LES ENTEROBACTERIES

GENERALITES
 Entérobactéries : définition

• Famille des Enterobacteriaceae

• > 30 genres différents, 130 espèces
• Caractères généraux :
 BG –
 non sporulés
 immobiles ou mobiles : ciliature péritriche
 aérobies et anaérobies facultatifs
 Culture sur gélose ordinaire
 fermentent le glucose
 oxydase –, (catalase +, sauf S. dysenteriae ser 1)
 réduisent les nitrates en nitrites
On note cependant quelques exceptions :
1. Les Proteus sont très polymorphes : ils peuvent prendre des formes longues
et filamenteuses ou petits bacilles droits (Protée est un dieu de la mythologie
grecque qui changeait de forme à volonté).
2. l’immobilité est retrouvée chez les Klebsiella et les Shigella.
3. Les Klebsiella sont capsulées.
4. La plupart des espèces pathogènes pour l'homme possèdent des fimbriae ou
pili communs qui sont des facteurs d'adhésion.
5. Serratia marcescens subsp. sakuensis est une bactérie sporulée (mais très
rarement isolée en pathologie clinique).
6. Shigella dysenteriae type I est catalase négative (caractère biochimique très
important à connaitre, pour l’identification).
Entérobactéries

2-6 µm X 0,5-1,5 µm,

trapus, en forme
d’épingle à nourrice
 CULTURE
Les entérobactéries se développent rapidement in vitro sur des milieux
"ordinaires". La température optimale de croissance est 37°C mais la culture
est possible entre 20° et 40°C. Leur temps de division varie de 20 à 40
minutes.
Sur gélose, les colonies sont lisses et régulières et atteignent 2 millimètres de
large sauf celles des Yersinia qui sont plus petites. Les Proteus ont tendance à
envahir la gélose et à y former un tapis uniforme. Les Klebsiella forment des
colonies souvent très muqueuses, larges, grasses et luisantes.
En milieu liquide, les entérobactéries occasionnent un trouble uniforme du
bouillon.
• LA PAROI DES ENTÉROBACTÉRIES
Les entérobactéries sont des bacilles à Gram négatif et possèdent une paroi dont la structure en trois
couches est particulière à ces bactéries. Cette paroi est constituée : d'une membrane externe, d'une
couche mince de peptidoglycane et d'un espace périplasmique.
• La membrane externe protège les entérobactéries de l'action des sels biliaires et des ferments
digestifs. Elle est constituée d'une double couche lipidique dans laquelle sont inclus des molécules
de lipopolysaccharide (LPS) qui comprend 3 parties :
. le lipide A qui est l'endotoxine
. le core central, polysaccharide
. les polyosides des chaînes latérales (constituant les antigènes O)
S'y trouvent aussi des protéines diverses dont les porines (Omp pour Outer membrane protein) qui, en
se polymérisant, forment des canaux assurant le passage des molécules hydrophiles à travers cette
membrane externe par ailleurs très hydrophobe.
• Le peptidoglycane Il est composé de chaînes linéaires de polyosides reliées entre elles par des
peptides. L'assemblage et le remodelage du peptidoglycane sont sous la dépendance de
transpeptidases et de carboxypeptidases qui fixent les bêta-lactamines et sont pour cette raison
dénommées PBP (pour Penicillin binding proteins) ou PLP (pour Protéines de liaison aux
pénicillines).
• Dans l'espace périplasmique s'accumulent des enzymes qui dégradent les substances prélevées
dans le milieu extérieur et nécessaires au métabolisme de la bactérie. On y trouve également les
bêtalactamases capables d'hydrolyser les bêtalactamines.
• La membrane cytoplasmique est constituée d'une double couche phospholipidique hydrophobe
dont la perméabilité est rendue sélective par la présence de protéines dénommées perméases. De
nombreuses enzymes et notamment celles qui interviennent dans le métabolisme énergétique sont
insérées dans cette membrane. S'y trouvent aussi, sur sa face externe, les transpeptidases et
carboxypeptidases nécessaires à la synthèse du peptidoglycane.
• Classification des entérobactéries en genres et
espèces définis par des caractères
bactériologiques :

– morphologie
– culture
– biochimie
– sérotypie, lysotypie
– profil de sensibilité aux antibiotiques
– biologie moléculaire

•  regroupement des genres selon des

caractères communs
 Klebsiella Enterobacter Serratia Citrobacter Proteus Providencia Yersinia

Glucose +  + + + + + +

Lactose + + - + - - -

ONPG + + + + - - +

Indole +/- - - - +/- + +/-

VP
+ (à
(Acétoïn + + + - - -
e) 20°C)

