LES STAPHYLOCOQUES

INTRODUCTION E. Facteurs de virulences du S. aureus +++

• CGP disposés en amas.
• Germes Saprophytes ou commensales et parfois pathogènes.
• Germe pyogène par excellence, surtout S. aureus.
• S. aureus est la plus importante (infections communautaires,
nosocomiales et résistances.
I. TAXONOMIE ET CLASSIFICATION
Famille : Micrococaccae.
Genre : Staphylococcus, Micrococcus,
- On distingue 50 espèces : 20 isolées chez l’homme.
- Le genre comporte 2 groupes :
• Coagulase (+) : S aureus (la plus pathogène).
• Coagulase (-) : (Staph blanc). Peu ou non pathogènes mais
peuvent parfois causer des infections opportunistes (S.
epidermidis, S. haemolyticus, S. saprophyticus...).
II. CARACTERES BACTERIOLOGIQUES
A. Caractères morphologiques :
• CGP,
• Sphérique (0,5 à 1,5 μm).
• Immobiles.
• Asporulés.
• Parfois encapsulés.
• Regroupement en : - grappe de raisin +++,
- rarement en diplo isolés,
- courtes chaînettes.
B. Caractères culturaux :
• Peu exigeant.
• Incubation: En 24H à 37°C sur milieux usuels en aérobiose
(Aero-Ana Facultatif ≠ Strepto : Ana-Aero Facultatif).
• Colonies :
- Grandes, circulaires, opaques,
- légèrement bombées ou aplaties,
- Eventuellement pigmentées (élaborent un pigment
jaune-orangé, jaune doré ou blanc) et
- bêtahémolyse sur GS.
• Poussent en présence de forte [C] de NaCl (7,5%).
• Pour prélèvement polymicrobiens on a recours aux
milieux sélectifs tels que :
✓ Chapman ++ : Milieu hypersalé (7,5% de NaCl) qui
contient du mannitol comme source de C et le rouge de
phénol comme indicateur coloré (virage du rouge au
jaune).
S.aureus fermente le mannitol (virage au jaune).
✓ Columbia au sang + ANC : (Colistine et Ac Nalidixique)
inhibe les BGN et favorise les Gram + (cocci ou bacilles).
✓ Milieux chromogènes.
C. Caractères biochimiques :
• Catalase + (≠Strepto et Entero).
• Oxydase - (≠Micrococcus).
• Fermentation du glucose et du glycérol.
• A-AnaF : → S. hominis A-strict et
→ S. saccharolyticus Ana-strict.
• Résistance à la bacitracine et au composé O/129.
• Sensibilité (S) à la Nitrofurantoïne.
D. Caractères antigéniques :
• Ac téichoïque : Production d’AC (diag séro).
• Peptidoglycane : Immunogène et mutogène.
1. Adhésines : Processus de COLONISATION et d’inf.
• Prot de liaison au fibrinogène «Clumping Factor» ++ :
Adhésion aux caillots sanguins et aux tissus endommagés.
• Prot de liaison à la fibronectine (FnBP) : (MEC des cellules
épi et endothéliales).
- Adhérence aux biomatériaux ayant un contact prolongé
avec le sang (cathéters).
- Endocardite infectieuse à S aureus.
• Prot de liaison au collagène de type I, II et IV (Cna) :
(cartilage et os) infection ostéoarticulaire.
• Protéine A ++ : Liaison au facteur VW (infection
intravasculaire) et fragment Fc et Fab des Ig. Mee par un test
d’agglutination (SLIDEX).
• Les ac lipotéichoiques : favorisent l’adhésion bacterienne.
2. Facteurs protégeant la bactérie de la phagocytose :
ECHAPPEMENT A LA REPONSE DE L’HOTE :
• Capsule polysaccharidique : Produite par plus de 90 % des
souches de S. aureus.
• Coagulase : Liaison à la prothrombine (→ activation en
staphylothrombine) => fibrinogène en fibrine => formation
de caillot protégeant la B contre la phagocytose.
• Protéine A.
3. Facteurs conduisant à l’extension locale de l’inf :
INVASION TISSULAIRE
a. Les toxines formant les pores (PFT) : Toxines cytolytiques
qui détruisent les ȼ en formant des pores au niveau des mb ȼ :
α-PFT et β-PFT :
→ hémolysine et
→ leucocidines : LPV +++ (la + importante) (L de Panton et
Valentine).
b. Toxines à activité protéolytique et antiprotéolytiques :
(enzy extra-Cellulaires) Lyse du tissu conjonctif : Protéase
(epidermolysine A), Elastase et Hyaluronidase…
4. Facteurs conduisant à la diffusion hématogène :
Thrombophlébites locales causés par :
• La coagulase.
