Introduction à la

microbiologie

Dr Arsalane Lamiae
Professeur de Bactériologie-Virologie. FMPM 1
La microbiologie est la science des formes de vies
microscopiques.

Une bactérie: Etre unicellulaire de petite taille

(microorganisme) qui présente des caractéristiques
propres (Procaryote).
1 micron (1µm) = 10-6m
Taille : variable de 1µm à 10µm en général
→ les plus petites : 0.3-0.8µm (Chlamydia, Rickettsia)

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Intérêt:

 Rôle important dans plusieurs domaines (médical,

agroalimentaire..)

 Médecine:

-Fabrication des vaccins, antibiotiques, enzymes …

- Diagnostic et traitement des maladies infectieuses.

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 1- Historique

Découverte du monde bactérien: début du 18ème siècle

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 1- Historique
Rôle des microorganismes dans les maladies: 2ème partie
du 19ème siècle.
Robert koch Louis Pasteur

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 1- Historique

• Alexander Flemming (1928)= découverte de la pénicilline

• 2ème partie du 20ème, début du 21ème siècle:

- Biologie moléculaire.
- Maladies émergentes ou réémergentes.
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 2- Agents infectieux

cellulaires non cellulaires

- Prions
Procaryotes Eucaryotes
- Virus
Bactéries - Protozoaires

- Champignons
microscopiques

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 3. Comparaison entre cellules Procaryotes
et Eucaryotes.
Cellules eucaryotes
Cellules grandes

Vrai noyau

Ribosome 80S

Présence de
mitochondries, de
réticulum
endoplasmique …

Pas de paroi ni
structures annexes
(flagelles…..) 8
 3. Comparaison entre cellules Procaryotes
et Eucaryotes.
Cellules procaryotes
Cellules petites

ADN non entouré

d'une membrane nucléaire

Ribosome 70S

Absence d’organites
délimités par une
membrane

Présence de paroi et
structures annexes
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 3. Comparaison entre cellules Procaryotes et
Eucaryotes.
Eucaryotes
Cellules généralement grandes
(10-100 µm)
Présence d'un vrai noyau, avec
chromatine et membrane
nucléaire
Division cellulaire par mitose
classique
Présence de réticulum
endoplasmique et des
structures associées
Présence de mitochondries,
appareil de Golgi
Absence de paroi
Procaryotes
Cellules généralement petites
(1-10 µm)
Chromosome (ADN) sans
chromatine, non entouré d'une
membrane
Division cellulaire par scission
binaire transversale
Pas de réticulum endoplasmique
ni de structures associées
Pas d'organites intracellulaires
Présence de paroi
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 4- Taxonomie bactérienne
La taxonomie bactérienne est la science qui permet
de classer, de nommer et d’identifier rationnellement
les organismes vivants en groupes d'affinité ou taxons
sur la base de leurs propriétés.
La classification décrit les taxons et les rapports qu’ils
ont entre eux.
La nomenclature réunis les règles permettant de
nommer une bactérie. Elle est universelle.
L’identification consiste à placer une bactérie dans un
taxon.
11
 4- Taxonomie bactérienne

Classification

Il n'existe pas de classification officielle des

bactéries et la classification "la plus officielle" est
celle adoptée par la majorité des bactériologistes. En
revanche, il existe des règles gouvernant la
nomenclature bactérienne et dont le respect conduit
au concept de "nomenclature correcte".

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 4- Taxonomie bactérienne

Nomenclature bactérienne

Une souche est nommée en latin de son nom de genre,

écrit avec une majuscule et du nom d’espèce, écrit en
minuscule. L’ensemble du nom s’écrit sans accent, en
italique ou souligné dans les textes dactylographiés ou
manuscrits.

