STREPTOCOQUES

ENTEROCOQUES
Pr H. ZIANE

Laboratoire Central de Biologie Médicale

EHS EL Hadi Flici (ex. el KETTAR)

Résidents 1ère année microbiologie

Année universitaire 2022 – 2023

 Introduction
 Bactéries commensales de l’homme et des animaux:
muqueuses, (peau)
- Muqueuses oropharyngées: Streptocoques, pneumocoques +++,
Entérocoques

- Muqueuses digestives: Streptocoques +, Entérocoques +++

 Plusieurs genres, espèces

 Pathogènes opportunistes
 Certaines : pathologies humaines
 Infections graves**

 Evolution de la résistance: PSDP, VRE, MDR

 Famille Streptococcaceae
Propriétés communes
Morphologie
Cocci à Gram + (<2 µm) , immobiles, groupés en chaînettes ou paires
exceptions : Aerococcus et Pediococcus = tétrades

Culture : exigeants
- milieux enrichis avec 5% de sang (sauf Enterococcus)
petites colonies : Hémolyse ß, ά ou absente
- anaérobies préférentiels , aérotolérants (24h, 37°C)

Caractères biochimiques
Absence de catalase et cytochrome oxydase
 Streptocoques

coques Gram + en chainettes (x 100)

hémolyse  hémolyse 
 Sensibilité aux antibiotiques

- Sensibilité aux ß-lactamines des SBH

- Sensibilité aux glycopeptides
(sauf Pediococcus, Leuconostoc et certaines espèces Entérocoques)

- Résistance aux C3G des Entérocoques.

- Résistance naturelle aux aminosides (bas niveau).
- Résistance naturelle aux quinolones classiques.
 Streptococcus et Enterococcus:
Structure de la paroi
 Couche Peptidoglycan épaisse

 Substance C (absente chez

non groupables/ viridans).

- Nature polysaccharides pour les

groupes A, B, C, E, F, G;
- Et acides lipoteïchoïques pour les
groupes D et N .

 Capsule chez S. pneumoniae et les

cultures jeunes de nombreuses
espèces.
 Classification des streptocoques
Rosenbach: 1884
 Règne : Bacteria
 Division: Firmicutes
 Classe: Bacilli
 Ordre: Lactobacillales
 Famille: Streptococcaceae
 Genre: Streptococcus
 Classification des streptocoques
1. Pouvoir hémolytique
 Bêta complète
 Alpha incomplète (dite verdissante)
 Non hémolytique

2. Espèces: caractères biochimiques

production d'enzymes et hydrolyse de substrats (protéines, polyosides…)

 Classification de Lancefield

. Classification immunologique : groupe de Lancefield:

Structure antigénique de la paroi (A, B, C, D, G…...)

Antisérum
A
Colonie
B +
C
…

La présence, dans la paroi, d'un polyoside C spécifique a permis la

classification en groupes antigéniques:
− Agents groupables (20 nommés de A à H et K à V)
− Agents non groupables.
 Classification de Lancefield

 Les streptocoques bêta hémolytiques ou pyogènes:

− Streptocoques du groupe A (SGA) (S. pyogenes)
− Streptocoques des groupes B, C, G, F.

 Les streptocoques α et non hémolytiques

− Streptocoques et entérocoques du groupe D (S. bovis, E. faecalis, E.
faecium, E. durans)
− Groupes E, H et les non groupables.

