Memoire de Master Effet Des PGPR Dans La Bioremédiation Des Eaux Usées Saoula Selma Et Zeguer Manel

‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬
‫وزارة التعليم العالي والبحث العلمي‬

UNIVERSITÉ FERHAT ABBAS SÉTIF 1 1 ‫ سطيف‬،‫جامعة فرحات عباس‬
FACULTÉ DES SCIENCES DE LA
‫كلية علوم الطبيعة والحياة‬
NATURE ET DE LA VIE
………………………………………………………………………………….....
DÉPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE N°…….…/SNV/2018
Mémoire
Présenté par :
Melle. SAOULA Selma
Melle. ZEGUER Manel
Pour l’obtention du diplôme
MASTER
Filière : Biologie
Spécialité : Microbiologie fondamentale et appliquée
THèME
Effet des PGPR dans la bioremédiation des eaux usées
Soutenue publiquement le : … / 06 / 2018
Devant le JURY
Dr. SILINI Allaoua MCA. UFA Sétif 1 Président

Dr. CHERIF SILINI Hafsa MCA. UFA Sétif 1 Promoteur
Dr. BELHADJ Hani MCA. UFA Sétif 1 Examinateur
Laboratoire de Microbiologie Appliquée Sétif-1

Remerciememnts
Avant toute chose, nous remercions <<ALLAH>> qui nous a donné la force et la
volonté d’accomplir ce modeste travail.
On addresse nos remerciements les plus sincères à notre encadreur Madame Cherif
Silini Hafsa pour nous avoir encdrées et dirigées, pour ses conseils, ses
observations précises, ses critiques pertinentes son esprit de synthèse qui ont été des
éléments déterminants dans la valorisation de notre travail.
Nos vifs remerciements aux membres du jury Dr Silini Allaoua et Dr Yahiaoui

Bilal d’avoir ménagé leurs temps pour juger et critiquer ce travail ,qu’il trouve ici
toutes nos expressions respectueuses.
Nous tenons à remercier aussi Dr Belbahri, pour la conception des figures

réalisées par les différents logiciels.
Nous tenons à remercier vivement les doctorants de laboratoire du Microbiologie

Appliquée (LMA) Sara, Nora, et Abdelmalek Lekired (LMBA et LMA)
Enfin nous remercions intimement tous les personnes qui ont participé de prés ou
de loin à la réalisation de ce travail.
Dédicace
En premier lieu, je remercie ALLAH le tout puissant qui m’a donné la force, le courage et la
volonté de réaliser et d’accomplir ce travail.
Je dédie ce modeste travail :
A ma chère binôme Manel .
A mes chers très chers parents, que nulle dédicace ne puisse exprimer mes sincères
sentiments.
Ma mère, tu présentes pour moi le symbole de la bonté par excellence, la source de tendresse
et l’exemple du dévouement qui n’a pas cessé de m’encourager et de prier pour moi. Ta prière et
ta bénédiction m’ont été un grand secours pour mener à bien mes études.
Mon père, aucune dédicace ne saurait exprimer l’amour, l’estime, le dévouement et le respect
que j’ai toujours eu pour vous .Rien au monde ne vaut les efforts fournis jour et nuit pour mon
éducation et mon bien être.
A mes adorables sœurs qui ont toujours été présentes, surtout dans les moments difficiles
A mes chers grands parents, qu’Allah vous préserve santé et longue vie.
A mes chers oncles, tantes et leurs enfants.
A mes chères amies et collègues : Imène, wafa, Asma, Amel , Assia..
Qu’Allah vous protège et vous accorde santé et bonheur.
Selma……
Dédicace
En premier lieu, je remercie ALLAH le tout puissant qui m’a donné la force, le courage et la
volonté de réaliser et d’accomplir ce travail.
Je dédie ce modeste travail :
A ma chère binôme Selma .
A mes chers très chers parents, que nulle dédicace ne puisse exprimer mes sincères sentiments.
Ma mère, tu présentes pour moi le symbole de la bonté par excellence, la source de tendresse
et l’exemple du dévouement qui n’a pas cessé de m’encourager et de prier pour moi. Ta prière et
ta bénédiction m’ont été un grand secours pour mener à bien mes études.
Mon père, aucune dédicace ne saurait exprimer l’amour, l’estime, le dévouement et le respect
que j’ai toujours eu pour vous .Rien au monde ne vaut les efforts fournis jour et nuit pour mon
éducation et mon bien être.
A mes adorables sœurs qui a toujours été présentes, surtout dans les moments difficiles.
A mes chers frères qui m’ont toujours soutenu, réconforté et encouragé.
A mes chers grands parents, qu’Allah vous préserve santé et longue vie.
A mes chers oncles, tantes et leurs enfants.
A mes chères amies et collègues : Imène, wafa, Amina, Asma, Amel .
Qu’Allah vous protège et vous accorde santé et bonheur
Manel……..
Sommaire :
Résumé :................................................................................................................................................ 1
Liste des figures : .................................................................................................................................. 4
Liste des tableaux : ............................................................................................................................... 5
Liste des Abréviations :........................................................................................................................ 6
Introduction : ....................................................................................................................................... 8
I. Pollution par les composés organiques : ................................................................................... 10
1. Les pesticides ............................................................................................................................. 10
2. Les hydrocarbures pétroliers (HCP) : .................................................................................. 11
II. Pollution par les composés inorganiques : ............................................................................ 12
Les métaux lourds : ........................................................................................................................ 12
III. Stratégies de remédiation : .................................................................................................... 14
a. Approches physicochimiques : .............................................................................................. 14
b. Approches biologiques : Bioremédiation .............................................................................. 15
i. Bioremédiation in situ : ...................................................................................................... 16
ii. Bioremédiation ex situ :...................................................................................................... 17
IV. Processus de bioremédiation : ............................................................................................... 18
a. Phytoremédiation : ................................................................................................................. 18
i. Mécanismes de phytoremédiation ..................................................................................... 18
ii. Plantes hyper-accumulatrices de métaux lourds :............................................................ 23
b. Bioremédiation microbienne : ............................................................................................... 24
i. Phyco-remédiation : ........................................................................................................... 25
ii. Myco-remédiation : ............................................................................................................ 25
iii. Bioremédiation bactérienne : ......................................................................................... 26
V. Rhizo-remédiation : une interaction bénéfique plante-bactérie : ........................................... 26
a. Bioremédiation bactérienne des métaux :............................................................................. 27
i. Bio-sorption : ...................................................................................................................... 27
ii. Bio-accumulation : ............................................................................................................. 28
iii. Bio-assimilation : ............................................................................................................ 29
iv. Bio-précipitation : ........................................................................................................... 30
v. Biolixiviation : ..................................................................................................................... 30
vi. Biotransformation : ........................................................................................................ 30
b. Bioremédiation bactérienne des pesticides : ......................................................................... 32
c. Bioremédiation bactérienne des hydrocarbures pétroliers : ............................................... 33
VI. Autres activités des PGPR : ................................................................................................... 36
a. Biodisponibilité des éléments nutritifs : ................................................................................ 36
b. Modulation des niveaux des phytohormones : ..................................................................... 38
c. Mécanismes de biocontrôle : .................................................................................................. 40
d. Moyens de réponse au stress :................................................................................................ 42
i. Rôle de l’éthylène : ............................................................................................................. 42
ii. Aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) désaminase : ................................................. 42
iii. Activité antioxydante...................................................................................................... 44
Matériel et Méthodes : ....................................................................................................................... 45
Matériel végétal .................................................................................................................................. 45
Prélèvements des eaux usées : ........................................................................................................... 45
Souches bactériennes : ....................................................................................................................... 45
Tolérance des bactéries aux polluants : ............................................................................................ 46
Tolérance des bactéries aux métaux lourds : ................................................................................... 46
Test de germination en présence d’eau usée : .................................................................................. 46
Stérilisation des graines de blé dur : ............................................................................................. 46
Conditions de culture : ................................................................................................................... 46
Croissance végétale en pots en présence de bactéries et d’eaux usées : .......................................... 47
Préparation de l’inoculum :........................................................................................................... 47
Condition de culture : .................................................................................................................... 48
Analyse des paramètres morpho-biochimiques : ............................................................................. 48
Paramètres mophologiques : ......................................................................................................... 48
Paramètres biochimiques : .......................................................................................................... 48
Estimation de la malondialdéhyde (MDA) : ................................................................................. 48
Détermination de la teneur en H2O2 : ........................................................................................... 48
Perte d'électrolyte : ............................................................................................................................ 49
Dosage de la proline : ..................................................................................................................... 49
Extraction : ................................................................................................................................... 49
Dosage : ....................................................................................................................................... 49
Détermination de la teneur en chlorophylle et des caroténoïdes totaux :................................... 49
Les enzymes antioxydants et les protéines solubles : ................................................................... 50
Extraction : ................................................................................................................................... 50
Dosage des protéines : .................................................................................................................... 50
Analyses statistiques : .................................................................................................................... 50
Résultats : ........................................................................................................................................... 51
Tolérance des bactéries Pantoea sp et Bacillus sp aux polluants : .............................................. 51
Tolérance des bactéries aux métaux lourds :................................................................................ 52
Test de germination des graines en présence d’eau usée :........................................................... 53
Effets de l’eau usée sur les paramètres physiologiques de germination : ................................... 56
Croissance végétale en pots en présence de bactéries et d’eaux usées : ...................................... 56
Effets sur les paramètres morphologiques de développement des plantes : .............................. 56
Effets de l’eau usée sur les paramètres biochimiques de développement des plantes : ............. 58
Effets de l’eau usée sur les paramètres physiologiques du développement des plantes : .......... 60
Résultats : ........................................................................................................................................... 63
CONCLUSION : ................................................................................................................................ 69
Résumé :
Cette étude portant sur l’effet des PGPR sur la biorémédiation des eaux usées révèle que la
croissance des Bacillus, contrairement à celle Pantoea ,sur gélose nutritive (30°C/72h) est
proportiellement réduite en présence d’eaux usées brutes et diluées. La résistance de ces
bactéries aux Co, Pb, Hg et Cd est testée sur milieu LB gélosé contenant des concentrations
croissantes de ces métaux de 50, 100, 500 et 1000ppm. Pantoea et Bacillus tolèrent une
concentration1000ppm de Pb, 100ppm de Co et 50ppm de Cd. Cependant, la métallotolérance
Pantoea au Cd atteint une teneur maximale de 100ppm. La germination des graines de blé
(25°C/15 jours) est sensible à l’irrigation par les eaux usées. Les paramètres de germination
(pourcentage, vitesse, temps moyen, moyenne quotidienne, valeur maximale de germination
et taux de mortalité) sont réduits sous l’effet de ces eaux. Toutefois, L’inoculation des graines
par Pantoea et Bacillus, en présence de ces eaux, ne manifeste aucun impact singificatif sur
les pararamètres morphobiochimiques (longueur des tiges et des racines, nombre de racines
primaires et secondaires, teneur en protéines, proline, chlorophylle, caroténoïdes, MDA,
H2O2 et perte d'électrolytes) de la croissance végétale.
Mots clé : Eaux usées, germination , PGPR , métallorésistance, blé, inoculation, croissance
végétale.
1
Abstract :
This study on the effect of PGPR on the bioremediation of wastewater reveals that the growth
of Bacillus, unlike Pantoea, on nutrient agar (30 °C/72h) is proportionally reduced in the
presence of raw and diluted wastewater. The resistance of these bacteria to Co, Pb, Hg and Cd
is tested on LB agar medium containing increasing concentrations of these metals of 50, 100,
500 and 1000ppm. Pantoea and Bacillus tolerate a concentration of 1000ppm Pb, 100ppm Co
and 50ppm Cd. However, the Pantoea metallotolerance at Cd reaches a maximum
concentration of 100ppm. Germination of wheat seeds (25 °C/15 days) is sensitive to sewage
irrigation. The germination parameters (percentage, speed, average time, daily average,
maximum germination value and mortality rate) are reduced by these waters. However, the
inoculation of seeds by Pantoea and Bacillus, in the presence of these waters, shows no
significant impact on morphobiochemical parameters (length of stems and roots, number of
primary and secondary roots, protein content, proline, chlorophyll, carotenoids, MDA, H2O2
and electrolyte loss) of plant growth.
Key words: Sewage, germination, PGPR, metalloresistance, wheat, inoculation, plant growth.
2
‫الملخص‪:‬‬
‫تكشف هذه الدراسة عن أثر بكتيريا الجذور المحفزة لنمو النبات ‪ PGPR‬على المعالجة البيولوجية لمياه‬
‫الصرف الصحي أن نمو‪ ،Bacillus‬وعلى عكس ‪ Pantoea‬يتناقص طرديا مع وجود مياه المجاري‬
‫الملوثة والمخففة‪ .‬تم اختبار مقاومة هذه البكتيريا شركة والرصاص والزئبق والكادميوم على وسط ‪LB‬‬
‫صلب الذي يحتوي على تركيزات متزايدة من هذه المعادن ‪ 500 ،100 ،50‬و‪ 1000‬جزء من المليون ‪.‬‬
‫‪ Pantoea‬و ‪ Bacillus‬يقاوم وجود عنصر الرصاص و الكوبالت ‪ 100‬جزء من المليون والكادميوم ‪50‬‬
‫جزء في المليون‪ .‬ومع ذلك‪ ،‬وصلت مقاومة المعادن الثقيلة عند ‪ Pantoea‬مستوى الحد األقصى من‬
‫الكادميوم ‪ 100‬جزء في المليون‪ .‬إن إنبات بذور القمح (‪ 25‬درجة مئوية ‪ 15 /‬يوما) حساسة لري‬
‫المجاري‪ .‬يتم تقليل عوامل اإلنبات (النسبة المئوية‪ ،‬السرعة‪ ،‬متوسط الوقت‪ ،‬المعدل اليومي‪ ،‬الحد‬
‫األقصى لقيمة اإلنبات ومعدل الوفيات) من خالل هذه المياه‪ .‬ومع ذلك تلقيح البذور ‪Bacillus Pantoea‬‬
‫‪ ،‬في ظل وجود هذه المياه ال يظهر أي تأثير ذا قيمة على الخصائص القوامية و الحيوية (طول السيقان‬
‫والجذور‪ ،‬عدد الجذور االبتدائية والثانوية‪ ،‬ومحتوى البروتين‪ ،‬البرولين‪ ،‬الكلوروفيل‪ ،‬الكاروتينات ‪،‬‬
‫‪ H2O2 ،MDA‬وفقدان الكهارل) لنمو النبات‪.‬‬
‫الكلمات المفتاحية‪ :‬الصرف الصحي‪ ،‬اإلنبات‪ ،PGPR ،‬المعادن‪ ،‬القمح‪ ،‬التلقيح‪ ،‬نمو النبات‪.‬‬
‫‪3‬‬
Liste des figures :
Figure 1 : Effets de la toxicité des métaux lourds sur les microorganismes. (A) inhibition
des fonctions métaboliques et (B) modulation des matériaux génétiques (Jacob et al.,
2018). ........................................................................................................................................ 13
Figure 2: Représentation schématique de la phytoextraction (Hénault-Ethier, 2016). ... 19
Figure 3: Représentation schématique de la phyto-volatilisation (Hénault-Ethier, 2016).
.................................................................................................................................................. 20
Figure 4: Représentation schématique de la phytodégradation (Hénault-Ethier, 2016).
.................................................................................................................................................. 21
Figure 5: Représentation schématique de la rhizodegradation (Hénault-Ethier, 2016). . 22
Figure 6: Techniques de phytoremédiation et destinées alternatives des polluants
(Cristaldi et al., 2017). ............................................................................................................ 23
Figure 7: Types des micro-organismes utilisés dans les processus de la bioremédiation
(Coelho et al., 2015). ............................................................................................................... 25
Figure 8: Représentation de divers types d'interactions bactériennes avec des métaux
lourds dans des sols pollués (Ahemad , 2014). ..................................................................... 32
Figure 9: Espèces bactériennes impliquées dans la dégradation des différents types
d'hydrocarbures pétroliers (Fatima et al., 2017). ................................................................ 34
Figure 10: Action des biosurfactants sur l'absorption des hydrocarbures (Das et
Chandran, 2011). .................................................................................................................... 35
Figure 11: Acides organiques produits par les PGPR pour la solubilisation des
phosphates (Alori et al., 2017). .............................................................................................. 37
Figure 12: Mécanismes d'action des PGPR améliorant le déséquilibre nutritionnel chez
les plantes (Etesami et Maheshwari, 2018). ......................................................................... 38
Figure 13: Mécanismes de PGPR pour promouvoir directement la croissance des plantes
(Kong et Glick, 2017). ............................................................................................................. 40
Figure 14: Mécanismes de biocontrôle des PGPR (Shaikh et Sayyed, 2015). ................... 42
Figure 15: Stimulation de la croissance des plantes par une PGPB contenant l'ACC
désaminase (Olanrewaju et al., 2017). .................................................................................. 43
Figure 16: Localisation géographique de l’Oued el Malah................................................. 45
Figure 17:.Résultats de test de germination du blé irrigué différentes concentrations
d'eaux usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5%) ....................................................................... 51
Figure 18: Numérations de Bacillus sp à différentes concentration d’eaux usées (0%, 100
%, 50 %, 20%, 10%, 5%). ..................................................................................................... 51
4
Figure 19: Numérations de Pantoea sp à différentes concentration d’eaux usées (0%, 100
%, 50 %, 20%, 10%, 5%). ..................................................................................................... 52
Figure 20: Tolérance de Pantoea sp et Bacillus sp différentes concentrations de métaux
.................................................................................................................................................. 53
Figure 21: Résultats des plantes du blé inoculés avec Bacillus sp, irrigué avec contrôle
(ED), différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%). .............................................. 53
Figure 22: Résultats des plantes du blé, irrigué avec contrôle (ED), différentes
concentrations d'eaux usées (100 %, 5%). ........................................................................... 54
Figure 23: Résultats des plantes du blé inoculés avec pantoea avec irrigué avec contrôle
(ED), différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%). .............................................. 54
Figure 24: Taux de germination du blé en présence de différentes concentrations d'eaux
usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5% ,0%) pendant 15 jours. ............................................. 55
Figure 25: Paramètres physiologiques de la germination des graines de blé irrigué avec
différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5%, 0%). ................. 56
Figure 26: Paramètres morphologiques de croissance des plantes du blé irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). ................................................ 57
Figure 27: Paramètres morphologiques de croissance des plantes de blé inoculées avec
Pantoea sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). 57
Bacillus sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). 58
Figure 29: Paramètres biochimiques de croissance des plantes de blé irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). ................................................ 59
Figure 30: Paramètres biochimiques de croissance des plantes de blé inoculé avec
Pantoea sp, et irrigué avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). .. 59
Bacillus sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%). 60
Figure 32: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes des plantes de blé, irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%). ................................................ 61
Figure 33: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes des plantes de blé inoculés avec
Pantoea sp et irriguées de différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%). ... 61
Figure 34: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes du blé inoculés avec Bacillus sp , et
irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%). ....................... 62
5
Liste des tableaux :
Tableau 1 : Liste des plantes utilisées pour la remédiation des métaux lourds
Tableau 2 : Champignons impliqués dans la bioremédiation des métaux lourds.
6
Liste des Abréviations :
PGPR Plant Growth-Promoting Rhizobacteria