• La staphylokinase (Fibrinolysine) : Activateur du
plasminogène en plasmine => Dégradation du caillot de
fibrine => Formation de microemboles septiques sources de
foyers septiques IIaires. Effet ≠ coagulase.
5. Toxines responsables de syndromes spécifiques :
Agissent à distance du foyer infectieux.
• TSST-1 : Sd de choc toxique staphylococcique et Scarlatine
staphylococcique. NTED et le REDD syndrome.
• Entérotoxines (A à E et G à R) : Intoxications alimentaires.
Les sérotypes A, B, D sont les plus fréquents.
• Exfoliatines A, B et D : Clivage intra-épidermique →
Lésions bulleuses.
 Sd de peau ébouillantee chez l’enfant ou Sd de Ritter chez le N-né.
 Une forme mineure : l’impétigo bulleux localisé.
F. Facteurs de virulence des SCN :
• Capacité de former des Biofilms (Slime) : Matrice extra-ȼ
permettant la multiplication bactérienne (barrière vis-à-vis des
défenses de l’hôte).→ S. epidermidis.
• Capacité d’adhérence aux biomatériaux (KT, prothèse,
Pacemaker). → S. epidermidis.
• Adhérence a l’urothélium : → S. saprophyticus.
III. EPIDEMIOLOGIE : V. DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
A. Réservoir du germe A. Prélèvement :
• Saprophyte ubiquitaire : sol, air, eau, poussière. • GBEA +++
• S. aureus : Fausses nasales, oropharynx, aisselles, • Correctement identifié + renseignements cliniques +++
périnée, mains et tube digestif. • Avant toute antibiothérapie.
• SCN : saprophytes forme une grande partie de la flore • Respecter les conditions d’asepsie.
humaine. • Récipients stériles
B. Transmission : • A T° ambiante, le + Transport rapide (<2h).
• Auto-infestation. •Prélèvements : Hémoc, LCR, Pus, LBA, LP, PDP,
• Direct (Interhumaine/Manuportage) ou Urines, lésions cutanées…
• Indirect (instrument, eau, alimentation). B. Examen macroscopique : Couleur, Aspect, Odeur…
C. Réceptivité : Totale C. Examen microscopique :
D. Facteurs de risque : • Etat frais : GB, GR, cellule épithéliale, Levures …
- Hygiène défectueuse, • Coloration de Gram :
- Facteurs d’adhésion, génétiques ou associés : DID, → Réaction inflammatoire : PNN.
hémodialysé… → CGP (0.5-1.5 µmØ) isolés ou groupés en amas ou en
- ATB préalable, et toxémie staphylococciques, ID. diplocoques ou courtes chainettes.
E. Aspects épidémiologiques : • Coloration au bleu de méthylène ou MGG : Formule
• Sporadique, leucocytaire.
• Epidémies : d’infections nosocomiales ou de TIAC. D. Culture :
IV. CLINIQUE • Produits mono-microbiens : isolement facile en milieu
A. Staphylococcus aureus non sélectifs (Gélose ordinaire, GS, MH, Trypticase-Soja..).
• Atteintes cutanéomuqueuses : impétigo, folliculite, • Produits poly-microbiens : Milieux sélectifs
dermatose bulleuse, abcès, onyxis, périonyxis, panaris, → Chapman (milieu hypersalé NaCl 7.5%).
cellulite… Sd d’exfoliation généralisée. → CNA,
• Septicémie, endocardites, → Baird Parker : colonies noires de S aureus (par
• Pneumonies et infections ORL (sinusite, otite, angine). réduction du tellurite en tellure),
• Infections ostéoarticulaires. → Milieux chromogènes….
• Toxi-infection alimentaire (Enterotoxine) : • Milieux d’enrichissement : CC (BHI).