Exemples : Neisseria meningitidis = méningocoque

Streptococcus pneumoniae = pneumocoque

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 4- Taxonomie bactérienne

• A l’intérieur d’une espèce, il peut exister des variants qui

se différencient de l’espèce-type par des caractères
mineurs et stables mais n’entrant pas dans la définition
de l’espèce. Il peut s’agir de caractères :
Biochimiques définissant un biovar ou biotype.
Antigéniques définissant un sérovar ou sérotype.
Pathogéniques définissant un pathovar.
De sensibilité aux antibiotiques définissant un
antibiotype.
14
Cours 1: Structure bactérienne

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 Objectifs pédagogiques:
 Détailler les éléments constants et inconstants de la
structure bactérienne.

 Comprendre les fonctions des composants bactériens.

 Comprendre le rôle de chaque élément de la cellule

bactérienne dans la physiopathologie des infections
humaines.
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 Plan
I- Méthodes d’étude de la cellule bactérienne

II- Structure générale

II-1. Structures obligatoires

1) Paroi
2) Membrane cytoplasmique
3) Cytoplasme
4) Chromosome
5) Ribosomes

II-2. Structures facultatives

1) Capsule
2) Pili
3) Flagelles
4) Plasmides
5) Spores 17
 I- Méthodes d’étude de la cellule
bactérienne

Compte tenu de leur taille (de l'ordre

du micron), les bactéries sont
visualisées par le microscope.
Microscope optique à fond clair:
L’objectif donne une image réelle
agrandie de l’objet et cette image
est observée à travers un oculaire
qui l’agrandit une deuxième fois. Microscope optique à fond clair

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 I- Méthodes d’étude de la cellule
bactérienne

Microscope à contraste de
phase
utile pour observer les objets
transparents comme les cellules
vivantes . Il en donne une image
sombre sur fond clair

Microscope optique à contraste

de phase
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 I- Méthodes d’étude de la cellule
bactérienne

Microscope à fond noir

donne une image formée par la
lumière réfléchie ou réfractée
par l’objet qui apparait en clair
sur fond sombre.
Procédé utile pour observer les
organismes très minces comme le
tréponème de la syphilis.
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 I- Méthodes d’étude de la cellule
bactérienne

Microscope optique à
fluorescence

utisation d’un fluorochrome pour

la mise en évidence de bactéries
ou d’anticorps.

inclusions de Chlamydia
trachomatis

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 I- Méthodes d’étude de la cellule
bactérienne
Microscope électronique (ME):
faisceau d’électrons accélérés
dans un champ magnétique à la
place de la lumière visible.

• surtout utilisé en virologie ou

pour observer des détails de
structure des cellules
Pseudomonas
bactériennes. aeruginosa au
ME

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 Données fournies par la microscopie optique

Après observation à l’état frais (EF):

-Les bactéries: présence, abondance, mobilité éventuelle.

-La cytologie: évaluation semi-quantitaive

Hématies Leucocytes
observées à l’EF observés à l’EF
Obj: 40 Obj: 40

23
 Données fournies par la microscopie optique

Après colorations: réalisation d’un frottis mince,

séchage, fixation et coloration.

bleu de méthylène les cellules et les bactéries sont

colorées en bleu

24
 coloration au Maygrunwald Giemsa:

MGG hématies

leucocytes

coloration de Ziehl-Neelsen

spécifique des Mycobactéries.

mise en évidence des Bacilles Acido-

Alcoolo-Résistants = BAAR

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 Coloration de Gram

1er Colorant Cristal violet

Fixateur Lugol

Décolorant Décoloration

Contre Colorant Safranine

Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif

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Autres données fournies par la coloration de Gram

-La taille: s'exprime en micromètres (m)

-La forme: sphérique, en bâtonnet, spiralée

-L’arrangement ou le mode de groupement des

bactéries.

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 Taille

Globule rouge
7000 nm

E.Coli
1300X4000 nm

Virus de la grippe
85 nm

Virus de la poliomyélite
27nm
29
 Acinetobacter
Forme
Entérobactéries…..