HCP Hydrocarbures pétroliers
V Vanadium
Mo Molybdenum
W Tungsten
Cr Chromium
Sr Strontium
Si Silicon
Tl Thallium
Rn Ruthenium
Th Thorium
Ra Radium
Am Americium
Tc Technetium
Ge Germanium
As Arsenic
Sb Antimony
Te Tellurium
Po Polonium
At Astatine
Se Sélénium
EDTA Acide éthylènediaminetétraacétique
PCB Polychlorobiphényles
PAH Hydrocarbures aromatiques polycycliques
ePGPR Extracellulaires PGPR
iPGPR Intracellulaires PGPR
EPS Exo-polysaccharide
ATP ase Adénosine triphosphate ase
RND Resistance-nodulation-division
CDF Cation diffusion facilitators
MTS Métallothionéines
GSH Glutathione
PCS Phytochélatine
PbHPO4 Plomb (II) phosphate d'hydrogène
PSB Bacteries solubilisatrices de phosphore
ACC 1-aminocyclopropane-1-carboxylate
AIA Acide indole-3-acétique
ROS Espèces réactives oxygénées
HCN Cyanure d'hydrogène
PCB Polychlorobiphényles
GSH Glutathion
Me4Pb Plomb tétraméthyle
DhaA Déshalogénase
7
TOD Toluène dioxygénase
COV Composés organiques volatiles
ISR Résistance systémique induite
SOD Superoxyde dismutase
POX Peroxydase
CAT Catalase
8
INTRODUCTION
Introduction
Introduction :
La consommation d'eau dans les zones urbaines a augmenté, en raison de la croissance
démographique, du développement industriel et de l'expansion des terres agricoles irriguées.
Les sources d'eau peuvent être considérées comme l'une des parties les plus essentielles de
l'environnement, car elles constituent une ressource naturelle limitée (Ferreira et al., 2016).
La contamination de l'environnement par des composés toxiques générés par des activités
anthropiques et industrielles a causé des dommages considérables aux écosystèmes aquatiques
(Coelho et al., 2015). Les niveaux de pollution dans les écosystèmes aquatiques ont entraîné
une perte de la teneur en eau douce sur la Terre (Uqab et al., 2016). Cela a forcé les
agriculteurs à réutiliser les eaux usées pour l'irrigation des cultures. Cette pratique présente à
la fois des effets positifs et négatifs en ce qui concerne l'utilisation agricole, ainsi que dans le
contexte de la contamination environnementale et de la toxicologie. Bien que les eaux usées
soient une source importante de nutriments essentiels pour les plantes et contribuent à
diminuer la pression d'utilisation de l'eau et à modérer la pollution, de nombreux risques
environnementaux et sanitaires sont également associés à l'utilisation de ces eaux en raison de
la présence des contaminants toxiques qui peuvent provoquer des maladies chez divers
organismes et constituent une menace sérieuse pour l'environnement. Cela a conduit à un
besoin urgent de traitement de l'eau contaminée par l’emploi de moyens et de mécanismes
appropriés. La remédiation conventionnelle des sites contaminés implique généralement
l’utilisation des méthodes physico-chimiques, ces stratégies sont coûteuses, non spécifiques
et ne remédie pas complètement les polluants. En raison de ces contraintes, il y a eu un
intérêt accru pour des approches biologiques, durables, respectueuses de l'environnement, à
faible coût et plus efficaces (Mosa et al., 2016). L'exploitation du potentiel microbiologique
des bactéries promotrices de la croissance végétale (PGPR) et leurs métabolites est
considérée comme une approche émergente et écologiquement intéressante en agriculture
durable.
L’utilisation des bio-fertilisants particuliers est utilisée non seulement pour substituer
les fertilisants chimiques mais en plus pour s’affranchir d’éventuelles limites associées à
l’utilisation des eaux usées, l’amélioration de l’assimilation et la biodisponibilité de certains
éléments nutritifs à la plante et la mise en place de mécanismes de tolérance face aux stress
biotique et abiotique.
Dans ce contexte, l’objectif de cette étude est :
8
Introduction
- d’évaluer l’impact de l’utilisation des eaux usées pour des fins d’irrigation agricole par
la mesure in vitro des paramètres physiologiques de croissance de la variété de blé dur
Waha en présence d’eau usée
- puis de déterminer in vivo l’impact de l’addition des PGPR et d’en évaluer l’effet sur
les paramètres morphologiques, physiologiques et biochimiques de la variété de blé
dur Waha.
9
REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
Revues Bibliographiques
La pollution de l'environnement due au développement de l'industrialisation est

devenue un sujet de préoccupation majeure pour l'humanité à travers le monde. Ce
phénomène en continuelle croissance a conduit à une augmentation de la charge des polluants
toxiques dans l'environnement (Pandotra et al., 2018). La pollution est l'introduction de
matériaux indésirables dans un écosystème, causant des dommages aux organismes vivants et
à l'environnement. Les polluants peuvent être sous forme de substances naturelles ou
d’énergies, mais seront considérés comme des contaminants lorsqu'ils dépassent les niveaux
naturels. Ils sont divisés en biodégradables et non biodégradables. Ceux biodégradables
peuvent être décomposés et traités par des organismes vivants, mais les non biodégradables ne
peuvent pas être décomposés et persistent donc dans l'écosphère pendant des périodes
extrêmement longues (Özkara et al., 2016). Les polluants les plus toxiques pour
l'environnement et la santé publique sont les métaux lourds (polluants inorganiques), les
pesticides et les hydrocarbures (polluants organiques) (Azubuike et al., 2016).
I. Pollution par les composés organiques :
1. Les pesticides
Un pesticide peut être défini comme une substance ou un mélange de substances tuant,
prévenant et contrôlant différents ravageurs et ayant un impact négatif sur la production, la
transformation, le stockage et même la commercialisation des différents produits agricoles
(Prabha et al., 2017). Il existe différents types de pesticides, classés en fonction de leurs
structures chimiques et de leur utilisation (Uqab et al., 2016). Sur la base de leur composition
chimique, ils sont des organochlorés, des organophosphorés, des carbamates, des pyréthrines
synthétiques et des pesticides inorganiques (Cycoń et al., 2017). Par contre, selon leur
utilisation, ils peuvent être des insecticides, des nématicides, des fongicides ou des weedicides
(désherbants) utilisés contre les mauvaises herbes etc… (Muturi et al., 2017).
L’utilisation intensive des pesticides a entraîné de nombreux effets toxicologiques sur
les êtres vivants soit par une exposition directe ou indirecte à ces produits ou leurs résidus
(Odukkathil et Vasudevan, 2013). Ils sont la cause de divers problèmes de santé tels que
l'empoisonnement des agriculteurs et des travailleurs agricoles et occasionnent des troubles
cardio-pulmonaires, neurologiques et cutanés, des malformations fœtales, des avortements,
des dommages chroniques du foie, des troubles endocriniens et reproductifs,
10
l'immunosuppression, divers cancers etc… (Rani et Dhania, 2014 ., Odukkathil et
Vasudevan, 2013). Leur présence dans l'environnement représente un danger pour la vie
publique en raison de leur mobilité et leur persistance (Velázquez-Fernández et al., 2012).
L'utilisation de produits agrochimiques comporte à la fois des avantages et des risques
potentiels. Ces avantages sont contrebalancés par un risque accru de phytotoxicité. Les
pesticides contrôlent ou tuent les plantes et les animaux par divers mécanismes (Parween et
al., 2016). Ils peuvent également affecter différentes activités microbiennes en tuant ou
inhibant la croissance et la reproduction des microorganismes ou perturbant leurs fonctions et
activités enzymatiques (Stanley et Preetha, 2016).
2. Les hydrocarbures pétroliers (HCP) :
Les hydrocarbures pétroliers sont largement utilisés dans le monde entier comme
combustible. En raison de l’énorme demande en tant que source d'énergie, la contamination se
produit assez souvent à la suite de l'exploration, la production, l'entretien, le transport, le
stockage et le rejet accidentel, entraînant des impacts écologiques importants (Ahmed et
Fakhruddin, 2018). Les hydrocarbures pétroliers (HCP) sont l'un des principaux
contaminants organiques. Ces éléments menacent la vie des animaux et la population
microbiologique indigène sur les surfaces terrestres, aériennes et aquatiques ainsi que sur les
sous-surfaces (Banerjee et al., 2016).
Les hydrocarbures comprennent quatre fractions : la fraction aliphatique (saturée), la

fraction aromatique, la fraction asphalténique (phénols, acides gras, cétones, esters et
porphyrines) et les résines (pyridines, quinoléines, carbazoles, sulfoxydes et amides) (Koshlaf
et Ball, 2017). La plupart de ses composants (de 60% à 90%) sont classés comme
biodégradables, mais une petite partie (de 10% à 40%) est qualifiée de brute ou récalcitrante ;
donc non biodégradable (dos Santos et Maranho, 2018). Suite à ses caractéristiques
hydrophobes et son lent processus de biodégradation, le pétrole peut rester longtemps dans
l'environnement et sa toxicité peut avoir un impact négatif sur les écosystèmes terrestres et
aquatiques, lié à son potentiel cancérogène pour les animaux et les humains (dos Santos et
Maranho, 2018). Ainsi, chez l’humain, le contact avec les hydrocarbures pourrait perturber le
fonctionnement du foie, du système sanguin, du système immunitaire et du système
reproducteur, tout en favorisation le développement d’athéroscléroses et de cancers. Certains
(HAP) ont des effets mutagènes confirmés (Gauthier-Dion, 2016).
11
Chez les plantes, les effets négatifs se produisent dans les stades de croissance et de
développement, depuis la germination des graines à la reproduction. La présence de pétrole
dans le sol induit un stress oxydatif qui réduit la croissance et provoque une déformation
foliaire et une nécrose tissulaire, ainsi que des perturbations dans la signalisation des voies
métaboliques des espèces réactives à l'oxygène et des réponses liées à la défense contre les
agents pathogènes (dos Santos et Maranho, 2018).
II. Pollution par les composés inorganiques :

Les métaux lourds :
Les métaux lourds sont considérés comme des éléments chimiques ayant une masse
atomique supérieure à 22 et une densité supérieure à 5 g/ml. Cette définition comprend 69
éléments, dont 16 sont synthétiques. Certains de ces éléments sont extrêmement toxiques,
même à de très faibles concentrations (Abdulsalam et al., 2016). En général les ions
métalliques peuvent être classés comme suite : (1) essentiels et importants pour le
métabolisme (Na, K, Mg, Ca, V, Mn, Fe, Co, Ni, Cu, Zn, Mo et W). (2) les métaux lourds
toxiques (Hg, Cr, Pb, Cd, As, Sr, Ag, Si, Al, Tl), qui n'ont aucune fonction biologique. (3) les
radionucléides (U, Rn, Th, Ra, Am, Tc), qui sont des isotopes radioactifs et, bien que toxiques
pour les cellules, ils sont néanmoins importants dans les procédures de médecine nucléaire.
(4) et les semi-métaux ou métalloïdes (Si, Ge, As, Sb, Te, Po, At, Se) (Perpetuo, 2011 ;
Emamverdian et Ding, 2018 ; Ali et Khan, 2018).
Ces contaminants métalliques et métalloïdes proviennent des sources naturelles (les
éruptions volcaniques, la corrosion des métaux, les dépôts atmosphériques, les réactions
géochimiques, l'érosion des sols et la remise en suspension des sédiments) ou anthropiques
(des pesticides, des engrais, des tanneries, des industries textiles, des mines, de la pétrochimie,
de l'acier et des revêtements métalliques) (Chica et al., 2018).
Les métaux lourds sont les principaux contaminants inorganiques dans
l’environnement, notamment le cadmium, le chrome, le cuivre, le plomb, le mercure, le nickel
et le zinc, etc… (Meliani et Bensoltane, 2016). Leur présence peut constituer une menace
sérieuse pour toutes les formes de vie (Kaushal et Singh, 2017). Elles ont attiré, ces dernières
années, une grande attention au niveau mondial à cause de leur toxicités, de leur abondances
et de leur persistances (non dégradables) (Yan et al., 2018., Xu et al., 2018).
12
Les sols contaminés par les métaux lourds limitent les habitats des plantes, ce qui
entraîne des problèmes écologiques, évolutifs et nutritionnels. La toxicité des métaux lourds
sur les plantes varie en fonction de l'espèce végétale, du métal spécifique impliqué, de la
concentration du métal et de la composition du sol et du pH. Il peut y avoir une accumulation
des métaux lourds dans les tissus végétaux, qui affecte ou inhibe l'absorption des nutriments,
la croissance et le développement, les fonctions métaboliques comme les processus
physiologiques et biochimiques, la destruction des organites cellulaires, la germination
retardée, la génotoxicité induite, l'inhibition de la photosynthèse et de la respiration, la perte
d'activité enzymatique, le stress oxydatif, la chute prématurée des feuilles, et peut même
causer la mort des plantes. (Ayangbenro et Babalola, 2017 ., Emamverdian et Ding, 2018).
Les métaux lourds toxiques affectent également la taille, la diversité et l'activité de la

population microbienne, ainsi que leur structure génétique. Elles affecte la morphologie, le
métabolisme et la croissance des microorganismes en altérant la structure des acides
nucléiques, perturbant les membranes cellulaires, provoquant des perturbations fonctionnelles,
inhibant l'activité enzymatique et la phosphorylation oxydative et provoquant la peroxydation
lipidique, l'altération osmotique et la dénaturation des protéines ( Fashola et al., 2016).
Figure 1 : Effets de la toxicité des métaux lourds sur les microorganismes. (A) inhibition
des fonctions métaboliques et (B) modulation des matériaux génétiques (Jacob et al.,
2018).
13
Des recherches antérieures sur l’impact des métaux sur la santé humaine, ont rapporté
qu’une consommation excessive des métaux lourds peut entraîner de nombreuses maladies.
Par exemple, une exposition chronique à l’As (Arsenic) peut entraîner des lésions cutanées,
un cancer de la peau, une neuropathie périphérique et une maladie vasculaire périphérique,
tandis que l'ingestion chronique de Cd peut avoir des effets nocifs comme les lésions
prolifératives prostatiques, des fractures osseuses, une insuffisance rénale, des
adénocarcinomes pulmonaires. Une consommation excessive de Pb peut endommager les
systèmes squelettique, circulatoire, nerveux, enzymatique, endocrinien et immunitaire (Jia et
al., 2018).
III. Stratégies de remédiation :
Étant donné que les métaux lourds, les pesticides et les hydrocarbures sont de sérieux
polluants du monde moderne et ayant de graves effets toxiques sur les plantes, les animaux et
la santé humaine, la remédiation de ces polluants est pratiquement nécessaire (Ullah et al.,
2015). De nombreuses techniques physico-chimiques et biologiques ont été adoptées pour
faire face à ce problème (El Rasafi et al., 2017).
a. Approches physicochimiques :
Plusieurs techniques physico-chimiques peuvent être utilisées pour la réhabilitation des

sites pollués (El Rasafi et al., 2017). Elles comprennent le traitement thermique, la lixiviation
et la remédiation électrochimique (Sharma et al., 2018). Cependant, la plupart de ces
méthodes ne sont pas économiquement viables (coûteuses, prennent du temps) et elles
n'assurent pas la remédiation sans effets résiduels (Mishra et al., 2017; El Rasafi et al.,
2017).
Les traitements thermiques comprennent l'extraction thermique et la vitrification. Après

