Microbiologie

CHAPITRE 1 : INTRODUCTION À LA
MICROBIOLOGIE & À LA MICROBIOLOGIE
MARINE

I - QU’EST CE QUE LA MICROBIOLOGIE ?

Microbiologie = science qui étudie les microorganismes (ceux invisibles à l’oeil nu).

Les microorganismes sont un groupe d’organismes généralement unicellulaires

ou pluricellulaires dénués de différenciation tissulaire. Les ¢ sont équivalentes & de
présentent pas, le + souvent, de spécialisation fonctionnelle. Ils sont généralement
capables de croître, produire de l’E & se reproduire indépendamment des autres ¢
soit sous la même forme ou sous une autre forme.
Attention : un virus n’est pas un microorganisme

⇒ Utilisation d’outils de microscopie pour l’observation des microorganismes (microscope

optique ou électronique)

II - MICROORGANISMES & ARBRE DU

VIVANT
• Les microorganismes sont représentants dans les 3
domaines du vivant :
- Bacteria & Archaea : microorga généralement
unicellulaires & de type procaryotes
Exception : quelques Cyanobacteria et Planctomycetes
- Eukarya : microorga unicellulaires ou
pluricellulaires, tous de type eucaryote

Bien faire la ≠ entre :

- Bactérie = organisme appartenant au domaine des
Bacteria
- Bacteria = 1 des 3 domaines du vivant
- Procaryote = type cellulaire qualifiant une ¢ ne
possédant pas de noyau différencié ni d’organites

• Les virus sont acellulaires, ne sont pas indépendants

par leur croissance, leur production d’E & leur reproduction. Il est donc difficile
d’inclure elles virus dans le monde vivant.

À l’origine, on définissait les virus par la taille : « les virus sont

ultramicroscopiques, inférieurs ou égal au dixième de micron, visibles seulement a
microscope électronique.

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Depuis une 20ène d’années, le monde des « virus » & celui des « bactéries et
archées » n’ont cessé de se rapprocher jusqu’a
s’interpénétrer rendant caduque la
discrimination basée sur la taille, la
complexité génomique, etc.

On s’est rendu compte que des bact

extrêmement petites existaient
(ultramicroscopiques) mesurant 0,2 µm de
diamètre au genome + petit que celui des bact
classiques, aux métabolismes très incomplets
(pas de survie ni de multiplication possible
sans hôte). Découverte également de « virus
géants » (Exemple : Mimivirus, Miming
Microbe Virus) dont la taille et la complexité
génomique (nbr de gènes) dépasse largement
celles de ces bactéries parasites.

III - POURQUOI S’INTÉRESSER AUX MICROORGANISMES ?

1) Ils sont à l’origine de l’apparition & l’épanouissement de tous les autres ê vivants
⇒ Seules formes de vie pst sur Terre pdt 3 milliards d’années
⇒ Modification de l’atmosphère primitive
⇒ Évolution des formes de vie pluricellulaires à partir des microorga unicellulaires
⇒ Activité de la biosphere depend de l’action des microorganismes

Exemple : les Plantae & métazoaires sont colonisés par des microorga qui façonnent leurs
traits.. Concept d’holobionte = unité biologique compose de l’hôte & de tous les
microorga qui le colonise.

Exemple des légumineuses

(haricots, trèfles) dont les nodules
remplis de bact Rhizobium fixent
l’azote et le transforment en
composés assimilables par la
plante : symbiose mutualiste.

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L’Homme est aussi colonisé par des microorga : notre tube dig abrite pas moins de
1012 microorga soit 2 à 10 fois + que le nbr de ¢ qui constituent notre corps.
Les microorga peuvent réaliser des fonctions supplémentaires, peuvent nous aider à
réaliser une fonction & ont un rôle de protection car tapissent l’intérieur de notre corps.

Microbiote = ensemble des microorga qui évoluent dans un environnement spécifique

(Exemple : microbiote humaine).
Microbiome = l’environnement dans lequel évolue un microbiote

Espèces que l’on peut

retrouver au niv du corps
humain :

(la majorité de ces

microorga ne sont pas
pathogènes)

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2) Certains microorga sont des agents pathogènes des autres formes de vie, dont l’Homme
⇒ Virus (environ 150 types susceptibles d’infecter le tube digestif de l’Homme)
⇒ Bactéries (salmonelles, Shigelles, Campylobacters, Escherichia, Vibrio…)
⇒ Fungi (mycoses par Aspergillus, Candida, etc.)
⇒ Cyanobactéries (Microcystis : production de toxines)
⇒ Microeucaryotes (Giardia, Entamoeba)

IV - DOMAINES D’APPLICATION DE LA MICROBIOLOGIE

⇒ Domaine médical (immunologie, contrôle des infections) & santé publique
(épidémiologie)

⇒ Processus industriels : agroalimentaire (produits laitiers, fermetés…),

pharmaceutique (production de médicaments, vaccins), génie génétique
Exemple : application agroalimentaire avec Bacillus thuringiensis biopesticide (= bact
produisant des toxines capables de détruire certains insectes sans risque pour
l’environnement) le + utilisé dans le monde (90% du marché mondial des biopesticides)
car permet d’éliminer les chenilles processionnaires

⇒ Agriculture (relations plantes - microbes)

⇒ Environnement (fonctionnement des écosystèmes)

V - DOMAINES DE RECHERCHE EN MICROBIOLOGIE

⇒ Cytologie (structures cellulaires)

⇒ Physiologie (fonctionnement cellulaire, adaptation aux variations des paramètres

environnementaux)

⇒ Génétique et biologie moléculaire

⇒ Taxonomie (phénotypes, génotypes)

⇒ Écologie microbienne (place & rôle dans le fonctionnement des écosystèmes)

VI - DÉCOUVERTE DES MICROORGANISMES

• Robert Hooke (1635-1703) philosophe,
architecte & inventeur
1665 : description des moisissures bleues se
développant sur du cuir grâce à l’intention des
microscopes
⇒ Description des 1ers microeucaryotes

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⇒ À l’origine du mot cellule

• Antoni van Leeuwenhoek (1632 -

1723) savant hollandais
1674 : observations de microorga (dont
bactéries) grâce à une lentille maintenait
entre 2 plaques d’argents (grossissement
x50 - x300)
Il a réfuté la thèse de la génération
spontanée

VII - THÉORIE DE LA GÉNÉRATION SPONTANÉE

1) Depuis Aristote
Selon cette théorie, certains ê vivants « inférieurs » apparaissent spontanément à
partir de la dégradation de « matières inanimées ».

Apparition spontanée au bout de quelques temps des moisissures sur les aliments,
des mites sur la laine, des souris là ou on entasse de vieux vêtements
Exemples : chine ancienne: bambou —> pucerons ; Inde : sueur —> mouches ; Égypte
antique : limon du Nil —> grenouilles et crapauds

Lazzaro Spallazani (1729 - 1799) : le chauffage des matières organiques stoppe la

putréfaction & l’apparition de ces « ê inférieurs »

2) Les adversaires de cette théorie

• Theodor Schwan (1810 - 1852) physiologiste, histologische & cytologie allemand
1827 : Matière chauffée placée dans un flacon munie d’une ouverture chauffée placée
dans un flacon muni d’une ouverture chauffée au rouge. Constate ni dégradation ni
développement de microorganismes (contrairement au témoin non porté au rouge)

• Louis Pasteur (1822 - 1895) scientifique français, chimiste & physicien de formation
1857 : expérimentations réalisées avec des ballons à « col de cygne » non-chauffés au
rouge. Il réfuta définitivement la
théorie de la génération spontanée
avec son exp.

