCR : centrifugation (culot => Ex direct et culture ; surnageant => Diag-immuno)
BIOPSIES : fragmentation ou broyage non agressif
URINE : homogénéisation par inversion manuelle ou centrifugation
GRAINS (MYCETOMES) : lavage des grains avec EDS OU SPS

34
Réalisation des frottis
Examen direct
Biopsies tissulaires
Deux (2) FRAGMENTS
Un fragment doit être utilisé pour effectuer des empreintes ou appositions sur lame.
L’autre (éviter toute contamination) doit être employé pour la mise en culture.
LBA et autres liquides et sérosités
Réaliser un frottis très mince si le prélèvement est visqueux.

Celui du LCR ou LBA est réalisé à partir du culot de centrifugation..
35
Examen direct
Méthodes
TROIS METHODES
1- ETAT FRAIS
2- PREPARATION
3- CAS PARTICULIERS
36
Examen direct
Méthodes
1- ETAT FRAIS
Le produit biologique est directement observé entre lame lamelle

ou après émulsion dans un DILUANT
DILUANTS :
- Eau distillée stérile (EDS)
- Sérum physiologique stérile (SPS)
37
Examen direct
Méthodes
2- PREPARATION
Utilisation d’un REACTIF pour rendre visibles les éléments fongiques

éventuellement présents dans le spécimen
DEUX VARIETES
- Eclaircissement (transparence)
- Coloration (contraste)
38
Examen direct
Méthodes
2- PREPARATION
2.1- Eclaircissement
ECLAIRCISSANTS
- Potasse aqueuse ( KOH) : squames – ongles – cheveux - poils

Défavorable pour le parasitisme favique et la conservation de la préparation
- Chlorallactophénol : cheveux - poils

Convient pour le parasitisme favique et la conservation de la préparation
39
Examen direct
Méthodes
2- PREPARATION
2.2- Coloration
COLORANTS
- Blanc de calcofluor 0.1% : Microscope à fluorescence

- Noir chlorazole : Microscope à fond clair
Prélèvements kératinisés – prélèvements épais et visqueux
- Giemsa – Gomori Grocott – PAS – Ziehl – Bleu de méthylène :

Autres prélèvements profonds et des muqueuses
40
Morphologie microscopique
Microscope à fond clair Microscope à fluorescence
41
Examen direct
Méthodes
2- PREPARATION
2.2- Coloration
COLORANTS SPECIAUX
- Gram
Prélèvements des muqueuses digestives et vaginales
Expectorations - urines - selles
- Musto: version rapide de Gomori Grocott

Prélèvements profonds surinfectés (immunocompromis)
Mise en évidence de P. jirovecii (prélèvements broncho pulmonaires)
SAUF: LCR - Moelle osseuse - sang - P. versicolor - Dermite séborrhéique 42

Examen direct
Comparaison des méthodes
1- ETAT FRAIS 2- PREPARATION
Le produit biologique est directement Utilisation d’un REACTIF pour rendre

observé entre lame / lamelle ou après visibles les éléments fongiques éventuellement
émulsion dans un DILUANT présents dans le spécimen
DILUANTS : DEUX VARIETES
- Eau distillée stérile - Eclaircissement (transparence)
- Sérum physiologique stérile - Coloration (contraste)
43
Examen direct
Méthodes
3- CAS PARTICULIERS
- Encre de Chine
Culot de centrifugation du liquide céphalo rachidien (LCR)
- Giemsa
Moelle osseuse ou sang périphérique
- Scotch-test
Pityriasis versicolor ou dartre
- KOH – Immersion
Dermite séborrhéique et Pityriasis capitis (État pelliculaire)
NB. Les GRAINS des mycétomes doivent être lavés et écrasés entre lame et lamelle
44
Lésions
Pityriasis versicolor (Scotch-test)
Pityriasis capitis (KOH-Immersion)
Dermite séborrhéique
(KOH-Immersion)
45
Examen direct
Éléments fongiques et parasitismes à rechercher
1- Éléments fongiques
- Spores
- Levures
- Filaments mycéliens
- Grains parasitaires
- Formes de fructifications asexuées (ex. têtes aspergillaires)
2- Modes de parasitisme
- Nodules de Piedra sur des poils

- Nodules de Trichomycose sur des poils
- Parasitisme endothrix des cheveux
- Parasitisme endo-ectothrix des cheveux
46
Examen direct
Éléments fongiques à rechercher
47
Examen direct
Éléments fongiques à rechercher
48
Examen direct
Éléments fongiques et parasitismes à rechercher
1- Éléments fongiques
- Spores
- Levures
- Filaments mycéliens
- Grains parasitaires
- Formes de fructifications asexuées (ex. têtes aspergillaires)
2- Modes de parasitisme
- Nodules de Piedra sur des poils

- Nodules de Trichomycose sur des poils
- Parasitisme endothrix des cheveux
- Parasitisme endo-ectothrix des cheveux
49
Examen direct
Parasitismes à rechercher
50
Dermatophyte
Parasitisme des cheveux
Endo-ectothrix
Endothrix
Examen direct
Observations et orientations
Éléments fongiques observés Champignons probables
Production à la fois des formes levures Candida, Malassezia, Trichosporon

et des hyphes ou pseudo hyphes
Se présentent toujours sous forme levure Cryptococcus, Saccharomyces, Rhodotorula
Se présentent toujours sous forme filamenteuse Dermatophytes

Moisissures
Se présentent sous forme de cellules fumagoides Chromoblastomycose
52
TD_3
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
La chromomycose

Pouvoir pathogène : Agents pathogènes
Caractères culturaux : Milieu et T°C d’incubation
Morphologie: diagnostic de certitude
Formules
- Noir chlorazole
53
Fin
54
Cours - 4
Culture des prélèvements et identification

des champignons
Dr J NZAMBA
1
1.
Mise en culture des prélèvements
2
Introduction
Les prélèvements destinés à l’examen mycologique doivent toujours être mis en culture
Sauf quand l’isolement du champignon n’apporte pas de renseignements

supplémentaires (Pityriasis versicolor et Scotch-test)
La culture permet de diagnostiquer une mycose malgré un examen direct négatif
Si l’examen direct est positif au départ, l’obtention d’une culture positive est la preuve
tangible de la présence de l’agent fongique dans le prélèvement
Conclusion
Seul l’isolement en culture affirme l’infection et permet dans les infections sévères,
de tester la sensibilité in vitro aux ATFs.
3
Traitement des échantillons
Examen direct et Mise en culture
Certains échantillons doivent être traités avant l’examen direct et l’ensemencement
ONGLES : découpage en petits morceaux ou gratter pour recueillir les débris de kératine
EXPECTORATIONS : Fluidification avec un produit mucolytique (Digest-eur®)
LBA : centrifugation et dilution dans 1 ml du liquide initial (culot ; surnageant)
LCR : centrifugation (culot => Ex direct et culture ; surnageant => Diag-immuno)
BIOPSIES : fragmentation ou broyage non agressif
URINE : homogénéisation par inversion manuelle ou centrifugation
GRAINS (MYCETOMES) : lavage des grains avec EDS OU SPS

4
1.1 Milieux de culture
Eléments indispensables à la croissance des champignons
CARBONE ORGANIQUE
AZOTE
Facteurs de croissance
Vitamines
Milieu électif
Oligo-éléments Milieu sélectif
Inhibiteurs
5
Nutrition et physiologie
des champignons_1
Les champignons ont une remarquable capacité à coloniser et

exploiter une grande variété de SUBSTRATS.
Les champignons se nourrissent par absorption d'éléments nutritifs

puisés dans le SUBSTRAT.
Ils synthétisent à partir d'éléments simples comme les oses, les

substances complexes nécessaires à leurs développement et
reproduction
6
Nutrition et physiologie
des champignons_2
Pour une croissance optimale, les micromycètes exigent :
- des facteurs physiques (température, lumière, …)
- des facteurs chimiques qui peuvent être:
macro nutriments en concentration relativement élevée

(oxygène, carbone, azote, soufre, phosphore, magnésium, potassium, ..),
micro nutriments nécessaires en concentration plus faible.

(fer, cuivre, manganèse, zinc, …).
Les champignons sont capables de produire l'énergie à partir de la

dégradation des composés organiques (HETEROTROPHISME)
7
Groupes de milieux de culture
TROIS GROUPES
1- Milieux d’isolement standards

1a- Milieux Sabouraud + antibiotiques
1b- Milieux d’hémoculture
2- Milieux d’isolement spécifiques

2a- Milieux chromogéniques ou fluorogéniques
2b- Milieux avec additif alimentaire ou indicateur de pH
3- Milieux d’identification
3a- Milieux pour conidiogénèse ou fructifications
3b- Milieux pour diagnostic différentiel
8
Groupe 1
Milieux d'isolement standards
1a- Milieux de Sabouraud + Antibiotiques
Sabouraud chloramphénicol (SC) et/ou gentamycine

Sabouraud chloramphénicol et actidione (SCA)
ACTIDIONE (Cycloheximide): Antibiotique antifongique

Limite l’envahissement des champignons à croissance lente (Dermatophytes)
par des contaminants à développement rapide
Inhibe la croissance :
- de certaines espèces de Candida potentiellement pathogènes
- des espèces du genre Cryptococcus (Cryptococcus neoformans )
- de moisissures opportunistes (Aspergillus, Fusarium,….)
9
Groupe 1
Milieux d'isolement standards
1b- Hémocultures
- Milieux conventionnels
Milieu de Castaneda
Milieu Sabouraud liquide citraté
Milieu HémolineTM Performance (bioMérieux)
- Systèmes automatisés
Système BacT/ALERT® (bioMérieux)

Système Bactec® (Becton-Dickinson)
Système Dupont-Isolator (Oxoid)
Sensibilité supérieure à celle des milieux conventionnels
10
Groupe 2
Milieux d'isolement spécifiques

Milieu électif
Milieu sélectif
Détection sélective de Candida albicans
Milieu chromogénique: ATB + substrat chromogénique d’une enzyme

de C albicans (production d’un pigment par la colonie)
Candida ID 2®
Milieu fluorogénique: ATB + substrat fluorogénique d’une enzyme

de C albicans (émission d’une fluorescence sous lumière UV)
Fluoroplate®
11
Groupes 2
Détection sélective de Cryptococcus neoformans
Guizotia abyssinica (milieu à base de graines de niger) : la phénol-oxydase

produite par cette levure transforme l’acide caféique présent dans le milieu
en mélanine. Les colonies apparaissent brun noir
Un pourcentage de Cr. neoformans et les cryptocoques saprophytes

ne possèdent pas cette enzyme.
Toute colonie blanche isolée sur ce milieu doit donc être identifiée
12
Groupes 2
2b- Milieux avec additif alimentaire ou indicateur de pH
Obtention en culture de Malassezia sp

Levure lipophile et lipodépendante
Milieu de Dixon (contient des acides gras à chaîne longue)

SC ou SCA + Huile d’Olive
Recherche spécifique des dermatophytes
Milieu DTA (contient un indicateur de pH: rouge phénol): la gélose vire au

rouge en présence d’un dermatophyte mais aussi de certaines moisissures
13
Groupes 3
Milieux d'identification
3a- Milieux pour conidiogénèse ou fructifications
Diagnostic de genre et d’espèce
Gélose Malt (conidiogénèse des dermatophytes et moisissures)

