Université de Monastir

Ecole supérieure des sciences et techniques de Santé de Monastir

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
D’UNE INFECTION GENITALE

AHU Hajer RHIM

3ème Année Biologie Médicale
Année Universitaire: 2018/2019
Introduction
Les questions auxquelles nous allons tenter de
répondre sont :

1. Quelle est la flore normale cervico-vaginale ?

2. Dans quelles situations des prélèvements doivent

être réalisés et de quelle façon ?

3. Comment identifier les bactéries en cause pour

pouvoir les traiter ?
Rappel anatomique
Le tractus génital féminin se divise en 2 étages :
 Appareil génital haut ou Etage supérieur :
 Ovaires et trompes de Fallope
bactériologiquement
 Cavité utérine
stérile
 Endocol

 Appareil génital bas ou Etage inférieur :

 Exocol
 Culs de sac colonisée par une
 Cavité vaginale flore microbienne
 Clitoris (Flore vaginale)

 Petites et grandes lèvres

Rappel anatomique (2)

 Le tractus génital masculin est normalement

stérile

 Partie antérieure de l’urètre : flore saprophyte

Flore commensale génitale de la femme

 Composition / Origine :

 Téguments : Bacillus, Staphylococcus,

Micrococcus, Corynébactéries, Aérobies…

 Flore intestinale : Entérobactéries,

Entérocoques, Anaérobies, Levures…

 Flore vaginale : abondante, complexe, variée

Flore commensale génitale de la femme (2)
 Flore vaginale :
 Bactéries saprophytes sans potentiel pathogène +
bactéries pathogènes opportunistes

 Quantité de bactéries : 108 à 109 germes/mL dont 107

Lactobacillus acidophilus ou bacille de Döderlein /
germes Anaérobies +++ / germes Aérobies

 Les lactobacilles :
o un biofilm
o protection contre les infections
Composition de la flore vaginale
Flore commensale génitale de la femme (3)

 Facteurs de variation :
 Age (imprégnation oestrogénique)
 Etat immunitaire
 Période du cycle ovarien
 Prise d’anti-infectieux…

 Forte activité hormonale : bacille de Döderlein

 faible activité hormonale : flore variée équilibrée
Flore commensale génitale de la femme (4)

 Evolution dans le temps :

 A la naissance : bacille de Döderlein
 Naissance → puberté : flore variée, équilibrée,
peu abondante
 Puberté → ménopause : bacille de Döderlein
++, parfois après les règles : polymorphisme
 Après la ménopause : pH ↗ : flore variée et
équilibrée
Infections génitales

 Infections génitales basses

 Infections génitales hautes

 Extension spontanée d’une infection basse

 Suite à une manœuvre chirurgicale

 Lors de l’accouchement
Infections génitales (2)

 2 types d’infections génitales

 Infections Sexuellement Transmissibles (IST) :
Pathogènes spécifiques

 Infections endogènes dues à la prolifération des

bactéries de la flore vaginale
Infection Sexuellement Transmissible (IST)
 Ulcérations :
 Syphilis Iaire : Treponema pallidum pallidum
 Chancre mou : Haemophilus ducreyi
 Lymphogranulomatose vénérienne : Chlamydia
trachomatis L1, L2 et L3
 Herpes génital : HSV 1, 2
 Condylomes : Papillomavirus
 Infections non ulcératives :
 Urétrite, Cervicite, Endométrite, Salpingite…
 Gonocoque, C. trachomatis D-K, Mycoplasmes
Infections génitales endogènes (dues aux
bactéries de la flore vaginale)
 Vulvo-vaginite à Trichomonas vaginalis
 Vulvo-vaginite candidosique:
 pH < 4,5 / absence d’odeur d’amine après ajout de
potasse à 10 % aux sécrétions
 Etat frais : levures, filaments pseudo-mycéliens
 Facteurs favorisants : ↘ pH du vagin, grossesse, TTT
antibiotique prolongé…
 Vaginite bactérienne (germes banals):
 Rare en période d’activité génitale
 Sur vagin atrophique: entérobactéries (E. coli,
Proteus…), S. aureus…
Infections génitales endogènes (dues aux
bactéries de la flore vaginale) (2)

 Vaginose bactérienne:

 Profonde modification de la flore commensale

du vagin:

o Quasi disparition des Lactobacillus sp

o Développement anormal de micro-organismes:

Gardnerella vaginalis, Mobiluncus, Bacteroïdes,
Mycoplasmes et autres anaérobies
 Diagnostic biologique
d’une infection génitale
Quand faire les prélèvements génitaux ?

