Ben Alaya Amani

« Toute gloire ne s'achète pas au prix du sang et des ruines ; il en est de paisible, comme celle des
lettres, des sciences, des arts, qui, avec moins d'éclat, sont plus dignes d'une éternelle admiration.
Cette gloire ne s'arrache point, c'est le fruit mûr d'un long et persévérant travail, qui, cueilli avec
patience, doit se goûter avec modestie. » Louis-Auguste Martien, 1855
Dédicaces
A mes chers parents Zouhaier et Ajmia

Autant de phrases et d’expression aussi éloquentes soient-elles ne sauraient exprimer ma gratitude et ma
reconnaissance. Vous avez su m’inculquer le sens de la responsabilité, de l’optimisme et de la persévérance
face aux difficultés de la vie. Vos conseils ont toujours guidé mes pas vers la réussite. Je vous dois ce que je
suis aujourd’hui et ce que je serais dans l’avenir, et je ferai toujours de mon mieux pour rester votre fierté et
ne jamais vous décevoir.
A mes chers frères Med Oussema

Oussema et Aymen
Merci d’être toujours à mes côtés, par votre présence, par votre amour et votre tendresse. Merci pour donner
du gout et du sens à ma vie. En témoignage de mon amour et de ma grande affection, je vous prie de trouver
dans ce travail l’expression de mon estime et mon sincère attachement. Je prie Dieux le tout puissant, pour
qu’il vous donne bonheur et prospérité.
A mes belles-
belles-sœurs Rym et Thouha
Je vous dédie ce travail en hommage à votre affection et votre encouragement motivant. Que Dieux, le tout
puissant éclaire vos vies de santé, de bonheur de de succès.
A tous mes ami(e)s

Je vous remercie pour les moments inoubliables que nous avons partagés ensemble et pour tout votre soutien
et encouragement. Succès, joie et bonheur sont mes sincères vœux pour vous.
A mon petit bout de choux Kenza

A toute ma famille
A tous ceux dont l’oubli du nom n’est pas celui du cœur.
i
Remerciements
J’exprime
J’ mes sincères sentiments de reconnaissance et mes remerciements les plus respectueux à Madame
Imen BENSLIMEN, pour son aide, sa disponibilité, et tous ses valeureux conseils. J’étais profondément
touchée par sa gentillesse extrême et ses innombrables qualités humaines. Que ce travail soit le témoignage
de ma haute gratitude et ma profonde estime.
Il m’est particulièrement agréable d’adresser mes remerciements les plus vifs à Monsieur Mohamed EL
AYED,
AYED, maitre-assistant au CBBC et professeur à l’université libre de Tunis (ULT) pour ses valeureux
conseils, ses critiques et son soutien moral. Qu’il trouve dans ce travail l’expression de ma parfaite
considération.
Je tiens à remercier vivement Monsieur Djébeli Naceur, Maitre de conférences au CBBC. Ses conseils
judicieux et ses qualités de rigueur scientifique m’ont été d’une grande aide pour l’achèvement de cette
étude.
J’exprime toute ma reconnaissance à Monsieur Elkhoui Salem,
Salem maitre de conférences et directeur du
laboratoire LSBA pour m’avoir accepté au sein de son unité. Que ce travail soit le témoignage de ma
profonde gratitude.
Je remercie très respectueusement les membres du jury qui m’ont honoré en acceptant d’évaluer et de juger ce
travail.
Mes remerciements s’adressent à Monsieur Tarhouni Belahssen,
Belahssen ingénieur général et chef service du centre
technique de la pomme de terre et de l’artichaut pour son aide technique et sa disponibilité.
Je suis particulièrement redevable à Mlle. Maamri
Maamri Sonia,
Sonia à qui s’adresse mes remerciements les plus sincères
pour sa précieuse aide à tous les niveaux.
Une pensée particulière à Marzouk Takwa, Chaouachi Manel, Harzali Zina et Ayed Amani pour leur aide
et leur encouragement. Je les remercie pour le temps qu’elles ont consacré à me guider. Vos conseils m’ont
bien été utiles. Que ce travail soit le témoignage de ma gratitude.
Je tiens à remercier également tout le personnel du laboratoire des substances bioactives, en particulier Mme
Oueslati Souad et Fares Nédia pour leurs soutiens, encouragements et toutes l’aide qu’elles m’ont apporté
le long de ce stage de PFE.
J’exprime
J’ toute ma reconnaissance et amitié à Khiari Bilel et Eeckhoutte Alexandre pour leur soutien et
aide.
Je remercie tous les membres du laboratoire LSBA : Merci pour votre bonne humeur permanente et votre
gentillesse au quotidien et surtout votre sympathie contagieuse. Je vous remercie également pour vos
encouragements et vos bons conseils.
Mes remerciements s’adressent enfin à toute la grande famille du centre de biotechnologie de Borj Cedria
dans lequel j’ai conduit mes travaux dans une ambiance épanouissante.
ii
Table des matières
DEDICACES............................................................................................................................. I
REMERCIEMENTS ............................................................................................................... II
TABLE DES MATIERES .................................................................................................... III
LISTE DES FIGURES .......................................................................................................... VI
LISTE DES TABLEAUX .................................................................................................. VIII
LISTE DES ABREVIATIONS ............................................................................................. IX
PRESENTATION DU LABORATOIRE D’ACCUEIL ....................................................... 1
INTRODUCTION GENERALE ............................................................................................. 2
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ....................................................................................... 4
I. Généralités sur la pomme de terre ...................................................................................... 4

I.1. Origine et historique ......................................................................................................... 4
I.2. L’économie mondiale et importance alimentaire de la pomme de terre .......................... 6
I.3. Importance nutritionnelle de la pomme de terre............................................................... 7
I.4. Importance économique et débauchés industriels de la pomme de terre ......................... 8
II. Taxonomie, botanique et description morphologique de la pomme de terre ................ 9

II.1. Botanique systématique et taxonomie de la pomme de terre .......................................... 9
II.2. Caractéristiques morphologiques .................................................................................. 10
II.3. Cycle végétatif de la pomme de terre ............................................................................ 11
II.4. Exigences de la culture de pomme de terre ................................................................... 13
III. Les contraintes biotiques et abiotiques de la culture de pomme de terre ................... 13
IV. Le Rhizoctone brun de la pomme de terre : Rhizoctonia solani .................................. 14

IV.1. Caractéristiques taxonomiques et morphologiques de R. solani ................................. 14
IV.2. Les différents groupes d’anastomoses de R. solani ..................................................... 17
IV.3. Symptomatologie des affections de la pomme de terre causées par Rhizoctonia solani
.............................................................................................................................................. 18
IV.4. Cycle biologique et épidémiologie des affections de la pomme de terre causées par R.
salani ..................................................................................................................................... 19
V. Les stratégies de lutte contre les affections causées par R.solani sur la pomme de terre
.................................................................................................................................................. 19
V.1.Moyens de lutte contre le rhizoctone brun en agriculture conventionnelle ................... 22
V.2. Moyens de lutte contre Rhizoctonia solani en agriculture biologique .......................... 22
V.2.1. Les pratiques culturales .......................................................................................... 22
V.2.2. La lutte génétique ................................................................................................... 23
V.2.3. La biofumigation .................................................................................................... 24
iii
V.2.4. La lutte biologique.................................................................................................. 24
VI. La lutte biologique via des bactéries endophytes et rhizosphériques contre

Rhizoctonia solani chez la pomme de terre........................................................................... 24
VI.1. Les rhizobactéries endophytes promotrices de la croissance des plantes (PGPR) en
tant quágents de lutte biologique ......................................................................................... 26
VI.1.1. Interactions directes PGPR/Pathogène.................................................................. 26
VI.1.2. Interactions PGPR/plante ...................................................................................... 27
MATERIELS ET METHODES ............................................................................................ 28
I. Matériels utilisés.................................................................................................................. 28
I.1.Matériels biologiques ...................................................................................................... 28
I.1.1.Champignon pathogène : Rhizoctonia Solani ........................................................... 28
I.1.2. Souches bactériennes testées.................................................................................... 28
I.1.3. Matériel végétal : Les tubercules-semences ............................................................ 28
I.2. Milieux de culture........................................................................................................... 28
I.2.1. Milieux liquides ....................................................................................................... 29
I.2.2. Milieux solides ......................................................................................................... 29
II. Méthodes ............................................................................................................................ 30

II.1. Sélection des souches bactériennes actives par test d’inhibition .................................. 30
II.2. Test d’antagonisme direct ............................................................................................. 30
II.3.Test de pourriture sur rondelles de pomme de terre ...................................................... 31
II.4. Spectre d’action antifongique........................................................................................ 32
II.4.1. Préparation des échantillons ................................................................................... 32
II.4.2. Test de diffusion des puits ...................................................................................... 32
II.5. Identification des bactéries sélectionnées pour le test In vivo ...................................... 32
II.5.1. Identification biochimique...................................................................................... 32
II.5.2. Identification moléculaire ....................................................................................... 35
II.5.2.1. Extraction de l’ADN génomique ..................................................................... 36
II.5.2.2. Amplification PCR........................................................................................... 36
II.5.2.3. Electrophorèse sur gel d’agarose ..................................................................... 37
II.6. Mise en culture sous serre ............................................................................................. 37
II.6.1. Germination des tubercules semences .................................................................... 37
II.6.2. Souches bactériennes sélectionnées pour le test in vivo......................................... 37
II.6.3. Préparation des solutions utilisées .......................................................................... 38
II.6.3.1. Solutions de traitements bactériens .................................................................. 38
II.6.3.2. Solution d’infection fongique .......................................................................... 38
II.6.4. Dispositif expérimentale ......................................................................................... 38
II.6.5. Conduite de l’essai.................................................................................................. 39
II.6.6. Suivi des paramètres d’analyse............................................................................... 40
II.6.6.1. Estimation du calibre des tubercules ............................................................... 40
II.6.6.2. Estimation de la sévérité du rhizoctone brun ................................................... 41
II.7. Détermination des activités PGP (plant Growth Promotion) ........................................ 42
II.7.1. Production des sidérophores ................................................................................... 42
II.7.2.Solubilisation des phosphates .................................................................................. 42
iv
II.7.3. Production de l’acide indole acétique (AIA) .......................................................... 42
II.8. Etude statistique ............................................................................................................ 42
RESULTATS .......................................................................................................................... 43
I. Sélection et identification des souches bactériennes exploitables en lutte biologique

contre le rhizoctone brun de la pomme de terre .................................................................. 43
I.1. Sélection des souches bactériennes actives contre Rhizoctonia solani .......................... 43
I.2. Test de pourriture sur rondelles de pomme de terre ....................................................... 46
I.4. Identification biochimique et moléculaire des bactéries sélectionnées pour l’essai in
vivo ....................................................................................................................................... 49
I.4.1. Identification biochimique ....................................................................................... 49
I.4.2. Identification moléculaire ........................................................................................ 50
II. Effet des souches de Bacillus sélectionnées pour l’essai in vivo sur la croissance des
plantules de pomme de terre ................................................................................................. 51
II.1. Suivi de la levée des plantules de pomme de terre........................................................ 51
II.2. Evolution du nombre et la longueur des tiges des plantes ............................................ 52
II.3. Suivi du nombre de feuilles moyen des plantes de pomme de terre ............................. 53
III. Effet des bactéries endophytes sur la récolte ................................................................. 53

III.1. Paramètres de croissance ............................................................................................. 54
III.1.1. Poids sec de la partie aérienne............................................................................... 54
III.1.2. Effet des bactéries sur le nombre total des tubercules .......................................... 55
III.1.3. Poids total des tubercules récoltés et rendement ................................................... 56
III.1.4. Estimation du calibre des pommes de terre récoltées ........................................... 58
III.2. Estimation de la sévérité du rhizoctone brun ............................................................... 59
III.2.1. Efficacité des bactéries endophytes à contrecarrer l’infection par le champignon
Rhizoctonia solani chez la pomme de terre ....................................................................... 59
III.2.2. Sévérité du rhizoctone brun................................................................................... 60
IV. Détermination des activités PGP (Plant Growth Promotion) des bactéries ............... 61
IV.1. Production de l’acide indole acétique (AIA) ............................................................... 61
IV.2. Production des sidérophores ........................................................................................ 61
IV.3. Solubilisation des phosphates ...................................................................................... 62
DISCUSSION .......................................................................................................................... 63
CONCLUSION ET PERSPECTIVES ................................................................................. 69
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ............................................................................. 71
ANNEXES ............................................................................................................................... 79
v
Liste des figures
Figure 1 : Le lac Titicaca, centre de la civilisation andine ........................................................ 4
Figure 2 : Composition nutritionnelle de la pomme de terre ..................................................... 8
Figure 3 : Caractéristiques morphologiques de la pomme de terre et cycle végétatif

.................................................................................................................................................. 12
Figure 4 : Caractéristiques morphologiques de R. solani. ....................................................... 16
Figure 5 : Symptomatologie du chancre des tiges et du rhizoctone brun de la pomme de terre.

.................................................................................................................................................. 20
Figure 6 : Le cycle de vie de Rhizoctonia solani .................................................................... 21
Figure 7 : La galerie 50 CH suite à l’inoculation par la souche bactérienne à identifier ........ 33
Figure 8: La galerie API 20 E inoculée par la bactérie Rr 10 (avant incubation) ................... 34
Figure 9 : Tubercules semences germés .................................................................................. 37
Figure 10: Fongicide utilisé lors de l’essai In vivo ................................................................. 39
Figure 11: Calibrage des tubercules de pomme de terre.......................................................... 41
Figure 12: Echelle de notation des différents grades de l’infection causée par le champignon
Rhizoctonia solani .................................................................................................................... 41
Figure 13: Capacité inhibitrice de quelques isolats bactériens sur la croissance du

champignon pathogène Rhizoctonia solani . ............................................................................ 43
Figure 14: Classement des bactéries endophytes selon leur pouvoir d’inhibition vis-à-vis le
pathogène fongique Rhizoctonia solani.................................................................................... 44
Figure 15: Activité antifongique contre Rhizoctonia solani
Figure 16: Répartition des souches bactériennes selon leur indice d’inhibition ..................... 45
Figure 17: Test de pourriture sur rondelle de pomme de terre ................................................ 46
vi
Figure 18: Test de diffusion des puits des bactéries Kn f 15’et Rr 10 .................................... 48
Figure 19: Résultats des API 50CH et 20 E ............................................................................ 49
Figure 20: Profil électrophorétique de l’ADNr 16S des bactéries sélectionnées pour le test in
vivo ........................................................................................................................................... 50
Figure 21: Evolution de la levée des plantes de pomme de terre des différents traitements en
fonction du temps ..................................................................................................................... 51
Figure 22: Variation du nombre et la longueur des tiges des plantes de pomme de terre en
fonction des traitements appliqués ........................................................................................... 52
Figure 23: Variation du nombre de feuilles en fonction des traitements appliqués aux plantes
de pomme de terre .................................................................................................................... 53
Figure 24 : Variation du poids sec de la partie aérienne des plantes de pomme de terre en
fonction des traitements ............................................................................................................ 54
Figure 25: Variation du nombre de tubercules récoltés en fonction des traitements............... 55
Figure 26 : Variation du poids total des tubercules produits en fonction des traitements....... 56
Figure 27: Variation de l’indice IcTb en fonction des traitements .......................................... 58
Figure 28: Effet des bactéries endophytes sur l’infection des tubercules récoltés par le
champignon R.solani ................................................................................................................ 59
Figure 29: Effet des bactéries sur la sévérité du rhizoctone brun ............................................ 60
Figure 30: Mise en évidence des bactéries productrices de sidérophores sur milieu CAS ..... 62
Figure 31: Mise en évidence de la solubilisation du phosphate par les bactéries sur milieu
PVK 1 ....................................................................................................................................... 62
vii
Liste des tableaux
Tableau 1 : Evolution de la production mondiale de pomme de terre entre 2003 et 2013........ 6
Tableau 2 : Position taxonomique de la pomme de terre ........................................................ 10
Tableau 3: Les principales maladies de la pomme de terre et leurs agents causaux ............... 15
Tableau 4 : Position taxonomique du téléomorphe Thanatephorus cucumeris ...................... 16
Tableau 5 : Code de lecture de l’API 20 E .............................................................................. 35
Tableau 6: Séquence des amorces utilisées en PCR................................................................ 36
Tableau 7 : Origine des souches bactériennes sélectionnées pour l’essai in vivo ................... 38
Tableau 8: Détermination de la pathogénicité des bactéries ayant un indice d’inhibition égale

à 3 sur des rondelles de pomme de terre................................................................................... 47
Tableau 9: Identification biochimique des bactéries sélectionnées pour le test in vivo.......... 50
Tableau 10: Rendements des différents traitements suite à la récolte ..................................... 57
Tableau 11: Quantité d’AIA produite par les bactéries endophytes ....................................... 61
viii
Liste des abréviations
% pourcentage
(NH4)2 SO4 sulfate d’ammonium
°C degré Celsius
µL microlitre
µm micromètre
ADN acide désoxyribonucléique
AG anastomosis groups
AIA Acide Indole Acétique
ARNr Acide ribonucléique ribosomique
Ca3(PO4)2 Phosphate de Calcium
CAS Milieu Chrome Azurol S
CBBC Centre de Biotechnologie de Borj Cedria
CIP Centre international de la pomme de terre
cm centimètre
DAP phosphate d’ammonium
dNTP mélange de plusieurs désoxyribonucléotides
DO densité optique
3+
Fe ions fer III
FeCl3 chlorure de fer(III)
FeSO4 sulfate de fer(II)
g gramme
h heure
H2O monoxyde de dihydrogène
ha hectare
IC inhibition de la croissance
IcTb indice de calibre des tubercules
IRB indice du rhizoctone brun
ISR résistance systémique induite
Kb kilobase
KCl chlorure de potassium
Kg kilogramme
KH2PO4 Phosphate de potassium
LB Luria Bertani
3
m mètre cube
ix
MF McFarland
Mg SO4 sulfate de magnésium
Mha million d’hectares
min minute
ml millilitre
mm millimètre
Mn SO4 sulfate de manganèse (II)
Mt million de tonnes
Na2HPO4 Hydrogénophosphate de sodium
NaCl Chlorure de sodium
NaOH. Hydroxyde de sodium
ng nannogramme
NH4Cl. Chlorure d'ammonium
P poids
PBD Potato Dextrose Broth
PCR polymerase chain reaction
PDA Potato Dextrose Agar
PGP plant Growth Promotion
PGPR Plant Growth-Promoting Rhizobacteria
Pipes acide piperazine -N ,N’- bis (2- éthane sulfonique)
PLRV virus de l’enroulement
PVK Pikovskaya
PVX virus X
PVY virus Y
qsp quantité suffisante pour
rpm rotation par minute
RS.5.2 Rhizoctonia solani
s seconde
SAR Systemic Acquired Resistance
t tonne
TBE Tris Borate EDTA
UFC unité formatrice de colonies
v volume
V volt
x
PRESENTATION DU LABORATOIRE D’ACCUEIL
Présentation du laboratoire d’accueil
Laboratoire des substances bioactives (LSBA) - Centre de biotechnologie de

Borj Cedria (CBBC)
Le centre de biotechnologie de Borj Cédria exerce majoritairement en biotechnologie

végétale et développe de ce fait des activités de recherche qui répondent aux besoins du
secteur agricole. L’approche adoptée est multidisciplinaire et repose sur la caractérisation et
l’exploitation du patrimoine phytogénétique national avec des procédés biotechnologiques
afin d’identifier de nouvelles espèces et variétés de plantes adaptées aux contraintes
abiotiques et biotiques, particulièrement aux attaques fongiques, la salinité et la sécheresse.
Les recherches effectuées au CBBC essayent aussi d’élucider les mécanismes qui confèrent
l’adaptation aux contraintes environnementales pour mettre en place des outils utilisables dans
des programmes d’amélioration. Il cherche également à caractériser et exploiter la flore
microbienne du sol afin de réhabiliter les sols marginaux et contaminés, et à déterminer les
domaines d’application des molécules d’intérêt issues de plantes ou de microorganismes.
Le centre de biotechnologie englobe six laboratoires : Le laboratoire des substances

bioactives (LSBA), Le laboratoire de la physiologie moléculaire des plantes (LPMP), Le
laboratoire des légumineuses (LL), Le laboratoire de biotechnologie de l’olive (LBO), Le
laboratoire des plantes aromatiques et médicinales (LPAM) et le laboratoire des plantes
extrêmophiles (LPE).
Le laboratoire des substances bioactives (LSBA) est spécialisé dans la caractérisation

des substances bioactives de nature peptidique, lipopetidique et des biofertilisants excrétés à
partir des microorganismes et des plantes dans le but de les utiliser en biocontrôle, en
thérapeutique humaine ou bien dans la stimulation de la croissance et du développement des
plantes. Ce laboratoire cherche également à valoriser les extraits polyphénoliques bioactifs et
les extraits de plantes aromatiques et médicinales (huiles essentielle et huiles végétales) afin
de les utiliser en industrie pharmaceutique, en cosmétique et en agroalimentaire.
1
INTRODUCTION GENERALE
Introduction Générale
La pomme de terre occupe un rang très important dans l’alimentation mondiale. Elle
est cultivée dans plus de 150 pays. Ce tubercule se révèle être également un candidat de choix
pour assurer la sécurité alimentaire mondiale pour des millions de personnes surtout dans les
pays en voie de développement. En effet, c‘est le légume non céréalier le plus consommé au
monde et vient en quatrième position après le blé, le riz et le maïs.
En Tunisie, la pomme de terre est devenue un produit alimentaire indispensable.

