Bactériologie spécifique

Famille Streptocoques
Morphologiques Culturaux Biochimiques Antigéniques Facteurs de virulence
-Cocci Gram + -Exigeantes en -Catalase (-) -Ag de paroi : polyoside C S. grpA : (pyogenes A)
-En chainettes facteurs de -Cytochrome oxydase (-) -Le groupage de Lancefield - Capsule
ou en croissance (milieu -Fermentation du glucose. S. groupables S. non - Protéine M (Ac)
diplocoques. riche) . -Pas de production de gaz. -polyoside C groupables - protéine F (fixation)
-capsulés -Anaérobie, mais -Pouvoir hémolytique (absence chez =S.β -Pas de
- Exotoxines(3 formes A,B,C)
(pneumoniae) aérobie tolérant. les entérocoques) : - SLO, SLS
Caractères hémolytique polyoside C =
S. grpB : (agalactiae B )
bactériologique S.α
S. β-hémolytique S. -hémolytique - Capsule
s hémolytique - plusieurs sérotypes (variétés
-Complète -Partielle
-S. pyogènes -S. oraux immunologiques).
(groupes A et B) (pneumocoques) - Acide sialique.
S. Pneumoniae :
-capsule + protéines d’adhésion
-Enzymes (pneumolysine, neuraminid-
Critères de classification ase, hyaluronidase, protéases)
Réservoir Mode de transmission
-Strictement humain: homme sain ou malade, commensale: Pathogènes opportunistes Directe : (interhumaine)
+pharynx, peau, périnée et anus (S. grp A) - Voie aérienne et cutanée
Epidémiologie - Verticale (lors de l’accouchement)
+ voie génitale (femme) , respiratoires, intestinales ( S. grpB)
+ voies aériennes supérieures (rhinopharynx) Indirecte :
- Ingestion des aliments contaminés
+ tube digestif de l’Homme, muqueuse uro-génitale (entérocoques)
S. grpA S. grpB S. pneumoniae Entérocoques
Inf. suppuratives Inf. non suppuratives Inf. néonatales Inf. de enfant et adulte + inf. des voies aériennes : + Infections urinaires (++)
-non invasives: -complications -Forme -Septicémie - Pneumonie franche lobaire +infections abdominales(++)
scarlatine, septiques post précoce : sepsis, -Arthrite aigue + Infection de la peau et des
angine streptococciques : troubles -Infection urinaire - Bronchopneumonies parties molles.
érythémateuse, (RAA) rhumatisme respiratoires. -Pneumopathies - Otites, mastoïdites , + Endocardites
-Forme tardive : + Bactériémies
Impétigo. articulaire aigu - -Vaginite (en sinusite
Pouvoir méningite
pathogène Glomérulonéphrite postpartum) + inf. neuro-méningées :
purulente
-invasives: aigue (GNA) – Méningites purulentes
erysipèle, scarlatine + bactériémie
cellulite + Infections rares :
extensive, S de - péritonite, endocardite,
choc toxique, arthrite, cellulite,etc…
méningite
 Prélèvement/ transport Exam direct Culture Identification Antibiogramme
-prélèvement: avant -Etat frai : présence de Bactéries exigentes : -Biochimique : -Sensibilité naturelle à la pénicilline G++ , aux
toute antibiothérapie, chaînettes d’éléments milieux enrichis, Catalase,oxydase, aminosides (à bas niveau)
germe fragile++, coccoides de gélose à 5% de sang, test d’hémolyse,lyse -Entérocoque : résistance
transport rapide longueurs variables anaérobie aéro par la bile (S naturelle :Céphalosporines, péni M, lincomycine.
Diagnostic
Color de gram : Cocci tolérant pneumoniae) -Qlq souches peuvent acquérir une résistance aux
gram positif groupés -Sérotypage de pénicillines (notamment le Pneumocoque).
en paires ou en Lancefield. - staphylococcus aureus résistant aux imidazolés, à
chaînette la colistine.
- pneumocoqie résiste aux aminosides.
 Famille Staphylocoques Aureus
Morphologiques Culturaux Biochimiques Facteurs de virulence = caractères antigéniques
-Cocci Gram + - milieu usuel -Catalase (+) 1. Protéines d’adhésion et de colonisation : protéine A + capsule + protéines
-en diplocoques - Aéro-anaérobie -Cytochrome oxydase (-) de liaison au collagène + à la fibronectine + au fibrinogène (clumping
ou en amas. facultatifs. - Coagulase (+) (le seul de son factor) + à Elastine.
Caractères -Immobiles groupe) 2. Substances élaborées : hémolysine + leucocidine + exfoliatine(A/B) +
bactériologiques - Souvent -Fermentation du glucose. enterotoxines* (responsables de TIAC) + toxines TSST1* (responsables du
sporulés -Fermentation du Mannitol choc toxique staphylococcique). Ces 2 derniers sont des super Ag .
(pathogénicité + milieu de 3. Enzymes non toxiques : coagulase plasmatique libre + fibrinolysine +
CHAPMAN). ADNase + lipase + hyaluronidase.

Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission

S. Aureus S. non Aureus - Extrinsèque (environnement Directe : (interhumaine)
- commensal et pathogène opportuniste - Commensales et pathogène hospitalier) - Manuportée
(avec un potentiel de pathogénicité opportuniste ( - Intrinsèque (ID : naturelle ou Indirecte :
Epidémiologie élevé) - peau et muqueuse de l’Homme et acquise) - Objets souillés (infect.
- Bactérie ubiquitaire (partout ds animeaux Nosocomiale)
l’environnement )
- Chez l’Homme : peau et muqueuse
(porteur sain + porteur malade)
S. Aureus (doré) S. non Aureus (blanc)
Infections suppuratives Infections non suppuratives d’origine toxinique - S. epidermis (en milieu hospitalier )
1. Staphylococcies cutanéo-muqueuses : 1. Syndrome d’exfoliation généralisé - S. Haemolyticus : responsable de
Impétigo (crouteux) 2. Erythrodermie bulleuse fébrile suppurations + infections urinaires +
Pouvoir pathogène Furoncle (infection d’un follicule sébacé). 3. Impétigo bulleux (exfoliatine) septicémies.
Dermoépidermite (érysipèle) 4. Choc toxique staphylococcique. - S. Saprophyticus : infections urinaires
cez la femme.
2. Bactériémies et endocardites Colonisation vaginale
3. Localisation viscérale : ostéite – pulmonaire TSST1 et/ou entérotoxines
– neuro-méningé . Défaillance multiviscérale
Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme
-prélèvement: - Etat frais. Développemen -Biochimique : -détéction du gène Mec A de résistance
en fonction du - Coloration de gram. t rapide Catalase naturelle à la pénicilline M (méthicilline)++
site d’infection. Milieu usuel Coagulase ---> résistance à l’ensemble des β-lactamines
Diagnostic (37°C) Galeries biochimiques (Pénicilline G + Amoxicilline)
- Ag : Agglutination - Certains ATB nécessitent la
Elaboration détermination de la CMI.
- moléculaire (amplification
d’un pigment
spécifique)
doré.
 Famille Bactéries Anaérobies
Morphologiques Culturaux Biochimiques Facteurs de virulence = caractères antigéniques
-Cocci ou bacilles - sensibilité variée à l’oxugène : -Métabolisme en absence d’O2. - déséquilibre de la flore commensale
-Gram + ou - Anaérobie stricte (0.5 % d’O2) -absence d’enzymes inactivant les - synergie bactéienne
Caractères - sporulés ( flore Anaérobie modérée ( 2-8% d’O2) dérivés toxiques de l’oxygène - Déficience immunitaire.
bactériologiques tellurique ( catalase, peroxydase..) - inhalation du contenu stomacal
- Ischémie tissulaire
- sécrétion d’enzymes et de toxines.
- production de gaz.
Réservoir Mode de transmission
Anaérobies telluriques Anaérobies non telluriques - Blessure / plaie contaminée
Epidémiologie
Environnement (sol – eaux sales ..). Flore commensale des cavités naturelles de - Ingestion – voie digestive
Flore commensale intestinale . l’Homme.
Toxi infections (secrétion de toxines) Intoxinations Infections mixtes
C. tetani --> tetanos C. perfringens --> C. difficile --> colite C. botulinum --> Botulisme Anaérobies strictes + autres bactéries =
Pouvoir pathogène (penètre par gangrènes gazeuses pseudo-membraneuse (ingestion de toxines métastases infectieuses à distance.
blessure) ( blessures cutanées / ( voie digestive + préformés)
lésion de paroi digestive) conditions d’ID)
Prélèvement Exam direct Culture Antibiogramme
-Nature : Hémocultures - Aspect macroscopique : il est souvent évocateur. plus Milieux gélosés Sensibilité aux :
Suppurations et abcès abondant ,odeur fétide, présence de gaz ,parfois de désoxygénés nitro-imidazolés + b-lactamines
profonds. granulations sulfureuses. contenant des +inhibiteurs de b-lactamases, +
- Moyen : Aspiration : Examen microscopique (Gram) : Flore bactérienne substances carbapénèmes +
seringue purgée d’air et abondante et polymorphe. réductrices. chloramphénicol.
bouchée stérilement Toutes ces bactéries sont
-transport : réduire au résistantes aux aminosides
Diagnostic maximum le contact avec
l'oxygéne de l’air. bacilles à Gram posiIf
Si volume > 2ml : pas de aérotolérants (
milieu de transport si Actinomyces spp.,
acheminement < 6h Propionibacterium spp.) sont :
-Sinon utiliser un milieu de résistants aux nitro-imidazolés
transport (Portagerm ou mais toujours sensibles aux b-
TGV) < 24h lactamines.
 Flore tellurique