 Les streptocoques α ou bêta hémolytiques

− Streptocoques du groupe F
− Groupe non désigné (S. pneumoniae).
 Les streptocoques non groupables

 Ce classement comprend principalement :

- Les streptocoques commensaux de la flore oropharyngée,
- Les streptocoques oraux (ou viridans), streptocoque alpha hémolytique.
 Ils sont répartis en 6 sous-ensembles :
1. Groupe mitis (ou Or1) : Streptococcus mitis, Streptococcus gordoni, Streptococcus
oralis, Streptococcus parasanguis, Streptococcus sanguis, ainsi que Streptococcus
australis, Streptococcus crisatus, Streptococcus infantis, Streptococcus
oligofermentans, Streptococcus peroris et Streptococcus sinensis.
2. Les streptocoques déficients, groupe adjacens, defectivus (Or2) : S.
adjacens et S. defectivus, Abiotrophia adiacens et A. defectiva, Granulicatella
adiacens
3. Les pneumocoques, groupe pneumoniae (Or3) : Streptococcus pneumoniae.
4. Groupe milleri (Or4) : Streptococcus milleri, Streptococcus
anginosus, Streptococcus constellatus et Streptococcus intermedius.
5. Les streptocoques mutants, groupe mutans (Or5).
3. Goupe salivarius (Or6) : Streptococcus salivarius, Streptococcus
vestibularis et Streptococcus thermophilus.
 4. Streptocoques d’intérêt médical
- Autrefois 3 genres : streptocoques, enterocoques, lactocoques .

- Taxonomie moléculaire: 160 espèces et germes apparentés (20 genres)

Streptococcus (44 espèces)

Enterococcus (18 )
Abiotrophia (3)
Aerococcus (2)
Alloiococcus (1) Intérêt Médical
Gemella (4)
Leuconostoc (1)
Lactococcus (7)
Pediococcus (5), etc
 Hémolyse Ag Lancefield Escpèce Clinique
-pharyngite, otite
sinusite
A S. pyogenes -scarlatine
-érysipèle
-fièvre puerpérale
-RAA - GNA
-sepsis du nouveau-né
B S. agalactiae -méningite du
Béta-hémolytiques nouveau-né
(=hémolyse totale) -sepsis chez l'adulte
-flore oropharyngée
C-G -rarement sepsis
-infections
respiratoires mineures
-endocardite
F S. milleri (act. S. intermedius*) -abcès (cerveau,
poumons, foie)
-sepsis intraabdominal
-cellulite
Entérocoques -infections urinaires,
-S. faecalis abdominales, cutanées
Non-hémolytique D -S. faecium -endocardite
Non-entérocoques -endocardite (cas du
-S. bovis tube digestif dans 30%
de cas)
S. viridans -endocardite lente
S. mitis -flore buccale
Alpha-hémolytique Non-groupables S. salivarius
(hémolyse incomplète) S. mutans -Caries/plaques
dentaires
 Streptococcus et Enterococcus
Habitat et Infections

Habitat
 Commensaux
 Homme, animaux.
 Voies respiratoires
 Tractus gastro-intestinal.
 Tractus uro-genital.
 Environnement.

Infections: Nature et gravité dependent

des espèces et des groupes antigéniques
 I. STREPTOCOQUES
BETA HEMOLYTIQUES

Les Streptocoques pyogènes

- Espèces les plus pathogènes

- Hémolyse ß fréquente et Ag de Lancefield

 1 ) Streptococcus pyogenes = SBH « A »

Pouvoir pathogène

- Bactérie strictement humaine

- Portage nez / gorge fréquent (10-40 %)
- Transmission inter-humaine (salive, lésions infectées
- Infections + fréquentes chez enfant 5-10 ans

Structure antigénique : - polyoside C (groupe A de Lancefield)

- protéine M de paroi (> 60 sérotypes)
inhibe la phagocytose
confère une immunité protectrice
 I ) Streptococcus pyogenes

 Production de nombreuses toxines protéiques dont :

- la streptolysine O : immunogénique (ASLO)

- la streptolysine S : responsable de l'hémolyse ß
- la streptodornase B (désoxyribonucléase) : immunogénique

- les streptokinases : dégradent le caillot de fibrine

immunogéniques (ASK)

- la hyaluronidase : dépolymérise l'acide hyaluronique

immunogéniques (ASH)
- Toxines superantigéniques
Toxines érythrogènes (érythème de la scarlatine, antiphagocytaire)
Toxines SSA (Streptococcal superantigen) choc toxique
 Les infections dues à S. pyogenes