Selon l’FAO, la consommation actuelle par habitant et par an dépasse les 30 kg par rapport à
22.6 Kg en 1990. Sa production est issue de quatre saisons de culture à savoir : la culture
d’arrière-saison (41% de la production annuelle), extra- primeur et primeurs (8%) et saison
(51%). La variété Spunta demeure la variété la plus cultivée avec 86% de la production
totale. Ces cinq dernières années, la superficie moyenne occupée par la culture de pomme de
terre constitue 15% de la superficie maraichère totale (ONAGRI).
La filière de la pomme de terre en Tunisie fait face à certains problèmes qui limitent
sa prospérité dont le problème de la sècheresse. En effet, la totalité des plantations de pomme
de terre sont conduites en irrigué (89% des superficies sont équipées de système goutte à
goutte) (ONAGRI).
En plus de la sécheresse et d’autres contraintes abiotiques (gel, déficiences minérales
etc), les tubercules de pomme de terre se sont avérés être très vulnérables à plusieurs
maladies et ravageurs. Ces maladies sont générées par des bactéries, des virus, des
phytoplasmes ou des champignons et peuvent apparaitre aux différents stades du cycle
végétatif de la plante ou sur des tubercules en conservation causant de la sorte des dégâts
considérables.
Le Rhizoctonia solani est un champignon pathogène qui peut induire, durant les
premiers stades de développement de la pomme de terre, des chancres au niveau des tiges et
des stolons et la formation de sclérotes sur les tubercules. Cette maladie entraine souvent la
formation de tubercules déformés et de petit calibre et engendre des pertes au niveau des
rendements des cultures. Les pertes directes peuvent toucher jusqu’à 30% de la récolte.
2
INTRODUCTION GENERALE
Les stratégies de lutte contre le rhizoctone brun sont communément celles utilisées en
agriculture conventionnelle. Ces méthodes se basent essentiellement sur la mise en place de
pratiques culturales telles que la rotation des cultures, la plantation de variétés résistantes ou
encore l’utilisation de fongicides et de pesticides. Cependant, la lutte chimique se heurte aux
problèmes de l’émergence de souches de plus en plus résistantes, de la pollution
environnementale et le cout élevé des traitements.
Avec l’orientation vers une agriculture plus saine et respectueuse de l’environnement

ces dernières années, il est urgent de développer des stratégies de lutte basées sur la résistance
génétiques des espèces et sur la lutte biologique grâce à l’utilisation d’agents antagonistes. Il a
été démontré que dans le sol l’activité microbienne est intense, en particulier dans la
rhizoshère. Certains de ces microorganismes, principalement les bactéries, sont capables de
coloniser efficacement les systèmes racinaires et influencent de manière avantageuse la
plante, ceci en stimulant sa croissance et en la protégeant contre des infections par des agents
phytopathogènes. Ces bactéries, reprises sous le terme de PGPR (Plant Growth-Promoting
Rhizobacteria), sont exploitées comme biopesticides et sont reconnues dans le contrôle
biologique de maladies liées au sol. Avec la découverte de bactéries endophytes localisées
dans plusieurs organes de la plante (rhizosphère, phyllosphère etc), il est très intéressant
d’étudier la possibilité d’utiliser ces souches comme agent de lutte biologique contre les
maladies fongiques
Dans ce contexte, nous avons réalisé cette étude qui porte sur la caractérisation de
souches bactériennes endophytes isolées à partir de différents organes de plusieurs variétés de
pomme de terre. L’effet biofertilisant et la possibilité d’utiliser ces souches comme agent de
lutte biologique contre la maladie du rhizoctone brun chez la pomme de terre ont été
également étudiés.
Ce mémoire comporte quatre chapitres. Le premier chapitre représente une revue de la

littérature qui traite, entre autres, la pomme de terre, la maladie du rhizoctone brun et la lutte
biologique contre cette maladie par le biais de bactéries endophytes. Le second chapitre est
consacré à la description des matériels et des méthodes utilisées. Les troisième et quatrième
chapitres rapportent les résultats et leur analyse.
3
SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
Synthèse bibliographique
I. Généralités sur la pomme de terre
I.1. Origine et historique
L’histoire de la pomme de terre a débuté il y a environ 8000 ans

ans dans la cordillère des
Andes (à la frontière entre la Bolivie
Bolivie et le Pérou selon la répartition géographique actuelle).
Les andins font partie des premières civilisations à domestiquer les espèces sauvages de
Solanacées permettant ainsi la sélection et le développement de milliers de variétés
différentes.
Figure 1 : Le lac Titicaca1, centre de la civilisation andine

La sécurité alimentaire assurée par les cultures de maïs et de pomme de terre à cette
époque ont permis l’émergence et la prospérité de l’empire Huari autour du Ve siècle, dans le
bassin d’Ayacucho. Autour de 1400 avant Jésus-Christ et suite à la chute de l’empire Huari et
de Tiahuanaco2, l’empire Inca émergea dans la vallée de Cuzco. Les Incas adoptèrent et
améliorèrent les techniques agricoles des civilisations andines (O.N.U., 2009).
1
Lac qui se trouve sur la frontière entre le Pérou et la Bolivie ; Connu comme étant le "Lac Sacré des Incas", Titicaca est le
lac navigable le plus haut du monde (situé à environ 3810 mètres d'altitude).
2
Civilisation pré Inca qui vivait au bord du lac Titicaca ; avait mis en point un système de cultures en terrasses, des levées de
terre bordées de canaux qui permettait de produire plus de 10 tonnes/hectare de pommes de terre. À l’apogée de cette
civilisation, vers l’an 800 de notre ère, 500 000 personnes ou plus vivaient à Tiahuanaco et dans les vallées environnantes.
4
La propagation de la pomme de terre en Europe concorde avec la conquête de

l'Amérique du Sud par les Conquistadors espagnols et la destruction de l'empire Inca. La
première trace de cultures de pomme de terre en Europe date de 1565, dans les îles Canaries.
A l’époque, la population étaient réticente à l’idée de consommer la pomme de terre

d’autant plus que les paysans considéraient ce légume uniquement bon pour l’alimentation
animale.
Ce sont les marins les premiers qui vont apprécier la pomme de terre et c’est grâce à
eux qu’elle parvint en Inde, en Chine et au Japon au début du XVIIe siècle.
L’importance de la pomme de terre pour la sécurité alimentaire devint une évidence

après les famines qui ont dévastée l’Europe continentale dans les années 1770 (O.N.U.,
2009). A cette époque, les autorités ont fait preuve de créativité pour faire accepter la pomme
de terre en tant qu’aliment comme en témoigne le célèbre stratagème de Parmentier en France
(Spire et Rousselle, 1996). Après quelques hésitations, les agriculteurs d’Europe, y compris
la Russie ont finis par adopter la pomme de terre et la cultivèrent en masse. Elle constitua
même la réserve alimentaire principale durant les guerres napoléoniennes, en 1815 et devint
une culture de base dans le nord de l’Europe (O.N.U., 2009). C’est en Irlande que la pomme
de terre fut le mieux accueilli ou elle représenta plus de 80% de la ration énergétique
journalière des habitants.
L’expansion coloniale des pays d’Europe et l’émigration favorisèrent la propagation

de la culture de la pomme de terre dans le monde entier. Gouverneurs des colonies,
missionnaires et colons l’introduisirent dans les plaines alluviales du Bengale, du delta du Nil,
en Égypte, dans le massif de l’Atlas, au Maroc, et sur le plateau de Jos, au Nigéria. Les
émigrants agriculteurs ont apporté la pomme de terre dans le continent asiatique, en Australie
et même en Amérique du Sud, introduisant sa culture en Argentine et au Brésil (O.N.U.,
2009).
Au cours du XXe siècle, la pomme de terre est devenue le produit alimentaire mondial
par excellence. La production de l’Union soviétique a atteint 100 millions de tonnes. Dans
l’après-guerre, l’Allemagne et la Grande-Bretagne lui consacrèrent de vastes superficies de
terres cultivables (O.N.U., 2009). Toutefois ce succès s’avéra à double tranchant ; en effet, vu
la similarité génétiques des espèces cultivées en Europe et en Amérique du Nord, les
5
tubercules de pomme de terre était particulièrement vulnérables aux ravageurs et aux

maladies. Un désastre apparut entre 1844 et 1845 causé par une moisissure : le mildiou de la
pomme de terre, dévasta les champs de pommes de terre d’Europe continentale, de la
Belgique à la Russie et provoqua plusieurs famines. En Irlande, la destruction successive de
trois récoltes entre 1845 et 1848 conduisit à la mort de plus d’un millions de personnes
(O.N.U., 2009). Cette catastrophe aboutit à des efforts concertés pour mettre au point des
variétés plus productives et résistantes aux maladies.
I.2. L’économie mondiale et importance alimentaire de la pomme de terre
Cultivée dans plus de 150 pays, la pomme de terre joue un rôle clé dans le système
alimentaire mondial. C’est la principale denrée alimentaire non céréalière du monde et elle
vient en quatrième position après le blé, le riz et le maïs qui constituent la base de
l’alimentation humaine (FAOSTAT, 2015).
La production mondiale de pommes de terre augmente en moyenne à un rythme

annuel de 4,5% depuis 10 ans; elle a dépassé la croissance de la production de nombreuses
autres denrées alimentaires dans les pays en développement, en particulier en Asie (O.N.U.,
2009). En 2013, la production mondiale de pommes de terre est estimée à 368.1 millions de
tonnes, pour une surface cultivée de 19.4 millions d’hectares, soit un rendement moyen de
18.9 tonne par hectare (FAOSTAT, 2015).
Tableau 1 : Evolution de la production mondiale de pomme de terre entre 2003 et 2013

(FAOSTAT, 2015).
Années Surface cultivée Production Rendement Semences

(Mha) (Mt) (t/ha) (Mt)
2003 19.1 314.8 16.4 34.8
2004 19.2 336.2 17.5 34.6
2005 19.3 326.7 16.8 32.6
2006 18.4 307.3 16.7 32.9
2007 18.6 323.9 17.3 30.8
2008 18.1 329.9 18.1 31.5
2009 18.7 334.7 17.9 32.3
2010 18.7 333.4 17.8 32.7
2011 19.2 374.2 19.4 32.9
2012 19.2 364.8 19.0 28.1
2013 19.4 368.1 18.9 32.2
Si la consommation de pommes de terre a reculé en Europe, elle a augmenté dans le

monde en développement, passant de moins de 10 kg par habitant en 1961-63 à 22 kg en
6
2005. Elle reste encore nettement inférieure à celle de l’Europe (93 kg/an), mais tout semble
indiquer qu’elle enregistrera une forte hausse à l’avenir (O.N.U., 2009). En effet, au cours des
vingt prochaines années, la population mondiale devrait croître de plus de 100 millions
d’habitants par an, dont plus de 95 % dans les pays en développement. Le fait de garantir la
sécurité alimentaire des générations présentes et futures semble être un défi de taille pour la
communauté internationale. La pomme de terre est sollicitée pour relever ce défi et sa culture
a été vivement recommandée pour atteindre la sécurité alimentaire puisqu’elle peut aider les
agriculteurs à faibles revenus et les consommateurs vulnérables à surmonter la crise actuelle
des disponibilités alimentaires et la hausses des prix des produits céréaliers (FAO, 2008). De
ce fait, la pomme de terre a fait l'objet d'une Année Internationale de l'Organisation des
Nations Unies (O.N.U.) en 2008 afin de promouvoir sa culture et sa consommation dans les
pays en voie de développement.
La pomme de terre en Tunisie
En Tunisie, la pomme de terre est devenue une culture stratégique à l’instar du blé. En
réalité, elle n’a pas cessé de consolider sa place en tant que légume denrée et d’occuper un
rang important dans l’agriculture et l’économie tunisienne depuis l’indépendance en 1956
(Spire et Rousselle, 1996). La production de ce tubercule a atteint 350 000 tonnes en 2007 et
la surface récoltée s’est étendues sur plus de 24 550 hectares (FAOSTAT, 2007). Les
exportations de la pomme de terre sont en moyenne de l’ordre de 11 mille tonnes durant ces
cinq dernières années (Ministère de l’agriculture, des ressources hydrauliques et de la
pèche) et elles ont atteints un record de 15 000 tonnes dans la compagne agricole de 1989-
1990 (Spire et Rousselle, 1996).
I.3. Importance nutritionnelle de la pomme de terre
La pomme de terre est riche en hydrates de carbone. Fraichement cueillie, elle contient
80% d’eau et 20% de matière sèche dont 60 à 80% environ d’amidon. La teneur en protéines
de ce légume est semblable (en poids sec) à celui des céréales et très élevée par rapport aux
autres racines et tubercules. Ce tubercule est riche en micronutriments en particulier la
vitamine C dont la forte teneur favorise l’absorption de la quantité modérée de fer que
contient la pomme de terre. Elle est aussi une bonne source de vitamines B1, B3 et B6 et de
sels minéraux comme le potassium, le phosphore et le magnésium. Elle contient d’autres
vitamines telles que la B9, B5, et la B2. La pomme de terre renferme par ailleurs des
7
antioxydants utiles dans la prévention des maladies liées au vieillissement, et des fibres
alimentaires, essentielles au métabolisme. Par contre, elle est pauvre en lipides (FAO, 2008).
Figure 2 : Composition nutritionnelle de la pomme de terre (Ciqual Anses, 2008)
I.4. Importance économique et débauchés industriels de la pomme de terre
La pomme de terre a fait naître d’importantes industries de transformation industrielle, qui

produisent des frites, des chips, des flocons déshydratés, des préparations surgelées etc. Si elle
est essentiellement réalisée à des fins alimentaires, la culture de la pomme de terre peut être
destinée à un usage industriel : La fécule de pomme de terre (ou amidon) a de multiples
applications dans l'industrie, en particulier pour le couchage du papier, il sert également dans
les domaines de la cosmétique, de l'industrie pharmaceutique, ainsi que comme additif
alimentaire (épaississant, texturant, etc.). Traité par eau chaude, l'amidon est appelé empois et
entre dans la confection du caoutchouc ou dans le glaçage du papier photo. Depuis 2007, la
fécule de pomme de terre est utilisée afin de produire des matières plastiques biodégradables,
ainsi qu'un produit de lutte contre les feux de forêts : le gel-feu. Ajouté à tout ceci le fait que
l'amidon de la pomme de terre peut être facilement hydrolysé en glucose, à partir duquel de
l'éthanol est produit après fermentation et distillation.
8
II. Taxonomie, botanique et description morphologique de la pomme de

terre
II.1. Botanique systématique et taxonomie de la pomme de terre
La pomme de terre est un tubercule comestible produit par l'espèce Solanum

tuberosum, appartenant à la famille des solanacées (INA P-G, 2003).
Le terme désigne également la plante elle-même ; C’est une plante herbacée3, vivace4
par ses tubercules mais cultivée comme une plante annuelle5 (Rossignol et Rousselle-
Bourgeois, 1996).
La famille des Solanacées comprend plus de 2000 espèces dont la tomate, le poivron,
l'aubergine et le tabac. Le genre Solanum est polymorphe et regroupe plus de 1000 espèces
qui sont surtout présentes dans les régions tropicales et subtropicales du globe (Fernald 1970;
Spooner and Knapp 2013). De nombreux travaux ont été consacrés à la détermination de la
taxonomie et l’origine botanique de la pomme de terre ; la littérature est abondante mais
parfois contradictoire. Il existe des divergences concernant les différentes espèces cultivées et
leurs relations phylogéniques. En effet, la définition des espèces se trouve compliquée par
certains facteurs, dont les similitudes morphologiques existantes entre des espèces distinctes,
les taux élevés d'hybridation, ainsi que la plasticité phénotypique observée dans les différents
milieux (Spooner and Berg 1992).
Les espèces tubéreuses sont regroupées dans le sous-genre Potatoe, section Petota,
sous-section Potatoe (J.G.Hawkes, 1990). Cependant, le nombre d’espèce n’est pas définitif :
de nouvelles espèces ont été décrites (travaux d’Ochoa entre 1979 et 1990) et au contraire des
synonymes sont éliminés. Sur les 298 espèces citées par Human et Ross (1985), 55 seulemnet
ont été décrites par les taxonomistes Hawkes, Ochoa, Bukasov et Corell (Rousselle, 1996).
L'une des classifications les plus répandues reconnaît sept espèces de pomme de terre
cultivées (J.G.Hawkes, 1990). Bien qu'elle soit acceptée par le Centre international de la
pomme de terre (CIP), cette classification ne fait pas l’unanimité parmi les taxonomistes de la
pomme de terre. Les botanistes russe Boukasov et et Lechnovitch en recensent 21 en 1971
tandis que Dodds en 1962 en admet trois, subdivisées toutefois en cinq groupes de cultivars.
3
Plantes frêles, non ligneuses, et dont les parties aériennes meurent après la fructification.
4
Plantes qui vit plusieurs années et qui fructifie plusieurs fois dans son existence
5
Plantes qui fleurit, fructifie et meurt l’année même où elle germe
9
Selon une autre classification récente, il n'y aurait que quatre espèces
cultivées : S. tuberosum, S. ajanhuiri, S. juzepczukii et S. curtilobum (Spooner et al. 2007).
Le Solanum tuberosum est classé dans la section Petota, qui comprend toutes les
espèces sauvages et cultivées de pomme de terre tubéreuse. Elle est divisée en deux sous-
espèces : tuberosum et andigena. La sous-espèce tuberosum est la pomme de terre cultivée à
grande échelle en Amérique du Nord et en Europe. La sous-espèce andigena est également
cultivée, mais uniquement en Amérique centrale et en Amérique du Sud (Hawkes
1990; OECD 1997).
Tableau 2 : Position taxonomique de la pomme de terre (USDA, NRCS, 2010)
Règne Plantes (règne végétal)

Sous-règne Trachéobiontes (plantes vasculaires)
Super-embranchement Spermatophytes (plantes à graines)
Embranchement Magnoliophytes (plantes à fleurs)
Classe Magnoliopsides (dicotylédones)
Sous-classe Astéridées
Ordre Solanales
Famille Solanacées
Sous-famille Solanoïdées
Genre Solanum L
Section Petota
Sous-section Potatoe
Série Tuberosa
Espèce Solanum tuberosum L
II.2. Caractéristiques morphologiques
La morphologie de l’appareil aérien et souterrain de la pomme de terre varient selon le

facteur variétal ainsi que selon les techniques culturales et les conditions climatiques (la
température, la longueur du jour, l’humidité et la fertilité du sol) (Bulletin d’informations
techniques CIP ; Rossignol et Rousselle Bourgeois, 1996).
Le tubercule
Il représente l'extrémité tubérisée d'un stolon (tige souterraine). Comme toute tige, il
porte à l'aisselle de feuilles avortées (les écailles), des bourgeons dormants situés au fond
d'une dépression (l’œil), soulignée par la feuille écailleuse très réduite (Figure 3). A
10
l'extrémité distale, opposée à l'empreinte de l'insertion du tubercule sur le stolon (le talon), les
yeux rassemblés autour du bourgeon terminal forment la couronne (INA P-G, 2003).
Le germe
Les germes se développent à partir des bourgeons situés au niveau des yeux du
tubercule. Ils portent, comme tout jeune rameau, des feuilles ; celles de la base demeurent
écailleuses, celles du sommet seront chlorophylliennes et constitueront le futur feuillage de la
plante adulte. Lorsque le germe a atteint 3 à 4 cm, des racines adventives se développent à la
base des feuilles écailleuses (Figure 3). Des bourgeons latéraux donnent naissance à de
nouveaux stolons, qui tubériseront à leur extrémité, formant les tubercules-fils (INA P-G,
2003).
Le système aérien
Il se compose de plusieurs tiges et rameaux feuillés. Le nombre de tiges varie de 2 à