un prétraitement de déshydratation, la chaleur est utilisée pour traiter les sédiments
contaminés. La haute température détruit la plupart des polluants organiques dans les
sédiments par oxydation. Pendant ce temps, de nombreux métaux lourds peuvent être
immobilisés dans la matrice sédimentaire. Cependant, certains métaux, tels qu’As, Cd et Hg,
peuvent être volatilisés. Les traitements thermiques sont principalement utilisés pour traiter
les contaminants organiques. La température et le temps de rétention sont les deux facteurs
dominants du niveau de décontamination. À 100-500 ° C, certains contaminants organiques,
tels que les hydrocarbures à faible poids moléculaire et les hydrocarbures aromatiques
14
polycycliques (HAP), peuvent être éliminés par désorption thermique et vaporisation.
Cependant, lorsque la température est supérieure à 800 °C, les contaminants organiques
peuvent être complètement détruits et certains contaminants inorganiques dans le sédiment
peuvent être évaporés (par exemple As, Cd et Hg) ou immobilisés par fusion (c'est-à-dire
vitrification) (Peng et al., 2018).
La lixiviation est une technologie d'assainissement ex situ relativement simple et utile,

où une solution est ajoutée au sédiment pollué pour transférer les contaminants du sédiment à
la solution aqueuse (lavage des sédiments). Le lavage comprend deux étapes : la solubilisation
des métaux et l'élimination des métaux solubilisés. Pour améliorer la performance de lavage
des sédiments, différents additifs sont utilisés pour faciliter la solubilisation, la dispersion et la
désorption des contaminants métalliques des sédiments pollués. Les additifs idéaux répondent
à deux critères importants : efficacité de traitement élevée et compatibilité environnementale
(par exemple, faible toxicité et biodégradabilité). Les additifs courants comprennent les acides
inorganiques (acide chlorhydrique, acide sulfurique et acide nitrique), les acides organiques
(acides oxalique, citrique, gluconique et ascorbique, par exemple), les chélateurs (EDDS,
EDTA et NTA) et les surfactants (par ex., rhamnolipides et sophorolipides) (Yao et al., 2012).
La remédiation électrochimique (également appelée traitements électrocinétiques)

implique le passage d'un courant électrique de faible intensité entre une cathode et une anode
noyée dans un sédiment pollué dans un état humide. Le champ électrique provoque le
transport d'ions, de petites particules chargées et d'eau entre les électrodes. Les ions positifs se
déplacent vers la cathode chargée négativement, tandis que les ions négatifs se déplacent vers
l'anode chargée positivement. Lorsque le processus de remédiation est terminé, les
contaminants concentrés autour de l'électrode peuvent être traités avec diverses méthodes
physico-chimiques, y compris l'électroplacage, la précipitation/Co-précipitation, le pompage
d'eau près des électrodes, la complexation avec des résines échangeuses d'ions ou d'autres
méthodes (Pedersen et al., 2015 ., Akcil et al., 2015).
b. Approches biologiques : Bioremédiation
Outre les techniques traditionnelles (physico-chimiques) de traitement, la science offre

des nouvelles possibilités d'utilisation des microorganismes et des plantes pour transformer ou
éliminer les éléments toxiques de l'environnement (Koźmińska et al., 2018). «Remédier»
signifie la résolution d’un problème et «bio-remédier» signifie l’utilisation d’organismes
vivants pour résoudre les problèmes environnementaux (Punnagaiarasi et al., 2017). La
15
remédiation biologique (bioremédiation) est considérée comme la méthode la plus efficace
d'élimination des métaux toxiques. Il s'agit d'un processus naturel à faible coût, largement
accepté par le public et respectueux de l’environnement où les agents biologiques (comme les
bactéries, les cyanobactéries, les champignons et les plantes) ou leurs enzymes sont
appliquées pour la dégradation, l’enlèvement ou la transformation des contaminants en une
forme moins toxique (Prabha et al., 2017 ; Luka et al., 2018 ; Sharma et al., 2018). La
bioremédiation est divisée en deux grandes catégories :
i. Bioremédiation in situ :
La bioremédiation in situ est l’application d'un traitement biologique sur le site

contaminé, sans enlèvement de matériel contaminé, à partir de son emplacement d’origine
(Verma et Sharma, 2017). Ce traitement comprend la bio-stimulation, la bio-augmentation
et la bio-atténuation. Ces stratégies nécessitent généralement des périodes de traitement plus
longues et une surveillance prolongée (Luka et al., 2018 ). Elles peuvent également être
contraintes par des facteurs géologiques, hydrogéologiques et d'autres facteurs
environnementaux, ce qui entraîne une faible efficacité de l'élimination des contaminants
(Luka et al., 2018).
La bio-stimulation est une stratégie liée à l'injection de nutriments spécifiques dans les
sites contaminés (sol/eau usées) pour stimuler l'activité des micro-organismes (les bactéries
ou les champignons) indigènes (naturellement existantes) (Abatenh et al., 2017). Ce
processus est conditionné par deux paramètres fournir des engrais, des suppléments de
croissance et des oligo-éléments qui représentent les éléments de base de la vie et permettent
aux microorganismes de créer l'exigence de base, par exemple, l'énergie, la biomasse
cellulaire et les enzymes pour dégrader les polluants (Banerjee et al., 2018). Deuxièmement,
fournir les conditions environnementales comme le pH, la température et l'oxygène pour
accélérer leur métabolisme (Abatenh et al., 2017).
La bio-augmentation est définie comme une technique permettant d'améliorer la
capacité de dégrader les contaminants organiques ou de mobiliser / immobiliser les métaux
(Dell’Anno et al., 2018) en ajoutant des souches ou des consortiums de micro-organismes
sélectionnés (Zhang et al., 2017). Dans la sélection d'une culture appropriée pour la bio-
augmentation, les caractéristiques suivantes des microorganismes doivent être prises en
compte : la croissance rapide, la facilité de culture, la capacité à résister à une forte
concentration des contaminants et l’aptitude à survivre dans une large gamme de conditions
16
environnementales (Mrozik, 2016).
La bio-atténuation est une autre méthode de traitement in situ. Elle fait partie du
nettoyage des sites contaminés et comprend également le contrôle ou l'élimination de la
source de contamination. Leur efficacité dépend généralement des activités qui prévalent sur
les sites pollués (Emenike et al., 2018). Elle provoque l'éradication des polluants de
l'environnement. Elle est réalisée selon des processus biologiques (biodégradation aérobie et
anaérobie, absorption des plantes et d'animaux), des phénomènes physiques (advection,
dispersion, dilution, diffusion, volatilisation, sorption / désorption) et des réactions chimiques
(échange d'ions, complexation, transformation abiotique) (Abatenh et al., 2017). Si
l'atténuation naturelle n'est pas assez rapide ou complète, la bioremédiation sera améliorée
soit par bio-stimulation, soit par bio-augmentation (Abatenh et al., 2017).
ii. Bioremédiation ex situ :
La bioremédiation ex situ se réfère à l'enlèvement des matières contaminées de la source

(sol/eau) et à leur transformation en bioréacteurs sous des paramètres d'exploitation contrôlés
(température, pH et aération) (Basak et Dey, 2016). Cette technique de bioremédiation
comprend l'utilisation des bioréacteurs et des biopiles (Ogbonna, 2018).
Le bioréacteur peut être défini comme un appareil à récipient de confinement utilisé
pour traiter les effluents liquides/boues ou déchets /sols solides contaminés. Le traitement
biologique dans les bioréacteurs offre les avantages de la dégradation sous des paramètres
contrôlés avec un système de surveillance continue. Plusieurs types de bioréacteurs sont
disponibles dans le monde entier : biofilms séquentiels discontinus, continus, à membrane, à
lit fluidisé, à biofilm et bioréacteur à air, etc… . En général, le taux et l'étendue de la
biodégradation sont plus importants dans un système de bioréacteur que dans un système in
situ, car l'environnement confiné est plus facile à gérer et donc plus contrôlable et plus
prévisible (Bharagava, 2017).
Un bio-pile est l'une des nombreuses techniques de biorestauration utilisée pour traiter
les sols contaminés par des hydrocarbures où le sol est empilé sur un système de distribution
aéré. C'est un hybride de l'agriculture de terroir et du compostage dans lequel les cellules
d'ingénierie sont construites comme un tas composté aéré et typiquement utilisé pour le
traitement des surfaces contaminées avec des hydrocarbures de pétrole. C'est une version
raffinée de l'épandage qui tend à contrôler les pertes physiques de contaminants par lessivage
et volatilisation. Les biopiles fournissent un environnement favorable aux microorganismes
17
aérobies et anaérobies indigènes pour effectuer le processus de bioremédiation au niveau
optimal (Bharagava, 2017).
IV. Processus de bioremédiation :
Il existe deux principaux types de bioremédiation, à savoir la bioremédiation

microbienne et la phytoremédiation (Mukhtar et al ., 2017).
a. Phytoremédiation :
Le terme «phytoremédiation» se compose du préfixe grec phyto qui signifie «plante» et

de la racine latine remedium qui signifie «corriger ou supprimer le mal» (Sumiahadi et Acar,
2018). La phytoremédiation est une technologie «verte» économique, efficace, respectueuse
de l'environnement (Sumiahadi et Acar, 2018) basée sur l’utilisation des plantes et leurs
micro-organismes associés pour remédier (extraire, séquestré et détoxifier) partiellement ou
complètement les contaminants existant dans les sites polluées (Yadav et al., 2017). Cette
technique peut être utilisée pour l'élimination des métaux lourds du sol et peut également être
utilisée pour éliminer d'autres polluants organiques comme les polychlorobiphényles (PCB)
(des composés organochlorés synthétiques), les hydrocarbures aromatiques polycycliques
(HAP) et les pesticides (Razzaq, 2017).
i. Mécanismes de phytoremédiation
La phytoremédiation peut entraîner l'élimination, la stabilisation ou la dégradation des

contaminants dans les sols par différents mécanismes tels que la rhizo-filtration, la phyto-
dégradation, la phyto-accumulation (ou phytoextraction), la phyto-stabilisation, la phyto-
volatilisation, et la rhizo-dégradation (également appelée phyto-stimulation) (Reddy et al.,
2017).
La phytoextraction également connu sous le nom de phyto-accumulation, est la méthode
de phytoremédiation la plus utilisée. Elle se base sur la capacité des plantes à absorber et
éliminer les contaminants du sol et les accumuler dans leurs feuilles et leurs tiges. Ensuite, les
parties de la plante qui stockent les contaminants sont enlevées et détruites ou recyclées ;
Dans les deux cas, le métal est extrait du sol. Cette technique peut être enrichie en ajoutant
certains produits qui améliorent la biodisponibilité des polluants, par exemple les agents
18
chélateurs comme l’EDTA (Leguizamo et al., 2017). Les plantes telles que Brassica juncea,
Helianthus annuus, Chrysopogon zizanioides, Phalaris arundinacea et Nicotiana tabacum ont
été signalés pour la tolérance et pour la phytoextraction du Pb (Diaz Martinez et al., 2018).
Figure 2: Représentation schématique de la phytoextraction (Hénault-Ethier, 2016).
La phytofiltration (rhizo-filtration consiste à utiliser des plantes cultivées hydro-

poniquement (cultivées hors-sol) pour purifier les eaux de surface contaminées ou les eaux
usées par l'absorption, la concentration et la précipitation des polluants (Zazai et al., 2018).
Lorsque des racines de plantes, des plantules ou des tiges des plantes excisées sont utilisées en
phyto-filtration pour adsorber ou absorber des contaminants de l'environnement aqueux, on
parle de rhizo-filtration, blasto-filtration et caulo-filtration, respectivement. De préférence,
une plante utilisée pour la rhizofiltration doit accumuler et tolérer des fortes concentrations
des métaux et doit être facile à manipuler, avoir un faible coût d'entretien et produire un
minimum de déchets secondaires nécessitant une élimination. De plus, les plantes doivent
produire une biomasse racinaire considérable ou avoir une grande surface racinaire. Une étude
de 18 espèces végétales aquatiques représentatives, telles que l'espèce Ranunculus
trichophyllus, R. peltatus subsp. saniculifolius, L. minor, et Azolla caroliniana, et les feuilles
de Juncus effusus, a été rapporté. Ces espèces ont un très fort potentiel de phyto-filtration
lorsqu'elles sont introduites dans des zones humides ou des plans d'eau naturels (Parmar et
Singh, 2015).
19
La phyto-stabilisation est l'utilisation de certaines espèces de plantes pour immobiliser
les contaminants dans le sol et les eaux usées par l'absorption et l'accumulation par les racines
(l’adsorption sur les racines, ou la précipitation dans la zone des racines (rhizosphère) donc
bloquer leur déplacement. Ce processus réduit la mobilité du contaminant et empêche sa
migration vers les eaux, et réduit la biodisponibilité des métaux dans la chaîne alimentaire
(Sarkar, 2018). Il est particulièrement applicable dans le cas des contaminants métalliques
sur les sites des déchets, où la meilleure alternative est souvent de retenir les contaminants
dans un endroit. L’avantage principal de cette technologie est de réduire la mobilité et par la
suite le risque de contamination sans nécessairement les éloigner de leur source. En outre,
cette technologie ne génère pas des déchets secondaires contaminés (Suganthi et al., 2017).
Des expériences d'hydroponie ont rapporté que cinq espèces des plantes aquatiques (Thalia
geniculate, Cyperus alternifolius, Canna indica, Eichhornia crassipes, Pistia stratiotes) et
une espèce des graminées (Vetiveria zizanioides) ont un très fort potentiel de
phytostabilisation de Cd2+ et Zn2+ (Sricoth et al., 2018).
La phyto-volatilisation est l'un des processus importants d'absorption et de transpiration
des contaminants par les plantes (Choudhary et al., 2018). Cela implique l'utilisation des
plantes vertes pour absorber les contaminants du sol, les transformer en formes volatiles
(telles que le mercure, le sélénium) et les transpirer avec la vapeur d'eau des feuilles dans
l'atmosphère. Les contaminants subissent plusieurs processus et finissent par se volatiliser
dans l'atmosphère le long du courant de transpiration (Choudhary et al., 2018). Ce processus
peut également entraîner la diffusion des contaminants à partir des tiges ou d'autres parties de
la plante dans lesquelles le contaminant se déplace avant d'atteindre les feuilles (Sarkar,
2018).
Figure 3: Représentation schématique de la phyto-volatilisation (Hénault-Ethier, 2016).
20
La phyto-dégradation est la décomposition des contaminants organiques en formes non

dangereuses par les enzymes végétales (des enzymes spécifiques telles que les nitroréductases
et les déshalogénases sont utilisées par les plantes pour dégrader les contaminants
organiques). Ces enzymes doivent être utilisées dans des conditions optimales de température
et de pH pour une dégradation efficace des contaminants (Ojuederie et Babalola, 2017) par
exemple le mûrier (Morus rubra) qui sécrète des composés phénoliques dans le sol
favoriserait ainsi la dégradation des biphényles chlorés (BPC) et HAP (Hénault-Ethier,
2016).
Figure 4: Représentation schématique de la phytodégradation (Hénault-Ethier, 2016).
La rhizo-dégradation est la dégradation des polluants dans le sol améliorée par l’action
des micro-organismes rhizosphériques (Ojuederie et Babalola, 2017). C’est une relation
symbiotique entre les racines des plantes et les microorganismes où les racines fournissent
une niche riche pour la croissance des microorganismes qui se développent au détriment des
exsudats racinaires et à leur tour agissent comme des biocatalyseurs éliminant les polluants
(Oberai et Khan, 2018).
21
Figure 5: Représentation schématique de la rhizodegradation (Hénault-Ethier, 2016).
Tableau 1 : Liste des plantes utilisées pour la remédiation des métaux lourds.
Plantes Métaux lourds références

Allium schoenoprasum L. Ni, Co, Cd (Sumiahadi
Brassica juncea L. Cd, Cu, Zn, Pb et Acar,
Brassica napus L. Cd, Cu, Zn, Pb 2018).
Pistia stratiotes L. Cr, Cd, As
Medicago sativa L. Cd
Oryza sativa L. Cu, Cd
Prosopis laevigata Cd Khalid et al
Arabidopsis halleri Zn ., 2017
Phyllanthus serpentinus Ni
Arrhenatherum elatius Pb
Pteris vittate As
Eleocharis acicularis Cu
Pteris vittata Cr
22
Figure 6: Techniques de phytoremédiation et destinées alternatives des polluants

