Bactéries

pathogènes
inhabituelles
Pr.A.BENSLIMANI
Faculté de Médecine d’Alger
Cours de Résidanat de Microbiologie et de Biologie Clinique
Introduction

◼ Fastidious Agents : mal connus , culture

complexe, mieux connus avec biomol
- Agents d’infections chez
l’Immunodéprimé
- Agents d’Endocardite infectieuse , de
bactériémies , de suppurations chroniques
◼ Bactéries de classification incertaine
(ex.Gardnerella)
HACCEK

H : Haemophilus
A : Actinobacillus
C : Cardiobacterium
C : Capnocytophaga
E : Eikenella
K : Kingella
Actinobacillus sp.
A.Actinomycetemcomitans reclassé
H.actinomycetemcomitans
◼ Habitat: Commensal cavité buccale homme
◼ Morphologie:Cocco-bacille Gram – , immobile, asporulé , acapsulé
◼ Culture : Aéro-anaérobie microaérophile +CO2
incubation longue en hémoculture (grains au fond du
flacon ou adhérents aux parois)
Gélose chocolat délai : 2-3 j colonies adhérentes+++
◼ C.biochimiques : 0X (v) , Cat+ , NR+,
Glu+ , Fruc+ , Mannose+ , Lac- , Sac-, Urée-
◼ P.pathogène : EI à porte d’entrée bucco-dentaire
Abcès cerveau, sinusite , pleurésie , IU
◼ Fréquente résistance à la Peni et Ampi
Haemophilus actinomycetemcomitans
Cardiobacterium sp.
◼ Classification : Branche Gamma des Proteobacteria
Subgroup4: Other Genera

◼ Habitat: Commensal nez , gorge ,arcade dentaire, parfois organes

génitaux

◼ Morphologie:Bacille Gram – (avec renflement distal) , immobile,

asporulé , acapsulé

◼ Culture : Aéro-anaérobie , +CO2 , + humidité

GSF ou Gélose chocolat + Polyvitex délai : 1-2 j (culture
lente en hémoc, dépôt) , colonies lisses

◼ C.biochimiques : 0X+ , Cat- , NR-,

Glu+ , Mann+ , Sac+, indole+

◼ P.pathogène : EI à porte d’entrée pharyngée et dentaire

à évolution subaiguë ou chronique

◼ traitement : Peni ou Peni+Aminoside

 Capnocytophaga sp.
◼ Taxonomie : Phylum des Flavobacteriaceae , ordre des
Cytophagales, genre Capnocytophaga ,
◼ 3 espèces : C.ochracea , C.sputigena, C.gingivalis
◼ Habitat: flore dentaire de l’ homme
◼ Morphologie: Bacille Gram – ,polymorphe , immobile
◼ Culture : Aéro-anaérobie
+++CO2 et humidité, culture meilleure en Anaérobiose
Gélose chocolat + Polyvitex
délai : 24 h à 32°C
colonies pigmentées en jaune, plates , étalées
◼ C.biochimiques : 0X- , Cat - ,
esculine +, Glu+ , , Malt+ , Sac+, Indole-
◼ P.pathogène : infections du péridonte sur terrain ID (granulopénie)
EI à porte d’entrée buccale (lésions)
septicémies , infections respiratoires et osseuses
◼ Sensible aux bêtalactamines, Résistance aux Aminosides et au
Metronidazole, traitement aux BL.
Capnocytophaga spp.
Réduction des Nitrates Hydrolyse Amidon Lactose
C.ochracea _ + +

C.sputigena + - -

C.gingivalis - - -
Capnocytophaga spp.
Eikenella corrodens
◼ Taxonomie actuelle : Neisseriaceae
◼ 12 espèces reconnues
◼ Habitat: flore gingivale+++ mais aussi tractus gastro-intestinal et urinaire

◼ Morphologie:Bacille Gram – fins , très réguliers , parfois allongés

immobile, asporulé , acapsulé

◼ Culture : Aéro-anaérobie +CO2

GSF de mouton (β hémolyse) , Gélose chocolat + Polyvitex
délai : 3-4 j colonies adhérentes+++sèches , creusantes, jaunes ,
odeur colle forte