C. perfringens C. difficile C. botulinum C. tetani

Habitat Ubiquitaire + commensal du TD Ubiquitaire + TD Sol + intestin Sol
- Toxines hémolytiques et - Toxines : entérotoxines - Toxines thermolabiles - Toxines :
Pouvoir pathogène nécrosantes + cytotoxines neurotropes tétanospasmines +
- Entérotoxines tetanolysine
Gangrènes gazeuses (blessures Colite pseudo-membranaire Botulisme : ingestion de toxines Tétanos : suppression des influx
souillées de terre) (réaction inflammatoire aigue ) préformées dans les aliments à inhubiteurs du motoneurone.
Clinique
TIAC : toxi infection alimentaire conserver.
collective.

Flore de Veillon :

Peptostreptococcus Veillonella Bacteroides Actinomyces Bifidobacterium Propionibacterium acne

Nature Cocci gram + Cocci gram - Bacilles gram - Bacilles gram + Bacilles gram + Bacilles gram +
Commensal de la Cavité buccale Intestin Cavité buccale Intestin des NN Commensal de la peau
bouche + naso- (boutons d’acné)
Habitat
pharynx + intestin +
voies génitales.
Infections variées : Infections bucco- Infections variées : Abcès de la région Méningites,
cutanées + bucco- dentaires pleuro-pulmonaires + cervico-faciale ostéomyélites ou
Clinique dentaire + pleuro- gynécologiques + endocardites
pulmonaires + génito- péritonéales +
pelviennes pariétales..
 Famille Mycobactérium Tuberculosis
Morphologiques Culturaux Biochimiques Structuraux Résistance aux agents PC
- Bacilles fins - Aérobies strictes (localisation pulmonaire++) - catalse + - paroi épaisse riche en - Resiste au froid et à la
incurvés, torsades. - Croissance lente. - nitrate lipides (20 – 45 % de dessication.
- BAAR (bacilles - Milieu à l’œuf coagulé (LEWENSTEIN –JENSEN) reductase + l’ensemble de la bactérie M. - Résiste aux acides dilués,
acido-alcoolo- Tuberculosis Africanum Bovis - synthèse de tuberculosis) nombreux antiseptiques (soude,
Caractères
résistants). - 21 jours - 4-8 sem - culture lente. - Paroi riche en acide acide) et
bactériologiques l’acide
- Immobiles - colonies à - colonies - clonies mycolique (60%) détergents
nicotinique /
- Asporulés teinte beige , à petites dysgoniques - Peu perméable aux - Très sensible à la chaleur , aux UV
- Acapsulés niacine. substances hydrophiles et rayons X
surface plates de (petites) et non
rugeuse, en teinte pigmentées (hydrophobicité) , et acido- - Détruit par l’alcool à 70° en 5
chou-fleur. mate. alcoolo-résistance. minutes.
Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission
M. tuberculosis M. bovis - ID , agés , dénutrition M. tuberculosis M. bovis
- Pathogène spécifique - Réservoir animal (zoonose) - enfants non vaccinés par le BCG(bacille de - voie aérienne - Ingestion de lait
Epidémiologie stricte de l’homme. Calmette et Guérin). (interhumaine). cru contaminé.
- M. africanum (variant - ATCD de tuberculose - manuportée. - voie aérienne au
de M.tuberculosis en - manque d’hygiène - digestive contact des animaux
Afriqu noire) - produits laitiers non pasteurisés (rare)
4. maturation de la lésion 5. processus de liquéfaction continue, la nécrose
1. bacille tuberculeux 3. après 3-6 sem : avec liquéfaction du s’étend :
2. Multiplication des
inhalé dans une alvéole granulome caseum et formation Evolution fav ++ :
MT dans les Evolution défav : caséum
et phagocyté par inflammatoire avec d’une cavité où se granulome limite
macrophages est évacué par rupture de
macrophage. nécrose caséeuse. multiplient les bacilles : infection et aboutit a la
la bronchiole.
tubercule cicatrisation
Pouvoir
pathogène

Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme

+Expectorations
+Tubage gastrique
Diagnostic +Aspiration bronchique
+LCR,Urines,Biopsie…
++prélèvements répétés
3 jours de suite.
+Fuchsine phéniquée Souche résistante à INH ( Isoniazide) et Rifampicine
(coloration Ziehl- = souche multirésistante
Neelsen)
+coloration
fluorescente
 Famille Pseudomonas aeruginosa
Morphologiques Culturaux Biochimiques Facteurs de virulence
-BGN - Aérobies stricts -oxydase (+) - pathogène opportuniste.
- Peut former des -Non-exigeant -Glu (-) - Présence de pigments diffusibles
Caractères biofilms. - Pili et autres protéines de la membrane externe (adhésion)
bactériologiques
- Sécrétion d’enzymes (résistance à la phagocytose)
- Endotoxines du LPS/A++++
- Métalloprotéases = action nécrotique et hémorragique
Réservoir Mode de transmission Traitement
Ubiquitaire : -Sources environnementales Infections superficielles communautaires :
-l’environnement (eau ,sol , plantes) -Interhumaine  Traitement antibiotique local
-l’environnement hospitalier humide Infections nosocomiales :
Epidémiologie -Bactérie saprophyte  Pas de monothérapie
-Portage transitoire (tube digestif ,voies respiratoires, peau)  Amikacine + antipyocyanique :
-Colonise les zones corporelles humides Traitement par association
bactéricide aminosides +
Posséde naturellement des résistances à des antibiotiques.
betalactamines ou fluoroquinolones
Infections pulmonaires nosocomiales : infections communautaires
Elles sont fréquentes et graves infections communautaires
- Les pneumonies chez des patients atteints de fibrose kystique ou - Infections oculaires
ventilés - Infections cutanées
Pouvoir pathogène - Infections urinaires - Infections respiratoires
- Sur-infections des plaies opératoires - Folliculite diffuse après baignade dans des bains bouillonnants
- Infections sur matériel prothétique - Otites
- Infection du liquide péritonéal chez les dialysés
- infection cutanées chez les brulés..
Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme
- variés - Etat frais : bacille - aérobie stricte - oxydase(+) - très grande résistance (naturelle et acquise)
- dépendent de la mobile (mobilité - - Pas d’exigence - sensible à : Ceftazidine, Imipénème,
nature de polaire) non sporulé. particulières. Ciprofloxacilline
Diagnostic
l’infection - Après coloration : - colonies plates et
bacille gram négatif , extensives
fins
 Famille Neisseria gonorrhoeae
Morphologiques Culturaux Biochimiques Facteurs de virulence
-cocci gram – - Aérobies stricts -oxydase (+) - Lipoolyogossachride ou endotoxine : pouvoir léthal ,dermo- nécrotique