• Angine bactérienne**,
• Otites (enfants), sinusites, adeno-phlegmons
• Agent de la scarlatine (toxine érythrogène)
incubation courte, angine, fièvre, érythème diffus, desquamation
• Infections cutanées
Impétigo : pyodermite superficielle crouteuse, suintante, contagion ++
Erysipèle : dermo-épidermite rouge et douloureuse, fièvre, frissons
Cellulite nécrosante : infection sous-cutanée extensive gravissime
“Flesh-Eating Bacteria” évolution très rapide

• Systémiques: Choc toxique streptococcique (origine cutanée +++)

Scarlatine (toxi-infection, origine pharyngée)

• Autres : Surinfections de plaies, Abcès, panaris

Les infections dues à S. pyogenes
 Les complications post-streptococciques

- Manifestations inflammatoires provoquées par une réponse immune délétère :

(auto AC, activation du complément, dépôt de complexes immuns).

 2 à 3 semaines après infection cutanée ou angine

1 - Le Rhumatisme Articulaire Aigu :

polyarthrite aiguë des grosses articulations
atteinte cardiaque (myocarde, péricarde et valves)
survient dans les semaines suivant l'infection (angine)
2 - Atteinte neurologique (chorée aiguë de Sydenham)
3- La Glomérulonéphrite Aiguë :
- atteinte rénale pouvant évoluer vers insuffisance rénale

4 - L'érythème noueux
- apparition de nodules sous-cutanés douloureux, violacés
 Diagnostic

 Prélèvements
 gorge, aspiration de pus, ponctions de liquides , hémocultures,…

 Examens bactériologiques
 Examen direct (cocci Gram + chaînettes)
 Colonies bêta hémolytiques, groupage, tests biochimiques
 Test de détection directe de S. pyogenes (frottis pharyngé)

 Sérologie
 ASLO: 8 à 10 jours après, infection pharyngée
 Antistreptodornases: 3 semaines après, origine pharyngée ou
cutanée
 S. pyogenes : Traitement
 Pénicillines (toujours sensibles),
 Macrolides (parfois résistants)
 2) Streptococcus agalactiae
 Streptocoque bêta hémolytique groupe B
 Il existe des souches non hémolytiques

 Colonise le tube digestif

 Présence dans le tractus urogénital
 Portage vaginal chez femme enceinte (30 %)
 Présence pharyngée et cutanée moins fréquente
 Infections dues à S. agalactiae
 Infection materno-fœtale in utero
 Dés les premiers jours de la naissance
 septicémie, méningite, pneumonie
 Mortalité 15-50%

 Infection du NNé lors de l’accouchement

 1 semaine à 3 mois après la naissance
 Surtout méningite
 Mortalité 2 – 10% , séquelles+++

 Autres infections (enfant ou adulte)

 Infections urinaires
 Fasciites, méningites ou pneumonies (personne âgée ou
immunodéprimée).

 Prélèvements
Liquide gastrique, placenta, LCR (Ag), hémocultures….
 3) Autres Streptocoques bêta hémolytiques

 S. dyslagactiae
 Groupe en C ou G
 Infections pharyngées ou cutanées
 GNA possible

 S. anginosus (ancien S. milleri)

 Complexe: S. anginosus, S. intermedius, S. constellatus
 Groupes F, C, G ou non groupables
 Suppurations profondes (digestives, hépatiques, cérébrales, pleuresies).