10 (Polese, 2006) et ces tiges sont semi-érigées et peuvent atteindre 50 cm de haut
(Nyabyenda, 2005).Chaque feuille est composée de 3 à 5 paires de folioles et d'une
terminale. A l'aisselle d'une feuille du bourgeon apical de la tige (ou d'un rameau) peut
apparaître, chez certaines variétés, à un certain stade de développement, une inflorescence,
cyme bipare qui peut comporter 8 à 10 fleurs. L'autogamie est quasi absolue. Le fruit est une
baie sphérique, contenant plusieurs graines d'un intérêt nul en culture agricole, mais
essentielles en sélection et création variétale (Figure 3) (INA P-G, 2003).
II.3. Cycle végétatif de la pomme de terre
Le cycle de développement de la pomme de terre comprend plusieurs étapes à partir

de la récolte des tubercules : A ce stade les tubercules sont en repos végétatif, c’est-à-dire que
les tubercules sont incapables de germer, même dans des conditions optimales de température
et d'humidité. Viens ensuite l’étape de germination caractérisée par la capacité des tubercules
à émettre des bourgeons après une évolution physiologique interne. Ses germes se
transforment en tiges feuillées, dont les bourgeons axillaires donnent, au-dessus du sol des
rameaux, au-dessous des stolons : c'est la phase de croissance végétative (Figure 3). Au bout
d'un certain temps, variable selon la variété et le milieu, les extrémités des stolons cessent de
croître et se renflent pour former en une ou deux semaines les ébauches des tubercules : c'est
la tubérisation, qui se prolonge jusqu'à la mort de la plante, par la phase de grossissement.
Aucun indice ne permet de déceler, sur les organes aériens, le moment de cette ébauche des
11
tubercules (INA P-G, 2003). La fin du cycle de développement ou la phase de sénescence est
marquée par un jaunissement et desséchement des feuilles .Le poids des tubercules
n’augmente plus, leur teneur en fécule est maximale. À partir de cette phase les tubercules
entrent en période de dormance (repos végétatif) et ce n’est qu’après une évolution
physiologique interne qu’ils peuvent germer, ce qui constitue le point de départ d’un nouveau
cycle végétatif (Figure 3).
Figure 3 : Caractéristiques morphologiques de la pomme de terre et cycle végétatif

(Soltner 1998).
12
II.4. Exigences de la culture de pomme de terre
Concernent les exigences édaphiques, la pomme de terre se développe mieux dans des
sols a texture plus ou moins grossière (texture sableuse ou sablo-limoneuse) que dans des sols
a texture argileuse ou argile-limoneuse, qui empêchent tout grossissement du tubercule
(Soufi, 2011). Le pH doit varier entre 5.8 et 6.5 et la salinité ne doit pas dépasser 3 à 5 mmhos
/cm -1 (ITCMI, 2010).
La pomme de terre est à la fois sensible à un déficit et à un excédent d’eau (Bulletin

d’informations techniques CIP). Ses besoins en eau sont estimés entre 3000 et 6000 m3 /ha
(ITCMI, 2010). De plus, des variations excessives de l’humidité du sol peuvent altérer la
qualité des tubercules. Elle est particulièrement sensible à la sécheresse et au gel et préfère les
climats tempérés, humides et brumeux (Bulletin d’informations techniques CIP ; ITCMI,
2010). En matière de température, les préférences de la pomme de terre varient en fonction du
stade de développement de la plante ; la croissance végétative est inhibée entre 5 et 7°C, la
température optimale de tubérisation de situe aux alentours de 18°C et les températures
supérieurs à 29°C inhibent la tubérisation et induisent la repousse de la plante (ITCMI,
2010). L’ombrage est à proscrire étant donné que la formation de la fécule est directement
influencée par la lumière.
La pomme de terre est une plante exigeante en éléments minéraux, principalement en

potasse, en phosphore et en azote. L'apport d'azote est indispensable pour assurer le
grossissement des tubercules mais favorise aussi le développement de la végétation, au
détriment de la tubérisation en cas d'excès. Elle nécessite également d’autres minéraux tels
que le magnésium, le calcium ou encore le soufre (INA P-G, 2003).
III. Les contraintes biotiques et abiotiques de la culture de pomme de terre
Plusieurs contraintes d’ordre biotiques et abiotiques peuvent interférer avec la culture

de pomme de terre. Les principales entraves abiotiques sont les basses (sècheresse) ou hautes
températures (gel), le déficit en oxygène qui peut entrainer le noircissement des tubercules, les
carences minérales en potassium, en azote et en phosphore, la phytotoxicité etc (Surinder et
Mukerji, 2004).
Les contraintes biotiques sont essentiellement dues aux ravageurs et aux maladies. Les
principaux ravageurs de la pomme de terre sont le doryphore (Leptinotarsa decemlineata), le
taupin (Agriottes spp.), la teigne (Phthorimae opercullela) etc. (CIP, 1990). Plusieurs agents
13
pathogènes peuvent affectés la pomme de terre (Tableau 1). Parmi ces agents, les virus de
l’enroulement des feuilles (PLRV), le virus X (PVX), le virus Y (PVY) qui causent des
dommages économiquement importants. Les bactéries provoquent également des infections
assez importantes comme le flétrissement bactérien (Ralstonia solanacearum), la pourriture
annulaire causée par Calvibacter michiganensis spp. Sepedonicus ou encore la jambe noire
(Pectobactérium carotovorum). Certains nématodes comme Pratylenchus penetrans ou
Globodera spp peuvent causer des perturbations au niveau des cultures de pomme de terre
telles que le ralentissement de la croissance, la réduction de la taille des tubercules et la
formation de galles racinaires (Strange, 2003 ; Vreugdenhil, 2007 ; Birch et al, 2012 ; Fiers
et al, 2012). La pomme de terre est particulièrement sensible à certains champignons tels que
le mildiou, l’alternariose, les taches foliaires à Phoma, la pourriture sèche, la gale commune,
les affections à Rhizoctonia et les flétrissements fusariens. Les affections à Rhizoctonia
engendrent souvent des pertes significatives sur la qualité et la quantité de plusieurs plantes
cultivées (Weinhold et al, 1982 ; Banville, 1989) (Tableau 3).
IV. Le Rhizoctone brun de la pomme de terre : Rhizoctonia solani
Rhizoctonia solani a été décrite pour la première fois en 1858 par Julius Kuhn. Ce
champignon a une large gamme d'hôte et peut s’attaquer à de nombreux végétaux cultivés ou
spontanés appartenant à divers familles botaniques. Sur la pomme de terre, il engendre le
chancre noir des tiges et la formation des sclérotes au niveau des tubercules (Rhizoctone
brun). Ce champignon constitue un groupe complexe d’espèces qui englobent des groupes
génétiquement distincts, appelés groupes d’anastomose.
IV.1. Caractéristiques taxonomiques et morphologiques de R. solani
Rhizoctonia solani est un anamorphe 6dont le téléomorphe 7est Thanatephorus

cucumeris. Ce téléomorphe se caractérise par des hyphes de couleur marron d’un diamètre
allant de 12 à 17µm présentant souvent des basides cylindriques ayant quatre stérigmates
portant chacun une basidiospore. T. cucumeris est classé dans le groupe artificiel des Fungi
imperfecti (Deutéromycètes) où il est placé parmi les Mycelia sterilia ou Aganomycètes
(Stalpers et Anderson, 1996).
La systématique du téléomorphe T. cucumeris est détaillée dans le tableau 4.
6 Stade anamorphe caractérise une multiplication asexuée du champignon

7 Stade morphologique particulier du champignon caractérisé par une multiplication de type sexuée
14
Tableau 3: Les principales maladies de la pomme de terre et leurs agents causaux (CIP,
1979 ; Hooker, 1981 ; Oerke et al, 1994 ; Rouselle et al, 1996 ; Reckhaus, 1997 ;
Gaucher, 1998 ; Soltner, 2005 ; Vreugdenhil, 2007 ; Platt, 2008)
Maladies Agents causaux
Maladies fongiques
Mildiou Phytophthora infestans
Rhizoctone brun Rhizoctonia solani
Galle poudreuse Spongospora subterranea
Galle verruqueuse Synchytrium endobioticum
Alternariose Alternaria Solani
Pourriture sèche Fusarium spp.
Gangrène Boeremia foveata
Maladies bactériennes
Jambe noire et pourriture molle Pectobacterium carotovorum
subsp.atrosepticum
Flétrissement bactérien Ralstonia solanacearum
Gale commune Streptomyces scabiei
Maladies virales
Virus de l’enroulement des feuilles PLRV
Virus X PVX-
Virus Y et A PVY° et PVA
Virus M PVM
Maladies causées par des nématodes
Nématode à kyste Globodera Rostochiensis
Nématodes à galles Meloidogyne incognita
Nématodes des racines Pratylrnchus penetrans
15
Tableau 4 : Position taxonomique du téléomorphe Thanatephorus cucumeris
Règne Fungi
Phylum Basidiomycota
Sous –phylum
phylum Agaricomycotina
Classe Agaricomycetes
Ordre Cantharellales
Famille Ceratobasidiaceae
Genre Thanatephorus Donk
Espèce Thanatephorus cucumeris
Figure 4 : Caractéristiques morphologiques de R. solani. A : Mycélium cloisonné montrant

une ramification selon un angle droit avec une constriction suivie par une cloison transversale.
B : Compartiments mycéliens montrant plusieurs noyeux. C : Cultures agées de couleur
marron présentant des sclérotes.
sclérotes D : Cellules moniloides. (Tredway et Burpee, 2001).
16
L’anamorphe R. solani se caractérise par un mycélium dont les ramifications sont plus ou
moins à angle droit. Chaque ramification présente une constriction à sa partie distale suivie
par une cloison transversale (Figure 4A). Les cloisons transversales sont pourvues d’un pore
complexe ou dolipore. Les compartiments mycéliens sont pluri-nucléaires (Figure 4B). Les
colonies de R. solani sont d’abord de couleur hyaline, puis avec l’âge, elle prennent une
couleur marron et produisent des sclérotes de couleur marron ayant différentes dimensions
(Figure 4C et D) (Ogoshi, 1987).
IV.2. Les différents groupes d’anastomoses de R. solani
Les différents groupes d’anastomoses de Rhizoctonia solani sont définis sur la base de
la fréquence de leur fusion hyphale. Des hyphes ont tendance à s’anastomoser lorsque deux
différents isolats ayant des liens de parenté sont confrontés in vitro (Carling et al, 1986).
En se basant sur la capacité des hyphes de différents isolats de R. solani à

s’anastomoser, quatre catégories sont répertoriés et treize groupes d’anastomose sont
identifiés (Carling, 1996). Ces groupes désignés par l’abréviation AG (anastomosis groups),
ème
ont été numérotées d’AG-1 à AG-13. Les Rhizoctonia binucléées (BNR) forment un 14
groupe étant donné qu’ils sont capables de fusionner avec certains groupes d’anastomose.
Certains groupes d’anastomose sont subdivisés en sous-groupes ISG en se référant à leur
morphologie, la gamme d’hôtes, la variabilité génétique, l’aptitude à assimiler la thiamine et
la composition en acides gras (Ogoshi, 1987 ; Vilgalys et Cubeta, 1994 ; Godoy-Lutz et al,
2008).
Au niveau de la pomme de terre, les différents groupes d’anastomose identifiés sont :

l’AG-1, l’AG-2, l’AG-3, l’AG-4, l’AG-5, l’AG-7, l’AG-8 et l’AG-9. Ces groupes sont
responsables de l’altération de différents organes de la pomme de terre (racine, germes,
tubercule etc.) (Carling et Leiner, 1990) : à titre d’exemple les groupes AG-1 et AG-2
provoquent des dommages mineurs sur les germes par contre les groupes AG-5 et AG-7 sont
associés au chancre des tiges et des racines ainsi qu’à la production de sclérotes sur les
tubercules (Carling et al, 1998).
Le groupe d’anastomose AG-3 est spécifique aux solanacées. Il comporte deux sous-
groupes AG-3PT et AG-3TB infectant respectivement la pomme de terre et le tabac. Ce
groupe est le principale responsable du Rhizoctone brun dans la quasi-totalité des zones
17
productrices de la pomme de terre dans le monde (Carling et Leiner, 1986 ; Balali et al,
1995 ; Ceresini et al, 2007 ; Lehtonen et al, 2008 ; Woodhal et al, 2013).
IV.3. Symptomatologie des affections de la pomme de terre causées par

Rhizoctonia solani
Le champignon R. solani peut causer des dégâts aussi bien aux parties souterraines
qu’aux parties aériennes de la plante de pomme de terre durant toute la période de végétation
et provoque par la même occasion des pertes considérables au niveau des récoltes. Plusieurs
symptômes peuvent indiquer une contamination par ce champignon. Les premières
manifestations sont des lésions de couleur marron-rougeâtre à noire et des taches incolores
déprimées sur les germes. Ces lésions provoquent le plus souvent la mort des extrémités des
germes (Figure 5A) (Banville, 1986, 1996). Ces derniers ainsi perdus seront compensés par la
plante par de nouveaux germes qui seront plus vulnérables aux attaques de R. solani (El
Bakali et Martin, 2006). Effectivement le sommet du germe dépérit souvent avant
d’atteindre la surface du sol, du coup une levée irrégulière et retardée est notée (Wharton et
al, 2007 ; Abd-Elsalam et al, 2009). Plus tardivement, des chancres craquelés s’observe sur
les tiges, les racines et les stolons (Figure 5B). Les plants attaqués sont rabougris et présentent
des bouquets terminaux de coloration rougeâtre à violacée (Gosselin et Boulet, 2009). Les
feuilles ont tendance à s’enrouler dans le sens de la longueur et deviennent plus claires voire
partiellement rougeâtres (Figure 5C) (Bekali et Martin, 2006 ; Wharton et al, 2007 ;
Woodhall et al, 2007). En réaction à une forte infestation et considérant la croissance
défaillante des stolons, des tubercules aériens peuvent apparaitre à l’aisselle des feuilles
(Figure 5D) (Anderson, 1982 ; Banville, 1989). Un autre symptôme peut apparaitre nommé
la gaine blanchâtre ou la maladie des manchettes ; il est caractérisé par un duvet fongique
blanc qui se manifeste à la base des tiges par temps humide. Toutefois, ce symptôme est
plutôt rare (Banville, 1989 ; Gosselin et Boulet, 2009). Par ailleurs, le symptôme le plus
caractéristique des affections de la pomme de terre par Rhizoctonia solani consiste en la
formation de sclérotes sur la surface des tubercules fils (Figure 5E). Ces sclérotes de
dimensions variables se présentent sous forme de taches plus ou moins grandes et sous forme
de nodules saillants adhérés à la surface du tubercule. Les tubercules de pomme de terre
peuvent aussi souffrir de drycore qui représente des taches foncées, rondes et légèrement
enfoncées, d’un diamètre de 3 à 6 mm. Au milieu de ces taches, la peau est fendue et le tissu
18
forme un bouchon liégeux de quelques millimètres d’épaisseur (Figure 5F) (Banville et al,
1996 ; Wharton et al, 2007).
IV.4. Cycle biologique et épidémiologie des affections de la pomme de terre

causées par R. salani
Les infections causées par Rhizoctonia solani sont initiées quand un hyphe issu de la
germination d’un sclérote présent dans le sol ou sur les tubercules semences pénètre dans le
tissu de l’hôte (Figure 6) (Jeger et al, 1996). Une humidité élevée et des températures du sol
comprises entre 15 et 18°C sont les conditions optimales à l’initiation de ces infections
(Wener, 2009). Par la suite, un mycélium se développe à la surface du tubercule infecté et
gagne d’abord les germes puis les racines et les premiers stolons (Jeger et al, 1996).
Ensuite, ce mycélium développe une masse de cellules renflées nommée manchon à la surface
des racines et des stolons. Cette structure sera à l’origine des lésions sur les organes de la
pomme de terre (Hofman et Jongebloed, 1988 ; Keijer et al, 1997). En fin du cycle végétatif
de la pomme de terre, des sclérotes se forment à la surface des tubercules (Banville et al,
1996). Alors que pour la plupart des cultures sensibles à R. solani, les attaques ont pour seule
origine le champignon présent au niveau du sol, dans le cas de la pomme de terre les sclérotes
portés par les tubercules de semences constituent une seconde source d’inoculum non
négligeable (Rousselle et al, 1996).
V. Les stratégies de lutte contre les affections causées par R.solani sur la
pomme de terre
Il est difficile de contrôler les affections causées par le champignon Rhizoctonia solani à
cause d’une part de sa large gamme d’hôte et d’une autre part de sa longue persistance dans le
sol soit sous forme de mycélium associé aux résidus de plantes en décomposition soit sous
forme de sclérotes.
19
C D
E F
Figure 5 : Symptomatologie du chancre des tiges et du rhizoctone brun de la pomme de terre.

