2020

INTRODUCTION AU MONDE MICROBIEN

FACULTE DE MEDECINE D’ORAN/ CHUO

DR.S.ZOUAGUI
2019-2020

Objectifs
• Connaitre l’intérêt de l’enseignement de la
microbiologie médicale.

• Connaitre la différence entre :

Eucaryote/Procaryote/Virus et leurs
taxonomies.

• Avoir un aperçu générale du programme

d’enseignement de l’année en cours.
 2020

Le Monde microbien
Introduction
• La microbiologie (du grec "mikros" = petit,
"bios" = vie,"logia"= théorie, science) est la
science qui étudie les micro-organismes
(organismes microscopiques):
• Bactéries → bactériologie
• Virus → virologie
• Parasites → parasitologie
• Champignons → mycologie

Le Monde microbien
Introduction

• Les micro-organismes aussi

appelés microbes et protistes,
forment un ensemble d’organismes
vivants microscopiques, invisibles à
l’oeil nu.
• C’est leur seul point commun, car
ils diffèrent et varient par leur
morphologie, leur physiologie, leur
mode de reproduction et leur
écologie.
 2020

Omniprésents et abondants dans

l’environnement

Premières observations d’organismes microscopiques

(loupe constituée d'une lentille biconvexe) qui permit d'observer les micro-organismes
6
("animalcules").
 2020

Louis Pasteur Robert Koch

L‘HISTOIRE
• En 1673, Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723) fut le premier à
observer les bactéries qu’il appela animalcules. Ce drapier hollandais
observa pour la première fois les bactéries et décrivit leur différentes
formes

 Deux siècles plus tard rôle des bactéries dans :

- les processus de fermentation

- la transmission des maladies infectieuses
• Les scientifiques les plus illustres de cette époque furent Louis
Pasteur et Robert Koch

 L’universalité du code génétique tous les organismes

vivants, eucaryotes et procaryotes proviennent d’un ancêtre
commun.
7

PLACE DES MICRO-ORGANISMES

DANS LE MONDE VIVANT

La Classification
Les Six règnes et trois
domaines
 2020

Les six règnes

• Aristote (384-322 av. J.-C.) classait les
organismes ainsi:
Organismes vivants

Plantes Animaux

Herbes Terre
Eau
Arbustes Air

Arbres

Les six règnes

• L’invention du microscope a compliqué la
classification.
• découverte des micro-organismes,
certains se déplacent et cherchent leur
nourriture, comme les animaux, d’autres
sont photosynthétiques, comme les
plantes.
• En 1866, Ernst Haeckel a proposé de
regrouper dans un troisième règne, les
protistes, les micro-organismes qui
étaient ni animaux, ni végétaux.
 2020

Les six règnes

• découverte que les champignons et les
moisissures se nourrissent par absorption et
non par photosynthèse

un quatrième règne, celui des

mycètes.

Les six règnes

• Les bactéries sont de minuscules organismes
unicellulaires, dépourvues de noyau et
d’organelles.
• Elles sont donc, un cinquième règne, celui des
bactéries (aussi appelé règne des eubactéries,
règne des procaryotes ou règne des monères)
 2020

Les six règnes

• Dans les années 1990, les scientifiques ont découvert
des bactéries qui vivaient dans des milieux
extrêmement hostiles, (lacs salés, sources chaudes et
acides).
• Ces organismes possèdent des structures et des
mécanismes qui leur permettent de vivre dans des
conditions qu’aucun autre organisme (même les
autres bactéries) ne pourrait tolérer.
• Les scientifiques ont donc créé un sixième règne, les
archéobactéries.

Les six règnes

Procaryotes Eucaryotes
Bactéries Protistes
Archéobactéries Mycètes
Plantes
Animaux
La classification en 6 règnes (Carl Woese, 1977), est prise en considération, sur la
base de l'analyse des séquences d'ARN ribosomique (16S ou 18 S), et proposition
de diviser le monde vivant en trois « règnes primaires », ceux des
archéobactéries, des eubactéries et des eucaryotes
 2020

Les trois domaines

• Les procaryotes sont beaucoup plus diversifiés
qu’on ne le soupçonnait.
• L’organisation moléculaire et la structure de
l’ARN diffèrent chez les bactéries et les
archéobactéries.
• Les scientifiques ont donc résolu de créer un
niveau de classification au-dessus du règne: Le
domaine.