-en diplocoques, - Pas pousse sur milieux -Glucose et maltose + - Capsulaires : Les anticorps contre la capsule sont protecteurs et le
accolés par leur faces usuels - alpha-glutamyl- polysaccharide capsulaire constitue le principe vaccinal (sauf B).
Caractères -Immobiles - Colonies transférase + - Protéines de membrane externe (PME)
bactériologiques - Capsulés , grisatres ,opaques,à - Système de captation de fer
polysaccharidique surface lisse et humide
- Pili
- Ig A protéases
-Bactérie très variable
Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission
Homme ++ : - agression du rhinopharynx , - Voie aérienne
Parasite de rhino-pharynx - Enfant – jeune adolescent - directe par gouttelette de Pffluge
porteurs sains (5 à 10%) : souches non invasives/ Malade - froid et sécheresse
Epidémiologie ( prédominance hivernale ) Réceptivité :
- promiscuité , pas d’immunité naturelle ,
- vie en collectivité immunité acquise après vaccination

méningite cérébro-spinale Méningococcemie (30% associée méningite)

- Forme typique : début brutal, céphalées, vomissements, raideur de la - Fièvre , frissons,myalgie,
nuque ,photophobie --> Évolution vers le coma en quelques heures - purpura localisé ou généralisé se compliquant de purpura fulminans
Pouvoir pathogène - Evolution : collapsus et défaillance multi-viscérale,CIVD,avec nécrose
- Formes atypiques : des surrénales
débute comme une virose
Nourrisson ,petit enfant: hypotonie ,hypothermie, refus de téter ......
Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme
- LCR / sang / - macroscopie : LCR - Milieux enrichis de - résistance acquise aux pénicillines
articulaire / trouble ,purulent à vitamines. - 30% de souches intermédiaires au Péni G
pleural. eau de riz, clair. - atmosphère humide et de - Antibiothérapie d’urgence probabiliste
Diagnostic - microscopie : préférence à 5 % de CO2. Ceftriaxone , céfotaxime,amoxicilline en perfusion.
Coloration de Gram :
diplocoque à Gram
négatif (PNN+++)
 Famille Neisseria meningitidis
Morphologiques Culturaux Biochimiques Facteurs de virulence
-Cocci réniforme à - Bactéries exigeante -Oxydase + -Endotoxine de la paroi , LPS
Gram négatif -Catalase+ -Polysaccharides capsulaires
Caractères - Le plus souvent - Glucose + -Les pili d’adhésion
bactériologiques agencés en paires ,en - maltose - -Antigènes protéiques de surface (Opa )
forme de grains de -Prolinearylamidase+
- les Ig A sécrétoires
café.
- Immobile

Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission

pathogène strict de l’Homme (appareil génital ) - rapport à risque - direct interhumaine sexuelle
Epidémiologie - population à risque - Contamination du nouveau né lors de
- vagabondage sexuel... l’accouchement par voie basse