(Cristaldi et al., 2017).
ii. Plantes hyper-accumulatrices de métaux lourds :
D'après Bakers et Brooks (1989), les plantes hyper-accumulatrices sont celles qui
accumulent plus de 100 mg kg-1 de poids sec de Cd, ou plus de 1000 mg kg-1 de poids sec de
Ni, Cu ou Pb, ou plus de 10000 mg kg-1 de poids sec de Zn ou Mn dans leurs tiges lorsqu'elles
sont cultivées sur des sols riches en métaux ( Thijs et al ., 2017). Plus de 500 espèces de
plantes ont démontré leur capacité à absorber les métaux ou les métalloïdes des sols et à les
concentrer à des niveaux extrêmement élevés dans les tissus foliaires (Goolsby et Mason,
2015). Elles ont le potentiel d'absorber de 50 à 500 fois plus que les plantes normales (Singh
et al., 2017) sans présenter des symptômes de toxicité (Thijs et al., 2017). Idéalement, ces
plantes ont des systèmes radiculaires étendus et tolèrent une forte concentration des polluants
métalliques (Singh et al., 2017). Les mécanismes moléculaires de l'hyper-accumulation sont
dus à l'adaptation évolutive des processus d'homéostasie des métaux. Certains ont été
identifiés: (1) séquestration des métaux dans les tissus racinaires, (2) transport vers les
composants cellulaires non impliqués dans les processus physiologiques tels que vacuole,
paroi cellulaire, apoplaste et (3) complexation des métaux par les acides organiques et les
23
acides aminés tels que les métallothionéines et les phytochélatines ( Thijs et al., 2017).
Plusieurs plantes ont un potentiel élevé en tant que bio-accumulateur tels que Pteris vittata,
Polygonum perfoliatum L., Agrostis capillaris, Solanum nigrum et Vicia faba. Leur capacité
d’accumuler est estimée à 8500 mg.kg-1 pour plomb, 1000 mg.kg-1 pour le cadmium, 2400 mg
kg-1 pour le cuivre et 7880 mg.kg-1 pour le nickel (Han et al., 2018). Ces dernières années,
différentes approches de génie génétique ont été utilisées pour augmenter la production et la
productivité des plantes hyper-accumulatrices. En combinaison avec les pratiques
agronomiques conventionnelles et le génie génétique, l'absorption des métaux lourds par les
plantes peut être améliorée. Par conséquent, il est urgent d'étudier les hyper-accumulateurs
potentiels conventionnels et génétiquement modifiés, qui peuvent être cultiver dans des sites
contaminés pour éliminer les métaux lourds de façon durable afin de maintenir la qualité
environnementale des écosystèmes (Singh et al., 2017).
La phytoremédiation offre beaucoup plus d'avantages que la technologie

conventionnelle pour accumuler les polluants en raison de leur moindre coût et de leur
sécurité pour les humains et l'environnement. Mais la croissance lente et la faible biomasse
des plantes dans les sols contaminés peuvent limiter l'efficacité de la phytoremédiation. Cela
incite les chercheurs à explorer les possibilités d'améliorer la biomasse des accumulateurs en
utilisant des microorganismes comme des bioinoculants stimulant la croissance des plantes
dans des sites pollués (Choudhary, 2017).
b. Bioremédiation microbienne :
La bioremédiation microbienne revêt une importance parce qu'elle constitue un moyen

efficace et économique d'éliminer les produits toxiques (Mathew et al., 2017). Elle est
effectué par trois processus : phyco-remédiation (utilisation des algues) (Apandi et al., 2018),
myco-remédiation (utilisation des champignons) et bioremédiation bactérienne( Barrech et
al., 2018).
24
Figure 7: Types des micro-organismes utilisés dans les processus de la bioremédiation

(Coelho et al., 2015).
i. Phyco-remédiation :
La phyco-remédiation est l'utilisation des macro- ou micro-algues pour la réduction ou

la biotransformation des polluants, y compris les nutriments et les produits chimiques nocifs
provenant des eaux usées (Kumar et al., 2018). Elle a été appliquée avec succès pour le
traitement des eaux usées en raison de ses caractéristiques écologiques car elle n'implique pas
des produits chimiques nocifs ni une énergie énorme et ne produit pas une grande quantité de
déchets contrairement à d'autres méthodes conventionnelles. Les algues produisent de
l'oxygène qui est utilisé pour dégrader les substances organiques et le dioxyde de carbone
libéré peut être utilisé par les algues pour leur propre croissance (Bansal et al., 2018). Au
cours des dernières décennies, des études ont été entreprises pour le traitement des eaux usées
(Bwapwa et al., 2017) en appliquant des micro-algues telles que Chlorella, Scenedesmus,
Phormidium, Botryococcus, Chlamydomonas, Spiruline, Oscillatoria, Desmodesmus,
Arthrospira, Nodularia, Nostoc, Cyanothece, etc (Mohamed et al ., 2017).
ii. Myco-remédiation :
La myco-remédiation est une approche évolutive offrant des avantages

environnementaux, en plus d'une solution de rechange rentable à d'autres méthodes de
remédiation (Abu-Elsaoud et al., 2017). C’est une des biotechniques qui recrute des
champignons pour éliminer les polluants toxiques de l'environnement de manière efficace et
économique (Kapahi et Sachdeva, 2017). Pour rendre les contaminants moins toxiques et
non dangereux, les champignons exploitent des enzymes (comme peroxidases, ligninase,
cellulases, pectinases, xylanases et oxydases) (Sanjay ,2018) car c'est l'une des méthodes
25
actuelles pour l'élimination et la décomposition des contaminants (Barrech et al., 2018). Un
grand nombre d'espèces fongiques ont montré des capacités incroyables à dégrader une liste
croissante de déchets industriels persistants et toxiques et des contaminants chimiques en une
forme moins toxique ou non toxique (Sanjay, 2018). (Tableau 2).
Tableau 2 : Champignons impliqués dans la bioremédiation des métaux lourds.
l’espece de champignon métaux lourds Références

Aspergillus alliaceus Ag (Cecchi et al., 2017).
Trichoderma harzianum
Simplicillium subtropicum Cu (Ong et al., 2017).
Hg (Wei et al., 2018).
Saccharomyces cerevisiae
Aspergillus aculeatus Fe (Bedi et al., 2018).
iii. Bioremédiation bactérienne :
La bioremédiation bactérienne permet de réduire/éliminer les contaminants organiques

et métalliques par plusieurs procédés biotechnologiques (de Alencar et al., 2017). De
nombreuses bactéries telles que Pseudomonas, Alcaligenes, Sphingomonas, Rhodococcus et
Mycobacterium sont capables de dégrader potentiellement les métaux lourds, les pesticides et
les hydrocarbures en utilisant les polluants comme seule source de carbone et d'énergie
(Mukhtar et al., 2017).
Des travaux ont révélé que l'utilisation des bactéries (PGPR) possédant des
caractéristiques de détoxification des polluants, combinées à des propriétés bénéfiques pour
les plantes, est une méthode prometteuse, rentable et écologique (Peng et al., 2018).
V. Rhizo-remédiation : une interaction bénéfique plante-bactérie :
Les PGPR (rhizobactéries promotrices la croissance des plantes) sont un groupe de

bactéries non pathogènes (Igiehon et Babalola, 2018) colonisant la rhizosphère ou les racines
de nombreuses espèces végétales (Meena et al., 2018), ayant la capacité de stimulter la
croissance des plantes (Daur et al., 2018) directement ou indirectement soit dans des
26
conditions optimales, ou dans des conditions de stress biotiques ou abiotiques (Niu et al.,
2018). Ces bactéries peuvent être classées en bactéries extracellulaires (ePGPR) (Prathap et
Kumari, 2015) existant dans la zone du sol spécifiquement influencée par le système
racinaire (rhizosphère), à la surface des racines (rhizoplane) (Rubin et al ., 2017) ou dans les
espaces entre les cellules du cortex racinaire (Gupta et al., 2015) et des bactéries
intracellulaires (iPGPR) (Prathap et Kumari, 2015) existant dans les racines (endophytes)
(Niu et al ., 2018). Sur la base de leur activités les PGPR sont classées comme biofertilisants
(augmentant la disponibilité des éléments nutritifs aux plantes), phytostimulateurs (améliorant
la croissance des plantes, habituellement par la production de phytohormones), biopesticides
(lutte contre les maladies, principalement par la production de métabolites antibiotiques et
antifongiques) et rhizoremédiateurs (dégradants les polluants) améliorant de manière
significative la croissance des plantes stressées dans les sols contaminés par les polluants
(Peng et al ., 2018).
a. Bioremédiation bactérienne des métaux :
De nombreuses études ont rapportées que les PGPR sont des agents potentiels tolérant
le stress abiotique notamment la tolérance aux métaux lourds (Tiwari et Lata, 2018). Ces
bactéries sont exploitées pour améliorer la croissance des plantes ainsi que pour la
bioremédiation des sites contaminés par les métaux lourds (Mitra et al., 2018). À cette fin,
elles ont développé de nombreuses stratégies telles que la bio-sorption, la bioaccumulation, la
bio-assimilation, la bio-précipitation, la biolixiviation, la biodégradation/ biosynthèse et la
biotransformation (figure 8) (Ahemad, 2014).
i. Bio-sorption :
La bio-sorption bactérienne «L’absorption passive » est principalement utilisée pour
l’enlèvement des polluants non biodégradables, comme les métaux lourds (Mustapha et
Halimoon, 2015). C’est une accumulation indépendante du métabolisme, par la biomasse
vivante ou inactive (Mishra et al., 2017). Ce processus implique la séquestration des métaux
dans différents compartiments cellulaires par différents mécanismes. Parmi eux, l’échange
d’ions, la chélation, l’adsorption par les forces physiques, la complexation, la précipitation, la
transformation du métal et le piégeage d’ions dans les espaces structuraux (Sikdar et Kundu,
2018).
27
La paroi cellulaire des bactéries est le premier composant qui entre en contact avec les
ions métalliques et est donc largement responsable de la bio-sorption des métaux grâce à leur
groupes fonctionnels chimiques (comme sulfhydryle (-SH), hydroxyle (-OH) et carboxyle (–
COOH)) qui ont une affinité pour les métaux lourds (Gutiérrez-Corona et al., 2016 .,
Kumar et al ., 2017).
De plus, les polymères extracellulaires produits par les PGPR montrent une forte
capacité de liaison aux métaux lourds, ce qui a conduit à les utiliser efficacement et avec
succès dans la remédiation et l’élimination des plusieurs métaux (Lal et al., 2018). Les
polysaccharides extracellulaires ou l’exo-polysaccharide (EPS) sont des polymères
biodégradables de haut poids moléculaire formés de résidus monosaccharides et de leurs
dérivés et bio-synthétisés par un large éventail de bactéries, d’algues et de plantes (Sanlibaba
et Cakmak, 2016). Ils sont capables d’absorber les métaux lourds (Mohite et al., 2018), en
raison de leur structure particulière, de leurs propriétés physicochimiques et leur stabilité
chimique, qui résultent de la présence des groupes fonctionnels (groupes hydroxyle,
carboxyle, amino, phosphate) (Dobrowolski et al., 2017). Ces groupements responsables de
la nature acide (propriété anionique) des EPS réagissent avec les ions métalliques chargés de
manière opposée (métaux lourds cationiques comme Cd2+, Pb2+, Co2+ et Ni2+…) et forment
des complexes métal-EPS (Kaushal et Wani, 2016). Certains des EPS bactériens
commerciables avec l’anionicité requise sont : alginate (Pseudomonas aeruginosa,
Azotobacter vinelandii), gellan (Sphingomona spaucimobilis), hyaluronane (Pseudomonas
aeruginosa, Pasteurella multocida, souches atténuées de Streptococci), xanthane
(Xanthomonas campestris), galactopol (Pseudomonas), fucopol (Enterobacter A47) (Gupta
et Diwan, 2017).
ii. Bio-accumulation :
La bioaccumulation (transport actif d’ions métalliques) est un mécanisme actif employé
par les PGPR pour réduire la disponibilité des métaux lourds (Etesami et Maheshwa, 2018).
C’est un processus complexe qui implique l’absorption des métaux à l’intérieur des cellules
bactériennes où le métal est séquestré (Ma et al., 2016). Ce mécnisme ne se produit que dans
les cellules vivantes et nécessite un métabolisme énergétique (hydrolyse d’ATP) pour le
transport des métaux à travers la membrane cellulaire grâce à des systèmes de transport
spécialisés (protéines de transport tel que ATP ases / RND /CDF) ( Gutiérrez-Corona
et al ., 2016 ., El Aafi , 2016).
28
Lorsque les cellules sont exposées à des concentrations toxiques en métaux lourds, il se
produit une induction de l’expression des peptides riches en cystéine (métallothionéines
(MTS), du glutathion (GSH) ou de la phytochélatine (PCS) (Mosa et al., 2016). Ces
peptides, à faible poids moléculaire ont une haute affinité pour les métaux (Mishra et al.,
2017). Leurs caractéristiques principales sont :
 former des complexes avec des métaux tels que Cd2+, Fe2+, Hg2+, Cu2+, et Zn2+, grâce
à la présence des groupes thiol (SH) dont la structure chimique permet la capture
d’ions métalliques (Mosa et al., 2016).
 Des composés importants qui agissent comme des antioxydants pour combattre les
ROS (Perpetuo et al., 2011).
La première métallothionéine caractérisée chez les bactéries, Smt A de Synechococcus
PCC7942, séquestre et détoxifie Cd2+. Des protéines de type SmtA ont également été
rapportées chez certaines bactéries PGPR telles que Anabaena, P. aeruginosa et P. putida
(Sharma et Archana, 2016).
iii. Bio-assimilation :
Les PGPR sont capables de produire des sidérophores qui chélatent le fer ainsi que
d'autres métaux lourds comme le cadmium, le plomb, le nickel, l'arsenic, l'aluminium, le
magnésium, le zinc, le cuivre et le cobalt (Verma et al., 2017). Les sidérophores sont des
métabolites secondaires de bas poids moléculaire. Ce sont des composés peptidiques
possédant des chaînes latérales et des groupes fonctionnels ayant une haute affinité pour les
ions métalliques et les transporter à travers la membrane cellulaire. Ils sont classés sur la base
de leurs caractéristiques structurales et fonctionnels en quatre classes principales ;
carboxylates, hydroxamates, catécholates et types mixtes (Arora et Verma, 2017; Ahmed et
Holmström, 2014). De nombreuses bactéries, telles que les actinomycètes, Azotobacter et
certains genres de Pseudomonas, synthétisent ces substances pour capturer les ions
métalliques, (ex. aérobactine, de Aerobacter aerogenes, schizokinen produit par Bacillus
megaterium , arthrobactin excrété par Arthrobacter , Rhizobactin de Rhizobium meliloti,
Pyoverdine et pyochéline ( pourraient chélater une large gamme de métaux tels que Ag +,
Al3+,, Cd2+, CO2+, Cr2+, Cu2+, Eu2+, Ga2+, Hg2+, Mn2+, Ni2+, Pb2+, SN2+, TB3+, TL+, et
Zn2+ ) produits par Pseudomonas aeruginosa et Pseudomonas fluorescents (Ahmed et
Holmström, 2014), la ferrioxamine synthétisée par Pantoea sp (Chauhan et al., 2015).
29
iv. Bio-précipitation :
La bio-précipitation est la méthode la plus courante pour l'élimination des polluants

dissous dans les eaux usées (Akpor et al ., 2014). Elle survient lorsque les bactéries
produisent et / ou excrètent des substances qui réagissent chimiquement avec les espèces
métalliques présentes dans les eaux usées produisant des composés métalliques insoluble
(c'est-à-dire la conversion des métaux de leur phase aqueuse en phase solide). Les espèces
métalliques solubles et les radionucléides sont transformés en hydroxydes, carbonates,
phosphates et sulfures insolubles (Akpor et al ., 2014., Janyasuthwiong et Rene , 2017).
Au cours des dernières années, des efforts considérables ont été consacrés à l'application
de la phosphatase pour la biorémédiation des métaux lourds et des radionucléides provenant
des déchets industriels (Chaudhuri et al., 2013). Cette enzyme précipite les ions métalliques
sous forme de phosphate- métal insoluble (Chaudhuri et al., 2013). Certaines souches de
Citrobacter utilisent les phosphates pour précipiter le Cd à l’extérieur de la cellule pour éviter
son entrée (Mohamad, 2018). Citrobacter freundii précipite le Pb (II) sous forme de
phosphate extracellulaire (PbHPO4). Cette précipitation de Pb (II) est vraisemblablement une
conséquence de l'hydrolyse du phosphore organique par une phosphatase sur la surface
cellulaire (Jarosławiecka et Piotrowska-Seget, 2014).
v. Biolixiviation :
Les PGPR produisent des acides organiques de bas poids moléculaire (par exemple des
acides gluconiques, oxalique et citrique, etc…), qui jouent un rôle important dans la
détoxification des sites polluées par la complexation des métaux lourds (ayant une affinité
pour former des complexes avec les métaux lourds) et augmentent leur mobilité pour
l'absorption des plantes (Etesami et Maheshwari, 2018). Ces procédés sont appliqués pour
nettoyer les effluents, les eaux usées et les sols contaminés (Bishnoi, 2015).
vi. Biotransformation :
La biotransformation (par exemple, méthylation / réduction, désalkylation / oxydation)

peut modifier la forme chimique des métaux lourds, altérant leur mobilité, toxicité et
biodisponibilité (Peng et al., 2018). Les PGPR ont le potentiel de minimiser les effets
délétères des métaux lourds par la méthylation (Hassan et al., 2017). Ces bactéries peuvent
30
transférer un groupe méthyl aux métaux, ce qui donne des composés de métaux méthylés,
pouvant différer en volatilité, solubilité et toxicité (Lal et al ., 2018).
Huang et al., 2018 montrent que la souche Bacillus sp . CX-1 isolé d'un compost de fumier a
une capacité élevée de méthyler l'As, une bactérie méthylante As (III). Cette transformation
biologique est catalysée par les enzymes As (III) S-adénosylméthionine méthyltransférase
appelée BlArsM. Les souches Pseudomonas sp. , Alcaligenes sp. , Acinetobacter sp. ,
Flavobacterium sp., Aeromonas sp., et Bacillus sp. catalysent la méthylation de Pb (II). Par
exemple, Aeromonas sp., isolée du lac Ontario, a transformé l'acétate de plomb en plomb
tétraméthyle (Me4Pb). Cette réaction a été observée à la fois dans l'eau du lac et dans les
cultures de laboratoire (Jarosławiecka et Piotrowska-Seget, 2014).
Les biosurfactants ont été largement étudiés dans la bioremédiation des métaux
(Govarthanan et al ., 2017). Ils sont des molécules amphiphiles contenant des groupes
polaires (groupes hydrophiles) et non polaires (groupes hydrophobes) et possèdent des
propriétés liées à la surface ou à l’interface (Govarthanan et al., 2017 ; Camargo et al.,
2016). Ils présentent plusieurs avantages ; la biodégradabilité, la faible toxicité, la forte
activité de surface et le rendement élevé même dans des conditions environnementales
extrêmes (Zhong et al., 2017). Ils ont été classés selon leur composition chimique et leur
origine microbienne, en 4 groupes : Glycolipides (les rhamnolipides produits par
Pseudomonas aeruginosa et Pantoea sp.), lipopolysaccharides (émulsan produit par
Acinetobacter), lipopeptides (la surfactine produite par Bacillus subtilis), phospholipides
(acides gras, lipides neutres de Corynebacterium) (Ndlovu, 2017).
Les biosurfactants anioniques créent des complexes avec les métaux cationiques par
l’intermédiaire des liaisons ioniques (Liu et al., 2018). Alors que les biosurfactants
cationiques peuvent remplacer les mêmes ions par compétition avec certaines surfaces
chargées négativement (échange d'ions). Les ions métalliques peuvent également être
éliminés par des micelles des biosurfactants (les métaux lourds s'attachent aux micelles par
des interactions électrostatiques) (Sarubbo et al., 2015).
31
Figure 8: Représentation de divers types d'interactions bactériennes avec des métaux