Citrate + + + + +/- + -

+ (à
Mobilité - + + + + +
20°C)
Uréase + - - - + - +
TDA/
PDA
- - - - + + -

H2S - - - +/- +/- - -

 Entérobactéries : habitat
• Ubiquistes : plantes, sol, eau, tube digestif de
l’homme et des animaux
• Part importante de la flore intestinale de
l’homme
 Entérobactéries : pouvoir pathogène

• Pathogènes opportunistes (commensales),

ou pathogènes obligatoires
• Infections humaines diverses, parfois sévères
• Isolement :
 40 à 50% de toutes les souches
 80% des BG –
 40% des bactériémies, > 70% des IU
• E. coli, Klebsiella, Proteus : 80% des cas
• Infections nosocomiales ++
 CARACTÈRES ANTIGÉNIQUES
Les entérobactéries possèdent différents antigènes :
un antigène commun dénommé ECA (pour Enterobacterial Common Antigen) ou antigène de
Kunin. Cet antigène n'existe que chez les entérobactéries et, de ce fait, a un intérêt taxonomique.
Sa présence chez les Yersinia a permis d'inclure ce genre dans la famille des entérobactéries.
les antigènes O ou somatiques, correspondent aux polyosides fixés sur les lipopolysaccharides
(LPS). Ils sont thermostables et résistent à l'alcool .
l'antigène R correspond au polysaccharide du core central. La disparition de l'antigène O le
démasque et rend les souches "rough" (colonies rugueuses) autoagglutinables dans l'eau
physiologique, plus sensibles aux substances bactéricides du sérum, plus facilement phagocytées
et donc moins pathogènes.
les antigènes H ou flagellaires n'existent que chez les souches mobiles. Constitués de protéines
spécifiques dénommées flagelline, ils sont thermolabiles et inactivés par l'alcool.
les antigènes de surface comprenant :
les antigènes K, capsulaires, de nature polysaccharidique. Chez les Escherichia coli, les
Shigella ou chez certaines Salmonella et Citrobacter (alors appelés Vi), ils masquent
l'agglutination par les anticorps anti O qui peut être restituée après chauffage de la souche
car ils sont détruits par ébullition.
les antigènes d'adhérence ou adhésines de nature protéique, portés par des pili communs
(encore appelés fimbriae).
 Structure antigénique (1)

• Antigène O, somatiques, toujours présents

• Antigènes H, flagellaires
• +/- Antigènes de surface K et F
 Structure antigénique (2)

• Antigènes somatiques O
 Thermostables (résistants à 100°C pendant 1h),
alcoolostables
 Constitution = LPS
− Fraction polyosidique : spécificité de l'antigène
− Fraction lipidique : toxique+++
endotoxine
 Agglutinable par immunosérum spécifique
 Sérotypes ou sérovars : pathogénicité et
épidémiologie
 Structure antigénique (3)

• Antigènes flagellaires H
 Protéiques
 Antigènes thermolabiles, détruits par l'alcool à 50 %
et par les enzymes protéolytiques
 Souches mobiles
 Agglutination en présence d'un immunosérum
spécifique
 Structure antigénique (4)

• Antigènes de surface
 Antigènes “d’enveloppe”, parfois capsulaires : K, Vi
− nature polysaccharidique
− Ag K1 proche de l’Ag de N. meningitidis de type B :
possible réaction croisée
− empêchent la phagocytose
− masquent parfois l’antigène somatique
 Antigènes F (fimbriae) : systèmes d’adhésion
− nature protéique
 Entérobactéries : biochimie (1)

• Fermentation des sucres, des polyalcools :

 virage indicateur de pH
 +/- gaz
glucose, lactose, saccharose, mélitose…
inositol, adonitol, sorbitol, mannitol…
• Voges-Proskauer :
Utilisation du citrate
• Métabolites terminaux :
 H2S (thiosulfate)
 Entérobactéries : biochimie (2)

• Enzymes :
 décarboxylases : LDC (Lys), ODC (ornithine)
 arginine dihydrolase : ADH
 désaminases oxydatives : TDA (Try),
PDA (Phe)
 uréase (alcalinisation)
 Tryptophanase: Indole +
 β-galactosidase : ONPG +
 gélatinase
 β-glucuronidase
 β-glucosidase
 DNase…
 Entérobactéries : biochimie (3)

• Batteries d’identification :
 Api 20 E

 ID 32 E
 Rapid ID 32 E
 ID 32 GN
 Entérobactéries : culture (1)