◼ C.biochimiques : 0X+ , Cat- , NR+, Glu-

◼ P.pathogène : infections de la tête et du cou à point de départ buccal

EI à porte d’entrée bucco-dentaire
EI chez le toxicomane (nettoyage de la peau avec salive)
Abcès cerveau, poumons, foie, os
◼ Résistance Clinda – Aminosides-Erythromycine-Metronidazole

◼ Existe Souches Bêtalactamase + , résistantes à la Péni ou à CMI augmentée

 Kingella sp.
◼ Taxonomie : Famille des Neisseriaceae, 4 espèces : K.kingae, K.oralis,
K.denitrificans , K.potus
◼ K.indologenes rebaptisée Sutonella indologenes et classée dans la
famille des Cardiobacteriaceae

◼ Habitat: Flore buccale , tractus respiratoire supérieur

◼ Morphologie:Cocco-bacille Gram – en diplo et chainettes , immobile,

asporulé
◼ Culture : Aéro-anaérobie
GS: Bêta-hémolyse
2 types de col : rugueuses (corrodant la gélose) et lisses

◼ C.biochimiques : 0X+ , Cat -

Glu+ avec acifification mais gaz -

◼ P.pathogène : Arthrite septique, ostéomyélite (enfants <6 ans)

septicémie , méningite, pneumonie
EI (> 16 ans , avec valvulopathie s/jacente)
Abcès tête , cou , infections oculaires
◼ Sensible à Pénicilline , ampicilline, mais existe rares souches
Rothia dentocariosa
◼ Taxonomie :Famille Micrococcaceae
◼ Habitat: flore bucco-dentaire
◼ Morphologie: Cocco-bacille Gram + , Corynéformes
Filaments ramifiés en gélose , immobiles, asporulés
◼ Culture : Aéro-anaérobie en 24h : colonies non hémolytiques, non
pigmentées

◼ C.biochimiques : Cat+ , NR+,

Malt + , Sac+
◼ P.pathogène : caries dentaires
implication infectieuse en 1975
Suppurations
pneumonie et septicémie chez ID
EI : rarement
 Tableau comparatif des caractères bactériologiques
de HACCEK
H.Actinomycete Cardiobacteri Capnocytophag Eikenella Kingella Rothia
mcomitans um hominis sp. Dentocariosa

coccobacille Bacille Bacille Bacille coccobacille coccobacille

Gram- Gram - Gram - Gram – Gram- Gram+
coryneform
polymorphe Fins , longs chainettes
Microaérophile Aér-anaér Anaér++ Aér-anaér Aér-anaér Aér-anaér
GSC +CO2 G.choc+PVX +++CO2 +CO2 Bêta H
Col Adhérente++
+CO2+hum G.choc+PVX G.choc+PVX
Col creusant
Ox (-) cat+ Ox+ cat- Ox- cat- Ox+ cat- NR+ Ox+ cat- Ox (v)cat+
NR+ NR- Esc+ NR+

Résistance Sensible Résistance Existe Existe

Pen/Amp Pen Aminosides souches BL+ souches BL+
Metronidaz
Bartonella sp.
•Sous groupe alpha2 des Proteobactéria (proche de Brucella sp)

•Le genre Bartonella comprend actuellement 23 espèces validées

•Les bactéries du genre Bartonella sont considérées comme des

micro- organismes intracellulaires facultatifs ( in vivo: B.
bacilliformis et B. quintana dans les érythrocytes de patients
bactériémiques
B.henselae, B. clarridgeiae dans les globules rouges de chats
bactériémiques)

• Tropisme pour les cellules endothéliales –

• Seules bactéries connues pour induire la formation de tumeurs

chez l’homme.
Pouvoir pathogène de Bartonella spp.
Espèces Formes cliniques Terrains de survenue

B.quintana Fièvre des tranchées Guerre, SDF, poux

Angiomatose bacillaire , SIDA , poux
Endocardites à hémoc(-) SDF , poux , alcoolisme
Adénopathie chronique Bactériémie à B.quintana +
granulomateuse chat porteur de puces