 Espèces animales pouvant contaminer l’homme:

 S. porcinus: peut grouper en B, inf. materno-fœtale
 S. canis: groupe G, infections cutanées, septicémies
II. Streptocoques alpha ou non hémolytique

 Streptocoques oraux
 Cavité buccale, adhérence aux muqueuses
 Endocardites +++, abcès cérébraux
 Groupe mitis/oralis/gordonii et groupe mutans/sobrinus

 Complexe Streptococcus bovis (entériques)

 Groupe souvent en D
 Plusieurs espèces: S. bovis, S. gallolyticus
 Bactériémie à point de départ digestif, endocardites ++
 Pathologies coliques sous-jacentes

 Streptocoques déficients
 Genres Abiotrophia ou Granulicatella
 Endocardites ++
 Streptococcus pneumoniae

- Diplocoques lancéolés entourés d'une capsule

- Fragile, culture délicate, milieux +5% de sang, S/CO 2
- Colonies alpha-hémolytiques sur gélose au sang
- Sensibles à l’optochine, lysées par la bile
- Portage oro/naso- pharyngé très fréquent
- petit enfant, hiver
- >90 sérotypes capsulaires
- Immunité protectrice après 3 ans
 Infections pneumococciques
Invasives / non invasives

- Plus fréquentes aux extrêmes de la vie

- Souvent auto-infection à partir de l'oro-pharynx
- Accompagne souvent les infections virales respiratoires
- Principale cause de l'otite moyenne aiguë du nourrisson
- Sinusites aiguës
- Infections respiratoires basses :
- pneumonie franche lobaire aiguë
- bronchites
- bronchopneumonies
- pleurésie purulente

- Principale cause de Méningite bactérienne

- conjonctivites, endocardites, péritonites, septicémie
 Traitement des infections pneumococciques

1. Préventif : la vaccination

• Vaccin polysaccharidique capsulaire (23 sérotypes)

inactif avant l'âge de 2 ans
destinés aux sujets "à risque" : (immunodéprimés, sujets âgés, insuffisants respiratoires..)

• Vaccins conjugués (7 , 9, 10, 13, 15 et 20 sérotypes)

efficace de 2 mois-5 ans
efficace dans la prévention des IPD ( la méningite).

2. Curatif : antibiothérapie

• Antibiogramme et CMI // EPIDEMIOLOGIE LOCALE

• En général: Amoxicilline dans les pneumonies et C3G dans les méningites
 III. Entérocoques
 Genre Enterococcus (majorité des anciens streptocoques entériques)
 Cocci Gram + en longues chaînettes, coccobacilles.

 Croissance en présence de sels biliaires ou de NaCl.

 Groupe souvent en D,
 alpha ou non hémolytique, rarement bêta hémolytique.

 Espèces/ 27; les plus fréquentes:

 E. faecalis 80%, (urines +++, hémocultures +)
 E. faecium 5-10%, (urines +, hémocultures +++)
Infections dues aux Entérocoques

 Commensale du tube digestif.

 Infections urinaires

 Infections biliaires, suppurations abdominales

 Septicémie, endocardite

Problèmes de ces infections

• Association avec entérobactéries, anaérobies.

• VRE
• Associations des antibiotiques
IV. Genres apparentés aux Streptocoques
 Catalase négative (sauf Alloiococcus, catalase faible)
 Peuvent être soit en formation de chaînette, soit en formation
d’amas ou de tétrades
 Certains sont résistants à haut niveau à la vancomycine
SONT
 Aerococcus viridans: ubiquiste
 Aerococcus urinae: infections urinaires, septicémies
 Alloiococcus otitidis: otites chroniques
 Leuconostoc et Pediococcus: R à la vancomycine
 Diagnostic
bactériologique
 1. Prélèvements
 Divers selon le site d’infection
 Prélèvements de site stérile
- LCR, hémoculture, liquides de ponctions
(liquide pleural, liquide articulaire, liquide d’ascite,……)
 Prélèvements de site colonisés
- urine, sphère ORL(gorge, oreille..)
- Prélèvements respiratoires (expectoration, PDP, aspirations….)
- Autres : pus, ….
 Conditions de prélèvements importantes: désinfection
 Condition de transport: milieu de transport « Portagerm »
 II. Méthodes diagnostic

A- Diagnostic direct +++

(mise en évidence de la bactérie ou de ses antigènes)

1/ Examen direct :
Coloration de Gram
– Cocci à Gram positif
– Chaînette +/- longues ou diplocoques (S. pneumoniae)
 II. Méthodes diagnostic

A. Diagnostic direct rapide

 Ags de groupe ou d’espèce

 A partir des prélèvements**

- S.pyogenes: gorge, « Doctor test»: test immunochromatograhique.