Milieu RAT OU PCB (fructifications des levures)
14
Groupes 3
Milieux d'identification
3b- Milieux pour diagnostic différentiel
• Sabouraud Chloramph Actidione: diagnostic différentiel des levures

Sabouraud tétrazolium: diagnostic différentiel des levures
(taxon multiple)
Urea Agar Base : différenciation de T. rubrum (-) vs T. mentagrophytes (+)

Perforation des cheveux in vitro : T. rubrum (-) vs T. mentagrophytes (+)
Développement sur grains de riz : M. audouinii (-) vs M. canis (+)
Géloses Trichophyton 1 à 7
15
Mise en culture
Exemples milieux différentiels
16
Mise en culture
Exemple milieux différentiels
Étude des besoins en

facteurs de croissance
BIOTYPES : Tv
17
Milieux de Transport
Actuellement
TRANSPORT
Portagerm
Mycoline
IDENTIFICATION AUTOMATISEE
ID 32 C / mini API
YBC / VITEK
Gamme YST / VITEK
Gamme Hémoline
Gamme BacT/ALERT
18
TD Exercice
Contrôle de la qualité des milieux
Pour valider la qualité du milieu à utiliser, on a besoin de:
Quatre critères
1- Apparence
2- Stérilité
3- pH
4- Performance (fonction du type de milieu)
Le contrôle de la qualité concerne:
- Les milieux achetés prêts à l’emploi

- Les milieux préparés par l’utilisateur
19
TD Exercice
Contrôle de la qualité des milieux
Performance
Milieu d’isolement:
capacité d’entretenir une croissance optimale d’une souche
sélectionnée
Milieu sélectif:
Utilisation simultanée d’une souche sensible et d’une souche
résistante aux agents inhibiteurs inclus dans le milieu
Milieu différentiel:
Utilisation simultanée d’une souche produisant une réaction positive
et d’une souche donnant une réaction négative
20
1.2 Techniques d’ensemencement
Liquides biologiques, selles et pus

0,1 ml de produit par tube de milieu
Squames, ongles, cheveux et poils

5 à 7 points de fragments à la surface de la gélose « DEPOT ABONDANT »
Écouvillon
Toute la surface du coton doit être ensemencée en le tournant progressivement
Biopsies
Broyer au mortier ou découper en petits fragments et appliquer la procédure
des squames
Hémocultures
Inoculer le volume de sang recommandé selon la procédure (20 ml)
En général 5 ml (enfant) et 10 ml (adulte) par flacon contenant 100 ml de bouillon
21
1.2 Conditions d’incubation
Température ambiante à éviter (20 – 25°C)
Température optimale: 30°C – 35°C
Lésions superficielles ou sous cutanées: 27°C (25 – 30°C)
Infections profondes ou systémiques: 37°C

croissance à 37°C => champignon responsable d’une infection profonde
Incubation systématique à 37°C = non recommandée (exp. M. furfur: 32°C)
LCR et Sang: systématiquement à 37°C

Champignons dimorphiques
Culture à 25 – 30°C => forme filamenteuse ou saprophyte
Culture à 35 – 37°C => forme levure ou pathogène
Confirmation => obtention des 2 aspects (Repiquage de la primo culture)

22
Thermotolérance
A. fumigatus
45°C
Tolérance thermique
=
FACTEUR DE VIRULENCE
23
1.3 Surveillance des cultures
Facteurs qui influencent la vitesse de croissance
Milieu de culture
Nombre de cellules ensemencées
Température d’incubation
Durée de croissance
Croissance des levures: 24 - 48 heures
Croissance des moisissures: 02 - 04 jours
Croissance des dermatophytes: 06 – 30 jours
24
1.3 Surveillance des cultures
Croissance des levures: 24 - 48 heures
Croissance des moisissures: 02 - 04 jours
Croissance des dermatophytes: 06 – 30 jours
Type de culture Temps

d’incubation
Cultures de phanères destinées à la recherche de dermatophytes 1m
Hémocultures (le temps d’incubation varie selon le système) 2s
Prélèvements profonds (liquides de ponction ou d’aspiration, biopsies, broncho-pulmonaires) 2s
LCR et tous prélèvements pour lesquels Cr. neoformans ou un champignon dimorphique est 1m
suspecté
Autres prélèvements (selles, urines, muqueuses) 3j
Suspicion d’un mycétome 1 m 1/2

25
2.
Identification des champignons
26
Introduction
L’identification d’un champignon est basée sur :
1- la morphologie
- morphologie macroscopique
- morphologie microscopique
2- la physiologie
C’est une démarche

qui s’appuie aussi sur les résultats de l’examen direct
27
1. Morphologie
1a- Morphologie macroscopique
C’est l’étude de l’aspect des colonies.
Elle permet de décrire :
au recto
- la surface (consistance et texture),
- la couleur du recto de la colonie,
au verso
- la présence d’un pigment diffusible ou non dans la gélose.
Elle permet aussi d’apprécier

la vitesse de croissance des colonies des champignons filamenteux.
(diamètre de la colonie après incubation de la culture à 25°C pdt 7 j)
28
1. Morphologie
1b- Morphologie microscopique
Etude de l’aspect et de l’organisation des organes fongiques.
Elle permet de décrire :
- le thalle
- la morphologie et la disposition des

. formes de fructifications asexuées ou sexuées
. formations annexes caractéristiques du genre et de l’espèce
29
2. Physiologie
2a- physiologie des levures
La physiologie des levures correspond à l’étude :
- de l’utilisation des composés carbonés et azotés,

- de l’hydrolyse de l’urée,
- de la réduction des sels de tétrazolium,
- de la sensibilité à l’actidione,
- de la détection d’enzymes.
30
2. Physiologie
2b- physiologie des champignons filamenteux
« Dermatophytes »
Elle concerne la recherche :
- de l’uréase,
- des organes perforateurs,
- de l’expression du pigment,
- de la croissance sur des grains de riz,
- des besoins nutritifs (vitamines et acides aminés)
31
3. Orientation préliminaire
3a- Levures
Sur les milieux d’isolement standards:

- colonies lisses crémeuses ou muqueuses;
- le plus souvent de couleur blanche ou blanc-crème;
- elles peuvent être pigmentées en beige ou en orange à rouge;
- le pigment permet d’orienter l’identification vers un genre;
- l’espèce est précisée en réalisant des tests physiologiques.
L’examen microscopique entre lame et lamelle

permet d’observer des éléments unicellulaires, ronds à ovalaires, parfois
bourgeonnants.
Cet aspect morphologique permet seulement d’affirmer qu’il s’agit

de levures. Il ne permet en aucune façon de préjuger du genre ou de l’espèce
en cause.
32
3. Orientation préliminaire
3b- Champignons filamenteux
Les champignons filamenteux croissent de façon centrifuge:
- colonies avec filaments aériens enchevêtrés  longs,

- colonies duveteuses, laineuses, cotonneuses,
- colonies poudreuses, granuleuses,
- colonies sous forme de croûte compacte glabre
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient :
- suivant les espèces de champignons.

- chez une même espèce en fonction
. des milieux de culture
. du temps d’incubation
33
4. Purification des cultures
4a- Pourquoi ?
La purification consiste à séparer un champignon pathogène de tout ce qui

est non désirable, pour l’obtenir en culture pure.
Les champignons pathogènes isolés des cultures fongiques peuvent être

contaminés par :
- des germes,
- des champignons saprophytes,
- des contaminants.
L’association de deux ou de plusieurs espèces de levures de même couleur

ou pigment n’est pas toujours facile à déceler sur milieux d’isolement
standards sauf si un milieu d’isolement spécifique est utilisé pour la même
culture
L’âge de la levure à identifier
34
4a. Purification des cultures
Pourquoi ?
35
4b- Comment ?
Pour obtenir un champignon pathogène en culture pure, on repique la

colonie de la primo culture sur un milieu neuf et stérile.
Pour les levures, en fonction de la situation, on utilise :
- la méthode d’épuisement en strie ;

- la méthode des quadrants.
Pour les champignons filamenteux, on repique :
- pour une colonie duveteuse, une portion de filaments ;

- pour une colonie poudreuse, une pointe de poudre ;
- pour une colonie glabre, une portion prélevée en périphérie.
36
Comment ?
Méthode en strie Méthode des quadrants
37
Comment ?
Culture polymorphe
Culture monomorphe ou pure
38
Fin
39
Cours - 5
TD-4
Diagnostic immunologique et
Antifongigramme
Dr J NZAMBA
1
1.
Diagnostic immunologique
2
(Introduction)
Le diagnostic direct
est plus particulièrement adapté au diagnostic des

mycoses superficielles, facilement accessibles au
prélèvement.
Le diagnostic indirect ou immunologique
qui consiste en la recherche d’anticorps spécifiques ou

d’antigènes circulants, s’avère particulièrement intéressant
et complémentaire dans les mycoses profondes
3
(Introduction)
Les champignons pathogènes se comportent comme des

antigènes et provoquent des réactions immunologiques chez l’hôte.
NB
Les tests sérologiques
ne sont d’aucune utilité pour le diagnostic des mycoses superficielles.
Les réactions séro-immunologiques

visent à mettre en évidence les Ac ou Ag présents dans le sérum
pour aider au diagnostic et suivre l’évolution des infections fongiques

profondes.
4
(Prélèvements et pathologies)
En séro-mycologie,
la recherche d’antigènes circulants ou de métabolites fongiques
s’applique aussi à d’autres liquides biologiques
- LCR
- LBA
- Urines
En pratique, cette recherche est applicable au diagnostic :
- candidoses profondes,
- aspergilloses,
- cryptococcoses.
5
(Situations)
Chez les patients suspects de mycose profonde,
l’isolement du champignon responsable n’est pas toujours aisé:
- prélèvements contre-indiqués,
- prélèvements difficiles à réaliser.
diagnostic mycologique direct souvent tardif compte tenu des

délais nécessaires pour l’isolement et l’identification;
compromettant ainsi les chances de guérison qui sont d’autant plus

grandes que le traitement est institué rapidement.
6
(Stratégies et Techniques)
Chez l’immunodéprimé,
la sérologie spécifique est souvent mise en défaut du fait :
- de l’évolution très rapide de l’infection,

- du peu d’anticorps synthétisés,
- de leur saturation par les antigènes circulants.
La détection des antigènes circulants permet de contourner ces

inconvénients.
On utilise:
- des techniques d’agglutination, d’hémagglutination indirecte ;
- des techniques d’immunofluorescence, immunoenzymatiques ;
- des techniques d’immunoprécipitation.
7
A. Détection des antigènes
Candidoses
Kit PastorexTM Candida® (Bio-Rad) détection par agglutination des

mannanes à l’aide d’un anticorps monoclonal (spécificité excellente proche
de 100%, sensibilité médiocre d’environ 30%)
Cand-Tec (Ramco) détecte un exo-antigène par agglutination à l’aide d’un

anticorps polyclonal (peu spécifique)
Kit PlateliaTM Candida Ag® (Bio-Rad) détection des mannanes par ELISA
sandwich (spécificité excellente proche de 100%, sensibilité ne dépasse pas
50%)
8
Cryptococcoses
Recherche uniquement d’antigènes circulants (sérum ou LCR)
Ag polysaccharidique capsulaire très stable à - 20°C.