Gastroentérite (Vomissemnt, Diarrhée, Déshydratation, E. Identification
absence de Fièvre). 1. Aspect des colonies après 24 h d’incubation à 37°C :
• Sd du Choc toxique staphylococcique : Toxine TSST-1 • Rondes, bombées, Ø ≈ 1 mm.
du S.aureus. • Blanchâtre (SCN) ou Pigments dorés (S.aureus
• Autres localisations : vasculaire, cérébrale, infections [production de pigment caroténoïde]) .
uro-génitales .. • Sur Chapman : fermentation du mannitol.
• Enterocolite staphylococcique post-ATB : → Mannitol + : S. aureus et S. saprophyticus (pigment jaune),
exceptionnelle : proliferation de Staph ATBrésistant et → Mannitol - : S. épidermidis.
producteur d’entérotoxine (ces B doient etre echerchés 2. Catalase :
dans les selles).  Ne pas prélever sur GS car les GR possèdent une
activité catalasique (faux +),
B. SCN
 Pas d’anse métallique.
- Surtout opportunistes.
• Staphylocoques (Catalase +).
- Rôle des FF : ID, cathéter veineux, matériaux
• Streptocoques et enterocoques (Catalase -).
prothétiques.
3. Oxydase : - Genre staphylococcus (Oxydase -).
 Infections associées aux soins (S. epidermidis++
- Genre Micrococcus (Oxydase +).
: Le + fréquemment isolée en milieu hospitalier).
4. Coagulase :
• Bactériémies liées ou non à une infection de cathéter,
• 0,5 ml de plasma de lapin
• Endocardites sur matériel (prothèse valvulaire,
reconstitué (à partir d’un lyophilisat) +
pacemaker),
0,5 ml d’une suspension dense du
• Infections postopératoires. germe à étudier.
 Infections communautaires (S. saprophyticus, S. • Incubation à 37°C pendant 24h.
epidermidis) : • S. aureus : Coagulase (+).
• Rares, essentiellement endocardites sur valve native et • Le plus souvent lors des 3 premières heures.
endocardites tardives sur matériel. • Principal test caractérisant S. aureus : identification de
• Infections urinaires surtout chez la jeune femme (S. 99% des souches.
saprophyticus).
5. Recherche de la PROT A et/ou DU CLUMPING
FACTOR :
• Tests rapides d’agglutination des
particules de latex sensibilisées
par des Ac monoclonaux.
• En présence de S. aureus, Agglutination visible à l'œil
nu.
• Prélever les colonies sur GS (pas sur Chapman).
6. Recherche de la nucléase thermostable : DNase
• Ensemencer la gélose DNase par une strie épaisse
puis incubation pendant 24h.
• Inonder la boîte avec de l‘HCl
dilué.
• Les colonies DNase (+) sont
entourées d'une zone
transparente.
En pratique 2 tests pour l’identification de S. aureus =
détection de la COAGULASE + TEST D’AGGLUTINATION.
Toute discordance entre les 2 devra conduire à une
identification biochimique.
7. Résistance à la Novobiocine 5 µg (Inhibe la
réplication de l’ADN) :
• Utilisée pour le SCN (S. saprophy=R, S. epiderm=S).
Idem pour fosfomy.
8. Identification biochimique de l’espèce :
• Galerie API 20 Staph : utilisent des tests d’acidification
ou d’assimilation des sucres et des tests enzymatiques.
• Manuels ou automatisés.
• Essentiellement pour l’identification des SCN après 18
à 24 H d'incubation.
9. Spectrométrie de masse (MALDI-TOF) :
Identification par comparaison du spectre de masse
protéique obtenu à ceux de la base de données.
10. Biologie moléculaire : A partir des prélèvements ou
culture pure (S. aureus : Gène nuc ou femA)
11. Recherche de toxines : Test immunologiques :
-Agglutination latex (TSST1, entérotoxines A, B, C, et D)
-ELISA.
12. Diagnostic sérologique :
• Recherche d’AC (antitoxines, anticapsulaires, anti-Ac
téichoïque, anti-staphylolysine).
• / ELISA, IHA, Electrosynerèse...
Interprétation en fonction : site d’isolement de la bact,
RC et cytologiques et de l’espèce isolée (S aureus : à
exploiter, SCN : l’isolement répété de la même souche
étant un argument en faveur d’une infection).
VI. SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
1. RESISTANCE NATURELLE DU GENRE
STAPHYLOCOCCUS (et tous CGP)
• MEC (Mécillinam) ; AZT (aztréonam) ; CAZ (ceftazidime) ;
NAL (acide nalidixique) ; COL (colistine);
→ R de S. saprophyticus : FUS (acide fusidique) ; FOS
(fosfomycine) ; NOV (novobiocine).