 Femme :
 Mycose vaginale
 Vaginose / Vaginite bactérienne
 Endo-cervicite à N. gonorrheae ou à C. trachomatis
 Infections utéro-annexielles : Endométrite, Salpingite…
 Portage vaginal bactérien → risque pour le nouveau né
 Homme : Urétrite, Prostatite, Epididymite…
 Femme et Homme : Ulcérations génitales
 Prélèvements
cervico-vaginaux
Objectifs bactériologiques d’un prélèvement
cervico-vaginal
 Identifier, au sein de la flore présente :
 Les germes responsables d’IST
 Les germes responsables de Vaginites
 Les germes normalement présents mais dont la
quantité relative est anormale → Dysmicrobisme
(Vaginoses à germes commensaux)
 Déterminer si besoin , la sensibilité aux
antibiotiques de la bactérie isolée
Quand réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ?
 En présence de signes cliniques d’infection:
 Signes de vulvo-vaginite
 Suspicion d’infection génitale haute
 En cas d’infection materno-fœtale:
 Dépistage en fin de grossesse de streptocoque B
 Recherche d’un agent infectieux (RPM, infection
néonatale..)
 Lors d’un dépistage systématique:
 Dans le contexte d’un partenaire sexuel porteur d’une
IST
Comment réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ?

 La fiabilité d’un résultat de prélèvement

cervico-vaginal dépend :

 Respect des modalités de prélèvement

 Conditions d’acheminement au laboratoire

 Informations fournies par le prescripteur

Comment réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ? (2)

 À effectuer autant que possible au laboratoire car

les germes recherchés sont fragiles

 Prélever à la phase aiguë de la maladie

 En dehors de tout traitement antibiotique

 Ni toilette, ni rapport sexuel dans les 24 heures

qui précèdent
Comment réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ? (3)
 Position gynécologique

 Spéculum non lubrifié

 Aspect du col (Cervicite purulente, lésions érosives

ou prolifératives)

 Présence de lésions de la muqueuse vaginale

 Aspect des leucorrhées

Quels sont les sites de prélèvements ?

 Les sites de prélèvements sont dictés par les

signes cliniques

 Doivent comprendre au minimum le vagin et

l’endocol

 Selon le contexte : la vulve, les glandes de Skene

et de Bartholin…
 Comment réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ? (4)
Au niveau vaginal (CDS postérieur)
Après
nettoyage de
l’exocol

Au niveau de
Sécrétions ou l’endocol
écouvillonnage de la
muqueuse
Cellules endocervicales après
Sécrétions élimination des sécrétions et
endocervicales grattage de la muqueuse par
cytobrosse

Bactéries commensales
Levures Gonocoque
T. vaginalis Strepto Β d’origine C. trachomatis
vaginale Mycoplasmes
 Comment réaliser un prélèvement
cervico-vaginal ? (5)

 Si prélèvements réalisés hors laboratoire, milieux

de transport adéquats:
 Milieu de type Stuart pour gonocoque
 Milieu A3 pour Mycoplasmes
 Milieu 2SP pour Chlamydia
 Transport rapide
Conduite à tenir devant un prélèvement
cervico-vaginal
Jour 0:
 Examen direct:
 Etat frais (Trichomonas vaginalis, leucocytes,
levures, cellules épithéliales)
 Coloration de Gram (Flore bactérienne)
 Bleu de méthylène (PNN)
 Culture:
 Ensemencement de milieux de culture sélectifs et
non sélectifs en aérobiose et en anaérobiose
 Incubation à 37°C pendant 24 à 48 h
 Importance des informations cliniques
Conduite à tenir devant un prélèvement
cervico-vaginal (2)