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Outre l’exclusion de la théorie de la génération spontanée, Louis Pasteur c’est aussi :

- 1857 : travail sur les fermentations, liées à la croissance en anaérobiose d’organismes
qui peuvent ê cultivés sur des milliers de culture stériles spécifiques
- 1865 : procédé de conservation & d’amélioration des vins par chauffage : la
« pasteurisation »
- 1855 - 1877 : découvre le principe du vaccin au moyen de cultures atténuées du choléra
des poules, s’attaque au problème de la maladie du charbon chez le mouton & de la
rage chez l’être humain

VIII - LA RÉSISTANCE & LA STÉRILISATION

• John Tyndall (1820 - 1893) physicien britannique
Filtration de l’air —> absence de putréfaction
- Démontre l’existence de formes bactériennes résistantes à la chaleur (endospores)
- Technique de stérilisation appelé Tyndallisation : chauffages discontinus à une T°C
relativement basse (60-70°C) suivis de refroidissements - trois trois (par exemple
pendant 1h) à 1j d’intervalle

• Ferdinand Cohn (1828 - 1898) botaniste allemand, fondateur de la bactériologie

- Découverte du genre Bacillus qui forme des spores
- Description du cycle complet de Bacillus (cellule végétative —> endospore —> cellule
végétative)
- Découvre que seules les cellules végétatives sont tuées par ébullition
- Développement des méthodes pour prévenir la contamination de milieux de culture
stériles (utilisation de coton pour obstruer les fioles)
- Développement du domaine de la taxonomie bactérienne

IX - LIEN ENTRE « BACTÉRIES » & MALADIES

• Robert Koch (1843 - 1910) médecin allemand
- Démonstration que certaines maladies peuvent se propager d’un individu à un autre par
des bact spécifiques : démonstration de l’hypothèse en étudiant l’anthrax (maladie du
charbon) provoqué par Bacillus anthracis
- Met au point, avec son assistant Richard Petri, des milieux de cultures solides (agar),
les frottis sur lames de verre & innove par l’utilisation des premieres colorations
spécifiques
- 1882 : identifie & cultive l’agent de la tuberculose & met en évidence ses modes de
transmission : « Bacille de Koch » = Mycobacterium tuberculosis

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X - LES DÉBUTS DE L’ÉCOLOGIE MICROBIENNE

• Sergei Winogradsky (1856 - 1953) biologiste français d’origine russe
- Travaux sur les bactéries du sol : démontre leur capacité à oxyder le fer, l’hydrogène
sulfuré (H2S) & l’ammonium (NH4+) pour récup de l’E
- Étude de la fixation de l’azote N2 & de la décomposition de la cellulose

Colonnes de Winogradsky
Mise en évidence de a diversité des métabolismes
microbiens permettant la prod d’E

Exemple : bactéries réalisant la photosynthèse

anoxygénique (produit pas d’O2 & utilise pas
d’H2O) possèdent des pigments pourpre/orange/
vert

• Martinus Beijerinck (1851 - 1931) microbiologiste allemand

- Découverte de bactéries symbiotiques & non-symbiotiques impliquées dans la
fixation du diazote (Azotobacter & Rhizobium)

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XI - LES DÉBUTS DE LA MICROBIOLOGIE MARINE

• Fin 19ème : premiere grande campagne océanographique mondiale : HMS Challenger
Expédition interdisciplinaire marquant le début de l’océangraphie

E. Haeckel : premières contributions ur les microorga marins = distribution, abondance &

taxonomie de certains microeucaryotes mais rien sur les Bacteria & Archaea

• Fin 19ème : premières descriptions des bactéries peuplant les océans

• Début 20ème : Collection, énumération & analyse en routine

Dvlpmt constant de la méthodologie :
- méthode d’énumération des cellules microbiennes
- Estimation de la respiration, croissance, des métabolismes

Avancées considérables durant le 20ème siècle sur le rôle des microorga dans la fixation du
diazote, décomposition de MO, photosynthèse bactérienne, structures trophiques, concept
de la boucle microbienne …

Tara Ocean International consortium (2009 - 2013) :

- 375 stations : 1 à 5 profondeurs (jusqu’à 1000m) des principales regions océaniques
- 200 scientifiques, 50 labos, 15 pays
- Morphologie & diversité génétique du plancton marin (des virus au petit zooplancton)
en contexte (paramètres physiques & chimiques)
- Focus sur la diversité du plancton de la zone épipélagique (intérêt sur des zones
particulières : tourbillons méso-échelle, upwelling, anaérobies, acides)

Malaspina expedition (2010 - 2011) :

- 180 stations : 9 profondeurs (jusqu’à 5000m)
- 300 scientifiques, 30 labos, 14 pays
- Inventaire de données biologiques & environnementales constituant une base pour
étudier l’impact du changement global sur les océans, exploration de la diversité
biologique des océans profonds

Professeur Claude E. ZoBell (1904 - 1989) :

- Recherches pionnières : procédés biogéochimiques, corrosion, microbiologie pétrolière,
adhésion aux surfaces, effet de la pression
- Principal investigateur à cette époque
- Publication scientifique : +300 articles dont « Marine Microbiology » en 1946

CONCLUSION
Avancées considérables de la microbiologie marine cette dernière décennie grâce à
l’introduction des outils moléculaires & au dvlpmt des outils analytiques.

Exploration de la diversité des microorganismes (estimation de la biomasse,

dynamique des pop, physiologie)

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 Microbiologie

Prochaines avancées : diversités des zones aphotiques, fonctions des microorga,

interactions biologiques …

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CHAPITRE 2 : STRUCTURES CELLULAIRES DES

BACTÉRIES & DES ARCHÉES
I - DIMENSIONS, MORPHOLOGIE, ASSEMBLAGES

• Dimensions de l’ordre du micromètre : de 1 à 10 µm (1 µm = 0,001 mm)

Invisibles à l’oeil nu
10 à 100x plus petit que les cellules eucaryotes

Dimensions extrêmes :
- Mycoplasma (+ petite bactérie connue, bactérie parasite de diamètre 0,2 µm).
Ultramicobacteria = bactéries ayant des diamètres < à 0,2-0,3 µm
- Thiomargarita namibiensis (géante bactérie, longueur = 750 µm). Découverte récente
dans les mangroves de Guadeloupe de Thiomargarita magnifica (longueur = 1cm,
génome bcp + complexe)

• Grande diversité phylogénétique & métabolique mais morphologie plutôt

communes

3 formes ≠ :
-Forme de bâtonnet (bacillus, bacilli)
-Forme sphérique, de coque (coccus, cocci)
-Forme spiralée (bâtonnet présentant des
incurvations)

1) COQUES : cellules à peu près sphériques, des fois légèrement ovales

Dans l’environnement on les trouve sous forme

individuelle ou associées en arrangement :
- 2 coques : diplococci
- 4 coques : tetrade
- 8 coques : sarcine
-A r r a n g e m e n t d e f a ç o n d é s o r d o n n é e :
staphylocoque
- Chainette de coque : streptocoques

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2) BACILLES :
Bactéries peuvent s’arranger
- 2 bacilles : diplobacilli
- Chaînette : streptobascilli
- Pallisades
- Coccobacilli (exemple : Escherichia coli)

3) FORME SPIRALÉE :
- Vibrio : bacille avec une seule incurvation
- Spirilla : bacille tordu en hélices rigides
- Spirochetes : flexibles

Il existe d’autres types morphologiques. Exemple : Haloquadratum walsbyi

Des bactéries peuvent changer de forme durant les cycle de vie (exemple :
Corynebacterium) : elles sont pléomorphes.