Le sérum doit être chauffé à 100°C pendant 10 min.
Tests commercialisés.
PastorexTM Crypto Plus® (Bio-Rad) détection des Ag par agglutination de

particules latex à l’aide d’un Ac monoclonal (spécificité et sensibilité
excellentes)
Crypto LA-test® (International Biologica Labotories) détection des Ag par

agglutination de particules latex à l’aide d’un Ac polyclonal (spécificité et
sensibilité excellentes)
9
Aspergilloses
Recherche d’antigènes solubles circulants

(suspicion aspergillose invasive chez un patient profondément immunodéprimé)
Pastorex (détection d’un galactomannane: polysaccharide pariétal d’ A.

fumigatus). Bonne spécificité, sensibilité médiocre. TECHNIQUE
ACTUELLEMENT ABANDONNEE.
Kit PlateliaTM Aspergillus EIA® (Bio-Rad) détection des galactomannanes

par ELISA sandwich
(surveillance des patients à risque d’aspergillose invasive)
10
A. Détection des glucanes circulants
Les β-(1,3) glucanes et la chitine constituent les polysaccharides

structuraux majeurs de la paroi fongique.
Des kits mis au point au Japon (par exemple, FungitellTM BG kit®,

Associates of Cape Cod Inc. : Se=63%, Sp=93%) permettent le diagnostic :
- des candidoses profondes ou systémiques,

- des infections à moisissures opportunistes
(Aspergillus, Fusarium).
11
B. Détection des anticorps
Sérodiagnostic des candidoses et des aspergilloses
Plusieurs tests sont proposés pour chaque pathologie.
Ces techniques sérologiques sont cependant souvent négatives en cas

d’immunodépression profonde.
La sérologie est avantageusement utilisée dans la stratégie de

dépistage d’une candidose systémique, lorsqu’elle est couplée à la
recherche d’antigènes circulants.
NB.
La détection de anticorps est moins contributive dans les
aspergilloses invasives et se révèle sans intérêt dans la cryptococcose
12
Candidoses
- Hémmaglutination indirecte (Candidose Fumouze®) :
antigènes solubles
- Immunoélectrophorèse (Bio-Rad) : antigènes solubles
- Immunofluorescence indirecte (IFI) : antigènes figurés
- ELISA en miroplaques (PlateliaTM Candida Ab/Ac/Ak®, Bio-Rad)
Aspergilloses
- Hémmaglutination indirecte (Aspergillose Fumouze®) :
antigènes solubles
- Immuno-électrophorèse ou électrosynérèse (référence)
- ELISA en miroplaques (Virion\Serion) ; Test EIA (Virion)

13
Champignons dimorphiques
Technique d’immuno-identification (Immunodiffusion)

(détection d’anticorps dans le SERUM)
Trousses d’exo-antigènes solubles
Blastomyces dermatitidis: Poumons

Histoplasma capsulatum: Poumons
Coccidioides immitis: Système respiratoire
Diagnostic réservé aux laboratoires de référence.

14
2.
Antifongigramme:
méthodes et interprétation
15
Antifongiques
Définition
Un antifongique est :
- une substance isolée d’un micro-organisme,

- un produit de synthèse,
ayant une action fongicide ou fongistatique sur les micromycètes.
16
Antifongiques
Origines
Les antimycosiques se regroupent «globalement» en 9 familles.
Antifongiques naturels, provenant des micro-organismes

- les polyènes
- les benzohydrofuranes
Antifongiques fongicides de synthèse

- les dérivés azolés
- les allylamines
- l'amorolfine, 5-FC, ….
- les échinocandines (nouvelle famille)
17
Antifongiques
Familles et Indications
18
Antifongiques
Les principales cibles:
- la paroi cellulaire,
- la membrane cytoplasmique
- le métabolisme intracellulaire
19
La cellule fongique
20
Antifongiques
Modes d’action
Echinocandines
entravent la biosynthèse de la paroi
Polyènes
entravent la fonction membranaire
Azolés, Allylamines, Tiocarbanates et Morpholines

agissent sur la biosynthèse des métabolites (Ergostérol)
5-fluorocytosine et Griséofulvine
bloquent la synthèse d'ADN
Ciclopiroxolamine
empêche la synthèse de l’ATP mitochondriale
21
Les cibles des ATFs
22
Antifongigramme
(Définition et Intérêt)
Définition :
Etude de la sensibilité des levures et des champignons filamenteux

aux antifongiques
Intérêt :
L’antifongigramme est justifié du fait de la résistance confirmée de

certaines espèces, ou souches, aux ATFs existants.
1. Notion de résistance naturelle ou acquise de certaines souches aux ATFs

23
Antifongigramme
(Conditions de réalisation)
La sensibilité aux ATFs est réalisée de manière systématique sur

tout champignon filamenteux ou levure isolé :
- d’un site profond normalement stérile,

- chez un patient fortement immunodéprimé.
En dehors de ces circonstances, elle ne sera réalisée qu’en cas:
- d’infection chronique ou récidivante,

- de résistance au traitement.
2. Echec d’un traitement de première intention bien conduit (HOSPIT)
24
Antifongigramme
(Importance)
L’épreuve de sensibilité aux antifongiques

permet au médecin de choisir le médicament:
- le plus efficace contre le germe isolé ;

- le moins toxique pour le patient ;
- présentant les caractéristiques pharmacologiques
appropriées (diffusibilité, élimination, etc.) ;
- qui a une activité microcide (important dans cts cas) ;

- qui ne présente pas de risque d’allergie ;
- qui perturbe au minimum la flore normale ;
- le plus économique.
25
Antifongigramme
(Contraintes)
En mycologie,
la réalisation des antifongigrammes et l’évaluation des CMI est facile

pour les levures.
La pratique est plus délicate pour les champignons filamenteux

(Aspergillus, Fusarium) car l’association des spores et de filaments
forme un inoculum hétérogène difficilement standardisable.
26
Antifongigramme
(Méthodes)
On donne des indications aux cliniciens car les résultats obtenus in

vitro ou in vivo ne sont pas toujours superposables
Différentes méthodes sont préconisées pour les tests de sensibilité

des champignons aux antifongiques.
Méthodes classiques
- Méthode de dilution (CMI / CMF)
- Méthode de diffusion (SIR)
Nouvelles méthodes
- Méthode de dilution en milieu liquide
- Méthode de dilution en milieu solide
- Méthode de dilution en milieu semi-solide
- Méthode de dilution par dilution-diffusion
27
Antifongigramme
1. Méthode de dilution
Permet de déterminer
la CMI
Milieu de culture
liquide
28
Antifongigramme
1. Méthode de dilution
la CMI
Tampon 180 µl T ----------- 100 µl -- -- -- --- --- >

Sérum 20 µl
Milieu de culture
Dilution 1/10 20 40 ------ ---- ------ >
Liquide (solide)
29
Antifongigramme
Méthode de dilution
CMI
et
CMF (CMB)
0,5 µg/ml ; 1 ;…… ; C (64)
30
Antifongigramme
2. Méthode de diffusion
Le statut S.I.R
Milieu de culture
Solide (gélose)
31
Antifongigramme
Méthode de diffusion
Technique des disques

Milieu semi-synthétique: 5 FC
Milieu casitone: polyènes et imidazoles
Technique des comprimés

Milieu glucosé de Shadomy
32
Antifongigramme
Résultats
Sensible
Intermédiaire
Résistant
Antifongigramme
Résultats
Sensible
Intermédiaire
Résistant
34
Antifongigramme
Résultats
Sensible
Intermédiaire
Résistance
Résistance hétérogène
35
Antifongigramme
3. Systèmes
Principe de dilution
Fungitest
ATB Fungus
Le statut S.I.R
Milieu de culture
Semi-solide (gélose)
36
Antifongigramme
Résultats
Systèmes
Principe de dilution en gélose Concentrations
critiques
c C Interprétation
-------------------------------------------
Le statut S.I.R - - S
+ - I
+ + R
Milieu de culture
Semi-solide (gélose) - + Non interprétable
37
3. Systèmes
Principe de dilution en milieu liquide

Fungitest (SD Pasteur)
Principe de dilution en milieu semi-solide

ATB Fungus 3 (bioMérieux)
38
Antifongigramme
4. E-test
Principe de dilution-diffusion en gélose
la CMI
Milieu de culture
Solide (gélose RPMI)
39
E-test
Technique des
Bandelettes imprégnées
(Gradient de concentrations)
Utilisable pour : CMI

- Levures
- champignons filamenteux
40
Antifongigramme
• La souche sensible peut être atteinte par un traitement à dose habituelle

par voie générale.
• La souche intermédiaire peut être atteinte par un traitement local, une

augmentation des doses par voie générale ou une concentration
physiologique particulière (urine, bile, etc.).
• La souche résistante ne répondra probablement pas, quel que soit le

type de traitement.
41
TD_4
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mycétomes
Epidémiologie: distribution geographique

Pouvoir pathogène : agents pathogènes
Caractères culturaux : Milieux et T°C d’incubation
Morphologie: couleur des grains et diagnostic
Diagnostic
Diagnostic moléculaire en mycologique médicale
Exsudat / Transudat en Microbiologie
42
Fin
43
Cours - 6
Relations champignons-Homme et maladie

fongique
Dr J NZAMBA
1
Relations champignons-homme
(Introduction)
La plupart des moisissures ont un pouvoir pathogène très réduit,

voire nul.
« l’organisme humain est naturellement capable d’éliminer

les spores fongiques inhalées ».
Les conditions essentielles à l’installation de la mycose et à

l’envahissement de l’organisme (Facteurs de virulence fongique)
sont :
- l’altération des barrières naturelles (muqueuses respiratoires)

- l’effondrement des défenses immunitaires
2
1.
Rapports des champignons avec l’homme
3
Relations champignons-homme
(Introduction)
Trois (3) TYPES DE COMPORTEMENT
- Saprophytisme
- Commensalisme
- Parasitisme
4
1.1- Saprophytisme
Pour l’homme, les champignons de l’environnement se comportent

généralement en opportunistes.
Deux exemples des champignons du milieu extérieur sont très

représentatifs du saprophytisme fongique:
- Aspergillus sp, moisissure typiquement inféodée à la

présence dans le sol, de matières végétales (matière organique) en
décomposition, qu’elle contribue à dégrader.
- Cryptococcus neoformans, une levure tellurique

exceptionnellement commensale de l′homme, présente dans le sol, dans
les fientes de pigeons qui sont acides et riches en créatinine, qu′elle
assimile aisément.
5
1.1- Saprophytisme
1. Champignons « dénués » de pathogénicité
Moisissures ou levures saprophytes dans l’environnement ou parasites des plantes/insectes

Incapables de se maintenir chez l’homme en l’absence de facteurs favorisants.
2. Champignons au potentiel pathogène certain
Micromycètes saprophytes dans l’environnement parfois parasites de végétaux ou

d’animaux (insectes, oiseaux, mammifères), qui possèdent de réels facteurs de virulence
leur permettant d’échapper aux défenses immunitaires de l’hôte
Moisissures cosmopolites (Aspergillus fumigatus)