A : Mort des extrémités des germes (flèche) avant leur émergence du sol, B : Tiges montrant
des chancres (flèche), C : Feuilles enroulées (au premier plan), D : tubercules aérien (flèche),
E : Tubercule de pomme de terre avec des sclérotes, F : Tubercule de pomme de terre avec
bouchons liégeux (drycore) (Swisspatat ; Wharton et al, 2007).
2007
20
Figure 6 : Le cycle de vie de Rhizoctonia solani : Le (1) mycélium et les sclérotes passent l’hiver dans des débris de plantes, le sol ou sur des
plantes hôtes (semence, débris, mycélium, sclérote). Les (2) jeunes hyphes se développent progressivement en (3) un vieux mycélium
myc qui (4) va
coloniser la surface de la plante et (5) y produire des cou
coussinets d’infection. De cette façon, le (6) mycélium pourra envahir l’hôte. Des (7)
nécroses et sclérotes se forment sur et dans les tissus de la plante hôte, ce qui peut mener à une (8a) pourriture du collet et de la racine, voire à
une (8b) fonte de semis.
21
V.1.Moyens de lutte contre le rhizoctone brun en agriculture conventionnelle
Dans l’agriculture conventionnelle, la lutte contre le Rhizoctone brun se fait

essentiellement par le biais d’agents chimiques et de molécules de synthèse. Il existe un large
éventail de fongicides appartenant à diverses familles chimiques qui ont démontré leur
efficacité en traitement de semences, de sol et en post-récolte. Parmi les matières actives
largement utilisées en traitements des plantes de pomme de terre, nous pouvons citer le
pencycuron, le flutolanil, le fludioxonil, le thiophanate-méthyle, l’azoxystrobine, le
chlorothalonil, le thiabendazole, le mancozeb etc.
V.2. Moyens de lutte contre Rhizoctonia solani en agriculture biologique
L’agriculture biologique est une agriculture durable se pratiquant en harmonie avec

l’environnement. C’est un système holistique de production animale ou végétale qui optimise
la productivité et la santé des différentes communautés de l'agroécosystème, notamment les
organismes du sol, les plantes, le bétail et les humains. La vertu d’une telle agriculture ne se
résume pas à la non-utilisation de certains pesticides, engrais, organismes génétiquement
modifiés, antibiotiques ou hormones de croissance ; mais elle englobe aussi toutes pratiques
respectueuses des équilibres écologiques, de la fertilité des sols, de l'environnement et du
bien-être des animaux.
L'agriculture biologique met l'accent sur la rotation des cultures et sur l'utilisation de
cultures abris, en plus de favoriser l'équilibre des relations entre hôtes et prédateurs. La lutte
contre les maladies et les insectes fait appel à des méthodes préventives, notamment la
rotation des cultures, l'amélioration génétique, l'emploi de variétés résistantes et l’utilisation
de microorganismes antagonistes.
V.2.1. Les pratiques culturales
La rotation constitue l’une des principales pratiques culturales utilisées pour lutter
contre les affections causées par Rhizoctonia solani. Elle vise essentiellement à réduire la
densité de l’inoculum dans le sol (Rauf et al, 2007 ; Heller, 2009). Les producteurs devraient
prendre garde en sélectionnant les cultures en rotation. En général, les céréales sont un choix
sûr et leur utilisation en rotation pendant au moins deux ans peut réduire efficacement
l’incidence de la maladie ; toutefois une rotation plus longue (environ 5 ans) est recommandée
si l’incidence de la maladie est grave. Les cultures étroitement apparentées aux pommes de
22
terre comme les tomates, les aubergines et les poivrons ne devraient pas être utilisées en
rotation avec les pommes de terre. De même, les mauvaises herbes apparentées comme la
morelle noire et la stramoine devraient être tenues à l'écart du champ (Ceresini, 1998).
D’autre part, le fait de planter des semences certifiées réduit sensiblement l’affection
par R.solani. Cependant l'utilisation de ce type de semences n'élimine pas totalement les
problèmes de ce champignon, car il survit dans le sol soit sous forme de mycélium associé
aux résidus de plantes en décomposition soit sous forme de sclérotes sur les tubercules non
récoltés ; Mais ceci évite la contamination par des plants infectés et la transmission de la
maladie dans des champs encore non contaminés.
La plantation à faible profondeur et dans des sols secs et chauds représente une autre
méthode de lutte. Cette pratique vise à réduire la durée de contact entre les jeunes germes et le
pathogène, en effet toute mesure favorisant une levée rapide des pommes de terre et écourtant
ainsi la phase juvénile sensible, permet d’atténuer la contamination par le rhizoctone. Du
coup, pré-germer les tubercules semble avoir un effet positif sur la diminution de l’affection.
De même, une récolte précoce peut également contrecarrer l’installation du rhizoctone parce
que les sclérotes se forment principalement dans les semaines qui suivent le défanage.
De plus, la matière organique non décomposée favorise l’installation du rhizoctone

brun, c’est pourquoi il ne faut utiliser que des engrais organiques contenant peu de paille. Le
fumier doit être préalablement composté ou épandu lors du précédent cultural et la
décomposition de la matière organique peut également être accélérée par des mesures
favorisant le développement des microorganismes du sol.
V.2.2. La lutte génétique
La résistance variétale de la pomme de terre à R. solani a longtemps suscitée de

nombreuses recherches et a même fait l’objet de programmes de sélection. En effet
l’utilisation de variétés résistances ou même tolérantes à l’égard du rhizoctone reste le moyen
de lutte le plus efficace et le moins polluant pour l’environnement (Bains et al, 2002). Il a été
démontré que la nature de la résistance de la pomme de terre est polygénique suite à des
croisements effectuées entre Solanum tuberosum x Solanum phureja et Solanum tuberosum x
Solanum vernei (Gadzhiev, 1986). De même, une multitude de loci impliqués dans le
processus de la tolérance de la pomme de terre ont été identifiés par Lehtonen et al. (2008).
Cependant, ces auteurs ont constaté que cette tolérance devient inefficace en cas d’une forte
affection par la maladie.
23
V.2.3. La biofumigation
En insérant une interculture assainissante dans la rotation, il est possible de produire

un effet de biofumigation sur l’agent pathogène R. solani. Des études récentes montrent que
les engrais verts à base de moutarde peuvent constituer pour les agriculteurs une solution de
rechange tout aussi efficace mais moins coûteuse que les fumigants pour la lutte contre les
ravageurs du sol (McGuire, 2003). Les résultats de cette étude portent à croire que les engrais
verts à base de moutarde brune pourraient remplacer le fumigant métham-sodium8 pour la
production de pommes de terre dans certains systèmes de culture. Cette pratique peut aussi
améliorer les taux d'infiltration de l’eau et permettre aux agriculteurs de réaliser des
économies considérables. Toutefois, il semble que la moutarde brune doit être mise en place
pendant plusieurs hivers d’affilée avant d’obtenir un impact réellement intéressant sur le
rhizoctone brun.
V.2.4. La lutte biologique
Plusieurs agents antagonistes se sont montrés efficaces à l’égard des affections causées
par Rhizoctonia solani sur la pomme de terre : Parmi les antagonistes de nature fongiques il y
a Tricoderma spp, Verticillium biguttatum, Puthium oligandrum etc. (Demirci et al, 2009 ;
Lahlali et Hijri, 2010). En outre, plusieurs espèces bactériennes appartenant aux genres
Pseudomonas et Bacillus ont montré un haut potentiel antagoniste vis-à-vis de R.solani sur la
pomme de terre (Kondoh et al, 2000 ; Brewer et Larkin, 2005).
VI. La lutte biologique via des bactéries endophytes et rhizosphériques

contre Rhizoctonia solani chez la pomme de terre
Depuis plus d’un siècle, la compréhension des interactions microorganismes-plantes a

suscité l’intérêt de nombreuses recherches. Les plantes sont abondamment colonisées par des
microorganismes et ces derniers vivent en association avec les feuilles, les tiges, les fleurs, les
graines et les racines (De Boeck et Larcier, 2003). Ces microorganismes sont connus sous le
nom de microorganismes endophytes et ils peuvent être des bactéries ou des champignons.
Les endophytes occupent principalement les espaces intercellulaires des tissus végétaux. D’un
autre côté, certaines bactéries endophytes présentent une colonisation intracellulaire : dans les
parenchymes des cellules, dans les vacuoles etc. (Hallmann J et al, 1997).
8
Pesticide à large spectre, utilisé comme fumigant des sols. Ce produit est suspecté d’être cancérigène et très toxique par
l’USEPA aux Etats Unis. Pourtant, des millions de kilogrammes du dangereux gaz metham-sodium sont utilisés dans l’Union
Européenne par 15 états membres pour la fumigation du sol.
24
Il existe une large variété de microorganismes endophytes se localisant sur et dans les
surfaces aériennes des plantes, ils constituent la phyllosphère (De Boeck et Larcier, 2003).
Certains de ces microorganismes établissent des interactions complexes à divers stades de
développement de la plante et jouent parfois des rôles importants dans la protection contre les
agressions.
Les racines des plantes rejettent une large variété de matériaux dans le sol environnent,
dont divers alcools, de l’éthylène, des sucres, des acides aminés et organiques, des vitamines,
des polysaccharides etc. Ces matériaux créent des milieux particuliers pour les
microorganismes du sol. La rhizosphère, décrite pour la première fois en 1904 par Lorenz
Hiltner, est le volume de sol entourant les racines et influencé par les matériaux (appelés
rhizodépots) libérés par ces mêmes racines (De Boeck et Larcier, 2003).
Parmi ces microorganismes, certains sont présents dans la rhizosphère sans que leur
influence sur le développement des végétaux ne soit connue (microorganismes commensaux),
certains sont favorables aux plantes (mutualistes) alors que d’autres ont des effets délétères
sur les plantes (parasites et phytopathogènes) (De Boeck et Larcier, 2003). Les rhizodépôts
jouent un rôle actif dans la régulation des interactions mutualistes et parasites/pathogènes,
entre les plantes et les rhizobactéries (Hirsch et al, 2003)
Il a été démontré que de multiples bactéries endophytes de la rhizosphère peuvent

promouvoir la croissance des plantes, le tout orchestré par certaines d’entre elles qui
communiquent avec la plante au moyen de signaux chimiques complexes. Ces bactéries sont
alors reprises sous le terme PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria). Ainsi, la
croissance, la santé des plantes et leur diversité sont influencées par la diversité des
populations microbiennes présentes dans la rhizosphère (Bloemberg et Lugtenberg, 2001 ;
Lemanceau, 1992 ; van der Heijden et al, 2008 ; Weller et al, 2002 ; Whipps, 2001).
Actuellement, l’utilisation de microorganismes endophytes pour améliorer la

croissance et la santé des plantes repose principalement sur l’inoculation. Les
microorganismes, tels que les champignons mycorhizogènes (Elhassan et al, 2010 ;
Gianinazzi et al, 2010) et les bactéries fixatrices d’azote (Bhattacharjee et al, 2008 ;
Elhassan et al, 2010), représentent un potentiel important pour l’amélioration de la
croissance des plantes et la lutte biologique contre les maladies d’origine tellurique.
25
VI.1. Les rhizobactéries endophytes promotrices de la croissance des plantes

(PGPR) en tant quágents de lutte biologique
Il a été suggéré que la plante influencerait la structure et l’activité des communautés

microbiennes en favorisant les populations qui lui sont bénéfiques (Cook et al, 1995 ; Lynch,
1987). Afin de tirer parti de cette situation et ainsi, optimiser les interactions favorables à la
croissance et la santé des plantes et développer des pratiques agricoles plus respectueuses de
l’environnement et moins consommatrices d’intrants de synthèse, il est nécessaire de mieux
connaître les mécanismes d’interactions entre les plantes et les microorganismes de la
rhizosphère car les modes dáction de ces agents microbiens dans la lutte biologique sont
encore mal connus et peuvent varier selon les microorganismes. Mais de nombreux exemples
décrivant un ou plusieurs mécanismes responsables de la réduction de la maladie sont
disponibles.
VI.1.1. Interactions directes PGPR/Pathogène
• Compétition pour léspace et les nutriments
La capacité des microorganismes à coloniser rapidement et abondamment les racines

de la plante pourraient avoir un effet bénéfique sur la réduction de la maladie et ceci en
limitant les sites potentiellement habitables par le champignon (Piano et al. 1997; Reyes et
al. 2004). Les rhizobactéries à croissance rapide pourrait éliminer les pathogènes fongiques
par la compétition pour le carbone et les sources d'énergie (Haas et Defago 2005). Outre la
vitesse de croissance intrinsèque, les autres propriétés renforçant le potentiel colonisateur
dúne souche sont la mobilité (Jofre et al. 2004), le chimiotactisme et la faculté dútilisation
des composés excrétés par les racines en tant que sources de carbone et dázote (Berggren et
al. 2001; Gupta 2003; Grover 2004). Cependant, cette corrélation entre límportance de la
population de PGPR sur les racines et la protection observée nést pas toujours vérifiée et ne
peut donc pas être considérée comme une règle générale.
• Compétition pour le fer et production de sidérophores
La compétition pour le fer représente un cas particulier de compétition pour les

nutriments. Les sidérophores sont des molécules chélatrices du fer synthétisés par les
microorgaismes et nécessaire à leur croissance. Ces composés ont une grande affinité pour les
ions Fe3+. En sáppropriant les ions ferriques présents dans la rhizosphère, ils les rendent ainsi
non disponibles pour le champignon pathogène, ce qui provoque une diminution de sa
26
croissance. La production des sidérophores est influencée par un grand nombre de facteurs
environnementaux (pH, température el la source de carbone) (Duffy et Défago 1999;
Valdebenito et al. 2006).
• Antibiose et parasitisme
Afin de limiter l’invasion des pathogènes dans les tissus de la plante hôte, certains
PGPR ont recours à l’antibiose. Il consiste en une inhibition directe de la croissance du
pathogène via la production de métabolites aux propriétés antifongiques et/ou antibiotiques.
Certaines souches de PGPR ont même la capacité déxcréter des métabolites qui jouent un
rôle important dans línactivation des facteurs de germination du pathogène ou la dégradation
de leurs facteurs de pathogénicité.
VI.1.2. Interactions PGPR/plante
Il a été démontré que certaines souches PGPR contribuent à la croissance des plantes
et augmentent le rendement des cultures. Les PGPR favorisent la croissance des plantes hôtes
par divers mécanismes tels que la fixation dázote (N2) et la solubilisation dóligoéléments
comme le phosphate (P) (Cakmakci et al. 2006; Orhan et al. 2006), línhibition de la
synthèse d'éthylène par la plante, la synthèse des phytohormones (auxines, gibbérellines,
cytokinines etc) ou de vitamines (Dobbelaere et al. 2003), et en diminuant la toxicité des
métaux lourds (Burd et al. 1998; Whipps 2001).
D’autre part, certaines souches de PGPR renforcent la capacité défensive des plantes,
ceci rend l´hôte beaucoup plus résistant à lágression future par des agents pathogènes. Ce
phénomène a été nommé «résistance systémique induite» (ISR, Induced Systemic Resistance)
(Van Loon et al. 1998; Pieterse, CMJ. et al. 2002). En effet, ces rhizobactéries sont
capables de réduire l’affection à travers la stimulation de mécanismes de défense inductibles
chez la plante (Van Loon et al. 1998). Línduction dúne telle capacité de défense est
systémique : le traitement des racines par des PGPR produit des effets protecteurs sur dáutres
parties de la plante sans migration des bactéries induisant lÍSR au travers du système
vasculaire de la plante ou à travers les tissus (Ramamoorthy et al. 2001; Bent 2005). Ce
phénomène semble similaire au mécanisme de résistance acquise de la plante (SAR, Systemic
Acquired Resistance) parce que tous deux se basent sur la transmission dún signal conduisant
à láctivation dún ensemble de mécanismes de défense. Pourtant, il semble que les voies
dínductions de la SAR et lÍSR soient différentes.
27
MATERIELS ET METHODES
Matériels et méthodes
I. Matériels utilisés
I.1.Matériels biologiques
I.1.1.Champignon pathogène : Rhizoctonia Solani
Le champignon pathogène Rhizoctonia solani (RS.5.2) a été isolé, par Mr. Djébeli
Naceur, à partir d’échantillons de sclérotes prélevés de tubercules de pomme de terre atteints
du rhizoctone brun et cultivés dans le sud tunisien (Gafsa). Ce champignon, appartenant au
groupe d’anastomose AG 3, a été totalement séquencé (Djébeli et al, 2014) et la séquence
complète possède le numéro d’accession suivant KF152934.1 (Genbank).
I.1.2. Souches bactériennes testées
60 souches bactériennes du genre Bacillus ont été testées pour leur activité
antifongique vis-à-vis du champignon pathogène Rhizoctonia solani. Ces souches ont été
fournies par le laboratoire des substances bioactives au CBBC. Ce sont des souches
endophytes qui ont été isolées à partir de différents organes (racines, feuilles, tiges etc) de
plusieurs variétés de pomme de terre cultivées (Lisita, Spunta, Annabella, Fabiola etc).
I.1.3. Matériel végétal : Les tubercules-semences
Les tubercules semences de pomme de terre ont été fournis par Monsieur Belhssen
Tarhouni, ingénieur général et chef service au centre technique de pomme de terre et de
l’artichaut en Tunisie. Ces tubercules appartiennent à la variété Spunta (élite 2) et ils ont été
utilisés pour évaluer l’effet des souches bactériennes dans la lutte biologique contre le
Rhizoctone brun chez la pomme de terre.
I.2. Milieux de culture
Pour la préparation des milieux de cultures, nous avons utilisées de l’eau distillée. Les milieux
étaient également autoclavés pendant 20 minutes à 121 °C avant leur utilisation. La composition des
milieux, détaillée dans les paragraphes suivants, est donnée par litre d’eau distillée.
28
I.2.1. Milieux liquides
• Milieu PBD
C’est le milieu usuel de culture pour la plupart des champignons. Il comprend de la pomme de
terre, du sucre sous forme de dextrose et de la gélose. Il est composé de 19.5 g du milieu préfabriqué
Potato Dextrose Broth.
• Milieu Luria Bertani (LB)

Ce milieu est utilisé pour la culture des souches bactériennes. Sa composition est la suivante : 5
g NaCl, 10 g de Tryptone et 5 g d’extrait de levure.
• Milieu LB modifié
Le milieu LB modifié est utilisé pour mettre en évidence les souches bactériennes productrices
de phytohormones AIA (Acide Indole Acétique). Sa composition est la suivante : 5 g NaCl, 10 g de
Tryptone, 5 g d’extrait de levure, L-Tryptophane 5 mM (pH= 7.5) (Sheng et al, 2008).
• Milieu MM9
Ce milieu entre dans la composition du milieu solide Chrome Azurol S. Il est composé de : 33.9
g de Na2HPO4, 15 g de KH2PO4, 2.5 g de NaCl et 5 g de NH4Cl. Ce milieu n’est pas autoclavé en
revanche il est filtrée (0.22 µm) avant son incorporation dans le milieu solide CAS.
I.2.2. Milieux solides
• Milieu PDA
La composition de ce milieu est la même que celle du milieu liquide PDB additionnée de 20 g
d’agar.
• Milieu LB
La composition de ce milieu de culture est identique à celle du milieu liquide LB additionnée de
20 g d’agar.
• Milieu Pikovskaya (PVK)

Ce milieu est utilisé pour mettre en évidence la capacité des bactéries à solubiliser le phosphate du
milieu (Pikovskaya, 1948). La composition de ce milieu est la suivante : 10 g glucose, 5 g Ca3(PO4)2,
0.5 g d’extrait de levures, 0.5 g (NH4)2 SO4, 0.1 g Mg SO4 ; 7 H2O, 0.2 g NaCl, 0.2 g KCl, 0.002 g Mn
SO4 ; 2 H2O, 0.002 g FeSO4 ; 7 H2O et 20 g d’agar.
29
• Milieu Chrome Azurol S (CAS)

