III- Les pneumopathies

Infections basses avec atteinte des alvéoles et du parenchyme pulmonaire

5ème cause de décès dans les PI

S. pneumoniae : le plus souvent en cause

Le diagnostic clinique est difficile :

mais auscultation anormale (+++)
Nécessité d’une radio du thorax

3 grands types de pneumopathies

 A- Les pneumopathies lobaires
1- La pneumonie franche lobaire aigue à S. pneumoniae

•  1500 décès par an en F

•  Situations à risque:
Âges extrêmes
Décours de grippe
Ethylisme
VIH , splénectomie

•  Clinique:
Début brutal (+++)
Fièvre (40°C), malaise général
+/- toux sèche
Douleurs thoraciques
Radio caractéristique avec opacité lobaire
•  Diagnostic bactériologique:
Examen cyto-bactériologique des crachats (ECBC)
ou prélèvement protégé profond
Recherche PSDP
Hémocultures (+ dans 30% des cas)

•  Traitement :
Amoxicilline 1 g X 3 par jour
Couvre les PSDP
 Prévention
–  Prévention des formes graves en optimisant le
traitement des foyers ORL

– Vaccination antipneumococcique
• Vaccin ’23-valent‘ à base d’un mélange
d’ag capsulaires de 23 sérotypes
• Indications: >65 ans, terrain à risque, splénectomisés
• Inconvénients: peu immunogène car non conjugué

•  Vaccin ’13-valent’ conjugué: 13 sérotypes les plus virulents

Indiqués chez les enfants (en cas d’infection ORL
à répétition ou vivants en collectivités).
En cours de généralisation pour tous les enfants.
Remplace le vaccin heptavalent depuis 2010
Plus immunogène que le ’23-valent’
2- La pneumonie à Legionella pneumophila

•  1976: « la maladie du légionnaire », une bactérie inconnue

• La bactérie :
Bacille à Gram négatif
Présent dans l’environnement (eau, biofilms…)
Intracellulaire facultatif : homme et amibes (Acanthamoeba)
Se multiplie dans les macrophages par inhibition de la fusion phago-
lysosomiale (système de sécrétion de type IV).
Sérogroupe 1, le plus pathogène

•  Epidémiologie :
Contamination par inhalation d’eau contaminée (aérosols):
Tours aéro-réfrigérantes, climatiseurs
Douches, jacusi, piscines
Incidence en hausse: 4/100000 dans PD
Pas de transmission interhumaine

Risque d’épidémie +++ avec réservoir environnemental

DO
•  Patients à risque :

Sujets âgés, ID, éthylisme, maladies respiratoires

chroniques…

•  Clinique :

Fièvre, syndrome pseudogrippal, détresse respiratoire

Opacité bilobaire extensive à la radio
Signes neurologiques: confusion +++
Signes digestifs +++
 Diagnostic biologique

Pas de porteur sain – Présence de la bactérie = diagnostic

Bacilles à Gram négatif exigeants en L-cystéine et en fer

Echantillons Direct
Urine Recherche d’Ag urinaires

Tractus respiratoire Culture

LBA, aspiration trachéale / Immunofluorescence directe
bronchique, expectoration, ... Amplification génique
Indirect
Sang Immunofluorescence indirecte
Recherche d’antigènes urinaires

- Tests immunochromatographiques :
Spécifiques de L. pneumophila sérogroupe 1
Diagnostic de 80% des cas
Rapides : 15 minutes
Culture Indispensable : obtention
souches pour comparaison
Moins contributive au diagnostic que les Ag urinaires
Milieux
Spécifiques, enrichis, complexes, au charbon :
Ex : Buffered Charcoal Yeast Extract BCYE +/- antibiotiques

Identification

Colonies d’aspect dit « en verre fritté »

Absence de culture sur milieu BCYE sans cystéine

Confirmation de
l’espèce par MALDI-
TOF
Détermination du
sérotype par
agglutination sur lame
Diagnostic sérologique : IFI

Détection des AC anti-LPS

Séroconversion ou ìì entre 2 sérums (3-4 sem d’intervalle)

Comparaison des
Déclaration souches patients +/-
obligatoire environnement par
méthodes
moléculaires
Enquête :
recherche source de
contamination,
autres cas patients (épidémie)

Envoi des souches

patients au CNR
•  Traitement : 14 à 21 jours (ID jusqu’à 30 jours)
Macrolide (érythromycine ou azithromycine ++) ou FQ
+ rifampicine si forme grave ou ID

Prévention +++ :
Recherche de la bactérie dans l’eau (hôpital, thermes, hôtels,
usines, commerces…). Analyse annuelle obligatoire dans toutes
les collectivités et les copropriétés (si production centralisée de
l’eau chaude sanitaire).