→ S. epidermidis et S. haemolyticus : Fréquemment multiR.
2. ANTIBIOGRAMME (ATB CA-SFM 2021)
• Méthode par diffusion en milieu gélosé sur Mueller-
Hinton, Inoculum : 0,5 McFarland.
• Incubation : atmosphère normale, 35±2ºC, 20±4H.
1. RESISTANCE AUX Β-LACTAMINES :
▪ R A LA PENICILLINE / PRODUCTION DE PENICILLINASES :
• 90% des souches de staph résistent à la Péni G = elles sont
productrices de pénicillinase extracellulaire plasmidique.
• L’expression de cette pénicillinase plasmidique est
inductible par les β-lactamines.
→ Résistance aux Péni G, Péni V, AMX, AMP, TIC. (Les
autres Bêtalactamines sont sensibles).
• Détection de pénicillinase sur MH : en
utilisant un disque de Peni G (6µg) : il
n’est plus utilisé, il doit tjrs être
confirmé par Céfinase.
- Si Ø d’inhibition de la Péni G (1 unité)
<26 mm ou ≥26 mm avec bordure nette → souche R.
- Si Ø ≥26 mm avec bordure floue →
souche S.
• Test au Céfinase® : (test chromogénique)
Colonies autour du disque d’OXA ou de
FOX (céfoxitine) sont déposées sur un
disque de Céfinase® (Biomérieux) imprégné d’un substrat
chromogène (nitrocéfine) préalablement humidifié.
(céphalosporine chromogène).
Si une coloration brune apparait dans un délai de 5 min, une
pénicillinase est présente (manque de sensibilité -CA-SFM
2021).
▪ METICILLINO-R / MODIFICATION DE LA CIBLE :
• S. aureus (SARM) et SCN Méti-R produisant une PLP
additionnelle : la PLP2a (de faible affinité aux β-L).
• Cette protéine est codée par un gène d’expression inductible
mecA.
• doivent être interprétées R à toutes les β-L (sauf céftaroline et
au ceftobiprole, mais leur activité doit être testée séparément).
• Les souches SMR sont :
- R à toutes les B-lactamines.
- Produisent également la Pénicillinase.
- fréquemment R à d’autres ATB : Aminosides, FQ,
macrolides et tétracyclines.
• Détectée par différente méthodes :
- Test à la FOX (30 µg) : → Ø FOX ≥22 mm => Fox S
→ Ø FOX <22 mm => Fox R
→ Sauf S. epidermidis : Ø FOX ≥ 28 mm → Fox S, et si
Ø FOX < 28 mm → Fox R.
- Recherche PLP2a :
-Techniques d'agglutination avec des particules de latex
sensibilisées avec Ac anti-PLP2a.
-Test immuno-chromatographique (sensible et spécifique).
- PCR : recherche du gène mecA.
▪ BORSA : BORDERLINE OXACILLIN-RESISTANT S. AUREUS
• Résistance de bas niveau à l’oxacilline par
hyperproduction constitutive de pénicillinase plasmidique
touchant l’OXA sans production de PLP2a (non due à la
présence de mecA).
▪ MODSA : MODIFIED S. AUREUS
• Modification de PLP autre que la PLPa2 → R de bas niveau à
l’OXA.
• Absence du gène mecA.
2. R AUX GLYCOPEPTIDES :
• Détermination de l’activité in vitro des GP :
 3 catégories :
Glycopeptide Intermediate S. Aureus
GISA
 Sensibilité diminuée, population homogène.
 La majorité de la population est de sensibilité
diminuée.
hGISA
 Sensibilité diminuée, population hétérogène.
 Une fraction de la population exprime la résistance.
Vancomycin Resistant S. Aureus
VRSA: Résistance vraie
Haut niveau de résistance, mécanisme différent.
 Mécanisme de R :
a-GISA (Glycopeptide-intermediate Staphylococcus aureus)
Epaississement de la paroi (Biosynthèse du
Peptidoglycane accrue et Augmentation des couches
polysaccharidiques) → ↘de fixation des glycopeptides
sur leur cible. (Augmentation du nombre de cibles
des Glycopeptides).
Inductible par les glycopeptides.
b-VRSA: Acquisition de l’opéron VanA décrit chez les
entérocoques : haut niveau de résistance.