Chez l’homme Chez la femme chez le nouveau né

Urétrite : blennorragie Peu ou pas de symptômes - ophtalmie purulente acquise
début brutal 2 à 5 jours après un rapport sexuel - Localisations génitales : Urétrite, au moment de la naissance ,
Pouvoir pathogène -Ecoulement purulent et brulures vives à la miction (chaude-pisse) dans cervicite, bartholinite, leucorrhée peut conduire à la cécité
95%. - Localisations extra-génitales :
-Parfois asymtomatique 5% des cas pharyngées , anales et oculaires - Anorectites purulentes ,bactériémies
Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme
Diagnostic - Souches résistantes aux tétracyclines
plasmido-dépendantes (TRNG)
 Famille Acinetobacter
Morphologiques Culturaux Biochimiques Mécanisme de résistance
-Coccobacille Gram – - aérobies strictes - Oxydase – - hyperproduction de la céphalosporinase naturelle,
- Caractère - nitrate réductase - - acquisition de bêtalactamase plasmidique,
Caractères polymorphe ,non - ne fermentent pas - modification de PLP
bactériologiques sporulés et immobiles du glucose pour - imperméabilité de la paroi,
besoin énergétique - acquisition d’enzymes hydrolysantes
- modification de l’ADN gyrase.

Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission

- Bactéries ubiquitaires (environnement et hopital) - Défenses immunitaires affaiblies - indirecte : eau, matériel désinfecté,
- Résistance extrême dans l’environnement - Matériel invasif : sondes vésicales, transmission croisée par manuportage du
- Bactérie opportuniste (infections nosocomiales) cathéters, sondes d’intubation personnel.
Epidémiologie - Homme = principale réservoir à l’hôpital - directe : A partir des patients colonisés ou
- Rupture des barrières naturelles : grands
- habitat essentiellement hydrique infectés
brûlés
- Antibiothérapie antérieure : sélection au
sein de la flore endogène
Le pouvoir pathogène d’Acinetobacter est faible, mais ses capacités d’adaptation dans l’environnement d’une part et son aptitude à
développer et à cumuler des résistances d’autre part, font de lui un agent pathogène opportuniste.
Pouvoir pathogène
Il est responsable, presque exclusivement, d’infections hospitalières de transmission épidémique difficile à éradiquer.

Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme

- Multirésistance à de nombreux
Diagnostic antibiotiques (b-lactamines, les
aminosides et les fluoroquinolones).
 Famille Leptospires
Morphologiques Culturaux Biochimiques Physiopathologie
- bacille long gram - - aérobies - Résiste dans le -Première phase : passage transcutané ou transmuqueux -->
- Forme hélicoïdale - 30°C milieu extérieur (eau production des toxines ds le sang.
Caractères - Très mobiles - Obscurité douce à pH alcalin) - Deuxième phase : dissémination dans les autres organes
bactériologiques (flagelles) - Croissance lente - sensible aus
- - pH légèrement alcalin
désinfectants

Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission

Diversité de réservoirs - égoutiers, Agriculteurs, employés des - transmission indirect : contact avec de
- Les rongeurs abattoirs, vétérinaires ,sapeurs l’eau douce stagnante et de boues
Epidémiologie
- animaux domestiques, sauvages pompiers ,rizicultures ,pisciculture 25% souillées
- Dans le milieu extérieur - Activité de loisirs en eau douce: pêche , - La transmission directe : rare
+++Homme = hôte accidentel (arthropozoonose ) baignade ,camping ,sports nautiques ++ ++ pas de contamination interhumaine
>>maladie grave+++ +75%
-Présence de blessures
Léptospirose (maladie zoonotique)
Pouvoir pathogène maladie du rat ++++++Homme = hôte accidentel (arthropozoonose ) >>maladie grave+++
 Famille Leptospires
Morphologiques Culturaux Biochimiques Mécanisme de résistance
- -

Caractères
bactériologiques

Réservoir Facteurs favorisants Mode de transmission

-

Epidémiologie

Pouvoir pathogène

Prélèvement Exam direct Culture Identification Antibiogramme

Diagnostic