lourds dans des sols pollués (Ahemad , 2014).
b. Bioremédiation bactérienne des pesticides :
La toxicité ou la contamination par les pesticides peut être réduite par la capacité
naturelle des micro-organismes à décontaminer. En théorie, les pesticides peuvent être
complètement minéralisés en eau et en dioxyde de carbone (Alvarez et Polti, 2016). Parmi
les diverses communautés microbiennes, les PGPR tels que les genres Alcaligenes,
Arthrobacter, Bacillus, Burkholderia, Pseudomonas, Rhodococcus, Serratia, Sphingomonas,
Stenotrophomonas, Streptomyces, ont des applications potentielles dans la bioremédiation des
pesticides par différents mécanismes (Shahid et al., 2018).
Les enzymes hydrolytiques sont le plus souvent utilisées pour la réduction de la toxicité
des pesticides car elles perturbent les liaisons chimiques majeures des composés organiques
toxiques tels que les esters, les liaisons peptidiques, les liaisons carbone-halogénures, etc.
Parmi ces enzymes, le déshalogénase DhaA de Pseudomonas pavonaceae 170 et LinB de
Sphingomonas paucimobilis UT26 qui sont les haloalcane déshalogénases les plus étudiées et
utilisées pour la dégradation des pesticides (Sharma et al., 2018). La carbaryl hydrolase
purifié d'Arthrobacter sp. hydrolyse trois insecticides N-méthylcarbamate ; carbaryl,
xylylcarb et metolcarb (Hussain et al., 2013).
32
Les biosurfactants jouent un rôle majeur dans la biodégradation de certains pesticides
difficilement dégradables en raison de leur faible solubilité dans l'eau et, par conséquent, de
leur faible biodisponibilité. Les biosurfactants augmentent la solubilité aqueuse des pesticides
et leur disponibilité aux microorganismes pour favoriser leur biodégradation, par exemple le
biosurfactant extrait de Pseudomonas sp. B0406 (souche avec des propriétés tensioactives),
provoque la solubilité de deux pesticides: Endosulfan et méthyl parathion (García-Reyes et al
., 2017). Au cours des deux dernières décennies, la biodégradation des pesticides par les
microorganismes producteurs de biosurfactants comme la PGPR Pseudomonas rhizophila
S211 (une nouvelle rhizobactérie isolé d'un champ d'artichaut contaminé par des pesticides
favorisant la croissance des plantes avec un potentiel de biorémédiation des pesticides) a fait
l'objet d'études approfondies (Hassen et al., 2018).
c. Bioremédiation bactérienne des hydrocarbures pétroliers :
La remédiation des environnements contaminés par les hydrocarbures reste difficile en

raison de leur faible solubilité, de leur absence de polarité et de leur nature hydrophobe
(Partovinia et Rasekh, 2018). Les bactéries sont la classe de micro-organismes activement
impliqués dans la dégradation des polluants organiques. Un certain nombre d'espèces
bactériennes sont connues pour dégrader les hydrocarbures pétroliers (Bisht et al., 2015) . Il
existe des espèces spécifiques ayant la capacité de dégrader les aliphatiques, certaines peuvent
dégrader les composés aromatiques mono-aromatiques ou poly-aromatiques, tandis que
d'autres dégradent les résines (figure 10) (Fatima et al., 2017).
33
Figure 9: Espèces bactériennes impliquées dans la dégradation des différents types

d'hydrocarbures pétroliers (Fatima et al., 2017).
La plupart d'entre elles, sont isolés des sites pollués (Bisht et al., 2015). Par exemple
Pseudomonas aeruginosa, Pseudomons fluoresens, Rhodococcus spp. Sphingomonas font
partie du groupe bactérien isolé de l'environnement antarctique pollué par les hydrocarbures et
sont parmi les bactéries les plus couramment étudiées dans la dégradation des HAP
(Koshlaf et Ball, 2017 ., Bisht et al., 2015 ). La stratégie des bactéries dans la dégradation
des hydrocarbures pétroliers est généralement basée sur l’utilisation des enzymes et des
biosurfactants (Singh et al., 2017).
Les enzymes jouent un rôle majeur dans la biodégradation des hydrocarbures car elles
les convertissent en composés inoffensifs (dioxyde de carbone et l'eau) (Habib et al., 2018).
Les oxygénases sont les principales enzymes dans la dégradation aérobie des hydrocarbures
aromatiques, catalysent le clivage de l'anneau des composés aromatiques en ajoutant une ou
deux molécules d'oxygène à l'étape essentielle de leur dégradation. Selon le nombre de
molécules d'oxygène impliquées, les oxygénases sont classées en deux sous-classes: mono-
oxygénase (catalysant l'addition d'une molécule d'atome d'oxygène) et di-oxygénase
(catalysant l'addition de deux molécules d'atome d'oxygène) (Sharma et al., 2018). Par
exemple le P450 mono-oxygénase isolée de Bacillus megaterium BM3 a la capacité de
dégrader une variété de substrats tels que les acides gras et les composés aromatiques
34
(Roccatano, 2015), la naphtalène dioxygénase isolée de Pseudomonas putida impliquée dans
la dégradation du naphtalène, la toluène dioxygénase (TOD) produite par Pseudomonas
putida F1 catalyse la dégradation du toluène (Sharma et al., 2018).
De plus, les bactéries peuvent entrer en contact avec les hydrocarbures par la production
des biosurfactants leur permettant de former des micelles qui s'accumulent à l'interphase
entre des liquides de polarités différentes comme l'eau et l'huile, réduisant ainsi la tension
superficielle et facilitant l'absorption et l'émulsification des hydrocarbures. En général, les
agents tensio-actifs agissent comme des agents émulsifiants en diminuant la tension de
surface et en formant des micelles, qui encapsulent les hydrocarbures pétroliers avant qu'ils ne
soient absorbés et dégradés par les cellules (Habib et al., 2018) (figure 11). Khan et al.,
2017) signalent le potentiel de quatre souches bactériennes Pseudomonas poae BA1,
Acinetobacter bouvetii BP18, Bacillus thuringiensis BG3 et Stenotrophomonas rhizophila
BG32 pour la dégradation des hydrocarbures par des biosurfactants .
Figure 10: Action des biosurfactants sur l'absorption des hydrocarbures (Das et
Chandran, 2011).
35
VI. Autres activités des PGPR :
Le développement d'une souche microbienne tolérante au stress, associée aux racines

des cultures peut conduire également à l'amélioration de la fertilité des sols pollués. Les
PGPR peuvent favoriser la croissance des plantes des environnements stressants par divers
mécanismes :
a. Biodisponibilité des éléments nutritifs :
Les PGPR utilisent différents mécanismes pour permettre de rendre certains éléments
nutritifs disponibles aux plantes. Les bactéries fixatrices d'azote généralement classés en
bactéries symbiotiques des légumineuses (par exemple, le Rhizobium) et non légumineuses
(par exemple, Frankia), et en bactéries non symbiotiques (vie libre, associative et endophytes)
transforment le N2 atmosphérique en ammoniac assimilable par les plantes en utilisant un
système enzymatique complexe connu sous le nom de nitrogénase (Tsegay et al., 2017). Les
PGPR utilisent également des mécanismes pour solubiliser les complexes de phosphates
(Goswami et al., 2016). Le mécanisme principal utilisé par les bactéries pour la solubilisation
du phosphate inorganique est la production des composés minéraux tels que les ions
hydroxyle, les protons, les sidérophores, le dioxyde de carbone (CO2) et des acides organiques
(y compris l'acide gluconique, l'acide α-cétobutyrique, l'acide 2-cétogluconique, l’acide
lactique ,ect… ), qui réduisent le pH du sol pour libérer le P (Alori et al., 2017 ;
Satyaprakash et al., 2017). Pour minéraliser le P organique, les PGPR produisant des
phosphatases (ex : la phytase, la phosphonoacétate hydrolase, la D-α-glycérophosphatase et la
C-P lyase) qui stimulent l'hydrolyse des esters phosphoriques et convertissent le phosphore
organique en forme disponible pour les plantes (Giles et al., 2015 ; Singh et Singh, 2018).
Parmi les PGPR, Pseudomonas, Bacillus, Rhizobium et Enterobacter, Bacillus megaterium,
B. circulans, B. subtilis, B. polymyxa, B. sircalmous, Pseudomonas striata, Enterobacter et
Pantoea agglomerans sont les solubilisants de P les plus puissants (Satyaprakash et al .,
2017).
36
Figure 11: Acides organiques produits par les PGPR pour la solubilisation des
phosphates (Alori et al., 2017).
Les PGPR sont également capables de solubiliser des sources de potassium insolubles
par la production et la sécrétion d’acides organiques (oxalate, succinate et citrate) dans la
rhizosphère. Par conséquent ces bactéries améliorent la fertilité du sol et la biodisponibilité du
potassium aux plantes (Figueiredo et al., 2016). Les PGPR solubilisant le potassium tel
qu’Acidothiobacillus ferrooxidans, Bacillus edaphicus, Bacillus
mucilaginosus, Burkholderia, Paenibacillus sp. et Pseudomonas ont été récemment rapporté
(Liu et al ., 2012). Un autre composant important, catalysant de nombreuses réactions
métaboliques chez les plantes et nécessaire pour la production des phytohormones telles que
l'acide abscissique, les auxines, les gibbérellines et les cytokinines est le Zn. Par
conséquent, la carence en Zn affecte gravement divers processus vitaux chez les plantes
(Tsegaye et al., 2017). Les PGPR solubilisent le Zn en
produisant différents acides organiques tels que l'acide 2-ketogluconique, acide 5
ketogluconique pour la mobilisation du Zn. D'autres mécanismes éventuellement impliqués
dans la solubilisation du zinc comprennent la production des sidérophores et des protons
(Kamran et al., 2017).
Les PGPR peuvent sécrèter des composés de faible poids moléculaire (500-1000 dt)
chélatant les métaux avec une haute affinité appelé sidérophore (Basu et al., 2017). Le
sidérophore chélate le fer et d’autres métaux à partir des phases minérales par la formation de
37
complexe soluble sidérophore-métal qui se lie ensuite à des récepteurs spécifiques à la surface
de la cellule bactérienne pour être absorber par un mécanisme de transport membranaire
dépendant de l'énergie et de le rendre disponible pour les plantes (Pahari et Mishra, 2017 .,
Patni et al., 2018).
De plus, les bactéries productrices d’exopolysaccharides (EPS) jouent un rôle crucial
dans la croissance des plantes et la production agricole en retenant le potentiel hydrique, en
agrégeant les particules du sol, en assurant un contact entre les racines des plantes et les
rhizobactéries, en protegeant l'hôte dans des conditions de stress ou de pathogenèse par les
attaques de micro-organismes pathogènes (Noumavo et al., 2016). Les PGPR produisant des
EPS, telles que Rhizobium leguminosarum, Azotobacter vinelandii, Bacillus drentensis,
Enterobacter cloacae, Agrobacterium sp ., Xanthomonas sp., et Rhizobium sp., jouent un rôle
important en augmentant la fertilité des sols et en contribuant à une agriculture durable
(Gouda et al ., 2018).
Figure 12: Mécanismes d'action des PGPR améliorant le déséquilibre nutritionnel chez
les plantes (Etesami et Maheshwari, 2018).
b. Modulation des niveaux des phytohormones :
Les phytohormones et les régulateurs de croissance des plantes telles que les
gibbérellines, les cytokinines, et les auxines (Sureshbabu et al., 2016) sont des substances
organiques qui, à de faibles concentrations (<1 mM), favorisent, la croissance et le
développement des plantes (Damam et al., 2016 ). La production de ces phytohormones peut
être induite par certaines bactéries PGPR (Gouda et al., 2018). L'auxine est une
38
phytohormone qui régule directement ou indirectement la plupart des processus végétaux.
Elle déclenche un certain nombre de fonctions cellulaires allant de la différenciation des tissus
vasculaires, l'initiation des racines latérales et adventives, la stimulation de la division
cellulaire, l'élongation des tiges et des racines et l'orientation de la croissance des tiges en
réponse à la lumière (Odoh , 2017). L'acide indole-3-acétique (AIA) est une phytohormone
commune appartenant à la classe des auxines. Elle joue un rôle important dans la croissance et
le développement des plantes car elle induit l'élongation et la division des cellules
(Vurukonda et al., 2018).
Les gibbérellines sont un groupe d'hormones qui remplit diverses fonctions dans
l'organisme végétal (Tsukanova et al., 2017). La cytokinine est une hormone dérivée de
l'adénine impliquée dans la régulation de divers processus de développement des plantes
(Miri et al ., 2016). Les gibbérellines sont les principaux régulateurs de la formation des
organes reproducteurs et de la maturation des fruits et des graines viables (Plackett et
Wilson, 2016). Elles sont synthétisées par des bactéries rhizosphériques , y compris les
genres Azospirillum, Bacillus, Pseudomonas, Rhizobium, Azotobacter, Arthrobacter,
Agrobacterium, Clostridium, Flavobacterium et Xanthomonas ( Kong et Glick, 2017).
39
Figure 13: Mécanismes de PGPR pour promouvoir directement la croissance des plantes
(Kong et Glick, 2017).
c. Mécanismes de biocontrôle :
Les plantes en milieu pollué deviennent plus vulnérables aux maladies causées par des
champignons pathogènes. L'utilisation d'antagonistes microbiens spécifiques stimule
davantage la croissance des plantes dans les écosystèmes dégradés (Paul et Nair, 2008). Les
PGPR utilisées comme des agents de lutte biologique contre les phytopathogènes synthétisent
une variété de composés antibiotiques et antifongiques y compris les enzymes lytiques, les
sidérophores, HCN etc… (Srivastava et Singh, 2017).
La production d'un ou de plusieurs antibiotiques est le mécanisme le plus important des

PGPR, ce qui facilite l'antagonisme contre de nombreux phytopathogènes (Sahu et al., 2018).
Il existe 6 classes d’antibiotiques produites par les PGPR et liées au contrôle des maladies
racinaires : les phénazines, les phloroglucinols, la pyolutéorine, la pyrrolnitrine, les
lipopeptides cycliques et le cyanure d'hydrogène. Les Bacillus sont parmi les
microorganismes les plus prédominants dans le sol et produisent environ 167 types
d'antibiotiques différents (Pathak et al., 2017). Les PGPR produisent également des
métabolites contribuant à l'antibiose et au contrôle des agents phytopathogènes, utilisés
comme systèmes de défense impliquant la production d'enzymes hydrolytiques telles que les
40
chitinases, les glucanases les protéases, les lipases et les cellulase etc… (Odoh, 2017). Ces
enzymes digèrent ou déforment les composants de la paroi cellulaire fongiques des
phytopathogènes. Ils décomposent également la matière organique non vivante et les résidus
végétaux pour obtenir une nutrition carbonée (Tariq et al., 2017). En plus des enzymes les
sidérophores produits par les PGPR sont considérés comme des agents de lutte biologique
puisqu’ils empêchent certains phytopathogènes d'acquérir une quantité suffisante de fer,
limitant ainsi leur capacité à proliférer (Gupta et al., 2017). Ils ont une forte affinité pour le
fer par rapport aux autres agents pathogènes fongiques, c'est pourquoi le pathogène fongique
ne peut pas proliférer dans la zone racinaire des plantes en raison de la faible teneur en fer
(Numan et al., 2018).
Des composés antimicrobiens volatils tels que l’HCN sont produits par des
nombreuses espèces de rhizobactéries impliqués à large spectre dans le contrôle biologique
des maladies des racines puisqu’ils empêchent la prolifération et le développement des
micro-organismes pathogènes ( Dorjey et al., 2017 ; Chennappa et al., 2018 ) l’HCN est un
gaz volatil qui inhibe la cytochrome oxydase (le dernier composant de la chaîne respiratoire
aérobie) , ainsi que d'autres métallo-enzymes essentielles ( Nandi et al., 2017). De nombreux
genres bactériens tels que Rhizobium, Pseudomonas, Alcaligenes, Bacillus et Aeromonas se
sont révélés être des producteurs de HCN (Das et al., 2017; Olanrewaju et al., 2017). Les
composés organiques volatiles (COV) sont des composés métaboliques gazeux de faible
poids moléculaire. Ils jouent un rôle utile ; en contrôlant les phytopathogènes, en stimulant la
croissance des plantes et en induisant une résistance systémique (Tahir et al., 2017). Des
espèces bactériennes particulières de genres divers, y compris Pseudomonas, Bacillus,
Arthrobacter, Stenotrophomonas, Serratia,et Bacillus spp produisent des COV (Gouda et al.,
2018).
Les PGPR fournissent une stratégie alternative pour protéger les plantes contre les
maladies via la résistance systémique induite (ISR) (Goswami et al., 2016). Cette stratégie
est généralement définie comme l'activation des mécanismes de défense latents chez les
plantes avant une attaque de pathogène (Dorjey et al ., 2017). Elle n’est pas spécifique contre
un pathogène particulier, mais elle aide la plante à contrôler de nombreuses maladies (Gouda
et al ., 2018). Elle est associée à une synthèse accrue de certaines enzymes telles que la
peroxydase, SOD, CAT et APX à des taux accrus (Gouda et al ., 2018), de certaines
protéines solubles et à l'accumulation des phytoalexines induites dans le tissu végétal (Dorjey
et al ., 2017).
41
Figure 14: Mécanismes de biocontrôle des PGPR (Shaikh et Sayyed, 2015).
d. Moyens de réponse au stress :
Il existe plusieurs mécanismes par lesquels les bactéries peuvent faire face au stress
i. Rôle de l’éthylène :
L’ethylène produit de manière endogène par les plantes a plusieurs effets sur leur
développement et agit comme molécule secondaire de signal dans l’induction des défenses de
la plante. De nombreuses PGPR atténuent les effets du stress abiotique appliqués sur les
plantes en réduisant les niveaux d'éthylène, une hormone libérée pendant le stress. L'éthylène
est impliqué dans beaucoup de processus physiologiques. En outre, il agit comme messager
des stress biotique et abiotique (Saikia et al., 2018) En dépit d'agir comme régulateur de
croissance des plantes, à des concentrations élevées, il affecte négativement beaucoup
d'étapes physiologiques des plantes (Menendez et Garcia-Fraile, 2017).
ii. Aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) désaminase :