Le milieu Bleu agar permet de mettre en évidence la production des sidérophores par les
bactéries endophytes (Schwyn et Neilands, 1987). Ce milieu est composé de : 60.5 mg de CAS dissout
dans 50 ml H2O ,10 ml de la solution fer (III) (1 mM FeCl3 ; 6 H2O, 10 mM HCl), 72.9 mg HDTMA
dissout dans 40 ml H2O, 100 ml du milieu MM9, 20 g agar et 30.24 g Pipes. Le pH de ce milieu est
ajusté à 6.8 à l’aide de pastilles de NaOH.
II. Méthodes
II.1. Sélection des souches bactériennes actives par test d’inhibition
Ce test vise à apprivoiser si les souches bactériennes posséderaient une activité

antifongique vis-à-vis le champignon Rhizoctonia Solani. Un disque de 5 mm de diamètre du
champignon est déposé au centre d’une boite de Pétri contenant du milieu LB solide. Une
goutte (2 µL) d’une suspension bactérienne est placée à une distance d’environ 3 cm du
pathogène fongique. La boite est ensuite incubée à 30°C pendant 72 heures. Un témoin
négatif de la souche fongique est testé en absence de bactéries.
II.2. Test d’antagonisme direct
La détermination de l’antagonisme des bactéries est effectuée in vitro sur milieu LB

solide. Les souches bactériennes sont testées pour leur capacité à inhiber la croissance du
champignon phytopathogène. Les bactéries ont été repiquées sous forme de deux stries
perpendiculaires passant par le centre de la boite de Pétri. Par la suite, quatre disques (5 mm
de diamètre) du champignon ont été placés de part et d’autre des stries de telle sorte que la
distance qui sépare les deux microorganismes dans chaque quadrant est d’environ deux
centimètres. Les boites sont incubées pendant 24h à 30°C puis pendant 2 à 3 jours à 25°C.
Les zones d’inhibition de la croissance du champignon ont été évaluées à l’aide de la formule
de Whipps (1987) :
Inhibition de la croissance (%)= (R1 –R2/R1)*100
Avec R1 : le rayon le plus long du mycélium fongique en direction de l’antagoniste (valeur

témoin) R2 : la distance relative à la croissance du mycélium sur la ligne séparant les deux
positions d’inoculation.
30
L’inhibition de la croissance (IC) est classée selon l’échelle de Korsten et al (1995)

qui attribue l’indice 0 aux bactéries qui n’inhibent pas la croissance du champignon. Les
souches d’indice 1 sont celles qui ont un IC se situant entre 1 et 25%. Lorsque l’inhibition se
situe entre 26 et 50%, les souches sont d’indice 2. Et finalement les souches d’indice 3
(souches présentant l’activité fongique la plus forte) ont un IC se situant entre 51 et 75%.
II.3.Test de pourriture sur rondelles de pomme de terre
Les souches bactériennes sélectionnées ont été mises en culture dans un milieu LB
liquide pendant 24h à une température avoisinant les 30 °C et sous agitation (150 rpm). Par la
suite, des tubes contenant 10 ml d’eau physiologique (Annexe 1) ont été inoculés par des
volumes adéquats de suspensions bactériennes de telle façon que la concentration finale dans
le tube se situait entre 0.5 et 0.6 MF (1.5x108- 1.8x108 UFC.mL-1). Les concentrations ont été
déterminées par l’intermédiaire d’un densimat (Biomerieux). Il s’agit d’un densitomètre
destiné à mesurer la densité d’un inoculum bactérien réalisé dans une ampoule de milieu
liquide. L’appareil donne des valeurs en McFarland, proportionnellement à des valeurs
moyennes de concentrations bactériennes obtenues avec des bacilles Gram négatifs rencontrés
en bactériologie clinique. Le dénombrement s’effectue en faisant la différence entre la valeur
relevée avant l’incubation et celle après l’incubation pour chaque tube.
Les pommes de terre ont été lavées, épluchées et découpées en rondelles. Ces
dernières ont été désinfectées par un bain d’eau de javel (concentration : 3%) pendant 5
minutes suivie de cinq lavages avec de l’eau distillée stérile. Les rondelles de pomme de terre
ont été égouttées sur du papier filtre puis déposées dans une boite de pétri en verre sur du
papier filtre stérile. Dans l’intention de confirmer que le pourrissement des rondelles est dû à
la souche bactérienne et non pas à un contaminant, nous devons nous assurer que les rondelles
de pomme de terre sont parfaitement désinfectées : Ceci se fait par l’étalement d’une goutte
de l’eau qui a servi au 5ème lavage sur un milieu LB solide à l’aide d’un écouvillon stérile.
L’absence de colonies suite à l’incubation de la boite (30°C) certifie une désinfection parfaite
des rondelles de pomme de terre.
Les suspensions bactériennes précédemment préparées sont déposées sur les rondelles.
Les boites sont incubées pendant 3 jours à 30°C et les résultats sont décrits en tenant compte
du degré de la pourriture, odeur, consistance et couleur des rondelles.
31
II.4. Spectre d’action antifongique
II.4.1. Préparation des échantillons
Une colonie des souches bactériennes sélectionnées a été prélevée stérilement et

ensemencé dans un milieu LB liquide .Ces cultures sont incubées pendant 24h à une
température de 30 °C et sous agitation (150 rpm). Les suspensions bactériennes obtenues sont
centrifugées à 10000 rpm pendant 10 min à une température ambiante puis les surnageants ont
été récupérés et filtrés (0.22µm).
II.4.2. Test de diffusion des puits
A partir des filtrats des différentes souches bactériennes récupérés précédemment, sept
dilutions ont été réalisées pour chaque souche: ½,1/4,1/6,1/8,1/10,1/12 et 1/16 ; Toutes ces
dilutions, additionnées du filtrat non dilué seront testés sur le champignon pathogène dans le
but d’évaluer l’activité antifongique dans le surnageant (Kalai- Grami et al. 2013).
Quatre puits de 6 mm de diamètre sont creusés dans du milieu PDA à une distance de 3.5 cm
du centre de la boite et 200 µl du filtrat ainsi que des différentes dilutions sont déposées dans
les puits (200 µl par puits). Ces derniers sont scellés par une fine couche de gélose molle. Un
disque fongique de 5 mm de diamètre issu d’une jeune culture de Rhizoctonia Solani est placé
au centre de la boite. Un des puits est rempli avec du milieu stérile et considéré comme
témoin pour ce test. Les boites sont incubées pendant 3 jours à 25 °C.
II.5. Identification des bactéries sélectionnées pour le test In vivo
II.5.1. Identification biochimique
• Galerie API 50 CH
L’API 50 CH est un système standardisé associant 50 tests biochimiques permettent

l’étude du métabolisme des hydrates de carbone des microorganismes. Nous l’avons utilisé en
combinaison avec l’API CHB/E Medium (Annexe 4), préconisée pour l’identification des
Bacillus et apparentés, des Enterobacteriaceae et Vibrionaceae. La galerie est constituée de 50
microtubes permettant l’étude de la fermentation des substrats par les bactéries testées. En
effet, durant la période d’incubation, la fermentation se traduit par un changement de couleur
(du rouge vers le jaune) dans le tube, dû à une production d’acide en anaérobiose révélée par
l’indicateur de pH (phénol) contenu dans le milieu API CHB/E medium. Le premier tube de
32
la galerie, sans principe actif, sert de témoin

témoin négatif. La liste des substrats contenus dans les
microtubes de la galerie est détaillée dans l’annexe 5.
Tout d’abord, les 5 bandes de la galerie sont placées dans une boite en plastique que
nous avons pris soin d’humidifier par l’ajout d’eau distillée
distill stérile. Puis, lee milieu API CHB/E
medium est ensemencé par plusieurs colonies bactériennes. L’opacité de la suspension doit
être égale à 2 McFarland. La suspension est homogénéisée puis répartie sur les 50 microtubes
de la galerie. Par la suite, l’API 50 CH est incubée pendant 48 heures à 30°C. L’interprétation
des résultats se fait par 2 lectures : la première se fait après 24 h, la deuxième après 48 heures.
Le profil biochimique obtenu après la dernière lecture est identifié par le logiciel apiweb TM.
Figure 7 : La galerie 50 CH suite à l’inoculation par la souche bactérienne à identifier
• Galerie API 20 E
Nous avons utilisées l’API

’API 20 E (bioMérieux) en complément avec l’API 50 CH. Cette
galerie est une version miniaturisée des tests biochimiques classiques destinés à
l’identification des Enterobacteriaceae. Ce système regroupe 23 tests biochimiques, seulement
pour l’identification des Bacilles, seuls les 12 premiers puits sont exploités. Les microtubes de
cette galerie contiennent des substrats déshydratés dont la réaction avec la bactérie nous
permet de l’identifier.
Pour l’inoculation de cette galerie, nous

n avons
ns ensemencé un tube d’eau physiologique
par des colonies bactériennes issues d’une culture pure de 24 h, et ceci jusqu’à l’obtention
d’une suspension d’opacité égale à 2 Mc. La suspension est ensuite répartie sur les 12
premiers puits de la galerie (150 µL par puit sauf pour les puits CIT, VP, et GEL qui
nécessitent 300 µL de suspension par puit). Par la suite, les cupules ADH, LCD, OCD, H2S et
33
URE sont sellées par de l’huile de paraffine (réactions qui se produisent en

anaérobiose).L’API 20 E est ensuite incubée à 30°C pendant 24 heures.
Après l’incubation de 24 h, la lecture de la galerie et l’ajout des

des réactifs se fait dans l’ordre
suivant : premièrement nous ajoutons, au puit VP, 1 goutte d’hydroxyle de potassium (40%)
et une goutte d’alpha-naphtol
naphtol (6%). La lecture de fait après dix minutes. Par la suite, il faut
indiquer la présence ou non de bulles au niveau du puits GLU car ceci indique une réduction
du nitrate à l’état gazeux (N2). Puis, il faut ajouter 2 goutes d’acide sulfanilique (0.8%) et 2
goutes de NN-dimethyl-alpha--naphthylamine
naphthylamine (0.05%). La lecture se fait après 2 à 3 minutes.
Ensuite, nous ajoutons une goutte de chlorure ferrique (10%) au puit TDA et une goutte du
réactif de Kovac (Annexe 3) au puit IND. La lecture se fait immédiatement après l’ajout des
réactifs. Si la réaction du GLU est négative, il faudrait rajouter la poudre de zinc et faire la
lecture de la réaction après 10 minutes.
Figure 8: La galerie API 20 E inoculée par la bactérie Rr 10 (avant incubation)

L’interprétation des résultats de fait
fa en se référant au tableau ci-dessous :
34
Tableau 5 : Code de lecture de l’API 20 E
Tube Description du test Réactions

Positive Négative
ONPG Détermination de la présence de l’enzyme Jaune Incolore
galactosidase
ADH Transformation de l’arginine (acide-aminé) Rouge ou Jaune
par l’arginine déshydrolase orange
LCD Transformation de la lysine (acide-aminé) Rouge ou Jaune
par la lysine décarboxylase orange
OCD Transformation d’ornithine (acide-aminé) Rouge ou Jaune
par l’ornithine décarboxylase orange
CIT Utilisation du citrate comme seule source de Turquoise ou Vert pale ou
carbone bleu foncé jaune
H2 S Production du sulfure d’hydrogène (H2S) à Dépôt noir Aucun dépôt
partir di thiosulfate (S2O3) noir
URE Libération d’ammoniac à partie de l’urée Rouge ou Jaune
grâce à l’uréase orange
TDA Formation de l’acide indolepyruvique à Brun-rouge Jaune
partir du tryptophane (AA) grâce à
tryptophane désaminase
IND Formation d’indole à partir du tryptophane Anneau rouge Jaune
VP Formation d’acétoine à partir du pyruvate de Rose foncé ou Incolore ou
sodium rouge rose pale
GEL Liquéfaction de la gélatine (protéine) Diffusion du Aucune
pigment diffusion,
incolore
GLU Formation d’acide à la suite de l’utilisation Jaune Bleu ou bleu-
d’un hydrate de carbone vert
II.5.2. Identification moléculaire
L’identification moléculaire des souches se base sur l’amplification et le séquençage

des gènes des ARN ribosomiques notamment le gène de l’ARNr 16S. Cette séquence d’ADN
très conservée au sein des espèces (plus de 99%) donne un degré de similitude entre deux
35
organismes indiquant ainsi leur parenté relative. La procédure consiste à amplifier le gène, en
présence d’une amorce reconnaissant la région sur l’ADN, qui par la suite est séquencée. Les
séquences sont comparées avec des bases de données de séquences de nucléotides déjà
connues existant dans des banques internationales de données telles que EMBL (Europeen
Molecular Biology Laboratory et GenBank (NCBI : National Center Biology Information -
USA).
II.5.2.1. Extraction de l’ADN génomique
L’extraction des ADN génomique s’est faite à partir des culots bactériens récupérés
après une centrifugation (10000 rpm, 5 min, température ambiante) de 1 ml de culture liquide
en phase stationnaire en utilisant un kit d’extraction d’ADN (Bio Basic Canada Inc). La
quantité et la qualité de l’ADN extrait est estimée sur gel d’agarose 1% [p/v] dans un tampon
TBE (1X). Les échantillons de migration sont préparés par l’addition à 3 µl d'ADN 2 µl d’une
solution de bleu de migration (Bromophénol + saccharose). Le gel est déposé dans une cuve
contenant le tampon TBE (Tris Borate EDTA). La migration se fait pendant une trentaine de
minutes à 100 V et la taille des fragments est estimée par comparaison à un marqueur de taille
λ EcoRI/HindII.de 1 Kb
II.5.2.2. Amplification PCR
L’ADN r 16S des bactéries a été amplifié par PCR en utilisant les amorces
universelles FD1 et RD1 (InvitroGen) (Edwards et al, 1989).
Tableau 6: Séquence des amorces utilisées en PCR

Nom des amorces Description ou séquence Température d’hybridation
FD 1 (sens) 5’-AAGGAGGTGATCCAGCCGCA-3’
55°C
RD 1(anti-sens) 5’-AGAGTTTGATCATGGCTCAG-3’
L’amplification était réalisée dans un volume total de 50 µL. Le mélange réactionnel

se compose de 5µL de tampon (10X), 2.5 µL de MgSO4 (25 mM), 0.5 µL de dNTP (25 mM
chacun), 2 µL de chacune des amorces (FD 1 et RD 1), de la matrice d’ADN (50 ng d’ADN
génomique), une unité de Taq polymérase (0.18 µL) et de l’eau pour biologie moléculaire
(qsp 50 µL).
36
L’amplification a été effectuée dans un thermocycleur (MyCyclerTM,BIO-RAD) avec un

programme comportant une étape de dénaturation initiale à 95°C qui a durée 4 min et 30 s,
suivie de 40 cycles comportant trois étapes : une étape de dénaturation à 95°C pendant 30 s,
une étape d’hybridation à 55°C pendant 30 s et une étape d’élongation d’une minute à 72°C,
et un dernier cycle de 3 min à 72°c.
II.5.2.3. Electrophorèse sur gel d’agarose
Les produits d’amplification ont été séparés par électrophorèse sur gel d’agarose 1 % [p/v]
dans un tampon TBE (1x) pendant une heure à 80 V. Les bandes d’ADN ont été révélées par
florescence à une longueur d’onde de 302 nm en utilisant Molecular Imager Gel DocTM
XR+Imaging System (BioRad).
II.6. Mise en culture sous serre
II.6.1. Germination des tubercules semences
Les tubercules semences ont été lavés, désinfectés avec de l’eau de javel diluée (3 %),
rincés (5 fois par de l’eau distillée stérile) puis finalement déposés dans un endroit sec et
propre pour germer. La germination a durée en moyenne 15 jours.
Figure 9 : Tubercules semences germés
II.6.2. Souches bactériennes sélectionnées pour le test in vivo
Au final, quatre souches bactériennes endophytes ont été sélectionnées pour le test in
vivo sur une plantation de pomme de terre affectée par la maladie du rhizoctone brun. Ce
choix s’est essentiellement basée sur la performance de ces souches, in vitro, en tant
qu’antagoniste vis-à-vis le pathogène fongique Rhizoctonia solani. 3 de ces souches
endophytes appartiennent à la rhizosphère et une bactérie appartient à la phyllospère.
37
Tableau 7 : Origine des souches bactériennes sélectionnées pour l’essai in vivo
Non de la bactérie Variété de PT Organe d’isolement

5 BTIS Spunta Tige
Rr 10 Remorka Racine
Mr 6 Mordiale Racine
Kn f 15’ Kénita Feuille
II.6.3. Préparation des solutions utilisées
II.6.3.1. Solutions de traitements bactériens
Une colonie des souches bactériennes sélectionnées a été prélevée stérilement et

ensemencé dans un milieu LB liquide .Ces cultures sont incubées pendant 24h à une
température de 30 °C et sous une agitation de l’ordre de 150 rpm. Nous avons mesuré le
volume de la suspension bactérienne à ajouter à 10 ml d’eau physiologique pour obtenir une
concentration de l’ordre de 1.5x108 à 1.8x108 UFC.mL-1. Ces valeurs ont été extrapolées pour
un volume final de solution d’infection égale à 2 litres.
II.6.3.2. Solution d’infection fongique
La solution d’infection fongique a été préparée en ensemençant du milieu liquide PDB

par plusieurs disques de champignon Rhizoctonia solani 5.2. La culture est incubée sous
agitation pendant une semaine à 25 °C. La suspension est ensuite broyée.
II.6.4. Dispositif expérimentale
L’essai a été réalisé sous une serre fournissant un photopériodisme naturel. La

température était aux alentours de 25 °C et l’humidité se situait entre 60 et 70%. Le dispositif
comprenait 11 traitements avec huit répétitions pour chaque traitement.
Les 11 traitements sont répartis comme suit : 4 traitements bactériens (5 BTIS, Rr 10,
Mr 6 et Kn f 15’), 4 traitements bactériens + champignon pathogène RS.5.2 et 3 témoins : un
témoin négatif : ce sont les plantes non traitées, un témoin positif (plante infectées par le
champignon) et un témoin fongicide (plantes traitées par un fongicide commercial et infectées
par le champignon).
38
Le fongicide utilisé
Le fongicide employé lors de ce test est une suspension concentrée utilisée pour le traitement
de semences sous le nom commercial de « Maxim » dont la matière active est le Fludioxonil.
Ce fongicide est fabriqué par la société Sygenta en Suisse.
Figure 10: Fongicide utilisé lors de l’essai In vivo
II.6.5. Conduite de l’essai
La plantation des tubercules semences a été réalisée dans des pots en plastiques (20 L)
remplis d’un mélange de sable et de terreau (1/2,1/2) et de DAP (une dose par pot). Le DAP
(phosphate d’ammonium) est un engrais qui apporte les éléments nutritifs dont la plante a
besoin pour grandir et augmenter sa résistance face au stress météorologique.
Les tubercules semences germés ont été infectés par les différentes suspensions
bactériennes préparées (trempage dans la suspension bactérienne pendant une heure suivi d’un
égouttage de deux heures), puis ils ont été déposés dans les pots (un tubercule par pot).
Ensuite, les tubercules ont été recouverts par une couche de sol de 5 à 7 cm constituée du
même mélange de sable, terreau et DAP.
Pour le traitement antifongique, les tubercules ont été traités par le fongicide et ceci en
les immergeant pendant une minute dans une solution contenant 10 mL de fongicide dans 5 L
d’eau.
Après le semis, les pots ont été arrosés tous les deux à trois jours pendant toute la
durée de l’essai. L’infection des plantes par le pathogène fongique Rhizoctonia solani s’est
déroulée après 22 jours du semis.
39
Un premier apport en potasse a été réalisé après deux mois et un rappel s’est effectué
une semaine après.
II.6.6. Suivi des paramètres d’analyse
Au cours de cet essai, plusieurs paramètres ont été suivis. Nous avons évalué la levée
des plantes de pomme de terre, ainsi que le nombre et la langueur des tiges durant les 22 jours
de culture qui ont précédé l’inoculation par le champignon pathogène. Au 30ème jour de
culture, nous avons estimé le nombre moyen des feuilles des différents traitements. Après la
récolte, les tubercules ont été dénombrés, pesés (g), calibrés (mm) et classés selon leur grade
d’infection. L’estimation du calibre et de la sévérité de l’infection par les sclérotes s’est faite
par le calcul de l’indice de calibre des tubercules (IcTB) et de l’indice du rhizoctone brun
(IRB). Nous avons également collecté la partie aérienne des plantes. Ces parties ont été
séchées puis pesées (g).
II.6.6.1. Estimation du calibre des tubercules
L’effet du champignon pathogène Rhizoctonia solani sur la qualité des tubercules et

leur calibre a été estimé pour chaque traitement. Les tubercules de chaque pot ont été mesurés
à l’aide d’un calibreur puis ils ont été classés en 5 catégories. Par la suite, nous avons calculé
l’indice de calibre des tubercules selon la formule suivante (Woodhal et al.2008) :
IcTb (%) = {[n1(1) +n2(2) +n3(3) +n4(4) +n5(5)] / N *3} *100

Où 1, 2, 3, 4,5 = Les 5 degrés de l’échelle de notation correspondant chacun à :
• 1= calibre inférieur à 10 mm = Très petit calibre
• 2= calibre se situant entre 10 et 45 mm = Petit calibre
• 3= calibre entre 45 et 65 mm = calibre moyen
• 4= calibre compris entre 65 et 85 mm = gros calibre
• Et 5 = calibre supérieur à 85 mm = Très gros calibre
n1, n2, n3, n4 et n5 = nombre de tubercules pour chacun des degrés de l’échelle de
notation
N= correspond au nombre de tubercules total et 5 représente le degré de notation le plus
élevé
40
Figure 11:: Calibrage des tubercules de pomme de terre
II.6.6.2.. Estimation de la sévérité du rhizoctone brun
La sévérité du rhizoctone brun a été estimée par l’indice du rhizoctone brun (IRB) qui
est exprimé en pourcentage. L’indice du rhizoctone brun a été calculé par la formule suivante
(Woodhal et al.2008)
IRB (%) = {(n1(1) +n2(2) +n3(3) +n4(4) +n5(5))/N*5}*100

+n5(5))/N*5}*1
Avec : 1, 2, 3, 4, 5 =Les degrés de l’échelle de notation correspondant chacun à :