B. henselae Maladie des griffes du chat Présence d’un chat

Angiomatose bacillaire , SIDA, présence d’un chat
péliose hépatique SIDA , présence d’un chat
Endocardites à hémoc(-) Valvulopathie préalable ,
présence d’un chat

B. bacilliformis Fièvre de Oraya Séjour au Pérou

(Maladie de CARRION) Verruga peruana Séjour au pérou

B.clarridgeiae Maladie des griffes du chat Chat

B.elizabethae Endocardite à hémoc(-) 1 seul cas rapporté

Bartonella quintana

• Décrite pour la première fois au cours de la première guerre mondiale

comme agent responsable de la fièvre des tranchées parmi les troupes
alliées et allemandes.

• Actuellement, cette bactérie est décrite comme pathogène réémergent

dans la population des sans domicile fixe (SDF) (en Europe et USA)

Elle est responsable de bactériémies chroniques asymptomatiques,

d'endocardites à hémoculture négative, et de l'angiomatose
bacillaire.
Bartonella quintana
◼ France , Canada, Grande Bretagne : Bartonella quintana est
incriminé dans 1 à 3 % des cas d’Endocardite infectieuse et
touche surtout les SDF.

◼ Algérie : Méconnue jusqu’à lors, elle a été incriminée dans 14 cas

d’Endocardite infectieuse d’une série de 110 cas d’Endocardites
enregistrés à Alger entre 2000 et 2003 ( 13 % des cas) .Elle a été
ainsi classée comme 2ème étiologie d’Endocardite infectieuse
dans cette série algérienne ( idem Staphylococcus sp.)
Aucun patient n’était SDF mais les conditions socio-économiques
des patients étaient en majorité médiocres.

◼ Afrique : Rapportée récemment en Tunisie .Aucune étude dans les

autres pays d’Afrique.
 L'infestation par le pou de corps, vecteur de B. quintana, est une condition
permettant la transmission de l'infection. Le froid, la pauvreté, les
mauvaises conditions d'hygiène sont les facteurs favorisant l'infestation par
les poux de corps. L'infection par B. quintana se développe lorsque ces
conditions sont réunies, ce qui est le cas en temps de guerre, dans les
camps de réfugiés, ou dans la population des SDF des grandes villes.
Lésions de
Poux de corps dans des vêtements grattage liés à la
pédiculose

Pou de corps (Pediculus humanus

corporis)
Bartonella quintana

• Petit bacille gram négatif, intracellulaire facultatif, catalase et

oxydase négatif.

• Peut être cultivée en milieu inerte : En primoculture sur gélose au

sang, les premières colonies sont observées typiquement après 12 à
14 jours d'incubation à 37°C. Des incubations beaucoup plus
prolongées (jusqu'à 45 jours) sont cependant parfois nécessaires.

•La culture de B.quintana est plus difficile que celle de B. henselae.

Elle est meilleure sur cellules endothéliales d’Artère pulmonaire de
bœuf ou sur cellules VERO

• La coloration de Gimenez permet de colorer les bacilles .

Colonies de B. quintana
sur gélose au sang
coloration de Gimenez
Bartonella quintana
• Période d'incubation pouvait varier de 6 à 22 jours.

• La fièvre des tranchées, primo-infection: premier contact, fièvre (1 à 3

jours) avec des rechutes (4 à 6 jours,) + céphalées + douleurs dans les
tibias + vertiges.

• puis bactériémie chronique (jusqu'à 78 semaines) germe retrouvé dans

les globules rouges .

• Après , endocardite à B. quintana ( mortalité de plus de 10%).

B. quintana (marqué en vert), retrouvé dans les globules rouges
(microscopie confocale)
Diagnostic Biologique

• Diagnostic délicat car ces bactéries sont difficiles à cultiver.