Bacillus

Listéria

Vibrio, Campylobacter

30
Forme

31
Forme et mode de groupement

Streptococcus pneumoniae

Streptococcus, Enterococcus et Lactococcus

Staphylococcus

Micrococcus

32
 Plan
I- Méthodes d’étude de la cellule bactérienne

II- Structure générale

II-1. Structures obligatoires

1) Paroi
2) Membrane cytoplasmique
3) Cytoplasme
4) Chromosome
5) Ribosomes

II-2. Structures facultatives

1) Capsule
2) Pili
3) Flagelles
4) Plasmides
5) Spores 33
 II- Structure générale
Organisation de la cellule procaryote

Pili
sexuel
II.1-Structures obligatoires: 1- Paroi bactérienne

- enveloppe rigide située à l’extérieur de la membrane

cytoplasmique

- Présente chez toutes les espèces bactériennes à

l'exception des Mycoplasmes.

- Comporte un polymère commun : PEPTIDOGLYCANE.

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II-1. Structures obligatoires: 1- Paroi bactérienne
Propriétés de la paroi bactérienne

Structure rigide (squelette externe)

- Maintient la forme de la bactérie .
-Protège la bactérie de l’extérieur, notamment des
variations de pression osmotique.
- Contrôle l’entrée de nutriments et le rejet des composés
nocifs dans le milieu extérieur.
- Se modifie pour permettre la croissance et la division
cellulaire.
- Cible d’activité de plusieurs antibiotiques. 36
II-1. Structures obligatoires: 1- Paroi bactérienne

1. 1- Peptidoglycane:

Structure générale:

N-acétylglucosamine N- acétylmuramique N-acétylglucosamine N- acétylmuramique

L-R1

D-Glu D-Ala
L-R3 L-R3
D-Ala D-Glu

L-R1

N- acétylmuramique N-acétylglucosamine N- acétylmuramique N-acétylglucosamine

37
38
 II-1. Structures obligatoires

1- Paroi bactérienne
a- Paroi des bactéries à
Acide
lipoteichoique Acide
teichoique
Gram positif
1. Structure homogène
et épaisse. Peptidoglycane

o Peptidoglycane++ Espace
périplasmique
o traversée par des
chaînes d’ acides Membrane
plasmique

teichoiques et
lipoteichoiques, mais
pauvre en lipides.
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Composition des acides teichoiques:

-Polymères de molécules de
glycérol ou de ribitol jointes par
des groupes phosphates.
-Attachés à la membrane cytop=
acides lipoteichoiques
-Dans peptidoglycane = teichoique

Rôle:
maintenir la structure de la paroi.
Présent uniquement chez les
bactéries Gram+.
40
 II-1. Structures obligatoires

b- Paroi des bactéries Porine Lipoprotéine

à Gram négatif:
Lipopolysaccharide

o Structure plus
complexe.
o Composition: Paroi

- peptidoglycane,
- la membrane
Espace
périplasmique et
peptidoglycane

externe,
- l’espace périplasmique
Membrane
cytoplasmique

41
Structure obligatoire Paroi bactérienne
42
 1-2-Membrane externe

Composition:
-Phospholipides (double couche) .
- Protéines : - porines : perméabilité
- adhésines: fixation de la bactérie
sur des supports.
- protéines de liaison entre la
membrane externe et le peptidoglycane.

- Lipopolysaccharide (LPS).
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44
Rôle dans la physiologie bactérienne de la membrane
externe:
• Permet la diffusion des nutriments
• Empêche la pénétration de certaines grosses molécules
• Empêche la sortie d’enzymes périplasmiques
• Résistance aux facteurs de défense de l’organisme :
lysozyme ; protéines leucocytaires toxiques
• Protège les entérobactéries du tube digestif contre les
sels biliaires et les enzymes digestives

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Intéret médical :

-Contient l’endotoxine : en quantité importantechoc

septiquemortalité élevée

-Immunogène (antigène O) : diagnostic direct et indirect

(salmonelles : sérotypage et sérodiagnostic)

-Sensibilité aux antiseptiques (par sa nature essentiellement

lipidique)

-Sensibilité aux antibiotiques polypeptidiques (action sur la

partie phospholipidique)

-Site d’action de certains bactériophages

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 1-3-Espace périplasmique

- Espace compris entre la membrane cytoplasmique

et la membrane externe.
- contient :
* Peptidoglycane
* Enzymes :
- hydrolytiques ( nutrition )
- bétalactamases (synthèse du peptidoglycane).