- S.agalactiae: Ags solubles dans LCS, sang: si IMF

- S.pneumoniae: Ags solubles par agglutination : LCS, sang,..

ou Immunochromatographie: urines, LCS.
 II. Méthodes diagnostic
2/ Culture

 Milieux de culture : GSF, CNA, Columbia, chromogène

(spécifiques strepto B).

 S/CO2 à 37°C pdt 24- 48h

 Sur gélose au sang : petites colonies grisâtres, translucides,

en grain de semoule, entourées ou pas d'une zone d'hémolyse.

 En bouillon : les streptocoques poussent en donnant des

flocons et un dépôt au fond du tube dû aux longues
chainettes et évoquant de la mie de pain
 II. Méthodes diagnostic
3/ Identification

- Hémolyse, Gram, catalase, oxydase

- Antigénicité (groupe de Lancefield)
- Galeries d'identification biochimique (API 20 Strep, rapid ID
32 Strep) ou automates.
 3.1. Schéma d’identification

sensible à Bacitracine, résistant au SXT

3.1. Schéma d’identification
 3.2. Identification biochimique
 PYR hydrolyse
 Substrat L-pyrrolidonyl--napthlyamide (PYR) hydrolysé par
Streptococcus groupe A et Enterococcus sp. Test spécifique.

• Hydrolyse de l’Hippurate
Differencie Streptococcus du groupe B des autres Streptococcus beta
hémolytiques, Streptococcus du groupe B hydrolyse les hippurates
de sodium
• Christie-Atkins, Munch-Petersen (CAMP) test
Detecte l’apparition d’hémolyse qui se produit lorsque la b-lysine et
les hémolysines de streptocoques du groupe B entrent en contact
avec Staphylocoque.

• Hydrolyse Bile /Esculine: la culture en 40% de bile et l’ hydrolyze d’Esculine

caracterisent les Streptocoques qui possedent l’antigene D “ Streptococcus
group D et Enterococcus sont Esculine +”

• La croissance dans 6,5% de bouillon de NaCl:

Distinction des Streptocoques du groupe D des Entérocoques
4/ Etude de la sensibilité aux ATBs

standardisation (CA-SFM, CLSI, EUCAST)

 Antibiogramme,

 Détermination des CMI: E tests, CMI milieux liquides, solides,

automates
- Streptocouqes groupe viridans (PG, Amx, …)
- Pneumocoques (PG, Amx, Ctx: souche non méningée
PG, Ctx, Imp: souche méningée)

 Recherches complémentaires: Enterococcus++ ; céfinase, test de

trèfle (Amp R), screening à la vancomycine
 et PCR
 II. Méthodes diagnostic

B. Diagnostic indirect

Recherche cicatrice immunologique d'infections

1- Intérêt pour le diagnostic des complications post-

streptococciques A
Anticorps streptolysine O (200UI/ml)
Anticorps streptodornase
Interprétation: âge, géographie, ethnie

2- Contrôle post vaccinal pneumococcique: intérêt?

 II. Méthodes diagnostic
C. Moléculaires

1. Hybridation spécifique: sonde monocaténaire d’ADN (SBH B, SBH A)

2. PCR: classique, temps réel
- Gène ddl code le D-alanine ligase E. faecium, E.faecalis
- Gene van C1 E, gallinarum et van C2/C3, E. casseliflavus.
- Gènes lytA, ply, cpsA : autolysine, pneumolysine, capsule chez
pneumocoque .