• Poussent facilement sur les milieux usuels en

24h à 37°C (aérobiose et anaérobiose)
• Forment des colonies lisses de 2 à 3 mm de
diamètre
• Exigences nutritionnelles réduites : glucose
• Milieux utilisés
 Milieux non sélectifs
− TS (Trypticase Soja)
− CLED (Cystine lactose electrolyte-deficient)
− BCP (Gélose lactosée au bromocrésol pourpre)
 Entérobactéries : culture (2)

• Milieux utilisés
 Milieux sélectifs
− Drigalski, Mac Conkey (entérobactéries)
− Hektoen (Salmonelle, Shigelle, E. coli)
− milieu SS
 Milieux chromogènes
− CPS ID3
 Entérobactéries : culture (3)
• Drigaski :
 Isolement et identification des entérobactéries.
 Sels biliaires + cristal violet = inhibition des Gram +
 Incubation 24h pour fermentation du lactose
• Lactose + : jaune : E.coli, Klebsiella, Enterobacter
• Lactose - : bleu-vert : Salmonella, Shigella,
Proteus et apparentés, Hafnia, Serratia
• Hektoen :
 Isolement des bactéries pathogènes
 Si fermentation d’au moins 1 des 3 sucres (lactose,
saccharose, salicine) : colonies jaune-saumon
E.coli, Klebsiella, Citrobacter, Enterobacter, Serratia
 Si H2S +, colonies à centre noir
P. mirabilis, Salmonella
 Sensibilité aux ATB

• Résistance naturelle :
 Péni G et M
 Macrolides
 Anti Gram + :
− acide fusidique
− glycopeptides
− oxazolidinones
 Sensibilité aux β-lactamines (1)
• Groupe 1 : pas de β-lactamase
 Escherichia coli, Shigella
 Proteus mirabilis
 Salmonella
• Groupe 2 : pénicillinase
 Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca
 Citrobacter diversus (=koseri)
 Escherichia hermannii
• Groupe 3 : céphalosporinase
 Enterobacter, Citrobacter Freundii, Serratia, Morganella, Hafnia.

• Groupe 4 : pénicillinase + céphalosporinase

 Yersinia enterocolitica
Sensibilité aux β-lactamines (2)
 Sensibilité aux β-lactamines (3)

• Groupe 1 : pas de β-lactamase

 Escherichia coli, Shigella
 Proteus Mirabilis
 Salmonella

• Groupe 2 : pénicillinase
 Klebsiella pneumoniae,
Klebsiella oxytoca
 Citrobacter diversus (=koseri)
 Escherichia hermannii
Escherichia coli
 E. coli : généralités

• Habitat :
 Tube digestif des animaux et de l’homme :
côlon +++
espèce majoritaire de la flore intestinale aérobie
 coliformes dans l’eau : contamination fécale
• Pathologie humaine +++
• Ceux sont des bacilles de 2µ à 3µ de long sur 0.7µ de large.
    Ils se présentent soit seuls ou groupés le plus souvent par deux
(diplobacilles), plus rarement ils sont rencontrés en amas.
    Ils ont mobilité positive grâce à une ciliature péritriche, mais
très réduite.
    Le sérotype 0 :111 est immobile.
C’est aussi un pathogène indiscutable pour
l’homme et l’animal.
• responsable de diarrhées aiguës de type
• cholériforme (turista)
• dysentériforme
• hémorragique
• - infections urinaires: cystites,
pyélonéphrites
 E. coli : caractères bactériologique

• Biochimie : BG –
 oxydase –
 indole +
– lactose +Certaines souches ont une faible activité métabolique
(lactose (-) confondues avec shigelles)

 uréase –, β-galactosidase +
 VP –, citrate –, LDC +, ADH –, H2S –, (gaz +)

• Antigènes :
O : 180 types / H : 56 types / K : 93 types
 E. coli : pathogénicité

• Pathogénicité : propriétés qui rendent la bactérie

pathogène
– Dépend de facteurs de virulences retrouvés chez
certaines souches.

• Pathovar = variant qui possède des propriétés de

pathogénicité
sérotype compatible + facteurs de pathogénicité
 E. coli : pathogénicité