Levures (Cryptococcus neoformans)
Champignons dimorphiques connus
6
1.2- Commensalisme
Parmi les levures, le cryptocoque est un exemple parfait d’espèce tellurique,

exceptionnellement commensale de l’homme.
La présence de Cr. neoformans dans le sol est due aux fientes de pigeons qui sont
acides et riches en créatinine, substrat qu’il assimile aisément.
Le commensalisme ou saprophytisme humain est représenté par

les levures du genre Candida.
Dans une population normale, un individu sur quatre héberge C. albicans dans son
tube digestif (endocommensal).
Les levures du genre Malassezia et du genre Trichosporon vivent en commensales

sur la peau de l’homme (épicommensales).
7
1.2- Commensalisme
Obligatoire: cas de C. albicans

Exceptionnel: cas de Cr. neoformans
Colonisation :
- de la peau (Epicommensal)
Espèces du genre Malassezia ou Trichosporon
- des muqueuses digestives ou vaginales (Endocommensal)

Candida albicans (sauf isolement cutané ou unguéal)
8
1.3- Parasitisme
=> Affinité particulière pour un substrat
Dermatophytes
Forte affinité pour la kératine humaine ou animale
Peuvent parasiter l’homme ou l’animal quelque soit l’état nutritionnel ou immunitaire
Colonisent (quelques exceptions) la peau et les phanères (ongles, poils, cheveux)

Importance des lésions => Degré d’adaptation parasitaire
Espèces anthropophiles: Tolérance, lésions discrètes, infection pf asymptomatique

Espèces zoophiles ou géophiles: Adaptation faible, lésions bruyantes, inflammatoires
9
1.4- Notion de comportement Opportuniste
La notion de champignons opportunistes
est née de ces situations où l’hôte, plus vulnérable, devient plus réceptif à
des espèces habituellement saprophytes au pouvoir pathogène limité.
Avant => Espèces a priori non pathogènes (moisissures issues du sol) qui le devenaient
chez les patients atteints d’une maladie profondément débilitante.
Actuellement => Toutes espèces qui profitent d’une opportunité (défaillance des systèmes
de défense) pour proliférer dans l’organisme hôte et exprimer leur virulence.
Champignons dimorphiques, levures commensales, Pneumocystis jirovecii
10
Notion de comportement Opportuniste
Champignon opportuniste
Définition
Micromycète qui, chez son hôte, profite d′une déficience

locale ou générale pour exprimer son pouvoir pathogène.
11
Résumé des rapports
1- Saprophytisme
Moisissures cosmopolites: Aspergillus fumigatus
Levures: Cryptococcus neoformans
2- Commensalisme
Epicommensal: Malassezia sp, Trichosporon sp
Endocommensal: Candida albicans (sauf isolement cutané ou unguéal)
3- Parasitisme
Dermatophytes, Pseudodermatophytes (ongles ou peau)
Champignons dimorphiques (phénotype levure)
Parasitisme 1 et 2 => Altération des barrières naturelles

Effondrement des défenses immunitaires
12
1.5 - Sources de contamination et
dissémination
Les sources de contamination des champignons sont:
- l’environnement,
- l’animal,
- l’homme lui-même.
Les voies d’entrée sont multiples :
- cutanée ou transcutanée,
- muqueuse,
- pulmonaire,
- digestive, péritonéale ou sanguine.
La dissémination se fait par :
- auto contamination,
- Contiguité,
- voie hématogène ou sanguine.
13
2.
La maladie fongique ou mycose
14
Introduction
L’homme est exposé à une multitude de champignons dont beaucoup sont des
pathogènes potentiels.
La survenue de l’infection, son devenir et sa pathogénèse dépendent:
- d’une part, de la virulence de l’agent causal et ,

- d’autre part, de la capacité de l’hôte à lutter contre l’agression fongique.
La notion de mycose implique toujours :
- un développement,
- ou au moins le maintien du champignon chez son hôte (parasitisme).
•
15
2.1- Facteurs de virulence fongique
Les facteurs potentiels de virulence des micromycètes sont liés à des

mécanismes variés :
- adhérence cellulaire,
- production d’exotoxines,
- production de pigments ou d’enzymes,
- interactions avec certains métabolites humains,
- facteurs contrecarrant les systèmes de défense de l’hôte.
16
Adhérence cellulaire
- La production du tube germinatif par Candida albicans

- l’hydrophobicité de la cellule fongique liée aux protéines de surface
joueraient un rôle important dans le déterminisme de l’adhérence de cette espèce aux

cellules épithéliales grâce à des récepteurs cellulaires des adhésines (fibronectine et
fibrine des thrombis).
17
Production d’exotoxines
Une activité endotoxine-like a été démontrée dans les glycoprotéines de

parois de champignons pathogènes (C. albicans, A. fumigatus, A. flavus).
Aspergillus flavus produit des aflatoxines
Ces substances pourraient avoir un rôle pyrogène et intervenir dans les

phénomènes de nécrose et d’hémorragie.
18
Production d’enzymes
Le rôle de certains enzymes est reconnu comme intervenant dans la pathogénicité de

divers micromycètes.
Il s’agit :
- de la protéinase acide et de la phospholipase de Candida albicans,
- de la phénol-oxydase de Cryptococcus neoformans.
19
Production de pigments
- La mélanine produite par Cr. neoformans et les dématiés
grâce au métabolisme des catécholamines pourrait protéger ces champignons contre

les phénomènes oxydatifs des polynucléaires neutrophiles.
20
Interactions avec certains métabolites de l’hôte
Les champignons interagissent avec diverses fonctions de l’humain, notamment

hormonales et métaboliques.
La présence de récepteurs de la progestérone chez les dermatophytes (Microsporum,

Trichophyton) expliquerait la relative résistance du sexe féminin aux dermatophytes.
Le fer et autres métaux lourds constituent chez les champignons, un facteur de

croissance essentiel.
En effet, la plupart des champignons (Candida, Aspergillus, Mucor, Histoplasma)

sécrètent des sidérophores, composés possédant une très haute affinité
pour l’ion ferrique.
21
Facteurs contrecarrant les systèmes de défense immunitaire de l’hôte
Polysaccharides pariétaux ou capsulaires

La libération de polysaccharides pariétaux ou capsulaires au cours de certaines
mycoses profondes contribuerait à déprimer l’immunité spécifique de l’hôte.
Cr. neoformans est une levure encapsulée
22
Facteurs contrecarrant les systèmes de défense immunitaire de l’hôte
Thermotolérance
de certains champignons pourrait contribuer à expliquer leur capacité à proliférer chez
les animaux à sang chaud.
Seule l’espèce Cryptococcus neoformans,

dans le genre Cryptococcus, est capable de croître à 37°C.
Seule l’espèce Aspergillus fumigatus,

dans le genre Aspergillus, est capable de croître à 45°C.
23
2.2- Facteurs de défense de l’hôte
Les moyens de lutte de l’homme contre l’agression fongique sont :
Immunité naturelle
- Peau,
- Muqueuses,
Immunité spécifique
- Immunité à médiation cellulaire,
- Immunité humorale.
24
La première ligne de défense de l’organisme humain face aux

micromycètes est constituée par les barrières anatomiques :
- Peau,
- muqueuses.
25
Toute rupture physique du revêtement cutanéo-muqueux :

- plaies chirurgicales,
- cathéters,
- brûlures,
- médicaments cytotoxiques.
- la macération des téguments,
- l’agression par des détergents ménagers
favorise l’agression fongique et pour les mycoses strictement cutanées, l’apparition
d’intertrigos dermatophytiques ou bactério-levuriques.
Les colonisations fongiques initiales constituent, sur un terrain favorable,

le point de départ potentiel d’une dissémination hématogène et elles sont
classiquement à l’origine de mycoses viscérales.
26
Le tube digestif est protégé par:
- l’acidité gastrique,
- la flore microbienne commensale,
- la sécrétion de mucus qui inhibe l’adhérence des levures aux cellules épithéliales.
L’essentiel des mécanismes de défense contre les micromycètes est constitué par:
- la phagocytose,
- la réaction inflammatoire.
Les polynucléaires neutrophiles jouent un rôle prédominant dans la

réponse immunitaire naturelle.
27
La deuxième ligne de défense de l’organisme humain face aux

micromycètes est constituée par l’immunité spécifique :
- immunité à médiation cellulaire
- réponse humorale
28
L’immunité spécifique à médiation cellulaire-T

intervient dans la défense face à certaines infections fongiques comme la candidose
des muqueuses et la crytococcose.
La réponse humorale n’exerce qu’un rôle mineur dans l’immunité

antifongique contre Candida et Cryptococcus par :
- renforcement du processus d’opsonisation
- potentialisation du pouvoir cytotoxique des cellules K.
Les lymphocytes T jouent un rôle prédominant dans la réponse immunitaire

spécifique.
29
Les candidoses buccales
Le muguet buccal
C′est une forme pseudomembraneuse aigue caractérisée par :

- un enduit blanchâtre au niveau de la muqueuse buccale,
- un enduit blanchâtre au niveau de la muqueuse de la langue.
30
Les candidoses digestives
La candidose œsophagienne
L′ atteinte œsophagienne est associée à une candidose oropharyngée non

traitée et qui se rencontre souvent chez des patients infectés par le VIH avec
un taux de lymphocytes CD4 inférieur à 100/mm3 (200/mm3).
31
Marqueurs fongiques et VIH
Résumé
32
2.3- Facteurs favorisant les mycoses
33
3. Différentes variétés de mycoses
3.1 Dénomination des mycoses
La dénomination des mycoses dérive souvent du nom du genre de l’agent causal en

lui ajoutant le suffixe « ose »
Exemples :
- candidoses pour les pathologies à Candida,
- aspergilloses pour les pathologies à Aspergillus.
34
Parfois, la dénomination de la mycose dérive de la partie du corps concernée en y

ajoutant le suffixe « mycose »
Exemples :
- dermatomycose pour les mycoses de la peau ou du derme,
- onychomycose pour les mycoses des ongles,
- otomycose pour les mycoses du Conduit Auditif Externe.
35
On utilise aussi un terme « parapluie »

pour regrouper l’ensemble d’espèces incriminées dans un même cadre nosocomial ;
Exemples :
- hyalohyphomycoses pour les mycoses déterminées par les champignons hyalins,

- phaeohyphomycoses pour les mycoses déterminées par les dématiés.
36
Des « noms particuliers »

sont traditionnellement utilisés pour désigner certaines pathologies fongiques.
Exemples :
- Pied d’athlète, pour les mycoses des pieds à dermatophytes ou à Candida,

- Teigne, pour le parasitisme du cuir chevelu et des poils (barbe, moustache),
- Et bien d’autres (muguet, glossite, perlèche, sycosis, kérion, etc.).
37
Constat : cette nomenclature n’est pas homogène.
pour tenter de l’harmoniser, on propose que
le terme « infection » soit suivi du nom de l’organe atteint puis complété du nom du
champignon causal :
INFECTION à CHAMPIGNON CAUSAL
Exemples :
- Infection péritonéale à Rhodotorula,
- Périonyxis à Candida albicans,
- Pneumopathie à Histoplasma capsulatum.
38
3.2 Mycoses de la peau et des phanères

Epidermomycoses (mycoses de la peau)
- Mycoses des plis (ou Intertrigos)

- Mycoses de la peau glabre (dermatophytie, Pityriasis versicolor)
- Métastases cutanées de mycoses profondes
39
Mycoses de la peau
40
Mycoses du cuir chevelu et mycoses pilaires
- Teignes tondantes (microsporique ou trichophytique)