3. Kits d’identification et résistance des entérocoques,

résistance aux glycopeptides; vanA, vanB, vanC1, vanC2/C3
 III. Marqueurs épidémiologiques
 Typage : phénotype et génotype

 Techniques phénotypiques = sérotypie

S.pyogenes,
S.agalactiae: 9 sérotypes: Ia, Ib, II, III, IV, V, VI,VII,VIII
S.pneumoniae >90 sérotypes; 6, 9V, 14, 19, 23 (PSDP).

 Techniques génotypiques
PFGE**
MLST
Séquençage
 Principes thérapeutiques

Sensibilité de base aux antibiotiques

 Sensibles aux bétalactamines

Pénicilline A
Céphalosporines (sauf Entérocoque +++)
Sensibles aux macrolides?? (sauf Entérocoques)
 Sensibles aux glycopeptides
 Résistance bas niveau aux aminosides, mais
synergie reste possible: bétalactamine +aminosides
 Résistance aux quinolones classiques
 Problèmes

 Apparition de souches multi-résistantes.

 Pneumocoque résistant à toutes les bétalactamines:

(PSDP) et des souches MDR

 Entérocoque résistant à tous les ATB :

(Amp R,VRE).
 Pneumocoques et bétalactamines

 1967, PSDP problème de santé publique

 En Algérie: 40% de PSDP, 2015 >60% (thèse).

 Détection au laboratoire:
- Disque d’oxacilline: 1ug CLSI (<=19mm S, >19mm R)
5ug CA-SFM (<=26mm S, >26mm R)

- Souche suspecte PSDP; il faut faire les CMI

Souche méningée: PG, CTX, IMP
Souche non-méningée: PG, AMX, CTX.
NB: Les CMI doivent être faite systématiquement pour les souches invasives
- Interprétation selon les normes utilisées
- Toujours ATCC
 Enterocoques

 RESISTANCE AUX BETALACTAMINES

1- Pénicillinase (cefinase, test de trèfle)
2- Modification de PLP(PLP5).
Au laboratoire: disque amp 10ug (<14mm)

• RESISTANCE AUX GLYCOPEPTIDES

Nosocomiales (épidémies)
1- Modification de la cible
VanA: résistance HN à la VA et TEC
VanB: Résistance seulement à la VA(niveau variable)
VanC/ VanE/VanG : résistance VA, sensible TEC (E.ga, E.ca)

2- Elimination de la cible (VanX, Van Y)

 Enterocoques

 RESISTANCE AUX GLYCOPEPTIDES

 Détection au Laboratoire
 Disques VA/TEC (différence de 3mm ou plus)
 E-test
 Screening à la vancomycine
 PCR
 Politique de prévention

 Streptocoque A
 angines à Strepto A : antibiotiques
 maladies post-streptococciques
 utilisation du Doctor Test
 Streptocoque B
 lors de la grossesse
 prélèvement vagin/anus lors du 3ème trimestre, si positif à
Strepto B= Péni A pendant le travail.
 Politique de prévention

 Pneumocoque

 Politique vaccinale
 Vaccination étendue splénectomisé ->
« personne fragile ») (vaccins à 23 sérotypes+ PCV )
 Vaccins conjugués recommandés chez les enfants à partir de 2 mois
(selon épidémiologie du pays).
En DZ en 2016 chez <2ans

 Endocardite
 Antibioprophylaxie des situations à risque: geste invasif « zone non
stérile » endoscopie, chirurgie...
 traitement du parodonte (extraction dentaire).

 Hygiène lutte contre les infections nosocomiales(Entérocoques)

 Points à retenir

 Famille Streptococcaceae extremement vaste.

 Classification fluctuante, complexe
 Infections causées diverses.
 Infections graves***
 Evolution et emergence de résistance aux antibiotiques
 Interest du diagnostic bactériologique.
 Competence du laboratoire
 Epidemiologie,
 Meilleure prise en charge thérapeutique