La taille des bactéries & archées leur confère un avantage adaptatif .

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 Microbiologie

⇒ Rapport Surface (en contact avec l’environnement) / Volume (élevé par rapport aux
eucaryotes) avantageux. En effet, le V cellulaire à soutenir d’un pdv énergétique est petit
tandis que la S d’échange nutritionnelle est grande.
⇒ Bcp moins couteux d’un pdv énergétique pour se déplacer

Les grosses bactéries elles, peuvent stocker des éléments nutritifs dans les vacuoles
(récupère éléments dans les sédiments puis monte en surface pour faire la respiration)

• Bactéries & archées majoritairement unicellulaires (=évoluent seuls dans

l’environnement) mais il existe des bactéries pluricellulaires

Bactéries pluricellulaires :
Caractéristiques d’un organisme de type procaryote pluricellulaire :
- Constitué de nbreuses cellules

- Chaque cellule contient un nucléoïde (son propre matériel génétique, son propre
génome)

- Communication entre les cellules par des pores

- Spécialisation de certaines cellules (fonction ≠ des autres cellules & donc apporte un
avantage aux autres cellules)
Exemple : certaines espèces de Cyanobactéries comme les Cyanobactéries organisée en
trichomes genre Anabaena : enchaînement de cellules (thalle) avec ou sans gaine,
communication par des microplasmodesmes + cellules spécialisées dite hétérocystes
permettant la fixation du diazote atmosphérique (anaérobiose (pas d’oxygène à l’int de
l’hétérocyste) & nitrogénases : avantage pour se dvpler dans des milieux pauvres en
diazote)

Bactéries coloniales
= qui vivent à plusieurs

- Bactéries unicellulaire restant associées après la division cellulaire (les 2 cellules

filles, identiques à la cellule mère, restent collées l’une à l’autre)
- Pas de communication, pas de spécialisation des cellules
- Divisions suivant 1 seul plan, 2 plans, 3 plans ou désordonnée

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 Microbiologie

La plupart des procaryotes ne vivent pas en suspension, mais adhérant à des

surfaces (⇒ vie planctonique + rare que la vie fixée).

Organisation structurée d’un population en biofilm : les bactéries peuvent

s’organiser en biofilm = structures hétérogènes constituées par des populations
microbiennes englobées dans une matrice extracellulaire polymérique, fixée sur des
surfaces naturelles ou artificielles.
⇒ Assemblage de microorganismes (mono- o plurispécifique)
⇒ Matrice adhésive & protectrice (ExoPolySaccharides = EPS)
Les biofilms forment donc des structures vivantes, dynamiques, en perpétuelle
évolution. Il se forme en +sieurs étapes.

Développement du biofilm :

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(1) Phase d’adhésion & de croissance

Bactéries entrent en contact avec la surface (de manière aléatoire)
- Adhésion réversible des bactéries planctoniques au niveau de la surface
- Puis adhésion des bactéries devient irréversible, par la production de polymères ou par
fixation aux fimbriae
- Puis formation de micro-colonies (agglutination & multiplication des cellules)

(2) Phase de croissance

Le biofilm croît au cours du temps avec une possible colonisation 2ndaire

(3) Phase de maturation

- Exopolysaccharides (EPS) synthétisées par les bactéries
- Piégeage de nutriments & de molécules organiques
- Piégeage de cellules (= espèces bactériennes secondaires) colonisant le biofilm

(4) Phase de dispersion

- Détachement & dispersion de cellules bactériennes (perturbations mécaniques,
dégradation enzymatique de la matrice ou du substrat)
- Adhésion de ces cellules à de nouvelles surfaces
- Reformation de biofilms

Cohésion forte entre les populations de bactéries qui composent ces biofilms.

II - CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DES CELLULES

PROCARYOTES

Éléments constants :
- Membrane
- Cytoplasme
- Matériel génétique
- Ribosomes
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 Microbiologie

Éléments inconstants (pas présents chez toutes les bactéries, résultant de l’évolution,
conférant un avantage).
Exemple : flagelle (pas présent chez toutes les bactéries)

SAVOIR LEGENDER OU FAIRE UN SCHEMA DES ÉLÉMENTS CONSTANTS D’UNE CELLULE PROCARYOTE OU
EUCARYOTE

- Paroi qui fait partie d’une structure multi-stratifiée, appelée enveloppe (= paroi
cellulaire + membrane cytoplasmique)
Elle est composée de polymères avec une structure assez complexe qui forme une cage
localisée à l’ext de la membrane plasmique ⇒ confère un rôle de protection contre les
phénomènes d’osmose (évite l’explosion de la cellule)
- Absence de membrane nucléaire : le matériel génétique (acide désoxyribonucléique
bicaténaire) se retrouve compacté au niv d’une zone appelée nucléoïde, les bact &
archées généralement aploides càd qu’elles possèdent le gène en un seul exemplaire
- Absence de membranes internes dans le cytoplasme (sauf Planctomycetes)
Les bactéries & archées n’ont pas d’organites mais réalisent les mêmes fonctions que
les eucaryotes

De plus, on peut retrouver des inclusions avec des natures très diversifiées, des
fimbriae, un pilus sexuel (pont inter cytoplasmique ayant un rôle dans la conjugaison
bactérienne notamment), etc.

2.1. LA MEMBRANE CYTOPLASMIQUE

Structure fine (8 nm d’épaisseur) entourant le cytoplasme de la cellule

C’est un élément constant car structure nécessaire à la cellule car elle agit comme :
- Barrière permeable & sélective (nutriments & déchets)
- Sites d’activités biochimiques importantes (exemple : activités de production d’E,
éléments nécessaires à la production d’E via la respiration/la photosynthèse…)
- Limite mécanique (dans le cas des cellules qui ne possèdent pas de paroi)

Composée à 30-40% de lipides, 60-70% de protéines & de polysaccharides

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 Microbiologie

Organisation selon le modèle de la mosaïque fluide de Singer & Nicholson

⇒ Bicouche fluide composée de micro-domaines lipidiques
⇒ Mvmts des protéines & lipides
⇒ Structure très dynamique

A) LIPIDES MEMBRANAIRES (principalement des phospholipides)

60% des phospholipides de la

membrane cytoplasmique sont
des acides gras (hydrophobes)
liés par des liaisons ester à du
glycérol-3-phosphate (polaire,
hydrophile)

⇒ Lipides à l’origine de la
barrière/perméabilité selective
qui rend notamment la membrane
imperméable aux ions

Nature des lipides de la membrane plasmique

variable en fonction des espèces (archées, bactéries,
eucaryotes) & de leur état physiologique.
⇒ Critère pour l’identification de certains taxons

Diversité des lipides membranaires dans la

membrane plasmique : rarement de stérols comme
le cholestérol (contrairement aux membranes
eucaryotes).