- Teignes suppurées (kérion, sycosis, folliculite)
- Teigne favique (Favus)
- Teigne pityriasique (état pelliculaire ou Pityriasis capitis)
- Dermite séborrhéique (desquamation grasse du cuir chevelu et du visage)
- Piedra, Trichomycose (Eléments nodulaires péripilaires)
41
Mycoses pilaires et du cuir chevelu
42
Onychomycoses
- Périonyxis
(paronychie)
- Leuconychie (mélanonychie)
- Onycholyse
- Onychomycose sous unguéale distale (OMSUD)
- Onychomycose sous unguéale latérale (OMSUL)
- Onychomycose sous unguéale proximale (OMSUP)
- Onychomycose dystrophie totale (OMDT)
43
Mycoses unguéales (onychomycoses)
44
3.3 Mycoses des muqueuses
- Mycoses buccopharyngées (muguet, glossite, perlèche)

- Mycoses oesophagiennes et gastro-intestinales
- Mycoses génito-urinaires (vulvovaginite, balanite, urétrite)
45
Mycoses buccales et digestives
46
Mycoses génito-urinaires
47
3.4 Mycoses sous-cutanées

- Chromomycose (chromoblastomycose)
- Mycétomes et autres…
- Entomophtoromycose (Fougamou)
48
Mycoses sous-cutanées
49
3.5 Mycoses profondes
- Mycoses oculaires, auriculaires et sinusiennes

- Mycoses pulmonaires, hépatiques, rénales,
- Mycoses cardiaques, péritonéales, ostéoarticulaires
- Mycoses du système nerveux central
- Septicémies
50
Mycoses profondes
51
Fin
52
Cours - 7
Levuroses et identification des levures
Dr J NZAMBA
1
Les levuroses
(Introduction)
Les levuroses
sont des mycoses causées par les levures, champignons microscopiques à

thalle unicellulaire qui se reproduisent de façon asexuée par :
- bourgeonnement (blastospores),
- fragmentation du thalle (arthrospores).
En fonction du genre de levures impliqué, les levuroses sont appelées:
- Candidoses (genre Candida)

- Cryptococcoses (genre Cryptococcus)
- Malassezioses (genre Malassezia)
- Trichosporonoses (genre Trichosporon)
- Rhodotoruloses (genre Rhodotorula)
- Saccharomycoses (genre Saccharomyces)
2
Levure
Définition

Champignon microscopiques à thalle unicellulaire qui se reproduit de façon asexuée

par bourgeonnement (blastospores) ou par fragmentation du thalle (arthrospores).
Champignon microscopique à thalle unicellulaire qui se reproduit par

bourgeonnement
3
Les levures
Epidémiologie
Les levures du genre Candida

Ce sont des levures ubiquitaires que l’on retrouve dans l’environnement (sol, air),
mais aussi dans certains produits alimentaires (fruits, céréales, légumes, produits
laitiers, etc.).
Introduits dans l’organisme par l’alimentation, on les retrouve naturellement dans

la flore intestinale de l’homme et de nombreux mammifères ou oiseaux.
Parmi, C. albicans et C. glabrata sont les principales espèces commensales des

voies digestives et génitales. C. parapsilosis et C. famata sont des
épicommensales. C. albicans n’est pas naturellement retrouvée sur la peau.
Ces levures sont des pathogènes opportunistes. Elles ne peuvent se multiplier et

exercer leur pouvoir pathogène qu’en présence des facteurs favorisants.
4
Les levures
Epidémiologie
Les levures du genre Cryptococcus
On distingue 3 variétés et 4 sérotypes:

Cr. neoformans var. neoformans (sérotypes A? et D)
Cr. neoformans var. gattii (sérotypes B et C).
La variété neoformans est cosmopolite. Elle est associée aux fientes de pigeons
et au guano de chauve-souris.
Habitat ?)
La variété gattii plus rare, est confinée aux régions tropicales (
Il existe d’autres espèces rarement impliquées en pathologie humaine.
La cryptococcose qui est rare, survient surtout chez les immunodéprimés (var.
neoformans), en particulier chez les patients infectés par le VIH.
5
Les levures
Epidémiologie
Les levures du genre Malassezia
Les espèces de ce genre sont lipophiles et lipodépendantes à l’exception de

M. pachydermatis qui n’est pas lipodépendante.
La survenue des lésions est la conséquence du passage de la levure de l’état

commensal à l’état parasite sous l’influence :
- des facteurs favorisants,

- des facteurs climatiques (chaleur, humidité),
- des facteurs comportementaux (usage de corps gras: les huiles solaires).
6
Les levures
Epidémiologie
Les levures du genre Trichosporon
Les levures de ce genre sont présentes dans l’environnement, mais vivent aussi
sur la peau.
Le parasitisme est favorisé par l’humidité et la sudation, mais aussi par

l’immunodépression locale (neutropénie sévère).
Certaines espèces comme Tr. asahii, Tr. mucoides, Tr. Inkin sont à l’origine de
rares épidémies nosocomiales.
7
Les levures
Epidémiologie
Autres levures :
Les espèces du genre Rhodotorula (levures rouges) sont en particulier

aquatiques mais aussi des commensaux de la peau et de l’intestin. Responsables
de rares septicémies (hémocultures positives), leur caractère pathogène est à
discuter devant un isolement en culture pure.
L’espèce S. cerevisiae du genre Saccharomyces (plusieurs espèces) est

d’origine alimentaire ou médicamenteuse (Ulta-levure® : S. boulardii CNCM I-745).
Son rôle pathogène reste exceptionnel (terrain très immunodéprimé, cancers,
hémopathies, etc.).
NB.
Les Geotrichum sont des champignons filamenteux assimilés aux levures.
G. capitatum et G. clavatum sont des commensaux des voies aériennes de
l’homme. G. candidum est issu des produits alimentaires, notamment laitiers. Le
rôle pathogène est à discuter en fonction du contexte clinique et de l’abondance
en culture.
8
Les levuroses
Manifestations cliniques
Le spectre clinique des levuroses est très varié, allant d’atteintes

superficielles (cutanées ou muqueuses) très fréquentes et à l’origine de
consultations cliniques, jusqu’à des atteintes profondes que l’on rencontre
principalement en milieu hospitalier.
9
Les levuroses:
manifestations cliniques et espèces responsables
10
Pathologies et Prélèvements
11
Levuroses
Onyxis + périonyxis Intertrigo inguinal
12
Levuroses
Perlèche Folliculite_Dos
13
Levuroses
Muguet langual Muguet buccal
14
Levuroses
Balanite Vaginite
15
Levuroses
Piedra blanche Pityriasis versicolor
16
Levuroses
Pityriasis capitis Dermite séborrhéique
17
1.
Examen direct du prélèvement
18
Identification des levures
Présomption d’un état pathologique à l'examen direct
OBSERVATION
Des éléments fongiques prédominants par rapport à la flore microbienne
De plusieurs éléments fongiques par champ microscopique même en présence

d’une flore microbienne abondante
Des éléments fongiques même peu abondants dans un foyer inflammatoire clos
(LCR et divers liquides, urines récoltées par sondage, abcès…)
19
2.
20
3.
Revue des cultures
Culture pure ou Culture polymorphe ?
21
Macroscopie: cultures pures
Milieu Sabouraud Milieu chromogénique
22
Macroscopie: cultures polymorphes
(Association d’espèces)
Milieu Sabouraud Milieu chromogénique
23
4.
Purification des cultures
24
Purification des souches d’intérêt
SUR MILIEUX D’ISOLEMENT STANDARDS
Candida albicans
Examen macroscopique:
colonie blanche, crémeuse, lisse ou rugueuse
Candida famata
Examen macroscopique: Candida ID 2
colonie blanche à crème,
plane, lisse ou partiellement rugueuse
25
Techniques de purification
Candida ID 2
Purification des cultures:

Sabouraud
séparation du champignon d’intérêt de tout ce qui est

non désirable (contamination ou association) pour
l’obtenir en culture pure
Candida ID 2
Repiquage de la primo culture

Sur milieu d'isolement neuf et stérile
- méthode d’épuisement en strie

- méthode des quadrants
26
5.

« Critères d'identification des levures »
27
Critères liés au patient
Malades à haut risque ou immunodéprimés

Identification systématique quelque soit l’origine du prélèvement
Sujets immunocompétents
Prélèvement clos ou liquide stérile (sang, LCR…) : identification systématique
Muqueuses: identification fonction du résultat de l’E. direct ou du nombre de colonies isolées
Peau et ongles: recherche systématique de Candida albicans
28
Critères liés aux levures
Deux critères majeurs:

- Morphologie
- Physiologie
- Biochimiques, Séro-immunologiques
1. Morphologie:
Morphologie macroscopique:
Étude de l’aspect des colonies
Morphologie microscopique:
Étude de l’aspect des organes fongiques
2. Physiologie:
Utilisation des composés carbonés et azotés
hydrolyse de l’urée et réduction des sels de tétrazolium
Sensibilité à l’actidione et détection des enzymes
29
Orientation préliminaire
SUR MILIEUX STANDARDS D’ISOLEMENT
Champignons levuriformes:
se présentent sous forme de colonies lisses ou rugueuses, crémeuses ou

muqueuses,
de couleur blanc crème, parfois pigmentées en beige ou orange à rouge
au microscope, on observe des éléments unicellulaires ronds à ovalaires

bourgeonnants
30
1_/ Milieu Sabouraud
Colonie crémeuse Colonie muqueuse
31
Macroscopie et microscopie
GENRES FILAMENTEUX
Genre Candida
Colonie blanche, crémeuse, lisse, brillante et bombées
Cellules globuleuses, cylindriques à allongées
Pseudomycélium présent ou absent
Vrai mycélium présent chez quelques espèces
Genre Trichosporon
Colonie blanc jaunâtre, crémeuse, mate à humide, lisse, plissée à cérébriforme
Blastospores globuleuses à ellipsoïdes
Pseudomycélium bien développé ou réduit
Vrai mycélium et arthrospores toujours présents
Genre Malassezia
Colonie beige, rugueuse et mate
Cellules globuleuses, ellipsoïdales à allongées
Filaments mycéliens bien développés facilement observés dans les squames de
la peau
32
Macroscopie et microscopie
GENRES NON FILAMENTEUX
Genre Cryptococcus
Colonie blanche, crémeuse, lisse d’aspect muqueux
Levures sphériques, ovoïdes ou allongées
Présence d’une capsule polysaccharidique et d’un pigment caroténoïde (col beige à ocre)
Pseudomycélium absent, présence d’une uréase
Genre Rhodotorula
Colonie rose corail à rose saumon, crémeuse, lisse et luisante, rugueuse, mucoïde
Blastospores ovoïdes ou allongées
Présence d’un pigment caroténoïde jaune à rouge
Pseudomycélium absent ou rudimentaire
Genre Saccharomyces
Colonie blanchâtre ou teintée de brun, crémeuse, lisse ou rugueuse
Levures globuleuses, ellipsoïdales à cylindriques
Pseudomycélium absent ou rudimentaire
33
Caractères différentiels des genres
34
2_/ Milieu chromogénique
Chromagar Candida Candida ID 2
Principe du Milieu chromogénique