L’1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) désaminase est une enzyme
cytoplasmique produite par certaines rhizobactéries qui favorisent le développement des
plantes en réduisant leur production d’éthylène (Menendez et Garcia-Fraile, 2017). Les
PGPR produisant cette enzyme peuvent ainsi soulager la plante de plusieurs stress. La
dégradation de l'ACC qui est un précurseur de l'éthylène, réduit sa biosynthèse dans la plante.
La régulation de l’éthylène chez les plantes par les PGPR est maintenant bien connue. Ces
rhizobactéries s’attachent aux racines et métabolisent des exsudats racinaires tels que le
42
tryptophane en le transformant en auxines particulièrement en AIA. Cet AIA rhizobactérien
ainsi que l’AIA endogène de la plante peuvent stimuler la prolifération et l'élongation
racinaires mais ils peuvent aussi induire l'activité de l'ACC-synthase qui produit de l’ACC
(Ravanbakhsh et al., 2018). Une partie de l'ACC de la plante est excrétée et dégradée par
l’ACC-désaminase des rhizobactéries en ammoniaque et α-cétobutyrate, composés
rapidement métabolisés par les bactéries (Raheem et al., 2018 ., Menendez et Garcia-Fraile,
2017). Une partie importante de l’ACC peut être exsudée par les racines et elle est ensuite
consommée par la microflore du sol ou hydrolysée par l’ ACC désaminase produite par
certains microorganismes, par conséquent la diminution de l’ACC entraine l’abaissement du
taux d'éthylène dans la plante (Kumari et al., 2018).
Figure 15: Stimulation de la croissance des plantes par une PGPB contenant l'ACC
désaminase (Olanrewaju et al., 2017).
43
iii. Activité antioxydante

Dans des conditions de stress, la génération des substances réactives à l’oxygène (ROS)
tels que les radicaux superoxyde (O2- et OH-), et le peroxyde d'hydrogène (H2O2) modifie
l'activité antioxydante. Les ROS provoquent des dommages oxydatifs à des biomolécules
telles que les lipides et les protéines et conduisent finalement à la mort de la plante (Del Rio
et al., 2003). Les PGPR pour contrecarrer peuvent produire des enzymes antioxydantes telles
que la superoxyde dismutase (SOD), la peroxydase (POX) et la catalase (CAT) et des
antioxydants non enzymatique tels que l'ascorbate, le glutathion, et l’α- tocophérol (Han et
Lee, 2005).
Enfin, en cas de stress les cellules font également appel à des solutés compatibles organiques
de faible poids moléculaire. L'accumulation de ces solutés, dans des limites intrinsèques, est
une réponse très répandue dans le monde microbien et végétal. La diversité des solutés
compatibles est grande mais se limite à quelques grandes catégories de produits chimiques,
qui sont généralement des acides aminés ou leurs dérivés, et des hydrates de carbone ou leurs
dérivés.
44
MATERIEL ET METHODES
Matériel et méthodes
Matériel et Méthodes :
Les manipulations effectuées dans ce travail consistent à évaluer dans un premier temps
l’effet de l’eau usée à différentes concentrations sur la germination du blé exprimé par la
mesure des paramètres morphologiques des plantes. Puis de tenter dans une seconde partie
d’estimer in vivo l’effet des bactéries PGPR sur la croissance et sur les paramètres
morphologiques, physiologiques et biochimiques du blé dur irrigué par les eaux usées.
Matériel végétal
Les graines d’une variété locale de blé dur Waha (Triticum durum L.c.v Waha ) sont
utilisées. Elles ont été fournies par l’Institut Technique des Grandes Cultures (I.T.G.C.) de
Sétif, Algérie.
Prélèvements des eaux usées :

Les eaux usées ont été collectées de l’Oued El Malah (canal d'irrigation), wilaya de
Sétif. Elles ont été conservées à 4°C puis transportées au Laboratoire.
Figure 16: Localisation géographique de l’Oued el Malah
Souches bactériennes :
Deux souches sont utilisées pour l’inoculation des graines, Pantoea sp et Bacillus sp D13.
Elles proviennent d’une collection du laboratoire de microbiologie appliquée de l'Université
Ferhat Abbas, Sétif, Algérie.
45
Tolérance des bactéries aux polluants :
Pour déterminer la capacité des souches à croitre en présence d’eau usée, des numérations
sont effectuées sur gélose nutritive préparée avec l’eau usée à différentes concentration
(100%, 50%, 20%, 10 %, 5%). Une série de dilution jusqu’à 10-7 à partir des cultures
bactériennes de 24h sont étalés à la surface des géloses à base d’eau usée. Un milieu témoin
est préparé de la manière standard. Les boites sont incubées à 30°C/48h. L’expérience est
realisée en duplicata et le nombre de bactéries exprimé en UFC/ml est calculé selon la
formule suivante :
∑𝑐
𝑁(𝑈𝐹𝐶/𝑚𝑙 ) =
(𝑛1 + 0,1𝑛2)𝑑𝑉
Tolérance des bactéries aux métaux lourds :
La tolérance des bactéries à différents métaux lourds (Co, Pb, Hg et Cd) est testée sur milieu
LB gélosé contenant des concentrations croissantes de métaux (50, 100, 500 et 1000ppm).
L’ensemencement consiste à déposer des spots de 2µl de la culture bactérienne à la surface de
la gélose. Le milieu LB sans métaux lourds est considéré comme témoin. L’incubation se fait
à 30°C/4jours et la concentration minimale inhibitrice (CMI) est déterminée par la plus faible
concentration inhibant la croissance bactérienne après 4 jours. Toutes les expériences ont été
réalisées en duplicata.
Test de germination en présence d’eau usée :
Stérilisation des graines de blé dur :
Les graines de blé sont stérilisées à l’éthanol 70 % pendant 20 secondes, puis émergées dans
une solution d’hypochlorite de sodium à 30 % pendant 30 minutes suivies de
plusieurs rinçages à l’eau distillée stérile .
Conditions de culture :
Les graines stériles sont transférées dans des boîtes de Pétri (30 graines / boite) contenant du
papier filtre. Les boites reçoivent un volume de10ml d’eau distillée (témoin) et différentes
concentration d’eaux usées diluées comme suit :
46
- Eau usée pure (100%), diluée au ½ (50%), au 1/5 (20%), au 1/10 (10 %), et au 1/20
(5%).
Les boites sont ensuite incubées à 25°C, à l'obscurité pendant 15 jours. Trois répétitions sont
effectuées pour chaque traitement. Les graines sont considérées comme germées lorsque la
coléoptile est visible et mesurable (c'est-à-dire > 1 mm). Les paramètres de germination sont
calculés comme suit :
Pourcentage de germination (GP) : est calculée en divisant le nombre de graines germées
par le nombre total de graines en utilisant l'équation suivante :
GP = (graines germées / graines totales) × 100.
Vitesse de germination (GS) : est une estimation de la qualité et de la performance des
semences. Celles ayant des valeurs plus élevées sont considérées comme de meilleure qualité
et de meilleure performance. Il est calculé selon l’équation suivante :
SG = n1 / d1 + n2 / d2 + n3 / d3 + ...
Où, n = nombre des graines germées, d = nombre des jours.
Temps moyen de germination (MGT) : est un indice de rapidité et de la vitesse de
germination des graines et est estimé comme suit
MGT = n1 × d1 + n2 × d2 + n3 × d3 + ... / nombre total de jours.
Moyenne quotidienne de germination (MDG) : est un indice de la vitesse de germination
journalière et une estimation de la complétude de la germination et est estimé selon l’équation
suivante :
MDG = Nombre total de graines germées / nombre total de jours.
Valeur maximale de la germination (PV):
PV = plus grande graine germée / nombre de jours.
Taux de mortalité (SM) :
SM = (nombre de graines non germées / nombre de jours) × 100.
Croissance végétale en pots en présence de bactéries et d’eaux usées :
Préparation de l’inoculum :
Les souches Pa et D13 sont cultivées dans 50ml de milieu LB à 30°C/48 h. Après incubation,
les cultures sont centrifugées à 3000 rpm pendant 15-20 minutes. Les culots sont lavés deux
fois à l’eau distillée stérile puis repris dans 50 ml d’eau distillée à une densité finale atteignant
108 (DO 600nm = 0.5).
47
Condition de culture :
Les graines stérilisées comme précédemment sont mises à germer à 4°C/2jours à l’obscurité.
Les graines ainsi germées sont inoculées avec la suspension bactérienne pendant 1h. Les
graines non inoculées sont trempées dans de l’eau distillée. Les graines sont transférées dans
des pots en plastique (10cmΦ) remplis de tourbe à raison d’une graine/pot. Pour chaque
traitement trois lots sont utilisés et chaque lot comporte six pots. Chaque lot est irrigué au
besoin avec soit l’eau distillée (témoin) ou l’eau polluée (100%) ou bien l’eau polluée (5%).
Analyse des paramètres morpho-biochimiques :
Paramètres mophologiques :
Après une croissance de 3 semaines les plantes sont récoltées et lavées à l’eau distillée. Les
racines et les tiges sont séparées puis les paramètres de croissance ; longueur des tiges et des
racines, nombre de racines primaires et secondaires, poids frais et sec des tiges et des racines
de blé sont mesurés.
Paramètres biochimiques :
Estimation de la malondialdéhyde (MDA) :
La peroxydation des lipides est déterminée en mesurant la formation de malondialdéhyde

(MDA) en utilisant la méthode à l'acide thiobarbiturique décrite par Madhava Rao et Sresty
(2000). 0,2 g de feuilles fraîches sont homogénéisés dans 1 ml d'une solution à d'acide
trichloracétique (TCA à 0,1%) et centrifugé pendant 15 minutes à 10000 rpm. Le surnageant
est mélangé avec 0,8 ml de TCA (20%) prémélangé avec TBA (acide 2-thiobarbutirique,
0,5%) et chauffé pendant 30 minutes à 95 ° C puis refroidi sur glace pour arrêter la réaction.
Le mélange est centrifugé à 10000 rpm pendant 15 minutes et l'absorbance du surnageant et
lue à 532 nm. La teneur de malondialdéhyde (MDA) a été estimée en utilisant le coefficient
d'extinction molaire de 155 mM -1 cm -1.
Détermination de la teneur en H2O2 :
Le peroxyde d'hydrogène (H2O2) a été évalué par spectrophotométrie après réaction avec
l'iodure de potassium (KI), selon la méthode de Velikova et Loreto (2005). Les tissus
foliaires (0,1 g) ont été homogénéisés dans un bain de glace avec 1 ml d'acide trichloracétique
(TCA) à 0,1% (p/v). L'homogénat est centrifugé à 12 000 rpm pendant 15 minutes et 0,5 ml
du surnageant sont ajoutés à 0,5 ml de tampon phosphate de potassium 10mM (pH 7,0) et 1
48
ml de KI 1M. L'absorbance est lue à 390 nm. La teneur de peroxyde d'hydrogène (H2O2) a été
estimée en utilisant le coefficient d'extinction molaire de 26.6 M-1 cm-1.
Perte d'électrolyte :
La perte d'électrolyte (EL) est mesurée selon la méthode décrite par Ahmad et al. (2014). Les
feuilles sont coupées en petites parties d'environ 5 mm de longueur et placées dans des tubes à
essai contenant 10 ml d'eau dés-ionisée. Les tubes sont placés dans un incubateur à 30 ° C
pendant 4 h puis la conductivité électrique du milieu initial (EC1) est mesurée. Ensuite, les
tubes sont autoclaves à 121 ° C pendant 20 minutes, puis refroidis jusqu'à 25 ° C et la
conductivité électrique (EC2) est mesurée par un conductimètre. Puis la perte d’électrolytes
est calculée selon la formule suivante :
La perte d'électrolyte = EC1/EC2*100.
Dosage de la proline :
Extraction :
L’extraction est réalisée selon la méthode décrite par Naidu (1998) : 500mg de feuilles sont
placés dans des tubes de centrifugation contenant 5ml d’un mélange méthanol : chloroforme :
eau (60:25: 15). Les tubes scellés sont chauffés dans un bain marie (60°C) pendant 2 h et
centrifugés à 10000 rpm/10 mn. Le surnageant servira ensuite aux dosages de la proline.
Dosage :
La proline est déterminée par une méthode rapide développée par Singh et al. (1973) : 1ml de
surnageant, 1 ml de solution de ninhydrine sont mis dans des tubes de centrifugation de 10 ml.
Ce mélange est chauffé au bain marie (90°C) pendant 45mn et refroidi à la température
ambiante puis 2 ml de toluène sont rajoutés à la solution qui est agitée, deux phases se
séparent (une phase supérieure à la couleur rose qui contient la proline et une phase inférieure
noire sans proline). L’absorbance est lue à 520 nm.
Détermination de la teneur en chlorophylle et des caroténoïdes totaux :
Les teneurs en chlorophylle a (C a), b (C b), totale (C a + b) et en caroténoïdes totaux (C x +

c) étaient extraient par 80% d'acétone et déterminée par spectrophotométrie à des longueurs
49
d'onde 663 nm, 645 nm et 470 nm, après centrifugation de l'extrait à 5000 tr / 5 min et
calculée selon Lichenthaler et Wellburn (1983).
C a = 12.21 A663- 2.81 A645.
C b = 20.13 A645-5.03 A663.
C a+ b = 20.21 A 645 + 8.02 A 663.
C x + c = 1000 A470 -3.27 C a - 104 Cb /229.
Les enzymes antioxydants et les protéines solubles :
Extraction :
Pour extraire les protéines solubles et les enzymes antioxydants, des matières végétales
fraîches (0,25 g) ont été homogénéisées dans de la glace avec 5 ml de tampon phosphate salin
(pH 7,4, 0,1 M). Les échantillons ont été centrifugés à 3500 tr pendant 20 minutes
Dosage des protéines :
Le dosage des protéines se fait selon la technique de Bradford (1976). 100 µl du surnageant
sont ajoutés à 2 ml de réactif de Bradford, après 2 min de développement de la réaction, la
densité optique est lue à 595 nm. Les résultats sont exprimés en à partir d’une courbe
d’étalonnage préparée avec du BSA.
Analyses statistiques :
L'analyse statistique des données a été réalisée en utilisant l'analyse de variance (ANOVA) et
lorsque des effets significatifs ont été détectés, les groupes ont été comparés en utilisant un
test HSD de Tukey post-hoc. Le niveau de signification utilisé pour tous les tests statistiques
est de 5% (p <0,05). Le programme statistique utilisé était IBM SPSS Statistics v. 22.
50
RESULTATS
Résultats
Résultats :
Tolérance des bactéries Pantoea sp et Bacillus sp aux polluants :
La capacité des souches à croitre en présence d’eau usée est mise en évidence par les
numérations des bactéries sur gélose nutritive préparée avec l’eau usée à différentes
concentration (100%, 50%, 20%, 10 %, 5%). Les résultats montrent des taux
significativement différents. Le nombre exprimé en UFC/ml pour Bacillus est moyennement
de 2.106 pour le témoin sans eau usée. L’eau usée à différentes concentrations a un effet
inhibiteur sur la croissance de la bactérie où les numérations affichent des taux plus faibles
(figure17 et 18).
1/2
1/20 1/10 1/5 1/2 EP ED
00
Figure 17:.Résultats de test de germination du blé irrigué différentes concentrations
d'eaux usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5%)
Figure 18: Numérations de Bacillus sp à différentes concentration d’eaux usées (0%, 100
%, 50 %, 20%, 10%, 5%).
51
Résultats
Par contre, les dénombrements de la souche Pantoea sp sur milieu à base d’eaux usées sont
plus élevés atteignant environ 2. 107 UFC/ml et sont significativement similaires à différentes
concentrations d’eau usée, attestant de la tolérance de la bactérie aux inhibiteurs contenus
dans l’eau usée (figure 19)
Figure 19: Numérations de Pantoea sp à différentes concentration d’eaux usées (0%, 100
%, 50 %, 20%, 10%, 5%).
Tolérance des bactéries aux métaux lourds :
La tolérance des bactéries à différents métaux lourds (Co, Pb, Hg et Cd) est testée sur milieu
LB gélosé contenant des concentrations croissantes de métaux (50, 100, 500 et 1000ppm). La
concentration minimale inhibitrice (CMI) est déterminée par la plus faible concentration
inhibant la croissance bactérienne après 4 jours. Selon les résultats (figure 19) les souches
Pantoea et Bacillus tolèrent une concentration1000ppmde Pb, 100ppm de Co, par contre
Pantoea résiste à 100ppm de Cd par contre Bacillus supporte seulement 50ppm de Cd.
52
Résultats
Figure 20: Tolérance de Pantoea sp et Bacillus sp différentes concentrations de métaux
Test de germination des graines en présence d’eau usée :
Le test de germination est réalisé pour évaluer l'effet des eaux usées à différents
concentrations (5, 10, 20, 50, 100%) sur la germination des graines de blé dur par rapport à
l’eau distillée utilisée comme témoin. L’effet de la croissance exprimé par la mesure de
différents paramètres donnent les résultats suivants :
Figure 21: Résultats des plantes du blé inoculés avec Bacillus sp, irrigué avec contrôle
(ED), différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%).
53
Résultats
Figure 22: Résultats des plantes du blé, irrigué avec contrôle (ED), différentes
concentrations d'eaux usées (100 %, 5%).
Figure 23: Résultats des plantes du blé inoculés avec pantoea avec irrigué avec contrôle
(ED), différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%).
54
Résultats
Figure 24: Taux de germination du blé en présence de différentes concentrations d'eaux

usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5% ,0%) pendant 15 jours.
La germination des graines de blé sous l’effet des eaux usées a montré que l’irrigation par
l’eau usée a fait ralentir le taux de germination par rapport au témoin. Ce taux est mesuré
durant 12 jours divisés en 4 étapes : (figure 24)
Durant les trois premiers jours, l’effet de l’eau usée sur la germination est très significatif où
le ralentissement de la germination des graines de blé est remarquable (le taux de germination
chez les graines germées par les eaux usées soit brute soit diluée est inférieur à 5 % mais pour
le témoin le taux est supérieur à 50%). Au bout de six jours, les graines commencent à
répondre au stress de l’eau usée. En effet, les graines germées par l’eau usée diluée ont
montré la présence d’un taux de germination élevé pour toutes les dilutions 50 %, 20%, 10 %
et 5 % le taux est environ de 10 %). Au neuvième jour, la germination suit la même allure et
les graines germées dans l’eau usée (100%) témoignent d’un ralentissement significatif du
taux de germination par rapport aux autres dilutions et l’eau distillée. Les mêmes
constatations sont observées à la fin du test (12jours). Les graines germées dans l’eau usée
(100%) restent inhibées (taux= 15%) par contre les autres dilutions (50%, 20%, 10%, 5%) le
taux augmente significativement mais reste toutefois inférieur (environ de 30 à 50%) aux
graines germées dans l’eau distillée qui un pourcentage supérieur à 90%.
55
Résultats
Effets de l’eau usée sur les paramètres physiologiques de germination :
Les résultats des paramètres physiologiques de germination montrent que les eaux usées
diminuent significativement la vitesse de germination, le temps de germination moyen, la
moyenne de germination quotidienne et la valeur maximale de germination du blé par rapport
au témoin. Par contre, la mortalité des plantules était significativement plus élevée
lorsqu'elles étaient irriguées avec de l’eau polluée brute comparée au témoin et aux autres
dilutions des eaux usées (Figure 25).
Figure 25: Paramètres physiologiques de la germination des graines de blé irrigué avec
différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 50 %, 20%, 10%, 5%, 0%).
Croissance végétale en pots en présence de bactéries et d’eaux usées :
La croissance végétale des graines de blé en présence d’eaux usées (0%, 100% et 5%)
de bactéries est conduite en pots. Les paramètres morphologiques et biochimiques sont
mesurés après trois semaines de croissance.
Effets sur les paramètres morphologiques de développement des plantes :
La longueur des tiges, des racines et le nombre des racines et le nombre de racines
secondaires affichent des différences non significatives pour toutes les concentrations d’eau
usée. Toutefois une différence significative est notée pour le nombre de racines en présence
d’eau usée et d’eau usée diluée.
56
Résultats
Figure 26: Paramètres morphologiques de croissance des plantes du blé irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
Des variations similaires sont observées pour les paramètres morphologiques de la croissance
végétale en présence de Pantoea sp. Toutefois, pour la longueur des tiges en présence d’eau
distillée est significativement meilleure qu’en présence d’eau usée brute.
Pantoea sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
57
Résultats
Le même aspect de croissance est observé en présence de Bacillus sp. où les paramètres
morphologiques des plantes inoculées avec Bacillus sp sont statistiquement non différents par
contre, on note une différence entre le nombre des racines primaires et secondaires chez les
plantes traitées par eau l’usée brute ou diluée.
Bacillus sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
Effets de l’eau usée sur les paramètres biochimiques de développement des

plantes :
La mesure des paramètres biochimiques, notamment la teneur en protéines, en proline,

la concentration en H2O2, la perte d’électrolytes et la valeur de la MDA, effectuée sur les
plantes inoculées par les bactéries Pantoea sp et Bacillus sp ou non inoculées ne montrent
aucune différence significative après irriguation avec l’eau distillée ou l’eau usée diluée ou
non. Toutefois, certaines variations sont enregistrées :
58
Résultats
Une différence dans la valeur de la MDA pour les plantes témoins non inoculées où l’eau
distillée donne une valeur inférieure à l’eau usée.
Également chez les plantes inoculées par Bacillus, les valeurs de la MDA et la concentration
en H2O2 semblent meilleures pour les plantes irriguées par l’eau usée par rapport à l’eau
distillée.
Figure 29: Paramètres biochimiques de croissance des plantes de blé irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
Figure 30: Paramètres biochimiques de croissance des plantes de blé inoculé avec
Pantoea sp, et irrigué avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
59
Résultats
Bacillus sp et irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (0%, 100 %, 5%).
Effets de l’eau usée sur les paramètres physiologiques du développement

des plantes :
Après trois semaines de croissance végétale, les effets de l'eau usée sur les teneurs en
chlorophylle a, b et totale et en caroténoïdes sont mesurées
L’analyse des graphes de chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes des plantes inoculées

avec Pantoea sp et Bacillus sp ou non inoculées montrent qu’il n y’a aucune différence
significative entre l’irrigation par l’eau distillée ou par l’eau usée diluée ou non.
60
Résultats
Figure 32: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes des plantes de blé, irriguées avec
différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%).
Figure 33: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes des plantes de blé inoculés avec
Pantoea sp et irriguées de différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%).
61
Résultats
Figure 34: Chlorophylle a, b, totale et caroténoïdes du blé inoculés avec Bacillus sp , et

irriguées avec différentes concentrations d'eaux usées (100 %, 5%, 0%).
62
DISCUSSION
Discussion
Résultats :
La pollution par les métaux lourds est un grave problème qui entraîne la contamination des
sols et qui devient l'un des risques les plus graves pour la santé humaine et l'environnement.
L'augmentation du niveau de métaux lourds affecte l'interaction microbienne du sol et limite
la productivité des cultures accompagnée d'un effet intimidant sur la santé humaine par des
bioamplifications à travers la chaîne alimentaire. Il y a une augmentation progressive de la
pollution par les métaux, et les réactions microbiennes à cet égard devraient être prises en
considération. Par conséquent, la toxicité des métaux pose d'importants problèmes sanitaires
et environnementaux qui nécessitent l’utilisation ferme de technologies économiques et
efficaces pour l'assainissement des sites contaminés par des métaux. Les micro-organismes
répondent à la présence des ions métalliques toxiques par des mécanismes fondamentaux et
maintiennent la concentration intracellulaire stable. Les bactéries accumulent des métaux
lourds soit à la surface des cellules, soit à l'intérieur du cytoplasme, grâce aux mécanismes de
bioaccumulation ou de détoxification qui agissent principalement à la recherche d'ions
métalliques nutritifs traces (Mohite et al., 2018).
La tolérance des souches bactériennes Pantoea sp et Bacillus sp contre les ions de métaux
lourds (Hg, Pb, Co et Cd) a été déterminée par leur croissance visuelle sur une gélose LB
additionnée d'ions métalliques respectifs à des concentrations de 50, 100, 500 et 1000 ppm.
Les deux bactéries ont montré une croissance jusqu’à1000 ppm de Pb et 100ppm de Co mais
ne résistent pas à l’Hg. Par contre, Pantoea résiste à 100ppm de Cd par rapport au Bacillus
qui ne supporte que 50 ppm de Cd. L'observation visuelle de la croissance sous la forme d'une
colonie à la surface de la boite d'agar métallique confirme sa capacité de tolérance aux
métaux. Les mécanismes de résistance des bactéries impliquent l'efflux, l'imperméabilité aux
métaux, la volatilisation, la complexation des métaux, la détoxification enzymatique libérés
des cellules et la séquestration des EPS (Osman et Cavet, 2008 ; 2010, Pavel et al., 2013).
Le rôle de l'EPS comme bouclier protecteur pour une cellule bactérienne permettant sa
croissance en concentration élevée en ions métalliques létale, a été rapporté avec la formation
de biofilm, ceci confirme le potentiel de production d'EPS chez les deux bactéries (Ullah et
al., 2015). De plus, les bactéries supportent tous les métaux et polluants existants dans une
eau usée industrielle suite à leur croissance sur gélose préparée à base d’eau usée. Dans des
tests de tolérance aux métaux lourds, Pantoea sp. a montré une résistance aux trois métaux
testés au Cu˃Zn˃Cd (Ullah et al., 2015).
63
Discussion
Dans cette étude, les résultats sur la germination des graines de blé en présence d’eaux usées
ont montré des différences statistiquement significatives entre l'eau usée et l'eau distillée. Ils
ont révélé que tous les paramètres de germination (les paramètres morphologiques, les
paramètres physiologiques) du blé ont été affectés négativement lors de l'application des eaux
usées. Ces eaux contiennent un mélange de polluants toxiques organiques et inorganiques. Ils
provoque l'inhibition de la germination des graines et l'appauvrissement de la végétation
(Chowdhary et al., 2017) par l’induction des divers effets toxiques physiologiques,
morphologiques et biochimiques chez les plantes parce que l’exposition excessive à ces
contaminants peut entraîner une augmentation de la production d'espèces réactives de
l'oxygène (ROS), l'altération des cycles cellulaires et des aberrations chromosomiques et de
division. La surproduction de ROS provoque l'oxydation des protéines, la peroxydation des
lipides et la génotoxicité (Khalid et al., 2018). Toutefois, la pratique de la dilution des eaux
usées pourraient réduire les effets toxiques des eaux usées (Divya et al ., 2015). Hussain et al
., (2017) en étudiant de l'impact des eaux usées textiles sur la germination et le rendement du
blé (Triticum aestivum L) ont constaté qu’à des concentrations élevées, la germination des
graines est affectée.
Les effets des deux souches rhizosphérique sont testés pour la promotion de la croissance et
la mobilisation des métaux chez les plantes de blé irriguées par les eaux usées, après 21jours
de culture. Les valeurs résultantes n’ont pas une signification statistique différente. Du point
de vue paramètres morphologiques ; la mesure des longueurs des tiges et des racines et
nombre de racines affichent des valeurs proches et que l’eau usée n’a pas d’effets sur la
variation de ces paramètres. L'utilisation des eaux usées dans l'irrigation s'est avérée
possédant des avantages agronomiques supplémentaires associés à la structure du sol et à la
fertilité. Selon Kiziloglu et al., (2007), les eaux usées ont une valeur nutritive élevée qui
augmenter la productivité des sols pauvres en fertilité ( Chen et al., 2017). D’autres études
rapportent également que l'inoculation n'a pas en général d'effets significatifs sur la hauteur de
la plante (de Oliveira et al., 2018).
De plus dans cette expérience, l’irrigation par les eaux usées ne semble pas affecter les
paramètres biochimiques et physiologiques des plantes. La teneur en chlorophylle des plantes
de blé mesurée après 21jours de culture n’a montré aucune réduction évidente de la teneur en
chlorophylle. En général, les plantes inoculées avaient des taux de chlorophylle relativement
plus élevés que les plantes non inoculées. Dans les plantes inoculées avec A. chroococcum
CAZ3, la teneur en chlorophylle a augmenté substantiellement de 56% même à 2007 mg Cu
kg-1. De même, l'inoculation de CAZ3 a augmenté la teneur en chlorophylle de 14% à 585
64
Discussion
mg Pb kg-1. Dans une étude similaire, l’augmentation de la teneur en chlorophylle dans le
feuillage de Zea mays après l'inoculation même en présence de divers métaux est signalée
(Samiullah et Bano, 2013). La mesure de la chlorophylle fournit une méthode rapide de
détection et de quantification des dommages causés dans l’appareil photosynthétique foliaire
en raison des contraintes environnementales (Jaskulak et al ., 2018). Selon de Oliveira et al
., (2018), l'inoculation n'a pas maintenu les niveaux de chlorophylle a, b, totale et a / b plus
élevés que le témoin au stress maximal de sécheresse. Silini (2013) a montré que l’inoculation
des graines de blé dur par A. chroococcum AZ6 augmente significativement les paramètres de
croissance (hauteur de la plante, longueur des racines et poids frais et secs racinaires et
foliaires) sous l’effet du stress salin. Le contenu en chlorophylle et la teneur en potassium sont
améliorés tandis que les concentrations en proline sont réduites.
La proline est un acide aminé multifonctionnel qui agit comme une molécule osmoprotectrice
et a un rôle actif dans l'atténuation des dommages oxydatifs induits par les ROS générés par
des stress environnementaux (Rizvi et Khan, 2018). Leur augmentation dans les tissus
végétaux était considérée comme importante pour l'acclimatation des stress abiotiques des
plantes (Loiret et al., 2009). Dans cette étude, les résultats ont montré que les plantes
n’accumulent pas de proline et que l’inoculation des plantes stressées par les souches
bactériennes n’a pas eu d'effet sur la teneur en proline. Contrairement à d’autre travaux qui
trouvent que l’inoculation des plantes avec les PGPR tels que Bacillus amyloliquefaciens
provoque une augmentation de la teneur en proline sous divers stress abiotiques (Tiwari et
al., 2017). L’augmentation de cette acide aminé après inoculation par les Bacillus sous stress
abiotiques peut être dû à la régulation de la voie de biosynthèse de la proline pour la maintenir
à des niveaux élevés, ce qui aide à maintenir l'état cellulaire et protéger les membranes et les
protéines (Vardharajula et al., 2013). En revanche, la teneur en proline est diminuée lorsque
des plantes sont inoculées par Azotobacter chroococcum que cette réduction est due à la
capacité de cette souche de remédier le sol contaminé par les métaux lourds (Rizvi et Khan,
2018).
La peroxydation des lipides membranaires est un effet dommageable majeur des ROS.
Habituellement, la peroxydation des lipides membranaires chez les plantes est détectée en
mesurant le malondialdéhyde (MDA) (Kong et al., 2016). Le MDA est un marqueur
largement utilisé de la lésion lipidique oxydative causée par le stress environnemental. Un
certain nombre d'études signalent l’augmentation du MDA des plantes dans différentes
conditions de stress (Khan et al., 2018). La peroxydation lipidique a montré une diminution
significative de toutes les plantes inoculées par les PGPR (Khan et al., 2018). Des arbres
65
Discussion
forestiers cultivées dans un sol exposé au Pb avec différents niveaux de stress hydrique ont
indiqué que le stress hydrique augmentait significativement la teneur en MDA sous
différentes concentrations de Pb (Zhou et al., 2015).
Divers stress abiotiques, entraînent la génération de ROS chez les plantes. Ces ROS
réagissent souvent avec des composés essentiels des plantes comme les protéines, les
membranes cellulaires, les lipides menant à des dommages oxydatifs. Le stress oxydatif
conduit à des dommages de la membrane cellulaire due à la peroxydation des lipides, qui
modifie sa perméabilité et entraîne une fuite accrue des électrolytes des cellules ; par
conséquent, l'électrolyte accumulé dans la membrane fuit dans les tissus environnants (Sapre
et al ., 2018). Ahmad et al., (2018) trouve que l’inoculation des plantes exposées au stress de
Pb par Bacillus sp diminué le teneur d’électrolyte. Étudié sur les arbres forestiers les données
de Jbir-Koubaa et al .,(2015) suggèrent que le stress de salinité pourrait provoquer un choc
et un stress oxydatif, ce qui provoque une accumulation de MDA dans les feuilles.
Cependant, il faut souligner l'importance d'autres mécanismes d'interaction pour