• 1 = Moins de 1% de l’aire du tubercule est infectée
• 2 = 1 à 10 % de l’aire du tubercule est infectée
• 3 = 11 à 20% de l’aire du tubercule est infectée
• 4 = 21 à 51 % de l’aire du tubercule est infectée
• Et 5 = plus de 51% du tubercule est recouvert de sclérotes
n1, n2, n3, n4 et n5 représentent le nombre de tubercules pour chacun des grades de l’échelle de
notation
N : c’est le nombre de tubercules total et 5 correspond au degré de l’échelle de notation le plus élevé
0 1 2 3 4 5
Figure 12: Echelle de notation des différents grades de l’infection causée par le champignon
Rhizoctonia solani
41
II.7. Détermination des activités PGP (plant Growth Promotion)
II.7.1. Production des sidérophores
La production des sidérophores par les bactéries a été détectée sur le milieu Chrome
Azurol S (CAS) selon la méthode de Schwyn et Neilands (1987). 150 µl d’une suspension
bactérienne ont été déposée dans des puits creusé dans le milieu solide CAS. Les boites ont
été incubées à 30°C pendant une semaine. Un virement de couleur du bleu vers l’orange
autour des colonies indiquerait la présence de sidérophores. Ce changement de couleur serait
expliqué par le transfert des ions ferriques du CAS vers les sidérophores produits par les
souches bactériennes.
II.7.2.Solubilisation des phosphates
Les bactéries ont été cultivées sur milieu Pikovskaya contenant du Ca3(PO4)2 afin
d’évaluer leur capacité à solubiliser le phosphate. Un volume de 10 µl de chaque culture
bactérienne a été déposé sur milieu PVK solide et incubé 30 jours à 30°C. L’apparition d’un
halo d’inhibition autour de la colonie bactérienne témoigne de sa capacité à solubiliser le
phosphate du milieu.
II.7.3. Production de l’acide indole acétique (AIA)
La détermination de la production d’ AIA a été réalisée sur milieu LB modifié. Ce

dernier est ensemencé par une colonie bactérienne et la culture a été incubée à 30°C pendant
72 heures à 150 rpm. La quantité de l’auxine produite a été estimée par la méthode
spectrophotométrique en additionnant 1 ml du surnageant de la culture bactérienne à 2 ml de
réactif de Salkowsky (Annexe 2) (Gordon et Weber, 1951). Après incubation pendant 30
minutes à l’obscurité, la DO a été mesurée à 540 nm. Une courbe d’étalonnage standard a été
effectuée avec une solution d’AIA (Annexe 3).
II.8. Etude statistique
La comparaison des moyennes pour les différents paramètres étudiés a été effectuée en
utilisant ANOVA/MANOVA du logiciel STATISTICA version 5. Les valeurs obtenues ont
été comparées en utilisant le test de Duncan avec P ≤ 0.05.
42
RESULTATS
Résultats
I. Sélection et identification des souches bactériennes exploitables en lutte

biologique contre le rhizoctone brun de la pomme de terre
I.1. Sélection des souches bactériennes actives contre Rhizoctonia solani
Afin de sélectionner des souches bactériennes comme agents de lutte biologique

contre le rhizoctone brun de la pomme de terre, au total, 60 souches bactériennes endophytes
ont été isolées à partir des racines et des feuilles de plusieurs variétés cultivées de pomme de
terre et testées pour leur pouvoir inhibiteur contre Rhizoctonia solani.
A B
C D
Figure 13: Capacité inhibitrice de quelques isolats bactériens (B, C, D) sur la croissance du
champignon pathogène Rhizoctonia solani (A).
43
RESULTATS
Il s’est avéré que 50% des bactéries (30 souches bactériennes) provoquaient
l’inhibition de la croissance mycélienne à distance, sans contact physique direct entre les deux
protagonistes, à savoir bactérie et champignon (Figure 13 A, B et C). 28 souches (46.67%)
(46.6
nécessitaient un contact direct avec le pathogène fongique et semblent provoquer l’arrêt de la
croissance de R.solani par parasitisme. Seulement deux bactéries ne présentaient aucun
pouvoir d’inhibition sur le phytopathogène (Figure 13).
50 %
46.67 %
Pourcentage des souches bactériennes
ayant une activité inhibtrice vis-à-vis
le champignon
3.33 %
Catégorie 1 Catégorie 2 Catégorie 3
Figure 14: Classement des bactéries endophytes selon leur pouvoir d’inhibition vis-à-vis
vis le
pathogène fongique Rhizoctonia solani
Catégorie 1 : Bactéries ayant un fort pouvoir d’inhibition contre le champignon ; Catégorie 2 :
bactéries faiblement ou moyennement actives et catégorie 3 : bactéries qui ne présentent aucun
pouvoir d’inhibition sur le champignon
Dans le but de déterminer

déterminer l’indice d’inhibition des bactéries, les différents isolats
(Bactéries appartenant à la 1ère et à la 2ème catégorie) ont été testés par la technique de double
culture.
Au total 40 souches bactériennes (30 souches appartenant à la 1ère catégorie et 10

souches appartenant à la 2ème catégorie) ont été testées. Les résultats montrent que 20
bactéries (50 %) inhibent efficacement et d’une façon durable le développement du pathogène
fongique avec un indice égale à 3. 35 % avaient un indice égale à 2 et 15 % présentaient un
indice égale à 1 (Figure 16)).
44
RESULTATS
A B C
R1
R2
(1)
(3)
(2)
Figure 15:: Activité antifongique contre Rhizoctonia solani (A) par test d’antagonisme direct :
Exemple d’une bactérie ayant un pouvoir antagoniste d’indice 3 (B), bactérie d’indice 1 (C)
(1) 4 disques de Rhizoctonia solani sur milieu PDA : boite
ite témoin, (2) souche bactérienne : 5
BTIS, (3) souche bactérienne : Rr 7, R1 : rayon du mycélium du côté du bord de la boite
(valeur témoin). R2 : rayon du mycélium du côté de l’intersection des lignes d’inoculation
15 %
50%
35 %
Indice 1 indice 2 indice 3
Figure 16: Répartition des souches bactériennes selon leur indice d’inhibition
Souches d’indice 1 : IC entre 1 et 25 % ; souches d’indice 2 : IC entre 25 et 50 % et souches d’indice
3 : IC se situant entre 51 et 75 %
45
RESULTATS
I.2. Test de pourriture sur rondelles de pomme de terre
L’utilisation des 20 souches présélectionnées (bactéries ayant un indice d’inhibition

égale à 3) en tant qu’agent de lutte biologique serait conditionnée par leur incapacité à pourrir
et à affecter les rondelles de pomme de terre.
T Mr 6 Rr 5
Figure 17: Test de pourriture sur rondelle de pomme de terre

Mr 6 : souche bactérienne n’entrainant pas le pourrissement de la rondelle de pomme de
terre ; Rr 5 : bactérie causant le pourrissement à une concentration comprise entre 1.5x108 et
1.8x108 UFC.mL-1 ; T : témoin négatif
Parmi les 20 souches testées, 11 (55 %) bactéries n’entrainaient pas le pourrissement

de la pomme de terre pour la concentration étudiée (1.5x108- 1.8x108 UFC.mL-1). Du coup,
ces bactéries pourraient être considérer comme des candidates éventuellement valables pour le
traitement de la maladie tellurique : le rhizoctone brun de la pomme de terre.
En se basant sur d’autres critères (pourriture/ pas de pourriture, odeur, consistance et

couleur), 4 souches bactériennes ont été retenues pour l’essai in vivo sur une plantation de
pomme de terre affectée par la maladie du rhizoctone brun. Deux de ces souches endophytes
appartiennent à la rhizosphère (isolement effectué à partir des racines) et deux bactéries
appartiennent à la phyllospère (isolement effectué à partir de la partie aérienne de la plante de
pomme de terre).
46
RESULTATS
Tableau 8: Détermination de la pathogénicité des bactéries ayant un indice d’inhibition égale

à 3 sur des rondelles de pomme de terre
Souches Pourriture / pas de Odeur (**) Consistance Couleur

bactériennes pourriture (*)
Témoin - - Ferme Jaune

Mr 9 + + Très molle Jaune /duvet blanc
Mr 2 + ++ Très molle Jaune pale
LR 7 - +/- ferme Jaune/taches marron

Mr 5 - +/- +/- ferme Jaune pale
FR 1 - +/- Ferme Jaune
LR 9 + +/- Ferme Jaune
SR 1 - - ferme Taches marron
SR 4 - +/- ferme Jaune + taches
marron
FR 2 - +/- ferme jaune
FR 6 +/- + +/- ferme Très léger tapis
blanc
Mr 3 + ++ Très molle Film blanc à la
surface
Mr 6 - - ferme jaune
Mr 8 + + Molle Beige
Rr 5 + ++ molle Marron
Rr 10 - - ferme jaune
AR 2 + + Molle Fine couche blanche
sur le dessus
5 BTIS - - ferme jaune
Kn f 15’ - - ferme jaune
8 SIBR + + Très molle Présence de taches
grises sur les cotes
Ar 3 + + Molle Blanc grisâtre
(*) - : pas de pourriture, + : pourriture, +/- : début de pourriture
(**)++ : Très forte odeur, + : Forte odeur, +/- : faible ou légère odeur, - : Pas d’odeur
47
RESULTATS
I.3. Spectre d’action antifongique : test de diffusion des puits
Les souches (5 BTIS et Kn f15’)

f15’ présentaient une forte activité d’inhibition dans leur
surnagent. La souche Kn f 15’ (Figure 18 A) avait une activité antifongique égale à 80 UA.ml-1
et la bactérie 5 BTIS avait une activité égale à 30 UA.ml -1.
Par contre, les souches bactériennes Rr 10 (Figure 18 B) et Mr 6 n’avaient aucune

activité inhibitrice envers la prolifération du champignon Rhizoctonia solani via leurs
surnagents.
1 5
A
3
2 7 6
4 8
5
B 1
3 6
2 7
8
4
Figure 18: Test de diffusion des puits des bactéries Kn f 15’(A)

(A) et Rr 10 (B)
1 : puits contenant
ntenant le surnageant non dilué ; 2 : Facteur de dilution = 1/2,
1/2 3 : 1/4 ; 4 :1/6 ; 5 :
1/8 ; 6 : 1/10 ; 7 : 1/12 ; 8 : 1/16
48
RESULTATS
I.4. Identification biochimique et moléculaire des bactéries sélectionnées pour

l’essai in vivo
I.4.1. Identification biochimique
La lecture de l’API 20 E additionnée à celle de l’API 50 CH nous a permis d’identifier

les 4 bactéries sélectionnées pour le test in vivo.
Figure 19: Résultats des API 50CH et 20 E;

A : 1ère lecture de l’API 50CH (après 24 h d’incubation) ; B : 2ème lecture de l’API 50CH
(après 48 h d’incubation) ; Nom des souches (du gauche vers la droite) : Mr 6, 5 BTIS, Kn f
15’, Rr 10 ; C : Résultats des API 20 E ; 1 :Mr 6, 2 : 5 BTIS, 3 : Kn f 15 ‘,4 : Rr 10
49
RESULTATS
Tableau 9: Identification biochimique des bactéries sélectionnées pour le test in vivo
Souches bactériennes Identification Id

Kn f 15’ Bacillus subtilis 94.7 %
5 BTIS Bacillus subtilis 97 %
Mr 6 Bacillus stearothermophilus 99.1 %
Rr 10 Bacillus licheniformis 99.5 %
I.4.2. Identification moléculaire
Le gène de l’ADN r 16S a été amplifié pour les 4 souches bactériennes. Une bande de
1500 pb a été révélé, ce qui indique la bonne amplification du gène. Les produits de PCR des
4 souches sont en cours de séquençage afin de confirmer l’identification biochimique
biochi des
bactéries utilisées dans l’essai in vivo.
1 2 3 4 5 M
M : Marqueur
de poids
moléculaire
1 : Témoin
négatif
2500 pb
2: Mr 6 2000 pb
3: Rr 10 1500 pb
4: Kn f 15’ 1000 pb
5: 5 BTIS 500 pb
Figure 20: Profil électrophorétique de l’ADNr 16S des bactéries sélectionnées pour le test in
vivo
50
RESULTATS
II. Effet des souches de Bacillus sélectionnées pour l’essai in vivo sur la
croissance des plantules de pomme de terre
Le suivi de la levée des plantes des différents traitements a été effectué d’une façon
journalière pendant 22 jours. Avant l’inoculation par le phytopathogène, nous avons effectué
le suivi de la croissance de la partie aérienne durant le stade de croissance végétative et ceci
en évaluant le nombre de feuilles, de tiges et la longueur maximale atteinte par ces dernières.
II.1. Suivi de la levée des plantules de pomme de terre
100%
80%
POURCENTAGE DE LEVÉE
60% Plantes traitées par le fongicide

Plantes non traitées
Mr 6
40%
Rr 10
5 BTIS
20% Kn f 15'
0%
1 7 9 10 11 13 14 15 17 18
JOUR DE CULTURE
Figure 21: Evolution de la levée des plantes de pomme de terre des différents traitements en
fonction du temps
Le suivi de la levée nous a révélé que les plantes issues des tubercules semence non
traitées (témoin négatif) ainsi que celles traitées par la souche Mr 6 ont atteint leur maximum
(90 %) après seulement 14 jours du semis. Chez les plantes issues des tubercules traitées par
le fongicide, le maximum de pourcentage de levée est atteint dans la même période.
Cependant, ce pourcentage est plus faible (75 %). Par ailleurs, le traitement par les bactéries
(Rr 10, Knf 15’et 5 BTIS) a présenté un effet très bénéfique sur la précocité et le pourcentage
de la levée. Les semences traitées par ces trois souches ((Rr 10, Knf 15’et 5 BTIS) attiennent
le maximum de la levée en seulement 11 jours (14 jours pour le témoin négatif) à des
pourcentages respectives (100%, 100% et 93.75 %).
51
RESULTATS
II.2. Evolution du nombre et la longueur des tiges des plantes
18,00 a
a
16,00
ab ab
14,00 c
Longueur tiges (cm)
12,00 bc
10,00
8,00
6,00
a a a a a
4,00 a
2,00
0,00
Plantes non 5 BTIS Mr 6 Kn f 15' Rr 10 Plantes traitées
traitées par le fongicide
Traitements
Longueur moyenne des tiges Nombre moyen des tiges
Figure 22: Variation du nombre et la longueur des tiges des plantes de pomme de terre en
fonction des traitements appliqués
Les mêmes lettres (ou des lettres en commun) pour deux histogrammes différents signifient qu’il n’y
a pas de différence significative pour p ≤ 0.05
Concernant le nombre de tiges, nous avons constaté qu’il n’y a pas de différence
significative entre les différents traitements. En revanche, en ce qui concerne la longueur des
tiges, les plantes traitées par les bactéries Rr 10 et Kn f 15’ présentent une longueur de tiges
significativement plus élevée que les tiges des plantes non traitées et celles traitées par le
fongicide. Ces deux bactéries semblent stimuler la croissance végétative des plantes. D’un
autre côté, les souches Mr 6 et 5 BTIS n’ont pas d’effet notable sur la croissance de la partie
aérienne, mais tout de même les tiges ont une longueur significativement plus longue que le
traitement par le fongicide.
52
RESULTATS
II.3. Suivi du nombre de feuilles moyen des plantes de pomme de terre
a
ab
250,00
ab
b
200,00
c
Nombre de feuilles
c
150,00
100,00
50,00
0,00
Plantes non 5 BTIS Mr 6 Kn f 15' Rr 10 Plantes
traitées traitées par le
fongicide
Traitements
Figure 23:: Variation du nombre de feuilles en fonction des traitements appliqués aux plantes
de pomme de terre
Les mêmes lettres pour deux histogrammes différents signifient qu’il n’y a pas de différence
significative pour p ≤ 0.05
Le traitement des tubercules semences par es souches de Bacillus avaient un effet

bénéfique sur la croissance. En effet, le nombre de feuilles des plantes traitées avec les
souches 5 BTIS, Rr 10, Kn f 15’
15 et Mr 6 est significativement plus élevé que celui des plantes
non traitées ou encore celui des plantes traitées par le fongicide.
fongicide. Ces souches semblent
favoriser le développement et la croissance du feuillage de la plante.
III. Effet des bactéries endophytes sur la récolte
La récolte des tubercules de pomme de terre s’est déroulée après 90 jours de culture.
Plusieurs paramètres ont été étudiés parmi lesquels nous pouvons citer les paramètres de
croissance qui englobe l’effet des bactéries sur le nombre, le calibre et le poids des tubercules
récoltés ainsi que le poids sec de la partie aérienne, et les paramètres de contrôle de la maladie
du rhizoctone brun (pourcentage d’infection et sévérité de la maladie).
maladie
53
RESULTATS
III.1. Paramètres de croissance
III.1.1. Poids sec de la partie aérienne
La fin du cycle végétatif de la pomme de terre est caractérisée par le jaunissement et le

défanage de la partie aérienne de la plante. Afin de déterminer l’effet du champignon et des
bactéries sur le poids sec de la partie aérienne, les tiges et les feuilles étaient séchées puis
pesées. Les résultats sont rapportés dans la figure.
a a
45,00 ab
40,00 bc
cd cd c c cd
35,00
d
Poids sec (g)
30,00
25,00 e
20,00
15,00
10,00
5,00
0,00
Traitements
Figure 24 : Variation du poids sec de la partie aérienne des plantes de pomme de terre en
fonction des traitements ;
Les mêmes lettres pour deux histogrammes
histogra différents signifient qu’il n’y a pas de différence
Il s’est avéré que le poids sec de la partie aérienne des plantes traitées par les bactéries
bact
Mr 6 et Kn f 15’ est significativement plus élevée que les plantes non traitées et les plantes
atteintes du rhizoctone brun. Le Bacillus 5 BTIS n’a pas d’effet notable. En revanche la Rr 10
possède une valeur considérablement inférieure aux plantes infectées
infectées par Rhizoctonia solani.
Ce dernier ne semble pas avoir un effet très prononcé sur la partie aérienne car il n’y a pas de
différence signifiante entre les plantules de pomme de terre non traitées et celle infectées par
le champignon.
54
RESULTATS
En présence du champignon, les bactéries n’ont pas d’effets notables par rapport aux
plantes atteintes du rhizoctone brun mais ce paramètre est significativement plus élevé que le
poids observé chez les plantes traitées par le fongicide (pour les 4 bactéries). D’ailleurs,
D’aille le
traitement par le fongicide exprime la valeur la plus basse significativement par rapport à tous
les traitements effectués lors de cet essai.
III.1.2. Effet des bactéries sur le nombre total des tubercules
a
18,00 ab
16,00 bc bcd
Nombre de tubercules
14,00 cde cb
ef def
12,00 fg fg
10,00 g
8,00
6,00
4,00
2,00
0,00
Traitements
Figure 25: Variation du nombre de tubercules récoltés en fonction des traitements