• Approche diagnostique nécessitant le plus souvent l'utilisation de plusieurs

méthodes complémentaires

• Diagnostic spécifique :

- Diagnostic direct : culture de sang, de biopsies de peau ou de valve;

immunohistochimie sur coupes histologiques par
à l'aide d'un anticorps monoclonal ou sur frottis
sanguins (détection directe dans les GR) ;
Amplification génique par PCR
- Diagnostic indirect (sérologie, western blot et adsorption croisée).
Prélèvements :
- sang sur tube hépariné
- tissus (ganglions lymphatiques, os, foie, peau, moelle osseuse, valve)

Examens Directs :
- frottis de tissu colorés à la coloration argentique de WARTHIN – STARRY
- frottis de sang coloré au Giemsa

Culture :
- en milieu axénique : Gélose au sang frais, en atmosphère humide, en
présence de 5% de CO2 à 37°C (sachet scellé) :incubation 6 semaines.
- en culture cellulaire : utilisent des cellules L929, HeLa, ou des cellules
endothéliales.
Révélation des bactéries par coloration de GIMENEZ ou IFD
IFD à l’anticorps monoclonal anti-Bartonella quintana, sur culture cellulaire
de tissu valvulaire, révélant une culture positive à Bartonella quintana
Sérologie
◼ Technique IFI ou ELISA
◼ Sensibilité Variable selon technique ( valeur prédictive positive 65%)

◼ Seuil de positivité de la sérologie de B. quintana :

- un titre en IgG > 1:100 en IFI est significatif au cours des bactériémies..
- un titre > 1:800 est fortement corrélé à la présence d'une endocardite.

◼ Limites de la Sérologie :
- Taux supérieurs avec les antigènes préparés à partir de bactéries cultivées
sur cellules
- Anticorps spécifiques non détectables chez les immunodéprimés
- réactions croisées espèces de Bartonella, / Chlamydia /Coxiella burnetii.
 Immunofluorescence
indirecte positive
pour B. henselae
chez un patient
atteint de maladie
des griffes
du chat.
Le western blot avec adsorption croisée permet de poser le diagnostic
d'endocardite et d'identifier l'espèce en cause.
Exemple : Endocardite à B. quintana (après absorption avec l'antigène B. quintana,
tous les anticorps ont été enlevés ; photo du milieu)
 Biologie Moléculaire

L'amplification directe par PCR : technique la plus spécifique pour

effectuer le diagnostic d'infection à Bartonella en particulier pour le
diagnostic des endocardites à partir du sang ou de la valve.
techniques invasives, nécessitant la pratique de biopsies tissulaires.
Différents gènes on été utilisés
Quel que soit le gène amplifié, la spécificité des fragments amplifiés doit
être vérifiée, soit par séquençage , soit par hybridation avec une
sonde spécifique.
Migration électrophorétique des produits de PCR 16S RNAr sur échantillons
de tissu valvulaire provenant de patients suspects d’EI
Séquençage du produit de PCR du gène ITS
 l'examen anatomo-pathologique des valves cardiaques
réséquées au cours des endocardites à Bartonella montre des
végétations massives (mise en évidence des bactéries dans ce tissu
valvulaire par imprégnation argentique (coloration de Warthin-Starry) ou
par immunohistochimie.

Endocardite à Bartonella:
Immunohistochimie

Endocardite à Bartonella:
Coloration de Warthin-Starry
Sensibilité aux antibiotiques

Elle a été testée sur 14 souches de Bartonella sp.

◼ Elle retrouve : Sensibilité de toutes les souches
aux :
◼ Bêtalactamines
◼ Aminosides
◼ Macrolides
◼ Tétracyclines
◼ Rifampicine
◼ Par contre , les CMI sont élevées avec les C1G et
la Clindamycine . Elles sont très variables avec les
Fluoroquinolones .A noter que Seuls les
Aminosides sont bactéricides in vitro.
 Recommandations thérapeutiques pour le traitement
des infections à Bartonella quintana (d'après Rolain et
al)
Maladie Adultes Enfants

Fièvre des tranchées et

Doxycycline 200 mg/d pendant 4 semaines et
Bactériémie chronique à B. Inconnu
Gentamicine 3 mg/kg/d pendant 2 semaines
quintana

Erythromycine 2
Angiomatose bacillaire Erythromycine 2 g/j pendant 3 mois
g/j pendant 3 mois

Erythromycine 2
Péliose hépatique Erythromycine 2 g/j pendant 4 mois
g/j pendant 4 mois

Gentamicine 3 mg/kg/j pendant 3 semaines et

Endocardite amoxicilline 12 g/j pendant 6 semaines ou inconnu
doxycycline 200 mg/j pendant 6 semaines
Tropheryma whippelii

Médecine et maladies infectieuses 40(2010):471-382

Tropheryma whipplei :Taxonomie

◼ Microorganisme pathogène de découverte récente

◼ Pathogène émergent intracellulaire , reconnu par les

techniques histologiques, la Microscopie électronique
et les techniques d’amplification génomique .