• Facteurs de pathogénicité :
 capsule : s’oppose à la phagocytose
 adhésines (pilis) : fixation aux cellules épithéliales
 toxines :
− endotoxines : LPS donnant aux bactéries la capacité
d'échapper à l'activité bactéricide du sérum de l'hôte en
s'opposant à la fixation du complément.
− entérotoxines : thermostable ST ou thermolabile LT
− cytotoxines : Shigatoxines ou verotoxines: des toxines qui
altèrent l’intégrité des entérocytes
 E. coli : pathologie humaine
• Infections urinaires
 cystite, pyélonéphrite, prostatite
 voie ascendante
 sérotypes O1, 2, 4, 6, 7, 16, 18, 75 et K1, 2, 3, 12, 13
 adhésines F7 à F13
• Infections abdominales
E. coli est souvent responsable de suppurations péritonéales, biliaires,
appendiculaires. Les souches en cause ont un pouvoir , cytotoxique sur les
polynucléaires, opposent une résistance à la phagocytose  et possèdent des
systèmes de captation du fer.
• Infections maternofœtales
 bactériémies et méningites à E. coli K1
• Bactériémies, choc endotoxinique (LPS)
• SHU
 sérotype O157 H7
 E. coli : pathologie humaine
• Syndromes diarrhéiques
Pathovars : E. coli “entérovirulents”
Plusieurs mécanismes physiopathologiques sont en cause selon les
souches responsables :
 ETEC : entérotoxinogène
 EPEC : entéropathogène
 EHEC : entérohémorragique
 EIEC : entéroinvasif
 EAggEC : entéroagrégatif
 DAEC : à adhésion diffuse
 E. coli “entérovirulents”
• ETEC: EnteroToxinogenic Escherichia Coli (O6, O8, O15, O20, O25, O63, O78
O80, O85, O115, O128, O139)
Clinique :
− diarrhée du voyageur = “turista”, diarrhées infantiles, et de syndromes
diarrhéiques épidémiques dans les pays du tiers-monde.
− Elles se fixent sur la muqueuse par des pili et élaborent les entérotoxines
thermolabile (LT) et thermostable (ST). Il en résulte une perte hydrique et
électrolytique importante, comme dans le choléra. Ces toxines peuvent
exister seules ou associées entre elles dans la même souche.
− Ces facteurs de virulence sont codés par les plasmides. Cette infection se
caractérise par une diarrhée très liquide cholériformes, des nausées, des
crampes abdominales associées ou non avec une légère fièvre.
− inoculum infectant : 108 bactéries
 Pathogénicité :
- facteurs d’adhésion à la muqueuse intestinale: F2, F3
- entérotoxines thermolabile LT (analogie toxique
cholérique) ou thermostable ST
 E. coli “entérovirulents”

• EIEC: EntéroInvasive Escherichia Coli :O28, O112, O124, O136, O143,

O144, O147, O152

• Le mécanisme d’action est identique à celui de Shigella. Ils se rencontrent
dans des diarrhées infantiles ou d’adultes. Comme Shigella ils possèdent un
plasmide codant pour le pouvoir invasif. Elles envahissent les cellules
épithéliales du gros intestin, s’y multiplient et causent des réactions
inflammatoires localisées pouvant aboutir à des ulcérations. Ils sont rares
ainsi on ne fait pas de recherche systématique par coproculture.
• inoculum infectant : 108 bactéries (vs 102 pour S. dysenteriae)
 E. coli
“entérovirulents”

• EPEC:EnteroPathogenic Escherichia Coli) (O26, O55, O86, O111, O119,

O125, O126, O127, 0128, O142)
leur mécanisme pathogénique est dû à un phénomène d’entéro-adhérence qui
efface la bordure en brosse des entérocytes. Ils peuvent également sécréter
une toxine létale pour certaines cellules en culture. Le facteur d’adhérence
des EPEC est porté par un plasmide.
• tableau clinique de gastroentérite aiguë (nourrissons ++)
• fièvre, vomissements, douleurs abdo, diarrhée aqueuse +/– muqueuse
• Pathogénicité : attachement-effacement
− adhésion par fimbriae
− destruction des microvillosités et modification de la membrane
cellulaire
− gène chromosomique eae
 E. coli “entérovirulents”
• EHEC: EnteroHaemorragic Escherichia Coli – (O157 mais aussi O26,
O55, 0103 et O111)
Clinique :
− colite hémorragique
− diarrhée sanglante, crampes abdo sévères
− +/– SHU (syndrome hémolytique et urémique)
Epidémiologie :
− cas sporadiques ou épidémies, nourrissons, (sujets âgés)
− O157 : H7
 Pathogénicité :
− attachement-effacement (eae)
− cytotoxines : verotoxines = shigatoxines (d’où “STEC”)
gènes stx1, stx2 (prophage)
affinité pour Gb3, récepteur membranaire des entérocytes et des
cellules endothéliales (côlon, rein, SNC)
 E. coli O157 : H7

Utilisation des caractéristiques biochimiques

de E. coli O157:H7 (Mutants!)