J1-J2:
 Lecture et interprétation des différents milieux
de culture et des examens directs: caractère
monomorphe ou polymorphe des cultures

 Identification et antibiogramme
Diagnostic d’une Urétrite
Diagnostic d’une urétrite : direct ++
 Prélèvements:
 Recherche de Gonocoque:
o Goutte de pus urétral (goutte matinale) ++
o Prélèvement urétral (PU) (avant 1ère miction)
o Prélèvement du 1er jet d’urine
o Sécrétions urétro-prostatiques (massage prostatique)

 Recherche de Chlamydia et Mycoplasme:

o Prélèvement urétral ++
o Prélèvement du 1er jet d’urine
Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (2)

 Prélèvements (2):

 Avant antibiothérapie
 Au laboratoire +++
 Ou acheminés dans des milieux de transport

=> Acheminement rapide au labo (germes fragiles)

Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (3)
 Examen microscopique:
 Etat frais:
o Trichomonas vaginalis
o Candida albicans

 Coloration de Gram:
o Gonocoque : diplocoques à Gram – en grains
de café intra et extracellulaires
Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (4)
 Examen microscopique (2):
 Immunofluorescence directe (IFD):
o Chlamydia : frottis fixé à l’acétone à -20°C + sérum
anti chlamydia marqué à la fluorescéine
o Inclusions juxta nucléaires fluorescents

 Immunochromatographie (IC):
o Chlamydia
Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (5)
 Culture:
 Gélose chocolat isovitalex®
 Gélose VCN
 Incubées sous 10% de CO2
Neisseria gonorrheae (Gono)

 Milieu Sabouraud Chloramphénicol Actidione

Levures
Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (6)

 Culture de Chlamydia trachomatis:

 Cellules Mac Coy
 Incubation pendant 72 h
 Culture examinée en IFD
 Inclusions juxta-nucléaires fluorescentes
 Méthode de référence
Diagnostic d’une urétrite : direct ++ (7)

 Culture de Mycoplasme (non colorables par le

GRAM):
 Écouvillon urétral ou 1er jet d’urine
 Milieu acellulaire
 Exigeants en stérols
 Urée et arginine : sources d’énergie
 Déterminer le nombre d’UCC/mL
 Taux ≥ 103 - 104 UCC/mL
 Culture des mycoplasmes
U. urealyticum M. hominis
Milieux de culture Milieu Shepard pH=6 Milieu Hay Flick pH=7,2
liquide (indicateur (urée) ou SP-4 (arginine)
coloré) Alcalinisation en 18-24h Alcalinisation en 48h
I° à 37°C sous 5% CO2 I° à 37°C sous 5% CO2
Milieux de culture solide Petites tailles Petites tailles
(détection des colonies à Irrégulières (Œuf sur plat)
la loupe binoculaire) En oursin (48h) (2-4j)

Seuil de pathogénicité Pvt urétral: 104 UCC/mL Pvt cervico-vaginal: 104

1er jet d’urine: 103 UCC/mL UCC/mL
PCR Bonne sensibilité et Bonne sensibilité et
spécificité spécificité
érythromycine Sensible Résistant
lincomycine résistant sensible
Kit de détection des Mycoplasmes
urogénitaux

Plusieurs trousses
commercialisées permettent
la détection, identification
et quantification des
Mycoplasmes dans les
prélèvements urogénitaux.
Diagnostic d’une Ulcération
génitale
 Diagnostic d’une ulcération génitale
 Prélèvements:
Variables selon le type de la lésion
Prélèvement du pus et des éléments cellulaires
 Chancre syphilitique:
o Laver à l’eau physiologique stérile
o Gratter avec un vaccinostyle ou écouvillon
o Recueillir l’exsudat profond
o Examen dans les 20mn au microscope
Diagnostic d’une ulcération génitale (2)
 Examen microscopique:
 Mise en évidence de T. pallidum pallidum :
o Etat frais : microscope à fond noir
o Coloration de Fontana Tribondeau
o IFD
 Mise en évidence de C. trachomatis :
o IFD
o Coloration de MGG
 Mise en évidence d’H. ducreyi : MGG
 Mise en évidence d’Herpes virus : IFD
Diagnostic d’une ulcération génitale (3)

