Les mycobactéries

PLAN
Introduction
Mycobactéries responsables de la tuberculose
-Définition
-Historique
-Epidémiologie
-Caractères bactériologiques
-Physiopathologie
-Aspect clinique
-Diagnostic biologique
-Traitement
-prévention

Mycobactéries atypiques
Mycobacterium lepreae
 INTRODUCTION
Myces pour champignon
 Ethymologiquement: mycobacterium
Bakterion: petit bâton
 taxonomie:
Orde/Actinomycétales

Famille/Mycobacteriaceae

Genre/mycobacterium

Groupe tuberculosis Les atypiques

●M.Tuberculosis M. leprae M. Marinum
● M.Africanum M.Gordonae
● M.Bovis M.Xenopi
● BCG M.Avium
M.ulcerans…
 BAAR : bacilles acido-alcoolo-résistants (par la nature de leur
paroi)
 Croissance lente; (20h temps de génération)
 Résistance: - aux antiseptiques hydrosolubles ;
- à la dessiccation et au froid.

 Habitat: M Tuberculosis : Homme, animaux

M léprae : Homme
M atypique : environnement hydro-téllurique

 Pouvoir pathogène
-Chez l’homme: infection spécifique : M tuberculosis,
M leprae, M ulcerans
-Chez l’animal: M bovis, M avium
-M.atypiques (opportunistes) : au cours de
l’immunodepression
 MYCOBACTÉRIES RESPONSABLES DE
LA TUBERCULOSE
 Tuberculose: L’un des plus grands fléaux qui ravagent
l’humanité depuis des millénaires ;

 Actuellement : Recrudescence de la tuberculose (pays

développés) :

 Immunodépression (SIDA) ;

 Résistance aux antibacillaires.

 HISTORIQUE
• Tuberculose existe depuis l’antiquité (120 siècles)

• XIXème siècle: découverte du bacille tuberculeux (1882)

par Robert koch, d’où la dénomination BK (bacille de koch)

• XXème siècle: régression de l’incidence de la maladie avec

le développement de l’hygiène

• 1950: apparition des antibiotiques (streptomycine++).

• 1998: séquençage complète du génome de M.tuberculosis.

 ÉPIDÉMIOLOGIE
En 2015, 10,4 millions de personnes par an contractent la tuberculose (61% en
Asie: Inde, Indonésie, Chine, Pakistan, 26% en Afrique: Nigéria, Afrique de
sud), 1,8 millions en sont mortes et près de 480 000 personnes ont développé
une tuberculose multi-résistante

 La disparité de la situation épidémiologique est majeure entre les pays en

voie de développent et les pays industrialisés.

 Facteurs favorisants:
-Immunodépression (VIH, cancéreux, diabétiques, malades
hématologiques, insuffisants rénaux…) ;
- Personnes âgées ;
- Dénutrition ;
- Personnes vivant en collectivité;
Transmission: par voie aérienne.
Au Maroc en 2016 :
31.452 nouveaux cas
160 ont développé la TB mutirésistante
Incidence : 91 nouveaux cas/100.000 H
63% : âge de 15 à 45 ans
57% : sexe masculin
5% : rechutes
La maladie s’est concentré en milieu urbain ( Grand
Casa, Tanger Tétouan ) et a affecté +
particulièrement les quartiers défavorisés
L’espèce la plus incriminée est M tuberculosis, et plus
rarement M bovis et M africanum
post-vaccinale…) .
 CARACTÈRES
BACTÉRIOLOGIQUES
1- Caractères morphologiques
– Bacille de 2 à 5µm de long et 0,3 µm de large
– Rectiligne ou ± incurvés
– Extrémités arrondies
– Immobile, non sporulé, non capsulé
– Groupement : isolées ou en petits amas
– Colorations spécifiques : Ziehl Neelsen (rose
sur fond bleu) et à l’auramine (vert-jaune)
 Aspect morphologique

Colorisation de Ziehl Neelsen. Les bacilles apparaissent rouges sur

fond bleu de la préparation.

Colorisation à l’auramine : les bacilles apparaissent jaunes fluorescents

sur fond rouge.
2- Constitution chimique
 3- Caractères culturaux
Germes aérobies stricts (micro-aérophiles ; M bovis et
M africanum) ;
Culture lente (2 à 3 semaines)
Aspect des colonies: Colonies R (eugoniques),
/S (dysgoniques);

T° optimale de croissance : 35 à 37°C ;