Entretien des canalisations (attention à la corrosion)

Eviter les bras morts

Décontamination des canalisations et des climatiseurs

- Désinfectants : cuivre, argent, ozone, eau oxygénée
catalysée… Javel mais corrosif.
- Choc thermique (70°C)
3- Les pneumopathies communautaires graves post-grippales

Streptococcus pneumoniae
Staphylococcus aureus
Haemophilus influenzae
Toujours graves
TTT: C3G/FQAP

Il existe des formes gravissimes avec pneumonie nécrosante et
expectorations hémoptoïques
= forte présomption de souches de S. aureus sécrétrices de la
toxine de Panton Valentine et SARM
TTT: Diverses associations de C3G, clindamycine, rifampicine,
linézolide et glycopeptides en association

B- Les broncho-pneumonies
•  Etiologie
Virales +++

Bactériennes =
-  complications de bronchites chroniques
-  surinfections d’infection ORL ou de bronchites aigues

•  Les bactéries en cause:

H. influenzae
S. pneumoniae
S. aureus
P. aeruginosa
C- Les pneumopathies atypiques ou interstitielles
Opacité floconneuse et diffuse à la radio
+ signes cliniques peu spécifiques

•  Etiologies

Virale +++ : grippe, Virus Respiratoire Syncytial (VRS),

Parainfluenzavirus (PIV), adénovirus, coronavirus, Varicelle Zona
Virus (VZV), Cytomégalovirus …

Bactérienne =

Mycoplasma pneumoniae

Chlamydia pneumoniae

Chlamydia psittaci

Coxiella burnetti
1- Monographie de quelques virus agents de pneumonies

Virus à porte d’entrée respiratoire

Grippe A, B, (C) = vu en 3e année
Parainfluenza 1, 2, 3, (4)
Virus Respiratoire Syncytial (VRS)
Adénovirus
Metapneumovirus (hMPV)
Rhinovirus
Enterovirus
Coronavirus
Bocavirus humain (HBoV)

Pneumonies résultant de la focalisation

d’une virale infection généralisée
CMV (transplantés+++) vu en 3e année
VZV (nouveaux-nés, Adultes, femme
enceinte +++) vu en 3e année
HSV (nouveaux-nés, immunodéprimés)
vu en 3e année
Rougeole
 Paramyxoviridae

–  Parainfluenzae 1, 2 et 3 (PIV)
–  Virus respiratoire syncytial (VRS)
–  Metapneumovirus humain (HMPV) (découverte en 2001)
 VRS et HMPV
•  Epidémie saisonnière (Déc-Fév)
•  Nourrissons +++
–  Bronchiolite
–  Décompensation crise Asthme
•  Sujets âgés et immunodéprimés (pneumopathies)

•  Traitement symptomatique (Salbutamol + Cort.)
•  Ribavirine dans forme grave
•  Vaccin en cours de développement
 Virus parainfluenzae

•  PIV 1, 2, 3(+++), 4(+/-)

•  Petites épidémies saisonnières
•  Fréquents chez les jeunes enfants
•  Réinfections fréquentes
•  Clinique
–  Rhinites, rhinopharyngites
–  Laryngites (PIV 1, 2)
–  Bronchiolites (PIV 3)
–  Pneumonies
–  Signes respiratoires souvent mineurs dans les infections de l’adulte
 Adénovirus

•  Sérotypes 1 à 7 surtout
•  Plus fréquents en hiver et printemps
•  APC: atteinte adeno-phayngo-conjonctivale
•  Responsables de 10 à 20% des pneumonies de l’enfant
•  Formes graves des jeunes enfants (ADV 7): détresse
respiratoire, signes neurologiques, défaillance viscérale.
Mortalité 30%
•  Maladie disséminée (virémie +): enfants,
immunodéprimés (greffe de moelle +++). Mortalité élevée
 Coronavirus (HCoV)
•  Infections respiratoires bénignes (rhumes)
–  HCoV-229E
–  HCoV-OC43
Fréquence ~15% des rhumes
Rarement associés à des atteintes basses
Non recherchés en pratique courante

•  Deux coronavirus découvert en 2004 (HCoV-NL63 et HCoV-
HKU1)
–  2 à 5% des infections respiratoires de l’enfant