• La détermination de la sensibilité ne doit pas être
réalisée par diffusion en milieu gélosé : pas de
différenciation entre les souches S et celles de sensibilité
diminuée aux glycopeptides.
• Sur milieu gelosé, GISA si :
- Ø Van ou Teico < 17mm.
- Ø Teico < Van d’au moins 3mm.
- Colonies dans la zone d’inhibition.
- souches catégorisées I ou R par automates.
→ Méthode de référence : Microdilution en milieu
liquide.
- S. aureus :
 R homogène (GISA) : CMI Van et Teico > 2 mg/L.
 R hétérogène (hGISA) : CMI Van et Teico ≤ 2 mg/L
alors que la souche héberge une sous-population R,
capable de croître en présence de Van à des
concentrations > 2 mg/l.
3. RESISTANCE AUX AMINOSIDES
• Staph est naturellement S aux aminosides.
• Résistance acquise surtout due à la
production des enzymes inactivatrices.
• Phénotypes distingués :
 APH (3’) III : Kana : phénotype K
 ANT (4’) (4’’) I : Kana R et Tobra R : phénotype KT
 APH (2’’) AAC (6’) : Kana R, Tobra R et Genta R :
phénotype KTG (Aminosides R sauf streptomycine).
• Kana : Interprétation valable pour l’amikacine.
Genta : Interprétation valable pour la Nétilmicine.
4. R MACROLIDES, LINCOSAMIDES,
STREPTOGRAMINES (MLS) :
• Le groupe MLS comprend : Macrolides,
Lincosamides, Streptogramines.
• Mécanismes de résistance :
Modification de cible : Méthylation de l’ARNr 23S
+++ (ARNméthylase, gène erm) : Phénotype MLSB.
Inactivation enzymatique.
Efflux : codé par un gène plasmidique msrA.
• Le test entre Ery et Linco permet de reconnaitre les
phénotypes :
A souche S
B MLSB (zone forme de D : macrolides C14 ➔ R).
inductible
C MLSB macrolides C14 et C16 ➔ R
constitutive
D R par efflux
5. RESISTANCE AUX QUINOLONES :
• Staph naturellement R à l’ac nalidixique.
• Resistance par modification de la cible (ADN gyrase)
et parfois par d'efflux.
• Résistance aux FQ est croisée entre toutes les FQ (svt
associée à la méticillino-R), à part la moxifloxacine qui
peut rester active.
• Disque de Norfloxacine pour dépistage de R au FQ :
- Si NOR-S ➔ S aux FQs.
- Si NOR-R ➔tester chaque FQ individuellement.
6. RESISTANCE AUX AUTRES ATB :
• Tétracyclines : Mécanisme par Efflux ou modification
du ribosome.
- Si Tetra S → Doxy S, Mino S.
- Si Tetra R → Doxy et Mino peuvent être S → faire CMI.
• Rifampicine : Mutation du gene rpoB responsables
d'une modification de sa cible (ARN-polymerase).
• Acide fusidique : Mutation dans le gène fusA.
VI. TRAITEMENT
• Pénicillines M : TTT de référence des Staph Méti-S.
• Association : Pénicilline M + aminoside ou FQ = infections
graves à Staph Méti-S.
- Staph méti-R : glycopeptides, la rifampicine, l’acide
fusidique sont, par ordre décroissant, les molécules qui restent
le plus souvent actives sur ces souches.
+ SIGNES D’ALERTE ET METHODES DE DETECTION
S.aureus et vancomycine/ teicoplanine : une seule concentration critique (2mg/L)
• SCN : une seule concentration critique différente pour vancomycine (2mg/L) et teicoplanine (4mg/L)
Pour les utilisateurs d’automates, les souches pour lesquelles la CMI de la teicoplanine ET la CMI de la vancomycine
sont ≤1mg/L peuvent être catégorisées sensibles aux glycopeptides.
Il est recommandé de determiner la CMI par microdillution en milieu liquide des souches pour lesquelles la CMI
mesurée par un automate est > 1 mg/L pour la teicoplanine OU pour la vancomycine.
Les souches de S. aureus ayant une CMI vancomycine et/ou teicoplanine > 1 mg/L par microdilution en milieu
liquide peuvent être envoyées à un centre référent pour confirmation du caractère hétéroGISA/GISA (la méthode de
référence permettant de confirmer ce phénotype étant l’analyse de population).