35
5.
« Démarche générale »
36
Identification des micro-organismes
Techniques innovantes
Démarche
d’identification
des levures
Pr Renée
GRILLOT
38
Démarche
diagnostique
d’une levure
Pr Dominique
CHABASSE
39
Méthodologie générale
40
Principales espèces responsables des levuroses
41
6.
Identification « rapide » des espèces
42
6.1
Candida albicans
Milieu Sabouraud
Test de blastèse 3 heures à 37°C
Test Bichro-Latex Albicans Fumouze (Agglutination)
Mini-galerie (Galerie Fongiscreen) 4 heures à 37°C
Milieu de détection sélective

Candichrom albicans®:
milieu TTZ (rose), milieu GAL (jaune), milieu PRO (vert)
Chromagar Candida®: colonies vertes

Chromogénie
6.2
Candida sp Milieu Candida ID 2
-------------------------
Colonies bleues
C. albicans / C. dubliniensis
- Test Bichro-Dubli Fumouze
Colonies blanches
C. glabrata / C. krusei
- Test Glabrata RTT Fumouze
- Test Krusei-Color Fumouze
Colonies roses
C. tropicalis, C. lusitaniae, C. kefyr
- Galerie, S. actidione, R. tétrazolium

6.3
Candida albicans et Candida dubliniensis
(caractères phénotypiques très proches)
Milieu chromogénique
C. albicans C. dubliniensis
Bichro-dubli Fumouze - +
6.4 PARTICULARITES
Cryptococcus neoformans
- Colonies muqueuses (présence d’une capsule polysaccharidique)

ENCRE DE CHINE
- Production d’une uréase

- Production d’une phénol oxydase
- Sensible à l’actidione
- Assimilation constante de l’inositol
- Croissance à 37°C (différence avec Cryptocoques saprophytes)
A retenir
Parmi toutes les espèces du genre Cryptococcus,

seule Cr neoformans possède à la fois ces 2 enzymes
et peut croître à 37°C
Cryptococcus neoformans
Milieu Sabouraud
- Test à l’encre de chine Halo transparent

- Recherche de l’uréase Milieu liquide Urée indole
- Recherche de la phénol oxydase Guizotia Abyssinica, Galerie Auxacolor
Milieu à base de graines de niger
- Colonies brun noir au bout de 5 jours d’incubation

- Test moins spécifique au delà d’une semaine (Tests complémentaires)
6.5
Malassezia furfur
Scotch - test
Amas de spores rondes à ovales

Très réfringentes
Filaments mycéliens courts et épais
rectilignes ou incurvés
KOH - Immersion
Uniquement des levures ovales

bourgeonnantes, agglomérées en paquet,
souvent présentes dans des bulles de
graisse
7.
Identification de Pneumocystis jirovecii
« Champignon atypique »
49
Pneumocystis jirovecii
Champignon atypique
Introduction
- Pneumocystis carrionii
- Organisme ubiquitaire actuellement rattaché au règne des Fung
- Ne cultive pas sur les milieux usuels de mycologie
- Sa paroi est constitué de chitine et de β-1,3 glucanes mais ne contient pas d’ergostérol
- Cette paroi possède des affinités tinctoriales notamment : l’imprégnation argentique
- Les données de biologie moléculaire: champignon atypique proche des Saccharomyces
50
Pneumocystis jirovecii
Champignon atypique
Epidémiologie
Chez l’homme et les animaux (Mammifères)
- Les espèces du genre Pneumocystis ne sont rencontrées qu’à l’état parasitaire,

- P. jirovecii est la seule espèce qui infecte l’homme.
La pneumocystose est une anthroponose rencontrée:
- classiquement chez les prématurés,

- chez les patients infectés par le VIH,
- chez le nourrisson immunodéprimé non VIH,
- chez les greffés d’organes,
- chez les patients atteints d’hémopathies malignes ou de maladies de système,
- chez des individus sans facteurs favorisants connus.
51
Pneumocystis jirovecii et VIH
Pneumocystose = pneumopathie avec fièvre, toux sèche et dyspnée.
52
Champignon atypique
Diagnostic
Prélèvements et techniques d’identification
- Lavage bronchiolo-alvéolaire (LBA)

- Expectoration induite.
- P. jirovecii n’est pas cultivable,

- Diagnostic = Examen direct (Culot de centrifugation).
IFD
kits utilisant des anticorps monoclonaux marqués à la fluoréscéine
PCR, très sensibles

ne sont réalisées que dans des laboratoires spécialisés.
•
53
Techniques de coloration
Kystes facilement mis en évidence grâce à diverses

techniques de coloration notamment :
- May-Grünwald Giemsa (MGG),

- Imprégnation argentique (Musto)
Gomori-Grocott
- kystes matures mieux visibles

- Ils contiennent 8 noyaux
MGG
- Kyste bien visible, membrane non colorée
- Noyaux disposés en rosace
Les formes végétatives ou trophozoïtes (révélées

seulement au MGG) se regroupent souvent en amas.
Eléments arrondis ou ovalaires à limite imprécise,
mesurant 1,5 à 3,5 µm de diamètre, et contenant un
noyau violet,
54
Notion de Rosace (PALUDISME)
55
56
57
Fin
58
Cours - 8
Dermatophyties et identification des
dermatophytes
Dr J NZAMBA
1
Les dermatophyties
(Introduction)
Les dermatophyties
sont des mycoses causées par les dermatophytes, champignons microscopiques

kératinophiles et kératinolytiques qui :
- résistent à l’actidione,
- se reproduisent en culture sur le mode thallique solitaire,
- produisent des conidies.
Genres de dermatophytes:
- Epidermophyton
- Microsporum
- Trichophyton
2
Dermatophyte
Définition


3
Les dermatophyties
Epidémiologie
La contamination des dermatophytes peut être d’origine :
- humaine (espèces anthropophiles),

- animale (espèces zoophiles),
- tellurique (espèces géophiles ou telluriques).
La forte affinité de ces micromycètes pour la kératine, leur permet de déterminer

chez l’homme et l’animal diverses lésions superficielles ou dermatophyties :
- de la peau (épidermophyties),
- des ongles (onyxis),
- des cheveux ou poils (teignes).
4
Les dermatophyties
Epidémiologie
La contamination d’origine humaine, cas le plus fréquent, se fait directement :
- d’homme à homme
- par l’intermédiaire de sols souillés par les squames d’origine humaine

(salles de bain, de sport, piscines, etc.)
- par des objets qui peuvent transporter les spores

(peigne, brosse, foulard, vêtements, chaussures, etc.)
La contamination animale se fait à partir d’animaux d’élevage ou de compagnie.
La contamination tellurique est causée par les espèces qui se multiplient dans les
sols riches en kératine animale.
5
Les dermatophyties:
Genres et espèces responsables
6
Les dermatophyties
Les dermatophytes causent des

manifestations allergiques
(dermatophytides) qui surviennent
principalement au niveau des mains
(eczéma dyshidrosique des mains).
Les prélèvements réalisés au niveau

de ces lésions restent toujours
stériles.
Par contre, ces lésions disparaissent

spontanément, une fois que le foyer
dermatophytique (qu’il convient de
rechercher) est traité.
7
Onyxis levuriques vs dermatophytiques
8
9
Dermatophyties
(Atteintes rares)
Les dermatophytes
peuvent être responsables

de manifestations allergiques
et exceptionnellement,
d’infections profondes
Dermatophyties
Teigne tondante Teigne tondante

à Grandes plaques à Petites plaques
11
Dermatophyties
Teigne inflammatoire Teigne favique

Kérion du CC Favus
12
Dermatophyties
Folliculite_Jambe Sycosis
13
Dermatophyties
Dermatophytie circinée Dermatophytie inflammatoire

(Epidermophytie)
14
Intertrigos inguinaux
Dermatophytie Levurose
15
Dermatophyties
Espace Espace
interdigito-palmaire interdigito-plantaire
16
Dermatophyties
Desquamation plantaire Inflammation plantaire
17
Onychomycoses
Onyxis: OMSUD Onyxis+périonyxis
18
Actes et Gestes
19
1.
20
Identification des dermatophytes
Signification pathologique à l’examen direct
OBSERVATION
L’examen direct peut à lui seul, permettre de donner une orientation, de poser un
diagnostic immédiat et d’instaurer une thérapeutique (Teigne, P. versicolor)
L’observation d’une spore dermatophytique ou d’un filament mycélien dermatophytique

à l’examen direct a d’emblée une signification pathologique.
Toutefois, la confirmation doit être apportée par l’isolement du champignon en culture et

l’identification de l’espèce causale
21
2.
22
3.
Revue des cultures
23
4.
24
5.
Critères d'identification des dermatophytes
25
Isolement: quand identifier ?
Les dermatophytes sont des champignons kératinolytiques
Ce sont des champignons pathogènes
A la différence des levures, les dermatophytes doivent être identifiés

systématiquement quelque soit le nombre de colonies isolées
26
Critères morphologiques et physiologiques
Un critère majeur:
- Morphologie
- Physiologie
- Délai de pousse
1. Morphologie:
Étude de l’aspect et de l’organisation des organes fongiques
2. Physiologie:
hydrolyse de l’urée
Expression du pigment et recherche des organes perforateurs
Étude des besoins en facteurs de croissance 27
Champignons filamenteux:
se présentent sous forme de colonies :

- duveteuses,
- cotonneuses,
- croûteuses compactes glabres
- poudreuses, granuleuses, …….
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les espèces
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les milieux

de culture et le temps d’incubation pour une même espèce,
28
1_Milieu Sabouraud
Colonie duveteuse Colonie cotonneuse
29
Milieu Sabouraud
Colonie glabre Colonie poudreuse
30
2_Milieu avec indicateur de pH
Recherche spécifique des dermatophytes
Milieu DTA (contient un indicateur de pH: rouge phénol): la gélose vire au

rouge en présence d’un dermatophyte mais aussi de certaines moisissures
31
5.
32
Critères de croissance
3. Délai de pousse
Rapide : 6 jours
E. floccosum
M. canis, M. gypseum
T. mentagrophytes, T. tonsurans
Moyen : 10 jours
M. langeroni
T. rubrum, T. soudanense, T. interdigitale, T. violaceum
Lent : 21 jours
Aucune espèce de celles actuellement isolées au GABON
33
Démarche
Les structures observées in vitro sont très différentes de celles du

stade parasitaire du champignon (in vivo)
Cette particularité physiologique explique le fait que l’identification

d’un dermatophyte repose uniquement sur des
critères morphologiques macroscopiques et microscopiques
N.B.
Il n’est donc pas possible d’utiliser des galeries pour identifier un
dermatophyte
34
Dermatophytes
Les structures observées in vitro sont très différentes
de celles du stade parasitaire du champignon (in vivo)
35
Levures
Les structures observées in vitro sont identiques
à celles du stade parasitaire du champignon (in vivo)
36
Macroscopie des colonies
Recto (endroit – avers)

- Taille
- Mode de développement
- Aspect de la surface
- Relief
Verso (envers – revers)
- Couleur
- Présence d’un pigment diffusible
NB:
la couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les espèces et
pour une même espèce, suivant les milieux de culture et le temps d’incubation
37
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les espèces et
38
Microscopie des colonies
Réactif: BLEU COTON (BLEU AU LACTOPHENOL)
Lactophénol: inhibe la viabilité des spores