PH: 6 à 8
Besoins nutritifs :
 Source d’azote : asparagine ou ac. glutamique
 Source de carbone : Glycérol pour
M tuberculosis/pyruvate sodique pour M bovis
 Sels : phosphates, K, Mg, citrate de fer)
 Les milieux de culture
Milieux solides
1-milieux à l’œuf de Löwenstein Jensen et coletsos
-Des extraits d’œufs (vitamines, inhibiteurs des toxiques).
-Amidon et pomme de terre, des sels minéraux.
-Vert de malachite (colorant qui inhibent la croissance des
contaminants.
Löwenstein Jensen: plupart des mycobacteries (notamment BK) y
développent facilement.
Coletsos: contient en plus d’autre substances pour la croissance des
mycobactéries exigeants (M bovis, M africanum)

2-Milieux gélosés 7H (milieux de Middlebrook) :

-milieux transparents: (les colonies examinées à la loupe
binoculaire
-contamination facile.
Milieux liquides
but: pallier la lenteur du développement des
colonies sur milieux solides
* Différentes méthodologies:
- Système Bactec™ 460TB (Becton Dickinson):
basé sur la respirométrie radiométrique,
mesure de CO2 marqué au Carbone libéré par les
Mycobactéries au cours de leur croissance
dans le milieu liquide
- Tube BBL® MGIT™ (Mycobacterial Growth
Indicator Tube - Becton Dickinson).
- Système BactecTM MGIT TM 960 (Becton
Dickinson):
 4-Caractères biochimiques
Principaux tests d’identification:
 Production d’acide nicotinique (Niacine test)
 Réduction des nitrates en nitrites
 Catalase
 uréase

Niacin test.
Tests complémentaires Tube de droite positif.
Coloration jaune.
 Beta-galactonidase
 Arylsulfatase
 L’hydrazide de l’ac. thiophène 2-carboxylique
(TCH) : R/S.
 fermentation sucrée
 Phosphatase acide
 Pyrazinamide:R/S. Réduction du nitrate en
nitrite: l’apparition d’une
coloration rouge de vin.
 PHYSIOPATHOLOGIE
BK
Gouttelettes aériennes Bronches
/alvéoles Primo-inféction

ép
Gr éli ant
Rare

ith gé
an oïd es
10%

ulo es +L
me + )
Ramollification du caséum : les

( c ce
el llu
bacilles disséminent dans l’organisme

lul le
es s
Tuberculose maladie
+ fréquent
90%
T.pulmonaire
Arrêt de la
Sang
multiplication bacillaire/
Ganglions régionaux enkystement et
calcification des lésions
Autres localisations (T. extra-pulmonaire)
 ASPECT CLINIQUE
Primo-infection T.pulmonaire T.extra- T.miliaire
pulmonaire
•Incubation:1à3 Signe respiratoire: =localisation =déssimination
mois •Toux prolongée prédominante à hématogène vers
•Plus svt asymptom partir d’un foyer les organes
•Hémoptysie
initial(bronchique) (poumon,rein,foie,
•Fièvre •Douleur thoracique
méninge..)
•AEG Signe généraux:
•T.ganglionaire
•Érythème •Amaigrissement
noueux,pleurésie.. •T.osseuse •Dyspnée+/-sévère
•Asthénie,
•L’évolution •Pleurésie et •Signe neurologique
•Sueurs nocturne péricardites
favorable ds 90% •Douleurs
des cas en dehors •Méningites thoraciques et
immunodepression Forme la plus •T.rénale,génitale abdominales..
•Complication: productrice de BK
et donc source de
passage à la
transsmission à
Tuberculose-
l’entourage.
maladie
DIAGNOSTIC BIOLOGIQUE DE LA
TUBERCULOSE
Les signes cliniques et radiologique ++

Le diagnostic bactériologique +++

Le sérodiagnostic

L’anatomopathologie
Diagnostic bactériologique
1- Diagnostic direct : consiste à isoler, identifier et
tester la sensibilité aux anti-BK de la souche provenant d’un
malade

1-1 Les prélèvements et leur traitement

Dans la forme pulmonaire :
» Crachats pulmonaires
» Tubage gastrique,
Dans la forme génito-urinaire chez l’homme : urines.
Les autres formes de tuberculose
- Ponction : pleurésie, méningite, arthrite, abcès,
- Biopsies : osseuse, disco-vertébrale, hépatique,
endomètre.
- L’hémoculture
Les prélèvements non contaminés
LCR, liquides d’épanchement, sang, biopsies sont inoculés
directement dans les milieux de culture après une centrifugation
éventuelle.