Les trois domaines

Domaine des Domaine des Domaine des

bactéries archéobactéries eucaryotes
Règne Règne Règnes :
des bactéries archéobactéries des protistes
des mycètes
des végétaux
des animaux

Dans aucune classification, les virus ne forment un

règne en tant que tel. Ils ne sont pas considérés
comme des êtres vivants.
 2020

Toxoplasme Diatomée Saccharomyces Pénicillium

algue unicellulaire levure Roquefortii
moisissure bactéries

Virus mosaïque
du tabac

Rotavirus

DIVERSITE DES MICROBES

2020
 2020

Structure cellulaire Eucaryote Procaryote

Taille 2 - 20 mm 0,3 - 2,5 µm

Noyau présence absence
plusieurs chromosomes un seul chromosome
Nucléole présence absence
Membrane nucléaire présence absence

Mitochondrie présence absence

Lysosome présence absence

Appareil de Golgi présence absence

Réticulum endoplasmique présence absence

Ribosomes présence présence

association au RE
21

CARACTERISTIQUES DES PROCARYOTES ET DES EUCARYOTES

CELLULE PROCARYOTE CELLULE EUCARYOTE

 2020

ANATOMIE DES BACTERIES:

vue d’ensemble

Les virus
• Les virus sont des agents infectieux simples capables de
parasiter ces différentes cellules.
• Les virus infectant les procaryotes sont appelés
bactériophages (ou phages).
• Les virus sont impliqués dans les échanges génétiques
• Certains arguments laissent penser qu'ils pourraient être à
l'origine de l'utilisation de l'ADN comme support génétique
et à l'origine des 3 domaines à partir de cellules primitives
ayant des génomes ARN.
• Ils sont probablement impliqués dans la formation du
noyau des cellules eucaryotes.
• Remarque
• Nous traiterons dans ce cours essentiellement des
bactéries et des virus responsables de pathologies
humaines.
 2020

Les virus
• De manière classique les virus sont définis comme:
• des agents infectieux possédant les caractéristiques suivantes :
• taille inférieure aux bactéries (25 à 300 nm),
• génome ne contenant qu’un seul type d’acide nucléique (ADN ou ARN).
• structures spécifiques
• pas de métabolisme ni de croissance.
• multiplication par réplication de leur génome dans les cellules (en fait
on peut considérer que le virus est répliqué par la cellule).

• Ces critères souffrent d'exceptions de découvertes récentes :

• taille importante et aspect GRAM positif en microscopie optique
(Mimivirus, Mamavirus),
• présences d’ARN et d’ADN dans les particules virales (Herpesviridae,
Poxviridae, Mimivirus),
• croissance de la particule virale (Acidianus two-tailed virus),
• sensibilité aux pathogènes (virus Sputnik, agent delta),
• présence de ribosomes (d’origine cellulaire) dans la particule virale
(Arenavirus),

STRUCTURE DU VIRUS
ENVELOPPE :
Nature lipidique
Porte à sa surface des
glycoprotéines

CAPSIDE :
Protéique,deux formes :
cubique ou hélicoïdale

GENOME : un SEUL
génome : ADN ou ARN
 2020

Différences entre BACTERIE et VIRUS

BACTERIE
Petite taille
Protiste procaryote unicellulaire
Multiplication autonome
Matériel génétique : ADN
chromosomique , plasmides ; ARN
Observé au microscope optique
Organisation structurale unicellulaire
avec éléments obligatoires et facultatifs
Survie dans le milieux extérieur
VIRUS
Encore plus petit inferieur à 1
micromètre
êtres vivants acellulaire
Parasite intracellulaire obligatoire : a
besoin de la machinerie de la cellule hôte
pour se multiplier
Génome viral : une seule molécule ADN
ou ARN
observé qu’au microscope électronique
composé de capside renfermant le
génome viral ,avec ou sans enveloppe
Ne survie pas en dehors d’une cellule
hôte