Le suivi du nombre de tubercules issues de semences traitées par

pa les différentes
souches bactériennes nous a révélé que seulement la souche Kn f15’a amélioré ce paramètre
de façon significative. Par contre les trois autres bactéries n’avaient pas d’effet remarquable
par rapport aux plantes non traitées. Suite à l’infection
l’infection par Rhizoctonia solani, le nombre de
tubercules a considérablement et d’une façon significative diminué par rapport aux plantes
saines.
Cependant, les plantes inoculées par la bactérie Rr 10 et infectées par le champignon,

ont produit un nombre significativement
ignificativement plus élevé que le nombre observé chez les plantes
55
RESULTATS
non traitées. Non seulement cette souche a éliminé l’effet du champignon R.solani (valeur
significativement plus élevée par rapport aux plantes infectées par RS.5.2) mais elle a poussé
la plante
lante à augmenter sa productivité. Les souches Kn f 15’ et Mr 6 ont également contrecarré
le Rhizoctone brun (valeurs signifiantes par rapport at traitement RS.5.2) mais il n’y a pas de
différence marquante par rapport aux plantes témoins (non traitées).
La bactérie 5 BTIS n’a pas réussi a augmenté le nombre de tubercules d’une façon
significative, pareillement pour le traitement par le fongicide. Ces deux traitements ont même
eu un nombre de tubercules notablement plus faible
faible que les plantes non traitées.
traitée
III.1.3. Poids total des tubercules récoltés et rendement
a
700,00 b bc bc ab
cde bcd
600,00 de e def
Poids total (g)
500,00 f
400,00
300,00
200,00
100,00
0,00
Traitements
Figure 26 : Variation du poids total des tubercules produits en fonction des traitements
56
RESULTATS
Pour les plantes inoculées par les bactéries, seul le Bacillus 5 BTIS a un poids total de
tubercules significativement plus élevé que le poids des tubercules des plantes non traitées
(rendement égale à 113.08%). Néanmoins, lorsque les bactéries sont confrontées au mycélium
R.solani, les bactéries Rr 10 et Kn f 15’présentent les meilleurs résultats et augmentent
considérablement le poids des tubercules (rendements respectifs de 109.06 et 121.95%). Ces
valeurs sont aussi significativement plus importantes que celles des plantes non traitées. En
présence du champignon, la 5 BTIS a réussi à éliminer l’effet du champignon et elle a donné
des résultats significativement supérieures aux plantes traitées par le fongicide et les plantes
infectées par Rhizoctonia solani (rendement égale à 117.13 %). Cependant, la différence de
poids n’est pas signifiante par rapport aux plantes non traitées. La Mr 6 n’a pas augmenté le
poids de tubercules d’une manière signifiante par rapport aux plantes non traitées et celles
infectées par le champignon. Le fongicide utilisé présente un effet notable contre l’effet de
l’infection sur le poids mais l’effet des bactéries Rr 10, Kn f 15’ et 5 BTIS est nettement plus
remarquable.
Tableau 10: Rendements des différents traitements suite à la récolte
Rendement
Traitements (%)
Plantes non traitées 100
5 BTIS 113,08
Mr 6 98,22
Kn f 15' 95,96
Rr 10 91,25
Plantes traitées par le fongicide 96,48
5 BTIS +RS 117,13
Mr 6 +RS 85,18
Kn f 15' + RS 121,95
Rr 10 + RS 109,06
Plantes infectées par le
champignon 55,21
Rendement (%) = Poids des tubercules traités /poids des tubercules témoin *100
57
RESULTATS
III.1.4. Estimation du calibre des pommes de terre récoltées
Le calibre des tubercules produits a été estimé par l’indice IcTb exprimé en pourcentage.
a
ab
76,00
74,00
72,00 abc abc
c
70,00
bc bc
IcTb (%)
68,00 bc
c
66,00 c c
64,00
62,00
60,00
58,00
56,00
Traitements
Figure 27:: Variation de l’indice IcTb en fonction des traitements

Les mêmes lettres pour deux histogrammes différents
différent signifient qu’il n’y a pas de différence
Les pourcentages IcTb des différents traitements nous ont révélé que seul le
Bacillus subtilis 5BTIS a stimulé, d’une manière significative, la production de
tubercules de plus gros calibre. Les calibres des tubercules produits par les plantes
inoculées par les bactéries Mr 6, Kn f 15’ et Rr 10 étaient très proches du calibre des
tubercules des plantes
ntes non traitées (différence non significative). L’infection par le
champignon pathogène Rhizoctonia solani a réduit le calibre des tubercules.
Cependant, la différence de taille entre les tubercules infectés par le RS.5.2 et les
traitements bactériens n’était
’était pas significative ; sauf pour la bactérie Bacillus subtilis
5BTIS qui a gardé son effet stimulateur même en présence du champignon et a réussi à
produire des tubercules de calibre significativement plus élevé que les tubercules issus
des traitements RS.5.2, ceux produits par les plantes traitées avec le fongicide
Fludioxonil et les plantes traitées par le Bacillus stearothermophilus Mr 6.
58
RESULTATS
III.2.. Estimation de la sévérité du rhizoctone brun
III.2.1.
.1. Efficacité des bactéries endophytes à contrecarrer
contrecarrer l’infection par le champignon
Rhizoctonia solani chez la pomme de terre
Pour les plantes non traitées et les plantes infectées seulement par les bactéries
endophytes, aucune lésion n’a été remarquée sur les tubercules récoltés : 100% des tubercules
étaient sains et avaient un aspect normal.
100,00
80,00
Pourcentage
60,00
40,00
20,00
0,00
Plantes 5 BTIS Mr 6 +RS Kn f 15' + Rr 10 + Plantes
traitées +RS RS RS infectées
par le par le
fongicide champign
on
Tubercules infectés 97,62 66,67 58,75 97,73 43,77 100
Tubercules non infectés 2,38 33,33 41,25 2,27 56,23 0
Tubercules non infectés Tubercules infectés
Figure 28:: Effet des bactéries endophytes sur l’infection des tubercules récoltés par le
champignon R.solani
Concernant les plantes infectées par le champignon R.S.5.2. Nous constatons que tous
les tubercules sont infectés. Les plantes traitées par le fongicide ont
on également un fort
pourcentage d’infection (97.62 % par rapport à 2.38% de tubercules non infectés). Du coup, le
fongicide ne semble pas être très efficace pour lutter contre l’infection causée par le
champignon pathogène. Le même résultat a été observé pour
pour les plantes traitées par la bactérie
Kn f 15’ (Pourcentage d’infection égale à 97.73 %). Les meilleurs résultats ont été notés chez
les bactéries Rr 10, Mr 6 et 5 BTIS avec des pourcentages d’infections égales à 43.77, 58.75
et 66.67 % respectivement. En effet, ces bactéries rhizoshériques ont pu contrecarrer la
maladie et réduire considérablement le nombre de tubercules infectés, particulièrement la
bactérie Rr 10 qui avait plus de 56 % des tubercules récoltés exempt de toutes lésions ou
sclérotes.
59
RESULTATS
III.2.2.
.2. Sévérité du rhizoctone brun
Le symptôme le plus caractéristique des affections de la pomme de terre par

Rhizoctonia solani consiste en la formation de sclérotes sur la surface des tubercules fils. Le
grade de l’infection est estimé par l’aire du tubercule recouverte par ces lésions. Il existe 5
grades de lésions ; les tubercules appartenant au premiers grade présentent le pourcentage de
lésions le plus faible par contre les tubercules du 5ème grade possèdent le pourcentage de
sclérote le plus élevé.
La sévérité du rhizoctone brun est estimée par l’indice du rhizoctone brun (IRB) qui
est exprimé en pourcentage.
70,00 a
60,00
50,00
b
IRB (%)
40,00
b
b
30,00
20,00 c c
10,00
0,00
Plantes 5 BTIS +RS Mr 6 +RS Kn f 15' + Rr 10 + RS Plantes
traitées par RS infectées par
le fongicide le
champignon
Traitements
Figure 29:: Effet des bactéries sur la sévérité du rhizoctone brun

différe
Les résultats montrent que la sévérité du rhizoctone brun est significativement élevée
pour les plantes infectées
nfectées par le champignon pathogène avec un IRB égale à 62.96 %. Le
fongicide utilisé a réduit cette sévérité d’une façon significative (33. 32%). Les bactéries
endophytes ont également réduit d’une façon considérable la sévérité de la maladie (qui est
60
RESULTATS
significativement plus faible que dans les plantes infectées par Rhizoctonia solani). Deux de
ces bactéries : Rr 10 et 5 BTIS, ont même devancé le fongicide et ont donné des résultats
significativement plus performants. En effet, la sévérité notée chez les plantes traitées par la
bactérie Rr 10 était seulement de 10.38% et elle était de 11.70% pour la B.subtilis 5BTIS.
IV. Détermination des activités PGP (Plant Growth Promotion) des

bactéries
IV.1. Production de l’acide indole acétique (AIA)
Les 4 souches bactériennes ont montré une production acceptable d’acide indole
acétique et la valeur la plus élevée a été observée chez le Bacillus licheniformis Rr 10 avec
une quantité égale à 15.17 µg.µl -1
Tableau 11: Quantité d’AIA produite par les bactéries endophytes

Les mêmes lettres pour deux valeurs différentes signifient qu’il n’y a pas de différence significative
pour p ≤ 0.05
Souche AIA
bactérienne (µg/µl)
5BTIS 13,41a
Mr 6 13,24a
Rr 10 15,17b
Kn f 15' 12,92a
IV.2. Production des sidérophores
Nous avons utilisées le milieu solide Chrome Azurol S (CAS) pour détecter les
bactéries capables de synthétiser et de produire les sidérophores. Ces composés ont une
grande affinité pour les ions Fe3+. Le virement du milieu solide CAS du bleu vers l’orange
indiquerait le transfert des ions ferriques du milieu vers les sidérophores produits par les
bactéries.
61
RESULTATS
Figure 30: Mise en évidence des bactéries productrices de sidérophores sur milieu CAS
Nous avons constaté que les souches B. subtilis : 5 BTIS et Kn f 15’ avaient une production
de sidérophores. Les diamètres de la coloration orange est de 1.4 et 1.5 cm respectivement. En
revanche les bactéries Mr 6 et Rr 10 semblent ne pas produire de sidérophores.
IV.3. Solubilisation des phosphates
La présence d’halos clairs autour des spots bactériens indique la solubilisation du phosphate
du milieu.
Rr 10
Mr 6 Kn f 15’
5 BTIS
Figure 31: Mise en évidence de la solubilisation du phosphate par les bactéries sur milieu
PVK 1 : Rr 10, 2 : Mr 6, 3 : 5 BTIS, et 4 : Kn f 15’
Les quatre souches bactériennes testées sur la plantation de pomme de terre semblent avoir
une faible activité de phosphatases (présence d’un faible halo de dégradation).
62
DISCUSSION
Discussion
Plusieurs microorganismes antagonistes tels que Bacillus, Pseudomonas, Serratia et

Arthrobacter, efficaces dans le biocontrôle de certaines maladies de plantes ont été isolées et
leurs principes actifs identifiés (Basha et Ulaganathan, 2002). Dans ce travail, nous avons
testé plusieurs souches de Bacillus pour leurs activités vis-à-vis de Rhizoctonia solani ;
champignon responsable de la maladie du rhizoctone brun chez la pomme de terre. Ces
souches bactériennes étaient des microorganismes endophytes isolées à partir des racines et
des parties aériennes de plusieurs variétés de pomme de terre. Plusieurs études se sont
consacrées à sélectionner des souches bactériennes endophytes ayant des activités biologiques
intéressantes telles que l’activité antifongique (Gajbhiye et al, 2010) ou encore l’effet
biofertilisant (Mandal et Kotasthane, 2012).
Sur les 60 souches bactériennes endophytes testées in vitro, nous avons trouvé que 30
souches provoquaient l’inhibition de la croissance mycélienne à distance, sans contact
physique direct entre les deux protagonistes, à savoir bactérie et champignon. Il a été prouvé
que plusieurs espèces bactériennes, y compris des souches de Bacillus, produisent une large
gamme d’antibiotiques (Jamalizadeh et al, 2011), dont la majorité a des propriétés
antifongiques (Benslimen et al, 2012). Nous avons également trouvé que 28 souches
nécessitaient un contact direct avec le pathogène fongique et semblent provoquer l’arrêt de la
croissance de R.solani par parasitisme. En effet, de nombreuses espèces bactériennes telles
que B.cereus, B. licheniformis, B.pabuli et B. circulans (Islam and Datta, 2015) et des
souches d’Enterobacter agglomerans (Chernin et al, 1995) font appel à un processus
enzymatique dans le biocontrôle des pathogènes fongiques.
L’utilisation de ces microorganismes antagonistes en tant qu’agent de biocontrôle

compromet ces souches à être non nuisibles à la plante. Nous avons relevé qu’au final 4
bactéries n’entrainaient pas le pourrissement de la pomme de terre pour la concentration
étudiée (qui de situe entre 1.5x108 et 1.8x108 UFC.mL-1). Ces bactéries avaient également un
indice d’inhibition égale à 3 (indice qui reflète la capacité de ces bactéries à inhiber la
croissance de R. solani de 50 voire 75 %). De ce fait, ces bactéries pourraient être considérer
comme des candidates éventuellement valables pour le traitement de la maladie tellurique : le
rhizoctone brun de la pomme de terre. Ces résultats s’accordent avec plusieurs travaux qui ont
63
DISCUSSION
démontré que des souches bactériennes endophytes et rhizoshériques avaient une activité
antifongique exploitable en lutte biologique contre plusieurs phytopathogènes de la pomme de
terre (Pageni et al, 2014 ; Cray et al, 2015).
Ces souches ont été par la suite identifiées par des méthodes biochimiques et
moléculaires. L’analyse biochimique effectuée par la galerie API 50 CH nous a indiqué que
les souches 5 BTIS et Kn f 15’ correspondaient à des Bacillus subtilis avec des
pourcentages d’identification égale à 97 et 94.7% respectivement. La souche Mr 6 était
identifiée comme étant un Bacillus stearothermophilus (99.1%) et la souche Rr 10
correspondait à Bacillus licheniformis (99.5%). Ce pourcentage reflète la proximité relative de
la bactérie à identifier aux différents taxons de la base de données. Certes, les méthodes
phénotypiques, et notamment les systèmes automatisés sont éprouvées et performantes pour
l’identification d’un grand nombre d’espèces. Cependant ces performances sont limitées pour
l’identification de certaines souches. D’une manière générale, le taux d’erreur des galeries
varie entre 5 et 20% selon les galeries considérées, comprenant les identifications incorrectes
(1-15%) ou les identifications non concluantes (3-5%). Afin de confirmer l’identification
biochimique, une identification moléculaire est en cours de réalisation. Actuellement,
l'identification à l'aide d'outils moléculaires basée sur l'ADN codant pour l'ARN ribosomal
16S permet de distinguer plus précisément les souches bactériennes entre elles. En effet,
L’ARNr 16S est utile à la classification phylogénétique et à l’identification bactérienne
puisqu’il est présent dans toutes les bactéries. Il comporte des séquences conservées (stables)
communes à des unités de taxons élevés et des séquences variables spécifiques d’espèces. La
séquence du gène codant l’ARNr 16S est connu pour environ 4000 souches et elle est
accessible par interrogation de bases de données (EMBL, GenBank). Les programmes
FASTA et BLAST permettent de comparer la séquence nucléotidique de la souche inconnue
avec les banques de données et retiennent les séquences les plus proches.
L’aptitude des souches de Bacillus à inhiber les pathogènes des plantes impliquent
plusieurs mécanismes : la compétition, l’induction de la résistance, le parasitisme et
l’antibiose. Nous avons examiné la capacité des surnageants des quatre bactéries
sélectionnées pour l’essai in vivo (5 BTIS, Mr 6, Rr 10 et Kn f 15’) à inhiber la croissance et
le développement du pathogène fongique. Il s’est avéré que seules les souches de Bacillus
subtilis (5 BTIS et Kn f15’) possédaient une activité inhibitrice via leur surnageant. Il est fort
probable que le mécanisme d’action de ces deux bactéries est basé sur l’antibiose. Il a été
démontré que les espèces du genre Bacillus possèdent un fort pouvoir antagoniste contre les
64
DISCUSSION
bactéries et les champignons phytopathogènes (Perez-Garcia et al, 2000), d’autant plus que
Bacillus subtilis est considéré comme la souche la plus productrice de substances
antimicrobiennes. Il est indéniable que l’inhibition du champignon Rhizoctonia solani par ces
2 bactéries est due à des substances sécrétées dans le milieu de culture. D’ailleurs, il a été
prouvé que les bactéries du genre B.subtilis agissent par antibiose dans le biocontrôle de
plusieurs espèces de champignons, en libérant des antibiotiques antifongiques très stables
dans le milieu de culture (Ben Ayed et al, 2014 ; Meena and Kanwar, 2014). Ces
métabolites antifongiques peuvent être des peptides simples (Pushpanathan et al, 2013) ou
complexes (lipopeptides) ou encore des lactames macrocycliques comme les xantobacines
(Nakayama et al, 1999 ; Kumar et Audupudi, 2015).
L’activité antifongique du genre Bacillus implique non seulement le mécanisme

d’antibiose, mais aussi d’autres mécanismes tels que le parasitisme via la production de divers
enzymes hydrolytiques. D’ailleurs, plusieurs travaux se sont penchés sur la question et ils ont
montré que de nombreuses espèces bactériennes, y compris des souches de Bacillus telles que
B. cereus, B. licheniformis, B. pabuli et B. circulans, agissent dans le biocontrôle des
pathogènes fongiques via des enzymes lytiques qui dégradent la chitine ; constituant
principale de la paroi cellulaire des champignons (Trachuk et al, 1996 ; Watanabe et al,
1990 ; Pleban et al, 1997 ; Basha et Ulaganathan, 2002). De même, dans notre étude, nous
avons conclu que les deux souches Bacillus licheniformis Rr 10 et Bacillus
stearothermophilus Mr 6 pourraient impliquer le parasitisme vu que leurs activités
antifongiques nécessitait le contact avec le pathogène. Dans ce cas, ce dernier est considéré
comme l’inducteur de cette activité. Une étude a démontré que le mécanisme d’action d’une
souche Bacillus licheniformis S213 est basé sur le parasitisme, cette souche, également
productrice de chitinase, présentait une forte activité antifongique par contact direct avec le
pathogène mais elle avait une faible activité dans le surnageant (Benslimen, 2016). Ceci
explique les résultats obtenus pour la souche Bacillus licheniformis Rr 10 et Bacillus
stearothermophilus Mr 6. En effet ces souches semblent agir via des métabolites primaires
produits lorsqu’ elles sont confrontées au champignon.
Nous avons également étudié l’efficacité de ces souches à contrecarrer l’infection du

rhizoctone brun sur une plantation de pomme de terre sous serre. L’essai in vivo s’est porté
sur la variété Spunta. Notre attention s’est dirigée vers la capacité des bactéries antagonistes à
lutter contre l’un des symptômes les plus caractéristiques de cette maladie, à savoir les
sclérotes. Cette altération qui touche la partie consommable de la plante réduit
65
DISCUSSION
considérablement le rendement des récoltes. Ces bactéries, qui ont confirmées leurs efficacités
in vitro à réduire la croissance du champignon pathogène, ont également affirmé leurs
efficacités à réduire le rhizoctone brun in vivo et elles ont même donné des résultats beaucoup
plus remarquables que le fongicide couramment utilisé pour lutter contre ce type d’infection.
En effet, les souches de Bacillus licheniformis Rr 10, Bacillus subtilis 5 BTIS et Bacillus
stearothermophilus Mr 6 ont réduit remarquablement le pourcentage des tubercules infectés
(qui était égale à 43.77%, 66.67% et 58.75 respectivement) par rapport à 100 % pour le
témoin positif (plantes infectées par le champignon) et à 97.62 % pour le témoin traité par le
Fludioxonil. Des résultats similaires ont été rapportés en 2007 où une souche de Bacillus
licheniformis MS3 a réduit éminemment la maladie causée par Rhizoctonia solani chez le
tournesol (Djébali et al, 2007). De plus, une étude a comparé plusieurs microorganismes
antagonistes (Pseudomonas fluorescens, Penicillium sp, Trichoderma sp et Bacillus subtilis
etc) et elle a dévoilé que la souche Bacillus subtilis comptait parmi les microorganismes
potentiellement valables pour le traitement et la prévention des infections dues à Rhizoctonia
solani. De plus, cette étude a révélé que cette souche semble réduire efficacement la sévérité
des sclérotes présents à la surface des tubercules (Brewer et Larkin, 2005). Cette
performance a été également observée dans nos résultats, car non seulement les souches
bactériennes ont réduit le pourcentage d’infection mais elles ont aussi restreint la sévérité de
la maladie. En effet, les bactéries Bacillus licheniformis Rr 10 et Bacillus subtilis 5 BTIS
avaient les IRB les plus faibles (10.38 % et 11.70 % respectivement) en comparaison par
rapport au témoin positif (62.96 %) ou encore le fongicide utilisé (34.32 %). Ceci indique que
la majorité des tubercules récoltés et infectés avaient des grades d’infection assez faible
(grade 1 et 2). Ces grades n’étant pas particulièrement discriminants pour la
commercialisation et la consommation des tubercules, reflètent l’efficacité de ces bactéries en
tant qu’agents de lutte performants contre le rhizoctone brun de la pomme de terre.
La stimulation de la croissance de la plante constitue un autre moyen de défense contre