Les prélèvements contaminés

Présence de Mycobactéries + flore commensale
Fluidifier et décontaminer les prélèvements avant de les
centrifuger
Les substances décontaminant utilisées:
-lauryl sulfates de sodium +++
-N-acétyl-cystéine sodique
-la soude à 4%

.
 1-2 Examen microscopique
.
Une fraction du culot est étalée sur une lame et colorée
 Coloration de Ziehl-Neelsen : à la fuschine phéniquée
en Microscope optique à immersion.
 Coloration à l’auramine : méthode rapide de dépistage
en Microscope à Fluorescence (objectif 40, bâtonnets
jaune-vert fluorescent).
La positivité de l’examen direct est exprimée en nombre
(BAAR)/ champ.
report Après coloration à la Après coloration à
fuscine auramine
absence 0 0
+ 1-9/100 champs 1-9/10 champs
++ 1-9/10champs 1-9/champs
++++ >10/champs >100/champs
 1-3 Culture

L’obtention d’une culture est actuellement le moyen le

plus sûr pour établir le diagnostic bactériologique des
Mycobactéries .

Le milieu de Löwenstein-Jensen, milieu à l’œuf est le

milieu de référence.
 Culture sur milieu solide
• Ensemencement
À l’aide d’une pipette pasteur on ensemence 0.2ml de culot de
centrifugation dans chaque tube. puis on les place dans des portoirs
spéciaux en position inclinée à l’étuve à 37°C

• Observation des cultures:

Les tubes de culture sont gardés au moins 8 semaines à l'étuve avant
de considérer la culture comme négative. La lecture est faite 1 fois par
semaine. on vérifie la positivité par réalisation d’un frottis coloré au
Ziehl

• Rendu des résultats de lecture

le rendu des cultures positives doit faire apparaitre
La date de positivité
Nombre de colonies isolées (suivi l’efficacité)
Nom de l’espèce
 Culture en milieu solide

Mycobactérie non
Mycobacterium tuberculosis.
pigmentée rugueuse
(BCG).

Colonies lisses de M. avium.

 Culture sur milieu liquide
• On ensemence 0.5ml de culot de centrifugation

• Surveillance: Aprés positivité de la culture on vérifie la

présence de BAAR par coloration de Ziehl.

• Le rendu des résultats doit préciser

-la date de positivité (en rapport avec le nombre de BAAR)
-l’espèce : si identification est possible

• Culture sur milieu liquide ne permet ni l’observation ni le

dénombrement des colonies!
C’est pour ça elle est recommandé d’ensemencer en plus; les
milieux solides, car les deux tubes sont complémentaires et la
sensibilité du résultat final est améliorée
 1-4 Caractères d’identification des
bacilles du Complexe tuberculosis
méthode phénotypique
Espèce Aspects pigmentati Delais Niacin TCH Nitrate PZA
colonies on de réductas
test
culture e
Tuberculo rugueux non 10 à R + S
sis
+
20j

Bovis lisse non 30 à S - R

-
60j

Africanum rugueux non 30 à S -/+ S

-
60 j

BCG rugueux non 10 à S - R

-
20j
 1-5- Antibacillogramme

Méthodes utilisées:
-phénotypique :en milieu solide ou liquide
-génotypique
Antituberculeux testés:
- Isoniazide,
- Streptomycine,
- Ethambutol,
- Rifampicine et
- Pyrazinamide.
 1-6 Méthode génotypique
Hybridation moléculaire par utilisation des
sondes moléculaire:

-très sensible et très spécifique

Méthodes d'amplification génique PCR:

– Permettent de déceler en 24h la présence
de Mycobactéries dans le prélèvement,
– Méthode peu sensible mais très spécifique
– Actuellement elle se présente sous forme
de kits
 2- Diagnostic indirect
2-1 Intra-dermo réaction
•Cinq unité de tuberculine sont injectés par voie
intradermique strict sur la face
antérieure de l’avant bras
•La lecture se fait 72h plus tard en mesurant la
moyenne des diamètres d’induration en ml
•IDR est positive si le diamètre est > 10mm
•IDR est négative si le diamètre est < 5mm
2-2 Les tests sérologiques:
sont d'interprétation incertaine : leur emploi
n'est pas recommandé à l'état actuel
 Traitement
Isoniazide + rifampicine +
pyrazinamide + éthambutol/
streptomycine