Bactéries Virus

ADN + ARN ADN ou ARN

Croissance et division Pas de croissance
Reproduction par division Pas de division
cellulaire (scissiparité) Visible au microscope
Visible au microscope optique électronique

Mars 2015: Pithovirus sibericum est le dernier venu dans la famille des virus géants,
des virus assez grands pour être visibles au microscope optique, découverts au
cours de la dernière décennie. D’un diamètre de 0,5 micromètre et long de 1,5
micromètre, Pithovirus sibericum, un virus géant vieux de 30 000 ans, a été exhumé
dans l’Est sibérien. Et il est encore infectieux…

28
 2020

Nomenclature

-On se doit d’écrire en italique, avec uniquement

la première lettre du genre en lettre capitale,
et sans accent.

-On peut insérer dans cette classification des

groupes, des types, des vars suivi de préfixe:
séro, bio, sous …etc.

Terminologie binomiale en latin

Berger’s Manuel (2005)

Mode de classification des bactéries: exemple
• Domaine: Bacteria
• Règne: Procaryotae
• Phylum: Firmicutes
• Classe: Bacilli
• Ordre: Bacillales
• Famille: Staphylococcaceae
• Genre: Staphylococcus
• Espèce-type: Staphylococcus aureus.
30
 2020

Nomenclature des virus

• Dans leur utilisation formelle, les noms officiels
des ordres, familles, sous-familles et genres
viraux sont décrits en italique avec leur première
lettre en majuscule.
• Depuis 1998, cette règle s'étend à l'espèce.
Lorsque ce taxon est en italique, cela signifie que
le virus à été officiellement reconnu par
l'International Committee on Taxonomy of
Viruses (ICTV), organisme officiel en charge de la
taxonomie des virus.

Nomenclature des virus

La lecture doit se faire ainsi :

-Famille de virus (----viridae).

-Sous-famille (----virinae).
-Genre (----virus).

-Les espèces virales sont dénommées en anglais et en italique, par exemple : Human
enterovirus A ou Poliovirus
-l’abréviation officielle est écrite entre crochets, par exemple [HEV-A] ou [PV].
-Le nom commun français est entre parenthèses et en caractères droits, par exemple
: (virus respiratoire syncytial humain).

exemple : famille Paramyxoviridae

sous-famille : Pneumovirinae
genre : Pneumovirus
espèce: Human respiratory syncytial virus [HRSV]

dénomination et abréviation communes : (virus respiratoire syncytial humain).

 2020

• VIROLOGY (nomenclature) Main rules for the correct

spelling of names of viruses and related agents:
• The name of the order always ends in the suffix –virales
and is written in italics and the first letter is capitalized.
• The name of the family always ends in the suffix –viridae
and is written in italics and the first letter is capitalized.
• The name of the subfamily always ends in the suffix –
virinae and is written in italics and the first letter is
capitalized.
• The name of the genus always ends in the suffix –virus and
is written in italics and the first letter is capitalized.
• Order Mononegavirales
• Family Paramyxoviridae
• Subfamily Paramyxovirinae
• Genus Morbillivirus

Programme du module de
Microbiologie
• Fondamentale et thérapeutique
• Systématique
• Appliquée (diagnostique médical)
• Santé publique et hospitalière
 2020

Programme virologie médicale

 Structure et classification des virus

 Multiplication virale et ses conséquences
 Physiopathologie des infections virales
 Classification des virus pathogènes

 Diagnostic virologique
 Chimiothérapie antivirale

Programme bactériologie médicale

• Structure bactérienne.
• Nutrition/croissance bactérienne.
• Génétique bactérienne.
• Pouvoir pathogène / Relation hôte-bactérie.
• Classification des bactéries d'intérêt médical.
• Les Antibiotiques.
• La résistance aux antibiotiques.
• Bases bactériologiques de l’antibiothérapie.
• Stérilisation/ Désinfection.
• Sérums et Vaccins
 2020

MERCI !