Exceptionnellement, présence de stérols (=

hopanoïdes) dans les membranes de cellules des
Mycoplasmes, des organismes commensaux des
animaux qui sont dépourvus de paroi (= rôle
stabilisateur).

B) PROTÉINE MEMBRANAIRES DES MEMBRANES BACTÉRIENNES &

ARCHÉENNES
1/3 de toutes les protéines cellulaire sont contenues au niv des membranes & 1/3 des
protéines membranaires sont des protéines de transport :
- Prot intrinsèques (ou intégrales) : 70-80%, difficiles à extraire de la membrane &
insoluble en milieux aqueux
- Prot extrinsèques (ou périphériques) : 20-30%, associées faiblement à la membrane
& facile à extraire
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 Microbiologie

Fonctions cruciales des protéines : jouent un rôle de canaux, pores, transporteurs

actifs, qui vont permettre à la cellule de prélever des éléments dans l’env dans le sens du
gradient de concentration ou contre celui-ci.
Prot au niv de la MP : produisent de l’E par respiration ou photosynthèse.

Rôle crucial de la MP chez bactéries : barrière (entre compartiment extracellulaire

& cytoplasmique) + perméabilité + siège de diverses fonctions qui, chez les eucaryotes,
sont assurées par des organites intracellulaires :
- Fonction respiratoire : protéines de la phosphorylation oxydative chez les esp
bactériennes aérobies (rôle équivalent à celui des mitochondries des eucaryotes) ; chez
esp anaérobie prot membranaires permettent la prod d’E
- Excrétion d’enzymes hydrolytiques, qui dégradent les polymères extracellulaires en
sous-unités suffisamment petites pour pouvoir traverser la MP & être importés dans la
bactérie
- Transports passifs & actifs des nutriments (passif : demande pas d’E à la cellule ≠
actif : demande de l’E à la cellule)
- Enzymes impliqués dans les biosynthèse des constituants de la membrane, càd
biosynthèse des polymères de la paroi & des lipides membranaires

La composition lipidique & protéique de la membrane évolue en fonction des

conditions environnementales & en fonction des besoins de la cellule.
Exemple : conditions limitantes en oxygène dans les env sursalés, chez les archées
appartenant à la classe des Halobacteria :
- Inhibition de la respiration de l’oxygène
- Arrêt de la prod d’E
Donc, mise en place d’un mécanisme alternatif de production d’E impliquant une nouvelle
protéine membranaire (bactériorhodopsine) :
- Pompage actif de protons par les bactériorhodopsines vers le milieu extracellulaire sous
l’action de l’E lumineuse
- Apparaît alors un gradient électrochimique membrane permettant la synthèse d’ATP

Perméabilité sélective de la MP : elle ne laisse passer que certaines molécules &

pas à la même vitesse, 2 paramètres importants : hydrophobicité & taille des molécules :
- Plus une molécule est petite & apolaire (liposolubles), plus elle diffuse
rapidement au travers de la MP
- Pour les moléc polaires (hydrosolubles) non chargées, seules les petites molécules
diffusent avec une vitesse significative au travers de la MP

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 Microbiologie

Comment une bactérie peut absorber des nutriments ?

TRANSPORT PASSIF
• Diffusion simple (ou libre)
= diffusion d’un soluté au travers de la MP selon son gradient de concentration
(du compartiment où soluté est le + concentré vers compartiment où il est le - concentré)

Elle sera réalisée jusqu’à atteindre un équilibre des concertations des 2 côtés de la
membrane.

Par diffusion simple, les bactéries peuvent prélever :

- Les composés liposolubles (apolaire) (Exemple : acides gras, certaines vitamines)
- Les composés hydrophiles (polaire) seulement s’ils sont de petite taille (Exemple :
glycérol)

Diffusion simple = déplacement de molécules à travers la M ne nécessitant pas d’E

- Pas de saturation ni de régulation
- La vitesse de diffusion dépend du gradient de concentration
- Transport lent (par rapport à la diffusion facilitée)

• Diffusion facilitée (= transport facilité)

Canaux protéiques (=porine) ou protéines transmembranaires (=transporteurs)
sélectifs.

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 Microbiologie

Fonctionnement d’un transporteur : fixation de la molécule à transporter d’un côté de

la M (côté où elle est la + concentrée), changement de conformation, décharge de la
molécule de l’autre côté de la M (côté où elle est la - concentrée), retour à sa conformation
initiale.

Déplacement dans le sens du gradient de concentration (elle ne nécessite pas la conso

d’E) & la vitesse dépend du gradient.

TRANSPORT ACTIF, transport de molécules qui nécessitent de l’E car

contre leur gradient de concentration (transport non spontané)

Implication de transporteurs spécifiques

2 types de transports actif :
- Transport actif primaire
- Transport actif secondaire

• Transport actif primaire

Utilise de l’E issue de l’hydrolyse de l’ATP pour le transport d’une molécule contre son
gradient de concentration.
Exemple : sytème de transport ABC (= ATP Binding Cassette transporter)

Transporteurs (transmembranaires) associés du côté cytoplasmique à des domaines de

liaison de nucléotides. Les transporteurs forment un pore & les domaines de liaison de
nucléotide fixent & hydrolysent l’ATP pour entraîner le transport.

• Transport actif secondaire

Utilisation d’E électrochimique (=E du gradient d’un ion) pour transporter un soluté
contre son gradient de concentration .

Implication de cotransporteurs de type symport (transporte 2 molécules simultanément

dans le même sens) & antiport (transporte 2 molécules simultanément en sens opposés).

OSMOSE, déplacement de l’eau au travers des membranes par osmose

Osmose = diffusion des moléc d’eau à travers une M semi-perméable (perméable à
l’eau mais pas au soluté) entre 2 compartiments de concentrations ≠ en soluté : l’eau
diffuse pour tenter de rééquilibrer les concentrations de part & d’autre de la M.

Diffusion du compartiment le + concentré vers celui le - concentré.

C) POLYSACCHARIDES DE SURFACE
Ce sont des glucides liés soit :
- À des prot extrinsèques = glycoprotéines
- À des prot phospholipidiques = glycolipides

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 Microbiologie

Les polysaccharides de surface sont des antigènes reconnus par les anticorps ou les
cellules du syst immunitaire d’1 organisme pouvant induire une réponse immunitaire.

2.2. LA PAROI DES BACTERIA & DES ARCHAEA

A) BACTÉRIES
Structure pst chez toutes les bactéries (sauf quelques archées & les mycoplasmes).
Grâce à l’existence de cet « exosquelette » qu’est la paroi, la bact n’éclate pas sous la forte
P osmotique (5 à 20 atmosphères)1

Les polymères de la paroi & leur mode de liaison

varient selon les esp bactériennes. Toutefois, une
substance de base, spécifique des bactéries est pst partout
: le peptidoglycane, aussi appelée muréine.