le pathogène (Kilian et al, 2000). L’étude de la levée des plantes de pomme de terre nous a
révélé que les bactéries endophytes ont apporté un effet très bénéfique sur la précocité et le
pourcentage de la levée. En effet, les semences traitées par les souches (Rr 10, Knf 15’et 5
BTIS) atteignent le maximum de la levée en seulement 11 jours. Des souches de Bacillus ont
déjà été utilisées comme agent promoteur de la croissance des plantes (Idriss et al, 2002 ;
Kilian et al, 2000). Sezen et al (2014) ont déjà démontré l’effet bénéfique de B.subtilis sur la
croissance racinaire des plantes de choux. Il semblerait que la stimulation de la croissance soit
66
DISCUSSION
corrélée à la mise en place d’un système de défense par la plante, le tout orchestré par les
bactéries rhizosphériques et endophytes. Des études ont montré qu’une souche de Bacillus
subtilis CH-13 a augmenté le rendement et la résistance d’une culture de pomme de terre face
aux phytopathogènes, non seulement par l’action antagoniste directe de la souche, mais aussi
par la production de phytohormones (Kiprushkinaet et al, 2014). En effet, la stimulation de
la croissance de la partie racinaire et aérienne des plantes par les rhizobactéries se fait par le
biais de phytohormones telles que la zéatine, l’acide gibberellique ou l’acide indole acétique
(Santoyo et al, 2012). Ceci est en concordance avec nos résultats puisque le dosage de l’acide
indole acétique produit par ces quatre bactéries en présence de L-tryptophane a indiqué que
les plantes qui avait la levée la plus importante et la plus rapide avaient la production d’AIA
la plus importante (Cas des bactéries Rr 10 et 5 BTIS).
Plusieurs autres mécanismes de défense semblent être à l’origine de la performance

des souches en tant qu’antagoniste. L’analyse qualitative de la production des sidérophores et
la dégradation des phosphates nous a démontré que les B. subtilis (5 BTIS et Kn f 15’)
produisent des sidérophores et que les quatre souches bactériennes étaient capables de
dégrader le phosphate. Ces mécanismes sont impliqués dans la stimulation de la croissance
des plantes et semblent renforcer la défense de la plante face à Rhizoctonia solani.
Le rôle de ces bactéries en tant que biofertilisants s’est également manifesté par la
longueur des tiges des plantes de pomme de terre ainsi que par leur nombre de feuilles. En
effet, les plantes traitées par les bactéries Rr 10 et Kn f 15’ont stimulé significativement la
croissance des tiges. De même, le nombre de feuilles étaient significativement plus important
chez les plantes inoculées par les bactéries endophytes (Rr 10, 5 BTIS, Mr 6 et Kn f 15’).
Plusieurs souches de Bacillus ont déjà été utilisées comme agent promoteur de la croissance
tel que par exemple B. amyloliquefaciens, ou comme biopestide commercial grâce à leur
capacité à produire l’acide indole acétique (Idriss et al, 2006 ; Kilian et al., 2000).
L’effet biofertilisant des souches bactériennes inoculées aux différents traitements

s’est aussi reflété sur la récolte et les tubercules de pomme de terre produits par les plantes.
En effet, l’étude de plusieurs paramètres de croissance tels que le poids sec de la partie
aérienne, le nombre, le poids et le calibre des tubercules de pomme de terre ont confirmé
l’hypothèse que les souches endophytes inoculées ont stimulé la croissance des plantes. Cette
stimulation semble constituer un moyen de défense supplémentaire contre le rhizoctone brun.
Des résultats similaires ont été rapportés par Aliye et al. (2008). Cette équipe a étudié
l’activité antagoniste de bactéries rhizosphériques in vivo (sous serre) et ils ont déduit que ces
67
DISCUSSION
bactéries étaient à l’origine de la réduction du flétrissement, de l’augmentation de la biomasse

des plantes de pomme de terre (hauteur et poids sec), et de la suppression significative de la
croissance du pathogène et de ses perturbations.
Les bactéries endophytes ont l’air de mettre en place un ensemble de mécanismes de

défense incluant plusieurs modes d’action pour lutter contre le phytopathogène. Si nous nous
intéressons au nombre et au poids de tubercules récoltés, nous pouvons clairement constater
qu’en absence du pathogène fongique la souche B.licheniformis Rr 10 n’avait pas d’effet
stimulateur, en revanche en présence de ce dernier le nombre et le poids de tubercules ont
augmenté d’une façon significative. Cette souche, très performante en tant qu’antagoniste, a
stimulé la productivité des plantes en présence de R. solani. D’autre part, la souche B. subtilis
5 BTIS semble avoir un effet bénéfique sur le calibre et le poids des tubercules qui ont
augmenté significativement par rapport aux témoins non traités. D’ailleurs, Rajkumar et al.
(2008), ont démontré que des souches rhizosphériques appliquées aux graines de poivron
rouge, diminuaient considérablement l’incidence de la maladie due à R. solani, et stimulaient
l’augmentation de la croissance des plantes par rapport à un témoin non traité.
Dans cette étude, nous avons conclu que des souches de Bacillus ont non seulement
contrecarrer l’infection due à Rhizoctonia solani et réduit considérablement sa sévérité, mais
encore elles parvenaient à stimuler la croissance des plantes et à augmenter la productivité et
la qualité des tubercules récoltés. Cette performance pourrait être due à plusieurs mécanismes
comprenant l’antibiose, le parasitisme, la compétition ou encore l’induction de la résistance
systémique de la plante.
68
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
Conclusion et perspectives
Le rhizoctone brun de la pomme de terre est une maladie tellurique causée par le
champignon Rhizoctonia solani. Cette infection engendre des pertes considérables sur la
production et le rendement des récoltes.
Pour prévenir et contrôler cette maladie, les producteurs continuent à compter sur les
pesticides chimiques et sur des pratiques culturales basées essentiellement sur la rotation des
cultures et l’utilisation de tubercules semences certifiées.
Cependant, les fongicides couramment utilisés sont souvent impliqués dans la

pollution environnementale et la survenue de plusieurs pathologies humaines, et l’utilisation
de semences certifiées n’élimine pas totalement les risques d’infection par le rhizoctone brun.
De ce fait, il y a une demande croissante pour réduire l'utilisation de ces pesticides chimiques
et trouver de nouvelles solutions pour prévenir ce type d’infection.
La lutte biologique par l'utilisation de microorganismes antagonistes naturels est

apparue comme une alternative prometteuse. En effet, ces biopesticides présentent de
nombreux avantages en termes de durabilité, de mode d'action et de toxicité par rapport aux
pesticides chimiques.
Au cours de la première partie de ce travail, nous avons pu sélectionner des souches

bactériennes antagonistes potentiellement efficaces pour le traitement et la prévention des
infections dues à Rhizoctonia solani. Ces bactéries avaient un fort pouvoir inhibiteur vis-à-vis
le champignon et elles n’étaient pas pathogènes envers les plantes et tubercules de pomme de
terre.
Dans la deuxième partie de cette étude, nous avons identifié les quatre souches
endophytes sélectionnées pour l’essai in vivo par des méthodes biochimiques et moléculaires
comme étant des souches de B.subtilis, B. licheniformis et B. stearothermophilus. Ces
bactéries ont été par la suite testées sur une plantation de pomme de terre afin d’évaluer leur
performance en tant qu’agent de biocontrôle contre la maladie du rhizoctone brun.
Ces souches endophytes antagonistes ont confirmé leurs efficacités en tant qu’agents
de lutte biologique mais aussi en tant que biofertilisants. En effet ces souches ont non
seulement réduit la fréquence et la sévérité de la maladie mais ils ont aussi stimulé la
69
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
croissance des plantes de pomme de terre. La souche B. licheniformis Rr 10 est parvenue à

réduire significativement le pourcentage d’infection ainsi que la sévérité de la maladie et elle
a également stimulé la croissance et la productivité de la plante en augmentant le poids et le
nombre des tubercules. Cette souche semble orchestrer un mécanisme de défense basé sur le
parasitisme et l’induction de la résistance systémique de la plante. Les souches de Bacillus
subtilis (5 BTIS et Kn f 15’) semblent avoir un mode d’action basé sur l’antibiose. Bien que
ces souches ont démontré des résultats moins performants que le Bacillus licheniformis Rr 10
mais pourtant ces bactéries sont parvenues à augmenter le calibre et la croissance végétative
des plantes. Peu d’études ont été consacrées à l’utilisation des souches de Bacillus
stearothermophilus en tant qu’agent de biocontrôle, cepandant cette souche semble avoir un
fort pouvoir inhibiteur face au rhizoctone brun de la pomme de terre.
Il est indéniable que l’utilisation des souches bactériennes antagonistes en tant que
qu’agents de biocontrôle et de biofertilisation semble être une piste prometteuse pour lutter
contre les différentes maladies et ravageurs qui menacent les différentes cultures et récoltes.
Cependant, une compréhension des modes d’actions, et l’isolement et l’identification des
molécules actives s’imposent. Il est également intéressant d’étudier les différentes
combinaisons possibles entre les quatre souches bactériennes testées in vivo afin de tirer profit
des différents mécanismes de défense utilisés (parasitisme, antibiose, compétition etc) et
parvenir à formuler un biopesticide ayant des propriétés non seulement curatives et
préventives envers le rhizoctone brun mais aussi stimulatrices de la croissance, de la
productivité ainsi que le rendement de la récolte.
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Les sites internet

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Bulletin d’informations techniques CIP : http://pdf.usaid.gov/pdf_docs/PNABE629.pdf
Ciqual Anses 2008 : agence nationale de sécurité sanitaire, alimentation environnement et
travail https://pro.anses.fr/tableciqual/
FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations Statistics Division.
ITCMI : Institut Technique des Cultures Maraîchères et Industrielles.
O.N.U. (2009). Éclairage sur un trésor enfoui: année internationale de la pomme de terre
2008: compte rendu de fin d'année. http://www.fao.org/docrep/011/i0500f/i0500f00.HTM.
USDA-ARS. 2014. National Genetic Resources Program. Germplasm Resources Information
Network - (GRIN).
78
ANNEXES
Annexes
Annexe 1 : Préparation de l’eau physiologique

Pour un litre d’eau distillée, on rajoute 9 g NaCl. La solution est ensuite autoclavée (20
minutes à 121°C).
Annexe 2 : Réactif de Salkowsky

Il est composé d’acide sulfurique 37% et de 3 mL de FeCl3.6H2O 5M.
Annexe 3 : Réactif de Kovac

Le réactif de Kovacs est utilisé pour la mise en évidence de la production d’indole par les bactéries
possédant une tryptophanase. Le tryptophane est dégradé en indole qui réagit avec le p-
diméthylaminobenzaldéhyde du réactif en donnant une coloration rouge.
La solution est composé de 5 g de p-diméthylamino-benzaldéhyde, 75 ml d’alcool iso-amylique et 25
ml d’acide chlorhydrique pur.
Annexe 4: API CHB/E Medium
API 50 CHL Polypeptone 10g

10 ml (origine bovine/porcine)
Extrait de levure 5g
Tween 80 1ml
Phosphate dipotassique 2g
Acétate de sodium 5g
Citrate diammonique 2g
Sulfate de magnésium 0,20g
Sulfate de manganése 0,05g
Bromocrésol Pourpre 0.17g
Eau déminéralisée 1000 ml
pH : 6.7-7.1
ANNEXES
Annexe 5 : Composition de la galerie API CH 50
• Bande 0-9
Tube Test Composants actifs Quantité (mg/cup.)
0 Témoin -
1 GLY Glycérol 1.64
2 ERY Erythritol 1.44
3 DARA D-Arabinose 1.4
4 LARA L-Arabinose 1.4
5 RIB D-Ribose 1.4
6 DXYL D-Xylose 1.4
7 LXYL L-Xylose 1.4
8 ADO D-Adonitol 1.36
9 MDX Méthyl-β D-Xylopyranoside 1.28
• Bande 10-19
10 GAL D-GALactose 1,4
11 GLU D-GLUcose 1,56
12 FRU D-FRUctose 1,4
13 MNE D-MaNnosE 1,4
14 SBE L-SorBosE 1,4
15 RHA L-RHAmnose 1,36
16 DUL DULcitol 1,36
17 INO INOsitol 1,4
18 MAN D-MANnitol 1,36
19 SOR D-SORbitol 1,36
• Bande 20-29
20 MDM Méthyl-aD-Mannopyranoside 1,28
21 MDG Méthyl-aD-Glucopyranoside 1,28
22 NAG N-AcétyGlucosamine 1,28
23 AMY AMYgladine 1,08
24 ARB ARButine 1,08
25 ESC ESCuline 1,16
Citrate de fer 0,156
26 SAL SALicine 1,04
27 CEL D-CELlobiose 1,32
28 MAL D-MALtose 1,4
29 LAC D-LACtose (origine bovine) 1,4
ANNEXES
• Bande 30-39
30 MEL D-MELibiose 1,32
31 SAC D-SACcharose 1,32
32 TRE D-TREhalose 1,32
33 INU INUline 1,28
34 MLZ D-MéLéZitose 1,32
35 RAF D-RAFfinose 1,56
36 AMD AmiDon 1,28
37 GLYG GLYcoGéne 1,28
38 XLT XyLiTol 1,4
39 GEN GENtiobiose 0,5
• Bande 40-49
40 TUR D-TURanose 1,32
41 LYX D-LYXose 1,4
42 TAG D-TAGatose 1,4
43 DFUC D-FUCose 1,28
44 LFUC L-FUCose 1,28
45 DARL D-ARabitoL 1,4
46 LARL L-ARabitoL 1,4
47 GNT Potassium GlucoNaTe 1,84
48 2KG Potassium2-CétoGluconate 2,12
49 5KG Pottasium5-CétoGluconate 1,8
Annexe 6 : Courbe d’étalonnage standard effectuée par une solution d’AIA (dosage
de l’AIA)
0,7
y = 0,1101x + 0,0068
0,6
R² = 0,984
0,5
0,4
0,3
0,2
0,1
0
0 1 2 3 4 5 6 7
 Annexe 7 : Suivi de la plantation de pomme de terre : différents stades du cycle
végétatif et durée de l’essai
1er jour de
culture :
13/02/2017
Tubercules
infectés par
les souches
bactériennes
(Mr6, Rr10,
5BTIS et Kn
f15’) et le
champignon
pathogène.
9ème jour de culture : 22/02/2017
Plantes infectées par la bactérie Mr 6 (à gauche), la

bactérie Rr 10 (à droite).
26ème jour :
10 /03/2017
13ème jour de culture : 26/02/2017 Croissance
Croissance végétative végétative +
Plantes non infectées (témoin négatif) (à tubérisation
droite). 22ème jour de culture : infection par Témoin
le champignon Rhizoctonia solani (à antifongique
gauche). (à gauche),
plante
infectée par la
bactérie Kn f
15’ et le
champignon
(à droite).
53ème jour de culture : 06/04/2017 : Phase de

floraison observée chez quelques plantes
(durée : dizaine de jour)
Jour 75 : 28/04/2017 : Grossissement des

tubercules et début de la phase de
sénescence.
Jour 81 : 04/05/2017 Jour 90 :

Récolte des
Phase de sénescence : défanage et jaunissement
de la partie aérienne de la plante. tubercules
ANNEXES
Annexe 8 : Les tubercules de pomme de terre récoltés suite aux différents traitements appliqués sur les plantes
Pot n°1 Pot n° 2 Pot n°3 Pot n°4 Pot n°5 Pot n°6 Pot n°7 Pot n°8
Témoin
négatif
RS.5.2
Essai non
concluant
Témoin
antifong Essai non Essai non
i-que concluant concluant
5 BTIS
Essai non
concluant
ANNEXES
Kn f
15’ Essai non
concluant
Mr
6
Rr
10
5
BTI Essai non
S+ concluant
RS
ANNEXES
Kn f
15’ +
RS
Mr 6
+ RS Essai non
concluant
Rr 10
+ RS

Ben Alaya Amani

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« Toute gloire ne s'achète pas au prix du sang et des ruines ; il en est de paisible, comme celle des

A mes chers parents Zouhaier et Ajmia

A mes chers frères Med Oussema

A tous mes ami(e)s

A mon petit bout de choux Kenza

PRESENTATION DU LABORATOIRE D’ACCUEIL ....................................................... 1

INTRODUCTION GENERALE ............................................................................................. 2

SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE ....................................................................................... 4

I. Généralités sur la pomme de terre ...................................................................................... 4

II. Taxonomie, botanique et description morphologique de la pomme de terre ................ 9

III. Les contraintes biotiques et abiotiques de la culture de pomme de terre ................... 13

IV. Le Rhizoctone brun de la pomme de terre : Rhizoctonia solani .................................. 14

VI. La lutte biologique via des bactéries endophytes et rhizosphériques contre

MATERIELS ET METHODES ............................................................................................ 28

II. Méthodes ............................................................................................................................ 30

I. Sélection et identification des souches bactériennes exploitables en lutte biologique

III. Effet des bactéries endophytes sur la récolte ................................................................. 53

CONCLUSION ET PERSPECTIVES ................................................................................. 69

REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES ............................................................................. 71

Figure 1 : Le lac Titicaca, centre de la civilisation andine ........................................................ 4

Figure 2 : Composition nutritionnelle de la pomme de terre ..................................................... 8

Figure 3 : Caractéristiques morphologiques de la pomme de terre et cycle végétatif

Figure 4 : Caractéristiques morphologiques de R. solani. ....................................................... 16

Figure 5 : Symptomatologie du chancre des tiges et du rhizoctone brun de la pomme de terre.

Figure 6 : Le cycle de vie de Rhizoctonia solani .................................................................... 21

Figure 7 : La galerie 50 CH suite à l’inoculation par la souche bactérienne à identifier ........ 33

Figure 8: La galerie API 20 E inoculée par la bactérie Rr 10 (avant incubation) ................... 34

Figure 9 : Tubercules semences germés .................................................................................. 37

Figure 10: Fongicide utilisé lors de l’essai In vivo ................................................................. 39

Figure 11: Calibrage des tubercules de pomme de terre.......................................................... 41

Figure 13: Capacité inhibitrice de quelques isolats bactériens sur la croissance du

Figure 15: Activité antifongique contre Rhizoctonia solani

Figure 17: Test de pourriture sur rondelle de pomme de terre ................................................ 46

Figure 19: Résultats des API 50CH et 20 E ............................................................................ 49

Figure 25: Variation du nombre de tubercules récoltés en fonction des traitements............... 55

Figure 27: Variation de l’indice IcTb en fonction des traitements .......................................... 58

Tableau 1 : Evolution de la production mondiale de pomme de terre entre 2003 et 2013........ 6

Tableau 2 : Position taxonomique de la pomme de terre ........................................................ 10

Tableau 4 : Position taxonomique du téléomorphe Thanatephorus cucumeris ...................... 16

Tableau 5 : Code de lecture de l’API 20 E .............................................................................. 35

Tableau 6: Séquence des amorces utilisées en PCR................................................................ 36

Tableau 8: Détermination de la pathogénicité des bactéries ayant un indice d’inhibition égale

Tableau 9: Identification biochimique des bactéries sélectionnées pour le test in vivo.......... 50

Tableau 10: Rendements des différents traitements suite à la récolte ..................................... 57

Présentation du laboratoire d’accueil

Laboratoire des substances bioactives (LSBA) - Centre de biotechnologie de

Le centre de biotechnologie de Borj Cédria exerce majoritairement en biotechnologie

Le centre de biotechnologie englobe six laboratoires : Le laboratoire des substances

Le laboratoire des substances bioactives (LSBA) est spécialisé dans la caractérisation

En Tunisie, la pomme de terre est devenue un produit alimentaire indispensable.

Avec l’orientation vers une agriculture plus saine et respectueuse de l’environnement

Ce mémoire comporte quatre chapitres. Le premier chapitre représente une revue de la

I. Généralités sur la pomme de terre

I.1. Origine et historique

L’histoire de la pomme de terre a débuté il y a environ 8000 ans

Figure 1 : Le lac Titicaca1, centre de la civilisation andine

La propagation de la pomme de terre en Europe concorde avec la conquête de

A l’époque, la population étaient réticente à l’idée de consommer la pomme de terre

L’importance de la pomme de terre pour la sécurité alimentaire devint une évidence

L’expansion coloniale des pays d’Europe et l’émigration favorisèrent la propagation

tubercules de pomme de terre était particulièrement vulnérables aux ravageurs et aux

I.2. L’économie mondiale et importance alimentaire de la pomme de terre

La production mondiale de pommes de terre augmente en moyenne à un rythme