• sorbitol –

• ß-glucuronidase –

•Résistance intermédiaire au céfixime et au tellurite

 E. coli “entérovirulents”
• E. coli entéroagrégatif

 Les EAggEC sont des souches qui ne sécrètent pas les entérotoxines LT ou ST, leur
pouvoir se fait par adhésion aux cellules (adhésion agrégative). Environ 40 % des
souches d’EAggEC produisent l’entérotoxine EAST1 (pour « EAggEC ST-like
toxin »), qui présente environ 50 % d’homologie avec la toxine ST des ETEC. La
contribution de ces toxines au pouvoir pathogène n’est pas encore établie.
• diarrhée aqueuse ou mucoïde persistante,
fébrile
• nourrissons, jeunes enfants
 Pathogénicité :
− Facteur d’adhésion AAF, biofilm muqueux
plasmidique
− +/– entérotoxine thermostable EAST
E. coli à adhésion diffuse:  

Ces souches, tout d'abord classées avec les Escherichia coli entéro-pathogènes,
forment maintenant un groupe à part, du fait de leur phénotype d'adhésion
particulier qui n'implique pas d'agrégats microbiens.

    Deux marqueurs caractérisent ces souches :

l'antigène fibrillaire de surface F1845 associé à un fimbriae (pilus)

la protéine adhesin involved in diffuse adhérence, AIDA-1
E. coli : pathologie humaine
 E. coli : diagnostic biologique

• Prélèvements :
urines, sang, pus, LCR, selles, ascite, etc.
• Culture :
 Drigalski : col jaunes
 Mac Conkey : col rouges à halo opaque
 CPS : col rose

• Galeries d’identification
 E. coli : diagnostic biologique
• A partir de prélèvements divers, urines, selles, sang, L.C.R, pus, liquide d'ascite, on
recherche le colibacille par des techniques bactériologiques :
A  - L'examen microscopique révèle la présence de bacilles à Gram négatif mais il
arrive que la morphologie soit atypique.
        B - La culture sur milieux simples ou sur milieux lactoses avec indicateur
coloré donne lieu au développement de bacilles à Gram négatif, fermentant le
lactose et possédant les caractères biochimiques qui caractérisent l'espèce.
        C - Un sérotypage n'est pratiqué couramment que pour les souches
entéropathogènes (EPEC) et pour les sérotypes O157 (EHEC) pour lesquelles il
existe des sérums agglutinants spécifiques.
        D - La recherche de l'antigène K1 dans le sérum, le L.C.R ou les urines du
malade par agglutination permet un diagnostic rapide en particulier chez le
nourrisson ou le nouveau-né infecté mais on observe une réaction croisée avec
l'antigène du groupe B des méningocoques.
• E - Le sérodiagnostic des infections à colibacilles n'est utile que dans les
infections urinaires de l'enfant où la découverte d'anticorps (par
agglutination) fait craindre une "infection haute".
        F - On peut révéler la présence d'adhésines grâce à leur pouvoir
hémagglutinant sur les globules rouges humains ou animaux.

        G - Les souches EIEC qui ressemblent aux Shigella sont reconnues
par leur pouvoir invasif mis en évidence par le test de Sereny (l'instillation
de la souche sur l'œil d'un cobaye provoque une kérato-conjonctivite)
        H - Il est parfois demandé de rechercher sur les souches isolées
d'infections urinaires des anticorps fixés sur les bactéries dont la présence
signerait une infection haute, rénale ou pyélo-calicielle.
 E. coli : diagnostic biologique

• Facteurs de pathogénicité :
 Culture cellulaire : effet cytotoxique des shigatoxines
cellules Vero et EHEC
 ELISA :
− entérotoxines ST et LT (ETEC)
− shigatoxines (EHEC)
 Biologie moléculaire : PCR
− gène eae
− gènes stx1 et stx2
eae+ et stx– → EPEC
eae+ et (stx1+ ou stx2+) → EHEC
 Escherichia coli entéropathogène

EPEC: gène eae seul

Celui-ci est situé à environ

384 pb.
 Escherichia coli entérohémorragique

EHEC: 6 possibilités de
gènes recherchés:

- stx1 seul
- stx2 seul
- stx1 + stx2
- stx1 + eae
- stx2 + eae
- stx1 + stx2 + eae

Les tailles des gènes stx1 et stx2

sont respectivement environ égales
à 140 pb et 584 pb.
Shigella
 Shigella
Agents de diarrhées sanglantes et mucopurulentes
aiguës ou chroniques dont la forme la plus grave est la
dysenterie bacillaire par analogie à la dysenterie amibienne.
1896: Kiyoshi Shiga, bactériologiste japonais, isole le
premier l’agent de la dysentérie qui portera plus tard le nom de
Shigella dysenteriae.
Les autres espèces de shigelles ont été isolées ultérieurement.
Sont adaptées strictement à l’homme et éventuellement au
singe.
Très proches génétiquement d’E. coli.
 Shigella : généralités