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 Bactéries à Gram positif Bactéries à Gram négatif

Aspect en microscopie Une couche épaisse et amorphe. Deux couches séparées par un
électronique espace clair.

Présence d'une membrane Non Oui

externe
Présence d'un espace oui Oui
périplasmique
Épais (10 à 80 nm), représente 40 Mince (2 à 6 nm), représente moins
Peptidoglycane p. cent du poids sec, de 10 p. cent du poids sec,
détermine la morphologie détermine la morphologie
bactérienne. bactérienne.

Acides teichoïques Présents Absents

Possible : liaisons covalentes avec Fréquente

Présence de protéines le peptidoglycane, rôle
éventuel dans le pouvoir
pathogène, rôle éventuel dans
l'antigénicité spécifique.

Présence de polysaccharides Possible : antigènes spécifiques Possible

de groupe pour certaines
espèces

Lipopolysaccharides Absents Présents

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II-Structures obligatoires: 2- Membrane
cytoplasmique

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 II-Structures obligatoires: 2- Membrane
cytoplasmique

Fonctions:
 Barrière perméable sélective.

 Enzymes : respiratoires ou impliquées dans la production

d’énergie= Rôle métabolique majeur.

 Molécules réceptrices spéciales.

 Cible de substances antibactériennes : antiseptiques,

antibiotiques.

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 II-Structures obligatoires: 3- Cytoplasme

Le cytoplasme est un hydrogel colloïdal avec une

phase dispersante composée de protéines et de sels
minéraux et une phase dispersée formée de
ribosomes, de diverses inclusions et parfois de
magnétosomes (structures permettant aux
bactéries de s'orienter dans le champ magnétique).

51
 II-Structures obligatoires: 4- Chromosome

Composition:
- Pas de membrane nucléaire
- Filament unique d’ADN
. bicaténaire
. circulaire
. surenroulé

Situé
Dans le cytoplasme, dans une
région appelée nucléoïde.

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53
II-Structures obligatoires: 5- Ribosomes

- Localisation: Cytoplasme.

-Organisés en polysomes.

-Formés de deux sous unités

(50S et 30s).

- Constante de sédimentation de
70S ( 80S chez les eucaryotes).

54
 II-Structures obligatoires: 5- Ribosomes

Lieu de traduction du message génétique en protéines.

55
 III-Structures facultatives:
1- Polysaccharides de surface

1-1-Capsule

-Facilement mise en évidence par

coloration ( Gram, encre de chine..)

(ex: S.pneumoniae).

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 Propriétés de la capsule
* virulence= protège la bactérie de la phagocytose.
* antigénique - antigénique= antigène K

→ formation d’anticorps protecteurs

→ utilisation des polymères capsulaires purifiés comme

base de certains vaccins : Streptococcus pneumoniae,
Haemophilus influenzae.

* peut se trouver à l'état soluble dans les liquides de

l'organisme → emploi dans le diagnostic = recherche
d'antigènes solubles.

57
* intervient dans l'identification spécifique du sérotype
= typage = une des méthodes d’investigation des
épidémies.

* des mutations peuvent affecter sa production :

les bactéries sauvages capsulées donnent des colonies
lisses (S pour « smooth ») ou muqueuses, tandis que
les bactéries mutantes non capsulées donnent des

colonies rugueuses (R pour « rough »).