◼ Phylum des Actinomycetes (bactéries à Gram +) proche

de 2 espèces connues en pathologie humaine :
Actinomyces pyogenes et Rothia dentocariosa .
Tropheryma whipplei: Habitat
◼ Microorganisme de l’environnement . Aucune transmission
interhumaine n’a été prouvée pour ce germe.

◼ Il a été récemment confirmé que cet agent est présent dans

l’environnement et plus particulièrement dans l’eau .

◼ porte d’entrée digestive : Les macrophages de la sous-

muqueuse sont colonisés , le germe survit dans les plasmocytes
à IgA de la muqueuse jéjunale .

◼ La bactérie va se distribuer dans tout le corps : le sang , le LCR

, le vitrée et le liquide pleural ( pathogène invasif , capable de
multiplication intra-cellulaire en dehors du tube digestif).
Maladie de Whipple : Clinique

◼ Le diagnostic de Maladie de Whipple doit être

évoqué dans le diagnostic différentiel de :
◼ Entérites chroniques

◼ Arthrites chroniques

◼ Méningoencéphalites chroniques

◼ Fièvre prolongée avec perte de poids

◼ Uvéite chronique

◼ EI à hémoculture négative sans fièvre

C’est une maladie à plusieurs localisations tissulaires.

Physiopathologie
◼ Une grande partie de la population mondiale est
exposée à T.Whipplei
◼ Seulement certaines personnes développent la maladie
sous l’effet de facteurs immunologiques et génétiques
méconnus
◼ Les macrophages jouent un rôle central dans la
physiopathologie en infiltrant massivement les tissus des
malades, les bactéries pouvant se multiplier dans les
macrophages et dans les monocytes.
◼ L’expression de l’IL-16 et un défaut de production de l’IL-
12 interviendraient respectivement dans l’apoptose et le
dysfonctionnement des macrophages donc
phagocytose inefficace de la bactérie.
Tropheryma whipplei : Culture

◼ Tropheryma whippelii est intra-cellulaire

mais la culture en milieu axénique est
possible .
◼ Culture cellulaire à partir de valves
cardiaques sur des macrophages dont les
fonctions microbicides ont été désactivées
par Dexamethasone + IL4 + IL10
Tropheryma whipplei : Outils de diagnostic
◼ Histologie : coloration à l’acide périodique de Schiff
Macrophages spumeux PAS positif au niveau des
tissus infectés (faux positifs avec Mycobacterium
avium)
◼ Immunohistochimie (2003) : visualisation directe des
bactéries par des anticorps polyclonaux de lapins
spécifiques de la bactérie , appliqués sur des coupes
tissulaires et des liquides de ponction.
◼ Sérologie : par IFI : mauvaise spécificité
◼ Biologie moléculaire :amplification par PCR ciblant
l’Inter région 16S-23S. Actuellement , l’analyse du
génome a permis de déterminer des séquences
répétées à 7 reprises qui ont permis un choix
rationnel des séquences ciblées pour le diagnostic
moléculaire.
 PAS staining.
(A) PAS-positive“T. whippelii”
bacteria in IL-4-deactivated
cultures of human peripheral
blood mononuclear cells.
(Copyright Gabriele Schoedon,
Department of Internal
Medicine, University Hospital
of Zurich.)
B) Macrophages
with PAS-positive inclusions in
cerebrospinal fluid of a patient with
proven neurologic Whipple’s disease.
(Copyright Gabriele Schoedon.)
Les prélèvements utiles au diagnostic
moléculaire sont :
- sang,
- LCR, liquide pleural et liquide
synovial ,
- humeur vitrée de l’oeil
- biopsies tissulaires , digestives
- biopsies-exérèses ganglionnaires et
valvulaires.
Biopsies fraîches congelées à –70°C
Maladie de Whipple : Traitement