l'accumulation de métaux lourds par les plantes. Les propriétés spécifiques permettant aux
bactéries d’améliorer l'absorption des métaux lourds dans les plantes restent à identifier. En
dehors de la mobilisation des métaux, les bactéries peuvent influencer directement
l'expression des gènes dans les racines de plantes pour stimuler l'absorption et la translocation
des métaux. En général, il y a également une augmentation dose-dépendante de l'activité des
enzymes antioxydants dans les feuilles de plantes exposées à des concentrations variables de
métaux. Tout en comparant l'activité enzymatique antioxydante des plantes inoculées et non
inoculées cultivées en présence ou en l'absence de métaux, l'activité maximum de SOD, GR et
CAT a été enregistrée en présence de doses élevées de métaux suggérant la gravité du stress
causé par des doses variables de métaux
Les PGPR tolérantes aux métaux lourds ont augmenté la croissance des plantes dans les sols
contaminés par des métaux lourds au cours des dernières années. Ces PGPR ont joué un rôle
important dans la promotion de la croissance des plantes tout en réduisant la toxicité ou les
dommages des plantes exposées au stress par divers métaux lourds (Ahmad, 2014, Etesami,
2018, Ma et al., 2011). Les PGPR produisent des régulateurs de croissance des plantes, des
phytohormones et divers métabolites secondaires qui induisent la croissance et le
développement des plantes et atténuent la toxicité des métaux lourds (Ahemad, 2012; He et
al., 2013; Rajkumar et al., 2013). Divers mécanismes sont utilisés par les PGPR pour
améliorer la croissance des plantes sous contrainte de métaux lourds ; beaucoup d'entre eux
entraînent une réduction de la toxicité des métaux lourds (Ahemad, 2012, Etesami, 2018). En
66
Discussion
influençant la solubilité ou l'absorption des nutriments (par exemple, augmentation de la
solubilité du phosphore et du fer), les PGPR augmentent la disponibilité des nutriments pour
les plantes en croissance dans des conditions de déséquilibre nutritionnel. La tolérance au
stress peut s'expliquer par la mobilisation des nutriments dans la rhizosphère et par la
production de phytohormones, en particulier la production d'IAA, l'activité de l'ACC
désaminase, la production de sidérophores et la solubilisation du phosphate. Les PGPR
peuvent être appliquées pour améliorer la capacité des plantes à survivre et à produire des
rendements dans des environnements pauvres en nutriments. Par exemple, les altérations de
l'architecture racinaire induites par l'IAA pourraient entraîner une augmentation de la surface
radiculaire totale, améliorant ainsi l'absorption des nutriments et de l'eau, ce qui pourrait avoir
des effets positifs sur la croissance des plantes (Alikhani, 2016). Puisque ces PGPR
fournissent de très bons modèles pour comprendre la tolérance au stress, les mécanismes
adaptatifs et les réactions, elles peuvent aussi être manipulés pour faire face aux différents
stress biologiques et non biologiques (Grover et al., 2011) .
L'utilisation des eaux usées pour l'irrigation des cultures a augmenté ces dernières années.
L'utilisation de ces eaux pour l'irrigation des cultures présente certains avantages tels que la
fourniture des nutriments essentiels et de la matière organique, l'économie d'eau et de
nutriments et la réduction de la contamination de l'eau. Il a été rapporté que des quantités tout
à fait suffisantes de macronutriments (N, P et K) sont fournies au sol et aux plantes par
l'application d'eaux usées. Par conséquent, il est très tentant pour les agriculteurs pauvres
d'irriguer les cultures avec les eaux usées, car cela peut réduire la production végétale (Chen
et al., 2017).
La production diminue de 10% à 20% lorsqu'elle est irriguée avec des eaux usées. Outre ces
avantages, un certain nombre d'inconvénients sont associés à l'utilisation des eaux usées pour
l'irrigation des cultures. Les eaux usées contiennent des éléments potentiellement toxiques
(PTE) tels que le zinc, le chrome, le cuivre, le cadmium, le nickel, le plomb et le mercure qui
peuvent induire de graves risques pour la santé humaine et l'environnement (Kiziloglu et al.,
2007). L'utilisation d'eaux usées non traitées pour l'irrigation des cultures peut également
entraîner un durcissement du sol et une contamination superficielle des eaux souterraines.
Cependant, le principal problème de l'irrigation des cultures d'eaux usées est la présence
d'éléments potentiellement toxiques (PTE) (Etesami, 2018). L'accumulation de PTE dans le
sol et les cultures par l'irrigation des eaux usées entraîne une contamination du sol et, à son
tour, affecte la sécurité alimentaire
67
Discussion
La contamination du sol par les PTE est la principale voie d'exposition à l'homme via la
consommation de cultures vivrières, ce qui pourrait causer divers problèmes de santé chez les
humains si la concentration de PTE dépassait la limite de sécurité. L'utilisation à long terme
de légumes contaminés par les PTE peut causer l'accumulation continue de métaux toxiques
dans les reins et le foie des humains, causant des troubles dans les processus physico-
biochimiques. Des études concernant l'évaluation des risques pour la santé après la
consommation d'aliments / légumes contaminés par les PTE sont en cours dans les pays
développés. Cependant, très peu est explorée dans les pays les moins développés (Khalid et
al., 2018)
68
Conclusion et Perspectives
Conclusion et Perspectives
CONCLUSION :
Les enjeux de ce travail étaient d’évaluer les capacités bioremédiatrices de deux bactéries
Bacillus sp et Pantoea sp ayant des traits PGP sur le pouvoir germinatif et la croissance
végétale du blé dur irrigué par des eaux usées municipales. Cette étude a permis de révèler
que :
- L’eau usée à différentes concentrations a un effet inhibiteur sur la croissance de

Bacillus où les numérations affichent des taux plus faibles. Par contre, Pantoea parait
résistante.
- La métallotolérance de ces bactéries est de 1000ppm au Pb, de 100ppm au Co et de
50 au Cd. Par contre, Pantoea tolére une concentration au Cd allant jusqu’à100 ppm.
- La germination des graines de blé est ralentie sous l’effet de l’irrigation par les eaux
usées brutes et diluées. La mortalité des plantules est élevée, uniquement, pour les graines
irriguées avec les eaux usées brutes.
- L’inoculation des graines par ces bactéries n’affectent pas les paramètres
morphologiques et biochimiques de la croissance végétale soumis à l’effet de ces eaux. Ces
eaux usées semblent avoir une valeur nutritive qui peut maintenir la productivité des cultures
tant que la nature des sols fertiles peut assurer leur protection.
Compte tenu de la croissance rapide de la population et du développement économique, ainsi

que de l'incertitude entourant le changement climatique, l'utilisation des eaux usées dans le
secteur agricole peut faire défis. Par conséquent, la collecte, le recyclage et la réutilisation
des eaux usées ont de bonnes perspectives à l'avenir, en particulier dans les villes à forte
croissance et à forte densité de population, dans les zones arides et semi-arides et dans les
pays en développement. Ainsi, les stratégies et techniques d'économie d'eau doivent être
prioritisées.
Enfin, d'autres recherches scientifiques concernant l'utilisation, la bioremédiation l'irrigation

par les eaux usées sont nécessaires pour un développement et une adaptation plus efficaces et
durables des systèmes d'irrigation des eaux usées, en particulier dans les zones moins
développées.
69
Références Bibliographiques
Références Bibliographiques
70
ANNEXE
71
ANNEXE
Annexe 1 :
Composition (g /l) du Milieu Luria-Bertani (LB) :
 peptone : 10 g.
 Extrait de levures : 5 g.
 NaCl : 10 g.
 Eau distillée : 1000 ml.
Annexe 2 :
Composition (g /l) du Milieu gélose nutritive (GN) :
 extrait de viande : 1,0 g.

 extrait de levure : 2,5 g.
 peptone : 5,0 g.
 chlorure de sodium : 5,0 g.
 Agar : 15,0 g.
 Eau distillée : 1000 ml.
Annexe 3 :
Composition (g /l) du Milieu gélose nutritive (TSB) :
Annexe 4 :
Composition de la ninhydrine :
Ninhydrine : 0.2 g.
Acide acetique : 0.5 ml.
n- Butanol : 100 ml.
Eau distillée : 4.5 ml.
Annexe 5 :
Courbe d’étalonnage de la proline :
72
ANNEXE
1,2
1 y = 0,0037x
R² = 0,9907
0,8
0,6 Série1
Linéaire (Série1)
0,4
0,2
0
0 50 100 150 200 250 300
Courbe d’étalonnage de la proline
Annexe 6 :
Réactif de Bradford :
100 mg de blue de Coomassie G-250 dissous dans 50 ml d'éthanol ou d’éthanol 95 % puis

ajouter 100 ml d'acide ortho phosphorique à 85% et une fois le colorant complètement
dissous, le diluer dans 1000 ml avec de l'eau distillée et puis filtre pour enlever les particules
insolubles.
Annexe 7 :
Courbe d’étalonnage des protéines :
DO
0,35
0,3 y = 0,0037x
R² = 0,9969
0,25
0,2
DO
0,15
Linéaire (DO)
0,1
0,05
0
0 20 40 60 80 100
Courbe d’étalonnage des protéine

73
Nom et Prénom : SAOULA Selma et ZEGUER Manel Encadrante : CHERIF SILINI Hafsa
Titre : Effet des PGPR dans la bioremédiation des eaux usées
Résumé :Cette étude portant sur l’effet des PGPR sur la biorémédiation des eaux usées révèle que la croissance des Bacillus,
contrairement à celle Pantoea ,sur gélose nutritive (30°C/72h) est proportiellement réduite en présence d’eaux usées brutes et
diluées. La résistance de ces bactéries aux Co, Pb, Hg et Cd est testée sur milieu LB gélosé contenant des concentrations
croissantes de ces métaux de 50, 100, 500 et 1000ppm. Pantoea et Bacillus tolèrent une concentration1000ppm de Pb, 100ppm de
Co et 50ppm de Cd. Cependant, la métallotolérance Pantoea au Cd atteint une teneur maximale de 100ppm. La germination des
graines de blé (25°C/15 jours) est sensible à l’irrigation par les eaux usées. Les paramètres de germination (pourcentage, vitesse,
temps moyen, moyenne quotidienne, valeur maximale de germination et taux de mortalité) sont réduits sous l’effet de ces eaux.
Toutefois, L’inoculation des graines par Pantoea et Bacillus, en présence de ces eaux, ne manifeste aucun impact singificatif sur
les pararamètres morphobiochimiques (longueur des tiges et des racines, nombre de racines primaires et secondaires, teneur en
protéines, proline, chlorophylle, caroténoïdes, MDA, H2O2 et perte d'électrolytes) de la croissance végétale.
Mots clé : Eaux usées, germination , PGPR , métallorésistance, blé, inoculation, croissance végétale.
Name and Last Name: SAOULA Selma et ZEGUER Manel Supervisor : CHERIF SILINI Hafsa
Title: Effect of PGPR in the bioremediation of wastewater
Abstract: This study on the effect of PGPR on the bioremediation of wastewater reveals that the growth of Bacillus, unlike
Pantoea, on nutrient agar (30 °C/72h) is proportionally reduced in the presence of raw and diluted wastewater. The resistance of
these bacteria to Co, Pb, Hg and Cd is tested on LB agar medium containing increasing concentrations of these metals of 50, 100,
500 and 1000ppm. Pantoea and Bacillus tolerate a concentration of 1000ppm Pb, 100ppm Co and 50ppm Cd. However, the
Pantoea metallotolerance at Cd reaches a maximum concentration of 100ppm. Germination of wheat seeds (25 °C/15 days) is
sensitive to sewage irrigation. The germination parameters (percentage, speed, average time, daily average, maximum germination
value and mortality rate) are reduced by these waters. However, the inoculation of seeds by Pantoea and Bacillus, in the presence
of these waters, shows no significant impact on morphobiochemical parameters (length of stems and roots, number of primary and
secondary roots, protein content, proline, chlorophyll, carotenoids, MDA, H2O2 and electrolyte loss) of plant growth.
Key words: Sewage, germination, PGPR, metalloresistance, wheat, inoculation, plant growth.
‫ شريف سيليني حفصة‬: ‫المؤطر‬ ‫ صاولة سلمى و زغار منال‬: ‫االسم و اللقب‬
‫ تأثير بكتيريا الجذور المحفزة لنمو النبات على المعالجة الحيوية لمياه الصرف الصحي‬: ‫العنوان‬
،Bacillus‫ على المعالجة البيولوجية لمياه الصرف الصحي أن نمو‬PGPR ‫ تكشف هذه الدراسة عن أثر بكتيريا الجذور المحفزة لنمو النبات‬:‫الملخص‬
‫ تم اختبار مقاومة هذه البكتيريا شركة والرصاص والزئبق والكادميوم‬.‫ يتناقص طرديا مع وجود مياه المجاري الملوثة والمخففة‬Pantoea ‫وعلى عكس‬
‫ يقاوم‬Bacillus ‫ و‬. Pantoea‫ جزء من المليون‬1000‫ و‬500 ،100 ،50 ‫ صلب الذي يحتوي على تركيزات متزايدة من هذه المعادن‬LB ‫على وسط‬
Pantoea ‫ وصلت مقاومة المعادن الثقيلة عند‬،‫ ومع ذلك‬.‫ جزء في المليون‬50 ‫ جزء من المليون والكادميوم‬100 ‫وجود عنصر الرصاص و الكوبالت‬
‫ يتم تقليل عوامل‬.‫ يوما) حساسة لري المجاري‬15 / ‫ درجة مئوية‬25( ‫ إن إنبات بذور القمح‬.‫ جزء في المليون‬100 ‫مستوى الحد األقصى من الكادميوم‬
‫ ومع ذلك تلقيح البذور‬.‫ الحد األقصى لقيمة اإلنبات ومعدل الوفيات) من خالل هذه المياه‬،‫ المعدل اليومي‬،‫ متوسط الوقت‬،‫ السرعة‬،‫اإلنبات (النسبة المئوية‬
‫ عدد الجذور‬،‫ في ظل وجود هذه المياه ال يظهر أي تأثير ذا قيمة على الخصائص القوامية و الحيوية (طول السيقان والجذور‬، Bacillus Pantoea
.‫ وفقدان الكهارل) لنمو النبات‬H2O2 ،MDA ، ‫ الكاروتينات‬،‫ الكلوروفيل‬،‫ البرولين‬،‫ ومحتوى البروتين‬،‫االبتدائية والثانوية‬
.‫ نمو النبات‬،‫ التلقيح‬،‫ القمح‬،‫المعادن‬،‫ اإلنبات‬،‫ الصرف الصحي‬:‫الكلمات المفتاحية‬
74
75

Memoire de Master Effet Des PGPR Dans La Bioremédiation Des Eaux Usées Saoula Selma Et Zeguer Manel

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‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬

‫وزارة التعليم العالي والبحث العلمي‬

DÉPARTEMENT DE MICROBIOLOGIE N°…….…/SNV/2018

Melle. SAOULA Selma

Melle. ZEGUER Manel

Pour l’obtention du diplôme

Spécialité : Microbiologie fondamentale et appliquée

Soutenue publiquement le : … / 06 / 2018

Dr. SILINI Allaoua MCA. UFA Sétif 1 Président

Laboratoire de Microbiologie Appliquée Sétif-1

Nos vifs remerciements aux membres du jury Dr Silini Allaoua et Dr Yahiaoui

Nous tenons à remercier aussi Dr Belbahri, pour la conception des figures

Nous tenons à remercier vivement les doctorants de laboratoire du Microbiologie

Je dédie ce modeste travail :

A ma chère binôme Manel .

A mes chers oncles, tantes et leurs enfants.

A mes chères amies et collègues : Imène, wafa, Asma, Amel , Assia..

Qu’Allah vous protège et vous accorde santé et bonheur.

Je dédie ce modeste travail :

A ma chère binôme Selma .

A mes chers frères qui m’ont toujours soutenu, réconforté et encouragé.

A mes chers oncles, tantes et leurs enfants.

A mes chères amies et collègues : Imène, wafa, Amina, Asma, Amel .

Qu’Allah vous protège et vous accorde santé et bonheur

Tableau 2 : Champignons impliqués dans la bioremédiation des métaux lourds.

PGPR Plant Growth-Promoting Rhizobacteria

La pollution de l'environnement due au développement de l'industrialisation est

I. Pollution par les composés organiques :

2. Les hydrocarbures pétroliers (HCP) :

Les hydrocarbures comprennent quatre fractions : la fraction aliphatique (saturée), la

II. Pollution par les composés inorganiques :

Les métaux lourds toxiques affectent également la taille, la diversité et l'activité de la

III. Stratégies de remédiation :

Plusieurs techniques physico-chimiques peuvent être utilisées pour la réhabilitation des

Les traitements thermiques comprennent l'extraction thermique et la vitrification. Après

La lixiviation est une technologie d'assainissement ex situ relativement simple et utile,

La remédiation électrochimique (également appelée traitements électrocinétiques)

b. Approches biologiques : Bioremédiation

Outre les techniques traditionnelles (physico-chimiques) de traitement, la science offre

La bioremédiation in situ est l’application d'un traitement biologique sur le site

ii. Bioremédiation ex situ :

La bioremédiation ex situ se réfère à l'enlèvement des matières contaminées de la source

IV. Processus de bioremédiation :

Il existe deux principaux types de bioremédiation, à savoir la bioremédiation

Le terme «phytoremédiation» se compose du préfixe grec phyto qui signifie «plante» et

La phytoremédiation peut entraîner l'élimination, la stabilisation ou la dégradation des

Figure 2: Représentation schématique de la phytoextraction (Hénault-Ethier, 2016).

La phytofiltration (rhizo-filtration consiste à utiliser des plantes cultivées hydro-

Figure 3: Représentation schématique de la phyto-volatilisation (Hénault-Ethier, 2016).

La phyto-dégradation est la décomposition des contaminants organiques en formes non

Figure 4: Représentation schématique de la phytodégradation (Hénault-Ethier, 2016).

Figure 5: Représentation schématique de la rhizodegradation (Hénault-Ethier, 2016).

Plantes Métaux lourds références

Figure 6: Techniques de phytoremédiation et destinées alternatives des polluants

ii. Plantes hyper-accumulatrices de métaux lourds :

La phytoremédiation offre beaucoup plus d'avantages que la technologie

La bioremédiation microbienne revêt une importance parce qu'elle constitue un moyen

Figure 7: Types des micro-organismes utilisés dans les processus de la bioremédiation

La phyco-remédiation est l'utilisation des macro- ou micro-algues pour la réduction ou

La myco-remédiation est une approche évolutive offrant des avantages

Tableau 2 : Champignons impliqués dans la bioremédiation des métaux lourds.

l’espece de champignon métaux lourds Références

Aspergillus aculeatus Fe (Bedi et al., 2018).

iii. Bioremédiation bactérienne :