Colonies muqueuses
de S. pneumoniae

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1-2- Glycocalyx

Feutrage de fibres polysaccharidiques = structure

réticulée lâche => Difficile à mettre en évidence
Si quantité importante: SLIME

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 III- Structures facultatives: 2- Pili

2-1- Les pili communs

-Structure fibrillaire protéique (piline et adhésine),
-Régulièrement disposés à la surface
-Chez les bactéries à Gram –

Pili communs
60
 III-Structures facultatives: 2- Pili

2-1- Les pili communs

Facteurs de pathogénicité :

• Adhésion aux cellules eucaryotes (la colonisation des

muqueuses).

• Protection contre la phagocytose (gonocoque).

• Sites de fixation de certains bactériophages.

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 III-Structures facultatives: 2- Pili
2-2- Les pili sexuels

• peu nombreux (1 à 4)
• longs, creux, extrémité distale
renflée.
• codés par des gènes plasmidiques
(facteur F).
Pili sexuels
• Rôle dans la conjugaison
bactérienne : rapprochement des 2
bactéries avec contact cellulaire
62
étroit.
 III-Structures facultatives: 3- Flagelles

4 types de ciliature

*A: monotriche : 1 seul flagelle polaire

(déplacement en flèche)

Pseudomonas aeruginosa

* B: lophotriche : plusieurs flagelles

polaires (déplacement flèchant +

oscillant)

Stenotrophomonas maltophilia

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 III-Structures facultatives: 3- Flagelles

* C: amphitriche : 1 flagelle à chaque pôle

(déplacement oscillant)

* D: péritriche : flagelles entourant la bie

(déplacement fléchant hélicoïdal)

-Entérobactéries (E. coli, Proteus,…)

-les spirochètes ont un flagelle interne

dénommé filament axial

64
 III- Structures facultatives: 4- Les
plasmides

-ADN bicaténaires,

-généralement circulaires,

-extra-chromosomiques,

-doués de réplication autonome (réplicon) et

transmissibles de façon stable à la descendance.

-meilleure adaptation au milieu environnant:

plasmides de fertilité, de résistance, de métabolisme..
66
 III- Structures facultatives: 5- Les spores
Composition:
- Forme de résistance= forme de
survie de certaines bactéries,
métaboliquement inactive et non
pathogène
/ forme végétative
métaboliquement active et
potentiellement pathogène.

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 III- Structures facultatives: 5- Les spores

la sporulation = forme végétative → spore

Temps : 6 à 8 heures à 37°C pour Bacillus subtilis.
Conditions : déclenchée par des modifications de
l'environnement tel l’épuisement en matières nutritives.
Etapes : déshydratation progressive du cytoplasme,
densification des structures nucléaires et synthèse d'une
paroi sporale épaisse et imperméable, donc hautement
résistante (chaleur).

68
 III- Structures facultatives: 5- Les spores

La spore intra-bactérienne ou endospore est libérée dans le

milieu extérieur et y survit des années.

Propriétés de la spore :

Résistance à la chaleur, aux radiations, au temps, aux

fortes pressions.

La germination = spore → forme végétative quand

conditions redevenues favorables (nutritives, thermiques
et chimiques).
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 Selon sa situation à l'intérieur de la cellule, la spore peut être :
* ronde ou ovale
* centrale, subterminale ou terminale
* déformante ou non
↔ intérêt taxonomique +++
ex :

B. anthracis( spore ovale, centrale) C.tetani (spore non déformante

ovale, terminale, déformante)
* Intérêt médical +++
* botulisme (conserves familiales)
* tétanos ( plaies souillées de terre)
* charbon

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 Conclusion

- La structure bactérienne comporte des éléments

obligatoires (paroi, membrane cytoplasmique,
chromosome, ribosomes) et facultatifs (capsule, pili,
flagelles et plasmides).

- Base de la classification bactérienne.

- Compréhension des mécanismes physiopathologiques et

du mode d’action des bactéries.

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