• Réservoir strictement humain

• Pathogène obligatoire : syndrome dysentérique
rares porteurs sains
• Dose infectante : ≈ 100 germes !
• Transmission : péril fécal, manuportage, TIAC
• 4 espèces :
 S. sonnei (ssgr D)
endémiques
 S. flexneri (ssgr B)
 S. dysenteriae (ssgr A)
épidémies PEVD
 S. boydii (ssgr C)
• Genre Shigella
• Bien que faisant partie sur le plan génétique de l'espèce
Escherichia coli , le genre Shigella a été conservé dans la
taxonomie pour des raisons médicales. Ce genre
comprend quatre « espèces » ou sous-groupes A, B,C, D
pouvant comporter un ou plusieurs sérotypes :
• groupe A, S. dysenteriae avec 15 sérotypes ; groupe
B,S. flexneri avec 6 sérotypes ;
• groupe C, S. boydii avec 18sérotypes ;
• et groupe D, S. sonnei avec un seul sérotype
 Habitat et épidémiologie

• La dissémination de la bactérie se produit

par l’intermédiaire des aliments, de l’eau
contaminée, des mains sales, des matières
fécales.
Pouvoir pathogène et habitat
S. dysenteriae type 1 ou bacille de Shiga
est l'agent de la dysenterie bacillaire stricto
sensu. Les autres Shigella provoquent des
syndromes dysentériques. Il existe en fait
de grandes variations dans la gravité des
infections, la forme la plus grave étant due
au bacille de Shiga.
 Shigella : Facteurs de virulences
• Plasmide d’invalidité
• Codant pour système de sécrétion de type III

•Toxine dysentérique : shigatoxine

inhibe synthèse protéique (capillaires)
+/ – néphrotoxique et neurotoxique
 Shigella :
physiopathologie
• Se rapproche de EIEC
• Entérocytes :
 invasion : modification du cytosquelette
et endocytose – plasmide d’invasion
 mobilité polaire intracellulaire
 invasion des cellules adjacentes
• MALT : infection des macrophages,
recrutement des PN → inflammation locale
intense, micro-ulcérations
Shigella : physiopathologie
 Shigella : clinique

• Typiquement : dysenterie bacillaire

 S.dysenteriae (ser. 1), PEVD ++
• Incubation : 2-5 jours
• Syndrome dysentérique :
 début brutal, fièvre
 diarrhée glairo-sanglante
 douleurs abdominales, épreintes, ténesme
• Complications digestives :
 prolapsus rectal, mégacôlon, perforation
• Complications extra-digestives :
 convulsions, SHU, glomérulonéphrite aiguë
 Shigella : diagnostic biologique

• Prélèvement :
Selles liquides glairo-sanglantes
• Examen direct :
 nombreux leucocytes
 flore déséquilibrée, nombreux BG –
• Culture : milieux sélectifs
 Drigalski : col bleu-vert
 Hektoen : col verdâtres sans centre noir
 SS : col translucides, incolores
uréase –
• Galeries d’identification
 Salmonella et Shigella
•Des milieux sélectifs pour l'isolement des Salmonella et des Shigella sont disponibles.
• La gélose Hektoen contient des sels biliaires, un taux élevé de peptone pour
compenser l'effet inhibiteur de sels biliaires sur les shigelles, une quantité importante
(12 g/l) de lactose pour une mise en évidence précoce des bactéries fermentant le
lactose, du thiosulfate et du citrate ferrique permettant de détecter les bactéries
H2Spositives. Ainsi, sur ce milieu, les shigelles forment des
•colonies vertes et les salmonelles des colonies bleu-vert avec ou sans centre noir.
• Le milieu Salmonella-Shigella contient du rouge neutre comme indicateur de pH et
du vert brillant comme inhibiteur supplémentaire. Les bactéries ne fermentant pas le
lactose donnent des colonies roses, celles H2S positives en plus un centre noir.
• La gélose XLD (xylose-lysine-désoxycholate) est fondée sur la fermentation du
xylose (les shigelles ne fermentent pas le xylose), la décarboxylation de la lysine
(salmonelles et shigelles possèdent une lysine décarboxylase) et la production d'H 2 S.
• Génétiquement, les Shigella sont des E. coli,
immobiles, auxotrophes, adaptés à l'homme et
porteurs d'un plasmide d'invasivité.
• L'isolement et l'identification des Shigella sp. sont
donc délicats.