Peptidoglycane formé de glycanes, chaines composées

par 2 dérivés du glucose appelés osamines :
- Le N-acétylglucosamine (NAcGlc)
- L’acide N-acétylmuramique (NAcMur)
Les osamines sont associées en alternance par une
liaison glycosidique β-1,4

Pour qu’il y est formation d’un réseau, les chaines

sont reliées entre elles : des tétrapeptides sont associés
aux acides N-acétylmuramique (NAM). Ce sont des chaînes latérales peptidiques (4 acides
aminés dont la composition est variable).
Un glycane associé à des tétrapetides s’appelle une glycanes-tétrapeptides.

Nombreuses liaisons entre les

glycanes-tétrapeptides : ponts
interpeptidiques (reliant les chaines
latérales peptidiques) sous forme de
pontages directs ou de pontages de
pentaglycine selon la bactérie.

Amène à 2 grandes catégories de paroi chez les bact :

1) Bact à Gram-positif : couche épaisse (20 - 80 nm) de peptidoglycane (90% des
constituants de la paroi). (Exemple : Bacillus subtilis)
⇒ Meilleure résistance aux contraintes physiques ou osmotiques

+ Acides teichoïques liés au peptidoglycane & acides lipoteichoïques liés aux lipides
membranaires :
- Acides ont un rôle dans la stabilité de la paroi (arrimage de la paroi à la membrane)
- Sites de fixation des bactériophages

1 Lyse = apport massif d'eau dans la cellule, ce qui va la faire éclater par choc osmotique
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 Microbiologie

- Propriétés antagoniques

+ Grandes variétés de protéines analogues aux protéines périplasmiques (localisation

dans la membrane cytoplasmique ou à sa proximité).

2) Bact à Gram-négatif : une bicouche lipidique appelée membrane externe (7 - 10 nm),

une paroi composée d’une couche fine de peptidoglycane (2-7nm) & un périplasme
entre les 2 membranes (espace périplasmique). (Exemple : Escherichia coli)

Composition ME :
- Bicouche de phospholipides (ester de glycerol)
- Feuillet externe (lipopolysaccharides), feuillet interne (lipoprotéines de Braun)
- Barrière supplémentaire (protection supplémentaire de l’entrée de composés nocifs) &
prévient la perte de constituants excrétés dans le périplasme
- Protéines de structure consolidant la membrane ext & des canaux protéiques
(porines) permettant les transferts

Composition périplasme :
= compartiment aqueux représentant 20 à 40% du Vcellulaire
Riche en prot solubles ayant des rôles variés :
- Protéines de liaisons : aidant à l’absorption des sucres, vitamines & minéraux
- Enzymes de dégradation (phosphatases, nucléases, protéases)
- Enzymes de détoxification (inactivent certains antibiotiques par exemple)
- Protéines impliquées dans la biogenèse du peptidoglycane
- Protéines impliquées dans le chimiotactisme (déplacement des cellules dirigé en
fonction de l’env chimique)
Fabriquées au niv du cytoplasme & ensuite amenées au périplasme

Membrane externe

PARTIEL : SAVOIR REFAIRE SCHEMAS

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 Microbiologie
Bactéries à Gram - Bactéries à Gram +

PARTIEL Coloration de Gram (1884)

1) Frottis sur lequel on applique un colorant primaire (crystal violet) : le colorant traverse
la paroi, il est transporté vers le cytoplasme des cellules ⇒ tts les cellules sont colorées
indifféremment
2) On applique une solution iodée, le lugol (mordant = substance chimique qui facilite la
coloration)
3) On applique une solution d’alcool qui permet la décoloration des bactéries Gram - :
l’alcool est transporté jusque dans le cytoplasme des bactéries à Gram - & lave les
molécules colorantes qui se trouvent dans le cytoplasme des bactéries
Difficile d’observer des bact non colorées donc,
4) On applique un colorant rose (safranin) qui va colorer le cytoplasme de tts les cellules
(les incolores deviennent roses, les violettes restent violettes)

⇒ Bactéries cytoplasme coloré rose = Gram-négatif

Bactéries cytoplasme coloré violet = Gram-positif

Cas particulier : les mycobactéries

Paroi particulière : autour de la MP on observe une structure complexe &
particulière ⇒ Bactéries possédant une quantité importante de peptidoglycane, mais
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 Microbiologie

celui-ci est recouvert de lipides (couche très épaisse & très complexe) qui va représenter
jusqu’à 70% du poids de la paroi

Lipides complexes, ramifiés & de gros poids moléculaire (Exemple : acides

mycoliques).

Couche imperméable à des nbreux agents comme l’éthanol, les détergents ou les
antibiotiques classiques ⇒ BAAR : bactéries acido-alcoolo résistantes.

Principe de la coloration de Ziehl-Neelsen : coloration différentielle

1) On applique un colorant primaire à chaud, (carbol Fuchsin) : permet la coloration de tts

les cellules
2) On applique un mordant
3) Décoloration avec un mélange acide alcool : seules les mycobactéries ne seront pas
décolorées
4) Contre-coloration/coloration secondaire au bleu de méthylène : permet coloration du
cytoplasme des mycobactéries en rose

⇒ Mycobactéries (Exemple : Mycobacterium tuberculosis) apparaissent comme des bacilles

rouges sur fond bleu-gris

B) ARCHÉES
Les enveloppes des Archées apparaissent très variées, & aussi ≠ de celles des bactéries que
de celle des eucaryotes.

- Absence de peptidoglycane dans Muréine = peptidoglycane &

paroi des archées pseudomuréine = pseudo-peptidoglycane
- Certaines archées méthanogènes
(fabriquant du méthane) ont une
paroi composée de pseudo-
peptidoglycanes

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 Microbiologie

C) CAS DES BACTÉRIES & ARCHÉES SANS PAROI

Sans paroi,
- Les bact ne peuvent contenir la Posmotique interne sauf dans des env isotoniques = env
dans lequel il y a égalité des concentrations en solutés de part & d'autre de la
membrane
- Tts les bact ont la même forme : prennent une forme sphérique appelée protoplaste
Exemples : Mycoplasma, Thermoplasma.
- MP renforcée par des stérols (⇒ permet de supporter un peu mieux les contraintes)

Bact sans paroi dans env hypotonique (Exemple : eau distillée) :

Turgescence = P interne induite par une entrée d’eau dans la cellule suite à la présence de
substances non diffusibles à l’int de la cellule & à l’absence ou à une autre concentration
+ faible à l’ext ⇒ cellule gonfle & explose (lyse)

Bact sans paroi dans env hypertonique :

Déshydratation & plasmolyse = sortie d’eau de la cellule due à la présence d’une
substance non diffusible à l’ext de la cellule en qté supérieure au contenu de la cellule ⇒
cellule se contracte

D) COUCHE S-LAYER
Environ 10% des procaryotes connus possèdent une couche S (S-layer) située à la surface
cellulaire, composée de prot ou de glycoprotéines qui forment une structure régulière
ressemblant à celle d’un cristal.
⇒ Rôle : protection contre fluctuations ioniques, variations de pH, stress osmotique,
enzymes ou bact prédatrices

2.3. LE GLYCOCALYX
Élément facultatif (⇒ pas pst chez tous les taxons)
Formé de polysaccharides, très hydraté qui entoure l’enveloppe de nbreuses bact

2 formes :
- Étroitement liée à la cellule = la capsule
(Bact capsulées = bact qui produisent cette capsule)
- Plus relâchée (presque visqueuse) = le slime

Rôle dans le pouvoir pathogène de certaines espèces, dans :

- La formation de biofilms
- L’adhésion aux surfaces solides
- Le piégeage de nutriments
- La défense contre la dessiccation (structure
hydratée)
- La prédation & le parasitisme (phage)

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 Microbiologie

2.4. APPENDICES DE SURFACE

Éléments facultatifs/inconstants

1) Pili (fimbriae) = structures fibrillaire très fines & rigides situées en surface.
Polymères de polypeptidique (piline) assemblée à des polypeptides mineurs comme
l’adhésine

⇒ Pili communs : attachement des bact à des surfaces biotiques ou abiotiques (rôle dans
la formation des biofilms)
⇒ Pili sexuels : + longs & codés par des plasmides (facteur F). Rôle dans l’attachement
des bact entre elles (conjugaison) & sont un récepteur de virus bactériens
Observés au microscope électronique ME seulement.