◼ études récentes in vitro : Doxycycline,

sulfaméthoxazole , Pénicilline G et A, Rifampicine ,
Aminosides sont efficaces
◼ Résistance au triméthoprime (absence chez
T.whipplei de séquence codant pour la DHFR)
◼ Description de cas de résistance in vivo avec
échappement thérapeutique suite à des
mutations au niveau du gène folP (code pour la
DHPS , cible des sulfamides).
◼ Schémas thérapeutiques (associant Dox ,
Hydroxychloroquine , cotrimoxazole ou
sulfadiazine)
Gardnerella vaginalis
Taxonomie- Habitat

◼ Bactérie classée dans la catégorie

« B. inhabituelles » car dans une position
intermédiaire entre Gram(+) et Gram (-) .
◼ un genre à une seule espèce : G. vaginalis .

◼ Embley et Stackebrandt ont proposé en 1994

de reclasser cette bactérie dans le genre
Bifidobacterium (source : J.Freney Précis de
Bactériologie clinique 2ème Edition))
◼ Habitat : Ce germe peut être retrouvé en
portage dans le milieu vaginal .
 Morphologie -Culture
◼ Coccobacilles à Gram (-) à décoloration difficile :Gram « variable »
◼ immobiles , asporulés
◼ Bactéries aérobie – anaérobies facultatives
◼ Incubation en atmosphère humidifiée et enrichie de CO2 ( jarre à
bougie) . Parfois , l’ anaérobiose totale apparaît nécessaire à la
croissance de certaines souches .
◼ Culture visible au bout de 48 h , sous l’aspect de très fines colonies
sur gélose Columbia ou Mueller-Hinton + 10 % de sang de mouton .
◼ Absence d’ hémolyse sur sang de mouton
◼ Béta-hémolyse sur gélose au sang humain.
C.Biochimiques

◼ Oxydase (-) , catalase (-)

◼ Sensible au SPS , Metronidazole 50 µg ,
◼ Résistante à la colistine 10 µg
◼ Hippurate (+)
◼ Glucose +, Galactose+ , Maltose+ , Amidon+
◼ Bêtagalactosidase (+)
◼ Lipase (+) sur gélose à l’œuf
Clinique :

◼ Écoulement vaginal fétide , grisâtre ,

abondant ( Vaginose bactérienne) :Test à la
Potasse (sniff test) positif
◼ Autres :
- Septicémies puerpérales ,
- Infections néonatales ,
- rares cystites
◼ Chez l’homme : rares urétrites
Étapes diagnostiques: Examens directs

◼ Frottis d’écoulement vaginal coloré au

Gram :
- Rares Polynucléaires
- Rares Lactobacilles
- Très nombreuses cellules épithéliales
dont le cytoplasme est bourré de cocco-
bacilles donnant un aspect caractéristique de
Clue-cells ou cellules cloutées (appelées
aussi cellules indicatrices).
Microscopic exam for clue cells in vaginal fluid from woman with
vaginosis
Étapes diagnostiques : Culture

◼ Columbia (ou MH) + 10% sang humain +

ANC ( Acide nalidixique +colistine)( milieu sélectif )

◼ Columbia (ou MH) + 10 % sang humain

(milieu non sélectif)

◼ Ces milieux sont incubées 48 h sous 5% de

CO2
Étapes diagnostiques : Identification

◼ Présomption de vaginose à G.vaginalis =

pH alcalin + test à la potasse positif + clue-cells
◼ Caractères d’identification : ox- , cat-,
hippurate+, sensible au SPS , sensible au
Metronidazole 50 , résistant à colistine10
Sensibilité aux antibiotiques :

◼ Sensibilité aux Bêtalactamines , Macrolides ,

Cyclines ;
◼ Résistance aux Sulfamides , Colistine , Acide
nalidixique et parfois aux Aminosides .
◼ Le traitement antibiotique comporte habituellement
du Métronidazole , ce qui conforte le fait que
G.vaginalis n’exerce un pouvoir pathogène qu’en
association avec une flore anaérobie stricte , dont
l’éradication est primordiale dans la conduite du
traitement .