• Diagnostic différentiel du genre Shigella

• Shigella est à la fois immobile, non gazogène (sauf

variété de S. flexneri G), H2S, uréase, LDC, ONPG,
citrate Simmons, citrate de Christensen et acétate de
Trabulsi négatifs.
 Shigella : généralités

• Caractères bactériologiques :
 toujours immobiles
 biochimie
− lactose –
− uréase –, H2S –
− TDA –, LDC –, VP –, citrate –, acétate –
− S. sonnei : ODC +, S. dysenteriae : mannitol –
 hybridation ADN : Shigella – Escherichia
Caractère d'identification
L'identification biochimique du genre Shigella pose
principalement
le problème du diagnostic différentiel avec
une souche d' E. coli lactose négatif et immobile. Le milieu à
l'acétate de sodium de Trabulsi et d'Ewing et le milieu au citrate
de Christensen, qui sont d'une grande utilité en cas de doute.
Les Shigella sont caractérisées par de nombreuses réactions
négatives. L'origine de la souche – coproculture – est un élément
d'orientation capital. Les problèmes d'identification se posent
essentiellement avec les souches immobiles et agazogènes d' E .
coli.
S. dysenteriae type 1 est catalase négative, mais quelques
souches d'autres types pourraient également être catalase
négative.
Les cultures de S. sonnei dissocient fréquemment en deux
phases, l'une lisse de type habituel pour une entérobactérie,
l'autre mâte à surface et contours irréguliers.
Diagnostic d'espèce des Shigella
(caractères discriminants)
• Identification antigénique des Shigella
• Utiliser une culture en milieu solide non inhibiteur.
• Faire les agglutinations de préférence à partir des
colonies
• réensemencées sur milieu de Kligler-Hajna.
• Effectuer les agglutinations à l'aide des réactifs
BioRad.
• Les sérotypes les plus répandus en France sont S.
sonnei et S. flexneri.
 Shigella : diagnostic biologique

• Mise en évidence des facteurs de virulence

 plasmide d’invasion : PCR
 shigatoxine : ELISA
Salmonella
 Salmonella : généralités

• Salmonelles majeures, strictement humaines

 Salmonella Typhi, Paratyphi A, B ou C
 fièvres typhoïdes
• Salmonelles mineures, ubiquistes
 Salmonelloses digestives dues à des bactéries
entéropathogènes invasives
 Salmonella Typhimurium, Salmonella Enteritidis,
Salmonella Dublin, Salmonella Panama…
 ≈ 2200 sérotypes, ≈ 50 en France
 Salmonellose digestives = 1ère cause d’infection
d’origine alimentaire dans les pays industrialisés
 Salmonella : taxonomie

Salmonella enterica enterica Typhi (ssgr I)

• Classification de Kauffmann-White : 4 puis 7
sous-groupes rassemblant plusieurs sérotypes
• Etude ADN : 2 espèces
 Salmonella enterica +++ 6 sous-espèces
− S. enterica enterica (ssgr I)
− S. enterica salamae (ssgr II)
− S. enterica arizonae (ssgr IIIa)
− S. enterica diarizonae (ssgr IIIb)
− S. enterica houtenae (ssgr IV)
− S. enterica indica (ssgr VI)
 Salmonella bongori (ssgr V)
 Classification de Kauffmann-
White
Repose sur les antigènes O, H et Vi
• Antigène O :
 facteur majeurs/facteurs accessoires
facteur(s) majeur(s) → groupe de sérotypes
− O : 4 (B) 52%
− O : 6,7 - 6,8 - 8 (C1, C2, C3) 20%
− O : 9 (D) 19%
ex. : Salmonella Typhi O : 1,9,12,[Vi]
• Antigène H : monophasique ou diphasique :
 une phase désignée par lettres minuscules
 l’autre par des chiffres arabes
ex. : Salmonella Paratyphi B O : 1,4,[5],12 H : b ou 1,2
 Salmonella : antigène Vi

• Vi pour “virulent”
• chez Typhi, Paratyphi C et Dublin
• peut masquer l’antigène O : O inagglutinable
• thermolabile : chauffer à 100°C
pour le sérotypage O
 Salmonella : pathologie
• Fièvres typhoïdes
 Salmonella Typhi ou Paratyphi A, B ou C
 bactériémies à point de départ lymphatique digestif
• Toxi-infections alimentaires
 tous les autres sérovars
 gastro-entérites
• Manifestations extra-digestives :
 divers sérovars
 sujets fragilisés
 bactériémies, infections pleuro-pulmonaires,
ostéoarticulaires, neuroméningées, cardiovasculaires,
abcès de rate…(drépanocytaires +++)
 Salmonella : épidémiologie