2) Flagelles = structures permettant la locomotion

Filaments constitués de milliers de protéines (flagellines) assemblés en hélice
Une ou +sieurs flagellines ≠ selon les esp
Environ 5 -10 µm de long sur 20 nm de diamètre
Le pas de l’hélice varie selon les esp (environ 2 - 2,5 µm)
Observation pas possible au microscope optique & peu visible au ME sauf après coloration

Dans leur env, les bact sont soit mobiles & en suspension dans un milieu liquide
(phase pélagique), soit immobiles & adhérents (biofilm).
2 modes de déplacement :
- Déplacements passifs
- Déplacements actifs (mise en place d’une activité motrice)

Mobilité dans milieux liquides ou hydratés (surface gélose), +sieurs types de locomotion :
- La nage (grâce aux mvmts d’un ou +sieurs flagelles)
- La glisse (glissement bactérien implique pas utilisation de flagelles)
- L’essaimage bactérien : type de migration social d’un groupe de bact à partir d’une
colonie (coordination du déplacement)
1) Allongement des bact & synthèse des flagelles supplémentaire
2) Alignement des bact selon leur axe longitudinal (= formation de radeaux
multicellulaires)
3) Migration active vers l’ext de la colonie
⇒ En utilisant la propulsion de tt le groupe, elles peuvent migrer dans des endroits
qu’elles seraient incapables de coloniser individuellement
- La rétraction (du pili)

Arrangement des flagelles (ciliature) :

- Flagellation monotriche (1 flagelle)
- Flagellation lophotriche (+sieurs flagelles
polaires)
- Flagellation amphitriche (1 flagelle à
chaque pôle)
- Flagellation peritriche (flagelle sur toute la
surface cellulaire)
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 Microbiologie

Chez les bact appartenant au phylum Spirochètes, les flagelles sont périplasmiques,
formant un faisceau inséré dans l’enveloppe.

Structure des flagelles conservée chez les Bacteria

1) Filament hélicoïdal (en forme d’hélice, partie ext en
contact avec l’env)
2) Crochet
3) Corps basal,
- Tige centrale entourée de 3 ou 4 disques : (disque L :
membrane externe), disque P : peptidoglycane, disque
M/S : membrane plasmique (rotor), disque C :
cytoplasme (stator)
- Protéines Mot (rotation) & Fili (changement de sens de
rotation)

Fonctionnement des flagelles :

Rotation du disque M/S grâce aux prot Mot qui
convertissent l’E électrochimique (gradient de protons) en
E mécanique
⇒ Déclenchement de la rotation du corps basal & ainsi du
flagelle
⇒ Vitesse variable en fonction de la force proton motrice
10 à 50 tours/s (40x sa longueur)

Pourquoi les bact & les archées se déplacent ?

- Pour s’approcher des substances nutritives ou de la lumière
- Pour fuir les prédateurs ou les molécules toxiques (antibiotiques)

Mvmts permis car procaryotes capables de recevoir des stimuli environnementaux

grâce à des récepteurs (chimiorécepteurs) qui une fois activés, transmettent un signal
(= système chimiosenseur) induisant une modif de la rotation du flagelle.

Tactisme = mvmt orienté vers ou dans le sens opposé d’1 stimulus chimique ou
physique. Exemples : le chimiotactisme (éléments chimiques), le phototactisme
(lumière), le magnétotactisme (champs magnétiques).

Chimiotactisme mis en évidence par des expériences

- Chimiotactisme positif (se rapprocher des
substances chimiques)
- Chimiotactisme négatif (s’éloigner des
substances chimiques)

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 Microbiologie

Bact capable de moduler la fréquence de ses changements de directions.

⇒ Quand elle se déplace vers des substances attractives, elle va changer moins vite de
direction (sauf si elle se retrouve à contre sens)

Dans des conditions neutres (abs de

stimuli), la nage se fait par propulsion grâce
à une rotation coordonnée des flagelles en
sens antihoraire (ccw)
⇒ Courses très régulièrement interrompues
par des culbutes (changement du sens de
rotation du flagelle - cw)
⇒ Durant un arrêt, la bact tourne sur elle-
même en culbutant & finit par être
réorientée au hasard
⇒ L’orientation est le résultat de l’alternance
course/culbute

Comment les bact s’orientent dans un espace contenant attractants & répulsifs ?
Conditions non neutres
⇒ Si direction prise après culbute
dirige la cellule vers une orientation
préférentielle (une augmentation du
gradient d’une substance attractive, ou
une diminution d’un répulsif) : la
course reprend
⇒ Si orientation pas bonne : cellule
recommence à culbuter

Chez les organismes modèles Escherichia coli & Bacillus subtilis, chimiotactisme &
rotation des flagelles controlés par une cascade de signalisation impliquant plusieurs
protéines,

1er cas : env en l’abs de moléc attractives (= chimioeffecteur) :

Pas de détection par les chimiorécepteurs membranaires
- Mise en route de la cascade de signalisation
- Auto-phosphorylation de CheA qui
phosphorylation CheY qui une fois
phosphorée est redirigée au moteur
flagellaire pour enclencher le changement
de rotation du flagelle
- Culbute (tumble)

2nd cas : détection de chimioeffecteur

- Interruption de la cascade de signalisation
- La nage continue
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 Microbiologie

2.5. LE CYTOPLASME DES BACT & DES ARCHÉES

Solution aqueuse de sels minéraux

& de moléc organiques, nécessaire à
l’act métabolique, contenus dans la
membrane cytoplasmique.

Pas de compartimentation, tout est

situé au niv du cytoplasme, siège de
nbreux processus vitaux.