Bleu coton: colore les structures fongiques
Techniques
- Scotch tape ou Technique du drapeau (ROTH)
- État frais entre lame et lamelle
- Culture sur lame
NB. Les dermatophytes donnent des colonies fongiques composées du

mycélium et des spores caractéristiques du genre et de l’espèce.
39
Identification des
dermatophytes
Démarche
L’identification d’un champignon filamenteux

ne peut se faire
si
la sporulation est inexistante ou pauvre
40
Groupes des milieux
GROUPE 3
3a- Milieux d’identification

Milieux pour conidiogénèse ou fructifications
Diagnostic de genre et d’espèce
Gélose Malt (conidiogénèse des dermatophytes et moisissures)

Milieu RAT OU PCB (fructifications des levures)
41
Identification des
dermatophytes
Démarche
- Mycélium (Ornementations)
- Spores (Conidies)
- morphologie
- disposition
caractéristiques
des genres et des espèces
42
Genre Epidermophyton
Epidermophyton floccosum
Pathogénicité: grands plis

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: absent
Macroscopie:
Colonie poudreuse plane
Recto gris verdâtre (vert olive)
Verso chamois à orangé, sans pigment diffusible
Microscopie:
Macroconidies en massue ou raquette isolées
ou regroupées par deux ou trois
Microconidies absentes
43
Genre Microsporum
Microsporum langeronii
Pathogénicité: teignes tondantes microsporiques

Wood: positif
Parasitisme pilaire: endo-ectothrix microsporique
Macroscopie:
Colonie finement duveteuse
Recto beige à beige saumon
Verso chamois, sans pigment diffusible
Microscopie:
Macroconidies rares et déformées
Microconidies présentes et parfois nombreuses
Nombreuses chlamydospores intercalaires ou terminales
Organes pectinés, nodulaires et filaments en raquette
44
Genre Microsporum
Microsporum canis
Pathogénicité: teignes tondantes microsporiques

Wood: positif
Parasitisme pilaire: endo-ectothrix microsporique
Macroscopie:
Colonie laineuse ou cotonneuse
Recto blanc puis chamois
Verso jaune orangé, piment jaune diffusible
Microscopie:
Macroconidies fuselées en forme de quenouille
Microconidies piriformes absentes ou rares
Filaments en raquette Paroi épaisse et échinulée

45
Genre Microsporum
Microsporum gypseum
Pathogénicité: lésions inflammatoires

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: favique ou endo-ectothrix
Macroscopie:
Colonie poudreuse, granuleuse ou plâtreuse plate
Recto chamois clair ou beige (café au lait)
Verso chamois sans piment diffusible
Microscopie:
Macroconidies piriformes en forme de concombre
Microconidies piriformes rares Paroi mince et échinulée
Absence d’ornements
46
Genre Trichophyton
Trichophyton rubrum
Pathogénicité: intertrigos et ongles
Macroscopie: 2 TYPES DE COLONIES
Colonie duveteuse ou poudreuse
Microscopie: FONCTION DU TYPE DE LA COLONIE
Macroconidies absentes ou présentes

Microconidies piriformes disposées en acladium
47
Genre Trichophyton
Trichophyton rubrum (1)

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: endothrix ou endo-ectothrix
Macroscopie:
Colonie duveteuse ou laineuse : type Européen
Recto blanc au centre, jaune foncé à noir en périphérie
Verso rouge pourpre ou violet, pigment rouge à noir diffusible
Microscopie:
Macroconidies absentes ou rares
Excroissances triangulaires
48
Genre Trichophyton
Trichophyton rubrum (2)

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: endothrix ou endo-ectothrix
Macroscopie:
Colonie poudreuse : type Africain
Recto blanc, cérébriforme
Verso rouge, pigment rouge à noir diffusible
Microscopie:
Macroconidies en saucisse longues et étroites à paroi lisse
49
Genre Trichophyton
Trichophyton interdigitale (T. mentagrophytes)
Pathogénicité: intertrigos et ongles des pieds

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: impossible par définition
Macroscopie:
Colonie poudreuse ou finement granuleuse
Recto blanc à blanc beige
Verso jaune à brun foncé, sans piment diffusible
Microscopie:
Macroconidies en massue à paroi lisse
Microconidies rondes abondantes, disposées en grappe
Vrilles, croix de Lorraine

50
Genre Trichophyton
Trichophyton soudanense
Pathogénicité: teignes tondantes trichophytiques

Wood: négatif
Parasitisme pilaire: endothrix trichophytique
Macroscopie:
Colonie glabre sèche, en général cérébriforme
Recto abricot sec, jaune rouille, marron foncé
Verso brun rouille, rayons flexueux dans la gélose
Microscopie:
Macroconidies absentes ou exceptionnelles
Microconidies piriformes rares
Conidies retrouvables dans le duvet des vieilles cultures
Buisson épineux ou image de fil de fer barbelé

51
Fin
52
Cours - 9
Mycoses à champignons filamenteux
opportunistes et identification des agents
Dr J NZAMBA
1
Les champignons filamenteux opportunistes
(Introduction)
Epidémiologie
Les moisissures sont des champignons microscopiques saprophytes au

comportement opportuniste variable selon les espèces.
Ce sont souvent des contaminants (souillures) des prélèvements superficiels,

capables de masquer le développement plus tardif de dermatophytes associés.
NB.
Les pseudodermatophytes sont des moisissures kératinophiles du sol qui ont la
capacité de parasiter la peau et les ongles de l’homme, en simulant une
dermatophytie.
2
Moisissure / Pseudodermatophyte
Définitions



3
Qui est responsable ?
Desquamation plantaire Onychomycoses
4
Les champignons filamenteux opportunistes
(Introduction)
Epidémiologie
A l’inverse des dermatophytes ou pseudodermatophytes qui ne parasitent que la

peau ou les phanères en raison de leur forte affinité pour la kératine,
les moisissures peuvent se retrouver à l’état pathologique dans n’importe quel site
de prélèvement.
Il conviendra à chaque fois d’apprécier si la moisissure est en situation pathogène

ou non pathogène.
5
Les mycoses à moisissures
Genres et espèces
Genres de moisissures:
Les moisissures renferment plusieurs groupes de genres et espèces de

champignons :
- Groupe Mucorales (ex. genres : Absida, Mucor, …)

- Groupe Mucédinés ou Hyalohyphomycètes (ex. genres : Fusarium, Penicillium ; espèce S. hyalinum,.)
- Groupe Dématiés ou Phaéohyphomycètes (ex. genres : Alternaria, Bipolaris; espèce S. dimidiatum,.)
- Genre Aspergillus (ex. A. fumugatus, A. flavus, …)
NB. Les espèces du genre Scytalidium (S. dimidiatum, S. hyalinum) et l’espèce

Onychocola canadensis constituent le groupe des pseudodermatophytes
Ce sont des moisissures kératinophiles du sol capables de parasiter la peau et les

ongles de l’homme, en simulant une dermatophytie.
6
7
Les mycoses à moisissures
Entomophthoromycose
8
Mycoses à moisissures
Mucormycoses
9
Chromomycose ou Chromoblastomycose
10
Mycétome Mycétome
11
Aspergillose cutanée Aspergillose pulmonaire

Surinfection plaie ouverte Aspergillome
12
1.
13
Identification des moisissures
Signification pathologique à l’examen direct
OBSERVATION
Compte tenu de leur fréquence dans l’environnement,
l’étape de l’examen direct est très importante puisque,

la mise en évidence des filaments mycéliens dans les tissus permettra d’affirmer
le caractère pathogène de la moisissure.
Toutefois, la confirmation doit être apportée par l’isolement du champignon en culture et

l’identification de l’espèce causale
14
2.
15
3.
Revue des cultures
16
Macroscopie: cultures pures
Milieu Sabouraud
17
Macroscopie: cultures polymorphes
(Association d’espèces)
Milieu Sabouraud
18
4.
19
Techniques de purification
Purification des cultures:

séparation du champignon d’intérêt
de tout ce qui est non désirable (contamination ou association) Culture polymorphe
pour l’obtenir en culture pure
Repiquage de la primo culture
repiquage d’une portion de la colonie
Culture monomorphe ou20

pure
5.
Critères d'identification des moisissures
21
Isolement: quand identifier ?
L’identification est recommandée pour les prélèvements kératinisés lorsque

la culture est pure ou quand les colonies sont abondantes.
Chez les malades immunodéprimés,

une moisissure doit être d’emblée identifiée quelque soit le prélèvement à
partir duquel elle a été isolée et le nombre de colonies.
Chez les sujets immunocompétents,

l’identification dépend des données cliniques souvent absentes. On doit
donc signaler la présence en précisant le nombre de colonies isolées.
22
Critères
Critère majeur:
Morphologie
23
se présentent sous forme de colonies :

- duveteuses,
- cotonneuses,
- croûteuses compactes glabres
- poudreuses, granuleuses
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les espèces
La couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les milieux

de culture et le temps d’incubation pour une même espèce,
24
1_Milieu Sabouraud
Colonie duveteuse Colonie poudreuse
25
6.
26
Moisissures
Les structures observées in vitro sont très différentes
de celles du stade parasitaire du champignon (in vivo)
27
Démarche
Les structures observées in vitro sont très différentes de celles du stade

parasitaire du champignon (in vivo)
Cette particularité physiologique explique le fait que l’identification

d’une moisissure repose uniquement sur des
critères morphologiques macroscopiques et microscopiques
Il n’est donc pas possible d’utiliser des galeries pour identifier une
moisissure
Les méthodes à mettre en œuvre sont identiques à celles préconisées

pour l’identification des dermatophytes
28
Macroscopie des colonies
Recto (endroit – avers)

- Taille
- Mode de développement
- Aspect de la surface
- Relief
Verso (envers – revers)
- Couleur
- Présence d’un pigment diffusible
NB:
la couleur (recto/verso) et la forme des colonies varient suivant les espèces et
29
Microscopie des colonies
Réactif: BLEU COTON (BLEU AU LACTOPHENOL)
Lactophénol: inhibe la viabilité des spores

Bleu coton: colore les structures fongiques
Techniques
- Scotch tape ou Technique du drapeau (ROTH)
- État frais entre lame et lamelle
- Culture sur lame
NB. Les moisissures donnent des colonies fongiques composées du

mycélium et des spores caractéristiques du genre et de l’espèce.
30
Genre Scytalidium
Scytalidium (Neoscytalidium) dimidiatum
Pathogénicité: infections des ongles et de la peau
Macroscopie:
Colonie duveteuse à laineuse
Recto blanc grisâtre à noir
Verso brun puis noir
Microscopie:
Arthroconidies uni ou bicellulaires à paroi brune
31
Genre Scytalidium
Scytalidium hyalinum
Macroscopie:
Colonie duveteuse à laineuse
Recto blanc grisâtre
Verso brun
Microscopie:
Arthroconidies uni ou bicellulaires à paroi hyaline
32
Genre Fusarium
Fusarium sp
Macroscopie:
Colonie laineuse
Recto blanc, jaune, rose, mauve ou brun pâle
Verso incolore, rouge, violet ou bleu
Microscopie:
Macroconidies multicellulaires recourbées
(en croissant)
33
Genre Cylindrocarpon
Cylindrocarpon sp
Macroscopie:
Colonie cotonneuse
Recto blanc
Verso piment rouge pourpre diffusible
Microscopie:
Nombreuses conidies terminales cylindriques

avec une extrémité arrondie et l’autre tronquée
34
35
Genre Penicillium
Penicillium sp
Pathogénicité: non pathogène