0 2 mois Isoniazide + rifampicine 6/9 mois

Cette association antibiotique est recommandée

en traitement de première intention.
En cas de résistance primaire ou secondaire; des
antituberculeux de 2eme ligne peuvent être
utilisés: streptomycine,amikacine, ethionamide..
 Prévention
Dépistage radiologique : embauche (médecine du
travail), étudiants, médecins,…
Chimioprophylaxie : INH pour les sujets contact
;
Contrôle de la tuberculose bovine :
pasteurisation du lait ;
Mesures de précaution au laboratoire : hottes à
flux laminaire ; UV ; masque et lunettes de
protection …
Vaccination par le BCG.
 Le BCG
 Préparation : souche de M bovis passage sur
pomme de terre biliée ayant perdu son pouvoir
pathogène pour tous les animaux et l’Homme ;
 Vaccin vivant atténué
 Protège l’enfant à 80 % des formes graves de
la tuberculose.
 Indications : enfants et sujets IDR-
 Contre-indications : ID ; femme enceinte .
LES MYCOBACTÉRIES ATYPIQUES
 Bactéries saprophytes ubiquitaires (sol,
végétaux, animaux, eau…).
 Opportunistes : SIDA (ID).
 Sur le plan bactériologique, les mycobactéries
atypiques se distinguent de M tuberculosis
par :
l’aspect des colonies,
la pigmentation,
la vitesse de croissance et
les propriétés biochimiques.
 Les organes les + fréquemment touchés :
poumon, en + (os, articulations, peau, gg).
 Classification bactériologique de
RUNYON
Basé sur la pigmentation des colonies:
– Photochromogènes: produisent un pigement
après exposition à la lumière, mais qui restent de
couleur beige à l’obscurité (Groupe 1) ex: M
marinum
– Scotochromogènes: colonies pigmentées en
lumière et à l’obscurité (groupe 2). ex: M.gordonae
M gordonae
– Non chromogènes: groupe 3 : M avium
Basé sur vitesse de croissance:
– Mycobactéries à croissance lente: groupes 1, 2, 3
– Mycobactéries à croissance rapide: groupes 4 :
M fortuitum…
M. avium
 Identification des M atypiques
 BAAR
 Vitesse de croissance à diverses
Températures
 Aspect des colonies et pigmentation
 Propriétés biochimiques (Niacin-test ;
hydrolyse du tween ; uréase ; catalase ;
résistance à divers agents …)
 Biologie moléculaire
 Traitement – Prévention

 2 à 4 antibiotiques actifs
 Prolongation 12 mois après la négativation
bactériologique
 Prise quotidienne
 Choix en fonction de la nature de la
mycobactérie identifiée
MYCOBACTERIUM LEPRAE
 La lèpre est une infection chronique due à
Mycobacterium leprae, touchant la peau et les
nerfs périphériques. sa gravité tient à la
possibilité d’atteintes nerveuses responsables
d’invalidités dont les conséquence peuvent être
considérables dans de nombreux pays en
développement

 L’agent responsable de cette infection est un

bacille acido-alcoolo résistant : M leprae (bacille
découvert par Hansen en 1873), qui affecte
particulièrement les nerfs périphériques et la
peau. M leprae n’a jamais pu être cultivé in vitro.
 Epidémiologie:
 M leprae : parasite intra-cellulaire obligatoire strict
de l’Homme
 transmission par des gouttelettes d’origine buccale
ou nasale

 Facteurs favorisants : mauvaises conditions d’hygiène/

malnutrition…

 En 2015, 210 740 nouveaux cas détectés dans le

monde
 La lèpre est toujours endémique dans certaines pays
(Angola, Brésil, Congo, côte d’ivoire, Inde, Indonésie…)
 Clinique
 L’incubation est de plusieurs années

 La lèpre provoque principalement des lésions

cutanées et nerveuses.

 On parle de lèpre paucibacillaire (PB) lorsque

l’atteinte clinique est limitée, (forme
tuberculoïde).

 On parle de lèpre multibacillaire (MB) lorsque

l’atteinte est diffuse (forme lépromateuse)
 Diagnostic-Traitement
 Le diagnostic
 Clinique : forme de la lèpre
 Bactériologie : recherche de bacilles soit sur frottis cutané ou
nasal, soit dans les biopsies cutanées : (Ziehl-Nelsen), PCR
 Immunologique : intra-dermo réaction (IDR) à la lépromine
(test de Mitsuda)

 Le traitement
-dans la forme paucibacillaire : dapsone et rifampicine pendant 6
mois
-dans la forme multibacillaire : association de dapsone,
rifampicine, clofazimine, la durée du traitement est en
principe de 2 ans.

 Pas de vaccin spécifique( BCG pour protection temporaire)

 Contrôle de la maladie repose sur le dépistage et traitement
précoce des patients multibacillaire
 Conclusion
• La mycobactériologie est certainement le chapitre de la
microbiologie qui au cours des vingt dernières années a le
plus bénéficié des apports des méthodes nouvelles. Ce
furent d’abord l’utilisation:
-des cultures en milieu liquide pour raccourcir les
délais de réponse
-des sondes nucléiques pour l’identification rapide
(quelques heures) des 4 espèces les plus fréquents.

• Mais le problème majeur réside dans

-la recrudescence tuberculose dans les pays développés
avec des souches résistantes aux ATB usuels,
-et la place préoccupante de tuberculose dans les maladies
infectieuse (1er cause de mortalité) ds les pays en
développement