Composants majoritaires :
- Eau (70%)
- Macromolécules (prot & acides nucléiques)
- Ribosomes
- Ions minéraux

pH généralement neutre, compris entre 7 & 7,2 (fluctuation de la compo chimique du

cytoplasme selon l’env)

2.6. L’APPAREIL NUCLÉAIRE

⇒ Matériel génétique compacté dans une région irrégulière appelée nucléoïde

- Généralement, chromosome unique circulaire bicaténaire

- Toutes les bact n’ont qu’une copie de leur matériel génétique (haploïdes)
- Compaction de l’ADN dans chromosome bactérien grâce à des toposisomérases
- Chez les archées, compaction peut se faire grâce à des histones

Taille moyenne génome : chez E.coli 4,6 millions de pb (Mpb) & environ 4000 gènes.
Soit environ 1,5 mm pour une bact de 1 à 10 µm.
Génomes bactériens ont des tailles variant de 0,65 à 10 Mpb

Structure gène chez un procaryote :

- Gène monocistronique : gène
qui va être régulé de manière
individuelle

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 Microbiologie

- Gène polycistronique : groupe de

gènes régulés ensembles (opéron)

Plasmides : petits fragments d’ADN généralement circulaire pst dans la cellule

bactérienne & indépendants du génome bactérien (la cellule peut vivre sans ces
plasmides). Caractéristiques :
- Molécule bicaténaire de 1 à 10 kb
- 0 à plusieurs 100ènes de plasmides
par cellule
- Réplication indépendante de celle du genome
bactérien (ori)
- Gènes accessoires : avantage sélectif (exemple :
résistance aux antibiotiques)
Agents majeurs de la dissémination des gènes
(exemple : antibiorésistance)

Cas particulier des Planctomycetes :

Matériel génétique entouré d’une membrane intracytoplasmique
séparant 2 compartiments :
- Pirellulosome (ou riboplasme) : compartiment contenant ADN +
ribosomes
- Paryphoplasme : compartiment sans ribosomes

Certaines espèces ont même une double membrane intracytoplasmique

(exemple : Gemmata obscuriglobus).

2.7. LES RIBOSOMES DES BACT & DES ARCHÉES

- Siège de la synthèse des prot cellulaires
- Particules sphériques (diamètre 15 nm) ribo-nucléo-protéiques
- Plusieurs milliers par cellule

Chez les bact & archées, ribosome 70 S constitué d’une :

- Grande sous unité 50 S (ARNr 5 S environ 130 nt , ARNr 23 S environ 2
000 nt , environ 31 prot)
- Petite sous unité 30 S (ARNr 16 S environ 1 500 nt , environ 21 prot)

S = Sverdberg = coefficient de sédimentation d’une molécule

1 Sverdberg = 10-13 secondes
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 Microbiologie

2.8. LES INCLUSIONS

Inclusions (= granules) observés à l’int des cellules procaryotes
⇒ Stock de carbone & d’E

- Nature variable selon le microorganisme & ses activités

métaboliques
- Entourées ou non d’une membrane lipidique monocouche

Réserves organiques :
- Glycogène & amidon (= polymères de glucose)
- Poly-β-hydroxybutyrate (= composé lipidique)

Réserves minérales :
- Granules de polyphosphate : réserve
de phosphore pour biosynthèse des
phospholipides & acides nucléiques
- Inclusions de soufre élémentaire (S°)
: réserve de soufre réduit par des bact
chimiolitotrophes pour produire de l’E

Chez certaines Cyanobactéries, granules de

cyanophycine : polymères de réserves azotés
constitués d’aspartate & d’arginine (aa)
C = carboxysome
CP = cyanophycine

Spécifiquement chez les bact magnétotactiques (MTB) :

⇒ Magnétosomes : particules de fer sous forme de magnétite,
entourées d’une monocouche lipidique sous forme de chapelet
⇒ Étant donné que toutes les bact magnétotactiques connues
sont soit microaérophiles soit anaérobies, l’hypothèse
largement acceptée concernant la fonction de la magnétotaxie
serait la fuite de ces bactéries des tensions élevées en
oxygène, potentiellement toxiques

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 Microbiologie

2.9. LES STRUCTURE TAXONS SPÉCIFIQUES

• Carboxysome = granules contenant & concentrant l’enzyme RuBisCo qui permet la
fixation du carbone & l’assimilation du CO2 (autotrophie)

• Thylakoïdes isolés à la périphérie de la cellule & non entourés par une enveloppe (pas
de plaste chez les bact)
Ils assurent la phototrophie grâce à la présence de divers pigments :
- La Chl a comme chez l’ensemble des végétaux photosynthétiques
- Des pigments surnuméraires : les phycobiliprotéines

• Vacuoles gazeuses : structures cylindriques creuses remplies de gaz entourées d’une

membrane protéique imperméable à l’eau
⇒ Permettent aux cellules de se déplacer dans la colonne d’eau (lumière, dioxygène)

2.10. LES FORMES DE RÉSISTANCE

• AKINÈTES : cellules dormantes aux parois épaisses,
⇒ Lorsque les conditions sont défavorables, les cyanobactéries peuvent produire des
akinètes constituant des formes de résistance
- Reconnaissable à leur grde taille & à leur contenu
riche en granules de réserves intracytoplasmiques
- Localisation préférentielle au voisinage des
hétérocystes

A : hétérocystes
B : akinètes

• ENDOSPORES : forme dormante de résistance

se formant à l’int de la cellule lorsque les
conditions sont défavorables (sécheresse, T°C,
UV…)
(Lorsqu’elles sont libres dans l’env = spores)
⇒ Contient une copie du génome & quelques
éléments du cytoplasme
⇒ Pas un moyen de multiplication, mais une mise
en sécurité du génome (act métabolique de la spore
nulle ou quasi nulle)

Cellule végétative = cellule métaboliquement active

⇒ Processus de sporulation (production d’endospore) en cas de conditions défavorables
⇒ À la fin de ce processus, spore mature (métaboliquement inactive) libéré
⇒ Processus de germination possible au retour des conditions favorables
Survie possible des milliers d’années

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 Microbiologie

Structure pst chez 3 principaux genres bactériens : Bacillus,

Clostridium, Sporosarcina
Critères de classification selon la morphologie & la taille des
endospores :
- Sporulation terminale (c)
- Sporulation sub-terminale (b)
- Sporulation centrale (a)
Déformation ± imp de la cellule

STRUCTURE DE LA SPORE
- Exosporium qui recouvre une tunique sporale (spore
coat) : enveloppes riches en prot (couches protéiques) =>
protection & resistance
- Cortex : structure proche du peptidoglycane + acide
dipicolinique de calcium => imperméabilité à l’eau,
contenu préservé du milieu l’ext
- Cellule sporale : paroi sporale (core wall) entourant un
protoplasme contenant de l’ADN + quelques ribosomes

SPORULATION

STADE 1 : Formation d’un filament axial d’ADN après duplication

STADE 2 : « Division cellulaire » asymétrique : invagination de la MP entraîne formation
d’1 septum de sporulation situé à proximité d’1 pôle formant une structure appelé
préspore
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 Microbiologie

STADE 3 : Inclusion de la préspore (septum enveloppe la préspore par « ajout d’une

couche supp »)
STADE 4 : Formation du cortex
STADE 5 : Formation de la tunique sporale (complexification de l’endospore)
STADE 6 : Formation de l’exosporium
STADE 7 : Lyse de la cellule avec libération de l’endospore qui devient une spore

GERMINATION
= placée dans des conditions favorables (eau, glucose), la spore redonne naissance à
une cellule végétative
Décomposée en 3 étapes :
- Activation : lorsque les conditions redeviennent favorables, activation de la spore
induite par une lésion des enveloppes sporales par des agents physiques (choc
thermique), chimiques (acides, lysozyme) ou mécaniques
- Initiation : débute en présence de conditions favorables d’hydratation & de
métabolites effecteurs qui pénètrent à travers les enveloppes endommagées. Des
enzymes hydrolytiques dégradent les constituants de la spore : il y a libération du
dipicolinate de calcium. Une fois le cortex détruit, la spore s’imbibe d’eau & gonfle
- Émergence de la nouvelle cellule végétative : grâce à l’altération des enveloppes