Exception : P. marneffei espèce dimorphique
Macroscopie:
Colonie veloutée à poudreuse
Recto vert, vert bleu, vert gris, blanc, jaune ou rosé
Verso incolore, jaunâtre, rouge ou brun
Microscopie:
Conidiophores simples ou ramifiés
Phialides regroupées en pinceaux
36
Genre Aspergillus
Aspergillus sp
Pathogénicité:
aspergillose pulmonaire
affections profondes
Macroscopie:
Colonie granuleuse
Recto variable suivant espèce
Verso variable suivant l′espèce
Microscopie:
Tête aspergillaire:
forme variable suivant l′espèce
37
Genre Aspergillus
Aspergillus sp
38
Genre
Aspergillus
39
TD_2
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mucorales

Pouvoir pathogène : genres / pathologies
Définitions
- Parasitisme endothrix
- Parasitisme endo-ectothrix 40
TD_2
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mucorales
Champignons filamenteux qui font partie des zygomycètes
- se reproduisent de façon asexuée en donnant des endospores
- se reproduisent de façon sexuée en donnant des zygospores
Contaminants fréquents de laboratoire

- Mucor (milieu extérieur)
- Absidia (nature, sol),
- Rhizopus (ubiquitaires dans le sol),
- Rhizomucor (telluriques)
41
Les mucorales
Pouvoir pathogène: genres / pathologies
- Mucor (M. circinelloides) :

exceptionnellement impliqués en pathologie humaine
- Absidia (A. corymbifera) :

mycotoxicoses (bétail : hémorragies, avortements)
Formes cliniques
infections opportunistes sévères (Immunodéprimés)
- Rhino cérébrale
- Rhizopus (R. oryzae, R. fhizopodiformis) : - Pulmonaire
mycotoxicoses chez le bétail (neurotoxines)
- Gastro-intestinale
- Disséminée (ID)
principaux agents des mucormycoses (DIABETIQUES)
- Rhizomucor (R. pusillus) : - Cutanée primitive

mycotoxicoses (bétail)
- Occulaire
infections opportunistes - Rénale
- Osseuse
42
Les mucorales
- Mucor (M. circinelloides) :

croissance rapide et extensive
thermotolérance pour quelques souches 38°C (optimum thermique 25°C)

croissanse rapide avec envahissement rapide du milieu de culture
thermotolérance 50°C (optimum thermique 37°C)
- Rhizopus (R. oryzae, R. fhizopodiformis) :

croissanse très rapide et extensive avec envahissement rapide du milieu de culture
thermotolérance 50°C (optimum thermique compris entre 25 et 37°C)
- Rhizomucor (R. pusillus) :

croissanse rapide et extensive avec envahissement rapide du milieu de culture
thermotolérance 54°C (optimum thermique 37°C)
43
Les mucorales
- Mucor (Mucor circinelloides) :

rhizoides absents

rhizoides rares et mal différenciés
- Rhizopus (R. oryzae, R. fhizopodiformis) :

rhizoides bruns et peu ramifiés présents
- Rhizomucor (R. pusillus) :

rhizoides peu développés et difficiles à reconnaitre, présents
44
TD_3
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
La chromomycose

Pouvoir pathogène : Agent causal
Formules
- Noir chlorazole
45
TD_3
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
La chromomycose
La chromoblastomycose est une mycose verruqueuse qui touche:
- le derme
- l’épiderme
Régions tropicales humides

- Afrique centrale (Gabon,……..),
- Madagascar,
- Amérique latine (Mexique,…….),
- Japon.
46
La chromomycose
Pouvoir pathogène: Agents pathogènes
Sept (7) espèces de champignons noirs (DEMATIES)
- Fonsecaea pedrosoi
- Fonsecaea compacta
- Cladophialophora carrionii
- Phialophora verrucosa
- Rhinocladiella cerophila
- Wangiella dermatidis
- Exophiala spinifera
47
La chromomycose
Caractères culturaux : Milieu / Température d’incubation
- Milieu Sabouraud avec ATB

- Incubation à 30°C
Mise en évidence
des cellules fumagoïdes à l’examen direct
48
TD_4
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mycétomes
Epidémiologie: distribution geographique

Pouvoir pathogène : agents pathogènes
Morphologie: couleur des grains et diagnostic
Diagnostic
Diagnostic moléculaire en mycologique médicale
Exsudat / Transudat en Microbiologie
49
TD_4
TRAVAIL PERSONNEL
-----------------------------------------------
Les mycétomes
Lésions fistulisées qui sont :
- cutanées
- sous-cutanées
Cosmopolites
- Hémisphère Nord (zones tropicales sèches)
« SAHEL en Afrique »
50
Les mycétomes
Pouvoir pathogène: agents pathogènes
- Champignons
- Madurella mycetomatis
- Pyrenochaeta romeroi Cibles
- Leptosphaeria senegalensis
- Scedosporium apiospermum - Ruraux
- Fusarium - Cultivateurs
- Acremonium - Eleveurs
- Bactéries (Actinomycètes) : Examen direct

- Streptomyces somaliensis
- Couleur des grains
- Actinomadura maduraae
- Actinomadura pelletieri - Diamètre des FM
- Nocardia brasiliensis
- Nocardia asteroides
51
Les mycétomes
Caractères culturaux : Milieu fonction de la couleur des GRAINS
- Milieu Sabouraud avec ATB

GRAINS NOIRS (grains fongiques)
- Milieu Loewenstein ou Sabouraud sans ATB

GRAINS ROUGES (grains actinomycosiques)
GRAINS BLANCS A JAUNES

(grains actinomycosiques ou fongiques)
52
Identification des champignons dimorphiques
Espèces
Champignon dimorphique
Espèce fongique susceptible de se développer sous deux aspects morphologiques

différents (filamenteux et levuriforme) selon les conditions thermiques.
Saprophyte (filamenteux) - Pathogène (levuriforme)
Culture sous forme mycélienne à 25-30°C : stade produisant les spores infectieuses
Obtention de la forme levure à 37°C : forme invasive du champignon
Espèces:
Paracoccidioides brasiliensis: Voies respiratoires
Sporothrix schenkii: Infection sous-cutanée rarement respiratoire
Penicillium marneffei: Ganglions lymphatiques, poumons, foie, rate, os et peau
53
Champignons dimorphiques /Gabon
Espèces
Espèces:

Paracoccidioides brasiliensis: Voies respiratoires
Sporothrix schenkii: Infection sous-cutanée rarement respiratoire
Penicillium marneffei: Ganglions lymphatiques, poumons, foie, rate, os et peau
Cinq (5) espèces causent habituellement des infections respiratoires ou pulmonaires avec dissémination
(cf. littérature). Seule l’espèce Histoplasma capsulatum a (deux fois) été isolée au Gabon.
H. capsulatum variété capsulatum

H. capsulatum variété duboisii (Histoplasmose africaine)
Histoplasmose africaine (sol) : afrique central (homme et babouin)
Lésions cutanées (nodules) ou osseuses avec adénopathies. Manifestations respiratoires rares
54
« CONCLUSION »
Morphologie / Physiologie
Champignons levuriformes
Morphologie Diagnostic de Genre (Espèces: C. albicans / C. dublniensis)

Physiologie Diagnostic d’espèce
Champignons filamenteux
Morphologie Diagnostic de Genre et d’espèce

Physiologie Diagnostic différentiel d’espèces
55
1. Levure
Définition

Champignon microscopiques à thalle unicellulaire qui se reproduit de façon asexuée par

bourgeonnement (blastospores) ou par fragmentation du thalle (arthrospores).
Champignon microscopique à thalle unicellulaire

qui se reproduit par bourgeonnement
56
2. Dermatophyte
Définition


57
3. Moisissure / Pseudodermatophyte
Définitions



58
Fin
59

Cours - 1: Définitions, Morphologie Et Structure Des Champignons

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Cours - 1

Définitions, morphologie et structure des

Etude des champignons microscopiques ou micromycètes

C’est une infection superficielle, sous cutanée ou systémique

C’est un organisme eucaryote hétérotrophe uni ou pluricellulaire

Les champignons sont des thallophytes. Leur appareil végétatif et

Le thalle d'un champignon est constitué par un réseau dense de

La morphologie d’un champignon est à la fois :

Le thalle est l'appareil végétatif et reproducteur d’un champignon. Il

Le thalle des levures est constitué de blastospores. Ce sont des

Une LEVURE (Blastospore) est un champignon microscopique à thalle

Le thalle des levures est constitué de blastospores

Les levures se multiplient par bourgeonnement ou par fission.

Le thalle filamenteux est constitué de filaments mycéliens.

Ce sont des tubes de longueur variable qui peuvent être :

- cloisonnés (thalle septé ou cloisonné)

Le thalle filamenteux septé ou cloisonné est constitué d’hyphes à bords parallèles,

Leurs ramifications se font à angle aigu. Ce thalle correspond aux champignons

Thalle des champignons supérieurs

NB. Thalle constitué de filaments mycéliens réguliers, septés, à

Le thalle filamenteux siphonné ou coenocytique est constitué d’éléments tubulaires

Thalle des champignons inférieurs

NB. Thalle constitué de filaments mycéliens irréguliers, peu septés,

Thalle filamenteux siphonné

Colonie d’un Colonie d’un

Hyphe hyaline Hyphe pigmentée

1_/ Epaississement des hyphes

2_/ Condensation du cytoplasme

3_/ Formation des organes

(structures protectrices compactes)

MORPHOLOGIE => 3 GROUPES

MORPHOLOGIE => 3 GROUPES

Thalle constitué de blastospores ou levures

- Champignons levuriformes filamenteux

Thalle constitué de filaments mycéliens ou hyphes

Dermatophytes = pathogènes kératinophiles / kératinolytiques

Pseudodermatophyte = moisissure pathogène

Moisissure = Dématié ou Moisissure hyaline

Champignon dont la forme parasitaire diffère de la forme saprophyte

N.B. ne pas confondre

Une LEVURE est un micromycète à thalle unicellulaire, qui se

Champignon microscopiques à thalle unicellulaire qui se reproduit de façon asexuée

Champignon microscopique à thalle unicellulaire qui se reproduit par

Un dermatophyte est un champignon microscopique kératinophile

Champignon kératinophile à l'origine des lésions superficielles

Une moisissure est un champignon filamenteux issu du sol où il

Un pseudodermatophyte est une moisissure kératinophile du sol

Champignon kératinophile proche des dermatophytes

Champignon = MYCETE (THALLOPHYTE)

Structure fondamentale = THALLE (Thalle levuriforme ou Thalle filamenteux S/S)

Reproduction et Taxonomie des

Etude des champignons microscopiques ou micromycètes

En pratique médicale, les mycoses peuvent être causées par

classés en trois groupes morphologiques.

C’est un organisme eucaryote hétérotrophe uni ou pluricellulaire

Le mycète se reproduit et se propage au moyen des spores.

On distingue deux (2) modalités de reproduction :

Les champignons ayant:

Plus fréquente et plus simple.

Origine des spores

On distingue deux (2) origines de formation des spores asexuées :

Les endospores sont produites à l’intérieur d’un

Chez les Zygomycètes (Mucorales), les spores