•  Syndrome Respiratoire Aigu Sévère

–  SARS-CoV
–  SARS-CoV-2
2- La pneumonie à Mycoplasma pneumoniae

•  La bactérie :
Bactérie sans paroi (pas de Gram)
Difficile à identifier
Cultive difficilement sur milieu particulier (Cholestérol)

•  Epidémiologie :
Pic en début d’hiver
Adultes jeunes et adolescents

•  Clinique :
Fièvre < 39°C
Toux sèche persistante
Myalgies, ectodermoses

•  Diagnostic : PCR

•  Traitement :
Macrolides ou cyclines pendant 15 à 21 jours
3- Les pneumonies à Chlamydiae

•  La bactérie :
Bactérie intracellulaire obligatoire
Voir cours MST (C. trachomatis)
C. pneumoniae & C. psittaci sont quasi impossible à cultiver

•  Epidémiologie :
C. pneumoniae : contamination interhumaine
C. psittaci : contact avec oiseaux (perroquets,
pigeons, canards…) = ornithose ou psittacose

•  Clinique :
Peu spécifique

•  Diagnostic : PCR ou sérologie

•  Traitement :
Macrolides ou cyclines pendant 15 à 21 jours
D- Diagnostic biologique des pneumopathies bactériennes

1- Les prélèvements
Pb: éviter la contamination par les bactéries des microbiotes ORL et buccal

ECBC ou ECBE : examen cyto-bactériologique des crachats ou des

expectorations
= le prélèvement le plus contaminé, souvent de mauvaise qualité mais facile à
réaliser.
Aspiration bronchique chez les patients sous respirateur

Prélèvements invasifs protégé (des contaminations) sous fibroscopie :

- liquide broncho-alvéolaire (LBA)
- brossage
- prélèvement distal protégé (PDP)
Meilleure qualité
 2- Culture quantitative pour les pathogènes / commensales

= S. pneumoniae, H. influenzae ….

Pour différencier une infection (fort inoculum) d’un simple portage dans le microbiote
(faible inoculum avec nombreux types bactériens différents)

Ensemencer un volume calibré de prélèvement puis compter les colonies (gélose au

sang, gélose chocolat polyvitex)

Les résultats sont exprimés en UFC/mL

 Interprétation: seuils de significativité

ECBC: > 107 UFC/mL

Avec < 10 cellules type salivaire / champ de microscope
Avec > 25 PMN / champ de microscope
Aspiration bronchique: > 106 UFC/mL

LBA: > 104 UFC/mL

Brosse et PDP > 103 UFC/mL

3- Culture qualitative pour les pathogènes stricts

pas seuil de significativité

Légionelles, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae

Mais aussi… Mycobacterium tuberculosis
 4- Analyse de la résistance aux ATB

-  ATBiogramme obligatoire

-  Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI)

pour les PSDP

-  Recherche rapide des béta-lactamases pour H. influenzae

 E- Diagnostic biologique des viroses respiratoires
•  Prélèvements
–  Sécrétions naso-pharyngées
–  Aspirations bronchiques
–  LBA

•  Méthodes
Diagnostic qualitatif: présence/absence comme pour les bactéries pathogènes
stricts
–  Tests rapides immuno-chromatographiques
–  Identification d’antigènes viraux par immunofluorescence

–  Détection du génome viral par PCR ou RT-PCR (théoriquement
applicable à tous les virus même émergents)
–  PCR multiplex syndromique (les principaux virus respiratoires

–  Isolement en culture (intérêt épidémiologique uniquement)
–  Sérologie (sans intérêt sauf SARS-CoV-2)
•  Tests rapides par immunochromatographie
(savonnettes)
–  Grippe A et B
–  VRS
 E- Prise en charge thérapeutique des pneumopathies bactériennes
et stratégies de prescription (VOIR TD)

Probabiliste des pneumopathies non compliquées =

-  Amoxicilline (Amoxicilline + acide clavulanique si comorbidité)
-  si échec à 48h : macrolides (FQAP si comorbidité)
Ambulatoire = oral, hospitalisation = IV
Probabiliste des pneumopathies graves et suspicion de légionellose =
-  C3G + macrolides ou FQAP
hospitalisation = IV
Documenté =
-  Pneumocoque = Amoxicilline ou C3G
-  Haemophilus influenzae = Amoxicilline + Acide Clavulanique
-  Legionella pneumophila = Macrolide ou FQ (+rifampicine si grave)
-  Atypiques = Macrolides ou Tétracyclines