• 99,5% : Salmonella enterica enterica

• Salmonelles :
 éliminées dans fèces
 résistantes dans le milieu extérieur
• Contamination par voie digestive :
 exclusivement humains : Typhi, Paratyhi A, Sendaï
 exclusivement animaux : Abortusovis, Gallinarum
 ubiquistes : Typhimurium
Hadar, Virchow volailles et homme
Dublin bovin et homme
Bovismorbificans produits laitiers et homme
 Salmonella : épidémiologie

• Typhoïde : sérovars humains / péril fécal

• Salmonelloses digestives :
 sérovars issus du monde animal
 aliments souillés peu cuits :
− laitages,
− œufs,
− viandes,
− crudités,
− coquillages…
Salmonella : épidémiologie 2
 Salmonella :
physiopathologie
• Inoculum > 105 germes
• Franchissement de la muqueuse du
grêle → plaques de Peyer → ganglions
mésentériques
• Dissémination secondaire (lymphe et sang)
septicémie → localisations secondaires
 macrophages +++
 vésicule biliaire = sanctuaire
• Endotoxine : atteintes viscérales :
 digestive, cardiaque, cérébrale
• Excrétion bacille dans selles : 50 à 80%
des malades, excrétion asymptomatique
possible
 Typhoïde : clinique
• Incubation : 7 à 15 j
• Début progressif :
 fièvre jusqu’à 40°C, AEG
 céphalées, insomnie, douleurs abdo
 Taches rosées en médaillon
 pouls dissocié
• Phase d’état :
 fièvre en plateau, tuphos, insomnie nocturne
 douleurs abdo, diarrhée jus de melon
• Complications :
 hémorragie digestive, péritonite,
 myocardite, encéphalite (tox)
 cholecystite, ostéoarthrites, abcès splénique (dissem)
 Salmonella : diagnostic
biologique
• Prélèvements :
 Fièvres typhoïdes : sang +/– selles
 Gastro-entérites : selles
 Liquides d’épanchement
 TIAC : aliments
• Culture :
 Col grasses, translucides, grisâtres, brillantes, bombées
• Caractères biochimiques :
 Lactose –
 Indole –, uréase –, TDA et PDA –, VP –
 H2S + sauf Paratyphi A
 Salmonella : diagnostic
biologique
• Coproculture :
 Hektoen : col vertes à centre noir
 SS : col incolores à centre noir
 Enrichissement : bouillon sélénite-cystéine
 Repiquage SM ID2 : col violettes
Uréase –
• Identification :
 Galeries : Api 10 S
 Vitek
 Sérotypes : agglutination sur lame
sérums polyvalents anti-O et anti-H (inversion de phase)
 Salmonella : diagnostic
biologique
• Sérodiagnostic de Widal et Felix : orientation
Détection des Ac anti O et anti H des fièvres typhoïdes
par technique d’agglutination
 Positif à partir du 8ème j
 Anti O :
− + si au moins 1/200
− donnent le groupe
− se négativent en 2 à 3 mois
 Anti H :
− persistent pendant des années (ancien vaccin TAB)
 Peu spécifiques : faux positifs
Pathologie infectieuse ou non
 Salmonella : traitement
• Sensibilité aux antibiotiques :
R apparues dans PEVD, multiples, plasmidiques ++
France :
 β-lactamines : R acquise amox et coamoxiclav
(ser. Typhimurium, Hadar), rares R C3G CTX-M importées
 Tétracyclines
 Chloramphénicol, Q1G
Typhimurium DT104 :
R péni A, chloramphénicol, streptomycine, sulfamides
Tétracyclines (chromosomiques)
+/– ciproflo, triméthoprime
• Antibiogramme ++
Salmonella: résistances
 Salmonella : traitement

• Typhoïdes :
 fluoroquinolones 5 à 10 j
 C3G 10 à 14 j
 ttt adjuvant : symptomatique,
 maladie à déclaration obligatoire
• Gastro-entérites :
 réhydratation ++
 ATB seulementsi forme sévère ou sujets
immunodéprimés, augmente risque de portage chronique
• Azithromycine ?
 intérêt si R Q2G
 Salmonella : prévention
• Mesures d'hygiène
 lutte contre le péril fécal
 chaîne alimentaire : réglementation, contrôle
 typhoïde : isolement des malades,
dépistage et traitement des porteurs sains
• Vaccination : Typhim Vi®
 vaccin polyosidique
 Salmonella Typhi
 1 injection, protection pendant 3 ans
 enfant > 2 ans et l’adulte,
obligatoire pour les personnels de laboratoire et
militaires, recommandé pour les voyageurs