 Culture:
 T. pallidum pallidum :
o Non cultivable sur milieu de culture
o Inoculation à l’animal : testicule de lapin
 C. trachomatis :
o Cellule Mac Coy ou cellule Hela
o Révélation par IFD
 Herpes virus : culture cellulaire / ECP ou IFD
Diagnostic d’une ulcération génitale (4)
 Sérologie:
 Syphilis:
o Réaction à Ag tréponémique : TPHA
o Réaction à Ag non tréponémique : VDRL

 Faire le diagnostic
 Déterminer le stade évolutif
 Suivre le traitement
Diagnostic d’une Vaginose / Vaginite
 Diagnostic d’une vaginose / vaginite

 Prélèvement vaginal (PV):

 Pose d’un spéculum

 Prélèvement des sécrétions vaginales au niveau du

cul-de-sac (CDS) : écouvillon / pipette ( leucorrhée)

 But : Etude de la flore vaginale (dépister un

déséquilibre de la flore / dépister une infection)
Diagnostic d’une vaginose / vaginite (2)

 Prélèvement vaginal (PV):

Plusieurs écouvillons :
 1 écouvillon : mesure du pH vaginal
 1 écouvillon : frottis coloré au Gram
 2 écouvillons : dans des milieux de transport
(recherche de Chlamydia, culture)
Diagnostic d’une vaginose / vaginite (3)
 Examen microscopique:
 Etat frais :
o Cytologie:
noter une réaction inflammatoire,
desquamation cellules épithéliales
o Présence de T. vaginalis
o Levures, pseudofilaments mycéliens

 Frottis coloré au Gram :

o Evaluation de la flore vaginale
o Etablir
le Score de Nugent-Krohn-Hillier
(Vaginose)
 Score de Nugent

 Le score de Nugent est la somme des scores des

trois morphotypes (L+G+M):
 Score du morphotype Lactobacillus (0 à 4)
 Score du morphotype Gardnerella et Bacteroïdes
(0 à 4)
 Score du morphotype Mobiluncus (0 à 2)

 Permet d’évaluer la flore bactérienne vaginale

Morphotype Lactobacillus Morphotype Gardnerella

Morphotype Bacteroïdes Morphotype Mobiluncus

Examen microscopique
Comment interpréter le score de Nugent ?
Diagnostic d’une vaginose / vaginite (4)

 Culture:
 Recherche de N. gonorrheae
 Recherche de C. trachomatis
 Recherche des Mycoplasmes
 Recherche des streptocoques
 Recherche de Listeria
 Recherche de Candida albicans
Mise en culture: Milieux ensemencés
Comment interpréter les résultats du
prélèvement cervico-vaginal ?
 La lecture des boites doit se faire en tenant
compte:
 Des données cliniques

 Des données des examens microscopiques

 De la nature des pathogènes isolés (strict ou

opportuniste)
Microorganismes des voies génitales
féminines
 Cervico-vaginite: 1ère situation

 L’agent isolé est un Pathogène strict

 N. gonorrhoeae
 Trichomonas vaginalis
 Chlamydia trachomatis (PCR)

 Il s’agit d’une infection (quel que soit le nombre de colonies)

 Cervico-vaginite: 2ème situation

 L’agent isolé est un pathogène opportuniste. Il

peut exister en portage dans la flore génitale

 Les Mycoplasmes :
o M. hominis
o Ureaplasma spp.

 Ils sont incriminés à partir du seuil de 103 UCC/ml

de sécrétion
 Cervico-vaginite: 3ème situation
 Culture pure de pathogène opportuniste
 Identification si:
 Entérobactéries (+ATB)
 S. aureus (+ ATB)
 Streptocoques ß hémolytiques (+ATB)
 Haemophilus (+ ATB)
 Levures
 Gardnerella vaginalis
Merci pour votre
attention