CONCLUSION
Structure cellulaire simple en comparaison de celle des organismes eucaryotes mais
aptitudes à exploiter les diverses ressources & à s’adapter aux fluctuations de l’env.
- Éléments constants : MP, cytoplasme, appareil nucléaire, ribosomes, paroi (bact)
- Éléments facultatifs : capsule/slime, endospore, plasmide, vacuole à gaz (bact
aquatiques), inclusions de réserves, pili/fimbriae, flagelles, thylakoïdes/chlorosomes
(bact photosynthétiques)

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 Microbiologie

CHAPITRE 3 : CROISSANCE, NUTRITION &

FACTEURS ENVIRONNEMENTAUX
I - CROISSANCE BACTÉRIENNE
= Augmentation des constituants cellulaires (matériel génétique, membranes,
paroi…) d’une cellule qui se traduit par une augmentation de sa taille qui peut, au
final, se traduire par une augmentation du nbr de cellules

Lors de la division cellulaire, 1 cellule mère se scinde en 2 cellules-filles identiques

(de taille ± égale)
⇒ Reproduction asexuée
⇒ On parle de fission binaire ou de division par scissiparité

Cycle (végétatif) cellulaire

chez E.coli :
Réplisome = ensemble
des prot qui permettent la
duplication du matériel
génétique de la cellule
mère

PHASE DE CROISSANCE (durée variable d’une esp à l’autre ou pour une esp considérée
variable selon les conditions environnementales)
- Cellule mère de longueur L
- Reconnaissance du site d’origine de réplication ori par le réplisome
- Formation de 2 fourches de réplication
- Copie de chaque brin séparément
- On observe une augmentation de la longueur de la cellule : 2L

PHASE DE DIVISION (durée presque fixe d’environ 20 min)

- Cellule mère se scinde en 2 cellules filles de façon symétrique par la formation d’un
septum (paroi transversale) de division
- Attachement des boucles répliquées à 2 pts voisins de la membrane
- Séparation & obtention de 2 cellules filles

Doublement de la pop à chaque cycle cellulaire

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 Microbiologie

Pour étudier la croissance bactérienne, on suit la croissance d’une population

clonale (& non à l’échelle de la bact) & cela s’effectue en étudiant une culture
bactérienne.
Méthodologie :
⇒ Culture des bactéries en milieu non-renouvelé (ou cultures en batch)
⇒ Mesure de l’augmentation de la taille de la pop : biomasse ou nbr de cellules

• MÉTHODES DE MESURE DE LA BIOMASSE BACTÉRIENNE

Mesure de la biomasse (masse des cellules vivantes) : détermination du poids sec,
mesure de l’absorbance (spectrophotomètre)

1) Mesure physique du poids frais, du poids sec ou du volume cellulaire après

centrifugation d’un échantillon de la culture
2) Mesure chimique directe de certains constituants cellulaire, tels que l’azote total, les
prot totales ou l’ADN total
3) Mesure indirecte de l’act métabolique, en appréciant, par exemple la production ou la
consommation d’O2 ou de CO2
4) Mesure de l’absorbance de la culture (densité optique) à l’aide d’un spectrophotomètre

Exemple : Mesure de l’absorbance (ou densité optique)

⇒ L’augmentation de la biomasse (ou de la densité
cellulaire) va entraîner une augmentation de
l’absorbance (qté de lumière absorbée)
⇒ Technique simple, efficace & rapide mais peu sensible
(> 107 bact/µL)
⇒ Inconvénient : pas de distinction entre cellule vivantes
& mortes

Transmittance (en %) = inverse de l’absorbance, quantifie

la qté de lumière qui traverse une solution

• MÉTHODE DE NUMÉRATION
Mesure du nbr de cellules :
numération en gélose, cellules de
comptage

1) Numération totale directe à

l’aide d’hématimètre (lame de
verre spécifique permettant le
comptage cellulaire au microscope)
: dénombrement dans un volume
précis & connu de tts les bact
visibles au microscope x40

⇒ Inconvénient : pas de
distinction entre cellule vivantes &
cellules mortes
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 Microbiologie

2) Numération indirecte des cellules

viables : dilution en série de la culture puis
étalement sur milieu glosé afin de
dénombrer les colonies (en UFC/mL)

⇒ Inconvénient : méthode + longue, +

fastidieuse mais
⇒ Avantage : permet de dénombrer
uniquement les cellules viables & vérifier
que le milieu n’est pas contaminé

• ASPECTS THÉORIQUES DE LA CROISSANCE

En théorie, la cellule peut se multiplier indéfiniment
⇒ Croissance bactérienne se fait selon une progression
géométrique de type croissance exponentielle

n = nbr de génération (ou de division)

nbr de cellules

Mais en réalité ce n’est pas le cas

COURBE DE CROISSANCE
BACTÉRIENNE EN MILIEU NON-
RENOUVELÉ :
⇒ Milieu non-renouvelé = milieu
pour lequel on n’apporte pas de
nouveau substrat en cours de
culture, ainsi la croissance est
limitée & s’arrête par épuisement
des substrats + accumulation des
déchets

1) PHASE DE LATENCE : (pas d’évolution du nbr de cellules ou de la biomasse), phase

d’adaptation des cellules qui sont placées dans un nouveau milieu nutritif
⇒ Parfois, possible de ne pas observer cette phase si on ne change pas de milieu de
culture ou de conditions de culture
⇒ Suivie d’une phase d’accélération (la croissance débute)

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 Microbiologie

2) PHASE EXPONENTIELLE : progression géométrique exponentielle, on observe les

vitesses réactionnelles les + rapides

3) PHASE DE DÉCÉLÉRATION : taux de croissance diminue car plus suffisamment de

ressources nutritives pour soutenir la taille de la pop + accumulation de déchets
métaboliques
⇒ L’env devient moins favorables au dvlpmt des cellules

4) PHASE STATIONNAIRE : on constate un nbr de cellules stable au cours du temps

5) PHASE DE MORTALITÉ : après bcp de temps, plus d’apparition de nouvelles cellules +

mortalité de certaines

MODÉLISATION DE LA CROISSANCE DES BACT DURANT LA PHASE EXP :

Chaque bact se divise à un intervalle de tps cst
⇒ Doublement de la population après cet intervalle de tps = tps de génération G
⇒ G est spécifique à chq esp & est fonction des conditions de croissance

Exemple : 10 cellules à T0 de la phase exponentielle. Si G = 20min, la pop sera composée

de 20 cellules à T20min, 40 cellules à T40min, 80 cellules a T60min …

Puisque la population double à chq tps de génération, durant la phase exponentielle :

Nt = N0.2n
Où, Nt : population
N0 : population au tps 0
n : nbr de génération

Pour déterminer le nbr de générations (n) durant un intervalle de tps de la phase

exponentielle, on prend les logarithmes en base 10 des 2 membres de l’équation :
log(Nt) = log(N0) + n log(2)
n = (log Nt - log N0) / log 2

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